A amebíase é uma infecção causada pela Entamoeba histolytica. Entretanto, a diferenciação entre a E. histolytica e a Entamoeba dispar, espécies morfologicamente semelhantes, é fundamental para a conduta terapêutica, prevenção da doença invasiva e para a saúde pública. O propósito desde trabalho foi avaliar a Multiplex-PCR na detecção e diferenciação entre a E. histolytica e a E. dispar. Foi feita uma comparação entre os métodos de exame microscópico das fezes usando o conjunto diagnóstico Coprotest, a detecção de antígenos nas fezes usando um ensaio imunoenzimático comercial e o Multiplex-PCR padronizado no laboratório, para o diagnóstico da amebíase. A Multiplex-PCR foi padronizada usando amostras com parasitos obtidos de culturas padrões. Posteriormente, 127 amostras de fezes provenientes de duas comunidades do Estado do Rio de Janeiro, foram testadas e os resultados comparados. A análise de 127 amostras de fezes pelo exame parasitológico de fezes demonstrou que 27 (21%) amostras foram positivas para o complexo E. histolytica/E. dispar. Dessas amostras, 12 foram positivas pelo Multiplex-PCR, sendo que nove apresentaram o padrão de E. dispar (96 bp) e três o padrão E. histolytica (132 bp). Entre as amostras negativas detectadas pelo exame microscópico, três foram positivas para E. dispar e uma foi positiva para E. histolytica pelo Multiplex-PCR. Esse fato mostrou que a PCR foi mais eficiente do que o exame parasitológico realizado com uma amostra de fezes. Os resultados obtidos pelo ensaio de detecção de antígeno de E. histolytica foram concordantes com o do Multiplex-PCR. A análise estatística comparando os resultados do ELISA coproantígeno com o Multiplex-PCR, não pode ser feita devido ao baixo número de casos de E. histolytica. Os resultados acima indicam a necessidade do uso de métodos mais sensíveis para o diagnóstico da amebíase e a importância de se usar técnicas específicas na diferenciação entre E. histolytica e E. dispar. / Amebiasis is defined as an infection caused by Entamoeba histolytica. However, precise differentiation between E. histolytica and Entamoeba dispar, which are morphologically identical species, is essential for treatment decision, prevention of the invasive disease and public health. The purpose of the present study was to evaluate a Multiplex-PCR for detection and differentiation of E. histolytica from E. dispar. Microscopic examination of stools using the coprotest kit, detection of stool antigen using a commercial enzyme-linked immunosorbent assay kit and a home made Multiplex-PCR, were compared for the diagnosis of amebiasis infection. The Multiplex-PCR was standardized using stool samples with parasites obtained from standard cultures. Afterwards, 127 stool samples obtained from individuals living in two villages of the state of Rio de Janeiro were tested and the results were compared. Analysis of the 127 stools samples by microscopy examination demonstrated that only 27 (21%) samples were positive for E. histolytica /E. dispar complex. Among these stool samples, 12 were positive by Multiplex-PCR, with nine presenting the diagnostic fragment characteristic of E. dispar (96 bp) and three presenting diagnostic fragment of E. histolytica (132 bp). Among the negative samples detected by microscopic examination, three were positive for E. dispar and one was positive for E. histolytica by Multiplex-PCR. This denotes that Multiplex-PCR was more efficient than microscopic examination when single stool samples were analyzed. The results obtained by detection of E. histolytica antigen were in agreement with those obtained by the multiplex-PCR. Statistical analyses comparing coproantigen ELISA with Multiplex-PCR results were not done because of the low number of E. histolytica cases. The overall results indicate the need to use more sensitive methods for the diagnosis of amebiasis infection and the importance of using specific techniques for the differentiation between E. histolytica and E. dispar.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Patricia Ribeiro dos Santos.pdf: 1037396 bytes, checksum: e99d81a176db1d0496423b4ece2cefbd (MD5) Previous issue date: 2010-03-03 / Biological control is a natural process that regulates the number of individuals existing in a population, by the action of another individual called "natural enemies or biological control agent (parasitoids, predators and pathogens), causing biotic mortality. Fungi that act as antagonists of phytopathogenic fungi have been used to control the disease, and 90% of these applications have been made using strains of fungi of the genus Trichoderma. The genus Trichoderma (Ascomycetes) Hypocreales, belonging to the class and brings Hifomicetos species that are among the soil fungi most commonly found in nature. There are several problems related to the nomenclature of individuals of this gender. Molecular tools such as markers and DNA Barcode has been used in identification of Trichoderma but also another fungi. The objective of this work was to identify isolates of Trichoderma spp. using only molecular tools. Analysis using markers make possible the observation of the high degree of genetic variability between these individuals, but proved problematic when the sample size was increased. The identification of individuals using DNA Barcode was possible only for a few individuals who show the need for the high quality sequences obtained by sequencing. The phylogenetic analysis was extremely difficult because is time consuming and required much time to perform the analysis. However by Neighbor-joining analysis was observed that when using databases such as BLAST error rate in identifying these species is high due to deposition of sequences of isolates incorrectly identified. / Controle biológico é um processo natural, que regula o número de indivíduos existentes em uma população, pela ação de outro indivíduo chamado de inimigo natural ou agente de controle biológico (parasitóides, predadores e patógenos), causando mortalidade biótica. Fungos que atuam como antagonistas de fungos fitopatogênicos têm sido usados para controlar a doença, sendo que 90% dessas aplicações tem sido feitas utilizando-se linhagens de fungos do gênero Trichoderma. O gênero Trichoderma (Ascomycetes), ordem Hypocreales, pertencente à classe dos hifomicetos e reúne espécies que se encontram entre os fungos de solo mais comumente encontrados na natureza. Vários são o problemas relacionados à nomeclatura de indivíduos desses gênero. Ferramentas moleculares, como marcadores e DNA Barcode tem sido usadas na identificação não só de Trichoderma mas também de outro fungos. Esses trabalho teve como objetivo identificar isolados de Trichoderma spp. Utilizando somente ferramentas moleculares. A análise utilizando marcadores RAPD posiibilitaram uma observação do alto grau de variabilidade genética existente entre esses indivíduos, ma se mostrou problemática quando o número amostral foi aumentado. A identificação de indivíduos utilizando DNA Barcode só foi possível para poucos indivíduos o que demonstra a necessidade de que as sequências obtidas sejam de alta qualidade. A análise filogenética se mostrou extremamente difícil, devido a demanda de tempo necessária para a realização das análises. Entretanto através da análise de Neighbor-joining foi possível observar que quando se utiliza bancos de dados como o BLAST a taxa de erro na identificação dessas espécies é grande devido ao depósito de sequências de isolados incorretamente identificados.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaClaraferraz.pdf: 1870286 bytes, checksum: d17e1fe96ee32ca1852c51743beff160 (MD5) Previous issue date: 2010-01-12 / The progress of Molecular Biology and Genetics provided the appearance of several molecular markers that detect the genetic polymorphism directly at DNA. Among these markers are the microsatellites (SSR), which are distinguished by their high degree of polymorphism. The use of these markers for individual genotyping has evolved into multiplex systems, which allow many SSR fragments to be detected and analyzed simultaneously. Currently there are several articles in literature discussing the criteria to be used in the primer design for use in PCR, as well as various softwares are available for this end. However, there are few studies and tools for the analysis of compatibility between pairs of primers for use in multiplex systems, where multiple fragments are simultaneously amplified using PCR. This paper evaluated different criteria for compatibility between pairs of primers. A set of 74 combinations of pairs of primers, involving the amplification of 94 SSR loci were evaluated in duplex systems. The same combinations were evaluated according to different criteria, including the degree of complementarity between primers, the magnitude of differences of denaturation temperatures (Tm) and the tendency to annealing between pairs of primers based on the Gibbs free energy resulting from the association between them. The comparison between the different criteria allowed the identification of a set of criteria with positive predictive value equal to 94%. These criteria were implemented for use in a software called Multiplexer, which from the analysis in sequence of pairs of primers, suggests compatible combinations for use in multiplex genotyping systems. Using this tool can significantly reduce the costs related to laboratory activities for genotyping using PCR. / Os avanços da Biologia Molecular e da Genética proporcionaram o surgimento de diversos marcadores moleculares que detectam o polimorfismo genético diretamente no DNA. Entre estes marcadores se encontram os microssatélites (SSR), que se destacam pelo seu elevado grau de polimorfismo. O uso desses marcadores para fins de genotipagem individual tem evoluído para sistemas multiplex, os quais permitem que vários fragmentos SSR sejam detectados e analisados simultaneamente. Atualmente são abundantes na literatura artigos que discutem os critérios a serem utilizados no desenho de pares de primers para aplicação em PCR, bem como estão disponíveis diversos softwares para este fim. No entanto, ainda são escassos os estudos e ferramentas destinados à análise de compatibilidade entre pares de primers para aplicação em sistemas multiplex, onde vários fragmentos são amplificados simultaneamente por PCR. Neste trabalho são avaliados diferentes critérios de compatibilidade entre pares de primers. Um conjunto de 74 combinações de pares de primers, envolvendo a amplificação de 94 locos SSR foram avaliados em sistemas duplex. As mesmas combinações foram avaliadas segundo diferentes critérios, incluindo o grau de complementariedade entre primers, magnitude das diferenças de temperaturas de desnaturação (Tm) e a tendência ao anelamento entre pares de primers com base na energia livre de Gibbs resultante da associação entre eles. A comparação entre os diferentes critérios permitiu a identificação de um conjunto de critérios com valor preditivo positivo igual a 94%. Estes critérios foram implementados para utilização em um software denominado Multiplexer, que a partir da análise de sequências de pares de primers, sugere combinações compatíveis para a utilização em sistemas de genotipagem multiplex. O uso dessa ferramenta pode reduzir consideravelmente os custos laboratoriais relativos às atividades de genotipagem utilizando PCR.

Em mamíferos, a espermatogênese é mantida pela autorrenovação e diferenciação das células-tronco espermatogoniais (SSC). Apesar da grande importância do SSC para a fertilidade masculina, em Bos taurus pouco se sabe sobre a sua identificação e biologia celular. Para roedores, mais de 30 marcadores para células germinativas indiferenciadas já foram descritos. No entanto, ainda não é conhecido um marcador específico apenas para SSC. Quase todos são também expressos por gonócitos, espermatogônias mais diferenciadas ou mesmo células somáticas. Yin Yang 2 (YY2) é um factor de transcrição expresso nas células com a morfologia de gonócitos e SSC, sendo um candidato a marcador de SSC. Assim, a identificação de novos marcadores para SSC e factores que afectam a sua expressão, tais como a idade, são fundamentais para o desenvolvimento da biotecnologia como transgenia e tratamento de infertilidade, nos quais as SSC poderiam ser ferramentas biológicos importantes. Assim, nesta tese temos duas hipóteses principais: 1) a idade do dador afeta a expressão de marcadores moleculares específicos de SSC bovinas assim como potencial de células-tronco dessas células e que as sequências de DNA em que se associa YY2 regulam a expressão génica de SSC em camundongos. Os objetivos específicos, organizados em 4 artigos científicos, foram: identificar a melhor plaqueamento diferencial para enriquecer SSC bovina (artigo 1), verificar se a expressão de marcadores moleculares de SSC bovina difere entre adultos pré-púberes (artigo 2 e 3), identificar novos marcadores específicos para SSC em Bos taurus (artigo 3), verificar que a idade afeta o potencial de célula-tronco de SSC bovinas (artigo 3), descrever YY2 como um marcador específico para SSC em camundongos e verificar se as sequências DNA associadas YY2 são loci de importância para SSC. Assim, definimos o melhor plaqueamento diferencial para o enriquecimento de SSC bovinas, que idade afeta a expressão marcadores já estabelecidos assim como genes específicos do transcriptoma de SSC bovinas e que idade também afeta o seu potencial de células-tronco (ensaio de repopulação). Concluímos também que YY2 é um marcador para SSC de camundongo em cultivo, em animais adultos e que as sequências do genoma que se associam YY2 possivelmente tem capacidade de regulação génica em SSC murina. / Mammalian spermatogenesis is sustained by self-renewal and differentiation of spermatogonial stem cells (SSC). Despite the importance of the SSC for male fertility, in Bos taurus líttle is known about their identification identity and cell biology. For rodents, more than thirty markers for undifferentiated germ cells have already been described. However, none of these represents a marker specific for SSC, as most are also expressed in gonocytes, differentiated spermatogonia or even somatic cells. Yin Yang 2 (YY2) is a transcription factor specifically expressed in cells with the morphology of gonocytes and SSC in the mouse, being a candidate marker for SSC. For the use of SSC as an important biological tool in the development of biotechnology such as transgenesis and the treatment of infertility, it is important to identify new markers for SSC and factors that affect their expression, such as the age of donors. Therefore, the experimental work described in this thesis was based on two main hypothesis: (1) the donor age affects the expression of specific molecular markers in SSC as well their potential as stem cells and 2) YY2 exerts important functions in SSC and genomic targets correspond to loci relevant for gene regulation or genome management in SSC. The specific goals have been organized in 4 manuscripts as follows: optimization of differential plating to enrich for bovine SSC (Article 1), check if the expression of molecular markers of bovine SSCs differs between prepubertal and adult donors (Article 2 and 3), identify new markers specific for SSC in Bos taurus (Article 3), continuation of the initial description of YY2 as a specific marker for SSC in mice and check if sequences bound by YY2 in vivo harbor the capacity to influence gene expression in SSC. As conclusions, we present an optimized differential plating protocol for the enrichment of bovine SSC, we conclude that age effects the expression of SSC markers, the expression of specific genes of bovine SSC and that age also affects their potential as stem cells (measured in repopulation assays). We also contribute to the description of the restricted expression of YY2 in prepuberal and adult SSC in mice and we show that YY2 binding sites represent genomic sequences relevant for control of gene expression.

A doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao), causada pelo basidiomiceto Crinipellis perniciosa, levou a total destruição da lavoura sul-baiana, previamente cultivada principalmente com variedades altamente suscetíveis, tornando o Brasil, um país tipicamente exportador de cacau em importador em poucos anos. A perda da resistência do genótipo ?Scavina 6?, única fonte de resistência reconhecida contra C. perniciosa, está associada à variabilidade genética do patógeno. Diante disto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade genética de isolados de C. perniciosa derivados de tecido infectado de Theobroma cacao (vassoura vede), originalmente coletados na Amazônia (Amazonas, Pará e Rondônia), uma região de ocorrência endêmica do fungo, usando marcadores moleculares. A identificação de relações genéticas entre isolados amazônicos e da Bahia e a possível existência de isolados geográficos também foram objetos deste trabalho. Primeiramente, a confirmação de identidade dos isolados Amazônicos foi conduzida usando amplificação e digestão da região ITS do rDNA e marcadores teloméricos. Todos os isolados avaliados foram confirmados como C. perniciosa. O primer telomérico TeloC1, previamente apresentado para discriminar o biótipo C, permitiu a separação do biótipo C dos biótipos S e L, porém, revelou variabilidade genética nos isolados de Cametá, PA e Cacaulândia, RO. Usando marcadores telomérico amplificado com o primer TeloA1R e ERIC, uma grande diversidade foi encontrada para os isolados da Região Amazônica em comparação àqueles da Bahia. Dentro dos isolados Amazônicos, a maior diversidade foi detectada para os isolados de Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia e Ariquemes) e Pará (Cametá), áreas com 11 ocorrência endêmica ou de instalação histórica (mais de 300 anos) do cacaueiro, respectivamente. Isolados coletados em municípios localizados na regiãoTransamazônica, tais como Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia e Uruará apresentaram maior similaridade com aqueles de Santarém e municípios relacionados à Belém, como Cametá, Baião e Mocajuba. Estes resultados sugerem que isolados da região Transamazônica pode ter sido originados de Belém ou Santarém, Pará. Na Bahia, houve a formação de dois grupos de isolados como previamente demonstrado. Os marcadores moleculares Microssatélites, ERIC e teloméricos foram eficientes na detecção da variabilidade genética em C. perniciosa. A diversidade genética observada auxiliará na identificação e escolha de regiões com maior diversidade de isolados para serem usados na seleção para resistência à vassoura-de-bruxa em programas de melhoramento do cacau / Witches broom disease of cacao (Theobroma cacao L.), caused by the basidiomycete Crinipellis perniciosa, devastated the producing region of Southern Bahia, previously cultivated mainly with highly susceptible cultivars, forcing Brazil, a typical exporter country to become a cocoa importer. The loss of resistance of the genotype ?Scavina 6?, the unique source of resistance against C. perniciosa has been associated with pathogen genetic variability. Thus, the objective of this study was to characterize the genetic diversity of C. perniciosa isolated derived from infected tissues of T. cacao (green-brooms), originally collected in the Amazon (Amazonas, Pará and Rondônia states), a region with endemic occurrence of the fungus, using molecular markers. The identification of the genetic relationships among the Amazonian and Bahian isolates, and the possible existence of geographical isolates were also objectives of this work. First, the identification confirmation of the Amazonian isolates was conducted using amplification and digestion of the ITS region of the rDNA and telomeric markers. All isolates evaluated were confirmed as C. perniciosa. The telomeric primer TeloC1, previously shown to discriminate the C biotype, allowed the separation of biotype C from biotypes S and L, but it revealed genetic diversity for isolates from Cametá, PA and Cacaulândia, RO. Using another telomeric marker amplified with TeloA1 primer and ERIC, a large genetic diversity was detected for isolates from the Amazon in comparison to Bahian. Within the Amazonian isolates, more diversity was detected for isolates from Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia and Ariquemes) and Pará (Cametá), areas with endemic occurrence of wild cacao or historical introduction and cultivation (over 300 years), respectively. Isolates colletected at the Transamazônica roadway, such as from Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia and Uruará presented more similarity with those from Santarém and locales nearer to Belém, such as Cametá, Baião and Mocajuba. These results suggested that isolates from the Transamazônica region might have originated from Belém or Santarém, Pará. In Bahia, there were two groups of isolates as previously demonstrated. Microsatellite, ERIC and telomeric markers were efficient in detecting the genetic variability of C. perniciosa. The genetic diversity observed will help in identifying and choosing regions with more diverse isolates to be used to screen for witches? broom resistance in cacao breeding programs

Doenças tireoideanas são bastante comuns, sendo sua maioria benigna. A relação entre os diversos tipos de doenças tireoideanas, bem como seus aspectos moleculares, são pouco conhecidos. O bócio (hiperplasia), por exemplo, é descrito por alguns como relacionado com carcinoma (tumor maligno) papilífero, enquanto que outros afirmam não haver relação causal entre as duas doenças. A questão mais desafiante, porém, refere-se à distinção entre adenoma (tumor benigno) e carcinoma folicular, que atualmente é feita apenas após à cirurgia, não permitindo tratamento diferenciado para os dois tipos de tumor. Este trabalho buscou identificar genes diferencialmente expressos entre tecido tireoideano normal, bócio, adenoma e carcinoma papilífero utilizando microarrays. Carcinomas foliculares não foram incluídos devido ao número e tamanho reduzidos das amostras. Dois tipos de array foram utilizados: arrays em membranas de nylon, contendo 213 clones obtidos por DDRT-PCR de amostras de tireóide, e arrays em vidro, contendo 3800 clones ORESTES. Experimentos utilizando o primeiro tipo de array identificaram três genes diferencialmente expressos, cuja expressão foi analisada por RT-PCR em 10 amostras de cada tipo de tecido. Dois deles foram capazes de diferenciar carcinomas papilíferos de tecido normal e bócio com 89% de precisão para o tumor maligno e 80% para os tecidos não malignos. Os arrays em vidro foram utilizados para avaliar o perfil de expressão de aproximadamente 10 amostras de cada tipo de tecido tireoideano. Foram identificados 160 clones diferencialmente expressos entre quaisquer dois tipos de tecido, cujas seqüências foram determinadas e comparadas com as dos bancos de dados. Dentre os genes mais interessantes destacam-se o correspondente à ATPase Na/K, cuja expressão está reduzida nos carcinomas em relação a tecidos normais e adenomas, o da proteína PDCD4, envolvida em morte celular programada, mais expresso em adenomas e tecidos normais em comparação com carcinomas e bócios, e os da calgizzarin (S100A11) e da α1-anti-tripsina, ambos mais ativos nos carcinomas do que nos demais tecidos. Todos esses genes já foram descritos como diferencialmente expressos em algum tipo de tumor. Este trabalho levou à padronização da metodologia de microarray em lâminas de vidro em nosso laboratório, bem como à identificação de genes que podem elucidar as alterações envolvidas na formação do bócio, adenoma e carcinoma papilífero. A implantação da técnica de amplificação de mRNA em nosso laboratório viabilizou a utilização de 10 amostras de carcinoma folicular, cuja massa de RNA total era insuficiente para as hibridizações. Essas amostras serão hibridizadas, juntamente com 10 amostras de adenoma, com microarrays contendo 4800 genes humanos conhecidos para a busca de genes diferencialmente expressos, de grande interesse diagnóstico. / Thyroid diseases are very common and are usually benign. The causal relationships among the different types of disease, as well as their molecular aspects, are not well understood. The goiter (hyperplasia), for instance, is described by some as related to papillary carcinoma (a malignant tumor), while others say there is no causal relationship between the two diseases. The most defying question, however, concerns the distinction between adenoma (benign tumor) and follicular carcinoma, which is currently made only after surgery, not allowing distinct treatments for the two kinds of tumor. This work aimed to identify differentially expressed genes among normal thyroid tissue, goiter, adenoma and papillary carcinoma using microarrays. Follicular carcinomas were not included due to the reduced number and size of the samples. Two kinds of array were used: arrays in nylon membranes, with 213 clones isolated from thyroid samples by differential display (DDRT-PCR); and glass slide arrays containing 3800 ORESTES clones.Experiments using the first type of array identified three differentially expressed genes, whose expression was analyzed by RT-PCR in 10 samples of each kind of tissue. Two of these genes were able to differentiate papillary carcinomas from goiters and normal tissues with precisions of 89% for the malignant tumor and 80% for the non-malignant tissues. Glass slide arrays were used to evaluate gene expression profile of approximately 10 samples of each type of thyroid tissue. 160 clones differentially expressed between any two tissues were identified, and their sequences were determined and compared with databases. Among the most interesting genes are Na/K ATPase gene, whose expression is reduced in carcinomas compared to normal tissues and adenomas, the gene corresponding to PDCD4 protein, involved in program cell death, with elevated expression in adenomas and normal tissues than carcinomas and goiters, and the genes of calgizzarin (S100A11) and α1-antitrypsin, both more active in carcinomas than the other tissues. All these genes have already been described as differentially expressed in at least one type of human cancer. This work led to the standardization of glass slide microarray technology in our laboratory, and to the identification of genes that may clarify the alterations involved in the formation of goiter, adenoma and follicular carcinoma. The implementation of mRNA amplification technique in our laboratory allowed the utilization of 10 samples of follicular carcinoma, whose mass was insufficient for microarray hybridizations. These samples will be hybridized along with 10 samples of adenomas, with microarrays containing 4800 known human genes to search for differentially expressed genes, of great diagnostic interest.

A raiva é uma doença aguda, progressiva e infecciosa do sistema nervoso central de mamíferos, causada pelo vírus da raiva (RABV). Embora possa ser prevenida por vacina, continua sendo um grave problema de saúde pública, além de ser responsável pela morte de seres humanos e muitos outros animais, incluindo os de interesse econômico. Este estudo teve como objetivo avaliar a relação entre polimorfismos dos genes que codificam as proteínas P e L de amostras de RABV pertencentes a variantes antigênicas 2 e 3 e períodos de incubação e títulos em camundongos. Para isso, foram selecionadas amostras isoladas de diferentes reservatórios de raiva de mamíferos das Ordens Carnivora e Chiroptera e amostras de bovinos, de áreas endêmicas para o vírus da raiva. As sequências obtidas foram utilizadas para a construção de árvores filogenéticas para procurar os padrões de segregação de linhagens. Os resultados mostraram que não houve marcadores ou polimorfismos que explicam as variações nos períodos de incubação e de letalidade entre cepas pertencentes a variantes antigênicas 2 e 3. Esta informação pode ser usada para discussões sobre a importância de reservatórios de raiva, a dinâmica do vírus da manutenção e evolução das diferentes formas desta zoonose entre os animais infectados, contribuindo para um estudo mais aprofundado sobre a busca de marcadores moleculares para patogênese. / Rabies is an acute, progressive and infectious disease of the central nervous system of mammals, caused by Rabies virus (RABV). Although preventable by vaccine, it remains a serious public health problem, and is responsible for the death of humans and many other animals, including those of economic interest. This study aimed to assess the relationship between polymorphisms in genes encoding the P and L proteins of RABV samples belonging to antigenic variants 2 and 3 and incubation periods and titers in mice. For this, samples isolated from different mammalian rabies reservoirs of the Orders Carnivora and Chiroptera and samples of cattle from endemic areas for rabies virus were selected. The sequences obtained were used to construct phylogenetic trees to search for the segregation patterns of strains. The results showed that there were no markers or polymorphisms that explain variations in incubation periods and lethality amongst strains belonging to antigenic variants 2 and 3. This information might be used for discussions about the importance of rabies reservoirs, the dynamics of the virus maintenance and evolution of the different forms of this zoonotic disease among infected animals, contributing to further study about the search for molecular markers for pathogenesis.

Através da abordagem bottom-up, foram desenvolvidos novos sistemas supramoleculares baseados em complexos metálicos ligados por meio do ligante conjugado, trans-1,4-bis[2-(4-piridil)etenil]benzeno (BPEB). A combinação adequada de várias espécies selecionadas, conduziu a compostos bastante interessantes que foram caracterizados por meio 1H-RNM, voltametria cíclica e de espectrometria de massa, espectroscopia eletrônica, espectroeletroquímica. Seus correspondentes filmes moleculares também foram investigados por meio de microscopia de força atômica. Um desses sistemas foi constituído por clusters triangulares de acetato de rutênio com pontes µ-oxo e BPEB. Nesses casos, a espectrometria de massa acoplada à técnica de dissociação induzida por colisão, foi uma ferramenta poderosa para a investigação do processo de fragmentação em fase gasosa, permitindo a caracterização de novos intermediários, bem como a avaliação das energias de ligação envolvidas nos sistemas. Uma correlação linear das energias de ligação e parâmetros eletroquímicos foi demonstrada neste trabalho. Além disso, o comportamento eletrocrômico dos clusters de BPEB suportados sobre dióxido de titânio nanocristalino, também foi explorado na elaboração de dispositivos eletrocrômicos, com ótimo desempenho em termos de mudanças ópticas, reversibilidade e reprodutibilidade. Outro tipo de sistema foi baseado em complexos de rutênio-bipiridina e BPEB. Esses complexos foram empregados com bons resultados como sensibilizadores em células fotoeletroquímicas baseadas em dióxido de titânio nanocristalino, bem como em dispositivos eletrocrômicos de mesma natureza. Finalmente, as características estruturais do BPEB mostraram ser adequadas para exploração do reconhecimento molecular dos complexos na presença de β-ciclodextrina (β-CD). Neste estudo, foram gerados rotaxanos por meio da automontagem coordenativa do complexo binuclear µ-BPEB- bis[pentacianoferrato(II)] na presença de β-CD. Também foi demonstrado por meio de 1H-NMR, que a agregação do complexo de BPEB é bastante pronunciada em espectros de solução aquosa, sendo porém inibida na presença de β-CD. / The bottom up approach has been applied for the development of new supramolecular systems based on metal complexes connected by the linear, conjugated bridging ligand trans-1,4-bis[2-(4-pyridyl)ethenyl]benzene (BPEB). The combination of the many selected species led to very interesting compounds, which have been extensively characterized by means of ESI-MS, electronic spectroscopy, 1H-NMR, cyclic voltammetry and spectroelectrochemistry. Their molecular films have also been investigated by means of atomic force microscopy. One of such systems was constituted by triangular µ-oxo bridged ruthenium acetate clusters containing BPEB. In particular, mass spectrometry coupled with a collision induced dissociation technique provided a versatile tool for the investigation of their fragmentation process, allowing the characterization of novel intermediates, as well as, the evaluation of the binding energies involved in the systems. A linear correlation of the binding energies and electrochemical parameters has also been demonstrated in this work. In addition, the electrochromic behavior of the cluster-BPEB complexes supported on nanocrystalline titanium dioxide has also been exploited for the design of novel electrochromic devices, exhibiting sharp optical changes, high reversibility and great reproducibility. Another interesting type of system was based on polypyridine ruthenium(II) complexes and BPEB. Such species have been successfully employed as sensitizers in nanocrystalline titanium dioxide photoelectrochemical cells, and in photoelectrochromic devices. Finally, the suitable structural characteristics of BPEB have been explored in molecular recognition processes involving the corresponding complexes in the presence of ß-cyclodextrin (ß-CD). In this study, rotaxanes have been generated by coordination self-assembly of the binuclear µ-BPEB- bis[pentacyanoferrate(II)] complex and ß-CD. It has also been shown that the aggregation of the BPEB complexes, which proceeds to a high extent in aqueous solution, can be inhibited by adding ß-CD, as deduced by means of 1H-NMR spectroscopy

Alta prevalência, farmacorresistência e bom prognóstico cirúrgico são algumas das características clínicas que tornam a epilepsia do lobo temporal mesial com esclerose hipocampal (ELTM-EH) uma das mais importantes formas de epilepsia. Ela é o modelo da epilepsia cirurgicamente curável. Infelizmente, cerca de 10% dos pacientes evoluem com resultado cirúrgico insatisfatório. A ELTM-EH está associada a alterações amplas do perfil de expressão dos microRNAs (miRNAs) do hipocampo. Recentemente, constatou-se a existência de miRNAs estáveis no sangue periférico e em outros fluidos corporais, comprovadamente aplicáveis como biomarcadores, cuja abrangência vai do diagnóstico à resposta terapêutica. Tendo isso em vista, a pesquisa partiu do seguinte questionamento: é possível a identificação, no sangue periférico, de assinaturas moleculares por miRNAs que predigam o resultado do tratamento cirúrgico da ELTM-EH? Por meio de técnicas de biologia molecular, avaliaram-se amostras de sangue e hipocampo de pacientes submetidos à lobectomia temporal anterior em consequência de ELTMEH farmacorresistente. As amostras eram representativas de indivíduos com resultado cirúrgico favorável (Engel IA) e desfavorável (Engel III e IV). Com a técnica de microarray obteve-se o perfil de expressão de miRNAs das amostras triadas e chegou-se a um conjunto de seis miRNAs candidatos a biomarcadores de prognóstico cirúrgico: miR-92b-3p; miR-1238-3p; miR-1181; miR-636; miR- 1229-3p e miR-486-5p. Em seguida, com a técnica de PCR em tempo real, quantificou-se a expressão destes seis miRNAs e, a partir da otimização de um ponto de corte na escala de expressão, cada miRNA circulante foi apreciado como preditor de resultado cirúrgico. Assim, constatou-se hiperexpressão sanguínea dos seis miRNAs, sem distinção estatística entre os grupos Engel IA e Engel III-IV, hiperexpressão hipocampal do miR-486-5p no grupo Engel IA e hipoexpressão hipocampal do miR-636 nos grupos Engel IA e Engel III-IV. Na análise dos miRNAs circulantes como preditores de sucesso cirúrgico, o miR- 1238-3p exibiu uma sensibilidade de 40,00%, especificidade de 92,86% e acurácia de 65,52%. O conjunto miR-1238/miR1181 mostrou sensibilidade de 46,67%, especificidade de 85,71% e acurácia de 65,52%. O único miRNA circulante sondado como preditor de insucesso cirúrgico, o miR-636, revelou sensibilidade de 21,43%, especificidade de 93,33% e acurácia de 58,62% / A high prevalence, drug resistance and good surgical prognosis are some of the clinical characteristics that cause mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis (MTLE-HS) to be one of the most important forms of epilepsy. This condition is the model of surgically curable epilepsy, although unfortunately about 10% of the patients exhibit an unsatisfactory surgical outcome. MTLE-HS is associated with extensive changes in the expression profile of hippocampal microRNAs (miRNAs). It has been recently observed that stable miRNAs exist in peripheral blood and in other body fluids which have been proved to be applicable as biomarkers from diagnosis to therapeutic response. On this basis, the present investigation was based on the following question: is it possible to identify molecular signatures by peripheral blood miRNAS that predict the outcome of surgical treatment of MTLE-HS? Molecular biology techniques were used to evaluate blood and hippocampal samples of patients submitted to anterior temporal lobectomy as a consequence of drug-resistant MTLE-HS. The samples were representative of patients with a favorable (Engel IA) and unfavorable (Engel III and IV) surgical outcome. The microarray technique was used to obtain the expression profile of miRNAs in the samples, with a set of six miRNAs being reached as candidate biomarkers for surgical prognosis: miR-92b-3p, miR-1238- 3p, miR-1181, miR-636, miR-1229-3p, and miR-486-5p. Next, real-time PCR was used to quantitate the expression of these six miRNAs and, based on the optimization of a cut-off point on the expression scale, each circulating miRNA was evaluated as surgical outcome predictor. We observed blood hyperexpression of the six miRNAs with no significant difference between the Engel IA and Engel IIIIV groups, hippocampal hyperexpression of miR-486-5p in the Engel IA group, and hippocampal hypoexpression of miR-636 in the Engel IA and Engel III-IV groups. Analysis of circulating miRNAs as predictors of surgical success revealed that miR-1238-3p exhibited 40.00% sensitivity, 92.86% specificity and 65.52% accuracy. The miR-1238/miR1181 set showed 46.67% sensitivity, 85.71% specificity and 65.52% accuracy. The only circulating miRNA evaluated as a predictor of surgical failure, miR-636, showed 21.43% sensitiviy, 93.33% specificity, and 58.62% accuracy

A interação entre bactérias e plantas resulta na ocorrência de vários processos biológicos no ambiente e pode ser regulada por diferentes fatores. Considerando que um recíproco reconhecimento ocorre entre as espécies de bactérias e plantas, alterações nos fatores bióticos e abióticos interferem diretamente nesta interação levando a modificações na composição das comunidades bacterianas associadas às plantas. No presente trabalho foram avaliados diferentes fatores que estão diretamente relacionados a este assunto. Atualmente, a aplicação de técnicas de microbiologia molecular permite acessar alterações causadas nestas comunidades de maneira independente do cultivo bacteriano. Desta maneira, foi demonstrado que na rizosfera de plantas de tabaco, os diferentes estágios de desenvolvimento são os principais determinantes da composição da comunidade bacteriana em detrimento do genótipo das plantas, sejam estas transgênicas ou convencionais. Utilizando plantas transgênicas e convencionais de eucalipto de diferentes genótipos, foi verificado que diferentes plantas não transgênicas podem apresentar comunidades bacterianas mais distintas do que quando os clones não transgênicos são comparados com os transgênicos. No entanto, efeitos específicos podem ocorrer na interação bactéria-planta, como o observado pela inibição da população de Methylobacterium spp. em plantas transgênicas de eucalipto TR-15. Avaliando o efeito da inoculação de bactérias endofíticas na composição de comunidades bacterianas associadas à plantas de batata de diferentes cultivares, os resultados mostram que a inoculação de Pseudomonas putida altera a comunidade bacteriana de maneira similar a alteração da variedade da planta. Os demais isolados avaliados, classificados como Paenibacillus sp. e M. mesophilicum, causam menores alterações na composição das comunidades bacterianas. Adicionalmente foi demonstrado que a colonização das plantas de batata pelo endófito P. putida resulta em pequena alteração no perfil metabólico da planta hospedeira. Por fim, buscando melhores métodos de isolamento da comunidade bacteriana da rizosfera de batata, os resultados mostraram que a mimetização do ambiente pode resultar em melhor acesso da diversidade bacteriana por meio de isolamento e cultivo das espécies componentes desta comunidade. / The plant-bacteria interactions result in the occurrence of biological process in the environment and might be regulated by different factors. Considering that a reciprocal recognition occur amongst bacteria and plants species, shifts in biotic and abiotic factors interfere directly on these interactions, leading to modifications in the composition of bacterial communities to plants associated. In the present work different factors related to this subject were evaluated. Nowadays, the applications of techniques of molecular microbiology allow assessing the shifts caused on these communities by a culture independent approach. On this way, it was demonstrated that in rhizosphere of tobacco plants, different stages of plants development are main determinants of bacterial community composition rather than the plants genotypes, transgenic or not. Using plants transgenic or not, carrying different genotypes, it was verified that different non-transgenic plants could harbor bacterial communities more distinct than those observed in association with transgenic plants. However, specific effects could be observed like the inhibition of Methylobacterium spp. population in eucalyptus transgenic plants TR-15. Considering the effect of endophytic bacteria inoculation in the composition of bacterial communities associated to different cultivars of potato plants, the results show that inoculation of Pseudomonas putida causes similar shifts in the bacterial community similarly to those observed when different cultivars are considered. Other evaluated strains, classified as Paenibacillus sp. and M. mesophilicum, caused minor alterations in the composition of bacterial communities. In addition, it was demonstrated that plant colonization by endophytic P. putida results in small effects on the metabolic profile of host plant. At least, aiming better methodologies for bacteria isolation from potato rhizosphere, the results show that mimicking the natural environment could result in a better assessment of bacterial diversity by isolation of species present in this community.