11 |
Generation and characterization of a prostate-specific membrane antigen positive eukaryotic cell system for phage selection / Utveckling och utvärdering av PSMA-uttryckande cellinjer ämnade för riktad evolutionEhrenborg, Linda January 2021 (has links)
Prostate cancer is one of the most common cancer types worldwide. However, current diagnostic approaches and treatments are invasive and unspecific. Prostate-specific membrane antigen (PSMA) is an ideal biomarker for prostate cancer and can act as a target for therapeutic or diagnostic agents. Previous attempts to develop an affibody with affinity towards PSMA have been unsuccessful, therefore this thesis aimed at making the affibody selections against PSMA more efficient. In this thesis HEK293 cells expressing a modified version of PSMA containing a 3C protease cleavage site were generated, to enable extraction of the extracellular domain of PSMA during the selections. However, further analyses must be performed to determine if the extracellular domain can be successfully cleaved off. To develop an affibody that can be used both in vitro and in vivo, selections will be carried out against recombinant PSMA as well. The recombinant PSMA was previously produced incorporating an Avi tag for site-specific biotinylation and immobilization for the selections. To biotinylate the recombinant PSMA, the enzyme BirA that catalyzes the biotinylation of the Avi tag, was produced. A protein yield of 8.95 mg/liter culture was obtained and the site-specific biotinylation was highly efficient. To evaluate the proposed affibody selection strategy the next step is to determine if cleavage of the PSMA expressed on the HEK293 cells is possible, optimize the cleavage conditions and to start initial selections using the generated HEK293 cells and the produced BirA enzyme. / Prostatacancer är en av de mest förekommande cancertyperna över hela världen. Nuvarande diagnostiska metoder och terapeutiska behandlingar är dock invasiva och ospecifika. Prostataspecifikt membranantigen (PSMA) är en idealisk biomarkör för prostatacancer och kan agera som en målmolekyl för terapeutiska eller diagnostiska ändamål. Tidigare försök att utveckla en affibody med affinitet mot PSMA har inte lyckats, därför var målet med detta examensarbete att effektivisera selekteringen av affibodies mot PSMA. I detta projekt har HEK293 celler som uttrycker en modifierad version av PSMA, innehållande ett 3C-proteas- klyvningsställe, genererats för att möjliggöra extraktion av den extracellulära domänen av PSMA under selekteringen. Ytterligare analyser måste dock utföras för att avgöra om den extracellulära domänen kan klyvas av. För att utveckla en affibody som kan användas både in vitro och in vivo kommer selekteringen att utföras även mot rekombinant PSMA. Rekombinant PSMA har producerats tidigare med en Avi tag för specifik biotinylering och immobilisering under selekteringen. För att biotinylera det rekombinanta PSMA producerades enzymet BirA, som katalyserar biotinyleringen av en Avi tag. Ett proteinutbyte av 8,95 mg/liter kultur erhölls och den specifika biotinyleringen var effektiv. För att utvärdera den föreslagna strategin för selektering av affibodies är nästa steg att avgöra om klyvning av PSMA uttryckt av HEK293 cellerna är möjlig, optimera klyvningsförhållandena och starta initiala selektioner med de genererade HEK293-cellerna och det producerade BirA-enzymet.
|
12 |
Hypoxia and hematopoietic stem cell control with the substance Adaptaquin : An evaluation of hematopoietic stem cell’s proliferation and differentiation in artificially induced hypoxiaChristiansen, Jens January 2023 (has links)
Hematopoietic stem cells (HSCs) have historically been difficult to maintain ex vivo with many attempts to culture them in vitro by mimicking their natural biological environment. Providing a hypoxic environment is one way to achieve this goal and can be performed by using hypoxia stimulating compounds that inhibits the degradation of HIF1a which plays an important role in regulating hypoxia. For each sample 50 murine HSCs were isolated with fluorescence-activated cell sorting (FACS) and cultured with different concentrations of the hypoxia inducible compound Adaptaquin for 13 days followed by analysing with flow cytometry. The results showed an increase in proliferation of treated cells with the highest average total viable cell count for cells treated with 100 nM Adaptaquin of 4,70 ± 1,12 x 105 cells compared to the control which had 2,39 ± 0,76 x 105 cells. The HSC frequency was highest in the control samples with an average of 1,91 ± 0,42 % compared to the 5 mM treated samples with the highest average HSC frequency which was 1,52 ± 0,82 %. The biggest noticeable difference between the control and treated samples was seen when observing the total cell count. The difference in proliferation was on the other hand too small to see significant difference between the samples. The conclusion is that Adaptaquin did not have any significant impact on keeping the cells undifferentiated but could have a potential to be used as a compliment to other factors to maintain HSCs in vitro and to mimic its hypoxic biological environment. / Hematopoetiska stamceller (HSCs) har historiskt sett varit svåra att odla ex vivo och många försök har genomförts in vitro genom att efterlikna deras naturliga biologiska miljö. Att tillhandahålla en hypoxisk miljö är en metod för att uppnå detta och kan göras med användning hypoxi-stimulerande substanser som hämmar nedbrytningen av HIF1a som spelar en viktig roll i regleringen av hypoxi. För varje prov isolerades 50 murina HSCs med fluorescence-activated cell sorting (FACS) och odlades med olika koncentrationer av det hypoxi-inducerande ämnet Adaptaquin under 13 dagar följt av analys med flödescytometri. Resultaten visade en ökning i avseende på proliferationen hos behandlade celler där det högsta genomsnittliga totala antalet levande celler behandlade med 100 nM Adaptaquin som var 4,70 ± 1,12 x 105 celler jämfört med kontrollen som hade 2,39 ± 0,76 x 105 celler. HSC-frekvensen var högst i kontrollproverna med ett genomsnitt på 1,91 ± 0,42 % jämfört med proverna behandlade med 5 mM Adaptaquin som hade den högsta genomsnittliga HSC-frekvensen som låg på 1,52 ± 0,82 %. Den största synliga skillnaden mellan kontroll- och behandlingsprover var synlig när det observerade totala antalet celler jämfördes mellan behandlade prover som i genomsnitt hade fler totala celler. Skillnaden i proliferation var å andra sidan för liten för att se en signifikant skillnad mellan proverna. Slutsatsen är att Adaptaquin inte hade någon signifikant påverkan på att hålla HSCs odifferentierade men kan ha potential att användas som ett komplement till andra faktorer för att odla HSCs in vitro och efterlikna dess hypoxiska biologiska miljö.
|
13 |
Uttryck av ett nytt rekombinant protein Cp149 (HBV-kapsidprotein) modifierat med TfR apical domän / Expression of a new recombinant protein Cp149 (HBV capsid protein) modified with TfR apical domainNoorzai, Hamida January 2022 (has links)
Hepatit-B är en leversjukdom som orsakas av hepatit-B-virus (HBV) vilket är en kapslad DNA-virus. Kapsidprotein (Cp) har stor betydelse i virusets livscykel exempelvis DNA-replikation, interaktion med värdceller och andra virala glykoproteiner. HBV, som många andra virus, tar sig in i cellen genom att binda till cellreceptorer. Transferrinreceptor är en välkänd receptor som mögliggör virus inträde i cellen genom att binda till virusproteiner, intraktionen sker i apikala domänen i TfR. Båda Cp149, kapsidsammansättnings domänen i Cp, och apikala domänen i TfR är betydelsefulla ändamål för utveckling av antivirala läkemedel. Syftet med arbetet var att klona och uttrycka olika varianter av ett nytt modifierat Cp149, där Cp149 har modifierats med AP01 (lösliga formen av apikala dömanen), och analysera intraktioner mellan proteinerna och viralt glykoprotein, MGP1. Modifierade proteingener klonades i plasmid (pET-11a) med hjälp av rekombinant DNA-teknik och användning av restriktionsenzymer NdeI och BamHI. Agarosgelelektrofores och DNA-sekvensering användes för att kontrollera förekomst av eftersökta DNA-sekvenser. Nya plasmider fördes över till bakterieceller, Escherichia coli, och proteinutrycket inducerades i bakteriecellerna genom kemiskbehandling. Framrenade proteiner från respektive provlösning analyserades med Sodium dodecyl sulphate polyakrylamid gel electrophoresis (SDS-PAGE) och proteinernas funktion undersöktes med flödescytometri genom att besämma bindningsförmågan till MGP1, som uttrycktes på jästceller, i närvaro av TfR. Rekombinant plasmid innehållande proteingen kodande Cp149 för varianter A-D samt F lyckades att framställas. Resultatet från SDS-PAGE påvisade inga tydlyga protein-band och flödescytometri resultatet var svårt att bedömma, troligen då ytterliggare proteinupprening behövdes för att isolera kapsidproteinerna. Syftet med arbetet har erhållits delvis och fortsatt undersökningar på nya proteiner förslås. / Hepatitis B is one av the major worldwide health problems that is caused by enveloped DNA virus, Hepatitis B virus (HBV). HBV’s capsid protein (Cp) has an important role in the virus life cycle, för example DNA replication, intraction with host cells, and other viral glycoproteins. HBV, like many other viruses, enters the cells by binding to cell receptors. Transferrin receptor (TfR) is a well-known receptor that enables virus entry into the cell by binding to viral proteins. The interaction takes place in the apical domain of TfR. Both Cp149, the capsid’s composition domain of Cp, and the soluble form of the apical domain, AP01, from TfR are important builing parts to be explored as starting building blocks for the development of antiviral therapeutics. Modification of Cp149 with AP01 is an interesting combination to produce new protein-based drugs to prevent viral infections. The aim of this project was to clone and express six different variants of a AP01 modified Cp149 protein as a starting points to analyze interactions between the proteins and Machupo virus glykoprotein 1 (MGP1). All target DNA templates and plasmids (pET-11a) were digested with restriction enzymes, NdeI and BamHI, and ligated by T4 DNA ligase. Agarose gel electrophoresis and DNA sequencing were used as validation methods to confirm the presence of desired and corrected DNA sequences, respectively, during gene cloning. DNA transformation and induction of Escherichia coli cells was used to express the desired proteins. The purified proteins were validated for their binding ability to MGP1, expressed on yeast cells by flow cytometry in a competition assay with TfR. Recombinant plasmid including the expected DNA sequence encoding Cp149 for variants A-D and F was successfully produced. There was no clear detection of protein bands on Sodium dodecyl sulphate polyakrylamid gel electrophoresis (SDS-PAGE) gel and flow cytometry results were difficult to interpret due to insufficient protein purification during ammonium sulphate percipitation. The purpose of the project has been obtained partially and more studies have to be carried out to produce pure proteins that can be used for further analysis.
|
14 |
Flödescytometrisk undersökning av inbindning mellan designade topdomänen från transferrinreceptorn till virala glykoproteiner för potentiell användning inom läkemedelsframtagning / Flow cytometric investigation of binding between the designed top domain of the transferrin receptor to viral glycoproteins for potential use in drug developmentRydell, Emma January 2022 (has links)
Machupovirus är ett virus som kan orsaka hemorragisk feber hos människor. Efter utvärdering av bindning mellan designade proteiner och virala glykoproteiner skulle proteinerna potentiellt kunna användas vid framtagning av ett proteinbasserat läkemedel mot hemorragisk feber. Syftet med studien var att efter riktad evolution och framrening av optimerade varianter av proteinet AP01 undersöka inbindningen till virala glykoproteiner mellan designade AP01 proteiner och transferrinreceptorn med hjälp av flödescytometrisk undersökning. Den fysiologiska nivån av järn i kroppen upprätthålls av transferrin (Tf) och transferrinreceptorn (TfR), ett transmembranprotein bestående av tre domäner. TfR apikala domän används av glykoprotein 1 (MGP1) och Plasmodium vivax för att ta sig in i celler genom receptormedierad endocytos. Med rekombinant genteknik kan rekombinanta plasmider skapas där en gen av intresse ligeras in i en plasmid med hjälp av DNA-ligas. I studien skapades rekombinanta plasmider pET29b+/AP01 S2.1, S2.2, S2.3, S3.3, S3.4 och S3.6 som transformerades till E. coli. Erhållna resultat från sekvensering visade att samtliga sex AP01-gener hade ligerats i vektorn men sekvensering av rekombinanta plasmider visade att endast pET29b+/AP01 S2.1, S2.2, S2.3 och S3.6 hade nukleotidsekvens utan mutationer. Proteinuttryck inducerades innan proteiner renades fram med immobilized metal ion affinity chromatography (IMAC). Den uppskattade molekylvikten hos de framrenade proteinerna var 18 kDa som bestämdes med sodium dodecyl sulfate – polyacrylamid gel electrophoresis (SDS-PAGE) vilket överrenstämde med den teoretiska molekylvikten. Flödescytometri användes för att undersöka inbindningsförmågan mellan de uttryckta proteinerna och glykoprotein 1 (MGP1). Interaktionsbindningen mellan de designade proteinerna och MGP1 är bättre än interaktionen mellan originalgen AP01 och MGP1. De designade proteinerna visar på en svag effekt i den utförda ”competition assay” som gjorts vilket kan förklaras med en ej optimal struktur hos de designade proteinerna eller närvaro av BSA. / Machupovirus is a virus that can cause hemorragic fever in humans. After evaluating the binding between designed proteins and viral glycoproteins, the proteins could potentially be used in the development of a protein-based drug for hemorrhagic fever. The aim of the study was to investigate the binding to viral glycoproteins between designed AP01 proteins and the transferrin receptor after directed evolution and purification of optimized variants of the AP01 protein by means of flow cytometric examination. The physiological level of iron in the body is maintained by transferrin (Tf) and the transferrin receptor (TfR), a transmembrane protein consisting of three domains. The apical domain of TfR is used by glycoprotein 1 (MGP1) and Plasmodium vivax to enter cells through receptor mediated endocytosis. With recombinant DNA technology, recombinant plasmids can be created where a gene of interest is ligated into a plasmid using DNA ligase. In this study, recombinant plasmids pET29b+/AP01 S2.1, S2.2, S2.3, S3.3, S3.4 and S3.6 were created and transformed into E. coli. Sequencing results showed that all six AP01 genes had been ligated into the vector but sequencing of recombinant plasmids showed that only endast pET29b+/AP01 S2.1, S2.2, S2.3 and S3.6 had nucleotid sequence without mutations. Protein expression was induced before proteins were purified by immobilized metal ion affinity chromatography (IMAC). The estimated molecular weight of the purified proteins was 18 kDa as determined by sodium dodecyl sulfate – polyacrylamid gel electrophoresis (SDS-PAGE) which was consistent with the theoretical molecular weight. Flow cytometry was used to examine the binding ability between the expressed proteins and glycoprotein 1 (MGP1). The interaction binding between the designed proteins and MGP1 is better than the interaction between the original gene AP01 and MGP1. The designed proteins show a weak effect in the “competition assay” preformed, wich can be explained by a non-optimal structure how the designed proteins or the presence of BSA.
|
15 |
Detektionsmetoder för immunologiska och enzymatiska reaktioner och deras avgörande parametrar / Detection Methods of Immunological and Enzymatic Reactions and Their Crucial ParametersTchibalina, Lydia, Revend, Shamal January 2022 (has links)
Det finns många biotekniska analys- och detekteringsmetoder. Metoderna används för identifiering och kvantifiering av biomarkörer. Denna studie har analyserat detekteringsmetoder i de fall där två hjärtspecifika biomarkörer används, troponin och kreatinkinas. Studien avsåg att först identifiera tillämpningsfrekvensen av detekteringsmetoder i Sverige samt internationellt. Vidare identifieras sambandet mellan avgörande parametrar i val av detekteringsmetod. Metoden gick ut på att först bestämma den mest frekventa detekteringsmetoden i Sverige med hjälp av en enkät som skickades till olika laboratorier, sedan studerades tidigare studier publicerade på olika internationella databaser. Studierna som tillämpades var på hjärtspecifika troponin och kreatinkinas för att identifiera val av detekteringsmetod, detekteringskaraktäristika och användarvänlighetsparametrar. Studiens resultat visade att nationellt finns det tre detekteringsmetoder som är de mest använda för identifiering av kreatinkinas: masspektrometri, elektrokemisk luminescence och spektrometri. Internationellt är den dominerande metoden däremot elektrokemisk luminescence. För troponin är den dominerande metoden nationellt: elektrokemisk luminescence och flödescytometri, medan internationellt: elektrokemisk luminescence. Elektrokemisk luminescence är i många fall en stark vinnare i tillämpningen. Ytterligare iakttogs korrelationskoefficienter mellan parametern för att identifiera det starkaste respektive svagaste sambandet. Avgörande parametrar i val av elektrokemisk luminescence, visar på flera samband. Elektrokemisk luminescence och kreatinkinas tilldelas en korrelationskoefficient nära ett för parametrar som volym och känslighet och en korrelationskoefficient nära minus ett för linjärt mätområde och volym, samt kostnad och minimummängd. Medan för troponin och elektrokemisk luminescence erhålls en korrelationskoefficient nära ett för parametrar som känslighet och kostnad och en koefficient nära minus ett för kostnad och tid. / There are many biotechnological analysis- and detection methods. The methods are used for identification and quantification of biomarkers. This study has analyzed detection methods incases where two heart-specific biomarkers are used, troponin and creatine kinase. The study was intended to first identify the application frequency of detection methods in Sweden and internationally. Then identify the relationship between crucial parameters in the choice of detection method. The method consisted of first determining the most frequent detection method in Sweden with the help of a questionnaire that was sent to different laboratories, then previous studies published on various international databases were observed. The studies applied were on topics regarding cardiac-specific troponin and creatine kinase to identify choice of detection method, detection characteristics, and ease of use parameters. The results of the study showed that nationally, the detection methods most used for creatine kinase are mass spectrometry, electrochemical luminescence, and spectrometry. Internationally, however, the dominant method is electrochemical luminescence. For troponin, on a national level the dominant methods are electrochemical luminescence and flow cytometry, while internationally: electrochemical luminescence. Electrochemical luminescence is in many cases a strong winner in application. In addition, correlation coefficients are observed between the decisive parameters for a detection method, to identify the strongest and weakest relationships. Electrochemical luminescence and creatine kinase are assigned a correlation coefficient close to one for parameters such as volume and sensitivity and a correlation coefficient when minus one for measurement range and volume, as well as cost and minimum amount. While for troponin and electrochemical luminescence, a correlation coefficient close to one is obtained for parameters such as sensitivity and cost and a coefficient close to minus one for cost and time.
|
16 |
Measurements of Mean Corpuscular Volume and Hemoglobin using Optical Scatter Data from Flow Cytometry / Mätning av medelvolym av röda blodkroppar och hemoglobin med hjälp av ljusspridning från flödescytometriGustavsson, You January 2024 (has links)
Complete blood count (CBC) analysis, often provided by an automated hematology analyzer, is a fundamental diagnostic test for evaluating a patient’s overall health status as a tool in diagnosing various medical conditions. CBC provides insights into the composition of the blood cells with parameters such as Mean Corpuscular Volume (MCV) and Hemoglobin (HGB). MCV represents the average size and volume of red blood cells, while HGB indicates the oxygen-carrying capacity of the blood. Different technologies are used in hematology analyzers, such as the impedance method and spectrophotometry, to achieve precise measurements of MCV and HGB. However, exploring other methodologies is of interest to potentially reduce instrument complexity and cost. Flow cytometry, based on light scatter, provides detailed information on the characteristics of individual cells and is commonly used in CBC analysis to differentiate white blood cells and reticulocytes. However, while the potential of this method for investigating MCV and HGB levels is well established, it is of significant interest to determine if the measurement techniques can be streamlined from three to one by solely using flow cytometry in this prototype analyzer. In this thesis, the possible use of measuring MCV and HGB using a flow cytometry system based on optical scatter data from a prototype hematology analyzer has been examined. The need to sphere the red blood cells before the measurements have also been investigated to evaluate reagent needs. The results have been evaluated based on the correlation factor, accuracy and precision of the proposed optical method. It is shown that the optical method in this thesis, can be used to measure MCV and HGB. However, the necessity of sphering the cells remains. Furthermore, a comparison is made between the optical method and the Sysmex XN-1000 to evaluate the accuracy of the obtained values. Finally, possible improvements and future work are suggested. / Blodstatus, utförd av automatiserade hematologiinstrument, är ett grundlägggande diagnostiskt test för att utvärdera en patients allmänna hälsotillstånd som ett verktyg för att diagnostisera olika medicinska tillsånd. Blodstatus ger inblick i blodets sammansättning med parameterar som Medelvolym av röda blodkroppar (MCV) och Hemoglobin (HGB). MCV representerar den genomsnittliga storleken och volymen av röda blodkroppar, medan HGB indikerar blodets syrebärande förmåga. Olika metoder används i hematologiinstrument, såsom impedansmetoden och spektrofotometri för att mäta MCV och HGB värden. Undersökning med hjälp av andra metoder för mätning av dessa parameter är dock utav intresse för att potentiellt minska instrument komplexitet och kostnader. Flödescytometri, baserad på ljusspridning, ger detaljerad information om egenskaperna hos enskilda celler och används ofta för att differentiera vita blodkroppar och reticulocyter. Även om potentialen att undersöka MCV- och HGB-nivåer med denna metod redan är väletablerad, är det av betydande intresse att undersöka om man kan minska mätmetoderna från tre till en, genom att enbart använda flödescytometri i detta prototypinstrument. I detta examensarbete har möjligheten att mäta MCV och HGB med hjälp av flödescytometri baserat på optisk spridningsdata från en prototyp hematologiinstrument undersökts. Behovet av att ”sfära” de röda blodkropparna innan mätningarna har också undersökts för att utvärdera reagensbehov. Resultaten har utvärderats utifrån den förslagna optiska metodens korrelationsfaktor, noggrannhet och precision. Resultatet visar att den optiska metoden som presenteras i denna uppsats, kan användas för att mäta MCV och HGB. Dock kvarstår behovet av att ”sfära” cellerna. Dessutom görs en jämförelse mellan den optiska metoden och Sysmex XN-1000 för att utvärdera noggrannheten hos de erhållna värdena. Till sist ges förslag på möjliga förbättringar och vidareutveckling av den optiska metoden för framtiden.
|
17 |
Analys av ett urval skånska sjöars limnologiska tillstånd : En studie om kemiska och fysikaliska parametrars samvariation med växtplankton / Analysis of the limnological condition in a selection of lakes in Skåne : A study based on chemical and physical parameters and their covariation with phytoplanktonJohannesson, Marlene January 2021 (has links)
Svenska sjöars trofistatus delas upp i fyra olika statusar; oligotrofa, mesotrofa, eutrofa och hypertrofa. Försurning och övergödning är vanligt, till följd av antingen naturliga eller antropogena orsaker. Syftet med studien var att undersöka hur plankton (biodensitet) samvarierar med olika kemiska och fysikaliska parametrar (pH, konduktivitet, vattenfärg, turbiditet, siktdjup, Tot-N och Tot-P) i 20 skånska sjöar, samt hur biodensiteten skiljer sig mellan trofistatusarna. Syftet var även att bedöma sjöarnas tillstånd utifrån parametrarna, plankton som bioindikator, tidigare miljöövervakningar och bedömningsgrunder. Studienomfattade fältarbete där vatten- och planktonprov samlades in och vattenanalyser av siktdjup, pH och konduktivitet utfördes. På labb analyserades biodensiteten genom flödescytometri, planktonartbestämning genom mikroskopering och analyser av vattenfärg, turbiditet, Tot-N och Tot-P. En databasanvändes för att bedöma sjöarnas trofistatus och som kontroll vid analys av biodensiteten mellan trofistatusarna. Statistiska analyser utfördes för att analysera data. Biodensiteten kan förklaras till 71,1% av både vattenfärg och Tot-P. Multikollinearitet kan ha bidragit till ett felaktigt icke-signifikant samband mellan biodensitet och parametrarna turbiditet och Tot-N. Biodensiteten skiljde sig inte signifikant åt mellan trofistatusarna, vilket kan bero på provstorleken. De tidigare bedömningsgrunder och de nya av vattendirektivet skiljde sig åt för några parametrar. En uppmaning är att studera skånska sjöar med vattendirektivets bedömningsgrunder för att bibehålla en god miljöövervakning och uppnå miljömålen, och att lägga till konduktivitet samt återinföra turbiditet och vattenfärg i bedömningsgrunderna. / Swedish lakes’ trophy status is divided into oligotrophic, mesotrophic, eutrophic, and hypertrophic. Acidification and eutrophication are common, due to either natural or anthropogenic causes. The purpose of the study was to investigate how plankton (biodensity) covaries with chemical and physical parameters (pH, conductivity, watercolor, turbidity, visibility depth, Tot-N and Tot-P) in 20 lakes in Skåne, and how the biodensity differs between trophy levels. The purpose was also to assess the lake conditions based on the previously mentioned parameters, previous environmental monitoring, and assessment criteria. The study included fieldwork where water samples were collected, and water analyzes of visibility depth, pH and conductivity were performed. In the lab, plankton was analyzed by flow cytometry and microscopy,and watercolor, turbidity, Tot-N and Tot-P by water analyses. A database was used to assess the lakes’ trophy status and as a control when analyzing the biodensity between the trophy statuses. Statistical analyzes were performed to analyze data. 71,1% of the biodensity’s variation was explained by watercolor and Tot-P. Multicollinearity may have contributed to an incorrectly insignificant correlation between biodensity, turbidity and Tot-N. The biodensity did not differ between the trophy statuses, which mightdepend on the sample size. The previous assessment criteria and the new ones of the Water Framework Directive (WFD) differed for some parameters. A recommendation is to study lakes in Skåne with the WFD’s assessment criteria to maintain a good environmental monitoring and to achieve the environmental goals, and to add conductivity and reintroduce turbidity and watercolor into the assessment criteria.
|
18 |
Jämförelse av spermakvalitet med avseende på DNA fragmentations index (DFI) : Hos svenska och danska män med fertilitetsproblematik / Comparison of sperm quality with regards to DNA fragmentation index (DFI) : In Swedish and Danish men with fertility problemsBjörk, Matilda January 2024 (has links)
För att bedöma mäns spermiekvalitet och därmed pars chanser till en graviditet har standardparametrar tidigare använts som fertilitetsindikator, men har visat sig vara en mindre tillförlitlig metod. Därför har en ny metod som bygger på flödescytometri och kallas Sperm Chromatin Structure Assay (SCSA) utvecklats som fokuserar på spermiernas arvsmassa, och som då har visat sig vara en mycket mer tillförlitlig metod. Syftet med denna studie var att jämföra DNA Fragmentations Index (DFI) -värde mellan svenska och danska män och se om en signifikant skillnad finns. För att uppfylla detta späddes och färgades spermaproven in och analyserades med SCSA, som därefter gav hur stor andel av spermiernas DNA som är defekt, vilket presenterades som ett procentuellt DFI-värde. Resultatet visade en signifikant skillnad av medianvärdet mellan svenska och danska män med avseende på DFI, där svenska män hade högre medianvärde än de danska männen. Detta i kombination med tidigare forskning som gjordes mellan svenska och danska män och som visade att svenska män hade bättre kvalitet än danska män med avseende på standardparametrarna, stödjer tidigare forskning som visar på att det ej finns ett samband mellan standardparametrar och DFI. Dock hade ytterligare forskning av skillnaderna mellan svenska och danska män behövts, för att validera fynden i denna studie. / To assess men's sperm quality and thus couples' chances of pregnancy, standard parameters have previously been used as a fertility indicator, but have proven to be a less reliable method. Therefore, a new method based on flow cytometry called Sperm Chromatin Structure Assay (SCSA) has been developed which focuses on the sperm's genetic mass, and which has been shown to be a much more reliable method. The purpose of this study was to compare the DNA Fragmentation Index (DFI) value between Swedish and Danish men and see if a significant difference exists. To fulfill this, the sperm samples were diluted and stained and analyzed with SCSA, which then gave the ratio of the sperm's DNA that is defective, which was presented as a percentage DFI value. The result showed a significant difference in the median value between Swedish and Danish men with regard to DFI, where Swedish men had a higher median value than the Danish men. This, in combination with previous research that has been done between Swedish and Danish men which showed that Swedish men had better quality than Danish men in regards to the standard parameters, supports previous research that shows that there is no connection between standard parameters and DFI. However, further research into the differences between Swedish and Danish men is needed to validate the findings in this study.
|
19 |
Bestämning och jämförelse av helblodspåsars leukocyt-innehåll : vid tre olika vilotider efter blodgivning, analyserat med flödescytometri / Determination and comparison of whole blood bags leukocyte content : at three different resting periods after blood donation, analyzed by flow cytometrySvahn, Leo January 2021 (has links)
Vid blodgivning donerar blodgivare blod frivilligt. Blodet kan sedan användas inom sjukvården för exempelvis blodtransfusion, vilket kräver blodprodukter kompatibla med patienten. Förekomst av leukocyter i blodprodukter medför en ökad risk för febrila transfusionsreaktioner hos transfunderade patienter. Därför krävs det att vid framställning leukocytreducera blodprodukter och utföra kvalitetskontroll. Med analysen B-leukocytpartikelkoncentration (LPK) kan totalantalet leukocyter i helblod beräknas. Flödescytometri är en metod som kan analysera optiska och fluorescerande egenskaper hos exempelvis celler i en suspension, vilket kan användas för att kvantifiera cellantal. BD Leucocount™-Kit (BD Biosciences) är avsett för flödescytometrisk analys av antalet kvarvarande leukocyter i leukocytreducerade blodprodukter. Vid framställning av blodprodukter ska helblodspåsen vila vid rumstemperatur i minst 3 timmar efter blodgivning. I Falun används antingen ett dagsprogram där produktion sker samma dag som blodgivningen, eller ett övernattningsprogram där produktion sker dagen därpå. Prover från 505 kontrollerade erytrocytenheter, samlade i Falun, har påvisat en skillnad i leukocytkoncentration beroende på vilket program som använts. Anledningen till att erytrocytenheternas leukocytinnehåll skiljer sig är inte känt. Syftet med denna studie är därav att undersöka om vilotiden har någon effekt på leukocytkoncentrationen i helblodspåsar. LPK varierade mellan helblodspåsarna. Ett ökande leukocytantal observerades över tid i majoriteten av helblodspåsar, inklusive medelvärde. Däremot kunde inte hypotesprövning påvisa statistisk signifikans. Hypotesen om att leukocytantalet ökar över tid går emot grundläggande hematologi. Utifrån resultaten i denna studie kan inte hypotesen bevisas. Vidare studier bör genomföras. / During blood donation, blood donors donate blood voluntarily. The blood can then be used in healthcare for, for example, blood transfusions, which requires blood products compatible with the patient. The presence of leukocytes in blood products increases the risk of febrile transfusion reactions in transfused patients. Therefore, leukocyte-reduction in blood products is necessary during production. Each blood center must perform quality control on produced blood products. With the analysis B-leukocyte particle concentration (LPK), the total number of leukocytes in whole blood can be calculated. Flow cytometry is a method that can analyze the optical and fluorescent properties of, for example, cells in a suspension, which can be used to quantify cell numbers. The BD Leucocount™-Kit (BD Biosciences) is intended for flow cytometric analysis of the number of leukocytes remaining in leukocyte-reduced blood products. When producing blood products, the whole blood bag should rest at room temperature for at least three hours after the donation. In Falun, either a day program is used where production takes place on the same day as the blood was donated, or an overnight program where production takes place the next day. Samples from 505 controlled erythrocyte units, collected in Falun, have shown a difference in leukocyte concentration depending on the program used. The reason why the leukocyte content of erythrocyte units differs is not known. The purpose of this study is therefore to investigate whether the resting period has any effect on the leukocyte concentration in whole blood bags. The LPK varied between the whole blood bags. An increasing leukocyte count was observed over time in most of the whole blood bags. However, hypothesis testing did not show statistical significance. The hypothesis that leukocyte counts increase goes against basic hematology. Based on the results of this study, the hypothesis cannot be proven. Further studies should be conducted. / <p>Vårdförbundet tilldelade Leo Svahn stipendium 2021 för <em>bästa kandidatuppsats inom biomedicinsk laboratorievetenskap</em>.</p>
|
Page generated in 0.0741 seconds