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Ocorrência e caracterização de Giardia e Cryptosporidium em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP e avaliação do risco / Occurrence and characterization of Giardia and Cryptosporidium in water collected for public supply in the municipality of Cajamar-SP and risk assessment

Bataiero, Marcel Oliveira 18 April 2016 (has links)
Introdução: O risco à saúde humana ocasionado pela contaminação biológica de águas captadas para abastecimento público é realçado pela ocorrência de surtos de doenças associadas aos protozoários Giardia e Cryptosporidium, que possuem baixas doses infecciosas e alta capacidade de sobrevivência no ambiente, além de serem capazes de resistir ao processo tradicional de desinfecção da água (cloração). Partindo-se da hipótese de que há um risco elevado de infecção por estes protozoários pela ingestão de água tratada por métodos convencionais e que fazem uso de mananciais superficiais impactados por contaminação biológica, resultando num possível incremento da incidência de diarréias, este estudo se propôs a verificar a ocorrência destes protozoários em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP, caracterizar sua patogenicidade e avaliar o risco associado ao seu consumo através da água tratada. Métodos: Foram coletadas 48 amostras do ribeirão dos Cristais no ponto de captação da estação de tratamento de água, semanalmente, durante 12 meses (de 16/05/2013 a 21/05/2014). A detecção e a análise da concentração dos protozoários foram realizadas de acordo com Método 1623.1 da United States Environmental Protection Agency e a extração e caracterização dos espécies/genótipos de Giardia e Cryptosporidium foi realizada através metodologias moleculares e seqüenciamento. O risco de infecção pela ingestão de cistos de Giardia e oocistos de Cryptosporidium presentes na água tratada foi calculado usando a ferramenta da Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, a partir dos dados de concentração dos patógenos obtidos pelo Método 1623.1, eficiência de remoção dos (oo)cistos durante o processo convencional de tratamento da água, modelo dose-resposta e taxa de ingestão diária de água para indivíduos menores de 5 anos e maiores de 21 anos. Resultados: Cistos de Giardia foram detectados em 83,3% das amostras (40/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 8,6 cistos/L. Oocistos de Cryptosporidium foram etectados em 37,5% das amostras (18/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 2 oocistos/L. As espécies/genótipos encontrados (Giardia intestinalis A e B e Cryptosporidium parvum e hominis) são característicos de contaminação antrópica e são frequentemente identificados em estudos epidemiológicos como responsáveis por surtos. A estimativa do risco anual de infecção por Giardia foi de 3,3x10-3 (IC95% 4,6x10-3) para crianças e de 11,5x10-3 (IC95% 13,3x10-3) para adultos, enquanto o risco por Cryptosporidium foi de 1,1x10-3 (IC95% 1,7x10-3) para crianças e de 3,9x10-3 (IC95% 5,0x10-3) para adultos. O incremento da incidência de diarréias foi observado no cenário de estudo após um acidente que resultou em transbordamento de esgotos não tratados no manancial, coincidindo com o aumento na detecção de (oo)cistos. Conclusão: Os resultados evidenciaram que a vulnerabilidade do ribeirão dos Cristais a contaminações biológicas pode culminar em um risco elevado de infecção e adoecimento por Giardia e Cryptosporidium através da ingestão de água tratada. Portanto, o caso é preocupante, tanto do ponto de vista do tratamento e abastecimento de água potável, quanto da degradação e contaminação do manancial, evidenciando a necessidade de se estabelecer medidas de intervenção direcionadas a promover a qualidade da água e garantir sua segurança / Introduction: The risk to human health caused by biological contamination of source water from public water supply is highlighted by the occurrence of outbreaks associated with the protozoa Giardia and Cryptosporidium, which have low infectious doses and high capacity of survival in the environment, besides being capable of withstanding traditional process for water disinfection (chlorination). Considering that there is a high risk of infection by these protozoa through drinking water treated with conventional methods uptaked from surface waters impacted by biological contamination, resulting in a possible increase in the incidence of diarrhea, this study aimed to verify the occurrence of these protozoa in waters collected for public supply in Cajamar-SP, characterize their pathogenicity and evaluate the risk associated with its consumption. Methods: Forty eight samples were collected in ribeirão dos Cristais, at uptake point of the water treatment plant, weekly, for 12 months (from 05/16/2013 to 05/21/2014). The detection and quantification of protozoa were carried out according to the United States Environmental Protection Agency Method 1623.1, and the extraction and characterization of species/genotypes of iardia and Cryptosporidium were performed through molecular methods and sequencing. The risk of infection by ingestion of Giardia and Cryptosporidium (oo)cysts present in the treated water were calculated using the Quantitative Microbial Risk Assessment tool, based on the concentration data of pathogens obtained by the Method 1623.1, removal efficiency of (oo) cysts in the conventional process of water treatment, dose-response model and rate of daily water intake for individuals under the age of 5 years and over 21 years. Results: Giardia cysts were detected in 83.3% of the samples (40/48), with concentrations ranging rom the detection limit (<0.1) to 8.6 cysts/L. Cryptosporidium oocysts were detected in 7.5% of the samples (18/48), with concentrations ranging from the detection limit (<0.1) to 2 oocysts/L. The species/genotypes found (Giardia intestinalis A and B and Cryptosporidium parvum and hominis) are characteristic of anthropogenic contamination and are often identified in epidemiological studies as being responsible for outbreaks. The estimated annual risk of infection by Giardia was 3,3x10-3 (95% CI 4,6x10-3) for children and 11,5x10-3 (95% CI 13,3x10-3) for adults, while the risk for Cryptosporidium was 1,1x10-3 (95% CI 1,7x10-3) for children and 3,9x10-3 (95% CI 5,0x10-3) for adults. The increase in the incidence of diarrhea was observed in the study scenario after an accident that resulted in an overflow of untreated sewage that reached the reservoir, coinciding with an increase in the detection of the (oo)cysts. Conclusion: The results showed that the vulnerability of the ribeirão dos Cristais to biological contamination may result in a high risk of infection and illness by Giardia and Cryptosporidium through the drinking water consumption. Therefore, the case is of concern, both from the point of view of the treatment and supply of drinking water, as well as to the degradation and contamination of the water source, highlighting the need to establish intervention measures aimed at promoting water quality and ensure its safety
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Prevalência e diversidade de beta-papilomavírus em amostras anogenitais e orais de homens do estudo HIM / Prevalence and diversity of beta-papillomavirus in anogenital and oral samples of males from the HIM study

Nunes, Emily Montosa 18 May 2016 (has links)
O papilomavírus humano (HPV) é transmitido principalmente através do contato sexual e a infecção por estes vírus está fortemente associada ao desenvolvimento de tumores do colo do útero, da vulva e do ânus em mulheres, câncer do pênis e do ânus em homens, assim como tumores da cabeça e pescoço em ambos os sexos. Também há estudos em andamento para estimar a proporção de câncer de pele não-melanoma que podem ser atribuíveis às infecções por tipos virais pertencentes aos ramos cutâneos da filogenia do HPV. Os beta- (beta-) HPV vem sendo predominantemente isolados de tecidos cutâneos e sugere-se que façam parte da flora comensal humana. Entretanto, pouco se sabe sobre o papel destes nos sítios de detecção, seja em indivíduos imunosuprimidos como imunocompetentes. A fim de compreender a história natural dos HPV em homens, o Estudo da Infecção por HPV em homens (HIM Study) foi desenhado e conduzido entre 2005 e 2013 no Brasil, México e Estados Unidos (EUA). Em sua primeira triagem de amostras genitais, observou-se que 14,7% eram positivas para HPV, entretanto não correspondia a nenhuma das 37 sondas tipo-específicas para detecção dos principais beta- HPV. Após um protocolo de PCR fazendo uso de iniciadores genéricos, seguido por sequenciamento, observou-se um elevado número de tipos virais cutâneos nessas amostras. Perante isso, os objetivos deste trabalho foram (1) Determinar a prevalência de 43 tipos de beta-HPV em 729 homens participantes do estudo HIM que forneceram amostras anogenitais e orais em mesma visita de seguimento; (2) Identificar fatores demográficos e sexuais independentemente associados com a detecção de DNA destes tipos de HPV nos diferentes sítios anatômicos analisados. Para atingi-los, utilizou-se a metodologia Luminex atualmente bem estabelecida para genotipagem de beta-HPV. Dentre os homens genotipados, 557 (77,7%), 389 (54,3%) e 210 (29,3%) foram positivos para algum tipo de beta-HPV no região genital, do canal anal e da cavidade oral, respectivamente. Os tipos de beta-HPV mais prevalentes foram HPV-21, -22, -24 e -38 em todos os sítios anatômicos. Homens residentes no EUA (OR = 0,55, 95% intervalo de confiança [IC] de 0,38-0,80) e Brasil (OR = 0,49, 95% CI 0,33-0,73) foram significativamente menos propensos a serem detectados com algum beta-HPV no canal anal, comparado aos residentes no México. A idade foi marginalmente associada à maior prevalência de HPV na região do canal anal sendo que de homens mais velhos (31-44 anos, OR = 1,30, 95% CI 0,93-1,82; 45-70 anos, OR = 1,59, 95% CI 0,98-2,58) foram mais propensos a serem positivos para DNA de beta-HPV, comparado a homens mais jovens (18-30 anos). A prevalência de algum beta-HPV na cavidade oral também foi significativamente associada ao país de residência e idade. Fumantes (OR = 0,50, 95% CI 0.32-0.80) foram significativamente menos propensos a serem positivos para beta-HPV na cavidade oral do que os homens que nunca fumaram. A ausência de associação entre a detecção de beta-HPV e comportamentos sexuais específicos sugere o contato digital e auto-inoculação como rotas alternativas de transmissão desses vírus / HPV is primarily transmitted by sexual contact and infection by these viruses is strongly associated with the development of tumors in the cervix, vulva and anus in women, cancer of the penis and anus in men, as well as tumors in the head and neck in both genders. There are also ongoing studies ongoing to estimate the proportion of nonmelanoma skin cancer that may be attributable to infection by viral types from cutaneous branches of the phylogeny of HPV. Human beta papillomaviruses (beta-HPV) have been predominantly isolated from cutaneous tissues, and are thought to be part of the commensal flora. However, the role of beta-HPV detection in these sites is unknown, whether in immunosuppressed or immunocompetent individuals. In order to understand the natural history of HPV in men, the HPV Infection in Men Study (HIM Study) was designed and conducted between 2005 and 2013 in Brazil, Mexico and the United States (US). In a first screening of genital samples, it was observed that 14.7% were positive for HPV, but did not correspond to neither 37 type-specific probes for detection of major ?-HPVs. After a PCR protocol using of generic primers followed by sequencing, we observed a large number of cutaneous HPV types in these samples. For this reason, the objectives of this study were (1) To determine the prevalence of 43 types of beta-HPV in 729 male participants of the HIM study provided anogenital and oral samples in the same follow-up visit; (2) To identify demographic and sexual factors independently associated with DNA detection of these types of HPV in different anatomical sites analyzed. To achieve these objectives we used the currently well-established Luminex methodology for beta-HPV genotyping. Overall, 557 (77.7%), 389 (54.3%) and 210 (29.3%) men were positive for any beta-HPV type at the genital, anal canal and oral cavity, respectively. The most prevalent beta-HPV types were HPV-21, -22, -24 and -38 within all anatomic sites. Men from the US (OR= 0.55, 95% Confidence Interval [CI] 0.38-0.80) and Brazil (OR=0.49, 95% CI 0.33-0.73) were significantly less likely to have any beta-HPV at the anal canal than men from Mexico. Age was marginally associated with anal HPV prevalence with older men (31-44 years, OR=1.30, 95% CI 0.93-1.82; 45-70 years, OR=1.59, 95% CI 0.98-2.58) being more likely to have any beta-HPV at the anal canal compared to younger men (18-30 years). Prevalence of any beta-HPV at the oral cavity was also significantly associated with country of origin and age. Current (OR=0.50, 95% CI 0.32-0.80) smokers were significantly less likely to have beta-HPV at the oral cavity than men that never smoked. Lack of associations between beta- HPV detection and specific sexual behaviors suggests digital contact and autoinoculation as surrogate routes of transmission of these viruses
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Resistência primária e diversidade genética do vírus da imunideficiência humana (HIV-1), em amostras de pacientes que iniciaram tratamento antirretroviral (HAART) no Município de Itanhaem - Estado de São Paulo, 2009-2011 / Primary resistance and genetic diversity of human immunodeficiency Virus (hiv-1) insamples collected from patients at early stage Of antiretroviral treatment(haart) in the city of itanhaém - state Of são paulo, from 2009 to 2011

Dias, Wellington 17 April 2013 (has links)
Submitted by Rosina Valeria Lanzellotti Mattiussi Teixeira (rosina.teixeira@unisantos.br) on 2015-05-05T13:17:36Z No. of bitstreams: 1 Wellington Dias.pdf: 2827942 bytes, checksum: 17fd5915b3792de99e3b58f162440777 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-05T13:17:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Wellington Dias.pdf: 2827942 bytes, checksum: 17fd5915b3792de99e3b58f162440777 (MD5) Previous issue date: 2013-04-17 / Introduction: The use of viral genotyping as a tool for the treatment of HIV positive patients is relevant to review health policies concerning the dispensing of antiretrovirals and contribute to mapping the frequency of HIV virus subtypes in our region. Objective: To identify and characterize the genetic diversity and primary resistance to HIV-1 antiretroviral agents in the city of itanhaem in patients at early stage of treatment . Methods: Cross-sectional study using 50 samples. After extraction and RNA transcription Polymerase Chain Reaction was performed with primers (K1, K2, DP10, F2) which produced fragments of 1200 bp, identified in agarose gel. After purification of PCR products, the fragments were subjected to sequencing reaction. Genetic diversity was analyzed throuh the comparison to the Stanford HIV drug resistance database . Qualitative variables were presented as absolute and relative values. Quantitative variables were presented through their values of central tendency and dispersion. Results: Among the 50 samples, 25 were amplified for analysis of genetic diversity, obtaining results in 13 (52%) female patients and 12 (48%) male patients. Eleven patients (44%) presented mutation in reverse transcriptase with high-level resistance to efavirez ripivirine and 7 patients (28%) presented mutations in the protease with low resistance. Four (16%) recombinant subtypes F / B were found. Conclusion: In the city of Itanhém 52% of the analyzed samples presented acquired resistance. The predominant primary resistance was to NNRTI (11 patients, representing 44%) group; One patient (4%) was found resistant to NRTI group. One patient (4%) was resistant to IP 1 group and one patient (4%) presented resistance to both NRTI and NNRTI groups. We conclude that health policies shoud be implemented considerinG genotyping as a tool to be be offered regionally, respecting the epidemiologic aspects of the disease in each city. A major 10 research concerning the most common subtype of the virus shoud be taken in our region, in order to determine the most effective drugs for antiretroviral therapy. / Introdução: A utilização da genotipagem viral como instrumento para o tratamento dos pacientes HIV positivo é relevante para rever as políticas de saúde concernentes a dispensação de antiretrovirais e contribuir para o mapeamento da freqüência do subtipo do vírus do HIV na região. Objetivo: Identificar e caracterizar a diversidade genética e a resistência primária do HIV-1 aos agentes antirretrovirais no município de Itanhaém, em pacientes em início de tratamento. Método: Estudo Transversal utilizando 50 amostras. Após a extração e trancrição do RNA foi realizada a Reação em Cadeia da Polimerase em primers(K1, K2, DP10, F2) que produziu fragmentos de 1200 pares de bases, identificados no gel de agarose. Apos a purificação dos produtos da PCR, os fragmentos foram submetidos à reação de seqüenciamento. A diversidade genética foi analisada no banco de dados HIV drug resistance database (Stanford). As variáveis qualitativas foram apresentadas através de valores absolutos e relativos. As variáveis quantitativas foram apresentadas através dos seus valores de tendência central e de dispersão. Resultados: Das 50 amostras, 25 foram amplificados para analise da diversidade genética, 13(52%) feminino e12(48%) masculino. Sendo 11(44%) identificadas com mutação na transcriptase reversa com alto nível de resistência ao efavirez ripivirine 7(28%) apresentado mutações na protease com baixo nível de resistência. Foram encontrados 4(16%) recombinantes do subtipos F/B. Conclusão: A resistência adquirida no município de Itanhaém foi de 52 % nas amostras analisadas. A resistência primaria predominante foi aos ITRNN- 11 (44 %); ITRN -1 (4 %) e aos IP -1 (4 %) e 1 (4 %) caso de resistência a dois grupos ITRNN e ITRN . Em vista disto as políticas de saúde devem considerar que a genotipagem 8 é um instrumento que deve ser oferecido regionalmente conforme o perfil epidemiológico da doença de cada município, possibilitando o estudo do subtipo do vírus mais freqüente na região afim de utilizar as drogas mais eficientes para a terapia antirretroviral.
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Genotipagem do Papilomavírus Humano  (HPV) nos casos de câncer do colo uterino do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo no período de 2008 a 2012 / Genotyping of Human Papillomavirus (HPV) in uterine cervical cancer patients of the Cancer Institute of the State of São Paulo in the period from 2008 to 2012

Maria Luiza Nogueira Dias Genta 30 August 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O câncer do colo uterino é a terceira neoplasia maligna que mais afeta as mulheres brasileiras e, quando não detectada precocemente, apresenta prognóstico reservado. O câncer do colo uterino é consequência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Pouco é conhecido sobre a influência dos genótipos do HPV na apresentação clínica e o seu impacto na taxa de sobrevida no câncer do colo uterino. Os objetivos do estudo foram identificar os genótipos de HPV no tecido tumoral da população atendida no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo e associar os genótipos de HPV aos fatores de risco conhecidos para o câncer do colo uterino. MÉTODOS: Foram incluídas mulheres com diagnóstico de câncer do colo uterino atendidas no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) entre maio de 2008 e junho de 2012. A análise do material tumoral parafinado confirmou histologicamente o diagnóstico de câncer do colo uterino. O DNA tumoral foi extraído de três fragmentos de 10?m de espessura do bloco de parafina de carcinoma do colo uterino e submetido ao ensaio clínico Onclarity (sistema automatizado da BD Viper LT) para detecção e genotipagem do HPV. Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico e tempo de sobrevida foram obtidos a partir de registros do prontuário até dezembro de 2015. RESULTADOS: Foram analisadas 414 pacientes. As frequências dos genótipos estudados foram HPV16 (54%) HPV18(9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­ 35 (3%), HPV59-­56-­66(3%), HPV52 (2%) e HPVnegativo (14%). A idade da população estudada variou de 17 a 87 anos, com média etária de 50,8 (DP=13,8 anos). Os tipos histológicos foram carcinoma de células escamosas (75%), adenocarcinoma (21%) e outros tipos histológicos (4%). Conforme o estadiamento clínico adotado pela FIGO (2009), 35% foi classificado como 1A1, 1A2 e 1B1, 17% como 1B2 e 2A e 48% como 2B a 4B. O genótipo do HPV apresentou distribuição diferente quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento. A mediana do tempo de sobrevida global desta coorte de pacientes com câncer do colo uterino foi de 37 meses [12-­53 meses]. A sobrevida global acumulada em 5 anos após o diagnóstico de câncer do colo uterino foi de 55%. Ocorreram 119 (38%) óbitos no período e 133 (42%) recidivas subdivididas em três grupos: local (12%), regional (30%) e à distância (58%). Curvas de sobrevida de Kaplan-­Meier e estatística de Log-­rank demonstraram que os genótipos de HPV 16 e 18 (59%) não se relacionaram a um pior prognóstico em comparação com outros genótipos de HPV (41%) (P=0,17). Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico, invasão vascular, metástase linfonodal, tamanho do tumor e os genótipos HPV16, HPV18 e HPVoutros foram analisados individualmente em um modelo de regressão de Cox. O genótipo do HPV se associou a pior taxa de sobrevida global apenas quando detectado mais de um HPV no material tumoral analisado. CONCLUSÃO: Apesar das diferentes distribuições dos os genótipos do HPV quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento, o genótipo do HPV não se mostrou como fator prognóstico independente no câncer do colo uterino / INTRODUCTION: Uterine cervical cancer is the third most common malignant neoplasm affecting Brazilian women. Prognosis is poor when diagnosis is delayed. Cervical cancer is a consequence of human papillomavirus (HPV) infection. Little is known about the influence of HPV genotypes in Brazil and its impact on cancer survival rate The purpose of the present study were to identify HPV genotypes of tumoral tissue from the affected population and to examine the association between HPV genotype and traditional cervical cancer risk factors. METHODS: Women diagnosed with cervical cancer at the Cancer Institute of the State of São Paulo (ICESP) between May 2008 and June 2012 were included in the study. Tumor specimens were reviewed to confirm the diagnosis of cervical cancer. Tumor DNA was extracted from three 10?m-­thick paraffin block fragments of each subject. HPV genotype was detected using the Onclarity system (BD Viper LT automated system). Age at diagnosis, clinical staging, histological type and survival time were obtained from the hospital electronic data records until December 2015. RESULTS: 414 patients were analyzed. The HPV genotypes studied were HPV16 (54%) HPV18 (9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­35 (3%), HPV59-­56-­ 66(3%), HPV52 (2%) and HPVnegative (14%). The age of the study population ranged from 17 to 87 years, mean age= 50.8 (SD=13.8 years). Histological types were classified as squamous cell carcinoma (75%), adenocarcinoma (21%) and other histological types (4%). According to the 2009 FIGO clinical staging, 35% were classified as 1A1, 1A2 and 1B1, 1B2 and 17% as 2A and 48% as 2B the 4B. HPV genotypes showed different distributions regarding age, histologic tumor types and clinical staging. The median overall survival time was 37 months [12-­53 months]. The cumulative overall survival at 5 years after diagnosis of cervical cancer was 55%. There were 119 (38%) deaths during the study period and 133 (42%) recurrences subdivided into three groups: local (12%), regional (30%) and distant (58%). Kaplan-­Meier survival curves and Log-­rank statistics showed that HPV 16/18 (59%) did not influence prognosis compared to other HPV subtypes (41%) (P=0.17). Age at diagnosis, clinical stage, histological type, vascular invasion, lymph node metastasis, tumor size and HPV16 genotypes, HPV18 and HPVothers were individually analyzed in a Cox regression model. HPV genotype was associated with poorer overall survival rate only when multiple HPV infection was detected in the tumoral specimen. CONCLUSION: Although HPV genotype showed different distribution regarding age at diagnosis, histological type and clinical staging, HPV genotype was not an independent prognostic factor of cervical cancer in the study population
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Genotipagem do Papilomavírus Humano  (HPV) nos casos de câncer do colo uterino do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo no período de 2008 a 2012 / Genotyping of Human Papillomavirus (HPV) in uterine cervical cancer patients of the Cancer Institute of the State of São Paulo in the period from 2008 to 2012

Genta, Maria Luiza Nogueira Dias 30 August 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O câncer do colo uterino é a terceira neoplasia maligna que mais afeta as mulheres brasileiras e, quando não detectada precocemente, apresenta prognóstico reservado. O câncer do colo uterino é consequência da infecção pelo Papilomavírus humano (HPV). Pouco é conhecido sobre a influência dos genótipos do HPV na apresentação clínica e o seu impacto na taxa de sobrevida no câncer do colo uterino. Os objetivos do estudo foram identificar os genótipos de HPV no tecido tumoral da população atendida no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo e associar os genótipos de HPV aos fatores de risco conhecidos para o câncer do colo uterino. MÉTODOS: Foram incluídas mulheres com diagnóstico de câncer do colo uterino atendidas no Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP) entre maio de 2008 e junho de 2012. A análise do material tumoral parafinado confirmou histologicamente o diagnóstico de câncer do colo uterino. O DNA tumoral foi extraído de três fragmentos de 10?m de espessura do bloco de parafina de carcinoma do colo uterino e submetido ao ensaio clínico Onclarity (sistema automatizado da BD Viper LT) para detecção e genotipagem do HPV. Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico e tempo de sobrevida foram obtidos a partir de registros do prontuário até dezembro de 2015. RESULTADOS: Foram analisadas 414 pacientes. As frequências dos genótipos estudados foram HPV16 (54%) HPV18(9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­ 35 (3%), HPV59-­56-­66(3%), HPV52 (2%) e HPVnegativo (14%). A idade da população estudada variou de 17 a 87 anos, com média etária de 50,8 (DP=13,8 anos). Os tipos histológicos foram carcinoma de células escamosas (75%), adenocarcinoma (21%) e outros tipos histológicos (4%). Conforme o estadiamento clínico adotado pela FIGO (2009), 35% foi classificado como 1A1, 1A2 e 1B1, 17% como 1B2 e 2A e 48% como 2B a 4B. O genótipo do HPV apresentou distribuição diferente quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento. A mediana do tempo de sobrevida global desta coorte de pacientes com câncer do colo uterino foi de 37 meses [12-­53 meses]. A sobrevida global acumulada em 5 anos após o diagnóstico de câncer do colo uterino foi de 55%. Ocorreram 119 (38%) óbitos no período e 133 (42%) recidivas subdivididas em três grupos: local (12%), regional (30%) e à distância (58%). Curvas de sobrevida de Kaplan-­Meier e estatística de Log-­rank demonstraram que os genótipos de HPV 16 e 18 (59%) não se relacionaram a um pior prognóstico em comparação com outros genótipos de HPV (41%) (P=0,17). Idade ao diagnóstico, estadiamento clínico, tipo histológico, invasão vascular, metástase linfonodal, tamanho do tumor e os genótipos HPV16, HPV18 e HPVoutros foram analisados individualmente em um modelo de regressão de Cox. O genótipo do HPV se associou a pior taxa de sobrevida global apenas quando detectado mais de um HPV no material tumoral analisado. CONCLUSÃO: Apesar das diferentes distribuições dos os genótipos do HPV quanto à idade ao diagnóstico, tipo histológico e estadiamento, o genótipo do HPV não se mostrou como fator prognóstico independente no câncer do colo uterino / INTRODUCTION: Uterine cervical cancer is the third most common malignant neoplasm affecting Brazilian women. Prognosis is poor when diagnosis is delayed. Cervical cancer is a consequence of human papillomavirus (HPV) infection. Little is known about the influence of HPV genotypes in Brazil and its impact on cancer survival rate The purpose of the present study were to identify HPV genotypes of tumoral tissue from the affected population and to examine the association between HPV genotype and traditional cervical cancer risk factors. METHODS: Women diagnosed with cervical cancer at the Cancer Institute of the State of São Paulo (ICESP) between May 2008 and June 2012 were included in the study. Tumor specimens were reviewed to confirm the diagnosis of cervical cancer. Tumor DNA was extracted from three 10?m-­thick paraffin block fragments of each subject. HPV genotype was detected using the Onclarity system (BD Viper LT automated system). Age at diagnosis, clinical staging, histological type and survival time were obtained from the hospital electronic data records until December 2015. RESULTS: 414 patients were analyzed. The HPV genotypes studied were HPV16 (54%) HPV18 (9%), HPV33-­58 (6%), HPV45 (5%), HPV31 (3%), HPV39-­68-­35 (3%), HPV59-­56-­ 66(3%), HPV52 (2%) and HPVnegative (14%). The age of the study population ranged from 17 to 87 years, mean age= 50.8 (SD=13.8 years). Histological types were classified as squamous cell carcinoma (75%), adenocarcinoma (21%) and other histological types (4%). According to the 2009 FIGO clinical staging, 35% were classified as 1A1, 1A2 and 1B1, 1B2 and 17% as 2A and 48% as 2B the 4B. HPV genotypes showed different distributions regarding age, histologic tumor types and clinical staging. The median overall survival time was 37 months [12-­53 months]. The cumulative overall survival at 5 years after diagnosis of cervical cancer was 55%. There were 119 (38%) deaths during the study period and 133 (42%) recurrences subdivided into three groups: local (12%), regional (30%) and distant (58%). Kaplan-­Meier survival curves and Log-­rank statistics showed that HPV 16/18 (59%) did not influence prognosis compared to other HPV subtypes (41%) (P=0.17). Age at diagnosis, clinical stage, histological type, vascular invasion, lymph node metastasis, tumor size and HPV16 genotypes, HPV18 and HPVothers were individually analyzed in a Cox regression model. HPV genotype was associated with poorer overall survival rate only when multiple HPV infection was detected in the tumoral specimen. CONCLUSION: Although HPV genotype showed different distribution regarding age at diagnosis, histological type and clinical staging, HPV genotype was not an independent prognostic factor of cervical cancer in the study population
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Ocorrência e caracterização de Giardia e Cryptosporidium em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP e avaliação do risco / Occurrence and characterization of Giardia and Cryptosporidium in water collected for public supply in the municipality of Cajamar-SP and risk assessment

Marcel Oliveira Bataiero 18 April 2016 (has links)
Introdução: O risco à saúde humana ocasionado pela contaminação biológica de águas captadas para abastecimento público é realçado pela ocorrência de surtos de doenças associadas aos protozoários Giardia e Cryptosporidium, que possuem baixas doses infecciosas e alta capacidade de sobrevivência no ambiente, além de serem capazes de resistir ao processo tradicional de desinfecção da água (cloração). Partindo-se da hipótese de que há um risco elevado de infecção por estes protozoários pela ingestão de água tratada por métodos convencionais e que fazem uso de mananciais superficiais impactados por contaminação biológica, resultando num possível incremento da incidência de diarréias, este estudo se propôs a verificar a ocorrência destes protozoários em águas captadas para abastecimento público no município de Cajamar-SP, caracterizar sua patogenicidade e avaliar o risco associado ao seu consumo através da água tratada. Métodos: Foram coletadas 48 amostras do ribeirão dos Cristais no ponto de captação da estação de tratamento de água, semanalmente, durante 12 meses (de 16/05/2013 a 21/05/2014). A detecção e a análise da concentração dos protozoários foram realizadas de acordo com Método 1623.1 da United States Environmental Protection Agency e a extração e caracterização dos espécies/genótipos de Giardia e Cryptosporidium foi realizada através metodologias moleculares e seqüenciamento. O risco de infecção pela ingestão de cistos de Giardia e oocistos de Cryptosporidium presentes na água tratada foi calculado usando a ferramenta da Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, a partir dos dados de concentração dos patógenos obtidos pelo Método 1623.1, eficiência de remoção dos (oo)cistos durante o processo convencional de tratamento da água, modelo dose-resposta e taxa de ingestão diária de água para indivíduos menores de 5 anos e maiores de 21 anos. Resultados: Cistos de Giardia foram detectados em 83,3% das amostras (40/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 8,6 cistos/L. Oocistos de Cryptosporidium foram etectados em 37,5% das amostras (18/48), com concentrações variando desde o limite de detecção (<0,1) até 2 oocistos/L. As espécies/genótipos encontrados (Giardia intestinalis A e B e Cryptosporidium parvum e hominis) são característicos de contaminação antrópica e são frequentemente identificados em estudos epidemiológicos como responsáveis por surtos. A estimativa do risco anual de infecção por Giardia foi de 3,3x10-3 (IC95% 4,6x10-3) para crianças e de 11,5x10-3 (IC95% 13,3x10-3) para adultos, enquanto o risco por Cryptosporidium foi de 1,1x10-3 (IC95% 1,7x10-3) para crianças e de 3,9x10-3 (IC95% 5,0x10-3) para adultos. O incremento da incidência de diarréias foi observado no cenário de estudo após um acidente que resultou em transbordamento de esgotos não tratados no manancial, coincidindo com o aumento na detecção de (oo)cistos. Conclusão: Os resultados evidenciaram que a vulnerabilidade do ribeirão dos Cristais a contaminações biológicas pode culminar em um risco elevado de infecção e adoecimento por Giardia e Cryptosporidium através da ingestão de água tratada. Portanto, o caso é preocupante, tanto do ponto de vista do tratamento e abastecimento de água potável, quanto da degradação e contaminação do manancial, evidenciando a necessidade de se estabelecer medidas de intervenção direcionadas a promover a qualidade da água e garantir sua segurança / Introduction: The risk to human health caused by biological contamination of source water from public water supply is highlighted by the occurrence of outbreaks associated with the protozoa Giardia and Cryptosporidium, which have low infectious doses and high capacity of survival in the environment, besides being capable of withstanding traditional process for water disinfection (chlorination). Considering that there is a high risk of infection by these protozoa through drinking water treated with conventional methods uptaked from surface waters impacted by biological contamination, resulting in a possible increase in the incidence of diarrhea, this study aimed to verify the occurrence of these protozoa in waters collected for public supply in Cajamar-SP, characterize their pathogenicity and evaluate the risk associated with its consumption. Methods: Forty eight samples were collected in ribeirão dos Cristais, at uptake point of the water treatment plant, weekly, for 12 months (from 05/16/2013 to 05/21/2014). The detection and quantification of protozoa were carried out according to the United States Environmental Protection Agency Method 1623.1, and the extraction and characterization of species/genotypes of iardia and Cryptosporidium were performed through molecular methods and sequencing. The risk of infection by ingestion of Giardia and Cryptosporidium (oo)cysts present in the treated water were calculated using the Quantitative Microbial Risk Assessment tool, based on the concentration data of pathogens obtained by the Method 1623.1, removal efficiency of (oo) cysts in the conventional process of water treatment, dose-response model and rate of daily water intake for individuals under the age of 5 years and over 21 years. Results: Giardia cysts were detected in 83.3% of the samples (40/48), with concentrations ranging rom the detection limit (<0.1) to 8.6 cysts/L. Cryptosporidium oocysts were detected in 7.5% of the samples (18/48), with concentrations ranging from the detection limit (<0.1) to 2 oocysts/L. The species/genotypes found (Giardia intestinalis A and B and Cryptosporidium parvum and hominis) are characteristic of anthropogenic contamination and are often identified in epidemiological studies as being responsible for outbreaks. The estimated annual risk of infection by Giardia was 3,3x10-3 (95% CI 4,6x10-3) for children and 11,5x10-3 (95% CI 13,3x10-3) for adults, while the risk for Cryptosporidium was 1,1x10-3 (95% CI 1,7x10-3) for children and 3,9x10-3 (95% CI 5,0x10-3) for adults. The increase in the incidence of diarrhea was observed in the study scenario after an accident that resulted in an overflow of untreated sewage that reached the reservoir, coinciding with an increase in the detection of the (oo)cysts. Conclusion: The results showed that the vulnerability of the ribeirão dos Cristais to biological contamination may result in a high risk of infection and illness by Giardia and Cryptosporidium through the drinking water consumption. Therefore, the case is of concern, both from the point of view of the treatment and supply of drinking water, as well as to the degradation and contamination of the water source, highlighting the need to establish intervention measures aimed at promoting water quality and ensure its safety
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Detecção Molecular de Giardia spp. em amostras de esgoto bruto provenientes do Estado de São Paulo e da cidade de Lima, Peru / Molecular detection of Giardia spp. in samples of raw wastewater from the State of São Paulo and the city of Lima, Peru.

Francisco Miroslav Ulloa Stanojlovic 08 July 2014 (has links)
Introdução Giardia intestinalis é um dos principais protozoários flagelados causadores de diarreia em humanos e animais, sendo um micro-organismo re-emergente, responsável por vários surtos de veiculação hídrica em nível mundial, razão pela qual tem merecido atenção das autoridades de Saúde Pública, e deve ser avaliado e monitorado, principalmente devido ao seu impacto negativo na qualidade do abastecimento público, em particular através do esgoto. Através de técnicas de biologia molecular é possível caracterizar e genotipar cistos presentes no esgoto, e identificar a circulação dos agrupamentos A e B, patogênicos para o homem. Neste estudo foram avaliadas amostras de esgoto bruto de cidades cosmopolitas da América Latina, no Estado de São Paulo, e em Lima, Peru. Objetivos Detectar através da técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) a presença de G. intestinalis e os agrupamentos A e B, de importância para a saúde humana, em amostras de esgoto bruto provenientes do Estado de São Paulo, Brasil e de Lima, no Peru. Material e Métodos Um total de 18 amostras de esgoto bruto provenientes de portos, aeroportos e estações rodoviárias, com alto trânsito de pessoas de cinco municípios do estado de São Paulo foram coletadas pela técnica de Moore. Adicionalmente, 10 amostras provenientes de dois bairros (urbano e semi-urbano) na entrada da ETE de Carapongo, Lima, no Peru foram coletadas e concentradas por centrifugação. O DNA genômico foi extraído utilizando kit comercial (QIAamp DNA Stool Mini Kit® - Qiagen, USA). A amplificação do gene gdh (glutamato desidrogenase) de Giardia, foi realizada por nested PCR como descrito por CACCIÓ et al., 2008, e G. intestinalis e seus agrupamentos A e B, por meio de reações de reamplificação por PCR (rePCR). Resultados No Estado de São Paulo 61,1 por cento (11/18) das amostras coletadas foram consideradas positivas para G. intestinalis, e na cidade de Lima 60 por cento (6/10) das amostras foram positivas para G. intestinalis. Os agrupamentos A e B foram obtidos em ambos os países. Conclusões Os achados indicam que na cidade de Lima e no estado de São Paulo, cistos de Giardia associados à giardíase humana estão circulando no esgoto bruto, de modo que a descarga dessa matriz em águas superficiais pode representar perigo para a saúde. Além disso, o diagnóstico proposto possibilita a caracterização molecular de Giardia presente em amostras de esgoto bruto sem a necessidade de sequenciamento ou clonagem, favorecendo as rotinas laboratoriais / Introduction Giardia intestinalis is on of the major flagellated protozoans that cause diarrhea in humans and animals, and a re-emerging microorganism, responsible for several waterborne outbreaks worldwide, therefore it has received attention from public health authorities, and should be evaluated and monitored mainly due to their negative impact on the quality of public supply, in particular through the sewage. Through molecular biology techniques it is possible to characterize and to genotype cysts present in wastewater, and to identify the circulation of Assemblages A and B, that are pathogenic to humans. In this study were evaluated samples of raw wastewater from cosmopolitan cities in Latin America, in the State of São Paulo and in Lima, Peru. Objectives Detect, through the technique of polymerase chain reaction (PCR), the presence of G. intestinalis and its Assemblages A and B, of importance to human health, in samples of raw wastewater from the State of São Paulo, Brazil and Lima, Peru. Material and Methods A total of 18 samples of raw wastewater from harbors, airports and bus stations, with high traffic of people from five municipalities of the state of São Paulo were collected by the technique of Moore. In addition, 10 samples from two districts (urban and semi-urban) at the entrance of the WWTP Carapongo, Lima, Peru, were collected and subjected to centrifugation. Genomic DNA was extracted by using a commercial kit (QIAamp DNA Stool Mini Kit ® - Qiagen, USA). The amplification of the Giardia gdh gene (glutamate dehydrogenase) was performed by nested PCR as described by Cacció et al., 2008 and G. intestinalis and its Assemblages A and B, through PCR reamplification reactions (rePCR). Results In the State of São Paulo 61.1 per cent (11/18) of the collected samples were positive for G. intestinalis, and in the city of Lima 60 per cent (6/10) of the samples were positive for G. intestinalis. Assemblages A and B were obtained in both countries. Conclusions The findings indicated that in the city of Lima and in the state of São Paulo, Giardia cysts associated with human giardiasis are circulating in raw wastewater, so that the discharge of this matrix in surface waters may pose a health hazard. Furthermore, the proposed diagnostic enables the molecular characterization of Giardia present in raw wastewater samples without the need of sequencing or cloning, favoring laboratory routines.
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Detecção Molecular de Giardia spp. em amostras de esgoto bruto provenientes do Estado de São Paulo e da cidade de Lima, Peru / Molecular detection of Giardia spp. in samples of raw wastewater from the State of São Paulo and the city of Lima, Peru.

Stanojlovic, Francisco Miroslav Ulloa 08 July 2014 (has links)
Introdução Giardia intestinalis é um dos principais protozoários flagelados causadores de diarreia em humanos e animais, sendo um micro-organismo re-emergente, responsável por vários surtos de veiculação hídrica em nível mundial, razão pela qual tem merecido atenção das autoridades de Saúde Pública, e deve ser avaliado e monitorado, principalmente devido ao seu impacto negativo na qualidade do abastecimento público, em particular através do esgoto. Através de técnicas de biologia molecular é possível caracterizar e genotipar cistos presentes no esgoto, e identificar a circulação dos agrupamentos A e B, patogênicos para o homem. Neste estudo foram avaliadas amostras de esgoto bruto de cidades cosmopolitas da América Latina, no Estado de São Paulo, e em Lima, Peru. Objetivos Detectar através da técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) a presença de G. intestinalis e os agrupamentos A e B, de importância para a saúde humana, em amostras de esgoto bruto provenientes do Estado de São Paulo, Brasil e de Lima, no Peru. Material e Métodos Um total de 18 amostras de esgoto bruto provenientes de portos, aeroportos e estações rodoviárias, com alto trânsito de pessoas de cinco municípios do estado de São Paulo foram coletadas pela técnica de Moore. Adicionalmente, 10 amostras provenientes de dois bairros (urbano e semi-urbano) na entrada da ETE de Carapongo, Lima, no Peru foram coletadas e concentradas por centrifugação. O DNA genômico foi extraído utilizando kit comercial (QIAamp DNA Stool Mini Kit® - Qiagen, USA). A amplificação do gene gdh (glutamato desidrogenase) de Giardia, foi realizada por nested PCR como descrito por CACCIÓ et al., 2008, e G. intestinalis e seus agrupamentos A e B, por meio de reações de reamplificação por PCR (rePCR). Resultados No Estado de São Paulo 61,1 por cento (11/18) das amostras coletadas foram consideradas positivas para G. intestinalis, e na cidade de Lima 60 por cento (6/10) das amostras foram positivas para G. intestinalis. Os agrupamentos A e B foram obtidos em ambos os países. Conclusões Os achados indicam que na cidade de Lima e no estado de São Paulo, cistos de Giardia associados à giardíase humana estão circulando no esgoto bruto, de modo que a descarga dessa matriz em águas superficiais pode representar perigo para a saúde. Além disso, o diagnóstico proposto possibilita a caracterização molecular de Giardia presente em amostras de esgoto bruto sem a necessidade de sequenciamento ou clonagem, favorecendo as rotinas laboratoriais / Introduction Giardia intestinalis is on of the major flagellated protozoans that cause diarrhea in humans and animals, and a re-emerging microorganism, responsible for several waterborne outbreaks worldwide, therefore it has received attention from public health authorities, and should be evaluated and monitored mainly due to their negative impact on the quality of public supply, in particular through the sewage. Through molecular biology techniques it is possible to characterize and to genotype cysts present in wastewater, and to identify the circulation of Assemblages A and B, that are pathogenic to humans. In this study were evaluated samples of raw wastewater from cosmopolitan cities in Latin America, in the State of São Paulo and in Lima, Peru. Objectives Detect, through the technique of polymerase chain reaction (PCR), the presence of G. intestinalis and its Assemblages A and B, of importance to human health, in samples of raw wastewater from the State of São Paulo, Brazil and Lima, Peru. Material and Methods A total of 18 samples of raw wastewater from harbors, airports and bus stations, with high traffic of people from five municipalities of the state of São Paulo were collected by the technique of Moore. In addition, 10 samples from two districts (urban and semi-urban) at the entrance of the WWTP Carapongo, Lima, Peru, were collected and subjected to centrifugation. Genomic DNA was extracted by using a commercial kit (QIAamp DNA Stool Mini Kit ® - Qiagen, USA). The amplification of the Giardia gdh gene (glutamate dehydrogenase) was performed by nested PCR as described by Cacció et al., 2008 and G. intestinalis and its Assemblages A and B, through PCR reamplification reactions (rePCR). Results In the State of São Paulo 61.1 per cent (11/18) of the collected samples were positive for G. intestinalis, and in the city of Lima 60 per cent (6/10) of the samples were positive for G. intestinalis. Assemblages A and B were obtained in both countries. Conclusions The findings indicated that in the city of Lima and in the state of São Paulo, Giardia cysts associated with human giardiasis are circulating in raw wastewater, so that the discharge of this matrix in surface waters may pose a health hazard. Furthermore, the proposed diagnostic enables the molecular characterization of Giardia present in raw wastewater samples without the need of sequencing or cloning, favoring laboratory routines.
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Practical considerations for genotype imputation and multi-trait multi-environment genomic prediction in a tropical maize breeding program / Considerações práticas para a imputação de genótipos e predição genômica aplicada a múltiplos caracteres e ambientes em um programa de melhoramento de milho tropical

Oliveira, Amanda Avelar de 17 June 2019 (has links)
The availability of molecular markers covering the entire genome, such as single nucleotide polymorphism (SNP) markers, allied to the computational resources for processing large amounts of data, enabled the development of an approach for marker assisted selection for quantitative traits, known as genomic selection. In the last decade, genomic selection has been successfully implemented in a wide variety of animal and plant species, showing its benefits over traditional marker assisted selection and selection based only on pedigree information. However, some practical challenges may still limit the wide implementation of this method in a plant breeding program. For example, we cite the cost of high-density genotyping of a large number of individuals and the application of more complex models that take into account multiple traits and environments. Thus, this study aimed to i) investigate SNP calling and imputation strategies that allow cost-effective high-density genotyping, as well as ii) evaluating the application of multivariate genomic selection models to data from multiple traits and environments. This work was divided into two chapters. In the first chapter, we compared the accuracy of four imputation methods: NPUTE, Beagle, KNNI and FILLIN, using genotyping-by-sequencing (GBS) data from 1060 maize inbred lines, which were genotyped using different depths of coverage. In addition, two SNP calling and imputation strategies were evaluated. Our results indicated that combining SNP-calling and imputation strategies can enhance cost-effective genotyping, resulting in higher imputation accuracies. In the second chapter, multivariate genomic selection models, for multiple traits and environments, were compared with their univariate versions. We used data from 415 hybrids evaluated in the second season in four years (2006-2009) for grain yield, number of ears and grain moisture. Hybrid genotypes were inferred in silico based on their parental inbred lines using SNP markers obtained via GBS. However, genotypic information was available only for 257 hybrids, motivating the use of the H matrix, which combines genetic information based on pedigree and molecular markers. Our results demonstrated that the use of multi-trait multi-environment models can improve predictive abilities, especially to predict the performance of hybrids that have not yet been evaluated in any environment. / A disponibilidade de marcadores moleculares cobrindo todo o genoma, como os polimorfismos de nucleotídeos individuais (single nucleotide polymorphism - SNP), aliada aos recursos computacionais para o processamento de grande volume de dados, tornou possível o desenvolvimento de uma abordagem de melhoramento assistido para caracteres de herança quantitativa, conhecida como seleção genômica. Na última década a seleção genômica tem sido implementada com sucesso em uma enorme variedade de espécies animais e vegetais, comprovando suas vantagens sobre a seleção assistida por marcadores tradicional e a seleção baseada apenas em informações de parentesco. No entanto, alguns desafios práticos ainda podem limitar a implementação deste método em um programa de melhoramento de plantas. Como exemplos, citam-se o custo da genotipagem de alta densidade de um grande número de indivíduos e a aplicação de modelos mais complexos, que consideram múltiplos caracteres e ambientes. Dessa forma, este estudo teve como objetivos: i) investigar estratégias de identificação de SNPs e imputação que possibilitem uma genotipagem de alta densidade economicamente viável; e ii) avaliar a aplicação de modelos multivariados de seleção genômica para múltiplos caracteres e ambientes. Este trabalho foi divido em dois capítulos. No primeiro capítulo, comparou-se a acurácia de quatro métodos de imputação: NPUTE, Beagle, KNNI e FILLIN, usando dados de genotipagem por sequenciamento (genotyping-by-sequencing - GBS) de 1.060 linhagens de milho, que foram genotipadas usando diferentes profundidades de cobertura. Além disso, duas estratégias de identificação de SNPs e imputação foram avaliadas. Os resultados indicaram que a combinação de estratégias de detecção de polimorfismos e imputação pode possibilitar uma genotipagem economicamente viável, resultando em maiores acurácias de imputação. No segundo capítulo, modelos multivariados de seleção genômica, para múltiplos caracteres e ambientes, foram comparados com suas versões univariadas. Dados de 415 híbridos avaliados na segunda safra em quatro anos (2006-2009) para os caracteres produtividade de grãos, número de espigas e umidade foram utilizados. Os genótipos dos híbridos foram inferidos in silico com base nos genótipos das linhagens parentais usando marcadores SNPs obtidos via GBS. No entanto, informações genotípicas estavam disponíveis para apenas 257 híbridos, de modo que foi necessário fazer uso da matriz H, a qual combina informações de parentesco genético baseadas em pedigree e marcadores. Os resultados obtidos demonstraram que o uso de modelos de seleção genômica para múltiplos caracteres e ambientes pode aumentar a capacidade preditiva, especialmente para predizer a performance de híbridos nunca avaliados em qualquer ambiente.
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Métodos de seleção genômica aplicados a sorgo biomassa para produção de etanol de segunda geração / Genome wide selection methods applied to high biomass sorghum for the production of second generation ethanol

Oliveira, Amanda Avelar de 03 July 2015 (has links)
As crescentes preocupações com questões ambientais têm despertado interesse global pelo uso de combustíveis alternativos, e o uso da biomassa vegetal surge como uma alternativa viável para a geração de biocombustíveis. Diferentes materiais orgânicos têm sido utilizados, e dentre eles destaca-se o sorgo biomassa (Sorghum bicolor L. Moench). A seleção genômica apresenta grande potencial e pode, em médio prazo, reestruturar os programas de melhoramento de plantas, promovendo maiores ganhos genéticos quando comparada a outros métodos, além de reduzir significativamente o tempo necessário para o desenvolvimento de novas cultivares, através da seleção precoce. Este trabalho teve como objetivo avaliar modelos de seleção genômica e aplicá-los para a predição dos valores genéticos de indivíduos do painel de sorgo biomassa da Embrapa/Milho e Sorgo. Tal painel inclui materiais do banco de germoplasma e materiais utilizados em programas de melhoramento de sorgo dessa instituição, bem como coleções núcleo do CIRAD e ICRISAT, sendo, portanto, subdividido em dois sub-painéis. As 100 linhagens do sub-painel 1 foram avaliadas fenotipicamente por dois anos (2011 e 2012) e as 100 linhagens do sub-painel 2 por um ano (2011), ambas no município de Sete Lagoas-MG, para as seguintes características fenotípicas: tempo até o florescimento, altura de plantas, produção de massa verde e massa seca, proporções de fibra ácida e neutra, celulose, hemicelulose e lignina. Posteriormente, as 200 linhagens integrantes do painel foram genotipadas através da técnica de genotipagem por sequenciamento. A partir desses dados genotípicos e fenotípicos, os modelos de seleção genômica Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ, Bayes Lasso, Bayes Ridge Regression e Random Regression BLUP (RRBLUP) foram ajustados e comparados. As capacidades preditivas obtidas foram elevadas e pouco variaram entre os diversos modelos, variando de 0,61 para o caráter florescimento a 0,85 para a proporção de fibra ácida, quando o modelo RRBLUP foi empregado na análise conjunta dos dois sub-painéis. Por outro lado, a predição cruzada entre sub-painéis resultou em capacidades preditivas substancialmente menores, nunca superiores a 0,66 e em alguns cenários virtualmente iguais a zero, além de apresentar maiores variações entre os modelos ajustados. Simulações do uso de subconjuntos dos marcadores moleculares são apresentadas e indicam possibilidades de obtenção de capacidades preditivas mais elevadas. Análises de enriquecimento funcional realizadas a partir dos efeitos preditos dos marcadores sugeriram associações interessantes, as quais devem ser investigadas com maiores detalhes em estudos futuros, com potencial de elucidação da arquitetura genética dos caracteres quantitativos. / Increased concerns about environmental issues have aroused global interest in the use of alternative fuels, and the use of plant biomass emerges as a viable alternative for the generation of biofuels. Different organic materials have been used, including high biomass sorghum (Sorghum bicolor L. Moench). Genomic selection has great potential and could, in the medium term, restructure plant breeding programs, promoting greater genetic gains when compared to other methods and significantly reducing the time required for the development of new cultivars through early selection. This work aimed at evaluating models of genomic selection and applying them to the prediction of breeding values for a panel of high biomass sorghum genotypes of Embrapa / Milho e Sorgo. This panel includes materials from the gene bank and materials used in sorghum breeding programs of this institution, as well as core collections from CIRAD and ICRISAT, and is therefore divided into two sub-panels. The 100 lines of sub-panel 1 were evaluated phenotypically for two years (2011 and 2012) and the 100 lines of sub-panel 2 for one year (2011), both in the city of Sete Lagoas, Minas Gerais, for the following phenotypic traits: days to flowering, plant height, fresh and dry matter yield and fiber, cellulose, hemicellulose and lignin proportions. Subsequently, the 200 lines were genotyped by via the genotyping by sequencing technique. From these genotypic and phenotypic data, genomic selection models Bayes A, Bayes B, Bayes Cπ, Bayes Lasso, Bayes Ridge Regression and Random Regression BLUP (RRBLUP) were fitted and compared. The predictive capabilities obtained were high and varied little between the different models, ranging from 0.61 for days to flowering to 0.85 for acid fiber, when the RRBLUP model was used on the combined analysis of the two sub-panels. On the other hand, cross prediction between sub-panels resulted in substantially lower predictive capability, never above 0.66 and in some scenarios virtually equal to zero, with greater variations between the fitted models. Simulations of using subsets of molecular markers are presented and indicate possibilities of achieving higher predictive capabilities. Functional enrichment analyses performed with the marker predicted effects suggested interesting associations, which should be investigated in more detail in future studies, with potential for elucidating the genetic architecture of quantitative traits.

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