Dans un milieu désordonné, une onde peut être localisée exponentiellement par des effets d'interférence. Ce phénomène de localisation d'Anderson conduit notamment à une annulation de la conductance d'un fluide quantique unidimensionnel. Des travaux théoriques ont cependant montré que l'application d'un champ électrique pouvait réduire, voire supprimer, cette localisation. Nous étudions ici l'effet d'une force sur la localisation d'une onde quantique de matière dans un système unidimensionnel. En lien direct avec les expériences d'atomes ultrafroids, qui permettent d'observer la localisation d'Anderson d'un paquet d'onde en étalement, ou bien l'effet du désordre sur le transport entre deux réservoirs, nous nous intéressons à deux systèmes : la diffusion et la transmission d'une particule. Afin d'étudier la transmission à travers un guide, nous étendons un formalisme de matrices de transfert à la présence d'une force, éventuellement inhomogène. Deux approches analytiques complémentaires nous permettent d'étendre les résultats au cas d'un désordre de tavelures tel que celui utilisé dans les expériences d'atomes ultrafroids. Nous montrons que la force peut être entièrement prise en compte à l'aide d'une renormalisation de la longueur du guide par un libre parcours moyen local de la particule. Pour un désordre blanc, la force conduit alors une localisation plus faible, algébrique, tandis qu'une délocalisation apparaît pour un désordre corrélé. Nous nous intéressons ensuite à la diffusion d'une particule, à l'aide d'une approche numérique. Nous mettons en évidence une délocalisation de la position à grande force sous la forme d'une croissance temporelle algébrique, dont l'exposant augmente avec la force. Nous montrons de plus que la localisation est systématiquement détruite dans un désordre corrélé. / A wave can be exponentially localized in a disordered medium, due to interference effects. This Anderson localization phenomenon leads to a cancellation of the conductance of a quantum fluid in 1D. However, theoretical works pointed out that an electric field may reduce or cancel this localization. We study here the effect of a force on the localization of a 1D quantum matter wave. Since both Anderson localization of an expanding wave packet and the effect of disorder on the transport between two reservoirs have been studied in ultracold atom experiments, we focus on two systems, namely the diffusion, or the transmission, of a particle.In order to calculate the transmission, we generalize a transfer matrix formalism to the presence of a, possibly inhomogeneous, force. The case of a speckle disorder as used in ultracold atom experiments is dealt with using two other analytical approaches. Our main is result is that the force can be entirely taken into account by renormalising the length with a local mean free path of the particle. For white-noise disorder, the force leads to a weaker, algebraic localization, whereas full delocalization appears for a correlated disorder. We then focus on the diffusion of a particle, using a numerical approach. A transition of delocalization of the particle for strong forces is shed into light through a power law increase of its position, whose exponent increases with the force. Moreover, we show that localization is systematically destroyed in a correlated disorder.

Résumé: Le muscle squelettique possède une excellente capacité à se regénérer notamment grâce à ses cellules progénitrices stromales (mrSC) et myogéniques (CPM). À la suite de certains traumas et pour des raisons encore méconnues, la qualité de sa régénération est compromise ce qui mène à l’apparition de structures aberrantes tel l’os mature, aussi appelée ossification hétérotopique (OH) post-traumatique. Notre laboratoire a montré dans un modèle murin que les mrSC sont pleinement impliquées dans cette pathologie. De plus, un facteur fortement ostéoinducteur, BMP9, ne cause l’OH que si, et seulement si, le muscle est endommagé. Ce modèle d’étude est unique puisqu’il présente les particularités physiopathologiques de l’OH post-traumatique, un dommage du muscle étant essentiel à la formation d’os. De plus, ce modèle a permis de mettre en évidence le rôle prédominant du microenvironnement des cellules progénitrices dans le développement de cette pathologie. Nous avons donc émis l’HYPOTHÈSE selon laquelle le microenvironnement du muscle endommagé contient des facteurs qui peuvent influencer le phénotype de ses cellules progénitrices stromales et myogéniques favorisant ainsi le développement de l’OH. Nos résultats montrent que l’état hypoxique d’un muscle sévèrement endommagé augmente la prolifération et la différenciation ostéogénique des mrSC. De plus, l’hypoxie induit spécifiquement l’expression de BMP9 par les mrSC. L’impact de BMP9 a également été évalué sur la différenciation des CPM. Les résultats montrent qu’à des concentrations physiologiques, BMP9 inhibe le potentiel myogénique des CPM en faveur d’une différenciation ostéogénique, et cela tant dans la lignée myoblastique murine C2C12 que chez les CPM primaires humaines. En résumé, le muscle endommagé développant l’OH possède un microenvironement spécifique responsable du débalancement de la capacité régénérative de ses progéniteurs. Nos travaux montrent que ce microenvironnement cause un retard de la myogenèse et une ostéogenèse où participeront non seulement les mrSC mais également les CPM. L’identification et la compréhension des mécanismes régulant ces facteurs s’avèrent clé pour offrir aux cliniciens des outils de diagnostic mais également des alternatives ou des approches complémentaires aux traitements prophylaxiques actuels. / Abstract: Skeletal muscle has an extraordinary ability to regenerate due to its resident stromal cells (mrSCs) and myogenic progenitor cells (MPCs). Following certain traumas, the quality of the regeneration of skeletal muscle can be compromised for unknown reasons, leading to the appearance of aberrant structures such as mature bone, a process called posttraumatic heterotopic ossification (HO). Our laboratory developed a mouse model to show that mrSCs are fully involved in this pathology. We also showed that BMP9, a highly osteoinductive factor, causes HO if and only if the muscle is damaged. This model is unique in that it recapitulates the pathophysiological features of post-traumatic HO in which muscle damage is essential for bone formation. The model was also used to show that the progenitor cell microenvironment plays a predominant role in the development of this pathology. Based on these results, we HYPOTHESIZED that the microenvironment of the damaged muscle contains factors that can influence the phenotype of its progenitor cell populations, thus promoting the development of HO. Our results showed that the hypoxic state of a severely damaged muscle increases the proliferation and osteogenic differentiation of mrSCs and also specifically induces the expression of BMP9 by mrSCs. The impact of BMP9 on the differentiation of MPCs was also evaluated. At physiological concentrations, BMP9 inhibited the myogenic differentiation potential of murine myoblast C2C12 cells and primary human MPCs, and triggered their differentiation into an osteogenic lineage. In summary, we showed that damaged muscle that develops HO has a specific microenvironment that is responsible for the loss of the regenerative capacity of progenitor cells, leading to a delay in myogenesis, and that mrSCs and MPCs are both involved in osteogenesis. The identification and understanding of the mechanisms regulating these key factors could provide clinicians with valuable diagnostic tools as well as alternative and/or complementary approaches to current prophylactic treatments.

La résonance plasma Josephson a permis de détecter précisément l'évolution de la densité suprafluide hors plan dans le Bi2Sr2CaCu2O8+∂ sous-dopé en fonction du désordre cristallin. La comparaison avec plusieurs résultats de la littérature a permis de montrer que le transport des charges est réalisé par effet Josephson incohérent par opposition au cas optimalement dopé. Tandis que l'évolution des propriétés supraconductrices au sein des plans est bien interprétée dans le cadre de la théorie d'Abrikosov Gor'kov, le transport interplan des paires de Cooper est assuré par diffusion anisotrope dans la limite de Born sur les défauts présents entre les couches CuO2. Ce résultat est en accord avec la récente proposition qui relie les modulations spatiales du gap supraconducteur à la présence des défauts d'oxygène entre les plans. Concernant les propriétés de l'état mixte, la résonance plasma a pu montrer que le rajout d'une composante parallèle aux plans CuO2 du champ magnétique à un liquide de pancakes, permet d'induire des corrélations spatiales. Cet effet est dû à la réorganisation des courants supraconducteurs. Là encore, seule la résonance plasma Josephson permet de sonder l'état liquide des vortex en raison de sa grande fréquence par rapport aux mouvement de vortex.

Les papillomavirus sont des virus à ADN qui infectent la peau et les muqueuses. Ils causent des verrues et peuvent aussi mener au développement de cancers, dont le cancer du col de l’utérus. La réplication de leur génome nécessite deux protéines virales : l’hélicase E1 et le facteur de transcription E2, qui recrute E1 à l’origine de réplication virale. Pour faciliter l’étude de la réplication du génome viral, un essai quantitatif et à haut débit basé sur l’expression de la luciférase a été développé. Parallèlement, un domaine de transactivation a été identifié dans la région régulatrice N-terminale de la protéine E1. La caractérisation de ce domaine a montré que son intégrité est importante pour la réplication de l’ADN. Cette étude suggère que le domaine de transactivation de E1 est une région protéique intrinsèquement désordonnée qui permet la régulation de la réplication du génome viral par son interaction avec diverses protéines. / Papillomaviruses are small DNA viruses that infect skin and mucosa. They cause warts and can also lead to the development of cancers, including cervical cancer. Replication of their genome requires two viral proteins: the E1 helicase and the E2 transcription factor, which recruits E1 to the viral origin of replication. To facilitate the study of viral genome replication, a quantitative and high-throughput assay based on luciferase expression has been developed. In parallel, a transactivation domain has been identified in the N-terminal regulatory region of the E1 protein. Characterization of this domain showed that its integrity is important for DNA replication. This study suggests that the E1 transactivation domain is an intrinsically unstructured protein region that allows regulation of viral genome replication by its interaction with diverse proteins.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Cette thèse présente une étude du transport quantique et de la localisation d’Anderson d’ondes de matière sans interaction dans des désordres anisotropes. À l’aide d’approches microscopiques, nous étudions l’effet des corrélations du désordre dont nous démontrons qu’elles peuvent considérablement modifier les propriétés du transport quantique à 1D, 2D et 3D. Nous développons des outils généraux et les appliquons à des modèles de désordre continu pertinents pour les expériences d’atomes ultrafroids : les potentiels de tavelures optiques (« speckle »). Dans un premier temps, à une dimension, nous raffinons les précédents modèles du processus de localisation d’un nuage d’atomes ultrafroids en expansion dans un potentiel de speckle usuel, et nous montrons que la prise en compte de nouveaux éléments devrait permettre d’expliquer les écarts entre les résultats expérimentaux et théoriques observés précédemment. Nous étudions ensuite le transport quantique et la localisation d’Anderson en dimensions supérieures, plus particulièrement dans des désordres aux corrélations anisotropes, ce qui est naturellement le cas dans la plupart des potentiels de speckle. Nous calculons les propriétés de transport quantique et proposons une nouvelle méthode pour estimer la position du seuil de localisation à 3D (seuil de mobilité). Nos prédictions théoriques sont ensuite comparées aux résultats obtenus par deux expériences récentes ayant observé la localisation tri-dimensionnelle d’ondes de matière. Enfin, nous approfondissons notre étude des effets des corrélations du désordre. Nous démontrons qu’elles peuvent induire l’inversion des anisotropies de localisation et une amplification de la localisation d’Anderson avec l’énergie de la particule, lorsqu’elles sont judicieusement adaptées. / In this thesis we investigate quantum transport and Anderson localization of non- interacting matterwaves in anisotropic disorder. Using microscopic approaches, we study the effect of disorder correlations, which are shown to significantly modify quantum transport properties in 1D, 2D and 3D. We develop general theoretical tools and apply them to particular models of continuous disorder, which are relevant to ultracold atom experiments : speckle potentials. First, in the one-dimensional case we extend previous models for the localization process of ultracold atoms expanding in a standard speckle potential and show that taking into account new ingredients could permit to understand deviations between experiments and theory observed previously. We then study quantum transport and Anderson localization in dimensions higher than one, with special emphasis on anisotropic correlations, which are naturally present in most speckle potentials. We compute quantum transport properties and propose a new method to estimate the 3D localization threshold (mobility edge). Our theoretical findings are compared with the results of two recent experiments which report evidence of 3D localization of matterwaves. Eventually, we further study effects of disorder correlations, which can induce inversion of localization anisotropies and enhancement of Anderson localization with the particle energy, when appropriately tailored.

L’anarchia désigne au sens propre la vacance du pouvoir dans la sphère militaire (la mort du chef sur le champ de bataille) et dans la sphère politique (la vacance de la magistrature, en particulier éponyme). La notion est vite devenue plus générale et exprime au figuré le manque ou le refus du commandement. Elle se rapproche des sens d’insubordination, insoumission, indiscipline, licence et désordre. L’expérience effective de la vacance du pouvoir dans les cités grecques, sa représentation et sa conceptualisation constituent les axes principaux de cette recherche. L’anarchia est envisagée à l’échelle de l’âme, de la famille, de la cité, voire de l’univers. Elle engage une réflexion sur l’articulation entre deux principes a priori antagonistes, l’aspiration à la liberté et la nécessité de l’ordre, et par conséquent sur les fondements de l’exercice légitime du pouvoir. L’étude repose sur l’analyse précise des emplois du terme anarchia dans les sources épigraphiques, historiques, littéraires et philosophiques. La première partie envisage les vacances effectives des magistratures dans le cadre du cours normal ou d’une rupture du fonctionnement des institutions ainsi que les palliatifs mis en place. Les occurrences du terme anarchia concernent les cités d’Athènes, Thasos, Téos, Syros et Bérénikè. S’ajoutent les emplois problématiques des termes akosmia à propos du régime crétois par Aristote et atagia dans les inscriptions thessaliennes. La deuxième partie envisage l’évolution sémantique du terme de l’absence de chef à l’anarchie chez les historiens et les poètes tragiques et la place de l’anarchia dans les théories du commandement élaborées par Xénophon, Platon et Aristote. / The term anarchia refers literally to the absence of power, in the military sphere (that caused by the loss of a commander), and the political sphere (the absence of archontes, specifically the eponymous archon). The concept quickly generalised, coming to designate in the figurative sense the lack and want of power or the rejection and negation of power. It approaches the meanings of insubordination, rebelliousness, unruliness, licentiousness and disorder. The actual experience of power vacuum in the cities of Ancient Greece and how the Greeks represented it and conceptualised it are the three main lines of this research. Anarchia is conceived not only in the city but also in the soul of the individual, in the family, or even in the universe. It demands reflection on the articulation between two seemingly antagonistic principles, the desire for freedom and the necessity of order, and consequently upon the foundations of legitimate authority. This work relies on a precise analysis of the term anarchia in the epigraphic, historical, literary and philosophical sources. The first part deals with actual periods of power vacuum in the ordinary course of political life or in the context of institutional disruption and the implemented remedies. The term anarchia is employed in the cities of Athens, Thasos, Teos, Syros and Berenike. One must add the problematical use of the terms acosmia by Aristotle regarding the Cretan regime and atagia in the Thessalian inscriptions. The second part deals with the semantic evolution of the term from the absence of ruler to anarchy in the work of historians and tragic poets and the role of anarchia in the theory of leadership developed by Xenophon, Plato and Aristotle.

Les matériaux nanométriques ont fait l'objet d'un intérêt de recherche important car ils présentent de nouvelles propriétés physiques et chimiques par rapport aux échantillons massifs. En ce qui concerne les nanomatériaux, l'effet de taille et l'énergie de surface sont généralement invoqués, même si les concepts sous-jacents ne sont pas clairs. Dans cette thèse, la question principale à laquelle nous voulons répondre est : quels sont les principaux paramètres qui régissent la stabilité structurelle du SnO2 à l’échelle nanométrique sous haute pression comparé aux échantillons de SnO2 massifs ? La combinaison de la haute pression et de la taille des particules est particulièrement importante pour comprendre la structure de ces nanoparticules et l'effet des défauts et de l'énergie de surface sur leur stabilité de phase, car, en gardant la taille des particules constante, l'augmentation de la pression permettra l'exploration les paysages énergétiques du système. De plus, la pression et la taille sont deux paramètres qui peuvent être utilisés conjointement pour stabiliser les nouvelles phases. L'intérêt de l'étude des nanoparticules sous haute pression est au moins double : (i) acquérir une compréhension fondamentale de la thermodynamique lorsque l'énergie interfaciale devient de la même ampleur que l'énergie interne (ii) pour stabiliser de nouvelles structures potentiellement potentielles intérêt en tant que matériaux fonctionnels. Dans ce travail, nous avons utilisé la spectroscopie Raman comme principale méthode de caractérisation. Pour les échantillons de SnO2 massif, nous avons utilisé la théorie de la percolation pour expliquer la désordre « partiel » du sous-réseau oxygène qui apparaît lorsque la pression augmente, ce qu’on appelle désordre « partiel » induite par la pression. Et, en étudiant les nanoparticules de SnO2, nous avons utilisé des simulations ab initio pour expliquer l'apparition de ce type de désordre, cet à dire, le désordre du sous-réseau anionique lorsque la pression augmente. De cette façon, nous proposons d'obtenir une compréhension fondamentale du SnO2 massif et nanométrique, sous pression / Nanosized materials have been the focus of an extensive interest research as they present new physical and chemical properties in comparison to their bulk equivalent. When dealing with nanomaterials, the size effect and the surface energy are generally invoked, even though the underlying concepts are not clear. In this thesis, the main question that we want to answer is: what are the main parameters which govern the structural stability at the SnO2 nanometric under high pressure in comparison to its bulk counterpart? The combination of high pressure and particle size is particularly important in order to understand the nanoparticle structure, and the effect of the defects and of the surface energy on phase stability. By maintaining the size of the particle constant, the pressure will allow the energy landscapes of the system to be explored. In addition, pressure and size are two parameters that can be used conjointly in order to stabilize new phases. So, the interest of studying nanoparticles under the high-pressure is at least two-fold: (i) to gain a fundamental understanding of thermodynamics when the interfacial energy reaches the same magnitude as the internal energy (ii) to stabilize new structures that may have potential interest as functional materials. In this work, we used Raman spectroscopy as the main characterization method. In the study of SnO2 bulk samples, we used percolation to explain the “partial” disorder of the oxygen sublattice which appears in the powders when the pressure increases; and for studying SnO2 nanoparticles, we used ab initio simulations to explain the appearance of this kind of disorder, i.e. the anionic sublattice disorder in SnO2 nanoparticle samples. In this way, we propose to obtain a fundamental understanding of SnO2 bulk and nanoparticles under pressure

Le phénomène de précession cohérente de l'aimantation dans l'hélium 3 superfluide a été découvert en 1984. Il se caractérise par la précession libre de l'aimantation du superfluide sur des échelles de temps très longues (dans certains cas, des heures). Ce phénomène est une signature de la superfluidité de spin, l'analogue magnétique de la supraconductivité ou de la superfluidité. La superfluidité de spin peut se décrire en termes de condensation de Bose-Einstein des excitations magnétiques du superfluide : les magnons. Ce formalisme permet de déterminer simplement les conditions dans lesquelles une telle condensation peut apparaître dans les différentes phases de l'hélium 3 superfluide. Ce travail présente comment l'utilisation d'aérogel anisotrope nous a permis de manipuler le paramètre d'ordre du superfluide et d'obtenir ainsi de nouvelles phases dans lesquelles la condensation de Bose-Einstein des magnons peut être observée. Nous avons ainsi étudié expérimentalement la précession cohérente de l'aimantation dans ces nouvelles phases. Nous avons également étudié l'influence de l'aérogel sur la transition de phase superfluide. Enfin, nous détaillons comment il est possible d'obtenir la précession cohérente de l'aimantation sur les différents niveaux d'un puits de potentiel pour les magnons. / The phenomenon of coherent precession of magnetization in superfluid helium 3 was discovered in 1984. It is characterized by the free precession of the magnetization of the superfluid on very long timescales (up to hours). This phenomenon is a signature of spin superfluidity, the magnetic analogue of superconductivity or superfluidity. Spin superfluidity can be described in terms of Bose-Einstein condensation the magnetic excitations of the superfluid: the magnons. This formalism makes it possible to determine easily the conditions in which such a condensation can appear in the different phases of superfluid helium 3. This work shows how the use of anisotropic aerogel permitted us to manipulate the order parameter of the superfluid and thus to obtain new phases in which the Bose-Einstein condensation of magnons can be observed. We were able to study experimentally the coherent precession of magnetization in these new phases. We also studied the influence of the aerogel on the superfluid transition. Finally, we detail how one can obtain the coherent precession of magnetization on different levels of a potential well for magnons.