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Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus

ALMEIDA, Erik Amazonas de 31 January 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9512_1.pdf: 2655908 bytes, checksum: b137ac1305ca5bc02534e3f38e5c8db1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A avicultura brasileira gera grandes divisas para o país e fornece alimento a baixo custo para a população. Entretanto, os problemas sanitários que acometem a indústria avícola afetam todo o sistema produtivo, podendo acarretar perdas no mercado mundial ou elevação dos preços do produto final. Dentre as enfermidades mais frequentes na avicultura mundial e brasileira está a coccidiose, causada por diferentes espécies de protozoários do gênero Eimeria spp., sendo E. maxima, E. acervulina e E. tenella os agentes causadores mais comuns. Este estudo avaliou a expressão gênica em resposta à infecção por E. tenella no baço de três linhagens de galinhas: uma selecionada para altas taxas de crescimento e desenvolvimento muscular (TT), outra selecionada para altas taxas de fertilidade e postura de ovos (CC), e uma terceira linhagem não selecionada geneticamente (CCc), um controle genético de CC. As duas linhagens selecionadas (TT e CC) apresentaram, em estudo anterior, diferenças na resistência/susceptibilidade à coccidiose. As aves foram inoculadas com E. tenella e seus tecidos foram colhidos aos dias 0 (pré-infecção), 2, 6 e 9 pós-infecção. O perfil de expressão gênica no baço das aves foi avaliado por meio de microarranjos de DNA contendo 13.000 pontos de genes impressos, oriundos de tecido linfóide de aves. RT-PCR quantitativo em tempo real foi realizado para avaliar o perfil de expressão de NK-lisina uma citocina produzida por linfócitos T e células natural killer, e responsável pelo recrutamento e ativação de outras citocinas e células de defesa. O estudo de microarranjos revelou importantes conjuntos de genes diferencialmente expressos entre as linhagens. Aves da linhagem mais resistente CC apresentaram um padrão de expressão de genes que codificam imunoglobulinas e citocinas maior do que os animais TT. Dentre esses genes, encontram-se galinacina, uma β-defensina de aves, e IRF-10. Ambas atuam no combate a patógenos intracelulares. Já a linhagem TT apresentou maior expressão de IL1-F5, uma citocina antagônica de IL-1, que atua inibindo NF-κB, um fator importante na diferenciação de linfócitos e estímulo de IRF10 e IFN-γ. Entre as linhagens que compartilham uma maior proximidade genética, CC e CCc, as diferenças foram quantitativa e qualitativamente mais sutis. Consistente com esse padrão, os níveis de expressão de NK-lisina foram maiores na linhagem CC durante o período pré-infecção. Já no segundo dia após a infecção, TT mostrou uma expressão muito superior a CC e CCc, possivelmente devido à sua inabilidade em prontamente combater a doença. Ao avançar da infecção, a expressão gênica foi homogênea entre as linhagens. É possível que a seleção genética para características de postura possa ter favorecido a expressão basal de genes envolvidos com defesa celular, promovendo maior condição de resistência a doenças aos animais
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Produção da proteína L1 do Papilomavírus bovino tipo 1 em Pichia pastoris

JESUS, André Luiz Santos de 31 January 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:04:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3741_1.pdf: 1581853 bytes, checksum: 0025fe881a3b0e2eed7c457909ca63d6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Os papilomavírus são conhecidos por causarem lesões tumorais, geralmente benignas, em tecidos epiteliais de diversos organismos, que podem sob condições adequadas progredirem para o câncer. O papilomavírus bovino (BPV) tem sido amplamente caracterizado tanto por ser considerado um modelo experimental para o estudo do papilomavírus humano (HPV), quanto por sua grande importância na bovinocultura. Estudos para o combate da infecção mostram que vacinas baseadas em virus-like particles (VLPs), formadas a partir das proteínas capsidiais L1/L2 ou L1, induzem à produção de anticorpos neutralizantes conferindo proteção contra o mesmo tipo viral. A levedura Pichia pastoris é um sistema de expressão eficiente e de baixo custo para produção de altos níveis de proteínas, além de apresentar vantagens em relação a outros sistemas. Neste trabalho foi avaliado a possibilidade do uso do sistema de expressão heteróloga baseado em células da levedura P. pastoris para a produção da proteína L1 do capsídeo do papilomavírus bovino tipo 1. O gene L1 foi amplificado por PCR a partir do genoma completo de BPV 1, clonado no vetor pGEM-T Easy e subclonado sob a regulação do promotor AOX1 e em fase de leitura com uma cauda de poli-histidina presentes no vetor pPICZA. As células da levedura foram transformadas com a construção pPICZAL1B1 e os recombinantes resistentes a zeocina foram selecionados para expressão da proteína L1. Estes foram cultivados em frascos contendo meio com glicerol como fonte de carbono e após 48 horas o meio foi trocado por outro contendo 0,5% de metanol. A cada 24 horas foi adicionado metanol para uma concentração final de 2%, até completar 96 horas. Os resultados obtidos mostraram que os recombinantes P. pastoris transformados com o cassete de expressão pPICZAL1B1, após indução com metanol, foram capazes de expressar o gene L1 e de produzir a proteína L1 de BPV 1. Tais transformantes permitirão o estabelecimento de um sistema de expressão da proteína L1 e conseqüente produção de VLPs como primeiro passo para implementação de uma estratégia vacinal contra infecções por papilomavírus
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Avaliação do uso de células da levedura Pichia pastoris para expressão do gene L1 do Papilomavírus Humano tipo 16

COIMBRA, Eliane Campos January 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:04:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6206_1.pdf: 2700428 bytes, checksum: 581fcbaef95d2557078dfd0fe0d933dc (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Os papilomavírus humanos infectam o tecido epitelial mucoso ou cutâneo provocando o aparecimento de verrugas ou papilomas benignos que podem regredir ou evoluir para lesões malignas. A infecção por HPV é a doença sexualmente transmissível mais freqüente do mundo e está relacionada com a etiologia de certos tipos de cânceres, principalmente os anogenitais. O câncer cervical é o segundo mais freqüente entre as mulheres do mundo e o HPV-16 é o tipo mais encontrado, presente em 60% dos casos. Estudos para o combate da infecção mostram que as vacinas baseadas em Virus-Like Particles (VLPs), formadas a partir das proteínas capsidiais L1/L2 ou L1, induzem à produção de anticorpos neutralizantes que conferem proteção contra o mesmo tipo viral. A imunidade humoral é direcionada contra os epítopos conformacionais da proteína L1 que compõe 90% da estrutura capsidial. As VLPs são obtidas através da expressão dos genes capsidiais em sistema de expressão heterólogo e processos de purificação. A levedura Pichia pastoris é um sistema de expressão, eficiente e de baixo custo para a produção de altos níveis de proteínas, além de apresentar vantagens em relação a outros sistemas. Neste trabalho foi proposta a expressão do gene L1 de HPV-16 em células da levedura P. pastoris, como base de uma estratégia vacinal para o controle do câncer de colo de útero. O gene L1 de HPV-16 foi clonado em vetor de expressão pPICZA e a construção pPICZL1H16 foi integrada no genoma de Pichia. A transcrição do gene L1 foi confirmada por meio de RT-PCR e a expressão da proteína, por imunodetecção em Dot Blot. A obtenção dos clones de P.pastoris que expressam a proteína L1 de HPV-16, permitirá o desenvolvimento de mais uma estratégia vacinal baseada em VLPs
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Aspectos da virtualização da conversação face a face com atenção especial ao funcionamento das expressões indiciais

SILVA, Francisco Eduardo Vieira da January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:35:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7580_1.pdf: 1894132 bytes, checksum: f824b8d337668464969ea01c49081053 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Este trabalho, situado no paradigma sociointeracionista de linguagem, é fundamentado por algumas teorias baseadas na análise do funcionamento da língua, em especial naquelas que circulam nos domínios da Lingüística Textual. Trata-se de um estudo comparativo entre dois gêneros textuais bastante parecidos, a conversação face a face e a conversação mediada por computador, mas concretizados a partir de diferentes modalidades da língua, a fala e a escrita. Nosso objetivo específico é analisar, nesses dois gêneros, aspectos formais e funcionais daquilo que a literatura entende por expressões indiciais . Também refletimos sobre o que denominamos processo de virtualização da conversação face a face a transposição, para o ciberespaço, dos elementos verbais e não-verbais e das estratégias lingüísticas e interacionais que caracterizam a conversação face a face , bem como sobre os critérios de distinção entre as duas categorias lingüísticas que costumam ser relacionadas às expressões indiciais: os dêiticos discursivos e os anafóricos indiciais. Defendemos o afrouxamento das fronteiras entre essas duas categorias, com base nas seguintes constatações: em todo procedimento dêitico discursivo sempre há uma remissão anafórica; e todo anafórico indicial possui um certo grau de deiticidade. Trabalhamos com um corpus constituído de sessões de interação face a face e no MSN Messenger, cuja análise indica haver algumas especificidades do ciberespaço que dotam os chats de características próprias, repercutindo em sua organização lingüística e discursiva. Nesse sentido, a virtualização da conversação face a face altera o funcionamento e o cenário organizacional das expressões indiciais
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O corpo na ponta do lapis, na porta do palco : uma experiencia docente em educação artistica

Nascimento, Maria Jose de Oliveira 25 September 1999 (has links)
Orientador: Corinta Maria Grisolia Geraldi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Educação / Made available in DSpace on 2018-07-25T16:47:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nascimento_MariaJosedeOliveira_M.pdf: 27013130 bytes, checksum: b26d8e64f99d9dfc643667852e934602 (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: O objeto da pesquisa é o trabalho docente de uma professora de Educação Artística que investiga sua prática, de vinte anos, a partir da questão: Como envolver o aluno em atividades artísticas de produção e apreciação estéticas sem que este se sinta obrigado a isto e, paralelamente, passe a buscar arte além da esfera escolar? Através de metáforas gestadas pela análise do material empírico e.. cotejadas com teorias, procura explicitar tanto os processo de produção do trabalho docente, quanto as possibilidades expressivas dos alunos, tendo como referência o trabalho corporal. As metáforas da Borracha (desenho), da Janela (trabalho corporal) e da Colmeia (ampliação do repertório cultural), narram a trajetória da arte na escola, os preconceitos e pressões enfrentados pelos professores de arte e as dificuldades de desenvolvimento de um trabalho em que o corpo está inteiro e traz consigo as implicações dessa inteireza - que a instituição escolar e os campos disciplinares insistem em fragmentar apontando alguns caminhos para o ensino de arte na educação formal.1 / Abstract: The Subject of this research is the teaching work, of an Artistic education teacher who investigates her twenty year practice. It departs from the following question: How to include the students in artistic activities of both production and esthetic appreciation without making the student fell those activities as an obligation and, besides, how to make them search art out of the school context? Trough metaphors that had been created by the analysis of the empirical material and compared with theories, she searches to make explicit the production processes of the teaching work as much as she searches to treat the students' expressive possibilities, having the corporal work as a reference. The following metaphors, Eraser (drawing), Window (corporal work) and Honeycomb (cultural repertory growth), teU the trajectory of art at school, the prejudices and stress faced by the art teachers, as well as the problems that occur during the development of one task in which the whole body is involved and that brings in itself the implications of this wholeness - that the school institution and the knowledge fields insist on fragmenting - presenting some suggestions to the art teaching in formal education / Mestrado / Mestre em Educação
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Expressão e regulação dos fatores de transcrição da familia MEF2 em miocitos cardiacos submetidos a estimulo mecanico

Kobarg, Claudia Bandeira 15 March 2005 (has links)
Orientador: Kleber Gomes Franchini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T04:26:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kobarg_ClaudiaBandeira_D.pdf: 12392053 bytes, checksum: 66c2ce6a08c2f6b19b841868e0e5815d (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: As proteínas da família MEF2 são fatores de transcrição do tipo MADS-box que desempenham papéis importantes na regulação da miogênese e da morfogênse do miocárdio. Trabalhos desenvolvidos no nosso laboratório anteriormente, demonstraram que a rápida ativação de MEF2 por estímulo hipertrófico exerce um papel principal na ativação de c-jun, sugerindo sua importância na regulação da expressão de genes de resposta imediata por estímulo hipertrófico. o presente trabalho teve como objetivo estudar a expressão e regulação dos fatores MEF2 frente à sobrecarga mecânica. Foi demonstrado que os fatores MEF2 são ativados em resposta à sobrecarga mecânica em coração de rato. Essa ativação não ocorreu por um aumento na expressão de MEF2, mas provavelmente, por alguma modificação póstranscricional na proteína, aumentando assim a afinidade ao seu DNA consenso em ensaio de EMSA o método de duplo-híbrido em levedura foi utilizado para encontrar proteínas que interajam com MEF2 e atuem na sua regulação em resposta ao estímulo mecânico. Numa triagem de biblioteca de coração de rato previamente submetido à coarctação da aorta com uma "isca" de MEF2C, foram encontrados 4 c1ones de cDNA contendo a região C-terminal de miosina de cadeia pesada e 4 c1onescontendo a região Nterminal da proteína regulatória Ki-1I57. A interação entre MEF2C e miosina foi confirmada por imunoprecipitação em coração de rato e a interação entre MEF2C e Ki-1I57 foi confirmada por imunoprecipitação, ensaio de co-precipitação e análise microscópica de imunolocalização. A interação entre MEF2 e Ki-1I57 é dependente de estímulo mecânico no coração. Um ensaio de imunoprecipitação com anticorpo anti-MEF2 demonstrou uma associação basal entre essas duas proteínas no ventrículo esquerdo de ratos controle. No entanto, o estímulo mecânico causou uma redução significativa nesta associação. Ki-l/57 se apresentou co-Iocalizado com MEF2 no núcleo de miócitos de ratos controle. Porém, ao submeter ratos a coarctação da aorta, essa co-Iocalização não foi mais observada no núcleo dos miócitos. Ki-1I57 também exerce um efeito inibitório sobre a ligação de MEF2 a sua região consenso de DNA em ensaio de EMSA Esses resultados sugerem que a interação de Ki-l/57 com :MEF2é inibitória e que esteja envolvida com a regulação de MEF2 em resposta ao estímulo mecânico no coração / Abstract: The MEF2 proteins family is composed of MADS box transcription factors that plays important roles in the regulation of myogenesis and morphogenesis of myocardium. Previous work developed in our laboratory showed that the early activation of MEF2 proteins by mechanical overload plays a main role in the actívation of c-jun, suggestíng its importance in the regulation of irnmediate early genes response to mechanical overload The present work objective was to study the expression and regulatíon of MEF2 factors in face of mechanical overload. 1t was demonstrated that the MEF2 factors are activated in response to mechanical overload in rat heart This activation did not occur by an increase in MEF2 expression, but probably by some kind of post-transcriptíonal modification in the protein, raising the affinity ofMEF2 to its DNA in EMSA experiments. The yeast two-hybrid system was used to find proteins that interact with MEF2 and act in its regulation in response to mechanical overload In a rat heart library screening witb MEF2C as bait, four cDNA c1ones encoding a C-terminal region of Myosin Heavy Chain were isolated, as well as four c1ones encoding the N-terminaI region of the regulatory protein Ki-l/57. Tbe interaction between MEF2C and myosin was confirmed by irnmunoprecipitation in rat beart and the interactíon between MEF2C and Ki-1I57 was confirmed by immunoprecipitation, pull down assay and immunlocalization by laser confocaI microscopic analysis. The interactíon of :MEF2with Ki-l/57 is dependent on mechanical overload in the beart. An immunoprecipitation assay using anti-MEF2 antibody sbowed a basal association between these two proteins in left ventric1eof control rats. However, the mecbanical overload caused a significant reduction in this association. Ki-l/57 co-Iocalizes with MEF2 in the nuc1eusof myocytes of control rats. On the other hand, after submitting the animais to transverse aortic constriction, this co-Iocalization in the nucleus was no longer observed. Ki-1I57 also exerts an inhibitory effect upon MEF2C's DNA binding activity. These results suggest that the interaction between MEF2 and Ki-l/57 is inhibitory and that it may be involved in the regulation ofMEF2 in response to mechanical stimulus in the heart / Doutorado / Medicina Experimental / Doutor em Fisiopatologia Medica
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Análise da produção extracelular da proteína L1 de HPV 16, a partir da construção PICZAαL1H16 em células de Pichia pastoris

GOMES, Felippe Barbosa 31 January 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T23:13:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2933_1.pdf: 6870658 bytes, checksum: acbcf9d7334f444ca5bd229930ce06f2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O câncer cervical é a segunda maior causa de mortes entre mulheres no mundo. Esta neoplasia maligna está relacionada com a presença do Papilomavírus Humano (HPV), sendo o tipo 16 responsável por 60% dos casos. O HPV infecta o tecido epitelial mucoso ou cutâneo e é responsável pelo aparecimento de verrugas ou papilomas benignos que tendem a regredir naturalmente na maioria dos casos, mas que ainda assim causam prejuízos aos indivíduos infectados e aos sistemas públicos de saúde, sendo a papilomatose considerada a doença sexualmente transmissível mais prevalente no mundo, tornando essencial a aplicação de estratégias de combate à esta infecção. Vacinas baseadas em Virus-like particles (VLPs), formadas a partir das proteínas capsidiais L1 e L2 - que induzem a formação de anticorpos neutralizantes - já estão comercialmente disponíveis. Contudo, possuem um preço elevado considerando, principalmente, os países em desenvolvimento. A imunidade humoral é direcionada contra os epítopos conformacionais da proteína L1 que compõe 90% da estrutura capsidial. Para produção das VLPs os genes das proteínas capsidiais são expressos em sistemas heterólogos e o produto resultante é purificado. A escolha de um sistema mais simples e barato para essa expressão é fundamental para a redução do custo das vacinas. Uma alternativa promissora é a levedura Pichia pastoris. Este trabalho propôs a produção extracelular da proteína L1 de HPV16, que teve seu gene inserido no vetor pPCIZAα. A construção pPICZAαL1H16 foi integrada no genoma da levedura Pichia pastoris e a transcrição do gene L1 e a expressão da proteína foram confirmadas por RT-PCR e imunodetecção em Dot Blot. A expressão extracelular da proteína L1 de HPV 16, em células de P. pastoris, é uma etapa essencial na busca do desenvolvimento de uma estratégia vacinal mais economicamente viável baseada em VLPs
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Hip-hop na Região Metropolitana do Recife : identificação, expressão cultural e visibilidade

Gonçalves Paes Barreto, Silvia January 2004 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T23:17:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9404_1.pdf: 593379 bytes, checksum: 67868f30c4a5096eba489ef4eba258a4 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / O hip-hop, aqui chegando pelo mercado que comercializou o rap e popularizou o break, achou terreno fértil entre os jovens da periferia recifense para render fruto que, se por um lado afirma sua origem atrelada a um conjunto de significados hoje partilhados internacionalmente, por outro demonstra claramente tonalidades locais. Exemplar da dinâmica cultural contemporânea, o hip-hop é vetor de identificação que combina referenciais múltiplos. Na região metropolitana do Recife, apresenta uma rede como padrão de relações, conectando jovens em momentos de competição e cooperação. Diante da segregação econômica, que estigmatiza esses jovens, e do mito da democracia racial, que permeia o imaginário nacional, o discurso do hip-hop, seja pela fúria gritada no rap, seja através da demarcação de territórios pelo grafite, ou com a dança quebrada e compassada, o break, subverte a lógica dominante no campo das representações. Faz da periferia o endereço de orgulho, da cor a valorização de sua origem e da cidade um lugar a ser apropriado. E assim promete seguir, conquistando novos espaços de expressão e visibilidade
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Análise transcriptômica nas coníferas brasileiras Araucaria angustifolia (Bert,) O. Kuntze (Araucariaceae) e Podocarpus lambertti Klotzsch ex Eichler (Podocarpaceae)

Klabunde, Gustavo Henrique Ferrero January 2016 (has links)
Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2016-09-20T04:22:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 340768.pdf: 4219482 bytes, checksum: d608a114a77752c0cc8ec9aac75e3836 (MD5) Previous issue date: 2016 / Araucaria angustifolia e Podocarpus lambertii são coníferas brasileiras criticamente ameaçadas de extinção. Várias lacunas em diversas áreas de pesquisa como a fisiologia do desenvolvimento e biologia reprodutiva são obstáculos para o conhecimento, uso sustentável e proposição de medidas de conservação destes recursos genéticos. Entretanto, poucos estudos genômicos e transcriptômicos foram realizados nestas espécies. Este trabalho teve como principal objetivo o sequenciamento e a caracterização de transcriptomas de amostras de A. angustifolia (folhas, pólen e hastes) e P. lambertii (folhas). Um total de 341.278.253 (45.6 Gb) de leituras brutas foram obtidas da plataforma de sequenciamento de segunda geração Ion Proton, sendo utilizadas para a montagem referenciada e de novo dos transcriptomas, gerando 60.043 sequências contíguas. Em A. angustifolia, foram anotados, via gene onthology (GO) 4.354 unigenes distintos a partir do transcriptoma de folhas, 3.643 unigenes do transcriptoma de hastes e 9.354 unigenes do transcriptoma de pólen. Em P. lambertii foram identificados 4.649 unigenes no transcriptoma de folhas. A identificação e caracterização in silico e desenho de iniciadores de 56 marcadores moleculares microssatélites (SSR) e 259 marcadores de polimorfismo de base única (SNP) para as duas espécies foi realizada a partir dos dados disponíveis. Os motivos SSRs mais abundantes foram mononucleotídeos (39,7 %), seguidos por tetranucleotídeos (22,22 %) e trinucleotídeos (20,63 %). A relação entre o número de transversões e transições (Ti/Tv) foi de 2,15 para A. angustifolia e de 1,05 para P. lambertii. Os resultados obtidos para os marcadores SNPs apontam diferentes padrões na substituição de nucleotídeos entre as espécies, no entanto, os padrões dos marcadores SSRs foram muito semelhates entre Araucaria e Podocarpus. Este trabalho descreve os primeiros transcriptomas gerados de amostras coletadas a campo para ambas espécies e os resultados gerados fornecem subsídios que auxiliarão no entendimento sobre funções específicas de estruturas, evolução e servirão de base para futuros estudos funcionais e populacionais.<br> / Abstract : Araucaria angustifolia and Podocarpus lambertii are critically endangered brazilian conifers. Several gaps in many research areas like developmental phisiology and reproductive biology are obstacles to its knowledge, breeding, sustainable use of these genetic resources and proposition of conservation measures. However, few genomic and transcriptomic studies have been contucted on these species. The main objective of this work was the sequencing and characterization of transcriptomes from A. angustifolia (leaf, pollen and stem) and P. lambertii (leaf). A total of 341.278.253 (45.6 Gb) of raw reads were obtained from the Ion Proton second generation DNA sequencing platform and being used for reference based and de novo transcriptome assembly, generating 60.043 contigs. In A. angustifolia were annotated with the use of gene onthology (GO) 4.354 distinct unigenes from leaves transcriptome, 3.643 unigenes from stem and 9.354 unigenes from the pollen transcriptome. In P. lambertii were identified 4.649 unigenes from leaves transcriptome. In addition, sequence data allowed the in silico identification, characterization and primer design of 56 simple sequence repeats (SSR) and 259 single nucleotide polymorphisms (SNP) molecular markers for both species were performed from the available data. The most abundant SSR repeat motif was mononucleotide (39,7 %), followed by tetranucleotide (22,22 %) and trinucleotide (20,63 %). The ratio between transitions and transversions was 2,15 for A. angustifolia and 1,05 for P. lambertii. SNP results show distinct patterns for nucleotide substitutions between species, however, SSRs patterns were very similar between Araucaria and Podocarpus. This work therefore describes the first transcriptomes from field samples for both species and the results provide valuable resources for plant breeding, will further contribute on the understanding about tissue specific functions, conifers evolution and will be the base for future functional and populational studies.
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Epigenetic mechanisms involved in the interaction between diet and the expression of inflammation-related genes / Mecanismos epigenéticos envolvidos na interação entre a dieta e a expressão de genes relacionados com a inflamação

Rocha, José Luiz Marques 19 February 2016 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-12-19T15:29:42Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3143276 bytes, checksum: 5662ac450b002b393007075fdbcaca2c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T15:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3143276 bytes, checksum: 5662ac450b002b393007075fdbcaca2c (MD5) Previous issue date: 2016-02-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Mecanismos epigenéticos estão envolvidos na regulação da expressão gênica, incluindo metilação do DNA e microRNA (miRNA) que desempenham um papel crucial no desenvolvimento e manutenção de complicações metabólicas. Portanto, os objetivos deste estudo foram: 1) Avaliar o efeito de uma estratégia para perda de peso com base no padrão mediterrâneo (dieta RESMENA) na expressão de alguns genes e miRNAs relacionados com inflamação em células brancas do sangue (WBC) de indivíduos com síndrome metabólica (MetS); 2) Estudar in vitro a ação de alguns miRNAs selecionados na expressão de genes relacionados com a inflamação em células humanas de leucemia monocítica aguda (THP-1). Além disso, investigar o papel regulador de ácidos graxos (ácido palmítico, ácido oleico, ácido eicosapentaenoico e ácido docosahexaenoico) na expressão destes miRNAs em monócitos, macrófagos e macrófagos activados por LPS (AcM); 3) Explorar em células mononucleares de sangue periféricos (PBMC) de jovens adultos aparentemente saudáveis, a relação entre os níveis de metilação do DNA (LINE1, TNF e IL6) e os parâmetros antropométricos, bioquímicos, clínicos, nutricionais e marcadores do estado inflamatório e do estresse oxidativo. Para isso, 2 estudos foram conduzidos em duas populações distintas, além de um estudo in vitro. No primeiro, características clínicas, antropométricas e bioquímicas de 40 indivíduos com MetS (20 homens e 20 mulheres, idade: 48.8 ± 10 anos; IMC: 35.4 ± 4.4 kg/m 2 ) foram avaliadas antes e depois de 8 semanas de uma dieta hipocalórica (-30% das necessidades energéticas) baseada no padrão alimentar mediterrânico. A ingestão de nutrientes foi avaliada com um questionário de frequência alimentar. O RNA total foi isolado a partir de WBC e a expressão de alguns miRNAs e mRNAs (IL6, TNF, ICAM- 1, IL-18, SERPINE1, VCAM-1) foram avaliados por meio de qRT-PCR. Para melhor compreensão dos dados, um estudo in vitro foi desenvolvido. THP-1 foram diferenciadas em macrófagos e ativados com LPS durante 24 horas. Os três tipos celulares foram transfectados com miR-Let7b-5p, miR-155-3p ou controle negativo. E a expressão dos miRNAs e genes foi realizada por qRT-PCR. Para o terceiro objetivo, foram utilizados dados de um estudo transversal com 156 indivíduos (91 mulheres, 65 homens com idade média: 23.1 ± 3.5 anos; IMC: 22.0±2.9 kg/m 2 ). Foram avaliados parâmetros antropométricos, bioquímicos clínicos, e alguns componentes dos sistemas de defesa antioxidante e resposta inflamatória. Além disso, a metilação do DNA e a expressão de alguns genes foram analisadas em PBMC. A intervenção nutricional RESMENA melhorou características antropométricas e bioquímicas dos participantes. A expressão de miR-155-3p foi diminuída enquanto Let-7b foi fortemente aumentada após 8 semanas de intervenção nutricional. As alterações na expressão de let-7b, miR- 125b, miR-130a, miR-132-3p e miR-422b foram associadas com mudanças na qualidade da dieta, quando avaliada pelo índice de alimentação saudável. Além disso, o baixo consumo de lipídios e de gordura saturada foram associados com maior expressão de let-7b após o tratamento dietético. A transfecção in vitro do miR-155-3p levou ao aumento da expressão de IL6 nos três tipos celulares analisados. Da mesma forma, SERPINE1 foi regulado positivamente em monócitos e macrófagos. No entanto, TLR-4 foi regulado negativamente em monócitos e macrófagos transfectados com esse miRNA. Após transfecção com let-7b, TNF/IL6 e SERPINE1 foram reprimidos em monócitos e AcM, respectivamente. Além disso, o tratamento com ácido oleico foi capaz de aumentar a expressão de miR-155 em monócitos quando comparado com o tratamento de DHA, mas não em relação com as células controle. Por outro lado, o ácido oleico, aumentou a expressão de let-7b em macrófagos e AcM. Finalmente, os resultados de metilação do DNA mostraram que a adiposidade foi menor entre os indivíduos com maior metilação global do DNA (LINE-1). Indivíduos com maior metilação do DNA apresentaram maior ingestão diária de calorias, ferro e riboflavina. No entanto, os indivíduos que apresentaram menor porcentagem de metilação do DNA relataram maior consumo de cobre, niacina e tiamina. Curiosamente, o grupo com maior metilação de LINE-1 teve menor porcentagem de fumantes e mais pessoas que praticavam atividade física. Além disso, a porcentagem de metilação de TNF foi negativamente associada com o perímetro da cintura, relação cintura-quadril e relação cintura-estatura. Os nossos dados sugerem que a modulação da expressão de miRNAs e metilação de DNA por meio de uma abordagem nutricional podem ser uma alternativa futura ou adjunta à terapia farmacológica atual. Além disso, este estudo amplia o entendimento de como os ácidos graxos podem atuar nas células imunológicas relacionadas com a inflamação. / Epigenetic mechanisms are involved in the regulation of gene expression including microRNAs (miRNA) and DNA methylation; and play a crucial role in the development and maintenance of pathophysiological complications. Therefore, the aims of this work were: 1) To evaluate the effect of a weight loss strategy based on the Mediterranean dietary pattern (RESMENA diet) on expression of some selected inflammation-related genes and miRNAs in white blood cells (WBC) of individuals with metabolic syndrome (MetS); 2) To clarify in vitro the roles of selected miRNAs on the expression of inflammation-related genes in human acute monocytic leukemia cells (THP-1). Moreover, we investigated the regulatory role of fatty acids (palmitic acid, oleic acid, eicosapentaenoic acid and docosahesaenoic acid) on the expression of these miRNAs in monocytes, macrophages and LPS-activated macrophages (AcM); 3) To explore in young and apparently healthy adults, the relation between DNA methylation levels of LINE-1, TNF and IL6 in periferal blood monoclear cells (PBMC) and anthropometric, biochemical, clinical, dietary, inflammatory and oxidative stress parameters. To the first aim, the clinical, anthropometric, and biochemical characteristics of 40 individuals with MetS (20 men, 20 women; age: 48.8±10.02y; BMI: 35.41±4.42 kg/m 2 ) were evaluated before and after an 8 weeks hypocaloric (-30% of energy requeriments) diet based on the Mediterranean dietary pattern. Food consumption and nutrient intake were assessed with a food frequency questionnaire and 48-h weighed food records. Total RNA was isolated from WBC and the expression of some inflammation-related miRNAs and mRNAs (IL-6, TNF, ICAM-1, IL-18, SERPINE1, VCAM-1) was assessed by qRT- PCR. To achieve the second aim, THP-1 were differentiated into macrophages and activated with LPS for 24 hours. The three cell types were transfected with miR-Let-7b- 5p and miR-155-3p mimics or negative control. qRT-PCR analyses were performed to evaluate selected genes with potential role in inflammatory pathways related to these miRNAs. To the third aim, one hundred fifty-six individuals (91 women, 65 men; age: 23.1±3.5 years; BMI: 22.0±2.9 kg/m 2 ) were evaluated for anthropometric, biochemical and clinical markers, including some components of the antioxidant defense system and inflammatory response. Moreover, DNA methylation of LINE-1, TNF and IL6 and the expression of some inflammation-related genes were analyzed in PBMC. The RESMENA nutritional intervention improved mostly anthropometric and biochemical features. The expression of miR-155-3p was decreased in PBMC, whereas let-7b was strongly upregulated as a consequence of the diet treatment. However, they were not correlated with the expression of the pro inflammatory genes in the same cells. The changes in the expression of let-7b, miR-125b, miR-130a, miR-132-3p, and miR-422b were associated with changes in diet quality when assessed by the Healthy Eating Index. Moreover, low consumption of lipids and saturated fat were associated with higher expression of let-7b after the nutritional intervention. The in vitro transfection of miR-155-3p mimic led to upregulation of IL6 in the three cell types analyzed. In the same way, SERPINE1 was upregulated in monocytes and macrophages. However, TLR-4 was downregulated in transfected monocytes and macrophages. After transfection with let-7b mimic, TNF/IL6 and SERPINE1 expression were downregulated in monocytes and AcM, respectively; however, TNF, IL6 and SERPINE1 were upregulated in macrophages. In addition, oleic acid was able to increase the expression of miR-155 in monocytes when compared with the DHA treatment but not in relation with non-treated cells. On the other side, oleic acid increased the expression of Let-7b in macrophages and AcM. Finally, the results from DNA methylation in young adults showed that adiposity was lower among individuals with higher LINE-1 methylation. On the contrary, body fat-free mass was higher among those with higher LINE-1 methylation. Individuals with higher LINE-1 methylation had higher daily intakes of calories, iron and riboflavin. However, those individuals who presented lower percentages of LINE-1 methylation reported higher intakes of copper, niacin and thiamin. Interestingly, the group with higher LINE-1 methylation had a lower percentage of current smokers and more individuals practicing sport. On the other hand, TNF methylation percentage was negatively associated with waist circumference, waist-to-hip ratio and waist-to-height ratio. Our data suggest that the modulation of the expression of miRNAs and DNA methylation through a nutrition approach might be a future alternative or adjunct to current pharmacologic therapy targeting endogenous miRNAs or target genes. Furthermore, this study also expands the understanding of the role of fatty acids in the epigenetic regulation in immune cells.

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