A aplicação de métodos de tipificação baseados na caracterização fenotípica e genotípica em vários pontos da cadeia de produção de suínos pode ser uma importante ferramenta para identificar a principal fonte de contaminação por Salmonella sp. A partir disso, o trabalho propôs tipificar uma coleção de 97 amostras de Salmonella enterica subsp. enterica ser. Typhimurium (ST) isolada de suínos levados ao abate em três diferentes frigoríficos no Rio Grande do Sul, por meio de fagotipificação, hibridização com IS200, resistência a antimicrobianos, amplificação da região spvR, amplificação de sequências repetitivas (rep-PCR) e PFGE. Paralelamente, os isolados de ST foram avaliados frente a dois desinfetantes (amônia quaternária e iodofor) pela técnica da diluição em tubo. Os isolados foram classificados em 12 fagotipos distintos, sendo o DT177 o mais freqüentemente identificado. Houve o predomínio de um padrão único de hibridização com o IS200 e em apenas três isolados, a região spvR foi detectada. Um alto número de amostras resistentes à tetraciclina, sulfonamida e estreptomicina foi encontrado, sendo o perfil de resistência relacionado ao frigorífico de origem dos isolados. No rep-PCR, usando seqüências iniciadoras para REP e ERIC, um único padrão de bandas foi gerado entre os isolados de ST. A análise por PFGE mostrou doze diferentes padrões de bandas. Sessenta e quatro isolados apresentaram um padrão idêntico no PFGE. Todas amostras foram inibidas pelo composto quaternário de amônio, na concentração recomendada pelo fabricante e numa concentração inferior à indicada. Frente ao iodofor, quatro amostras mostraram-se resistentes na concentração indicada e 59 na sub-concentração. A combinação da fagotipificação e do perfil de PFGE permitiu alcançar uma melhor discriminação das amostras, sendo essas técnicas consideradas as mais adequadas. Por outro lado, a presença de linhagens clonais parecem estar presentes na região, indicando possíveis pontos comuns de infecção.

A eletroforese capilar é uma técnica largamente empregada em Química Analítica e em Bioquímica. Ela tem provado ser rápida e versátil; suas principais vantagens, em relação a outras técnicas analíticas, são a grande resolução e o pequeno volume de amostra necessário. Nosso principal objetivo, neste trabalho,é incluir efeitos físicos que nos permitam influenciar a migração em eletroforese capilar de maneira que atinjamos compressão da banda da amostra injetada. Em particular, consideraremos as mudanças globais nas mobilidades e na forma da banda causadas ou por efeitos de temperatura, ou por efeitos fotoquímicos específicos induzidos por luz laser. Após uma breve revisão sobre a técnica convencional, apresentaremos um estudo dos seus aspectos físicos e desenvolveremos sua formulação matemática usando propagadores. Prediremos compressão térmica, ou seja, estreitamento da banda do analito após sua passagem por uma região com um gradiente de temperatura, e apresentaremos soluções numéricas. Discutiremos, também, a compressão óptica de bandas e apresentaremos resultados experimentais obtidos, pela primeira vez, por nosso grupo, os quais corroboram a teoria. Por fim, listaremos algumas perspectivas de continuidade do trabalho. / Capillary electrophoresis is a widely employed technique in Analytical Chemistry and Biochemistry. It has proved to be fast and versatile; its main advantadges, with respect to other analytical techniques, are the high resolution and small volume of sample required. Our main goal in this work is including physical effects which allow us to influence migration in capillary electrophoresis in such a way that we achieve band compression of the injected sample. In particular, we shall consider the overall changes on mobilities and on band shape caused either by temperature effects or by specific photochemical effects induced by laser light. After a brief review of the conventional technique, we shall present a study of its physical aspects and develop its mathematical formulation using propagators. We shall predict thermal compression, i.e., sharpening of the analyte band after its passage through a region with a temperature gradient, and present numerical solutions. We shall also discuss the optical compression of bands and present experimental results obtained, for the first time, by our group, which corroborate the theory. Concluding, we shall present some perspectives for the continuation of this work.

O objetivo geral deste trabalho foi caracterizar o perfil protéico da secreção uterina pura, através da eletroforese bi-dimensional, de éguas em diferentes fases do ciclo estral, com diferentes graus de alterações inflamatórias e degenerativas, e com diferente capacidade de resposta à cobertura. Para tanto se realizaram cinco experimentos. O primeiro objetivou caracterizar o perfil protéico da secreção endometrial de éguas e determinar se essas proteínas estão associadas ao ciclo estral. A hipótese a ser testada é que o perfil protéico das secreções endometriais varia entre o estro e o diestro. Conclui-se que a composição protéica da secreção uterina da égua em estro é diferente daquela de éguas em diestro, podendo as diferenças protéicas estarem associadas tanto ao processo de manutenção e desenvolvimento embrionário, como a uma necessidade de eventual resposta inflamatória. O segundo experimento objetivou comparar as taxas de prenhez e morte embrionária em éguas não lactantes cobertas no primeiro, ou em outros ciclos durante a temporada reprodutiva. Foi concluído que: (a) durante a temporada reprodutiva, a fertilidade de éguas solteiras é menor no 1° ciclo que nos ciclos subseqüentes; (b) que uma taxa de morte embrionária maior pode ser esperada em éguas falhadas cobertas no 1° ciclo do que nos demais e (c) que a menor fertilidade observada no 1° ciclo não está relacionada à incidência de endometrite persistente pós-cobertura. O terceiro experimento objetivou comparar o perfil protéico da secreção endometrial e a expressão de receptores para esteróides ovarianos no endométrio de éguas em diestro após a 1ª ovulação e após a 2ª ovulação da temporada. Conclui-se que o ambiente uterino é diferente no primeiro diestro da temporada reprodutiva, comparado aos ciclos subseqüentes. O quarto experimento objetivou comparar o perfil protéico da secreção endometrial de éguas resistentes e susceptíveis à endometrite persistente pós-cobertura, durante o estro.Ahipótese a ser testada é que o ambiente uterino da égua susceptível encontra-se alterado no estro prévio à cobertura. Conclui-se que a composição da secreção endometrial das éguas susceptíveis, antes da cobertura, é diferente daquela observada nas éguas resistentes, estando as proteinas observadas relacionadas ao processo inflamatório e à contratilidade uterina. O quinto experimento objetivou (a) comparar a composição protéica da secreção endometrial de éguas em estro com e sem fibrose e (b) avaliar o efeito da inflamação endometrial sobre o perfil protéico da secreção uterina de éguas em estro e em diestro. A hipótese é que a fibrose e a inflamação alteram a composição protéica do fluído uterino, podendo prejudicar o desempenho reprodutivo da égua. Conclui-se que nas éguas em estro a inflamação e a fibrose endometrial alteram apenas a quantidade de poucas proteínas no ambiente uterino. Durante o diestro, a presença da inflamação alterou o ambiente uterino, havendo maior quantidade de proteínas inflamatórias. Os resultados apresentados neste trabalho requerem a confirmação da identidade das proteínas, através de seqüeciamento ou imuno identificação. No entanto, várias informações puderam ser obtidas e muitas novas perguntas podem ser geradas, em especial a partir dos resultados com as éguas susceptíveis. / The main objective from this study was the characterization of the protein profile by SDS-PAGE, from mares during the estrous cycle and mares with uterine inflammation, fibrosis and susceptibility to persistent post-mating endometritis. Five experiments were performed. The first aimed to evaluate the protein profile of endometrial secretions of mares and to determine if any of these proteins was associated with estrous cycle. It was concluded that protein profile from estrous mares is different from the profile from diestrous mares. This difference can be explained by requirements to support and develop the embryo or to an eventually inflammatory response. The second experiment aimed to compare pregnancy and embryo loss rates in non-lactating mares bred either in the first, or in other estrus cycles during the breeding season. It was concluded that: (a) during the breeding the fertility of non-lactating mares is lower in the 1st than in other estrus cycles season; (b) that a higher embryo loss rate may be expected in barren mares bred in the 1st than in other estrus cycles of the breeding season and (c) that the lower fertility rate observed during the 1st estrus cycle is not related to the incidence of post-breeding endometritis. The third experiment aimed to compare the protein profile of endometrial secretions and the steroid hormone receptor expression of the uterus from diestrous mares in the first, or in other estrous cycles during the breeding season. It was concluded that the uterine environment in the first diestrus of the breeding season is different in relation of the other diestrus. The fourth experiment aimed to compare the protein profile of endometrial secretions from estrous mares resistant or susceptible to persistent post-mating endometritis (PPME). The tested hypothesis was that before the insemination in susceptible mares the uterine environment is disturbed. It was concluded that there is a difference in the uterine environmentbetween resistant and susceptible mares to PPME, probably resulting from the inflammatory response and affecting the uterine contractility. The fifth experiment aimed (a) to compare the protein profile of endometrial secretions from estrous mares with and without fibrosis and (b) to estimate the effect of inflammation in the protein profile of endometrial secretion from mares in estrous and in diestrous. The tested hypothesis was that fibrosis and inflammation disturb the uterine environment modifying the protein profile of the endometrial secretion impairing the reproductive performance. It was concluded that inflammation and fibrosis in estrous influenced the protein profile in a low number of spots. During diestrous, the inflammation affect uterine environment with an expressive number of inflammatory proteins. The protein profile observed in the experiments must be confirmed by sequencing or immunoidentification. However, much information could be obtained but many others must be investigated, principally by the susceptible mare.

Amebas de vida livre (AVL) do gênero Acanthamoeba estão distribuídas mundialmente e habitam uma ampla variedade de nichos ambientais. Acanthamoeba pode ser considerada um importante veículo de patógenos humanos por abrigar inúmeras bactérias endossimbiontes. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar o potencial patogênico de 12 isolados de Acanthamoeba previamente isoladas de estojos de lentes de contato e ductos de ar condicionado usando testes de osmotolerância e termotolerância, bem como caracterizar e identificar a comunidade de endossimbiontes presentes, utilizando duas técnicas de biologia molecular, a PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e DGGE (Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante). Dentre os isolados estudados ¼ destes, foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Todos os isolados quando submetidos à PCR demonstraram a presença de endossimbiontes, sendo que todos continham bactéria do gênero Pseudomonas spp. Não foi possível confirmar a presença de microorganismos da família Legionellaceae bem como da ordem Chlamydiales. A DGGE possibilitou caracterizar a diversidade bacteriana nos isolados de Acanthamoeba, entretanto a identificação de bactérias através desta metodologia apresentou-se comprometida, sendo que apenas 2 espécies bacterianas, Paenibacillus glucanolyticus e Candidatus Protochlamydia amoebophila, foram identificadas, nos isolados A2 e A12 respectivamente. As demais bandas sequenciadas apresentaram similaridade para bactérias incultiváveis, sem que espécie ou gênero pudessem ser identificados. Os resultados deste primeiro estudo de identificação e caracterização de endossimbiontes em isolados de Acanthamoeba oriundas da cidade de Porto Alegre/RS confirmam a presença de isolados de Acanthamoeba carreadoras de endossimbiontes e demonstram que diferentes populações bacterianas estão internalizadas nessas amebas. / Free-living amoebae (AVL) of the genus Acanthamoeba are distributed worldwide and inhabit a wide variety of environmental niches. Acanthamoeba can be considered an important vehicle for human pathogens harbor numerous bacteria endosymbionts. This study aimed to characterize the pathogenic potential of Acanthamoeba isolates from 12 previously isolated from contact lens cases and air conditioning ducts using assessed by osmotolerance and temperature tolerance as well as identify and characterize the community of endosymbionts present, using two techniques molecular biology, PCR (Polymerase Chain Reaction) and DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Among the isolates studied ¼ these were considered potentially pathogenic from tests osmotolerance and temperature tolerance. All strains when subjected to PCR demonstrated the presence of endosymbionts, all of which contained bacteria of the genus Pseudomonas spp. It was not possible to confirm the presence of microorganisms of family Legionellaceae and order Chlamydiales. The DGGE enabled characterization of bacterial diversity in the strains of Acanthamoeba, however the identification of bacteria using this methodology appeared compromised, with only two bacterial species, Paenibacillus glucanolyticus and Candidatus Protochlamydia amoebophila were identified in isolates A2 and A12 respectively. The other bands showed similarity to sequenced uncultivable bacteria, without which species or genus could be identified. The results of this first study of identification and characterization of endosymbionts in Acanthamoeba isolates deriving from the city of Porto Alegre / RS confirm the presence of strains of Acanthamoeba endosymbionts of carrier and show that different bacterial populations are internalized these amoebae.

Submitted by Eduarda Figueiredo (eduarda.ffigueiredo@ufpe.br) on 2015-03-11T13:36:23Z No. of bitstreams: 2 Mônica Praxedes Dissertação final sem assinaturas.pdf: 4601610 bytes, checksum: 2f2f6c4a95b8d7f9358ec0f29187cd5c (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-11T13:36:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Mônica Praxedes Dissertação final sem assinaturas.pdf: 4601610 bytes, checksum: 2f2f6c4a95b8d7f9358ec0f29187cd5c (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-01-30 / O trigo é o cereal mais importante para a alimentação humana, pois, é o cereal mais consumido pelo homem na forma de bolos, pães e biscoitos. A produção brasileira de trigo é de aproximadamente 5,6 milhões de toneladas por ano enquanto o consumo é de aproximadamente 10 milhões de toneladas por ano. Para equilibrar esta equação é necessário importar aproximadamente 5 milhões de toneladas por ano, por questões geográficas e fiscais o Brasil é um grande importador de trigo da Argentina. Grande parte do consumo do trigo importado se dá nos estados do nordeste por estar longe das áreas de plantio que ficam na grande maioria no sul do país. No Brasil 50% da venda de farinha de trigo é destinada para o segmento de panificação e por isso o objetivo deste trabalho é estudar o perfil protéico do trigo argentino das regiões de Necochea e Up river por serem os trigos mais consumidos na nossa região. A qualidade tecnológica do trigo para panificação foi avaliada através da realização de análises de físico químicas do grão e das farinhas provenientes desses grãos bem como análise de eletroforese em gel de poliacrilamida (SDS- PAGE) e análises do conteúdo protéico através da cromatografia líquida de alta performance por exclusão molecular (SE-HPLC). O que define a qualidade para uma farinha destinada á panificação é seu teor de proteínas, especialmente a quantidade e qualidade as proteínas formadoras do glúten que são as gluteninas e as gliadinas que juntas representam em médias 85% das proteínas do trigo. Estas proteínas são responsáveis pelas características viscoelásticas da massa, a glutenina é responsável pela elasticidade e a gliadina pela extensibilidade. Para uma boa performance de panificação é importante um equilíbrio entre estas duas forças, caso não seja possível a farinha terá que ser adicionada de substâncias oxidantes ou redutoras chamados de melhoradores para realizar essa correção. A técnica de SE-HPLC é altamente eficiente na análise da composição protéica e na distribuição molecular das proteínas. Neste método as proteínas são divididas em três classes principais, as gluteninas ( proteínas poliméricas) , as gliadinas e as albuminas+globulinas (proteínas monoméricas). A qualidade de panificação foi avaliada através do percentual de proteína polimérica total na proteína (PPT) e na farinha (PPF), percentual de gliadina (PG) e proporção Gli/Glu. A eletroforese foi utilizada para comprovar a presença das proteínas poliméricas de alto peso molecular. As farinhas de trigo de Necochea apresentaram valores superiores de glúten, força de glúten, volume de pão, proteína, PPT, PPF e maior equilíbrio Gli/Glu. Os parâmetros da análise farinográfica não apresentaram diferenças estatisticamente significativas. São farinhas estáveis e com TDM alto que indica a sua boa qualidade tecnológica para panificação. De uma maneira os parâmetros de HPLC (% PPT, %PPF e Gli/Glu) apresentaram correlações estatisticamente significativas com os parâmetros alveográficos. As amostras da região de Necochea apresentaram um perfil protéico superior ao das amostras de Up river, no entanto as amostras de ambas regiões apresentaram bom potencial para panificação.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-07-25T11:19:27Z No. of bitstreams: 1 Lorena Tavares de Brito Nery.pdf: 670015 bytes, checksum: e0b8afb3dbe46a644d2947148f87433c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-25T11:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lorena Tavares de Brito Nery.pdf: 670015 bytes, checksum: e0b8afb3dbe46a644d2947148f87433c (MD5) Previous issue date: 2013-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This study objective to investigate the profile protein of the seminal plasma in dogs chemically sterilized. Three dogs, pubescent mongrel, were submitted for two semen collections before (D0) and 60 days after chemical castration (D60). Semen samples were analyzed (concentration spermatic, motile, vigor and volume) and centrifuged to obtain seminal plasma. An aliquot containing 400 mg total protein were subjected to 2-D electrophoresis (18% SDS-PAGE, pH 4.7) gels and analyzed by the PD Quest software. The concentration spermatic, motile, viability and ejaculate volume were within normal physiological standards for dogs. Was (220.6 ± 10.97 X 106 sperm / mL, 80%, 3.3 ± 1.53 and 5 mL, respectively). Sixty days after chemical castration all animals were azoospermic but continued to ejaculate the seminal plasma whose volume was 3.67 ± 2.68 mL. The most abundant proteins in the seminal plasma dog are around 12 kDa and pH range from 4.2 to 6.6. These proteins corresponded to 61.68% of total seminal plasma-protein dog, being found 167.3 ± 23.6 spots protein did not differ between D0 and D60. Since the prostate is an androgen-dependent organ responsible for most of the secretion of seminal plasma canine. Oliveira et al (2012) demonstrated that chemical castration has no effect on serum testosterone levels in dogs. However, Wang (2002) reported that after 24 months of intratesticular injection of zinc prostate showed a reduction of 52% of its original size. We conclude that 60 days is not enough to promote changes in the protein electrophoretic pattern in seminal plasma of dogs subjected to chemical castration. / Esse estudo, objetivou verificar o perfil proteíco do plasma seminal de cães esterilizados quimicamente. Três cães, púberes, sem raça definida, foram submetidos há duas coletas de sêmen antes (D0) e 60 dias após a castração química (D60). As amostras de sêmen foram analisadas (concentração, motilidade, vigor e volume) e centrifugadas para obtenção do plasma seminal. Em seguida, alíquotas contendo 400 μg de proteína total foram submetidas a eletroforese 2-D (18% SDS-PAGE, pH 4-7) e os géis analisados pelo Software PD Quest. A concentração, motilidade, vigor e volume do ejaculado encontravam-se dentro dos padrões fisiológicos de normalidade para a espécie canina. Foram (220,6 x 106 ± 10,97 sptz/mL, 80%, 3,3 e 5 ± 1,53 mL, respectivamente). Sessenta dias após a castração química todos os animais encontravam-se azoospérmicos mas continuaram a ejacular o plasma seminal cujo volume foi de 3,67 ± 2,68 mL. As proteínas mais abundantes do plasma seminal de cão encontram-se em torno de 12 kDa e na faixa de pH de 4.2 a 6.6. Estas proteínas correspondem a 61,68% do total proteíco do plasma seminal do cão, sendo encontrados 167,3 ± 23,6 spots proteícos que não diferiram entre D0 e D60. A próstata é um órgão andrógeno-dependente e responsável pela maior parte da secreção do plasma seminal canino, sua função mateve-se inalterada no presente estudo. Oliveira et al (2012) demonstraram que a castração química não exerce influência sobre os níveis séricos de testosterona em cães. No entanto, Wang (2002) relatou que após 24 meses da injeção intratesticular de zinco a próstata apresentou uma redução de 52% do seu tamanho original. Conclui-se que 60 dias não é suficiente para promover alterações do perfil eletroforético proteico no plasma seminal de cães submetidos a castração química.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-08-12T13:46:36Z No. of bitstreams: 1 Clodomir Guedes Lopes Junior.pdf: 203332 bytes, checksum: fbacb2945acd0b7b6ba3e5b7331c16d6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T13:46:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clodomir Guedes Lopes Junior.pdf: 203332 bytes, checksum: fbacb2945acd0b7b6ba3e5b7331c16d6 (MD5) Previous issue date: 2006-09-04 / Canine distemper is an important viral disease in dogs that affects the respiratory, gastrointestinal, and also central nervous characterized by immunosuppression. The goal of this work was to study the counting of red blood and white blood cells, albumin, plasmatic total protein, alanine aminotransferase (ALT), aspartate aminotransferase (AST), glucose, creatinine and ureia patterns in 37 dogs from differents breeds. On the other hand, studies were performed on a total of 16 analysis from four dogs at different times following of infection (1th, 7th, 14th and 21th day after the diagnosis of the disease) The results showed the Normocytic-normochromic anemia in 67% of animals and the white blood cell couting present lymphocytopenia , thrombocytopenia in 65% and 30% respectivelly. Hypoglycemia was observed in 67% and high AST and ALT values were recorderd in 78% and 21 % in this study. Serum protein electrophoresis revealed alterations in serum components with elevation in the gamma region and decrease of alpha-globulins regions. It was not observed a significative difference between counting of red blood and white blood cells, plasmatic total protein and seric biochemistry evaluated statistics. The exams laboratories are important as resources in the diagnosis of the distemper, mainly the hematological alterations, biochemistries and electrophoresis, can aid in the therapeutic conduct of this illness. / A Cinomose é uma enfermidade infecciosa que acomete cães, que afeta o sistema respiratório, gastrointestinal, e nervoso que se caracteriza por imunossupressão. O objetivo do presente estudo foi estudar as contagens das células vermelhas e brancas, padrões de albumina, proteína plasmática total, alanino aminotransferase (ALT),aspartato aminotransferase (AST), glicose, creatina e uréia em 37 cães avaliados. Em outra condição foram estudados 4 cães com 16 analises em diferentes tempos da infecção (0 , 7 , 14 , e 21 dias após diagnóstico da doença). O resultado demonstrou anemia normocítica e normocrômica (67%), na contagem apresentou linfocitopenia (65%), trombocitopenia (30%) hipoglicemia (67%), AST (TGO) aumentada (78%), ALT (TGP) aumentada (21%) neste presente estudo. A eletroforese das proteínas revelou alteração, com elevação da gama globulina e decréscimo nas alfas globulinas. Não foi observada diferença significativa entre as contagens das séries branca e vermelha, proteínas plasmática total e bioquímica avaliados estatisticamente. Os exames laboratoriais são importantes como recursos no diagnóstico da cinomose, principalmente as alterações hematológicas, bioquímicas e eletroforéticas, podem auxiliar na conduta terapêutica desta enfermidade.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2778_1.pdf: 2467213 bytes, checksum: 266474e44dd114081ad37ccb2d4e5ff1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estímulos atuantes durante períodos fetal e neonatal desencadeiam modificações fisiológicas e metabólicas permanentes no indivíduo, fenômeno bastante estudado em Nutrição através de manipulação nutricional. Para pesquisa de alterações biomoleculares, o soro sanguíneo é fonte potencial de biomarcadores protéicos. Este estudo teve como objetivo avaliar os efeitos da desnutrição protéica neonatal sobre o perfil proteômico do soro sanguíneo de ratos adultos. Foram utilizados 8 ratos Wistar, machos, adultos, que foram divididos em 2 grupos, de acordo com a dieta disponibilizada do 1º ao 21º dia de vida (período de lactação): grupo nutrido (GN), formado por filhotes cujas mães receberam dieta com 17 % de caseína e grupo desnutrido (GD), no qual as mães alimentaram-se de dieta com 8 % de caseína. No período de reposição nutricional, a partir do desmame (22º dia), os filhotes passaram a receber dieta padrão normoprotéica. Os animais foram pesados diariamente durante aleitamento e, posteriormente, em dias alternados. Na idade adulta, a partir do 90º dia de vida, os animais foram anestesiados e submetidos à punção cardíaca para coleta de sangue (4mL). Após coagulação, este foi centrifugado, a camada de soro coletada e acondicionada a -20ºC. Alíquotas foram inicialmente diluídas (1:10) para análise eletroforética monodimensional pela tecnologia lab-on-a-chip, utilizando os kits Agilent Protein 80 e 230. Para análise bidimensional, proteínas presentes em 50 &#956;L de soro foram precipitadas em acetona, ressolubilizadas em solução (200 &#956;L) contendo uréia (7 M), tiouréia (2 M) e CHAPS (2 %), sendo 100 &#956;L da solução de proteínas reservados para 1ª dimensão (fitas de 13 cm, pH 3-10). A 2ª dimensão foi realizada em géis de poliacrilamida (10 %) que foram corados com Azul de Coomassie. Os spots detectados foram analisados em software específico. Para análise dos dados, utilizaram-se os testes t-Student e Mann-Whitney, considerando-se p&#8804;0,05. Animais GD apresentaram valores de peso corporal menores do que GN a partir do 5º dia de vida (GN: 12,55±3,35g e GD: 10,41±2,03g, p=0,0262), condição que permaneceu até o 90º dia (p<0,0007). Além disso, na idade adulta, apresentaram menor quantidade de faixas de pesos moleculares detectadas e aumento de concentração de proteínas de peso 32,92 a 32,34 kDa (GN: 6,3 ng/&#956;L e GD: 7,45 ng/&#956;L, p=0,041) no perfil monodimensional. Na análise bidimensional, observaram-se alterações aparentes nos tipos e intensidade de alguns spots. A desnutrição protéica neonatal ocasionou déficit permanente de peso corporal até 90º dia de vida e, no animal adulto, provocou modificações nos perfis proteômicos das amostras de soro analisadas. Em decorrência da administração de uma dieta hipoprotéica durante período crítico de desenvolvimento, modificações no proteoma podem ser correlacionadas a alterações metabólicas que, potencialmente, estejam associadas ao desenvolvimento de patologias no indivíduo adulto

Orientador: Eduardo Galembeck / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T00:57:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Brum_ItarajuJuniorBaracuhy_M.pdf: 1893501 bytes, checksum: 59afb345a47fb8e963452a41b2327f1c (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A área de proteômica visa estudar um conjunto completo de proteínas expressas por um organismo ou tecido numa dada situação, através da identificação e quantificação. Apesar de limitações nas técnicas disponíveis, vem se aumentando o volume de informações oriundos desta área, situação que exige o emprego de ferramentas computacionais para permitir o uso eficiente de dados disponíveis, além de buscar-se novas formas de análise destes. Este projeto visa o desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para aplicação em proteômica. Estas ferramentas abrangem as seguintes aplicações: Cálculo Teórico de Ponto Isoelétrico e Peso Molecular de seqüências de aminoácidos, eletroforese-bidimensional teórica, digestão teórica e simulação de eletroforese e identificação de peptídeos, ferramenta para análise de Vias Metabólicas a partir de dados de proteômica / Abstract: The proteomics field aims to study sets of proteins expressed in a cell or tissue, according to a specific situation, through protein identification and quantification. Though technical limitations do exist, the amount of information derived from this field increases each day. And so, there is a need for employing computational tools that enable efficient analysis of data. This project aims developing bioinformatics tools for application in proteomics. The tools here presented comprehend the following tasks: theoretical computation of isoeletric point and molecular weight of aminoacid sequences, theoretical two-dimensional electrophoresis, theoretical triptic digestion and electrophoresis simulation for peptide identification, and analysis of metabolic pathways with proteomics data / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Orientador: Marco Aurélio Zezzi Arruda / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-18T09:34:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Barbosa_HerbertdeSousa_D.pdf: 1927584 bytes, checksum: 9e2393e5f41dc205496fac407f5f93ea (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Este trabalho de pesquisa consiste na comparação entre dois tipos de sementes de soja [Glycine max (L.) Merrill], transgênica e não-transgênica, em termos proteômicos e metaloproteômicos, de modo a avaliar possíveis diferenças existentes entre as amostras (Ex. diferença de expressão protéica, concentração das espécies metálicas e não-metálicas ligadas às biomoléculas). Para isso, inicialmente, as biomoléculas foram extraídas usando um tampão extrator específico e, após o tratamento adequado da amostra, separadas por meio da técnica de eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D-PAGE) e caracterizadas por meio de técnicas de espectrometria de massas (MALDI-QTOF e ESI-QTOF) e identificadas por meio de buscas em banco de dados relacionados utilizando o programa Mascot, a partir dos dados gerados pelo espectrômetro de massas. Sendo assim, foram identificadas um total de 192 proteínas, sendo 13 proteínas na faixa de pH de 3 a 10 e 179 na faixa de pH de 4 a 7, sendo que esta última faixa de pH mostrou melhor resolução dinâmica na separação das proteínas. A distribuição funcional das proteínas identificadas mostrou que a maior parte (49%) destas estão envolvidas em armazenamento de nutrientes e atividade proteolítica, citando como exemplo deste grupo as proteínas glicina e b-conglicinina e suas subunidades. Para uma avaliação proteômica comparativa, com o intuito de se avaliar possíveis diferenças quanto à expressão das proteínas separadas entre as amostras avaliadas, foi utilizada a técnica de eletroforese em gel diferencial bidimensional (2D-DIGE), a partir de dados como intensidade e volume dos spots protéicos. Sendo assim, foram selecionadas um total de 04 proteínas diferenciais entre as amostras, sendo que todas foram identificadas via espectrometria de massas. Para uma avaliação metaloproteômica comparativa, um estudo para identificação de íons metálicos e semimetálicos livres ou ligados a proteínas foi realizado. Para isso, foi feita uma varredura semi-quantitativa de espécies metálicas e semimetálicas presentes nos extratos protéicos das sementes de soja transgênica e não-transgênica usando a técnica de ICP-MS, sendo que os íons Na, Mg, Si, K, Ti, Mn, Zn e Rb foram mais detectados na soja não-transgênica. Já o íon Cu foi mais detectado nas sementes de soja transgênica. Estes elementos diferenciais entre as amostras foram quantificados via ICP-MS. Além disso, os spots diferenciais obtidos com a técnica de 2D-DIGE foram avaliados quanto a presença de cobre, já que este elemento mostrou diferenças em concentrações em proteínas de soja, conforme trabalhos recentemente publicados na literatura pelo nosso grupo de pesquisa / Abstract: The research compairs two types of soybean [Glycine max (L.) Merrill], transgenic and non-transgenic, in terms of proteomics and metalloproteomics in order to evaluate possible differences among the samples (E.g. difference in protein expression, concentration of metal species and non-metal bounded to biomolecules). Therefore, initially, the biomolecules were extracted using a specific extration buffer and, after proper treatment of the sample, separated by the technique of two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE) and characterized by mass spectrometry techniques (MALDI-QTOF and ESI-QTOF) and identified through searches related database using the Mascot program, from the data generated by mass spectrometer. Thus, we identified a total of 192 proteins, 13 proteins in the pH range 3 to 10 and 179 at pH 4-7, and this latest range of pH showed a better dynamic resolution in the separation of proteins. The functional distribution of identified proteins showed that most (49%) of these are involved in nutrient storage and proteolytic activity, citing as an example of this group glycinin and b-conglycinin and their subunits. For an evaluation of proteomics in order to evaluate possible differences in protein expression between the samples, the differential gel electrophoresis (2D-DIGE) technique was used based on data such as intensity and volume of proteins. Therefore, we selected a total of 04 differential proteins between samples, all of them were identified by mass spectrometry. For a comparative assessment metalloproteomics, a study for identification of metal ions and semimetal free or bound to proteins was performed. In this way, a semi-quantitative sweeping of semi-metal and metal species present in protein extracts of transgenic and non-transgenic soybean seeds was carried out using ICP-MS, and the ions Na, Mg, Si, K, Ti, Mn, Zn and Rb were detected in seeds of non-transgenic soybean. The ion Cu was detected in transgenic soybeans seeds. These differentials elements between the samples were quantified via ICP-MS. Moreover, the differential spots obtained with the 2D-DIGE technique were evaluated according to the presence of copper, since this element showed differences in concentrations in soybean proteins, as recently published in the literature by our research group / Doutorado / Quimica Analitica / Doutor em Ciências