Die Recurrence Quantification Analysis (RQA) ist eine Methode aus der nicht-linearen Zeitreihenanalyse. Im Mittelpunkt dieser Methode steht die Auswertung des Inhalts sogenannter Rekurrenzmatrizen. Bestehende Berechnungsansätze zur Durchführung der RQA können entweder nur Zeitreihen bis zu einer bestimmten Länge verarbeiten oder benötigen viel Zeit zur Analyse von sehr langen Zeitreihen. Diese Dissertation stellt die sogenannte skalierbare Rekurrenzanalyse (SRA) vor. Sie ist ein neuartiger Berechnungsansatz, der eine gegebene Rekurrenzmatrix in mehrere Submatrizen unterteilt. Jede Submatrix wird von einem Berechnungsgerät in massiv-paralleler Art und Weise untersucht. Dieser Ansatz wird unter Verwendung der OpenCL-Schnittstelle umgesetzt. Anhand mehrerer Experimente wird demonstriert, dass SRA massive Leistungssteigerungen im Vergleich zu existierenden Berechnungsansätzen insbesondere durch den Einsatz von Grafikkarten ermöglicht. Die Dissertation enthält eine ausführliche Evaluation, die den Einfluss der Anwendung mehrerer Datenbankkonzepte, wie z.B. die Repräsentation der Eingangsdaten, auf die RQA-Verarbeitungskette analysiert. Es wird untersucht, inwiefern unterschiedliche Ausprägungen dieser Konzepte Einfluss auf die Effizienz der Analyse auf verschiedenen Berechnungsgeräten haben. Abschließend wird ein automatischer Optimierungsansatz vorgestellt, der performante RQA-Implementierungen für ein gegebenes Analyseszenario in Kombination mit einer Hardware-Plattform dynamisch bestimmt. Neben anderen Aspekten werden drastische Effizienzgewinne durch den Einsatz des Optimierungsansatzes aufgezeigt. / Recurrence quantification analysis (RQA) is a method from nonlinear time series analysis. It relies on the identification of line structures within so-called recurrence matrices and comprises a set of scalar measures. Existing computing approaches to RQA are either not capable of processing recurrence matrices exceeding a certain size or suffer from long runtimes considering time series that contain hundreds of thousands of data points. This thesis introduces scalable recurrence analysis (SRA), which is an alternative computing approach that subdivides a recurrence matrix into multiple sub matrices. Each sub matrix is processed individually in a massively parallel manner by a single compute device. This is implemented exemplarily using the OpenCL framework. It is shown that this approach delivers considerable performance improvements in comparison to state-of-the-art RQA software by exploiting the computing capabilities of many-core hardware architectures, in particular graphics cards. The usage of OpenCL allows to execute identical SRA implementations on a variety of hardware platforms having different architectural properties. An extensive evaluation analyses the impact of applying concepts from database technology, such memory storage layouts, to the RQA processing pipeline. It is investigated how different realisations of these concepts affect the performance of the computations on different types of compute devices. Finally, an approach based on automatic performance tuning is introduced that automatically selects well-performing RQA implementations for a given analytical scenario on specific computing hardware. Among others, it is demonstrated that the customised auto-tuning approach allows to considerably increase the efficiency of the processing by adapting the implementation selection.

Ljudski genom sadrži milijune regulatornih elemenata - enhancera - koji kvantitativno reguliraju ekspresiju gena. Unatoč ogromnom napretku u razumijevanju načina na koji enhanceri reguliraju ekspresiju gena, području još uvijek nedostaje pristup koji je sustavan, integrativan i dostupan za otkrivanje i dokumentiranje cis-regulatornih odnosa u cijelom genomu. Razvili smo novu računalnu metodu - reg2gene - koja modelira i integrira aktivnost enhancera~ekspresije gena. reg2gene sastoji se od tri glavna koraka: 1) kvantifikacija podataka, 2) modeliranje podataka i procjena značaja, i 3) integracija podataka prikupljenih u reg2gene R paketu. Kao rezultat toga, identificirali smo dva skupa enhancer-gen interakcija (EGA): fleksibilni skup od ~ 230K EGA (flexibleC) i strogi skup od ~ 60K EGA (stringentC). Utvrdili smo velike razlike u prethodno objavljenim računalnim modelima enhancer-gen interakcija; uglavnom u lokaciji, broju i svojstvima definiranih enhancera i EGA. Izveli smo detaljno mjerenje performansi sedam skupova računalno modeliranih EGA-a, ali smo pokazali da se niti jedan od trenutno dostupnih skupova referentnih podataka ne može koristiti kao referentni skup podataka "zlatnI standard". Definirali smo dodatni referentni skup pozitivnih i negativnih EGA -a pomoću kojih smo pokazali da stringentC ima najveću pozitivnu prediktivnu vrijednost (PPV). Pokazali smo potencijal EGA-a za identifikaciju genskih meta nekodirajucih SNP-ova. Proveli smo funkcionalnu analizu kako bismo otkrili nove genske mete, pleiotropiju enhancera i mehanizme aktivnosti enhancera. Ovaj rad poboljšava naše razumijevanje regulacije ekspresije gena posredovane enhancerima. / Das menschliche Genom enthält Millionen von regulatorischen Elementen - Enhancern -, die die Genexpression quantitativ regulieren. Trotz des enormen Fortschritts beim Verständnis, wie Enhancer die Genexpression steuern, fehlt es in diesem Bereich immer noch an einem systematischen, integrativen und zugänglichen Ansatz zur Entdeckung und Dokumentation von cis-regulatorischen Beziehungen im gesamten Genom. Wir haben eine neuartige Methode - reg2gene - entwickelt, die Genexpression~Enhancer-Aktivität modelliert und integriert. reg2gene besteht aus drei Hauptschritten: 1) Datenquantifizierung, 2) Datenmodellierung und Signifikanzbewertung und 3) Datenintegration, die in dem R-Paket reg2gene zusammengefasst sind. Als Ergebnis haben wir zwei Sätze von Enhancer-Gen-Assoziationen (EGAs) identifiziert: den flexiblen Satz von ~230K EGAs (flexibleC) und den stringenten Satz von ~60K EGAs (stringentC). Wir haben große Unterschiede zwischen den bisher veröffentlichten Berechnungsmodellen für Enhancer-Gene-Assoziationen festgestellt, vor allem in Bezug auf die Lage, die Anzahl und die Eigenschaften der definierten Enhancer-Regionen und EGAs. Wir führten ein detailliertes Benchmarking von sieben Sets von rechnerisch modellierten EGAs durch, zeigten jedoch, dass keiner der derzeit verfügbaren Benchmark-Datensätze als "goldener Standard" verwendet werden kann. Wir definierten einen zusätzlichen Benchmark-Datensatz mit positiven und negativen EGAs, mit dem wir zeigten, dass das stringentC-Modell den höchsten positiven Vorhersagewert (PPV) hatte. Wir haben das Potenzial von EGAs zur Identifizierung von Genzielen von nicht-kodierenden SNP-Gene-Assoziationen nachgewiesen. Schließlich führten wir eine funktionelle Analyse durch, um neue Genziele, Enhancer-Pleiotropie und Mechanismen der Enhancer-Aktivität zu ermitteln. Insgesamt bringt diese Arbeit unser Verständnis der durch Enhancer vermittelten Regulierung der Genexpression in Gesundheit und Krankheit voran. / Human genome contains millions of regulatory elements - enhancers - that quantitatively regulate gene expression. Multiple experimental and computational approaches were developed to associate enhancers with their gene targets. Despite the tremendous progress in understanding how enhancers tune gene expression, the field still lacks an approach that is systematic, integrative and accessible for discovering and documenting cis-regulatory relationships across the genome. We developed a novel computational approach - reg2gene- that models and integrates gene expression ~ enhancer activity. reg2gene consists of three main steps: 1) data quantification, 2) data modelling and significance assessment, and 3) data integration gathered in the reg2gene R package. As a result we identified two sets of enhancer-gene associations (EGAs): the flexible set of ~230K EGAs (flexibleC), and the stringent set of ~60K EGAs (stringentC). We identified major differences across previously published computational models of enhancer-gene associations; mostly in the location, number and properties of defined enhancer regions and EGAs. We performed detailed benchmarking of seven sets of computationally modelled EGAs, but showed that none of the currently available benchmark datasets could be used as a “golden-standard” benchmark dataset. To account for that observation, we defined an additional benchmark set of positive and negative EGAs with which we showed that the stringentC model had the highest positive predictive value (PPV) across all analyzed computational models. We reviewed the influence of EGA sets on the functional analysis of risk SNPs and demonstrated the potential of EGAs to identify gene targets of non-coding SNP-gene associations. Lastly, we performed a functional analysis to detect novel gene targets, enhancer pleiotropy, and mechanisms of enhancer activity. Altogether, this work advances our understanding of enhancer-mediated gene expression regulation in health and disease.

Zitationsnetzwerke akademischer Publikationen werden zur Themenerkennung und -verfolgung mittels bibliometrischer Verfahren erstellt und zerteilt. Ergebnisse können jedoch nicht gegen eine Grundwahrheit geprüft werden. In vielen Arbeiten des Feldes fehlt es an Argumentation, Dokumentation und Validation für Entscheidungen im Prozess der Datenverarbeitung. Die Dissertation geht mit einem umfassenden Literaturreview und programmierten Experimenten in die Tiefe und identifiziert Abhängigkeiten. Diese Forschungsfragen werden beantwortet: #1 Welche Variablen beeinflussen die Themenerkennung und -verfolgung? #2 Welche Variablenwerte werden in der Literatur berichtet und wie wird gemessen? #3 In welchem Ausmaß unterscheiden sich Ergebnisse verschiedener Konfigurationen? Kapitel 1 führt in die Problematik ein und stellt Kontext her. In Kapitel 2 werden Annahmen der Bibliometrie beispielhaft seziert und das tatsächliche Zitationsverhalten aus Studien zusammengetragen. Kapitel 3 behandelt Datenquellen, deren Probleme und Selektion als Abhängigkeit. Kapitel 4 betrachtet verschiedene Aspekte von Forschungssoftware, die in bisherigen Untersuchungen als Einflussfaktor unterrepräsentiert blieb und schließt mit einem Review relevanter Software. Kapitel 5 behandelt verbreitete Datenmodelle und Algorithmen und dokumentiert Validations- und Vergleichstechniken. Im Kapitel 6 werden Ansätze zur Themenverfolgung diskutiert und Cluster Labels werden als Abhängigkeit identifiziert. Kapitel 7 zeigt die Datenquelle, Softwarekonfigurationen, Datenmodelle, Algorithmen und Vergleichsmethoden als Einflussfaktoren auf. Nur wenige Cluster ähneln sich in einer Weise, dass man vom "gleichen" Thema sprechen könnte. Die Arbeit zeigt, dass jede Prozessentscheidung Einfluss auf das Endergebnis nimmt und die weit verbreiteten Themenerkennungsstudien kaum mehr als lokale und stark subjektive Datenexplorationen sind. / Scholarly publications are used to construct citation-based networks and cluster algorithms are utilized to delineate topics from such networks. Topics are also investigated for development over time. Since there is no baseline, results validation is not trivial. Many scientometric publications lack argumentation, documentation and validation of decisions made in the processw. The dissertation provides an extensive literature review and reports programmed experiments for the identification of process dependencies. The following research questions are answered: #1 Which variables affect the outcome of topic delineation and tracking? #2 What variable values are reported in the literature and how are they measured? #3 To what extent does topic delineation and tracking yield different results for varied configurations? Chapter 1 introduces the situation and provides context of research evaluation. In chapter 2 we dissect assumptions and collect evidence about actual citation behavior. Chapter 3 deals with data sources, their problems and data utliziation as a dependency. Chapter 4 covers research software as an underreported dependency and reviews selected bibliometric applications. Chapter 5 discusses several suggested data models and algorithms including validation and comparison techniques. In chapter 6 we document topic tracking approaches, their influence and the cluster labels as dependencies. Chapter 7 reports the data model, software configurations, algorithms and comparison methods as dependencies. Only a miniscule number of clusters are similar enough to represent the 'same topic'. The dissertation showcases, that every decision in a topic delineation and tracking process affects the results. Scientometric topic delineation and tracking studies should be considered local and highly subjective data exploration exercises.

In der akademischen Fachliteratur existieren kaum Forschungsergebnisse zu One-to-One-Marketing, die auf Anwendungen im Einzelhandel ausgerichtet sind. Zu den Hauptgründen zählen, dass Ansätze nicht auf die Größe typischer Einzelhandelsanwendungen skalieren und dass die Datenverfügbarkeit auf Händler und Marketing-Systemanbieter beschränkt ist. Die vorliegende Dissertation entwickelt neue deskriptive, prädiktive und präskriptive Modelle für automatisiertes Target Marketing, die auf Representation Learning und Deep Learning basieren, und untersucht deren Wirksamkeit in Praxisanwendungen. Im ersten Schritt zeigt die Arbeit, dass Representation Learning in der Lage ist, skalierbar Marktstrukturen zu analysieren. Der vorgeschlagene Ansatz zur Visualisierung von Marktstrukturen ist vollständig automatisiert und existierenden Methoden überlegen. Die Arbeit entwickelt anschließend ein skalierbares, nichtparametrisches Modell, das Produktwahl auf Konsumentenebene für alle Produkte im Sortiment großer Einzelhändler vorhersagt. Das Deep Neural Network übertrifft die Vorhersagekraft existierender Benchmarks und auf Basis des Modells abgeleitete Coupons erzielen signifikant höhere Umsatzsteigerungen. Die Dissertation untersucht abschließend eine Coupon-Engine, die auf den entwickelten Modellen basiert. Der Vergleich personalisierter Werbeaktionen mit Massenmarketing belegt, dass One-to-One Marketing Einlösungsraten, Umsätze und Gewinne steigern kann. Eine Analyse der Kundenreaktionen auf personalisierte Coupons im Rahmen eines Kundenbindungsprogrammes zeigt, dass personalisiertes Marketing Systemnutzung erhöht. Dies illustriert, wie Target Marketing und Kundenbindungsprogramme effizient kombiniert werden können. Die vorliegende Dissertation ist somit sowohl für Forscher als auch für Praktiker relevant. Neben leistungsfähigeren Modellansätzen bietet diese Arbeit relevante Implikationen für effizientes Promotion-Management und One-to-One-Marketing im Einzelhandel. / Research on one-to-one marketing with a focus on retailing is scarce in academic literature. The two main reasons are that the target marketing approaches proposed by researchers do not scale to the size of typical retail applications and that data regarding one-to-one marketing remain locked within retailers and marketing solution providers. This dissertation develops new descriptive, predictive, and prescriptive marketing models for automated target marketing that are based on representation learning and deep learning and studies the models’ impact in real-life applications. First, this thesis shows that representation learning is capable of analyzing market structures at scale. The proposed approach to visualizing market structures is fully automated and superior to existing mapping methods that are based on the same input data. The thesis then proposes a scalable, nonparametric model that predicts product choice for the entire assortment of a large retailer. The deep neural network outperforms benchmark methods for predicting customer purchases. Coupon policies based on the proposed model lead to substantially higher revenue lifts than policies based on the benchmark models. The remainder of the thesis studies a real-time offer engine that is based on the proposed models. The comparison of personalized promotions to non-targeted promotions shows that one-to-one marketing increases redemption rates, revenues, and profits. A study of customer responses to personalized price promotions within the retailer’s loyalty program reveals that personalized marketing also increases loyalty program usage. This illustrates how targeted price promotions can be integrated smoothly into loyalty programs. In summary, this thesis is highly relevant for both researchers and practitioners. The new deep learning models facilitate more scalable and efficient one-to-one marketing. In addition, this research offers pertinent implications for promotion management and one-to-one marketing.