CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O vÃrus da hepatite C à considerado como o principal agente causador de hepatite nÃo-A, nÃo-B e, desde sua descoberta em 1989, tem sido reconhecido como a principal causa de doenÃa crÃnica do fÃgado em todo o mundo. O VHC possui um genoma de RNA de sentido positivo e à classificado como um flavivÃrus. O vÃrus apresenta considerÃvel variabilidade em sua seqÃÃncia e as variantes do VHC podem ser divididas em seis genÃtipos principais (numerados de 1 a 6) e diversos subtipos. A distribuiÃÃo dos genÃtipos varia tanto geograficamente, quanto entre os grupos de risco. Este estudo teve como objetivo analisar a distribuiÃÃo dos genÃtipos do VHC entre pacientes atendidos em um hospital de referÃncia em Fortaleza, CearÃ. Cento e vinte pacientes com sorologia positiva para anti-VHC ou histÃria clÃnica sugestiva de infecÃÃo pelo vÃrus foram estudados. O RNA viral foi extraÃdo a partir do soro dos pacientes e a detecÃÃo molecular do vÃrus foi feita por PCR, utilizando iniciadores especÃficos para a regiÃo 5 (linha) nÃo-codificadora do genoma viral. A genotipagem foi baseada em tÃcnica de RFLP utilizando as enzimas de restriÃÃo HaeIII, RsaI, MvaI e HinfI. Noventa e seis pacientes (80%) foram positivos no teste qualitativo para VHC. A mÃdia de idade desses pacientes foi de 44 anos. HistÃria clÃnica de cirurgia foi o fator de risco mais presente, seguido por transfusÃo sangÃÃnea, DST, uso de drogas, tatuagem, diÃlise e exposiÃÃo ocupacional. A relaÃÃo entre o resultado do teste qualitativo e o uso de drogas apresentou significÃncia estatÃstica, com 96% dos usuÃrios de drogas positivos para VHC. NÃo houve diferenÃa significativa no resultado do teste qualitativo quando transfusÃes sangÃÃneas feitas antes ou depois de 1993 foram analisadas. ManifestaÃÃes clÃnicas ou Ãndices de ALT alterados tambÃm nÃo foram preditivos de positividade para VHC. O genÃtipo 1 foi o mais prevalente na populaÃÃo estudada (46,9%), seguido pelos genÃtipos 3 (34,4%) e 2 (8,3%). O genÃtipo 4 viral foi detectado em um paciente. Em nove amostras nÃo foi possÃvel a genotipagem do VHC. Esses casos foram denominados indeterminados. CaracterÃsticas epidemiolÃgicas como idade, sexo, fatores de risco, Ãndices de ALT e manifestaÃÃes clÃnicas foram relacionadas com os diversos genÃtipos virais. A distribuiÃÃo dos genÃtipos virais entre as categorias estudadas ocorreu de forma homogÃnea na maioria dos casos. Foi observada significÃncia estatÃstica apenas na relaÃÃo entre genÃtipo e exposiÃÃo ocupacional ao VHC, com predominÃncia do genÃtipo 1 neste grupo de risco. NÃo foram observadas co-infecÃÃes com mais de um genÃtipo viral. / Hepatitis C virus is considered as the main causative agent of non-A non-B hepatitis and has been recognised as the major cause of chronic liver disease worldwide, since its discovery in 1989. It has a positive-sense RNA and belongs to the flavivirus family. The HCV shows considerable sequence variability and its variants can be divided into six main genotypes (numbered from 1 to 6) and several subtypes. The genotypes distribution varies from the geographic area and among risk groups. This study had the main aim to study HCV genotypes distribution in patients from a reference hospital in Fortaleza, Ceara. It was investigated a hundred and twenty patients with anti-HCV positive or clinical history suggesting virus infection. Viral RNA was extracted from patients serum and the virus molecular detection was made by PCR, using specific primers to the 5â non-coding region of viral genome. Genotyping was based in a RFLP technique, using the restriction enzymes HaeIII, RsaI, MvaI and HinfI. Ninety six patients (80%) were positive in the qualitative test for HCV. The mean age of these patients was 44 years old. Surgery clinical history was the most frequent risk factor, followed by blood transfusion, sexual transmitted disease, drugs use, tattoos, dialysis, and occupacional exposure. The relation between qualitative test result and drug users showed statistical significance, with 96% of drugs users being positive for HCV. There was no significant difference in qualitative test result when we analysed blood transfusions done after or before the year 1993. Clinical symptoms and ALT levels also were not predictive of HCV positive result. Genotype 1 was the most prevalent in the studied population (46,9%), followed by genotype 3 (34,4%) and 2 (8,3%). There was also a molecular characterization of one patient with genotype 4 whereas nine samples were not HCV genotyped and were called as undetermined. The epidemiological characteristics such as age, gender, risk factors, ALT levels and clinical manifestations were related with viral genotypes. The HCV genotypes had a homogeneous distribution, in the majority of cases, among the different categories. A statistical significance was observed only when genotype 1 was related to HCV occupational exposure. Co-infections with more than one viral genotype were not observed.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-02-07T13:27:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-02-07T13:28:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-02-07T13:28:24Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T13:28:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Alessandro M. Silva.pdf: 1750169 bytes, checksum: 4e3dca31adc1b3f046d94221fe9febbb (MD5) Previous issue date: 2016-10-21 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In the Amazon the smell of pepper culture (Capsicum chinense Jacq.) Is subject to attack by many pathogens, especially fungal diseases, among these anthracnose caused by Colletotrichum spp., is one of the most important, because it causes damage to fruit and prevents the marketing. Given the commercial importance of this disease, this study aimed to characterize morphocultural, molecular and pathogenic isolates of Colletotrichum spp. from fruits with symptoms of anthracnose in pepper-of-smell, collected in producing municipalities of Amazonas state (Iranduba, Itacoatiara, President Figueiredo and Manaquiri). The mycelial growth index ranged from 19.29 to 12.77 mm. The color of colonies ranged from white to dark gray. The colony reverse color varied from white, brown, cream, orange, dark brown, black and gray. Most of the isolates were moderately abundant aerial growth, followed by abundant and reduced air. The observed conidia were the oblong/cylindrical type, with dimensions ranging from 15.4 to 9.0 mm in length, 5.5 to 2.9 mm in width and 4.0 to 2.6 μm ratio length width. The format of appressoria were rounded, slightly lobed and lobed, with dimensions of length ranging from 14.6 to 7.3 μm width from 8.8 to 5.2 m and length / width ratio from 1.7 to 1.1 μm. Five isolates did not produce appressoria. The pathogenicity test possible to observe that the isolates from President Figueiredo, Itacoatiara, Manaquiri and Iranduba showed high variability in the mean diameter of lesions (mm), aggressiveness index (%) and incidence (%) when inoculated in different species of Capsicum. Genotyping by Ap- PCR showed genetic diversity within and among isolates of the same origin. The results show possibly the existence of more than one species of Colletotrichum associated with anthracnose in pepper-of-smell in the state of Amazonas. / No Amazonas o cultivo de pimenta-de-cheiro (Capsicum chinense Jacq.) está sujeito ao ataque de diversos patógenos, destacando-se as doenças fúngicas, dentre estas a antracnose causada por Colletotrichum spp., é uma das mais importantes, pois causa danos aos frutos e inviabiliza a comercialização. Dada a importância comercial dessa doença, esse trabalho teve por objetivo realizar a caracterização morfocultural, molecular e patogênica de isolados de Colletotrichum spp. oriundos de frutos com sintomas de antracnose em pimenta-de-cheiro, coletados em municípios produtores do Estado do Amazonas (Iranduba, Itacoatiara, Presidente Figueiredo e Manaquiri). O ICM variou de 19,29 a 12,77 mm. A cor do verso das colônias variou entre branca à cinza escura. A cor do reverso da colônia variou de branca, castanha, creme, laranja, marrom escura, preta e cinza. A maior parte dos isolados apresentaram crescimento aéreo moderadamente abundante, seguido de aéreo abundante e reduzido. Os conídios observados foram do tipo oblongo/cilíndrico, com dimensões variando de 15,4 a 9,0 μm de comprimento, 5,5 a 2,9 μm de largura e 4,0 a 2,6 μm de relação comprimento largura. O formato dos apressórios foram arredondados, levemente lobado e lobado, com dimensões de comprimento variando de 14,6 a 7,3 μm, largura de 8,8 a 5,2 μm e relação comprimento/largura de 1,7 a 1,1 μm. Cinco isolados não produziram apressórios. O teste de patogenicidade cruzada possibilitou observar que os isolados oriundos de Presidente Figueiredo, Itacoatiara, Manaquiri e Iranduba apresentaram alta variabilidade quanto ao diâmetro médio das lesões (mm), índice de infecção (%) e incidência (%) quando inoculados nas diferentes espécies de Capsicum usadas no presente estudo. A genotipagem por Ap-PCR evidenciou alta diversidade genética dentre e entre isolados de uma mesma procedência. Os resultados demonstram, possivelmente, a existência de mais de uma espécie de Colletotrichum associada à antracnose em pimenta-de-cheiro no Estado do Amazonas.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-03-21T17:16:47Z No. of bitstreams: 2 Tese - Ludimila Paula Vaz Cardoso - 2009.pdf: 2018391 bytes, checksum: a45731b4e5b612ada7fa15b35c75c521 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-03-22T14:04:38Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Ludimila Paula Vaz Cardoso - 2009.pdf: 2018391 bytes, checksum: a45731b4e5b612ada7fa15b35c75c521 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-22T14:04:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Ludimila Paula Vaz Cardoso - 2009.pdf: 2018391 bytes, checksum: a45731b4e5b612ada7fa15b35c75c521 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2009-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / HIV-1 resistance to antiretroviral (ARV): nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI), non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTI), protease inhibitors (PI) and new ARV classes, like enfurvitide (T-20), represents a challenge for sustainable virological and immunologic responses. This study describes the prevalence of primary and secondary HIV-1 drug resistance and subtypes circulating in Central West Brazil. HIV-1 phylogenetic diversity and ARV resistance mutations were assessed among 97 ARV naïve patients, 48 ARV experienced patients and 77 HIV-1 pregnant women from Goiânia/GO. Protease (PR), partial reverse transcriptase (RT) and gp41 genes were amplified and sequenced from plasma RNA. HIV-1 pol subtypes were assigned by phylogenetic analysis and env/gag subtypes were identified by heteroduplex mobility analysis (HMA). ARV resistance mutations were analyzed by Stanford University Database, Internacional AIDS Society, Los Alamos Database and other sources. Among ARV naïve patients, primary drug resistance ranged from 8-10%. IP (n=2), NRTI (n=3), NRTI (n=1), IP+NRTI (n=1) e NRTI+NNRTI (n=3). Subtype B represented 82.5%, subtype F1 6.2%, subtype C 3.1%, BPR/F1RT 7.2% and one sample was F1PR/CBRT mosaic. Among ARV experienced patients, secondary drug resistance was 79%: NRTI (n=1), NNRTI (n=1), PI+NRTI or NRTI+NNRTI (n=20), PI+NRTI+NNRTI (n=16, considered multidrug resistant-MDR). In the HIV-1 pol gene, subtype B represented 79.2%, subtype F1 4.2%, subtype C 2.1%, F1PR/BRT 8.3% and BPR/F1RT 6.3%. Among MDR patients, the mosaic F1PR/BRT/F1ENV (n=1) and subtype BPR/BRT/BENV (n=13) were identified. G36E, N42T and N43S T-20 resistance mutations were observed in 3 MDR patients. In the group of pregnant women, none had primary drug resistance mutations. Among 42 ARV experienced pregnant women, 16.7% presented HIV-1 isolates with drug resistance mutations: NRTI (n=2), NRTI + NNRTI (n=2), PI + NTRI (n=2) and PI+NRTI+NNRTI (n=1). Regarding HIV-1 subtypes in env gag/PR RT genes, 66.2% were subtype B, 3.9% subtype C and 6.5% subtype F1. Our data from Central West Brazil show extensive genetic diversity with a significant proportion of distinct BF1 recombinants and the co-circulation of subtypes B, F1 and C. Moreover our data show that ARV naïve and ARV experienced patients, including pregnant women, can benefit from genotyping for ARV drug resistance, to improve clinical management and salvage therapy, which are also important to control HIV-1 transmission. / A resistência do HIV-1 aos antirretrovirais (ARV): inibidores da transcriptase reversa análogos a nucleosídeos e nucleotídeos (NRTI), inibidores da transcriptase reversa não análogos a nucleosídeos (NNRTI), inibidores da protease (IP) e novas classes de drogas antirretrovirais, como o enfurvitida (T-20), representa um desafio para a resposta virológica e imunológica dos pacientes HIV+/Aids. Este estudo descreve a prevalência de resistência primária e secundária do HIV-1 aos ARVs e os subtipos circulantes na região Centro-Oeste do Brasil. A diversidade filogenética do HIV-1 e as mutações de resistência foram avaliadas entre 97 pacientes virgens de tratamento, 48 pacientes em terapia ARV e 77 gestantes HIV+/Aids de Goiânia/GO. Os genes da protease (PR), parte da transcriptase reversa (TR) e da gp41 foram amplificados e sequenciados a partir do RNA plasmático. Os subtipos no gene pol foram avaliados através da análise filogenética e no gene env/gag foram identificados através da análise da mobilidade do heteroduplex (HMA). As mutações de resistência aos ARVs foram analisadas através do banco de dados da Universidade de Stanford, da Sociedade Internacional de Aids, de Los Alamos e outras fontes. Entre os pacientes virgens de tratamento, a prevalência de resistência primária variou de 8-10%: IP (n=2), NRTI (n=3), NRTI (n=1), IP+NRTI (n=1) e NRTI+NNRTI (n=3). O subtipo B representou 82,5%, o subtipo F1 6,2%, o subtipo C 3,1%, o mosaico BPR/F1RT 7,2% e uma amostra apresentou o mosaico F1PR/CBRT. Entre os pacientes em terapia ARV, a prevalência de resistência secundária foi de 79%: NRTI (n=1), NNRTI (n=1), IP+NRTI or NRTI+NNRTI (n=20), IP+NRTI+NNRTI (n=16, considerados multiresistentes-MDR). No gene pol do HIV-1, o subtipo B representou 79,2%, o subtipo F1 4,2%, o subtipo C 2,1%, o mosaico F1PR/BRT 8,3% e o mosaico BPR/F1RT 6,3%. Entre os pacientes MDR, foram identificados o mosaico F1PR/BRT/F1ENV (n=1) e o subtipo BPR/BRT/BENV (n=13). As mutações de resistência ao T-20, G36E, N42T e N43S, foram observadas em 3 pacientes MDR. No grupo das gestantes, nenhuma apresentou mutação de resistência primária. Entre 42 gestantes em tratamento ARV, 16,7% apresentaram isolados do HIV-1 com mutações de resistência aos ARVs: NRTI (n=2), NRTI+NNRTI (n=2), IP+NTRI (n=2) e IP+NRTI+NNRTI (n=1). Em relação aos subtipos do HIV-1 nos genes env gag/PR TR, 66,2% foram do subtipo B, 3,9% subtipo C e 6,5% subtipo F1. Nossos resultados do Centro-Oeste do Brasil mostram grande diversidade genética com significantiva proporção de recombinantes BF1 e a co-circulação de subtipos B, F1 e C. Além disso, nossos dados mostram que pacientes virgens de tratamento e em terapia ARV, incluindo gestantes, podem se beneficiar da genotipagem do HIV-1 para resistência aos ARVs, para melhorar a conduta clínica e a terapia de resgate, que também são importantes para o controle da transmissão do HIV-1.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-24T12:49:00Z No. of bitstreams: 2 Tese - Maria Edileuza Soares Moura - 2014.pdf: 2617829 bytes, checksum: 8fe2eea4d03e82310f1d867e6bfbcf37 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-24T14:13:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Maria Edileuza Soares Moura - 2014.pdf: 2617829 bytes, checksum: 8fe2eea4d03e82310f1d867e6bfbcf37 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-24T14:13:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Maria Edileuza Soares Moura - 2014.pdf: 2617829 bytes, checksum: 8fe2eea4d03e82310f1d867e6bfbcf37 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In a vast country, like Brazil surveillance of transmitted drug resistance to antiretroviral drugs/TDR should be continuous and extended to different locations and exposure groups. In the last decade significant geographic differences have been reported in the Brazilian AIDS epidemic: reduction in incidence of AIDS cases and related mortality in the southeast region (epicenter of the epidemic) contrasting with significant rise in both parameters in the northeast region. This study describes TDR and HIV-1 subtypes in protease-PR and reverse transcriptase-RT regions among antiretroviral (ARV) naïve patients from Piauí State (n=89) and Maranhão State (n=106), northeast, Brazil recruited between August 2011 and June 2012. HIV-1 pol gene (protease/PR and 2/3 of reverse transcriptase/RT) was sequenced from RNA. TDR was evaluated using the Calibrated Population Resistance (CPR) tool/Stanford HIV-1 Database, HIV-1 subtypes were defined by REGA software and phylogenetic analyses. Among patients from Piauí State (44 females, 45 males, 22 of them were men who have sex with men-MSM), overall TDR rate was 13.5%. TDR rate among MSM was 27.3% while among heterosexual men TDR rate was 10% and 9.1% among females. Single-class mutations to ARV (RT nucleoside and non nucleoside inhibitors NRTI/NNRTI or PR inhibitors/PI) predominated (10/12): M46L/V82F/L90M (PI), M41L/D67N (NRTI); K103NS/E138A (NNRTI). Two patients had dual class mutations: T215L (NRTI) and E138G/Y188L (NNRTI); T215N (NRTI) and F227L (NNRTI). Subtype B predominated (86.6%), non-subtype B isolates were rare: subtype F1 (n=1), subtype C (n=1). B/F1, F1/B and B/C intersubtype recombinants were observed in 11.2%. In Maranhão State females predominated (54.7%), median age was 31 years (range: 18-72); 78.3% reported heterosexual unprotected sex, 17.9% were MSM, two reported intravenous drug use/IDU. SDRM TDR rate was 3.8% (4/106). TDR was identified in adults (21-45 years), mostly males (3/4), 2 MSM, one IDU. Single-class mutations associated with NRTI (M184V; T215S) or NNRTI (K103S/N) were detected. No major PI mutation was identified; four isolates presented accessory mutations to PI (L10I/F, A71T/V). Subtype B represented 81.1% (86/106), subtype F1 1.9% (2/106), subtype C 2.8% (3/106) and 14.2% (15/106) were recombinants. The moderate frequency of BF recombinants in PI and MA where subtype F1 is rare suggests that recombinants generated in southeast/central-western were introduced and are circulating in northeast Brazil. Among patients from PI, high TDR rate observed among MSM ccontrasts with moderate rate among heterosexual patients. This result indicates that genotyping tests to detect drug resistance and TDR, mainly among MSM can contribute to define surveillance policies and to delineate prevention strategies to help control AIDS epidemic in northeast, Brazil. / Em um país extenso como o Brasil, a vigilância da resistência transmitida a antirretrovirais/TDR deve ser contínua e estendida a diferentes grupos populacionais e regiões geográficas. Na última década, diferenças regionais significativas foram relatadas na epidemia de HIV/aids no Brasil: redução na incidência de casos de aids e mortalidade na região sudeste (epicentro da epidemia) contrastando com aumento significativo de ambos parametros na região nordeste. O objetivo deste estudo foi descrever a prevalência de TDR e subtipos de HIV-1 na protease-PR e parte da transcriptase reversa-TR em isolados de pacientes virgens de tratamento que vivem nos estados do Piauí e do Maranhão, nordeste, Brasil. Pacientes virgens de tratamento antirretroviral/ARV recrutados entre agosto 2011- junho 2012 (Maranhão, n=106; Piauí, n=89) tiveram o gene pol (protease/PR e 2/3 da transcriptasecreversa/TR) sequenciado a partir do RNA. TDR foi avaliada mediante uso da Calibrated Population Resistance (CPR) tool/Stanford HIV-1 Database, subtipos de HIV-1 foram definidos pelo software REGA e por análise filogenética. Entre os pacientes do Piauí (44 mulheres, 45 homens, 22 deles declararam-se homens que fazem sexo com homens/HSH), a taxa de TDR foi 13,5%. TDR entre HSH foi 27,3%. Entre os homens heterossexuais, a taxa de TDR foi de 10% e entre as mulheres 9,1%. Mutações de resistência a uma classe de ARV (inibidores nucleosidicos ou não-nucleosidicos da TR/ITRN/ITRNN ou inibidores da PR/IP) predominaram (10/12): M46L/V82F/L90M (IP); M41L/D67N (ITRN); K103NS/E138A (ITRNN). Dois pacientes tiveram mutações de resistência a duas classes de ARV: T215L (ITRN) e E138G/Y188L (ITRNN); T215N (ITRN) e F227L (ITRNN). O subtipo B representou 86,6%, subtipos não B foram raros: subtipo F1 (n=1) e o subtipo C (n=1). Recombinantes intersubtipos B/F1, F1/B e B/C foram observados em 11,2 % dos isolados. No Maranhão predominou mulheres (54,7%), com mediana de idade de 31 anos (variação: 18-72); 78,3% relatou relação heterossexual desprotegida, 17,9% dos homens declararam-se HSH, dois referiram uso de drogas injetáveis. Entre os pacientes do MA 3,8% apresentou TDR (4/106). TDR foi identificada em adultos (21-45 anos), a maioria do sexo masculino (3/4), 2 HSH, um usuário de droga injetável. Mutações associadas a resistência aos ITRN (M184V; T215S) e aos ITRNN (K103S/N) foram detectadas. Mutações principais aos IP não foram identificadas, quatro isolados apresentaram mutações acessórias aos IP (L10I/F, A71T/V). O subtipo B representou 81,1% (86/106) dos isolados, o subtipo F1 1,9% (2/106), o subtipo C 2,8% (3/106) e 14,2% (15/106) eram recombinantes. A moderada prevalência de recombinantes BF detectada no PI e MA onde a frequência de subtipo F1 é rara, sugere que recombinantes gerados no sudeste/centro-oeste tenham sido introduzidos e estão circulando no nordeste. Nos pacientes do PI, alta taxa de TDR observada entre HSH contrastou com taxa moderada entre heterossexuais. Este resultado indica que a realização de testes de genotipagem para resistência para avaliar TDR, principalmente entre HSH pode contribuir para definir diretrizes de vigilância e delinear estratégias de prevenção para auxiliar o controle da epidemia de aids na região nordeste, Brasil.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar astrovírus em amostras fecais coletadas de crianças com e sem diarréia, em São Paulo, Brasil, e divididas em dois grupos, EPM e HU, de acordo com a origem. A detecção foi realizada utilizando-se RT-PCR, com primers específicos. Os resultados para as amostras EPM mostram que 66/234 (28,2%) foram positivas para astrovírus. Para as amostras HU, 18/187 (9,6%) foram positivas. A genotipagem foi realizada com a técnica de nested/RT-PCR. De 66 amostras positivas (EPM), 19 (28,7%) foram caracterizadas como HAstV-1, 4 (6,0%) como HAstV-2, 2 (3,0%) como HAstV-3, 1 (1,5%) como HAstV-5 e 3 (4,5%) como HAstV-8. Das 18 positivas do HU, 1 (5,5%) amostra foi caracterizada como HAstV-1, 7 (38,8%) como HAstV-2 e 1 (5,5%) como HAstV-8. As amostras genotipadas em ambos os grupos foram submetidas ao seqüenciamento de nucleotídeos para confirmação dos resultados. Detecção e genotipagem de astrovírus em casos de diarréias pediátricas são técnicas são importantes e descrevem como esse vírus está circulando em São Paulo, Brasil. / The purpose of this study was to characterize astrovirus in faecal samples collected from children with and without diarrhea in São Paulo city, Brazil, and grouped into two distinct groups, EPM and HU. Detection was carried out using RT-PCR with specific primers. Results for EPM set showed that 66/234 (28,2%) were positive. In the HU set of samples, 18/187 (9,6%) were positive for astrovirus. Genotyping was carried out with nested/RT-PCR. Out of 66 astrovirus positive EPM samples, 19 (28,7%) were characterized as HAstV-1, 4 (6,0%) as HAstV-2, 2 (3,0%) as HAstV-3, 1 (1,5%) as HAstV-5 and 3 (4,5%) as HAstV-8. Among 18 astrovirus positive HU samples, 1 (5,5%) was characterized as HAstV-1, 7 (38,8%) as HAstV-2 and 1 (5,5%) as HAstV-8. Genotyped samples were confirmed by nucleotide sequencing. Detection and genotyping of astrovirus in pediatric diarrhea are important and describes how this virus is circulating in São Paulo, Brazil.

De um total de 187 amostras fecais coletadas no ambulatório do Hospital Universitário/USP, entre 1994 a 1996, 54 (28,9%) foram positivas para rotavírus. Entre as amostras caracterizadas por EGPA foram identificados nove perfis eletroforéticos longos, dois curtos e um tipo não usual. O subgrupo II e o sorotipo G2 foram os mais freqüentemente identificados. Foram caracterizadas três amostras com misturas de sorotipos. As amostras positivas e mais 163 amostras, coletadas em um laboratório particular, em 2000, foram genotipadas. Os genótipos G2P[4] e G1P[8] foram os mais freqüentes nos anos de 1994-1996 e G1P[8] e G9P[8], os mais freqüentes em 2000. Os genótipos G3 e G4 foram detectado em menor freqüência. No HU, 20 (38,5%) amostras foram caracterizadas como misturas de genótipos G e 16 (29,6%), como misturas de genótipos P; não foram identificadas misturas em 2000. Dezoito amostras foram caracterizadas como P[10] por RT-PCR mas a análise da seqüência de nucleotídeos mostrou uma homologia de 90,7 a 98,0% com a amostra padrão P[8]. / From 187 fecal samples collected from outpatients at Hospital Universitário (HU)/ USP, between 1994 to 1996, 54 (28,9%) were positive for rotavirus. Positive samples were submitted to electropherotyping, subgrouping, and G serotype. Electropherotypes were characterized as nine different long genome profiles, one short and one unusual profile. Subgroup II and G2 serotype were the most frequently found and three samples showed mixed serotypes. Rotavirus samples and an additional 163 positive fecal samples, collected in a private laboratory in 2000, were G and P genotyped. Genotypes G2P[4] and G1P[8] were the most frequently found in 1994-1996 and, in 2000, G1P[8] and G9P[8] were the most frequent. Genotype G3 and G4 were detected as minor strains in both years. For HU, G genotype mixtures were found in 20 (38.5%) samples and P mixtures were found in 16 (29.6%). No mixtures were identified in 2000. Nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of 18 P[10] samples by RT-PCR showed 90.7 to 98.0% homology with the P[8] prototype.

Orientadores: Sophie Françoise Mauricette Derchain, Silvia Helena Rabelo dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T16:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Resende_LeandroSantosdeAraujo_M.pdf: 1302928 bytes, checksum: f506f4299bc449aaf95e8a2b34d89201 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Introdução: O câncer do colo uterino é o terceiro tipo mais prevalente no mundo e representa a quarta causa de morte por câncer entre as mulheres. No Brasil, estima-se que 17,540 mulheres foram diagnosticadas com essa neoplasia no ano de 2012. A infecção persistente pelo Papillomavirus humano (HPV) de alto risco (hr-HPV) e é considerada fator causal e necessário para lesões precursoras e câncer invasor. Já foram identificados mais de 100 tipos de HPVs. Os HPVs 16 e 18 são reconhecidos, no mundo, como os maiores responsáveis pelo desenvolvimento dessa doença. Objetivos: Descrever a prevalência e a distribuição, por idade, de infecções simples e múltiplas por diferentes tipos de HPV em mulheres com lesões cervicais escamosas e glandulares. Sujeitos e métodos: 328 mulheres com lesões escamosas, ou glandulares intraepiteliais ou invasoras do colo uterino. Todas as amostras foram submetidas à genotipagem por hibridização reversa com sondas de 21 tipos de HPV de alto risco (hr-HPV) e 16 tipos de HPV de baixo risco (lr-HPV). A prevalência de infecções simples e múltiplas pelo HPV foi comparada de acordo com as faixas etárias. Resultados: 287 (87%) mulheres apresentaram infecção por pelo menos um tipo de HPV e 149 (52%) tinham infecção múltipla. O HPV16 foi o tipo de vírus mais prevalente na amostra, detectado em 142 casos (49% de todos os casos positivos para HPV), seguido dos outros tipos de HPV do grupo alfa-9: HPVs 58, 52, 31, 35 e 33. Infecção simples ou múltipla pelo HPV18 foi positiva em 23 casos (8% dos casos de infecção por HPV de alto risco). Praticamente todas as lesões glandulares foram associadas à infecção simples por HPVs 16 e 18. Infecções múltiplas foram, significativamente, mais prevalentes nas lesões escamosas do que nas glandulares pelos HPVs 16 e 18 (P=0,04 e 0,03, respectivamente). A prevalência de infecções múltiplas seguiu um modelo de distribuição bimodal, com pico em mulheres com menos de 29 anos e naquelas com idade entre 50 e 59 anos. Conclusão: Esta amostra sugere que a estratégia para prevenção de lesões pré-invasivas e invasivas, escamosas ou glandulares, deve ser direcionada para o HPV16 e alguns tipos virais do grupo alfa-9. Ficou claro, na amostra deste estudo, que em mulheres jovens, a prevenção de infecção pelo HPV deve cobrir os HPVs 16 e 18, principalmente / Abstract: Background: Cervical cancer ranks third in prevalence and fourth as cause of death in women worldwide. In Brazil, 17,540 women were diagnosed in 2012 with the disease. Persistent infection with high-risk HPV types is a necessary condition for the development of pre-invasive and invasive cervical neoplasia. Currently, over 100 HPV types have been identified, but HPV16 and 18 are recognized as the mayor culprits in cervical carcinogenesis. Objectives: to assess the relationships between single- (ST) and multiple-type (MT) HPV infection with patients' age and lesion pathological status. Materials and Methods: 328 patients with either squamous or glandular intraepithelial or invasive cervical lesion were selected. All subjects were tested for HPV genotypes with reverse hybridization for 21 high- (hr-HPV) and 16 low-risk (lr-HPV) probes. Prevalence of ST and MT HPV infections was compared across and age strata. Results: 287 (87%) women had at least one HPV type detected and 149 (52%) had MT infections. The most prevalent HPV type was HPV16, present in 142 cases (49% of all HPV-positive cases), followed by the alpha-9 group HPV58, 52, 31, 35 and 33, all of them from alpha-9 HPV group. ST or MT HPV18, single or in multiple infections occurred in 23 cases (8% of hr-HPV cases). Almost all glandular lesions were associated with HPV16 and 18 alone. Multiple infections were significantly more prevalent in squamous than in glandular lesion for HPV16 and 18 (P=0.04 and 0.03 respectively). The prevalence of MT infections followed a bimodal distribution; peaking in women younger 29 years and in those aged 50 to 59. Conclusions: our data indicate that prevention strategies for pre-invasive and invasive squamous lesions should be focused on HPV16 and a few alpha-9 HPV types. It is clear to us that in young women, prophylaxis must cover a large amalgam of HPV types beyond classic HPV16 and 18 / Mestrado / Oncologia Ginecológica e Mamária / Mestre em Ciências da Saúde

Orientador: Lilian Maria de Castilho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T01:20:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mota_MarizaAparecida_D.pdf: 4935868 bytes, checksum: e4f0e5bb4b8dde3d39725064ffee9de2 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Alelos RHD que levam à redução da expressão do antígeno D na superfície dos eritrócitos podem levar à tipagem errônea como D- por técnica sorológica e podem causar imunização anti-D quando transfundidos em pacientes. A fim de determinar a ocorrência de tais alelos em doadores de sangue aparentemente D-, foi implementada técnica molecular de rotina utilizando um pool de DNAs de doadores de sangue. Um total de 2450 amostras previamente tipadas como D- foram testadas em pools de 10 amostras para o polimorfismo RHD específico, intron 4 e éxon 7. Nos pools que apresentaram resultado de PCR positivo, as amostras foram reavaliadas individualmente utilizando PCR exon-específico, métodos sorológicos e sequenciamento genético. Dentre as 2.450 amostras de doadores D- testadas, 101 (4,1%) carreavam o gene RHD. Foi identificada a presença de RHD não funcional (RHD'psi', RHD*CE(2-9)-D e RHD*CE(3-7)-D), diferentes alelos de D fraco tais como RHD*weak D type 1, RHD*weak D type 4.3, RHD*weak D type 5, RHD*weak D type 38 e RHD*DEL. Uma metodologia utilizando a técnica de PCR foi empregada como teste de rotina para o gene RHD utilizando pools de 10 amostras de DNA de doadores de sangue. Foi possível a integração da genotipagem RHD em programas de triagem de rotina utilizando pools de DNA. Como resultado, 19 (0,8%) dos doadores de sangue que carreavam fenótipos D fraco ou Del, com potencial de causar imunização anti-D em receptores, foram reclassificados como D+. Entretanto, seria necessário adaptar a estratégia de genotipagem RHD ao espectro de alelos prevalente em cada população / Abstract: RHD alleles leading to a reduced expression of D antigen of the red blood cell (RBC) surface may be erroneously typed as D negative by serology and may cause anti-D immunizations when transfused to recipients. We have therefore investigated the occurrence of such alleles among apparent D negative blood donors, molecular typing was implemented as a routine test using a pool of DNA. A total of 2,450 pretyped D negative samples was tested in pools of 10 for the RHD-specific polymorphism in intron 4 and exon 7. Samples in PCR positive pools were individually reevaluated by exon-specific PCRs, sequencing and serologic methods. Our results showed that among 2,450 serologically D negative blood donor samples tested, 101 (4.1%) carried the RHD gene. Nonfunctional RHD (RHD*'psi', RHD*CE(2-9)-D and RHD*CE(3- 7)-D), different weak D alleles such as RHD*weak D type 1, RHD*weak D type 4.3, RHD*weak D type 5, RHD*weak D type 38 and RHD*DEL were identified. We employed a PCR-based assay for RHD as a routine test using pools of 10 DNA blood donor samples. The integration of RHD genotyping into the routine screening program using pools of DNA samples was straightforward. As a consequence, 19 (0.8%) blood donors carrying a weak D and Del phenotypes with the potential of causing anti-D immunizations in recipients were reclassified as RhD positive. For each population, it would be necessary to adapt the RHD genotyping strategy to the spectrum of prevalent alleles / Doutorado / Clinica Medica / Doutora em Ciências

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo8095_1.pdf: 2208303 bytes, checksum: cfdc76369286c49ec507c9c71cf9cf64 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O tratamento da infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) tem contribuído para uma mudança do perfil de morbimortalidade da Aids, principalmente a partir de 1996, com o uso da terapia anti-retroviral (ARV) combinada. Apesar do indiscutível avanço do tratamento ARV, pela expressiva redução na ocorrência de infecções oportunistas e das internações hospitalares, e um aumento significativo no tempo de sobrevida, problemas com esse tipo de terapia têm sido registrados: alguns pacientes não apresentam supressão da replicação viral devido a vários fatores, entre eles a resistência aos ARV. Com o objetivo de estudar o perfil das mutações do HIV relacionadas à resistência aos ARV após falha terapêutica, a distribuição dos subtipos circulantes no Nordeste do Brasil e as mutações presentes nos subtipos mais prevalentes foram analisadas 576 amostras de sangue de indivíduos com Aids, com falha terapêutica aos anti-retrovirais, procedentes de seis estados do Nordeste, no período de 2002 a 2004. Utilizou-se o teste de genotipagem, Kit ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Celera Diagnostic, Abbott Laboratories, USA) que processa automaticamente o DNA gerado, por amplificação viral, identificando as mutações relacionadas com a resistência do gen pol do HIV aos ARV. As seqüências geradas foram analisadas pelo Stanford Sequence Resistance Data Base da Stanford University para identificação dos subtipos virais. Os exames foram realizados pelo Laboratório Central de Saúde Pública de Pernambuco (LACEN/PE) que integra a Rede Nacional de Genotipagem do HIV (RENAGENO) do Programa Nacional de DST/Aids. Os resultados revelaram que 91,1% dos pacientes apresentavam mutação relacionadas à resistência aos inibidores da transcriptase reversa análogos de nucleosídeos (ITRN), 58,7% aos inibidores da transcriptase reversa não análogos de nucleosídeos (ITRNN) e 94,8%, aos inibidores da proteases (IP). As mutações mais prevalentes foram 184V e 215E para ITRN, 103N e 190A para ITRNN e as mutações secundárias 63P e 36I para IP. A resistência relacionada com as classes de drogas evidenciou que 14% apresentavam resistência a uma única classe, 61% a duas classes e 18,9% a três classes de ARV. O subtipo B foi o mais prevalente (82,4%) seguido do subtipo F (11,8%), e de formas recombinantes (4,6%). Cerca de 72 % das amostras do subtipo F foram procedentes de Pernambuco. A prevalência de mutações relacionadas aos ITRN e ITRNN foi semelhante nos dois subtipos, porém a análise dos códons relacionados com os IP mostrou maior freqüência de mutações no códon 63 no subtipo B e no códon 36, no subtipo F. Os achados do presente estudo mostram uma elevada freqüência de mutações primárias que conferem resistência aos ITRN e ITRNN aparentemente com poucas diferenças nas mutações decorrentes da falha terapêutica. O monitoramento dos pacientes com falha ao tratamento por meio dos exames de genotipagem é uma importante ferramenta para auxiliar os médicos na terapia de resgate, reduzindo inclusive gastos com terapias ineficientes ou inadequadas. Além disso, o teste possibilita verificar a prevalência dos subtipos na região. A circulação de vírus resistentes aos anti-retrovirais pode representar um problema de saúde pública pelo risco de transmissão de cepas resistentes

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2018-05-24T17:18:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Thesis Liane_Final version.pdf: 4719459 bytes, checksum: 27c7e78c16dd0cfaf24b4611c1aff8ff (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2018-05-30T12:53:36Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Thesis Liane_Final version.pdf: 4719459 bytes, checksum: 27c7e78c16dd0cfaf24b4611c1aff8ff (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-30T12:53:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Thesis Liane_Final version.pdf: 4719459 bytes, checksum: 27c7e78c16dd0cfaf24b4611c1aff8ff (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O pessegueiro (Prunus persica) é uma das espécies decíduas geneticamente melhor caracterizadas e a terceira frutífera mais importante de clima temperado em todo o mundo. A cultura é vulnerável à bacteriose causada pelo patógeno Xanthomonas arboricola pv. pruni (Xap) e o melhoramento genético visando resistência têm sido a melhor forma de controle da doença. Com o objetivo de contribuir para desenvolvimento de cultivares com maior resistência e implementar análises de associação genômica ampla (GWAS), foi explorado o uso de genotipagem por sequenciamento (GBS) para descoberta e genotipagem simultânea de SNPs em larga escala e realizada caracterização fenotípica para resposta à Xap, em um painel de 220 genótipos de pessegueiro, representativos do germoplasma disponível para melhoramento no Brasil. Um total de 93.353 marcadores SNPs foram descobertos e após filtragem de alta qualidade 18.373 SNPs foram utilizados. Destes, 34% estavam localizados em regiões genômicas, sendo 70% destes em regiões codificantes. Foi detectada forte estrutura genética de população e a distribuição dos genótipos dentro de subpopulações baseou-se principalmente em características relacionadas à fruta: polpa fundente e polpa não-fundente. Padrões de desequilíbrio de ligação (LD) sugeriram uma queda média de LD em relação à distância e a extensão do LD altamente dependente da subpopulação e das regiões do genoma. Avaliações de campo e através do bioensaio de folhas destacadas mostraram resultados confiáveis e complementares para identificar fontes resistentes à Xap. Os genótipos 'Norman', 'Cristal Taquari', 'La Feliciana' e 'Precocinho' foram considerados fontes altamente resistentes e podem ser alternativas efetivas para melhorar a resistência à Xap em pessegueiro. Em geral, o germoplasma avaliado mostrou grande variabilidade para resposta à Xap, permitindo a identificação de genótipos contrastantes para a característica de interesse. Os genótipos com resistência podem ser preferencialmente utilizados em áreas de produção com maior ocorrência da doença, ou utilizados como genitores no programa de melhoramento visando aumentar o nível de resistência. Análises de GWAS validaram e definiram com mais precisão as regiões genômicas identificadas com resistência ao patógeno em estudos anteriores, bem como possibilitaram a identificação de novos genes candidatos que necessitam ser melhor ix estudados. Vários SNPs informativos foram funcionalmente anotados em genes envolvidos em mecanismos de defesa à infecção por patógenos, com destaque para duas regiões genômicas, localizadas no cromossomo 1 (2,59 Mpb) e 2 (2,85 Mpb), respectivamente, ambas identificadas com vários genes R. Os resultados encontrados abrem novos caminhos para o melhoramento genético visando resistência a Xap, com grande potencial para subsequente aplicação de seleção assistida por marcadores. / Peach (Prunus persica) is one of the best genetically characterized deciduous trees and the third most important temperate fruit crop worldwide. This crop is vulnerable to bacterial spot caused by Xanthomonas arboricola pv. pruni (Xap) and breeding for resistance has been the main choice to control the disease. With the aim to contribute with breeding for more resistant cultivars, and perform genome-wide association analysis (GWAS), we explored the use of genotyping by sequencing (GBS) for large-scale SNP discovery and simultaneous genotyping and performed high quality phenotyping for Xap response, among a panel with 220 peach genotypes, representative of the Brazilian breeding germplasm. A total of 93,353 SNP markers were discovered, and after filtering 18,373 high quality SNPs were used in analyses. Thirty-four percent of selected SNPs were located in genic regions and 70% of these in the coding sequence. Strong population genetic structure was detected, with the distribution of genotypes within subpopulations based mainly on fruit-related traits: melting and non-melting flesh. Linkage disequilibrium (LD) patterns suggested a medium LD level, with the extent of LD highly dependent on the subpopulations and genome regions. Field evaluation and detached leaf assessments were reliable and complementary methods to identify Xap resistant sources. The genotypes ‘Norman’, ‘Cristal Taquari’, ‘La Feliciana’ and ‘Precocinho’ were considered highly resistant sources and may be effective alternatives to improve Xap resistance in peach. Overall, the germplasm evaluated showed great variability for response to Xap, allowing the identification of contrasting genotypes for the trait of interest. Genotypes with resistance could be preferred for peach production areas more subjected to disease occurrence, or used as parents by the breeding program to improve resistance. GWAS analysis validated and defined more accurately the known genomic regions underlying Xap resistance, as well as identified novel candidate genes that provide useful targets for further investigation. Several informative SNPs were functionally annotated in genes involved in defense mechanisms against pathogen infection, highlighting two genomic regions, located on chromosome 1 (2.59 Mbp) and 2 (2.85 Mbp), respectively, both housing several R genes. Our results provide new insights into breeding for Xap resistance in peach, with great potential for subsequent application of marker-assisted selection.