Trypanosoma brucei species are vector-borne protozoan parasites that cause Human African typanosomiasis (HAT) and nagana in cattle. In humans, the diseases caused by these parasites are fatal if left untreated. Treatments for these diseases are complicated because the approved drugs for treatment are ineffective against the parasites and have many toxic side effects associated with their use. There is a clear need to identify new therapeutics that are less toxic and more effective against T. brucei. Our approach for identifying new therapies is to identify novel targets in the parasite that can be modulated by small molecules. The mitogen-activated protein kinases (MAPK) pathway is a three-tiered signaling cascade that regulates cell responses to stimuli and are involved in essential processes. MAPKs can regulate differentiation, virulence, apoptosis, cell cycle and gene expression, which makes MAPKs interesting drug targets in T. brucei. The extracellular-signal regulated kinase 8 homolog in T. brucei (TbERK8) is essential for survival in bloodstream form T. brucei. The work in this dissertation involves characterizing this T. brucei MAPK to better understand its biological function and identify small molecules that can inhibit its activity to kill the parasite. Here, we report that TbERK8 is an atypical MAPK kinase that is able to autophosphorylate and no upstream kinases that activate TbERK8 have been identified. We have demonstrated that TbERK8 is able to phosphorylate the proliferating cell nuclear antigen homolog in T. brucei (TbPCNA). This is in contrast to the reported function the human ERK8 and PCNA homologs that form a stable complex in normal breast cells which does not result in PCNA phosphorylation. We also report here that TbPCNA is phosphorylated on three residues localized to a unique insertion loop by TbERK8. TbPCNA is tightly regulated in the parasites such that either upregulating or downregulating its expression arrests T. brucei proliferation. Although, this mechanism of phosphorylation is unique to TbPCNA, the role that such phosphorylation has in regulating TbPCNA is not known. Finally, we have identified small molecules that can selectively inhibit either TbERK8 or HsERK8, demonstrating that TbERK8 can be selectively inhibited to kill the parasite. The unique properties of TbERK8 can be exploited by small molecules that can be developed into new parasite-specific therapies that kill T. brucei with fewer side effects to the patients. / Ph. D.

No description available.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-12-04T20:35:34Z No. of bitstreams: 1 JailmaSilvaDeOliveiraCarvalho_DISSERT.pdf: 2465048 bytes, checksum: 49e6c32b987ce194d37fff3010500c93 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-12-06T22:17:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JailmaSilvaDeOliveiraCarvalho_DISSERT.pdf: 2465048 bytes, checksum: 49e6c32b987ce194d37fff3010500c93 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-06T22:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JailmaSilvaDeOliveiraCarvalho_DISSERT.pdf: 2465048 bytes, checksum: 49e6c32b987ce194d37fff3010500c93 (MD5) Previous issue date: 2016-10-07 / Este estudo, vinculado ? Linha de Pesquisa: Educa??o, Representa??es e Forma??o Docente, surgiu das inquieta??es sobre a problem?tica que envolve as pr?ticas educativas no Ensino M?dio no contexto do Projeto de Inova??o Pedag?gica (PIP), a??o da Secretaria de Estado da Educa??o e da Cultura do RN, no ?mbito do Projeto RN Sustent?vel/ Banco Mundial. A quest?o norteadora do estudo impeliu-nos a questionar em que medida o Projeto de Inova??o Pedag?gica (PIP) contribui para as pr?ticas pedag?gicas inovadoras dos professores do Ensino M?dio da rede estadual do RN. O PIP, na sua primeira edi??o, trouxe como um dos pressupostos, a inova??o pedag?gica como uma altera??o qualitativa a acontecer na pr?tica dos professores, o que se d? por meio da identifica??o de um problema pedag?gico e da proposta inovadora constru?da pela escola. Identificamos que as contribui??es do PIP ?s pr?ticas pedag?gicas inovadoras dos professores do Ensino M?dio foram a abertura para o uso das novas tecnologias e o fortalecimento ao planejamento do ensino. Os resultados da pesquisa indicaram experi?ncias pontuais, por?m significativas, no contexto em que foram desenvolvidas, no tocante ao envolvimento e entusiasmo das equipes escolares aplicadas ao planejamento e ? organiza??o do trabalho pedag?gico coletivo e colaborativo. As pr?ticas caracterizadas no estudo emitem notas conclusivas a despeito de n?o serem consideradas pr?ximas ao preconizado pela ruptura paradigm?tica prescrita na pr?tica pedag?gica inovadora. As pr?ticas inovadoras, para os professores, est?o ainda enraizadas numa cultura de inova??o baseada no uso de dispositivos tecnol?gicos e que n?o mobilizam saberes e tomadas de decis?o conscientes. Essas constata??es se deram a partir do referencial te?rico das concep??es de inova??o pedag?gica e das pr?ticas pedag?gicas inovadoras em: Garcia (1989); Pretto (1997); Messina e Blanco (2000); Aguerrondo e Xifra (2002); Carbonell (2002); Militrus (2002); Tedesco, (2004), Mac?as (2007); Mu?oz e Hernandez (2008); Moreira (2008); Poggi (2011); Farias (2006). No ?mbito da forma??o, manteve-se um di?logo com estudos realizados por Ramalho et al. (2004, 2014); Perrenoud et al. (2001); Charlot (2001); Perrenoud (2000); Imbern?n, (2012), Garcia (2013), entre outros. Trata-se de um estudo explorat?rio baseado na abordagem qualitativa. O instrumento utilizado para coleta dos dados foi um question?rio semiestruturado com quest?es abertas e fechadas, bem como os seis projetos das escolas pesquisadas. Os procedimentos utilizados para an?lise dos resultados se deram por meio da t?cnica de An?lise de Conte?do de Bardin (1977) e Amado (2000). / This study, linked to the Research Line: Education, Representations and Teacher Training, arose from the concerns about the problematic that involves the educational practices in High School in the context of the Pedagogical Innovation Project (PIP), action of the State Secretariat of Education and Culture of the RN, within the framework of the Sustainable RN Project / World Bank. The guiding question of the study prompted us to question the extent to which the Pedagogical Innovation Project (PIP) contributes to the innovative pedagogical practices of the high school teachers of the RN state network. PIP, in its first edition, has brought pedagogical innovation as a qualitative change to occur in the practice of teachers as a presupposition, which is achieved through the identification of a pedagogical problem and the innovative proposal built by the school. We identified that the contributions of PIP to the innovative pedagogical practices of high school teachers were the openness to the use of new technologies and the strengthening of teaching planning. The results of the research indicated punctual but significant experiences in the context in which they were developed, regarding the involvement and enthusiasm of the school teams applied to the planning and organization of collective and collaborative pedagogical work. The practices characterized in the study emit conclusive notes in spite of not being considered close to the one advocated by the paradigmatic rupture prescribed in the innovative pedagogical practice. Innovative practices for teachers are still rooted in a culture of innovation based on the use of technological devices that do not mobilize conscious knowledge and decision-making. These findings were based on the theoretical reference of the conceptions of pedagogical innovation and innovative pedagogical practices in: Garcia (1989); Pretto (1997); Messina and Blanco (2000); Aguerrondo and Xifra (2002); Carbonell (2002); Militrus (2002); Tedesco, (2004), Mac?as (2007); Mu?oz and Hernandez (2008); Moreira (2008); Poggi (2011); Farias (2006). In the scope of training, a dialogue was maintained with studies carried out by Ramalho et al. (2004, 2014); Perrenoud et al. (2001); Charlot (2001); Perrenoud (2000); Imbern?n, (2012), Garcia (2013), among others. This is an exploratory study based on the qualitative approach. The instrument used to collect the data was a semi-structured questionnaire with open and closed questions, as well as the six projects of the schools surveyed. The procedures used to analyze the results were obtained through the technique of Content Analysis of Bardin (1977) and Amado (2000).

INTRODUKTION: Trafikrelaterade utsläpp är ett globalt problem som orsakar dödlighet och sjuklighet i främst utvecklingsländer och större städer där problemet är störst. Astma är en av sjukdomarna som associeras med trafikrelaterade utsläpp och är globalt sett den vanligaste icke kommunicerbara sjukdomen bland barn, som är en särskild utsatt grupp eftersom de växer och deras organ utvecklas. En global uppskattning av World Health Organization visar att cirka två miljarder barn lever i områden där luftföroreningarna överskrider globala gränsvärden för utsläpp. SYFTE: Syftet med studien är att identifiera riskfaktorer associerade till trafikrelaterade utsläpp som kan leda till astma och pip ljud hos barn. METOD: En systematisk litteraturstudie där 15 artiklar ingår. RESULTAT: Resultatet från studien identifierade riskfaktorer som närhet till vägar, trafikutsläppen och om föräldrarna har allergier. Vidare identifierades påverkansfaktorer som årstider, trafikvolym och trafikdensitet. DISKUSSION: Trafikrelaterade luftföroreningar är ett stort problem som kan leda till flera sjukdomar på andningsorganen. Det är ett komplext problem med flera olika riskfaktorer och påverkansfaktorer som samspelar där vissa av riskfaktorerna inte kan påverkas av individen själv och därför behöver policyskapare och beslutsfattare agera redan nu. / INTRODUCTION: Traffic related air pollution is a global problem which causes mortality and morbidity mainly in developing countries and large cities where the problem is largest. Asthma is one of the diseases associated with traffic related air pollution and is globally the most common non-communicable disease among children, who are an especially vulnerable group since they are growing and developing. A global estimation by World Health Organization shows that about two billion children live in areas where air pollution exceeds the global guideline values. PURPOSE: The purpose is to identify risk factors associated with traffic related air pollution which may lead to asthma and wheezing among children. METHODS: A systematic literature review of 15 articles. RESULTS: Results from this study identified risk factors such as proximity to roads, pollutants and parental history of allergy. Furthermore, modifiers such as seasons, traffic volume and traffic density were identified. DISCUSSION: Traffic related air pollution is a big problem which can lead to several diseases on respiratory systems. It is a complex problem where risk factors and modifiers interact with each other where some of the risk factors cannot be addressed by individuals and that is why policymakers must act now.

No description available.

Cette thèse s’intéresse à la variabilité de la relation mass-diamètre (m(D)) des hydrométéores en phase glace présents dans les systèmes convectif de moyenne échelle (MCS). Elle s’appuie sur une base de données acquise pour 4 types de MCS différents durant 4 campagnes de mesure aéroportée : (i) MCS de la mousson Africaine (Continent ; MT2010), (ii) MCS de l’océan Indien (MT2011), (iii) MCS de la Méditerranée (côtes ; HyMeX), (iv) MCS de la mousson Nord-Australienne (côtes ; HAIC-HIWC). La relation m(D) est calculée à partir de l’analyse combinée des images des hydrométéores enregistrées par les sondes optiques et les facteurs de réflectivité mesurés à l’aide d’un radar Doppler embarqués sur le même avion de recherche. Il est d’usage que la relation m(D) des hydrométéores soit représentée par une loi puissance (avec un pré-facteur et un exposant), qui doit être contrainte par des informations supplémentaires sur les hydrométéores. Une étude théorique sur les formes des hydrométéores à l’aide de simulations en 3 dimensions dans lesquelles les hydrométéores sont orientés aléatoirement et projeté sur un plan, permet de contraindre l’exposant β de la relation m(D) en fonction de l’exposant σ de la relation surface-diamètre (S(D)). La relation S(D) est aussi représentée par une loi puissance, et elle peut-être calculée pour une population d’images d’hydrométéores enregistrés par les sondes optiques. La variabilité de l’exposant est finalement calculée à partir de la variabilité de l’exposant σ déduis des images des hydrométéores. Ensuite le pré-facteur α est calculé à partir de simulations des facteurs de réflectivité, de sorte que les facteurs de réflectivité simulés soient égaux aux facteurs de réflectivité mesurés par le radar nuage le long de la trajectoire de l’avion dans les MCS. Des profils moyens en fonction de la température sont calculés pour les coefficients de la relation m(D), les distributions en tailles des hydrométéores et les contenus massiques de glace dans les MCS (CWC). Les profils moyens pour les quatre types de MCS sont différents les uns des autres. Pour les quatre types de MCS, il est montré que les variations des coefficients de la relation m(D) sont corrélées avec les variations de la température. Four types de paramétrisations de la relation m(D) sont calculées depuis l’analyses des variations des coefficients de la relation m(D). Le bénéfice apporté par l’utilisation de relation m(D) non constante contrairement à l’utilisation de relation m(D) avec α et β constant, est démontré en étudiant l’impact de toutes les paramétrisations de la relation m(D) sur le calcul des relations Z-CWC et Z-CWC-T. / This study focuses on the variability of mass-diameter relationships (m(D)) and shape of ice hydrometeors in Mesoscale Convective Systems (MCS). It bases on data base which were recorded during four airborne measurement campaigns: (i) African monsoon’s MCS (continent; MT2010), (ii) Indian Ocean’s MCS (MT2011), (iii) Mediterranean’s MCS (costs; HyMeX), (iv) North-Australian monsoon’s MCS (costs; HAIC-HIWC). m(D) of ice hydrometeors are derived from a combined analysis of particle images from 2D-array probes and associated reflectivity factors measured with a Doppler cloud radar on the same research aircraft. Usually, m(D) is formulated as a power law (with one pre-factor and one exponent) that need to be constrained from complementary information on hydrometeors. A theoretical study of numerous hydrometeor shapes simulated in 3D and arbitrarily projected on a 2D plan allowed to constrain the exponent β of the m(D) relationship from the exponent σ of the surface-diameter S(D) relationship, which is likewise written as a power law. Since S(D) always can be determined for real data from 2D optical array probes or other particle imagers, the evolution of the m(D) exponent can be calculated. After that, the pre-factor α of m(D) is constrained from theoretical simulations of the radar reflectivity factor matching the measured reflectivity factor along the aircraft trajectory. Mean profiles of m(D) coefficients, particles size distributions and Condensed Water Content (CWC) are calculated in functions of the temperature, and are different for each type of MCS. For the four types of MCS, it is shown that the variability of m(D) coefficients is correlated with the variability of the temperature. Four types of m(D) parametrisations are calculated since the analysis of the variability of the m(D) coefficients. The significant benefit of using variable m(D) relations instead of a single m(D) relationship is demonstrated from the impact of all these m(D) relations on Z-CWC and Z-CWC-T fitted parametrisations.

[ES] El tiempo de floración es uno de los caracteres más importantes que influyen en la productividad y el rendimiento de los cultivos. La identificación de compuestos sintéticos que sean bioactivos en el control de la inducción floral es de gran interés. Su identificación podría permitirnos ajustar el tiempo de floración en los cultivos, adaptándolos a las condiciones ambientales más favorables. Para identificar estos compuestos, hemos tomado dos enfoques diferentes: un cribado genético químico y la caracterización del metaboloma de transición floral. En primer lugar, realizamos un rastreo de genética química para identificar moléculas pequeñas que tengan el potencial de controlar la expresión del florígeno, FLOWERING LOCUS T (FT) o la actividad o señalización de FT en Arabidopsis. Para ello, hemos utilizado plantas transgénicas que expresan el gen ß-GLUCURONIDASE (GUS) bajo el control del promotor FT para probar una librería de 360 moléculas preseleccionadas. Los resultados positivos obtenidos se volvieron a analizar mediante un cribado secundario basado en la expresión del gen reportero LUCIFERASE (LUC) bajo el control del promotor FT. Utilizando este enfoque, hemos identificado una molécula que induce con éxito la floración en condiciones de cultivo in vitro. En segundo lugar, hemos caracterizado la función del ácido pipecólico (Pip), una molécula previamente identificada como candidata a regular la floración. Hemos confirmado que las mutaciones en las enzimas responsables de la biosíntesis de Pip muestran una alteración en la respuesta del tiempo de floración. Además, hemos identificado un nuevo papel del Pip relacionado con el crecimiento y el tamaño de la roseta de Arabidopsis. Finalmente, utilizamos un sistema inducible basado en el promotor de CONSTANS (CO) que controla la expresión del gen endógeno de CO fusionado con el receptor de glucocorticoides de rata (CO::GR). De manera que con un solo tratamiento con dexametasona podemos inducir la floración. Con este sistema, realizamos un estudio del metaboloma de muestras de ápices y hojas mediante técnicas de metabolómica dirigida, lipidómica, cuantificación hormonal y transcriptómica. La integración de estos conjuntos de datos ómicos nos ha permitido identificar rutas metabólicas que se encuentran alteradas durante la transición floral. A su vez, la caracterización de mutantes de pérdida de función que codifican enzimas clave de esas vías metabólicas, reveló que algunos de estos mutantes mostraban un fenotipo afectado para el tiempo de floración. Entre ellos, nos enfocamos en la caracterización de los genes relacionados con el metabolismo de la rafinosa, un oligosacárido de reserva. Mutantes afectados en el gen RAFFINOSE SYNTHASE 5 (RS5) presentan un fenotipo de floración temprana y fertilidad reducida. En base a los resultados obtenidos, proponemos un modelo en el que, durante la transición floral, se produce una reestructuración de las ratios entre carbohidratos sencillos (monosacáridos y disacáridos) y de reserva, como la rafinosa. Estos cambios podrían ser modulados por el ácido abscísico (ABA) y por genes relacionados con la floración, desencadenando cambios en el metabolismo de la trehalosa y promoviendo una expresión temprana de FT. / [CA] El temps de floració és un dels caràcters amb més influència en la productivitat i el rendiment dels cultius. La identificació de compostos sintètics bioactius per al control de la inducció floral és de gran interés, ja que la seua identificació podria permetre ajustar el temps de floració dels cultius, aspecte que podria contribuir a l'adaptació a condicions ambientals més favorables. Per a identificar aquests compostos, hem portat a terme dues aproximacions diferents: un garbellat genètic químic i la caracterització del metaboloma de la transició floral. En primer lloc, hem realitzat un cribratge genètic-químicper a identificar xicotetes molècules amb potencial per a controlar l'expressió del florígen, FLOWERING LOCUS T (FT) o l'activitat o la senyalització de FT a Arabidopsis. Per a portar a terme aquest cribratge, hem utilitzat plantes transgèniques que expressen el gen ß-GLUCURONIDASE (GUS) sota el control del promotor de FT amb les quals hem assajat una llibreria de 360 molècules preseleccionades de manera prèvia. Els resultats positius obtinguts en aquest cribratge t s'han sotmés a un cribratge secundari basat en l'expressió del gen reporter LUCIFERASE (LUC) sota el control del promotor FT. La utilització d'aquesta primera aproximació ha permés la idenfiticació d'una molècula que indueix amb èxit la floració en condicions de cultiu in vitro. En En segon lloc, hem caracteritzat la funció de l'àcid pipecòlic (Pip), una molècula prèviament identificada com a candidata a regular la floració. Aquesta aproximació ens ha permet confirmar que mutacions als enzims responsables de la biosíntesi de Pip comporten una alteració al temps de floració. A més, en aquest treball hem identificat un nou paper del Pip relacionat amb el creixement i la grandària de la roseta d'Arabidopsis. Finalment, hem utilitzat un sistema induïble basat en el promotor de CONSTANS (CO) que controla l'expressió del gen endogen de CO fusionat al receptor de glucocorticoides de rata (CO::GR). Aquesta construcció ens proporciona una ferramenta amb la qual induir la floració amb un sol tractament amb dexametasona. A continuació, hem realitzat un estudi del metaboloma de mostres d'àpexs i fulles mitjançant tècniques de metabolòmica dirigida, lipidómica, quantificació hormonal i transcriptòmica. La integració d'aquest conjunt de dades ómiques ens ha permés identificar les rutes metabòliques que es troben alterades durant la transició floral. Al mateix temps, la caracterització de mutants de pèrdua de funció que codifiquen enzims clau per a aquestes rutes metabòliques, ha revelat que alguns d'aquests mutants mostren un fenotip afectat pel que fa al temps de floració. Dintre dels mutants analitzats, ens hem centrat en la caracterització dels gens relacionats amb el metabolisme de la rafinosa, un oligosacàrid de reserva. Els mutants del gen RAFFINOSE SYNTHASE 5 (RS5) presenten un fenotip de floració primerenca i fertilitat reduïda. Sobre la base dels resultats obtinguts, proposem un model en el qual, durant la transició floral, es produeix una reestructuració de les ràtios entre carbohidrats senzills (monosacàrids i disacàrids) i de reserva, com la rafinosa. Aquests canvis podrien ser modulats per l'àcid abscísic (ABA) i per gens relacionats amb la floració, i desencadenariencanvis al metabolisme de la trehalosa, així com la generació de l'expressió primerenca de FT. / [EN] Flowering time is one of the most important traits affecting crop productivity and yield. The identification of natural or synthetic bioactive compounds for the control of flowering induction is of great interest. The identification of compounds with the potential to regulate flowering could allow us to fine-tune flowering responses in crops and adapt them to the changing environmental conditions. To identify these compounds, we have taken two different approaches: a chemical genetic screening and the characterization of the metabolome of floral transition. First, we performed a chemical genetic screening to identify small molecules that have the potential to control the expression of the florigen FLOWERING LOCUS T (FT) or FT activity or signaling in Arabidopsis. We used transgenic plants expressing the ß-GLUCURONIDASE gene (GUS) under the control of the FT promoter to test a preselected library of 360 molecules. Positive hits were retested by a secondary screening based on the expression of the LUCIFERASE (LUC) reporter gene under the control of the FT promoter. Using this approach, we have identified one molecule that successfully induces flowering under in vitro culture conditions. Secondly, we have characterized the function of pipecolic acid (Pip), a molecule previously identified as a candidate to regulate flowering time. We have confirmed that mutations in enzymes responsible for Pip biosynthesis display an altered flowering response. A new role for Pip in rosette growth is also revealed in this work. Finally, we used an inducible system based on the promoter of CONSTANS (CO) driving the expression of CO fused to the rat glucocorticoid receptor (CO::GR). Such a construction provides a tool to induce flowering with a single dexamethasone treatment. We then performed a comprehensive metabolomic study of the shoot apex and leaf samples that included targeted metabolomics, lipidomics, hormone quantification, and transcriptomics. Integration of these omic datasets has allowed us to point out metabolic pathways that are altered during floral induction. Characterization of loss-of-function mutants coding key enzymes of those metabolic pathways revealed that some of these mutants showed a flowering time phenotype. Among them, we focused on the characterization of the contribution of the raffinose metabolism, a storage oligosaccharide, to the determination of flowering time. Mutants affecting RAFFINOSE SYNTHASE 5 (RS5) exhibit an early flowering phenotype and reduced fertility. We propose a model in which the balance between simple and storage carbohydrates in the apex changes during floral induction. This change could be modulated by ABA and flowering-related genes, and it triggers changes in trehalose metabolism, promoting flowering by an early FT upregulation. / Praena Tamayo, J. (2022). Identification of Bioactive Molecules in the Control of Flowering Time [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/185177 / TESIS

No description available.

No description available.