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MyGeneFriends : vers un nouveau rapport entre chercheurs et mégadonnées / MyGeneFriends : towards a new relationship between researchers and big dataAllot, Alexis 09 October 2015 (has links)
Ces dernières années, la biologie a subi une profonde mutation, impulsée notamment par les technologies à haut débit et la montée de la génomique personnalisée. L’augmentation massive et constante de l’information biologique qui en résulte offre de nouvelles opportunités pour comprendre la fonction et l’évolution des gènes et génomes à différentes échelles et leurs rôles dans les maladies humaines. Ma thèse s’est articulée autour de la relation entre chercheurs et information biologique, et j’ai contribué à (OrthoInspector) ou créé (Parsec, MyGeneFriends) des systèmes permettant aux chercheurs d’accéder, analyser, visualiser, filtrer et annoter en temps réel l’énorme quantité de données disponibles à l’ère post génomique. MyGeneFriends est un premier pas dans une direction passionnante, faire en sorte que ce ne soient plus les chercheurs qui aillent vers l’information, mais que l’information pertinente aille vers les chercheurs sous une forme adaptée, permettant l’accès personnalisé et efficace aux grandes quantités d’informations, la visualisation deces informations et leur interconnexion en réseaux. / In recent years, biology has undergone a profound evolution, mainly due to high through put technologies and the rise of personal genomics. The resulting constant and massive increase of biological data offers unprecedented opportunities to decipher the function and evolution of genes and genomes at different scales and their roles in human diseases. My thesis addressed the relationship between researchers and biological information, and I contributed to (OrthoInspector) or created (Parsec, MyGeneFriends) systems allowing researchers to access, analyze, visualize, filter and annotate in real time the enormous quantity of data available in the post genomic era. MyGeneFriends is a first step in an exciting new direction: where researchers no longer search forinformation, but instead pertinent information is brought to researchers in a suitable form, allowing personalized and efficient access to large amounts of information, visualization of this information,and their integration in networks.
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Maladies rares et "Big Data" : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances : applications aux ciliopathies / Rare diseases and big data : biocomputing solutions towards knowledge-guided analyses : applications to ciliopathiesChennen, Kirsley 14 October 2016 (has links)
Au cours de la dernière décennie, la recherche biomédicale et la pratique médicale ont été révolutionné par l'ère post-génomique et l'émergence des « Big Data » en biologie. Il existe toutefois, le cas particulier des maladies rares caractérisées par la rareté, allant de l’effectif des patients jusqu'aux connaissances sur le domaine. Néanmoins, les maladies rares représentent un réel intérêt, car les connaissances fondamentales accumulées en temps que modèle d'études et les solutions thérapeutique qui en découlent peuvent également bénéficier à des maladies plus communes. Cette thèse porte sur le développement de nouvelles solutions bioinformatiques, intégrant des données Big Data et des approches guidées par la connaissance pour améliorer l'étude des maladies rares. En particulier, mon travail a permis (i) la création de PubAthena, un outil de criblage de la littérature pour la recommandation de nouvelles publications pertinentes, (ii) le développement d'un outil pour l'analyse de données exomique, VarScrut, qui combine des connaissance multiniveaux pour améliorer le taux de résolution. / Over the last decade, biomedical research and medical practice have been revolutionized by the post-genomic era and the emergence of Big Data in biology. The field of rare diseases, are characterized by scarcity from the patient to the domain knowledge. Nevertheless, rare diseases represent a real interest as the fundamental knowledge accumulated as well as the developed therapeutic solutions can also benefit to common underlying disorders. This thesis focuses on the development of new bioinformatics solutions, integrating Big Data and Big Data associated approaches to improve the study of rare diseases. In particular, my work resulted in (i) the creation of PubAthena, a tool for the recommendation of relevant literature updates, (ii) the development of a tool for the analysis of exome datasets, VarScrut, which combines multi-level knowledge to improve the resolution rate.
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Autophagie comme cible thérapeutique potentielle pour le syndrome de Sjögren / Autophagy as a potential therapeutic target for Sjögren's syndromeLi, Baihui 13 September 2017 (has links)
Le syndrome de Sjögren (SS) est l'une des maladies autoimmunes (MAI) systémiques les plus fréquentes chez l’Homme. Cette maladie est caractérisée par une infiltration lymphocytaire dans les glandes exocrines conduisant à des symptômes dits de « yeux secs » et à la bouche sèche. Il n’existe actuellement aucun traitement curatif pour cette maladie. Le peptide P140 a été démontrée comme un outil thérapeutique efficace chez les patients atteints d'un lupus érythémateux disséminé (LED) et des souris modèles développant un lupus.L'autophagie est une voie intracellulaire conservée qui joue un rôle central dans le maintien de l'homéostasie cellulaire. En outre, l'autophagie a été démontrée comme un mécanisme de régulation de l'autoimmunité. Les effets bénéfiques du peptide P140 dans le lupus semblent étroitement liés à son effet d'inhibition de l’autophagie qui est hyper-activée dans le lupus. A ce jour, très peu de données sont connues concernant l'autophagie dans le SS. Le sujet de ma thèse porte i. sur l’étude et la compréhension des phénomènes de l’autophagie dans le SS et ii. sur l’effet éventuel du peptide P140 dans cette maladie.Dans cette étude, nous avons d’abord montré des effets protecteurs du P140 contre le SS dans les souris modèle MRL/lpr, comme en témoignent l’amélioration de l'inflammation, une diminution de l'infiltration lymphocytaire dans les SG de souris et une baisse des niveaux d'autoanticorps circulants. Nous avons également constaté que l'autophagie et les lysosomes étaient défectueux dans les SG des souris MRL/lpr et que le P140 rétabli le flux autophagique et l'acidité lysosomale. Ces résultats suggèrent que l'autophagie défectueuse et des défauts des lysosomes pourraient contribuer à la pathologie du SS et que les effets thérapeutiques de P140 pourraient être liés à son effet sur l'autophagie et les lysosomes.Les résultats obtenus dans le cadre de cette thèse nous offrent des informations décisives sur la pathogenèse de SS et suggèrent que l'autophagie pourrait être une cible thérapeutique de choix dans le SS. Au-delà, les effets protecteurs de P140 dans le modèle de souris SS nous éclairent sur l'application thérapeutique du P140 dans d'autres MAIs. / Sjögren's syndrome (SS) is one of the most common systemic autoimmune diseases (AIDs) in human. This disease is characterized by lymphocytic infiltration in the exocrine glands which leads to symptoms named dry eyes and dry mouth. There is no cure for SS currently. P140 peptide has been demonstrated to be an effective therapeutic tool in patients with systemic lupus erythematosus (SLE) and lupus mouse model. Autophagy is a conserved intracellular pathway that plays a central role in maintaining cellular homeostasis. In addition, autophagy has been demonstrated to be a mechanism of autoimmune regulation. The beneficial effects of P140 peptide in lupus seem to be closely related to its inhibitory effect on autophagy which is overactivated in lupus. However, the role of autophagy in SS is largely unknown. The aim of my thesis is: 1, to study the role of autophagy in SS and 2, to examine the possible effect of the P140 peptide in this disease. In this study, we first demonstrated the protective effects of P140 against SS in MRL/lpr mouse model, as evidenced by ameliorated inflammation, decreased lymphocyte infiltration in mouse salivary glands (SGs), as well as decreased levels of circulating autoantibodies. We also found that autophagy and lysosomes were defective in SGs of MRL/lpr mice and that P140 restored the autophagic flux and lysosomal acidity. These results suggest that defective autophagy and lysosome dysfunction may contribute to the pathology of SS and that the therapeutic effects of P140 may be related to its effect on autophagy and lysosomes. The results obtained in this study provide us valuable information about the pathogenesis of SS, and suggest that autophagy could be a potential therapeutic target in SS. Moreover, the protective effects of P140 in SS mouse model shed light on the therapeutic application of P140 in other AIDs.
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Effets potentiels et mécanismes d'action antioxydant et anti-inflammatoire d'un apport nutritionnel de spirulines enrichies en silicium / Potential effects and antioxidative/anti-inflammatory action mechanisms of silicon-enriched spirulina.Vidé, Joris 22 May 2015 (has links)
En raison de ses formes peu biodisponibles retrouvées dans la nature, le silicium n'a reçu que très peu d'intérêt dans le domaine biologique. Or, il est clairement démontré que le silicium peut avoir un rôle important dans la prévention de l'athérosclérose. L'entreprise Phyco-Biotech, productrice de spiruline, s'est intéressée à ce problème. Les propriétés nutritionnelles exceptionnelles de la spiruline, ainsi que ses effets bénéfiques sur certaines pathologies ne sont plus à démontrer. Grâce à un procédé breveté, Phyco-Biotech a réussi à produire une spiruline enrichie en silicium, permettant au silicium d'avoir certainement une meilleure biodisponibilité chez l'homme. L'objectif de ce travail a été d'étudier les effets d'une supplémentation en spiruline enrichie en silicium, en mode préventif, sur un modèle animal d'athérosclérose nutritionnellement induite. Dans une étude de toxicologie chez le rat, constituant la première partie de ce travail, nous avons montré que la spiruline enrichie en silicium n'est pas toxique à la dose utilisée. Dans la seconde partie, nous avons mis en évidence un effet préventif de la spiruline enrichie en silicium sur les multiples composantes de la pathologie athéromateuse et sur les désordres nutritionnels liés à la consommation d'un régime riche en graisses saturées. A la suite de ce travail, nous avons proposé des hypothèses de mécanismes d'action. Ces mécanismes pourraient impliquer une modulation de la voie NF-κB ; ou bien agir sur le remodelage artériel et notamment sur les processus cellulaires impliqués dans les propriétés contractiles de l'artère. La compréhension totale du mécanisme d'action de cette spiruline enrichie en silicium nécessite cependant plus d'investigations. / Due to low bioavailability forms of silicon found in the nature, it has received little interest in the biological field. However, it was clearly demonstrated that silicon may have an important role in prevention of atherosclerosis.The company Phyco-Biotech, spirulina producer, was interested in this problem. The exceptional nutritional properties of spirulina and its beneficial effects on some diseases are well established. Through a patented process, Phyco-Biotech has successfully produced silicon enriched spirulina, allowing the silicon to have a better bioavailability in humans.The objective of this work was to study the effects of a supplementation with silicon enriched spirulina, in an animal model of nutritionally induced atherosclerosis.The first part of this study has shown, using a study in rats, that silicon enriched spirulina was not toxic at the dose used.In the second part, silicon enriched spirulina has shown a preventive effect on risk factors for atherosclerotic disease and disorders related to the consumption of a high fat diet.This work allowed to propose hypothesis of mechanisms of action. Indeed, these mechanisms could involve modulation of the NF-kB pathway, or act on the arterial remodeling or on cellular pathways involved in the contractile properties of the artery. More investigations are needed to determine the complete mechanism of action of this silicon enriched spirulina.
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Avaliação estrutural e funcional de novos peptídeos antimicrobianos obtidos a partir de desenho racional / Evaluation structurelle et fonctionnelle de nouveaux peptides antimicrobiens obtenus par conception rationnelle / Structural and functional evaluation of novel antimicrobial peptides obtained by rational designIrazazabal, Luz Noemi 19 September 2016 (has links)
Les peptides antimicrobiens sont considérés comme une nouvelle classe prometteuse d'agents anti-infectieux. Afin de développer de nouveaux agents efficaces et non toxiques, des stratégies de conception rationnelle peuvent être utilisées. Dans cette perspective, nous avons utilisé une approche computationnelle pour concevoir trois peptides synthétiques ([I5, R8] MP, EcDBS1R6 et PaDBS1R1). En déterminant la concentration minimale inhibitrice, nous avons montré que tous les peptides sont actifs contre les bactéries Gram-négatif et -positif. Seul [I5, R8] MP a montré une activité antifongique. La mesure de la concentration de peptide provoquant 50 % de mortalité cellulaire a permis de montrer que les peptides étaient faiblement ou non hémolytiques, sans toxicité vis-à-vis des cellules embryonnaires rénales humaines HEK-293. La cinétique bactéricide a révélé que PaDBS1R1 et [I5, R8] MP tuent rapidement E. coli en comparaison à S. aureus et que EcDBS1R6 élimine rapidement les deux souches. Des études de perméabilisation et de dépolarisation combinées à de la microscopie électronique à haute résolution (FEG-SEM) ont montré un mécanisme membranolytique des peptides. L'analyse de la structure des peptides par spectroscopie de dichroïsme circulaire et résonance magnétique nucléaire, ainsi que par modélisation moléculaire lors de leur interaction avec une membrane modèle, révèle une conformation en hélice alpha amphipatique. En conclusion, notre étude indique que l'évaluation structurale et fonctionnelle de peptides antimicrobiens synthétiques conçus de manière rationnelle représente une stratégie prometteuse pour le développement de nouveaux agents antimicrobiens. / Antimicrobial peptides (AMPs) have been considered as a potential novel class of antimicrobial compounds. In order to generate new potent and non-toxic antimicrobial agents, rational design strategies may be employed. In this view, we used a computational method to design three synthetic AMPs ([I5, R8] MP, EcDBS1R6 and PaDBS1R1). By determining the minimum inhibitory concentration, we found that all the peptides were active against Gram-negative and -positive bacteria. Only [I5, R8] MP was found to display antifungal activity. The determination of the peptide concentration producing 50% of cell lysis revealed low or no hemolytic activity, with no cytotoxicity towards human embryonic kidney cells HEK-293. During time-kill assays more rapid bactericidal effects were observed for PaDBS1R1 and [I5, R8] MP against E. coli compared to S. aureus. For the peptide EcDBS1R6, identical killing curves were obtained for both bacterial strains. Membrane permeabilization and depolarization studies combined with field emission gun scanning electron microscopy (SEM-FEG) revealed that a membranolytic mechanism occurs for these peptides. When analyzed by circular dichroism and nuclear magnetic resonance microscopy or by molecular dynamics simulations during interaction with a membrane model, peptides were shown to adopt an amphipathic alpha-helical conformation. In conclusion, our results indicate that the structural and functional evaluation of rationally designed synthetic AMPs represents a promising strategy for the development of potent novel antimicrobial agents.
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Développement de nouveaux outils informatiques de surveillance en temps réel des phénomènes anormaux basés sur les données de microbiologie clinique du laboratoire de la Timone / Implementation of new informatic tools for the real time surveilllance of abnormal events based on data from the Timone microbiology clinical laboratoryAbat, Cédric 12 October 2015 (has links)
Bien que considérées comme étant sous contrôle durant la seconde partie du 20ième siècle avec la découverte des antimicrobiens, les maladies infectieuses demeurent une menace bien réelle pour l’humanité. Quelque soit l’état de connaissance que nous avons sur ces maladies, toutes demeurent imprédictibles. Afin de lutter contre ce phénomène, de nombreuses stratégies de surveillance ont été développées amenant à la mise en place de divers outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à détecter et identifier, le plus précocement possible, des événements anormaux. L’objectif initial de notre travail a consisté à mettre en place, au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection et à partir du logiciel Microsoft Excel, deux nouveaux outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à identifier, de façon hebdomadaire et automatisée, des événements anormaux sur la base des données de microbiologie clinique issues du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire Timone à l’Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Une fois cette étape achevée, nous avons par la suite travaillé au développement d’une structure de surveillance complète intégrant l’investigation et la validation des alarmes émises par les systèmes de surveillance créés, l’émission d’alertes à l’Agence Régionale de Santé (ARS) de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA), la valorisation des cas d’événements anormaux confirmés par des publications scientifiques, ainsi que la mise en place de rétro-informations et de bulletins épidémiologiques hebdomadaires visant à informer les acteurs locaux de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses. / Although considered under control in the second half of the 20th century with the discovery of antimicrobials, infectious diseases remain a serious threat to humanity. Regardless of the state of knowledge we possess on these diseases, all remained unpredictable. To fight this phenomenon, many monitoring strategies have been developed leading to the implementation of various epidemiological surveillance computer programs to detect and identify, as soon as possible, abnormal events including epidemic phenomena. The initial objective of our work was to implement, within the Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection and based on the Microsoft Excel software, two new automated computer-based programs for the weekly automated epidemiological surveillance of abnormal epidemic events using clinical microbiological data from the Timone teaching hospital of of Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Once completed, we then worked to develop a comprehensive monitoring structure incorporating the investigation and the validation of alarms emitted by the established surveillance systems, the transmission of alerts to the Regional Health Agency (ARS) of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA), the public dissemination of confirmed abnormal events by publishing scientific articles, and the implementation of feedback and weekly epidemiological bulletins to inform local infectious diseases epidemiological surveillance actors.
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Apport du séquençage haut débit dans l'amélioration de la prise en charge des maladies monogéniquesLacoste Deixonne, Caroline 12 December 2016 (has links)
La diffusion du séquençage haut débit (ou NGS pour Next Generation Sequencing) représente un tel changement d’échelle par rapport aux méthodes classiques de séquençage que les indications et l’organisation du diagnostic moléculaire s’en trouvent profondément modifiées. Le NGS permet à la fois de raccourcir le temps d’analyse et de rendu de résultat et d'élargir considérablement le nombre de gènes testés. Il promet donc d’augmenter la proportion de diagnostics posés et de faciliter l'identification de nouveaux variants et de nouveaux gènes impliqués en pathologie. Cependant dans tous les cas, il génère une quantité de données importante, données qui doivent être analysées et interprétées à l’aide d’outils bioinformatiques spécifiques.Dans la première partie de ce travail, les stratégies existantes ainsi que les difficultés et les enjeux du séquençage haut débit pour le diagnostic moléculaire des maladies génétiques sont discutés. Dans la deuxième partie, la mise en place et la validation technique de cette approche diagnostique sont décrites au sein du laboratoire de Génétique Moléculaire de la Timone à Marseille et illustrées par trois exemples concrets de diagnostics moléculaires posés grâce à la technique de séquençage à haut débit. Dans le domaine spécifique des maladies rares, ces nouvelles technologies sont porteuses d’un réel espoir pour les patients atteints de maladie génétique, permettant d'améliorer globalement leur prise en charge et d'accélérer les progrès dans le domaine de la recherche. / The diffusion of Next Generation Sequencing (NGS) technologies induces an important change that modifies molecular diagnostics indications and prompts laboratories to re-think their diagnostic strategies, up-to-now based on Sanger sequencing routine. Several high throughput approaches are available from the sequencing of a gene panel, to a whole exome, or even a whole genome. In all cases, a tremendous amount of data are generated, that have to be filtered, interpreted and analyzed by the use of powerful bioinformatics tools.In part 1, existing strategies and the difficulties and challenges of high-throughput sequencing for molecular diagnosis in genetic diseases are discussed. In part 2, the set up and the technical validation of this diagnostic approach in the Molecular Genetics’ Laboratory of the Timone Hospital in Marseille is presented and illustrated by 3 examples of complex diagnostics solved thanks to NGS. NGS promises to shorten significantly the time of analysis and results reporting, and to expand the number of tested genes. It also promises to increase the proportion of positive diagnoses. Finally, the NGS can identify new variants and new genes involved in human pathology, thus will globally improve patient clinical care.
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Etude de la contribution du microbiote intestinal et des facteurs environnementaux à la carcinogénèse colique / Impact of intestinal microbiota and environmental factors on colorectal carcinogenesisAmiot, Aurélien 07 September 2016 (has links)
A l`heure où le cancer a supplanté les maladies cardiovasculaires en tant que première cause de mortalité en France, le CCR représente la deuxième cause de mortalité par cancer. Longtemps dominé par la génétique, le paradigme du cancer colorectal a récemment évolué laissant une place prépondérante aux facteurs environnementaux. Il est néanmoins difficile d’étudier l’impact de l’environnement sur la carcinogénèse colorectale de façon exhaustive compte tenu de la multiplicité de ces facteurs environnementaux. Dans la présente étude, nous avons essayé d’appréhender la contribution de la composition du microbiote intestinal, de la composition métabolomique des eaux fécales et des altérations épigénétiques de l’hôte comme témoin de ces facteurs environnementaux au cours de la carcinogénèse colorectale et d’en évaluer le bénéfice en tant que marqueur diagnostique non invasif. Nous avons ainsi pu montrer au sein d’une population de patients à risque moyen de cancer colorectal qu’il existait une signature microbiologique, métabolomique et épigénétique spécifique du cancer colorectal. Nous avons également pu montrer que ces marqueurs présentaient des performances diagnostiques supérieures au test colorimétrique au guaiac utilisé dans le dépistage organisé du cancer colorectal. / Colorectal cancer (CRC) is a significant cause of morbidity and mortality in developed countries. The majority of CRC are called sporadic, meaning they are due to environmental factors rather than constitutional genetic alterations. Indeed, the role of environment, i.e. western lifestyle, is also underlined by dramatic geographic variations in CRC incidence in both sexes. However, it is difficult to take into account the totality of human environmental exposures for a better understanding of the colorectal cancer pathogenesis. In the present work, we tried to highlight the contribution of the environment in the development of colorectal cancer by studying the role of the intestinal microbiota together with the role of the fecal metabolites and the presence of epigenetic alterations of the host. We also investigated the performance accuracy of the latter changes for colorectal cancer diagnosis as compared to the guaiac fecal occult blood test which is widely used as a non-invasive test in several screening program. We demonstrated a specific signature associated with advanced colorectal neoplasia for the intestinal microbiota and the fecal metabolite profile for colorectal cancer as well as a link between colorectal cancer and Wif-1 gene methylation in urine and/or fecal samples. Those specific signatures disclosed higher diagnostic accuracy compared to guaiac fecal occult blood test as colorectal cancer screening test.
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Mécanismes de régulation de l'inflammation intestinale : facteurs environnementaux, moléculaires et microbiens / Mechanisms regulating intestinal inflammation : environmental, Molecular and MicrobialPineton de Chambrun, Guillaume 23 September 2014 (has links)
La maladie de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique (RCH) sont les deux principales formes cliniques des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) responsables d’une atteinte inflammatoire de la paroi du tube digestif avec des ulcérations extensives. Ce sont des maladies fréquentes en Europe et en Amérique du Nord avec plus de 2.5 millions de malades. Du fait de l’augmentation importante de leur prévalence, de leur morbidité, du retentissement sur la qualité de vie des malades et du coût de leur prise en charge médicale, les MICI sont devenues un problème majeur de santé publique. Au cours de ces maladies, l’inflammation intestinale peut être contrôlée par les traitements médicamenteux ou la chirurgie sans pour autant obtenir de guérison complète et définitive. Bien que leur origine reste mal connue, l’hypothèse actuelle présente les MICI comme des maladies multifactorielles, secondaires à une réponse immunitaire muqueuse anormale dirigée contre la flore intestinale, survenant chez des individus génétiquement prédisposés et entrainant une inflammation intestinale. Le but du travail était d’explorer les mécanismes à l’origine de cette inflammation intestinale associée au développement des MICI en étudiant plus particulièrement certains facteurs environnementaux, moléculaires et microbiens. Nous avons étudiés tout d’abord l’aluminium comme facteur environnemental en démontrant qu’il pouvait participer au développement et à l’aggravation de l’inflammation intestinale sur des modèles de colite chez la souris. Nous avons ensuite étudié un facteur moléculaire important pour l’apoptose des cellules, la caspase-8. Nous avons montré que cette caspase-8 maintenait l’homéostasie intestinale des cellules épithéliales intestinales et que sont absence entraînait une inflammation intestinale ressemblant à la maladie de Crohn. Finalement nous nous sommes intéressés à un facteur microbien, Saccharomyces cerevisiae CNCM I-3856 qui est une levure. Nous avons démontré que cette levure était capable d’induire un effet anti-inflammatoire et analgésique chez l’animal en activant PPARγ dans le colon. Chez l’homme nous avons montré dans une étude randomisée que Saccharomyces cerevisiae CNCM I-3856 réduisait les douleurs abdominales chez les patients atteints du syndrome de l’intestin irritable. En conclusion, l’exploration de ces trois facteurs environnementaux, moléculaires et microbiens permet de mieux comprendre le développement de l’inflammation intestinale. La perspective de ce travail est le développement dans un futur proche des nouvelles thérapeutiques ciblées permettant de lutter contre l’inflammation intestinale. / Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) are the two main clinical forms of chronic inflammatory bowel disease (IBD) responsible for intestinal inflammation with extensive ulceration of the mucosa. These are common diseases in Europe and North America with over 2.5 million patients. Due to the significant increase in their prevalence, their morbidity, the impact on quality of life of patients and the cost of their medical care, IBD has become a major public health problem. In these diseases, intestinal inflammation may be controlled by drug treatment or surgery without obtaining a complete and final cure. Although their origin remains unclear, the current hypothesis presents IBD as multifactorial diseases secondary to an abnormal mucosal immune response directed against the intestinal flora, occurring in genetically predisposed individuals and causing intestinal inflammation. The aim of this work was to explore the mechanisms behind this intestinal inflammation associated with the development of IBD studying some particular environmental, molecular and microbial factors. We studied first the aluminum as an environmental factor and demonstrated that he could participate in the development and exacerbation of intestinal inflammation in models of colitis in mice. We then studied an important factor in molecular cell apoptosis, caspase-8. We have shown that caspase-8 was maintaining intestinal homeostasis in intestinal epithelial cells and that absence of caspase-8 leads to intestinal inflammation mimicking Crohn's disease. Finally we studied a microbial factor, Saccharomyces cerevisiae CNCM I-3856 which is yeast. We demonstrated that this yeast was capable of inducing an anti-inflammatory and analgesic effect in animals by activating PPARgamma in the colon. In humans we have shown in a randomized study that Saccharomyces cerevisiae CNCM I-3856 reduced abdominal pain in patients with irritable bowel syndrome. In conclusion, the exploration of these three environmental molecular and microbial factors helps to better understand the development of intestinal inflammation. The perspective of this work is the development in the near future of new targeted therapies directed against intestinal inflammation.
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Dysfonctionnements préfrontaux et pharmacothérapies dans des modèles murins de maladies spychiatriques / Prefrontal dysfunctions and pharmacotherapies in mouse models of psychiatric diseasesBouamrane, Mohamed Lamine 15 December 2015 (has links)
La pathogénèse de désordres psychiatriques comme les troubles de l'humeur et la schizophrénie met en jeu des facteurs génétiques et environnementaux. La reelin, une protéine de la matrice extracellulaire et l'isolement social (IS), un stress environnemental participeraient à l'étiologie de ces maladies. Le cortex préfrontal (CPF) impliqué dans les fonctions cognitives et exécutives, présente des anomalies morpho-fonctionnelles chez les patients atteints de ces troubles. Le but de ma thèse est d'étudier l'effet de l'IS et d'une haplo-insuffisance en reelin (HIR) sur les propriétés du CPF adulte. Nous utilisons des souris hétérozygotes reelin et sauvages soumises à l'IS et procédons à une analyse électrophysiologique, morphologique et comportementale. Nos résultats montrent que l'IS induit des défauts de transmission et de plasticité synaptique et du comportement. Nous avons également montré que l'HIR aggrave ces défauts. Finalement, nous avons exploré une piste thérapeutique prometteuse. / The pathogenesis of psychiatric disorders such as mood disorders and schizophrenia involves genetic and environmental factors. The reelin, a protein of the extracellular matrix and social isolation (SI), an environmental stress participate in the etiology of these diseases. The prefrontal cortex (PFC) involved in cognitive and executive functions, exhibits morpho-functional abnormalities in patients with these disorders. The purpose of my thesis is to study the effect of the SI and a haploinsufficiency in reelin (HIR) on the properties of the adult PFC. We used wild mice and reelin heterozygous mice that underwent and proceed to electrophysiological, morphological and behavioral analyses. Our results show that the SI altered synaptic transmission and plasticity and behavior. We also showed that the HIR aggravates these alterations. Finally, we explored a promising therapy.
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