Orientador: Maurílio Boaventura / Coorientador: Inês Aparecida Gasparotto Boaventura / Banca: Silvio Alexandre de Araujo / Banca: Aylton Pagamisse / Resumo: O Reconhecimento facial é uma das tecnologias biométricas mais utilizadas em sistemas automatizados que necessitam garantir a identidade de uma pessoa para acesso autorizado e monitoramento. A grande aceitação do uso da face tem várias vantagens sobre outras tecnologias biométricas: ela é natural, não exige equipamentos sofisticados, a aquisição de dados é baseada em abordagens não invasivas, e pode ser feito a distância, de maneira cooperativa ou não. Embora muitos estudos em reconhecimento facial tenham sido feitos, problemas com variação de iluminação, poses com oclusão facial, expressão facial e envelhecimento ainda são desafios, pois influenciam a performance dos sistemas de reconhecimento facial e motivam o desenvolvimento de novos sistemas de reconhecimento que lidam com esses problemas e sejam mais confiáveis. Este trabalho tem como objetivo avaliar a técnica de Padrões Localmente Mapeados em Multiescala (MSLMP) para o reconhecimento facial. Técnicas baseadas em algoritmos genéticos e processamento de imagens foram usadas para obter melhores resultados. Os resultados obtidos chegam a 100% de acurácia para alguns banco de dados. A base de dados MUCT 'e, em particular, bastante complexa, ela foi criada em 2010 com o objetivo de aumentar a quantidade de bancos de dados disponíveis com alta variação de iluminação, idade, posições e etnias, e por isso, 'e um banco de dados difícil quanto ao reconhecimento automático de faces. Uma nova técnica de processamento baseada na... / Abstract: Facial recognition is one of the most used biometric technologies in automated systems which ensure a person's identity for authorized access and monitoring. The acceptance of face use has several advantages over other biometric technologies: it is natural, it does not require sophisticated equipment, data acquisition is based on non-invasive approaches, and can it be done remotely, cooperatively or not. Although many facial recognition studies have been done, problems with light variation, facial occlusion, position, expression, and aging are still challenges, because they influence the performance of facial recognition systems and motivate the development of more reliable recognition systems that deal with these problems. This work aim to evaluate the Multi-scale Local Mapped Pattern (MSLMP) technique for the facial recognition. Techniques based on genetic algorithms and image processing were applied to increase the performance of the method. The obtained results reach up to 100% of accuracy for some databases. A very difficult database to deal is the MUCT database which was created in 2010 with aim of providing images with high variation of lighting, age, positions and ethnicities in the facial biometry literature, which makes it a highly difficult base in relation to automated recognition. A new processing technique was developed based on the average gray levels of the images of the database / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-05T18:17:37Z No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T20:22:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T20:22:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ). / A região Nordeste é a maior produtora de melão no Brasil, contribuindo com cerca de 90% da produção nacional. Os Estados do Rio Grande do Norte e Ceará juntos produzem desde 2010 cerca de 500 mil toneladas/ano em 21.000 ha de área plantada, sendo os maiores estados produtores do país. O Brasil ocupa o 11º lugar no ranking mundial de produção de melão, sendo este fruto um dos mais exportados nos últimos anos no país. No Brasil, as viroses destacam-se entre os principais problemas fitossanitários que afetam as cucurbitáceas, causando redução na qualidade dos frutos e perda significativa na produção. Os principais vírus que infectam o meloeiro são os potyvírus, comovírus, cucumovírus, tospovírus e carlavírus. O “Amarelão do meloeiro” é considerado a principal doença dessa cultura. Essa doença é caracterizada por apresentar forte clorose nas folhas mais velhas e é associada, até então, ao carlavírus Melon yellowing-associated virus (MYaV) como o agente causador. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os vírus potenciais candidatos a agente causador do “Amarelão do meloeiro”. Um conjunto de amostras de meloeiro apresentando sintoma de “Amarelão do meloeiro” foi coletado em Mossoró (RN) e Juazeiro (BA) e os ácidos nucleicos purificados foram sequenciados utilizando a tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) pela plataforma Illumina HiSeq 2000. Foram identificadas em alta frequência sequências com alta identidade ao genoma do carlavírus Melon yellowing-associated virus (MYaV) e ao polerovírus Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV). Foi elaborada a hipótese de que um desses dois vírus, ou ambos, seja o vírus causador da doença e, portanto, foram caracterizados neste estudo. O isolado de MYaV caracterizado molecularmente foi proveniente de Mossoró sendo denominado isolado M22-MYaV e os isolados de CABYV denominados CABYV-M3 e CABYV-JMB1, de Ceará (CE, perto da cidade de Mossoró) e Juazeiro (BA), respectivamente. A determinação do genoma completo foi realizada a partir de NGS e por sequenciamento pelo método Sanger. O genoma do MYaV possui 9073 bases e codifica seis proteínas: RdRp (ca. 6,2 kb), TGB1 (ca. 0,7 kb), TGB2 (ca. 0,3 kb), TGB3 (ca. 0,2 kb), CP (ca. 1 kb) e NaBp (ca. 0,4 kb). A análise filogenética utilizando a sequência da proteína de replicação (RdRp) do MYaV mostrou que o vírus apresenta maior relacionamento com o carlavírus Sweet potato yellow mottle virus (59,8%), confirmando a classificação do MYaV dentro do gênero Carlavirus. O genoma dos isolados M3 e JMB1 de CABYV é de cerca de 5,7 kbases, codificando sete ORFs: ORF0 (0,7 kb), ORF1 (ca. 1,8 kb), ORF2 (ca. 1,3 kb) , ORF3 (ca. 0,6 kb), ORF3a (ca. 0,1 kb), ORF4 (ca. 0,7 kb) e ORF5 (ca. 0,1 kb). O genoma dos dois isolados de CABYV apresenta 96,8% de identidade em nucleotídeo entre si e 73,7% com a sequência do isolado CABYV-N da França (X76931). A baixa identidade de sequência entre os isolados brasileiros e o francês se deve a uma região de recombinação na extremidade 3’ do genoma compreendendo as regiões que codificam a capa proteica (CP: ORF3 e ORF5) e proteína de movimento (MP: ORF4). O major parent do recombinante foi identificado como CABYV na análise, mas o minor parent não foi identificado dentro do conjunto de sequências de vírus utilizado. A análise filogenética e do relógio molecular sugere que os isolados M3 e JMB1 são possivelmente originários da França, tendo passado anteriormente pela Espanha e Taiwan. Um ensaio em condições controladas demonstrou que o isolado brasileiro de CABYV é eficientemente transmitido por moscas-brancas (Bemisia tabaci biótipo B), apesar de ser classificado como um polerovírus que é tipicamente transmitido por afídeos. Foi possível produzir antissoro específico ao isolado brasileiro de CABYV, que se mostrou útil para testes de detecção por DAS-ELISA. Este estudo apresenta o genoma completo do MYaV e a caracterização molecular e filogenética de novos isolados de CABYV em meloeiro no Brasil e mostra evidências que um membro da família Luteoviridae pode ser transmitido por Bemisia tabaci. / The Northeast region is the largest melon producer in Brazil, accounting for around 90% of the national production. Since 2010, together, the states of Rio Grande do Norte and Ceará have produced around 500,000 tons / year in 21,000 hectares of planted area, being the largest producing state in the country. Brazil occupies the 11th place in the world ranking of melon production, being one of the most exported fruit in recent years. In Brazil, viruses are among the main phytosanitary problems affecting cucurbits, causing a reduction in fruit quality and a significant loss of production. The major viruses that infect melon plants are potyviruses, cucumoviruses, tospoviruses and carlaviruses. "Amarelão do meloeiro”, meaning melon severe yellowing, is considered as the main disease of this crop. This disease is characterized by the occurrence of strong chlorosis in the older leaves of infected plants and is associated with Melon yellowing-associated virus (MYaV) as the causative agent. The objective of this work was to characterize potential virus candidates for the causative agent of "Amarelão do meloeiro". A set of melon samples showing "Amarelão do meloeiro" symptom was collected in Mossoró (state of Rio Grande do Norte) and Juazeiro (Bahia) and purified nucleic acids were sequenced using the Next Generation Sequencing (NGS) technology by the Illumina HiSeq 2000 platform. Sequences of the genome of the carlavirus Melon yellowing-associated virus (MYaV) and the polerovirus Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV) were found in high frequency. It was hypothesized that one of these two viruses, or both, is the virus that causes the disease and, therefore, were characterized in this study. Molecular characterized MYaV isolate was derived from Mossoró being named M22-MYaV isolate and the CABYV isolates were named CABYVM3 and CABYV-JMB1, collected in Ceará (near the city of Mossoró) and Juazeiro (Bahia), respectively. Determination of the complete genome sequence was performed by NGS and by sequencing by the Sanger method. MYaV genome has 9073 bases and encodes six proteins: RdRp (ca. 6.2 kb), TGB1 (ca. 0.7 kb), TGB2 (ca. 0.3 kb), TGB3 (ca. 0.2 kb), CP (ca. 1 kb) and NaBp (ca. 0.4 kb). Phylogenetic analysis using the MYaV replication protein sequence (RdRp) showed that the virus was closely related to the carlavirus Sweet potato yellow mottle virus (59.8%), confirming the classification of MYaV within the genus Carlavirus. The genome of the CABYV M3 and JMB1 isolates is ~ 5.7 kbases, encoding seven ORFs: ORF0 (0.7 kb), ORF1 (ca. 1.8 kb), ORF2 (ca. ORF3 (ca. 0.6 kb), ORF3a (ca. 0.1 kb), ORF4 (ca. 0.7 kb) and ORF5 (ca. 0.1 kb). The genome of the two CABYV isolates shares 96.8% nucleotide identity to each other and 73.7% to the CABYV-N isolate from France (X76931). The low sequence identity between the Brazilian and French isolates is due to a region of recombination at the 3' end of the genome comprising the regions encoding the coat protein (CP: ORF3 and ORF5) and movement protein (MP: ORF4). The major parent of the recombinant was identified as CABYV in the analysis, but the minor parent was not identified within the set of virus sequences used. Phylogenetic and molecular clock analyses suggest that the M3 and JMB1 isolates are possibly from France, having previously passed through Spain and Taiwan. A transmission test performed under controlled conditions has demonstrated that CABYV Brazilian isolate is efficiently transmitted by whiteflies (Bemisia tabaci biotype B), although it is classified as a polerovirus, that is typically transmitted by aphids. It was possible to produce a specific antiserum to the Brazilian CABYV isolate, which proved useful for DAS-ELISA detection tests. This study presents the complete genome of MYaV and the molecular and phylogenetic characterization of new isolates of CABYV in melon in Brazil and shows evidence that a member of the family Luteoviridae can be transmitted by Bemisia tabaci.

Resumo não disponível

No presente estudo, procurou-se investigar a aplicação terapêutica potencial de AdhIL-10 em um modelo de transplante em grandes animais, buscando-se avaliar a quantidade necessária de hIL-10 transferida aos pulmões para se ter uma resposta eficiente mensurável e clinicamente relevante. Mostrou-se, inicialmente, que a transfecção de 4x1010 pfu/ml de Ad5E1RSVhIL-10 em pulmão esquerdo logrou alcançar tal objetivo(p<0.001). Numa segunda etapa, 2 estudos foram desenvolvidos. Estudo A - 15 animais foram alocados aleatoriamente em 3 grupos: 1- diluente (CONTROLE, n=5), 2- vetor vazio (VV, n=5), e 3- Ad5E1RSVhIL-10 (AdhIL-10, n=5). A AdhIL-10 (4x1010 pfu/ml) foi administrada ao doador por via endobrônquica, usando-se um broncoscópio flexível, e os animais foram ventilados por 12h antes da retirada dos pulmões. Os pulmões foram então armazenados por 18h antes de serem transplantados, e os parâmetros fisiológicos foram seguidos por 2h depois da reperfusão. Estudo B - também foram alocados randomicamente 7 animais em 2 grupos: diluente (CONTROLE, n=3), e Ad5E1RSVhIL-10 (AdhIL-10, n=4). A administração foi realizada do mesmo modo descrito previamente, os animais foram mantidos acordados e com ventilação espontânea durante 24 horas antes da retirada do órgão. Os pulmões foram a seguir armazenados durante 24 horas então serem transplantados, e avaliados por 2h após a reperfusão. Todas a citocinas foram medidas por ELISA no tecido pulmonar transplantado ao término do tempo de isquemia fria, do tempo de isquemia morna, e depois de 1h e 2h de reperfusão. Os animais doadores toleraram a entrega de gene IL-10 humano via endobrônquica sem incidentes, permanecendo hemodinamicamene estáveis ao longo do período de observação. PaO2 e PaCO2 dos doadores não foram significativamente diferentes entre grupos na hora de retirada do órgão. Depois de 2h de reperfusão, entretanto, o pulmão transplantado mostrou oxigenação arterial sistêmica melhorada em ambos os estudos: 511±71 mmHg em AdhIL-10 versus 256±182 e 423±173 mmHg em VV e CONTROLE, respectivamente (p <0.05 AdhIL-10 versus controle). Além disso, o pico de pressão nas vias aéreas mostrou-se mais baixo (25±0.8 cmH2O em AdhIL-10 contra 30.4±1.6 e 37.3±3.1 cmH2O em VV e CONTROLE, respectivamente), e a relação de peso úmido-seco foi melhorada no grupo AdhIL-10 (6.1±0.6 mg contra 7.5±0.8 e 6.3±0.8 mg em VV e CONTROLE, respectivamente). A expressão de IL-10 humana (hIL-10) foi 35.2±13.4 e 100.1±7.7 pg/mg de proteína 12h e 24h após a transfecção, respectivamente. A expressão gênica de hIL-10 no tecido pulmonar transplantado depois de 2 horas de reperfusão foi 12.4±13.8 pg/mg de proteína no grupo AdhIL-10 (versus 0 e 0 pg/mg de proteína no grupos VV e CONTROLE; p <0.05). No estudo B ocorreram os mesmos achados, considerando-se PaO2: O grupo AdhIL-10 manteve uma oxigenação sangüínea (396±166 mmHg) contra uma baixa oxigenação arterial no grupo de controle (104±38 mmHg); p <0.05). A razão de peso úmido-seco (6.1±0.4 contra 10.1±0.8 mg) e o pico de pressão nas vias aéreas (24.5±4.9 contra 32.1±8.4 cmH2O) mostraram-se ambos significativamente mais baixos no grupo AdhIL-10 (p<0.05). A IL-8 porcina permaneceu estável nos grupos VV (92.41±37.1 e 102.8±130.5 pg/mg de proteína antes e depois de 2h da reperfusão, respectivamente) e CONTROLE (106.6±37.5 e 95.6±49.9 pg/mg de proteína antes e depois de 2h da reperfusão, respectivamente); porém, tendeu a diminuir no grupo AdhIL-10 depois da reperfusão (94.9±28.7 e 79.5±38.9 pg/mg de proteína antes e depois de 2h da reperfusão, respectivamente). A IL-6 porcina demontrou uma tendênciaa redução no estudo A, porém sem significado estatístico VV (0.17±0.2 e 129.5±41.4 pg/mg de proteína antes e depois de 2h da reperfusão, respectivamente) e CONTROLE (zero e 75.6±49.1 pg/mg de proteína antes e depois de 2h da reperfusão, respectivamente); porém, tendeu a diminuir no grupo AdhIL-10 depois da reperfusão (zero e 60.4±51 pg/mg de proteína antes e depois de 2h da reperfusão, respectivamente). No estudo B, a sIL-8 demonstrou uma redução estatisticamente significativa após 2 horas de reperfusão no tecido pulmonar (p<0.02). 171.7±92 pg/mg de proteína no grupo CONTROLE e 56.2±23.5 pg/mg de proteína no grupo AdhIL- 10.Da mesma forma, demonstrou-se uma redução dos níveis de sIL-6 no estudo B 2 horas após a reperfusão pulmonar, tanto no tecido pulmonar (p<0.03), quanto no plasma do receptor( p<0.002). / In the present study, it was tried to investigate the potential therapeutic application of AdhIL-10 in a transplant model in large animals, in order to evaluate the necessary amount of hIL-10 transferred to the lungs to have a measurable and clinically relevant gene transfection. We proved that 4x1010 pfu/ml of Ad5E1RSVhIL-10 into left lung reached this goal (p<0.001).Secondly, we runned 2 studies: study A -15 animals were randomly allocated into 3 groups: 1: diluent (CONTROL, n=5), 2: empty vector (EV, n=5), and 3: Ad5E1RSVhIL-10 (AdhIL-10, n=5). AdhIL-10 (4x1010 pfu/ml) was administered endobronchially via fiberoptic bronchoscope to the donor and animals were ventilated for 12h prior to lung retrieval. The lungs were then stored for 18h prior to transplantation, and followed by 2h of reperfusion. Study B – 7 animals were also randomly allocated into 2 groups: diluent (CONTROL, n=3), and Ad5E1RSVhIL-10 (AdhIL-10, n=4). The administration was done as the same way described previously, but tha animals were kept awake for 24 hours prior to lung retrieval. The lungs were stored for 24 hours prior to transplatation and followed 2h of reperfusion All cytokines were measured by ELISA in transplanted lung tissue at the end of the warm ischemic time, and after 1h and 2h of reperfusion. Donor animals tolerated the endobronchial gene delivery without incident and remained hemodynamically stable throughout the observation period. Donor PaO2 and PaCO2 were not significantly different between groups at the time of retrieval. After 2h of reperfusion, the transplanted lung showed improved oxygenation in both studies (511±71 mmHg in AdhIL-10 group vs. 256±182 and 423±173 mmHg in EV and CONTROL respectively p<0.05 AdhIL-10 versus control). In addition, the peak airway pressure was lower (25±0.8 cmH2O in AdhIL-10 versus 30.4±1.6 and 37.3±3.1 cmH2O in EV and CONTROL, respectively), and the wet-to-dry weight ratio was improved in the AdhIL-10 group (6.1±0.6 mg versus 7.5±0.8 and 6.3±0.4 in EV and CONTROL, respectively). Human IL-10 (hIL-10) expression was 35.2±13.4 and 100.1±7.7 pg/mg protein after 12h and 24h of transfection, respectively. hIL-10 gene expression in transplanted lung tissue after 2 hours of reperfusion was 12.4±13.8 pg/mg protein in the AdhIL-10 group (vs. 0 and 0 pg/mg in EV and CONTROL groups p<0.05).In study B occurred the same findings regarding PaO2: ;the AdhIL-10 group showed a maintaned blood oxygenation (396±166 mmHg) versus a poored oxygenated arterial blood in CONTROL group (104±38, p<0.05). The wet and dry ratio (6.1±0.4 versus 10.1±0.8) and Peak Airway Pressure (24.5±4.9 versus 32.1±8.4) were lower in AdhIL-10 group (p<0.05). Swine IL-8 remained stable in EV (92.41±37.1 and 102.9±130.5 before and after 2h reperfusion, respectively) and CONTROL (106.6±37.5 and 95.6±49.9 before and after 2h reperfusion, respectively), whereas it tended to decrease in AdhIL-10 group after reperfusion (94.9±28.7 and 79.5±38.9 before and after 2h reperfusion, respectively). Porcine IL-6 had showed a tendency for reduction in the study A, even so without statistical meaning EV (0.17±0.2 and 129.5±41.4 pg/mg of protein before and after 2 hours of reperfusion, respectively) and CONTROL (zero and 75.6±49.1 pg/mg of protein before and after 2 hours of reperfusion, respectively). However, it tended to decrease in the AdhIL-10 group after the reperfusion (zero and 60.4±51 protein pg/mg XVI before and after 2 hours of reperfusion, respectively). In the study B, sIL-8 demonstrated a statistically significant reduction after 2 hours of reperfusion in the lung tissue (p <0.02). 171.7±92 pg/mg of protein in the CONTROL group and 56.2±23.5 pg/mg of protein in the AdhIL-10 group.The same findings, a reduction of the levels of sIL-6 was demonstrated in the study B 2 hours after the lung reperfusion, as much in the lung tissue (p <0.03), as in the plasma of the receptor (p <0.002).

Introdução. A rejeição aguda (RA) permanece entre as principais causas de perda de enxertos renais. A disponibilidade de biomarcadores prognósticos de RA no período pré-transplante poderia ser útil na individualização do tratamento destes pacientes. Neste estudo avaliamos o potencial da mensuração do RNA mensageiro de diferentes genes envolvidos na resposta alogênica como biomarcadores prognósticos pré-transplante. Material. Foram coletadas amostras pré-transplante de 51 pacientes que receberam enxertos renais entre 2008 a 2009. Realizou-se a mensuração da expressão do mRNA dos genes TIM3, FOXP3, Perforina, CXCL-9, CXCL-10 e Granulisina, em células mononucleares do sangue periférico através da técnica de PCR em tempo real. Os resultados da expressão gênica foram correlacionados com a ocorrência de RA, presença de infecções virais e bacterianas em até 1 ano e com a função do enxerto renal aos 1, 6 e 12 meses pós-transplante. Resultados. Os genes TIM3, FOXP3, Perforina e CXCL-9, não apresentaram significância estatística nos grupos que apresentaram ou não episódios de rejeição aguda. A expressão gênica de CXCL-10 e Granulisina foi significativamente menor no grupo que apresentou rejeição aguda (P<0,05). Não houve diferença significativa na correlação entre pacientes que desenvolveram infecção viral ou bacteriana no pós-transplante renal. O mesmo resultado foi encontrado na avaliação da função renal do enxerto. Conclusão. A análise da expressão dos genes avaliados neste estudo no momento prévio ao transplante renal não foi preditor da ocorrência de rejeição aguda, infecções virais ou bacterianas ou da função do enxerto até um ano pós-transplante. / Background. Acute rejection (AR) remains a significant risk factor for kidney-graft failure. Availability of AR prognostic biomarkers during pre-transplant could be helpful to individualize patient´s immunosuppressive treatment. In this study we evaluated the measurement of RNA messenger of different genes involved in the allogeneic response as potential biomarkers of kidney graft rejection. Methods. Pre-transplant samples were obtained from 51 kidney-grafted patients between 2008 and 2009. Expression of the messenger RNA from peripheral blood mononuclear cells of the TIM3, FOXP3, Perforin, CXCL-9, CXCL-10, and Granulisine genes was measured by real-time PCR technique. Gene expression results were associated with AR occurrence, the presence of bacterial and viral infections up to one year after grafting , and with kidney-graft function at 1, 6, and 12 months. Results. Expression of the TIM3, FOXP3, Perforin and CXCL-9 genes were not correlated with episodes of acute rejection. CXCL-10 and Granulisine gene expressions were significantly lower in the group that presented acute rejection (P<0.05). No significant differences in mRNA expression were observed in patients with infections after kidney transplantation and kidney graft function was not correlated with gene expression. Conclusions. As evaluated in the present study pre-transplant gene expression profiles were not predictive of acute rejection, infection or graft function.

Os marcadores genéticos denominados short tandem repeats (STR) são amplamente utilizados na identificação humana, tanto aqueles localizados nos cromossomos autossômicos como os encontrados no cromossomo Y. Durante a última década, muitas pesquisas demonstraram a existência de vários polimorfismos no cromossomo Y. O objetivo deste estudo foi caracterizar, na população regional, os diferentes haplótipos utilizando 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 e DYS439) e determinar as taxas de diversidade haplotípica e poder de identificação individual. A população testada foi composta por 162 pares de pais/filhos do sexo masculino. O DNA foi isolado a partir de sangue periférico, utilizando o kit comercial Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). As regiões de interesse foram amplificadas pela PCR multiplex com oligonucleotídeos marcados com fluorescência e os produtos analisados por eletroforese capilar no analisador genético ABI 3100 (Applied Biosystems). Na amostra analisada, 151 haplótipos distintos foram encontrados, onde os dois haplótipos mais comuns apresentaram freqüências de 0,0265 e 0,0199, respectivamente. Outros 6 haplótipos distintos apresentaram freqüência de 0,0132 e a freqüência dos outros 143 haplótipos foi 0,0066 (1 ocorrência cada). Os resultados obtidos permitiram ainda a determinação de um valor de diversidade haplotípica de 0,9982 e um poder de discriminação individual de 0,9321. Além disso, após a determinação destas freqüências e das taxas estudadas foi possível comprovar que a utilização desses marcadores apresenta um alto poder de discriminação na correta identificação de indivíduos, tanto em casos de paternidade como na área forense. / The genetic markers named short tandem repeats (STR) are largely employed in human identification, those located on autosomal chromosomes as well as on Y-chromosome. During the last decade, several studies showed the occurrence of various polymorphisms on Y-chromosome. The aim of this study was to identify distinct haplotypes using 12 loci (DYS19, DYS385a, DYS385b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438 and DYS439) and to determine haplotype diversity rates and individual identification power. Tested population was composed by 162 pairs father-male sib. DNA was isolated from peripheral blood, using the Wizard® Genomic DNA Purification Kit (Promega). Regions of interest were amplified by multiplex PCR with fluorescent primer and products were analyzed by capillary electrophoresis in the genetic analyzer ABI 3100 (Applied Biosystems). In the tested population, 151 distinct haplotypes were found, where frequencies of two common haplotypes were established to be 0.0265 and 0.0199, respectively. Individual frequencies of other 6 haplotypes were 0.0132 and frequency of the remaining 143 were 0.0066 (1 event each). Obtained results also allowed to determine haplotype diversity value of 0.9982 and individual discrimination power of 0.9321. Finally, results of this study indicate that application of these markers is responsible for a high discrimination power in individual identification on both paternity and forensic cases.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T19:51:52Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Mabel Lopes.pdf: 1091828 bytes, checksum: 47b93a86d5d35f490d12b9a9f43c4744 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-10T19:51:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_Mabel Lopes.pdf: 1091828 bytes, checksum: 47b93a86d5d35f490d12b9a9f43c4744 (MD5) / Introdução: A Síndrome do Intestino Irritável (SII) é uma desordem funcional do trato gastrointestinal, caracterizada por dor abdominal e alteração da motilidade e sensibilidade intestinal, acompanhada por desconforto. As formas clínicas desta patologia são: diarréica, constipante e alternante. A patogenia da SII é complexa e pouco entendida. Estudos genéticos estão sendo desenvolvidos com o objetivo de identificar possíveis marcadores de predisposição ou proteção ao desenvolvimento desta doença. Alguns estudos sugerem que o desequilíbrio na produção de citocinas pró- e anti-inflamatórias tem um importante papel na SII. Porém, poucos estudos mostram a associação entre a SII e o polimorfismos em genes de citocinas. Dados da literatura sugerem que indivíduos caucasianos teriam maior risco de desenvolver esta doença, mas não há relato de estudos realizados com o objetivo de avaliar a possível associação entre os marcadores informativos de ancestralidade (AIMs) e a SII. Objetivo: Estudar a possível associação dos polimorfismos TNF -308 G >A; TGFB1 (10T>C, 25G>C); IL10 -1082G>A, -819T>C, -592 C>A; IL6 -174G>C e IFNG +874T>A com a Síndrome do Intestino Irritável e estimar a ancestralidade genômica segundo os AIMs PV92, AT3, Sb19.3, APO, CKMM, Fynull, LPL, GC e RB2300. Métodos: A população do estudo foi constituída por 55 pacientes diagnosticados com SII atendidos no Complexo Hospitalar Prof. Edgard Santos-UFBA e 116 doadores voluntários de sangue (grupo controle). O DNA genômico foi extraído dos leucócitos do sangue periférico pelo método de Salting-out (extração salina) e a genotipagem dos AIMs foi feita por PCR convencional, PCR-RFLP ou PCR Real Time e das citocinas por PCR-SSP utilizando o kit “Cytokine Genotyping Tray” (One Lambda Incorporation). Resultados: Não houve diferenças estatisticamente significantes nas frequências alélicas, genotípicas e fenotípicas dos polimorfismos em genes de citocinas entre os grupos. Foi observada uma frequência significativamente maior do locus AT3 na amostra de indivíduos com SII quando comparada ao grupo controle (p=0,0291). Os grupos de pacientes e controles são homogêneos do ponto de vista genético, visto que a estimativa de mistura foi semelhante em ambos, mostrando maior contribuição européia seguida da africana e ameríndia. Houve diferença estatisticamente significante na frequência do locus PV92, entre os subgrupos das diferentes formas clínicas, sendo maior entre os pacientes com a forma diarréica em relação às demais formas (p=0,012). A estimativa de mistura para as diferentes formas clínicas mostrou que todas apresentam maior contribuição européia, seguida da africana e ameríndia. No entanto, a forma clínica diarréica apresenta menor contribuição européia e maior ameríndia quando comparada às outras formas. Conclusões: Polimorfismos nos genes das citocinas não parecem estar envolvidos na predisposição e/ou proteção à SII. A maior contribuição da ancestralidade européia, analisada por marcadores moleculares informativos de ancestralidade, pode ser um fator de predisposição ao desenvolvimento da SII. A maior contribuição da ancestralidade ameríndia em indivíduos com SII, pode ser um fator de predisposição ao desenvolvimento da forma diarréica. / Salvador

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009 / Made available in DSpace on 2012-10-24T07:46:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 284962.pdf: 4358420 bytes, checksum: 6adc8b47217ccf055e737f1a075db1a6 (MD5) / O presente estudo investigou a situação-problema de conflito existente entre a agricultura convencional e a utilização das APPs ao longo dos rios no município de Jacinto Machado, extremo Sul catarinense, que tem como principal cultivo agrícola o arroz. Decorrente de um processo histórico de exploração e utilização dessas APPs, as matas ciliares tornaram-se raras no cenário municipal. Em virtude disso, em 2003, firmou-se com a assinatura dos rizicultores, um Termo de Compromisso de Ajustamento de Condutas (TAC) para a restauração das matas ciliares. O objetivo deste trabalho foi compreender sistemicamente os possíveis impactos (positivos e/ou negativos) conseqüentes do processo de restauração/recuperação das APPs ocupadas pela rizicultura ao longo dos rios no município de Jacinto Machado, apontando-se melhorias. Para alcançar o objetivo proposto utilizou-se métodos qualitativos e quantitativos, dentre os quais, entrevistas, oficinas, reuniões, estimativas de áreas a serem convertidas. Diante da complexidade envolvida neste estudo, a ferramenta sistêmica Soft System Methodology (SSM) foi fundamental para estruturar a situação-problema e auxiliar no apontamento de melhorias. Observou-se que as mudanças ocorridas nos estabelecimentos agropecuários no que se refere à diminuição ou eliminação das áreas com vegetação nativa e às alterações na forma de praticar agricultura contribuíram para a construção da visão de mundo atual dos rizicultores, nela a presença de vegetação nativa em terras ditas produtivas é conflitante. Há o reconhecimento da função positiva das matas ciliares, mas por outro lado, consideram-na um empecilho dentro do estabelecimento agropecuário. Perdeu-se o vínculo/contato com este tipo de vegetação uma vez que são raros os fragmentos no município. Observou-se divergências entre os rizicultores quanto ao retorno das matas ciliares, sendo que a minoria concordou com o retorno estipulado pela legislação. Analisando-se sistemicamente esta situação-problema verificou-se que uma medida simples, o TAC, tomada para resolver um problema complexo causou uma série de conflitos e um acordo que existe apenas no papel. A SSM apontou a necessidade de aproximação entre os envolvidos na situação-problema para que se possa iniciar a acomodação entre as diferentes visões de mundo objetivando recuperar as matas ciliares.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2009. / Made available in DSpace on 2012-10-24T08:30:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 274229.pdf: 4830850 bytes, checksum: 886b7bfca63b4669fd36937ad1268ef2 (MD5) / A diversidade genética, essencial para garantir a evolução e adaptabilidade contínua das espécies, também deve ser analisada em relação às decisões das populações humanas, segundo a perspectiva de uso e conservação da biodiversidade. No sul do Brasil, Mimosa scabrella Benth. var. scabrella (Fabaceae), árvore nativa do bioma Mata Atlântica, é usada na produção de carvão, base econômica de assentamentos rurais no Planalto Norte de Santa Catarina. O sistema de manejo local promove adensamentos monoespecíficos de M. scabrella (bracatingais) na paisagem. O manejo envolve uso de fogo em época e idade específicas, desbastes e manutenção do banco de sementes. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a influência do manejo local na diversidade, estrutura genética e sistemas de cruzamento de populações de Mimosa scabrella em paisagem manejada em assentamentos rurais da região. Foram analisadas 14 populações, através de marcadores alozímicos (8 locos polimórficos), sendo uma população regenerada naturalmente. De forma complementar, entrevistas semi estruturadas foram feitas nos locais de coleta a fim de avaliar o histórico da paisagem na área e possíveis efeitos da seleção humana na espécie. Os índices de diversidade médios obtidos foram altos (A=2,63; He=0,376; Ho=0,256) e semelhantes entre todas as populações, além de alta endogamia em média (f=0,322), coerente com os cruzamentos entre aparentados e autofecundações observados (tm variou de 0,780 a 0,832). Há evidências de subestruturações dentro de cada bracatingal. Neste caso, a geração e manutenção de diversidade de M. scabrella pode funcionar como uma metapopulação. A prática do desbaste pode favorecer perda de alelos. Mas o padrão genético se mantém na geração atual, de acordo com o aporte de alelos raros e exclusivos observado entre as progênies. Foi observado alto fluxo gênico, levando à baixa divergência entre populações (Tp=0,05). Não foi evidente o papel da seleção natural favorecendo heterozigotos ao longo do ciclo de vida da espécie. Não foi detectada, até o momento, promoção intencional de fenótipos, pelos agricultores; o que contribuiria para gargalos genéticos. Os resultados obtidos indicam que as populações de M. scabrella estudadas apresentam baixo grau de domesticação da espécie, a qual pode ser intensificada, de acordo com as perspectivas futuras de uso da espécie no local, principalmente pelo alto grau de domesticação da paisagem. A manutenção do dinamismo genético deve ser garantida a partir do reconhecimento, pelas políticas ambientais, de populações sob diferentes graus de domesticação da paisagem, as quais, neste caso, são consideradas complementares do ponto de vista genético. / Genetic diversity, essential for continued evolution and adaptability of species, has to be analyzed according to human population decisions as well, in the conservation-through-use approach of biodiversity. In the South of Brazil, Mimosa scabrella Benth. var. scabrella (Fabaceae), native tree from the Atlantic Forest, is used for coal production, an important economic activity of rural settlements in the North Plateau of Santa Catarina The local management system promotes dense monospecific populations of M. scabrella (bracatingais) in the landscape. One of the management practices are the use of fire, logging and seed bank maintenance. The objective of this study was to evaluate the influence of local management in the diversity, genetic structure and mating systems of populations of M. scabrella in managed landscape in that region. Populations (14) were analyzed using allozymic markers (8 polymorphic loci). One of them, was regenerated naturally . In addition, semi structured interviews were developed in the local samples to evaluate the landscape history in the area and possible effects of human selection on species. The results indicated high genetic index (A=2,63; He=0,376; Ho=0,256), similar between populations and also high inbreeding due to biparental inbreeding and selfing (tm varied 0,780 to 0,832). There are evidences of subdivided populations. In this case, origins and maintenance of diversity could work as a metapopulation. Loss of alleles from logging practices were detected. But the general genetic pattern continues in the present generation, according to the rare and private alleles come from progenies. High gene flow and low genetic divergence were observed between populations (Tp=0,05). The role of natural selection in favoring heterozygosity throughout life cycle was not evident. It was not detected, until now, intentional promotion of phenotypes by farmers, which would contribute to bottlenecks. M. scabrella populations studied conform to low levels of species domestication that could be intensified under the future perspectives of species local use, specially to the high level of landscape domestication. The maintenance of genetic dynamism must be guaranteed through the local environmental policies that should acknowledge the presence of populations at different levels of landscape domestication, which in this case, are complementary to each other, in the genetic point of view.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2013-07-16T01:34:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2015-03-18T19:59:10Z : No. of bitstreams: 1 222389.pdf: 14571128 bytes, checksum: 7a6673422409697a3a8993d87a614d27 (MD5) / A embriogênese somática é uma técnica biotecnológica amplamente utilizada para propagação massal e conservação de diversas espécies de coníferas como é o caso da Araucaria angustifolia. Além disso, esta técnica se configura como um modelo referência para estudos da biologia do desenvolvimento in vitro. A principal limitação da embriogênese somática em coníferas encontra-se associada a dificuldades durante a fase de maturação. No presente trabalho foram estudados aspectos da regulação fisiológica e bioquímica da embriogênese zigótica e somática de A. angustifolia, visando o estabelecimento de um protocolo in vitro para esta espécie. Foram estabelecidas as condições in vitro para a indução, multiplicação e obtenção de embriões somáticos cotiledonares, assim como determinados a variação de componentes do metabolismo endógeno destas culturas em diferentes fases da embriogênese zigótica e somática. Embriões zigóticos pré-cotiledonares inoculados em meio de cultura BM suplementados com 2,4- D (5 µM), BAP e Kin (2 µM cada), e maltose ou sacarose (3%) resultaram em uma taxa de indução de 66,7%. A indução, multiplicação e a morfologia das culturas embriogênicas foram significativamente influenciadas pela fonte de carbono. As culturas embriogênicas suplementadas com maltose apresentaram morfologia bipolar e também os maiores conteúdos de proteínas amido e ABA. O conteúdo de AIA durante a multiplicação foi incrementado pela presença de 2,4-D e sacarose no meio de cultura. Culturas embriogênicas mantidas em suspensões celulares em que o meio de cultura foi suplementado com sacarose e 2,4-D (5 µM), BAP e Kin (2 µM cada) apresentaram um volume celular sedimentado de 50 mL após 42 dias de cultivo. A multiplicação das culturas embriogênicas em meio de cultura líquido foi observada tanto para suplementação com maltose ou sacarose. O conteúdo endógeno de poliaminas durante a multiplicação em meio líquido ou sólido foi correlacionado à multiplicação das culturas embriogênicas e os maiores valores foram observados em meio de cultura suplementados com sacarose e 2,4- D (5 µM), BAP e Kin (2 µM cada). Embriões somáticos globulares e cotiledonares foram obtidos em meio de cultura BM suplementado com PEG (7%), maltose (9%) e ABA (150 µM) e isto foi associado a mudanças endógenas no conteúdo de AIA, ABA e proteínas. Contudo estes valores foram inferiores aqueles observados no embrião zigótico, o qual apresentou um acúmulo de proteínas e amido durante os estágios embriogênicos tardios. A suplementação exógena de poliaminas durante a multiplicação influenciou o metabolismo endógeno e a multiplicação das culturas embriogênicas. A Put foi relacionada à multiplicação das culturas embriogênicas, a Spd e a Spm promoveram o acúmulo de matéria seca e de substâncias de reserva. Foi possível identificar como alguns componentes do meio de cultura afetaram a morfogênese e o metabolismo endógeno das culturas embriogênicas de A. angustifolia. Os resultados aqui obtidos dão suporte a alternativas que permitirão o estabelecimento de um protocolo para embriogênese somática nesta espécie.