This project aimed to find a method for producing potential probe targets for identification of ESBL (Extended Spectrum Beta Lactamase) genes in bacteria. ESBLs are a type of enzymes responsible for antibiotic resistance in many bacteria. The result we developed was a semi-automated pipeline that utilises several Perl scripts to download gene sequences, identify sequence subgroups based on sequence similarity, find common target sequences among them and screen the target sequences against a background database. These target sequences should work with padlock probes and therefore had specific requirements regarding length and highest number of allowed mismatches. This report includes descriptions of the scripts and ideas for future improvements, as well as an ethical analysis about aspects relevant to research on antibiotic resistance.

I takt med att allt mer antibiotika används och att världen blir allt mer globaliserad ökar och sprids antibiotikaresistensen. Djurhållningen i världen kantas av stressgivande miljöer som för små utrymmen och för många djur per yta. Det får djuren att drabbas av infektioner som vi botar med antibiotika. Antibiotika används även inom djurhållning i tillväxtfrämjande syfte och för att förebygga sjukdom och minska stress. Denna fel- och överbehandling av antibiotika i kombination med att vi använder samma sorts antibiotika inom human sjukvård som inom djurhållning gör att våra livsmedelsproducerande djur utgör en smittorisk för resistenta bakterier som hotar att nå oss via bland annat livsmedelskedjan. I och med att djuren medicineras via tillägg i foder och vatten och att upp till 90% av antibiotikan följer med fekalierna ut, sprids resistensen i naturen då stor del av fekalierna distribueras på jordbruksåkrar i fertiliserande syfte. Det ökar på spridningsrisken samt utgör ytterligare en risk för oss när vi äter grödorna. Från akvakulturer hamnar ungefär 80% av antibiotikan i det omgivande vattnet och i sedimentet och kan därifrån spridas till havets mikrober, vidare till fisk- och skaldjurspatogener och sedan till terrestra bakterier. Åtgärder till dessa problem innefattar att minska spridningen och förhindra uppkomsten av resistenta bakterier. Man bör forska fram fler antibiotika exklusivt för en sektor, i första hand vaccinera och när man måste använda antibiotika bör det vara en smalspektrumsvariant. Man måste också förbättra den globala djurhållningsstandarden, så att risken för spridning minskar vid resor och handel. Det krävs också ett ökat kunskapsläge och ett gemensamt internationellt samarbete för minskad och mer restriktiv antibiotikaanvändning. / As more antibiotics are being used in the world, and as the world gets more globalized, antibiotic resistance is a problem that is growing and spreading. Animal husbandry all over the world provides animals with stressful environments such as too small spaces and too many animals per area. The stress makes the animals suffer from infections that we cure with antibiotics. Antibiotics are also used in animal husbandry as a growth promoter and to prevent illness and decrease stress. This mis- and overuse of antibiotics and the fact that we are using the same type of antibiotics for human health care as well as for animal husbandry, makes our livestock a threat - we can get infected with antibiotic resistant bacteria through the food chain. As a result of us medicating the animals by putting antibiotics in their feed and water (where up to 90% of the antibiotics ends up in the faeces), the resistance is spread in nature, since the faeces often are used as fertilizers in agriculture. This increases the risk of spreading and is another threat for us when we eat the crops from the fields. From aquacultures about 80% of the antibiotics ends up in the nearby water and sediment and can spread through the microbes of the ocean, via fish and shellfish pathogens to terrestrial bacteria. Measuring steps includes decreasing the spread and preventing the rise of resistant bacteria. More research is needed to find new antibiotics, that should be used exclusively for one sector. We should also vaccinate more and when antibiotics are needed, use narrow spectrum antibiotics. Another step is to improve the global animal husbandry standards, so the risk for spreading decreases when travelling and importing/exporting. More education and international teamwork for reduced and more strict antibiotic usage is also needed.

Formål: Formålet med dette studie var at undersøge faktorer der kan have betydning for hvordan patienten magter at være isoleret under indlæggelse på hospital. Der søges afdækning af om der er baggrundsvariabler som køn, alder og tidligere erfaringer, som har betydning og hvilke konsekvenser det medfører. Formålet var endvidere på baggrund af en risikoanalyse af den enkelte patientat fokusere på at tilrettelægge organiseringen af pleje og behandling. Metode: Studiet er et kvalitativstudie, hvor det empiriske materiale blev indsamlet ved fempatientinterviews. Som analysemetode blev anvendt indholdsanalyse. Den konceptuelle ramme omfatter antibiotikaresistens i et folkesundhedsperspektiv, en beskrivelse af rammerne for infektionsforebyggelse i Danmark samt en teoretisk ramme af hvad det indebærer for patienter at være smittet med en multiresistent bakterie og oplevelse af at være isoleret. Resultater: Studiet viser, at lukket dør, mangel på kontakt og stimuli resulterer i følelsen af kedsomhed, monotoni og angst. Studiet viser endvidere at baggrundsvariabler synes at have betydning for hvordan isolationen opleves. Kvinder udviser større bekymringer omkring smitteforholdsregler, og er mere observante på personalets adfærd end mænd. Kvinder bekymrer sig mere om risikoen for smitteoverførsel til besøgende og familie. Kvinder er mere emotionelle under indlæggelsen og under isolationen. Mænd affinder sig udadtil med situationen og har ikke samme spekulationer omkring smitteforholdsregler. Mænd har en mere rationel tilgang, og der er en tendens til at mænd bedre magter at være isoleret på enestue. Yngre patienterser ud til at magte isolationen bedre og anser enestue som en fordel. De ældre bliver mere triste og føler sig ensomme. Erindringer fra tidligere indlæggelser kan lejres som negative oplevelser, og influere på nuværende indlæggelse. Forat patienterne kunne magte situationen, udviklede de selv strategier til egen hjælp og befandt sig således i en balance mellem stress og mestring. Konklusion: For at kunne forebygge de negative oplevelser det har for patienter som er isoleret, uden at kompromittere smitteforebyggelsen, vil et skærpet fokus på hele organiseringen, undervisning af personale, tilrettelæggelsen af isolationen med fokus på sengestuefaciliteter, tid til kontakt og grundig information være nødvendig. Her udover kan individuelle foranstaltninger på baggrund af en risikoanalyse overvejes. / Aim: This study explored and describedthe factors that may influence how patients react to source isolation from others during hospitalization. The study also sought to determine how background variables such as gender, age, and previous hospitalization affect source isolation. Based on individuals’ risk assessment, this study also focusedon how hospitalsplan and the organization of care and treatment. Method: This qualitative study used content analysisto reviewd ata collected from interviews with five patients. The conceptual framework describes antibiotic resistance and infection control from a public health perspective and exploredits prevention in Denmark. Thetheoretical framework describe show patients experiencean infection acquired by exposure to drug-resistant bacteria, as well assubsequent source isolation. Results: Thelimited space of an isolation room, including closed doors, lack of contact with people, and few sensory stimuli, resulted in patient boredom, monotony,and anxiety. Moreover, the data showed that background variables affected how patients experience source isolation. Compared with men, women showed greater concern about precautions against infection and greater awareness of staff behavior. Women also worried more about the risk of transmitting bacteria/disease to visitors and familymembers, and display more emotion during isolation. In contrast, men outwardly resigned themselves to the situation and didnot speculate about infection precautions. Men had more rational approach, and tended to cope better when isolated in a single room. Younger patients seemed to have a better coping strategy during isolation, and considered a single room an advantage compared to the ward. Elderly patients felt sad and lonely during source isolation. In addition, previous negative experiences from earlier hospitalization seemedto influence current isolation. Patients developed their own strategies for coping with source isolation and found themselves balanced between being stressed and coping. Conclusion: Hospitals need more alternatives (e.g., better training and improved treatment culture) to prevent negative psychological affects due to isolation without compromising infection prevention. Hospitals should update their personnel at all organizational levels, and focus on room facilities in the ward, contact time,and improved information and communication. Riskassessment should be individualizedfor each patient. / <p>ISBN 978-91-86739-98-0</p>

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2007. / Härtill 4 uppsatser.

Resistance against antibiotics has become a global world problem. The effect of antibiotics is affected by the resistant bacteria and they cause infections that are difficult to treat. This is a major burden on the healthcare and leads to increased mortality. Globally, about 700,000 people die each year because of antibiotic resistance. By the year 2050 death rates are estimated to have increased to 10 million deaths per year due to the lack of effective treatment methods against multiresistant bacteria. Pharmaceutical companies’ research to develop new antibiotics is steadily decreasing, while multiresistant bacteria increase in number and spread. Bacteria evolve fast and highly resistant bacteria seem to evolve almost at the same pace as new drugs are discovered. As more antibiotics are used, more resistance is developed, so the pharmacy industry keep having to find new antimicrobial agents that the bacteria haven´t figured out how to protect themselves against yet.  The aim of this study was to investigate different treatment options available for infectious diseases that are currently in phase 2 or 3 clinical trials studies or research is being conducted on? This study is a literature study, five articles were selected from PubMed and analyzed. One study evaluates the effect of using new compounds to target a new potential pocket on DNA-gyrase. One study evaluates if silver can disturb the structure of the bacteria and thus increase the flow of antibiotics into the cell. Three studies evaluate the effect of nanoparticles containing metals such as silver or copper-zink-iron and the bacteriocin nisin. The current study shows that new compounds as well as new approaches to treating bacterial infections are expected to help stop this crisis. New strategies in the field of antibiotics include new drug targets, new drug delivery methods and new drug combinations. The compounds produced and directed against the new pocket on DNA-gyrase were stopped due to toxicity but opens a new path for further research. Cells treated with silver had different membrane permeability, destabilized the structure of the peptidoglycan layer and increased production of hydroxyl radicals. Nanoparticles seem to be a potential antibacterial agent, the advantage of nanoparticles is that substances can be combined within nanoparticles and provide synergistic effects. With the help of nanotechnology, drug delivery systems can be improved as well as drug administration. More studies are needed though to investigate the safety of taking nanoparticles and to verify the results of this literature review. / Resistens mot antibiotika har blivit ett globalt världsproblem. Effekten av antibiotika påverkas av de resistenta bakterierna och detta leder till att infektioner blivit svårare att behandla. Detta ger belastning på sjukvården och leder till ökad dödlighet. I världen dör ca 700 000 människor till följd av antibiotikaresistensen och år 2050 beräknas dödsfallen stigit till 10 miljoner per år p.g.a. att det saknas effektiva behandlingsmetoder mot de multiresistenta bakterierna. För att behandla bakteriella infektioner krävs nya föreningar riktade mot bakteriella patogener samt nya tillvägagångsätt för att stoppa denna kris. Inom detta område är framgången låg och även om kliniska försök med antimikrobiella medel är säkra och effektiva, dröjer det flera år innan de är tillgängliga för klinisk användning. Nya strategier inom antibiotikafrågor innefattar nya läkemedelsmål, nya leveransmetoder till läkemedelsmålet och nya läkemedelskombinationer. Syftet med denna studie var att undersöka vilka behandlingsalternativ som finns tillgängliga mot infektionssjukdomar som ligger i fas 2-3 studier, eller som man bedriver forskning på. Arbetet är en litteraturstudie och de vetenskapliga artiklarna är hämtade från databasen Pubmed. I detta arbete har fem studier analyserats. Studie I visar att föreningarna som framställts och riktades mot den nya fickan på DNA-gyras avbröts p.g.a. toxicitet. I resterande studier (II, VI och V) visade att nanopartiklar är ett potentiellt alternativ för att avdöda bakterier. Studie III visar att celler som behandlats med silver hade annan membranpermeabilitet, destabiliserade peptidoglykanlagret och ökad produktion av hydroxylradikaler. Mer forskning och studier krävs för att undersöka riskerna med att administrera nanopartiklar samt verifiera resultaten i denna litteraturstudie och framförallt krävs det mer forskning kring nya potentiella antimikrobiella medel i allmänhet.

Bakgrund: Antibiotika är ett läkemedel som förebygger, behandlar bakterieinfektioner och räddar liv, men överanvändning har lett till ett ökande problem med antibiotikaresistens.Sjuksköterskans roll i det förebyggande arbetet mot antibiotikaresistens behöver ses över för att finna relevanta lösningar till detta globala folkhälsohot. Sjuksköterskan föreskriver inte läkemedlet, men behöver hålla sig till riktlinjer inom administration och omvårdnad för att utöva en säker vård.Syfte: Beskriva sjuksköterskans upplevelse av sin roll i det förebyggande arbetet mot antibiotikaresistens inom hälso- och sjukvård.  Metod: En allmän litteraturstudie som baserades på åtta vetenskapliga artiklar med kvalitativ ansats, analyserade enligt Fribergs (2022) analysmetod. Resultat: I resultatet framkom fyra kategorier som beskrev sjuksköterskans roll; sjuksköterskans behov av kunskap, blandade känslor i det patientnära arbetet, vikten av uppföljning och utbildning till patienter samt sjuksköterskans roll i teamet. Studien visade att sjuksköterskor upplevde att de har en viktig roll i arbetet mot antibiotikaresistens och behöver uppdatera sin kunskap om sjukdomar, odlingsteknik och antibiotikabehandling för att säkerställa säker vård för patienter. Att informera patienter om korrekt dos och längd på antibiotikabehandlingen var också väsentligt. Sjuksköterskor behöver adekvat utbildning och kunskap om strategier för kommunikation, uppföljning av behandling och rapportering av smittsamma infektioner. De spelar en viktig roll i hanteringen av restavfall och uppföljning av hygienrutiner för att säkerställa patientsäkerhet och kvalitet på vården. För att skapa en positiv relation med patienter behöver sjuksköterskor förbättra sin kommunikationsförmåga och öka sin kunskap om sjukdomstillstånd. Resultatet visar på en komplexitet av känslor som sjuksköterskor upplevde i det förebyggande arbetet mot antibiotikaresistens. Slutsats: Det är viktigt för sjuksköterskor att uppdatera sin kunskap om antibiotikaresistens men också att rollen i teamet blir mer tydlig för att de ska kunna bidra till att förebygga antibiotikaresistens. Fortbildning är nödvändigt för att hantera antibiotikaresistens och sjuksköterskor behöver en bred förståelse för antibiotikahantering för att känna sig säkra i yrkesrollen. Riktlinjer och korrekt användning av antibiotika är avgörande för att minska antibiotikaresistensen. Sjuksköterskor bör stödja kollegor och undvika stigmatisering av patienter med resistenta bakterier.

Bakgrund: Statistik visade att i vården och i samhället har antalet bärare avmultiresistenta bakterier, t e x ESBL ökat. Som skydd mot smittspridningtillämpades basala hygienrutiner. Lokala riktlinjer framtagna av infektionsexpertisfanns tillgängliga på intranätet där de kontinuerligt uppdaterades. Syfte: Syftetmed studien var att undersöka var sjuksköterskan hittade aktuella vårdrutiner vidvård av patienter med ESBL. Metod: Empirisk tvärsnittsstudie med kvantitativforskningsansats. Enkätmaterialet analyserades i Excel 2011 och öppna frågoranalyserades med manifest innehållsanalys. Resultatet redovisades med deskriptivstatistik. Urval: Legitimerade sjuksköterskor på nio vårdavdelningar på ett mindresjukhus i södra Sverige. Resultat: Av de 85 som svarade använde 86 % sjukhusetsintranät som en informationskälla, tätt följt av Vårdhandboken på 73 %. Det var33 % som hade kunskap om hur ESBL spreds och 82 % kände sig trygga ochsäkra när de vårdade patienter med ESBL. Slutsats: Majoriteten avsjuksköterskorna använde sig av intranätet för att finna aktuella vårdrutiner.Andra sökkällor som användes var Vårdhandboken, hygiensjuksköterskan ochkollegor. / Background: Statistics showed that in health care and in the community, thenumber of carriers of multidrug-resistant bacteria, such as ESBL has increased.As a protection against communicable diseases basic hygiene routines wasapplied. Local guidelines developed by infection expertise were available on theintranet where they were continuously updated. Objective: The aim of this studywas to investigate were the nurse found the current care routines in the care ofpatients with ESBL. Method: Empirical cross-sectional study with quantitativeresearch approach. Data from the questionnaire were analyzed in Excel 2011 andopen questions were analyzed by manifest content analysis. The results werepresented as descriptive statistics. Sample: Registered nurses at nine wards in asmall hospital in southern Sweden. Results: Out of the 85 who responded, 86%used the hospital intranet as an information source, followed closely byVårdhandboken at 73%. There were 33% who had knowledge of how the ESBLspread and 82% felt secure and safe when they were caring for patients withESBL. Conclusion: The majority of the nurses used the intranet to find currentcare routines. Other repositories used was Vårdhandboken, the hygienenurse andcolleagues.

Background: Healthcare-associated infections (HAI) and antibiotic resistance have over the years proven to be increasingly growing health problems globally. HAI commonly develop in patients during hospitalization for treatment of other diseases whereas antibiotic resistance develops due to continual irrational use of antibiotics.  Aim: The aim of this study is to look into the current use of the digital Infection Tool (IV), within Swedish healthcare. More specifically, to identify possible benefits of tool use as well as to point out existing challenges and suggested improvements from current users. Methods: This study uses a qualitative research approach with individual semi-structural digital interviews conducted with thirteen users of IV. Interviews were conducted with several different user groups of IV digital tool and the collected data was analyzed using thematic inductive analysis.  Results: Study participants agrees IV digital tool is an important asset to Swedish healthcare that has contributed to effectively reducing the number of HAIs meanwhile preventing further development of antibiotic resistance. However, in order to increase input data quality, which would serve for future work in prevention of HAI, healthcare providers need to train IV digital tool users how to register HAI in patient journals.  Conclusion: Overall, according to the participants, the use of IV digital tool is good, however, there is room for improvement. The study results could be used by Inera as a basis for future improvements of the digital tool and by healthcare providers looking to improve its implementation in local journal systems.

Bakgrund: Antibiotikaresistens är ett allt större globalt problem och ett hot mot människan och deras hälsa. Utan antibiotika kommer rutinmässiga behandlingsmetoder och ingrepp inte längre kunna utföras utan stora risker och dödligheten av bakteriella infektioner kommer öka signifikant. Syfte: Syftet var att beskriva sjuksköterskans roll i att förebygga utveckling av antibiotikaresistens inom vården. Metod: En litteraturöversikt genomfördes av tio vetenskapliga artiklar. Databaserna CINAHL och PubMed användes till datainsamlingen och resultatet analyserades enligt Fribergs metod. Resultat: Utifrån dataanalysen framkom fyra teman: upprätthålla och följa riktlinjer, kommunicera och arbeta som patientförespråkare, använda uppdaterad och evidensbaserad kunskap och utbilda patienter och närstående. Slutsats: Sjuksköterskan spelar en viktig roll i förebyggandet av antibiotikaresistens. Med hänsyn till en hållbar framtid har sjuksköterskan ett ansvar för att främja hälsa hos dagens patienter samtidigt som framtida patienters hälsa inte ska äventyras. / Background: Antibiotic resistance is a growing problem globally and a threat to people and their health. Without antibiotics, routine treatment and interventions will no longer be without great risk and mortality rates from bacterial infections will increase significantly. Aim: The aim was to describe nurse’s role in preventing development of antibiotic resistance within the healthcare system. Method: A literature review of ten scientific articles was conducted. Databases CINAHL and PubMed were used for data collection and the results were analysed according to Friberg’s method. Results: Based on the data analysis, four themes emerged: maintaining and following guidelines, communicating and working as patient advocate, using updated and evidence-based knowledge, and educating patients and their families. Conclusions: The nurse plays a crucial role in preventing antibiotic resistance. Considering a sustainable future, the nurse has a responsibility to promote the health of today's patients while ensuring that the health of future patients is not compromised.

Antibiotic resistance is a rapidly increasing and serious global problem, with infectious diseases currently being the second leading cause of death worldwide. The World Health Organization (WHO) has estimated that 700,000 people worldwide die each year as a result of antibiotic resistance, and this number is projected to rise to 10 million per year by 2050 if no action is taken. This makes it vital to find new antibacterial agents to treat infectious diseases. Staphylococcus aureus (S. aureus) is a commonly occurring gram-positive bacterium from the genus Staphylococcus. The bacterium can cause several diverse types of infectious diseases, ranging from mild to life-threatening. Hypericum perforatum L. (H. perforatum) is a plant that has been used as a medicine in various preparations for thousands of years to treat different conditions, such as e.g., wound healing. Recent investigations have shown an antibacterial effect of the plant against the bacterium S. aureus, this suggested that H. perforatum may have a possible antimicrobial effect and could potentially be used in the treatment of certain infections. The purpose of this literature review was to investigate the in vitro antibacterial effect of H. perforatum against S. aureus. For this work, database searches were conducted in PubMed and SciFinder, and four studies were finally selected that examined the in vitro effect of H. perforatum against S. aureus. Common for all the studies was that they used the broth dilution method in their analyses to obtain MIC values. The results of the literature reviews showed that H. perforatum inhibited non-resistant isolates of S. aureus with MIC values between 0.01 – 950 µg/ml. For the resistant isolates evaluated, MIC values were between 0.01 – 0.02 µg/ml. The MIC-value against the multidrug resistant strain MDR-BAA 44 was 0.01 µg/ml. The other studies had higher MIC values and less activity compared to the results reported in the first study. The first study also showed that H. perforatum had better activity against all isolates than the positive controls tetracycline and penicillin. Further studies are needed to ensure and validate the results shown in study one. Also, research should focus on further studying the effect in vivo in larger studies than previously conducted. In addition, evaluation whether a synergistic effect against resistant S. aureus can be achieved through the combination of H. perforatum together with another plant species or with an antibiotic that could provide an alternative treatment of serious infections. / Infektionssjukdomar är idag den näst vanligaste dödsorsaken i världen och Världshälsoorganisationen (WHO) har beräknat att 700 000 personer i världen dör varje år till följd av antibiotikaresistens. Denna siffra kommer att stiga snabbt till 10 miljoner per år till år 2050 om inte åtgärder tas för att förhindra fortsatt spridning. Antibiotikaresistens är ett snabbt ökande och allvarligt globalt problem. Detta gör det livsnödvändigt att hitta nya antibakteriella medel för att kunna behandla infektionssjukdomar. Hypericum perforatum L. (H. perforatum) är en växt som i tusentals år använts som läkemedel iolika beredningar och för olika åkommor, som till exempel sårläkning. Antibakteriell effekt av växten har kunnat identifierats mot bakterien Staphylococcus aureus (S. aureus). S. aureus är en vanligt förekommande gram-positiv bakterie. Bakterien orsakar flera olika typer av infektionssjukdomar som kan vara allt från milda till livshotande. H. perforatum innehåller substanser med antibakteriell effekt som kan användas vid behandling av vissa infektionssjukdomar.  Syftet med denna studie var att undersöka den antibakteriella effekten in vitro av H. perforatum mot S. aureus. För detta litteraturarbete gjordes databassökningar i PubMed och SciFinder av tidigare publicerade studier. Fyra studier valdes slutligen ut som uppfyllde inklusionskriterierna. Samtliga studerade in vitro effekten av H. perforatum mot S. aureus. Samtliga studier använde sig av buljongspädningsmetoden i sina analyser där MIC-värden erhölls.  Resultaten från studierna visade att H. perforatum inhiberade icke-resistenta isolat av S. aureus med MIC-värden mellan 0,01 – 950 µg/ml. För de resistenta isolat som testades blev MIC-värden 0,01 – 0,02 µg/ml. MIC-värdet mot den multi-resistenta bakterien MDR-BAA 44 var 0.01 µg/ml. De andra studierna rapporterade högre MIC-värden jämfört med studie 1. Denna studie visade även att H. perforatum hade bättre aktivitet mot samtliga isolat än de positiva kontrollerna, tetracyklin samt penicillin. Vidare behöver fler studier genomföras för att säkerställa de resultat som studie 1 visade. Nya studier behöver också utvärdera om synergistisk effekt mot resistenta S. aureus kan uppnås vid kombination av H. perforatum och en annan växtart eller antibiotikum som kan leda till nya behandlingsalternativ av svåra infektioner.