L'IRM de diffusion (IRMd) est une modalité d'imagerie qui permet d'étudier in vivo la structure des faisceaux de la substance blanche grâce à la caractérisation des propriétés de diffusion des molécules d'eau dans le cerveau. Les travaux de cette thèse se sont concentrés sur la comparaison de groupes d'individus en IRMd. Le but est d'identifier les zones de la substance blanche dont les propriétés structurelles sont statistiquement différentes entre les deux populations ou significativement corrélées avec certaines variables explicatives. L’enjeu est de pouvoir localiser et caractériser les lésions causées par une pathologie et de comprendre les mécanismes sous-jacents. Pour ce faire, nous avons proposé dans cette thèse des méthodes d'analyse basées voxel reposant sur le Modèle Linéaire Général (MLG) et ses extensions multivariées et sur des variétés, qui permettent d'effectuer des tests statistiques intégrant explicitement des variables explicatives. En IRMd, la diffusion des molécules d'eau peut être modélisée par un tenseur d'ordre deux représenté par une matrice symétrique définie-positive de dimension trois. La principale contribution de cette thèse a été de montrer la plus-value de considérer, dans le MLG, l'information complète du tenseur par rapport à un unique descripteur scalaire caractérisant la diffusion (fraction d’anisotropie ou diffusion moyenne), comme cela est généralement fait dans les études en neuro-imagerie. Plusieurs stratégies d’extension du MLG aux tenseurs ont été comparées, que ce soit en termes d’hypothèse statistique (homoscédasticité vs hétéroscédasticité), de métrique utilisée pour l’estimation des paramètres (Euclidienne, Log-Euclidienne et Riemannienne), ou de prise en compte de l’information du voisinage spatial. Nous avons également étudié l'influence de certains prétraitements comme le filtrage et le recalage. Enfin, nous avons proposé une méthode de caractérisation des zones détectées afin d’en faciliter l’interprétation physiopathologique. Les validations ont été menées sur données synthétiques ainsi que sur une base d’images issues d’une cohorte de patients atteints de Neuromyélite optique de Devic. / Diffusion Tensor MRI (DT-MRI) is an imaging modality that allows to study in vivo the structure of white matter fibers through the characterization of diffusion properties of water molecules in the brain. This work focused on group comparison in DT-MRI. The aim is to identify white matter regions whose structural properties are statistically different between two populations or significantly correlated with some explanatory variables. The challenge is to locate and characterize lesions caused by a disease and to understand the underlying mechanisms. To this end, we proposed several voxel-based strategies that rely on the General Linear Model (GLM) and its multivariate and manifold-based extensions, to perform statistical tests that explicitly incorporate explanatory variables. In DT-MRI, diffusion of water molecules can be modeled by a second order tensor represented by a three dimensional symmetric and positive definite matrix. The main contribution of this thesis was to demonstrate the added value of considering the full tensor information as compared to a single scalar index characterizing some diffusion properties (fractional anisotropy or mean diffusion) in the GLM, as it is usually done in neuroimaging studies. Several strategies for extending the GLM to tensor were compared, either in terms of statistical hypothesis (homoscedasticity vs heteroscedasticity), or metrics used for parameter estimation (Euclidean, Log-Euclidean and Riemannian), or the way to take into account the spatial neighborhood information. We also studied the influence of some pre-processing such as filtering and registration. Finally, we proposed a method for characterizing the detected regions in order to facilitate their physiopathological interpretation. Validations have been conducted on synthetic data as well as on a cohort of patients suffering from Neuromyelitis Optica.

Cette thèse prend pour objet les parcours biographiques d'émigrés comoriens et togolais, en s'intéressant à la double dimension de ces mobilités internationales, entendues à la fois comme des processus de mobilité spatiale et comme des trajectoires de mobilité sociale. Pour étudier ces mobilités, l'enquête a été menée en France et dans les deux pays d'origine. Près de 200 récits de vie, complétés par des observations au sein des familles, ont pu être réalisés auprès de non-émigrés, d'émigrés, d'émigrés de retour et de leurs proches. La recherche questionne le franchissement des frontières internationales comme moyen de s'affranchir des frontières sociales nationales, c'est-à-dire les manières dont les émigrés s'approprient la mobilité internationale et peuvent converti leurs expériences migratoires en ressources leur permettant de s'engager dans un processus de mobilité sociale ascendante. Cette enquête souligne que les histoires migratoires nationales, les conditions politiques restrictives de la mobilité internationale et les dispositions familiales à la migration se combinent pour construire des parcours inégaux. La comparaison multidimensionnelle entre des émigrés originaires de deux pays, aux propriétés sociales diverses, met d'abord en lumière l'influence centrale des histoires familiales et du milieu social d'origine des émigrés dans l'explication des parcours individuels. L'enquête démontre par ailleurs que les mobilités internationales conduisent les émigrés à traverser plusieurs espaces sociaux et nationaux et à s'engager dans des trajectoires qui mêlent à la fois des expériences d'immobilité et de mobilité sociale. Au-delà de ces expériences individuelles contrastées, la thèse indique enfin que la migration participe tout autant à reproduire les inégalités qu'à brouiller les frontières sociales du pays d'origine. / This thesis explores the life course of Comorian and Togolese migrants by focusing on. the dual dimension of international mobility, understood both as a spatial mobility process and as a social mobility trajectory. In order to investigate this mobility, the study was both conducted in France and in the two countries of origin. Nearly 200 life stories of non-migrants. migrants, returning migrants and their close relations were collected and completed by observations within the families. The research questions the crossing of international borders as a mean to overcome national social boundaries, that is to say, the ways migrants appropriate international mobility and convert their experiences into resources allowing them to begin a process of upward social mobility. This study stresses that the national migration history, the restrictive political conditions of international mobility and the families' dispositions for migration ail combine to create unequal individual courses. The multidimensional comparison of migrants from both countries that show diverse social characteristics highlights the central influence of family history and migrants' social background in the explanation of their persona! trajectories. The study also demonstrates that international mobility pushes migrants to cross several national and social spaces and to engage in paths that combine both experiences of immobility and social mobility. Beyond these contrasting individual experiences, the thesis finally shows that the migration process is perpetuating inequalities as well as blurring the social boundaries in the countries of origin.

Ce travail a pour objectif d’étudier les liens entre événement, discours et culture à partir de l’analyse de discours de presse rassemblés autour de deux moments discursifs : l’élection présidentielle de 2002 au Brésil, dans O Estado de S. Paulo, et l’élection présidentielle de 2007 en France, dans Le Monde. On s’interroge à la fois sur le rôle du discours et sur celui de la culture dans la configuration d’un événement électoral par les médias. Les élections ont été abordées sous l’angle de la conflictualité et à partir d’une analyse lexico-sémantique des mots du clivage, « droite », « gauche », « direita » et « esquerda », censés renvoyer au conflit politique. L’étude se déploie en deux parties : la première partie est consacrée à l’histoire des mots du clivage et à l’étude des représentations qui y sont associées dans les dictionnaires ; la seconde partie porte sur le fonctionnement des mots en cotexte, dans les corpus de presse : on s’appuie sur l’idée que l’environnement lexico-syntaxique donne à voir les rapports entre le sujet et le monde et qu’il est déterminant dans la constitution du sens. Les mots du clivage sont ainsi étudiés dans des structures syntaxiques précises (dans des constructions locatives, agentives et qualifiantes), ce qui permet de mettre en évidence différents points de vue sur les mots. L’analyse met enfin au jour des régularités et des divergences dans l’emploi des mots selon les journaux, ce qui témoigne d’un partage transculturel de pratiques et de représentations, mais aussi de la présence de spécificités « culturelles ». / This thesis aims to study the relations among event, discourse and culture through the analysis of selected press discourses from two discursive moments: the 2002 presidential election in Brazil, in O Estado de S. Paulo, and the presidential election of 2007 in France, in Le Monde. The research investigates the role of the discourse, as well as the culture in the construction of an electoral event in the media. From the conflictual character of the presidential elections, we propose a lexical-semantic analysis of the opposition’s words, “droite”, “gauche”, “direita” and “esquerda”, which refer to the political conflict. The analysis is divided into two main parts: first, these words are studied by a historical bias and through the representations present in dictionaries; in the second part, it proceeds to an analysis of its lexical-syntactic environment: we defend the thesis that the co-text reflects the relation between the subject and the world, which is crucial to the construction of the meaning. The opposition’s words are analyzed by the complex syntactic structures (in locative, agentive and qualifying constructions), which enables to see different points of view about them. The analysis finally reveals regularities and differences between the newspapers, which leads us to consider the presence not only of practices and transnational representations, as well as “cultural” specificities. / Este trabalho tem por objetivo estudar as relações entre acontecimento, discurso e cultura por intermédio da análise de discursos de imprensa selecionados a partir de dois momentos discursivos: a eleição presidencial de 2002 no Brasil, em O Estado de S. Paulo, e a eleição presidencial de 2007 na França, em Le Monde. A pesquisa investiga o papel do discurso, bem como o da cultura na construção de um acontecimento eleitoral pela mídia. Partindo do caráter conflituoso das eleições presidenciais, propomos uma análise léxico-semântica das palavras da oposição, “direita”, “esquerda”, “droite” e “gauche”, que fazem referência ao conflito político. A análise divide-se em duas partes principais: na primeira, essas palavras são estudadas por um viés histórico e através das representações presentes nos dicionários; na segunda parte, procede-se a uma análise do seu ambiente léxico-sintático: defendemos a tese de que o cotexto reflete as relações entre o sujeito e o mundo, sendo ele determinante para a construção do sentido. As palavras da oposição são analisadas por meio de estruturas sintáticas complexas (em construções locativas, agentivas e qualificantes), o que permite evidenciar pontos de vista diferentes em relação a elas. A análise revela enfim regularidades e divergências entre os jornais, o que nos leva a considerar a presença, não só de práticas e de representações transnacionais, como também de especificidades “culturais”.

En France comme au Japon, le système d'éducation à destination des enfants handicapés a connu d'importantes transformations ces dernières années, avec le passage à une logique d'éducation inclusive, privilégiant la scolarisation dans les écoles ordinaires plutôt qu'en établissement spécialisé. Cependant, les établissements spécialisés n'ont pas disparu pour autant et le milieu spécialisé se reconfigure pour s'adapter aux changements. Cette thèse s'appuie sur l'idée que ces transformations correspondent à l'aboutissement d'un mouvement historique allant d'une approche catégorielle du handicap (dans laquelle les différentes catégories médicales de déficiences sont sources de spécialisation) à une approche que l'on peut qualifier, par opposition, de généraliste (dans laquelle les catégories de déficiences s'effacent pour laisser la place à une catégorie unique : celle de « besoins particuliers »). Comment les écoles spécialisées, fondées sur la logique de spécialisation catégorielle, se transforment-elles à l'heure du généralisme ? On étudie plus précisément le cas des écoles d'aveugles, emblèmes historiques de la logique de spécialisation. La démarche comparative franco-japonaise permet ainsi d'éclairer une zone d'ombre, peu étudiée, du phénomène international de passage à une éducation inclusive. En mobilisant le champ de la sociologie du travail, plus spécifiquement le concept de compétences, on explore les transformations de l'institution spécialisée vécues par ses représentants: les enseignants spécialisés. On montre ainsi, à travers la comparaison, que le travail des enseignants spécialisés dans ces écoles n'est plus fondé sur une expertise de la déficience visuelle mais sur des compétences relationnelles d'adaptation aux "besoins éducatifs particuliers" de chaque enfant, dans des conditions d'enseignement en profonde mutation, où la mise en œuvre de ces compétences se fait de plus en plus difficile. / In France as in Japan, the educational system for children with disabilities has undergone major changes for the last years, through the development of inclusive education, promoting enrollment in mainstream schools rather than special institutions. However, special schools have not disappeared; they are rather evolving so as to adapt to changes. This work is grounded on the idea that these transformations represent the completion of a historical trend shifting from a category-based approach of disability (in which different medical categories result in specialized treatments) to an approach that, as opposed to the latter, we can call generalist (in which categories of impairments fade into the unified category of “special educational needs”). How do special schools, deeply rooted in the category-based specialized approach, evolve in the days of generalism? We examine the specific case of Schools for the Blind, embodiments of the specialized approach. Through a French-Japanese comparison, we shed light on some gray areas of the international move towards inclusive education. Using the field of work sociology, especially the concept of “skills”, we explore the transformations of special institutions as experiences by their representatives: special teachers. Through comparison, we show that special teachers' work in these schools is no longer based on an expertise of visual disability but relies on the use of relational skills, especially involving adaptation to every child's “special educational needs”, in a context of radically changing teaching conditions, where it becomes growingly difficult to put those skills into practice. / 要旨 : 近年、フランスと日本における障害児教育制度は、インクルーシブ教育の理念に従って、特殊学校よりも通常学校での在学を推進することで、大きく変わってきた。しかし、特殊学校が全くなくなるわけではなく、特殊教育制度はその変化に応じるように形を変えてきた。本論文はその推移が「障害」の取り扱いの歴史的転換と符合するという公準を基本とする。「各障害の医療的な特性に応じる専門的な取り扱いが必要」という障害種別アプローチから「障害の諸カテゴリーが「特別なニーズ」という単一なカテゴリーに溶け込む」という逆の一般的なアプローチへの転換である。障害種別の専門性を踏まえていた特殊学校はその一般的なアプローチの時代にどう応じてきたか。本研究は障害種別アプローチの体現である盲学校を中心の課題とする。日仏比較により、インクルーシブ教育への歩みという国際現象のあまり検討されていない面を調査することを目的とする。そのために、職業社会学（特に、「能力」の理論）に基づき、盲学校の教員が見た特殊教育の変化を分析する。その結果、盲学校教員の仕事は今、視覚障害の専門性よりも「各生徒の個人的なニーズに応じる」対人関係能力を踏まえているということが示され、盲学校における教育条件の変化により、その対人関係能力の実現が難しくなりつつあることが指摘される。

Dans les essais randomisés conduits en oncologie médicale, l'effet des traitements est le plus souvent évalué sur plusieurs critères de jugement, dont un ou plusieurs critères de type temps jusqu'à événement. Une analyse globale de l'effet d'un traitement intègre les résultats observés sur l'ensemble des critères de jugement pertinent. Un des objectifs de notre travail était de réaliser une revue systématique de la littérature évaluant les méthodes de recueil, d'analyse et de rapport des événements indésirables et des critères de jugement rapportés par les patients dans les essais de phase III en oncologie médicale. Cette revue a mis en évidence une grande hétérogénéité des méthodes utilisées. De plus les rapports des essais omettaient souvent certaines informations indispensables pour évaluer la validité des résultats rapportés en toxicité ou sur les critères de jugement rapportés par les patients. Un autre objectif de cette thèse était de développer une extension de la méthode des comparaisons par paire généralisées permettant d'évaluer de façon non biaisée la propension au succès en présence de censure lorsqu'un des critères de jugement est de type temps jusqu'à événement. Cette thèse avait également pour objectif de montrer comment les comparaisons par paire pouvaient être utilisées afin d'évaluer la balance bénéfice-risque de traitements innovants dans les essais randomisés. De la même façon, la propension globale au succès permet d'évaluer le bénéfice thérapeutique global lorsqu'un effet positif est attendu sur plusieurs critères de jugement / In medical oncology randomized trials, treatment effect is usually assessed on several endpoints, including one or more time-to-event endpoints. An overall analysis of the treatment effect may include the outcomes observed on all the relevant endpoints. A systematic review of medical oncology phase III trials was conducted. We extracted the methods used to record, analyze and report adverse events and patient-reported outcomes. Our findings show that some methodological aspects of adverse events or patient-reported outcomes collection and analysis were poorly reported. Even when reported, the methods used were highly heterogeneous. Another objective was to develop an extension of the generalized pairwise comparison procedure for time-to-event variables. The extended procedure provides an unbiased estimation of the chance of a better outcome even in presence of highly censored observations. Then, we show how the chance of an overall better outcome can be used to assess the benefit-risk balance of treatment in randomized trials. When a benefit is expected on more than one endpoint, the chance of an overall better outcome assesses the overall therapeutic benefit. The test of the null hypothesis is more powerful than the test based on one single endpoint

L’analyse de la controverse sur le gaz de schiste en France et au Québec à un niveauintermédiaire (méso) permet de souligner les processus de construction et contestation sociale etpolitique des différents cadrages soutenus par les réseaux d’acteurs en concurrence. Lesdynamiques d’intéressement à l’intérieur et à l’extérieur de l’action publique illustrent lesmultiples scènes et forums dans lesquels se déploie la controverse. L’analyse de la construction dece problème public et ses diverses redéfinitions démontre le rôle central du cadrage politique descontroverses. Les solutions retenues définissent tout autant qu’elles tentent de réduire le risquerelatif à cette nouvelle industrie gazière (face à un risque cadré comme technologique en France,on observe un cadrage sur l’acceptabilité sociale au Québec). Il s’agit alors d’insisterparticulièrement sur la dimension procédurale de problématisation des enjeux au regard du recoursà la participation publique et à l’expertise scientifique. Les multiples acteurs de cette controversesont interrogés : les participants à la mobilisation sociale mais aussi les acteurs de l’industrie et desstructures politiques et administratives, afin de dresser la cartographie de leur position mais ausside leurs discours depuis les prémices de cette nouvelle activité industrielle d’exploration du gaz deschiste (2008) jusqu’aux derniers rebondissements politiques (2015). Cette recherche s’appuie surun corpus d’entretiens qualitatifs (40) mais aussi d’articles de presse écrite (2 400) ainsi que surl’analyse qualitative et quantitative des divers rapports et commissions de travail sur le gaz deschiste. / The analysis of the shale gas controversy in France and Quebec at an intermediate (meso)level stresses the social and political construction and dispute processes of the various framingssupported by contesting actors’ networks. “Interestment” dynamics both inside and outside publicpolicies show the multiple scenes and forums in which the controversy unfold. The analysis ofhow this public problem is built and its various redefinitions shows the core role of politicalframing of controversies. The solutions define as well as they reduce the risk related to this newindustry (a technological risk in France and a frame on social acceptability in Quebec). It is thenimportant to stress the procedural dimension of problematizing the stakes regarding publicparticipation and scientific expertise. This study questions the various actors of the controversy,those of social mobilization, the industry and the political and administrative structures, to mapboth their position and their discourses since the beginnings of the new industrial activity ofexploring for shale gas (2008) to the latest political developments (2015). This study is based on acorpus of qualitative interviews (40), press articles (2 400) and a qualitative and quantitativeanalysis of the various reports and committees on shale gas.

L'analyse des changements morphologiques du cerveau dans des séries temporelles d'images est un sujet important en neuroimagerie. Bien que le développement des bases de données longitudinales ait aidé à réduire la variabilité inter-individu, il reste encore de nombreux biais qui doivent être évités lors de l'estimation des évolutions longitudinales. De plus, lorsque les changements intra-sujet sont très faibles par rapport à la variabilité inter-sujet, il est crucial de savoir si les méthodes existantes peuvent capturer sans biais les changements longitudinaux. Dans la plupart des études, les changements longitudinaux sont limités à leur composante volumétrique scalaire afin d'en faciliter l'analyse. Cependant, les changements cérébraux ne sont généralement pas uniquement volumétriques et dans ce cas multivarié, l'interprétation est alors plus difficile. Cette thèse adresse ces problèmes en suivant trois axes principaux. Premièrement, nous proposons une chaîne de traitement longitudinale reposant sur la morphométrie à partir de déformations et ayant pour but d'estimer de manière robuste les changements longitudinaux. Afin d’éviter de rajouter du biais, nous détaillons tout l'enchaînement des étapes de traitement. En plus de cette contribution, nous intégrons une modification de l'algorithme de recalage non-linéaire qui consiste à masquer le terme de similarité tout en conservant la symétrie de la formulation. Cette contribution augmente la robustesse des résultats vis-à-vis des artefacts d'intensité situés en bordure du cerveau et augmente ainsi la sensibilité de l'étude statistique réalisée sur les déformations longitudinales / Analysing the progression of brain morphological changes in time series of images is an important topic in neuroimaging. Although the development of longitudinal databases has helped reducing the inter-individual variability, there still exist numerous biases that need to be avoided when capturing longitudinal evolutions. Moreover, when the intra-subject changes are very small with respect to the inter-subject variability it is crucial to know if the available methods can capture the longitudinal change with no bias. In most of the studies, these longitudinal changes are limited to scalar volumetric changes in order to ease their analysis. However, one can observe that brain changes are not limited to volumetry. In this multivariate case, the interpretation is more difficult. This thesis addresses these problems along three main axes. First, we propose a longitudinal Deformation-based Morphometry processing pipeline to robustly estimate the longitudinal changes. We detail the whole sequencing of the processing steps as they are key to avoid adding bias. In addition to this contribution we integrate a modification to the non-linear registration algorithm by masking the similarity term while keeping the symmetry of the formulation. This change increases the robustness of the results with respect to intensity artifacts located in the brain boundaries and leads to increased sensitivity of the statistical study on the longitudinal deformations. The proposed processing pipeline is based on freely available software and tools so that it is fully reproducible

Le maintien ou l'amélioration de la biodiversité est un des objectifs importants de la gestion forestière durable. La flore du sous-bois, qui représente la partie la plus diversifiée de la flore dans les forêts tempérées, joue des rôles écologiques importants. Pourtant, elle pourrait être impactée par l'augmentation de la mécanisation de la gestion forestière. A l'échelle de la parcelle, nous avons étudié en forêt de Montargis les effets simples et combinés de caractéristiques du peuplement et de la surface en cloisonnement sur la diversité floristique du sous-bois (richesse et abondance). Les caractéristiques du peuplement (type de peuplement ou surface terrière des essences à étaient les meilleurs indicateurs de la diversité du sous-bois. La surface des cloisonnements avait un effet négligeable. A plus petite échelle – à l’intérieur du cloisonnement – nous avons étudié la réponse statistique de la diversité du sous-bois à la position dans ou hors du cloisonnement, à des facteurs micro-environnementaux (humidité du sol, compaction du sol, lumière) et aux caractéristiques du peuplement. A cette échelle, les meilleurs modèles incluaient pour les groupes écologiques la position par rapport au cloisonnement, l’humidité du sol et/ou la compaction du sol, selon le groupe écologique considéré. Au niveau espèce, la position par rapport au cloisonnement était le facteur dominant. Globalement, les cloisonnements avaient soit pas d’effet soit un impact positif sur la diversité floristique de sous-bois. Ces résultats ont dépendants du contexte écologique et historique de la forêt de Montargis. L’utilisation d’engins plus lourds ou des passages répétés sur une plus longue période pourraient changer ces conclusions. / Maintaining or improving biodiversity is an important goal of sustainable forest management.Ground flora, which is responsible for most floristic diversity in temperate forests, plays multiple important roles in biodiversity but may be impacted by the increasing mechanisation of forest practices. At stand scale, we investigated in Montargis forest the individual and combined effects of tree stand attributes and skid trail area on ground flora diversity. Tree stand attributes (stand type or basal area) were the best indicators of ground flora diversity, depending on the successional traits or light preference of the species group. The effects of skid trail area were negligible. At finer scale, we studied plant response to skid trail disturbance (represented by subplot on and off skid trails), micro-environmental factors (soil moisture, soil compaction, light) and stand attribute (stand type, basal area). The best models for ecological groups included subplot location, soil moisture or soil compaction, depending on which ecological groups (classified by life form, seed bank persistence, light and moisture requirements) the species belonged to. Stand type as a covariate played a significantly important role in fine-scale diversity pattern. Subplot location was the dominant factor at species level. In conclusion, skid trails had either no impact or a positive impact on ground flora diversity. These results are dependent on the context of Montargis forest (ecological and historical), especially that mechanized harvesting is relatively recent. The employment of heavier machines and increased number of passages is likely to happen. This might induce greater soil compaction and negative effects on plant.

Le traitement des déchets alimentaires (FW) par digestion anaérobie peut conduire à une production d'énergie couplée à une réduction des émissions de volume et de gaz à effet de serre à partir de ce type de déchets. Néanmoins, l'obtention de la récupération du méthane la plus élevée possible dans un temps plus court avec un fonctionnement stable est difficile. Pour surmonter les obstacles de la MA de divers procédés de pré-traitement FW, la supplémentation en oligo-éléments, bioaugmentation utilisant la bouse des animaux de zoo et la comparaison des configurations de réacteurs, y compris une étape ou en deux réacteurs à cuve agités en continu (CSTR) et un réacteur à membrane anaérobie (AnMBR ) ont été étudiées dans le cadre de la présente recherche. Sur la base des résultats des expériences de traitement par lots, de pré-traitement thermique à 80 ° C pendant 1,5 heure cédés> 50% augmentation de la production de biométhane, et il a été trouvé à être plus économe en énergie que l'ozonation ou prétraitements de choc thermophiles. Parmi les différentes concentrations testées et les oligo-éléments, Fe (II) et Se (VI) des concentrations de 25 à 50 ug / L ont donné lieu à 39 et 35% d'augmentation de la production de biométhane, respectivement. Une meilleure solubilisation des protéines (6,96 ± 2,76% de plus) et de glucides récalcitrants (344,85 ± 54,31 mg / L par rapport à zéro) pourrait être obtenue avec bioaugmentation de girafe fumier (30% en volume), qui a donné un 11,24 ± 4,51% de plus production de biométhane. Un CSTR à deux étages avec digestat re-circulation de meilleurs résultats que d'un stade en raison de sa (i) une meilleure capacité d'auto-ajustement du pH; (ii) une plus grande résistance aux chocs de charge organique; (iii) de près de 100% de matières solides volatiles a été destryoed par rapport à 71% en CSTR une étape; (iv) 50 à 60% de teneur en méthane a été obtenu, alors qu'il était de 40 à 50% en une seule étape CSTR; (c) une petite quantité d'hydrogène a également été détectée à partir de la première étape du réacteur à deux étages qui en fait un système attrayant pour la production de biohythane. Bien que la séparation physique des méthanogènes rendus plus sensibles à des facteurs inhibiteurs, tels que l'ammonium et l'acide propionique. En outre, le temps de rétention hydraulique (HRT) est encore une chute de ces systèmes, d'où une AnMBR équipé d'une membrane de fluorure de vinylidène courant latéral a été proposé et exploité avec succès pour 100 d. Merci de membranes HRT a pu être réduite de 20 d à 1d, tout en conservant un rendement global d'élimination de> 97% de la demande en oxygène influent chimique (COD) et a abouti à une production de biogaz supérieure à 70% de teneur en méthane / Treatment of food waste by anaerobic digestion can lead to an energy production coupled to a reduction of the volume and greenhouse gas emissions from this waste type. Nevertheless, obtaining the highest possible methane recovery in a shorter time with a stable operation is challenging. To overcome the hurdles of AD of FW various pretreatment methods, supplementation of trace elements, bioaugmentation using zoo animals' dung and comparison of reactor configurations including one-stage and two-stage continuously stirred tank reactors (CSTR) as well as anaerobic membrane reactor (AnMBR) were studied in the scope of this research. Based on the results of the batch experiments, thermal pretreatment at 80°C for 1.5 hours yielded 46 – 52% higher biomethane production, and it is more energy efficient than ozonation or thermophilic shock pretreatments. Among the various tested concentrations and trace elements Fe (II) and Se (VI) concentrations of 25-50 ug/L resulted in 39 and 35% increase of biomethane production, respectively. A better solubilization of proteins (6.96 ± 2.76% more) and recalcitrant carbohydrates (344.85 ± 54.31 mg/L as compared to zero) could be obtained with bioaugmentation of giraffe dung (30% by volume), which yielded a 11.24 ± 4.51% higher biomethane production. A two-stage CSTR with digestate re-circulation performed better than one-stage with (i) a better pH self-adjusting capacity; (ii) a higher resistance to organic loading shocks; (iii) almost 100% volatile solids was destroyed as compared to 71% in one-stage CSTR; (iv) 50-60% methane content was obtained, while it was 40-50% in one-stage CSTR; (v) a small amount of hydrogen was also detected from the first stage of the two-stage reactor making it an attractive biohythane production system. Although physically separating the methanogens made them more sensitive to inhibitory factors, such as ammonium and propionic acid. Moreover, the long hydraulic retention time (HRT) is still the problem with these systems, hence an AnMBR equipped with a side-stream polyvinylidene fluoride membrane was proposed and a successful operation was achieved. Thanks to the membranes the HRT was able to be reduced from 20 d to 1d, while maintaining an overall removal efficiency of >97% of the influent chemical oxygen demand (COD) and yielded a higher biogas production with 70% methane content

Dans cette thèse, nous cherchons à caractériser les facteurs de transcription de la plante Arabidopsis thaliana, gènes importants pour la régulation de l'expression du génome. À l'aide de données d'expression, notre objectif biologique est de classer ces facteurs de transcription en groupes de gènes co-régulateurs et en groupes de gènes co-régulés. Nous procédons en deux phases pour y parvenir. La première phase consiste à construire un réseau de régulation entre les facteurs de transcription. La seconde phase consiste en la classification des facteurs de transcription selon les liens de régulation établis par ce réseau. D'un point de vue statistique, les facteurs de transcription sont les variables et les données d'expression sont les observations. Nous représentons le réseau à inférer par un graphe orienté dont les nœuds sont les variables. L'estimation de ses arêtes est vue comme un problème de sélection de variables en grande dimension avec un faible nombre d'unités statistiques. Nous traitons ce problème à l'aide de régressions linéaires pénalisées de type LASSO. Une approche préliminaire qui consiste à sélectionner un ensemble de variables du chemin de régularisation par le biais de critères de vraisemblance pénalisée s'avère être instable et fournit trop de variables explicatives. Pour contrecarrer cela, nous proposons et mettons en compétition deux procédures de sélection, adaptées au problème de la haute dimension et mêlant régression linéaire pénalisée et rééchantillonnage. L'estimation des différents paramètres de ces procédures a été effectuée dans le but d'obtenir des ensembles de variables stables. Nous évaluons la stabilité des résultats à l'aide de jeux de données simulés selon notre modèle graphique. Nous faisons appel ensuite à une méthode de classification non supervisée sur chacun des graphes orientés obtenus pour former des groupes de nœuds vus comme contrôleurs et des groupes de nœuds vus comme contrôlés. Pour évaluer la proximité entre les classifications doubles des nœuds obtenus sur différents graphes, nous avons développé un indice de comparaison de couples de partition dont nous éprouvons et promouvons la pertinence. D'un point de vue pratique, nous proposons une méthode de simulation en cascade, exigée par la complexité de notre modèle et inspirée du bootstrap paramétrique, pour simuler des jeux de données en accord avec notre modèle. Nous avons validé notre modèle en évaluant la proximité des classifications obtenues par application de la procédure statistique sur les données réelles et sur ces données simulées. / This thesis deals with the characterisation of key genes in gene expression regulation, called transcription factors, in the plant Arabidopsis thaliana. Using expression data, our biological goal is to cluster transcription factors in groups of co-regulator transcription factors, and in groups of co-regulated transcription factors. To do so, we propose a two-step procedure. First, we infer the network of regulation between transcription factors. Second, we cluster transcription factors based on their connexion patterns to other transcriptions factors.From a statistical point of view, the transcription factors are the variables and the samples are the observations. The regulatory network between the transcription factors is modelled using a directed graph, where variables are nodes. The estimation of the nodes can be interpreted as a problem of variables selection. To infer the network, we perform LASSO type penalised linear regression. A preliminary approach selects a set of variable along the regularisation path using penalised likelihood criterion. However, this approach is unstable and leads to select too many variables. To overcome this difficulty, we propose to put in competition two selection procedures, designed to deal with high dimension data and mixing linear penalised regression and subsampling. Parameters estimation of the two procedures are designed to lead to select stable set of variables. Stability of results is evaluated on simulated data under a graphical model. Subsequently, we use an unsupervised clustering method on each inferred oriented graph to detect groups of co-regulators and groups of co-regulated. To evaluate the proximity between the two classifications, we have developed an index of comparaison of pairs of partitions whose relevance is tested and promoted. From a practical point of view, we propose a cascade simulation method required to respect the model complexity and inspired from parametric bootstrap, to simulate data under our model. We have validated our model by inspecting the proximity between the two classifications on simulated and real data.