La gouvernance des universités françaises a été profondément transformée en quelques années par les évolutions qui ont touché l'ensemble du secteur public, conduisant à promouvoir et installer une véritable quête de la performance publique. Le développement d'une culture gestionnaire a conduit les universités françaises à développer des systèmes de contrôle pour répondre aux nouveaux enjeux découlant de ces évolutions. Les dispositifs existants permettent de satisfaire les demandes des autorités de tutelle, mais ne suffisent pas pour aider au pilotage et éclairer la stratégie, tant les objectifs à poursuivre sont ambigus au regard des nombreuses missions des universités et des parties prenantes toutes aussi nombreuses dont il faudrait tenir compte. Les systèmes de contrôle mis en place sont ainsi bien éloignés de la mesure et du pilotage d'une performance globale. Cette thèse montre que si la volonté politique est forte dans l'université, une démarche méthodologique découplant les dimensions de la performance et s'appuyant sur les attentes des parties prenantes rend possible la clarification des objectifs et la conception de systèmes de contrôle apportant aux universités les moyens de piloter leurs activités et évaluer leur performance globale. En prenant l'exemple de la mission développement durable de l'université, une démarche exploratoire utilisant l'étude de cas multiples puis la recherche-intervention, contribue à l'élaboration, dans une université, d'un système de contrôle et de pilotage finalisé par un tableau de bord du développement durable. / The governance of French universities has been profoundly transformed in recent years by developments that have affected the entire public sector, leading to a real drive to achieve an enhanced public performance. The development of a management culture has led French universities to develop control systems to meet the new challenges resulting from these changes. Existing systems can meet the demands of regulatory authorities, but they are not sufficient to help in the strategic piloting. This is due to ambiguous objectives, resulting from the numerous missions of the universities and the similarly numerous stakeholders which should be taken into account. Thus the control systems in place are insufficient for the measurement and control of overall performance. This research shows that if the political will is strong in university, a methodological approach decoupling performance dimensions and based on the expectations of stakeholders allows clarification of the objectives. The implementation of management control systems is also made possible providing universities with the means to control their activities and evaluate their overall performance. Taking the example of the mission of the university in terms of sustainable development, an exploratory approach using multiple case study and action research contributes to the development of a management control system finalized by a Sustainability Balanced Scorecard.

Cette thèse étudie le processus historique de mégapolisation de São Paulo au Brésil et Mumbai (ex-Bombay) en Inde depuis l’accélération urbaine mondiale dans les années 1950 jusqu’ à nos jours. L’objectif est de dégager les mécanismes de la mégapolisation à travers l’examen de ces deux métropoles du Sud. Chacune est donc analysée à travers trois facteurs stratégiques interreliés qui déclenchent et soutiennent leur développement, à savoir le contexte politique, économique et urbain. En tant que villes globales elles deviennent un enjeu pour leurs nations, et plus généralement pour les pays en développement, Elles soutiennent l’émergence de ces pays ainsi qu’un autre modèle de développement. Les examiner revêt donc un caractère stratégique. A l’heure de la métropolisation de nos systèmes urbains, cette analyse prend une dimension toute particulière. En effet, bien que le contexte notamment politique et de développement, de São Paulo et Mumbai diverge des autres grandes villes à vocation mondiale de l’hémisphère Nord, leurs exemples apportent un éclairage instructif sur les écueils et les réponses mis en oeuvre pour améliorer cette voie urbaine de développement. / This thesis has been exploring the historical process of megapolization (overdevelopment) of São Paulo in Brazil and Mumbai (ex-Bombay) in India since the world urban acceleration in the 1950s until today. The objective is to identify the mechanisms of megapolization through the examination of these two Southern cities. Each one is analyzed through three interrelated strategic factors: the political, economic and urban context that trigger and sustain their development. Global cities are strategic places for their nations and more generally for the developing countries. They support the emergence of these territories territories and an other development path. Considering them is therefore a strategic issue. At the time of the cities metropolization, this analysis takes on a particular dimension. Although, the São Paulo and Mumbai context and development diverge from other world cities in the northern hemisphere, their example sheds light on the pitfalls and answers to improve this urban development.

Pour l'évaluation du risque inondation, l’emploi de modèles numériques 2D d’hydraulique à surface libre reposant sur la résolution des équations de Saint-Venant est courant. Ces modèles nécessitent entre autre la description de la topographie de la zone d’étude. Sur des secteurs urbains denses ou des sites industriels, cette topographie complexe peut être appréhendée de plus en plus finement via des technologies dédiées telles que le LiDAR et la photogrammétrie. Les Modèles Numériques d'Elévation Haute Résolution (HR MNE) générés à partir de ces technologies, deviennent employés dans les études d’évaluation du risque inondation. Cette thèse étudie les possibilités, les avantages et les limites, liées à l'intégration des données topographiques HR en modélisation 2D du risque inondation en milieux urbains et industriels. Des modélisations HR de scénarios d'inondation d'origines pluviale ou fluviale sont testés en utilisant des HR MNE crées à partir de données LiDAR et photo-interprétées. Des codes de calculs (Mike 21, Mike 21 FM, TELEMAC-2D, FullSWOF_2D) offrant des moyens différent d'intégration de la donnée HR et basés sur des méthodes numériques variées sont utilisés. La valeur ajoutée de l'intégration des éléments fins du sur-sol impactant les écoulements est démontrée. Des outils pour appréhender les incertitudes liées à l'emploi de ces données HR sont développés et une analyse globale de sensibilité est effectuée. Les cartes d'indices de sensibilité (Sobol) produites soulignent et quantifient l'importance des choix du modélisateur dans la variance des résultats des modèles d'inondation HR ainsi que la variabilité spatiale de l'impact des paramètres incertains testés. / High Resolution (infra-metric) topographic data, including LiDAR photo-interpreted datasets, are becoming commonly available at large range of spatial extent, such as municipality or industrial site scale. These datasets are promising for High-Resolution (HR) Digital Elevation Model (DEM) generation, allowing inclusion of fine aboveground structures that influence overland flow hydrodynamic in urban environment. DEMs are one key input data in Hydroinformatics to perform free surface hydraulic modelling using standard 2D Shallow Water Equations (SWEs) based numerical codes. Nonetheless, several categories of technical and numerical challenges arise from this type of data use with standard 2D SWEs numerical codes. Objective of this thesis is to tackle possibilities, advantages and limits of High-Resolution (HR) topographic data use within standard categories of 2D hydraulic numerical modelling tools for flood hazard assessment purpose. Concepts of HR topographic data and 2D SWE based numerical modelling are recalled. HR modelling is performed for : (i) intense runoff and (ii) river flood event using LiDAR and photo-interpreted datasets. Tests to encompass HR surface elevation data in standard modelling tools ranges from industrial site scale to a megacity district scale (Nice, France). Several standard 2D SWEs based codes are tested (Mike 21, Mike 21 FM, TELEMAC-2D, FullSWOF_2D). Tools and methods for assessing uncertainties aspects with 2D SWE based models are developed to perform a spatial Global Sensitivity Analysis related to HR topographic data use. Results show the importance of modeller choices regarding ways to integrate the HR topographic information in models.

Les familles de gènes impliqués dans le cancer et autres maladies génétiques se sont beaucoup élargies via deux Duplications Globales de Génome (DGG) qui ont eu lieu à l'origine des vertébrés. La rétention des copies de ces gènes implique une susceptibilité plus grande aux maladies génétiques et constitue une énigme du point de vue de l'évolution. Dans cette thèse, nous avons généralisé des modèles classiques de génétique des populations pour révéler le mécanisme non-adaptatif qui a conduit à cette conservation de gènes potentiellement délétères chez les vertébrés. Nous avons résolu un modèle déterministe haploïde, nous avons étendu ce modèle à des génomes diploïdes et nous avons analysé les effets de taille finie des populations et de la sélection positive par une approche stochastique. Les résultats montrent, en accord avec les données génomiques du cancer chez l'homme, que les copies DGG susceptibles aux mutations délétères dominantes sont conservées indirectement via la sélection de purification dans les espèces post-DGG, qui présentent nécessairement une incompatibilité de ploïdie avec la population pre-DGG. Les résultats obtenus en étendant des méthodes avancées d'inférence bayésienne, quantifiant les effets causaux directs, soutiennent l'hypothèse d'une influence directe de la susceptibilité aux mutations délétères dominantes sur la rétention des copies DGG. Ces résultats révèlent le mécanisme d'évolution non-adaptatif responsable de la rétention de gènes DGG susceptibles aux mutations délétères dominantes et notre extension de méthodes d'inférence bayesienne ouvre la voie à la quantification des relations causales directes dans un large ensemble de problématiques. / Gene families implicated in cancer and other genetic diseases have been greatly expanded through two rounds of whole-genome duplication (WGD) that occurred at the onset of jawed vertebrates. However, such gene duplicates are expected to lead to an enhanced susceptibility to genetic diseases, and thus their retention represents an evolutionary puzzle from a natural selection perspective. In this thesis, we have expanded classical population genetics models to reveal the non-adaptive mechanism through which such potentially deleterious ohnologs (WGD-duplicated genes) were retained in the vertebrate genomes. We have solved a deterministic haploid model, we have considered extensions to diploid genotypes, and we have analyzed population size effects and the impact of positive selection through a stochastic approach. The results demonstrate, consistently with available human cancer genome data, that ohnologs prone to dominant deleterious mutations are indirectly selected through purifying selection in post-WGD species, arisen through the ploidy incompatibility between post-WGD individuals and the rest of the pre-WGD population. Extending advanced Bayesian inference methods to quantify direct and indirect causal effects, we have found further supporting evidences for the direct role of the gene susceptibility to deleterious mutations on ohnolog retention. Our findings rationalize the evolutionary mechanism responsible for the expansion of ohnologs prone to dominant deleterious mutations, highlighting the role of WGD-induced speciation. Our extension of Bayesian inference methods paves the way for the identification of direct causal relationships in a huge variety of problems.

Cette thèse a pour objectif la caractérisation des gènes rgg de S. thermophilus LMG18311 codant des régulateurs transcriptionnels et l'étude de leur implication dans l'adaptation à l'environnement. Ce travail montre que le gène rgg0182 code un régulateur transcriptionnel activant la transcription de ses gènes adjacents. Par ailleurs, le couple Rgg0182/Shp0182 participerait à un mécanisme de quorum sensing. De plus, la protéine Rgg0182 participe à la tolérance au stress chaud. En outre, les cellules du mutant [delta]rgg0182 présentent un phénotype d'adhésion thermo-induite via des interactions de types hydrophobes. L'analyse par microscopie à force atomique des cellules de la souche LMG18311 et du mutant [delta]rgg0182 révèle la présence de polymères de surface uniquement chez la souche sauvage, suggérant que la protéine Rgg0182 régulerait l'expression de protéines de surface et de la division cellulaire. Une étude protéomique couplée à une analyse transcriptomique ont permis d'identifier plusieurs cibles de Rgg0182 qui participeraient à diverses fonctions biologiques. L'ensemble des données obtenues démontre que la protéine Rgg0182 de S. thermophilus LMG18311 est un régulateur global de l'expression génique. Par ailleurs, la transcription des 7 gènes rgg présents au sein du génome de S. thermophilus LMG18311 est modulée par les conditions environnementales. Les profils de transcription des 7 gènes rgg diffèrent les uns par rapport aux autres, suggérant que chacun d'eux seraient requis dans des conditions de croissances différentes. Ces données posent l'hypothèse que les protéines Rgg participeraient à la régulation fine et complexe de l'expression génique de S. thermophilus / This thesis aims to characterize the rgg genes of S. thermophilus LMG18311 coding transcriptional regulator and their involvement in environmental adaptation. This work shows that rgg0182 gene encodes a transcriptional regulator controlling the transcription of its flanking genes. The Rgg0182/Shp0182 pair could be involved in a quorum sensing mechanism. This work also demonstrates that the Rgg0182 protein is involved in S. thermophilus tolerance to heat stresses. In addition, the mutant delta rgg0182 cells exhibit a thermo-induced adhesion phenotype via hydrophobic interactions. Analyses by atomic force microscopy of LMG18311 cells of the wildtype and its derivative rgg0182 mutant reveal the presence of polymers only on the surface of the wild-type strain, suggesting that the protein Rgg0182 would regulate the expression of surface proteins and proteins of cell division. A proteomic study coupled with transcriptomic analysis led to the identification of several targets of Rgg0182 involving in various biological functions. The data obtained in this work have shown that the S. thermophilus LMG18311 rgg0182 genes encodes a global regulator of gene expression. Furthermore, transcriptional analyses, in different growth conditions, of the 7 rgg genes present in the genome of S. thermophilus LMG18311 showed that they display different expression profiles that are modulated by environmental conditions. This suggests that these genes would be required in distinct growth conditions. These data raise the hypothesis that Rgg proteins participate in the fine and complex regulation of S. thermophilus gene expression

L'objectif de cette thèse est double : évaluer, mesurer et analyser les effets de contagion sur les banques américaines et européennes lors la crise financière globale de 2008-2009 et étudier les canaux financiers qui ont contribué à la propagation de la crise aux pays du G7. En suivant une approche microéconomique de la définition de la contagion, nous testons, premièrement, l'hypothèse d'un effet de « contagion » sur les marchés boursiers à l'aide de la méthode des études d'évènements. Nous qualifions ensuite la contagion de « contagion pure » ou de « contagion rationnelle ». Deuxièmement, nous testons l'hypothèse de « contagion » contre « interdépendance » sur le marché des dérivés de crédit avec les modèles de corrélations conditionnelles asymétriques dynamiques. En troisième lieu, nous cherchons à répondre à une question macroéconomique : quel choc joua le rôle majeur dans la transmission de la crise financière globale, celui dû à la pénurie de liquidité ou celui provoqué par la dévaluation des actifs financiers? Pour cela, nous analysons, à l'aide d'un modèle vectoriel autorégressif à paramètres qui varient dans le temps, l'effet de chaque choc, venu des États-Unis, sur les marchés monétaires et boursiers des pays du G7. Enfin, nous questionnons l'intérêt de la régulation Bâle 3 portant sur le capital des banques du point de vue des banques contaminées durant la crise financière globale. / The objective of this thesis is the twofold: to assess, measure and analyze contagion effects to American and European banks during the global financial crisis of 2008-2009 and to study the financial channels that contributed to the spread of the crisis to G7 countries. Following a microeconomic approach of the definition of contagion, firstly, we test the hypothesis of “contagion” on stock markets using the event study methodology. Then, we qualify it as “pure contagion” or “rational contagion”. Secondly, we test the hypothesis of “contagion” versus “interdependence” on credit derivative market using the asymmetric dynamic conditional correlations models. Thirdly, we aim to answer a macroeconomic issue: which shock played the major role in spreading the crisis from U.S. to money and stock markets of G7 countries, the shock due to liquidity shortage or the shock due to the devaluation of financial assets? We use a Time-Varying Parameters Vector-Auto Regression methodology. Finally, we provide insights into the impact of Basel III regulation of banks capital, by focusing on banks contaminated during the global financial crisis.

Cette thèse s’intéresse à la dynamique actuelle du développement durable dans l’entreprise et la prise en compte de la responsabilité sociale dans les processus stratégiques. En particulier, elle vise à caractériser les logiques de conception des systèmes de pilotage de la performance globale au sein d’entreprises pionnières au Maroc et la manière dont ces dernières cherchent à articuler exigence de conformation et logique d’innovation en matière de développement durable. La première partie de cette thèse est consacrée à l’élaboration du cadre conceptuel de la recherche, abordant les fondements du concept de la performance globale et analysant la portée et les limites des modèles conçus pour son pilotage. La deuxième partie de la thèse aborde empiriquement la problématique de la recherche. Après une première analyse des démarches des entreprises en matière de développement durable dans le contexte des pays en développement, sont présentés les résultats de deux études de cas multi-sites, réalisées au sein de deux entreprises pionnières au Maroc : Lafarge Maroc et Accor Maroc. Les modalités de déploiement de la démarche de développement durable et les caractéristiques des systèmes de pilotage de la performance globale sont analysées au plan de la stratégie, des structures organisationnelles et de l’instrumentation de gestion. La recherche met en évidence les contraintes spécifiques au contexte marocain qui rendent plus complexe le déploiement stratégique du développement durable. Ces contraintes impliquent un étalement et une gradation des engagements dans le temps permettant à l’encadrement intermédiaire et opérationnel de développer la capacité organisationnelle à porter les projets sociaux et environnementaux du sommet stratégique. On observe par ailleurs un renforcement des structures fonctionnelles et la mise en place de nouvelles démarches qui s’accompagnent d’un décloisonnement organisationnel interne et externe. La mobilisation du cadre d’analyse de la systémique ago-antagoniste a permis de concevoir le pilotage de la performance globale comme un processus d’équilibration sous tension de trois ensembles expansifs de couples ago-antagonistes : performance financière/performance sociale, contrôle/autonomie, routinisation/innovation, relevant respectivement de deux sphères de référence : financière et durable. / This thesis focuses on the current dynamics of sustainable development in the company and the inclusion of social responsibility in strategic processes. In particular, it aims to characterize the logical system design for controlling the overall performance of the pioneers in Morocco and how the latter seek to articulate and logical requirement conformation of innovation in sustainable development. The first part of this thesis is devoted to developing the conceptual framework of research, addressing the foundations of the concept of overall performance and analyzing the scope and limitations of models for its management. The second part of the thesis addresses the problem of empirical research. After an initial analysis of business processes for sustainable development in the context of developing countries, are presented the results of two case studies of multi-site, performed in two pioneering companies in Morocco: Morocco Lafarge and Accor Morocco. The arrangements for the deployment of sustainable development and characteristics of systems for controlling the global performance is analyzed in terms of strategy, organizational structures and management instrumentation.The research highlights the constraints to the Moroccan context that complicate the strategic deployment of sustainable development. These constraints imply a spreading and a gradation of the commitments in time for middle management and operational levels to develop the organizational capacity to carry the social and environmental projects of strategic summit. Moreover, there is a strengthening of the functional and the implementation of new approaches that are accompanied by an opening up our internal and external. The mobilization of the analytical framework of ago-antagonist systems has helped design the global performance management as a process of balancing power of three sets of expansive ago-antagonistic couples: financial performance / social performance, control / autonomy , routinization / innovation, falling within two reference spheres: financial sustainability.

Des troubles moteurs ont été décrits dans les Troubles du Spectre Autistiques (TSA), toutefois tous les enfants atteints de TSA ne montrent pas de diminution des performances motrices. La nature et l'origine des perturbations motrices dans les TSA ne sont pas claires. Les processus neuro-développementaux, en lien avec la maturation du système nerveux central, sont peu explorés dans les TSA, or ces processus sous-tendent les performances motrices. Peu d'études portent sur l'analyse fine de la sémiologie des fonctions neuro-psychomotrices dans les TSA et l'existence d'une trajectoire neuro-développementale de ces fonctions n'est pas connue chez les enfants avec TSA. L'objectif de cette étude est de mettre en évidence la sémiologie des troubles psychomoteurs auprès d'enfants avec TSA, à l'aide d'une batterie standardisée Française d'évaluation développementale des fonctions neuro-psychomotrices de l'enfant (NP-MOT) (Vaivre-Douret, 2006). L'évaluation neuro-psychomotrice complète les évaluations de premières instances (psychiatrique; psychologique; compréhension; psychomotrice). L'identification d'un profil clinique neuro-psychomoteur, l'identification de troubles ou décalages par rapport à une norme de référence, la mise en évidence de fonctions cérébrales éventuellement touchées dans les TSA devraient permettre de mieux comprendre l'origine et la nature des troubles observés dans les TSA. Les résultats de plus en plus nombreux concernant la motricité chez ces enfants doivent pouvoir également être analysés au regard des évaluations cognitives et neuro-cognitives, afin d'affiner le profil de développement et permettre ainsi de mieux comprendre la nature des troubles autistiques parmi une comorbidité d'éventuels autres dysfonctionnements. / Motor disorders have been described in the Autistic Spectrum Disorders (ASD), however all children with ASD show no decrease in motor performances. The nature and origin of motor disturbances in ASD are unclear. Neurodevelopmental processes linked to the maturation of the central nervous system, are not really explored in ASD, but these processes underlie motor performances. Few studies trat of an acute semiology of motor abnormalities in ASD and the existence of a neuro-developmental trajectory of neuro-psychomotor functions is not known in children with ASD. The aim of this study is to highlight the semiology of psychomotor disorders among children with ASD, using a French standardized neurodevelopmental assessment tool (NP-MOT) (Vaivre-Douret, 2006). Evaluations of the first instances (psychiatric; psychological; understanding; psychomotor) were supplemented by a standardized assessment battery of neuro-developmental psychomotor functions (NP-MOT). The identification of a neuro-psychomotor clinical profile, identification of problems or discrepancies compared to a standard reference, the identification of potentially affected brain functions in ASD should provide a better understanding of the origin and nature the observed disorders in ASD. The results, more and more numerous concerning motor skills in these children, should be able to be analyzed in light of cognitive or neuro-cognitive assessments and should allow to refine the profile of development and thereby enable a better understanding of the nature of autism among a comorbidity other possible malfunctions.

L'activité physique a un impact important sur la santé populationnelle, et les comportements de transport constituent une partie substantielle de l'activité physique totale. Ce travail de thèse a pour objectif d'améliorer les mesures de l'activité physique liées au transport et d'utiliser ces nouvelles mesures dans des études de cas empirique sur l'activité physique liée au transport des adultes âgés de 35 à 83 ans résidant en Ile-de-France. Méthodes: Des données GPS et d'accéléromètre ont été collectée dans le cadre de " RECORD étude GPS " pour 236 participants. L'Enquête Globale Transport a recueilli des données sur une population de 21332 participants sur une période d'un jour. Les méthodes statistiques utilisées incluent Random Forests, des régressions binomiales négatives; et des systèmes d'information géographique. Résultats Les unités de temps plus courtes ont donné lieu à des estimations d'activité physique beaucoup plus importantes. Nous avons observé 18,9 min T-APMV par jour en moyenne dans cet échantillon représentatif de l'Ile-de -France. Les participants ayant un niveau d'éducation plus élevé ont plus de T-APMV que les participants moins instruits. Les personnes ayant un revenu du ménage plus élevé ont moins T-APMV par jour. Conclusion Ce travail renforce les recommandations de la littérature d'une harmonisation plus poussée des indicateurs de l'activité physique basés sur l'accéléromètre. Des interventions concernant les modes de transport peuvent avoir un effet important sur l'activité physique. / Background Physical activity has an important impact on various health outcomes, and transport accounts for a substantial part of total physical activity. This PhD work aimed to improve measures of transport-related physical activity and to report empirical findings on the transport-related physical activity of adults aged 35 to 83 years living in Ile-de-France. Methods The RECORD GPS Study collected GPS and accelerometer data for 236 participants over a 7-day period, resulting in the observation of 7425 trips. The Enquête Globale Transport) collected data over one day, resulting in the observation of 82084 trips for 21332 participants. The methods used include random forest prediction models, geographical information systems, and negative binomial regressions. Results Shorter epochs (time units) resulted in considerably larger estimates of moderate-to-vigorous physical activity MVPA. This finding supports calls from the literature for further harmonization of accelerometer-based indicators of physical activity. We observed an average 18.9 minutes of daily T-MVPA (95% confidence interval: 18.6; 19.2 minutes). Participants with a higher level of education did more T-MVPA than their less educated counterparts. In contrast, people with a higher household income did less T-MVPA per day. Conclusion This PhD work was the first study to combine a very detailed dataset - including GPS, accelerometer, and mobility behaviour data - and a large-scale transport survey. Transport interventions could have an important impact on physical activity for this population.

Les gestionnaires des réseaux de transport d'électricité doivent adapter leurs outils d'aide à la décision aux avancées technologiques du XXIième siècle. Une opération sous-jacente à beaucoup d'outils est de calculer les flux en actif/réactif qui minimisent les pertes ou les coûts de production. Mathématiquement, il s'agit d'un problème d'optimisation qui peut être décrit en utilisant seulement l'addition et la multiplication de nombres complexes. L'objectif de cette thèse est de trouver des solutions globales. Un des aboutissements de ce projet doctoral hautement collaboratif est d'utiliser des résultats récents en géométrie algébrique pour calculer des flux optimaux dans le réseau Européen à haute tension. / Transmission system operators need to adapt their decision-making tools to the technological evolutions of the twenty first century. A computation inherent to most tools seeks to find alternating-current power flows that minimize power loss or generation cost. Mathematically, it consists in an optimization problem that can be described using only addition and multiplication of complex numbers. The objective of this thesis is to find global solutions, in other words the best solutions to the problem. One of the outcomes of this highly collaborative doctoral project is to use recent results from algebraic geometry to compute globally optimal power flows in the European high-voltage transmission network.