Methicillin-resistenta Staphylococcus aureus (MRSA) som bär på genen mecA, har förekommit och spridit sig över hela världen, främst i sjukhusmiljö, och orsakat utbrott av vårdrelaterade (så kallade nosokomiala) infektioner. Dessa infektioner kan inte behandlas med stafylokock-penicilliner och MRSA-bakterierna är ofta resistenta även mot flera andra grupper av antibiotika vilket medför att infektionerna ofta är påtagligt svårbehandlade. Under senare år har emellertid allt fler fall beskrivits av samhällsförvärvad MRSA infektion, det vill säga uppträdande av MRSA hos personer som tidigare ej har haft kontakt med sjukhusvård eller behandlats med antibiotika. Det har länge varit oklart om de samhällsförvärvade MRSA [community-acquired (CA-MRSA)] representerar spridning av bakterier från sjukhusmiljön ut till samhället eller om dessa MRSA är spontant uppträdande. Många av dessa stammar har dessutom visat sig bära på sjukdomsrelaterade gener som vanligen inte återfinns hos S. aureus, t.ex. Panton Valentine leukocidin (PVL) som associeras med hudinfektioner och allvarlig lunginflammation med hög dödlighet hos unga och annars friska individer. Denna avhandling beskriver den molekylära epidemiologin hos MRSA med fokus på samhällsförvärvade MRSA som utgjorde mer än hälften av samtliga fall av MRSA i Örebro län och som dessutom ofta producerade PVL toxinet, vars funktion vidare analyserades i detalj. Undersökning av ursprung och släktskap hos samtliga MRSA som isolerats i Örebro län, samt karaktärisering av det genetiskt element som kallas staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) vilket innehåller genen mecA och ibland även andra resistensgener, visade att CA-MRSA inte är relaterade till de nosokomiala MRSA, och att dessa har uppstått oberoende av varandra. Flertalet MRSA visade sig dessutom bära på SCCmec, och resistensmekanismer, som tidigare inte beskrivits. Troligen har dessa MRSA uppstått genom ett genetiskt utbyte av SCCmec mellan methicillin-resistenta koagulas-negativa stafylokocker (MR-KNS), som utgör huvudparten av normalfloran på huden, och methicillin-känsliga S. aureus som därvid erhåller genen mecA och resistensmekanismer mot samtliga stafylokockantibiotika. I den här avhandlingen framläggs bevis för att ett sådant genetiskt utbyte har skett på Barnkliniken på Universitetssjukhuset i Örebro i slutet på 1990-talet, vilket resulterade i uppkomsten av en ny klon av MRSA som därefter orsakade ett allvarligt utbrott. Kartläggning av DNA-sekvensen hos flertalet unika SCCmec från svenska MRSA gav dessutom en bättre förståelse för hur resistens uppkommer och sprider sig, samt mekanismerna bakom detta. Dessa nya kunskaper kan bidra till en förbättrad diagnostik av MRSA. Detta är framför allt av stor betydelse eftersom nya effektiva kloner av MRSA verkar kunna uppstå ute i samhället med potential att orsaka svårbehandlade infektioner men även att sprida sig bland den friska befolkningen. / Material and methods - During a period of 14 years, around 2000 patients with head injuries were admitted to the emergency ward at Lindesberg County Hospital and Örebro Medical Centre Hospital. Six hundred subjects suffered from skull fracture and/or brain contusion and diagnosis was established using a computed tomography scan (CT). The degree of initial brain injury was estimated using the Swedish Reaction Level Scale (RLS). Sixty-six subjects were investigated with pure tone audiometry in close proximity to the trauma, and this gave an opportunity to study the issue of progress. The investigation took place two to 14 years after trauma, and the results were compared to matched control groups. A battery of different audiological methods was used to investigate peripheral and central auditory function, and a specially designed acoustic environmental room was also utilized. Cognition was investigated using a computer-based test-battery, text information process system (TIPS). Self-assessed hearing, cognition and quality of life were explored using different questionnaires. Results - A high percentage of peripheral and central auditory impairments and also cognitive shortcomings were demonstrated. Progress of SNHL was a common finding, and fracture, high age at trauma and large initial hearing loss predicted progress. Antibody-mediated autoimmunity as a mechanism behind posttraumatic progress of SNHL or clear evidence for sympathetic cochleolabyrinthitis could not be demonstrated. Binaural auditory deficits could be demonstrated when tested in a realistic acoustic environment. Tinnitus, vertigo and memory shortcomings proved to be common sequelae, even in a long-term perspectiveCognitive shortcomings were found in several of these well-rehabilitated subjects.On a group level, there was a good correlation between self-assessments and audiometric results, even if some individuals had a tendency to over- or underestimate their abilities. Conclusion - Auditory and cognitive long-term sequelae of CHI are a common finding even in well-rehabilitated and socially well-functioning subjects, as are vertigo and tinnitus. Vertigo and tinnitus are also common sequelae after CHI, therefore a basic audiovestibular investigation after CHI is recommended, at least in selected cases.Early awareness of the risk for hearing and cognitive sequelae after CHI could lead to measurements taken to prevent tension-related symptoms.Early detection of HI offers an opportunity to try immunosuppressive treatment in cases with a large initial SNHL.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) são reconhecidos como importantes patógenos causadores de infecções nosocomiais, configurando um grave problema de saúde pública, principalmente pela escassez de opção terapêutica eficaz. O fenótipo de resistência VanA é o mais frequente, sendo definido pela resistência a altos níveis de vancomicina e teicoplanina. VanA é caracterizado por um conjunto gênico (vanRSHAXYZ) localizado no elemento genético móvel denominado transposon Tn1546. A diversidade de Tn1546 resulta de alterações estruturais promovidas por deleções ou integração de sequências de inserção (IS) que, exercem papel chave na evolução do elemento VanA, modificando os aspectos relacionados à sua transferência e expressão do fenótipo. O objetivo deste estudo foi caracterizar e avaliar o polimorfismo de elementos Tn1546 presentes em amostras de diferentes espécies de Enterococcus isoladas em instituições hospitalares do Estado do Rio de Janeiro no período de 2000 a 2012. Foram incluídas neste estudo 70 amostras VRE que foram caracterizadas quanto ao gênero, espécies e genótipo de resistência aos glicopeptídeos por métodos convencionais e PCR multiplex. A susceptibilidade a 17 antimicrobianos foi avaliada pelo método de difusão em ágar, e concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina e teicoplanina foi determinada por microdiluição em caldo. O tranposon foi obtido após lise das células bacterianas e amplificação por PCR longo, utilizando-se oligonucleotídeos específicos para a região repetida e invertida que flanqueia este elemento genético. A diversidade dos elementos Tn1546 foi avaliada por um conjunto de métodos moleculares que incluiu a análise do polimorfismo do tamanho de fragmentos de restrição (restriction fragment lenght polymorphism, RFLP), utilizando-se a endonuclease ClaI, amplificação de segmentos internos por PCR de sobreposição de oligonucleotídeos (overlapping PCR) e detecção de sequências de inserção (ISs). A caracterização em espécies considerada para as demais análises foi obtida pela metodologia de PCR de acordo com a seguinte distribuição: E. avium (N=6), E. faecalis (N=12), E. faecium (N=46), E. gallinarum (N=4) e E. raffinosus (N=2). Todas as amostras apresentaram o genótipo vanA. Nos testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foi observado que todas as amostras foram multirresistentes, sendo resistente de 6 a 13 dentre os 17 antimicrobianos testados. A presença de elementos semelhantes ao arquétipo de Tn1546 foi observada em 61,5% das amostras; entretanto, 27 amostras apresentaram perfis variantes de Tn1546. Foram identificados nove perfis de RFLP, dentre 66 avaliadas, sendo o perfil I, prevalente e semelhante ao arquétipo de Tn1546. Não foi possível analisar quatro amostras por RFLP. Os produtos de amplificação de Tn1546 alterados, obtidos pela overlapping PCR e pelo rastreamento de IS, levaram à classificação de 15 tipos polimórficos, nomeados de A a O. A maioria dos Tn1546 polimórficos teve suas regiões de ORF1 e/ou ORF2 deletadas; e IS1542 juntamente com IS1216V foram as inserções mais frequentes, que em muitas situações compartilhavam a mesma região de inserção. IS19 foi detectada apenas na região vanS-vanH. Os dados apresentados neste estudo indicam que o polimorfismo de Tn1546 pode ser explorado no rastreamento de rotas de transmissão, acompanhamento da dispersão de elementos VanA e investigação da evolução de amostras VRE. / Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) is a leading cause of nosocomial infections, remaining as a public health concern in the last two decades. VanA phenotype is the most frequently encountered and it is responsible for high-level vancomycin and teicoplanin resistance. VanA is characterized by a gene cluster (vanRSHAXYZ) located on the mobile genetic element called Tn1546. The diversity of Tn1546 results from structural changes promoted by deletions or additions of insertion sequences (IS) that play a key role in the evolution of VanA element, changing its transferability and expression of phenotype. The aim of this study was to characterize and evaluate the polymorphism of Tn1546 genetic elements belong to VRE isolates obtained from patients attending in hospitals located in the Rio de Janeiro state, during the period from 2000 to 2012. Seventy VRE strains were included in this study. The strains were identified by conventional physiological testes and multiplex PCR, including the vancomycin resistance phenotype and genotype. Antimicrobial susceptibilities testing were carried out by disk diffusion method for 17 antimicrobials; and the minimal inhibitory concentrations (MIC) values to vancomycin and teicoplanin were evaluated by microdilution technique. Tn1546 were amplified by long-PCR using primers to inverted-repeat sequences flanking the transposon. Tn1546 diversity was evaluated by a set of molecular methods including restriction fragment length polymorphism (RFLP), using the endonuclease ClaI, overlapping PCR and detection of insertion sequence elements (IS). Among the 70 strains, 6 E. avium, 12 E. faecalis, 46 E. faecium, 4 E. gallinarum, and 2 E. raffinosus were characterized by multiplex PCR, as well as the vanA glycopeptide resistance determinant. All the strains were multirresistant, being resistant from 6-13 among the 17 antimicrobials tested. The presence of similar elements to the archetype of Tn1546 was observed in 61.5% of samples; however, 27 samples had variant profiles of Tn1546. Nine RFLP profiles were identified among 66 strains, and the profile I was the most frequent and showed to be similar to the archetype of Tn1546. It was not possible to analyze four strains by RFLP. The amplification products of Tn1546, obtained by overlapping PCR, and screening the IS elements led to the characterization of 15 different types, named A through O. Most Tn1546 had its polymorphisms based on deletion of the ORF1 and / or ORF2 regions; and IS1542 as the most frequent insertion element, which in many cases shared the same region of insertion with IS1216V. IS19 was detected only in vanS-vanH region. The data presented in this study indicate that the polymorphism of Tn1546 can be exploited in tracking transmission routes, monitoring the dispersion of VanA elements and investigation of the evolution of VRE strains.

Orientador: Carlos Roberto Teixeira / Resumo: Os felinos selvagens neotropicais habitam as Américas do Sul e Central, porém apenas oito espécies são nativas do Brasil. Foi reportado em felinos selvagens o mesmo sistema AB sanguíneo de felinos domésticos, composto por três tipos, A, B e o mais raro AB. O objetivo deste trabalho foi realizar tipagem sanguínea nas espécies de felídeos neotropicais brasileiras através do teste em cartão e teste de hemaglutinação em tubo de ensaio. Comparar o uso destas técnicas e descrever a prevalência dos tipos sanguíneos A, B e AB nestas espécies. Foram coletadas 42 amostras de seis diferentes espécies de felinos selvagens neotropicais, sendo dez Leopardus tigrinus, sete Leopardus weidii, oito Leopardus pardalis, dois Puma yagouaroundi, quatro Puma concolor e 11 Panthera onca. Todos os animais pertencentes ao gênero Panthera e Leopardus foram positivos para o tipo sanguíneo A em ambos os testes realizados. Já os animais pertencentes ao gênero Puma, foram positivos para o tipo B. Não houve problemas para tipagem através do método em cartão, sugerindo uma boa aplicabilidade na tipagem sanguínea em felídeos. / Abstract: Neotropical wild felids habit South and Central America, but only eight species are native to Brazil. The same AB blood system of domestic cats has been reported in wild cats, consisting of three types, A, B and the rarest AB. The objective of this work was to perform blood typing in Brazilian neotropical wild cats species through the card test and hemagglutination test in a test tube. Compare the use of these techniques and to describe the prevalence of blood types A, B and AB in these species. A total of 42 samples of six different Neotropical wild cat species were collected: ten Leopardus tigrinus, seven Leopardus weidii, eight Leopardus pardalis, two Puma yagouaroundi, four Puma concolor and 11 Panthera onca. All animals belonging to the genus Panthera and Leopardus were positive for blood type A in both tests. However, the animals belonging to the Puma genus were positive for type B. There were no problems for typing through the cardboard method, suggesting a good applicability in feline blood typing. / Mestre

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) são reconhecidos como importantes patógenos causadores de infecções nosocomiais, configurando um grave problema de saúde pública, principalmente pela escassez de opção terapêutica eficaz. O fenótipo de resistência VanA é o mais frequente, sendo definido pela resistência a altos níveis de vancomicina e teicoplanina. VanA é caracterizado por um conjunto gênico (vanRSHAXYZ) localizado no elemento genético móvel denominado transposon Tn1546. A diversidade de Tn1546 resulta de alterações estruturais promovidas por deleções ou integração de sequências de inserção (IS) que, exercem papel chave na evolução do elemento VanA, modificando os aspectos relacionados à sua transferência e expressão do fenótipo. O objetivo deste estudo foi caracterizar e avaliar o polimorfismo de elementos Tn1546 presentes em amostras de diferentes espécies de Enterococcus isoladas em instituições hospitalares do Estado do Rio de Janeiro no período de 2000 a 2012. Foram incluídas neste estudo 70 amostras VRE que foram caracterizadas quanto ao gênero, espécies e genótipo de resistência aos glicopeptídeos por métodos convencionais e PCR multiplex. A susceptibilidade a 17 antimicrobianos foi avaliada pelo método de difusão em ágar, e concentração inibitória mínima (CIM) para vancomicina e teicoplanina foi determinada por microdiluição em caldo. O tranposon foi obtido após lise das células bacterianas e amplificação por PCR longo, utilizando-se oligonucleotídeos específicos para a região repetida e invertida que flanqueia este elemento genético. A diversidade dos elementos Tn1546 foi avaliada por um conjunto de métodos moleculares que incluiu a análise do polimorfismo do tamanho de fragmentos de restrição (restriction fragment lenght polymorphism, RFLP), utilizando-se a endonuclease ClaI, amplificação de segmentos internos por PCR de sobreposição de oligonucleotídeos (overlapping PCR) e detecção de sequências de inserção (ISs). A caracterização em espécies considerada para as demais análises foi obtida pela metodologia de PCR de acordo com a seguinte distribuição: E. avium (N=6), E. faecalis (N=12), E. faecium (N=46), E. gallinarum (N=4) e E. raffinosus (N=2). Todas as amostras apresentaram o genótipo vanA. Nos testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foi observado que todas as amostras foram multirresistentes, sendo resistente de 6 a 13 dentre os 17 antimicrobianos testados. A presença de elementos semelhantes ao arquétipo de Tn1546 foi observada em 61,5% das amostras; entretanto, 27 amostras apresentaram perfis variantes de Tn1546. Foram identificados nove perfis de RFLP, dentre 66 avaliadas, sendo o perfil I, prevalente e semelhante ao arquétipo de Tn1546. Não foi possível analisar quatro amostras por RFLP. Os produtos de amplificação de Tn1546 alterados, obtidos pela overlapping PCR e pelo rastreamento de IS, levaram à classificação de 15 tipos polimórficos, nomeados de A a O. A maioria dos Tn1546 polimórficos teve suas regiões de ORF1 e/ou ORF2 deletadas; e IS1542 juntamente com IS1216V foram as inserções mais frequentes, que em muitas situações compartilhavam a mesma região de inserção. IS19 foi detectada apenas na região vanS-vanH. Os dados apresentados neste estudo indicam que o polimorfismo de Tn1546 pode ser explorado no rastreamento de rotas de transmissão, acompanhamento da dispersão de elementos VanA e investigação da evolução de amostras VRE. / Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) is a leading cause of nosocomial infections, remaining as a public health concern in the last two decades. VanA phenotype is the most frequently encountered and it is responsible for high-level vancomycin and teicoplanin resistance. VanA is characterized by a gene cluster (vanRSHAXYZ) located on the mobile genetic element called Tn1546. The diversity of Tn1546 results from structural changes promoted by deletions or additions of insertion sequences (IS) that play a key role in the evolution of VanA element, changing its transferability and expression of phenotype. The aim of this study was to characterize and evaluate the polymorphism of Tn1546 genetic elements belong to VRE isolates obtained from patients attending in hospitals located in the Rio de Janeiro state, during the period from 2000 to 2012. Seventy VRE strains were included in this study. The strains were identified by conventional physiological testes and multiplex PCR, including the vancomycin resistance phenotype and genotype. Antimicrobial susceptibilities testing were carried out by disk diffusion method for 17 antimicrobials; and the minimal inhibitory concentrations (MIC) values to vancomycin and teicoplanin were evaluated by microdilution technique. Tn1546 were amplified by long-PCR using primers to inverted-repeat sequences flanking the transposon. Tn1546 diversity was evaluated by a set of molecular methods including restriction fragment length polymorphism (RFLP), using the endonuclease ClaI, overlapping PCR and detection of insertion sequence elements (IS). Among the 70 strains, 6 E. avium, 12 E. faecalis, 46 E. faecium, 4 E. gallinarum, and 2 E. raffinosus were characterized by multiplex PCR, as well as the vanA glycopeptide resistance determinant. All the strains were multirresistant, being resistant from 6-13 among the 17 antimicrobials tested. The presence of similar elements to the archetype of Tn1546 was observed in 61.5% of samples; however, 27 samples had variant profiles of Tn1546. Nine RFLP profiles were identified among 66 strains, and the profile I was the most frequent and showed to be similar to the archetype of Tn1546. It was not possible to analyze four strains by RFLP. The amplification products of Tn1546, obtained by overlapping PCR, and screening the IS elements led to the characterization of 15 different types, named A through O. Most Tn1546 had its polymorphisms based on deletion of the ORF1 and / or ORF2 regions; and IS1542 as the most frequent insertion element, which in many cases shared the same region of insertion with IS1216V. IS19 was detected only in vanS-vanH region. The data presented in this study indicate that the polymorphism of Tn1546 can be exploited in tracking transmission routes, monitoring the dispersion of VanA elements and investigation of the evolution of VRE strains.

Introduction: Colonization of the anogenital tract of pregnant women by Group B Streptococcus (GBS) is the main risk factor for early-onset neonatal sepsis. Identification of maternal colonization allows antimicrobial prophylaxis and prevention of vertical transmission. Objectives: To identify the genetic diversity and phenotypic characteristics of GBS using molecular biology techniques and culture in specific medium, and the epidemiological aspects of pregnant women colonized by this bacterium. Methods: It was performed a cross-sectional study, anogenital samples of 316 pregnant women were collected between 35 and 37 weeks and submited to culture in specific medium, antimicrobial susceptibility test, multiplex PCR, multi locus sequence typing (MLST) and multi locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA). The epidemiological aspects of colonized and non-colonized pregnant women were also investigated. Results: It was obtained a prevalence of 36.4% by culture and 38.6% by PCR. Multiplex PCR had sensitivity of 100%, specificity of 96.5%, positive predictive value of 94.3% and negative predictive value of 100%. The most common serotypes were Ia, V, II and III. Resistance genes were identified in 34 samples. Sensitivity to penicillin was universal, 24.3% presented resistance to erythromycin and 14.8% to clindamycin. Evaluating the epidemiological variables, there were no differences between the colonized and non-colonized pregnant women. Diversity index and number of genotypes found by MLST was 0.608 and 6, and by MLVA was 0.840 and 15, respectively. Conclusion: We found a high prevalence of maternal GBS colonization, with serotype distribution similar to the Americas region. Multiplex PCR was more accurate than culture, and maternal epidemiological variables showed no difference when evaluating presence or absence of bacterial colonization, its serotypes and antimicrobial resistance. MLVA showed a higher discrimination capacity among the unrelated strains than MLST. / Submitted by Otto Henrique May Feuerschuette (otto.feurschuette@unisul.br) on 2018-04-26T00:54:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) OTTO TESE CORRIGIDA PÓS BANCA (1).pdf FINAL.pdf: 3081595 bytes, checksum: afad5beba2687558aafe2f1705d36e01 (MD5) / Approved for entry into archive by Silvane Cauz (silvane.cauz@unisul.br) on 2018-04-26T12:14:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) OTTO TESE CORRIGIDA PÓS BANCA (1).pdf FINAL.pdf: 3081595 bytes, checksum: afad5beba2687558aafe2f1705d36e01 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-26T12:14:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) OTTO TESE CORRIGIDA PÓS BANCA (1).pdf FINAL.pdf: 3081595 bytes, checksum: afad5beba2687558aafe2f1705d36e01 (MD5) Previous issue date: 2018 / Introdução: A colonização do trato anogenital de gestantes pelo Estreptococo do grupo B (EGB) é o fator de risco primário para a sepse neonatal precoce. A identificação da colonização materna permite a profilaxia antimicrobiana e prevenção da transmissão vertical. Objetivos: Identificar a diversidade genética e as características fenotípicas do EGB utilizando-se técnicas de biologia molecular e cultura em meio específico, e avaliar os aspectos epidemiológicos de gestantes colonizadas por essa bactéria Métodos: Foi realizado um estudo transversal com 316 amostras anogenitais de gestantes entre 35 e 37 semanas para realização de cultura em meio específico, teste de sensibilidade aos antimicrobianos, PCR multiplex, multi locus sequence typing (MLST) e multi locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA). Pesquisou-se também os aspectos epidemiológicos dessas gestantes. Resultados: Foi encontrada prevalência de 36,4% pela cultura e 38,6% pela PCR. A PCR multiplex apresentou sensibilidade de 100%, especificidade de 96,5%, valor preditivo positivo de 94,3% e valor preditivo negativo de 100%. Os sorotipos mais encontrados foram Ia, V, II e III. Os genes de resistência foram identificados em 34 amostras. A sensibilidade à penicilina foi universal, 24,3% apresentaram resistência à eritromicina e 14,8% à clindamicina. Avaliando-se as variáveis epidemiológicas, não se identificaram diferenças entre as gestantes colonizadas e não colonizadas. O índice de diversidade e o número de genogrupos encontrados pelo MLST foi 0,608 e 6, e pela MLVA foi 0,840 e 15, respectivamente Conclusão: Constatou-se uma alta prevalência de colonização materna, com distribuição dos sorotipos semelhante à região das Américas. A PCR multiplex foi mais acurada que a cultura, e as variáveis epidemiológicas maternas não apresentaram diferença significativa ao avaliar-se a presença ou não de colonização bacteriana, seus sorotipos e a resistência aos antimicrobianos. A MLVA apresentou uma capacidade de discriminação entre as cepas não relacionadas maior do que a MLST

In today´s labour market, men and women are segregated, both vertically and horizontally. Exceptions to the rule of gender segregation are few. There is, however, one managerial group where women and men are equal in numbers: school principals. In a short period of time, the distribution in terms of sex among principals in Sweden has changed dramatically. How does gender equality in numbers affect gender equality in a qualitative sense? That is the focus of this thesis. In order to find out, I interviewed eight senior level school principals, on the topics of sex/gender, leadership and gender equality. Three important conclusions were drawn from the interviews. The first one is that there is a strong connection between masculinity and leadership among the principals. When they talk about establishing boundaries and discussing right and wrong, they focus on male principals. In certain situations, no woman is good enough, no matter how good a principal she is. Male principals are described as different, in a positive way. The second conclusion has to do with the way men and women are described. The male principals describe themselves as intuitive and focused on relationship issues – features traditionally labelled as female. The women, however, describe themselves as masculine in some ways. It appears that who and what is labelled as male or female is negotiable among the principals in this study. The final conclusion concerns gender equality. It appears that the strive for gender equality in a quantitative sense has led to a focus on men and masculinity. The strive for gender equality in numbers, seems to put egual opportunitys for men and women at risk.

Le lambda calcul avec constructeurs (de Arbiser, Miquel et Rios) est une extension du lambda calcul avec un mécanisme de filtrage. Le filtrage à la ML y est décomposé en deux étapes: une analyse de cas sur des constantes (telle l'instruction «case» de Pascal), et une commutation de l'application avec la construction de filtrage. Cette règle de commutation entre deux constructions de natures différentes induit une géométrie de calcul surprenante, a priori incompatible avec les intuitions habituelles de typage. Cependant il a été montré que ce calcul est confluent, et vérifie la propriété de séparation (à la Böhm). Cette thèse propose un système de types du polymorphique pour ce calcul, et décrit ensuite un modèle de réalisabilité, qui adapte les candidats de réductibilité de Girard au lambda calcul avec constructeurs. La normalisation forte du calcul typé et l'absence d'erreur de filtrage lors de l'évaluation en découlent immédiatement. Nous nous intéressons ensuite à la sémantique du lambda calcul avec constructeurs non typé. Une notion générique de modèle catégorique pour ce calcul est définie, puis un modèle particulier (le modèle syntaxique dans la catégorie des PERs) est construit. Nous en déduisons un résultat de complétude. Enfin, nous proposons une traduction CPS du lambda calcul avec constructeurs dans le lambda calcul simplement typé avec paires. Le lambda calcul avec constructeurs peut ainsi être simulé dans un calcul bien connu, et cette traduction nous permet aussi de transformer tout modèle par continuation en modèle du lambda calcul avec constructeurs. Une équation catégorique caractéristique de ces modèles apparait alors, qui permet de construire des modèles non syntaxiques (dans les domaines) de Scott du lambda calcul avec constructeurs. / The lambda calculus with constructors was introduced by Arbiser, Miquel and Rios in the early 2000's as an extension of lambda calculus with pattern matching features. It decomposes the pattern matching à la ML into a case-analysis on constant constructors (in the spirit of the case instruction in Pascal), and a commutation rule between case construction and application. This commutation rule between two different kinds of constructions designs a surprising computational behaviour, a priori} not compatible with usual typing intuitions. However the whole calculus was proved confluent, and it enjoys the separation property (a version of Böhm's lemma).In this thesis we propose a polymorphic type system for this calculus, and we develop a realisability model, based on Girard's reducibility candidates. This leads to a strong normalisation result for the typed calculus, and guaranties that the type system prevents match failure. Next we focus on semantics for the untyped calculus. We first define a generic notion of models for the lambda calculus with constructors in Cartesian closed categories. We then establish the syntactic model in the category of PERs, and deduce a completeness result from it.Finally, we consider a translation of the lambda calculus with constructors into the pure lambda lambda calculus relying on continuation passing style techniques. This enables the simulation of the lambda calculus with constructors by a well known calculus, and provides a transformation of every continuation model into a model of the lambda calculus with constructors. Thereby a categorical equation characteristic of these models appears, which enables the construction of non syntactic models in Scott's domains.

A doença de Chagas é caracterizada por um amplo espectro de manifestações clínicas, que vão desde a ausência de sintomas à doença grave com comprometimento cardíaco e/ou digestivo. A influência do parasito, Trypanosoma cruzi (T. cruzi), agente etiológico da doença, nessas apresentações clínicas têm sido largamente estudada, não se tendo demonstrado o papel da diversidade genética de populações de T. cruzi na determinação das diferentes formas clínicas em humanos. Este trabalho teve como objetivos: a) geral: analisar as características moleculares de T. cruzi em pacientes com doença de Chagas com e sem imunodepressão (infecção por HIV e transplante de órgãos com e sem reativação); b) específicos: 1. Analisar comparativamente isolados do parasito quanto à distribuição em DTU; 2. Relacionar os resultados obtidos pela análise molecular do gene ND7 com a forma clínica e origem; 3. Avaliar por LSSP-PCR a variabilidade da sequência do kDNA de T. cruzi diretamente de amostras biológicas assim como em isolados de T. cruzi obtidos pelos exames de hemocultura/xenodiagnóstico; 4. Comparar os padrões polimórficos obtidos por LSSP-PCR em amostras repetidas de um mesmo paciente no mesmo sítio ou distintos sítios biológicos. Foram incluídos, após aprovação do protocolo na CAPPesq e mediante assinatura de TCLE, 106 pacientes com doença de Chagas crônica ou com imunossupressão, provenientes dos ambulatórios e enfermarias do HCFMUSP, além de 75 indivíduos controle, com provas sorológicas e moleculares negativas. Foram analisadas 187 amostras isoladas de hemocultura/xenodiagnóstico e 236 diretamente de amostras sanguíneas de pacientes. Os seguintes grupos foram constituídos: Agudo-AG, Crônico-CR, Crônico Imunodeprimido-CRI (doenças autoimunes/neoplasias), Coinfecção-CO (infecção por HIV/T.cruzi), Coinfecção-CO/RE (infecção por HIV/T.cruzi e reativação da doença de Chagas), Transplantado-TX, Transplantado-TX/RE (Transplantado com reativação da doença de Chagas). Foram identificados DTU TcI, TcV, TcVI e em maior número TcII, por ensaios de tipagem molecular do parasito, com distribuição estatisticamente significantemente de acordo com a naturalidade dos pacientes (P=0,013). Quanto ao gene ND7, observou-se que a banda de ~900 bp ocorreu em 83,0% das amostras das regiões norte, nordeste, centro-oeste e Bolívia e a de ~400pb em 54% das amostras nas regiões sul e sudeste brasileiras sendo esta diferença estatisticamente significante (P < 0,001). A comparação dos perfis observados por LSSP-PCR a partir de amostras extraídas diretamente do sangue e de isolados obtidos de hemocultura/xenodiagnóstico mostrou maior variabilidade em amostras sanguíneas, confirmada pelo dendrograma. Adicionalmente, o estudo de amostras repetidas do mesmo paciente permitiu confirmar a maior variabilidade nas amostras diretamente extraídas do sangue, com mudança dos padrões durante e após o tratamento com reaparecimento de perfis antigos não presentes no período prétratamento imediato, além de presença de perfis diferentes em distintos sítios biológicos do mesmo paciente. O encontro de DTU diferentes de TcII nos grupos CR/CRI e AG enfatiza a necessidade de atentar para a diferença em limiares de reatividade segundo DTU na análise da parasitemia por PCRq (quantitativa), conforme registrado na literatura. Os dados observados por LSSP-PCR acrescentam informações adicionais não revelados por tipagem molecular, representando novos desafios para o entendimento da relação hospedeiro-parasito em pacientes com doença de Chagas sem e com imunossupressão, ao lado de fatores como nível de parasitemia e pressão seletiva de medicamentos antiparasitários e imunossupressores / Chagas\' disease is characterized by a broad spectrum of clinical manifestations, ranging from asymptomatic cases to severe cardiovascular and/or gastrointestinal involvement. The clinical presentations are thought to be determined primarily by genetic diversity of populations of Trypanosoma cruzi (T. cruzi), but no correlation was clearly demonstrated yet. This study aimed to: a) general: to analyze the molecular characteristics of T. cruzi in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression (HIV infection and organ transplantation with or without reactivation); b) specifics: 1.To analyze comparatively isolates from the parasite as for the distribution in DTU; 2. To describe the results obtained by molecular analysis of gene ND7 in relationship with the clinical form and origin; 3. To assess by LSSP-PCR the variability of the sequence of the T. cruzi kDNA directly from biological samples, as well as in T. cruzi isolates obtained by examination of blood culture/xenodiagnosis; 4. To compare the polymorphic patterns obtained by LSSP-PCR in repeated samples of the same patient on the same site or different biological sites. After approval of the protocol in CAPPesq and by signing an informed consent, 106 patients with chronic Chagas disease or immunosuppression, from the HCFMUSP\'s clinics and wards, and 75 control subjects with negative serological and molecular tests were included. They were analyzed 187 isolated samples from blood culture/xenodiagnosis and 236 directly from blood samples of patients. The following groups were formed: Acute-AC, Chronic-CR, Chronic immunocompromised-CRI (autoimmune diseases/ neoplasms), Coinfection-CO (HIV/T. cruzi infection), Coinfection-CO/RE (HIV/T. cruzi and reactivation of Chagas disease), Transplantation-TX, Transplantation-TX/RE (Transplantation/ with reactivation of Chagas\' disease). DTU TcI, TcV, TcVI and higher TcII number were identified for molecular typing assays of the parasite and the distribution of DTU was statistically significant according to patient´s naturality (P=0.013). As for ND7 gene, was observed that the band of ~ 900 bp was prevalent in 83% of the samples in the North, Northeast, Midwest regions and Bolivia and the band of ~400bp occurred in 54% of the samples of Brazilian\' South and Southeast regions, this distribution was statistically significant (P < 0.001). The comparison between the profiles observed by LSSP-PCR from samples taken directly from blood and isolates obtained from blood culture/xenodiagnosis showed greater variability in blood samples, confirmed by dendrogram. Additionally, the study of repeated samples from the same patient allowed to confirm the greater variability in blood samples taken directly, with changing patterns during and after the treatment with reappearance of old profiles not present in the immediate pre-treatment period, and the presence of different profiles at different biological sites in the same patient. The presence of other DTUs than TcII in chronic and chronic immunosuppressed patients and AC groups emphasizes the need to pay attention to the different reactivity thresholds for the various DTU in the analysis of parasitaemia by PCRq (quantitative), according to the data registered in the literature. The results observed by LSSP-PCR add further information not revealed by molecular typing, representing new challenges for the understanding of the host-parasite relationship in patients with Chagas\' disease with and without immunosuppression, alongside factors such as level of parasitaemia and selective pressure of antiparasitic drugs and immunosuppressive

O gênero Trichosporon é composto por leveduras artrosporadas do Filo Basidiomycota e é conhecido agente de infecção fúngica invasiva (IFI) em pacientes imunodeprimidos ou com outros fatores de risco. Em pacientes onco-hematológicos é a principal levedura responsável por IFI depois do gênero Candida. Entre as espécies responsáveis por infecções no homem encontram-se: T. asahii, T. inkin, T. mucoides, T. dermatis, T. jirovecii, T. ovoides, T. cutaneum, T. montevideense, T. domesticum, T. asteroides, T. coremiiforme, T. faecale, T. dohaense, T. lactis, T. japonicum. A tecnologia de identificação de fungos por espectrometria de massa (SM) MALDI-TOF ainda carece de padronização para identificação de fungos do gênero Trichosporon, mas a literatura mostra resultados encorajadores. O objetivo deste estudo é padronizar a técnica de espectrometria de massa MALDI-TOF para a identificação das espécies do gênero Trichosporon de importância médica. O estudo foi realizado em cooperação entre a Divisão de Laboratório Central do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (DLC, HC-FMUSP), Instituto de Medicina Tropical da USP (IMT-USP), Instituto Adolfo Lutz (IAL) e Laboratoire de Parasitologie-Mycologie do Hospital Saint Antoine de Paris, vinculado ao grupo de pesquisa INSERM/UPMC UMR S945 \"Immunité et Infection\" Faculté de Medecine et Université Pierre et Marie Curie de Paris. Noventa e três cepas/isolados foram analisado(a)s, sendo dezenove cepas de referência adquiridas junto à coleção holandesa Centraalbureau Schimmelcultures (CBS), 19 isolados do HC-FMUSP e IAL, e 55 isolados de diferentes hospitais franceses. A identificação molecular foi realizada através do sequenciamento da região IGS1 do rDNA e foi considerada como método de referência. O protocolo de extração de proteínas foi estabelecido através da comparação do desempenho de três metodologias (Bruker®, Cassagne et al., Sendid et al.). Os espectros de massa foram obtidos no laboratório de bacteriologia do Hospital Saint Antoine de Paris através do aparelho Microflex LT®. A interpretação dos resultados qualitativos e quantitativos (logscore) foi realizada através do Software Biotyper 3.0®. O desempenho de identificação do banco de espectros de referência Biotyper 3.0® foi comparado a outros cinco bancos criados a partir de espectros de referência (ERs) derivados de 18 cepas de referência CBS, sete isolados clínicos e 11 ERs do banco Biotyper 3.0. O protocolo de extração de proteínas descrito por Sendid et al. foi escolhido como protocolo de referência pois os espectros produzidos tiveram logscore superiores àqueles obtidos através do método do fabricante. O banco de ERs Biotyper 3.0® apresentou 32,3% de identificações corretas das espécies, sendo que o banco de ERs in house (número 5, constituído cepas CBS e isolados clínicos) apresentou 98,5% de identificações de espécies. Espectros de referência do banco de dados Biotyper 3.0® foram submetidos à identificação com a utilização dos ERs criados a partir de cepas CBS e isolados clínicos e foram evidenciados com erros de identificação: T. mucoides (2), T. ovoides (1) e T. cutaneum (2). Após padronização do protocolo de extração e criação de banco de ERs com cepas CBS e isolados clínicos caracterizados pelo sequenciamento da região IGS, a SM por MALDI-TOF apresentou-se como potente uma ferramenta para a identificação de fungos do gênero Trichosporon. O banco de ERs Biotyper 3.0® apresentou um fraco desempenho, relacionado a ERs que foram criados a partir de cepas mal identificadas / Trichosporon spp. are arthrospored yeasts from the Filum Basidiomycota that are known to produce invasive fungal infection (IFI) in patients with immunosupression or other risk factors. After Candida, Trichosporon is the second genus of yeasts responsible for IFI in patients with onco-hematological diseases. The most important species related to human infection are: T. asahii, T. inkin, T. mucoides, T. dermatis, T. jirovecii, T. ovoides, T. cutaneum, T. montevideense, T. domesticum, T. asteroides, T. coremiiforme, T. faecale, T. dohaense, T. lactis, T. japonicum. The technology of mass spectrometry (MS) for identification of Trichosporon species has not yet been standardized. However, preliminary promising results can be found in the literature. The objective of this study is to analyse and validate MS MALDI-TOF for the identification of Trichosporon species of medical relevance. This was a multicentric study with collaboration from the Central Laboratory Section from Clinics Hospital of the Medical School from the University of São Paulo (DLC-HCFMUSP), Tropical Medicine Institute from the University of São Paulo (IMT-USP), Instituto Adolfo Lutz (IAL) and Laboratoire de Parasitologie-Mycologie from the Hospital Saint Antoine of Paris and INSERM/UPMC UMR S945 \"Immunité et Infection\", Faculté de Medecine et Université Pierre et Marie Curie of Paris. Ninety three strains/isolates belonging to sixteen Trichosporon species were analysed. Nineteen were purchased from Centraalbureau Schimmelcultures (CBS) yeast collection, 19 belonged to HC-FMUSP and IAL collections, 55 belonged to different French collections. The reference identification method was the IGS1 rDNA sequencing. A protein extraction protocol was first established after comparing the performance of three different methodologies (Bruker(TM), Cassagne et al., Sendid et al.). The mass spectra were obtained through a Microflex LT(TM) mass spectrometer located at the bacteriology laboratory from Saint Antoine Hospital, Paris. Mass spectra, qualitative and quantitative results were produced through the software Biotyper 3.0(TM). The performance of the original main spectrum (MSP) library was compared to other 5 in house libraries built with the combination of MSPs derived from CBS strains (18), clinical strains (7) or (Bruker Daltonics/BD, Germany/USA) (11). The extraction protocol described by Sendid et al. showed better performance when compared to the manufacturer\'s one and was chosen for the subsequent extractions. Among the 6 different reference spectra databases tested, a specific one composed of 18 reference strains plus 7 clinical isolates (database 5) allowed the correct identification of 66 amongst 67 clinical isolates (98,5%). Biotyper 3.0 library produced only 32,3% of correct identifications. Biotyper\'s MSPs were submitted to cross-identification with MSPs derived from CBS strains and clinical isolates and misidentified original MSPs were identified: T. mucoides (2), T. ovoides (1) e T. cutaneum (2). While until now less widely applied to basidiomycetous fungi, MALDI-TOF appears to be a valuable tool for identifying clinical Trichosporon isolates at the species level. The MSP library Biotyper 3.0 showed a poorer performance which was due to misidentified strains utilized as reference for the MSPs

La vérification déductive de programmes consiste à annoter des programmes par une spécification, c'est-à-dire un ensemble de formules logiques décrivant le comportement du programme, et à prouver que les programmes vérifient bien leur spécification. Des outils tels que la plate-forme Why prennent en entrée un programme et sa spécification et calculent des formules logiques telles que, si elles sont prouvées, le programme vérifie sa spécification. Ces formules logiques peuvent être prouvées automatiquement ou à l'aide d'assistants de preuve.Lorsqu'un programme est écrit dans un langage supportant les alias de pointeurs, c'est-à-dire si plusieurs variables peuvent désigner la même case mémoire, alors le raisonnement sur le programme devient particulièrement ardu. Il est nécessaire de spécifier quels pointeurs peuvent être égaux ou non. Les invariants des structures de données, en particulier, sont plus difficiles à vérifier.Cette thèse propose un système de type permettant de structurer la mémoire de façon modulaire afin de contrôler les alias de pointeurs et les invariants de données. Il est basé sur les notions de région et de permission. Les programmes sont ensuite interprétés vers Why de telle façon que les pointeurs soient séparés au mieux, facilitant ainsi le raisonnement. Cette thèse propose aussi un mécanisme d'inférence permettant d'alléger le travail d'annotation des opérations de régions introduites par le langage. Un modèle est introduit pour décrire la sémantique du langage et prouver sa sûreté. En particulier, il est prouvé que si le type d'un pointeur affirme que celui-ci vérifie son invariant, alors cet invariant est effectivement vérifié dans le modèle. Cette thèse a fait l'objet d'une implémentation sous la forme d'un outil nommé Capucine. Plusieurs exemples ont été écrits pour illustrer le langage, et ont été vérifié à l'aide de Capucine. / Deductive verification consists in annotating programs by a specification, i.e. logic formulas which describe the behavior of the program, and prove that programs verify their specification. Tools such as the Why platform take a program and its specification as input and compute logic formulas such that, if they are valid, the program verifies its specification. These logic formulas can be proven automatically or using proof assistants.When a program is written in a language supporting pointer aliasing, i.e. if several variables may denote the same memory cell, then reasoning about the program becomes particularly tricky. It is necessary to specify which pointers may or may not be equal. Invariants of data structures, in particular, are harder to maintain.This thesis proposes a type system which allows to structure the heap in a modular fashion in order to control pointer aliases and data invariants. It is based on the notions of region and permission. Programs are then translated to Why such that pointers are separated as best as possible, to facilitate reasoning. This thesis also proposes an inference mechanism to alleviate the need to write region operations introduced by the language. A model is introduced to describe the semantics of the language and prove its safety. In particular, it is proven that if the type of a pointer tells that its invariant holds, then this invariant indeed holds in the model. This work has been implemented as a tool named Capucine. Several examples have been written to illustrate the language, and where verified using Capucine.