This work presents a study developed on four composites dihydro pyranc , (4 hydroxy 6 propenyl 5,6 dihydro pyran 2-one ; 4-metoxy 6 phenyl 5,6 dihydro pyran 2-one; 6,6 diphenyl-dihydro pyran 2,4-dione; 5,6 diphenyl dihydro pyran 2,4-dione), respectively called in this work (unofficial) forms f1, f2, f3 e f4. These compounsds were synthesized by Msc Laura Cristiane de Souza on the LaSO laboratory of Universidade Federal de Alagoas (UFAL), which is supervised by Prof. Dr. Dennis de Oliveira Imbrosi. The collected intensities had been measured using radiation monochromatot by a graphite crystal. The compound 4 Hydroxy 6 propenyl 5,6 dihydro pyran 2 - one (f1), possess molecular formula ( C8H10O3 ) and crystallize in the monoclinic system. It has space group P21/c with the following crystallographic parameters: a= 5.1638(8)Å, b=19.1787(10)Å , C=7.5837(4)Å; β =104.540 (2)°, v=757.32(6)Å3; z= 4 for unitary cell; D=1.352g/cm3. 2538 reflections were collected with diffractometer kappa CCD (Enraf Nonius), being 1338 independent reflections. After the refinement it was got an final reliability index of 0.0706. The compound 4 Metoxy 6 phenyl 5,6 dihydro pyran 2 - one, (f2), has molecular formula (C12H12O3). It crystallizes in the system monoclinic, space group P21/c with the following crystallographic parameters: a = (5.669(2)Å, B=9.16(3)Å, C=19.91(4)Å, β=94.49(3)°, v=1026,(5)Å3; Z=4 for unitary cell; D=1.21 g/cm³. 4386 reflections were collected with diffractometer Kappa CCD (Enraf Norius), with 2334 independent reflections. The refinement gave an index of final discordance of 0.0522. The compound 6,6 Diphenyl - dihydro pyran 2,4 - dione, (f3) with molecular formula (C17H14O3) crystallizes in the monoclinic system ; space group P21/c, with following crystallographic parameters: a= 5.1638(8)Å, b=19.1787 (10)Å, C=7.5837(4)Å; β = 104.540(2)°, v=757.32(6)Å3; z=4 for unitary cell; D=1.352g/cm3 13034 reflections were collectedwith difratômetro kappa CCD (Enraf Nonious), being 3046 independent reflections these intensities. The refinement gave a final index of discordance of 0.0683. The compound 5,6 Diphenyl dihydro pyran 2,4 - dione, (f4) with molecular formula (C17H14O3) it crystallizes in the monoclinic system ; space group P21/c with following crystallographic parameters: a= 8.9939(2)Å, b=8.2312(4)Å; C=18.9044(8)Å; β=101.412(2)°,v=1371.84(9)ų; z=4 for unitary cell; D=1.289g/cm³. 5298 reflections were collected with diffractometer kappa CCD (Enraf Nonious), being 3113 independent reflections these intensities. The refinement gave a final index of discordance of 0.0491 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Este trabalho apresenta um estudo cristalográfico desenvolvido sobre quatro compostos diidro pirânicos, (4-hidroxi-6-propenil-5,6-diidro-piran-2-ona; 4-metoxi-6- fenil-5,6-diidro-piran 2-ona; 6,6 difenil-dihidro piran 2,4- diona; 5,6 difenil diidro piran 2,4-diona), respectivamente denominados neste trabalho de forma não oficial por f1, f2, f3 e f4. Estes compostos foram sintetizados e preparadas pela Professora Ms. Laura Cristiane de Souza. no laboratório Laboratório de Síntese Orgânica (LaSO ) da Universidade Federal de Alagoas de responsabilidade do Professor Dr. Dennis de Oliveira Imbroisi. As intensidades coletadas dos compostos f1, f2, f3 e f4 foram medidas utilizando-se a radiação monocromatizada por um cristal de grafite. O Composto 4-hidroxi-6-propenil-5,6-diidro-piran-2-ona; (f1), possui fórmula molecular (C8H10O3), cristaliza no sistema monoclínico; grupo espacial P21/c com os seguintes parâmetros cristalográficos: a = 5,1638(2)Å , b = 19,9787(10)Å, c = 7,5837(4)Å ; β= 104,540(2)0 , V= 757,32(6)Å3 ; Z = 4 moléculas por cela unitária; D = 1,352 g/cm3. Foram coletadas 2538 reflexões com o difratômetro Kappa CCD (Enraf Nonius), sendo 1338 reflexões independentes. Obteve-se no refinamento um índice de discordância final de 0,0706. O composto 4-metoxi-6-fenil-5,6-diidro-piran 2-ona, (f2), possui fórmula molecular (C12H12O3) cristaliza no sistema monoclínico, grupo espacial P21/c com os seguintes parâmetros cristalográficos: a = 5,669(2)Å, b = 9,16(3)Å, c = 19,91(4)Å , β = 94,49(3)0 , V= 1026,(5)Å3 ; Z = 4 por cela unitária; D = 1,21 g/cm3. Foram coletadas 4386 reflexões com o difratômetro Kappa CCD (Enraf Nonius), sendo 2334 reflexões independentes. No refinamento obteve-se um índice de discordância final de 0,0522. O composto 6,6 difenil-dihidro piran 2,4-diona,(f3) com fórmula molecular (C17H14O3) cristaliza no sistema monoclínico, grupo espacial P21/c com os seguintes parâmetros cristalográficos: a = 10,7556(3)Å; b= 10,2904(3) Å; c = 12,1728(3)Å; β = 95,364(2)0 ; V= 1341,38(6) Å3; Z = 4 por cela unitária; D = 1,319 g/cm3. Foram coletadas 13034 reflexões com o difratômetro Kappa CCD (Enraf Nonius), sendo 3046 reflexões independentes essas intensidades. Obteve-se no refinamento um índice de discordância final de 0,0683. O composto 5,6 difenil diidro piran 2,4-diona, (f4) com fórmula molecular (C17H14O3) cristaliza no sistema monoclínico, grupo espacial P21/c com os seguintes parâmetros cristalográficos: a = 8,9939(2)Å; b = 8,2312(4) Å; c = 18,9044(8)Å; β = 101,412(2)0; V= 1371,84(9)Å3 ; Z = 4 por cela unitária; D = 1,289 g/cm3. Foram coletadas 5298 reflexões com o difratômetro Kappa CCD (Enraf Nonius), sendo 3113 reflexões independentes. No refinamento obteve-se um índice de discordância final de 0,0491

BEZERRA, Maria Júlia Barbosa. Resolução da estrutura tridimensional da lectina de Dioclea violacea Mart para estudo da relação estrutura-função. 2011. 71 f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2011. / Submitted by Eric Santiago (erichhcl@gmail.com) on 2016-06-29T12:46:55Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_mjbbezerra.pdf: 3567822 bytes, checksum: 02df5a11f781364615e5b2190b539688 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-08-02T20:12:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_mjbbezerra.pdf: 3567822 bytes, checksum: 02df5a11f781364615e5b2190b539688 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-02T20:12:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_mjbbezerra.pdf: 3567822 bytes, checksum: 02df5a11f781364615e5b2190b539688 (MD5) Previous issue date: 2011 / Lectins from subtribe Diocleinae belong to the family from Leguminosae and are characterized by high homology among their amino acid sequences. Despite this high structural similarity the same is not true in the biological activities from this lectin family. Studies show that the modification of a few amino acids can cause large changes in biological activities of these lectins. Thus more detailed understanding of three dimensional structures of these proteins is essential for structure/function analyses. The Dioclea violacea lectin was purified by affinity chromatography on a column of Sephadex G-50. The protein was crystallized in the presence of the ligand X-Man and the crystals were obtained by the vapor diffusion method in hanging drop by sparse matrix. Crystallization kits “Crystal Screen I and II” from Hampton Research were used to obtain protein crystals and the better condition was 33 from kit I4 M sodium formate. The crystal was diffracted to 2.61Å with space group I222 with unit cell dimensions a = 61.34; b = 66.11; c = 106.69Å and α = β = γ = 90º. It was observed the presence of a monomer in asymmetric unit containing 42.04% of solvent in the crystal. The molecular replacement was made using Dioclea rostrata structure (PDB: 2ZBJ). The final refinement obtained Rfactorof 0.23 and Rfree of 0.27 in absence of any amino acid in regions not allowable in Ramachandran plot. The structure of X-Man was co-crystallized and observed perfectly placed in the carbohydrate recognition domain. Regarding the balance of the dimmer-tetramer associations of plant lectins, the lectin from Dioclea violacea has the amino acid HIS 131 and the position of HIS 51 is similar to the same amino acid in Dioclea grandiflora lectin, characterizing these lectins as a tetramer even at low pH. It was made comparisons between the differences in biological activities of other lectins from Diocleainae and the distances of the residues from carbohydrate site. It was observed that differences in biological activities in vasorelaxant effects on vascular smooth muscle are probably related to the distances between the residues that compose the carbohydrate domain. / As lectinas da subtribo Diocleinae pertencem à família de Leguminosas e são caracterizadas pela alta homologia entre suas sequências de aminoácidos. Apesar da alta similaridade estrutural o mesmo não acontece nas atividades biológicas das lectinas dessa família. Estudos mostram que a modificação de poucos aminoácidos em suas sequências é capaz de provocar grandes alterações nas atividades biológicas dessas lectinas, dessa forma o entendimento mais detalhado das estruturas tridimensionais dessas proteínas é essencial para a análise da relação entre estrutura e função. A lectina de Dioclea violacea foi purificada por cromatografia de afinidade em coluna de Sephadex G-50. A proteína foi cristalizada na presença do ligante X-Man e os cristais foram obtidos pelo método de difusão de vapor em matriz esparsa por gota suspensa. Foram utilizando os kit “cristal screen” I e II da Hampton Research e a condição que obteve melhor cristal foi a condição 33 do kit I composta por 4M Formato de sódio. O cristal foi difratado a 2,61Å e apresenta grupo espacial I222 com cela unitária com dimensões de a = 61,34, b = 66,11, c = 106,69Å e ângulos de α = β = γ = 90º. Foi observada a presença de um monômero na unidade assimétrica contendo 42,04% de solvente no cristal. A substituição molecular foi feita utilizando a estrutura da lectina de Dioclea rostrata (PDB: 2ZBJ). O refinamento final obteve Rfactor de 0,23 e Rfree de 0,27 com ausência aminoácidos em regiões não permitidas do gráfico de Ramachandran. O ligante X-Man foi co-cristalizado e sua estrutura foi observada perfeitamente encaixada no domínio de reconhecimento a carboidratos. Em relação ao equilíbrio dímero tetrâmero, a lectina de Dioclea violacea apresenta o aminoácido HIS 131 e a posição da HIS 51 é semelhante ao mesmo aminoácido da Dioclea grandiflora, caracterizando esta lectina como tetrâmero mesmo em pH baixo. Foram feitas comparações entre as atividades biológicas de outras lectinas do gênero Dioclea e as distâncias entre os resíduos do sítio de ligação a carboidrato. Essa analise mostrou que a variação nessas distâncias influi no efeito e eficácia da atividade vasorelaxante em aorta de ratos.

Made available in DSpace on 2016-04-20T12:39:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 rafael_soares_ioc_mest_2015.pdf: 5479188 bytes, checksum: f6ce23593dd41a10564934ddfa4bd278 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O receptor P2X7, contido na família de receptores P2, é um receptor inotrópico purinérgico, cátion seletivo, ativado por nucleotídeos (ATP). Esses receptores são expressos em células do sistema nervoso central, periférico e células da linhagem hematopoiética além de estarem envolvidos em diversos processos biológicos como a transdução de sinais da dor, participação na inflamação granulomatosa, dentre outros. Dos seus sete subtipos (P2X1 \2013 P2X7) o P2X7 possui a característica de formar um poro cuja condutância é aumentada em aproximadamente 26 vezes em relação à condutância padrão de todos os receptores da família P2X (~15 pS). Este aumento na condutância se reflete em possibilitar a passagem de moléculas de até 900 Da. Este estudo propõe através da aplicação das técnicas de modelagem comparativa e dinâmica molecular analisar o comportamento dinâmico de um modelo do receptor P2X7 humano, desde seus movimentos de fechamento e abertura do canal de baixa condutância, até a passagem de íons catiônicos (Potássio) e aniônicos (cloreto) para avaliar a seletividade do canal. Isto é necessário pois ainda não se dispõe de um modelo experimental (Ressonância Magnética Nuclear ou Cristalografia de raio-X) e ainda existem dúvidas sobre o mecanismo de ativação que elucide o processo de transição entre o estado de menor condutância (um canal aberto) para o estado de maior condutância (formação de um poro) Foram construídos dois modelos do receptor P2X7 por meio de modelagem comparativa utilizando como molde o receptor P2X4 do organismo Danio rerio (único molde viável até o momento) em seus estados aberto e fechado. As simulações de dinâmica molecular revelaram o tempo de fechamento de canal (região transmembranar) e o rearranjo do sítio de ligação ao ATP em ~400ps e ~650ps, respectivamente. As dinâmicas de passagem dos íons confirmaram as características cátion seletivas do canal, visto que foi possível observar a passagem de todos os íons de potássio dispostos na região de estreitamento do canal e também foi observada a expulsão de uma das três dispostas na mesma região que os íons catiônicos avaliados. Estes resultados ressaltam que os sistemas simulados para avaliar o comportamento do receptor P2X7 descrevem comportamentos semelhantes aos descritos experimentalmente ressaltando a possibilidade de uso dos modelos construídos neste trabalho para aplicação em estudos piloto futuros (virtual screening, docking molecular) para avaliação de compostos promissores que atuem como agonistas ou antagonistas mais seletivos que os compostos existentes atualmente / The P2X7 is an inotropic, purinergic, cation-selective and activated by nucleotides (ATP) receptor that belongs to the P2 receptor family. These receptors are found in central and peripheral nervous system cells and in hematopoietic lineage cells. In addition, P2X7 receptors are involved in a vast number of biological processes such as pain signal transduction, participation in granulomatous inflammation, among others. From all seven subtypes (P2X1 \2013 P2X7), P2X7 receptor presents the characteristic of forming a pore whose conductance increases approximately 26 times more than the standard conductance from all others P2X receptors (~15 pS). This rise in the conductance allows the entrance of molecules up to 900 Da. The aim of this study is to employ comparative modeling and molecular dynamics methods to analyze the dynamic behavior of the human P2X7 receptor to assess the channel selectivity, regarding the opening and closing movements and the passage of cations (potassium) and anions (chloride) across the low conductance channel). The combination of these methods is necessary since there is no model determined by experimental methods such as Nuclear Magnetic Resonance or X-ray Crystallography, and doubts remain about the activation mechanism that drives the receptor form a state of low conductance (open channel) to a state of high conductance (pore formation) Two P2X7 receptor models were built by means of comparative modeling using as template the 3D structure of P2X4 receptor from Danio rerio organism in its open and close states. Molecular dynamics simulations revealed the channel closing time (transmembrane region) and the rearrangement of the ATP binding site took place, in ~400 ps and ~650 ps, respectively. The ion entry simulations confirmed the cation selectivity characteristics of the channel, since it was possible to observe the entrance of all potassium molecules present in the narrowed region of the channel. Furthermore, it was noted the expelling of the chloride molecules at the same regions. These results highlight that the P2X7model reproduce its experimental behavior. It is possible to describe similar mechanisms described experimentally; emphasizing the prospect of using these models in future studies (virtual screening, molecular docking) to evaluate lead compounds, capable of acting as more selective agonists or antagonist than the current available ones

PEREIRA JÚNIOR, F. N. Caracterização estrutural parcial e biológica de uma lectina de sementes de Dioclea reflexa Hook F. 2014. 103 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2015-01-22T20:56:52Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_fnpereirajunior.pdf: 3977046 bytes, checksum: 1715360bf0e298000773e7aa5472e6a4 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2015-02-12T14:09:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_fnpereirajunior.pdf: 3977046 bytes, checksum: 1715360bf0e298000773e7aa5472e6a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-12T14:09:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_fnpereirajunior.pdf: 3977046 bytes, checksum: 1715360bf0e298000773e7aa5472e6a4 (MD5) Previous issue date: 2014 / Lectins are proteins that have at least one non-catalytic domain capable of reversibly bind to specific mono-or oligosaccharides. Lectins are widely distributed in many plants as well as animals and other organisms. In general, lectins are very abundant in plant seeds, especially in the Leguminosae family. Hundreds of lectins have been isolated and characterized from plants belonging to different families of this division. The legume lectin family is the group of this protein class further studied, in particular highlighted the subtribe Diocleinae. Lectins Diocleinae have a high degree of structural similarity, but the same was not true about the biological activities. This variability lies in details that can be analyzed in studies based structures. In this context, this paper describes the partial structural and biological characterization of a lectin present in seeds Dioclea reflexa Hook F. belonging to the family Leguminosae, subfamily Papilionoideae, tribe Phaseoleae, subtribe Diocleinae. The seed lectin Dioclea reflexa (DrfL) was purified in a single step by affinity chromatography on Sephadex G-50 column. The lectin strongly agglutinated rabbit erythrocytes and was inhibited by D-mannose and methyl-α-D-manoside. The hemagglutinating activity of the DrfL is optimum pH 5.0, 6.0 and 7.0, stable at a temperature of 50 ° C. Similar to other lectins of the subtribe Diocleinae, analysis by mass spectrometry indicated that the lectin D. reflex has three chains (α, β and γ) with masses of 25,562; 12,874 and 12,706 Da, respectively, and has no disulfide bonds or glycosylation. The primary sequence of DrfL shows great similarity with other lectins from species of the same genus. The protein was crystallized by vapor diffusion bonding method in the presence of X-man and was determined to a resolution of 1.76 Å. DrfL presented relaxing effect on smooth muscle and endothelial aortas rat and showed inflammatory activity in the rat paw edema model. The lectin D. reflexa exhibited low cytotoxicity against Artemia sp. / Lectinas são proteínas que possuem no mínimo um domínio não catalítico capaz de se ligar reversivelmente a mono ou oligossacarídeos específicos. As lectinas são amplamente distribuídas em muitas plantas, bem como em animais e outros organismos. Geralmente, as lectinas são muito abundantes em sementes de plantas, especialmente na família Leguminosae. Centenas de lectinas já foram isoladas e caracterizadas de plantas pertencentes a diferentes famílias dessa divisão. A família das lectinas de leguminosas representa o grupo desta classe proteica mais bem estudada, em especial destaque a subtribo Diocleinae. As lectinas de Diocleinae apresentam um alto grau de similaridade estrutural, porém o mesmo não se observa quanto às atividades biológicas. Esta variabilidade reside em detalhes que podem ser analisados em estudos baseados em estruturas. Neste contexto, o presente trabalho descreve a caracterização estrutural parcial e biológica de uma lectina presente em sementes de Dioclea reflexa Hook F., pertencente à família Leguminosae, subfamília Papilionoideae, tribo Phaseoleae, subtribo Diocleinae. A lectina de sementes de Dioclea reflexa (DrfL) foi purificada em uma única etapa através de cromatografia de afinidade em coluna Sephadex G-50. A lectina aglutinou fortemente eritrócitos de coelho e foi inibida por D-manose e α-metil-D-manosídeo. A atividade hemaglutinante da DrfL é ótima nos pH 5,0;6,0 e 7,0, e estável a uma temperatura de 50 °C. Semelhante a outras lectinas da subtribo Diocleinae, a análise por espectrometria de massas indicou que a lectina de D. reflexa possui possui três cadeias (α, β e γ) com massas de 25.562, 12.874 e 12.706 Da, respectivamente, e não possui ligações dissulfeto ou glicosilações. A sequência primária da DrfL apresenta grande similaridade com outras lectinas de espécies do mesmo gênero. A proteína foi cristalizada pelo método de difusão de vapor na presença do ligante X-man e foi resolvida a uma resolução de 1,76 Å. DrfL apresentou efeito relaxante em músculo liso de aortas endotelizadas de rato e apresentou atividade inflamatória no modelo de edema de pata de rato. A lectina de D. reflexa exibiu baixa citotoxicidade contra náuplios de Artemia sp.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-09-16Bitstream added on 2014-06-13T20:33:38Z : No. of bitstreams: 1 fernandes_cah_me_botib.pdf: 1288061 bytes, checksum: 481773a993e5e2c2a2095ba6bcf346cc (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As serpentes do gênero Bothrops são de grande interesse científico, médico e social para o Brasil, visto que este gênero é responsável por cerca de 90% dos acidentes ofídicos que ocorrem em nosso país. Dois dos principais componentes do veneno desses animais são as fosfolipases A2 e as serino proteases. As fosfolipases A2 são enzimas responsáveis pela destruição da membrana celular através da hidrólise de fosfolipídios Ca2+ dependente. Uma classe destas fosfolipases, as fosfolipases homólogas (Lys49-PLA2s), que se caracteriza pela uma substituição natural na posição 49 de um resíduo de Asp para um resíduo de Lys, não apresenta atividade catalítica, mas é capaz de induzir mionecrose por um mecanismo Ca2+ independente devido, provavelmente, à resíduos da região C-terminal. Neste trabalho, através de estudos por cristalografia de raios-X de Lys49-PLA2s botrópicas nativas e quimicamente modificadas pelo brometo de p-bromofenacila (BPB), revisamos a posição da Lys122 – anteriormente apontado como um dos responsáveis ela ausência da atividade catalítica das Lys49-PLA2s por conta da hiperpolarização que causaria na ligação peptídica Cys29/Gly30 – e concluímos que, por conta de esta hiperpolarização ocorrer apenas em alguns monômeros de Lys49-PLA2s complexadas, a Lys122 não deve estar envolvida no “bloqueio” da atividade catalítica. Além disso, a comparação estrutural do loop de ligação de Ca2+ entre as Lys49 e Asp49-PLA2s nos mostra a importância da conservação da Tyr28 dentre as Asp49-PLA2s para a integridade do loop de ligação do Ca2+. Este resíduo estabiliza essa região através de uma ponte de hidrogênio com a Gly35. Nas Lys49-PLA2s, que possuem um resíduo de Asn na posição 28, não ocorre a formação dessa ponte, o que contribuiria para a desestabilização dessa região nessas proteínas... / The snakes from Botrops genus are objects with great scientific, medical and social interesting since that these snakes are responsible of 90% of snakebites in our country. Two of the main components of the venom from these animals are the phospholipases A2 and the serine proteases. The phospholipases A2 are enzymes responsible of cellular membrane disruption through phospholipids hydrolysis Ca2+-dependent. A class of these phospholipases, the homolog phospholipases (Lys49-PLA2s) that underwent a natural substitution Lys to Asp substitution in 49 position, does not show catalytic activity. However, these proteins can perform myonecrosis by a Ca2+-independent mechanism probably, due to action of C-termini region residues. In this work, by x-ray crystallography studies with bothropic Lys49-PLA2s in native and chemically modified by p-bromophenacyl bromide (BPB) forms, we revised the position of Lys122, previously pointed as one of the responsibles of Lys49-PLA2s due to hiperpolarization of its side chain on Cys29/Cys30 peptide bond. Here, we conclude that this hiperpolarization are present only in a few monomers and thus, Lys122 may not be involved in the “blocking” of catalytic activity. Furthermore, structural comparisons of Ca2+ binding loop between Lys49 and Asp49-PLA2s revels the importance of the Tyr28 residue conservation to the integrity of this region. This residue stabilizes the Ca2+ binding loop by a hydrogen bond to Gly35. In Lys49-PLA2s that have an Asn residue in 28 position, does not occur the formation of this bond, contributing to unstabilization of this region and difficulting the binding of Ca2+ cofactor. Phylogenetic studies showed that Asp49- PLA2s with reduced catalytic inactivity and capable to induce myonecrosis are phylogenetic more related to Lys49-PLA2s than to others Asp49-PLA2s, forming a ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2957.pdf: 7430528 bytes, checksum: 359a49ef8e0e1e14ac5d1b86665d9132 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Universidade Federal de Sao Carlos / The microwave-assisted hydrothermal method was implemented in the synthesis of alkaline earth titanates under ABO3 stoichiometric known as perovskites, being efficient and innovative. For that, OH- groups played an important role since the coprecipitation of hydroxides to the dehydration of oxides for the formation of barium, calcium and strontium titanate at temperatures of 140 ° C with times from 10 to 160 min under 2.5 bar self-generated. During the dehydration / crystallization process of the hydrogen atoms may remain bound to oxygen causing a redistribution of local charges in the crystal lattice in order to stabilize it like a whole. This effect leads to the network polarizations, generated by small atomic displacements as microstructural distortions and casual vacancies of cations observed for BTO and STO, besides changes in dihedral angles for CTO. These polarizations will be able to cause the appearance or extinction of Raman vibrational modes without a drastic change on the phase symmetry of the materials. In the case of STO, fist order vibrational modes were detected in its cubic structure, for the BTO all observed vibrations correspond to the tetragonal phase and the CTO has an orthorhombic-orthorhombic transition related to the displacements of their vibrational modes. These changes of polarization for systems under study were also obtained from the simulation of Raman spectra, confirming and supporting the experimental results for each system. Thus the trapping of the hydrogen element is linked to local distortions through the formation of complexes clusters, mainly related to the atom network forming in its octahedral site. The formation of these clusters leads to the redistribution of the electronic states as a whole near the valence band and conduction band states by the hybridization of oxygen 2p and titanium 3d respectively. 13 This effect can be detected by absorption spectra of X-rays on the edge of the element titanium, and confirmed by "ab initio" simulations. Soon, new states near the bands may arise or be moved into the gap. In this case, such electronic states act as charge trapping centers, resulting after a specific excitation in the electron-hole pairs within the unstable band gap. Therefore, the different excitations employed in 350 and 415 nm allow us to produce different luminescent emission of individual system when the radioactive decay of these pairs. Thus, there was an intensification and / or disappearance of bands as a function of excitation applied. The CTO compound is the more efficient light emitting tooth the three materials. Thus the perovskites have become attractive materials with hybrid properties which make them even more attractive compounds for scientific research. / O método hidrotérmico assistido por microondas foi implementado na síntese de compostos tipo ABO3 de titanatos de alcalinos terrosos conhecidos como perovskitas, mostrando-se eficaz e inovador. Para tanto, grupos OH- desempenharam papel importante desde a co-precipitação dos hidróxidos até a deshidratação dos óxidos para a formação dos titanatos de bário, cálcio e estrôncio em temperaturas de 140°C com tempos de 10 a 160 min sob preções de 2,5 bar auto-geradas. Durante o processo de deshidratação/cristalização parte dos átomos hidrogênios pode permanecer ligado a oxigênios provocando uma redistribuição local de cargas na rede cristalina a fim de estabilizá-la como um todo. Este efeito leva ao surgimento de polarizações na rede geradas por pequenas distorções microestruturais como deslocamentos atômicos e vacâncias de cátions fortuitas observados para o BTO e STO e mudanças de ângulos diedrais no caso do CTO. Estas polarizações serão capazes de provocar o surgimento ou extinção de modos vibracionais Raman sem que ocorra uma mudança de simetria sobre a fase dos materiais. No caso do STO foram detectados modos vibracionais em sua estrutura cúbica, para o BTO todas as vibrações observadas correspondem a fase tetragonal e o CTO possui um transição ortorrômbica-ortorrômbica relacionadas aos deslocamentos de alguns do modos vibracionais. Tais mudanças de polarização para os sistemas em estudo também foram obtidas a partir da simulação dos espectros Raman, corroborando e suportando os resultados experimentais obtidos para cada sistema. Assim o aprisionamento do elemento hidrogênio está ligado às distorções locais através da formação de clusters complexos , principalmente relacionados ao átomo formador 11 da rede em seu sito octahedral, neste caso o titânio. A formação destes clusters leva a redistribuição dos estados eletrônicos como um todo próximo à banda de valência e a banda de condução pela hibridização dos estados 2p do oxigênio e 3d do titânio respectivamente. Este efeito pode ser detectado pelos espectros de absorção de raios X sobre a borda do elemento titânio e confirmado por simulações ab initio . Logo novos estados próximos às bandas podem surgir ou ser deslocados em direção ao gap . Neste caso, tais estados eletrônicos agem como centros aprisionadores de carga, originando após uma excitação específica pares elétron-buraco instáveis dentro do band gap . Portanto as diferentes excitações empregadas em 350 e 415 nm nos permitem produzir diferentes emissões luminescentes particulares de cada sistema quando do decaimento radiativo destes pares. Assim observou-se a intensificação e/ou o desaparecimento de bandas em função da excitação aplicada, sendo o CTO o composto de maior eficiência luminescente dente os três materiais estudados. Desta forma as perovskitas tornaram-se materiais atraentes com propriedades híbridas o que faz delas compostos ainda mais atraentes à investigação cientifica.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5168.pdf: 8720586 bytes, checksum: 0dc0ddbacccaf3e2f1fcfb515b343484 (MD5) Previous issue date: 2013-03-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / Cathepsins are lysosomal cysteine proteases responsible for protein turnover in our organism. In non-lysosomal environment they are related to a number of diseases such as cancer, Alzheimer, autoimmune diseases and osteoporosis. Tellurium compounds have proved to be promising therapeutic agents against these diseases due to inhibition of the proteases through the formation of a Te S covalent bond with the sulfur of a catalytic cysteine. In this work the crystal and molecular structures of compounds (ptol)Te[C(H)=C(Cl)Ph]X2 (X = Cl, Br, I), butyldiiodo[(1Z)-(2- iodopent-1-en-yl)-4- tellane and their docking in Catepsine B are described. The results showed that these compounds, whose activity has not been measured, should have an inhibitory activity very similar to that of a known compound with a close structure. Moreover, it is shown that the substitution of a phenyl group for an aliphatic one should not have any influence on the activity of these kind of compounds. Also the structures of a series of dipnones were determined which were used as basis for the molecular modeling of others that could not be crystallized and for the docking studies in catepsins B, K, L and S. The results allowed establishing a model that explains their different inhibitory activities. / As catepsinas são cisteíno proteases lisossômicas presentes no nosso organismo. Quando em ambiente não lisossômico, estão relacionadas a uma série de doenças como câncer, Alzheimer, doenças autoimunes e osteoporose. Neste contexto, compostos de telúrio têm sido promissores agentes terapêuticos contra estas doenças por apresentarem ação inibitória das catepsinas. Isso ocorre devido à formação de uma ligação covalente entre telúrio e o enxofre da cisteína catalítica. Neste trabalho são descritas as estruturas cristalinas e moleculares dos compostos (ptol)Te[C(H)=C(Cl)Ph]X2 (X = Cl, Br, I), butildiiodo[(1Z)-(2-iodopent-1-em-1-il) 4- telano, e o docking destes compostos em Catepsina B. Os resultados mostram que estes compostos, cujas atividades não foram medidas, poderão apresentar atividades inibitórias semelhantes à de um composto de estrutura similar e com atividade conhecida. Mais ainda, foi mostrado que a substituição de um grupo fenila por um grupo alifático não deverá ter influência na atividade deste tipo de compostos. Foram também determinadas as estruturas cristalinas e moleculares de três dipnonas. Estas estruturas serviram de base para a modelagem das estruturas de outros compostos que não puderam ser cristalizados e para a realização de docking nas catepsinas B, K, L, e S. Foi então estabelecido um modelo para explicar as diferentes atividades inibitórias dos compostos de telúrio.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:34:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6294.pdf: 3089165 bytes, checksum: 4b625916571660ec99b2d46bf98b8ae3 (MD5) Previous issue date: 2014-07-11 / Universidade Federal de Sao Carlos / Approximately 80-90 % of the drugs on the market are available in solid form, sold as tablets and capsules containing product in a powdered form. A frequent problem associated to the drugs in the solid state is the low rate of dissolution, especially in aqueous medium or in polar environments. Another important feature, which is closely related to the dissolution rate, and consequently the bioavailability of the drug, is the existence of several crystalline forms that the drug can assume during the crystallization. This phenomenon is known as polymorphism and it is a serious problem for the pharmaceutical industry. Since the problem is not so simple to be characterized, it is recommended to use a number of different techniques such as XRD, Raman, IR, thermal analysis and solid state NMR, once they all have at least one limitation. In this context, this work aimed to study pharmaceutical solids by solid state NMR techniques, using matrices such as mebendazole (in polymorphic forms A and C and in commercial samples), diethylcarbamazine (in its free, citrate and maleate forms) and mycophenolic acid as well as its ester mofetil form. A set of techniques for solid state NMR based on CPMAS experiment and its variants (CP-TOSS, CP-NQS e CP-PI) were used, both observing the nucleus of carbon-13, as well as nitrogen-15. Thus, it was possible to differentiate between A and C polymorphs of mebendazole by using these techniques, and still use them in the analysis of commercial drugs. In this context, it was also possible to verify that the technique of solid state NMR can be successfully used to characterize and quantify polymorphs in absolute commercial samples. The data obtained from these analyzes demonstrated the importance of conducting an effective quality control of drugs available in the market when formulated in solid form, since it was verified that some lots sold exhibited the undesired polymorph of mebendazole. Regarding the study involving the free diethylcarbamazine and its citrate and maleate forms, NMR data were consistent and complementary to those reached by X-ray crystallography. With the use of two-dimensional FSLG-HETCOR 1H-13C experiment, it was observed the existence of intra- and intermolecular interactions through hydrogen bonds. NMR data obtained for mycophenolic acid and its ester mofetil form corroborate the structural study of this molecule, previously described in the literature only with X-ray crystallography data. The present results confirm the importance of solid state NMR in the study of pharmaceutical solids, mainly in the analysis of commercial products in Brazil, where their use should be encouraged, since this technique offers considerable advantages in the analysis of this type of product. / Cerca de 80-90% das drogas presentes no mercado são disponibilizadas no estado sólido, em forma de comprimidos e em cápsulas contendo o produto na forma de pó. Um problema recorrente associado aos fármacos no estado sólido é a baixa taxa de dissolução, principalmente em meio aquoso ou em ambientes mais polares. Outra característica importante, e que está intimamente relacionada com a taxa de dissolução e, consequentemente, à biodisponibilidade do fármaco é a existência de várias formas cristalinas que um fármaco pode assumir no momento da sua cristalização. Este fenômeno é conhecido como polimorfismo e trata-se de um sério problema para a indústria farmacêutica. Como o problema não é tão simples de ser caracterizado, é recomendado o uso de um conjunto de técnicas, tais como DRX, Raman, IV, análises térmicas e RMN no estado sólido, porque todas elas têm pelo menos uma limitação. Nesse contexto, esse trabalho teve como objetivo estudar sólidos farmacêuticos através das técnicas de RMN no estado sólido, utilizando as matrizes mebendazol (nas formas polimórficas A e C e em amostras comerciais), dietilcarbamazina (nas formas livre, citrato e maleato) e o ácido micofenólico, bem como o seu éster mofetil. Foi utilizado um conjunto de técnicas de RMN no estado sólido baseadas no experimento de CPMAS e suas variantes (CP-TOSS, CP-NQS e CP-PI), tanto observando o núcleo de carbono-13 quanto o de nitrogênio-15. Com isso, foi possível diferenciar as formas polimórficas A e C do mebendazol, além de utilizá-las na análise dos medicamentos comerciais. Foi possível ainda verificar que a técnica de RMN no estado sólido pode ser usada com sucesso na caracterização e na quantificação absoluta dos polimorfos em amostras comerciais. Os dados obtidos dessas análises demonstraram a importância de se realizar um controle de qualidade eficaz das drogas formuladas no estado sólido disponíveis no mercado, uma vez que alguns lotes comercializados apresentaram o polimorfo indesejado do mebendazol. No caso da dietilcarbamazina nas formas livre, citrato e maleato, os dados de RMN foram coerentes e complementares aos encontrados por cristalografia de raios X. Com o emprego da técnica bidimensional FSLG-HETCOR-1H-13C, foi possível observar a existência de interações de hidrogênio intra e intermoleculares. Já os dados de RMN obtidos para o ácido micofenólico e do seu éster mofetil complementam o estudo estrutural dessa molécula, descrita na literatura somente com dados de raios X de monocristal. Os resultados obtidos nesse trabalho vêm confirmar a importância da RMN no estado sólido no estudo de sólidos farmacêuticos, principalmente na análise de produtos comerciais no Brasil, onde sua utilização deve ser incentivada, tendo em vista que as vantagens que essa técnica oferece na análise deste tipo de produto são muito consideráveis.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3142.pdf: 13165024 bytes, checksum: 7811222dc9af6c02f05d9898f33143c4 (MD5) Previous issue date: 2010-07-30 / Universidade Federal de Sao Carlos / The rational development of crystal structures requires consistent and directional formation of its synthons to control the supramolecular arrangement. Hydrogen bonds between atoms with high electronegativity (OH O and N-H...O) have greater strength and directionality compared to other interactions (C-H...N, C-H..._, _..._ ), so they are reliable for the design of these structures. However, some studies show that these interactions are not enough to predict a specific supramolecular arrangement, for example, synthons of carboxylic acids have centrosymmetric dimers {..H-O-C=O}2 in only one third of the structures with the potential to achieve these interactions. In this work several conformers of N, N'-bis (pyridin-n-ylmethyl)ethanediamide and their thioamides analogous were studied theoretically (B3LYP/631-G**) and their stabilities were compared to those of the conformation adopted in the crystal. The origin of the rotational barrier in the C-N bonds of amides and thioamides were analyzed through the changes in geometric parameters, partial charges and bond orders. It was observed that (thio)amide bonds in the gas phase have properties that direct the crystal packing to the ZZ conformation. As to the orientations of the pyridyl rings (Planar, U shaped and S shaped), the electronic structures of individual molecules do not present stabilizing forces that can be carried to the solid state without the influence of intermolecular interactions, thus, the choice of the crystalline conformation related to the pyridyl rings is dictated by intermolecular forces. It was also proved that the origin of the rotational barrier can be described by the classical resonance model. / O desenvolvimento racional de estruturas cristalinas requer a formação consistente e direcional de seus synthons para que haja o controle do arranjo supramolecular. As ligações de hidrogênio entre átomos com elevada eletronegatividade (O-H...O e N-H...O) possuem força e direcionalidade maior quando comparadas com outras interações (C-H...N, C-H..._, _... _), sendo portanto as mais confiáveis para o design dessas estruturas. Porém, alguns estudos mostram que essas interações não são suficientes para a predição de uma determinada estrutura supramolecular, por exemplo, os synthons de ácidos carboxílicos apresentam dímeros centrossimétricos {...H-O-C=O}2 em apenas um terço das estruturas com potencial para realizar essas interações. No presente trabalho diversos confôrmeros de N,N -bis(piridina-nilmetil) etanodiamida e tioamidas análogas foram estudados teoricamente (B3LYP/631-G**) correlacionando suas estabilidades com a conformação adotada no estado cristalino. Paralelamente, analisou-se a origem da barreira rotacional em ligações C-N destas amidas e tioamidas por meio de variações de parâmetros geométricos, cargas parciais e ordens de ligação. A partir de os resultados observou-se que as ligações (tio)amidas apresentam propriedades no estado gasoso que direcionam seus empacotamentos para a conformação ZZ. Já em relação às orientações dos anéis piridila (Plana, em U e em S), as estruturas eletrônicas das moléculas individuais não possuem forças estabilizadoras que podem ser carreadas diretamente para o estado sólido, ou seja, sem que haja influência das interações intermoleculares, que em última instância ditarão a escolha da conformação cristalina dos anéis piridila. Comprovamos que a origem da barreira rotacional pode ser explicada pelo modelo de ressonância clássico.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:36:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4692.pdf: 4135143 bytes, checksum: 3f9397fa17cfcfcbf48a22e98ad415c1 (MD5) Previous issue date: 2012-10-30 / Universidade Federal de Minas Gerais / This work consists of 7 chapters. In Chapter 1 a description of the problems addressed here are presented, starting with a brief story about the development of Xray diffraction crystallography, starting with the description of crystals, unit cells and, cocristals and at the end the concepts of supramolecular chemistry and crystal engineering, together with the description of the compounds studied and an application of the use of computational studies complementing the crystalochemical studies, are presented. In chapter 2 the objectives of this work are described. The third chapter includes the experimental procedures that have been used to determine the molecular and crystal structures, as well as the ones used for the modeling studies performed. In Chapter 4 the results are described and discussed, that is, the crystal structures of two 1,3-substituted indoles: 3-Ethenyl-1-(4- methylphenylsulfonyl)-1H-indole (compound 1) and 3-Formyl-1-(4- methylphenylsulfonyl)-1H-indole (compound 2). The striking result is that both compounds have two independent molecules in the asymmetric unit, in other words, Z' > 1. Both molecules of compound 1 are very similar and that of compound 2 they are rotamers. Molecular modeling calculations showed that in all cases the independent molecules have almost the same energy and that the rotational barrier for interconversion between rotamers is between 2.0 and 3.0 kcal.mol-1. Due to this low energy barrier, both conformers should coexist in solution and when crystallization occurs, they have the same probability to crystallize. Chapter 5 presents the conclusions of this study. In chapter 6 the references are given and, in Chapter 7 a copy of the published paper can be found. / Este trabalho é composto por 7 capítulos. No capítulo 1 encontra-se uma descrição dos problemas aqui abordados, começando com uma breve história sobre o desenvolvimento da cristalografia por difração de raio X, passando pelas descrições de cristais, celas unitárias e cocristais e, finalizando com os conceitos apresentados pela química supramolecular e pela engenharia de cristais, juntamente com a descrição dos compostos estudados, além de uma sucinta abordagem sobre a utilização de estudos computacionais feitos em paralelo com os estudos cristaloquímicos. No capítulo 2 estão descritos os objetivos do trabalho. O capítulo 3 inclui os procedimentos experimentais que foram utilizados para determinar as estruturas cristalinas e moleculares, bem como os estudos de modelagem realizados. No capítulo 4 estão descritos e discutidos os resultados. As estruturas cristalinas dos dois indóis 1,3-substituídos: 3-Etenil-1-(4-metilfenilsulfonil)-1H-indol (composto 1) e 3-Formil-1-(4-metilfenilsulfonil)-1H-indol (composto 2) indicam que ambos compostos possuem duas moléculas independentes na unidade assimétrica, ou seja, Z > 1. Sendo que para o composto 1 as duas moléculas são muito similares e para o composto 2 as moléculas são rotâmeras. Os cálculos de modelagem molecular indicam que os rotâmeros possuem a mesma energia e que a barreira rotacional de interconversão de um rotâmero em outro está entre 2,0 a 3,0 kcal.mol-1. Em decorrência dessa baixa energia as duas conformações devem coexistir em solução e quando há a cristalização, elas têm a mesma probabilidade de cristalizar. No capítulo 5 são apresentadas as conclusões do trabalho. No capítulo 6 as referências bibliográficas são apresentadas e no capítulo 7 uma cópia do trabalho publicado pode ser encontrada.