Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fabio Porto Foresti / Banca: Rafael Vilhena Reis Neto / Resumo: O Tambaqui (Colossoma macropomum), natural das bacias do rio Amazonas e do rio Orinoco, possui características favoráveis ao sistema de cultivo e boa aceitação de mercado. Contudo, há poucos estudos genéticos realizados com esta espécie, especialmente de melhoramento genético. Para a construção de um mapa genético desta espécie, é necessário o desenvolvimento de um elevado número de marcadores moleculares. Desta forma, este estudo teve como objetivo caracterizar microssatélites gene-associados e neutros (não gênicos), obtidos por Next Generation Sequencing (RNA-seq e Whole Genome Shotgun - WGS, respectivamente), para serem disponibilizados em estudos de associação com QTLs (Quantitative Trait Loci) e construção de um mapa genético. De modo geral, a avaliação de 200 marcadores (100 de cada conjunto) resultou em 45 loci polimórficos. Do conjunto de marcadores RNA-seq, as heterozigosidades observada e esperada (HO e HE) variaram de 0,09 a 0,73, e 0,09 a 0,85, respectivamente. Do conjunto WGS, HO e HE variaram de 0,33 a 0,95, e 0,28 a 0,92, respectivamente. Posteriormente, alguns microssatélites foram testados em três famílias de C. macropomum para buscar associações com características de resistência à bactéria e crescimento. Para o estudo de resistência, três famílias (n = 120), foram submetidas ao desafio bacteriano com Aeromonas hydrophila. Os dados do desafio apresentaram diferenças significativas nos tempos de morte e taxa de mortalidade entre as famílias. O crescimento foi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Tambaqui (Colossoma macropomum), is a fish species of the Amazon and Orinoco rivers, with favorable traits to the production system and market acceptance. However, there are few genetic studies with this species, especially genetic improvement. For the construction of a genetic map of this species, the development of a high number of molecular markers is necessary. Thus, this study aimed to characterize gene-associated and neutral (non-gene) microsatellites obtained by Next Generation Sequencing (RNA-seq and Whole Genome Shotgun - WGS, respectively), to be available in association studies with Quantitative Trait Loci (QTLs) and construction of a genetic map. Overall, the evaluation of 200 markers (100 of each set) resulted in 45 polymorphic loci. In the RNA-seq data, the observed and expected heterozygosity (Ho and He) ranged from 0.09 to 0.73, and 0.09 to 0.85, respectively. In the WGS data, Ho and He ranged from 0.33 to 0.95, and 0.28 to 0.92, respectively. Subsequently, some microsatellites were tested in three families of C. macropomum to seek associations with bacterial resistance and growth characteristics. For the resistance study, three families (n = 120) were submitted to the bacterial challenge with Aeromonas hydrophila. The challenge data presented significant differences in time of death and mortality rate among the families. Growth was evaluated by morphometric measures and weight, and all the characteristics were significantly correlated (p < 0.01). Microsatelli... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Maricy Apparício Ferreira / Banca: Wagner Luis Ferreira / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Resumo: Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Functional variant (FV) is a DNA sequence polymorphism that has effects on the function or even the level of expression of one or more genes. FVs are frequent targets of negative or positive selection in a population due to its high probability of interfering in cell, tissue or system phenotypes. Some FVs may even cause partial or total loss of gene function, in which case they are called loss-of-function variants (LoFVs). Domestic dogs (Canis lupus familiaris) have low genetic variability resulting from intense human-driven artificial selection for extreme phenotypes of morphological and behavioral traits. High levels of inbreeding in canine populations favor the intensification of genetic drift and, consequently, an increase in the prevalence of FVs and LoFVs that would be maintained at low frequencies if these populations presented higher genetic variability. Thus, the domestic dog is a valuable model for studying physiological processes and human genetic diseases. The recent emergence of tools for genomic analysis has assisted in the identification of FVs and LoFVs of zootechnical and biomedical interest in dogs. These variants can be mapped through two distinct but complementary genomic scanning strategies. The first, known as Genome-Wide Association Study (GWAS), involves testing of phenotype-genotype associations. The second consists in the search for allelic combinations, called haplotypes, that occur in high frequency, but that present deficiency of homozygosity. In ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro / Coorientador: Flávia Maria de Souza Carvalho / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Banca: Michael dos Santos Brito / Resumo: No Brasil, a cultura da cana-de-açúcar tem se expandido para regiões com prolongados períodos de deficiência hídrica, o que vem limitando a produção sucroenergética. Neste estudo, os perfis de expressão gênica de duas cultivares de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), uma tolerante e outra sensível ao estresse hídrico, foram avaliados através da tecnologia de RNA-Seq. A montagem de novo do transcriptoma de folhas foi realizada visando identificar e analisar os genes diferencialmente expressos entre as cultivares, envolvidos com a resposta molecular durante períodos de estresse hídrico. Para isso, as duas cultivares foram plantadas em casa de vegetação e aos 60 dias após o plantio foram submetidas a três controlados potenciais hídricos do solo (controle, déficit hídrico moderado e déficit hídrico severo) e avaliadas aos 30, 60 e 90 dias após a aplicação dos tratamentos. A partir do método RNA-Seq, foram geradas mais de um bilhão de sequências, as quais permitiram obter um total de 177.509 e 185.153 sequências de transcritos, para as cultivares tolerante e sensível, respectivamente. O conjunto de transcritos expressos foram montados com o auxílio do programa Trinity. Estes transcritos foram alinhados com sequências de Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana bem como sequências de cana-de-açúcar disponíveis em bancos públicos. Esta análise permitiu identificar o conjunto de genes de cana-de-açúcar compartilhados com outras espécies, bem como levou à identificação de novos transcritos ainda não catalogados. Os transcritos foram anotados e categorizados através dos termos do Gene Ontology (GO) em três categorias: componente celular, função molecular e processos biológicos para as duas cultivares. Os termos "regulador de enzima" e "regulador de transcrição" que se encontram dentro da categoria função molecular estão em evidência dentro dos termos associados aos... / Abstract: In Brazil, the sugarcane culture has expanded to areas with prolonged drought seasons, which is constraining sugarcane production. In this study, the gene expression profiles of two sugarcane cultivars (Saccharum spp.), one tolerant and other sensitive to water stress, were assessed by the RNA-Seq technology. The de novo assembly of leaves transcriptome was held aiming to identify and to analyze differentially expressed genes between the cultivars involved with molecular response during water stress periods. In order to accomplish this, the two cultivars were planted in a greenhouse and 60 days after planting them, they were submitted to three potential controlled water soil (control, moderate drought and severe water deficit) and evaluated at 30, 60 and 90 days after treatments application. Using the RNA-Seq method were generated over a billion sequences, which allowed to obtain a total of 177,509 and 185,153 transcripts sequences for the tolerant and sensitive cultivars, respectively. The set of expressed transcripts were assembled using the Trinity program. These transcripts were aligned with Sorghum bicolor, Miscanthus giganteus, Arabidopsis thaliana sequences and sugarcane sequences available in public databases. This analysis allowed the identification of the set of sugarcane genes shared with other species, as well as led to the identification of novel transcripts not cataloged yet. The transcripts were annotated and categorized by the terms of the Gene Ontology (GO) into three categories: cellular component, molecular function and biological process for the two cultivars. The terms "enzyme regulator" and "transcription regulator" that lie within the molecular function category are highlighted within the terms associated with the differentially expressed genes between the contrasting cultivars, suggesting the importance of gene regulation for the studied cultivars. This study found different molecular patterns of the involved ... / Mestre

Em um cenário em que a qualidade da informação é essencial para a sustentação do processo de gestão do sistema ou do processo de seleção animal, corretas atribuições de paternidade se tornam importante para a manutenção das informações de pedigree e, consequentemente, para a estimativa dos valores genéticos dos animais em programas de seleção. Com o advento do uso de marcadores moleculares do tipo SNP na seleção genômica e em diferentes painéis de teste de parentesco, maiores estudos se fazem cada vez mais necessários. Dessa maneira esse estudo buscou analisar os ganhos em acurácia dos valores genéticos para características produtivas em um cenário de seleção real entre avaliações genéticas que continham ou não animais com atribuições de paternidade por teste de DNA e além disso, verificar os possíveis conflitos de seleção entre elas. Como resultados foram encontrados ganhos em acurácia principalmente em animais mais jovens, mas de maneira geral todos os animais foram beneficiados e apresentaram ganhos acima de 8% os animais diretamente submetidos ao teste. Conflitos de seleção variaram entre 14 a 52% quando considerada somatória das diferenças de seleção nas duas avaliações genéticas, mostrando também, que existiu uma alteração na ordem de classificação dos animais nas características analisadas. Como o fator custo é um ponto importante quando se fala em avaliação genética e tudo que envolve a nova fase dos marcadores moleculares, um painel de paternidade eficiente é aquele que apresenta o melhor desempenho na determinação da paternidade sob um menor custo. Dessa forma, foram comparados alguns grupos de marcadores e o painel de 195 SNP proposto pelo grupo ISAG se mostrou eficiente, assim como outros, na determinação de paternidade em um grupo especifico de animais. Os resultados deste trabalho indicam também que o teste de parentesco por DNA é uma ferramenta que pode aumentar a precisão do arquivo pedigree por aumentar a conexão dos animais, ou seja, por criar maiores ou mais laços genéticos entre os indivíduos. Assim, poder-se-ia melhorar o desempenho da avaliação genética em um programa de melhoramento genético bovino através de pequenos grupos de marcadores moleculares com um custo-benefício atrativo. / In a scenario where information quality is essential to support a process management system or an animal selection process, correct paternity assignments become important for maintaining pedigree information and hence to estimate animals genetic values in breeding programs. With the advent of the use of SNP molecular markers in genomic selection and different kinship test panels, larger studies are increasingly necessary. Thus, this study investigated the gains in accuracy of breeding values for production traits (in a real selection scenario) between the genetic evaluations of animals with or without parenting assignment by DNA testing. It also verified possible selection conflicts between them. The following results showed gains in accuracy, especially in younger animals. However, in general, all animals benefited having gains greater than 8% where animals were directly impacted. Checking conflicts ranged from 14-52% when the sum of the differences of selection in both genetic evaluations was considered. This also showed that there was a change in the ranking of animals in the analyzed characteristics. As cost is also an important factor in genetic evaluations using new molecular markers, an effective parenting panel would be one that had the best performance in the paternity determination under a lower cost. Therefore, we compared some small marker groups and the 195 SNP panel proposed by ISAG group and determined this was efficient in estimating paternity on a specific group of animals. These results also suggest that kinship testing by DNA is a tool that can increase the accuracy of the pedigree file to increase the animals\' connection, or to create larger or more genetic links between individuals. This study shows that testing with small groups of molecular markers improves the performance of genetic evaluation in a bovine genetic selection program with an attractive cost-benefit.

A parede celular de plantas é formada basicamente por celulose, hemicelulose e lignina. A formação dos polímeros de hemicelulose depende do suprimento de precursores chamados de açúcares-nucleotídeos. A biossíntese das diferentes estruturas de hemicelulose da parede celular envolve a participação de enzimas pertencentes às famílias das glicosiltransferases (GTs). Estudos feitos em Arabidopsis thaliana, Brachypodium distachyon, Oryza sativa (arroz) e Zea mays (milho) auxiliaram na descoberta de 11 enzimas da via de interconversão nucleotídeo-açúcar e de enzimas da família das glicosiltransferases (GTs), como as GT2, GT8, GT43, GT47, GT61 e GT75, envolvidas na biossíntese de hemicelulose. O presente trabalho visa a identificação de genes da via de biossíntese de hemicelulose da parede celular de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) e análise filogenética entre Arabidopsis thaliana (planta modelo de eudicotiledôneas), Oryza sativa, Brachypodium distachyon, Zea mays, Sorghum bicolor e Saccharum spp. Foram identificados os genes das famílias GT2, GT8, GT43, GT47, GT61, GT75, CSL, Epimerase e UDPG em cana-de-açúcar a partir da busca em sete bibliotecas de RNA-Seq utilizando as sequências de O. sativa, Z. mays e S. bicolor como referência. Os domínios específicos de cada família gênica foram confirmados através do programa PFAM e consequentemente anotados. A identificação e anotação das sequencias possibilitou a construção de bancos de sequências das famílias envolvidas na biossíntese de hemicelulose para as espécies A. thaliana, B. distachyon, O. sativa, Z. mays e S. bicolor. Foram identificadas para cada espécie, respectivamente, um total de 67, 49, 49, 60 e 56 genes bona fides. O presente trabalho, além da identificação de genes nas diferentes espécies, permitiu a identificação e seleção de 27 genes candidatos envolvidos na biossíntese de hemicelulose em cana-de-açúcar e possivelmente envolvidos na recalcitrância da parede celular nas diferentes bibliotecas de RNA-Seq de cana-de-açúcar. / The plant cell wall is mainly composed of cellulose, hemicellulose and lignin. The formation of hemicellulose polymers lies on the supply of the so-called sugar-nucleotide precursors. The diverse hemicellulose structures biosynthesis of cell wall involves the participation of enzymes belonging to the families of glycosyltransferases (GTs). Studies in Arabidopsis thaliana, Brachypodium distachyon, Oryza sativa (rice) and Zea mays (corn) aid the discovery of 11 enzymes of the nucleotide sugar interconversion pathway and enzymes of the GT family, as GT2, GT8, GT43, GT47, GT61 e GT75, involved in the hemicelluloses biosynthesis. This study aims to the identification of hemicellulose biosynthesis pathway genes from the cell wall of sugarcane (Saccharum spp.) and phylogenetic analysis of Arabidopsis thaliana (eudicotyledonous plant model), Oryza sativa, Brachypodium distachyon, Zea mays, Sorghum bicolor and Saccharum spp. The genes of the GT2, GT8, GT 43, GT47, GT61, GT75, CSL, epimerase and UDPG families were identified in sugarcane from a search in seven RNA-Seq libraries using the sequences of O. sativa, Z. mays and S. bicolor as reference. The specific domains of each gene family have been confirmed through the PFAM program and consequently noted. The identification and annotation of the sequences enabled the construction of sequences banks of the families involved in hemicellulose biosynthesis in the species A. thaliana, B. distachyon, O. sativa, Z. mays and S. bicolor. It was identified for each species, respectively, a total of 67, 49, 49, 60 and 56 bona fides genes. This work, in addition to the identification of genes in different species, allowed the identification and selection of 27 candidate genes involved in the biosynthesis of hemicelluloses in sugarcane and possibly involved in cell wall recalcitrance in the different sugarcane RNA-Seq libraries.

Introdução: Variações genéticas podem influenciar a relação entre ácidos graxos (AG) do plasma e concentração plasmática de biomarcadores inflamatórios. Objetivo: Verificar a associação entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) presentes nos genes da proteína C reativa (PCR), fator de necrose tumoral (TNF) e interleucina (IL)-10 e AG do plasma e seus efeitos sobre a concentração plasmática de biomarcadores inflamatórios em um estudo de base populacional ISACapital. Métodos: Foram coletadas informações sociodemográficas, de estilo de vida, de atividade física (IPAQ longo), hábito de fumar e beber, bem como amostras de sangue de 281 indivíduos (20 a 59 anos), oriundos de um estudo de base populacional (ISA-Capital). A partir do plasma, foram determinadas as concentrações de IL1, IL6, IL8, IL10, TNF, IL12p70, adiponectina, PCR, proteína quimiotática para macrófagos solúvel (sMCP)1, molécula de adesão intercelular solúvel (sICAM)1 e molécula de adesão celular vascular solúvel (sVCAM)1 por meio da técnica multiplex de imunoensaio e o perfil de ácidos graxos por cromatografia gasosa. O DNA genômico foi extraído e realizada a genotipagem dos SNP presentes no gene da PCR (rs1205, rs1417938, rs2808630), TNF (rs1799964, rs1799724, rs1800629 e rs361525) e IL10 (rs1800871, rs1800896 e rs1800872) pela ténica TaqMan Open Array. Foi realizada análise multivariada de cluster com base nos 11 biomarcadores inflamatórios, permitindo agrupar os indivíduos em grupo inflamado e cluster não inflamado. Resultados: Os indivíduos que possuíam os genótipos GA+AA do SNP -238 G>A (rs361525) do gene do TNF- apresentaram concentrações plasmáticas de TNF-, IL-1, IL-6, IL-10 e IL-12 aumentadas quando comparados com indivíduos homozigotos dominantes. Além disso, homozigotos recessivos do SNP e/i boundary C>T (rs1554286) do gene da IL-10 apresentaram maior concentração plasmática de IL-1 e de TNF- e menor de MCP-1 em relação aos indivíduos homozigotos dominantes. O grupo inflamado apresentou idade, circunferência da cintura, pressão arterial significantemente maiores que o grupo não inflamado. Em relação aos AG do plasma, o grupo inflamado apresentou concentração plasmática de AG palmítico (C16:0), razões AG saturados (SFA)/AG ômega-6 (n-6) e SFA/ AG poli-insaturados (PUFA) e atividade estimada da enzima estearoil CoA desaturase (SCD) aumentadas e concentrações plasmática de PUFA, n- 6 e AG araquidônico (AA) e atividade estimada da enzima delta-5-dessaturase (D5D) reduzidas em comparação com o grupo não inflamado. Interações SNP-AG plasmáticos estatisticamente significante foram detectadas entre o SNP +1919 A>T (rs1417938) do gene da PCR e C16:1n-7, SFA/n-6 e SFA/PUFA; entre o SNP +3872 G>A (rs1205) do gene da PCR e C16:1n-7; entre o SNP e/i boundary C>T (rs1554286) do gene da IL-10 e atividade estimada da enzima D6D; e entre o SNP -1082 A>G (rs1800896) do gene da IL-10 e C18:0, C14:0 e atividade estimada da enzima D5D. Conclusão: Os SNP analisados possuem associações com biomarcadores inflamatórios e os ácidos graxos plasmáticos palmítico, SFA/n-6, SFA/PUFA, SCD-18 foram associados positivamente com um padrão inflamatório, enquanto PUFA, n-6, ácido araquidônico e D5D foram negativamente associados. Dentre as interações encontradas, o AG palmitoleico e a razão SFA/PUFA interagiram com +1919 A>T (rs1417938), e os AG esteárico e mirístico e D5D com -1082 A>G.. / Introduction: Genetics variation can influence the relation between fatty acids (FA) and inflammatory biomarkers levels. Objective: To verify the association between Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) in adiponectin, C-Reactive Protein (CRP), Tumor Necrosis Factor (TNF)- and Interleukin (IL)-10 genes and plasma fatty acids and their effects to a systemic inflammatory pattern at a population-based study. Methods: Sociodemographics information, life style, physical activity (IPAQ long form), smoking and drinking habits, as well as blood samples of 281 individuals (20 years 59 years) participants of a population based study (ISA-Capital). Plasma IL1, IL6, IL8, IL10, TNF, IL12p70, adiponectin, CRP, soluble monocyte chemoattractant protein-1 (sMCP-1), soluble intercellular adhesion molecule-1 (sICAM-1) and soluble vascular cell adhesion molecule 1 (sVCAM-1) levels were measured using a multiplex immunoassay and the fatty acid profile was measured by gas chromatography. The DNA was extracted and genotyping of SNP in CPR gene (rs1205, rs1417938, rs2808630), TNF (rs1799964, rs1799724, rs1800629 e rs361525) and IL10 (rs1800871, rs1800896 e rs1800872) was analyzed by TaqMan Open Array. Multivariate cluster analysis was applied on 11 inflammatory biomarkers, allowing to group individuals in inflammatory (INF) or non-inflammatory (NINF) group. Results: Individuals with GA+AA genotypes of SNP -238 G>A (rs361525) of TNF- gene had higher levels of TNF-, IL-1, IL-6, IL-10 and IL-12 compared to GG genotype. Besides that, recessive homozygous of SNP e/i boundary C>T (rs1554286) of IL-10 gene presented higher level of IL-1 and TNF- and lower level of sMCP-1 in relation to dominant homozygous. The INF group had significantly higher age, waist circumference, blood pressure, and total cholesterol than NINF group. Concerning fatty acid profile, INF group had palmitic acid (C16:0), saturated fatty acid (SFA)/omega-6 (n-6) polyunsaturated fatty acid (PUFA) ratio, SFA/PUFA and estimated enzyme activity of stearoyl-CoA desaturase (SCD) levels higher and PUFA, n-6, arachidonic acid and estimated enzyme activity of delta-5 desaturase (D5D) levels lower than NINF group. Significantly interactions were found between of SNP +1919 A>T (rs1417938) of PCR and C16:1n-7, SFA/n-6 and SFA/PUFA; between SNP +3872 G>A (rs1205) of PCR gene and C16:1n-7; between SNP e/i boundary C>T (rs1554286) of IL-10 and estimated enzyme activity of delta-6 desaturase (D6D); and between SNP -1082 A>G (rs1800896) of IL-10 gene and C18:0, C14:0 and estimated D5D activity. Conclusion: The SNP analyzed have associations with inflammatory biomarkers, and plasma palmitic, SFA/n-6, SFA/PUFA, SCD- 18 were positively associated with inflammatory pattern, while PUFA, n-6, arachidonic acid and D5D were negatively associated. Interactions were founded with palmitoleic and SFA/PUFA with +1919.A>T (rs1417938), and stearic and myristic acids and D5D with 1082 A>G.

Adiponectina é um hormônio produzido e secretado em abundância pelo tecido adiposo, que regula o metabolismo melhorando a sensibilidade à insulina pela sua ação hepática e muscular. Diferentemente dos outros hormônios do tecido adiposo, seus níveis séricos diminuem à medida que aumenta a adiposidade e são inversamente correlacionados com a obesidade, resistência à insulina e síndrome metabólica. Variações no gene da adiponectina foram associadas a níveis de adiponectina, resistência à insulina e risco de diabetes. O objetivo deste estudo foi avaliar os níveis de adiponectina e as variantes no gene da adiponectina em crianças e adolescentes obesos e sem obesidade e correlacionar os achados às características antropométricas e metabólicas. Níveis de adiponectina sérica foram mais baixos em obesos e em indivíduos púberes. Em não obesos, os níveis de adiponectina a correlacionaram-se negativamente com a adiposidade, entretanto nos obesos, a resistência à insulina e o desenvolvimento puberal foram os fatores de diminuição dos níveis de adiponectina. Independentemente da adiposidade, da resistência à insulina e da puberdade, menores níveis de adiponectina (abaixo de 10g/mL) correlacionaram-se com maior risco de hipertrigliceridemia, baixo HDLC e síndrome metabólica. Na análise do gene da adiponectina foram identificados os SNPs -11391G>A (rs17300539), -11377C>G (rs822387) na região promotora, +45T>G (rs22411766) no exon 2, +349A>G (rs6773957) no intron 2, Y111H (rs17366743) e a mutação G90S no exon 3. O SNP-11391G>A estava em desequilíbrio de ligação de Hardy-Weinberg. As variantes Y111H e G90S estavam em forte desequilíbrio de ligação com SNP-11377C>G e G90S com SNP+45T>G. Foi observada associação do alelo G do SNP-11377 a maior adiposidade central e menores níveis séricos de glicose. Após construção dos haplótipos com os SNPs -11377C>G, +45T>G e +349A>G observou-se que a presença do alelo G do SNP-11377T>G associou-se a maior obesidade (GTA vs CTA) , enquanto que a presença dos alelos recessivos dos outros SNPs diminuiu essa associação (GTA vs GGG). Na presença do alelo G do SNP+349A>G (CTG vs CTA), foi observada maior freqüência de indivíduos hipertensos, entretanto a associação dos alelos recessivos dos SNPs -11377C>G e +45T>G (CTG vs GGG) diminuiu a freqüência de hipertensão. Os resultados do presente estudo demonstram que níveis de adiponectina diferem em crianças e adolescentes dependendo do grau de adiposidade e puberdade e que níveis mais baixos estão associados às alterações metabólicas de maior risco cardiovascular na obesidade. Variantes no gene da adiponectina podem estar em desequilíbrio de ligação com um SNP funcional ou um pool gênico responsável por maior risco de obesidade e desenvolvimento de alterações metabólicas relacionadas ao aumento da adiposidade / Adiponectin, present in high concentrations in blood circulation is produced in adipocytes. Adiponectin regulates insulin sensibility acting in liver and muscle. Plasma adiponectin decreases as adiposity increases and are inversely related to insulin resistance and metabolic syndrome. Variants in the adiponectin encoding gene have been associated with adiponectin levels, insulin resistance and type 2 diabetes. The aim of this study was to evaluate adiponectin levels, identify variants in the adiponectin gene and determine the relationship between adiponectin levels, genetic variances and anthropometric and metabolic features in obese and non-obese children and adolescents. We found lower adiponectin levels in obese and pubertal individuals. Adiponectin was inversely correlated to adiposity in non-obese. Instead, in obese youngsters, adiponectin levels were negatively associated to insulin resistance and pubertal state. Independent of adiposity, insulin resistance and pubertal stage, lower adiponectin levels (under 10g/mL) were related to lower HDLC, higher triglycerides and higher risk of having metabolic syndrome. We have identified 6 variants in adiponectin gene: SNPs -11391G>A (rs17300539), -11377C>G (rs822387) in promoter region, SNP+45T>G (rs22411766) in exon 2, SNP+349A>G (rs6773957) in intron 2 and SNP Y111H (rs17366743) and G90S mutation in exon 3. We found strong linkage disequilibrium between variant Y111H and -11377C>G SNP and between G90S mutation and -11377C>G and +45T>G SNPs. We detected an association between -11377C>G G allele and higher central adiposity and lower glucose levels. Haplotypes were constructed using the SNPs -11377C>G, +45T>G and +349A>G, and the results showed an association between -11377SNP G allele presence and higher adiposity (GTA vs CTA), whereas the presence of the recessive alleles of SNPs +45T>G and +349A>G was associated to a lower adiposity (GTA vs GGG). Hypertension was more frequent in the presence of +349A>G G allele (CTG vs CTA), whereas the presence of the recessive alleles of SNPs -11377 and +45T>G (CTG vs GGG) was not associated to hypertension. This study suggests that adiponectin levels, in Brazilian children and adolescents, depends on degree of adiposity and pubertal stage and that lower adiponectin concentrations are associated to altered metabolic features and higher cardiovascular risk. Variants in the adiponectin encoding gene can be in linkage disequilibrium with susceptibility regions responsible to higher risk of obesity and metabolic related features

Os sais de lítio são utilizados no tratamento dos transtornos do humor há mais de 50 anos. É a principal medicação prescrita para pacientes com diagnóstico de transtorno bipolar (TB), No entanto, aproximadamente 70% dos pacientes não respondem satisfatoriamente, ou seja, são refratários ao tratamento com lítio. Tendo em vista a importância do uso do lítio no tratamento de TB e a influência de fatores genéticos na variabilidade da biodisponibilidade do medicamento e em seus efeitos (95%), é de extrema importância esclarecer o papel da farmacogenética envolvida na resposta ao lítio. O objetivo deste trabalho foi detectar possíveis marcadores genéticos em pacientes com TB para melhor predição da resposta à terapia medicamentosa Para tanto, estudamos os polimorfismos dos genes relacionados ao mecanismo de ação do lítio: glicogênio- sintase quinase 3 - beta (GSK3-Beta), fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF), Receptor neurotrófico de tirosina quinase tipo 2 (NTRK2) e proteína ligada ao elemento de resposta cAMP (CREB) em pacientes bipolares respondedores e refratários ao tratamento com lítio com fenótipo determinado por escalas HDRS e YMRS, e análise dos prontuários, e escala ALDA. Na nossa amostra, os polimorfismos CREB1-1H (G > A), CREB1-7H (C > T), BDNF (rs6265 - G > A) e NTRK2 (rs1387923 - T > C) não apresentaram associação significativa dos genótipos com a resposta à terapia com lítio. Para os resultados obtidos na análise genotípica correspondente ao polimorfismo rs334558 (C > T) do gene GSK3-Beta, verificamos maior incidência do genótipo heterozigoto CT em pacientes respondedores e maior incidência do genótipo polimórfico homozigoto TT em pacientes refratários. Para a metodologia ALDA, não obtivemos diferenças que relacionassem os polimorfismos selecionados a refratariedade ao lítio. Acreditamos que o pequeno número amostral incluídos em nosso estudo pode ter prejudicado a determinação desses polimorfismos na resposta ao lítio / Lithium salts have been used in the treatment of mood disorders for more than 50 years. It is the main medication prescribed for patients diagnosed with bipolar disorder (BD). However, approximately 70% of the patients do not respond satisfactorily, that is, they are refractory to treatment with lithium. Given the importance of using lithium in the treatment of BD and the influence of genetic factors on the variability of the bioavailability of the drug and its effects (95%), it is extremely important to clarify the role of pharmacogenetics involved in the lithium response. The goal of this study was to detect possible genetic markers in BD patients to better predict the response to drug therapy. In order to do so, we studied the polymorphisms of genes related to the mechanism of action of lithium: glycogen synthase kinase 3 - beta (GSK3-Beta), brain-derived neutrophic factor (BDNF) tyrosine kinase type 2 neurotrophic receptor (NTRK2) and cAMP response element-binding protein (CREB) in responders and refractory bipolar patients that used lithium in the treatment. The phenotype was determined by HDRS and YMRS scales, and analysis of charts, and ALDA scale. In our sample, the polymorphisms CREB1-1H (G > A), CREB1-7H (C > T), BDNF (rs6265 - G > A) and NTRK2 (rs1387923 - T > C) had no significant association of genotypes with the response to lithium therapy. For the results obtained in the genotype analysis corresponding to the polymorphism rs334558 (C > T) of the GSK3-Beta gene, we verified a higher incidence of the heterozygous CT genotype in responding patients and a higher incidence of the polymorphic homozygous TT genotype in refractory patients. For the ALDA methodology, we did not obtain differences that related the selected polymorphisms to refractoriness to lithium. We believe that the small sample size included in our study may have impaired the determination of these polymorphisms in lithium response

Orientador: Rogério Abdallah Curi / Coorientador: Guilherme Luis Pereira / Coorientador: Julio Cesar de Carvalho Balieiro / Banca: Laura Leandro da Rocha / Banca: Luis Artur Loyola Chardulo / Resumo: O Mangalarga Marchador é o cavalo de sela brasileiro, possui dois tipos de andamentos característicos, a marcha batida e a marcha picada, que proporcionam maior comodidade ao cavaleiro durante a cavalgada e o trabalho. É principalmente utilizado para trabalho em fazendas de gado de corte e vem se destacando em diferentes modalidades de esportes hípicos. Este estudo teve como objetivo caracterizar, por meio da genotipagem de SNP em larga escala, o desequilíbrio de ligação (LD), calculado por r², de equinos da raça brasileira Mangalarga Marchador criados no Brasil. Também foi investigado o tamanho efetivo (Ne) da população, bem como as suas estruturas e relações. Foram utilizados 240 equinos Mangalarga Marchador, de ambos os sexos, e registrados na associação brasileira de criadores da raça (ABCCMM). O número de SNP informativos foi de 377.308. Análises de componentes principais mostraram que cavalos Mangalarga Marchador de marcha batida e de marcha picada pertencem a uma mesma população, ou seja, estes grupos não segregaram de forma significativa dentro da raça, o que deve ser levado em consideração nos estudos genético-populacionais. O r² genômico calculado foi de 0,096±0,166. O LD decaiu consideravelmente a partir de distâncias superiores a 15 e 20 Kb, apresentando valores inferiores a 0,3 e 0,2, respectivamente. O Ne atual foi de 99 animais. Houve acentuada redução neste parâmetro ao se tomar as estimativas de 16 gerações passadas, em que o Ne estimado foi de 650 animais. E... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Mangalarga Marchador is the Brazilian saddle horse, has two types of characteristic movements, the batida and the picada gait, that provide greater comfort to the rider during the cavalcade and the work. It is mainly used for work on beef cattle farms and has been emphasizing different modalities of equestrian sports. The objective of this study was to characterize, by means of large scale SNP genotyping, the linkage disequilibrium (LD), calculated by r², of Brazilian Mangalarga Marchador breed horses raised in Brazil. We also investigated the effective size (Ne) of the population, as well as their structures and relationships. A total of 240 Mangalarga Marchador horses, of both sexes, and registered in the Brazilian association of breeders (ABCCMM) were used. The number of informative SNPs was 377,308. Principal component analyzes showed that Mangalarga marchador of the two diferente gaits belong to the same population, that is, these groups did not segregate significantly within the breed, which should be taken into account in the genetic-population studies. The calculated r² genomic was 0.096 ± 0.166. The LD declined considerably from distances greater than 15 and 20 Kb, presenting values lower than 0.3 and 0.2, respectively. The current Ne was 99 animals. There was a marked reduction in this parameter when taking the estimates of 16 generations passed, in which the estimated Ne was 650 animals. These results may be linked to a broad and partially open genetic basis an... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Flávia Lombardi Lopes / Resumo: O melhoramento genético em bovinos visa a seleção de características para facilitar o manejo, a qualidade da carne, a resistência a doenças e a adaptação ao meio ambiente. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) podem gerar grandes efeitos sobre essas características fenotípicas. Os microRNAs são pequenos RNAs não-codificadores que atuam como reguladores da expressão pós-transcricional através de sua ligação a mRNAs alvo. No presente estudo, realizamos o cruzamento de dados entre ~56 milhões de SNPs contra todas as seqüências conhecidas de miRNA bovino e analisamos in silico, seus possíveis efeitos. Seguindo a predição dos alvos, mostramos que 82% dos alvos foram alterados como consequência dos SNPs que ocorrem na região de seed de miRNAs maduros. Em seguida, identificamos variações na Energia Livre Mínima (MFE) que representam a capacidade de alterar a estabilidade das moléculas e, consequentemente, a maturação dos miRNAs. Também encontramos 129 SNPs em miRNAs, que alteraram sua predição com alvos, ocorrendo em regiões de QTL e, por último, a análise dos escores de conservação evolutiva para cada locus de SNP sugeriu que eles têm uma função biológica conservada através do processo evolutivo. Nossos resultados sugerem que os SNPs em microRNAs têm o potencial de alterar os fenótipos bovinos e são de grande valor para a pesquisa de melhoramento genético, bem como para a produção. / Abstract: Genetic improvement of cattle is aimed at selection of characteristics to facilitate the handling, quality of the meat, resistance to diseases and adaptation to the environment. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) can generate large effects on these phenotypic characteristics. MicroRNAs are small non-coding RNAs that act as regulators of posttranscriptional expression through their binding to target mRNAs. In the present study, we scanned ~56 million SNPs against all known bovine miRNA sequences and analyzed in silico, their possible effects. Following target prediction, we show that 82% of targets were altered as a consequence of SNPs that occur in the seed region of mature miRNAs. Next, we identified variations in the Minimum Free Energy (MFE) which represent the capacity to alter molecule stability and, consequently, the maturation of the miRNAs. We have also found 129 SNPs in miRNAs, with altered target prediction, occurring in QTL regions and, lastly, analysis of evolutionary conservation scores for each SNP locus suggested that they have a conserved biological function through the evolutionary process. Our results suggest that SNPs in microRNAs have the potential to alter bovine phenotypes and are of great value for genetic improvement research, as well as production. / Mestre