Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4493_1.pdf: 788690 bytes, checksum: 9083fdd72e97b7ffb548d159cd7df2ba (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / Foram analisados os números cromossômicos, a estrutura do núcleo interfásico, o padrão de condensação cromossômica profásica e o comportamento meiótico em 14 espécies brasileiras das famílias Loranthaceae e Viscaceae. Todas as espécies apresentaram núcleos interfásicos reticulados e padrão de condensação profásico uniforme. Os três gêneros estudados de Loranthaceae apresentaram 2n=16 e as três espécies do único gênero analisado de Viscaceae, Phoradendron, apresentaram 2n=28. Apenas três espécies possuíam registro cariológico anterior, sendo as demais contagens, inéditas. A análise do complemento cromossômico mitótico de duas espécies de Phoradendron revelou uma maior assimetria cariotípica, enquanto as espécies dos outros gêneros foram mais similares entre si e mais simétricas. O comportamento meiótico, analisado em 11 espécies, foi geralmente regular, embora tenham sido observadas algumas irregularidades meióticas em muitas amostras. Em uma das amostras de Struthanthus syringifolius foi encontrado um tetravalente em anel na maioria dos meiócitos. Estas irregularidades meióticas parecem não influir na estabilidade dos números cromossômicos nas duas famílias e sugerem que haja uma variabilidade estrutural maior do que a observada por técnicas citológicas convencionais. Os resultados obtidos indicam que as populações brasileiras possuem a mesma constância do número cromossômico por gênero observada em representantes dessas famílias em outras regiões. É sugerido que essa estabilidade cromossômica esteja relacionada à quantidade elevada de DNA nuclear que caracteriza a maioria dessas espécies

Metodologias de sequenciamento do genoma total para investigação de diferentes tipos de câncer detectaram recentemente uma nova classe de alterações caóticas de DNA, denominada Chromothripsis. Este fenômeno de instabilidade genômica é relativamente comum em tumores de Osteossarcoma (OS), mas existem poucos estudos que expliquem esta conexão ou abordem suas causas e consequências. A presente tese iniciou-se com a re-análise de microarrays de dez amostras de OS pediátrico, previamente processadas pelo nosso laboratório, para avaliar a variação de número de cópias de DNA (CNVs). Usando ferramentas de detecção de padrões característicos de Chromothripsis (CTLPs), encontramos 3 amostras de OS com Chromothripsis , que afetaram quatro cromossomos (2, 10, 14 e 20). As amostras com presença de Chromothripsis tiveram uma media de 468 CNVs/amostra, enquanto o grupo sem o fenômeno teve uma média de 255 CNVs/amostra. Após essa avaliação de CNVs, comparamos os níveis de expressão de RNA entre duas amostras com a presença e quatro tumores com ausência de Chromothripsis. Cerca de 171 genes estão presentes em regiões de CNVs diferentes entre os grupos avaliados. Destes, a maioria (77 genes) são relacionados com funções de comunicação celular e ao ciclo celular. Um grupo de 43 genes foi relacionado às vias de processo metabólico (principalmente associado ao metabolismo do RNA) e 27 genes associados à organização do componente celular ou biogênese. Tumores com Chromothripsis possuiam 4 genes do sistema imune menos expressos (CADM1; CLEC4A; CCR1; CD164) e 12 estavam superexpressos (IL32, LAT, BCL3, FCAR, RFX1, ILIB, CXCL1, SPON2, CCR6, IL6, SEMA3C, GEM). Os genes pouco expressos também têm um papel na via de adesão celular. A adesão celular está associada à progressão do câncer e metástase. Em seguida, re-analisamos as CNVs de 82 amostras de OS e 35 linhagens celulares de OS, usando microarrays disponíveis em bancos de dados públicos (GEO e arrayexpress), para identificar potenciais regiões cromossômicas comumente envolvidas em alterações caóticas no número de cópias de DNA, especialmente CTLPs. Identificamos Chromothripsis em 27 amostras (11 tumores e 16 linhagens), afetando 17 cromossomos diferentes. Os cromossomos 2, 8 e 12 foram alvos frequentes de Chromothripsis em OS. Em seguida, foram analisados dados de sequenciamento WGS de 12 tumores de OS disponíveis no banco de dados online dbGaP. Fizemos a avaliação da variação de número de cópias para caracterizar detalhadamente as alterações caóticas e identificar asregiões cromossômicas alvo envolvidas nas regiões de alterações caóticas no número de cópias do DNA. Encontramos CTPLs em 7 (58%) das 12 amostras de OS analisadas, usando dados de sequenciamento total. Foram encontrados 12 cromossomos diferentes afetados pelo fenômeno de alteração caótica. CTPLs foram detectadas em 62,5% das amostras de pacientes que faleceram em decorrência deste tumor. Os cromossomos 1, 3 e 7 foram um pouco mais afetados por Chromothripsis nas amostras disponibilizadas pelo dbGaP. Além disso, os cromossomos 2 e 12 também foram afetados por Chromothripsis nessas amostras. Cerca de 700 genes/tumor foram encontrados nas regiões de CTLPs. Um total de 101 genes foram localizados em regiões de alteração de número de cópias que distinguem os grupos com e sem Chromothripsis. Estes genes estão relacionados com vias de processo celular (45 genes - os quais 17 estão associados à comunicação celular) e processo metabólico (22 genes - os quais 19 estão associados ao processo metabólico primário). Nós também comparamos os níveis de expressão gênica das amostras disponíbilizadas pelo dbGap, em que foram avaliados dados de expressão de 6 amostras de RNA de OS com Chromothripsis e de 3 amostras de RNA de OS sem Chromothripsis . Diferentes algoritmos e ferramentas foram utilizadas para avaliação de RNA. Nós analisamos os dados de expressão por dois diferentes mecanismos: EdgeR e Nexus Expression. Ambos mostraram menor expressão de RNA nas vias de comunicação celular e processo metabólico primário em amostras com Chromothripsis. Os genes com regulação negativa da resposta do sistema imunológico foram encontrados em ambas ferramentas (COL8A1, CCL25). Para estudar os cromossomos envolvidos na formação de micronúcleos na linhagem celular U2OS, foram investigados erros na divisão celular induzidos por drogas (durante a anáfase). Esta etapa foi realizada durante o período de doutorado sanduíche, no Barts Cancer Institute, em Londres-UK. Os cromossomos com erros durante a anáfase foram contados por meio da técnica de FISH centromérica. Os cromossomos mais comumente encontrados com erros foram Chr2, Chr6, Chr11 e Chr12. Estes dados corroboram a ideia de que alguns cromossomos são mais suscetíveis a erros de divisão celular e colaboram para maiores índices de CTPLs em certos tumores. O fenômeno Chromothripsis parece estar presente em pelo menos 30% dos tumores de osteossarcoma e pode estar contribuindo para o fenótipo mais agressivo deste tumor ósseo. / Whole genome sequencing methods applied to a number of human cancers have detected a new class of chaotic DNA alterations in tumors called Chromothripsis. This mechanism of genomic instability is relatively common in the human bone tumor osteosarcoma (OS), but there are few studies in this tumor addressing either its causes or consequences. In this thesis we initially re-analyzed the DNA copy number data using newer software designed to detect signatures of Chromothripsis-like Patterns (CTLPs) using ten OS samples previously studied by our laboratory. We found three of the osteosarcomas had Chromothripsis signatures that affected four chromosomes (2, 10, 14 and 20). The osteosarcomas with Chromothripsis had a median of 468 copy number abnormalities per tumor compared to 255 for OS tumors without Chromothripsis. Next, we compared global RNA expression levels from two OS samples with Chromothripsis to four tumors without Chromothripsis to determine the types of gene expression differences associated with this process. We found that 171 genes mapped to regions of Chromothripsis with the majority (77 genes) mainly having functions related to cellular communication and cell cycle. There were 43 genes that were related to metabolic process (mainly associated with RNA metabolism) and 27 genes with cellular component organization or biogenesis. Also, there were four genes associated with the immune system that were underexpressed (CADM1; CLEC4A; CCR1; CD164) and 12 were overexpressed (IL32, LAT, BCL3, FCAR, RFX1, ILIB, CXCL1, SPON2, CCR6, IL6, SEMA3C, GEM) in the Chromothripsis tumors. Interestingly, all the genes underexpressed also have a role in cell adhesion pathway. Cell adhesion is associated with cancer progression and metastasis. We then reanalyzed DNA copy number data from 82 OS tumors and 35 OS cell lines using microarrays datasets available in public databanks (GEO and arrayexpress), to identify potential chromosomal regions commonly involved in chaotic DNA copy number alterations, especially CTLPs. We found Chromothripsis in 27 OS samples (11 tumors and 16 cell lines), affecting 17 different chromosomes. Chromosomes 2, 8 and 12 were frequent targets of Chromothripsis in OS. Sequentially, the DNA copy number alterations were analyzed using whole genome sequence data of 12 OS tumors available from dbGaP databank to characterize chaotic alterations in detail and identify the target chromosomal regions involved in Chromothripsis. We found Chromothripsis patterns in 7 (58%) of the 12 OS samples analyzed using whole genome sequence data. In total there were12 different chromosomes involved affecting 62.5% of samples from patients that died from OS. Chromosomes 1, 2, 3, 7 and 12 were slightly more often Chromothripsis target locations. Nearly 700 genes per tumor were found in the CTLPs regions. A total of 101 genes were located in regions of copy number change that distinguished the group of OS with Chromothripsis in comparison to OS without Chromothripsis. These genes are related with cellular process (45 genes - which 17 are associated with cell communication) and metabolic process (22 genes - which 19 are associated with primary metabolic process). We were also able to compare the RNA levels from the dbGap samples when expression data was available: comparing 6 OS RNA samples with Chromothripsis to 3 OS RNA samples without Chromothripsis. Both the EdgeR and Nexus Expression pipelines showed downregulation in cell communication pathway and primary metabolic process in samples with Chromothripsis. Genes downregulated of immune system response pathway were found in both pipeline (COL8A1, CCL25). To study the chromosomes involved in micronucleus formation in the OS cell line U2OS, errors in cell division induced by drugs during the anaphase were evaluated during the sandwich period at Barts Cancer Institute in London-UK. The lagging chromosomes were counted and the most common chromosomes with errors were Chr2, Chr6, Chr11, and Chr12. These data provide further support to the idea that some chromosomes are more susceptible to cell division errors and corroborate with the chromosomes affected by CTPLs in some tumors.

Os peixes apresentam uma grande diversidade quanto a sua morfologia, seus habitats e também sua biologia. São encontrados em lagos, córregos, estuários e oceanos, constituindo assim mais de 50% do número total das espécies de vertebrados conhecidas atualmente. Essa fauna tem sido objeto de um número expressivo de estudos citogenéticos e moleculares, tendo-se já conhecimento não só das relações cromossômicas, mas também da sistemática de vários grupos. Essas pesquisas têm investigado não somente o número e fórmula cromossômica, mas também a presença de cromossomos sexuais diferenciados, presença de cromossomos supranumerários, padrões de distribuição da heterocromatina, localização das regiões organizadoras de nucléolo, padrões de bandamento de restrição e replicação, permitindo a localização de diferentes classes de DNAs repetitivos, bem como a identificação de homeologias cromossômicas que auxiliam a compreensão da evolução cariotípica dos grupos. Os estudos moleculares, por sua vez, têm se tornado cada vez mais importantes nesse grupo e têm fornecido dados fundamentais não só no que diz respeito à filogenia dos grupos, como também em relação a regiões repetitivas do DNA e sua importância no genoma. A união dessa área com a Citogenética tem permitido uma maior e melhor compreensão sobre os processos evolutivos associados às alterações de seqüências específicas do genoma visíveis tanto a níveis cromossômicos, quanto moleculares. O gênero Gymnotus (Teleostei: Gymnotiformes) inclui representantes com características biológicas peculiares, o que os torna objeto de estudo de diversas áreas da Biologia. Estudos sobre o gênero incluem sua caracterização cariotípica, estudo das regiões organizadoras de nucléolo (RONs) polimórficas, bem como estudos envolvendo marcadores moleculares, os quais conjuntamente com a Citogenética permitiram a análise de filogenética molecular, com inferência na evolução cromossômica, permitindo uma melhor compreensão das relações dentro do gênero. No presente trabalho foram levados a efeito estudos sobre as regiões heterocromáticas e os DNAs repetitivos desse grupo, para uma melhor compreensão da organização e localização dessas seqüências no genoma e a identificação de possíveis marcadores moleculares. Foram efetuados ainda, estudos envolvendo a evolução cariotípica das espécies G. carapo e G. sylvius, localização de genes ribossômicos e análise molecular do gene ribossômico 5S juntamente com seu espaçador não transcrito, propiciando uma melhor compreensão da evolução dessa família gênica em Gymnotus. / Fishes present a great diversity in relation to their morphology, habitat and biology. They are found in lakes, rivers, estuaries and oceans, comprising more than 50% of the total number of known vertebrates. Cytogenetic and molecular aspects of the fish fauna have been extensively studied, providing information about their chromosomal relationships and also about the systematic status of several groups. These researches have focused on the description of both chromosomal number and formula as well as the presence of differentiated sex chromosomes, occurrence of B-chromosomes, patterns of heterochromatin distribution, localization of nucleolar organizer regions, restriction or replication banding profiles allowing to locate distinct classes of repetitive DNAs and to identify chromosomal homeologies in order to understand the karyotypic evolution in distinct groups. On the other hand, molecular studies have become of utmost importance in this group, providing essential data about phylogeny of many groups and about repetitive DNA regions and their role in the genome. The union between this approach and cytogenetics has favored a better comprehension about the evolutionary processes associated with visible alterations in specific sequences within the genome at both chromosomal and molecular levels. The genus Gymnotus is composed of representatives with peculiar biological features, which turn them suitable for studies in a variety of biology approaches. Genetic studies in this genus comprise karyotype characterization, analysis of polymorphic NORs, besides studies of molecular markers that, coupled with cytogenetics, have fostered molecular phylogenetic analyzes with inferences on their chromosomal evolution, which have led to a better understanding about the interrelationships in the group. In the present work, we carried out studies about the heterochromatic regions and the repetitive DNAs in this group for a better comprehension about the organization and localization of these sequences in the genome and identification of potential molecular markers. Furthermore, studies related to the karyotype evolution in the species G. carapo and G. sylvius, location of ribosomal genes and molecular analysis of both 5S ribosomal gene and its non-transcribed spacer were performed to provide a better comprehension about the evolution of this gene family in Gymnotus.

A instabilidade cromossômica e a aneuploidia são características associadas às células malignas. Sabe-se que essas alterações podem ser resultantes de erros em eventos durante a mitose. Com o objetivo de gerar uma população com ganho de ploidia, utilizamos dois inibidores de fases distintas da mitose. Resultando no aumento da frequência celular em G2/M, ou seja, células com 4 vezes o número de cromossomos (4C) e de células com DNA acima de 4, hipertetraploide. Quantificamos a quantidade de núcleos e demonstramos que o tratamento, especificamente, levou a uma NCI, e não a multinucleação. Ambas linhagens celulares submetidas ao tratamento apresentaram alterações morfológicas, como protrusões de membrana, indicando alterações no citoesquelto. Nas análises de mRNA e da expressão proteica, observamos alterações na regulação da actina, coincidindo com a elevação dos mRNAs de YAP/TAZ, efetores co-transcricionais da via Hippo, regulada por alterações no citoesqueleto de actina. Desde modo, propomos, que o tratamento utilizado é um método eficiente para o estudo de células aneuploides e da NCI, que o citoesqueleto de actina é modulado por esse fenótipo e requer YAP/TAZ, provavelmente para manter a sobrevivência e favorecer a proliferação celular observada após o tratamento. / Chromosomal instability and aneuploidy are characteristics associated with malignant cells. It is known that these changes may be due to errors in events during mitosis. In order to generate a population with gain of ploidy, we used two inhibitors of distinct phases of mitosis. Resulting in increasing cell frequency in G2/M, cells with 4 times the number of chromosomes (4C) and cells with DNA above 4, hypertetraploid. We quantified the number of nuclei and demonstrated that the treatment specifically led to NCI, not multinucleation. Both cell lines submitted to treatment presented morphological alterations, such as membrane protrusions, indicating changes in the cytoskeleton. In the analysis of mRNA and protein expression, we observed alterations in actin regulation, coinciding with the elevation of YAP / TAZ mRNAs, co-transcriptional effectors of the Hippo signaling pathway, regulated by changes in the actin cytoskeleton. We propose, that the treatment used is an efficient method for the study of aneuploid cells as well NCI. Also, the actin cytoskeleton is modulated by that phenotype which requires high YAP / TAZ, probably to maintain cell survival and promote cell proliferation observed.

Orientador: George Shigueki Yasui / Resumo: A triploidização é uma ferramenta interessante para produzir peixes estéreis. No Mandi amarelo, Pimelodus maculatus isso pode ser aplicada como uma ferramenta de reconstituição de espécies ameaçadas através de transplante de células germinativastronco. No capítulo I, objetivou-se estabelecer um protocolo eficiente para a triploidização da espécie P. maculatus empregando choques de térmicos. As temperaturas testadas foram de 37°C, 38°C e 39°C, 2 minutos pós-fertilização durante 2 minutos. Os embriões intactos serviram como grupo controle diplóide. A ploidia foi confirmada por citometria de fluxo, diâmetro nuclear dos eritrócitos e citogenética. Taxas de fertilização e sobrevivência foram verificadas nos principais estágios de desenvolvimento embrionário (clivagem, blástula, gástrula, segmentação e eclosão), assim como a porcentagem de larvas normais e anormais, e eficiência da triploidização. O choque térmico reduziu significativamente a sobrevivência no estágio de gástrula (P = 0,0178), somito (P = 0,0469) e incrementou o porcentual de larvas anormais (P = 0,0261). A menor sobrevivência foi observada para o tratamento a 39°C. Todos os tratamentos apresentaram altas porcentagens de indivíduos triploides, sendo o maior valor observado para o choque a 38°C (96,7%). Com base nos resultados acima, foi obtido um eficiente protocolo de triploidização em P. maculatus utilizado choque quente (38°C, 2 mpf e duração de 2 minutos). No capitulo II, foram avaliados aspectos relacionados ao... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Triploidization is an interesting tool to produce sterile fish. In the spotted catfish Pimelodus maculatus, this may be used as a tool for reconstitution of endangered species based on stem germ cell transplantation. In Chapter I, the study aimed to establish an efficient protocol for triploidization in the spotted catfish P. maculatus using temperature shock. The temperatures tested were 37°C, 38°C e 39°C, 2 min postfertilization during 2 minutes. Intact embryos served as diploid control. Ploidy status was confirmed by flow cytometry, nuclear diameter of erythrocytes and karyotyping. Fertilization and hatching rates were verified at the main embryo stages (cleavage, blastula, gastrula, somite stage and hatching), the percentage of normal and abnormal larvae and also the efficacy of triploidization. Heat shock decrease the survival at blastula stage (P= 0,0178), somite (P = 0,0469) and increased the percentage of abnormal larvae (P = 0,0261). The lowest survival was observed at 39 °C. All treatments presented high percentages of triploid individuals, and the highest values were observed for heat shock at 38°C (96,7%). Based on results above, it was obtained an efficient protocol for triploidization in P. maculatus using heat shock (38°C, 2 min postfertilization during 2 minutes). In Chapter II, aspects related to the growth and reproductive performance of diploid (2n) and triploid (3n) of P. maculatus were evaluated. The objective was to evaluate growth according with the plo... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Helena Pistune.pdf: 2191433 bytes, checksum: d64e158aacb1b4070276bdafd47d03ce (MD5) Previous issue date: 2010-03-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The origin, maintenance and frequency of B chromosomes present in some population of Astyanax have been arousing interest of cytogeneticists groups about a possible beneficial or deleterious effect for the species. These chromosomes generally shows intra and interindividual numerical variation. The aim of this work was to perform a cytogenetical analysis on the origin and molecular differentiation of the B chromosomes of Astyanax scabripinnis from “Das Pedras” stream, Campos do Jordão, SP. The analysis showed a diploid number of 50 chromosomes, karyotypic formula 6m, 22sm, 10st and 12a, besides the intra and interindividual variation of a B macrochromosome. The heterochromatic B macrochromosome shows shape and size similar to the major pair of the A complement (1st metacentric pair). In spermatogonial metaphase was possible to observe three great metacentric chromosomes in cells with 2n=51 chromosomes. However, was observed in pachitene cells with 26 chromosomical elements only one great bivalent, showing that the B chromosome performs arm-to-arm pairing. In situ localization with a B chromosome probe showed this element entirely marked, in addittion to small pericentromerics and terminal sites in the A chromosomes complement, among them, the 24th pair. Besides, the As51 probe showed localization in the major part of the B chromosome, and also 14 autossomical sites. Between the As51 sites there is an interstitial marking in the long arm of the 24th acrocentric pair. On the other hand, the localization of the repetitive sequences Cot-1 DNA, obtained from individuals without B chromosome, showed signals on the pericentromeric and terminal regions of almost all chromosomes, including the B chromosome and the 24th pair. No rDNA site was observed on B chromosome. This data corroborate the hypothesis of the origin of B chromosome through the formation of an isochromosome of the 24th acrocentric pair. Even, the cytogenetical analysis in meiotic cells shows that the B chromosome performs arm-to-arm pairing, a mechanism that can contribute to the transposition of sequences, rising thus the molecular differentiation of the B chromosome in relation to the A complement. Therefore, this work contributes to a better comprehension of the molecular nature of the B chromosome in A. scabripinnis, as well as its origin and evolutionary trends. / A origem, manutenção e frequência dos cromossomos B presentes em algumas populações de Astyanax têm despertado interesse de grupos de citogeneticistas sobre um possível efeito benéfico ou deletério para a espécie. Estes cromossomos geralmente apresentam variações numéricas intra e interindividuais. O objetivo deste trabalho foi realizar uma análise citogenética da origem e diversificação molecular do cromossomo B de Astyanax scabripinnis, proveniente do córrego das Pedras, Campos do Jordão-SP. As análises mostraram um número diplóide de 50 cromossomos, fórmula cariotípica: 6m, 22sm, 10st e 12a, além da variação intra e interindividual de um macrocromossomo B. O macrocromosomo B heterocromático tem forma e tamanho similar ao maior par do complemento A (1o par metacêntrico). Em metáfase espermatogonial foi possível observar três metacêntricos grandes em células com 2n=51 cromossomos. Já em paquíteno com 26 elementos cromossômicos foi observado apenas um bivalente grande, evidenciando que o cromossomo B realiza pareamento braço a braço. A localização in situ da sonda cromossomo B evidenciou este elemento totalmente marcado, além de pequenos sítios pericentroméricos e terminais nos cromossomos do complemento A, entre eles o par 24. Já a sonda As51 mostrou localização na maior parte do cromossomo B, além de 14 sítios autossômicos. Entre os sítios As51 está uma marcação intersticial do braço longo do par acrocêntrico 24. Por sua vez, a localização das sequências repetitivas Cot-1 DNA, obtidas de exemplares sem cromossomo B, mostraram sinais nas regiões pericentroméricas e terminais de quase todos os cromossomos, incluindo o cromossomo B e o par 24. Nenhum sítio de rDNA foi observado no cromossomo B. Esses dados corroboram a hipótese da origem do cromossomo B a partir da formação de isocromossomo do par acrocêntrico 24. Ainda, a análise citogenética em meiose evidencia que o cromossomo B realiza pareamento braço a braço, mecanismo que pode contribuir para a transposição de sequências, auxiliando assim a diversificação molecular do cromossomo B em relação ao complemento A. Dessa forma, este trabalho contribui para uma melhor compreensão da natureza molecular do cromossomo B em A. scabripinnis, bem como de sua origem e suas tendências evolutivas.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:02:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T13:18:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T13:18:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) Previous issue date: 2016-07-11 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os morcegos representam um grupo amplamente distribuído e diversificado. A variedade de hábitos alimentares faz da ordem Chiroptera uma das mais bem-sucedidas entre os mamíferos. A família Phyllostomidae constitui a terceira maior família em número de espécies dentro da Ordem Chiroptera. Entre as representantes neotropicais é a mais numerosa, sendo encontrada em florestas tropicais da América do Sul, particularmente, concentrada na Amazônia que é a região com maior diversidade de morcegos do mundo. No presente trabalho foram analisados por citogenética clássica e molecular oito espécies representantes de seis gêneros da subfamília Phyllostominae: Phylloderma stenops (2n=32 NF=58), Lophostoma brasiliense (2n=30, NF=56), L. carrikeri (2n=26, NF=46), L. schulzi (2n=28, NF=36) (Tribo Phyllostomini), Trachops cirrhosus (2n=30 NF=56) e Macrophyllum macrophyllum (2n=34 NF=62) (tribo Macrophyllini) e Chrotopterus auritus (2n=28 NF=52) e Vampyrum spectrum (2n=30 NF=56) (tribo Vampyrini). Utilizando técnicas de bandeamentos cromossômicos e hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas de DNA ribossomal 18S e 45S, sequências teloméricas e sondas cromossomo totais. Descrevemos um novo citótipo para M.macrophylum (2n=34 NF=62) e L. schulzi (2n=26, NF=36). Phyllostominae, que constitui um clado diversificado, com relações filogenéticas não resolvidas. Utilizamos pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo totais de Phyllostomus hastatus e Carollia brevicauda para investigar a evolução cariotípica intergenérica na subfamília e construir uma filogenia de caracteres cromossômicos. A análise comparativa entre elas sugere um extenso grau de diferenciação cromossômica, com poucos cromossomos compartilhados entre os seis gêneros. Nossos resultados de pintura cromossômica mostram grande reorganização cromossômica entre os gêneros, em particular para o gênero Lophostoma que é caracterizado por grande número de rearranjos difericiando o cariótipo das espéceis que o compõe, demostrando que rearranjos não-Robertsonianos foram responsáveis pela evolução cromossômica desses genomas quando comparados a condição ancestral.

Made available in DSpace on 2017-07-10T14:38:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bueno_Texto.pdf: 3065183 bytes, checksum: 4147005c285a3d2e9e61bbb9b0e03d77 (MD5) Previous issue date: 2012-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Resumo do Capítulo 1.: As relações filogenéticas e identificação de espécies do gênero Hypostomus ainda não são claras. Considerando isto, a citogenética tem-se mostrado uma ferramenta útil no entendimento da sistemática do gênero. Revisões em Hypostomus indicam que o número diplóide varia de 54 a 84 cromossomos e o aumento do número diplóide foi associado a porcentagens maiores de cromossomos subtelocêntricos e acrocêntricos. Embora exista um número grande de espécies no gênero, existem relativamente poucos artigos relacionados à citogenética de Hypostomus, e a maior parte dos dados é publicada em comunicações de simpósios. Com o objetivo de entender a evolução cromossômica do gênero (correlação entre número diplóide x tipos cromossômicos), H. ancistroides e H. topavae do rio Piquiri, bacia do Alto Paraná, foram citogeneticamente analisados, sendo observados os números diplóides de 68 e 80 cromossomos respectivamente. Dados adicionais sobre o número cromossômico e fórmula cariotípica foram compilados de 27 análises publicadas em artigos e 77 de resumos. Nossa análise não mostrou correlação entre números cromossômicos e porcentagens de cromossomos subtelocêntricos e acrocêntricos na maior parte das espécies, já que existe variação considerável entre estas porcentagens mesmo entre espécies com o mesmo número diplóide, indicando que a proporção entre tipos cromossômicos não está sempre associada ao número diplóide.

Objetivos: Caracterização de síndromes em indivíduos com FL/P associadas a MAC e anomalias cromossômicas e ampliação dos espectros fenotípicos de síndromes já descritas. Local de execução: Laboratório de Citogenética Humana e Serviço de Genética Clínica, HRAC-USP, Bauru-SP. Participantes: 15 indivíduos com fissura labiopalatina associada a múltiplas anomalias congênitas e alteração cromossômica estrutural em seu cariótipo. Intervenções/Variáveis: Avaliação genética-clínica, estudo citogenético/anomalias cromossômicas estruturais. Resultados: Dos 15 indivíduos, 8 eram do gênero masculino e 7, do gênero feminino, foram detectados: translocação equilibrada em 1 indivíduo, cromossomo derivado em 5, duplicação em 2, cromossomo recombinante com duplicação parcial de um cromossomo em 1, deleção em 2 e cromossomo em anel em 4. O indivíduo 14 apresentou associação de trissomia dos cromossomos sexuais e der(22)t(11;22) extranumerário. Conclusões: Caracterizou-se 7 quadros sindrômicos de etiologia cromossômica com fissura de lábio e/ou palato em seu quadro clínico (dup 3p, dup 4q, dup 7p, del 9p, del 18q, del 21q e dup 22q) e um quadro de padrão único com provável etiologia ambiental. Ampliou-se o espectro fenotípico das síndromes de duplicação 7p com a possível inclusão de esclerocórnea em seu quadro clínico, da deleção 9p com a adição de mais um caso de presença de hemangioma e da deleção 18q com a confirmação de dois casos adicionais de fístulas no lábio inferior. / Objective: Characterization of syndromes presented by patients with cleft lip and palate (CL/P) associated with associated with multiple congenital anomalies (MMC) and chromosomal abnormalities and expansion of the phenotyipc spectrum of syndromes already described. Setting: Human Cytogenetics Laboratory and Clinical Genetics Service, HRAC-USP, Bauru-SP. Participants: 15 patients with cleft lip and palate associated with multiple congenital malformation and structural chromosome abnormalities in their karyotypes. Interventions/Variables: Clinical-genetic evaluation, cytogenetic analysis/structural chromosome abnormalities. Results: Among the 15 patients, 8 were of the masculine gender and 7, of feminine gender. In this sample, was detected reciprocal translocation in 1 patient, derivative chromosome in 5, duplication in 2, recombinant chromosome with partial duplication of one chromosome in 1, deletion in 2 and ring chromosome in 4. The individual 14 presented association of trisomy of sexual chromosomes and der (22)t(11;22) extranumerary. Conclusions: Were characterized 7 chromosomal syndromes with cleft lip and/or palate on their clinical pictures (dup 3p, dup 4q, dup 7p, del 9p, del 18q, del 21q and dup 22q) and a single case with probable ambiental cause; and were extended the phenotypic spectum of syndromes of duplication 7p with the possible inclusion of sclerocornea on its clinical picture, deletion 9p with the addition of one more case of presence of hemangioma and deletion 18q with the confirmation of two additional cases of lip pits in the lower lip.

Submitted by ALLISON KLEITON DOS ANJOS null (allison__anjos@hotmail.com) on 2018-01-15T10:50:34Z No. of bitstreams: 1 TESE FINAL ALLISON.pdf: 3595248 bytes, checksum: 33a447746191e365878b383ffd929cc8 (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Allison Kleiton dos Anjos, Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: - Resumo em língua estrangeira (inglês) - Faltou o Abstract no documento enviado. Este item é elemento obrigatório de acordo com as normas de trabalhos do seu Programa de Pós Graduação e deve vir logo após o Resumo em Português. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP on 2018-01-15T16:52:52Z (GMT) / Submitted by ALLISON KLEITON DOS ANJOS null (allison__anjos@hotmail.com) on 2018-01-15T18:30:08Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_ALLISON.pdf: 4473839 bytes, checksum: ec9f453166f94072eff2f68fc43791e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br) on 2018-01-15T18:37:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 anjos_ak_dr_rcla.pdf: 4115054 bytes, checksum: 5a5c208184ffdb419015062384640e33 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T18:37:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 anjos_ak_dr_rcla.pdf: 4115054 bytes, checksum: 5a5c208184ffdb419015062384640e33 (MD5) Previous issue date: 2017-12-15 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os hemipteros da infraordem Cicadomorpha são representados por aproximadamente 30.000 espécies de insetos sugadores distribuídos mundialmente. Apesar de se destacarem por causarem muitos prejuízos na agricultura e pecuária pouco se sabe sobre a variabilidade genética e cromossômica desses animais que apresentam cromossomos holocentricos. Os DNAs repetitivos são uma ferramenta útil em estudos de diversificação cariotípica, organização e evolução dos genomas. Deste modo, este trabalho teve como objetivo contribuir com o conhecimento sobre a dinâmica dos cariótipos de representantes de Cicadomorpha e a organização de DNAs repetitivos, especificamente: I. analisar o cariótipo de espécies pertencentes a quatro famílias de Cicadomorpha, bem como caracterizar a heterocromatina constitutiva quanto a riqueza de pares de base; II. inferir a respeito da dinâmica evolutiva de famílias gênicas por meio do mapeamento cromossômico; III. analisar a organização cromossômica e testar a conservação interespecífica da sequência telomérica TTAGGn do pool de DNAs repetitivos obtidos (fração C0t) de espécies do gênero Mahanarva e das sequências teloméricas; IV. Analisar o satelitoma de Mahanarva quadripunctata e comparar os diferentes DNAs satélites de seu genoma com o de outras espécies do gênero visando entender a organização e evolução dos satDNAs neste grupo. Os dados obtidos revelam ampla variabilidade cromossômica entre as distintas famílias, causada principalmente por fusões cromossômicas, entretanto dentro de uma mesma família os cariótipos tendem a apresentar menos variações ao nível macrocromossômico. Embora os Cicadomorpha apresentem variabilidade em números diplóides a organização dos DNAs repetitivos é bastante conservada, mesmo em famílias distantes filogeneticamente, sugerindo estabilidade. Alguns dados foram analisados baseados na filogenia da infraordem, sendo sugerido os possíveis padrões ancestrais. Além disso, as possíveis causas da variabilidade em relação aos padrões modais são sugeridos. Os dados apresentados são um avanço no conhecimento da organização de DNAs repetitivos em Cicadomorpha, sendo para algumas sequências a primeira vez que se realiza algum estudo. / The hemipterans of the Cicadomorpha infraorder are represented by approximately 30.000 species of sucking insects distributed worldwide. Although they stand out by cause many damages in agriculture and livestock, they are poorly studied regarding the genetic and chromosomal variability of these animals that present holocentric chromosomes. Repetitive DNAs are a useful tools in studies of karyotypic diversification, organization and evolution of genomes. The aim of this work was to contribute with knowledge about the dynamics of the karyotypes of Cicadomorpha and the organization of repetitive DNAs, specifically: I. Analyze the karyotype of species belonging to four families of Cicadomorpha, as well as to characterize the constitutive heterochromatin regarding base pairs richess; II. Infer about the evolutionary dynamics of multigene families through the chromosomal mapping; III. Analyze the chromosomal organization and test the interspecific conservation of the telemetric repeat TTAGGn from the pool of repetitive DNA fraction (C0t fraction) of Mahanarva species and telomeric sequences; IV. Analyze the satellitome of Mahanarva quadripunctata and compare the different satellite DNAs of its genome with that from other species of the genus in order to understand the organization and evolution of satDNAs in this group. The data obtained reveal a wide chromosomal variability among the different families, caused mainly by chromosomal fusions, however within a same family the karyotypes tend to present less variations at the macro-chromosomal level. Although Cicadomorpha exhibit variability in diploid numbers, the organization of repetitive DNAs is highly conserved, even in phylogenetically distant families, suggesting stability. Some data were analyzed based on the phylogeny of the infraorder, suggesting possible ancestral patterns. In addition, the possible causes of variability relative to modal patterns are suggested. The data presented is an advance in the knowledge of the organization of repetitive DNAs in Cicadomorpha, being for some sequences the first time that some study is done. / FAPESP: 2014/06226-3.