Les métropoles contemporaines sont marquées par des regroupements et des séparations des citadins, connus sous le terme de ségrégation. Ce phénomène est généralement appréhendé sur la base des localisations résidentielles. L'importance de la mobilité quotidienne dans les reconfigurations spatiales métropolitaines et dans les modes de vie individuels nous incite alors à l'étude et la caractérisation de la relation entretenue par les citadins avec les espaces urbains. Cela permet de passer de la ségrégation résidentielle (immobile) vers la ségrégation dans les espaces de la vie quotidienne (mobile). Parallèlement, c'est l'individu, et non le ménage, qui est au cœur des dynamiques ségrégatives telles que nous les abordons. Quatre métropoles contemporaines ont été analysées avec une visée comparative. Ce choix a imposé la mise au point d'une méthodologie originale, commune aux quatre cas et basée sur des données d'enquêtes-ménages transports. Les résultats obtenus permettent de souligner l'interprétation économique des comportements individuels de proximité (immobilité et vie locale) et des accès aux pôles d'attraction (parmi lesquels le centre). La proximité, avant d'être un objectif des politiques de villes durables, est une réalité pour les populations défavorisées. Ces comportements de replis dépendent plus de caractéristiques individuelles que d'effets liés au quartier de résidence. Ces tendances fortes, communes aux quatre cas, sont complétées par diverses spécificités. Des dynamiques spatiales et sociales différentes se révèlent dans les villes du Nord et du Sud, et les effets des formes urbaines héritées de l'histoire s'affirment (en particulier à Niamey). Notre analyse permet finalement d'enrichir la perspective usuelle de la ségrégation urbaine dans plusieurs contextes urbains contrastés.

Cette thèse s'inscrit dans la problématique de la comparaison de graphes. Nous proposons dans la première partie de ce manuscrit plusieurs algorithmes de recherche de motifs similaires dans de grands graphes. La seconde partie de cette thèse traite de l'étude des arborescences de fichiers, structure de données pour laquelle la méthode initiale de reconnaissance de motifs a été développée. Nous présentons un modèle stochastique pour la génération aléatoire de structure arborescentes, basé sur les observations de l'étude statistique des données réelles. Enfin, nous détaillons deux adaptations de l'algorithme de reconnaissance de motifs similaires à des applications particulières. La première concerne la reconnaissance d'objets extraits de la video basse résolution pour l'indexation grossière. La deuxième application a été développée pour la visualisation de l'évolution de projets logiciels.

Cette thèse propose une généalogie des référentiels patrimoniaux animant les politiques de renouvellement urbain depuis 50 ans à Bordeaux et Montréal. L'analyse comparée internationale et la perspective historique démontrent le rôle variable du patrimoine urbain dans les stratégies et la composition des projets de renouvellement urbain (de requalification des qartiers anciens, de reconversions industrialo-portuaires, ou à l'occasion de projet de modernisation du territoire) ainsi que le rôle du débat public dans la constitution de ces référentiels patrimoniaux. <br />Une innovation est notamment repérée à travers le cas de la reconversion du Vieux Port de Montréal , celle de la constitution d'une trame patrimoniale, produite à l'occasion d'une planification négociée et participative.

Ce travail de thèse traite du caractère plus ou moins irréaliste des perceptions que l'élève a de ses compétences scolaires ou de ce qu'il est convenu d'appeler aujourd'hui le biais d'évaluation de sa compétence scolaire. Deux objectifs principaux structurent ce travail. Le premier vise à vérifier si le type de comparaison sociale auquel l'élève se livre est lié au développement d'un biais négatif d'évaluation de sa compétence scolaire. Pour ce faire, nous avons réalisé 6 études auprès d'élèves francophones de primaire scolarisés en France et au Québec. Dans la lignée des travaux de Buunk et Ybema (1997) et de Buunk et al. (2005), nous avons d'abord testé l'hypothèse selon laquelle les élèves pouvaient interpréter positivement et négativement les comparaisons sociales en classe indépendamment de leur direction. Fort de ces éléments, nous avons vérifié ensuite que l'interprétation positive de la comparaison sociale (identification ascendante et différenciation descendante) est liée positivement au biais d'évaluation de sa compétence alors que l'interprétation négative (identification descendante et différenciation ascendante) lui est négativement reliée. Enfin, une mesure plus fine de la comparaison sociale en classe nous a permis d'explorer si le type de comparaison choisie par l'élève impliquait des effets d'assimilation ou de contraste sur leur biais d'évaluation, selon que l'élève s'identifiait plus ou moins fortement à son camarade de comparaison. Les six études menées dans cette première partie apportent globalement un soutien empirique à nos hypothèses. Le second objectif s'est attaché à étudier l'évolution de ce biais au fil du temps et à vérifier si ces modes d'évolution pouvaient être liés au bien-être psychologique du sujet à moyen terme. Dans cette optique, nous avons conduit des analyses de trajectoires pour décrire l'évolution du phénomène au fil du temps (Nagin, 2005). Cette méthode nous a permis de distinguer des patrons d'évolution distincts mettant en lumière le caractère plus ou moins stable du phénomène. Enfin, la mise en relation de ces trajectoires avec des indicateurs de bien-être et de fonctionnement scolaire révèle que sous-estimer ses compétences constitue un risque d'adaptation psychosociale et scolaire pour les élèves.

De récentes découvertes montrent le rôle important que joue l’acide ribonucléique (ARN) au sein des cellules, que ce soit le contrôle de l’expression génétique, la régulation de plusieurs processus homéostasiques, en plus de la transcription et la traduction de l’acide désoxyribonucléique (ADN) en protéine. Si l’on veut comprendre comment la cellule fonctionne, nous devons d’abords comprendre ses composantes et comment ils interagissent, et en particulier chez l’ARN. La fonction d’une molécule est tributaire de sa structure tridimensionnelle (3D). Or, déterminer expérimentalement la structure 3D d’un ARN s’avère fort coûteux. Les méthodes courantes de prédiction par ordinateur de la structure d’un ARN ne tiennent compte que des appariements classiques ou canoniques, similaires à ceux de la fameuse structure en double-hélice de l’ADN. Ici, nous avons amélioré la prédiction de structures d’ARN en tenant compte de tous les types possibles d’appariements, dont ceux dits non-canoniques. Cela est rendu possible dans le contexte d’un nouveau paradigme pour le repliement des ARN, basé sur les motifs cycliques de nucléotides ; des blocs de bases pour la construction des ARN. De plus, nous avons dévelopées de nouvelles métriques pour quantifier la précision des méthodes de prédiction des structures 3D des ARN, vue l’introduction récente de plusieurs de ces méthodes. Enfin, nous avons évalué le pouvoir prédictif des nouvelles techniques de sondage de basse résolution des structures d’ARN. / Recent findings show the important role of ribonucleic acid (RNA) within the cell, be it the control of gene expression, the regulation of several homeostatic processes, in addition to the transcription and translation of deoxyribonucleic acid (DNA) into protein. If we wish to understand how the cell works, we first need to understand its components and how they interact, and in particular for RNA. The function of a molecule is tributary of its three-dimensional (3D) structure. However, experimental determination of RNA 3D structures imparts great costs. Current methods for RNA structure prediction by computers only take into account the classical or canonical base pairs, similar to those found in the well-celebrated DNA double helix. Here, we improved RNA structure prediction by taking into account all possible types of base pairs, even those said non-canonicals. This is made possible in the context of a new paradigm for the folding of RNA, based on nucleotide cyclic motifs (NCM): basic blocks for the construction of RNA. Furthermore, we have developed new metrics to quantify the precision of RNA 3D structure prediction methods, given the recent introduction of many of those methods. Finally, we have evaluated the predictive power of the latest low-resolution RNA structure probing techniques.

La substitution est une méthode de prévention primaire qui permet l’élimination à la source des dangers pour les travailleurs. Une des étapes de la démarche est la comparaison des options afin de procéder au choix final. Divers indices de comparaison, basés sur des paramètres physicochimiques, sanitaires et environnementaux des substances, permettent de guider ce choix. Toutefois, aucune évaluation de ces indices n’a été effectuée dans le cas de la substitution des solvants. Une recherche de développement a été entreprise afin de proposer une méthodologie améliorée de comparaison des solvants. La démarche d’analyse de substitution et la comparaison des options de remplacement à l’aide du rapport de danger de vapeur (« Vapour Hazard Ratio », VHR) ont été appliquées à un cas réel de substitution de solvants en entreprise. Trois indices de potentiel de surexposition (IPS) (VHR, « Måleteknisk Arbejdshygiejnisk Luftbehov » (MAL) et « SUBstitution FACtor » (SUBFAC)) et trois indices globaux de hiérarchisation des dangers (indice air (ψiair), « Indiana Relative Chemical Hazard Score » (IRCHS) et « Final Hazard Score » (FHS)) ont été évalués et comparés à partir de listes de 56 et 67 solvants respectivement. La problématique de la non-idéalité des mélanges a aussi été considérée par rapport aux IPS par l’évaluation et la comparaison de 50 mélanges de solvant. Une méthodologie d’établissement d’une valeur limite d’exposition (VLE), pour les solvants n’en possédant pas, a été développée par modélisation de type relations quantitatives propriété-propriété (QPPR). La modélisation QPPR des VLE, effectuée sur une liste de 88 solvants possédant une VLE, a été effectuée à partir des coefficients de partage octanol:air, octanol:eau, sang:air et des constantes métaboliques. L’étude de cas a montré que l’utilisation du VHR facilitait la comparaison des options, bien qu’elle puisse se heurter à l’absence de VLE. Les indices VHR et SUBFAC ont été identifiés comme des méthodes très proches, caractérisées par une forte corrélation (R=0,99) alors que l’indice MAL se distingue des deux autres IPS par une perte d’information sur la volatilité résultant en une corrélation plus faible avec le VHR (R=0,75). L’impact de la non idealité, évalué par le calcul de coefficients d’activité sur une série de 50 mélanges, a permis d’établir que les ratios entre les indices VHR corrigés et non corrigés variaient entre 0,57 et 2,7, suggérant un facteur de sécurité de cinq lors de la comparaison de mélanges. Les analyses de corrélation et de sensibilité ont montré que les indices de hiérarchisation des dangers différaient de façon importante sur leur prise en compte de paramètres comme la volatilité, les VLE, l’exposition cutanée, l’inflammabilité, la cancérogénicité et les divers paramètres environnementaux. Aucun de ces indices ne peut être recommandé pour la substitution des solvants. Deux modèles QPPR ont été développés afin de prédire des VLE et des VHR, et 61 % et 87 % des VHR prédits variaient respectivement d’un facteur maximal de deux et de cinq par rapport aux VHR calculés. Nos résultats mènent à proposer une démarche améliorée de comparaison en deux étapes. Après un tri selon des critères prioritaires de santé, de sécurité et d’environnement, la comparaison devrait se baser sur le calcul du VHR tout en considérant d’autres paramètres selon la situation concrète de l’entreprise ou du procédé. La comparaison devra tenir compte de la non-idéalité pour les mélanges, et de VLE estimées pour les solvants n’en possédant pas. / Substitution is a primary preventive method which allows the elimination of hazards to workers at the source. One of the steps in substitution analysis is the comparison between options in order to choose the best alternative. Various comparison indices based on physicochemical, health and environmental parameters of substances may facilitate the choice. However, no evaluation of theses indices has been done in the case of solvent substitution. Development research was undertaken in order to propose an improved methodology for solvent substitution. A systematic procedure of solvent substitution was applied to a real workplace case and the comparison between options was made using the Vapour Hazard Ratio (VHR). Three Overexposure Potential Indices (OPIs) (VHR, « Måleteknisk Arbejdshygiejnisk Luftbehov » (MAL) and SUBstitution FACtor (SUBFAC)) and three comprehensive hazard screening indices (air index (ψiair), Indiana Relative Chemical Hazard Score (IRCHS) and Final Hazard Score (FHS)) were evaluated and compared using a list of 56 and 67 solvents respectively. In the case of mixtures, the effect of nonideality on OPIs was also investigated by comparing 50 solvent mixtures. Quantitative property-property relationship (QPPR) models were developed for estimating Occupational Exposure Limits (OELs) for solvents without OELs. QPPR models were made from octanol:air, blood:air and metabolic constants using a list of 88 solvents. The case study showed that the use of the VHR made comparison of replacement options easier, although it was limited by the absence of an OEL for a solvent. VHR and SUBFAC were shown to be close with excellent correlation between the two indices (R=0.99) but a worse correlation was calculated between MAL and VHR (R=0.75). This was attributed to the discrete nature of the volatility parameter in MAL. The impact of nonideality, evaluated by the calculation of activity coefficients on 50 solvent mixtures, resulted in ratios between corrected and non corrected VHRs varying between 0.57 and 2.7, suggesting that a safety factor of five could be used when comparing solvent mixtures. Correlation and sensitivity analysis showed that hazard screening indices differed in the way they integrate key substitution factors such as volatility, OEL, skin exposure, flammability, carcinogenicity and various environmental parameters. No index was found to be suitable for performing solvent substitution. Two QPPR modeling approaches were developed for computing OELs and VHRs; and 61 % and 87 % of the predicted VHRs were within a factor of two and five, respectively, of the calculated VHRs. Our results lead us to propose an improved comparison procedure using a two-tier approach. In the first tier, a selection would eliminate solvent candidates having crucial health, safety and environmental impacts. In the second tier, the comparison would emphasize the VHR but also consider other parameters which are relevant to the specific context. Comparison would also take into account nonideality for mixtures and predicted OELs for solvents without such values.

L’évolution des protéines est un domaine important de la recherche en bioinformatique et catalyse l'intérêt de trouver des outils d'alignement qui peuvent être utilisés de manière fiable et modéliser avec précision l'évolution d'une famille de protéines. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) est considéré comme l'outil idéal pour une telle tâche, en termes de rapidité et de précision. Par conséquent, dans cette étude, TM-Align a été utilisé comme point de référence pour faciliter la détection des autres outils d'alignement qui sont en mesure de préciser l'évolution des protéines. En parallèle, nous avons élargi l'actuel outil d'exploration de structures secondaires de protéines, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), afin qu'il puisse également être utilisé comme un outil pour la modélisation de l'évolution des protéines. / Protein evolution is an important field of research in bioinformatics and catalyzes the requirement of finding alignment tools that can be used to reliably and accurately model the evolution of a protein family. TM-Align (Zhang and Skolnick, 2005) is considered to be the ideal tool for such a task, in terms of both speed and accuracy. Therefore in this study, TM-Align has been used as a point of reference to facilitate the detection of other alignment tools that are able to accurately model protein evolution. In parallel, we expand the existing protein secondary structure explorer tool, Helix Explorer (Marrakchi, 2006), so that it can also be used as a tool to model protein evolution.

Notre thèse vise une analyse comparative qui porte sur le paramètre du rythme. Le corpus d’étude est constitué d’une quarantaine de genres musicaux parmi les plus emblématiques de l’Amérique du Sud. La problématique principale consiste à comprendre le rapport entre la structure des rythmes et leurs dénominations vernaculaires multiples et de faire émerger leur signification culturelle. L’objectif de notre analyse est d’aboutir à des alternatives typologiques à géométrie variable mettant en confrontation les plans d’observation (endogène et exogène). Ces typologies nous permettent en même temps de mettre en relief les airs de famille entre les rythmes ainsi que leurs éventuelles filiations. Cette analyse s’appuie sur divers procédés de transcription, de modélisation et de comparaison des patterns polyrythmiques. Plusieurs composantes et aspects relatifs au paramètre rythmique sont également considérés, tels les oppositions de timbre, le tempo, les multiples spécificités performancielles, ainsi que les principes agogiques mis en oeuvre par les musiciens. Constituée de quatre chapitres, notre thèse fait état des différentes étapes méthodologiques de notre travail : analyse musicale, premières propositions typologiques (perspective exogène), enquêtes menées auprès des détenteurs des traditions (perspective endogène). Les deux perspectives sont ensuite mises en relation, voire confrontées, le tout dans une optique de validation culturelle des données conduisant à de nouvelles solutions typologiques. / Our thesis is a comparative analysis that focuses on rhythm as a parameter. The corpus of study consists of forty of the most iconic music genres of South America. The main issue is to understand the relationship between the structure of the rhythms and their various vernacular names and to make their cultural meaning emerge. The goal of our analysis is to create typological alternatives that confront the observation plans (endogenous and exogenous). These typologies focus on the family similarities between the rhythms and their possible affiliations. This analysis is based on various transcription processes, modeling and comparison of polyrhythmic patterns. Several aspects and components relating to the rhythmic parameter will also be considered, such as timbre oppositions, tempo, multiple performance formulations, and agogic principles created by the musicians. Consisting of four chapters, our thesis is based on several methodological steps: our music analysis and our initial typological proposals (exogenous perspective) on one hand, and on the other hand, our investigation process lead with the owners of the traditions (endogenous perspective). Both perspectives are then related, or faced, all in the perspective of a cultural validation.

Depuis le milieu des années 1980, la construction européenne est entrée dans une phase d’accélération quivoit l’affirmation de l’Union européenne comme un espace de décision politique à part entière, dont lesprérogatives et les interventions deviennent toujours plus palpables au niveau domestique. Cette thèseexplore les conséquences de ce processus sur la compétition électorale. Le questionnement de ladistinction populaire entre effets « directs » et « indirects » nourrit une réflexion sur les mécanismes parlesquels les partis sont affectés et nous conduit à conceptualiser l’intégration européenne comme unealtération de l’environnement et de la structure d’opportunités des partis, à travers l’européanisation despolitiques publiques et la mise sur agenda de nouveaux enjeux. Cette perspective permet à la fois de mieuxintégrer dans l’étude des partis le tournant interactionniste des recherches sur l’européanisation, etd’enrichir l’analyse en l’inscrivant dans des cadres théoriques depuis longtemps éprouvés pour étudier lespartis et la compétition politique. L’européanisation de la compétition électorale en France, en Allemagneet au Royaume-Uni entre 1986 et 2009 est étudiée au prisme des opportunités et des contraintes découlantde l’intégration, puis des réponses apportées par les acteurs partisans à différents niveaux. Notre enquêtes’appuie pour cela sur l’analyse d’un vaste corpus de documents, de données et de littérature, notammentsur la couverture médiatique des questions européennes, les orientations européennes discernables dansl’opinion publique des trois pays, l’européanisation des politiques publiques, les discours tenus lors descongrès des partis sociaux-démocrates et les programmes électoraux des différents partis. Nous observonsune européanisation différenciée, mais significative, de la structure d’opportunités des partis. En raison desrésistances déployées par les acteurs partisans qui dominent la compétition inter- et intra-partisane, cettetendance n’affecte les dynamiques de compétition électorale qu’à la marge. / European Union to establish itself as a full-fledged political space whose prerogatives and interventionsbecome more and more palpable at the domestic level. This thesis explores the consequences of thisprocess on party competition. The questioning of the popular distinction between « direct » and« indirect » effects nourishes a reflection about the mechanisms by which parties are affected and leads usto conceptualize European integration as an alteration of parties’ environment and structure ofopportunities, through the europeanisation of public policies and the agenda-setting of new issues. Thisperspective allows both to better integrate in the study of parties the « interactionnist » turn of research oneuropeanisation and to enrich the analysis by anchoring it within ordinary frameworks of parties andelectoral competition. The europeanisation of party competition in France, Germany and the United-Kingdom between 1986 and 2009 is studied from the perspective of opportunities and constraintsgenerated by European integration and, then, from the perspective of partisan actors’ reponses at severallevels. Our inquiry relies on the analysis of a vast corpus of documents, data and literature, notably on themedia coverage of European issues, European orientations in the public opinion of the three countries,europeanization of public policies, discourses held at the congresses of social-democratic parties andelectoral manifestos of the different parties. We observe a differentiated, but significative, europeanisationof parties’ structure of opportunities. Due to the resistances of the actors who dominate inter- and intrapartycompetition, this tendency affects the dynamics of party competition only marginally.

En matière d’interprétation juridique, le rôle du juge se déroule entre le fait et le droit. Le juge est chargé non seulement d’analyser et de déterminer les éléments factuels, mais il a aussi, pour objectif, d’exercer la qualification du fait et d’appliquer les règles de droit. C’est la raison pour laquelle l’interprétation juridique est en générale divisée en deux aspects : l’interprétation du fait et celle du droit (ou de la loi). L’interprétation du contrat participe, en principe, au premier aspect. Précisément, la loi, en tant que règle générale et abstraite, est l’expression de la volonté générale, alors que le contrat n’est que la traduction de plusieurs volontés particulières. Le projet de cette thèse cherche à analyser les problématiques provoquées par la théorie et la pratique de l’interprétation du contrat : dans quelle condition le juge peut-il exercer son pouvoir d’interprétation du contrat ? Interpréter un contrat, c’est interpréter la commune intention des parties ou plutôt interpréter un rapport contractuel intégré dans la vie sociale et économique ? L’interprétation du contrat peut-elle combler les lacunes du contrat ? Les règles d’ordre public peuvent-elles devenir le fondement de l’interprétation du contrat ? La correction du contenu du contrat a-t-elle besoin de participation de l’interprétation du contrat ? La recherche des problématiques exposées ci-dessus détermine, en effet, l’intérêt du projet de cette thèse. Théoriquement, le travail de thèse défie la définition traditionnelle de l’interprétation du contrat, en glosant de nouveau sur le sens et l’esprit des règles classiques d’interprétation, et en analysant le rôle des règles d’ordre public dans l’interprétation du contrat. Pratiquement, le travail de thèse se fonde sur une recherche approfondie des fonctions de l’interprétation du contrat dans les activités judiciaires. / In terms of the legal interpretation, the role of the judge takes place between the facts and the law. The judge is not only charged with analyzing and determining the factual elements, but he also aims to exercise the qualification of the fact and apply the rules of law. This is why legal interpretation is generally divided into two aspects, i.e. the interpretation of the fact and that of the law. The interpretation of the contract, in principle, belongs to the first aspect. More precisely, the law, as general and abstract rule, is the expression of the general will, while the contract is only a translation of several individual wills. This dissertation analyzes the issues aroused by the theory and practice of the interpretation of the contract: In what condition can the judge exercise his capacity of interpretation of the contract? Should the interpretation of the contract aim exclusively at the common intention of the parties or aim not only at the will of the contracting parties but also the internal and external objective elements of the contract? Can the interpretation of the contract fill in the lacunas of the contract? Can the rules of public order become the foundation of the interpretation of the contract? Does the correction of the content of the contract need the participation of the interpretation of the contract? The research of the above mentioned issues determines, in fact, the interest of the plan of this dissertation. Theoretically, the work of this dissertation challenges the traditional definition of the interpretation of the contract, by annotating again the sense and the spirit of the classic rules of interpretation, and analyzing the role of the rules of public order in the interpretation of the contract. In practice, the work of this dissertation is founded on a profound research of the functions of the interpretation of the contract in the judiciary activities.