INTRODUÇÃO: O aumento mundial da prevalência de obesidade atribui-se principalmente a mudanças nos hábitos alimentares e na prática de atividade física, que afetam indivíduos predispostos geneticamente. Alterações genéticas podem provocar desequilíbrio na regulação homeostática afetando sinalizadores periféricos e centrais. Um componente do controle central fica no núcleo arqueado hipotalâmico, sendo o receptor tipo 4 de melanocortina (MC4R) de suma importância. Mutações no MC4R têm sido relatadas como causa mais frequente de obesidade monogênica. Há evidência de que polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) localizados próximos ao MC4R possam estar relacionados ao aumento do risco para obesidade, porém estudos de variantes nesse gene avaliando o consumo alimentar são escassos e controversos. OBJETIVO: Avaliar a influência de variantes alélicas no MC4R sobre consumo alimentar, presença de compulsão alimentar periódica (CAP), composição corporal e perfil clínico e metabólico em crianças e adolescentes obesos. MÉTODOS: Trata-se de um estudo transversal realizado com crianças e adolescentes obesos. Foram avaliados parâmetros antropométricos, metabólicos e fatores de risco cardiometabólicos, incluindo hipertensão arterial sistêmica, glicemia de jejum alterada, hipertrigliceridemia e HDL-colesterol baixo. A CAP foi avaliada utilizando a Escala de Compulsão Alimentar Periódica e o consumo alimentar por meio do Recordatório de 24 horas, analisando consumo calórico total, percentual de macronutrientes e fibras, além da frequência na omissão do café da manhã, adequação de macronutrientes, frações lipídicas e colesterol. Para verificar o efeito dos SNPs no risco para a obesidade foi incluído um grupo controle composto por 137 crianças e adolescentes eutróficos. Foi realizado o sequenciamento do gene MC4R e a genotipagem por PCR em tempo real das variantes rs17782313 e rs12970134, adotando-se o modelo recessivo para a análise. A análise estatística para comparação dos grupos foi conduzida por meio dos Testes T de Student ou Mann-Whitney U. Para avaliar a magnitude do risco, foi realizada regressão logística ajustada para Z-IMC, idade e gênero, com o nível de significância fixado em 0,05. RESULTADOS: Foram incluídos no estudo 536 obesos (52,1% meninas; 12,7 ± 2,7 anos; Z-IMC 3,24 ± 0,57). A frequência dos SNPs foi semelhante entre os grupos de obesos e controle. Os portadores do polimorfismo rs17782313 apresentaram maior nível de triglicérides (108 ± 48 vs.119 ± 54, p=0,034)e maior risco para hipertrigliceridemia (OR=1,985; IC95% 1,288-3,057; p=0,002). Não houve associação do rs12970134 com os parâmetros clínicos, metabólicos ou alimentares. No gene MC4R foram identificados 10 polimorfismos já descritos e uma variante nova, Asn72Ser (A/G), sendo 8 mutações do tipo missense e 3 sinônimas. CONCLUSÕES: Os SNPs rs17782313 e rs12970134 não influenciam o consumo alimentar nem a presença da CAP. O SNP rs17782313 está associado a maior risco de hipertrigliceridemia e maior nível sérico de triglicérides em crianças e adolescentes obesos. A presença de mutações que resultem na perda de função no gene MC4R é rara nessa coorte / INTRODUCTION: The global increase in the prevalence of obesity is attributed mainly to changes in dietary habits and physical activity, which affects genetically predisposed individuals. Genetic alterations can cause imbalance in the homeostatic regulation affecting peripheral and central signals. One component of the central control is the arcuate nucleus of the hypothalamus, and the melanocortin type 4 receptor (MC4R) is of outstanding importance. Mutations in MC4R have been reported as the most frequent cause of monogenic obesity. Studies indicate that polymorphisms located near the MC4R may be related to increased risk for obesity, but the studies of variations in this gene and its relation to food intake are scarce and controversial. OBJECTIVE: To evaluate the influence of allelic variants of MC4R in food intake, binge eating behavior (BE), body composition, clinical and metabolic profile in obese children and adolescents. METHODS: This is a cross-sectional study with obese children and adolescents. Anthropometric, metabolic parameters and cardiometabolic risk factors including hypertension, impaired fasting glucose, hypertriglyceridemia and low HDL-cholesterol were evaluated. The BE was evaluated through the Binge Eating Scale, and to analyze the dietary intake 24 hour recall was used, evaluating total caloric intake, percentage of macronutrients, fiber, omission of breakfast, adequacy of macronutrients, lipid fractions and cholesterol. To investigate the effect of SNPs on obesity risk, a control group of 137 eutrophic children and adolescents was enrolled. The MC4R gene was sequenced and genotyping was performed by real-time PCR of the variants rs17782313 and rs12970134, adopting the recessive model for the analysis. Statistical analysis for group comparison was conducted using the Student T test or Mann-Whitney U test. To assess the magnitude of risk, logistic regression adjusted for Z-BMI, age and gender was performed, with the significance level of 0.05. RESULTS: The study included 536 subjects (52.1% girls, 12.7 ± 2.7 years-old, Z-BMI = 3.24± 0,57). The frequency of SNPs was similar between the obese and control groups. The C allele carriers for the rs17782313 polymorphism had increased triglyceride levels (108 ± 48 vs.119 ± 54, p = 0.034) and increased risk of hypertriglyceridemia (OR = 1.985, 95% CI 1.288-3.057, p = 0.002). There was no association of the SNP rs12970134 with clinical, metabolic or nutritional parameters. Ten polymorphisms already described and a new variant, Arn72Ser (A/G), were identified in the MC4R gene, with 8 missense mutations and 3 synonymous. CONCLUSIONS: The SNPs rs17782313 and rs12970134 did not influence food intake or the presence of BE. The SNP rs17782313 is associated with increased risk of elevated triglycerides and higher serum triglyceride levels in obese children and adolescents. The presence of mutations resulting in loss of function in the MC4R gene is rare in this cohort

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carlarenatagraca_dissert.pdf: 933158 bytes, checksum: fdfd445f7f2238bec496e0064ddfd5bc (MD5) Previous issue date: 2011-07-26 / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae (M. leprae), an obligate intracellular acid-fast bacillus, which affects the skin and peripheral nervous system. The diseases expression results from the interaction between the bacillus and the immune system; most infected subjects develop effective immune response against M. leprae, without disease; others exhibit a spectrum of clinical manifestations closely linked to the pattern of host immune response to pathogen. Among the host defense mechanisms are immunoregulatory cytokines with activities represented by specific populations of Th1 and Th2 lymphocytes and the production of reactive oxygen species (ROS), which are key elements for bacterial destruction intramacrofágica. In this context, several genomic regions have been implicated in susceptibility and severity in genetically controlled leprosy. The glutathione Stransferase are enzymes that eliminate reactive oxygen species, are the most studied genes: GSTM1 and GSTT1. The NINJURIN1 is a cell adhesion molecule that provides suitable substrates for repair of Schwann cells after peripheral nerve injury. The single nucleotide polymorphism NINJ1, encoded by the protein NINJURIN1, is the result of a transversion to adenine nucleotide polymorphic cytokine (AC), responsible in an amino acid exchange of asparagine for alanine at position 110 of the protein (asp110ala). Objectives. 1) Investigate if the presence of polymorphism in the GSTT1 and GSTM1 genes could affect the course of leprosy; 2) Investigate if the presence of polymorphism in the NINJ1 gene could be relevant for neural impairment. Material and Methods. A cohort of 218 leprosy patients (patients) and 244 subjects without leprosy (controls) was studied. The genomic DNA was obtained from peripheral blood, GSTT1 and GSTM1 polymorphism screening was performed using polymerase chain xi Abstract v reaction and NINJ1 gene analysis was performed using the technique of restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) using the enzyme Hae III. The genotype and allele frequency were measured by Chi-square and logistic regression models with or without correction for age and gender. Results. The frequency of the GSTT1/GSTM1 null genotypes was significantly higher in controls when compared to patients (P = 0.01). The GSTT1 genotype frequency was significantly increased in patients when compared to controls (P=0.01). The frequency of the NINJ1 asp110ala was significantly increased in patients with nerve impairment (p = 0.0198). Also, patients with the CC (ala/ala) allele had a higher risk of developing disability when compared the allele AA (asp/asp) (p = 0.0143). Conclusion. The results demonstrated: (1) there is an association of GSTT1 positive genotype for development of leprosy disease. The data found suggested that the absence of GSTs, with a consequent permanence of intracellular ROS, can contribute to M. leprae destruction and, therefore, reduce the disease risk; (2) polymorphism in NINJ1 gene offers less nerve protection in leprosy patients. This finding indicates that NINJURIN1 is an important adhesion molecule and can be a potential therapeutic tool in many diseases. / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica causada pelo bacilo álcool-ácido resistente Mycobacterium leprae (M. leprae), patógeno intracelular obrigatório, que afeta a pele e o sistema nervoso periférico. A expressão dessa doença resulta da interação entre o bacilo e o sistema imunológico; a maioria das pessoas infectadas desenvolve resposta imune eficaz contra M. leprae, sem sintomas da doença; outras exibem um espectro de manifestações clínicas ligado ao padrão da resposta imunológica do hospedeiro ao patógeno. Entre os mecanismos de defesa do hospedeiro estão as citocinas com atividades imunorreguladoras específicas representadas pelas populações de linfócitos Th1 e Th2 e a produção de espécies reativas de oxigênios (ROS), que são elementos fundamentais para destruição bacilar intramacrofágica. Nesse contexto, inúmeras regiões genômicas têm sido implicadas na suscetibilidade e na severidade geneticamente controlada à hanseníase. Os Glutatião S-transferase são enzimas que eliminam as espécies reativas de oxigênio, os genes mais estudados são: GSTT1 e GSTM1. O NINJURIN1 é uma molécula de adesão celular que fornece substratos apropriados para reparação das células de Schwann após lesão no nervo periférico. O polimorfismo de nucleotídeo único NINJ1 codificado pela proteína NINJURIN1, é resultado de uma transversão polimórfica do nucleotídeo adenina para citocina (AC), responsável pela troca de um aminoácido asparagina para alanina na posição 110 da proteína (asp110ala). Objetivos. 1) avaliar os polimorfismos dos genes GSTT1 e GSTM1 na modulação da suscetibilidade genética à hanseníase e/ou à evolução dessa doença em seus pólos maligno ou benigno; 2) investigar a correlação entre o polimorfismo de nucleotídeo único NINJURIN1 e o grau de comprometimento do nervo periférico. Materiais e Métodos. A amostra foi composta de 218 pacientes xi Resumo com hanseníase (pacientes) e 244 indivíduos sem hanseníase (controles). O DNA genômico foi obtido de sangue periférico, a análise dos polimorfismos GSTT1 e GSTM1 foi realizada utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) e a análise do gene NINJ1 foi realizada através da técnica de polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (PCR-RFLP), utilizando a enzima HAE III. A frequência de genótipos e alelos foi analisada pelo teste do qui-quadrado e por modelos de regressão logística com ou sem correção para idade e sexo. Resultados. A frequência dos genótipos nulos GSTT1/GSTM1 foi significativamente maior nos controles que nos pacientes (P = 0,01). A frequência do genótipo GSTT1 foi significativamente maior nos pacientes em relação aos controles (P = 0,01). A frequência do polimorfismo NINJ1 asp110ala foi significativamente maior em pacientes com comprometimento do nervo (p = 0, 0198). Além disso, pacientes com o alelo CC (ala / ala) apresentaram risco maior de desenvolver lesão no nervo quando comparado ao alelo AA (asp / asp) (p = 0,0143). Conclusão. Os resultados demonstraram: (1) há associação do genótipo GSTT1 positivo para o desenvolvimento da hanseníase. Os achados sugerem que a ausência de GSTs, com consequente permanência de ROS intracelular, pode contribuir para a eliminação do M. leprae e, dessa forma, reduzir o risco da doença; (2) o polimorfismo no gene NINJ1 oferece menos proteção ao nervo na hanseníase. Esse achado indica que a NINJURIN1 é uma molécula de adesão importante e pode ser uma potencial ferramenta terapêutica em muitas doenças.

INTRODUÇÃO: A nefrite lúpica é uma complicação frequente e de alta morbimortalidade do lúpus eritematoso sistêmico (LES). A evolução para insuficiência renal crônica terminal varia entre 8 e 15% dos casos, após um período de 5 anos. A fase inicial da nefrite se deve a uma atividade imunológica exacerbada que leva a sequelas renais, como a fibrose intersticial, sinéquias glomerulares, e glomeruloesclerose. Uma vez instalada, vários fatores aceleram a velocidade de progressão da insuficiência renal, como a presença de proteinúria residual, hipertensão arterial sistêmica e a etnia do paciente. Estudos recentes mostraram que a presença de polimorfismos do MYH9 são altamente prevalentes em pacientes com GESF (glomeruloesclerose focal e segmentar), nefropatia do HIV e em pacientes com doença renal crônica não diabética. Os polimorfismos do MYH9 mais relacionados com essas doenças são os do haplótipo E1, causados pelos polimorfismos rs4821480, rs2032487, rs4821481 e rs3752462, presentes principalmente na população negra e de hispano-americanos. No Brasil não há estudos sobre a prevalência desse gene. MÉTODOS: Nosso estudo analisou retrospectivamente 196 pacientes com nefrite lúpica, acompanhadas no ambulatório de glomerulopatias do Hospital das Clínicas da USP. Foram recuperados os dados clínicos e laboratoriais dos pacientes de janeiro de 1999 a dezembro de 2010. Foi feita análise dos polimorfismos do haplótipo E1 do gene do MYH9 (rs4821480, rs2032487, rs4821481 e rs3752462) e correlacionados com suas características clínicas e laboratoriais, apresentando como desfecho a duplicação da creatinina ou a evolução para doença renal crônica terminal. RESULTADOS: O tempo de seguimento médio dos pacientes foi de 6,1 anos, com a creatinina inicial média de 1,6 g/dL e proteinúria média de 3,9 g/dia. Dezenove pacientes não recuperaram função renal, mantendo-se em diálise. Dos 177 pacientes restantes 43 (24%) apresentaram o desfecho de duplicação (DC) da creatinina, ou necessidade de diálise (DRCT). Pacientes progressores eram tinham maior SLEDAI renal (10 vs 8,9 p=0,04), maior índice de cronicidade renal à biópsia (5 vs 2, p<0,001) e maior frequência de reativações da doença renal (flare renal) (82,9% x 53,8%, p=0,002), assim menores índices de remissão completa ou parcial (p<0,0001). Os 4 polimorfismos se segregam em conjunto, ou seja, como um haplótipo, pelo modelo de Hardy-Weinberg. Analisando separadamente cada polimorfismo, apenas o rs3752462, apresenta associação com o desfecho DC/DRCT, na análise por genótipo (CC/CT/TT, p=0,03) e quando feita análise TT/CT vs CC (p=0,02). Não houve relação dos polimorfismos com a etnia negra ou parda. Pacientes com haplótipo E1 eram progressores em 28% dos casos, conferindo um OR de 1,79 (IC 1,02 a 3,0) de DC/DRC. DISCUSSÃO: A presença do haplótipo E1 têm alta prevalência em pacientes portadores de nefrite lúpica no Brasil, sendo fator de risco para progressão da doença renal crônica / BACKGROUND: Lupus nephritis (LN) is a frequent complication with high morbidity and mortality of systemic lupus erythematosus (SLE). Chronic renal failure is observed in 8 to 15% of the patients after 5 years of follow up. LN is an inflammatory disease after a systemic autoimmune activation. Once inflammation is shutdown several renal and nonrenal factors, such as residual proteinuria, hypertension and ethnicity of the patient, may emerge and impose to the kidney a chronic phenotype (interstitial fibrosis, glomerular adhesions and glomerulosclerosis. Recently E1 haplotype (rs4821480, rs2032487, rs4821481 and rs3752462 polymorphisms) of the MYH9 gene was associated to progressive kidney diseases in patients with FSGS (focal segmental glomerulosclerosis), HIV nephropathy and non-diabetic chronic kidney disease, in african american and spanic american patients. In Brazil there is no data on this subject. METHODS: Retrospective analysis of 196 patients with LN followed in our outpatient glomerular disease ward were enrolled glomerulopathies. Patients clinical data from January 1999 to December 2010 were retrieved and MYH9 rs4821480, rs2032487, rs4821481 and rs3752462 polymorphisms were genotyped. Outcome was defined as doubling of serum creatinine, or end stage renal disease (ESRD). RESULTS: The mean follow-up of patients was 6.1 years, with an initial mean creatinine of 1.6 g/dL and mean proteinuria 3.9 g/day. On enrollment nineteen patients were on dialysis and did not recover renal function, they were withdraw from analyses of progressive kidney disease. On follow up, from 177 remaining patients, 43 (24%) showed the composite outcome: dialysis, or doubling creatinine. Progressors had higher renal SLEDAI (10 vs 8.9, p = 0.04), higher chronicity index at biopsy (5 vs 2, p <0.001) and more frequently renal flares (82, 9% vs. 53.8%, p=0.002), as well as lower rates of complete or partial remission (p <0.0001). The four polymorphisms segregate as a haplotype, according the Hardy-Weinberg model. Analysing each polymorphism, only TT/CT genotype from rs3752462 polymorphism was associated with the outcome of DC/ESRD (p = 0.02). E1 haplotype were associated with progression with an OR of 1.79 (CI 1.02 to 3.0). DISCUSSION: The presence of the E1 haplotype is associated with worse prognosis of chronic renal failure in lupus nephritis patients

O vírus da hepatite C (HCV) é uma importante causa de doença hepática crônica e de complicações associadas, tais como cirrose e hepatocarcinoma (HCC). Fatores virais e do hospedeiro são conhecidos preditores da terapia antiviral. Fatores do hospedeiro preditores da resposta viral sustentada (RVS) foram descobertos por estudos de associação genômica ampla (GWAS), correspondendo a polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes IFNL3 e IFNL4 (rs8099917, rs12979860 e rs368234815). O objetivo do presente trabalho foi verificar as frequências genotípicas dos SNPs rs8099917, rs12979860 e rs368234815 e avaliar a associação entre estes SNPs e a evolução clínica e a resposta ao tratamento da infecção pelo HCV tendo em conta a ancestralidade genética da população estudada. Neste estudo, foi observada a associação dos três polimorfismos tanto com o desfecho clínico quanto com a resposta ao tratamento com interferon peguilado (PEG-IFN) e ribavirina (RBV). Os polimorfismos rs12979860 e rs368234815 foram associados com aumento da sensibilidade (respectivamente 97,7%, IC 95% 87,2-100, e 93,3%, IC 95% 81,3-98,3) e com um maior valor preditivo de uma resposta positiva ao tratamento. Na análise multivariada ajustada por sexo, idade e ancestralidade genética, o haplótipo G/T/?G foi relacionado com a não-resposta ao tratamento (OR = 21,09, IC 95% 5,33-83,51; p < 0,001) e com uma chance maior de desenvolver infecção crônica (OR = 5,46, IC 95% 2,06-14,46; p=0,001), quando comparado com haplótipo T/C/TT. Estes resultados podem ajudar a ajustar políticas de tratamento para a infecção por HCV em populações com tais características genéticas, assim como nos permitem conhecer o perfil genético da nossa população em relação a esses polimorfismos / Hepatitis C virus (HCV) infection is a major cause of chronic liver disease and associated complications such as liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). Viral and host factors are known to be predictors for anti-viral therapy. Host factors predictors of sustained viral response (SVR) were discovered by Genome-Wide Association Studies (GWAS), including single nucleotide polymorphisms (SNPs) near or on genes IFNL3 and IFNL4 (rs8099917, rs12979860 and rs368234815). The aim of the present work was verify the genotype frequencies of SNPs rs8099917, rs12979860 and rs368234815, and evaluate the association between these SNPs and HCV infection outcome taking into account the genetic ancestry of the population. In this study, there was an association of the three polymorphisms with both clinical outcome and response to treatment with pegylated interferon (PEG-IFN) and ribavirin (RBV). The polymorphisms rs12979860 and rs368234815 showed increased sensitivity (97.7%, 95% CI 87.2-100, and 93.3%, 95% CI 81.3-98.3 respectively) and greater predictive value of a positive response to treatment. In multivariable analysis adjusted by gender, age and genetic ancestry, the haplotype G/T/?G was related to non-response to treatment (OR = 21.09, 95% CI 5.33-83.51; p < 0.001) and to a higher chance to develop chronic infection (OR = 5.46, 95% CI 2.06-14.46; p=0.001) when compared to haplotype T/C/TT. These findings may help to adjust our treatment policies for HCV infection in populations with such genetic characteristics, as well as allowing us to get to know the genetic profile of our population for these polymorphisms

INTRODUÇÃO: Aproximadamente 170 milhões de pessoas são portadores de hepatite C crônica, sendo esta atualmente a principal causa de transplantes hepáticos no mundo. Os pacientes com hepatite crônica C são atualmente tratados com interferon e ribavirina (IFN/RBV). Estudos de associação do genoma associaram à resposta ao tratamento com IFN/RBV a um polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) nas proximidades do gene da Interleucina 28B, que codifica a interferona-?. OBJETIVOS: Padronizar nova metodologia de baixo custo e menor tempo de execução para a genotipagem do polimorfismo rs12979860. Investigar a frequência do polimorfismo rs12979860, em uma coorte de pacientes com hepatite crônica C e sua associação com a resposta ao tratamento no Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo. MÉTODOS: A genotipagem foi realizada, por novo método diagnóstico, PCR multiplex CTPP (confronto de dois pares de iniciadores) e validado através de sequenciamento direto e PCR em tempo real. Um estudo retrospectivo foi realizado em 248 portadores de hepatite C crônica, tratados com interferon e ribavirina; 138 portadores de hepatite C crônica, virgens de tratamento e 240 doadores de sangue. Foi analisado o DNA, dados clínicos e demográficos, juntamente com dados sobre a resposta ao tratamento. RESULTADOS: O método de PCR CTPP foi padronizado e mostrou-se mais rápido e de menor custo comparado ao sequenciamento e PCR em tempo real. Pacientes com resposta virológica sustentada (RVS) apresentaram uma frequência de 33/61 (54,1%) para o genótipo C/C, de 21/61 (34,4%) para o genótipo C/T e 7/61 (11,5%) para o genótipo T/T. Pacientes que não tiveram RVS (Não RVS) apresentam uma frequência de 44/185 (23,8%) para o genótipo C/C, de 102/185 (55,1%) para o genótipo C/T e de 39/185 (21,1%) para o genótipo T/T. Os Não RVS estão associados ao genótipo C/T (p=0,002) e ao genótipo T/T (p=0,001) quanto comparados com o grupo de RVS. CONCLUSÕES: Esta dissertação descreve um método inovador, rápido e de baixo custo, o PCR CTPP, que detecta o polimorfismo rs12979860. O ensaio é internamente controlado e não requer a utilização de endonucleases de restrição ou equipamento especial. O polimorfismo rs12979860 é um preditor significativo da resposta ao tratamento com IFN/RBV em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite C. A genotipagem deste, em conjunto com os indicadores já existentes, pode identificar prováveis não respondedores ao tratamento / INTRODUCTION: Approximately 170 million people are chronic carriers of hepatitis C virus (HCV). Chronic HCV patients are currently treated with pegylated interferon and ribavirin (PEG- IFN/RBV). A genome-wide association with PEG-IFN/RBV treatment response and a single nucleotide polymorphism (rs12979860) has been identified near the interleukin 28B gene that encodes interferon-?-3. AIM: Describe an innovative, fast, and low-cost multiplex polymerase chain reaction with confronting two-pair primers that detects the rs12979860 polymorphism. Investigate the frequency of polymorphism rs12979860, among patients with chronic hepatitis C and association with to response treatment at the Hospital das Clínicas da Universidade de São Paulo. METHODS: Genotyping was performed by new diagnostic method, multiplex PCR CTPP (confronting two-pairprimers) and validated by direct sequencing and real time PCR. Retrospective study was conductedin 248 patients with hepatitis C chronic treated with interferon and ribavirin, 138 patients with chronic hepatitis C treatment-naïve and 240 blood donors. We analyzed DNA, clinical and demographic data, along with data onthe response to treatment. RESULTS AND CONCLUSIONS: The CTPP method was standardized and proved faster and lower cost compared to sequencing andreal time PCR. Patients with sustained virologic response (SVR) showed a frequency of 33/61 (54.1%) for the genotype C/C of 21/61 (34.4%) for the genotype C/T and 7/61 (11.5%) for genotype T/T. Patients with out sustained virologic response (Non SVR) have a frequency of 44/185 (23.8%) for the genotype C/C,102/185 (55.1%) for the genotype C/T and 39/185 (21.1%) for genotype T/T.The Non SVR are associated with genotype C/T (p = 0.002) and T/T genotype (p= 0.001) as compared with the group of SVR. Today, the IL28B genotyping is recomended by in the American Association for the Study of Liver Diseases and the European Association for the Study of the Liver guidelines. As a result, physicians should consider testing IL28B in patients with hepatitis C; however, the implementation of routine genotyping has been halted in tertiary care hospitals because of the need for molecular biology tools that are expensive and highly complex. The CTPP multiplex assay described here detects in a single reaction the genotypes C/C, C/T, and T/T. This method allows rapid genotyping of the polymorphism rs12979860, which is reproducible in minimally equipped laboratories; it does not require any special equipment and is a relatively low-cost procedure. The PCR-CTPP method can be used for large testing arrays and is also suitable for genotyping a small number of samples

Introdução: Estima-se que a infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) acometa 3% da população global constituindo a maior causa de cirrose hepática e hepatocarcinoma. Nos pacientes infectados pelo genótipo 1 do VHC, a terapia em vida real com interferon peguilado (PEG-IFN) e ribavirina (RBV) resulta em 30% a 50% de resposta virológica sustentada (RVS). Este desfecho é determinado por fatores de associados ao VHC (carga viral, genótipo, quasispécies), características do hospedeiro (etnia, gênero, fatores genéticos, comorbidades, adesão) e fatores ligados aos medicamentos. Estudos de associação genética ampla (GWAS) têm demonstrado que a presença dos polimorfismos (SNP) no gene da interleucina 28B (IL-28B) associam-se a resposta à terapia baseada em interferon. Os SNPs rs12979860, rs8099917 e rs12980275 têm sido amplamente estudados e pacientes com o perfil favorável têm maiores chances de alcançar a RVS ou a eliminação espontânea do VHC. Objetivos: Avaliar a frequência relativa e a influência dos polimorfismos rs12979860 (C > T), rs8099917 (T > G) e rs12980275 (A > G) no gene IL-28B em brasileiros portadores de infecção crônica pelo VHC tratados com PEGIFN/ RBV em uma casuística de pacientes atendidos pelos médicos do Ambulatório de Hepatites DMIP/LIM-47 e avaliar retrospectivamente a possibilidade de predição de resposta à partir do perfil IL-28B na população estudada. Materiais e Métodos: Após aprovação ética, foram selecionados 171 pacientes com coleta retrospectiva e sistematizada das informações de interesse. O DNA destes pacientes foi purificado e foram desenhados primers e sondas específicas para a genotipagem dos SNPs através da técnica de reação em cadeia de polimerase em tempo real. Resultados: entre os SNPs selecionados na análise univariada rs12979860 e rs12980275 associaram-se com RVS (p < 0,05). rs8099917 não teve associação com RVS. Na análise multivariada apenas rs12980275 manteve associação com RVS (p < 0,05). Conclusão: Ao contrário do descrito na Literatura Internacional nos pacientes brasileiros apenas o pouco estudado SNP rs12980275 associou-se à RVS / Introduction: Currently, infection with hepatitis C virus (HCV) affects 3% of people worldwide, and is the major cause of chronic hepatitis C, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In patients infected by genotype 1 of HCV, 30%- 50% of patients achieve sustained virological response, when they are treated with pegylated interferon (PEG-IFN) and ribavirin (RBV). This outcome is determined by VHC factors (mutations, genotype, quasispecies), host factors (gender, ethnic, genetic factors, comorbidities, adherence to treatment) and factors related to drugs. Genome wide association studies (GWAS) demonstrated that the presence of polymorphisms in interleukin 28B gene (IL- 28B) are associated with response to interferon based therapy. SNPs rs12979860, rs8099917 and rs12980275 have been widely studied and patients with the favorable profile are more likely to achieve SVR. Objectives: To evaluate the relative frequency and influence of the polymorphisms rs12979860 (C > T), rs8099917 (T > G) and rs12980275 (A > G) in Brazilian patients treated for chronic hepatitis C with PEG-IFN/RBV, and to evaluate, retrospectively, the prediction of the response possibility from IL-28B profile in the selected patients. Material and Methods: It was selected 171 patients. Medical history was evaluated retrospectively. A real time polymerase chain reaction assay was realized in order to analyze the polymorphisms. Results: In univariate analysis the polymorphisms rs12979860 and rs12980275 were associated with SVR (p < 0,05). The SNP rs8099917 was not associated with SVR. Multivariate analysis revealed that only rs12980275 maintained an association with SVR (p < 0,05). Conclusion: It is described on international literature that rs12979860 is strongly associated with SVR, however in Brazilian patients only the less studied SNP rs12980275 was associated with SVR

No estado do Espírito Santo (ES), uma das principais áreas produtoras de mamão do país, a eliminação sistemática de plantas doentes tem sido aplicada desde a década de 1980 para o controle do mosaico do mamoeiro (Papaya ringspot virus - type P; PRSV-P). O uso permanente dessa prática nos últimos 25 anos levou a uma aparente seleção e predominância de isolados fracos do vírus. Os objetivos deste trabalho foram: investigar a prevalência desses isolados fracos, bem como a estabilidade e o efeito protetor contra isolados severos do vírus; estudar a infecção natural de abobrinha de moita (Cucurbita pepo cv. Caserta) e abóbora moranga (C. maxima cv. Exposição) com o PRSV-P quando plantadas ao lado de mamoeiros infectados e caracterizar um isolado do Alfalfa mosaic virus (AMV) em infecção natural em mamoeiro. A detecção de possíveis isolados fracos do vírus foi realizada por PTAELISA, microscopia eletrônica e RT-PCR. Todos os isolados também foram inoculados mecanicamente em mamoeiro cv. Golden para avaliação de sintomas. Sequências de nucleotídeos e de aminoácidos deduzidos do gene da proteína capsidial de alguns isolados fracos mostraram identidades superiores a 89% e 90%, respectivamente, com isolados do PRSV-P. De 119 amostras de mamoeiros analisadas, 86 estavam infectadas com o PRSV-P, mas somente 75 induziram sintomas fracos em mamoeiros. Quatro isolados fracos foram selecionados ao acaso para estudos de estabilidade, e de proteção em casa de vegetação. Apenas dois isolados fracos induziram sintomas estáveis em mamoeiros até a oitava transferência. A proteção total só foi obtida com plantas premunizadas com dois isolados fracos e desafiados com o isolado PRSV-PES. Plantas de mamoeiros cv. Golden premunizadas com vários isolados fracos do PRSV-P foram expostas em condições de campo na ESALQ/USP, Piracicaba, SP, em dois experimentos independentes. Poucas plantas permaneceram com sintomas fracos de mosaico até o final dos experimentos. Uma terceira exposição foi realizada em Linhares, ES, com mamoeiros cvs. Sunrise Solo e Golden premunizados com oito isolados fracos, coletados nos experimentos em campo na ESALQ/USP. Apenas uma planta premunizada com um isolado fraco permaneceu com sintomas leves da doença até a última avaliação. Tentativas de detectaçao de infecções naturais de cucurbitáceas com o PRSV-P foram realizados em dois plantios de abobrinha de moita e dois de abóbora moranga, na ESALQ/USP, Piracicaba, SP. A detecção do vírus foi feita por meio da inoculação de extratos foliares das cucurbitáceas em mamoeiros cv. Golden. Os mamoerios foram avaliados por meio de sintomas, PTA-ELISA e RT-PCR. Nenhuma planta de mamoeiro inoculada com extratos foliares das duas cucurbitáceas exibiu sintomas de mosaico, embora o gene ci, mas não o cp, tenha sido detectado em uma amostra de folhas de mamoeiro, indicando que ao menos uma planta de abobrinha de moita estava infectada. Finalmente, no decorrer dos ensaios de campo na ESALQ/USP, constatou-se uma planta de mamoeiro apresentando sintomas severos de mosaico amarelo, deformação foliar e necrose sistêmica, diferente daqueles induzidos pelo PRSV-P. Análises biológicas, sorológica e moleculares confirmaram tratar-se do AMV. Este é o primeiro relato de infecção natural de mamoeiro com esse vírus. / Papaya ringspot virus type P (PRSV-P) causes the major disease in Brazilian papaya orchards that result in significant yield losses. In Espírito Santo state systematic rouging of infected plants has been applied since early 1980s for the control of this disease. Its permanent use over the last 25 years has lead to an apparent selection and predominance of mild strains throughout papaya orchards. The objectives of this work were to investigate the prevalence of mild isolates, as well the stability and protective effect against severe isolates of the virus; The aim of this work was to study the natural infecction of zucchini squash (Cucurbita pepo cv. Caserta) and pumpkin (C. maxima cv. Exposição) grown near to papaya trees infected with PRSV-P and characterize an isolate of Alfalfa mosaic virus (AMV) in natural infection in papaya. The detection of possible mild isolates of the virus was performed by PTA-ELISA, electron microscopy and RT-PCR. All isolates were inoculated mechanically in papaya cv. Golden for symptoms evaluation. Nucleotides and deduced amino acids sequences of the coat protein gene of some mild isolates showed identities above 89% and 90%, respectively, with isolates of PRSV-P. Of 119 samples from papaya plants analyzed, 86 were infected with PRSV-P and 75 induced mild symptoms on papaya. Four mild isolates were randomly selected for stability and protection studies under greenhouse. Only two isolates induced mild symptoms on papaya and remained stables until the eighth transference. Full protection was obtained with preimmunized plants with two mild isolates and challenged with the isolate PRSV-P-ES. Plants of papaya cv. Golden preimmunized with several mild isolates of PRSV-P were exposed under field conditions at ESALQ/USP, Piracicaba,SP, in two independent experiments. Few plants remained with mild mosaic symptoms at the end of the experiments. A third field exposition was held in Linhares,ES, with papaya cvs. Golden and Sunrise Solo preimmunized with eight mild isolates, collected in field experiments at ESALQ/USP. Only one plant preimmunized with a mild isolate remained with mild symptoms of the disease until the last evaluation. Attempts of detection of natural infections of cucurbits with PRSV-P were carried out in two plantations of zucchini squash and pumpkin at ESALQ/USP, Piracicaba,SP. The detection of the virus was made by inoculation of leaf extracts of cucurbits in papaya cv. Golden. The papaya plants were assessed by symptoms, PTAELISA and RT-PCR. None of papaya plants exhibited symptoms of mosaic, while the ci gene, but not the cp, was detected in a sample of leaves of papaya, indicating that at least one clump of zucchini squash plant was infected. Finally, during the field test at ESALQ/USP, a papaya plant was found showing severe symptoms severe yellow leaf mosaic, leaf distortion and systemic necrosis, different from those induced by PRSV-P. Biological, serological and molecular tests confirmed the infection with AMV. This is the first report of natural infection of papaya with this virus.

IINTRODUÇÃO: A Cistite Intersticial (CI) ou Síndrome da Bexiga Dolorosa (SBD) é uma síndrome crônica caracterizada pela presença de dor ou desconforto vesical ou pélvico e sintomas miccionais como urgência e aumento da frequência miccional diurna e noturna, na ausência de outra afecção identificável que justifique esses sintomas. Não existe até o momento nenhum teste diagnóstico ou marcador que defina a CI. Desta forma seu diagnóstico é predominantemente clínico, baseado nos sinais e sintomas e dependente da exclusão de outras doenças urológicas. A dificuldade no diagnóstico e no tratamento dessas pacientes reflete o pouco que se sabe sobre sua fisiopatologia e sobre as alterações genéticas presentes na doença. A identificação de marcadores pode proporcionar um melhor entendimento e manejo desses aspectos da síndrome. Na tentativa de identificar marcadores genéticos que possam estar associados a CI, avaliamos a presença de alguns polimorfismos genéticos, os polimorfismos de nucleotídeo único (SNP), no DNA de pacientes com os critérios diagnósticos de CI e comparamos sua prevalência entre as pacientes e também com um grupo controle representativo da população geral. A correlação desses polimorfismos considerando a CI e a intensidade de dor nessas pacientes ainda não foi estudada na literatura. OBJETIVOS: Analisar a presença de polimorfismos (SNP) em amostras de sangue de pacientes com CI e correlacionar a presença dos polimorfismos com o quadro de dor crônica. MÉTODOS: Foram selecionadas 34 pacientes do sexo feminino com diagnóstico de CI de acordo com os critérios do NIDDK e 23 pacientes do grupo controle (mulheres saudáveis apenas com incontinência urinária de esforço). As pacientes com o diagnóstico de CI foram estratificadas em dois grupos de acordo com o grau dos sintomas de dor crônica. Foram selecionados 20 polimorfismos para análise: rs1800871, rs1800872, rs1800896, rs1800471, rs1800629, rs361525, rs1800497, rs6311, rs6277, rs6276, rs6313, rs2835859, rs11127292, rs2243248, rs6887695, rs3212227, rs1799971, rs12579350, rs3813034, rs6746030. A genotipagem foi realizada através da técnica de PCR em tempo real (q-PCR) e correlacionada com o diagnóstico de CI e com a intensidade dos sintomas álgicos. RESULTADOS: O alelo polimórfico (T) do SNP rs11127292 foi mais frequente nas pacientes com CI em relação ao grupo controle (p:0,01). O alelo polimórfico (T) do SNP rs6311 foi significativamente mais frequente nas pacientes com dor mais intensa (p:0,03). A frequência do alelo selvagem (A) do SNP rs1799971 foi maior em pacientes com dor leve a moderada (p:0,04). CONCLUSÕES: Foram identificadas algumas diferenças na frequência dos polimorfismos nas pacientes estudadas, o que sugere a existência de um papel relevante dos SNP associados tanto à CI quando na intensidade dos sintomas de dor crônica nestas pacientes / INTRODUCTION: Interstitial cystitis (IC) or painful bladder syndrome (PBS) is a chronic syndrome characterized by the presence of bladder/pelvic pain or discomfort and voiding symptoms such as urgency and increased urinary waking and night-time frequency in the absence of another identifiable cause to justify these symptoms. So far, there is no diagnostic test or marker to establish the presence of IC. Thus, the diagnosis is predominantly clinical, based on signs and symptoms and dependent on the exclusion of other urological diseases. The difficulty in the diagnosis and treatment of these patients reflects the little that is known about IC physiopathology and about the genetic background of the disease. The identification of new markers may provide a better understanding and management of the syndrome. As an attempt to identify genetic markers that may be associated with IC, we evaluated the presence of some genetic polymorphisms, single nucleotide polymorphisms (SNPs), in the DNA of patients with the diagnostic criteria of IC, and we compared their prevalence among IC patients and with a control group representative of the general population. The correlation of these polymorphisms considering IC and pain intensity in these patients has not been studied in the literature. OBJECTIVES: To assess the presence of polymorphisms (SNPs) in blood samples from IC patients and to correlate the presence of polymorphisms with chronic pain. METHODS: Thirty-four female patients with a diagnosis of IC according to the NIDDK criteria and 23 control subjects (healthy women with stress urinary incontinence) were selected. Patients with the diagnosis of IC were stratified into two groups according to the degree of symptoms of chronic pain. We selected 20 polymorphisms for analysis: rs1800871, rs1800876, rs1800471, rs1800629, rs361525, rs1800497, rs6311, rs6277, rs6276, rs6313, rs2835859, rs11127292, rs2243248, rs6887695, rs3212227, rs1799971, rs12579350, rs3813034, rs6746030. Genotyping was performed using the real-time PCR technique (q-PCR) and correlated with the diagnosis of IC and intensity of pain symptoms. RESULTS: The polymorphic allele (T) of the SNP rs11127292 occurred with more frequency in patients with IC compared to the control group (p= 0.01). The polymorphic allele (T) of SNP rs6311 occurred with more frequency in patients with severe pain (p= 0.03). The frequency of wild-type (A) SNP rs1799971 was higher in patients with mild to moderate pain (p= 0.04). CONCLUSION: The results indicated differences in polymorphism frequency in the patients studied, suggesting the existence of a relevant role of SNPs associated with both IC and intensity of chronic pain symptoms in these patients

Para avaliar a influência dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) do CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 e MDR1 na resposta ao tratamento com R-CHOP e CHOP, 82 pacientes com Linfoma Difuso de Grandes Células B, sem evidências de infecção por HIV, foram selecionados nesse estudo. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA. Os SNPs foram analisados por PCR-RFLP. Em relação aos pacientes que apresentaram resposta completa (RC) ao tratamento (70%), 51% foram tratados com R-CHOP. Sobre o tratamento, 50% dos pacientes com RC apresentaram classificação de ECOG 0-1 (p=0,0193) e a maioria desses pacientes (41%) não apresentaram envolvimento extranodal (p=0,0377). Não houve associação entre os SNPs do CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 e MDR1 (C3435T) e as variáveis estudadas. Apenas CYP3A5 (sexo p=0,0519), GSTM1 (idade p=0,016; tratamento p=0,0372), GSTP1 (envolvimento extranodal p=0,0307), PON1 (sintomas B p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (sexo p=0,0316) mostraram associação. Em relação à sobrevida global, apenas tratamento (p=0,0129), IPI (p=0,000342), idade (p=0,0155), estadiamento (p=0,00281) e ECOG (p=0,00869) apresentaram resultados significantes. Quanto à sobrevida livre de doença (SLD), apenas idade (p=0,0292), estadiamento (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) apresentaram resultados significantes / To evaluated the influence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of CYP2B6, CYP3A5, GSTM1, GSTP1, GSTT1, PON1, NQO1 and MDR1 in the treatment response with R-CHOP and CHOP, 82 patients with Diffuse Large B-cell Lymphoma, without evidence of HIV infection, were enrolled in this study. Peripheral blood samples were collected for DNA extraction. The SNPs were analyzed by PCR-RFLP. In relation the patients that showed complete response (CR) to the treatment (70%), 51% were treated with R-CHOP. About the treatment, 50% of the patients with CR showed ECOG classification of 0-1 and the most of these patients (41%) did not showed extranodal involvement (p=0,0377). There was no association between CYP2B6, CYP3A5, GSTT1, NQO1 and MDR1 (C3435T) SNPs and the variables studied. Only CYP3A5 (gender p=0,0519), GSTM1 (age p=0,016; treatment p=0,0372), GSTP1 (extranodal involvement p=0,0307), PON1 (B symptoms p=0,0201; Bulky p=0,0148) e MDR1 C1236T (gender p=0,0316) showed association. In relation to overall survival, only treatment (p=0,0129), IPI (p=0,000342), age (p=0,0155), stadiament (p=0,00281) and ECOG (p=0,00869) showed significant results. To disease-free survival, only age (p=0,0292), stadiament (p=0,0402) e ECOG (p=0,0142) showed significant results

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-24T13:20:12Z No. of bitstreams: 1 chyntia_c_d_acosta_ioc_bcm_0014_2010.pdf: 6762215 bytes, checksum: eeda2289ddbc51f6797d64ab1bcdbead (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-24T13:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 chyntia_c_d_acosta_ioc_bcm_0014_2010.pdf: 6762215 bytes, checksum: eeda2289ddbc51f6797d64ab1bcdbead (MD5) Previous issue date: 2010 / CNPq Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud-Universidad Nacional de Asunción (IICS-UNA) / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A tuberculose (TB) é uma importante causa de mortalidade, sendo Mycobacterium tuberculosis (Mtb) o agente etiológico. Globalmente a família “Latin American- Mediterranean” (LAM) é responsável por aproximadamente 15% dos casos de TB. Dentro desta família, recentemente foi descrito um novo polimorfismo caracterizado por uma deleção de 26,3 kb e designado como LSP RDRio. Esta linhagem é freqüente (30%) no Rio de Janeiro e dados preliminares sugerem que cepas pertencentes a este genótipo apresentam maior virulência. Neste contexto, é de grande importância avaliar a distribuição e transmissibilidade deste genótipo em nível regional e global. O presente estudo descritivo teve como objetivo, primeiramente, estudar a variabilidade genética entre isolados de Mtb do Paraguai, da Argentina e da Venezuela pelas técnicas de Spoligotyping e MIRU-VNTR 12loci, países onde existe pouca informação sobre a presença e natureza de genótipos de Mtb. Outro foco abordado foi o estudo da família LAM, que alberga genótipos de grande importância em nível regional. Para detectar esta família recentemente foi descrito um novo marcador genético que implica o estudo da presença do SNP Ag85C (G103A) por PCR-RFLP. Este marcador pode servir como complemento ao método de Spoligotyping, para ajudar a classificar certos spoligotypes mal definidos ou convergentes. O mesmo pode também constituir uma alternativa rápida e simples para detectar isolados LAM, o que pode ser de grande importância para países de menos recursos. Finalmente, estudamos a freqüência da linhagem RDRio ao analisarmos além da presença do LSP RDRio, outros marcadores para esta linhagem como a deleção de RD174, a presença de 2 cópias alélicas no MIRU 2 e 1 cópia no MIRU 40 e genótipo LAM. Quanto ao primeiro objetivo, foi observada uma distribuição ampla diferença nas famílias de spoligotyping, de acordo com a região estudada. A maior taxa de agrupamentos de isolados observou-se na população de isolados venezuelanos, sugerindo um processo de transmissão contínua ou introdução de algumas linhagens muito tempo atrás. Quanto ao segundo objetivo, foi observado um comportamento variado do SNP Ag85C em referência ao seu papel como marcador da família LAM. Nos isolados paraguaios e venezuelanos houve um grau significativo de concordância com os resultados de spoligotyping enquanto nos pacientes argentinos houve baixa concordância. A relação entre a presença do SNP Ag85C (G103A) e o genótipo LAM, entretanto deve ser melhor estudada. Finalmente, foi observada a presença da linhagem RDRio nos três países, com maior frequência na Venezuela. A baixa freqüência no Paraguai chama a atenção e deve ser mais bem estudada. As características genéticas da linhagem RDRio, salvo poucas exceções, estiveram presentes nos isolados dos três países estudados. Após construção de árvores tipo MST com base nos spoligotypes, observamos, como previsto, a família LAM9 como nodo central que contem a linhagem RDRio e do qual derivam os outros subtipos da família LAM. No entanto, os agrupamentos dos isolados RDRio nos MST de MIRU-VNTR devem ser melhor estudados. Concluindo, no presente estudo descrevemos os genótipos circulantes de Mtb nos três países estudados. Os resultados geraram perguntas interessantes que devem ser abordados no futuro. / Tuberculosis (TB) still remains an important cause of death and its etiological agent is Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Globally the “Latin American-Mediterranean” (LAM) accounts for 15% of the TB cases. Within this family, recently a new Long Sequence Polymorphism has been described, characterized by a 26,3kb deletion and assigned as RDRio-LSP. Currently this lineage constitutes the predominant clade (30%) of TB cases in Rio de Janeiro, and preliminary studies suggest that strains belonging to this genotype present enhanced virulence. Consequently it is of considerable importance to evaluate the distribution and the transmissibility of this genotype regionally as well as globally. The present descriptive study had three main objectives, starting with the study of the genetic variability of the Mtb strains of three Latin-American countries, Paraguay, Argentina, and Venezuela, with little information about the presence and nature of Mtb genotypes; by using spoligotyping and MIRU-VNTR 12 loci. The other focus was on the LAM family, which regionally is of extreme importance. To detect this family recently a new genetic marker has been described, which involves the detection of the SNP Ag85C (G103A) by PCR-RFLP. This marker allows classifying ill defined spoligopatterns or convergent spoligopatterns and it constitutes a simple and fast method, thus an important alternative in low resource countries. Finally our third goal was to study the prevalence of the RDRio lineage by analyzing the RDRio-LSP as well as other markers like the deletion of RD174, 2 allelic copies in MIRU 2 and 1 in MIRU 40, as well as LAM genotype. Regarding the first objective, the population structure obtained by spoligotyping varied considerably according to the geographical location.The highest clustering rate was detected within strains from Venezuela. As for the second objective, we observed a variable behavior of the SNP Ag85C as a marker for the LAM family. Both in strains from Paraguay and Venezuela, the marker had a significant concordance when compared with spoligotyping results. Nevertheless within Argentinean strains, the opposite was observed. Thus, the relationship between the presence of the Ag85C (G103A) SNP and the LAM genotype must be further studied. As for the third objective, we observed the presence of the RDRio lineage within the three countries, but with the highest prevalence in Venezuela. The low prevalence observed within Paraguayan strains deserves more studies. The genetic characteristics of the RDRio lineage were present within the RDRio strains of the three countries, with some few exceptions. Expectedly the construction of MST trees allowed us to observe a central node of the LAM9 family that contained the RDRio lineage and of which other sub-types of the LAM family derived. The nodes observed within the MST based on MIRU, must be further analyzed. In conclusion, we managed to describe the genotypes circulating within the three studied countries. From the results obtained, interesting questions were posed that should be analyzed in the future.