Made available in DSpace on 2015-12-06T23:45:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Paracoccidioidomicose (PCM) é uma doença granulomatosa sistêmica causada pelo fungo dimórfico térmico Paracoccidioides brasiliensis. O principal antígeno desse fungo é uma glicoproteína de 43-KDa. Gp43 possui diferentes funções: participa do mecanismo de evasão durante a instalação da infecção primária e estimula formação de granuloma in vitro, apresentando epítopos reconhecidos por células T que induzem resposta protetora contra o P. brasiliensis. Aqui, investigamos quais epítopos da gp43 poderiam diminuir a função fagocítica de macrófagos e a reação inflamatória correspondente. Diferentes peptídeos da gp43 foram adicionados a culturas de macrófagos derivados de medula óssea. Posteriormente, foram desafiados com zymosan e os índices fagocíticos foram determinados. A expressão dos peptídeos na superfície da molécula foi determinada por análises gráficas usando o módulo Protean; DNAstar Inc. Dois peptídeos que diminuíram índices fagocíticos e estavam expressos na superfície da gp43, P4 e P23, foram selecionados para ensaios posteriores. Mostramos que ambos, P4 e P23 inibiram a liberação de NO por macrófagos estimulados com zymosan enquanto aumentaram liberação de H2O2. A liberação de TNF-α no sobrenadante de cultura de testes fagocíticos in vitro também foi inibida na presença dos peptídeos. Ensaios in vivo com Mycobacterium bovis - bacillus Calmette-Guérin (BCG) demonstraram que estes peptídeos também apresentaram propriedades antiinflamatórias não-específicas a PCM. / Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic granulomatous disease caused by Paracoccidioides brasiliensis, a thermal dimorphic fungus. Its major antigen is a 43-kDa glycoprotein. Gp43 embodies different functions: it participates in the evasion mechanisms during the installation of primary infection and stimulates granuloma-like formation in vitro, presenting T-cell epitopes that induce protective response against the fungus. Here, we investigated which epitopes from gp43 could inhibit both, macrophage functions and inflammatory reaction. Different gp43 peptides, spanning the entire sequence of the molecule, were added to cultures of bone marrow-derived macrophages. After challenge with zymosan, phagocytic indexes were measured. Peptides expressed on the molecule surface were determined by graphic analysis using the Protean module; DNAstar Inc. Two peptides which decreased phagocytic index and were expressed in surface of molecule, P4 e P23, were selected for further studies. It was shown that both, P4 e P23 inhibited the release of NO by zymosan stimulated macrophages while enhancing release of H2O2. The release of TNF-α in culture supernatants from in vitro phagocytic tests was also inhibited in their presence. In vivo assays with Mycobacterium bovis - bacillus Calmette-Guérin (BCG) demonstrated that these peptides also presented non-specific anti-inflammatory property. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-29 / Os produtos de reações e os mecanismos envolvidos na radiólise de macromoléculas de relevância fisiológica têm sido objetos de diversos estudos. Estes fatores são conhecidos por atuarem em diversos tipos de patologias no organismo humano. Como uma das fontes de geração de radicais livres em solução pode ser obtida pela ação da radiação ionizante, decidiu-se nesta tese, avaliar-se o efeito da irradiação de alguns peptídeos de importância fisiológica. A parte preponderante deste trabalho envolveu o estudo dos peptídeos vasoativos angiotensina II (DRVYIHPF, AngII) e bradicinina (RPPGFSPFR, BK). Foram realizadas irradiações com doses variando entre 1 e 15 kGy, nas quais foram observadas uma progressiva degradação de suas estruturas em função da dose de radiação. Notou-se neste processo, a formação de subprodutos que foram purificados e caracterizados por diferentes procedimentos experimentais dentre os quais: HPLC, análise de aminoácidos e espectrometria de massa, e sequenciamento de aminoácidos. Além destes, foram também realizados ensaios de dicroísmo circular (CD) e atividade biológica (contrações musculares). No estudo da AngII, foram isolados três análogos: Tyr 8 -AngII, m-Tyr 8 -AngII, e Lys 6 -AngII. Quanto ao estudo da BK, notou-se novamente a transformação do resíduo de Phe em Tyr e m-Tyr, mas apenas ocorrendo com o resíduo de Phe 8 e não Phe 5 da estrutura da BK. Este dado, de grande relevância, indica que o efeito da radição é sequência dependente. Vale a pena ressaltar que não se observou alterações simultâneas tanto na AngII quanto na BK. Os produtos isolados sempre contiveram apenas uma destas alterações mencionadas. Além destes peptídeos, foram estudados em caráter preliminar, a angiotensina I (DRVYIHPFHL, AngII, o hormônio liberador de melanócito (acetil-SYSMEHFRWGKV- amida, α-MSH), e dois análogos marcados com o spin label TOAC (ácido 2,2,6,6- tetrametilpiperidina-1-oxil-4-amino-4-carboxílico) na posição 1 (AngII) e na posição 3 (BK). Em comum, todos os peptítdeos mostraram uma degradação não linear e em função da dose de radiação. Observou-se também um acréscimo de massa de 16 Da em relação ao peptídeo nativo nos subprodutos encontrados nos peptídeos que apresetaram a formação de subprodutos. Foi também realizado um estudo com soluções equimolares de L-aminoácidos livres no qual foi observado apenas um decréscimo dose-dependente dos aminoácidos Cys e Met, nas condições estudadas. Em conclusão, este tipo de projeto de pesquisa parece ser promissor no sentido de poder-se continuar com os estudos já iniciados e que poderão levar a um esclarecimento mais aprofundado do efeito da irradiação e, por conseguinte, do mecanismo de ação dos radicais livres gerados em solução. Estes achados poderão ser, portanto, relevantes para estudos de diferentes tipos de processos fisiológicos que ocorrem no organismo animal. Além do mais, esta estratégia experimental desenvolvida no presente estudo, pode ser de grande relevância para a produção de novas drogas terapêuticas, pois como foi observado, podem se gerar derivados peptídicos não usuais e, portanto de difícil obtenção pelos métodos convencionais envolvendo a síntese de peptídeos (e por extensão, de proteínas) / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:57:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 328475.pdf: 3063304 bytes, checksum: c11cc6052fc237214b9f5937ae016e5f (MD5) Previous issue date: 2014 / Os vírus de genoma RNA apresentam uma ampla variabilidade genética, devido à alta taxa de mutação intrínseca associada à polimerase viral. Essas mutações ocorrerem de forma randômica, mas a variabilidade é desigual ao longo do genoma, pois mutações que resultam em efeitos deletérios sobre a aptidão são restritas. Dessa forma, o genoma é marcado por regiões permissivas para múltiplas mutações e locais críticos para estrutura e função viral. Dentre essas regiões críticas, vários trabalhos demonstraram que mutações na proteína do envelope (E) dos Dengue virus (DENV) têm impacto na aptidão e infectividade viral. Além de ser a proteína mais abundante da superfície do virion e seu principal determinante antigênico, a proteína E participa dos processos de adsorção e fusão do virion nas células hospedeiras, sendo essencial para a replicação do vírus. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a conservação e o papel do peptídeo E250-270 na infectividade dos DENV, através da síntese de vírus recombinantes mutantes. Inicialmente uma análise foi feita de modo a desenhar mutações que impactassem a sua estrutura secundária, ou interferissem com possíveis interações entre proteínas. Os fragmentos de DNA contendo essas mutações foram sintetizados e inseridos em um clone infeccioso do DENV-1, sorotipo BR/90, e então testados em ensaios de transfecção. Surpreendentemente, o vírus recombinate vBACMutJ, demonstrou um de nível replicação e espalhamento reduzido, em células de humanos e insetos, quando comparado ao selvagem, sugerindo que as mutações na sequência de E250-270 reduzem a infectividade viral.<br> / RNA viruses exhibit wide genetic variability due to the high intrinsic rate of mutation associated with viral polymerase. These mutations occur randomly, but the variability is uneven along the genome, since mutations that result in deleterious effects on fitness are limited. Thus, the genome is marked by regions permissive for multiple mutations, and critical sites for viral structure and function. Among these critical regions, several studies have shown that mutations in Dengue virus (DENV) envelope protein (E) impair viral fitness and infectivity. Besides it is the most abundant protein on the surface of the virion and its main antigenic determinant, the E protein participate in the process of adsorption and fusion into the host cell, and is essential for virus replication. In this context, the aim of this study was to evaluate the conservation and the role of the peptide E250-270 on DENV infectivity, through the synthesis of mutant recombinant viruses. Initially, an in depth analysis was performed in order to design mutations that would either disrupt its secondary structure or interfere with possible protein/protein interactions. DNA fragments containing these mutations were synthesized and inserted into an infectious clone of DENV-1, serotype BR/90, and then tested in transfection assays. Surprisingly, the recombinant virus vBACMutJ demonstrated a very low level of replication and spread, in human and insect cells, when compared to the wild type, suggesting that mutations in the sequence of E250-270 reduced the viral infectivity.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000032.pdf: 4330648 bytes, checksum: bd80b9612f7455644b3a3466bb6b9b7e (MD5) Previous issue date: 2007 / As infecções pelo vírus dengue têm se tornado um problema crescente de Saúde Pública em regiões tropicais e subtropicais do mundo. O vírus pertence à família Flaviviridae com quatro sorotipos antigenicamente distintos (DENV-1 a DENV-4). Uma possível estratégia para evitar a patogenia associada com uma vacina para o dengue (que deve ser tetravalente), seria a construção de uma vacina quimérica composta de epítopos críticos selecionados dos quatro sorotipos. A maioria dos epítopos envolvidos na neutralização do vírus está presente na glicoproteína E do envelope, que é a maior proteína de superfície da partícula viral. O objetivo deste trabalho foi identificar epítopos de célula B na glicoproteína E do vírus dengue sorotipo 3. Para o mapeamento de epítopos imunodominantes, noventa e cinco peptídeos (15-mers cada, sobreposição de 10) foram sintetizados (Synpep, California-USA), a partir da sequência de 490 aminoácidos da glicoproteína E do envelope do DENV-3, de cepa circulante no Brasil. Estes peptídeos foram testados por ELISA contra um pool de soros de pacientes positivos e negativos para dengue, coletados durante a fase de convalescença da infecção por DENV-3. Os resultados mostraram que os soros de humanos reagiram com onze, dos noventa e cinco peptídeos testados, distribuídos em 5 regiões com aminoácidos na posições 51-65 (peptídeo 11), 71-90 (peptídeos 15 e 16), 131-170 (peptídeos 27, 28, 29, 30, 31 e 32), 196-210 (peptídeo 40) e 246-260 (peptídeo 50). A análise da curva ROC mostrou que, dentre os peptídeos identificados, nove seriam capazes de diferenciar entre pacientes com DENV-3 de pacientes não-dengue e três capazes de diferenciar a infecção por DENV-3 daquelas por outros sorotipos virais (DENV-1 e DENV-2). Os epítopos imunodominantes aqui descritos, junto com outros epítopos bem documentados, são potencialmente relevantes para o desenho de uma vacina para o vírus dengue e para o desenvolvimento de kits de diagnóstico específicos

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2013-05-23T18:32:40Z No. of bitstreams: 1 TESE_Armando_de_Menezes_Neto_2012.pdf: 13065237 bytes, checksum: bdac30d844b06bec6a790e23fa724740 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-23T18:32:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_Armando_de_Menezes_Neto_2012.pdf: 13065237 bytes, checksum: bdac30d844b06bec6a790e23fa724740 (MD5) Previous issue date: 2012 / O peptídeo sinal é um motivo encontrado, geralmente, na extremidade N-terminal de proteínas e a sua presença determina a entrada na via clássica de transporte intracelular, após a translocação da proteína para o lúmen do retículo endoplasmático. Portanto, a presença ou ausência do peptídeo sinal influencia a função biológica de uma proteína ao ser um fator determinante da sua localização subcelular. Como a conservação de função entre proteínas ortólogas é esperada, foi hipotetizado que a localização subcelular e, consequentemente, a presença do peptídeo sinal deveriam, também, se apresentar conservadas. Partindo desta premissa, as predições de peptídeo sinal em proteínas ortólogas de cinco espécies de Plasmodiumforam analisadas. Predições de peptídeo sinal (SignalP) e informações de ortologia (OrthoMCL-DB) para proteínas de cinco espécies do gênero Plasmodium(Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium knowlesi, Plasmodium bergueie Plasmodium yoelii) foram combinadas em uma estratégia inovadora, visando a identificação de grupos de proteínas ortólogas que apresentam predições de peptídeo sinal divergentes (grupos Mistos). As proteínas pertencentes a estes grupos foram submetidas a uma análise comparativa baseada na inspeção visual de alinhamentos múltiplos e de modelos gênicos e regiões genômicas flanqueadoras da extremidade N-terminal. Novos modelos gênicos foram sugeridos para aquelas proteínas que apresentavam prováveis erros de anotação de sequência, especialmente na região N-terminal. Alguns dos novos modelos gênicos foram validados por RT-PCR. Os resultados da inspeção visual foram usados para treinar uma Máquina de Suporte de Vetores (Support Vector Machine) com o objetivo de classificar grupos Mistos em: (1)Com erros de anotação ou (2)Sem erros de anotação. O SVM foi aplicado para classificar os grupos Mistos de cinco bancos de dados, montados a partir de vinte e duas espécies. Os grupos contendo proteínas com predições de peptídeo sinal divergentes apresentaram uma alta taxa de erros de anotação. Um total de 478 proteínas de Plasmodiumforam reanotadas sendo que a maioria apresentou inversões das suas predições de peptídeo sinal originais, representando um impacto significativo no conjunto final de proteínas destinadas à via clássica de transporte intracelular, principalmente para Plasmodium vivaxe Plasmodium yoelii. O classificador baseado nos dados da inspeção visual se mostrou bastante flexível e robusto, apresentando uma performance boa e consistente mesmo frente a cenários variados de agrupamento de espécies. A metodologia proposta introduz uma abordagem simples, porém promissora, para a realização de tarefas de curadoria e controle de qualidade dos dados de anotação de sequências proteicas em uma escala genômica. Os resultados do classificador definem a base para seu desenvolvimento em uma ferramenta computacional e os resultados das reanotações em Plasmodiumimpactarão a busca por novos alvos vacinais e quimioterápicos. / Signal peptide is a motif usually found in the N-terminal end of proteins and its presence directs proteins to enter the classical intracellular transport pathway, after their co-translational translocation to the endoplasmic reticulum lumen. Therefore, the presence or absence of a signal peptide plays an indirect role in defining the biological function of a protein, as it is a determinant of subcellular localization. Since function is usually conserved among orthologous proteins, it has been hypothesized that subcellular localization and, consequently, signal peptide status are expected to behave accordingly. Based on this premise, signal peptide predictions among orthologous proteins from five Plasmodium species were analyzed. Signal peptide predictions (SignalP) and orthology information (OrthoMCL-DB) for proteins from five Plasmodiumspecies (Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax, Plasmodium knowlesi, Plasmodium bergueiand Plasmodium yoelii) were combined into an innovative strategy, intending the identification of groups of orthologous proteins showing diverging signal peptide predictions (Mixed groups). The proteins belonging to these groups were submitted to a comparative analysis based on visual inspection of multiple alignments and of gene models and their upstream flanking regions. New gene models were proposed for those proteins presenting putative sequence misannotations, especially in their N-terminal region. Some of the new gene models were validated through RT-PCR. Results from the visual inspection were used to train a Support Vector Machine to be able to classify Mixed groups into: (1)With misannotations and (2)Without misannotations. The SVM was applied in the classification of Mixed groups from five datasets, built from twenty-two species. Groups featruing proteins with diverging signal peptide predictions showed an elevated rate of misannotations. A total of 478 Plasmodiumproteins were reannotated, and most had their original signal peptide predictions inverted, representing a significant impact in the final set of proteins destined to the classical intracellular transport pathway, especially for Plasmodium vivaxand Plasmodium yoelii. The classifier based on the visual inspection data was shown to be flexible and robust, performing well and consistently even when dealing with highly ecletic species clusterings. The proposed methodology introduces a simple yet promising approach to the tasks of curation and quality control of annotation data from proteins sequences in genomic scale. The classifier's results define the groundwork for its development into a computational tool and the reannotations results for Plasmodiumproteins shall impact the search for new vaccine and drug targes.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:35:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 bruno_nunes_ioc_mest_2014.pdf: 2295523 bytes, checksum: ae908a52d5c21a69d898434ee645c5cf (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Insetos são expostos a diversos microrganismos patogênicos durante seu ciclo de vida. Para sobreviverem a riscos de infecções, os insetos possuem várias barreiras e respostas imunes. O sistema imune de insetos é basicamente composto por vias de sinalização que controlam uma diversidade de mecanismos efetores, deste modo permitindo o controle da maior parte das infecções. Assim como em outros organismos, há três principais vias de sinalização relacionadas à imunidade em insetos: Toll, Imd e Jak/STAT. Nosso objetivo foi caracterizar estas vias imunes em L. longipalpis, o principal vetor da leishmaniose visceral no Brasil. Para isto, nós transfectamos células embrionárias LL5 de L. longipalpis com RNA dupla fita para os genes repressores cactus (Toll), caspar (Imd) e pias (Jak/STAT). Usando esta abordagem, foi possível correlacionar a expressão dos peptídeos anti-microbianos (AMPs) com as vias correspondentes. Nós vimos que cecropina e defensina 4 foram reguladas positivamente após transfecção com RNA dupla fita para cactus e caspar, mostrando regulação redundante pelas vias Toll e Imd. Nós também silenciamos o gene cactus em insetos adultos. Diferente do que foi observado em células LL5, atacina, cecropina e defensina 4 foram reguladas negativamente após o silenciamento. É possível que este resultado seja explicado pelo efeito de uma alça de regulação negativa da via Toll, de modo a preservar a microbiota na ausência de estímulo imune Além disso, nós avaliamos a resposta de genes de imunidade durante a infecção por Leishmania infantum chagasi em insetos adultos. Cactus foi regulado positivamente 48 horas após infecção, demonstrando o papel da via Toll em resposta à infecção por Leishmania. A expressão de SHP-1 foi modulada durante a infecção, com aumento significativo da expressão, em 48 horas. Este resultado sugere que, assim como em macrófagos, Gp63 ativa SHP-1, do hospedeiro invertebrado e, com isso, inibe a via Toll, possivelmente imunossuprimindo o flebotomíneo. Os AMPs atacina, cecropina e defensina 4 mostraram aumento significativo da expressão 72 horas após infecção, quando o parasita interage diretamente com o epitélio intestinal do flebotomíneo. A carga parasitária diminuiu significativamente nos terceiro e quarto dias, provavelmente devido ao aumento da expressão de AMPs nestes pontos. Estes resultados indicam que esses genes são regulados pelo flebotomíneo em resposta a presença de Leishmania, e que podem causar impactos na sobrevivência do parasita no intestino do inseto durante a infecção / nsects are exposed to a wide range of pathogenic microorganisms during their life cycle. In order to survive infection risks, insects developed several structural barriers and immune responses . The insect immune system is basically composed of signaling pathways that control a diversity of effector mechanisms, thus allowing control of most infections. As found in other organisms, there are three main signaling pathways related to immunity in insects: Toll, Imd and Jak/STAT. Our purpose was to characterize these immune pathways in L. longipalpis, the main vector of visceral leishmaniasis in Brazil. For this, we transfected L. longipalpis embryonic LL5 cells with dsRNA for the repressor genes cactus (Toll), caspar (Imd) and PIAS (Jak/STAT). Using this approach, it was possible to correlate the expression of AMPs to corresponding pathways. We found that cecropin and defensin 4 were upregulated after t ransfection by dsRNA for cactus and caspar, showing redundant regulation via the Toll and IMD pathways. We also silenced the cactus gene in adult insects by dsRNA. U nlike what was observed in LL5 cells , attacin, cecropin and defensin 4 genes were downregul ated after silencing. This result might be explained by the effect of a negative regulation loop via Toll, to preserve the microbiota in the absence of immune stimulation. Furthermore, we assessed the response of immunity genes upon Leishmania infantum cha gasi infection in adult insect. Cactus was upregulated at 48 hours after infection, demonstrating the role of the Toll pathway in response to Leishmania infection. The SHP - 1 expression was modulated during infection , with a significant increase in expressi on at 48 hours. This result suggests that, like in macrophages , Leishmania Gp63 activates SHP - 1 of the invertebrate host and thereby inhibits the Toll pathway , possibly immunosuppressing the sandfly . The AMPs attacin, cecropin and defensin 4 showed signifi cant increase in expression at 72 hours after infection, when the parasite is interacting closely with the sand fly intestinal epithelium . The parasite load decreased significantly on the third and fourth days after infection , probably due to increasead AM Ps expression at this point. These results indicate that these genes are regulated by the sand fly immune response upon the presence of Leishmania , which may have an impact on parasite survival in the insect gut during infection

JUCÁ, T. L. Prospecção molecular e análise funcional de short-peptides vegetais. 2014. 173 f. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Centro de Ciências, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2015-01-22T18:02:32Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_tljuca.pdf: 7534508 bytes, checksum: 1ab832abd85ba27070b7ce083f40fe2d (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2016-03-18T22:49:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_tljuca.pdf: 7534508 bytes, checksum: 1ab832abd85ba27070b7ce083f40fe2d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-18T22:49:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_tljuca.pdf: 7534508 bytes, checksum: 1ab832abd85ba27070b7ce083f40fe2d (MD5) Previous issue date: 2014 / An increasing number of peptides isolated from a range of tissue plants have highlighted these molecules as a potential study target. Those peptides demonstrate a large functional variety and, therefore, have been frequently described in the scientific literature of the last years. The present work reports a molecular prospecting and functional characterization of plant "short-peptides". Initially, the Calotropis procera latex was partitioned into five fractions: hexane (49.4%), dichloromethane (5.2%), ethyl acetate (2.0%), butanol (2.1%) and aqueous (41.1%) (Chapter 1). The phytochemical profile and the spectroscopic analysis showed that the dichloromethane fraction was chemically the most heterogeneous. The dichloromethane and ethyl acetate fractions showed in vitro cytotoxicity against tumor cell lines (LD50 ranging from 0.05 to 3.9 mg/mL) and in vivo citotoxity against the crustacean Artemia salina (LD50 ranging from 10.9 to 65.7 mg/mL). These same fractions showed anti-inflammatory activity in carrageenan-induced peritonitis model in rats, associated to an inhibition of neutrophil migration for the dichloromethane (67%) and ethyl acetate (56%) fractions. A positive reaction with tolidine and ninhydrin suggests the presence of cyclopeptides in the bioactive ethyl acetate fraction. In Chapter 2, twenty primary sequences of peptides derived from the 1 fraction of Jatropha curcas seeds were deduced by de novo sequencing and confirmed by searches against genomic Jatropha database. The comparison of MS/MS fragmentation patterns between the doubly charged ion (671.79 m/z) found in fractions 1 and PII-C and its analogue synthetic peptide has shown that the use of additional analytical steps for the identification and characterization of these peptides would be not necessary. The BlastP search tool showed that the sequence APTLSGGSVPRDAD is homologous to and it is inserted into the conserved domain of the late embryogenesis protein (LEA_6). In Chapter 3, the two analogues synthetic peptides, linear (1342.44 g/mol) and cyclic (1324.44 g/mol), obtained by solid phase synthesis, showed differences that characterize their arrangement when compared to the pattern fragmentation by MS/MS and ion mobility. The net charge and the retention time had similar physicochemical parameters in both peptides. Dichroism circular studies showed the presence of a disordered state to both peptides. The biological assays of peptides showed no apparent signs of functional activity, however this fact do not exclude the possibility to test additional biological models. The results arising from this study generate new prospects and provide a basis for further work aiming the isolation and characterization of peptides in C. procera and J. curcas species. / Um número crescente de peptídeos isolados a partir dos mais diversos tecidos vegetais tem destacado essas moléculas como alvo potencial de estudo. Estes peptídeos apresentam uma grande diversidade funcional e, por isso, vem sendo descritos frequentemente na literatura científica dos últimos anos. No presente trabalho são relatadas a prospecção molecular e caracterização funcional de “short-peptides” vegetais. Inicialmente, o látex de Calotropis procera foi particionado, gerando cinco frações: hexânica (49,4%), diclorometano (5,2%), acetato de etila (2,0%), butanólica (2,1%) e aquosa (41,1%) (Capítulo 1). O perfil fitoquímico e as análises espectroscópicas mostraram que a fração diclorometano foi quimicamente a mais heterogênea. As frações diclorometano e acetato de etila apresentaram toxicidade in vitro contra linhagens de células tumorais (DL50 variando de 0,05 a 3,9 µg/mL) e, in vivo, contra o crustáceo Artemia salina (DL50 variando de 10,9 a 65,7 µg/mL). Estas mesmas frações apresentaram atividade antiinflamatória no modelo de peritonite induzida por carragenana em ratos, associadas a uma inibição da migração de neutrófilos de 67% (diclorometano) e 56% (acetato de etila). A reação positiva com tolidina e ninidrina sugere a presença de ciclopeptídeos na fração bioativa acetato de etila. No Capítulo 2, vinte e uma sequências primárias de peptídeos, oriundas da fração 1 de sementes de Jatropha curcas, foram deduzidas por meio de sequenciamento de novo e confirmadas através de buscas contra um banco de dados genômico de Jatropha. A comparação do padrão de fragmentação por MS/MS entre o íon duplamente carregado de m/z de 671,79, presente nas frações 1 e PII-C, e um peptídeo sintético, análogo àquele, mostrou que o uso de passos analíticos adicionais para a identificação e caracterização destes peptídeos não seria necessário. A ferramenta de busca BlastP mostrou que a sequência APTLSGGSVPRDAD apresenta homologia e está inserida no domínio conservado das proteínas de embriogênese tardia (LEA_6). No Capítulo 3, os dois peptídeos sintéticos análogos, linear (1342,44 g/mol) e cíclico (1324,44 g/mol), obtidos por síntese química em fase sólida, mostraram diferenças que caracterizam seus arranjos, quando comparados pelo padrão de fragmentação por MS/MS e mobilidade iônica. O estado de carga e o tempo de retenção foram similares, do ponto de vista físico-químico. Os estudos de dicroísmo circular mostraram a presença de um estado desordenado para os peptídeos. Os ensaios biológicos com os peptídeos não revelam sinais aparentes de atividade funcional, porém não se pode descartar a possibilidade de que modelos biológicos adicionais sejam testados. Os resultados advindos deste estudo geram novas perspectivas e servem de base para a realização de trabalhos subsequentes que tratem do isolamento e caracterização de peptídeos nas espécies Calotropis procera e Jatropha curcas.

Peptídeos bioativos são foco de pesquisas devido ao interesse relacionado a suas propriedades antioxidantes, anti-hipertensivas, entre outras. Enzimas proteolíticas microbianas aparecem como potentes biocatalisadores para a obtenção de hidrolisados protéicos e peptídeos bioativos em escala industrial/comercial. Neste estudo, hidrolisados de caseinato ovino e soro de queijo ovino foram produzidos utilizando enzimas proteolíticas de Bacillus sp. P7, e as atividades antioxidantes (sequestro de radicais, atividade quelante de ferro e poder redutor), antimicrobiana e anti-hipertensiva (inibição da enzima conversora de angiotensina-I (ECA)) dos hidrolisados foram avaliadas. A atividade antioxidante dos hidrolisados de caseinato ovino, quando avaliada pelo método da captura do radical ácido 2,2’-azinobis-(3-etil-benzotiasolina-6- ácido sulfônico) aumentou com o tempo de hidrólise em até 2 h, mantendo-se estável durante 4 h. Os hidrolisados mostraram baixa capacidade em capturar o radical 2,2-difenil-1-picrilidrazila (DPPH), apresentando maior atividade (31%) após 1 h de hidrólise. A capacidade de quelação de Fe2+ foi máxima em 0,5 h de hidrólise (83,3%), decrescendo em seguida, e o maior poder redutor foi observado após 1h de hidrólise. A inibição da atividade da ECA aumentou até 2h de hidrólise (94% de inibição), diminuindo após esse tempo. Hidrolisados após 3h mostraram inibir a multiplicação de Bacillus cereus, Corynebacterium fimi, Aspergillus fumigatus, e Penicillium expansum. Nos hidrolisados de soro de queijo ovino a proteína solúvel e aminoácidos livres tenderam a aumentar durante o tempo de hidrólise por até 4h. A atividade antioxidante dos hidrolisados avaliados pelo método da captura do radical ácido 2,2’-azinobis-(3- etil-benzotiasolina-6-ácido sulfônico), aumentou de 0h (15,9%) para 6h (51,3%). A máxima quelação de Fe2+ foi observada em hidrolisados após 3h, e o pico do poder redutor em 1h de hidrólise, representando aumentos de 6,2 e 2,1 vezes, respectivamente, quando comparado com o soro de queijo não hidrolisado. A inibição da ECA pelo soro de queijo ovino (12%) aumentou através da hidrólise, alcançando valor máximo (55% inibição) em 4h de hidrólise; no entanto, uma inibição de 42% foi observada após 1h de hidrólise. / Bioactive peptides are a focus of research due to the interest related to their antioxidant and antihypertensive properties, among others. Microbial proteolytic enzymes appear as potent biocatalysts to obtain protein hydrolysates and bioactive peptides on an industrial/commercial scale. In this study, ovine cheese whey and ovine caseinate were produced using proteolytic enzymes from Bacillus sp. P7, and the antioxidant (scavenging of the radical, iron-chelating activity, and reducing power), antimicrobial, and antihypertensive (inhibition of the angiotensin-I converting enzyme(ACE)) activities of the hydrolysates were evaluated. Antioxidant activity measured by the 2,2_-azino-bis-(3- ethylbenzothiazoline)-6-sulfonic acid method increased with hydrolysis time up to 2 h, remaining stable for up to 4 h. Hydrolysates showed low 2,2-diphenyl-1- picrylhydrazyl radical scavenging abilities, with higher activity (31%) reached after 1 h of hydrolysis. Fe2+-chelating ability was maximum for 0.5 h hydrolysates (83.3%), decreasing thereafter; and the higher reducing powerwas observed after 1h of hydrolysis. ACE-inhibitory activity was observed to increase up to 2 h of hydrolysis (94% of inhibition), declining afterwards. 3 h hydrolysates were shown to inhibit the growth of Bacillus cereus, Corynebacterium fimi, Aspergillus fumigatus, and Penicillium expansum. Soluble protein and free amino acids tended to increase during hydrolysis of SCW for up to 4 h. Antioxidant activity of hydrolysates, evaluated by the 2,2’azino-bis-(3-ethylbenzothiazoline)-6-sulfonic acid radical scavenging method, increased 3.2-fold from 0 h (15.9%) to 6 h of hydrolysis (51.3%). Maximum Fe2+ chelation was reached in 3-h hydrolysates, and the reducing power peaked at 1 h of hydrolysis, representing 6.2- and 2.1-fold increments, respectively, when compared to that of non-hydrolyzed SCW. ACE inhibition by SCW (12%) was improved through hydrolysis, reaching maximal values (55% inhibition) in 4-h hydrolysates; however, a 42% inhibition was already observed after 1 h of hydrolysis.

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-03-14. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:03Z : No. of bitstreams: 1 000830081_20160101.pdf: 121876 bytes, checksum: 342f21a15b1d2e738af168b1e2467da5 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-01-04T10:26:29Z: 000830081_20160101.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-04T10:28:25Z : No. of bitstreams: 1 000830081.pdf: 809941 bytes, checksum: ea53cd5ef0cec7fb993a2745e82dad53 (MD5) / The antimicrobial peptides LL-37, hBD-1, hBD-2 and hBD-3 are considered an endogenous antibiotic, with important role in the prevention of periodontal diseases due to their ability to regulate the immune response. However those peptides could be degraded by periodontal pathogens. Therefore, therapies able to up regulate the secretion of those peptides by human cells, and the association of antimicrobial peptides with natural compounds, which may act in synergism to modulate the immune response, may be a novel approach for effectively controlling periodontal diseases. The aim of this in vitro study were: i) investigate the ability of green tea extract and EGCG to induce hBD-1 and hBD-2 secretion and gene expression by gingival epithelial cells (B11) and to protect hBDs from degradation by P. gingivalis, ii) A 3D co-culture model of gingival epithelial cells and fibroblasts stimulated with A. actinomycetemcomitans LPS (1 μg/ml) were used to investigated the anti-inflammatory properties of the hBD-3, LL-37, ACPACs and EGCG and to determine whether LL-37 acts in synergy with AC-PACs, EGCG and hBD-3. Gingival epithelial cells were stimulated with green tea extract or EGCG in the presence and absence of specific inhibitors. The secretion and gene expression of hBD-1 and hBD-2 was respectively measured by ELISA and qPCR. The ability of green tea extract and EGCG to prevent hBDs degradation by P. gingivalis present in a bacterial culture supernatant was evaluated by ELISA. A 3D co-culture model composed of gingival fibroblasts embedded in a collagen matrix overlaid with gingival epithelial cells had a synergistic effect with respect to the secretion of IL-6 and IL-8 in response to A. actinomycetemcomitans LPS stimulation compared to fibroblasts and epithelial cells individually. The 3D co-culture model was stimulated with noncytotoxic concentrations of: i) hBD-3 (10 and 20 μM) ...(Complete abstract electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-15. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:49Z : No. of bitstreams: 1 000820049_20160815.pdf: 588270 bytes, checksum: afe0d576cdb35b1831800d1f558c88d0 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-08-15T13:42:02Z: 000820049_20160815.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-08-15T13:42:37Z : No. of bitstreams: 1 000820049.pdf: 2105902 bytes, checksum: 4babbf05a831bb8f239b3365414bc5f7 (MD5) / O sistema ParE-ParD, identificado no plasmídeo RK2 de uma ampla gama de hospedeiros, é um sistema toxina-antitoxina (TA), sendo ParE (103 aminoácidos) a toxina e ParD (83 aminoácidos) a antitoxina. ParD é capaz de neutralizar a ação de ParE pela formação de um complexo estável, que também é eficaz na auto-repressão do operon parDE. ParE possui atividade citotóxica na replicação do DNA por interferir no mecanismo de ação da DNA girase. Diversos estudos demonstraram que ParD consiste de duas regiões estruturalmente distintas: uma N-terminal, bem ordenada que consiste no sitio de ligação do DNA e outra C-terminal, não estruturada, onde sugere-se ocorrer a ligação da toxina. Em relação à ligação com a toxina, um modelo atual de reconhecimento e ligação em sistemas TA invoca uma transição de fases desordenada-ordenada, na parte C-terminal da antitoxina, porém faltam dados que confirmem se este modelo de transição de fases desordenada-ordenada também pode ser aplicado para o sistema ParE-ParD. Neste sentido, este trabalho objetivou o design, a síntese e o estudo de interação de peptídeos derivados da toxina ParE, com peptídeos derivados da antitoxina ParD. Com base nas informações estruturais destas proteínas, sequências peptídicas derivadas de ParE e ParD foram projetadas, com o propósito de encontrar a estrutura mínima de ParD capaz de neutralizar a ação tóxica de ParE. As sequências peptídicas foram sintetizadas pela metodologia de fase sólida, purificadas e analisadas por HPLC e caracterizadas por espectrometria de massas. Os estudos de interação dos peptídeos foram realizados através de ensaios de cromatografia de afinidade e supressão de fluorescência. A fluorescência intrínseca dos peptídeos denominados ParEAC2 e ParEAC3 foi suprimida pelos derivados de ParD, evidenciando a formação de complexos estáveis entre as espécies, resultados... / The ParE-ParD system represents a toxin-antitoxin module of the broad host range plasmid RK2. ParE (103 amino acids) is the toxin, whereas ParD (83 amino acids) constitutes the antidote able to neutralize ParE by forming a stable complex that is also effective in the autorepression of the parDE operon. The ParE toxin inhibits DNA gyrase activity and thereby blocks DNA replication. Several studies have shown that ParD consists of two structurally distinct regions: an N-terminal, orderly, consisting of the DNA binding site and another C-terminus, unstructured, where it is suggested to occur toxin binding. For binding with toxin, a current model of recognition and binding in TA systems invokes a disorder-to-order transition in the antitoxin. Specifically, a disordered region of the free antitoxin is organized into a well-defined secondary structure upon binding to its cognate toxin. But, no available data that proves the application of disorder-to-order transition model for ParE-ParD system. Therefore, this work aims to study the interaction of the ParE protein and its analogues with peptides from ParD antitoxin. Based on the structural information's of these proteins, peptide sequences derived from ParE and ParD were designed in order to find the minimal ParD structure able to neutralize the toxic effect of ParE. The peptide sequences were synthesized by solid phase methodology, purified and analyzed by HPLC and characterized by mass spectrometry. The interaction studies were performed by affinity chromatography and fluorescence quenching assays. The intrinsic fluorescence of the denominated ParEAC2 and ParEAC3 peptides was quenched by ParD derivatives, evidencing complex formation, results confirmed by affinity chromatography assays. Molecular Docking studies demonstrated that the interaction mode of ParEAC3-ParDAC3 complex was consistent with the obtained crystallographic complex ParE-ParD of...