La bactériose vasculaire du riz (BLB) et bactériose non-vasculaire du riz (BLS), causées respectivement par Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) et X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), sont les deux plus importantes maladies bactériennes du riz. Ces maladies limitent le rendement de la production de riz dans les zones rizicoles en Asie et dans certaines régions d'Afrique. L'infection et la multiplication bactérienne dans les tissus de l'hôte dépendent souvent des facteurs de virulence de ces bactéries dont le type le système de sécrétion de type III (T3SS) et ses substrats. Dans cette thèse, nous avons identifié neuf effecteurs non-TAL (transcription Transcription activator-like) sécrétés par des effecteurs de type III de la souche chinoise 13751 de Xoo en utilisant le domaine d'induction HR de la protéine avirulente AvrBs1 comme gène reporter. Parmi eux, XopAE13751 a été expérimentalement confirmé pour la première fois comme étant un effecteur non-TAL. Ensuite, par l'analyse mutationnelle de ces gènes effecteurs identifiés dans Xoo, nous avons constaté que l'effecteur non-TAL XopR13751 était nécessaire pour la virulence de la souche chinoise de Xoo sur le riz hybride Teyou63. En parallèle, nous avons démontré que le gène rsmA (repressor of secondary metabolism) - comme le gène rsmAXoo de l'espèce chinoise Xoo 13751- régule positivement l'expression des gènes associés aux facteurs de virulence, tels que le système de sécrétion de type III, les enzymes extracellulaires et le DSF (diffusible signal factor). De plus, le gène effecteur non-TAL xopO s'est avéré être peu répandu chez les Xanthomonas puisqu'il est présent uniquement chez X. euvesicatoria (Xe) et Xoc mais est absent chez Xoo. En considérant les deux pathovars de X. oryzae, avec deux modes d'infection différents, xopO a été examiné comme un facteur de la spécificité du tissu par l'inactivation mutationnelle du gène dans Xoc et par l'expression du gène dans Xoo. Les résultats ont montré que xopO n'est pas la cause déterminante de la spécificité de tissu chez Xoc. Enfin, nous avons étudié les VNTRs (Variable Number of Tandem Repeats) comme outil de typage moléculaire rapide, fiable et rentable, pour améliorer le contrôle des épidémies et pour évaluer la structure de population des souches de Xoc. 28 loci candidats VNTR ont été prédits par le criblage de trois génomes de Xoc (souche philippine BLS256, souche chinoise GX01 et souche malienne MAI10). Des paires d'amorces pour l'amplification de PCR de chacun des 28 loci ont été conçues et testées à un pannel de 20 souches de Xoc provenant de l'Asie et de l'Afrique. Le séquençage des amplicons de PCR a confirmé 25 loci VNTR robustes et polymorphes communs entre les souches Xoc asiatiques et africaines. Un dendrogramme, construit à partir de la combinaison des 25 loci de VNTR (MLVA-25), a montré que la plupart des souches asiatiques sont clairement distinguables des souches africaines. Cependant, en accord avec de précédents rapports, une souche Malienne se distingue et semble être liée aux souches asiatiques, suggérant une introduction possible de souches sur le continent africain. Ce nouvel outil de typage basé sur les VNTR sera utile pour l'étude de structures de populations et pour la surveillance épidémiologique de Xoc. / Bacterial leaf blight (BLB) and Bacterial leaf streak (BLS), caused respectively by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), are two most important bacterial diseases on rice, constraining severely the rice yield in the rice-growing areas in Asia and in parts of Africa. Successful infection and bacterial multiplication in host tissue often depend on virulence factors from these bacteria including type Ⅲ secretion system (T3SS) and its substrates. In this thesis, we identified nine type Ⅲ secreted non-TAL (Transcription activator-like) effectors of Xoo Chinese strain 13751 using HR-inducing domain of avirulence protein AvrBs1 as the reporter, among them, XopAE13751 was first found experimentally to be non-TAL effector. Subsequently, through mutational analysis of these identified effector genes in Xoo, we showed non-TAL effector XopR13751 was found to be required for full virulence of Xoo Chinese strain in hybrid rice Teyou63. In parallel, we demonstrated that rsmA (repressor of secondary metabolism)-like gene rsmAXoo of Xoo Chinese strain 13751 positively regulated the expression of genes associated with virulence factors such as type Ⅲ secretion system, extracellular enzymes and diffusible signal factor (DSF). Furthermore, non-TAL effector gene xopO was found to be narrowly distributed in Xanthomonas, which was only present in X. euvesicatoria (Xe) and Xoc, but not in Xoo. Based on the consideration of two X. oryzae pathovars carrying two different infection ways, xopO was tested in host and tissue specificity by analysis of mutational analysis of the gene in Xoc and expression of the gene in Xoo. The results showed that xopO of Xoc did not function as a determinant in host and tissue specificity. Finally, we explored Variable Number of Tandem Repeats (VNTRs) as a fast, reliable and cost-effective molecular typing tool, to better monitoring epidemics and assess the population structure of Xoc strains. 28 candidate VNTR loci were predicted by screening of three Xoc genome sequences (Philippine strain BLS256, Chinese strain GX01 and Malian strain MAI10). Primer pairs for PCR amplification of all 28 loci were designed and applied to a panel of 20 Xoc strains originating from Asia and Africa. Sequencing of PCR amplicons revealed 25 robust and polymorphic VNTR loci which are shared among Asian and African strains of Xoc. A dendrogram was constructed from 25 VNTR loci-combinating data (MLVA-25), indicating that most Asian strains were clearly discriminated from African strains. However, in agreement with previous reports, one strain from Mali appeared to be related to Asian strains, pointing to a possible introduction of strains to the African continent. A detailed analysis of the evolutionary relationships among a larger set of Xoc strains from China will be presented, considering different spatial scales. In conclusion, a new VNTR-based tool useful for studies of population structures and epidemiological monitoring of Xoc was successfully established.

Beyond Java, new programming languages running on the Java virtual machine (JVM) have been developed, such as Kotlin, Scala, JRuby and Clojure amongst others. Since all those languages compile to Java bytecode, they should theoretically be able to be used together in a project. This paper investigates if it is possible and what benefits it gives using those programming languages together in a project. The languages chosen to be used together were Jython, Scala and Kotlin. An experiment was conducted where in a single project, each programming language was assigned a problem to be solved. The experiment was then conducted in two iterations where in each iteration, the problems to be solved was assigned to a different programming language. From the experiment it was shown that using those languages together in a project was possible but resulted in some complications needed to be solved. It was also shown that the following division amongst the languages worked best in the present use case: Jython for graphical handling, Scala for calculating and computing and Kotlin for data-handling.

Extended Spectrum β-Lactamases (ESBLs) are produced by the Enterobacteriaceae bacterial family, mainly by E. coli and K. pneumoniae. As these species are some of the main causes of urinary tract infections and sepsis, ESBL-production is of major concern. Occurrence of ESBLs also gives rise to concern as it is increasing epidemically. This because the genes coding for ESBLs (i.e. bla-genes) are located on plasmids replicating and spreading the replicated copies independently. Plasmids replicate by replicons. Plasmids with the same replicon variant are grouped into the same plasmid family. The aim of this study was to detect plasmid families carrying bla-genes in E. coli and K. pneumoniae from clinical (n = 6) and environmental water (n = 22) isolates. Plasmid family prevalence was examined. Association between plasmid families and bla-genes was also examined. Plasmid families were detected by a PBRT kit (PCR Based Replicon Typing), a multiplex PCR kit that detected 30 replicons, whereof 27 replicons representing the 27 plasmid families in Enterobacteriaceae, and three novel replicons. The IncF plasmid family was the most prevalent for both species in both clinical and environmental isolates. IncF seemed to be prevalent for all examined ESBLs, but it was difficult to associate one bla-gene with one plasmid family as most isolates carried several bla-genes and several plasmid families. / Extended Spectrum β-Lactamases (ESBLs) produceras av bakteriefamiljen Enterobacteriaceae, främst av E. coli och K. pneumoniae. Eftersom dessa arter är bland de vanligaste orsakerna till urinvägsinfektioner och sepsis är ESBL-produktion ett allvarligt problem. ESBL är också oroande eftersom det sprids epidemiskt. Detta möjliggörs av att generna som kodar för ESBLs (s.k. bla-gener) ligger på plasmider, som replikerar och sprider de replikerade plasmidkopiorna självständigt. Plasmider replikeras som s.k. replikon. Plasmider med samma replikonvariant tillhör samma plasmidfamilj. Syftet med detta arbete var att detektera plasmidfamiljer som bär bla-gener i E. coli och K. pneumoniae isolerade från kliniska prov (n = 6) och miljöprov (n = 22) från Helge Å. Plasmidfamiljernas prevalens undersöktes, liksom sambandet mellan plasmidfamiljer och bla-gener. Plasmidfamiljerna detekterades med ett PBRT-kit (PCR Based Replicon Typing), ett multiplext PCR-kit som detekterade 30 replikon varav 27 replikon som representerar de 27 plasmidfamiljer som finns i Enterobacteriaceae och tre nya replikon. Plasmidfamiljen IncF var vanligast förekommande i båda arter i både kliniska isolat och miljöisolat. IncF verkade förekomma för alla undersökta typer av ESBL, men det var generellt svårt att förknippa en bla-gen med en plasmidfamilj, eftersom de flesta isolaten bar flera bla-gener och flera plasmidfamiljer.

A doença de Chagas é caracterizada por um amplo espectro de manifestações clínicas, que vão desde a ausência de sintomas à doença grave com comprometimento cardíaco e/ou digestivo. A influência do parasito, Trypanosoma cruzi (T. cruzi), agente etiológico da doença, nessas apresentações clínicas têm sido largamente estudada, não se tendo demonstrado o papel da diversidade genética de populações de T. cruzi na determinação das diferentes formas clínicas em humanos. Este trabalho teve como objetivos: a) geral: analisar as características moleculares de T. cruzi em pacientes com doença de Chagas com e sem imunodepressão (infecção por HIV e transplante de órgãos com e sem reativação); b) específicos: 1. Analisar comparativamente isolados do parasito quanto à distribuição em DTU; 2. Relacionar os resultados obtidos pela análise molecular do gene ND7 com a forma clínica e origem; 3. Avaliar por LSSP-PCR a variabilidade da sequência do kDNA de T. cruzi diretamente de amostras biológicas assim como em isolados de T. cruzi obtidos pelos exames de hemocultura/xenodiagnóstico; 4. Comparar os padrões polimórficos obtidos por LSSP-PCR em amostras repetidas de um mesmo paciente no mesmo sítio ou distintos sítios biológicos. Foram incluídos, após aprovação do protocolo na CAPPesq e mediante assinatura de TCLE, 106 pacientes com doença de Chagas crônica ou com imunossupressão, provenientes dos ambulatórios e enfermarias do HCFMUSP, além de 75 indivíduos controle, com provas sorológicas e moleculares negativas. Foram analisadas 187 amostras isoladas de hemocultura/xenodiagnóstico e 236 diretamente de amostras sanguíneas de pacientes. Os seguintes grupos foram constituídos: Agudo-AG, Crônico-CR, Crônico Imunodeprimido-CRI (doenças autoimunes/neoplasias), Coinfecção-CO (infecção por HIV/T.cruzi), Coinfecção-CO/RE (infecção por HIV/T.cruzi e reativação da doença de Chagas), Transplantado-TX, Transplantado-TX/RE (Transplantado com reativação da doença de Chagas). Foram identificados DTU TcI, TcV, TcVI e em maior número TcII, por ensaios de tipagem molecular do parasito, com distribuição estatisticamente significantemente de acordo com a naturalidade dos pacientes (P=0,013). Quanto ao gene ND7, observou-se que a banda de ~900 bp ocorreu em 83,0% das amostras das regiões norte, nordeste, centro-oeste e Bolívia e a de ~400pb em 54% das amostras nas regiões sul e sudeste brasileiras sendo esta diferença estatisticamente significante (P < 0,001). A comparação dos perfis observados por LSSP-PCR a partir de amostras extraídas diretamente do sangue e de isolados obtidos de hemocultura/xenodiagnóstico mostrou maior variabilidade em amostras sanguíneas, confirmada pelo dendrograma. Adicionalmente, o estudo de amostras repetidas do mesmo paciente permitiu confirmar a maior variabilidade nas amostras diretamente extraídas do sangue, com mudança dos padrões durante e após o tratamento com reaparecimento de perfis antigos não presentes no período prétratamento imediato, além de presença de perfis diferentes em distintos sítios biológicos do mesmo paciente. O encontro de DTU diferentes de TcII nos grupos CR/CRI e AG enfatiza a necessidade de atentar para a diferença em limiares de reatividade segundo DTU na análise da parasitemia por PCRq (quantitativa), conforme registrado na literatura. Os dados observados por LSSP-PCR acrescentam informações adicionais não revelados por tipagem molecular, representando novos desafios para o entendimento da relação hospedeiro-parasito em pacientes com doença de Chagas sem e com imunossupressão, ao lado de fatores como nível de parasitemia e pressão seletiva de medicamentos antiparasitários e imunossupressores / Chagas\' disease is characterized by a broad spectrum of clinical manifestations, ranging from asymptomatic cases to severe cardiovascular and/or gastrointestinal involvement. The clinical presentations are thought to be determined primarily by genetic diversity of populations of Trypanosoma cruzi (T. cruzi), but no correlation was clearly demonstrated yet. This study aimed to: a) general: to analyze the molecular characteristics of T. cruzi in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression (HIV infection and organ transplantation with or without reactivation); b) specifics: 1.To analyze comparatively isolates from the parasite as for the distribution in DTU; 2. To describe the results obtained by molecular analysis of gene ND7 in relationship with the clinical form and origin; 3. To assess by LSSP-PCR the variability of the sequence of the T. cruzi kDNA directly from biological samples, as well as in T. cruzi isolates obtained by examination of blood culture/xenodiagnosis; 4. To compare the polymorphic patterns obtained by LSSP-PCR in repeated samples of the same patient on the same site or different biological sites. After approval of the protocol in CAPPesq and by signing an informed consent, 106 patients with chronic Chagas disease or immunosuppression, from the HCFMUSP\'s clinics and wards, and 75 control subjects with negative serological and molecular tests were included. They were analyzed 187 isolated samples from blood culture/xenodiagnosis and 236 directly from blood samples of patients. The following groups were formed: Acute-AC, Chronic-CR, Chronic immunocompromised-CRI (autoimmune diseases/ neoplasms), Coinfection-CO (HIV/T. cruzi infection), Coinfection-CO/RE (HIV/T. cruzi and reactivation of Chagas disease), Transplantation-TX, Transplantation-TX/RE (Transplantation/ with reactivation of Chagas\' disease). DTU TcI, TcV, TcVI and higher TcII number were identified for molecular typing assays of the parasite and the distribution of DTU was statistically significant according to patient´s naturality (P=0.013). As for ND7 gene, was observed that the band of ~ 900 bp was prevalent in 83% of the samples in the North, Northeast, Midwest regions and Bolivia and the band of ~400bp occurred in 54% of the samples of Brazilian\' South and Southeast regions, this distribution was statistically significant (P < 0.001). The comparison between the profiles observed by LSSP-PCR from samples taken directly from blood and isolates obtained from blood culture/xenodiagnosis showed greater variability in blood samples, confirmed by dendrogram. Additionally, the study of repeated samples from the same patient allowed to confirm the greater variability in blood samples taken directly, with changing patterns during and after the treatment with reappearance of old profiles not present in the immediate pre-treatment period, and the presence of different profiles at different biological sites in the same patient. The presence of other DTUs than TcII in chronic and chronic immunosuppressed patients and AC groups emphasizes the need to pay attention to the different reactivity thresholds for the various DTU in the analysis of parasitaemia by PCRq (quantitative), according to the data registered in the literature. The results observed by LSSP-PCR add further information not revealed by molecular typing, representing new challenges for the understanding of the host-parasite relationship in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression, alongside factors such as level of parasitaemia and selective pressure of antiparasitic drugs and immunosuppressive

Cette thèse traite de la compilation efficace des langages à objets en héritage multiple. La programmation objet est caractérisée par un mécanisme fondamental, emph{la liaison tardive} --- la méthode appelée dépend du type dynamique d'un paramètre distingué, le emph{receveur}. L'efficacité de ce mécanisme nécessite une implémentation adéquate qui est conditionnée par le schéma de compilation utilisé --- compilation séparée avec chargement dynamique, compilation globale, etc. Cependant la programmation par objets présente une apparente incompatibilité entre trois termes : l'héritage multiple, l'efficacité et l'owa --- en particulier, le chargement dynamique. Nous avons étudié les techniques d'implémentation compatibles avec l'héritage multiple couramment utilisées ainsi qu'une alternative prometteuse, le ph. Nous nous plaçons dans le cadre du typage statique, donc nos conclusions peuvent valoir pour des langages comme cpp, eiffel, java, csharp, etc. Différents schémas de compilation sont considérés, de l'owa à l'cwa. Ces techniques et ces schémas ont été mis en uvre dans le compilateur auto-gène du langage prm. L'influence sur l'efficacité de tous ces éléments a été testée dans un protocole expérimental rigoureux de méta-compilation et les tests ont été réalisés sur une variété de processeurs différents. Les résultats des ces expérimentations sont discutés et comparés aux évaluations a priori effectuées sur les techniques d'implémentation. Ils confirment aussi que le ph est une technique d'implémentation intéressante pour le sous-typage multiple à la java. / His thesis is about efficient compilation of object oriented language with multiple inheritance.Object oriented programing is characterized by a main mechanism, emph{late binding} --- invoked method only depends on the dynamic type of one special parameter, the emph{receiver}.In order to be efficient this mechanism needs an implementation which depends on some compilation scheme --- separate compilation with dynamic loading, global compilation, etc.However object oriented programming present akin of incompatibility between three terms: multiple inheritance, efficiency and open world assumption --- especially with dynamic loading.In this thesis, we have studied common implementation techniques compatible with multiple inheritance and a promising alternative, perfect class hashing.The context of this study is static typing, our conclusion holds for languages like cpp, eiffel, java, csharp, etc.Different compilation schemes are considered, from open world assumption to closed world assumption.These techniques and schemes are implemented in the prm bootstraped compiler.Efficiency influence of all this artifacts has been tested with a rigorous meta-compilation experimental protocol and these tests have been performed on a variety of different processors.Results of these experiments are discuss and compared to an a priori evaluations of implementations techniquesThey mainly confirm perfect class hashing as an interesting implementation for multiple subtyping, a la java.

An important issue with eye-based typing iis the correct identification of both whrn the userselects a key and which key is selected. Traditional solutions are based on predefined gaze fixation time, known as dwell-time methods. In an attempt to improve accuracy long dwell times are adopted, which un turn lead to fatigue and longer response limes. These problems motivate the proposal of methods free of dwell-time, or with very short ones, which rely on more robust recognition techniques to reduce the uncertainty about user\'s actions. These techniques are specially important when the users have disabilities which affect their eye movements or use inexpensive eye trackers. An approach to deal with the recognition problem is to treat it as a spelling correction task. An usual strategy for spelling correction is to model the problem as the transmission of a word through a noisy-channel, such that it is necessary to determine which known word of a lexicon is the received string. A feasible application of this method requires the reduction of the set of candidate words by choosing only the ones that can be transformed into the imput by applying up to k character edit operations. This idea works well on traditional typing because the number of errors per word is very small. However, this is not the case for eye-based typing systems, which are much noiser. In such a scenario, spelling correction strategies do not scale well as they grow exponentially with k and the lexicon size. Moreover, the error distribution in eye typing is different, with much more insertion errors due to specific sources, of noise such as the eye tracker device, particular user behaviors, and intrinsic chracteeristics of eye movements. Also, the lack of a large corpus of errors makes it hard to adopt probabilistic approaches based on information extracted from real world data. To address all these problems, we propose an effective recognition approach by combining estimates extracted from general error corpora with domain-specific knowledge about eye-based input. The technique is ablçe to calculate edit disyances effectively by using a Mor-Fraenkel index, searchable using a minimun prfect hashing. The method allows the early processing of most promising candidates, such that fast pruned searches present negligible loss in word ranking quality. We also propose a linear heuristic for estimating edit-based distances which take advantage of information already provided by the index. Finally, we extend our recognition model to include the variability of the eye movements as source of errors, provide a comprehensive study about the importance of the noise model when combined with a language model and determine how it affects the user behaviour while she is typing. As result, we obtain a method very effective on the task of recognizing words and fast enough to be use in real eye typing systems. In a transcription experiment with 8 users, they archived 17.46 words per minute using proposed model, a gain of 11.3% over a state-of-the-art eye-typing system. The method was particularly userful in more noisier situations, such as the first use sessions. Despite significant gains in typing speed and word recognition ability, we were not able to find statistically significant differences on the participants\' perception about their expeience with both methods. This indicates that an improved suggestion ranking may not be clearly perceptible by the users even when it enhances their performance. / Um problema importante em sistemas de digitação com os olhos é a correta identificação tanto de quando uma letra é selecionada como de qual letra foi selecionada pelo usuário. As soluções tradicionais para este problema são baseadas na verificação de quanto tempo o olho permanece retido em um alvo. Se ele fica por um certo limite de tempo, a seleção é reconhecida. Métodos em que usam esta ideia são conhecidos como baseados em tempo de retenção (dwell time). É comum que tais métodos, com intuito de melhorar a precisão, adotem tempos de retenção alto. Isso, por outro lado, leva à fadiga e tempos de resposta altos. Estes problemas motivaram a proposta de métodos não baseados em tempos de retenção reduzidos, que dependem de técnicas mais robustas de reconhecimento para inferir as ações dos usuários. Tais estratégias são particularmente mais importantes quando o usuário tem desabilidades que afetam o movimento dos olhos ou usam dispositivos de rastreamento ocular (eye-trackers) muito baratos e, portanto, imprecisos. Uma forma de lidar com o problema de reconhecimento das ações dos usuários é tratá-lo como correção ortográfica. Métodos comuns para correção ortográfica consistem em modelá-lo como a transmissão de uma palavra através de um canal de ruído, tal que é necessário determinar que palavra de um dicionário corresponde à string recebida. Para que a aplicação deste método seja viável, o conjunto de palavras candidatas é reduzido somente àquelas que podem ser transformadas na string de entrada pela aplicação de até k operações de edição de carácter. Esta ideia funciona bem em digitação tradicional porque o número de erros por palavra é pequeno. Contudo, este não é o caso de digitação com os olhos, onde há muito mais ruído. Em tal cenário, técnicas de correção de erros ortográficos não escalam pois seu custo cresce exponencialmente com k e o tamanho do dicionário. Além disso, a distribuição de erros neste cenário é diferente, com muito mais inserções incorretas devido a fontes específicas de ruído como o dispositivo de rastreamento ocular, certos comportamentos dos usuários e características intrínsecas dos movimentos dos olhos. O uso de técnicas probabilísticas baseadas na análise de logs de digitação também não é uma alternativa uma vez que não há corpora de dados grande o suficiente para tanto. Para lidar com todos estes problemas, propomos um método efetivo de reconhecimento que combina estimativas de corpus de erros gerais com conhecimento específico sobre fontes de erro encontradas em sistemas de digitação com os olhos. Nossa técnica é capaz de calcular distâncias de edição eficazmente usando um índice de Mor-Fraenkel em que buscas são feitas com auxílio de um hashing perfeito mínimo. O método possibilita o processamento ordenado de candidatos promissores, de forma que as operações de busca podem ser podadas sem que apresentem perda significativa na qualidade do ranking. Nós também propomos uma heurística linear para estimar distância de edição que tira proveito das informações já mantidas no índice, estendemos nosso modelo de reconhecimento para incluir erros vinculados à variabilidade decorrente dos movimentos oculares e fornecemos um estudo detalhado sobre a importância relativa dos modelos de ruído e de linguagem. Por fim, determinamos os efeitos do modelo no comportamento do usuário enquanto ele digita. Como resultado, obtivemos um método de reconhecimento muito eficaz e rápido o suficiente para ser usado em um sistema real. Em uma tarefa de transcrição com 8 usuários, eles alcançaram velocidade de 17.46 palavras por minuto usando o nosso modelo, o que corresponde a um ganho de 11,3% sobre um método do estado da arte. Nosso método se mostrou mais particularmente útil em situação onde há mais ruído, tal como a primeira sessão de uso. Apesar dos ganhos claros de velocidade de digitação, não encontramos diferenças estatisticamente significativas na percepção dos usuários sobre sua experiência com os dois métodos. Isto indica que uma melhoria no ranking de sugestões pode não ser claramente perceptível pelos usuários mesmo quanto ela afeta positivamente os seus desempenhos.

O Herpesvírus 8 humano (HHV-8) é endêmico em populações africanas e indígenas da região Amazônica. A infecção nestas populações acontece durante a infância e, na África, envolve o contato íntimo no ambiente intrafamiliar. Diversos estudos confirmam a distribuição geográfica dos diferentes subtipos de HHV-8, sendo que o subtipo E é típico das populações indígenas. Objetivos: 1. Caracterizar o(s) subtipo(s) de HHV-8 que circula(m) em população indígena da Amazônia brasileira baseado na análise da região ORF K1 do vírus; 2. Construir a árvore filogenética dos subtipos virais encontrados; 3. Comparar filogeneticamente os subtipos encontrados com os subtipos prevalentes em outras populações indígenas do Brasil e de outros países da América do Sul; 4. Calcular a taxa de substituição para a região VR1 do HHV-8 para as amostras estudadas; 5. Estimar a data de entrada do vírus na população do estudo; 6. Investigar a dinâmica de transmissão do vírus no ambiente intrafamiliar; 7. Averiguar se há correlação entre os alelos de HLA classe I (A e B) e II (DQB1 e DRB1) e suscetibilidade à infecção por HHV-8. Casuística e métodos: Estudo de soroprevalência da infecção por HHV-8 em amostra de população indígena da Amazônia brasileira utilizando IFI para detecção de antígenos da fase latente (LANA) e lítica (Lítico) do vírus. Análise filogenética da amostras encontradas utilizando-se o DNA/HHV-8 extraído de amostras de saliva, submetidas à reação de nested PCR para amplificar as regiões hipervariáveis VR1 e VR2. Cálculo da taxa de substituição do HHV-8, utilizando-se os métodos de distância e técnica bayesiana. Estimar a data do ancestral comum mais recente para as amostras em estudo, utilizando-se o programa BEAST. Tipagem de HLA de indivíduos positivos e negativos para a infecção por HHV-8, utilizando-se a técnica de PCR-SSO. Resultados: A soroprevalência geral da infecção por HHV-8 na população em estudo foi de 75,3% (399/530). Observou-se que a soropositividade dos filhos está correlecionada com a soropositividade materna. O único subtipo viral encontrado foi o subtipo E. A taxa de substituição de nucleotídeos do HHV-8 utilizando a região VR1 foi da ordem de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a). Ao analisar todas as seqüências estudadas o ancestral comum mais recente está em torno de 138 anos. Não houve correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e alelos de HLA classe I ou II. Conclusões: A população estudada é endêmica para a infecção por HHV-8. A infecção ocorre principalmente na infância, por via horizontal não-sexual, e a transmissão se dá provavelmente pela saliva. Assim como em outras populações endêmicas da África, a soropositvidade dos filhos está correlacionada com a soropositividade das mães. Confirmando achados anteriores, o único subtipo do HHV-8 circulante na população estudada, foi o subtipo E. Nossos dados sugerem que a região do gene VR1 do HHV-8 evolui com uma taxa de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a), e que o ancestral comum mais recente do vírus, a partir das amostras analisadas está em torno de 138 anos. Os dados sugerem, também, que não há correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e os alelos de HLA classe I ou II. / The human herpesvirus 8 (HHV-8) is endemic in Africa and Amerindian populations from Amazon region. The infection in those populations occurs during childhood and, in Africa, involves a close contact in intrafamilial environment. Several studies confirm the geographical distribution of different subtypes of HHV-8, and the subtype E is typical of the Amerindian population. Objectives: 1. To characterize the HHV-8 subtypes circulating in Amerindian population from Brazilian Amazon, based on the analysis of ORF K1 region of the virus. 2. To construct a phylogenetic tree of viral subtypes found among Amerindians 3. To compare by phylogenetic methods the subtypes found in Mapuera Amerindians with the subtypes prevalent in others Amerindians populations of Brazil and South America 4. To determine the substitution rate of VR1 region of HHV-8 for the sequences obtained in the present study 5. To estimate the date of entry of the viruses in the Mapuera population 6. To investigate the dynamic of transmission of the virus in the intrafamilial environment 7. To investigate if there is a correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I (A and B) and II (DQB1 and DRB1) alleles. Patients and methods: The seroprevalence of HHV-8 infection in a sample of the indigenous population of the Brazilian Amazon was carried out using IFA to detect antibodies to latent (LANA) and lytic phase antigens of HHV-8. Phylogenetic analysis of the sequences was performed by using the DNA extracted from samples of saliva, using a nested PCR to amplify the hypervariable regions VR1/ VR2 of HHV-8. Estimation of the substitution rate of HHV-8 nucleotides was performed by using the method of distance and the Bayesian technique. Estimates of the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all samples studied were done by using the BEAST program. HLA typing of positive and negative subjects for HHV-8 infection was performed by using the PCR-SSO technique. Results: The overall HHV-8 seroprevalence was 75.3% (399/530). There was a positive correlation between soropositivity of children and maternal seropositivity. The only viral subtype found was subtype E. The substitution rate of HHV-8 using the VR1 region was estimated around 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y). By using this rate of substitution, the TMRCA of the Mapuera viruses sequences was estimated to be around 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles. Conclusions: The population studied is endemic for HHV-8 infection. The infection occurs mainly in childhood, by horizontal, nonsexual transmission, probably by saliva. As in endemic populations of Africa, the soropositvity of children is positively correlated with the seropositivity of the mothers. In agreement with previous reports, the subtype E was the only HHV-8 subtype found in Mapuera Amerindians. Our data suggest that the VR1 gene region of HHV-8 evolves with a rate of 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y), which results in a time of the most recent common ancestor for Mapuera HHV-8 sequences of 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles.

O gênero Trichosporon é composto por leveduras artrosporadas do Filo Basidiomycota e é conhecido agente de infecção fúngica invasiva (IFI) em pacientes imunodeprimidos ou com outros fatores de risco. Em pacientes onco-hematológicos é a principal levedura responsável por IFI depois do gênero Candida. Entre as espécies responsáveis por infecções no homem encontram-se: T. asahii, T. inkin, T. mucoides, T. dermatis, T. jirovecii, T. ovoides, T. cutaneum, T. montevideense, T. domesticum, T. asteroides, T. coremiiforme, T. faecale, T. dohaense, T. lactis, T. japonicum. A tecnologia de identificação de fungos por espectrometria de massa (SM) MALDI-TOF ainda carece de padronização para identificação de fungos do gênero Trichosporon, mas a literatura mostra resultados encorajadores. O objetivo deste estudo é padronizar a técnica de espectrometria de massa MALDI-TOF para a identificação das espécies do gênero Trichosporon de importância médica. O estudo foi realizado em cooperação entre a Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (DLC, HC-FMUSP), Instituto de Medicina Tropical da USP (IMT-USP), Instituto Adolfo Lutz (IAL) e Laboratoire de Parasitologie-Mycologie do Hospital Saint Antoine de Paris, vinculado ao grupo de pesquisa INSERM/UPMC UMR S945 \"Immunité et Infection\" Faculté de Medecine et Université Pierre et Marie Curie de Paris. Noventa e três cepas/isolados foram analisado(a)s, sendo dezenove cepas de referência adquiridas junto à coleção holandesa Centraalbureau Schimmelcultures (CBS), 19 isolados do HC-FMUSP e IAL, e 55 isolados de diferentes hospitais franceses. A identificação molecular foi realizada através do sequenciamento da região IGS1 do rDNA e foi considerada como método de referência. O protocolo de extração de proteínas foi estabelecido através da comparação do desempenho de três metodologias (Bruker®, Cassagne et al., Sendid et al.). Os espectros de massa foram obtidos no laboratório de bacteriologia do Hospital Saint Antoine de Paris através do aparelho Microflex LT®. A interpretação dos resultados qualitativos e quantitativos (logscore) foi realizada através do Software Biotyper 3.0®. O desempenho de identificação do banco de espectros de referência Biotyper 3.0® foi comparado a outros cinco bancos criados a partir de espectros de referência (ERs) derivados de 18 cepas de referência CBS, sete isolados clínicos e 11 ERs do banco Biotyper 3.0. O protocolo de extração de proteínas descrito por Sendid et al. foi escolhido como protocolo de referência pois os espectros produzidos tiveram logscore superiores àqueles obtidos através do método do fabricante. O banco de ERs Biotyper 3.0® apresentou 32,3% de identificações corretas das espécies, sendo que o banco de ERs in house (número 5, constituído cepas CBS e isolados clínicos) apresentou 98,5% de identificações de espécies. Espectros de referência do banco de dados Biotyper 3.0® foram submetidos à identificação com a utilização dos ERs criados a partir de cepas CBS e isolados clínicos e foram evidenciados com erros de identificação: T. mucoides (2), T. ovoides (1) e T. cutaneum (2). Após padronização do protocolo de extração e criação de banco de ERs com cepas CBS e isolados clínicos caracterizados pelo sequenciamento da região IGS, a SM por MALDI-TOF apresentou-se como potente uma ferramenta para a identificação de fungos do gênero Trichosporon. O banco de ERs Biotyper 3.0® apresentou um fraco desempenho, relacionado a ERs que foram criados a partir de cepas mal identificadas / Trichosporon spp. are arthrospored yeasts from the Filum Basidiomycota that are known to produce invasive fungal infection (IFI) in patients with immunosupression or other risk factors. After Candida, Trichosporon is the second genus of yeasts responsible for IFI in patients with onco-hematological diseases. The most important species related to human infection are: T. asahii, T. inkin, T. mucoides, T. dermatis, T. jirovecii, T. ovoides, T. cutaneum, T. montevideense, T. domesticum, T. asteroides, T. coremiiforme, T. faecale, T. dohaense, T. lactis, T. japonicum. The technology of mass spectrometry (MS) for identification of Trichosporon species has not yet been standardized. However, preliminary promising results can be found in the literature. The objective of this study is to analyse and validate MS MALDI-TOF for the identification of Trichosporon species of medical relevance. This was a multicentric study with collaboration from the Central Laboratory Section from Clinics Hospital of the Medical School from the University of São Paulo (DLC-HCFMUSP), Tropical Medicine Institute from the University of São Paulo (IMT-USP), Instituto Adolfo Lutz (IAL) and Laboratoire de Parasitologie-Mycologie from the Hospital Saint Antoine of Paris and INSERM/UPMC UMR S945 \"Immunité et Infection\", Faculté de Medecine et Université Pierre et Marie Curie of Paris. Ninety three strains/isolates belonging to sixteen Trichosporon species were analysed. Nineteen were purchased from Centraalbureau Schimmelcultures (CBS) yeast collection, 19 belonged to HC-FMUSP and IAL collections, 55 belonged to different French collections. The reference identification method was the IGS1 rDNA sequencing. A protein extraction protocol was first established after comparing the performance of three different methodologies (Bruker(TM), Cassagne et al., Sendid et al.). The mass spectra were obtained through a Microflex LT(TM) mass spectrometer located at the bacteriology laboratory from Saint Antoine Hospital, Paris. Mass spectra, qualitative and quantitative results were produced through the software Biotyper 3.0(TM). The performance of the original main spectrum (MSP) library was compared to other 5 in house libraries built with the combination of MSPs derived from CBS strains (18), clinical strains (7) or (Bruker Daltonics/BD, Germany/USA) (11). The extraction protocol described by Sendid et al. showed better performance when compared to the manufacturer\'s one and was chosen for the subsequent extractions. Among the 6 different reference spectra databases tested, a specific one composed of 18 reference strains plus 7 clinical isolates (database 5) allowed the correct identification of 66 amongst 67 clinical isolates (98,5%). Biotyper 3.0 library produced only 32,3% of correct identifications. Biotyper\'s MSPs were submitted to cross-identification with MSPs derived from CBS strains and clinical isolates and misidentified original MSPs were identified: T. mucoides (2), T. ovoides (1) e T. cutaneum (2). While until now less widely applied to basidiomycetous fungi, MALDI-TOF appears to be a valuable tool for identifying clinical Trichosporon isolates at the species level. The MSP library Biotyper 3.0 showed a poorer performance which was due to misidentified strains utilized as reference for the MSPs

An important issue with eye-based typing iis the correct identification of both whrn the userselects a key and which key is selected. Traditional solutions are based on predefined gaze fixation time, known as dwell-time methods. In an attempt to improve accuracy long dwell times are adopted, which un turn lead to fatigue and longer response limes. These problems motivate the proposal of methods free of dwell-time, or with very short ones, which rely on more robust recognition techniques to reduce the uncertainty about user\'s actions. These techniques are specially important when the users have disabilities which affect their eye movements or use inexpensive eye trackers. An approach to deal with the recognition problem is to treat it as a spelling correction task. An usual strategy for spelling correction is to model the problem as the transmission of a word through a noisy-channel, such that it is necessary to determine which known word of a lexicon is the received string. A feasible application of this method requires the reduction of the set of candidate words by choosing only the ones that can be transformed into the imput by applying up to k character edit operations. This idea works well on traditional typing because the number of errors per word is very small. However, this is not the case for eye-based typing systems, which are much noiser. In such a scenario, spelling correction strategies do not scale well as they grow exponentially with k and the lexicon size. Moreover, the error distribution in eye typing is different, with much more insertion errors due to specific sources, of noise such as the eye tracker device, particular user behaviors, and intrinsic chracteeristics of eye movements. Also, the lack of a large corpus of errors makes it hard to adopt probabilistic approaches based on information extracted from real world data. To address all these problems, we propose an effective recognition approach by combining estimates extracted from general error corpora with domain-specific knowledge about eye-based input. The technique is ablçe to calculate edit disyances effectively by using a Mor-Fraenkel index, searchable using a minimun prfect hashing. The method allows the early processing of most promising candidates, such that fast pruned searches present negligible loss in word ranking quality. We also propose a linear heuristic for estimating edit-based distances which take advantage of information already provided by the index. Finally, we extend our recognition model to include the variability of the eye movements as source of errors, provide a comprehensive study about the importance of the noise model when combined with a language model and determine how it affects the user behaviour while she is typing. As result, we obtain a method very effective on the task of recognizing words and fast enough to be use in real eye typing systems. In a transcription experiment with 8 users, they archived 17.46 words per minute using proposed model, a gain of 11.3% over a state-of-the-art eye-typing system. The method was particularly userful in more noisier situations, such as the first use sessions. Despite significant gains in typing speed and word recognition ability, we were not able to find statistically significant differences on the participants\' perception about their expeience with both methods. This indicates that an improved suggestion ranking may not be clearly perceptible by the users even when it enhances their performance. / Um problema importante em sistemas de digitação com os olhos é a correta identificação tanto de quando uma letra é selecionada como de qual letra foi selecionada pelo usuário. As soluções tradicionais para este problema são baseadas na verificação de quanto tempo o olho permanece retido em um alvo. Se ele fica por um certo limite de tempo, a seleção é reconhecida. Métodos em que usam esta ideia são conhecidos como baseados em tempo de retenção (dwell time). É comum que tais métodos, com intuito de melhorar a precisão, adotem tempos de retenção alto. Isso, por outro lado, leva à fadiga e tempos de resposta altos. Estes problemas motivaram a proposta de métodos não baseados em tempos de retenção reduzidos, que dependem de técnicas mais robustas de reconhecimento para inferir as ações dos usuários. Tais estratégias são particularmente mais importantes quando o usuário tem desabilidades que afetam o movimento dos olhos ou usam dispositivos de rastreamento ocular (eye-trackers) muito baratos e, portanto, imprecisos. Uma forma de lidar com o problema de reconhecimento das ações dos usuários é tratá-lo como correção ortográfica. Métodos comuns para correção ortográfica consistem em modelá-lo como a transmissão de uma palavra através de um canal de ruído, tal que é necessário determinar que palavra de um dicionário corresponde à string recebida. Para que a aplicação deste método seja viável, o conjunto de palavras candidatas é reduzido somente àquelas que podem ser transformadas na string de entrada pela aplicação de até k operações de edição de carácter. Esta ideia funciona bem em digitação tradicional porque o número de erros por palavra é pequeno. Contudo, este não é o caso de digitação com os olhos, onde há muito mais ruído. Em tal cenário, técnicas de correção de erros ortográficos não escalam pois seu custo cresce exponencialmente com k e o tamanho do dicionário. Além disso, a distribuição de erros neste cenário é diferente, com muito mais inserções incorretas devido a fontes específicas de ruído como o dispositivo de rastreamento ocular, certos comportamentos dos usuários e características intrínsecas dos movimentos dos olhos. O uso de técnicas probabilísticas baseadas na análise de logs de digitação também não é uma alternativa uma vez que não há corpora de dados grande o suficiente para tanto. Para lidar com todos estes problemas, propomos um método efetivo de reconhecimento que combina estimativas de corpus de erros gerais com conhecimento específico sobre fontes de erro encontradas em sistemas de digitação com os olhos. Nossa técnica é capaz de calcular distâncias de edição eficazmente usando um índice de Mor-Fraenkel em que buscas são feitas com auxílio de um hashing perfeito mínimo. O método possibilita o processamento ordenado de candidatos promissores, de forma que as operações de busca podem ser podadas sem que apresentem perda significativa na qualidade do ranking. Nós também propomos uma heurística linear para estimar distância de edição que tira proveito das informações já mantidas no índice, estendemos nosso modelo de reconhecimento para incluir erros vinculados à variabilidade decorrente dos movimentos oculares e fornecemos um estudo detalhado sobre a importância relativa dos modelos de ruído e de linguagem. Por fim, determinamos os efeitos do modelo no comportamento do usuário enquanto ele digita. Como resultado, obtivemos um método de reconhecimento muito eficaz e rápido o suficiente para ser usado em um sistema real. Em uma tarefa de transcrição com 8 usuários, eles alcançaram velocidade de 17.46 palavras por minuto usando o nosso modelo, o que corresponde a um ganho de 11,3% sobre um método do estado da arte. Nosso método se mostrou mais particularmente útil em situação onde há mais ruído, tal como a primeira sessão de uso. Apesar dos ganhos claros de velocidade de digitação, não encontramos diferenças estatisticamente significativas na percepção dos usuários sobre sua experiência com os dois métodos. Isto indica que uma melhoria no ranking de sugestões pode não ser claramente perceptível pelos usuários mesmo quanto ela afeta positivamente os seus desempenhos.

O Herpesvírus 8 humano (HHV-8) é endêmico em populações africanas e indígenas da região Amazônica. A infecção nestas populações acontece durante a infância e, na África, envolve o contato íntimo no ambiente intrafamiliar. Diversos estudos confirmam a distribuição geográfica dos diferentes subtipos de HHV-8, sendo que o subtipo E é típico das populações indígenas. Objetivos: 1. Caracterizar o(s) subtipo(s) de HHV-8 que circula(m) em população indígena da Amazônia brasileira baseado na análise da região ORF K1 do vírus; 2. Construir a árvore filogenética dos subtipos virais encontrados; 3. Comparar filogeneticamente os subtipos encontrados com os subtipos prevalentes em outras populações indígenas do Brasil e de outros países da América do Sul; 4. Calcular a taxa de substituição para a região VR1 do HHV-8 para as amostras estudadas; 5. Estimar a data de entrada do vírus na população do estudo; 6. Investigar a dinâmica de transmissão do vírus no ambiente intrafamiliar; 7. Averiguar se há correlação entre os alelos de HLA classe I (A e B) e II (DQB1 e DRB1) e suscetibilidade à infecção por HHV-8. Casuística e métodos: Estudo de soroprevalência da infecção por HHV-8 em amostra de população indígena da Amazônia brasileira utilizando IFI para detecção de antígenos da fase latente (LANA) e lítica (Lítico) do vírus. Análise filogenética da amostras encontradas utilizando-se o DNA/HHV-8 extraído de amostras de saliva, submetidas à reação de nested PCR para amplificar as regiões hipervariáveis VR1 e VR2. Cálculo da taxa de substituição do HHV-8, utilizando-se os métodos de distância e técnica bayesiana. Estimar a data do ancestral comum mais recente para as amostras em estudo, utilizando-se o programa BEAST. Tipagem de HLA de indivíduos positivos e negativos para a infecção por HHV-8, utilizando-se a técnica de PCR-SSO. Resultados: A soroprevalência geral da infecção por HHV-8 na população em estudo foi de 75,3% (399/530). Observou-se que a soropositividade dos filhos está correlecionada com a soropositividade materna. O único subtipo viral encontrado foi o subtipo E. A taxa de substituição de nucleotídeos do HHV-8 utilizando a região VR1 foi da ordem de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a). Ao analisar todas as seqüências estudadas o ancestral comum mais recente está em torno de 138 anos. Não houve correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e alelos de HLA classe I ou II. Conclusões: A população estudada é endêmica para a infecção por HHV-8. A infecção ocorre principalmente na infância, por via horizontal não-sexual, e a transmissão se dá provavelmente pela saliva. Assim como em outras populações endêmicas da África, a soropositvidade dos filhos está correlacionada com a soropositividade das mães. Confirmando achados anteriores, o único subtipo do HHV-8 circulante na população estudada, foi o subtipo E. Nossos dados sugerem que a região do gene VR1 do HHV-8 evolui com uma taxa de 6x10-4 substituições por sítio por ano (s/s/a), e que o ancestral comum mais recente do vírus, a partir das amostras analisadas está em torno de 138 anos. Os dados sugerem, também, que não há correlação entre a susceptibilidade à infecção por HHV-8 e os alelos de HLA classe I ou II. / The human herpesvirus 8 (HHV-8) is endemic in Africa and Amerindian populations from Amazon region. The infection in those populations occurs during childhood and, in Africa, involves a close contact in intrafamilial environment. Several studies confirm the geographical distribution of different subtypes of HHV-8, and the subtype E is typical of the Amerindian population. Objectives: 1. To characterize the HHV-8 subtypes circulating in Amerindian population from Brazilian Amazon, based on the analysis of ORF K1 region of the virus. 2. To construct a phylogenetic tree of viral subtypes found among Amerindians 3. To compare by phylogenetic methods the subtypes found in Mapuera Amerindians with the subtypes prevalent in others Amerindians populations of Brazil and South America 4. To determine the substitution rate of VR1 region of HHV-8 for the sequences obtained in the present study 5. To estimate the date of entry of the viruses in the Mapuera population 6. To investigate the dynamic of transmission of the virus in the intrafamilial environment 7. To investigate if there is a correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I (A and B) and II (DQB1 and DRB1) alleles. Patients and methods: The seroprevalence of HHV-8 infection in a sample of the indigenous population of the Brazilian Amazon was carried out using IFA to detect antibodies to latent (LANA) and lytic phase antigens of HHV-8. Phylogenetic analysis of the sequences was performed by using the DNA extracted from samples of saliva, using a nested PCR to amplify the hypervariable regions VR1/ VR2 of HHV-8. Estimation of the substitution rate of HHV-8 nucleotides was performed by using the method of distance and the Bayesian technique. Estimates of the time of the most recent common ancestor (TMRCA) for all samples studied were done by using the BEAST program. HLA typing of positive and negative subjects for HHV-8 infection was performed by using the PCR-SSO technique. Results: The overall HHV-8 seroprevalence was 75.3% (399/530). There was a positive correlation between soropositivity of children and maternal seropositivity. The only viral subtype found was subtype E. The substitution rate of HHV-8 using the VR1 region was estimated around 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y). By using this rate of substitution, the TMRCA of the Mapuera viruses sequences was estimated to be around 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles. Conclusions: The population studied is endemic for HHV-8 infection. The infection occurs mainly in childhood, by horizontal, nonsexual transmission, probably by saliva. As in endemic populations of Africa, the soropositvity of children is positively correlated with the seropositivity of the mothers. In agreement with previous reports, the subtype E was the only HHV-8 subtype found in Mapuera Amerindians. Our data suggest that the VR1 gene region of HHV-8 evolves with a rate of 6x10-4 substitutions per site per year (s / s / y), which results in a time of the most recent common ancestor for Mapuera HHV-8 sequences of 138 years. There was no correlation between susceptibility to HHV-8-infection and HLA class I or II alleles.