Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2014-09-19T12:13:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertacao Lucas C G Pereira.pdf: 869540 bytes, checksum: 9c40d119515c83b8b52606c52be6703d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-19T12:56:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao Lucas C G Pereira.pdf: 869540 bytes, checksum: 9c40d119515c83b8b52606c52be6703d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-19T12:56:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao Lucas C G Pereira.pdf: 869540 bytes, checksum: 9c40d119515c83b8b52606c52be6703d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-05-02 / In recent years, the evolution of health expenditures and specifically drugs, has worried governments. Among the various specialties, oncology is among those dealing with the greatest difficulties in the management of drug therapy. It is known that patients treated with various drugs have variability of response and susceptibility to drug toxicity. In present work, we study the role of Multiple Drug Resistance gene (MDR1) polymorphisms C1236T and C3435T frequencies and response to treatment with imatinib mesylate in 96 patients with chronic myeloid leukemia (CML). A total of 96 patients with CML were treated according to the Brazilian National Cancer Institute (INCA) guidelines and the blood samples were collected for genotyping. Genomic DNA was extracted and C1236T and C3435T polymorphisms genotyping was performed by the polymerase chain reaction with restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), which detects a variation in length of a DNA fragment generated (370pb and 340pb) by a specific endonuclease in a specific site of the genome (HaeIII and MboI). Of the 96 CML samples, 31 samples were homozygous (CC), 13 homozygous (TT) and 52 heterozygous (CT) for exon 12 (1236). For the exon 26 (3435), 35 were homozygous (CC), 12 homozygous (TT) and 49 heterozygotes (CT). All frequencies for both polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium (p = 0.229 and q = 0.414). We found percentage association between polymorphisms and their distribution in different populations, and the response to treatment both cytogenetic and molecular difference was not statistically significant (p <0.05) when compared to age and sex presented response by patients and also no statistical difference (p <0,050). We conclude that the observed allele frequency for exons 1236 were 59.4% for C and 40.6% for T and the frequencies for the exon 3435 were 62.0% for C and 38.0% for T. That the relationship between the frequencies of polymorphisms of MDR1 in populations of different geographic locations, can provide tools that help in choosing a more appropriate and effective treatment of CML. / Neste estudo, o papel dos polimorfismos C1236T e C3435T do gene de Resistência a Múltiplas Drogas (MDR1) foram investigados em relação à frequência e a resposta ao tratamento com imatinibe em pacientes com leucemia mielóide crônica (LMC). Um total de 96 pacientes com LMC foram tratados de acordo com as diretrizes do Instituto Nacional do Câncer (INCA) e amostras de sangue foram coletadas para genotipagem do gene MDR (Resistência à Multiplas Drogas). O DNA genômico foi extraído e a genotipagem dos polimorfismos C1236T e C3435T foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase com fragmentos de restrição (PCR-RFLP), que detectou uma variação no comprimento de um fragmento de DNA gerado (370pb e 340pb) por uma endonuclease específica em um sítio específico do genoma (HaeIII e Mbol). Analisando as 96 amostras de pacientes para o polimorfismo no éxon 12 (1236) com LMC, 31 amostras apresentaram homozigose (CC), 13 homozigose (TT) e 52 heterozigose (CT). Para o estudo do polimorfismo no éxon 26 (3435), 35 foram homozigotas (CC), 12 homozigotas (TT) e 49 heterozigotas (CT). Todas as frequências para ambos os polimorfismos apresentaram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg (p = 0,229 e q = 0,414). Foi encontrada associação do percentual dos polimorfismos estudados em relação à distribuição dos mesmos em grupos de diferentes localizações geográficas, e sobre a resposta ao tratamento tanto citogenética e molecular, não houve diferença estatísticamente significante (p<0,05), quando foi comparado à idade e ao gênero apresentados pelos pacientes e a resposta também não houve diferença estatística (p<0,05). Conclui-se que as frequências alélicas observadas para o éxon 1236 foram de 59,4% para C e 40,6% para T e as frequências para o éxon 3435 foram de 62,0% para C e 38,0% para T e que a relação entre as frequências de polimorfismos de MDR1 nas populações de diferentes localizações geográficas, pode fornecer ferramentas que auxiliem na escolha de um tratamento mais adequado e eficaz da LMC.

Na medicina legal a identificação de produtos de origem animal vem atingindo grande importância. A grande maioria das amostras encontradas na cena do crime são fragmentos de tecido não facilmente degradável, entre estes o tecido ósseo. Por ter sua estrutura composta por uma matriz mineral o osso preserva sua característica morfológica e material genético viável. Os objetivos do presente trabalho foram: caracterizar morfologicamente o tecido íntegro, agregando assim mais informações a respeito da espécie animal, e verificar se os dados da literatura quanto à identificação genética são confiáveis e passíveis de reprodução. Para isso foram utilizados 10 fêmures de espécies diferentes. Este material foi descarnado e teve suas características morfológicas avaliadas. Após realizar a diferenciação macroscópica, o material foi serrado em sua porção diafisária, de onde retiramos um fragmento para avaliação histológica e outro para estudo do material genético. Os métodos de avaliação histológica foram baseados na morfologia do sistema harvesiano, na disposição destes na superfície de corte, conformação do canal de Havers e nas características dos osteócitos. As características morfométricas foram baseadas apenas na área do canal haversiano e no diâmetro do Sistema Harvesiano (osteon). A avaliação genética teve como objeto de estudo o citocromo B, localizado no DNA mitocondrial, que é encontrado em maior quantidade que o DNA nuclear, além de possuir herança materna que lhe confere grande especificidade quanto à espécie animal. Utilizando um par de primers que seleciona uma porção de 358 pares de bases e três enzimas de restrição, HinfI, AluI e Hae III, foi possível identificar geneticamente as 10 espécies estudadas. Este estudo revelou que a metodologia de identificação animal por morfologia macroscópica, microscópica e genética podem ser reproduzidas e são de grande importância dentro da medicina legal. Entretanto, o método genético mostrou-se mais eficiente e confiável quando dispomos de fragmentos ósseos muito reduzidos. / In Legal Medicine, the identification of products from animals has been reaching a great importance. The great majority of samples that have been founded in a crime scene are pieces of tissues that are not easily destroyed, between them, the bone tissue. Because of their structure, composed by a mineral matrix, bone preserves morphologic characteristics and viable genetic materials. The objective of the present work had been: to characterize morphologically the complete tissue, thus adding more information regarding the animal species and the verification concerning the information in literature about the genetic identification, if they are trustworthy and available to reproduction. For this 10 femur of different species had been used. This material was picked the flesh off and its morphologic characteristics had been evaluated. After to carry through the macrocospic differentiation, the material was sawed in its diafisary portion, where we remove a piece for histologic evaluation and another one for genetic material study. The methods of histologic evaluation had been based on the morphology of the harvesian system, in the disposal of these in the cut surface, conformation of the Havers canal and in the characteristics of the osteocitos. The morphometric characteristics had been based only on the area of the haversiano canal and on the diameter of the Harvesiano System (osteon). The genetic evaluation had as study object the citocromo B, located in the mitochondrial DNA, which is better founded than the nuclear DNA, besides possessing mother inheritance that confers a great especify about animal specie. Using a pair of primers that selects a portion of 358 pairs of bases and three enzymes of restriction, HinfI, AluI and Hae III, it was possible to identify genetically the 10 studied species. This study disclosed that the methodology of animal identification for macrocospic, microscopical and genetic morphology can be reproduced and it has a great importance inside of the medical jurisprudence. However, the genetic method revealed more efficient and trustworthy when the work involves the use of very reduced bone pieces

Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-09-13T12:31:48Z No. of bitstreams: 1 2017 - Daniel Paiva Barros de Abreu.pdf: 1307092 bytes, checksum: b384d4db2cb316d3f640b111bc8efba4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T12:31:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Daniel Paiva Barros de Abreu.pdf: 1307092 bytes, checksum: b384d4db2cb316d3f640b111bc8efba4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Dimorphic fungi belonging to Sporothrix schenckii complex are responsible for sporotrichosis, important fungal infection with worldwide distribution. The anthropozoonotic characteristic is of high relevance in the state of Rio de Janeiro, where an increasing in the number of cases in human patients was observed in the last decades, highlighting the role of domestic cat as a transmitter agent. The description of new species compounding de Sporothrix genus, based on phenotypic and genotypic evaluations, showed the involvement of other members of this group in the epidemic status installed in Rio de Janeiro. The verification of strains resistant to itraconazole, a widely used antifungal in human and animal medicine for the treatment of this mycosis, is an important factor that possibly results in relapse and therapeutic failure of this disease. The present study aimed to identify, by phenotypic and molecular approaches, 168 isolates obtained from the routine of Veterinary Clinical Microbiology Laboratory ? UFRRJ, and the determination of minimal inhibitory concentration (MIC) for amphotericin B (AMB), ketoconazole (KTC), itraconazole (ITC), terbinafine (TRB) and voriconazole (VRC). Based on morphophysiological characteristics it was possible to identify 159 (94.64%) isolates as S. brasiliensis and 9 (5.36%) as S. luriei. However, applying PCR-RFLP of calmodulin 168 (100%) samples were identified as S. brasilensis. The susceptibility test, based on M38-A2 document (CLSI), showed that TRB was the most effective antifungal tested, followed by ITC, KTC, AMB, and VRC, respectively. No ITC resistant isolates were detected in the present study. These results demonstrate that the identification reached only by phenotypic evaluation is not recommended for the characterization of Sporothrix schenckii complex components. It also proves the predominance of S. brasiliensis in other regions of RJ state. The better efficacy of TRB added to the absence of isolates resistant to ITC support the necessity of pharmacodynamics and pharmacokinetics studies for the optimization of the therapeutic protocols. More information about isolates from dogs and cats correlated with the species from the S. schenckii complex, as well as in vitro antifungal efficacy evaluation provide knowledge about therapeutic alternatives. In this way, the present study also provides relevant information about the endemic status in Rio de Janeiro and important data for the treatment of human and animal sporotrichosis. / Fungos dim?rficos pertencentes ao complexo Sporothrix schenckii s?o respons?veis pela esporotricose, importante infec??o f?ngica que apresenta distribui??o mundial. Sua conhecida caracter?stica antropozoon?tica apresenta grande relev?ncia no estado do Rio de Janeiro, onde se verifica aumento significativo no n?mero de pacientes humanos e animais acometidos pela doen?a nas ?ltimas d?cadas, destacando-se em tais casos o papel do felino como agente transmissor. A descri??o de novas esp?cies pertencentes ao g?nero Sporothrix, baseada em caracter?sticas fenot?picas e genot?picas, demonstrou o envolvimento de outros componentes deste g?nero na epidemia instalada no estado. A verifica??o de isolados resistentes a itraconazol, antif?ngico amplamente utilizado na medicina humana e veterin?ria para o tratamento da doen?a, ? fato preocupante e tem poss?vel associa??o a recidivas e falhas terap?uticas. O presente estudo objetiva a identifica??o fenot?pica e genot?pica de 168 exemplares oriundos de pacientes felinos e caninos, obtidos na rotina do Diagn?stico Microbiol?gico Veterin?rio - UFRRJ, com determina??o da Concentra??o Inibit?ria M?nima (CIM) frente ? anfotericina B (AMB), cetoconazol (KTC), itraconazol (ITC), terbinafina (TRB) e voriconazol (VRC). A partir de caracter?sticas morfofisiol?gicas foi poss?vel identificar 159 (94,64%) isolados como S. brasiliensis e 9 (5,36%) como S. luriei. Contudo, metodologias moleculares identificaram 168 (100%) S. brasiliensis, a partir de PCR-RFLP em gene respons?vel pela s?ntese de calmodulina. O teste de sensibilidade, realizado a partir do documento M38-A2 (CLSI) determinou maior efic?cia in vitro para TRB, seguido por ITC, KTC, AMB e VRC, respectivamente. Cepas resistentes a ITC n?o foram detectadas no presente estudo. Tais resultados demonstram que a identifica??o alcan?ada exclusivamente por m?todos fenot?picos n?o ? recomendada para caracteriza??o de componentes do complexo Sporothrix schenckii. Comprova-se ainda a predomin?ncia de S. brasiliensis em outras regi?es do estado do RJ. A maior efic?cia de TRB, somada a aus?ncia de exemplares resistentes a ITC, refor?a a necessidade de estudos farmacodin?micos e farmacocin?ticos para otimiza??o dos protocolos terap?uticos atualmente utilizados. Obten??o de maiores informa??es acerca dos isolados provenientes de amostras provenientes de c?es e gatos correlacionados a esp?cies dentro do complexo S. schenckii, bem como a avalia??o da efic?cia in vitro de antif?ngicos proporcionam conhecimento sobre alternativas terap?uticas. Tais informa??es auxiliam no entendimento do quadro instalado no estado do Rio de Janeiro e fornece dados de grande utilidade para o tratamento humano e veterin?rio

Στην εργασία αυτή μελετήθηκε η γενετική δομή και οι φυλογενετικές σχέσεις μεταξύ έξι πληθυσμών της Atherina boyeri που προέρχονταν από τις περιοχές της Μυτιλήνης, της Νισύρου, της Κάσου, της Κύμης, και των λιμνών της Βιστωνίδας και Iznik (στην Τουρκία). Συγκεκριμένα, έγινε μελέτη των περιοριστικών θραυσμάτων ποικίλου μήκους (RFLP analysis) των τμημάτων 12S rRNA, 16S rRNA και του βρόγχου εκτόπισης (D-loop) του μιτοχονδριακού DNA. Τα αποτελέσματα αυτά συνδυάστηκαν με τα αποτελέσματα άλλων μελετών που αφορούσαν εννέα διαφορετικές περιοχές της Ελλάδας (Κάλυμνο, Κεφαλλονιά, Αμβρακικός, Κως, Λήμνος, Εύβοια, Ζάκυνθος, Λευκάδα και Κουρνά-Κρήτη) και είχαν γίνει στο εργαστήριο. Από την RFLP ανάλυση αποκαλύφθηκαν 23 διαφορετικοί σύνθετοι απλότυποι. Βάσει των αποτελεσμάτων γίνεται σαφής διαχωρισμός μεταξύ «λιμναίου» και «θαλάσσιου» τύπου πληθυσμών. Οι πληθυσμοί από τις λίμνες/λιμνοθάλασσες (Βιστωνίδα, Κουρνά, Κούταβος/Κεφαλλονιά, Αμβρακικός, Iznik/Τουρκία ), καθώς και από περιοχές που επικρατούν παρόμοιες συνθήκες (Κύμη, Βαθύ Καλύμνου), έχουν τους απλότυπους 1-6, ενώ οι «θαλάσσιου» τύπου πληθυσμοί (Κως, Λήμνος, Εύβοια, Μυτιλήνη, Νίσυρος, Κάσος, Ζάκυνθος, Λευκάδα) έχουν τους απλότυπους 7-23. Διαπιστώθηκε επίσης η ύπαρξη πέντε διαγνωστικών προτύπων μεταξύ «λιμναίων» και «θαλάσσιων» πληθυσμών. Επιπλέον, παρατηρήθηκε η ύπαρξη ενός διαγνωστικού προτύπου για τους πληθυσμούς από την Κω, τη Λήμνο και τη Νίσυρο, βάσει του οποίου μπορούμε να διαχωρίσουμε τους πληθυσμούς αυτούς από τους υπόλοιπους θαλάσσιους πληθυσμούς που μελετήθηκαν, καθώς και ένα διαγνωστικό πρότυπο βάσει του οποίου μπορούμε να διακρίνουμε τον πληθυσμό της Νισύρου από τους υπόλοιπους επτά πληθυσμούς «θαλάσσιου» τύπου. Με βάση τα δεδομένα αυτά υπολογίστηκε η καθαρή νουκλεοτιδική απόκλιση μεταξύ των πληθυσμών και βρέθηκε να είναι αρκετά υψηλή σε ορισμένες περιπτώσεις. Τα παραπάνω αποτελέσματα επιβεβαιώνονται και από τα δύο φυλογενετικά δένδρα που κατασκευάστηκαν με τις μεθόδους UPGMA και Μέγιστης Φειδωλότητας. Βάσει της τιμής του Nst (50%) που υπολογίστηκε μόνο η μισή από την ολική γενετική ποικιλότητα που παρατηρήθηκε οφείλεται σε διαφορές ανάμεσα στους πληθυσμούς, ενώ η υπόλοιπη οφείλεται σε ενδοπληθυσμιακές διαφορές. / Τhe genetic differentiation and the phylogenetic relationships of six greek populations of Atherina boyeri were investigated at the mitochondrial level. The samples originated from the marine sites of Lesvos, Nisyros, Kasos, Kymi and the lakes Vistonida and Iznik (Turkey). RFLP analysis of three mtDNA segments (12S rRNA, 16S rRNA and D-loop) amplified by PCR were used. These results were combined with others available in the laboratory, concerning nine more greek populations (Kalymnos, Kefallonia, Amvrakikos, Kos, Limnos, Evvoia, Zakynthos, Leukada, Kourna/Crete). Twenty-three composite haplotypes where revealed from the RFLP analysis. There is a clear distinction between “marine” and “lagoon” type populations. In particular, the populations from the lakes/lagoons (Vistonida, Kourna, Kefallonia, Amvrakikos, Iznik), as well as the populations from sites with similar environmental conditions to the lakes/lagoons (Kymi, Kalymnos) have the haplotypes 1-6, while the “marine” type populations (Kos, Limnos, Evvoia, Lesvos, Nisyros, Kasos, Zakynthos, Leukada) have the haplotypes 7-23. Five specific restriction patterns were also revealed, which can be used to distinguish the “marine” from the “lagoon” type populations. Moreover, one diagnostic pattern, with which we can distinguish the populations from Kos, Limnos and Nisyros from the rest “marine” type populations studied, was revealed, as well as it was revealed one diagnostic pattern, with which we can distinguish the population of Nisyros from the rest “marine” type populations. The genetic divergence values estimated among “lagoon” and “marine” type populations were high, with the populations from Evvoia and Kourna to show the greatest divergence (10.450%) and the populations from Amvrakikos and Nisyros the lowest (5.549%). The above results were also confirmed and by the two phylogenetic trees that were conducted using the UPGMA and the Maximum Parsimony methods. The trees consist of two main clades, which contain the “marine” and “lagoon” populations respectively. Our results show that distinct “lagoon” populations (such as from Vistonida and Kourna) have similar genetic structure, a situation that is not true for the “marine” populations, since there are populations with completely different genetic structure. Finally, the Nst value (50%) indicates that half of the overall genetic diversity detected was between populations.

Toxoplasma gondii é um protozoário formador de cistos capaz de infectar diversas espécies de aves e mamíferos domésticos e selvagens, incluindo o homem. Apesar de evidências sorológicas da infecção por T. gondii em animais selvagens, pouco se sabe sobre o papel da vida selvagem na cadeia epidemiológica e tampouco a susceptibilidade das variadas espécies a este parasito. O presente trabalho consistiu no isolamento e caracterização genotípica de T. gondii de tecidos de animais selvagens, de vida livre e de cativeiro, provenientes de diversas localidades do Brasil e na detecção sorológica de anticorpos contra o parasito nas amostras em que foi possível obter o soro. A sorologia foi realizada em 54 amostras de soros de aves e mamíferos de várias espécies por meio do Teste de Aglutinação Modificado (MAT). Deste total, 18 amostras (cinco de aves e 13 de mamíferos) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii. Para o isolamento do parasito foi realizado o bioensaio em camundongos. Homogenados de coração e cérebro de cada um dos animais foram submetidos à digestão péptica e inoculados em grupos de cinco camundongos. Tecidos dos camundongos que vinham à óbito eram examinados para constatar a presença de formas de T. gondii. Seis semanas após inoculação, foi colhido sangue dos camundongos para a realização de testes sorológicos (MAT) para detecção de anticorpos anti-T. gondii e dois meses após a inoculação estes animais foram submetidos à eutanásia para a procura por cistos teciduais do parasito. Por meio desta prova biológica foi possível isolar T. gondii em 18 animais selvagens (16 de diversas espécies de mamíferos e duas de aves) provenientes de diferentes localidades. T. gondii foi isolado em uma coruja-buraqueira (Athene cunicularia), um pica-pau-de-banda-branca (Dryocopus lineatus), um gato-do-mato-pequeno (Leopardus tigrinus), um lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), uma mucura (Didelphis marsupialis), uma paca (Cuniculus paca), três queixadas (Tayassu pecari), uma raposa-do-campo (Pseudalopex etulus), três tamanduás-mirim (Tamandua tetradactyla), três tatus-galinha (Dasypus novemcinctus) e dois tatuspeba (Eufractus sexcinctus). Dezesseis dos 18 isolados obtidos foram letais para 100% dos camundongos infectados. O isolado de um tatu-peba não causou mortalidade em camundongos e o isolado da coruja-buraqueira causou 50% de mortalidade. A caracterização genotípica dos isolados foi realizada pela técnica de PCR/RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. As amostras primárias dos tecidos provenientes dos animais selvagens que foram positivas na PCR de triagem também foram submetidas à caracterização genotípica. Por meio da PCR/RFLP foi possível obter o genótipo completo de 22 amostras, 15 delas provenientes de isolados e sete de amostras primárias de tecidos. Dos 18 isolados obtidos através do bioensaio, em três (tatu-peba, coruja-buraqueira e mucura) não foi possível obter a caracterização completa de todos os 12 marcadores utilizados. Pela análise das 22 amostras caracterizadas foram observados 17 genótipos diferentes, sendo que 13 deles são inéditos. A mortalidade de camundongos infectados foi comparada com a ocorrência dos diferentes alelos no marcador CS3 nos 15 genótipos provenientes de isolados, dos quais, sete apresentaram o alelo tipo I, seis o alelo tipo II e os alelos u-1 e u-3 foram encontrados em um isolado cada. Todos os isolados apresentaram 100% de mortalidade para os camundongos infectados. / Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan parasite that infects almost all warmblooded animals, including humans. Although studies indicate that wild animals are frequently positive for antibodies anti-T. gondii, the role of wild life in the epidemiology of this parasite is not well understood nor the susceptibility of different wild species. The present study aimed to isolate T. gondii from free-living and captive wild birds and mammals from different locations from Brazil, to perform the genotipic characterization of T. gondii found in the analyzed tissue samples and to detect aintibodies anti-T. gondii in samples which were possible to obtain the serum. Serology was performed in 54 serum samples from different species of wild birds and mammals by the Modified Agglutination Test (MAT). From this total, 18 samples (five from birds and 13 from mammals) were seropositive for antibodies anti-T. gondii. For the isolation of the parasite, mice bioassay was performed. Brain and heart homogenates were submitted to peptic digestion and were inoculated in groups of five mice per animal sampled. Tissues of mice that died were examined for the presence of T. gondii. Mice were bled six weeks post-inoculation, and their sera were tested for anti-T. gondii antibodies by MAT. Surviving mice were euthanized two months after the inoculation and their brains were examined for the presence of T.gondii tissue cysts. T. gondii was isolated in 18 wild animals (16 from different species of mammals and two from birds) from different locations. T. gondii was isolated from one burrowing owl (Athene cunicularia), one lineated woodpecker (Dryocopus lienatus), three collared anteater (Tamandua tetradactyla), one hoary fox (Pseudalopex vetulus), one maned wolf (Chrysocyon brachyurus), one oncilla (Leopardus tigrinus), one opossum (Didelphis marsupialis), one paca (Cuniculus paca), three nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus), two six-banded armadillo (Euphractus sexcincticus) and three white-lipped peccary (Tayassu pecari). Sixteen of the 18 isolates were lethal to 100% of inoculated mice. The genotypic characterization was performed using 12 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) Primary tissue samples which were positive in a trial PCR were also submitted to genotypic characterization. It was possible, by PCR/RFLP, to obtain the complete genotype of 22 samples, 15 from isolates and seven from primary tissue samples. It was not possible to accomplish the complete genotypic characterization in three isolates; one burrowing owl, one opossum and one sixbanded armadillo. In this 22 samples characterized, a total of 17 different genotypes were found with 13 of them described for the first time. Mortality of infected mice was compared between the different alleles of the marker CS3 in the 15 genotypes originated from isolates, which seven were type I, six were type II and alleles u-1 and u-3 were found in one isolate each. All the isolates presented 100% of mortality in infected mice.

Os manguezais sÃo ecossistemas entremarÃs produtivos e biologicamente importantes que ocorrem em regiÃes tropicais e subtropicais do mundo. Ãreas de manguezais nÃo perturbados fornecem habitats para uma variedade de plantas, animais e microrganismos. Estes ecossistemas recebem materiais sedimentares do mar e continente, tornando-se uma Ãrea de transiÃÃo com elevada produtividade. Importantes processos, tais como ciclagem de nutrientes, estÃo diretamente conectados à atividade e diversidade das comunidades microbianas dos solos do manguezal. No entanto, devido a sua localizaÃÃo estratÃgica, manguezais tÃm sido amplamente impactados por todo o mundo. A compreensÃo da estrutura e das funÃÃes das comunidades microbianas e suas adaptaÃÃes Ãs alteraÃÃes ambientais resultantes de xenobiÃticos, alteraÃÃes climÃticas e a prÃtica industrial, tais como a exploraÃÃo petrolÃfera, à essencial para manter ou restabelecer funÃÃes desejÃveis do ecossistema. Dessa forma, o presente estudo investigou a estrutura de comunidades bacterianas de amostras de solos do manguezal da Barra Grande, Icapuà (37 20âW, 4 40âS), por mÃtodo independente de cultivo usando Polimorfismo do Tamanho de Fragmentos de RestriÃÃo Terminal (T-RFLP) e tambÃm avaliou o mÃtodo dependente de cultivo (enriquecimento) para isolar cepas de bactÃrias com potencial para degradar petrÃleo e n-Hexadecano. Um total de trÃs pontos foi amostrado ao longo do manguezal, com 150 metros de distÃncia entre cada um deles. Temperatura, pH, salinidade, matÃria orgÃnica e granulometria dos solos foram medidas. AnÃlises de T-RFLP foram feitas apÃs a digestÃo de DNA genÃmico com as enzimas HhaI e MspI e o nÃmero e diversidade de Unidades TaxonÃmicas Operacionais (OTU) de cada amostra foi analisado pelo programa T-Align (Applied Biosystems). A cepa selecionada para testes de diferentes concentraÃÃes de n-Hexadecano foi identificada pelo seqÃenciamento do gene do rRNA 16S. Esta cepa foi tambÃm avaliada em relaÃÃo à susceptibilidade a radiaÃÃo UV e antibiÃticos. Os resultados mostraram que as comunidades bacterianas de solos do manguezal sÃo semelhantes em nÃmero de OTUs, mas diferem em composiÃÃo. Provavelmente a peculiaridade das variÃveis fÃsico-quÃmicas e granulometria do solo sÃo responsÃveis pelas diferenÃas na composiÃÃo e estrutura das comunidades bacterianas. Dezoito cepas de bactÃrias foram isoladas de culturas de enriquecimento com petrÃleo e quatro cepas mostraram potencial particular para degradar n-Hexadecano. Uma cepa identificada como Acinetobacter sp. IC18 foi caracterizada como uma boa degradadora de hidrocarboneto, pois foi capaz de degradar 1% do n-Hexadecano em 48 horas. Esta cepa tambÃm utilizou cerca de 30% de uma concentraÃÃo total de 20% (v/v) de n-Hexadecano durante o mesmo perÃodo de incubaÃÃo. AlÃm disso, IC18 foi susceptÃvel a vÃrios antibiÃticos e resistente à radiaÃÃo UV. Em conclusÃo, a estrutura da comunidade bacteriana de solos do manguezal da Barra Grande parece nÃo ser afetada pela presenÃa da exploraÃÃo petrolÃfera em IcapuÃ. AlÃm disso, os solos deste manguezal sÃo colonizados por vÃrias cepas com potencial para degradar hidrocarbonetos, que à particularmente interessante em virtude do risco de derramamentos de petrÃleo.

Os genes dos receptores do hormônio luteinizante (LHR) e folículo estimulante (FSHR), conhecidos por sua influência na manifestação da puberdade, foram avaliados por análise PCR-RFLP em uma população de 370 novilhas de corte compostas, de diferentes composições raciais Europeu-Zebu. Os objetivos foram caracterizar geneticamente a população investigada, utilizando-se de freqüências genotípicas e alélicas e estimativas de variabilidade e diversidade gênica; avaliar o efeito dos marcadores sobre a precocidade sexual, caracterizada pela probabilidade de prenhez por ocasião da primeira estação de monta (PP), e estimar a proporção da variância genética total da variável PP atribuída aos marcadores investigados, bem como a herdabilidade da característica pelo método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML) sob modelo animal e sob modelo touro. Contatou-se elevada freqüência de animais heterozigotos em quase todas as composições raciais investigadas, para ambos os genes, com um valor médio de heterozigosidade de 57%, resultados estes que refletem a elevada variabilidade genética desta população híbrida. As novilhas heterozigotas apresentaram maiores taxas de prenhez (67 e 66% respectivamente, para os genes do LHR e FSHR), entretanto não se constataram efeito dos polimorfismos RFLP LHR (P=0,9188) e FSHR (P=0,8831) sobre a manifestação deste evento. As estimativas de herdabilidade obtidas para a PP foram de 0,21 e 0,41, respectivamente sob modelo animal e sob modelo touro. A magnitude das estimativas dos componentes de (co)variância atribuídas aos efeitos dos marcadores se mostrou muito baixa, constatando-se a pequena contribuição destes marcadores na proporção da variância total da prenhez, indicando ser esta uma característica de herança poligênica. Os resultados aqui demonstrados indicam que a seleção de novilhas para a precocidade sexual, com base em sua informação genotípica para os marcadores RFLP LHR e FSHR, não se justifica em programas de melhoramento genético animal, sugerindo-se a investigação de outros genes igualmente importantes, envolvidos na manifestação deste evento. Contudo, os marcadores avaliados se mostraram informativos, sendo indicados em estudos de caracterização genética em outras populações bovinas. A elevada heterozigosidade verificada na população composta estudada viabiliza a exploração destes animais em cruzamentos / The luteinizing hormone receptor (LHR) and follicle-stimulating receptor (FSHR) genes, known for their influence on the onset of puberty were evaluated by PCR-RFLP analysis in a population of 370 European-Zebu composite beef heifers from different breed contributions. The objectives were to genetically characterize the investigated population using genotype and allelic frequencies values besides on variability and gene diversity estimates; to evaluate the effect of markers on sexual precocity, characterized as the probability of pregnancy during the first breeding season (PP); and to estimate the proportion of total genetic variance in the PP related to the investigated markers, as well as the heritability estimate for PP by the Restricted Maximum Likelihood (REML) method for animal and sire models. The high number of heterozygous animals observed in almost all breed compositions studied for both loci, with average heterozigosity values of 57%, showed the high genetic variability on this hybrid population. Higher pregnancy rates were observed in heterozygous heifers (67% and 66% for LHR and FSHR genes, respectively), however, no effect of RFLP polymorphism for LHR (P=0.9188) and FSHR (P=0.8831) on pregnancy rate was observed. The heritabily estimates for PP were 0.21 and 0.41, using the animal and sire model, respectively. The small magnitude of the (co)variance components estimates related to random effects of LHR and FSHR, showed their small contribution in the proportion of total variance of pregnancy, indicating a polygenic inheritance for this trait. The results found in this work indicate that selection of beef heifers in animal genetic breeding programs for sexual precocity based on the inclusion of genotype information on RFLP for LHR e FSHR markers is not recommended. The investigation of other important genes related to puberty onset in heifers is necessary. However, the evaluated markers were informative and may be indicated for genetic characterization studies in other bovine populations. The high heterozigosity observed on the studied composite population maximizes the exploration of these animals in crossbreeding

Os fungos representam cerca de 75% da biomassa microbiana em áreas florestais, desempenhando funções importantes, desde a mineralização dos resíduos orgânicos até a disponibilização de nutrientes para plantas por meio das associações micorrízicas, o que influencia a ciclagem de nutrientes e, consequentemente, o crescimento das árvores. O objetivo desse trabalho foi avaliar a comunidade de fungos do solo, da rizosfera e do sistema radicular de Eucalyptus grandis e Acacia mangium plantados em monocultivos e em consórcio, e encontrar respostas para os padrões observados por meio da correlação com os atributos físicos, químicos, biológicos e a profundidade do solo. A coleta das amostras foi realizada na Estação Experimental de Ciências Florestais de Itatinga, em 2016, quando as plantas estavam com 2 anos de idade. Foram coletadas amostras em quatro tratamentos: monoculturas de E. grandis e de A. mangium e consórcios de E. grandis e de A. mangium, nos quais foram construídas trincheiras para coleta das amostras nas camadas de 0-10, 10-20, 20-50 e 50-100 cm de profundidade. Foram caracterizados os atributos físicos e biológicos do solo e os atributos químicos do solo, da rizosfera e das raízes. Para a avaliação micorrízica, foi quantificado o número de esporos de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) e as taxas de colonização radicular por FMA e por fungos ectomicorrízicos. Foi avaliada a morfologia das estruturas das micorrizas arbusculares e ectomicorriza (ECM). A estrutura da comunidade de fungos do solo e da rizosfera foi avaliada por meio da técnica de Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). Para isso, o DNA foi amplificado utilizando os primers ITS1f-FAM e ITS4 e a restrição dos fragmentos foi realizada com a enzima HaeIII. A abundância de cópias do gene ITS do solo e da rizosfera foi quantificada por PCR quantitativo (qPCR), utilizando os primers ITS1f e 5.8s. Os atributos físicos, químicos e biológicos tiveram poucas variações entre os tratamentos avaliados, sendo as maiores diferenças encontradas entre as profundidades. O número de esporos (<29) e as taxas de colonização micorrízica (<48%) foram baixos em todos os tratamentos, e se reduziram com o aumento da profundidade. As plantas de A. mangium não formaram micorrizas arbusculares. Nas raízes de E. grandis, não houve a formação de arbúsculos, mas foi verificada a presença de hifas enroladas (hyphal coils), estrutura de micorriza do tipo Paris. A anatomia das ECM confirmou a colonização destes fungos nas raízes das plantas estudadas. O qPCR mostrou maior abundância de genes ITS na rizosfera em relação ao solo, assim como nas camadas superficiais (0-10 cm) em relação às mais profundas (10 cm abaixo). A Análise de Coordenadas Principais revelou diferenças na estrutura das comunidades de fungos nos tratamentos estudados, principalmente para a região da rizosfera, diferenciando o perfil de fungos do monocultivo de E. grandis dos demais tratamentos, assim como a influência da A. mangium na estruturação da comunidade. A análise de redundância mostrou a influência de alguns atributos químicos nas taxas de colonização e estruturação da comunidade. Dessa forma, conclui-se que em sistema de consórcio, uma espécie de planta parece ser mais influente do que a outra na estruturação da comunidade de fungos e essa influência é mais evidente na rizosfera. Além disso, os atributos químicos são fatores importantes na organização da comunidade fúngica. / The fungi represent about 75% of the microbial biomass in forest areas, performing important functions, from the mineralization of the organic residues to the availability of nutrients to plants through mycorrhizal associations, which influences the nutrient cycling and, consequently, the growth of trees. The objective of this work was to evaluate the community of fungi of the soil, rhizosphere and root system of Eucalyptus grandis and Acacia mangium planted in monocultures and consortium, and to find explanations for the observed patterns through the correlation with physical and chemical soil attributes and soil depth. The samples were collected at the Experimental Station of Forest Sciences of Itatinga in 2016, when the plants were 2 years old. Samples were collected in four treatments: monocultures of E. grandis and A. mangium and consortia of E. grandis and A. mangium, in which trenches were constructed to collect samples in the 0-10, 10-20, 20 -50 and 50-100 cm deep. The physical and biological attributes of the soil and the chemical attributes of soil, rhizosphere and roots were characterized. For the mycorrhizal evaluation, the number of spores of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and the rates of root colonization by AMF and ectomycorrhizal fungi were quantified. The morphology of arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal (ECM) structures was evaluated. The structure of the soil and rhizosphere fungi community by was evaluated by the technique of Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). For this, the DNA was amplified using primers ITS1f-FAM and ITS4 and restriction of the fragments was performed with the enzyme HaeIII. The abundance of ITS gene copies of soil and rhizosphere was quantified by quantitative PCR (qPCR), using primers ITS1f and 5.8s. The physical, chemical and biological attributes had few variations among the evaluated treatments, being the greatest differences found between the depths. The number of spores (<29) and mycorrhizal colonization rates (<48%) were low in all treatments, and reduced with increasing depth. A. mangium plants did not form FMA. In the roots of E. grandis, there was no formation of arbuscules, but we found the presence of hyphal coils, mycorrhizal structures of the Paris type. The anatomy of the ECM confirmed the colonization of these fungi in the roots of the studied plants. The qPCR showed higher abundance of ITS genes in the rhizosphere in relation to the soil, as well as in the superficial layers (0-10 cm) in relation to the deeper ones (10 cm below). The Principal Coordinates Analysis revealed differences in the structure of the fungal communities in the treatments studied, especially for the rhizosphere region, differentiating the fungal profile of the E. grandis monoculture from the other treatments, as well as the influence of A. mangium on the structure of the community. The redundancy analysis showed the influence of some chemical soil attributes on the rates of colonization and community structuring. Thus, it is concluded that in a consortium system, one plant species seems to be more influential than the other in structuring the fungal community, and this influence is more evident in the rhizosphere. In addition, chemical attributes are important factors in the organization of the fungal community.

As leucemias constituem o câncer mais comum da infância, representando 30% de todas as neoplasias infantis. Dentre elas, a leucemia linfoblástica aguda (LLA) é a mais freqüente, atingindo 75% dos casos pediátricos de leucemias. A ocorrência da LLA tem sido relacionada com a exposição a alguns fatores ambientais (químico, físico e biológicos) e maternos (uso de drogas e dieta) tanto no desenvolvimento intra-útero como após o nascimento. No entanto, o processo de leucemogênese, particularmente com relação à importância da susceptibilidade genética herdade e fatores ambientais, ainda não foi elucidado. As enzimas do citocromo P450 (CYP), assim como outras enzimas das fases I e II do metabolismo estão envolvidas na biotransformação de uma variedade de xenobióticos presentes na alimentação, no cigarro, nas drogas, nas bebidas alcoólicas e nos poluentes ambientais. Polimorfismos em genes responsáveis por codificar essas enzimas de metabolismo têm sido associados com um aumento na susceptibilidade a diferentes tipos de câncer e a doenças hematológicas em adultos e crianças. Similarmente, a capacidade diferencial de crianças portadoras de leucemia aguda para metabolizar carcinógenos e drogas quimioterápicas, a qual é influenciada pelos polimorfismos dos genes que codificam enzimas de metabolização, podem modificar a resposta à terapia. Sendo assim, é importante a realização de investigações epidemiológicas moleculares em crianças portadoras de leucemia, pois estes estudos poderão fornecer informações sobre a etiologia e os mecanismos que levam a esta doença, e sobre as respostas adversas ou inadequadas a certos agentes terapêuticos, com o intuito de buscar tratamentos mais específicos e eficazes. O presente trabalho teve por objetivo estimar a freqüência dos polimorfismos dos genes CYP2D6, EPHX1, MPO (responsáveis pelo metabolismo de xenobióticos) e TS (associado à síntese de DNA) e investigar a associação destes polimorfismos com o efeito do tratamento quimioterápico. Foram genotipados através da técnica de PCR-RFLP 132 pacientes portadores de LLA e 300 indivíduos controles. Analisando o gene CYP2D6 foi observada uma prevalência significante do alelo CYP2D6*3 no grupo dos pacientes. Em relação ao gene EPHX1, o alelo polimórfico *2 foi mais freqüente no grupo de indivíduos controles, assim como a repetição tripla (3R) do gene TS. O genótipo heterozigoto para o gene TS e o homozigoto selvagem para o gene MPO foram mais freqüentes em indivíduos do sexo feminino, sugerindo uma associação destes genótipos com o sexo. Não foi encontrada nenhuma associação dos polimorfismos estudados com a resposta ao tratamento quimioterápico. Com base nestes dados, é possível sugerir uma associação destes polimorfismos com a susceptibilidade ao desenvolvimento da LLA, destacando a importância da sua determinação para o prognóstico bem como para o caráter preventivo relacionado ao risco aumentado de doenças associadas à exposição ambiental. / The leukemias are the most common type of cancer in children, representing above 30% of all the pediatric malignancies. Among them, the acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most frequent, with a percentage of 75% of the total pediatric cases of leukemia. Its occurrence is closely related to the exposure to chemical, physical and biological environmental factors and so maternal factors either, such as drugs, alcohol even in the uterine phase or after birth. Despite all the investigations made until now, little is known about the leucemogenous process, in particular about the importance of herdable genetic susceptibility and environmental factors. The citochrome P450 enzymes, as well as other phase I and II enzymes are involved on the biotransformation process of a huge variety of xenobiotics on food, smoke, alcohol, drugs and chemical poluents. Polymorphisms on these genes have been associated to the increased susceptibility to different kind of adult cancers and hematological diseases in adults and child. Similarly, the differential capacity of children with ALL to metabolize carcinogen compounds and chemotherapy drugs, witch is influenced by polymorphisms on genes that encode metabolizing enzymes, can modify the individual risk of relapse and therapy response. Thus, molecular epidemiological investigations in children with acute leukemia became so important to help clinicians answer questions about the etiology and the right mechanisms that induce this malignance and about the adverse responses to therapy found in huge number of patients, trying to reach more specific treatments. So, the present study objective is to evaluate the polymorphism frequency on the following genes CYP2D6, EPHX1 and MPO (xenobiotic metabolizing genes) and TS gene (DNA synthesis) in patients with ALL and in controls individuals. We analyzed 132 patients and 300 health controls by PCR-RFLP technique. The CYP2D6*3 variant was more frequent on the case group. The EPHX1*2 and the triple repeat (3R) of TS gene were more frequent on the control group. The heterozygous genotype for the TS gene and the homozygous for the MPO gene were more prevalent on the female group, suggesting an association of these polymorphisms with the gender. We did not find any association with the studied polymorphisms and the response to therapy. Beyond these data, is it possible to suggest an association of these polymorphisms and the leukemia development susceptibility, emphasizing the importance of the polymorphism determination for prognosis and for the prevention, related to the increased risk of the diseases related to environmental exposure.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lorena Cristina.pdf: 430117 bytes, checksum: 09642b3a4726659137a90dcbf634ba90 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / Tuberculosis is a serious public health problem all over the world. It has been demonstrated that different M. tuberculosis strains, characterized by the RFLP-IS6110 standard technique, have different virulence properties and antibiotic resistance. The aim of this study was to characterize M. tuberculosis strains isolated from patients attending two state reference hospitals of Goiânia-Goiás, using the RFLP-IS6110 technique. Positive cultures of M. tuberculosis sampled and isolated from January 2006 to June 2007 had their DNA extracted. A total of 142 viable DNA samples were analyzed, of which 126 samples presented an RFLP-IS6110 profile. Similarities comparisons between samples, as well as with literature reported profiles, were done with Bionumerics software (version 4.0). Forty three percent of the samples could be grouped in 24 clusters, when analyzed by the RFLP method, suggesting recent transmission among individuals belonging to the same cluster, however those patients did not present any epidemiological relationship, suggesting possible casual transmission between members of the same cluster. When compared with strain profile of the MDR-TB, three samples had grouped in the clade formed by families virulent. This study strengthens the importance of determining transmission routes not only within the state of Goiás but in the entire country, since there is the possibility of resistant strains transmissions. / A tuberculose é um grave problema de saúde pública em todo o mundo. Foi demonstrado que diferentes cepas de M. tuberculosis, caracterizadas pela técnica padrão mundial, RFLP-IS6110, possuem diferentes graus de virulência e resistência a antibióticos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar as cepas de M. tuberculosis isoladas de pacientes atendidos em dois serviços de referência na cidade de Goiânia-Goiás no período de janeiro de 2006 a junho de 2007, utilizando a técnica RFLP-IS6110. Foram processadas para cultura 175 amostras de escarro com baciloscopias positivas e um total de 142 culturas positivas para M. tuberculosis tiveram seus DNA extraídos, estes foram posteriormente submetidos a técnica de southern blotting para obtenção de seus perfis de bandas de RFLP-IS6110. Destas, 126 amostras apresentaram um perfil de RFLP-IS6110 de fácil comparação de similaridade no programa BioNumerics (versão 4.0). As amostras analisadas pelo RFLP-IS6110 permitiram o agrupamento de 43% das amostras em 24 clusters, sugerindo transmissão recente entre indivíduos agrupados, contudo estes pacientes não apresentaram nenhuma relação epidemiológica, sugerindo possíveis transmissões casuais entre membros de um mesmo cluster. Quando comparamos as amostras com linhagens MDR descritas na literatura, três se agruparam no clado formado pelas famílias virulentas. Este estudo fortaleceu a importância de se traçar cadeias de transmissões bem como a necessidade de se manter um controle de imigrantes e emigrantes visto que há a possibilidade de disseminação de cepas resistentes.