Orientador: Mario Luiz Teixeira De Moraes Moraes / Coorientador: Ana Veruska Cruz da Silva / Banca: Alexandre Magno Sebbenn / Banca: Celso Luis Marino / Banca: Bruno Cesar Rossini / Banca: Evandro Vagner Tambarussi / Resumo: Estudos sobre ecologia e genética de populações são fundamentais para entender os efeitos da fragmentação sobre espécies florestais. Um estudo baseado em genética quantitativa e marcadores microssatélites foi realizado para investigar a diversidade genética, estrutura genética espacial, sistema de reprodução e a dispersão de pólen em uma população natural e em um teste de progênies de Genipa americana L. para fins de conservação e melhoramento genético. As coletas foram realizadas em duas populações: a primeira localizada no nordeste do Brasil, em uma área de transição entre a Mata Atlântica e a Caatinga (POP-SE) e a segunda no sudeste, em um Banco Ativo de Germoplasma estabelecido em área de transição entre a Mata Atlântica representada pela Florestal Estacional Semidecidual e o Cerrado (POP-SP). Foram coletados tecidos foliares de 30 árvores matrizes e 20 plantas/progênie em cada uma das populações. As análises do sistema de reprodução foram realizadas com base no modelo misto de reprodução e modelo de cruzamentos correlacionados. Como esperado em espécies dióicas, todas as progênies foram originadas de cruzamento (tm = 1). A taxa de cruzamento entre parentes (tm - ts) e a correlação de paternidade (rp) foram variáveis entre famílias (tm - ts= 0,03-0,19; rp= 0,04-0,40). O índice de fixação (F) foi significativamente menor em adultos que em progênies, indicando seleção contra indivíduos endogâmicos. A correlação de paternidade dentro de frutos (0,40) foi maior que entre ... / Abstract: Studies about ecology and population genetics are essential to understand the effects of fragmentation on forest species. A study based on quantitative genetics and microsatellite markers was conducted to investigate the genetic diversity, spatial genetic structure, mating system and pollen dispersal in a natural population and onan progenies test of Genipa americana L. aiming conservation and breeding. Samples were collected in two populations: the first located in the northeast of Brazil, in a transition area between the Atlantic Forest and Caatinga (POP-SE) and the second in the southeast, in an Active Germplasm Bank established in area transition between the Atlantic represented by Forest Semideciduous and the Cerrado (POPSP). Leaf tissues were collected from 30 seed-trees and 20 plants/progeny in each of the populations. The analysis of the mating system were performed based on the mixed mating model and correlated crosses model. As expected in dioecious species, all offspring were originated from outcrossing ( m t = 1). The mating among relatives rate ( m s t t ) and paternity correlation ( p r ) were variable among families ( m s t t = 0.03-0.19; p r = 0.04-0.40), especially in NP. Fixation index ( F ) was generally significant lower in the adults than offspring, indicating selection against inbreed individuals. The paternity correlation within fruits (0.40) was higher than among fruits (0.26), indicating that lower effective number of pollen donors ( ep N ) within fruit (2.5) than among fruits (3.8). Due to the highest p r in NP, the effective size within families ( e N ) was lower in NP (2.69) than PT (3.27). The Spearman ranking correlation showed that the increase in ep N increase the genetic diversity and e N within families. The pollen dispersal pattern was strongly leptokurtic, suggesting long pollen dispersal distance (mean= 179 m). ... / Doutor

Orientador: Eduardo Sanches Stuchi / Coorientador: Helvécio Della Coletta Filho / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: José Belasque Júnior / Resumo: Huanglongbing (HLB) doença dos citros emergiu como a principal ameaça à produção de citros no mundo, associado com a bactéria ("Candidatus Liberibacter asiaticus" - Las) limitada ao floema e ao vetor (Diaphorina citri). No Brasil, o HLB foi relatado pela primeira vez em 2004 e rapidamente se espalhou para todas as regiões geográficas do Estado de São Paulo (SPS), Paraná (PR) e Minas Gerais (MG). No entanto, informações sobre a diversidade genética desta bactéria são pouco conhecidas. Aqui nós testamos a hipótese H0: ambas as regiões geográficas diferentes e espécies de citros não moldam a diversidade genética de populações de Las do Brasil. Para comprovar a hipótese, DNA de 199 amostras de plantas cítricas com sintomas de HLB foram amplificados com 9 conjuntos de iniciadores microssatélites, sendo os iniciadores diretos marcados com corantes fluorescentes. Níveis moderadamente baixos de diversidade genética (HNei = 0,11 - 0,26) foram observados em todas as populações desta bactéria. Com uso da estatística F de Wright (FST), nenhuma diferença estatística foi observada entre populações de Las de todas as sete subdivisões das regiões geográficas do SPS e de MG (FST <0,095). Mas, valores significativos de diferenciação entre populações (FST = 0,118 - 0,191) foram obtidos para populações de Las do PR comparado com as do SPS e MG. Também, valores ainda mais altos e significativos (FST = 0,275 - 0,445) foram observados comparando populações de Las em laranjeiras doce do SPS, MG e PR com as populações de diferentes espécies de citros cultivados na região Sudeste do SPS. Por meio de métodos de agrupamento realizados por estatística Bayesiana e de coordenada principal pode-se agrupar todos os isolados estudados em três populações geneticamente distintas: 1. Um grupo contempla todas as estirpes das regiões do SPS mais MG, 2. Um segundo contendo somente as estirpes de Las do PR, 3. E... / Abstract: Citrus huanglongbing (HLB) disease emerged as a primary threat for citrus production worldwide, associated with the phloem and vectored (Diaphorina citri) limited - bacterium "Candidatus Liberibacter asiaticus" (Las). In Brazil, HLB was first reported in 2004 and quickly spread for all geographic regions of the States of Sao Paulo (SP), Parana (PR) and Minas Gerais (MG). However, information about genetic diversity of this bacterium is poorly known. Here we tested the hypothesis H0: different geographic regions and citrus species have no influence on genetic diversity of Las populations in Brazil. To test this hypothesis, total DNA from 199 samples from citrus plants with symptoms of HLB was amplified by 9 sets of forwardfluorescent microsatellites primers. Moderately low levels of genetic diversity (HNei = 0,11 to 0,26) were observed through all populations. By Wright's F-statistics (FST), no statistic difference was observed among Las populations from all the seven previously subdivided geographic regions of SP and MG (FST <0,095). But significant FST values (0,118 to 0,191) were obtained for Las population from PR compared to SP and MG. On the other hand, highest and significant values for FST index (0,275 to 0,445) were observed comparing Las populations from sweet orange trees from SP, MG, and PR and the populations from different citrus species grown at the Southeast region of SP. By Bayesian statistics and principal coordinate analysis all isolates studied were clustered in three genetically different populations: 1. a group that includes all strains from SP regions and MG, 2. A second composed only by Las strains from PR, and 3. a third where strains from different citrus species were grouped. In conclusion, after 10 years of the HLB first report in Brazil, that genetically homogeneous populations of Las infecting sweet orange are present at different geographic regions sampled, with the exception of the populations ... / Mestre

Orientador: Fernando Rodrigues da Silva / Banca: Rogério Pereira Bastos / Banca: Fausto Nomura / Resumo: Anuros transmitem informações para coespecíficos principalmente através de sinais acústicos, cuja função principal é a reprodução. O sistema de comunicação pode apresentar variação geográfica devido à ação de diferentes forças evolutivas. O objetivo deste estudo foi testar as hipóteses de processos neutros, temperatura do ar e tamanho corpóreo para tentar entender quais variáveis influenciam o canto de anúncio de Dendropsophus nanus, uma espécie generalista com ampla distribuição na América do Sul. Foram amostradas nove populações em áreas de Cerrado no Brasil. O canto de anúncio da espécie é composto por dois tipos de notas: tipo A, relacionadas à competição entre machos e tipo B, que podem estar relacionadas à atração de fêmeas para reprodução assim, analisamos o efeito das variáveis sobre cada nota. Distância geográfica e temperatura do ar foram as principais variáveis que explicaram a variação em ambas as notas. Também observamos diferenças entre as populações de localidades leste e oeste. Como a temperatura está estruturada no espaço, a distância geográfica pode produzir diferença de temperatura ao longo de um gradiente longitudinal, refletindo a variação observada nos parâmetros entre populações. Tamanho corporal teve explicação apenas para as notas tipo B e também que indivíduos de populações que ocorrem em localidades mais quentes apresentaram menor tamanho corporal, assim como o oposto. Sugerimos que a variação nos parâmetros acústicos pode ser resultado indireto do efeito da temperatura sobre o tamanho do corpo. Finalmente, as populações de D. nanus amostradas neste estudo apresentam variação geográfica no canto de anúncio devido a processos neutros e ecológicos / Abstract: Anurans communicate information for conspecifics mainly through acoustic signals, whose principal function is reproduction. However, communication system may present geographic variation due to different evolutionary forces. In this study we aimed to test three non-exclusive hypotheses: random drift, environment temperature and body size hypothesis to understand which variables influenced variation in advertisement call of Dendropsophus nanus, a generalist species with large distribution in South America. We sampled nine populations in Cerrado domain in Brazil. The advertisement call of this species is composed by two types of notes: type A, related to male-male competition and type B that may attract females for reproduction so, we analyzed the effect of explanatory variables on each note. Geographical distance and temperature were the main variables explaining variation on both notes. Also we observed differences in the advertisement call among populations between western and eastern localities. As temperature is spatially structured, geographic distance may produce variation in temperature along the longitudinal gradient, reflecting the observed variation in bioacoustic parameters among populations. Body size had effect in variation of type B notes and also we observed that populations occurring in warmer localities presented smaller individuals such as the opposite. We suggest that variation in acoustic parameters may be an indirect result of temperature acting on body size. Therefore we found that the advertisement call of D. nanus present geographic variation due to neutral and ecological processes / Mestre

Apesar de tratar-se de uma espécie recentemente redescoberta, o macaco-prego-galego, Cebus flavius (Schreber, 1774), já figura na lista Vermelha da IUCN como criticamente ameaçado de extinção, principalmente em virtude do reduzido tamanho populacional, da fragmentação e perda de habitat das populações remanescentes e da caça. Sendo assim, e por conta da escassez de dados sobre a espécie, o objetivo deste trabalho foi descrever aspectos da ecologia das populações de C. flavius em dois fragmentos de Mata Atlântica no estado da Paraíba: Estação Experimental de Camaratuba (EE Camaratuba) e Reserva do Patrimônio Natural Engenho Gargaú (RPPN Gargaú). Além disso, foi feito um diagnóstico do status sanitário da população presente na RPPN Gargaú e realizadas análises de viabilidade populacional (AVPs) de ambas. Em cada área, um grupo de C. flavius foi monitorado quanto ao seu tamanho e composição sexoetária, sua dieta, área de uso e indicadores reprodutivos. Na RPPN Gargaú 17% dos indivíduos foram capturados, submetidos a exame clínico e coleta de material biológico para análises clínicas (hemograma, parasitológico de fezes, pesquisa de hematozoários) e sorológicas (Leishmania, Trypanosoma cruzi, Toxoplasma gondii, Leptospira spp., Brucella abortus), além de coleta de ectoparasitas para identificação. Para realização das AVPs foi utilizado o software VORTEX 9.99b a partir dos dados coletados no presente estudo e/ou de informações da literatura. Os resultados obtidos mostraram que C. flavius é primordialmente frugívoroinsetívoro, pode viver em grandes grupos (os maiores dentre as espécies do gênero Cebus) e é capaz de se adaptar a ambientes sob forte pressão antrópica. A população da RPPN Gargaú, de maneira geral, apresenta boas condições de saúde, apesar de alguns indivíduos encontrarem-se parasitados (microfilárias, Strongyloides sp., Ancylostoma sp., Entamoeba coli, Ascaris lumbricoides, Hymenolepis sp., Amblyomma sp.) e serem sorologicamente positivos para Leishmania, Trypanosoma cruzi e Toxoplasma gondii. As AVPs indicaram que, para os próximos 100 anos, a população de C. flavius da RPPN Gargaú se mantém viável em termos demográficos e genéticos, enquanto que a população da EE Camaratuba tem 50% de chances de ser extinta. / In spite of being recently rediscovered, blonde capuchin monkey Cebus flavius (Schreber, 1774) is already listed in IUCN Red List of Threatened Species as Critically Endangered, due to an extremely small population size, habitat loss and fragmentation and hunting pressure. In this work we aimed to describe ecological aspects of Cebus flavius populations from two Atlantic Forest remnants from state of Paraíba: Estação Experimental de Camaratuba (EE Camaratuba) and Reserva do Patrimônio Natural Engenho Gargaú (RPPN Gargaú). We also conducted a health status survey in the population from RPPN Gargaú and performed population viability analysis (PVA) of both populations. In each of the two study areas we monitored a group of C. flavius and recorded data on its size, age-sex composition, diet, home range and reproduction. In RPPN Gargaú 17% of the animals were captured, clinically assessed and sampled for clinical (hemogram, coproparasitology, hematozoa screening) and serological (Leishmania, Trypanosoma cruzi, Toxoplasma gondii, Leptospira spp., Brucella abortus) analysis. Ectoparasites were also collected for identification. PVA was performed using VORTEX 9.99b software with data obtained in this study and in the literature. Our results show that C. flavius is mainly frugivoreinsectivore, may live in large groups (the largest ones among species of Cebus genus) and is adaptable to areas under strong anthropic pressure. The population from RPPN Gargaú shows good health status, although some individuals were parasitezed (microphilaria, Strongyloides sp., Ancylostoma sp., Entamoeba coli, Ascaris lumbricoides, Hymenolepis sp., Amblyomma sp.) and showed positive reaction for Leishmania, Trypanosoma cruzi and Toxoplasma gondii. PVA analysis indicated that the C. flavius population from RPPN Gargaú will remain demographically and genetically stable within the next 100 years, while the population from EE Camaratuba has a 50% risk of extinction.

Diante da realidade de segregação residencial existente no Brasil, determinada pela heterogeneidade de renda, de condições sociais entre bairros e distritos, evidencia-se uma sociedade cada vez mais penneada por iniquidades sociais e ambientais. Somado a isto, há o fato do crescimento da concentração populacional em áreas urbanas. Este e outros fatores geram transformações nas estruturas das cidades acentuando conflitos referentes ao uso e ocupação do solo. Tais conflitos requerem agilidade de suprir demandas de fornecimento de serviços essenciais, tais como de abastecimento de água e esgotamento sanitário, especialmente quando se trata destes serviços às populações vulneráveis. Para apoio a medição e visualização desse cenário, de forma a elaborar políticas públicas e empresarias, é fundamental a utilização de indicadores, os quais, no entanto, não estão prontamente disponíveis. Emerge assim a necessidade de proposição de indicadores que mensurem o fornecimento dos serviços às populações vulneráveis em áreas urbanas. Neste contexto, com estudo de caso para o Estado de São Paulo, Brasil, a pesquisa teve como enfoque atuar na interface teórica e prática para proposição de indicadores. Foram realizadas, então, revisão bibliográfica, análise documental e discussão crítica com base no aprendizado do estudo de caso. Doze indicadores foram propostos e um sistema de indicadores de benchmarking dos serviços de abastecimento e esgotamento sanitário voltados às populações vulneráveis foi estruturado. O sistema e os indicadores foram identificados por meio do alinhamento de diferentes visões dos atores, o que permitiu que fossem condizentes com a realidade dos serviços, e posteriormente, mais facilmente implementados. / The income heterogeneity and social conditions between neighborhoods and districts show a society increasingly permeated by social and environmental inequities by means the reality of residential segregation that exists in Brazil. In addition, there is population growth occurred concentrated in urban areas, this and other factors that generate transformations in the structures of cities accentuating conflicts regarding the use and occupation. Such conflicts require flexibility to supply demands for essential services such as to provi de water and sanitation services, especially aimed to vulnerable populations. For the measurement and visualization ofthis scenario, in order to produce the policies and business, it is essential to use of indicators, which, however, are not readily available. Thus emerges the need to propose indicators that measure the provision of services to vulnerable populations in urban areas. In this context, with case study in Sao Paulo State, Brazil, the research was focused on theoretical and practical interface to proposed indicators. Were performed also, literature review, document analysis and critical discussion based on the learning case study. Twelve indicators were proposed and a system of benchmarking indicators for the water supply and sanitation services to targeted vulnerable populations was structured. The framework and indicators were proposed by aligning different views of the actors, in a way to be consistent with the reality of services and more easily implemented.

O presente estudo aborda dois temas principais: a) história demográfica das populações nativas do continente americano e b) como a história demográfica e seletiva molda a diversidade e diferenciação dos genes HLA nessas populações. As populações ameríndias apresentam uma história evolutiva peculiar, com padrões demográficos distintos das outras populações do mundo. Estudos anteriores sugerem que elas possuem: a) baixa diversidade genética e alta diversidade inter-populacional em relação às demais populações do planeta; b) um gradiente de diminuição de diversidade no sentido norte-sul do continente americano; c) altos níveis de variabilidade intra-populacional e baixos níveis de variabilidade genética inter-populacional nas populações que vivem na região oeste da América do Sul, em comparação às populações do leste. Contudo, esses achados são baseados em estudos que apresentam uma deficiência amostral para populações ameríndias das terras do baixo rio Amazonas. No presente estudo nós suprimos essa deficiência ao analisar 11 populações das terras baixas do rio Amazonas e 3 populações do centro-sul do Brasil. Constatamos que: a) as populações do leste e oeste da América do Sul são altamente diferenciadas, corroborando estudos anteriores; b) a diferenciação entre as populações do leste da América do Sul é maior que entre as populações do oeste (região andina e noroeste da América do Sul) em acordo com estudos anteriores; c) a maior diferenciação entre as populações do leste da América do Sul é causada por grupos específicos (Arara do Iriri, Araweté, Surui e Ticuna Tarapaca), que apresentam histórias evolutivas peculiares; d) análises excluindo essas populações mostram que para o conjunto restante de populações, o nível de diferenciação das regiões do leste é similar ao encontrado para a diferenciação na região noroeste do continente sul americano; e) o leste da América do Sul é dividido em dois grupos populacionais distintos (oeste da Amazônia e leste da Amazônia/Centro-Sul do leste da América do Sul) e com diferente ancestralidade genética (o oeste da Amazônia com maior componente genético do Noroeste da América do Sul e o leste da Amazônia/Centro-Sul com maior componente Andino), em acordo com o modelo de rotas migratórias proposto por SCHMITZ, 1983 O perfil da variabilidade genética dos genes HLA nas populações nativas da América (com grande número de alelos e alguns com frequência muito distinta de outras regiões do mundo) diferem dos demais genes até então analisados nessas populações. Os genes HLA, localizados na região do MHC, estão envolvidos na resposta imune adaptativa e tem como função apresentar peptídeos na superfície celular. Diversos estudos mostram que os genes HLA estão evoluindo sob regime de seleção balanceadora. No presente estudo investigamos as contribuições da história demográfica e seletiva para moldar a variabilidade genética nas regiões adjacentes aos genes HLA em populações nativo-americanas. Para tanto, comparamos o perfil de 16 microssatélites na região do MHC com 61 microssatélites espalhados pelo genoma (controle demográfico) em 28 populações ameríndias, 1 africana e 1 europeia. Verificamos que: a) os microssatélites da região do MHC apresentam alto nível de desequilíbrio de ligação entre si; b) apresentam maior diferenciação inter-populacional do que os microssatélites espalhados pelo genoma. Este sinal é oposto ao que esperávamos verificar para genes evoluindo sob seleção balanceadora. Estudos anteriores mostram que mesmo populações que são compostas por conjuntos de alelos HLA distintos apresentam baixos níveis de diferenciação. Sugerimos que a seleção poderia estar favorecendo alelo (ou conjunto de alelos) específico em diferentes regiões geográficas, e que como os índices de diferenciação populacional como o FST estimam a variância das frequências alélicas, ele seria \"cego\" para a diferença na composição alélica das populações. Como estudo de caso analisamos o gene HLA-B, que, nas populações nativas da América, apresenta um conjunto composto por alelo endêmico e por alelos que ocorrem em alta frequência no continente americano e em baixa frequência fora dele. Com intuito de verificar se há sinais de seleção nas regiões adjacentes a este gene, analisamos seis microssatélites flanqueadores a ele em 28 populações nativas. Estimamos a heterozigose dos microssatélites associada a um determinado alelo de HLA-B bem como o grau de associação dos alelos de microssatélites com as linhagens e os alelos de HLA-B. As análises mostram que: a) de modo geral, a heterozigose associada aos alelos endêmicos é semelhante à observada em alelos cosmopolitas (com exceção dos alelos HLA-B*3909 e B*3543); b) a diferenciação observada a partir dos microssatélites adjacentes é maior entre as linhagens de HLA-B do que dentro das linhagens; c) haplótipos específicos de microssatélites apresentam forte associação com as linhagens de HLA-B. Esses resultados são surpreendentes visto que as linhagens de HLA-B já existiam antes mesmo da especiação humana. Sugerimos que a baixa heterozigose associada às linhagens pode estar relacionada a dois fatores: a) o gargalo populacional ocorrido durante a entrada do homem moderno no continente americano; b) seleção atuando no favorecimento não apenas os alelos mais também as linhagens de HLA-B. Desta forma concluímos que apesar da intensa história demográfica, as populações ameríndias apresentam sinais da atuação de forças seletivas na região do MHC / The present study addresses two main themes: a) demographic history of the Native American populations and b) how the demographic and selective history shapes the diversity and differentiation of the HLA genes on those populations. The Native American populations present a peculiar evolutive history, with demographic pattern that are distinct from other populations in the world. Previous studies suggest that they have: a) low genetic diversity and high inter-populational diversity compared to the other world populations; b) a diversity decreasing gradient on the north-south direction of the American continent; c) high levels of genetic variability between populations that live in the western South American region, compared with the eastern ones. However, these findings are based on studies that present a sampling deficiency for the Amerindian populations located on the Amazon River lowlands. On the present study we suppress this deficiency by analyzing 11 populations of the Amazon River lowlands and 3 populations of the Brazilian South-Center. We have observed that: a) the populations of the East and West of the South America are highly differentiated, in accordance with previous studies; b) the differentiation among the Eastern South America is greater than among the Western ones (Andean region and Northwestern South America) agreeing with previous studies; c) the larger differentiation among the Eastern South American populations is caused by specific groups (Ache, Arara do Iriri, Araweté, Suruí and Ticuna Tarapaca), which present peculiar evolutive histories; d) analysis that exclude these high differentiation level populations shows that for the remaining group, the differentiation level of the Eastern regions is similar to the differentiation levels found on the Western regions of the South American continent, corroborating the morphological studies; e) the east of the South America is divided in two distinct populational groups (Amazon Southwest and the Amazon East/South Central of South America) and with different genetic ancestry (the Amazon West with greater genetic component form the Northwestern South America and the Amazon East/South Central with greater Andean genetic component), agreeing with the migration routes model proposed by SCHMITZ, 1983. The HLA genes, located on the MHC region, are involved on the adaptative immune response and have the function of presenting peptides on the cellular surface. Various studies show that the HLA genes are evolving under balancing selection. The genetic variability profile of the HLA genes on the Native American populations (with great number of alleles and some with a frequency very distinct from other world regions) differs from the other genes so far analyzed in these population. On the present study we investigate the contributions of the demographic history on shaping the genetic variability of the regions adjacent to the HLA genes on Native-American populations. To accomplish that, we compared the profile of 16 microsatellites of the MHC region with 61 microsatellites spread through the genome (demographic control) in 28 Native American populations, 1 African population (Ovimbundu) and 1 European population (Portuguese). We observed that: a) the microsatellites of the MHC region present a high linkage disequilibrium among themselves, corroborating previous studies; b) present higher inter-populational differentiation than the microsatellites spread through the genome. This signal is opposed to the ones we expected from genes that are evolving under balancing selection. Previous studies show that even populations composed by groups of distinct HLA alleles present low levels of differentiation. We suggest that the selection could be favoring specific allele (or allele group) in different geographic regions, and since the populational differentiation indexes such as FST estimate the variance of the allelic frequencies, it would be \"blind\" to the difference on the allelic composition of the populations. As a case study, e investigate the HLA-B gene, which, in the American native populations, present a group composed by endemic allele and alleles that occur in high frequency on the American continent and in low frequency outside of it. With the intention of verifying if there are signs of selection on the regions adjacent to this gene, we have analyzes 6 microsatellites flanking to the HLA-B in 28 native populations. We estimated the heterozygosis of the microsatellites associated to a determined HLA-B allele as well as the degree of association of the microsatellite alleles with the HLA-B lineage and alleles. The analysis showed that: a) in general, the heterozygosis associated to the endemic alleles is similar to the one observed in cosmopolitan alleles (with exception of the HLA-B&lowast;3909 and B&lowast;3543); b) the differentiation observed from the adjacent microsatellites is greater between the HLA-B lineages than inside the lineages; c) specific microsatellites haplotypes present strong association with the HLA-B lineages. These results are surprising since the HLA-B lineages have existed even before the human speciation. We suggest that the low heterozygosis associated to the lineages could be related to two factors: a) the populational bottleneck occurred during the modern human entrence on the American continent; b)selection acting on the favoring, not only of the alleles, but also on the HLA-B lineages. In conclusion, despite the intense demographic history, the Native American populations present signs of selective forces acting on the MHC region

Raça e etnia são substitutos ruins para ancestralidade genética. O uso de marcadores genéticos de ancestralidade melhoram o quadro significativamente, especialmente em populações miscigenadas como a brasileira. Nós determinamos o genótipo de 547 pessoas de São Paulo, Brasil de 90 marcadores de ancestralidade que distinguem origem semítica de européia. Ancestralidade centro-sul asiática (CSA) correspondeu a 29% do total, o segundo maior grupo. Outras análises indicam que esta contribuição genética semítica é derivada dos cristãos-novos durante o período colonial brasileiro. Nós então investigamos se ancestralidade africana geneticamente determinada está associada a alterações neuropatológicas comunmente ligada à demência, conforme sugerido por estudos de negros nos Estados Unidos. Nós estudamos 202 cérebros obtidos entre 2004 e 2009 no banco de encéfalos do Grupo de Estudos de Envelhecimento Cerebral da Faculdade de Medicina da USP, identificando a presença de placas neuríticas, emaranhados neurofibrilares, arterioloesclerose, infartos cerebrais e corpúsculos de Lewy. Nós também ajustamos os resultados para múltiplos fatores de risco e genótipo de APOE. Ao contrário de estudos prévios, indivíduos com ancestralidade africana apresentaram menor prevalência de placas neuríticas nas análises univariada e multivariadas. Os resultados são robustos e não se alteram quando restringimos a comparação aos que se auto-declaram brancos, nem quando ajustamos para genótipo de APOE4, ou quando ajustamos para idade e sexo somente. Pela primeira vez nós demonstramos com marcadores genéticos de ancestralidade, que ancestralidade africana é protetora para a neuropatologia da doença de Alzheimer. Nosso uso de ancestralidade determinada geneticamente tem implicações diretas no estudo da genética de doenças complexas / Race/ethnicity is poor surrogate for estimating ancestry. Genetic testing using ancestryinformative markers are a significant improvement, especially in admixed populations such as the Brazilian population. We have genotyped 547 inhabitants of São Paulo, Brazil for 90 ancestryinformative markers that have previously been shown to distinguish individuals with Semitic and European ancestry. Central-South Asian (CSA) ancestry emerged as the second largest cluster within our population (29%). Further comparisons indicated that this semitic contribution to the Brazilian gene pool is likely derived from Portuguese New Christians during colonial times. We then investigated whether genetically-determined African ancestry is associated with neuropathological changes commonly associated with dementia, as suggested by studies in African Americans. We studied 202 brains obtained in the brain bank of the Brazilian Aging Brain Study Group of the University of Sao Paulo between 2004 and 2009 for presence of neuritic plaques, neurofibrillary tangles, small vessel disease, brain infarcts, and Lewy bodies. We also adjusted the results for multiple environmental risk factors and APOE genotype. Contrary to previous studies, subjects with African ancestry showed lower prevalence of neuritic plaques in the univariate and multivariate analysis. The results are robust and are not altered when studying only those who self-defined themselves as Whites, when adjusting for APOE4 status only, or when adjusting for age and sex only. We therfore showed for the first time, using geneticallydetermined ancestry markers, that African ancestry is highly protective of Alzheimer\'s disease neuropathology. Our use of genetically-determined ancestry has led to results that have direct implications on the study of the genetics of complex diseases

O composto GN-04 foi utilizado no presente trabalho, tendo por objetivo: a) avaliar o efeito do processo dispersivo em subpopulações de milho com diferentes tamanhos efetivos, e submetidas previamente à seleção divergente para alta e baixa produção; b) avaliar a capacidade de combinação e o potencial heterótico dessas subpopulações e c) estimar componentes da variância genética no composto GN-04, usando o esquema de cruzamento em cadeia. Um lote do referido composto foi plantado visando à obtenção de três diferentes progênies: S1, por autofecundação; irmãos germanos, cruzamento planta a planta e cruzamentos em cadeia, seguindo o esquema 1 x 2, 2 x 3 e 3 x 1. Foram obtidas 77 progênies S1, 75 de irmãos germanos e 72 cadeias, contituidas de três cruzamentos. As progênies de cada tipo foram avaliadas em ensaios distintos, em dois locais, de acordo com o delineamento em blocos casualizados, com três repetições. Os caracteres avaliados foram: altura da planta (AP), altura da espiga (AE), comprimento da espiga (CE), diâmetro da espiga (DE), peso de espigas (PE) e prolificidade (PR). Com base nos valores médios do caráter PE, foram selecionadas 10 progênies de irmãos germanos,10 de S1 e 10 cadeias, sendo cada grupo de materiais constituído das cinco progênies ou cadeias mais produtivas, e das cinco menos produtivas. A recombinação das progênies selecionadas ou cadeias ensejou a obtenção de subpopulações com diferentes tamanhos efetivos: N1, N2 e N3, que correspondem a taxas de endogamia de 50%, 25% e 17%, para S1’s, irmãos germanos e cadeias, respectivamente. Essas subpopulações foram avaliadas posteriormente com base no seu desempenho per se e em cruzamentos ‘topcrosses’ e dialélicos. Os resultados desta avaliação mostraram que o tamanho reduzido das subpopulações provocou o surgimento de valores médios inferiores ou superiores à média estimada da população original, em conseqüência da deriva genética. Os valores médios de todos os caracteres foram afetados pela redução no tamanho efetivo das subpopulações, em conseqüência da depressão por endogamia, a qual se expressou com mais intensidade no caráter PE: em subpopulações com N3 e N1, no nível de seleção positiva, o efeito da depressão foi de 5,20% e 20,07%, respectivamente, e no nível de seleção negativa, 15,98% e 55,76%, respectivamente. A seleção divergente entre subpopulações resultou em diferenciação genética suficiente para expressar heterose em cruzamentos entre subpopulações com o mesmo tamanho efetivo. As estimativas da variância aditiva do composto GN-04, com base na análise da variância conjunta dos experimentos com progênies de cruzamentos em cadeia, para os caracteres PE, CE, DE, PR, AP e AE foram, respectivamente: 128,00 (g/pl)², 1,490 (cm/esp.)², 0,1704 (cm/esp.)², 0,0200 (esp./pl)², 256,55 (cm/pl)² e 136,80 (cm/pl)². Estimativas negativas da variância aditiva foram obtidas para os caracteres CE, DE, AP e AE; para os caracteres PE e PR as estimativas foram 185,00 (g/pl)² e 0,0188 (esp./pl)², respectivamente. O delineamento de cruzamentos em cadeia de tamanho 3, tendo em vista a facilidade de execução, pode ser uma alternativa a delineamentos de execução mais complexa para estimar componentes da variância. / The composite GN-04 was used in the present work with the objetives: a) evaluation of the effect of the dispersive process in subpopulations of maize with different effective sizes, and submitted to divergent selection for higth and low yield; b) evaluation of the combining ability and heterotic potential of the subpopulations; and c) to estimate components of the genetic variance in the composite GN-04, using chain crosses. A pollination block of the base population was planted for the development of three different progenies: S1 progenies obtained by selfing, full-sib progenies obtained by plant-to-plant crosses, and chain crosses following the scheme: 1 x 2, 2 x 3 e 3 x 1. The numbers of progenies were: 77 S1´s, 75 full-sibs and 72 chains represented by three crosses in each chain. The progenies from each type were evaluated in different experiments in two locations following the randomized complete block design with three replications. The following traits were analysed: plant height (AP), ear height (AE), ear length (CE), ear diameter (DE), ear weight (PE) and prolificacy (PR). Observed means of PE were used for selection of 10 full-sib progenies, 10 S1´s progenies and 10 complete chains, each group being represented by five high yielding and five low yielding progenies or chains. The recombination of the selected progenies or chains, individually, led to the development of subpopulations with different effective sizes: N1, N2 and N3, corresponding to inbreeding rates of 50%, 25% and 17% for S1´s, full-sibs and chain crosses, respectively. The subpopulations were later evaluated based on their performance per se, in the topcrosses and in diallel crosses. Results showed that the reduced size of the subpopulations led to changes in the means of the evaluated traits, which were smaller or higher than the original means as a consequence of genetic drift. On the average, all traits showed a decrease in the mean as a consequence of inbreeding depression. The most depressive trait was PE and the depression effects in subpopulations with N3 and N1 were 7.17% and 22.94% in the positive selection and 16.85% and 55.91% in the negative selection. The divergent selection among subpopulations led to a genetic differentiation sufficient for the expression of heterosis in crosses between subpopulations in the same level of effective size. The estimates of the additive genetic variance in the composite GN-04 were obtained from the analysis of chain crosses. The estimates for the traits PE, CE, DE, PR, AP and AE were, respectively: 128.00 (g/pl)², 1.490 (cm/esp.)², 0.1704 (cm/esp.)², 0.0200 (esp./pl)², 256.55 (cm/pl)² and 136.80 (cm/pl)². Negative estimates of the dominance variance were obtained for the traits CE, DE, AP and AE; for the traits PE and PR, the estimates were 185.00 (g/pl)² and 0.0188 (esp./pl)², respectively. The mating design based on chain crosses with size 3 was considered feasible and easy to be used and can be a reliable alternative as compared with other more complex designs.

Os métodos de amostragem por conveniência procuram maximizar o volume das amostras e podem, neste sentido, ser bastante eficazes, porém, o esperado é que venham a comprometer a acurácia e a precisão na representação de espécies em sub-bosque floretal. Isto se deve ao fato dos pesquisadores, usualmente, alocarem as redes-neblina em locais conhecidos por atrair uma maior abundância de animais e onde estes apresentariam uma redução em sua habilidade para detectar e se esquivar à rede-neblina, como em rotas de voo, fontes alimentares e abrigos. A alocação determinística das redes pode, desta forma, resultar em um elevado viés amostral, caracterizado pela superamostragem de algumas espécies que, frequentemente, utilizam estes espaços, em detrimento daquelas que, ao contrário, estariam sendo sub-representadas por não os utilizarem na mesma proporção. Baseado nisto, este estudo teve por principal objetivo o desenvolvimento de método padronizado, que pudesse elevar a acurácia e a precisão na obtenção de dados populacionais de quirópteros em sub-bosque florestal, com foco na amostragem sistemática. Como procedimentos metodológicos, uma área amostral de 8,82 ha foi delimitada em três fragmentos florestais, no interior do estado de São Paulo, dos tipos vegetacionais cerradão (22º15\'S e 47º39\'W), floresta estacional semidecidual (22º09\'S e 47º33\'W) e eucalipto (22º11\'S e 47º39\'W), para o que um conjunto móvel de doze redes-neblina foi utilizado na captura e recaptura dos quirópteros, no período de jul/2009 a jun/2010, totalizando um esforço amostral de 155.520 h.m2. A taxa de detecção das redes-neblina foi estimada, através de observações em tempo real, e utilizada na correção das estimativas populacionais. A habilidade de detecção e esquiva à captura foi elevada, porém, não diferiu do observado nas rotas de voo, anteriormente demonstrado por estudos comportamentais. O resultado disto foi o registro de quatorze espécies e, pela correção das estimativas, Desmodus rotundus foi a dominante na região e no eucalipto, enquanto que Micronycteris microtis foi a espécie mais abundante no cerradão e, Glossophaga soricina, na floresta estacional semidecidual. A abundância da Carollia perspicillata não foi corrigida, devido a sua elevada taxa de recaptura atribuída à redução na habilidade para detectar as redes, levando a uma redução de sua importância, dentre as espécies dominantes, na região e nos fragmentos de vegetação nativa. De forma inovadora, foi possível estimar o índice de densidade e o padrão de distribuição populacionais, e, ainda, dada a padronização espacial, compreender a influência de aspectos como a altitude e a declividade do solo, a densidade da vegetação, a presença e a altura do dossel florestal, sobre as populações de quirópteros. Assim, foi concluído que a amostragem sistemática pode ser mais acurada e precisa para os estudos populacionais por reduzir os vieses amostrais dos métodos de amostragem por conveniência, aumentar nossa compreenção sobre os parâmetros populacionais e a forma com que os quirópteros interagem com o ecossistema florestal, e potencializar a comparação de dados em diferentes situações e localidades. / Bats population convenience sampling methods mostly focus on maximizing sample volumes. This method can be highly effective in delivering significant number of samples, but on the other hand can potentially compromise accuracy and precision in representation of species potentially available in understory forests. This is due to the fact that researchers tend to position mist-nets according to known places by attracting greater abundance of bats and where its might be less attentive to the presence of mist-nets, such as bats flyways, food sources and shelters. However, the deterministic approach for mist-nets placement allocation may lead to a misrepresentation of the species in specific habitats and result in oversampling of the species that usually occur in those places. Based on this, the key objective of this study was to develop an standardized protocol that enhances accuracy and precision when collecting bat samples in understory forest, with focus on the evaluation of the systematic sampling. An sample area of 8.82 ha was delimited in three forest fragments within São Paulo State. These were of the vegetation types of cerradao (22º15\'S to 47º39\'W), semideciduous florest (22º09\'S to 47º33\'W) and forestation of eucalyptus (22º11\'S to 47º39\'W). A mobile set of twelve mist-nets was used to capture and recapture of bats from the Jul/2009 to Jun/2010, totaling a sampling effort of 155,520 h.m2. The detectation rate of mist-net of bats was estimated by observations in real time and was used to obtain correct population estimates. The ability of bats to detect and evade capture was hight, but consistent with observed for the flyways, earlier demonstrated by behavioral studies. The result of this was fourteen species recorded in the understory of the different forest fragments, and through the correctness of the estimates, the Desmodus rotundus was dominant in the region and in eucalyptus, while Micronycteris microtis was the most abundant specie in the cerradao and Glossophaga soricina in the semideciduous forest. The abundance of the Carollia perspicillata has not been corrected, due to its hight rate of recapture what was possibly the result of a reduced ability to detect the mist-net, leading to a reduction in your importance amoung the dominant species in the region and fragments of native vegetation. The proposed systematic design innovated and led to enhanced accuracy and precision, beyond to enable the estimate density level and the population distribution patterns. Thus, the spatial standardization in allocation mist-nets provides far representation of the influence of all habitat conditions on the bat populations, such as altitude and slope soil, vegetation density, presence and height of the forest canopy. Therefore, the overall conclusion was that the systematic sampling can be more accurate and precise for bats population studies by reduce convenience sampling methods biases, increase the understanding bats interaction with the forest ecosystem and the potentiate data comparation in different situations and localizations.

Nannotrigona testaceicornis é uma espécie de abelha sem ferrão sendo que seus ninhos são largamente encontrados na zona urbana. Os meliponíneos estão entre os principais polinizadores da flora brasileira, no entanto, muitas espécies estão seriamente ameaçadas de extinção em consequência da perda do habitat e isolamento causados principalmente pelo desmatamento, uso indiscriminado de defensivos agrícolas e grandes queimadas, pois tais alterações resultam em ecossistemas fragmentados, formando mosaicos de vegetação remanescente, mergulhados numa paisagem antropizada. Nesse processo, grandes populações são reduzidas e subdivididas, o que pode acarretar alterações ecológicas e genéticas. Estudos populacionais de espécies de meliponíneos ainda são muito escassos, fazendo-se necessário a ampliação desses estudos para uma melhor compreensão da dinâmica populacional dessas abelhas. Neste contexto, este trabalho teve como objetivo a realização de um estudo populacional em ninhos amostrados nos estados de São Paulo e Minas Gerais, utilizando-se o mtDNA como ferramenta molecular. As análises através de PCR+RFLP de 05 regiões do mtDNA não revelaram polimorfismos nas populações estudadas, sendo detectado apenas um haplótipo. O estudo através do sequenciamento de um fragmento do gene COI I de sessenta operárias provenientes do campus da USPRP, Ribeirão Preto, Bonfim Paulista, Franca, Campinas, São Paulo, Uberlândia, Várzea da Palma, Viçosa e Caratinga, revelou a presença de cinco haplótipos nas populações amostradas dos quais três eram exclusivos de uma única populaçaõ e um era compartilhado por 70% das populações. A média da diversidade haplotípica (Hd= 0,264), e a diversidade nucleotídica (=0,00386) foram avaliadas revelando uma baixa divergência entre os haplótipos encontrados. As análises estatísticas revelaram que as populações estudadas estão estruturadas em três grupos, sendo esta estruturação um reflexo de eventos antigos em consequência de mudanças climáticas devido às glaciações do Pleistoceno levando a um gargalo populacional e posterior dispersão, juntamente com a barreira geográfica do mosaico de montanhas do complexo da Serra do Espinhaço que isolou duas das populações estudadas (Viçosa e Caratinga) levando à diferenciação das mesmas. / Nannotrigona testaceicornis is a stingless bee species whose nests are widely found in urban regions. The meliponines are among the most important Brazilian flora pollinators, however, many species are in seriously extinction danger due to habitat loss and isolation caused by deforestation, indiscriminate use of agricultural defensives, and great extent burnings. These changes result in fragmented ecosystems, in small extent of land showing residual vegetation, and in a human impacted landscape. In this process, large populations are reduced and subdivided, leading to ecological and genetic changes. Population studies of meliponine species are still scarce, showing the necessity of more investigation to a better understanding of the population dynamics of these bees. In this context, this work aimed to perform a population study in nests sampled in São Paulo and Minas Gerais states, using the mtDNA as a molecular tool. The PCR+RFLP analyses of five mtDNA regions did not show polymorphisms among the studied populations, and just one haplotype was detected. The study through CO I gene fragment sequencing in sixty workers collected in ten different places from the two Brazilian states mentioned above revealed the presence of five haplotypes. Three of them were exclusive to just one population and one was shared by 70% of the studied populations. The average haplotype diversity (Hd= 0.264) and the average nucleotide diversity (=0.00386) were estimated and showed low deviation among the haplotypes. The statistical analyses revealed that the studied populations are structured in three groups. This split may be explained as a consequence of ancient events caused by climatic changes due to Pleistocene glaciations resulting in a population bottleneck and later dispersion; in addition to these, a geographical barrier formed by the Serra do Espinhaço mountain complex, had isolated two of the studied populations (Viçosa and Caratinga), conducing them to differentiation.