Diversos processos envolvidos no crescimento, desenvolvimento e adaptação a variações ambientais são regulados por vias de transdução de sinal. O projeto SUCAST (Sugarcane Signal Transduction Project) tem como objetivos a identificação e caracterização funcional dos componentes de transdução de sinais da cana-de-açúcar (Souza et al., 2001). O presente trabalho insere-se dentro do Projeto SUCAST e teve como foco a identificação de componentes de transdução de sinais, a categorização desses elementos utilizando-se ferramentas de bioinformática e a avaliação de seus perfis de expressão pela tecnologia de microarranjos de cDNA. Genes relacionados à transdução de sinais foram buscados entre as seqüências armazenadas no banco de dados SUCEST - The Sugar Cane EST Project (Vettore et al., 2003) - pela ferramenta de BLAST, o que permitiu a categorização de mais de 3.500 genes relacionados a vias de sinalização em cana-de-açúcar. A categoria de proteínas quinases foi também analisada quanto à presença de domínios conservados e classificada por agrupamento filogenético do domínio catalítico predito. Com a análise filogenética, foram obtidos seis grupos característicos para proteínas quinases e quatro grupos principais de receptores do tipo Ser/Thr quinases. Um total de 527 genes do quinoma de cana foi analisado. Os padrões de expressão de componentes do catálogo SUCAST foram avaliados em seis órgãos (raiz, flor, folha, gema lateral, primeiro e quarto entrenós), em resposta a diferentes estímulos (tratamentos com os fitormônios ácido abscísico e metiljasmonato, seca, interação com bactérias diazotróficas endofíticas, ataque por Diatraea saccharalis e deficiência em fosfato) e em populações contrastantes para acúmulo de sacarose. As análises dos dados de microarranjos mostraram 217 genes diferencialmente expressos em pelo menos um dos órgãos analisados e 153 genes considerados de expressão ubíqua. Para os experimentos de respostas a tratamentos com fitormônios e estímulos ambientais, 179 genes diferencialmente expressos em pelo menos uma das condições analisadas foram identificados. Cinqüenta e um genes mostraram-se diferencialmente expressos ao se comparar amostras (folhas +1 e entrenós em diferentes fases de maturação) de duas populações contrastantes para acúmulo de sacarose. Os perfis de expressão foram também analisados ao longo do tempo para os experimentos de deficiência em fosfato, seca e tratamentos com fitormônios, através de agrupamentos por Self-Organizing Maps (SOM). Resultados de PCR em tempo real confirmaram os dados de expressão para 72% de 25 genes selecionados para comparações entre diferentes órgãos, e 80,5% de 36 perfis de expressão selecionados para experimentos de resposta a tratamentos com hormônios e a estímulos ambientais. Adicionalmente, reações de PCR em tempo real foram realizadas para se avaliar os níveis de expressão de cinco genes selecionados em indivíduos contrastantes para acúmulo de sacarose e 57% dos resultados obtidos mostraram-se de acordo com os dados de microarranjos. Todos os dados obtidos foram integrados e compilados no banco de dados SUCAST (http://www.sucest-fun.org). O conhecimento gerado com o projeto representa um progresso significativo na compreensão da função de alguns dos genes identificados no projeto SUCEST, indicando alvos a serem explorados no programa de melhoramento da cana-de-açúcar. / A diversity of processes related to growth, development and adaptation to environmental conditions are regulated by signal transduction pathways. The SUCAST Project (Sugarcane Signal Transduction) (Souza et al., 2001) aims to identify, characterize and associate putative functions to sugarcane signal transduction components using bioinformatic tools and to evaluate their expression profiles using cDNA microarrays. BLAST searches conducted on sequences stored in the SUCEST databank - The Sugar Cane EST Project (Vettore et al., 2003) - revealed more than 3,500 putative genes related to signaling in sugarcane. The protein kinases were anaçyzed for the presence of conserved domains and classified according to a phylogenetic analysis of the predicted catalytic domain. The phylogenetic approach indicated six characteristic groups for protein kinases and four mains groups for receptor-like kinases. The expression patterns of SUCAST components were evaluated in six organs (root, flower, leaf, lateral bud, first and fourth internodes), in response to different stimuli (treatment with the phytohormones abscisic acid and methyljasmonate, drought, endophytic bacteria interaction, attack by Diatraea saccharalis and phosphate deficiency) and in sugarcane cultivars contrasting for sucrose accumulation. The tissue profiling experimenta showed 217 differentially expressed genes in at least one of the six organs analyzed and 153 genes of ubiquitous expression. A total of 179 differentially expressed genes were obtained in response to phytohormones and environmental stimuli, in at least one of the conditions analyzed were obtained. Comparisons between high and low sucrose (brix) cultivars led to the detection of 51 differentially expressed genes in at least one of the samples analyzed (leaves +1 and internodes at different maturing stages). The expression patterns were also analyzed in time-course experiments of phosphate deficiency, drought and phytohormone treatments by Self-Organizing Maps (SOM) clusterization. Quantitative PCR results confirmed 72% of the microarray expression data in sugarcane organs for 25 selected genes and 80.5% of the 36 expression profiles selected in response to phytohormones and environmental stimuli. Additionally, real-time PCR reactions were carried out to evaluate the expression levels of five genes in individuals contrasting for sucrose accumulation and 57% of the results obtained were in agreement with the microarray data. All data generated were integrated and compiled into the SUCAST databank (http://www.sucest-fun.org). The knowledge generated adds to the comprehension of the function of SUCAST components, indicating targets to be explored in the improvement of sugarcane cultivars.

Toda medida, desde que feita por um instrumento real, tem uma imprecisão associada. Neste trabalho, abordamos a questão das imprecisões em experimentos de microarranjos de cDNA de dois canais, uma tecnologia que tem sido muito explorada nos últimos anos e que ainda é um importante auxiliar nos estudos de expressões gênicas. Dezenas de milhares de representantes de genes são impressos em uma lâmina de vidro e hibridizados simultaneamente com RNA mensageiro de duas amostras diferentes de células. Essas amostras são marcadas com corantes fluorescentes diferentes e a lâmina, após a hibridização, é digitalizada, obtendo-se duas imagens. As imagens são analisadas com programas especiais que segmentam os locais que estavam os genes e extraem estatísticas dos píxeis de cada local. Por exemplo, a média, a mediana e a variância das intensidades do conjunto de píxeis de cada local (o mesmo é feito normalmente para uma área em volta de cada local, chamada de fundo). Estimadores estatísticos como o da variância nos dão uma estimativa de quão precisa é uma certa medida. Uma vez de posse das estimativas das intensidades de cada local, para se obter a efetiva expressão de um gene, algumas transformações são feitas nos dados de forma a eliminar variabilidades sistemáticas. Neste trabalho, mostramos como podem ser feitas as análises a partir de uma medida de expressão gênica com um erro estimado. Mostramos como estimar essa imprecisão e estudamos, em termos de propagação da imprecisão, os efeitos de algumas transformações realizadas nos dados, por exemplo, a remoção do viés estimado pelo método de regressão local robusta, mais conhecido como \\textit{lowess}. Uma vez obtidas as estimativas das imprecisões propagadas, mostramos também como utilizá-las na determinação dos genes diferencialmente expressos entre as amostras estudadas. Por fim, comparamos os resultados com os obtidos por formas clássicas de análise, em que são desconsideradas as imprecisões das medidas. Concluímos que a modelagem das imprecisões das medidas pode favorecer as análises, já que os resultados obtidos em uma aplicação com dados reais de expressões gênicas foram condizentes com os que encontramos na literatura. / Any measurement, since it is made for a real instrument, has an uncertainty associated with it. In the present paper, we address this issue of uncertainty in two-channel cDNA Microarray experiments, a technology that has been widely used in recent years and is still an important tool for gene expression studies. Tens of thousands of gene representatives are printed onto a glass slide and hybridized simultaneously with mRNA from two different cell samples. Different fluorescent dyes are used for labeling both samples. After hybridization, the glass slide is scanned yielding two images. Image processing and analysis programs are used for spot segmentation and pixel statistics computation, for instance, the mean, median and variance of pixel intensities for each spot. The same statistics are computed for the pixel intensities in the background region. Statistical estimators such as the variance gives us an estimate of the accuracy of a measurement. Based on the intensity estimates for each spot, some data transformations are applied in order to eliminate systematic variability so we can obtain the effective gene expression. This paper shows how to analyze gene expression measurements with an estimated error. We presented an estimate of this uncertainty and we studied, in terms of error propagation, the effects of some data transformations. An example of data transformation is the correction of the bias estimated by a robust local regression method, also known as \\textit{lowess}. With the propagated errors obtained, we also showed how to use them for detecting differentially expressed genes between different conditions. Finally, we compared the results with those obtained by classical analysis methods, in which the measurement errors are disregarded. We conclude that modeling the measurements uncertainties can improve the analysis, since the results obtained in a real gene expressions data base were consistent with the literature.

A obesidade é considerada uma epidemia na atualidade, principalmente nos países em desenvolvimento. Indivíduos com obesidade possuem maior risco para desenvolvimento de doenças cardiovasculares, diabetes mellitus tipo 2 (DM2) e alguns tipos de câncer, o que diminui a qualidade e expectativa de vida destes indivíduos. O tecido adiposo (TA) é o sítio anatômico da manifestação dos principais efeitos fisiopatológicos da obesidade. Alterações neste tecido estão implicadas, não somente no desenvolvimento da obesidade, mas também destas outras doenças associadas. Uma das alterações presentes nos indivíduos com obesidade é uma inflamação crônica de baixo grau, associada à produção aumentada de citocinas proinflamatórias. Evidências sugerem que o inflamassoma NLRP3 (Nod-like receptores family pyrin domain containing 3) é um dos principais responsáveis pela produção de citocinas proinflamatórias no TA, como a interleucina- 1β (IL-1β). Embora vários estudos tenham relatado uma associação do NLRP3 com obesidade e / ou resistência à insulina (RI); resultados contraditórios também foram relatados por outros estudos. Portanto, realizamos uma revisão sistemática para resumir os resultados de estudos que avaliaram a associação do NLRP3 com obesidade e RI. Dezenove estudos foram incluídos na revisão. Os estudos foram selecionados por apresentarem análises de expressão do NLRP3 no TA de indivíduos com e sem obesidade ou avaliarem associações entre polimorfismos neste gene e obesidade. Em geral, estudos em humanos indicam que a obesidade e RI estão associadas com a expressão aumentada de NLRP3 no TA. Estudos em ratos obesos corroboraram essa associação. Além disso, dieta com alto teor de gordura (DATG) aumenta a expressão de Nlrp3 no TA de camundongos, enquanto que a dieta que restringe calorias diminui sua expressão. Da mesma 12 forma, o bloqueio do Nlrp3 em camundongos protege contra a obesidade e RI induzidas por DATG. São escassos os estudos que avaliaram polimorfismos no NLRP3 e obesidade. Visto que a obesidade é uma doença multifatorial, com componentes ambientais e genéticos envolvidos no seu desenvolvimento, fatores diversos devem ser analisados, em especial, no TA. O comparative gene identification-58 (CGI-58) foi primeiramente identificado como um co-ativador da adipose triglyceride lipase (ATGL), aumentado a lipólise. Estudos mais recentes também identificaram funções do CGI-58 independentes da ativação da ATGL. O CGI-58 parece atuar como uma lysophosphatidic acid acyltransferase (LPAAT), ou seja, possui a capacidade de catalisar a modificação do ácido lisofosfatídico em ácido fosfatídico. Isto representa um passo importante na biossíntese de lipídios neutros e glicerofosfolipídios, gerando moléculas de sinalização que regulam processos inflamatórios e a ação da insulina. Até o momento, apenas alguns poucos estudos avaliaram a associação entre CGI-58 e obesidade, com resultados inconclusivos. Assim, comparamos a expressão de CGI-58 no TA subcutâneo (TAS) de indivíduos com diferentes categorias de índice de massa corporal (IMC). Também avaliamos se o CGI-58 se correlaciona com parâmetros de composição corporal, taxa metabólica de repouso (TMR), RI e perfis lipídicos e glicêmicos. Para tal, utilizamos biópsias de TAS de 67 indivíduos submetidos à cirurgia bariátrica ou cirurgia abdominal eletiva. Os pacientes foram divididos em: Grupo 1 (n = 14; IMC ˂ 27,0 kg/m2), Grupo 2 (n = 24; IMC 30,0 - 39,9 kg/m2) e Grupo 3 (n = 29; IMC ≥ 40,0 kg/m2). A expressão gênica do CGI-58 foi quantificada usando RT-qPCR. A expressão de CGI-58 foi diminuída em pacientes do Grupo 3 [mediana de 0,60 (0,45 - 0,85, percentil 25º - 75º)] e Grupo 2 [0,85 (0,50 - 1,23)] em comparação com pacientes do Grupo 1 [1,70 (0,99 - 2,70)] (p ˂ 0,001). Valores de CGI-58 acima da mediana foram associados com menor risco de obesidade, ajustando-se para as covariáveis (RC = 0,036, IC 95% 0,003 - 0,410). Além disso, a expressão de CGI-58 foi negativamente correlacionada com parâmetros de composição corporal (IMC, circunferência da cintura, porcentagens de massa gorda e massa magra), TMR, perfil lipídico (colesterol total e triglicerídeos), RI e hemoglobina glicada, enquanto correlacionou-se positivamente com o colesterol HDL. Sendo assim, a expressão de CGI-58 está diminuída em indivíduos com obesidade, estando associada com um pior perfil metabólico. De acordo com exposto é possível que NLRP3 e CGI-58 tenham um papel importante no desenvolvimento da obesidade. Parece que estes dois genes atuam de forma inversa, pois o NLRP3 está aumentado em indivíduos com obesidade enquanto o CGI-58 está diminuído. De forma interessante, um estudo anterior demonstrou que ratos com bloqueio de CGI-58 especificamente nos macrófagos e tratados com DATG tiveram inflamação exacerbada e RI devido à ativação do inflamassoma NLRP3 e consequente secreção de IL-1β. No entanto, mais estudo são necessários para esclarecer o papel do CGI-58 na patogênese da obesidade. / Nowadays, obesity is considered epidemic, especially in developing countries. Individuals with obesity are at greater risk for developing cardiovascular diseases, type 2 diabetes mellitus (T2DM) and some types of cancer, which reduces the quality and life expectancy of these individuals. Adipose tissue (AT) is the anatomical site of the manifestation of the main pathophysiological effects of obesity. Alterations in this tissue are implicated, not only in the development of obesity, but also of these other associated diseases. One of the alterations present in individuals with obesity is a chronic low-grade inflammation, associated with increased production of pro-inflammatory cytokines. Evidence has suggested that the NLRP3 inflammasome (Nod-like receptors family pyrin domain containing 3) is one of the main factors involved in the production of pro-inflammatory cytokines in AT, such as interleukin-1β (IL-1β). Although several studies have reported an association of the NLRP3 inflammasome with obesity and / or insulin resistance (IR); contradictory results have also been reported by other studies. Therefore, we conducted a systematic review to summarize the results of the studies that evaluated the association of NLRP3 with obesity and IR. Nineteen studies were included in the review. Selected studies focused on NLRP3 expression in the TA of individuals with and without obesity or evaluated associations between polymorphisms in this gene and obesity. Overall, human studies indicate that obesity and IR are associated with increased NLRP3 expression in AT. Studies in obese mice corroborate this association. Moreover, high fat diet (HFD) increases Nlrp3 expression in murine AT while calorie-restricted diet decreases its expression. Hence, Nlrp3 blockade in mice protects against HFD-induced obesity and IR. Few studies analyzed the association of NLRP3 polymorphisms with obesity. Considering that obesity is a multifactorial 15 disease, with environmental and genetic components involved in its development, several factors must be analyzed, especially in AT. Initially, comparative gene identification-58 (CGI-58) was identified as a co-activator of adipose triglyceride lipase (ATGL), increasing lipolysis. Recent studies have also identified CGI-58 functions independent of ATGL activation. CGI-58 seems to act as a lysophosphatidic acid acyltransferase (LPAAT), that is, it has the ability to catalyze the modification of lysophosphatidic acid in phosphatidic acid. This represents an important step in the biosynthesis of neutral lipids and glycerol-phospholipids, generating signaling molecules that regulate inflammatory processes and insulin action. To date, only few studies have evaluated the association between CGI-58 and obesity, with inconclusive results. Thus, we compared CGI-58 expression among subcutaneous adipose tissue (SAT) of subjects with different body mass index (BMI) categories. We also evaluated if CGI-58 correlates with body composition parameters, resting energy expenditure (REE), insulin resistance (IR), and lipid and glycemic profiles. To this, SAT biopsies were obtained from 67 individuals who underwent bariatric surgery or elective abdominal surgery. Patients were divided in: Group 1 (n = 14; BMI ˂ 27.0 kg/m2), Group 2 (n = 24; BMI 30.0 - 39.9 kg/m2) and Group 3 (n = 29; BMI ≥40.0 kg/m2). CGI-58 expression was quantified using RT-qPCR. CGI-58 expression was decreased in patients from Group 3 [median 0.60 (0.45 – 0.85, 25th – 75th percentiles)] and Group 2 [0.85 (0.50 – 1.23)] compared to Group 1 patients [1.70 (0.99 – 2.70)] (P ˂ 0.001). CGI-58 values above median were associated with protection for obesity, adjusting for covariables (OR = 0.036, 95% CI 0.003 – 0.410). Moreover, CGI-58 expression was negatively correlated with body composition parameters (BMI, waist circumference, fat mass, and fat-free mass), REE, lipid profile (total cholesterol and triglycerides), IR, and glycated hemoglobin, while it was positively 16 correlated with HDL cholesterol. Therefore, CGI-58 expression is decreased in patients with obesity, and it was associated with worse metabolic profile. According to the aforementioned data, it is possible that NLRP3 and CGI-58 might play an important role in the development of obesity. It seems that these two genes act in opposite ways, since NLRP3 is increased in individuals with obesity while CGI-58 is decreased. Interestingly, a previous study demonstrated that macrophage-specific Cgi-58 blockade in AT from mice increased inflammation and IR after HFD, due to the activation of the NLRP3 inflammasome and, consequent secretion of IL-1β. However, additional studies are needed to clarify the role of CGI- 58 in the pathogenesis in the obesity.

Echinococcus granulosus é um parasito cestódeo e o agente etiológico da hidatidose cística. O desenvolvimento dos vermes adultos a partir dos protoscoleces é, provavelmente, desencadeada por diferentes estímulos que são impostos pelos hospedeiros, os quais provocam mudanças moleculares e morfológicas no parasito. No entanto, os mecanismos responsáveis por essas variações não estão totalmente esclarecidos. Para encontrar genes e proteínas possivelmente envolvidos com as alterações fenotípicas observadas durante o desenvolvimento estrobilar de E. granulosus, relatamos aqui o perfil transcritômico e a detecção de proteínas recémsintetizadas após a indução in vitro de protoescólices ao desenvolvimento estrobilar. Os protoescólices foram tratados com pepsina e mantidos em meio bifásico contendo taurocolato para induzir ao desenvolvimento estrobilar. Azidohomoalanina, aminoácido análogo de metionina, foi adicionado para a incorporação metabólica nas proteínas recém-sintetizadas, que foram visualizadas por microscopia confocal e identificadas por espectrometria de massas Paralelamente, o RNA total foi isolado utilizando o reagente TRIzol e as bibliotecas geradas foram sequenciadas na plataforma Illumina MiSeq. Nós identificamos 23 proteínas detectadas exclusivamente na presença de estímulos para o desenvolvimento estrobilar (SSD) e 28 na ausência desses estímulos (NSD). Também encontramos 75 proteínas diferencialmente expressas entre as duas condições (34 em SSD e 41 em NSD). Na análise dos dados de RNAseq, 818 genes foram identificados como diferencialmente expressos pelo software GFOLD. De forma geral, genes e proteínas com funções moleculares de transdução de sinal, metabolismo e modificações de proteínas foram observadas com a progressão do desenvolvimento estrobilar. Assim, este estudo fornece informações sobre genes e proteínas que podem ter um papel chave para o desenvolvimento do parasito, além de serem alvo de estudos futuros. / Echinococcus granulosus is a cestode parasite and the etiological agent of the cystic hydatid disease. The development of the adult worms from protoscoleces is probably triggered by different stimuli imposed by the hosts, which lead to molecular and morphological changes. However, the mechanisms underlying these variations remain largely unclear. In order to find genes and proteins possibly involved with the phenotypic changes during the strobilar development, we reported here the transcriptomic profile and the detection of newly synthesized proteins after protoscoleces in vitro induction to strobilar development. Protoscoleces were treated with pepsin and maintained in biphasic medium containing taurocholate to induce the strobilar development. The methionine analogue azidohomoalanine was added for metabolic incorporation in the newly synthesized proteins that were visualized by confocal microscopy and identified by mass spectrometry.In parallel, total RNA from parasite material was isolated using TRIzol reagent and the generated libraries were sequenced on Illumina MiSeq platform. We identified 23 proteins present only after stimuli for strobilar development (SSD) and 28 in absence of these stimuli (NSD). We also found 75 differentially expressed proteins (34 SSD and 41 NSD). In the RNA-seq analysis, 818 differentially expressed genes were identified by the GFOLD software. Gene transcripts and proteins with molecular functions of signal transduction, metabolism and protein modifications were observed with progression of development. This study provides insights on searching for the key genes and proteins that may be important for the correct parasite development and be target for further studies.

Orientador: Ana Claudia Pavarina / Resumo: O estudo tem como objetivo avaliar a susceptibilidade ao fluconazol e a expressão de genes de virulência e envolvidos na síntese de ergosterol de cepa de Candida albicans resistente a fluconazol (ATCC 96901) presentes nas línguas de camundongos submetidos à aPDT associada a Nistatina. Para isso, colônias recuperadas de animais submetidos ao tratamento com aPDT e Nistatina (NIS) bem como a associação (NIS+aPDT e aPDT+NIS), foram armazenadas em glicerol 50% e utilizadas para o Teste de Concentração Inibitória Mínima (CIM) e Concentração Fungicida Mínima (CFM). Além disso, as línguas dos animais submetidos aos tratamentos foram armazenadas em RNAlater (RNAlater Tissue Collection: RNA Stabilization Solution Protocol Ambion®) em freezer -80°C para avaliação da expressão gênica. Para realização do teste CIM, as cepas foram reativadas em placas de Ágar Sabouraud Dextrose (SDA), cultivadas em estufa 35°C por 48 h e avaliadas seguindo o método de microdiluição em caldo (CLSI) com algumas modificações. Foram realizadas diluições seriadas de fluconazol (variando de 2 a 1024 μg/ml) em meio RPMI 1640 (2 x concentrado), em suspensões (0,5x103 a 2,5x103 UFC/mL). As placas foram incubadas a 35°C e observadas quanto à presença ou ausência de crescimento após 24 h, além disso, foi realizado plaqueamento (CFM). Foram consideradas as menores concentrações de fluconazol que resultaram em inibição de pelo menos 50% do crescimento. A quantificação da expressão gênica foi realizada por meio da técni... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the susceptibility to fluconazole and the expression of virulence genes and involved in ergosterol synthesis of fluconazole resistant strain of Candida albicans (ATCC 96901) present in the mouse's thongue submitted to aPDT associated with Nystatin. For this, colonies recovered from animals submitted to treatment with aPDT and Nystatin (NIS) as well as their association (NIS + aPDT and aPDT + NIS) were stored in 50% glycerol and used for the Minimum Inhibitory Concentration Test (MIC) and Minimum Fungicidal Concentration (MFC). In addition, part of the tongue of the treated animals were stored in RNAlater (RNAlater Tissue Collection: RNA Stabilization Solution Protocol Ambion®) in -80 °C freezer for evaluation of gene expression. To accomplish the MIC test, the strains were reactivate in Sabouraud Dextrose Agar (SDA) plates, grown in a 35 °C oven for 48 h and evaluated using the broth microdilution method (CLSI) with some modifications. Serial dilutions of fluconazole (ranging from 2 to 1024 μg / ml) in RPMI 1640 medium (2x concentrate) were performed in suspensions (0.5x103 to 2.5x103 CFU / ml). The plates were incubated at 35 ° C and observed for presence or absence of growth after 24 h, plating was also performed (CFM). The lowest concentrations of fluconazole that resulted in inhibition of at least 50% growth were consider. The quantification of the gene expression was performed using quantitative Reverse Transcription-quantitative pol... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Claudia Aparecida Rainho / Resumo: O carcinoma mamário é o tipo de câncer mais frequente entre as mulheres, com estimativas de aumento de sua incidência mundial nas próximas décadas. O câncer de mama triplo negativo (CMTN) é um subtipo definido pela falta de receptores para os hormônios estrógeno e progesterona e sem superexpressão de HER-2. Ocorre geralmente em mulheres com menos de 50 anos e está relacionado a uma alta taxa de recorrência e mortalidade. As terapias convencionais são hormônio-dependentes ou possuem a proteína HER2 como alvo, logo o CMTN não é responsivo a essas modalidades terapêuticas. Devido a biologia deste tumor, novas abordagens são necessárias para o seu tratamento. Plantas são importantes fontes de compostos antitumorais. Os sesquiterpenos α-humuleno (HUM) e β-cariofileno (CAR) geralmente estão presentes em conjunto no óleo essencial de diversas plantas. Um número limitado de estudos foi realizado sobre os seus efeitos em células derivadas de carcinomas mamários, porém um efeito imunomodulador foi descrito para diferentes sesquiterpenos em células derivadas de cânceres humano. A hipótese desse estudo é que os efeitos in vitro dos sesquiterpenos HUM e CAR nas linhas celulares derivadas de CMTP são mediados por alterações nos níveis de expressão de citocinas produzidas pelas células tumorais. Foram selecionadas quatro linhagens celulares triplo-negativas (BT-20, BT-549, MDA-MB-231 e MDA-MB-436). Inicialmente, os efeitos isolados ou combinados do HUM e CAR foram avaliados pelo ensaio de v... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Breast cancer is the most common type of cancer amongst women. Worldwide, its incidence is estimated to increase in the coming decades. Triple negative breast cancer (TNBC) is a subtype defined by the absence of receptors for estrogen and progesterone hormones and without HER-2 overexpression. It usually occurs in women under 50 years old and it is related to a high recurrence and mortality rates. As conventional therapies are hormone-dependent or target HER2, TNBC are not responsive to these therapeutic approaches. Due to the biology of this tumor, new targets are needed for its treatment. Plants are important sources of antitumor compounds, the sesquiterpenes α-humulene (HUM) and β-caryophyllene (CAR) are usually present together in the essential oil of several plants. Few studies have been conducted on their effect in breast cancer cells, but an immunomodulatory effect of different sesquiterpenes was described on human cancer cells. The hypothesis of this study is that the in vitro effects of sesquiterpenes HUM and CAR on cell lines derived from TNBC are mediated by changes in cytokine expression levels produced by tumor cells. For this, four triple-negative cell lines were selected (BT-20, BT-549, MDA-MB-231, and MDA-MB-436). Initially, the isolated or combined effects of HUM and CAR were evaluated by the MTT cell viability assay upon different concentrations (6.25, 12.5, 25, 50, and 100µM), after 24, 48, 72, and 96 hours of exposure. Based on the effect of the sesquiterp... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Nosso estudo se caracterizou em descrever o perfil de expressão de nove genes de actina presentes no genoma do Aedes aegypti ao longo do ciclo de vida do mosquito. Experimentos de qRT-PCR confirmaram a expressão estágio-espécifico de dois genes já caracterizados anteriormente como genes com picos de indução em pupas macho (AeAct-3) e pupas fêmeas (AeAct-4). Outros 2 genes já caracterizados também tiveram seus perfis de expressão confirmados. AeAct-1 se mostrou em baixa expressão e AeAct-2 apresentou picos de indução em larvas de quarto instar. Os demais genes de actina se mostraram expressos em todos os intervalos analisados. Os picos de indução para todos os genes se encontravam ou em pupas ou em larvas de quarto instar. Essa característica se deve ao fato da actina ser uma proteína estrutural, justificando a alta transcrição em larvas tardias e principalmente pupas, fase onde ocorre a metamorfose completa do inseto. / Our study was characterized to describe the expression profile of nine actin genes present in the genome of Aedes aegypti throughout the mosquito\'s life cycle. QRT-PCR experiments confirmed the stage-specific expression of two genes as already previously characterized genes with induction peaks of male pupae (AeAct-3) and female pupae (AeAct-4). Two other genes already characterized, also had their expression profiles confirmed. The AeAct-1 showed in low expression and AeAct-2 showed induction peaks in larvae of fourth instar. The remaining actin genes showed expressed in all the analyzed intervals. The induction peaks for all genes were found in pupae or larvae of fourth instar. This characteristic is due to the fact that actin is a structural protein, justifying the high transcription in late larvae and mainly in pupae, stage where the complete metamorphosis of the insect occurs.

Esta dissertação faz uma análise dos resultados de diversas simulações de transcrição usando o modelo binário da expressão gênica regulado externamente. Foram consideradas como variáveis estocásticas o número de moléculas de mRNA e o estado do gene. Neste modelo o gene pode estar no estado ativo (ON) ou reprimido (OFF) e a mudança de estado do gene ocorre a taxas deteminadas para a ativação e para a repressão em cada simulação. O número de moléculas de mRNA é alterado pela transcrição de novas moléculas e pela degradação das moléculas existentes, sendo que esses processos também ocorrem a taxas determinadas. Nas simulações foi utilizado o algoritmo de Gillespie para simulação estocástica exata de reações químicas acopladas / This dissertation analyzes the results of several transcription simulations using the binary model of externally regulated gene expression. The number of mRNA molecules and the state of the gene were considered as stochastic variables. In this model the gene may be in the active state (ON) or repressed state (OFF) and the change of gene state occurs at determined rates in each simulation for activation and for repression. The number of mRNA molecules is changed by the transcription of new molecules and by the degradation of existing molecules at determined rates. These simulations used the Gillespie algorithm for exact stochastic simulation of coupled chemical reactions was used

Orientador: Alexandre Hiroaki Kihara / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC. Programa de Pós-Graduação em Neurociência e Cognição, 2014

Esta dissertação faz uma análise dos resultados de diversas simulações de transcrição usando o modelo binário da expressão gênica regulado externamente. Foram consideradas como variáveis estocásticas o número de moléculas de mRNA e o estado do gene. Neste modelo o gene pode estar no estado ativo (ON) ou reprimido (OFF) e a mudança de estado do gene ocorre a taxas deteminadas para a ativação e para a repressão em cada simulação. O número de moléculas de mRNA é alterado pela transcrição de novas moléculas e pela degradação das moléculas existentes, sendo que esses processos também ocorrem a taxas determinadas. Nas simulações foi utilizado o algoritmo de Gillespie para simulação estocástica exata de reações químicas acopladas / This dissertation analyzes the results of several transcription simulations using the binary model of externally regulated gene expression. The number of mRNA molecules and the state of the gene were considered as stochastic variables. In this model the gene may be in the active state (ON) or repressed state (OFF) and the change of gene state occurs at determined rates in each simulation for activation and for repression. The number of mRNA molecules is changed by the transcription of new molecules and by the degradation of existing molecules at determined rates. These simulations used the Gillespie algorithm for exact stochastic simulation of coupled chemical reactions was used