Os aspectos da pesca do espada, Trichiurus lepturus (Linnaeus, 1758) (Trichiuridae), foram descritos e analisados para as artes de pesca artesanal de linha-de-mão em Arraial do Cabo (RJ) e cerco flutuante em Porto Belo (SC), e da pesca comercial de arrasto de fundo com parelhas na costa de São Paulo. Verificaram-se tendências crescentes na produção da espécie, principalmente na pesca artesanal. Foram utilizados marcadores moleculares tipo RAPD para analisar a estrutura genético-populacional da espécie com exemplares de Belém (PA), Natal (RN), Arraial do Cabo (RJ), Guarujá (SP), Porto Belo (SC) e Rio Grande (RS), evidenciando-se uma população distinta em Belém, enquanto as demais não apresentaram estruturação definida. A dinâmica de populações foi analisada para exemplares de Arraial do Cabo, São Paulo e Porto Belo, coletados mensalmente de janeiro/2002 a julho/2003. A desova da espécie é parcelada com período reprodutivo ocorrendo do verão ao início do inverno. As fêmeas maduras migram para a plataforma encontrando-se com os machos maduros que ali permanecem, retornando à costa após a desova. O comprimento médio de primeira maturação sexual variou de 647 a 670mm (Lt) para fêmeas, e de 526 a 650mm para machos. As estimativas dos parâmetros de crescimento foram as seguintes: para fêmeas Loo de 1740 a 2010mm; k de 0,12 a 0,15/ano e t0 de -1,642 a -2,517 anos; para machos Loo de 1373 a 1580mm; k de 0,17 a 0.25/ano e t0 de -1,662 a -1,866 anos. A longevidade foi cerca de 14 anos. As taxas de mortalidade natural variaram de 0,20 a 0,29/ano. O modelo de rendimento relativo por recruta indicou que as taxas de mortalidade por pesca do espada estão próximas ou já ultrapassam os limites do rendimento máximo sustentável. / The fishery aspects of the cutlassfish, Trichiurus lepturus (Linnaeus, 1758) (Trichiuridae), were analyzed for the artisanal fishery of line and hook of Arraial do Cabo (RJ) and floating encirclement of Porto Belo (SC), and of the commercial paired bottom trawlers in the coast of São Paulo. Tendencies in increasing yields were detected, mainly in the artisanal fishery. RAPD markers techniques were employed in order to analyze the genetic-population structure of the cutlassfish from Belém (PA), Natal (RN), Arraial do Cabo (RJ), Guarujá (SP), Porto Belo (SC) and Rio Grande (RS), showing a different population in Belém, while the others did not show a clearly defined structure. The population dynamics were analyzed for fishes of Arraial do Cabo, São Paulo and Porto Belo, collected monthly of January/2002 to July/2003. The cutlassfish spawning is parceled with reproductive period from the summer to the beginning of the winter. Ripe females migrate offshore to mate with ripe males that stay there, returning to the coast just after spawning. The length of first sexual maturity varied from 647 to 670mm (Lt) for females, and 526 to 650mm for males. The estimates of growth parameters were: for females Loo from 1740 to 2010mm; k from 0,12 to 0,15/year and t0 from -1,642 to -2,517 years, and for males Loo from 1373 to 1580mm; k from 0,171 0.255/year and t0 from -1,662 to -1,866 years. The longevity was about 14 years. The natural mortality rate varied from 0,20 to 0,29/year. The relative yield per recruit model showed that fishing mortality rates of the cutlassfish are close or just exceeding the limits of the maximum sustainable yield.

O gênero Candida é responsável pela maioria das infecções fúngicas nosocomiais. A identificação do provável foco de origem é de extrema importância para elucidar a epidemiologia desse tipo de infecção e nesse sentido, a utilização de métodos de tipagem, que avaliam características fenotípicas e moleculares dos isolados, é essencial. Assim, o objetivo desse estudo foi tipar isolados de C. albicans, antes e após armazenamento e em diferentes ocasiões de coleta, a fim de verificar a manutenção dos biotipos apresentados, e o poder de discriminação dos métodos utilizados. Foi avaliada a microbiota leveduriforme da saliva de 73 estudantes universitários (tempo 0) sendo que após 180 dias (tempo 180) foi realizada nova coleta de saliva daqueles que apresentaram isolamento de C. albicans na primeira coleta. Os isolados foram analisados por ocasião das duas coletas, quanto à produção de exoenzimas fosfolipase e proteinase, pela morfologia das colônias, pelo perfil de suscetibilidade frente à anfotericina B, fluconazol e itraconazol e pela tipagem molecular por RAPD. As leveduras, após isoladas, foram armazenadas em ágar Sabouraud dextrose (ASD) e água destilada esterilizada. Após 180 dias, foram realizadas, novamente, as provas de tipagem. Todos isolados de C. albicans foram produtores de fosfolipase, nas duas coletas, embora tenha havido oscilação de atividade enzimática entre moderada e alta, no período. O enzimotipo prevalente nos tempos 0 e 180 foi, respectivamente, 22 e 32. Com relação à proteinase, 100% das leveduras apresentaram atividade moderada da enzima no tempo 0. No tempo 180 esse percentual foi de 85%, sendo que os demais não apresentaram atividade dessa enzima. Após armazenamento em ASD e água destilada, foi detectada alteração da atividade de ambas enzimas e conseqüente mudança de enzimotipos, em 40 e 30% dos isolados, respectivamente. Foram identificados 8 morfotipos diferentes de C.albicans no tempo 0 e apenas 50% foi mantido no tempo 180. O morfotipo mais comum foi 000-0. Após armazenamento, a maioria dos isolados apresentou alteração no morfotipo. Todos isolados mostraram-se sensíveis aos antifúngicos analisados nos tempos 0 e 180, denotando apenas um antifungotipo, o 111. Somente um isolado após estocagem em ASD, teve mudança de perfil de sensível para dose dependente ao itraconazol de modo que o antifungotipo foi alterado. A tipagem molecular por RAPD, com os primers OPA-09, OPB-11 e OPE-18, mostrou 19 tipos moleculares distintos entre os isolados obtidos na primeira coleta e permitiu identificar que um isolado de C.albicans obtido no tempo 180, não era relacionado ao obtido, do mesmo indivíduo, no tempo 0. Os demais mostraram perfil de fragmentos de DNA relacionado entre as coletas. Após estocagem, por ambos métodos, todos isolados mostraram correlação genética com o padrão obtido no tempo 0. Os resultados obtidos demonstram que os métodos de conservação aplicados neste estudo não permitem a manutenção da estabilidade das características fenotípicas avaliadas. Por outro lado, além da estabilidade dos biotipos gerados, a tipagem molecular por RAPD mostrou o melhor índice discriminatório, dentre as metodologias utilizadas, ratificando sua capacidade em diferenciar isolados, de uma mesma espécie e, portanto a sua utilidade em inquéritos epidemiológicos. / The Candida genus is responsible for most nosocomial fungal infections. The identification of the probable origin focus is very important to elucidate the epidemiology of this kind of infection and so, the usage of typing methods that evaluate phenotypic and molecular characteristics are essential. Therefore, the objective of this study was to type C. albicans isolates, before and after culture storage and in two different collection occasions to verify the biotype maintenance and the discriminatory power of the utilized methods. The salivary yeast microbiota of 73 university students (time 0) was evaluated and after 180 days (time 180) a new saliva collection of those that had presented C. albicans on the first collection was made. The isolates were analysed, in the two collection occasions on the basis of exoenzymes phospholipase and proteinase production, by colonial morphology, susceptibility profile to amphotericin B, fluconazole and itraconazole and according to molecular typing by RAPD. After isolation, the yeasts were storaged on Sabouraud dextrose agar (SDA) and in sterile distilled water. After 180 days, typing tests were carried out again. All C. albicans isolates were phospholipase productors, in both collections, even though enzyme activity had oscillated between moderate and high at that period. The prevalent enzymotype at time 0 and 180 were, respectively, 22 and 32. In relation to the proteinase, 100% of the yeasts showed moderate enzyme activity at time 0. At time 180, this percentage was 85%, and the others didn`t show enzyme activity. After storage on SDA and in distilled water, it was detected activity alteration of both enzymes and consequent enzymotype change, in 40 and 30% of isolates, respectively. Eight different C. albicans morphotypes were identified at time 0 and just 50% were maintained at time 180. The most common morphotype was 000-0. After storage most isolates presented changes in the morphotype. All isolates showed susceptibility to the analysed antifungals at times 0 and 180, showing just one antifungaltype, the 111. Only one isolate, after storage on SDA had a profile change from susceptible to dose dependent susceptible to itraconazole in a way that the antifungaltype wasn`t changed. The molecular typing by RAPD, with primers OPA-09, OPB-11 and OPE-18, showed 19 distinct molecular types among first collection isolates and allowed to identify that one C. albicans isolate from time 180 wasn`t related with the isolate obtained at time 0, from the same individual. The others showed DNA fragment profiles related between collection occasions. After storage by both methods, every isolate showed genetic relatedness with the profile obtained at time 0. The obtained results showed that the preservation methods used in this study don`t allow stability maintenance of the phenotypical characteristics evaluated. On the other hand, besides biotypes generated stability, the molecular typing by RAPD showed the best discriminatory index, between methodologies used, ratifying its ability in discriminating isolates of the same specie and so, its utility in epidemiological inquiries

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 550423 bytes, checksum: 038e82245fcf06c56e234826a321a4a6 (MD5) Previous issue date: 2006-09-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Ninety seven bacteria from the rumen and eighty seven ones from the feces were isolated from three dairy cows, feeding ration (24% protein) and corn ensilage. The resistance of the isolates to antibiotics were evaluated by using the agar dilution procedure for the following antimicrobials: nalidixic acid (NAL), ampicillin (AMP), chloramphenicol (CHL), erythromycin (ERY), streptomycin (STR), penicillin (PEN) and tetracycline (TET). The genetic diversity of 29 isolates from the rumen and 28 isolates from the feces were evaluated by Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Approximately fifty seven percent isolates were obtained from animal one, thirteen percent from animal two, and twenty nine percent from animal three. The percent isolates obtained from feces were 62.1; 10.3; 27.6 for animal one, two and three, respectively. Considering all rumen isolates, the percent isolates resistant to the antimicrobial under test were: NAL 100 %; AMP 59.8 %; CHL 3.1 %; ERY 21.6 %; SRT 10.3 %; PEN 97.9 %; and TET 78.3 %. The overall resistance of the isolates from the feces were: NAL 100 %; AMP 54.0 %; ERY 20.7 %; STR 2.3 %; PEN 96.5 %; and TET 32.2 %. No isolates from the rumen or feces were simultaneously resistant to all antibiotics. The rumen isolates presenting the highest number of resistance marks were simultaneously resistant to six antibiotics, whereas the feces isolates were simultaneously resistant to five antibiotics. Among the rumen isolates showing six or five marks, neither one was resistant to chloramphenicol. Most isolates showing four marks were simultaneously resistant to the nalidixic acid, ampicillin, penicillin and tetracycline, whereas most isolates showing three marks were resistant to the nalidixic acid, ampicillin and penicillin. Those data suggest the profile resistant of the isolates from the rumen to be related to the resistance pattern of the isolates from the feces, relative to nalidixic acid, ampicillin, erythromycin, penicillin and tetracycline. The values of the genetic distance for rumen isolates ranged from 58% to 100%, therefore indicating high genetic diversity among those isolates. The values of the genetic distance among the feces isolates ranged from 16% to 96%, so indicating a high genetic diversity among isolates, as being those values lower, compared to rumen isolates. / Neste trabalho, foram isoladas 97 bactérias do rúmen e 87 bactérias das fezes de três bovinos, alimentados com ração (24% proteína) e silagem de milho. A resistência dos isolados bacterianos aos antibióticos foi avaliada, por meio do método de diluição em agar, utilizando-se os seguintes antimicrobianos: ácido nalidíxico (NAL), ampicilina (AMP), cloranfenicol (CHL), eritromicina (ERY), estreptomicina (STR), penicilina (PEN) e tetraciclina (TET). A diversidade genética de 29 isolados do rúmen e 28 isolados das fezes foi avaliada, por meio da técnica de polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD). Dentre as bactérias isoladas do rúmen, aproximadamente cinqüenta e sete por cento foram obtidas do animal 1, treze por cento obtidas do animal 2 e vinte e nove por cento foram obtidas do animal 3.Os percentuais de isolados, obtidos das fezes, foram 62,1, 10,3 e 27,6 para os animais 1, 2 e 3, respectivamente. Considerando todos os isolados do rúmen, os percentuais de isolados resistentes aos antibióticos foram: NAL 100 %, AMP 59,8 %, CHL 3,1 %, ERY 21,6 %, STR 10,3 %, PEN 97,9 % e TET 78,3 %. Para todos os isolados das fezes, os percentuais de isolados resistentes foram: NAL 100 %, AMP 54,0 %, ERY 20,7 %, STR 2,3 %, PEN 96,5 % e TET 32,2 %. Nenhum isolado do rúmen ou das fezes foi, simultaneamente, resistente aos sete antibióticos. Os isolados do rúmen, que apresentaram maior número de marcas de resistência, foram simultaneamente resistentes a seis antibióticos, enquanto os obtidos das fezes foram simultaneamente resistentes a cinco antibióticos. Entre os isolados do rúmen, que apresentaram resistência a cinco ou seis antibióticos, nenhum foi resistente ao cloranfenicol. A maioria dos isolados, que apresentaram quatro marcas, foram simultaneamente resistentes ao ácido nalidíxico, à ampicilina, à penicilina e à tetraciclina, enquanto a maioria dos isolados que apresentaram três marcas de resistência foram resistentes ao ácido nalidíxico, à ampicilina e à penicilina. Os dados obtidos indicam uma provável relação entre o perfil de resistência das bactérias do rúmen e perfil de resistência das bactérias das fezes, quanto aos antibióticos: ácido nalidíxico, ampicilina, eritromicina, penicilina e tetraciclina. Os valores de distância genética para os isolados do rúmen variaram de 58% a 100 %, indicando grande diversidade genética entre esses isolados. Os valores de distância genética entre os isolados das fezes variaram de 16 % a 96 %, indicando grande diversidade genética entre os isolados, sendo estes valores menores em comparação com os isolados do rúmen.

A mandioca (Manihot esculenta Crantz), apesar de ser muito cultivada e consumida no país, é uma planta da qual se conhece pouco sobre características intrínsecas do vegetal e as transformações bioquímicas que ocorrem em suas raízes tuberosas. Os traços fenotípicos das raízes foram usados para classificações empíricas, mas o emprego de técnicas de biologia molecular ainda é pouco utilizado para mostrar novos marcadores moleculares que poderiam identificar, além de traços agronômicos, fatores nutricionais, sensoriais e de qualidade que afetam essas raízes comestíveis. A participação de enzimas endógenas, como a α-amilase, pode estar relacionada com o processo de deterioração pós-colheita, no caso, fornecendo energia para o desenvolvimento microbiano. Os objetivos do presente trabalho foram avaliar a diversidade genética entre cultivares de mandioca, as expressões gênicas de α-amilase e da amido-sintase ligada ao grânulo, e a atividade amilolítica total. Amostras de variedades de mandioca, consideradas doce, foram coletadas nas reservas indígenas de Juruti e Caxiuanã, PA, e mantidas na Embrapa Agrobiologia (Seropédica, RJ). Para as análises de diversidade genética, foi extraído o DNA de folhas de 30 amostras e utilizado como molde em PCR-RAPD, a partir de 20 oligonucleotídeos do conjunto Operon W. Os amplicons foram submetidos à eletroforese em gel de agarose e fotodocumentados. Os padrões obtidos por PCR-RAPD foram agrupados através de coeficiente de Pearson e expressos sob dendograma. As análises por RAPD, utilizando o oligonucleotídeo OPW-12, permitiram a distinção das variedades e demonstraram alto grau de similaridade genética entre as amostras de mandioca avaliadas, permitindo a identificação de três grupos. Nestes grupos, estão distribuídas 28 das 30 amostras analisadas, com 75% de similaridade genética entre elas. Paralelamente, amostras de raízes das 30 variedades de mandioca foram empregadas em ensaios de determinação da atividade amilásica, sendo observada ampla variação entre as variedades. Igualmente, para os estudos de expressão gênica da α-amilase e GBSSI, o RNA total foi extraído a partir das raízes de 30 amostras de mandioca, e utilizado como molde na obtenção de c-DNA e posterior amplificação por RT-PCR em tempo real. A análise da expressão relativa demonstrou discreta variação entre as amostras analisadas. Entretanto, somente a amostra 19 (variedade Açaí-Tinga) apresentou variação expressiva na quantificação relativa (3,18) para MEAMY, e as amostras 19 (variedade Açaí-Tinga) e 29 (Jabuti) apresentaram variação expressiva na quantificação relativa de GBSSI (4,13 e 2,58 respectivamente). / Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a worldwide important crop, but some intrinsic feature of this plant remained unclear. Phenotypic characteristics of the roots of cassava are still used to classified them in spite of molecular biology technics to identify agronomic traits, nutritional factors, quality and sensorial parameters of the eatable parts of this plant. Endogenous enzymes, like α-amylase, may be involved on the deteriorative process after harvest by the release of sugars to the microbial proliferation into the roots. The objectives of this study were to use a RAPD assay to identify some DNA variations within and between cassava varieties, expression of α-amylase and granule-bound starch synthase gene, as well as amylolitic activity in the roots. Several cassava accessions were collected from indigenous community Caxiuanã and Juruti, state of Pará. The cultivars were grown in EMBRAPA Agrobiologia, state of Rio de Janeiro. Thirty cassava accessions were sampled to prepare DNA templates from cassava leaf. RAPD was performed using twenty commercial primers OPW, and the amplified DNAs for each sample were run in agarose gel. RAPD patterns were grouped following Pearson\'s coefficient, used to construct a dendogram. RAPD-PCR with primer OPW-12 showed that most varieties of this work showed a very similar fingerprint pattern, indicating that they were likely related. Twenty eight from 30 cassava cultivars analyzed presented more closely genotype, and were distributed into three groups by dendogram. These groups showed similarity coefficient of 75%. Amylolytic activity was determined by quantification of the amount of reducing sugars released during enzymatic reaction with aqueous extract from cassava roots, and variations were observed among cultivars. The evaluation of gene expression showed α-amylase and granule-bound starch synthase genes have been shown to be differentially expressed in some cultivars, with higher expression of MEAMY gene on sample 19, Açaí-Tinga variety, and the same sample 19 and 29, Jabuty variety, for GGSSI gene.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:59:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_juliana_bandeira.pdf: 2631156 bytes, checksum: ca9c7bffe1ab510a5dbabad6a80c602f (MD5) Previous issue date: 2007-03-26 / Medicinal plants are widely used, therefore they are important sources of natural chemical products. However, they can present problems in their use with regard to quality and to genetic identity of the vegetal material. Molecular techniques contribute in the identification of species through the construction of fingerprints, whereas the tissue culture has important hole for providing massive production of plants, free of pathogenic agents and genetically uniforms. Plectranthus includes species that are commonly know as boldo for having anti-dyspeptics and analgesic properties, and stimulant of digestion. The aim of this work was to evaluate the genetic diversity among four species of Plectranthus genus, through RAPD technique and quantitative analysis of their essential oils and to verify the in vitro micropropagation. The DNA extraction and amplification of four Plectranthus species (P. grandis, P. barbatus, P. neochilus e P. amboinicus) was carried out by RAPD. The essential oil of these species was extracted by hidrodestilation. For the establishment of axillaries buds and meristems of P. grandis, P. barbatus and P. neochilus, MS and MS medium supplemented with 0.1 mg L-1 of BAP, 0.01 mg L-1 of ANA and 0.1 mg L-1 of GA3, were used respectively. As alternative medium for the establishment of axillaries buds of P. grandis and P. barbatus, the MS and WPM medium were used complete and with ¾ of the concentration of their salts, combined with 30 and 50 g L-1 of sucrose. Higher genetic similarity was observed between species P. neochilus and P. amboinicus (80%), followed by P. grandis and P. barbatus (77%). Regarding the essential oil concentration, the P. neochilus presented higher value (0.43% b.s.), compared with the P. grandis with lower values (0.09% b.s.). After 40 days of culture, the P. neochilus was the species with better multiplication in MS medium, while for P. grandis and P. barbatus the alternative medium WPM¾ with 30 g L-1 of sucrose presented better condition for the development of both species. The variability detected by RAPD and the diversity of answers obtained during in vitro multiplication, allowed a clear separation among the four analyzed species. / Plantas medicinais são amplamente utilizadas pela população, pois são importantes fontes de produtos químicos naturais. Entretanto, podem apresentar problemas na sua utilização com relação à qualidade e à identidade genética do material vegetal. Técnicas moleculares auxiliam na identificação de espécies através da construção das impressões digitais, enquanto que a cultura de tecidos tem importante papel por proporcionar produção massiva de plantas, livres de agentes patogênicos e geneticamente uniformes. O gênero Plectranthus abrange espécies que são referidas como boldo por possuírem propriedades anti-dispépticas, analgésicas e estimulantes da digestão. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética entre quatro espécies do gênero Plectranthus, através da técnica de RAPD, analisar quantitativamente seus óleos essenciais e a micropropagação in vitro. A extração de DNA e amplificação foi realizada pela técnica de RAPD, de quatro espécies de Plectranthus (P. grandis, P. barbatus, P. neochilus e P. amboinicus). O óleo essencial destas espécies foi extraído através da hidrodestilação. Para o estabelecimento de gemas e meristemas de P. grandis, P. barbatus e P. neochilus foram utilizados os meios MS e MS suplementado com 0,1 mg L-1 de BAP, 0,01 mg L-1 de ANA e 0,1 mg L-1 de AG3, respectivamente. Como meios alternativos para o estabelecimento de gemas do P. grandis e P. barbatus, foram utilizados os meios MS e WPM íntegros e com ¾ da força de seus sais, combinados com 30 e 50 g L-1 de sacarose. Maior similaridade genética foi observada entre as espécies P. neochilus e P. amboinicus (80%), seguido de P. grandis e P. barbatus (77%). Quanto à concentração de óleo essencial, P. neochilus foi o que apresentou maior valor (0,43% b.s.), comparado a P. grandis com valores bem menores (0,09% b.s.). Após 40 dias de cultivo, P. neochilus foi a espécie com melhor multiplicação no meio MS, enquanto para P. grandis e P. barbatus o meio alternativo, WPM ¾ com 30 g L-1 de sacarose apresentou melhor condição para o desenvolvimento de ambas as espécies. A variabilidade detectada através da análise de RAPD e a diversidade de respostas obtidas durante a multiplicação in vitro permitiram uma clara separação entre as quatro espécies analisadas.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aim of this study was to evaluate the in vitro productivity of micro-stumps, in vitro and ex vitro rooting and acclimatization of micropropagated plantlets, and to assess the genetic diversity of Apuleia leiocarpa (Vogel) J. F. Macbride (apuleia) with RAPD markers. Micro-stumps originated from drastic pruning of aseptic seedlings were grown in WPM culture medium supplemented with 0; 2.2; 4.4; 6.6 and 8.8 μM of 6-benzylaminopurine (BAP) and sub-cultured in WPM medium without cytokinin. Apuleia micro-stumps were also grown in WPM, MS or ½ MS, with or without 1.5 g L-1 of activated charcoal. Three shoot collections were done at 30, 60 and 90 days of cultivation. Nodal segments and micro-cuttings were maintained in WPM culture medium with 0; 4.9; 9.8; 14.7 and 19.6 μM of indole butyric acid (IBA). For acclimatization, rotted nodal segments and micro-cuttings were planted in equal proportions of commercial substrate + vermiculite + coarse sand, and commercial substrate + vermiculite. For ex vitro rooting, nodal segments and micro-cuttings were treated or not with 4920 μM of IBA for 10 seconds and cultivated in equal proportions of commercial substrate + vermiculite + coarse sand, commercial substrate + vermiculite, and commercial substrate + coarse sand. For genetic analysis, DNA was extracted from leaf samples of 88 plants of apuleia. Eighteen RAPD primers were tested. The amplified fragments were separated in agarose gel of 1.2% (v/v), containing 3 μL of ethidium bromide. The fragments were marked as absence or presence, generating a binary matrix. Total polymorphism and the relative contribution of each primer for the polymorphism were calculated. The polymorphism information content (PIC) was calculated for each fragment and primer. Cluster analysis was based upon Jaccard similarity and UPGMA method. The conservation of the apuleia micro-stumps in WPM or ½ MS media supplemented with 8.8 μM of BAP and sub-cultured in culture medium without citokynin increases number and length of shoots. Maintaining micro-stumps in culture medium supplemented with activated charcoal increases micro-cuttings production, but in its absence results in callus formation and indirect organogenesis of shoots. Nodal segments were more competent than micro-cuttings for rooting in culture medium without IBA. Substrate composition does not affect survival and growth during acclimatization of in vitro produced plantlets. Nodal segments treated with 4920 μM of IBA and cultivated in commercial substrate + vermiculite + coarse sand show the best responses for ex vitro rooting. Both in vitro conservation of apuleia micro-stumps and ex vitro rooting are promising strategies for plantlet production. The RAPD is a feasible technique for genetic analysis, and it identifies high genetic variability in apuleia. / Os objetivos deste trabalho foram avaliar a produtividade de microcepas mantidas in vitro, o enraizamento e a aclimatização de plantas micropropagadas, assim como avaliar a diversidade genética em Apuleia leiocarpa (Vogel) J. F. Macbride (grápia) com uso de marcadores RAPD. Microcepas oriundas da poda drástica de plantas assépticas foram cultivadas em meio de cultura WPM acrescido de 0, 2,2, 4,4, 6,6 e 8,8 μM de 6-benzilaminopurina (BAP) e subcultivadas em meio de cultura WPM sem citocinina. Microcepas também foram cultivadas em meio de cultura WPM, MS ou ½ MS, acrescido ou não de 1,5 g L-1 de carvão ativado e submetidas a três coletas de brotos aos 30, 60 e 90 dias de cultivo. No enraizamento in vitro, segmentos nodais e microestacas foram mantidos em meio de cultura WPM com 0, 4,9, 9,8, 14,7 e 19,6 μM de ácido indolbutírico (AIB). Na aclimatização das plantas foram testadas as composições de substrato comercial + vermiculita + areia grossa e substrato comercial + vermiculita, em iguais proporções. Para o enraizamento ex vitro, segmentos nodais e microestacas foram tratados ou não com 4920 μM de AIB por 10 segundos e cultivados em iguais proporções de substrato comercial + vermiculita + areia grossa, substrato comercial + vermiculita e substrato comercial + areia grossa. Para as análises RAPD, o DNA foi extraído de amostras foliares de 88 plantas. Foram avaliados 18 iniciadores, sendo a visualização dos fragmentos realizada em gel de agarose preparado a 1,2% (p/v), contendo 3 μL de brometo de etídio e submetido a eletroforese. Os fragmentos foram pontuados com ausência ou presença gerando uma matriz binária. Foi calculada a contribuição relativa de cada iniciador para o polimorfismo bem como o polimorfismo total. Também foi calculado o conteúdo de informação para o polimorfismo (PIC) para cada fragmento e por iniciador. A análise de agrupamento foi realizada com base na similaridade de Jaccard e no método UPGMA. A manutenção das microcepas de grápia em meio de cultura WPM ou ½ MS suplementado com 8,8 μM de BAP, seguido do subcultivo em meio de cultura sem citocinina aumenta o número e comprimento das brotações. O cultivo de microcepas em meio de cultura com carvão ativado aumenta a produção de microestacas por microcepas, enquanto a ausência de carvão ativado favorece a formação de calos e brotos por organogênese indireta. Quanto ao enraizamento in vitro, os segmentos nodais apresentaram maior resposta do que microestacas, sendo necessária a suplementação do meio de cultura com AIB. A composição do substrato não afetou a sobrevivência e o crescimento das plantas produzidas in vitro durante a aclimatização. As melhores respostas de enraizamento ex vitro foram obtidas com segmentos nodais, assim como com explantes tratados com 4920 μM de AIB e cultivados em substrato comercial + vermiculita + areia grossa. Tanto a manutenção in vitro de microcepas quanto o enraizamento ex vitro são técnicas promissoras para a produção de plantas de grápia. O marcador RAPD é eficiente para a análise genética e detectou alta variabilidade genética na grápia.

O gênero Candida é responsável pela maioria das infecções fúngicas nosocomiais. A identificação do provável foco de origem é de extrema importância para elucidar a epidemiologia desse tipo de infecção e nesse sentido, a utilização de métodos de tipagem, que avaliam características fenotípicas e moleculares dos isolados, é essencial. Assim, o objetivo desse estudo foi tipar isolados de C. albicans, antes e após armazenamento e em diferentes ocasiões de coleta, a fim de verificar a manutenção dos biotipos apresentados, e o poder de discriminação dos métodos utilizados. Foi avaliada a microbiota leveduriforme da saliva de 73 estudantes universitários (tempo 0) sendo que após 180 dias (tempo 180) foi realizada nova coleta de saliva daqueles que apresentaram isolamento de C. albicans na primeira coleta. Os isolados foram analisados por ocasião das duas coletas, quanto à produção de exoenzimas fosfolipase e proteinase, pela morfologia das colônias, pelo perfil de suscetibilidade frente à anfotericina B, fluconazol e itraconazol e pela tipagem molecular por RAPD. As leveduras, após isoladas, foram armazenadas em ágar Sabouraud dextrose (ASD) e água destilada esterilizada. Após 180 dias, foram realizadas, novamente, as provas de tipagem. Todos isolados de C. albicans foram produtores de fosfolipase, nas duas coletas, embora tenha havido oscilação de atividade enzimática entre moderada e alta, no período. O enzimotipo prevalente nos tempos 0 e 180 foi, respectivamente, 22 e 32. Com relação à proteinase, 100% das leveduras apresentaram atividade moderada da enzima no tempo 0. No tempo 180 esse percentual foi de 85%, sendo que os demais não apresentaram atividade dessa enzima. Após armazenamento em ASD e água destilada, foi detectada alteração da atividade de ambas enzimas e conseqüente mudança de enzimotipos, em 40 e 30% dos isolados, respectivamente. Foram identificados 8 morfotipos diferentes de C.albicans no tempo 0 e apenas 50% foi mantido no tempo 180. O morfotipo mais comum foi 000-0. Após armazenamento, a maioria dos isolados apresentou alteração no morfotipo. Todos isolados mostraram-se sensíveis aos antifúngicos analisados nos tempos 0 e 180, denotando apenas um antifungotipo, o 111. Somente um isolado após estocagem em ASD, teve mudança de perfil de sensível para dose dependente ao itraconazol de modo que o antifungotipo foi alterado. A tipagem molecular por RAPD, com os primers OPA-09, OPB-11 e OPE-18, mostrou 19 tipos moleculares distintos entre os isolados obtidos na primeira coleta e permitiu identificar que um isolado de C.albicans obtido no tempo 180, não era relacionado ao obtido, do mesmo indivíduo, no tempo 0. Os demais mostraram perfil de fragmentos de DNA relacionado entre as coletas. Após estocagem, por ambos métodos, todos isolados mostraram correlação genética com o padrão obtido no tempo 0. Os resultados obtidos demonstram que os métodos de conservação aplicados neste estudo não permitem a manutenção da estabilidade das características fenotípicas avaliadas. Por outro lado, além da estabilidade dos biotipos gerados, a tipagem molecular por RAPD mostrou o melhor índice discriminatório, dentre as metodologias utilizadas, ratificando sua capacidade em diferenciar isolados, de uma mesma espécie e, portanto a sua utilidade em inquéritos epidemiológicos. / The Candida genus is responsible for most nosocomial fungal infections. The identification of the probable origin focus is very important to elucidate the epidemiology of this kind of infection and so, the usage of typing methods that evaluate phenotypic and molecular characteristics are essential. Therefore, the objective of this study was to type C. albicans isolates, before and after culture storage and in two different collection occasions to verify the biotype maintenance and the discriminatory power of the utilized methods. The salivary yeast microbiota of 73 university students (time 0) was evaluated and after 180 days (time 180) a new saliva collection of those that had presented C. albicans on the first collection was made. The isolates were analysed, in the two collection occasions on the basis of exoenzymes phospholipase and proteinase production, by colonial morphology, susceptibility profile to amphotericin B, fluconazole and itraconazole and according to molecular typing by RAPD. After isolation, the yeasts were storaged on Sabouraud dextrose agar (SDA) and in sterile distilled water. After 180 days, typing tests were carried out again. All C. albicans isolates were phospholipase productors, in both collections, even though enzyme activity had oscillated between moderate and high at that period. The prevalent enzymotype at time 0 and 180 were, respectively, 22 and 32. In relation to the proteinase, 100% of the yeasts showed moderate enzyme activity at time 0. At time 180, this percentage was 85%, and the others didn`t show enzyme activity. After storage on SDA and in distilled water, it was detected activity alteration of both enzymes and consequent enzymotype change, in 40 and 30% of isolates, respectively. Eight different C. albicans morphotypes were identified at time 0 and just 50% were maintained at time 180. The most common morphotype was 000-0. After storage most isolates presented changes in the morphotype. All isolates showed susceptibility to the analysed antifungals at times 0 and 180, showing just one antifungaltype, the 111. Only one isolate, after storage on SDA had a profile change from susceptible to dose dependent susceptible to itraconazole in a way that the antifungaltype wasn`t changed. The molecular typing by RAPD, with primers OPA-09, OPB-11 and OPE-18, showed 19 distinct molecular types among first collection isolates and allowed to identify that one C. albicans isolate from time 180 wasn`t related with the isolate obtained at time 0, from the same individual. The others showed DNA fragment profiles related between collection occasions. After storage by both methods, every isolate showed genetic relatedness with the profile obtained at time 0. The obtained results showed that the preservation methods used in this study don`t allow stability maintenance of the phenotypical characteristics evaluated. On the other hand, besides biotypes generated stability, the molecular typing by RAPD showed the best discriminatory index, between methodologies used, ratifying its ability in discriminating isolates of the same specie and so, its utility in epidemiological inquiries

Incidência de melanoma cutâneo maligno (MM) está aumentando em torno de 2,5 a 4% por ano no mundo. Os principais fatores de risco são história familiar de MM, múltiplos nevos benignos ou atípicos, e fatores adicionais como a imunossupressão, sensibilidade solar e exposição à radiação ultravioleta (UV). A instabilidade genômica é responsável pelo acúmulo de mutações que frequentemente estão envolvidas na transformação maligna. Podemos estudar a instabilidade genômica através de duas formas: microssatélites e RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Na instabilidade genética o DNA repetitivo pode sofrer alterações. Através da Instabilidade de microssatélites (MSI) e da perda da heterozigosidade (LOH) podemos diferenciar tecidos normais de tumorais. A técnica de RAPD (baseada na PCR) produz fingerprints utilizados para detectar instabilidade genômica, polimorfismos, mutações e translocações quando comparados à fingerprints de amostras normais. No estudo de nove microssatélites encontramos um aumento de MSI (p=0.0132). D9S50 apresentou o maior número de alterações (28,5%) em nevos e MMs. D6S252, D9S52 e D9S180 são candidatos à marcador de prognóstico de MM porque apresentaram alterações (MSI + LOH) apenas em MMs. Na análise de 15 primers de RAPD em 12 amostras de MMs obtivemos 100 % de alteração com relação ao número ou posição das bandas. Os primers OPA-2 e OPA-14 são capazes de detectar alterações genéticas nos MMs. Dos padrões obtidos foram encontradas bandas que estavam ausentes nos tumores e estas foram clonadas e seqüenciadas. Estes procedimentos evidenciaram alterações em 9q33 e 12q15. O RAPD propicia o estudo do genoma humano sem a definição prévia de um lócus. Assim, podemos detectar alterações até então desconhecidas aumentando o conhecimento sobre a genômica tumoral. / The incidence of malignant skin melanoma (MM) increases around 2,5 a 4% each year in the world. The main risk factors are family history of MM, multiple benign or atypical nevi, and additional factors such as immunossuppression, sun sensibility and UV exposure. Genomic instability is responsible for a collection of mutations that are frequently involved in malignant transformation, and it can cause alterations in repetitive DNA sequences. There are two ways of studying genomic instability: microsatellites and RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Through microsatellite instability (MSI) and loss of heterozygosis (LOH) we can separate normal from tumoral tissues. RAPD technique (which is based on PCR) generates fingerprints used for detection of genomic instability, polymorphisms, mutations and translocations that can be compared with fingerprint generated from normal tissue. Studying nine microsatellite, we found an increased MSI (p=0.0132). D9S50 showed the greater number of alterations (28,5%) in nevi and MM. D6S252, D9S52 e D9S180 are candidates for MM prognostic marker for showing alterations (MSI+LOH) in melanomas only. The analysis of 15 RAPD primers in 12 MM samples showed 100% of alteration related to the number or location of the bands. OPA-2 and OPA-14 primers are capable of detecting genetic alterations in MM. In the patterns obtained, two bands which were absent in tumors were found, and they were cloned and submitted to sequencing. These procedures highlighted alterations in loci 9q33 e 12q15. RAPD makes it possible to study the genome without a previous definition of a locus. So we are able to detect alterations so far unknown, increasing our knowledge on tumor genetics.

Made available in DSpace on 2016-01-26T18:56:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANA CLAUDIA AMBIEL_Dissertacao Agro.pdf: 1588101 bytes, checksum: 47a54fc705f03fc7d27cd4e4abfdb183 (MD5) Previous issue date: 2007-07-18 / The aim of this work was the determination of intra and intergenetic similarity between three Brachiaria species among germplasm accesses and commercial materials throughout RAPD markers. Seeds were used as DNA source. 10 decamers primers were selected between 120 primers assayed and 107 polymorphic bands were used to perform the molecular variance analysis (AMOVA), Jaccard similarity and species fixation index. 24.4% of the total variability was contained between species and 75.6% inside the species, with a species fixation index (FST) of 0.24. The tree showed that two major branches were formed, one with the three outgroup species and other with the species, this one split in three minor branches one with all B. ruziziensis samples; other with all B. decumbens accessions and three of B. brizantha and the last with two B. brizantha accesses, all commercial cultivars and B. decumbens cv. Basilisk . It was possible to group, throughout RAPD, Brachiaria accesses and cultivars. The genetic variability index between species was considered low and somehow low when faced with autogamous species. B.brizantha showed the highest genetic variability and the lowest FST what means that there is a higher genetic flux intra specific than the others. / O propósito deste trabalho foi determinar a similaridade genética de entre acessos de germoplasma e cultivares comerciais três espécies de Brachiaria (inter e intraespecífica), através de marcadores RAPD. Sementes foram utilizadas como fonte de DNA. 10 primers decâmeros foram selecionados de 120 primers avaliados, produzindo 107 bandas polimórficas, as quais foram utilizados para a análise de variância molecular (AMOVA), o coeficiente de similaridade de Jaccard e índices de fixação gênica. 24,40% da variabilidade genética total está contida entre as espécies e 75,60% dentro destas, com índice de fixação gênica (FST) 0,24. No dendrograma houve a formação de dois ramos, um formado por P. maximum e B. arrecta e o outro subdividido em três: todas amostras de B. ruziziensis; todos os acessos de B. decumbens e três acessos de B. brizantha e o último com dois acessos de B. brizantha mais as B. brizantha comerciais e a B. decumbens cv Basilisk . Foi possível agrupar os acessos e cultivares de Brachiaria através de RAPD. O índice de variabilidade genética entre espécies foi considerado baixo, sendo inferior a valores determinados em algumas espécies autógamas. B. brizantha apresenta maior variabilidade genética e menor FST indicando maior fluxo gênico intra-específico do que as outras.

Made available in DSpace on 2016-07-18T17:51:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANA CLAUDIA AMBIEL_Dissertacao Agro.pdf: 1588101 bytes, checksum: 47a54fc705f03fc7d27cd4e4abfdb183 (MD5) Previous issue date: 2007-07-18 / The aim of this work was the determination of intra and intergenetic similarity between three Brachiaria species among germplasm accesses and commercial materials throughout RAPD markers. Seeds were used as DNA source. 10 decamers primers were selected between 120 primers assayed and 107 polymorphic bands were used to perform the molecular variance analysis (AMOVA), Jaccard similarity and species fixation index. 24.4% of the total variability was contained between species and 75.6% inside the species, with a species fixation index (FST) of 0.24. The tree showed that two major branches were formed, one with the three outgroup species and other with the species, this one split in three minor branches one with all B. ruziziensis samples; other with all B. decumbens accessions and three of B. brizantha and the last with two B. brizantha accesses, all commercial cultivars and B. decumbens cv. Basilisk . It was possible to group, throughout RAPD, Brachiaria accesses and cultivars. The genetic variability index between species was considered low and somehow low when faced with autogamous species. B.brizantha showed the highest genetic variability and the lowest FST what means that there is a higher genetic flux intra specific than the others. / O propósito deste trabalho foi determinar a similaridade genética de entre acessos de germoplasma e cultivares comerciais três espécies de Brachiaria (inter e intraespecífica), através de marcadores RAPD. Sementes foram utilizadas como fonte de DNA. 10 primers decâmeros foram selecionados de 120 primers avaliados, produzindo 107 bandas polimórficas, as quais foram utilizados para a análise de variância molecular (AMOVA), o coeficiente de similaridade de Jaccard e índices de fixação gênica. 24,40% da variabilidade genética total está contida entre as espécies e 75,60% dentro destas, com índice de fixação gênica (FST) 0,24. No dendrograma houve a formação de dois ramos, um formado por P. maximum e B. arrecta e o outro subdividido em três: todas amostras de B. ruziziensis; todos os acessos de B. decumbens e três acessos de B. brizantha e o último com dois acessos de B. brizantha mais as B. brizantha comerciais e a B. decumbens cv Basilisk . Foi possível agrupar os acessos e cultivares de Brachiaria através de RAPD. O índice de variabilidade genética entre espécies foi considerado baixo, sendo inferior a valores determinados em algumas espécies autógamas. B. brizantha apresenta maior variabilidade genética e menor FST indicando maior fluxo gênico intra-específico do que as outras.