Os Métodos Ágeis surgiram no final da década passada como uma alternativa aos métodos tradicionais de desenvolvimento de software. Eles propõem uma nova abordagem para o desenvolvimento, eliminando gastos com documentação excessiva e burocrática, enfatizando a comunicação, colaboração com o cliente e as atividades que trazem valor imediato na produção de software com qualidade. Por meio de um processo empírico, com ciclos constantes de inspeção e adaptação, a equipe trabalha sempre num ambiente de melhoria contínua. Uma das atividades propostas pela Programação Extrema (XP) para guiar a equipe em direção à melhoria é conhecida como tracking. O papel do tracker é coletar métricas para auxiliar a equipe a entender o andamento do projeto. Encontrar maneiras eficazes de avaliar o processo e a equipe de desenvolvimento não é uma tarefa simples. Além disso, alguns dos possíveis problemas não são facilmente reconhecidos a partir de dados quantitativos. Este trabalho investiga o uso de métricas no acompanhamento de projetos utilizando Métodos Ágeis de desenvolvimento de software. Um estudo de caso da aplicação de XP em sete projetos acadêmicos e governamentais foi conduzido para validar algumas dessas métricas e para avaliar o nível de aderência às práticas propostas, com o objetivo de auxiliar o tracker de uma equipe ágil. / Agile Methods appeared at the end of the last decade as an alternative to traditional software development methods. They propose a new style of development, eliminating the cost of excessive and bureaucratic documentation, and emphasizing the interactions between people collaborating to achieve high productivity and deliver high-quality software. With an empirical process, based on constant inspect-and-adapt cycles, the team works towards an environment of continuous improvement. One of the practices proposed by Extreme Programming (XP) to enable the creation of such environment is called tracking. The role of a tracker is to collect metrics that support the team on understanding their current process. Finding effective ways to evaluate the team and the development process is not an easy task. Also, some of the possible problems are not always easily recognizable from quantitative data alone. This work investigates the use of metrics for tracking projects using Agile Methods for software development. A case study on the adoption of XP in seven academic and governmental projects was conducted to validate some of these metrics and to evaluate the level of adherence to the proposed practices, with the goal of assisting and supporting the tracker of an agile team.

Os Métodos Ágeis surgiram no final da década passada como uma alternativa aos métodos tradicionais de desenvolvimento de software. Eles propõem uma nova abordagem para o desenvolvimento, eliminando gastos com documentação excessiva e burocrática, enfatizando a comunicação, colaboração com o cliente e as atividades que trazem valor imediato na produção de software com qualidade. Por meio de um processo empírico, com ciclos constantes de inspeção e adaptação, a equipe trabalha sempre num ambiente de melhoria contínua. Uma das atividades propostas pela Programação Extrema (XP) para guiar a equipe em direção à melhoria é conhecida como tracking. O papel do tracker é coletar métricas para auxiliar a equipe a entender o andamento do projeto. Encontrar maneiras eficazes de avaliar o processo e a equipe de desenvolvimento não é uma tarefa simples. Além disso, alguns dos possíveis problemas não são facilmente reconhecidos a partir de dados quantitativos. Este trabalho investiga o uso de métricas no acompanhamento de projetos utilizando Métodos Ágeis de desenvolvimento de software. Um estudo de caso da aplicação de XP em sete projetos acadêmicos e governamentais foi conduzido para validar algumas dessas métricas e para avaliar o nível de aderência às práticas propostas, com o objetivo de auxiliar o tracker de uma equipe ágil. / Agile Methods appeared at the end of the last decade as an alternative to traditional software development methods. They propose a new style of development, eliminating the cost of excessive and bureaucratic documentation, and emphasizing the interactions between people collaborating to achieve high productivity and deliver high-quality software. With an empirical process, based on constant inspect-and-adapt cycles, the team works towards an environment of continuous improvement. One of the practices proposed by Extreme Programming (XP) to enable the creation of such environment is called tracking. The role of a tracker is to collect metrics that support the team on understanding their current process. Finding effective ways to evaluate the team and the development process is not an easy task. Also, some of the possible problems are not always easily recognizable from quantitative data alone. This work investigates the use of metrics for tracking projects using Agile Methods for software development. A case study on the adoption of XP in seven academic and governmental projects was conducted to validate some of these metrics and to evaluate the level of adherence to the proposed practices, with the goal of assisting and supporting the tracker of an agile team.

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:58:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 26 / Nenhuma / O surgimento de novas metodologias ágeis para apoiar o desenvolvimento de sistemas, como a Extreme Programming (XP), vem causando impacto nas empresas de desenvolvimento de software, especialmente por sua flexibilidade nas mudanças de requisitos no decorrer do projeto. Assim, um melhor entendimento e representação estrutural dos requisitos tornam-se fundamental. Logo, esta pesquisa aplica o conceito das técnicas de refatoração de código dentro da Engenharia de Requisitos, que é focado na metodologia XP, por meios das User Stories. O trabalho aplica um conjunto de padrões e regras que permite aos requisitos expressos em cartões CRC serem refatorados através de pré e pós-condições, sendo que esses requisitos são descritos por mapas conceituais (MC) em formato OWL. Por sua vez, os MCs são convertidos em diagramas de classes da UML por meio da UML-MC que formaliza esta transformação. Dessa forma, o ambiente UStory-Refactory automatiza parcialmente o processo de refatoração e permite que os requisitos refatorados / The emergence of new agile methodologies to support systems development, as the Extreme Programming (XP), has been causing impact on software development companies, specially for its flexibility in the requirements changes during the project. Thus, a better understanding and structural representation of the requirements become basic. Then, this research applies the concept of the code refactoring techniques, inside of the Requirements Engineering, which is focused at XP methodology, through the User Stories. The work applies a set of standards and rules that allows the requirements expressed in CRC cards to be refactored through pre and post-conditions, and the requirements are described for conceptual maps (CMaps) in OWL format. In their turn, the CMaps are converted into UML classes diagrams by the UML-MC that formalizes this transformation. This way, the UStory-Refactory environment partially automatizes the refactoring process and allows the refactored requirements to be exported in OWL format, promoting

Nesta tese, apresentamos nossas estratégias para desenvolver um ambiente matemático e computacional para análises em larga-escala de dados de expressão gênica obtidos pela tecnologia de microarranjos de DNA. As análises realizadas visaram principalmente à identificação de marcadores moleculares de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Apresentamos o resultado de diversas análises implementadas através do ambiente desenvolvido, as quais conduziram a implementação de uma ferramenta computacional para a anotação automática de plataformas de microarranjos de DNA e de outra ferramenta destinada ao rastreamento da análise de dados realizada em ambiente R. Programação eXtrema (eXtreme Programming, XP) foi utilizada como técnica de planejamento e gerenciamento dos projetos de análise dados de expressão gênica. Todos os conjuntos de dados foram obtidos por nossos colaboradores, utilizando-se duas diferentes plataformas de microarranjos de DNA: a primeira enriquecida em regiões não-codificantes do genoma humano, em particular regiões intrônicas, e a segunda representando regiões exônicas de genes humanos. A primeira plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de expressão gênica em tumores de próstata e rim humanos, sendo que análises utilizando SAM (Significance Analysis of Microarrays) permitiram a proposição de um conjunto de 49 sequências como potenciais biomarcadores de prognóstico de tumores de próstata. A segunda plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de transcritos expressos em sarcomas, carcinomas epidermóide e carcinomas epidermóides de cabeça e pescoço. As análises com sarcomas permitiram a identificação de um conjunto de 12 genes relacionados à agressividade local e metástase. As análises com carcinomas epidermóides de cabeça e pescoço permitiram a identificação de 7 genes relacionados à metástase linfonodal. / In this PhD Thesis, we present our strategies to the development of a mathematical and computational environment aiming the analysis of large-scale microarray datasets. The analyses focused mainly on the identification of molecular markers for diagnosis and prognosis of human cancers. Here we show the results of several analyses implemented using this environment, which led to the development of a computational tool for automatic annotation of DNA microarray platforms and a tool for tracking the analysis within R environment. We also applied eXtreme Programming (XP) as a tool for planning and management of gene expression analyses projects. All data sets were obtained by our collaborators using two different microarray platforms. The first is enriched in non-coding human sequences, particularly intronic sequences. The second one represents exonic regions of human genes. Using the first platform, we evaluated gene expression profiles of prostate and kidney human tumors. Applying SAM to prostate tumor data revealed 49 potential molecular markers for prognosis of this disease. Gene expression in samples of sarcomas, epidermoid carcinomas and head and neck epidermoid carcinomas was investigated using the second platform. A set of 12 genes were identified as potential biomarkers for local aggressiveness and metastasis in sarcoma. In addition, the analyses of data obtained from head and neck epidermoid carcinomas allowed the identification of 7 potential biomarkers for lymph-nodal metastases.

Nesta tese, apresentamos nossas estratégias para desenvolver um ambiente matemático e computacional para análises em larga-escala de dados de expressão gênica obtidos pela tecnologia de microarranjos de DNA. As análises realizadas visaram principalmente à identificação de marcadores moleculares de diagnóstico e prognóstico de cânceres humanos. Apresentamos o resultado de diversas análises implementadas através do ambiente desenvolvido, as quais conduziram a implementação de uma ferramenta computacional para a anotação automática de plataformas de microarranjos de DNA e de outra ferramenta destinada ao rastreamento da análise de dados realizada em ambiente R. Programação eXtrema (eXtreme Programming, XP) foi utilizada como técnica de planejamento e gerenciamento dos projetos de análise dados de expressão gênica. Todos os conjuntos de dados foram obtidos por nossos colaboradores, utilizando-se duas diferentes plataformas de microarranjos de DNA: a primeira enriquecida em regiões não-codificantes do genoma humano, em particular regiões intrônicas, e a segunda representando regiões exônicas de genes humanos. A primeira plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de expressão gênica em tumores de próstata e rim humanos, sendo que análises utilizando SAM (Significance Analysis of Microarrays) permitiram a proposição de um conjunto de 49 sequências como potenciais biomarcadores de prognóstico de tumores de próstata. A segunda plataforma foi utilizada para avaliação do perfil de transcritos expressos em sarcomas, carcinomas epidermóide e carcinomas epidermóides de cabeça e pescoço. As análises com sarcomas permitiram a identificação de um conjunto de 12 genes relacionados à agressividade local e metástase. As análises com carcinomas epidermóides de cabeça e pescoço permitiram a identificação de 7 genes relacionados à metástase linfonodal. / In this PhD Thesis, we present our strategies to the development of a mathematical and computational environment aiming the analysis of large-scale microarray datasets. The analyses focused mainly on the identification of molecular markers for diagnosis and prognosis of human cancers. Here we show the results of several analyses implemented using this environment, which led to the development of a computational tool for automatic annotation of DNA microarray platforms and a tool for tracking the analysis within R environment. We also applied eXtreme Programming (XP) as a tool for planning and management of gene expression analyses projects. All data sets were obtained by our collaborators using two different microarray platforms. The first is enriched in non-coding human sequences, particularly intronic sequences. The second one represents exonic regions of human genes. Using the first platform, we evaluated gene expression profiles of prostate and kidney human tumors. Applying SAM to prostate tumor data revealed 49 potential molecular markers for prognosis of this disease. Gene expression in samples of sarcomas, epidermoid carcinomas and head and neck epidermoid carcinomas was investigated using the second platform. A set of 12 genes were identified as potential biomarkers for local aggressiveness and metastasis in sarcoma. In addition, the analyses of data obtained from head and neck epidermoid carcinomas allowed the identification of 7 potential biomarkers for lymph-nodal metastases.

As metodologias ágeis e em especial a Programação eXtrema (XP) surgem como um contraponto aos métodos tradicionais de desenvolvimento de software. Nos encontramos em um momento no qual considera-se aceitável encontrar defeitos em programas de computador, até mesmo naqueles sistemas pelos quais temos que pagar muito dinheiro. Melhorar o ensino de técnicas para que equipes possam colaborar no desenvolvimento de software de qualidade é essencial para que esta área do conhecimento alcance a maturidade que esperamos. O ensino de XP é uma tarefa relativamente complexa pois exige que pessoas passem por uma mudança cultural, para aceitar seus valores, princípios e práticas. Diferentes organizações precisam adaptar a metodologia para que ela funcione bem em seu contexto local. Encontrar maneiras de facilitar o ensino e a adoção das práticas ágeis é fundamental para melhorar a qualidade do software desenvolvido no país. Este trabalho pesquisa o ensino de XP em contextos acadêmicos, governamentais e industriais. Três estudos de caso foram conduzidos e analisados para sugerir padrões que podem auxiliar o ensino da metodologia por um educador em qualquer contexto. / Agile methodologies, specially eXtreme Programming (XP), appear as a counterpoint to traditional software development methods. We live in a moment were it is considered acceptable to find bugs in computer programs, even those for which we pay a lot of money. It is essential to improve the way we teach techniques with which teams can collaborate on the development of quality software so that this area of knowledge reaches the maturity we wish. Teaching XP is a relatively complex task because it implies that people must go through a cultural change to accept its values, principles, and practices. Different organizations need to adapt the methodology so that it will work well in their local context. Finding ways to facilitate teaching and adopting agile practices is fundamental to improve the quality of software being developed in the country. This work researches the process of teaching XP in academic, governmental and industrial con- texts. Three case studies were conducted and analyzed so that we could suggest patterns that can support educators teaching the methodology in any context.

A crescente demanda por sistemas e a alta velocidade com que seus requisitos evoluem têm evidenciado que desenvolvimento de software exige flexibilidade, pois muitas decisões precisam ser tomadas durante o projeto. Além disso, as dificuldades para a produção de sistemas vão muito além das questões técnicas. Fatores estratégicos, comerciais e humanos são responsáveis por algumas das variáveis que contribuem para tornar o desenvolvimento de sistemas de software uma atividade altamente complexa. Modelos tradicionais de desenvolvimento de software propõem processos prescritivos que não consideram toda essa complexidade. Por outro lado, Métodos Ágeis de desenvolvimento de software sugerem uma abordagem mais humanística com foco na entrega rápida e constante de software com valor de negócios. Porém, para conseguir isto, é preciso escolher um conjunto de práticas de desenvolvimento adequado às características do projeto e da equipe. Desta forma, a natureza única de cada projeto e a necessidade de alta qualidade e produtividade tornam importante a busca por práticas de desenvolvimento. A partir de projetos que conduzimos usando métodos ágeis na academia e na indústria, identificamos e descrevemos 22 práticas para desenvolvimento de software que podem ser adotadas por equipes para aumentar o seu desempenho e/ou a qualidade do software. / The growing demand for systems and the high speed with which their requirements evolve has shown that software development requires flexibility because many decisions need to be taken during the project. Also, the difficulties for the production of software systems go far beyond the technical issues. Strategic, commercial and human factors are responsible for some variables that contribute to make the software development a highly complex activity. Traditional models of software development propose prescritive processes that do not consider all this complexity. On the other hand, Agile Methods of software development suggest an humanistic approach focused on fast and often business valuable software deliveries. But, in order to get it, one needs to choose an appropriated group of development practices accordingly to the project and team features. In this way, the individuality of each project and the need for better quality and productivity motivate the search for software development practices. Based on projects that we conducted by using agile methods in academic and industry environments we identified and described 22 software development practices that can be used by teams to increase their performance and/or the software quality.

A crescente demanda por sistemas e a alta velocidade com que seus requisitos evoluem têm evidenciado que desenvolvimento de software exige flexibilidade, pois muitas decisões precisam ser tomadas durante o projeto. Além disso, as dificuldades para a produção de sistemas vão muito além das questões técnicas. Fatores estratégicos, comerciais e humanos são responsáveis por algumas das variáveis que contribuem para tornar o desenvolvimento de sistemas de software uma atividade altamente complexa. Modelos tradicionais de desenvolvimento de software propõem processos prescritivos que não consideram toda essa complexidade. Por outro lado, Métodos Ágeis de desenvolvimento de software sugerem uma abordagem mais humanística com foco na entrega rápida e constante de software com valor de negócios. Porém, para conseguir isto, é preciso escolher um conjunto de práticas de desenvolvimento adequado às características do projeto e da equipe. Desta forma, a natureza única de cada projeto e a necessidade de alta qualidade e produtividade tornam importante a busca por práticas de desenvolvimento. A partir de projetos que conduzimos usando métodos ágeis na academia e na indústria, identificamos e descrevemos 22 práticas para desenvolvimento de software que podem ser adotadas por equipes para aumentar o seu desempenho e/ou a qualidade do software. / The growing demand for systems and the high speed with which their requirements evolve has shown that software development requires flexibility because many decisions need to be taken during the project. Also, the difficulties for the production of software systems go far beyond the technical issues. Strategic, commercial and human factors are responsible for some variables that contribute to make the software development a highly complex activity. Traditional models of software development propose prescritive processes that do not consider all this complexity. On the other hand, Agile Methods of software development suggest an humanistic approach focused on fast and often business valuable software deliveries. But, in order to get it, one needs to choose an appropriated group of development practices accordingly to the project and team features. In this way, the individuality of each project and the need for better quality and productivity motivate the search for software development practices. Based on projects that we conducted by using agile methods in academic and industry environments we identified and described 22 software development practices that can be used by teams to increase their performance and/or the software quality.

As metodologias ágeis e em especial a Programação eXtrema (XP) surgem como um contraponto aos métodos tradicionais de desenvolvimento de software. Nos encontramos em um momento no qual considera-se aceitável encontrar defeitos em programas de computador, até mesmo naqueles sistemas pelos quais temos que pagar muito dinheiro. Melhorar o ensino de técnicas para que equipes possam colaborar no desenvolvimento de software de qualidade é essencial para que esta área do conhecimento alcance a maturidade que esperamos. O ensino de XP é uma tarefa relativamente complexa pois exige que pessoas passem por uma mudança cultural, para aceitar seus valores, princípios e práticas. Diferentes organizações precisam adaptar a metodologia para que ela funcione bem em seu contexto local. Encontrar maneiras de facilitar o ensino e a adoção das práticas ágeis é fundamental para melhorar a qualidade do software desenvolvido no país. Este trabalho pesquisa o ensino de XP em contextos acadêmicos, governamentais e industriais. Três estudos de caso foram conduzidos e analisados para sugerir padrões que podem auxiliar o ensino da metodologia por um educador em qualquer contexto. / Agile methodologies, specially eXtreme Programming (XP), appear as a counterpoint to traditional software development methods. We live in a moment were it is considered acceptable to find bugs in computer programs, even those for which we pay a lot of money. It is essential to improve the way we teach techniques with which teams can collaborate on the development of quality software so that this area of knowledge reaches the maturity we wish. Teaching XP is a relatively complex task because it implies that people must go through a cultural change to accept its values, principles, and practices. Different organizations need to adapt the methodology so that it will work well in their local context. Finding ways to facilitate teaching and adopting agile practices is fundamental to improve the quality of software being developed in the country. This work researches the process of teaching XP in academic, governmental and industrial con- texts. Three case studies were conducted and analyzed so that we could suggest patterns that can support educators teaching the methodology in any context.