Contexte : Les infections causées par les entérobactéries productrices de béta-lactamases à spectre étendu (EBLSE) constituent un problème de prise en charge majeur en milieu hospitalier dans le monde. Si la situation des EBLSE est de plus en plus décrite en Afrique, son ampleur reste peu documentée au Sénégal. L’objectif de cette thèse était de décrire l’épidémiologie des EBLSE et d’évaluer leur impact médico-économique en milieu hospitalier au Sénégal. Méthodes : Deux études épidémiologiques descriptives et analytiques de type cas-témoins (avec une variante cas vs cas) nichées dans la cohorte des patients hospitalisés ayant eu une EBLSE isolée des prélèvements diagnostiques ont été menées. L’une des études portait sur toutes les infections causées par une entérobactérie parmi les patients admis dans les 2 hôpitaux et l’autre portait plus spécifiquement sur les bactériémies parmi les enfants hospitalisés dans l’hôpital pédiatrique. Les cas étaient des patients avec une infection à EBLSE (EBLSE+) et des patients avec une infection à entérobactérie non BLSE (EBLSE-). Les témoins étaient des patients non infectés. Des analyses de régressions multivariées ont été réalisées pour identifier les facteurs de risque d’acquisition d’une infection à EBLSE et les facteurs de décès dans les 2 populations d’études. Par ailleurs, un modèle multi-états et une analyse économique de type « cost-of-illness » ont été menés pour estimer l’allongement de la durée de séjour attribuable aux EBLSE et le surcoût associé. Résultats : Le taux d’incidence des infections à EBLSE était de 3 cas/1 000 journées d’hospitalisation (JH) et de 1,5 cas/1000 JH pour les bactériémies en milieu pédiatrique. La présence de cathéters veineux centraux et urinaires ainsi que d’une ventilation mécanique étaient les facteurs de risque d’acquisition d’une infection à EBLSE. De plus, les nouveau-nés étaient identifiés comme un groupe de patients à risque. La production de BLSE était un facteur de risque de décès et était associée à une augmentation de la durée de séjour (+4jours) et du coût hospitalier (+100€). Conclusion : Les infections à EBLSE sont fréquentes en milieu hospitalier et ont un impact médico-économique considérable. La maîtrise de la dissémination des EBLSE, à travers la promotion des précautions standard d’hygiène et la bonne gestion des excréta est cruciale surtout en pédiatrie. Nos résultats suggèrent aussi de promouvoir le bon usage des antibiotiques, indispensable pour préserver l’efficacité des antibiotiques, en particuliers des carbapénèmes, dans les infections hospitalières. / Infections caused by Enterobacteriaceae producing extended-spectrum beta-lactamase (ESBL-E) are of major concern in clinical practice worldwide because of limited therapeutic options effective to treat them. Studies from Africa showed that ESBL are frequent in the continent, however the impact of these multidrug resistant infections is yet to be adequately determined. The aim of this thesis was to describe the epidemiological situation of ESBL-E in Senegal and to assess their clinical and economic impact. Methods : Two retrospective studies were carried out in inpatients from whom an Enterobacteriaceae strain was isolated from diagnostic samples drawn during a 6-month period (Study 1) and from blood cultures drawn within a 2-year period among pediatric patients (Study 2). Case-case-control studies were carried out to identify risk factors to acquire an ESBL-E infection. Patients infected by an ESBL-producing Enterobacteriaceae were defined as cases 1, those infected by an Enterobacteriaceae non-producer of ESBL were cases 2 and patients not infected by any bacterial strain were controls. Multivariable analyses using a stepwise logistic regression were performed to identify risk factors to acquire an ESBL-E infection and risk factors for death. Retrospective cohort analyses were performed to assess the prolonged length of stay attributable to ESBL production using a multistate model. Besides, a cost-of-illness analysis was performed to estimate the additional cost attributable to the prolonged length of stay. Results : Incidence rate of ESBL-infections was 3/1,000 patient-days (PD) and 1.5 cases/1,000 PD for bloodstream infections in children. Risk factors to acquire an ESBL infection were the presence of urinary catheter, central venous catheter and mechanical ventilation. Newborns were also identified as a patient- at risk to acquire an ESBL-E infection. ESBL production was identified as an independent risk factor for death. Besides, ESBL production was associated with an increased LOS (+4days) and cost (€100). Conclusion : Our findings show an important clinical and economic impact of ESBL infections in Senegal. Control of ESBL-E spread is an emergency especially in pediatric populations and can be achieved by the promotion of hand hygiene and proper management of excreta. Results also emphasize the need to revise current antibiotic prescriptions guidelines and to implement an antibiotic stewardship program to preserve the effectiveness of our last-resort antibiotic drugs.

L’analyse des disparités géographiques de mortalité en population générale est essentielle pour la planification sanitaire. Elle a pour objectif d’identifier les facteurs impliqués dans la genèse de ces différences. Ceci contribue à orienter les décisions portant sur les populations à cibler et l’allocation de ressources. L'objectif de ce travail est de participer à expliquer les variations géographiques de la mortalité par cause de décès en population générale.En première partie, une estimation des disparités géographiques de mortalité par cause calculée depuis la base nationale exhaustive des causes médicales de décès a été réalisée à l'aide d'une mesure synthétique. Sur la base de ces constatations, une analyse écologique de l’évolution de la distribution géographique de la mortalité a été proposée. Faisant l’hypothèse que les changements démographiques sont un marqueur des changements socio-sanitaires, une typologie des changements démographiques ainsi qu’un modèle de Poisson ont aidé à investiguer cette association avec l'évolution de la mortalité. De manière générale les disparités géographiques de mortalité ont augmenté sensiblement à partir de 1990. La contribution de l’échelle régionale aux disparités spatiales qui était très élevée en 1975, va évoluer de manière différenciée selon le sexe et la cause de décès. L'évolution de la mortalité était par ailleurs associée négativement à l'accroissement de la population. Modulé par le désavantage social et le degré d’urbanisation, ce lien était plus fort pour les maladies alcolo-tabagiques et les morts violentes.La deuxième partie était consacrée à l’investigation des facteurs de risques individuels et contextuels à l’aide d’un modèle multiniveaux. Dans un premier temps, la problématique d’une telle analyse a été élargie à la fiabilité de l’analyse multiniveaux des évènements rares de santé. Evaluée à l’aide de simulations, les recommandations sur la faisabilité d’une analyse en population générale ont été appliquées dans un second temps sur l’Echantillon Démographique Permanent (EDP). Nous avons ainsi tenté d'expliquer les disparités géographiques de mortalité par la composition socio-démographique, l’environnement physique étant caractérisé par l’accessibilité géographique aux soins et l’environnement social étant mesuré par un score de désavantage social. L'étude de faisabilité de l'analyse multiniveaux a mis en évidence la très forte sensibilité de la fiabilité des estimations au choix de l'échelle géographique et à l'incidence de l'évènement de santé étudié. Il existe une association contextuelle en population générale avec le désavantage social du lieu de résidence. Cette association est systématique et régulière pour toutes les causes de décès investiguées. Seules les disparités géographiques de mortalité par maladies circulatoires étaient en grande partie expliquées par les facteurs individuels et contextuels. L'accessibilité géographique aux soins n’était pas retrouvée associée à la mortalité.Ce travail met l'accent sur la multitude des facteurs en jeu et la nécessaire complémentarité des approches pour appréhender les disparités géographiques de mortalité. La rareté de l’évènement étudié dans l'EDP et l’absence d’information socio-économique individuelle fiable dans la base exhaustive des causes de décès sont deux contraintes majeures de ce type d'analyse qui nécessitent le déploiement de méthodologies appropriées. Néanmoins, les perspectives d’enrichissement des données par des bases administratives et médico-administratives laissent présager des retombées importantes. Malgré l'incertitude résiduelle non négligeable sur certain résultats, l'étude met en évidence avec des éléments plus précis l'importance simultanée de facteurs individuels et contextuels en population générale. / The analysis of geographical disparities in mortality in the general population is essential for health planning. The aim is to identify the factors involved in the genesis of these differences. This helps to guide decisions about the populations to be targeted and the allocation of resources. The objective of this work was to help explain geographic variations in mortality by cause of death in the general population.In the first part, an estimate is made of the geographical disparities in mortality by cause calculated from the comprehensive national database of medical causes of death using a synthetic measure. On the basis of these findings, an ecological analysis of the evolution of the geographical distribution of mortality is proposed. Assuming that demographic changes are a marker of health changes in society, a typology of demographic changes and a Poisson model were used to investigate this association with mortality trends.In general, geographical disparities in mortality have increased markedly since 1990. The contribution of the regional scale to spatial disparities, which was very high in 1975, has evolved differently according to sex and cause of death. The evolution of mortality is also negatively associated with the increase in population. Depending on the degree of social disadvantage and degree of urbanization, this link is stronger for alcohol-tobacco and violent deaths.The second part is devoted to investigating individual and contextual risk factors using a multilevel model. Initially, the problem of such an analysis was extended to the reliability of multilevel analysis of rare health events. Evaluated by using simulations, the recommendations on the feasibility of a general population analysis were then applied to the Permanent Demographic Sample (PDS). We thus attempted to explain geographical disparities in mortality by socio-demographic composition, the physical environment being characterized by geographical accessibility to care and the social environment being measured by a social disadvantage score.The multilevel feasibility analysis revealed the very high sensitivity of the reliability of the estimates to the geographical scale and the impact of health events studied. In the general population, there was a contextual association with the social disadvantage of the place of residence. This association was systematic and regular for all causes of death investigated. Only geographical disparities in mortality from circulatory diseases were largely explained by individual and contextual factors. Geographic access to care was not found to be associated with mortality.This work emphasizes the multitude of factors involved and the need to combine approaches when dealing with geographical disparities in mortality. The scarcity of events studied in the PDS and the lack of reliable individual socio-economic information in the exhaustive database of causes of death are two major constraints of this type of analysis, in which the appropriate methodologies should be used. Nevertheless, the prospect of obtaining richer data thanks to the use of administrative and medico-administrative bases suggests that significant benefits may be obtained from this approach. Despite the considerable residual uncertainty on certain results, the study clearly highlights the simultaneous importance of individual and contextual factors in the general population.

INTRODUCTION : La majorité des cancers survient chez la personne âgée. Cette population est hétérogène du fait de la prévalence de comorbidités, d’incapacités et de syndromes gériatriques contribuant à la fragilité. Ces éléments rendent complexe le choix de la stratégie thérapeutique à adopter. L’évaluation gériatrique approfondie (EGA) est recommandée pour évaluer la fragilité de ces patients. L’objectif général était d’identifier parmi les patients âgés de 70 ans et plus atteints de cancer, ceux qui présentaient un haut risque de morbi-mortalité afin de limiter les thérapeutiques agressives et proposer une prise en charge adaptée. Les objectifs spécifiques étaient : 1/d’identifier les facteurs oncologiques et paramètres de l’EGA conjointement associés au décès à 1 an, 2/d’identifier des profils de santé et de les valider sur la morbi-mortalité, 3/ d’évaluer la concordance entre 4 classifications de fragilité et de comparer leurs performances pronostiques. METHODES : ces travaux ont été réalisés à partir de la cohorte dynamique prospective ELCAPA (Elderly CAncer PAtient) qui inclut consécutivement tous les patients âgés de 70 ans et plus, avec un diagnostic de cancer solide ou hématologique et adressés en consultation d’oncogériatrie, dans 2 centres hospitalo-universitaires parisiens. Entre 2007 et 2012, 1 021 patients ont été inclus. Les critères de jugements étaient la mortalité globale à 1 an, les hospitalisations non programmées à 6 mois et la décision finale de traitement (curative, palliative). Nous avons analysé les facteurs associés au décès à 1 an de 993 patients à l’aide de modèles de Cox. Nous avons ensuite réalisé une analyse en classes latentes (ACL) sur cas-complets (n=821), avec analyses de sensibilité incluant les données manquantes (n= 1 021), puis selon le statut métastatique et validé cette typologie sur 375 nouveaux patients inclus dans la cohorte. La dernière étude a été réalisée sur 763 patients avec données complètes pour 4 classifications étudiées à l’aide de modèles de Cox (décès) et régression logistique (hospitalisations).RESULTATS: L’âge moyen était de 80,2 ans, 51,2% étaient des hommes, 21,4% avaient un cancer colorectal et 45% des métastases. Le nombre de comorbidités sévères (P≤0,05), la dénutrition (P<0,001), l’âge >80 ans (P≤0,05), le site tumoral et statut métastatique (P<0,001) étaient associés au décès à 1 an indépendamment de la perte d’autonomie (ADL ou PS) et de l’altération de la mobilité (GUG) (P<0,001). L’ACL nous a permis d’identifier 4 profils: ceux relativement en bonne santé [LC1, 28,3%], dénutris [LC2, 35,8%], avec troubles cognitifs et humeur [LC3, 15,1%] et globalement altérés [LC4, 20,8%]. Les comparaisons 2 à 2 ajustées montraient que les patients LC2, LC3 et LC4 avaient un risque de décès, d’hospitalisations et de décision palliative plus élevé que les LC1. Les patients LC4 avaient un risque de décès et de décision de traitement palliatif plus élevé que les patients LC2 et LC3. Aucune différence entre les LC2, LC3 et LC4 n’était observée pour les hospitalisations. La distribution des patients variait selon les 4 classifications, i.e., la typologie en classes latentes, la classification de Balducci, et les classifications SIOG 1 et 2 (P<0,001). La concordance entre ces 4 classifications était globalement faible à modérée. Pour le décès, la discrimination était bonne pour les 4 modèles (C≥0,70) avec des performances légèrement supérieures pour la classification SIOG 1. Pour les hospitalisations, les performances de ces 4 classifications étaient bonnes et similaires (C≥0,70). Aucune classification n’a montré de meilleures performances pour l’ensemble des cancers les plus fréquents. CONCLUSIONS : Nous avons montré l’utilité de l’EGA notamment de certains paramètres pour identifier parmi les patients âgés atteints de cancer, ceux qui sont « fragiles ». Des études sont nécessaires pour évaluer l’impact de l’EGA sur la morbi-mortalité et la qualité de vie de ces patients. / INTRODUCTION: The majority of cancers are diagnosed in the elderly. This population is heterogeneous due to the prevalence of comorbidities, disability and geriatric syndromes that contribute to frailty. These elements make the decision complex as well as the choice of the optimal therapeutic strategy. Geriatric assessment (GA) is recommended to assess frailty in older patients with cancer. The aim of this thesis was to identify among patients aged ≥70 years who had solid or hematologic malignancies, those with a higher risk of morbidity and mortality, to limit aggressive treatments, and improve their management. Specific objectives were : 1/ to identify both cancer-related factors and CGA findings associated with 1-year mortality, 2/ to identify health profiles based and validate these profiles on morbimortality, and 3/ to compare agreement among four frailty classifications based on GA findings and to compare their performance in predicting 1-year overall mortality and 6-month unscheduled admissions.METHODS: These various works were carried out from the prospective ELCAPA (ELderly CAncer PAtient) cohort study that includes consecutive patients aged 70 years or older who had newly diagnosed solid or hematologic malignancies and were referred to two geriatric oncology clinics in teaching hospitals in the Paris urban area, France. Between 2007 and 2012, 1021 patients were included. The primary outcomes included 1-year overall mortality, 6-month unscheduled hospitalizations, and the final planned treatment decision (curative, palliative). We assessed factors associated with 1-year overall mortality among 993 patients using Cox models. Then, we performed a complete-cases latent class analysis (LCA, n=821) with the following sensitive analyses: among patients with missing data (n=1 021), according to metastatic status, and then validating our typology in a different patient sample of the ELCAPA cohort (n=375). Finally, the last study included 763 patients with complete data for the 4 studied classifications using Cox models (mortality) and logistic regression models (hospitalizations).RESULTS: Mean age was 80.2 years, 51.2% were male, 21.4% had a colorectal cancer and 45% a metastatic disease. A higher number of severe comorbidities (P<0.05), malnutrition (P<0.001), age >80 years (P<0.05), tumor site and metastatic status (P<0.001) were associated with death independently from impaired ECOG-PS (P<0.001), ADL (P<0.001), and GUG (P<0.001). LCA displayed 4 health profiles: those relatively healthy [LC1, 28.3%], malnourished [LC2, 35.8%], with cognitive and/or mood impairments [LC3, 15.1%], and gloablly impaired [LC4, 20 8%]. In adjusted pairwise comparisons, compared to LC1, the three other LCs were associated with higher risks of palliative treatment, death, and unplanned admission. LC4 was associated with 1-year mortality and palliative treatment compared to LC2 and LC3. For unplanned admissions, no differences were demonstrated across these three LCs. Patient distribution differed significantly across the four classifications, i.e., Latent class Typology, Balducci, SIOG1 and SIOG2 (P<0.001). Agreement between these four classifications was globally poor to moderate. For mortality, discrimination was good for the 4 models (C-index ≥0.70) with slightly better performance for SIOG 1-model. For hospitalizations, performance was good and close between the four models (C-index ≥0.70). None of the four classifications performed best for all the three tumor sites.CONCLUSIONS: We showed the usefulness of GA and especially some GA-parameters to identify among older patients, those who are frail. Intervention studies are needed to assess the impact of GA on morbi-mortality and quality of life of those patients.

Près des deux tiers des patients vivant avec le VIH habitent en Afrique sub-saharienne. Dans ces pays à ressources limitées, la question du niveau optimal de CD4 pour débuter le traitement antirétroviral (ARV) est un enjeu majeur de santé publique. Nous avons étudié la reconstitution immunitaire à long terme sous ARV et son association avec la survie dans quatre projets de prise en charge du VIH soutenus par Médecins Sans Frontières (MSF) en Afrique sub-Saharienne entre 2001 et 2010. Nous avons utilisé des modèles mixtes pour prendre en compte les mesures de CD4 répétées aussi bien dans la modélisation de la réponse immunitaire que dans l'analyse de survie. Dans la première partie modélisant la reconstitution immunitaire, nous avons montré que les femmes ont une meilleure reconstitution immunitaire que les hommes et que la capacité de reconstitution immunitaire est la même quel que soit le taux de CD4 au démarrage des ARV. La deuxième étude a mis en évidence que la survie était améliorée sous ARV chez les patients atteignant un taux de CD4 courant supérieur à 500 cellules/μL par rapport à ceux qui ont un taux de CD4 entre 350 et 499 cellules/μL. Le sexe, l'âge et l'observance ont aussi été identifiés comme prédicteurs indépendants de mortalité après neuf mois sous ARV. En conclusion, nous montrons que les femmes ont une meilleure reconstitution immunitaire et atteignent plus vite un taux de CD4 de 500 cellules/μL qui est associé à une meilleure survie. Ce travail suggère qu'un démarrage plus précoce des ARV, avant que le taux de CD4 ne tombe en dessous de 500 cellules/μl, pourrait améliorer la survie et confirme le besoin d'essais cliniques évaluant les bénéfices individuels d'une telle stratégie / Almost two third of individuals living with HIV are in sub-Saharan Africa. In these resource limited countries, the optimal CD4 cell count level to initiate antiretroviral treatment (ART) is still debated. We studied long term immune reconstitution on ART and its association with survival in four HIV programs supported by Médecins Sans Frontières in sub-Saharan Africa between 2001 and 2010. We used mixed models to account for repeated CD4 measurements in the modelling of the immune reconstitution and the survival analysis. In the first part modelling immune response to ART, we showed that women achieved a better immune reconstitution compared to men and that the immune reconstitution capacity is the same for each level of CD4 at ART initiation. The second study showed that survival is improved for patient with an updated CD4 above 500 cells/μL compared to those with CD4 levels between 350-499 cells/μL. Furthermore, gender, age and adherence are independently associated with mortality. As a conclusion, women have a better immune reconstitution and achieved quicker

Introduction : Selon la publication conjointe par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et la Banque Mondiale du rapport mondial sur la prévention des traumatismes chaque année les accidents de la route sont responsables de plus de 1,2 million de morts dans le monde. 90% de ces décès surviennent dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Les accidents de la route concernent toutes les tranches d’âge, mais touchent plus particulièrement les jeunes actifs. La lutte contre ce fléau se heurte à la qualité des données sur les accidents de la route recueillies et rapportées, par le défaut de performance ou d’efficacité des outils de collecte des données existants et la non-représentativité des populations d’étude. Face à l’augmentation grandissante des accidents de la circulation dans les pays en développement et particulièrement dans notre pays, le Mali, et l’absence notoire d’un système de collecte de données fiable et extrapolable à la population générale, nous avons mis en en place un projet de recherche. Objectif : Etait de caractériser les accidents corporels de la route enregistrés dans les structures de santé et dans tous les commissariats de police du District de Bamako afin de proposer un système d’information efficace et durable permettant de doter le Mali d’un système de surveillance opérationnel et pertinent, à même d’aider à la prise de décision et aux actions opérationnelles de prévention et de prise en charge des accidents de la route favorisant ainsi la création d’un observatoire national de la sécurité routière basé sur la remontée et le codage des procès-verbaux. Méthode : A partir d’un appariement des données accidentelles corporelles de la route des structures de santé et de la police. Nous avons procédé à une estimation du nombre d’accidents par la méthode de capture-recapture sur une période de quatre mois (de Janvier à Avril) et assuré une surveillance épidémiologique sur 12 mois (de janvier à Décembre 2012) ne portant que sur les données collectées à la police. Résultats : L’estimation globale des accidentés a été nettement supérieur au dénombrement des 2 sources soit 8518 (8047-8990) victimes, contre 1432 pour la police et 3586 pour la santé. Nous pouvons conclure que la capture-recapture est une méthode sensible d’estimation de l’exhaustivité du nombre d’accidents de la route applicable dans les pays à revenu faible. Par contre avec la mortalité, cette sous-estimation diminue soit 99 versus 57 pour la police et 54 pour la santé. L’étude de la surveillance des AVP de Janvier à décembre 2012 a enregistré 2512 accidents avec 3905 victimes dont 407 blessés graves et 142 tués, impliquant 4434 véhicules. L’analyse des facteurs prédictifs de la gravité a révélé une vulnérabilité des moins de 15 ans OR=1,10(1,05-1,15) et des 60 ans et plus OR=1,15(1,06-1,25). Parmi les causes des accidents, l’imprudence du piéton a été le facteur le plus associé à la gravité des AVP OR=1,22 (1,06-1,40). Le défaut de lumière a été significativement associé à la gravité des accidents de la route à Bamako OR=1,05 (1,02-1,09). L’analyse des facteurs prédictifs de la létalité a élucidé un risque de mourir plus élevé chez les 60 ans et plus OR=1,06 (1,01-1,12). Les ménagères auraient un risque plus faible de décès que les autres couches socio professionnelles OR=0,97 (0,96-0,99). Parmi les causes des accidents de la route, l’imprudence du piéton a été le facteur le plus associé au risque de décès 1,11 (1,02-1,23) Les conditions climatiques surtout la saison des pluies et la saison froide ont été les périodes assez mortelles des accidentés de la route OR=1,08 (1,03-1,13). Conclusion : nous pouvons dire que cette étude a permis d'élucider les facteurs humains significativement associés à la gravité et la létalité des accidents de la route, mais aussi mis en évidence la nette sous-estimation du nombre des victimes de la route par la méthode de capture-recapture ayant comparé deux sources de données (police et hôpital). / Introduction: According to the joint publication by the World Health Organization (WHO) and the World Bankof the world report on the prevention of the traumas every year the road accidents are responsible for more than1.2 million deaths. 90 % of these deaths arise in low-income countries or intermediary. The fight against thisplague is impeded by the quality of the data which were collected and reported concerning road accidents, by thelack of performance and efficiency of the existing tools of data collection and the non-representativeness of thepopulations of study. In the face of the growing increase of the traffic accidents in developing countries andparticularly in our country, Mali, and the serious lack of a reliable and extrapolable data collection system in thegeneral population, we put in position a research project.Objective: It is to characterize the personal accidents of the road recorded in the structures of health and in allthe police stations of the District of Bamako in order to propose an effective and sustainable information systemallowing to endow Mali of an operational and relevant monitoring system which is able to help in the decisionmakingand in the operational actions of prevention and coverage of the road accidents thus, favoring thecreation of a national monitoring observatory of the road safety based on the rise and the coding of reports.Methods: we proceeded to an estimation of the number of accidents by the method of capture - recapture over aperiod of four months (from January to April, 2012) from a matching of the physical accidental data of the roadof the structures of health and the police. We also led an epidemiological surveillance over 12 months (fromJanuary to April 2012) concerning only the data collected in the police services.Results: The global estimation of the accident victims was absolutely upper to the enumeration of 2 sources thatis 8518 (8047-8990) victims, against 1432 for the police and 3586 for the health services. We can conclude thatthe capture - recapture is a sensitive method of estimation of the exhaustiveness of the applicable number of roadaccidents in low-income countries. On the other hand with the mortality, this underestimate decreases 99 versus57 for the police and 54 for the health services. The study of the surveillance of the RTA from January toDecember, 2012 recorded 2512 accidents with 3905 victims, among whom 407 badly wounded persons and 142persons killed, involving 4434 vehicles.The analysis of the predictive factors of the gravity revealed a vulnerability of individuals who were under 15OR=1.10 (1.05-1.15) and those who were 60 years old or above OR=1.15 (1.06-1.25).Among the causes of the accidents, the carelessness of the pedestrian was the factor the most associated with thegravity of the RTA OR=1.22 (1.06-1.40). The defect of light was associated significantly with the gravity of theroad accidents in Bamako OR=1.05 (1.02-1.09).The analysis of the predictive factors of the lethality showed arisk of dying higher with those were 60 years old and above OR=1.06 (1.01-1.12). The housewives had a lowerrisk of death more important than the other socio-professional classes OR=0.97 (0.96-0.99). Among the causesof the road accidents, the carelessness of the pedestrian was the factor the most associated with the risk of death1.11 (1.02-1.23). Weather conditions especially the rainy season and the cold season were the most lethal periodsof the road accident victims OR=1.08 (1.03-1.13).Conclusion: we can say that this study allowed to clarify human factors significantly associated to the gravityand the lethality of the road accidents, but it has also highlighted the important under estimation of the number ofthe victims of the road by the capture-recapture method which has compared two springs of data (police andhospital)

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En Amérique du Nord, la coupe de jardinage a été implantée en réponse à plusieurs décennies de mauvaises pratiques forestières ayant laissé de grandes superficies de peuplements feuillus dégradés et de faible vigueur. Or, l’application de la coupe de jardinage dans un contexte industriel a produit des résultats variés et parfois peu convaincants sur sa capacité à améliorer la vigueur générale des peuplements et à fournir un rendement soutenu en bois de haute valeur. L’objectif général de ce projet de recherche était d’améliorer les prévisions de la croissance et de la mortalité des arbres feuillus à partir d’une meilleure évaluation de leur potentiel de croissance sur pied et de leur sensibilité aux conditions climatiques. Nos résultats ont d’abord montré un effet marginal du taux de dégagement induit par la coupe de jardinage sur la croissance et le taux de survie des arbres résiduels. Ce résultat s’explique en partie par une concentration de la récolte des arbres à l’intérieur et aux abords des sentiers de débardage, laissant ainsi de larges zones non traitées dans les peuplements résiduels. Dans les années suivant l’application du traitement, uniquement 24 % des arbres ont connu une hausse de croissance significative, un pourcentage de réaction de croissance légèrement inférieur à celui induit par les perturbations naturelles au cours des décennies précédentes. Nos analyses ont également montré qu’une réduction marquée de la croissance sur plusieurs décennies précédait 88 % des événements de mortalité post-récolte, et que les prévisions de ces événements pouvaient être significativement améliorées en considérant les tendances de croissance 25 ans avant la coupe. De plus, la présence de défauts affectant la vigueur des arbres au moment de la coupe était positivement reliée à la probabilité de mortalité et négativement reliée à la probabilité d’avoir une hausse de croissance après la coupe. Par ailleurs, nos analyses ont montré qu’une évaluation visuelle de la densité du houppier est l’indicateur le plus efficace pour estimer la vigueur et le potentiel de croissance sur pied de l’érable à sucre. Finalement, nos analyses des relations entre la croissance et les conditions climatiques ont montré un lien fort entre l’occurrence des stress climatiques ponctuels et une diminution de la croissance de l’érable à sucre. Les épisodes de gel-dégel de forte intensité ont été particulièrement dommageables en provoquant des baisses abruptes de la croissance dans les deux régions étudiées. À l’inverse, les analyses provenant des tendances climatiques mensuelles ont indiqué une relation faible et instable dans le temps avec la croissance. Nos résultats indiquent que l’effet synergique d’une accumulation de plusieurs stress climatiques et d’épidémies d’insectes défoliateurs au début des années 1980 a induit un changement important dans la dynamique de croissance de l’érable à sucre et sa réponse aux conditions climatiques mensuelles.

Les maladies neuromusculaires regroupent des pathologies engendrant un dysfonctionnement de l'unité motrice, d'évolution et de gravité hétérogène. Leur point commun est l'apparition d'une diminution de la force musculaire, notamment des muscles respiratoires conditionnant le pronostic vital. La survenue d'une insuffisance respiratoire est en général progressive et insidieuse. Son diagnostic repose sur des examens cliniques et para-cliniques. Pour la plupart de ces pathologies, il n’existe aucun traitement curatif. Seule la ventilation mécanique associée à une prise en charge cardiaque adaptée permet, pour certaines pathologies, une survie prolongée avec une qualité de vie satisfaisante. Son indication au long cours peut se poser de différentes manières : soit au décours d'une décompensation respiratoire aiguë révélatrice de la maladie ou survenant en l'absence de suivi, soit de façon programmée (le cas le plus fréquent) dans le cadre d’un suivi pluridisciplinaire. Les critères d'indication retenus sont l’existence d’au moins un signe clinique évoquant une atteinte respiratoire, associée à une PaCO2 > 45 mmgH ou à une CV < 50% ou à une désaturation nocturne. Toutefois ces indications sont à nuancer en fonction de la pathologie et de la clinique. D’autre part, il existe également très peu d'études ayant pu démontrer l'efficacité de la ventilation sur la survie, ceci est dû à la rareté de ces pathologies et de la durée nécessaire des études. En outre, l'utilisation de la trachéotomie comme technique de ventilation reste discutée. Les objectifs de ce travail sont : dans un premier temps, de décrire l'évolution de la prise en charge respiratoire chez les patients atteints d'une maladie neuromusculaire et d'identifier les facteurs prédictifs de mise sous ventilation invasive. Ensuite d'analyser les facteurs influençant l’observance de la ventilation non invasive et de mesurer l’impact de celle-ci sur la survie des patients atteints d'une dystrophie myotonique de type 1. Enfin, d'analyser l'impact de la ventilation mécanique invasive lorsque la ventilation non invasive est inefficace sur la survie des patients atteints d'une myopathie de Duchenne de Boulogne. / Neuromuscular diseases include pathologies causing a malfunction of a motor unit with an evolution and gravity heterogeneous. Their common point is the appearance of a decrease in muscle strength, especially respiratory muscles conditioned the vital prognosis. Generally, the occurrence of respiratory failure is progressive and insidious. Its diagnosis is based on clinical and para- clinical exams. For all of these diseases, there is no cureOnly mechanical ventilation coupled with a cardiac treatment allows certain conditions for prolonged survival with a satisfactory quality of life. Its long-term indication can be indicated in different ways: either as a result of acute respiratory decompensation (revealing the disease or due at absence of follow-up) or programmed during of multidisciplinary monitoring (the most frequent case). The consensual indication criteria used are the existence of a clinical sign suggestive of respiratory impairment associated with a PaCO2> 45 mmgH or a CV <50% or a nocturnal desaturation. However, these indications must be classified according to the pathology and the clinic. On the other hand, there are also very few studies which have demonstrated the effectiveness of ventilation on survival, this is due to the rarity of these pathologies and to the necessary duration of the studies. In addition, the use of tracheotomy as a ventilation technique remains controversial. The objectives of this work were: in first part, analyzed the evolution of respiratory management in patients with neuromuscular disease and the identification of predictive factors for invasive ventilation. We then analyzed the factors influencing the respect of noninvasive ventilation and the impact of the master on the survival of myotonic mystery patients 1. Finally, we analyzed of the impact of invasive ventilation on the survival of patients with Duchenne de Boulogne myopathie. when noninvasive ventilation was ineffective.

Malgré l’amélioration des techniques de procréation médicalement assistée (PMA), les données recensées depuis 40 ans montrent un faible taux de gestation après transfert embryonnaire et une incidence élevée de certains syndromes périnataux. Parmi les causes de l’insuccès de la PMA, les conditions de culture de l’embryon sont sous-optimales pour le développement normal précoce, occasionnant différents stress qui affectent la qualité de l’embryon et sa compétence à produire une gestation. Afin de mieux comprendre l’impact de la PMA sur la qualité embryonnaire, des analyses de micro-puce ont montré des changements dans l’expression de plusieurs centaines de gènes chez les embryons produits par culture in vitro en comparaison à ceux produits in vivo. Cependant, les changements transcriptomiques spécifiquement associés à la baisse de qualité embryonnaire restent encore indéterminés. En hypothèse, nous supposons que l’étude des différences transcriptomiques résultant spécifiquement du stress de la culture permette de déterminer les profiles d’expression génique directement associés à la mauvaise qualité des embryons en culture. Dans ce contexte, nos objectifs consistaient à moduler le niveau de stress en culture afin d’affecter la survie embryonnaire, puis de comparer les gènes différentiellement exprimés entre embryons contrôles et embryons stressés (analyse par miro-puce et RT-qPCR). Pour ce faire, l’exposition à un stress énergétique, oxydatif ou lipidique a été utilisée séparément pour départager les différents effets de la culture sur le développement de l’embryon bovin. Les résultats de ce projet ont mis en évidence l’impact progressif du stress énergétique en culture sur le métabolisme de l’effet Warburg, un processus développemental permettant une adaptation pathologique aux dysfonctions mitochondriales. Par la suite, l’impact du stress oxydatif a révélé des réactions inflammatoires et fibrotiques en association à la baisse de qualité embryonnaire. Enfin, l’impact du sérum et des lipides s’est traduit par un profil indiquant des perturbations inflammatoires et métaboliques, complétant notre étude des mécanismes impliqués dans la réponse au stress de la culture. En conclusion, ce projet a permis de caractériser des bio-marqueurs récurrents du stress embryonnaire chez le bovin, ouvrant à des perspectives du diagnostique de la viabilité embryonnaire et du développement d’alternatives pour mieux cultiver les embryons précoces. / For 40 years, assisted reproductive technologies have given life to millions of offspring (human and others mammals), however numerous studies have reported lower gestational survival after embryo transfer and higher risk of perinatal syndromes. One reason for ART disappointment is the lower quality of produced embryos as a result of suboptimal condition of in vitro culture (IVC). In vitro environment induces stresses that affect viability and then gestational competence. To better understand the impact of ART on embryo quality in the bovine, transcriptomic analyses have detected differential expression in hundreds of genes in IVC embryos compared to theirs in vivo counterparts. However, how the differentially expressed genes translate into developmentally compromised embryos is unresolved. Here, we hypothesized that analyzing the gene expression specifically associated to increased stress conditions of in vitro culture could identify the transcriptomic signature associated with the compromised quality of ART-derived embryos. Therefore, our strategy used microarray technology to characterize transcriptomic markers expressed by bovine blastocysts cultured in conditions which are known to impair embryo development. Separate exposure to high glucose stress, oxidative stress and high lipid stress conditions were used to exaggerate the IVC impact on embryo viability in the bovine model. Results highlighted the progressive impact of energetic stress on the Warburg metabolism, a developmental process that allows pathological adaptation to mitochondrial dysfunction. In addition, the analysis of embryonic response to oxidative stress showed the implication of inflammatory and fibrosis-like reaction to pro-oxidant exposure, and the association with embryonic quality. Finally, our last study showed the impact of serum and lipids on both metabolic and inflammatory response, complementing the identification of the developmental mechanisms underlying the stress response to sub-optimal IVC conditions. To conclude, we have characterized biomarkers of embryonic stress in the bovine, offering perspectives in the diagnostic of embryonic viability and the development of alternatives to ameliorate the culture conditions for early embryos.

Ce projet visait à déterminer comment les réponses fonctionnelles dans la sélection de l’habitat influencent la survie des caribous forestiers adultes (Rangifer tarandus). Une réponse fonctionnelle apparaît lorsque la sélection pour un milieu varie en fonction de sa disponibilité ou celle d’un autre milieu. La sélection de l’habitat a été modélisée pour 83 caribous, dont 20 qui sont morts durant le suivi. Une forte probabilité de présence à proximité des coupes était associée à un fort risque de mortalité, particulièrement si cette probabilité augmentait fortement avec l’abondance des coupes. Aussi, tous les caribous, qu’ils soient morts ou qu’ils aient survécus, évitaient les peuplements mixtes, et cet évitement était particulièrement fort pour les individus dont le domaine vital incluait une forte proportion de coupes. Ainsi, les réponses fonctionnelles ne mettent pas nécessairement en évidence des comportements adaptatifs et peuvent refléter des décisions compromettant la survie. / The goal of this study was to determine the link between functional responses in habitat selection and adult survival in forest-dwelling woodland caribou (Rangifer tarandus). A functional response occurs when the selection for a cover type varies as a function of its availability or the availability of another cover type. Habitat selection was modeled for 83 caribou, of which 20 died during the monitoring period. A strong probability of occurrence in proximity to cutovers was associated with a high mortality risk, especially if the probability increased with the abundance of cuts. In addition, caribou avoided mixed stands, and this avoidance was especially strong for individuals with a high proportion of cuts in their home range. This behaviour was similar for caribou that died and those that survived the monitoring period. Thus, functional responses are not necessarily adaptive behaviours and may reflect decisions compromising survival.