Le grasset est l’une des articulations les plus complexes chez le cheval et est le siège d’une part importante des boiteries affectant le membre pelvien. Plus précisément, la majorité des chevaux présentant des signes de douleur localisée au grasset présenteraient une boiterie localisée dans l’articulation fémoro-tibiale médiale. Cette articulation peut être affectée par de nombreuses lésions comme de l’ostéoarthrose chez les chevaux âgés ou des lésions sous-chondrales d’apparence kystique, fréquemment diagnostiquées sur le condyle fémoral médial du grasset des jeunes chevaux sportifs mais également des poulains de manière précoce. En médecine humaine, des recherches se sont intéressées à l’évolution morphologique du genou avec l’âge et à sa maturation, mais également aux corrélations pouvant exister entre les caractéristiques morphologiques et la prévalence de pathologies telles que les ruptures de ligament croisé, l’ostéoarthrose ou l’ostéochondrite disséquante. Il a ainsi été montré que des corrélations existent entre l’étroitesse de l’espace intercondylaire fémoral et la prévalence de lésions d’ostéochondrite disséquante ou de rupture de ligament croisé antérieur. L’origine des lésions sous chondrales d’apparence kystique du condyle fémoral médial demeure, à ce jour, mal expliquée, notamment lorsque celles-ci surviennent très précocement, chez les très jeunes individus. L’évolution de la forme des os de l’articulation fémoro-tibiale avec l’âge et son impact biomécanique sur le développement de ces lésions doivent être évalués. Les objectifs de cette étude ont été de mesurer les paramètres morphologiques radiographiques du fémur distal et du tibia proximal de chevaux Thoroughbred en croissance, d’évaluer les variations de forme de l’espace intercondylaire du fémur avec l’âge, de confronter les paramètres morphologiques des individus sains avec ceux atteints de lésions sous-chondrales d’apparence kystique du condyle fémoral médial et de mesurer ces paramètres morphologiques prospectivement chez des jeunes poulains. Dans notre étude, des radiographies caudo-crâniales de grasset de jeunes Thoroughbreds (ie 3-20 mois), avec (n=53) et sans (n=183) lésions sous chondrales d’apparence kystique, provenant d'une banque de radiographies, ont été analysées; la forme de l’espace intercondylaire fémoral a été évaluée qualitativement sur des radiographies post-mortem de Thoroughbreds (n=53, âge 1-9 mois) provenant d'une étude antérieure ; finalement, des radiographies caudo-crâniales (n=94) ont été réalisées prospectivement sur des poulains Thoroughbreds âgés de 1 mois et analysées. Treize paramètres morphologiques portant sur l’aspect distal du fémur distal et l’aspect proximal du tibia ont été mesurés sur les radiographies réalisées in vivo, dont certains au niveau de la ligne articulaire fémorale (al) et de la fosse poplitée (pf). Chez les poulains sans lésion, la largeur et la hauteur des condyles fémoraux ont augmenté avec la maturation (p<0,0001), tandis que la largeur de l’espace intercondylaire a diminué (p<0,0001) au niveau articulaire. L'analyse qualitative de la forme a également révélé que l’espace intercondylaire rétrécissait distalement avec l'âge pour prendre une forme de Ω. Pour les poulains avec lésions la largeur des condyles fémoraux et la hauteur du condyle fémoral latéral ont aussi augmenté avec la maturation (p<0,003), mais aucun changement significatif n'a été observé pour la largeur du condyle fémoral médial au niveau de la fosse poplitée (pf), ou pour la hauteur ou la largeur de l’espace intercondylaire (al) avec la maturation. Dans les deux groupes, la largeur du plateau tibial a augmenté avec la maturation (p<0,0001), sans qu’aucun des autres paramètres tibiaux n’évolue. La largeur bicondylaire et la largeur de l’espace intercondylaire étaient plus grandes pour le membre gauche chez les poulains sains à tous les âges (p<0,01). Chez les poulains de 1 mois, le condyle fémoral médial était plus large à gauche (p<0,05). Cependant, la largeur du condyle fémoral médial à hauteur de l’articulation était plus grande du côté droit chez les poulains avec lésions, étant significatif chez les femelles âgées de 7 mois ou plus (p=0,004). Ces résultats suggèrent une relation possible entre la morphologie du condyle fémoral médial et le développement de lésions sous chondrales d’apparence kystique, peut-être en créant des cinématiques/contraintes anormales au niveau du condyle fémoral médial en sa région axiale. Ces résultats justifient des études plus approfondies, par exemple au moyen de modalités d’imagerie tel que CT ou IRM en 3 dimensions qui permettraient de préciser et de multiplier les mesures. / The stifle is one of the most complex equine joints and is the site of a significant portion of hindlimb lameness. Many horses with stifle lameness have pain localized in the medial femorotibial joint compartment. The medial femoral condyle is the site most commonly affected by subchondral bone cysts in the stifle in young sport horses and the medial femorotibial joint compartment with osteoarthritis in older horses. Investigations of maturation and morphological evolution of the shape of the human knee with age and correlation with pathology has revealed shape associations with cruciate ligament rupture, osteoarthritis or osteochondritis dissecans. Specifically, the narrowness of the femoral intercondylar notch is associated with the occurrence of osteochondritis dissecans or anterior cruciate ligament rupture. It is now known that medial femoral condyle subchondral cyst-like lesions occur in foals as young as 2 months of age and their exact cause remains unknown. The modelling of the shape of the bones of the femorotibial joint during postpartum maturation may have biomechanical impact and affect development of these lesions. Our objective was to measure shape changes during the first 20 months of age in the distal femur and proximal tibia of Thoroughbred foals and determine if there was an association or difference in those with medial femoral condyle cysts. Caudocranial stifle radiographs retrieved from a radiographic bank of young Thoroughbreds (3-20 months), with (n=53) and without (n=183) subchondral cyst-like lesions were analyzed. In addition, caudocranial radiographs (n=94) were also taken prospectively in 1-month old Thoroughbred foals. Thirteen morphological parameters of the distal femur and proximal tibia were measured on these radiographs, including at the femoral articular line (al) and popliteal fossa (pf). The shape of the femoral intercondylar notch was also qualitatively assessed on post-mortem radiographs of Thoroughbred foals (n=53, age 1-9 months), acquired for a prior study. In foals without medial femoral condyle subchondral cyst-like lesions, femoral condyle width and height increased with maturation (p<0.0001), whereas the width of the intercondylar notch decreased (p<0.0001) at the articular level. The qualitative shape analysis also revealed that the intercondylar notch narrowed with age to an Ω shape. In foals with medial femoral condyle subchondral-cyst lesions, femoral condyle width and lateral femoral condyle height increased with maturation (p<0.003) but no significant changes were observed for the width of the medial femoral condyle at the popliteal fossa, its height, or the intercondylar notch width at the articular line level with maturation. In both groups, the tibial plateau width increased with maturation (p<0.0001), in contrast to other tibial parameters. The bicondylar width and intercondylar notch width were larger for the left limb of healthy foals in all ages (p<0.01). In one-month-old foals, the medial femoral condyle was larger on the left (p<0.05). However, the medial femoral condyle at the articular line was larger on the right side in foals with lesions, more specifically, in females older ≥ 7 months (p=0.004). These results suggest a possible relationship between the morphology of the medial femoral condyle and the development of lesions, possibly by creating abnormal kinematics/stresses in the axial region of the medial femoral condyle. Three-dimensional imaging modalities may allow for more precise and extensive measurements of the condyles with for instance evaluation of the curvature or of the thickness.

La cyclooxygénase (COX) 1 augmente significativement dans la peau inflammée des Ophidiens et dans les muscles inflammés des Chéloniens. Les inhibiteurs non sélectifs de la COX-1 et de la COX-2, comme le kétoprofène, pourraient donc réduire l’inflammation plus efficacement chez les reptiles que les inhibiteurs préférentiels de la COX-2. L’objectif de cette étude était d’évaluer les effets adverses potentiels du kétoprofène chez le dragon barbu (Pogona vitticeps). Treize dragons barbus ont été répartis aléatoirement dans trois groupes lors d’une étude prospective, randomisée, contrôlée et en aveugle. Ils ont reçu une administration intramusculaire quotidienne d’un traitement durant 14 jours. Le groupe 1 (n = 5) a reçu de la saline, le groupe 2 (n = 4) a reçu 2 mg/kg de kétoprofène (dilué 1:10 avec de la saline) et le groupe 3 (n = 4) a reçu 20 mg/kg de kétoprofène (non dilué). Des paramètres biochimiques, des tests de sang occulte fécal et le temps de coagulation sanguine ont été évalués avant et après les deux semaines de traitements. Une évaluation histopathologique des reins, du système digestif, du foie et des muscles a été effectuée. Cliniquement, une réaction aux sites d’injections a été détectée dans le groupe 3. Il n’y avait pas de différences dans les valeurs biochimiques et les temps de coagulation avant et après les traitements, ni entre les groupes. Aucune lésion n’a été détectée à l’évaluation histologique des reins, du foie et du tractus gastro-intestinal. Des lésions histopathologiques de nécrose musculaire aux sites d’injections ont été notées dans tous les groupes et elles étaient statistiquement plus sévères dans le groupe 3 que dans le groupe 1. En conclusion, l’administration intramusculaire quotidienne de 2 mg/kg de kétoprofène dilué durant 14 jours n’a pas causé d’effets adverses chez ce petit nombre de dragons barbus, tandis que de la nécrose musculaire sévère a été détectée suite à l’administration de 20 mg/kg de kétoprofène non dilué. / Cyclooxygenase (COX) 1 has been shown to increase significantly in inflamed ophidian skin and chelonian muscles. Non-selective COX-1 and COX-2 inhibitors, such as ketoprofen, could therefore reduce inflammation more effectively than preferential COX-2 inhibitors in reptiles. The objective of this study was to evaluate potential adverse effects of ketoprofen in bearded dragons (Pogona vitticeps). Thirteen adult bearded dragons were divided into three groups receiving daily intramuscular injections for 14 days in a prospective randomized controlled blinded study design. Group 1 (n = 5) received saline, group 2 (n = 4) received ketoprofen at 2 mg/kg (diluted 1:10 with saline) and group 3 (n = 4) received ketoprofen at 20 mg/kg (undiluted). Biochemical values, fecal occult blood tests and blood clotting time were assessed before and after the two- week treatment. Renal, digestive, hepatic and muscular histopathology was evaluated. Clinically, injection site reactions were noted in group 3 only. No other clinical adverse effects were detected. No changes were detected in plasma biochemical values and clotting times before and after treatments, nor between control and treatment groups. No lesion associated with ketoprofen toxicity was detected on histologic examination of the kidney, liver and gastrointestinal tract. Histopathological lesions of muscular necrosis at the injection sites were noted in all groups and were statistically more severe in group 3 compared to group 1. In conclusion, daily intramuscular administration of diluted ketoprofen at 2 mg/kg for 14 days did not cause adverse effects in a small number of bearded dragons, while severe muscular necrosis was detected following administration of undiluted ketoprofen at 20 mg/kg.

Les corticostéroïdes inhalés (ICs) utilisés dans le traitement de l'asthme ont un effet sur le microbiome pulmonaire. Il est toutefois difficile de séparer leurs effets sur les communautés bactériennes via leur rôle immunomodulateur, de leurs effets indirects via l’amélioration de la ventilation. Notre objectif est de déterminer si les ICs altèrent le microbiote pulmonaire indépendamment de leurs effets sur la fonction pulmonaire. Douze chevaux atteints d’asthme en exacerbation ont reçu des bronchodilatateurs à longue durée d'action (LABA, salmétérol) ou une combinaison ICs/LABA (fluticasone/salmétérol) pendant deux semaines. Des tests de fonction pulmonaire et des lavages broncho-alvéolaires (LBA) ont été effectués avant et après traitement. La quantification par PCR et le séquençage du gène codant pour l’ARNr 16S via une plateforme MiSeq-Illumina ont été réalisés sur les LBA. Les données ont été analysées avec mothur. La fonction pulmonaire s’est améliorée dans les deux groupes. Les abondances relatives de familles et genres appartenant au phylum Bacteroidetes ont augmenté suite au traitement ICs/LABA, tandis que les phyla Verrucomicrobia et Actinobacteria se sont appauvris avec les LABA. Une modification de la β-diversité et une diminution de la charge bactérienne ont été observées seulement après le traitement LABA. L’α-diversité n’a en revanche pas varié dans les deux groupes. Les différences observées entre les groupes ICs/LABA et LABA suggèrent que les changements au sein des communautés bactériennes ne sont pas seulement dus à l’amélioration de la ventilation. Il reste toutefois difficile de trancher quant à un effet positif ou bien néfaste des ICs sur le microbiote pulmonaire. / Inhaled corticosteroids (ICs) affect the respiratory microbiome in asthma. It remains difficult to separate the immunomodulatory effects of ICs on bacterial communities from their indirect effects via improvement of ventilation. Our objective was to determine if ICs alter the lung microbiota independently from their effects on lung function. Twelve horses with equine asthma in exacerbation were assigned to receive a long-acting bronchodilator (LABA, salmeterol) or the combination ICs/LABA (fluticasone/salmeterol) for 2 weeks. Lung function and bronchoalveolar lavages (BAL) were performed before and after treatment. 16S rRNA gene quantification and sequencing were performed on BAL fluid, using PCR and the Illumina MiSeq platform. Data were processed using the software package mothur. Lung function improved with both treatments. The relative abundances of families and genera belonging to the Bacteroidetes phylum increased with ICs/LABA, while the Verrucomicrobia and the Actinobacteria phyla decreased with LABA. Furthermore, β-diversity differed from baseline and the bacterial load decreased after LABA only. On the contrary, α-diversity indices did not vary in both groups. The differences observed between the ICs/LABA and LABA groups suggest that the changes in bacterial communities are not only due to improved ventilation. However, it remains difficult to clarify if the effects of ICs are positive or detrimental to the lung environment.

La paratuberculose est une maladie entérique incurable causée par la bactérie Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) endémique dans la plupart des régions du monde. Cette affection ciblant les ruminants est responsable d’importantes pertes économiques dans les productions animales et son contrôle est particulièrement difficile. L’ingestion de matières contaminées (fèces, lait et colostrum) est considérée comme la voie principale de transmission. La situation épidémiologique de la paratuberculose dans les troupeaux ovins du Québec demeure inconnue. Ce projet visait à évaluer la prévalence de MAP et à caractériser les facteurs de risque associés aux statuts positifs des ovins du Québec. Au total, 2942 brebis provenant de 70 fermes ovines, dont 10 productions laitières et 60 productions de boucherie, ont été échantillonnées dans le cadre de ce projet entre février 2020 et mars 2022. La prévalence réelle des moutons positifs dans la province a été estimée à 8.3% (IC 95% 4.7-14.1%) alors que la prévalence apparente de troupeaux positifs a été estimée à 29.9% (IC 95% 25.7-34.1%). L’analyse multivariée des facteurs de risque a permis d’identifier la présence de signes cliniques comme facteur de risque à un statut positif individuel (RC = 3.0; IC 95% 1.3-7.4) et l’utilisation d’un logiciel de régie pour les données de santé des animaux comme un facteur protecteur à un statut de troupeau positif (RC = 0.1; IC 95% 0.0-0.6). Les résultats de cette étude permettront l’exploration de mesures de contrôle de l’infection dans les troupeaux ovins de la province. / Paratuberculosis is an incurable enteric disease caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), which is endemic in most parts of the world. This disease affecting ruminants is responsible for significant economic losses in livestock production and is particularly difficult to control. Ingestion of contaminated material (e.g., faeces, milk, colostrum) is considered the main route of transmission of MAP. The epidemiological situation of paratuberculosis in Quebec sheep flocks remains unknown. Hence, the purpose of this project was to evaluate the prevalence of MAP as well as to characterize the risk factors associated with positive status within Quebec sheep. A total of 2942 ewes from 70 sheep farms, including 10 dairy and 60 meat farms, were sampled between March 2020 and March 2022. The true prevalence of positive sheep in the province was estimated at 8.3% (IC 95% 4.7-14.1%) while the apparent prevalence of positive flocks was estimated at 29.9% (95% IC 25.7-34.1%). Multivariable analysis of risk factors identified the presence of clinical signs as risk factor for a positive ewe status (OR = 3.0; 95% CI 1.3-7.4) and the use of animal health data management software as a protective factor for positive flock status (OR = 0.1; 95% CI 0.0-0.6). The results of this study will enable the implementation of MAP-tailored infection control measures in the province's sheep flocks.

Soils in many regions in North America, including Quebec, are selenium (Se) deficient. To date, no field study has been conducted in Quebec regarding the Se status of horses. The objectives of this study were (1) to measure plasma Se in horses from different geographical locations in the province of Quebec and (2) to survey the Se consumption of the sampled horses. Four samplings were done on 59 horses over a 1-year period. Plasma was analyzed for Se, vitamin E and GSH-Px. Hay, concentrate and water were also analyzed for Se. Horses were classified in four groups for statistical analysis according to their forage:concentrate consumption respectively: group 1- 100% : 0%; group 2- 75-99% : 1-24%; group 3- 51-74% : 25-49%; group 4- < 50% : ≥ 50%. Owners were asked questions from a survey questionnaire at each visit. Results demonstrate that plasma Se varies according to BCS (P = 0.031) (n = 224 measures, 1 measure/horse/season), the season (P = 0.015) and the feeding group (P< 0.001). Plasma vitamin E was affected by the sex (P = 0.047) (mares: n = 37, geldings: n = 18, stallions: n = 4), the exercise level (P< 0.001) and the season (P< 0.001). GSH-Px activity was influenced by the type of feeding only (P = 0.002). When comparing plasma Se, vitamin E and GSH-Px results along with the answers of the survey questionnaire, it is possible to conclude that feeding practices of horse owners in Quebec are not appropriate to meet the Se requirements of horses. / Les sols de plusieurs régions en Amérique du Nord, incluant le Québec, sont déficients en sélénium (Se). À ce jour, aucune étude sur le terrain n’a été menée au Québec en ce qui concerne le statut en Se des chevaux. Les objectifs de cette étude étaient (1) de mesurer le Se sanguin chez des chevaux de différentes régions du Québec et (2) de recenser la consommation de Se des chevaux échantillonnés. Quatre échantillonnages ont été réalisés sur 59 chevaux durant une période d’un an. Le plasma a été analysé pour les éléments suivants : le Se, la vitamine E (interagit avec le Se en tant qu’antioxydant) et la glutathion peroxydase (GSH-Px). Le foin, les concentrés et l’eau consommés pas les chevaux ont aussi été analysés pour le Se. Les chevaux étaient classés en quatre groupes en raison de leur consommation de fourrages:concentré respectivement : groupe 1 - 100% : 0%; groupe 2- 75-99% : 1-24%; groupe 3- 51-74% : 25-49%; groupe 4- < 50% : ≥ 50%. Les propriétaires ont été sondés à chaque visite en utilisant un questionnaire validé. Les résultats démontrent que le niveau de Se plasmatique varie en fonction de l’état de chair (P = 0.031) (n = 224 mesures, 1 mesure/cheval/saison), de la saison (P = 0.015) et du groupe alimentaire (P< 0.001). La vitamine E plasmatique était influencée par le sexe (P = 0.047) (juments : n = 73, hongres : n = 18, étalons : n = 4), le niveau d’exercice (P< 0.001), et par la saison (P< 0.001). L’activité de la GSH-Px variait en fonction du groupe alimentaire (P = 0.002). À partir des résultats sanguins et des réponses au questionnaire, il est possible de conclure que les pratiques alimentaires des propriétaires de chevaux du Québec ne sont pas appropriées afin de répondre aux besoins en Se des chevaux.

Bien que connu en tant que pathogène bactérien porcin majeur et agent zoonotique responsable principalement de méningites, septicémies et de morts soudaines, Streptococcus suis a également été isolé chez une variété d’autres animaux tels que les ruminants. Malgré sa diversité génotypique et sérologique, des études taxonomiques récentes ont mené à la reclassification de 6 de ses sérotypes dont le sérotype 33, maintenant dénommé comme nouvelle espèce Streptococcus ruminantium. Contrairement à S. suis, S. ruminantium a principalement été décrit chez les ruminants comme pathogène responsable de diverses manifestations cliniques telles que des endocardites et des arthrites. En raison de sa description récente, plusieurs lacunes concernant ses caractéristiques biologiques et pathologiques demeurent. De plus, S. suis et S. ruminantium sont très difficiles à différencier l’un de l’autre par l’entremise des tests biochimiques traditionnellement utilisés dans les laboratoires de diagnostic. Ainsi, plusieurs souches de S. suisisolées de ruminants malades avant la mise à jour de la classification, s’avèrent mal identifiées. D’où la raison pour laquelle l’importance étiologique de S. ruminantium chez les ruminants reste incertaine. Pour y remédier, 14 isolats de S. suis provenant d’échantillons cliniques chez des ruminants au Canada, ont été reclassifiés en S. ruminantium selon les nouvelles analyses génétiques moléculaires décrites. À ces derniers s’ajoutent 7 isolats de S. ruminantium provenant de cas d’endocardites bovines au Japon, qui ont été également davantage caractérisés génotypiquement et phénotypiquement et leurs interactions avec différentes cellules de l’hôte ont été évaluées. En résumé, on a pu démontrer que tous les isolats étaient faiblement voire non encapsulés avec une surface cellulaire hydrophobe, ils avaient une grande capacité d’auto-agrégation et une habileté à produire du biofilm. Ces phénotypes pourraient contribuer à la pathogénèse de l’infection en intensifiant la capacité d’adhésion et d’invasion des cellules épithéliales et endothéliales et en augmentant la résistance à l’effet bactéricide du sang entier et à la phagocytose par les cellules immunitaires de l’hôte. Cependant, certains isolats étaient plus susceptibles que d’autres à la phagocytose, suggérant que d’autres mécanismes de protection seraient impliqués dans cette étape. Ainsi, cette étude aide à améliorer notre connaissance sur la pathogénicité et la virulence de S. ruminantium pour les maladies chez les ruminants. / Although Streptococcus suis is known as a major swine bacterial pathogen and zoonotic agent mainly responsible for meningitis, septicemia, and sudden death, it has also been isolated from a variety of other animals including ruminants. Despite its genotypical and serological diversity, recent taxonomic studies led to the reclassification of 6 S. suis serotypes such as S. suis serotype 33 currently renamed as the novel species Streptococcus ruminantium. Unlike S. suis, S. ruminantium has been mainly described in ruminants as a cause of endocarditis and arthritis. Because of its recent description, information on its biological and pathological characteristics remains unclear. Moreover, S. suis and S. ruminantium are not easily differentiated by traditional biochemical tests done in diagnostic laboratories. Hence, some S. suis isolates recovered from diseased ruminants before the updated classification, have been misidentified. Consequently, the aetiological importance of S. ruminantium in ruminants remains unknown. To address this,14 S. suis isolates from clinical samples of ruminants in Canada have been reclassified, based on the new genetic molecular testing described for the identification of S. ruminantium. In addition of them, 7 S. ruminantium isolates from bovine endocarditis in Japan, were further genotypically and phenotypically characterized and their interactions with various host cells were studied. Overall, we demonstrated that all isolates were poorly or non-capsulated with a high cell surface hydrophobicity, had a high capacity of self-aggregation and the ability to produce biofilm. These biological phenotypes might contribute to the pathogenesis of the infection by enhancing the adhesion/invasion capacity of both epithelial and endothelial cells, and by increasing the resistance to whole blood killing and phagocytosis by host immune cells. However, some isolates were more susceptible to the phagocytosis than others suggesting that other protective mechanisms might be implicated in this step. Taken together, this study will help to increase our understanding of the pathogenicity and the virulence of S. ruminantium in ruminant diseases.

Des charges cycliques élevées induisent la formation de microfissures dans l'os, déclenchant un processus de remodelage ciblé, mené par les ostéoclastes et suivi par les ostéoblastes, visant à réparer et à prévenir l'accumulation des dommages. L'os de cheval de course est un modèle idéal pour étudier les effets d'une charge de haute intensité, car il est sujet à une accumulation focale de microfissures et à la résorption qui s'ensuit dans les articulations. Les ostéoclastes équins ont rarement été étudiés in vitro. Le volume de résorption des ostéoclastes est considéré comme un paramètre direct de l'activité des ostéoclastes, mais des méthodes indirectes de quantification en 2D de la résorption osseuse sont plus souvent utilisées. L'objectif de cette étude était de développer une méthode précise, à haut débit et assistée par l'apprentissage profond pour quantifier le volume de résorption des ostéoclastes équins dans les images micro tomodensitométrie (µCT) 3D. Des ostéoclastes équins ont été cultivés sur des tranches d'os équins, imagés par μCT avant et après la culture. Le volume, le ratio de forme et la profondeur maximale de chaque événement de résorption ont été mesurés dans les images volumétriques de trois tranches d'os. Un convolution neural network (CNN) a ensuite été entraîné à identifier les événements de résorption sur les images μCT post-culture, puis le modèle a été appliqué à des tranches d'os d'archives (n=21), pour lesquelles l’aire de résorption en 2D, et la concentration du biomarqueur de résorption CTX-I étaient connues. Cela a permis d'obtenir des informations 3D sur la résorption des tranches d’os pour lesquels aucune imagerie n'avait été réalisée avant la mise en culture. La valeur modale du volume, la profondeur maximale et le ratio de forme des événements de résorption discrète étaient respectivement de 2,7*103µm3, 12 µm et 0,18. Le volume de résorption moyen par tranche d'os archivés était de 34155,34*103µm3. Le volume de résorption mesuré par le CNN était en forte corrélation avec les mesures de CTX-I (p <0,001) et d’aire (p <0,001). Cette technique de segmentation des images µCT des coupes osseuses assistée par apprentissage profond pour quantifier le volume de résorption osseuse des ostéoclastes équins permettra des recherches futures plus précises et plus approfondies sur l'activité des ostéoclastes. Par exemple, les effets antirésorptifs de médicaments tels que les corticostéroïdes et les bisphosphonates pourront être étudiés à l'avenir. / High cyclic loads induce the formation of microcracks in bone, initiating a process of targeted remodeling, led by osteoclasts, and followed by osteoblasts, aimed at repairing and preventing accumulation of damage. Racehorse bone is an ideal model for studying the effects of high-intensity loading, as it is subject to focal accumulation of microcracks and subsequent resorption within joints. Equine osteoclasts have rarely been investigated in vitro. The volume of osteoclast resorption is considered a direct parameter of osteoclast activity, but indirect 2D quantification methods are used more often. The objective of this study was to develop an accurate, high-throughput, deep learning-aided method to quantify equine osteoclast resorption volume in µCT 3D images. Equine osteoclasts were cultured on equine bone slices, imaged with μCT pre- and post-culture. Volume, aspect ratio (shape factor) and maximum depth of each resorption event were measured in volumetric images of three bone slices. A convolutional neural network (U-Net-like) was then trained to identify resorption events on post-culture μCT images and then the network was applied to archival bone slices (n=21), for which the area of resorption in 2D, and the concentration of a resorption biomarker CTX-I were known. This unlocked the 3D information on resorption for bone slices where no pre-culture imaging was done. The modal volume, maximum depth, and aspect ratio of discrete resorption events were 2.7*103µm3, 12 µm and 0.18 respectively. The mean resorption volume per bone slice on achieved bone samples was 34155.34*103µm3. The CNN-labeled resorption volume correlated strongly with both CTX-I (p <0.001) and area measurements (p <0.001). This technique of deep learning-aided feature segmentation of µCT images of bone slices for quantifying equine osteoclast bone resorption volume allows for more accurate and extensive future investigations on osteoclast activity. For example, the antiresorptive effects of medications like corticosteroids and bisphosphonates can be investigated in the future.

Les vaches laitières en transition sont sensibles aux infections utérines en raison de l'immunité compromise autour du vêlage et de la contamination bactérienne importante dans l'utérus immédiatement après le vêlage. Les vaches atteintes d'infections utérines sont plus susceptibles de développer d'autres maladies périnatales, ce qui entraîne une baisse de la production de lait et une diminution de la fertilité. L'infertilité liée aux infections utérines est devenue la principale cause d'élimination d'une vache du troupeau. Jusqu'à présent, il n'y a pas eu d'approches efficaces pour traiter les infections utérines. Environ 90 % des vaches laitières subissent une contamination bactérienne post-partum de l'utérus. La plupart des vaches sont capables d'éliminer l'infection en 8 semaines au cours du processus d'involution, mais jusqu'à 20 % des vaches développent une métrite, qui est une infection de toute la paroi utérine ; et dans certains troupeaux, 30 à 50 % des vaches développent une endométrite, qui est une infection de la paroi interne de l'utérus. Il a été indiqué que le microbiome et les facteurs immunitaires innés de l'appareil reproducteur ont un effet sur la maladie utérine post-partum, mais le microbiome reproducteur bovin et son effet sur la fertilité suivante ne sont pas bien compris. Les maladies sont négativement corrélées aux performances de reproduction et, combinées au taux d'incidence élevé, elles sont coûteuses pour les agriculteurs. Les études traditionnelles basées sur la culture sont biaisées en faveur des bactéries qui se développent dans un environnement de laboratoire. Dans ce projet, la diversité bactérienne vaginale et utérine pendant la période d'attente volontaire a été étudiée par des méthodes de microbiologie moléculaire, principalement l'ARNr 16S et le séquençage de nouvelle génération. L'objectif de cette étude est d'étudier les variations du microbiote et des facteurs immunitaires innés tels que les populations IL1, IL8 et AGP pendant la période d'attente volontaire. L'objectif de la présente étude était de caractériser les communautés bactériennes de l'appareil reproducteur et la quantité de cytokines avant le vêlage et après le vêlage chez les vaches ayant développé ou non une endométrite. . De plus, notre deuxième objectif de la présente étude était de décrire la réponse immunitaire innée locale cellulaire et humorale lors de la cervicite clinique dans l'utérus et les échantillons vaginaux dans les périodes pré et post-partum des vaches laitières. Pour l'étude prospective de cohorte, un total de 61 vaches multipares ont été prélevées avec une cytobrosse dans le vagin 7 jours avant le vêlage (J-7) et dans l'utérus 7 jours (J+7), 21 jours (J+21), et 35 jours (J+35) après vêlage. Des échantillons de vaches en bonne santé (n = 11) et de vaches atteintes d'endométrite (n = 11) ont été traités pour l'extraction d'ADN et les gènes de séquençage de l'ARNr 16S. La diversité alpha du microbiote utérin n'était pas significantment différente entre les groupes sains et malades. La diversité β n'était pas différente au niveau de l'UTO au cours de la même période d'échantillonnage entre les vaches saines et les vaches atteintes d'endométrite, mais le microbiote utérin était différent entre les groupes trois semaines après le vêlage. Les vaches malades avaient une abondance relative moindre de Firmicutes et de Bacteroidetes que les vaches en bonne santé et les vaches atteintes d'endométrite avaient une plus grande abondance relative d'Actinobacteria que les vaches en bonne santé. T. pyogenes, Peptoniphilus et Helcococcus étaient nettement plus abondants chez les vaches atteintes d'endométrite clinique. De plus, les concentrations d'interleukine 1α (IL1), d'interleukine 8 (IL8) et de glycoprotéine acide α1 (AGP) ont été déterminées. Les cas de CC avec des signes cliniques au temps +5w tels que des pertes vaginales purulentes et une endométrite subclinique ont montré la production de cytokines la plus élevée. En conclusion, le post-partum de 3 semaines est un point critique pour évaluer les cytokines et les protéines de phase aiguë ; où la variation d'IL1 et d'IL8 a gardé une relation directe avec le nombre et la fonction des neutrophiles. / Transition dairy cows are more susceptible to uterine infections due to the compromised immunity around calving and substantial bacterial contamination in the uterus immediately after calving. Cows with uterine infections are at higher odds of developing other periparturient diseases, resulting in lower milk production and impaired fertility. Infertility related to uterine infections has become the main reason for a cow to be culled from the herd and therapeutic approaches to treat uterine infections. Currently, about 95 are of limited success. Approximately 90% of dairy cows exhibit contamination in the uterine cavity during the first 2 weeks following calving. Up to 40% of dairy cows still have contamination in the genital tract 3 weeks after calving. When infection or inflammation persists in the uterus beyond 4 weeks postpartum, the infected uterus is associated with infertility. The microbiome and innate immune factors of the reproductive tract have been indicated to have an effect on postpartum uterine disease, however the bovine reproductive microbiome and its effect on fertility is not well understood. Diseases are negatively correlated to reproductive performance, and in combination with the high incidence rate, they are costly for the farmers. Traditional culture based studies are biased towards bacteria that thrive in a laboratory environment. In this project, the vaginal and uterine bacterial diversity during voluntary waiting period (time between parturition and the time at which the cow os first eligible for insemination) were investigated by molecular microbiology methods, primarily 16S rRNA next generation sequencing. The objective of the present study was to characterize the reproductive tract bacterial communities and the number of cytokines before and after calving in cows that developed or not endometritis. Also, the present study aimed to describe the innate immune response such as IL1, IL8 and AGP in the uterus and vaginal in the pre- and post-partum periods of dairy cows with clinical cervicitis. For the cohort prospective study, a total of 61 multiparous cows were sampled with a cytobrush in the vagina 7 days before calving (D-7) and in the uterus 7 days (D+7), 21 days (D+21), and 35 days (D+35) after calving. Samples of healthy cows (n=11) and cows with endometritis (n=11) were processed for DNA extraction and sequencing of the 16S rRNA gene. Alpha-diversity of uterine microbiota was not significantly different between healthy and endometritis groups. Microbiota composition (β diversity) was significantly different between healthy and endometritis cows three weeks after calving. Diseased cows, but not at the other sampling times. Disease cows had lower relative abundance of Firmicutes and Bacteroidetes and greater abundance of Actinobacteria than healthy cows. Trueperella spp, Peptoniphilus spp. and Helcococcus spp. were significantly more abundant in disease dairy cows. Additionally, in three weeks after calving the concentrations of interleukin 1α (IL1), interleukin 8 (IL8) and α1-acid glycoprotein (AGP) were determined. Cows with clinical and subclinical endometritis at time +5w (5 wks after calving) showed the highest cytokine production compared to the other sampling time ( -1week, +1 week and+3 weeks).

Les coraux durs font face à des menaces croissantes dues à des facteurs anthropogéniques, les rendant vulnérables à des maladies telles que la maladie de perte de tissu des coraux (MPTC). Découverte en Floride en 2014, la MPTC s'est propagée dans la mer des Caraïbes et a atteint la Grenade en 2018, menaçant les récifs locaux. La relation complexe entre les facteurs environnementaux et la susceptibilité des coraux reste mal comprise. De plus, une hyperpigmentation cutanée a été observée chez divers poissons récifaux en Grenade, avec des causes et liens environnementaux inexplorés. Notre étude explore les corrélations potentielles entre la MPTC et l'hyperpigmentation chez la gorette jaune (Haemulon flavolineatum) et le chirurgien océanique (Acanthurus bahianus) sur 12 sites de plongée de la côte ouest de la Grenade. Nous examinons également les liens entre les scores de pression anthropique et la santé des coraux. Les résultats indiquent une prévalence de la MPTC de 45% à l'ouest de la Grenade en mai 2023, inférieure à celle observée en Floride. La baie de Saint-Georges, soumise à une pression anthropique élevée, montre un taux de mortalité moyen des coraux de 11%, dépassant significativement les sites à faible pression anthropique (P=0,020). De plus, la prévalence des poissons hyperpigmentés est corrélée significativement à celle de la MPTC chez les coraux (P=0.004), et le score de pression anthropique est positivement corrélé aux pourcentages de coraux morts (P=0.001). Cette étude préliminaire pose les bases pour des investigations longitudinales futures, fournissant un aperçu crucial de la MPTC en Grenade. / Hard coral, as vital habitats for reefs organisms, are threatened by anthropogenic factors, making them more susceptible to diseases, including Stony Coral Tissue Loss Disease (SCTLD). First described in Florida in 2014, SCTLD has spread throughout the Caribbean Sea and has been observed in Grenada since 2018, threatening local reefs. The intricate relationship between local environmental factors and coral susceptibility remains poorly understood. Additionally, Grenada's reefs have witnessed skin hyperpigmentation in various fish species, whose etiology and connection to environmental factors remain unexplored. This study investigated potential correlations between SCTLD and hyperpigmentation in French grunt (Haemulon flavolineatum) and ocean surgeonfish (Acanthurus bahianus) across 12 popular dive sites. It also explored potential links between anthropic pressure scores and coral health. The findings revealed a 45% prevalence of SCTLD among hard coral colonies, lower than observed in Florida. Saint George's Bay, subjected to high anthropic pressure, experienced a significant 11% mean coral mortality rate, surpassing sites with minimal anthropic pressure (P=0.020). Furthermore, the prevalence of hyperpigmented fishes significantly correlated with SCTLD prevalence in coral (P=0.004), and anthropic pressure scores exhibited a positive relationship with dead coral percentages (P=0.001). This preliminary study provides crucial insights into SCTLD in Grenada, laying the groundwork for future longitudinal investigations.

L’élevage des porcs représente une source importante de déversement d’antibiotiques dans l’environnement par l’intermédiaire de l’épandage du lisier qui contient une grande quantité de ces molécules sur les champs agricoles. Il a été prouvé que ces molécules biologiquement actives peuvent avoir un impact toxique sur l’écosystème. Par ailleurs, elles sont aussi suspectées d’engendrer des problèmes sanitaires et de contribuer à la résistance bactérienne pouvant mener à des infections difficilement traitables chez les humains. Le contrôle de ces substances dans l’environnement est donc nécessaire. De nombreuses méthodes analytiques sont proposées dans la littérature scientifique pour recenser ces composés dans plusieurs types de matrice. Cependant, peu de ces méthodes permettent l’analyse de ces contaminants dans des matrices issues de l’élevage agricole intensif. Par ailleurs, les méthodes analytiques disponibles sont souvent sujettes à des faux positifs compte tenu de la complexité des matrices étudiées et du matériel utilisé et ne prennent souvent pas en compte les métabolites et produits de dégradation. Enfin, les niveaux d’analyse atteints avec ces méthodes ne sont parfois plus à jour étant donné l’évolution de la chimie analytique et de la spectrométrie de masse. Dans cette optique, de nouvelles méthodes d’analyses ont été développées pour rechercher et quantifier les antibiotiques dans des matrices dérivées de l’élevage intensif des porcs en essayant de proposer des approches alternatives sensibles, sélectives et robustes pour quantifier ces molécules. Une première méthode d’analyse basée sur une technique d’introduction d’échantillon alternative à l’aide d’une interface fonctionnant à l’aide d’une désorption thermique par diode laser munie d’une source à ionisation à pression atmosphérique, couplée à la spectrométrie de masse en tandem a été développée. L’objectif est de proposer une analyse plus rapide tout en atteignant des niveaux de concentration adaptés à la matrice étudiée. Cette technique d’analyse couplée à un traitement d’échantillon efficace a permis l’analyse de plusieurs antibiotiques vétérinaires de différentes classes dans des échantillons de lisier avec des temps d’analyse courts. Les limites de détection atteintes sont comprises entre 2,5 et 8,3 µg kg-1 et sont comparables avec celles pouvant être obtenues avec la chromatographie liquide dans une matrice similaire. En vue d’analyser simultanément une série de tétracyclines, une deuxième méthode d’analyse utilisant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) a été proposée. L’utilisation de la HRMS a été motivée par le fait que cette technique d’analyse est moins sensible aux faux positifs que le triple quadripôle traditionnel. Des limites de détection comprises entre 1,5 et 3,6 µg kg-1 ont été atteintes dans des échantillons de lisier en utilisant un mode d’analyse par fragmentation. L’utilisation de méthodes de quantifications ciblées est une démarche intéressante lorsque la présence de contaminants est suspectée dans un échantillon. Toutefois, les contaminants non intégrés à cette méthode d’analyse ciblée ne peuvent être détectés même à de fortes concentrations. Dans ce contexte, une méthode d’analyse non ciblée a été développée pour la recherche de pharmaceutiques vétérinaires dans des effluents agricoles en utilisant la spectrométrie de masse à haute résolution et une cartouche SPE polymérique polyvalente. Cette méthode a permis l’identification d’antibiotiques et de pharmaceutiques couramment utilisés dans l’élevage porcin. La plupart des méthodes d’analyse disponibles dans la littérature se concentrent sur l’analyse des composés parents, mais pas sur les sous-produits de dégradation. L’approche utilisée dans la deuxième méthode d’analyse a donc été étendue et appliquée à d’autres classes d’antibiotiques pour mesurer les concentrations de plusieurs résidus d’antibiotiques dans les sols et les eaux de drainage d’un champ agricole expérimental. Les sols du champ renfermaient un mélange d’antibiotiques ainsi que leurs produits de dégradation relatifs à des concentrations mesurées jusqu’à 1020 µg kg-1. Une partie de ces composés ont voyagé par l’intermédiaire des eaux de drainage du champ ou des concentrations pouvant atteindre 3200 ng L-1 ont pu être relevées. / Swine production is a major source of antibiotic release into the environment via manure spreading on agricultural fields. It has been shown that these biologically active compounds may have a toxic impact on ecosystems. Moreover, they are also suspected to cause health problems and contribute to bacterial resistance that could lead to difficult-to-treat infections in humans. Therefore, control of these substances in the environment is necessary. Several analytical methods are proposed in the scientific literature to identify these compounds in various matrices. However, few of these methods allowed the analysis of these contaminants in matrices derived from intensive livestock farming. Furthermore, the analytical methods available are often subject to false positives, given the complexity samples and the equipment used and do not take into account the metabolites and degradation products. Finally, concentration levels reached with these methods are sometimes outdated since the evolution of analytical chemistry and mass spectrometry. In this context, new analytical methods have been developed to investigate and quantify the antibiotics derived from swine husbandry to propose alternative, sensible, selective and robust approaches to quantify these molecules. A first analytical method has been proposed based on an alternative sample introduction technique using the laser diode thermal desorption interface with an atmospheric pressure chemical ionization source coupled to tandem mass spectrometry. The objective was to provide a simpler and faster analysis while reaching levels suitable for the studied matrix. This alternative sample introduction method coupled with an efficient sample processing allowed the analysis of several classes of veterinary antibiotics in swine manure in a short analysis time. Detection limits ranged between 2.5 and 8.3 µg kg-1 and are comparable with those obtained with liquid chromatography in a similar matrix. In order to simultaneously analyze a series of tetracyclines, a second analytical method using liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry (HRMS) was proposed. The use of HRMS was motivated by the fact that this mass spectrometer is less sensitive to false positive that the traditional triple quadrupole given the complexity of the studied matrix. Detection limits between 1.5 and 3.6 µg kg-1 have been achieved in swine manure using a fragmentation analysis mode to avoid false positives. Targeted screening methods are interesting approaches when contaminants are suspected to be present in a sample. However, a non-included contaminant in this targeted analysis method could not been detected even at a high concentration. In this context, a non-target compound screening method focused on veterinary pharmaceutical compounds in swine manure was developed using liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry. A polymeric SPE cartridge was used to collect polar compounds including pharmaceuticals prior analysis. This method allowed the identification of antibiotics and pharmaceuticals of commonly used in swine farming. Most of the analytical methods available in the literature focus on parent compounds, regardless degradation products. The approach used in the second method of analysis was applied and extended to other classes of antibiotics to measure concentrations of several antibiotic residues in soils and drainage waters of an experimental agricultural field. Field soil contained a mixture of antibiotics and their related degradation products with concentrations measured up to 1020 µg kg-1. Some of these compounds have migrated through the field via drainage waters wherein concentrations up to 3200 ng L-1 were observed.