Dissertação (mestrado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2006 / Inclui bibliografia / A proteção da propriedade intelectual das invenções biotecnológicas, não obstante seja objeto de inúmeras divergências políticas, éticas, ideológicas, dentre outras, é uma realidade mundial em decorrência de acordos e tratados internacionais. Destarte, es

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-05-08T15:25:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 350446 bytes, checksum: c288963f7978e29ea767ae95ac4c59a9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T15:25:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 350446 bytes, checksum: c288963f7978e29ea767ae95ac4c59a9 (MD5) Previous issue date: 2003-10-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foram conduzidos dois experimentos: 1) retardamento de colheita como método de diferenciação de genótipos de soja, visando qualidade fisiológica de sementes; 2) relação entre retardamento de colheita, lipoxigenase, teor de ácido linolênico e qualidade fisiológica de sementes de soja. O primeiro experimento teve como objetivo principal avaliar se o retardamento de colheita pode se constituir em método eficiente para a seleção de genótipos com alta qualidade de sementes. Foram instalados ensaios de campo com genótipos identificados por: LOX-Linb (ausência de lipoxigenase e baixo teor de ácido linolênico); LOX+Linn (presença de lipoxigenase e teor normal de ácido linolênico); LOX-Linn (ausência de lipoxigenase e teor normal de ácido linolênico) e LOX+Linb (presença de lipoxigenase e baixo teor de ácido linolênico). As sementes foram colhidas nos estádios R8, R8+15 e R8+30 dias e submetidas aos testes de germinação, primeira contagem de germinação, envelhecimento acelerado, índice de velocidade de emergência, emergência de plântulas em leito de areia, condutividade elétrica e aldeídos totais. O retardamento de colheita realizado a partir do estádio R8+15 dias foi eficaz em diferenciar a qualidade fisiológica das sementes dos genótipos estudados. Em geral, os genótipos que não possuíam lipoxigenase em sua constituição apresentaram melhor qualidade fisiológica de sementes. No segundo experimento o objetivo foi avaliar a influência das características ausência e presença de lipoxigenase e teor de ácido linolênico na qualidade fisiológica das sementes. As sementes utilizadas receberam as mesmas identificações como no primeiro experimento. As sementes foram colhidas nos estádios R8, R8+15 e R8+30 dias. Parte dessas sementes foram imediatamente submetidas aos testes de germinação, primeira contagem, envelhecimento acelerado, índice de velocidade de emergência, condutividade elétrica e teste de emergência em leito de areia. A outra parte restante foi armazenada por 6 meses e, a cada 2 meses, submetidas aos mesmos teste anteriormente citados. A deterioração dos genótipos estudados foi mais influenciada pelo teor de ácido linolênico do que pela lipoxigenase. Em geral, os genótipos de sementes de soja com baixo teor de ácido linolênico apresentaram maior vigor ao longo do armazenamento. O genótipo caracterizado pela presença de lipoxigenase e teor normal de ácido linolênico apresentou a pior qualidade de sementes. / In this work two experiments were carried out: 1) Harvest delay as a method differentiation of soybean genotypes for seed physiological quality. 2) analysis of the relationship among delayed harvest, lipoxygenases, linolenic acid content and physiological seed quality of soybean seeds. The first experiment were carried out with the objective to evaluate the effect of delaying harvest on the differentiation of seed quality. Four different genotypes were utilized: LOX-Linb (seeds without lipoxygenase and low linolenic acid content); LOX+Linn (seeds with lipoxygenase and normal linolenic acid content); LOX-Linn (seeds without lipoxygenase and normal linolenic acid content) e LOX+Linb (seeds with lipoxygenase and low linolenic acid content). The seeds were harvest at the R8 stage, and at 15- and 30- days after R8. Seed physiological quality was evaluated by the germination test, accelerated aging, emergence speed, electric conductivity, seedling emergence. It was concluded that: the delayed harvest from R8+15 days was efficient to differentiate genotypes for seed physiological quality. Genotypes seeds without lipoxygenase showed higher seed physiological quality. The second experiment were carried out with the objective of to evaluate the effects of lipoxygenases and linolenic acid content on seed quality after delaying harvest. The utilized genotypes had the same identification as on the first experiment. The seeds were harvested at the R8 stage, 15 - and 30-days after R8. Part of the seeds was evaluated for physiological quality (same as in the first experiment). Another portion was stored during 6 months and every 2 months it was submitted to the same physiological tests. It was concluded that: The deterioration of soybean seeds was more affected by linolenic acid content than lipoxygenase. The soybean genotypes with low linolenic acid content presented higher vigor after storage. The genotype by with lipoxygenase and normal linolenic acid content showed the lowest seed quality.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-10T13:08:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 734479 bytes, checksum: dcd87645d1e8d78a8a5ad22880dd5630 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:08:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 734479 bytes, checksum: dcd87645d1e8d78a8a5ad22880dd5630 (MD5) Previous issue date: 2002-06-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Há muito tempo que as características relacionadas à coloração do fruto e sua qualidade nutricional têm sido consideradas desejáveis para manipulação em citros. Entretanto, a produção de novas cultivares dessas plantas tem sido limitada pelos vários obstáculos que impedem o seu melhoramento genético. A biotecnologia, por meio das técnicas de cultura de tecidos e transformação genética de plantas, surge como uma opção viável para contornar esse problema. Os objetivos do presente estudo foram isolar e caracterizar alguns genes envolvidos na rota biossintética de carotenóides de Citrus paradisi (Macf.) e desenvolver metodologias de regeneração in vitro e transformação genética para manipulação dessa rota biossintética em citros, visando alterar o conteúdo de provitamina A, a coloração do fruto e o porte das plantas. Utilizando-se a técnica de RT-PCR, as seqüências de cDNAs dos genes da sintase do fitoeno (AF152892), desaturase do fitoeno (AF364515), desaturase do ζ-caroteno (AF372617), ciclase-β do licopeno (AF152246) e ciclase-ε do licopeno (AF486650) foram isoladas de C. paradisi. Em geral, essas seqüências apresentaram elevada homologia aos genes correspondentes em tomate, com identidade de 72-83% em nível de aminoácidos. Dois ou mais transcritos diferentes foram identificados para três dos cinco genes caracterizados nesse estudo. Em cada caso, um ou mais transcritos foram considerados aberrantes, em que a produção de polipeptídeos não-funcionais foi predita. Estudos de expressão gênica revelaram que a maioria dos genes isolados é transcricionalmente regulada durante o desenvolvimento do fruto. No entanto, a diferenciação da coloração do fruto entre as cultivares de C. paradisi pode ser causada por mutações na seqüência aberta de leitura e não por regulação transcricional diferencial, sendo a desaturase do fitoeno e/ou ciclase-ε do licopeno os genes candidatos pelas diferenças observadas. Na avaliação da morfogênese in vitro de tecidos derivados de epicótilos de limão ‘Cravo’ (C. limonia Osb.), pomelo ‘Foster’ (C. paradisi Macf.) e laranja ‘Pêra’ [C. sinensis (L.) Osb.], verificou-se diferentes respostas às condições de cultivo in vitro em função da cultivar, da região do epicótilo utilizada como fonte de explantes, da composição do meio de cultura e das condições de incubação. Um sistema eficiente de transformação genética via Agrobacterium tumefaciens foi desenvolvido para C. paradisi, examinando-se os efeitos de seis fatores na eficiência de transformação. A pré- cultura dos explantes e a composição do meio de co-cultivo foram os fatores que mais influenciaram a eficiência de transformação. O protocolo otimizado foi empregado na produção de plantas transgênicas contendo os genes da sintase do fitoeno, desaturase do fitoeno ou ciclase-β do licopeno sob expressão constitutiva. / Fruit color and its nutritional value have been considered desirable for manipulation in citrus for a long time. However, citrus breeding has been limited due to several factors that hinder its genetic improvement. Plant biotechnology appears to be a viable option for the improvement of citrus species by means of the plant tissue culture and genetic transformation techniques. The objectives of this study were to isolate and characterize some genes involved in the carotenoid biosynthetic pathway of Citrus paradisi (Macf.) and to develop protocols of in vitro regeneration and genetic transformation for manipulation of this pathway in citrus, aiming to change the provitamin A content, fruit color, and plant height. By using the RT-PCR technique, the cDNA sequences of the genes phytoene synthase (AF152892), phytoene desaturase (AF364515), ζ-carotene desaturase (AF372617), lycopene β-cyclase (AF152246), and lycopene ε-cyclase (AF486650) were isolated from C. paradisi. In general, they were highly homologous to the corresponding tomato genes at the amino acid level, with identity ranging from 72-83%. Two or more different transcripts were identifyed for three of the five genes characterized in this study. In each case, one or more of the transcripts were aberrant, so that the production of a nonfunctional protein would be predicted. The expression analysis of the isolated carotenoid biosynthetic genes indicated complex expression patterns during fruit development. However, the fruit color differentiation between the grapefruit cultivars may be caused by frame-shift mutation and not by differential transcriptional regulation, with phytoene desaturase and/or lycopene ε-cyclase being the candidate genes for fruit color differences. The in vitro responses of epicotyl explants from ‘Cravo’ rangpur lime (Citrus limonia Osb.), ‘Foster’ grapefruit (C. paradisi Macf.), and ‘Pêra’ sweet-orange [C. sinensis (L.) Osb.] varyed according to cultivar, region of the epicotyl used as source of explant, culture medium composition, and incubation conditions. An improved protocol for Agrobacterium-mediated transformation of epicotyl explants from ‘Duncan’ grapefruit was developed by examining the effects of six different factors on the efficiency of transformation and combining the best treatments for each factor. The preculturing of the explants and the composition of the cocultivation medium were the factors that most influenced transformation efficiency. The optimized protocol was successfully employed in the production of transgenic grapefruit plants containing the carotenoid biosynthetic genes phytoene synthase, phytoene desaturase, or lycopene β-cyclase under constitutive expression. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T16:58:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 877440 bytes, checksum: 7786ed59457e565fc3880bd95630df06 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T16:58:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 877440 bytes, checksum: 7786ed59457e565fc3880bd95630df06 (MD5) Previous issue date: 2004-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho teve como objetivo a caracterização e identificação de QTL ́s para características de crescimento e de qualidade da madeira em híbridos de eucalipto derivados do cruzamento E.grandis e E. urophylla. Para isto foi desenvolvido um mapa de ligação RAPD, pouco saturado, para os híbridos (LOD = 3 e r = 0,40) contendo 52 marcas e 12 grupos de ligação. Foram utilizados 90 indivíduos de população F1, “pseudotestcross” e 176 marcadores RAPD, a partir da amplificação com 63 oligonucleotídeos decâmeros de seqüência arbitrária. As características de qualidade da madeira densidade; rendimento de polpa; teor de extrativos; teor de lignina insolúvel, teor de lignina solúvel determinadas em espectrofotômetro de infravermelho e as características de crescimento, diâmetro altura do peito (D.A.P.); altura total, altura comercial; foram avaliadas quanto a presença de QTL ́s. As análises de QTL foram feitas utilizando os testes: de segregação do χ 2 , mapeamento por marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto. Todas as análises geraram resultados consistentes que indicam 9 QTL ́s relacionados com a expressão de 7 das 8 características avaliadas, respectivamente: 1 QTL para densidade, 1 QTL para rendimento de polpa e 2 QTL ́s para teor de extrativos confirmados pelas metodologias de mapeamento por intervalo simples e composto e 1 QTL para teor de lignina solúvel, 2 QTL ́s para teor de lignina insolúvel, 1 QTL para D.A.P. e 1 QTL para altura total confirmados apenas pela metodologia de mapeamento por intervalo composto. A sobreposição de QTL ́s em determinadas regiões dos grupos de ligação pode ser resultado da existência de regiões do genoma mais importantes para o crescimento e desenvolvimento da planta sugerindo a existência de blocos gênicos de maior efeito relacionados com a regulação e controle das características estudadas. / The present work aimed to characterize and identify QTL ́s for wood quality and growth characteristics in E. grandis x E. urophylla hybrids. For this purpose a RAPD linkage map was developed for the hybrids (LOD = 3 and r = 0.40), containing 52 markers and 12 linkage groups. For the map development, 176 RAPD markers from 63 random primers were used in a F1 full siblings population of 90 plants. Characteristics related to wood quality such as: density, cellulose pulp yield, percentage of extractives, percentage of insoluble lignin, percentage of soluble lignin, determined in a near infrared spectrophotometer - NIRS and the growth characteristics: circumference at breast height (CBH), total height, and commercial height were used in the QTL analyses. QTL’s analyzes were performed using chi-square tests, single-marker analysis, interval mapping and composite interval mapping analyses. All approaches led to the identification of similar QTL ́s, respectively: one QTL associated with wood density, two for cellulose pulp yield and two for percentage of extractives, were detected and confirmed by the interval mapping and composite interval mapping. One QTL associated with percentage of soluble lignin, two for percentage of insoluble lignin, one for C.B.H. and one for total height confirmed only by the composite interval mapping methodology. The QTL ́s overlapping can be the result of major genes involved in the regulation and control of the growth traits by epistatic interactions with other genes.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-14T12:38:14Z No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 25134 bytes, checksum: d1f28b726d8703c03b84e1bff5ffec94 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-14T12:38:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 resumo.pdf: 25134 bytes, checksum: d1f28b726d8703c03b84e1bff5ffec94 (MD5) Previous issue date: 2004-03-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seqüência de nucleotídeos contendo o gene ple1 que codifica pectina liase em Penicillium expansum foi clonada. Esta seqüência contém 874 nucleotídeos da região promotora, 1342 nucleotídeos da região codificadora e 469 nucleotídeos da região terminadora. A região codificadora do gene ple1 é interrompida por dois íntrons, de 101 e 116 nucleotídeos, confirmados pela seqüência do cDNA. Na seqüência da região promotora de ple1 foi observado cis-elementos envolvidos na regulação da expressão desse gene, como TATA box (TATATAA) na posição -91 do códon de início da tradução, sendo esta seqüência precedida por uma região rica em pirimidinas e CAAT box (CCAATT) a -568 do códon de inicio da tradução. A proteína PLE1, deduzida a partir da seqüência de nucleotídeos possui 374 resíduos de aminoácidos, com massa molecular estimada de 40,1 KDa e pI calculado de 9,46. Análise por hibridização do DNA total de P. expansum e P. griseoroseum com um fragmento de DNA de 2,1 Kb que corresponde ao gene pelA de A. niger, indicou organização semelhante dos genes de PL no genoma destes fungos. A expressão do gene ple1, avaliada pela hibridização do RNA total com um fragmento de DNA que corresponde à região estrutural do gene ple1 mostrou que o transcrito foi detectado durante todo tempo de cultivo em presença de pectina. No entanto, quando cultivado em presença de sacarose, o transcrito somente foi detectado em 12 e 24 horas de cultivo, com adição de extrato de levedura. A caracterização morfológica de P. expansum e P. griseoroseum mostrou diferenças nítidas tanto no diâmetro quanto na coloração do verso das colônias destes fungos. Diferenças na organização da região subtelomérica dos cromossomos de P. expansum e P. griseoroseum, foram observadas quando o plasmídeo pTEL13 foi utilizado como sonda. A região ITS do rDNA de P. expansum tem 600 pb e de P. griseoroseum 594 pb. As linhagens transformantes obtidas com os plasmídeos pPlg1 e pNPG1, apresentaram aumentos na atividade de PL de no máximo 3 vezes. Análise por hibridização do DNA total dos transformantes indicou a ocorrência de integrações homólogas e heterólogas de pelo menos duas cópias do gene plg1. Foi construído um vetor de expressão, denominado pAN52-Plg1 que continha o gene plg1 sob o controle do promotor forte constitutivo do gene (gpdA) de A. nidulans. A transformação da linhagem mutante PG63 utilizando este vetor e o pNPG1, resultou na obtenção de uma linhagem recombinante (105) com aumento de 58 vezes na atividade de PL, quando cultivada em presença de glicose como fonte de carbono. Seis linhagens recombinantes foram avaliadas por hibridização apresentando integração heteróloga de mais de uma cópia do gene plg1 no genoma. Avaliação das proteínas extracelulares por eletroforese (SDS-PAGE) mostrou a presença de uma banda nítida e forte de aproximadamente 40 KDa presente no sobrenadante de cultivo da linhagem recombinante 105 que corresponde a PLG1. A atividade específica aparente de PL sintetizada por esta linhagem foi 44 e 27 vezes maior do que aquela obtida para linhagem mutante PG63 e de uma preparação comercial de pectinases “Citrus Clear”, respectivamente. O cultivo da linhagem recombinante 105 em meio contendo caldo de cana promoveu uma atividade de PL 132 vezes maior do que a atividade obtida pela linhagem PG63 cultivada nesta mesma fonte de carbono. A atividade de PL da linhagem recombinante 105, cultivada em diferentes volumes de meio, aumentou linearmente com o tempo. Pectina cítrica, quando utilizada como substrato, promoveu maior atividade de PL. A enzima mostrou ser estável em ampla faixa de pH e temperatura de armazenamento. Estes resultados mostram que a linhagem recombinante 105 é promissora para produção de PL em escala industrial, principalmente, para aplicação na indústria de sucos e vinhos, onde o emprego apenas da PL apresenta várias vantagens na qualidade do produto final. / The sequence of the pectin lyase-enconding gene ple1, from Penicillium expansum, was cloned. This sequence consists of 874 nucleotides of the promoter region, 1342 nucleotides of the coding region, and 469 nucleotides of the terminator region. The coding region of ple1 is interrupted by two introns of 101 and 116 nucleotides, confirmed by cDNA sequencing. Two cis-elements, TATA box (TATATAA) and CAAT box (CCAATT), were found at the positions 91 and 568 upstream from the translation start code, respectively. The deduced amino acid (aa) sequence (374 aa) of PLE1 has an estimated molecular mass of 40.1 KDa and a calculated pI of 9.46. One putative N- glycosylation site was found at Asn 112 . Southern blot analysis of genomic DNA from P. expansum and P. griseoroseum with a 2.1 kb-DNA fragment of the gene pelA from A. niger indicated that this gene is similarly organized in the genomes of these fungi. The hibridization of total RNA with a fragment of the coding region of ple1 showed that the transcript was detected diring the whole of cultivation in a medium containing pectin. However, when the fungus was cultivated in the presence of sucrose with addition of yeast extract, the transcript was detected only at 12 and 24 hours of cultivation. The morphologic characterization of P. expansum and P. griseoroseum showed clear differences in the xdiameter and in the coloration of the botton of the colonies. Differences in the organization of the subtelomeric region of chromosomes of P. expansum and P. griseoroseum, were observed when the plasmid pTEL13 was used as a probe. The ITS region of the rDNA of P. expansum has 600 bp and that of P. griseoroseum 594 bp. The transformants obtained with the plasmids pPlg1 and pNPG1 presented increases in the activity of PL of at the least 3 times the active of the wild type. The hibridization profile of the genomic DNA of the transformants showed the occurrence of homologous and heterologous integrations of at least two additional copies of the gene plg1 in the genome. It was not possible to define the exact number of copies and correlate it with PL activity. An expression vector was built, designated pAN52-Plg1 that contained the gene plg1 under the control of the strong constitutive promoter gpdA of A. nidulans. The transformation of the mutant strains PG63 using this vector and the pNPG1 resulted in the isolation of a recombinant strain (105) with a PL activity 58 times higher than that of the wild type, when cultivated in glucose as the sole carbon source. Six recombinants were analised by hybridization that presented heterologous integration of more than one copy of plg1. Evaluation of the extracellular proteins by electrophoresis (SDS-PAGE) showed the presence of a clear and strong band of approximately 40 KDa in the cultivation filtrate of the recombinant 105. This band corresponded to PLG1. The apparent specific activity of PL synthesized by this strain was 44 and 27 times higher than that obtained for the strain PG63 and for a commercial preparation of pectinolytic enzymes (Citrus Clear), respectively. The cultivation of the recombinant strain 105 in a medium containing sugar cane juice promoted a PL activity that was 132 times higher than that for the strain PG63 cultivated with the carbon source. PL activity of the recombinant strain 105, cultivated in different volumes of medium, increased linearly with time. Citric Pectin, when used as substrate, supported higher PL activity. The enzyme was stable in a wide range of pH and storage temperature.

Submitted by Estagiário SPT BMHS (spt@fgv.br) on 2011-11-04T11:16:00Z No. of bitstreams: 1 000054291.pdf: 6044021 bytes, checksum: 0ce53b1156d9525aa2823bb5a2304488 (MD5) / Approved for entry into archive by Estagiário SPT BMHS (spt@fgv.br) on 2011-11-04T11:16:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 000054291.pdf: 6044021 bytes, checksum: 0ce53b1156d9525aa2823bb5a2304488 (MD5) / Approved for entry into archive by Estagiário SPT BMHS (spt@fgv.br) on 2011-11-04T11:16:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 000054291.pdf: 6044021 bytes, checksum: 0ce53b1156d9525aa2823bb5a2304488 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-11-04T11:16:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000054291.pdf: 6044021 bytes, checksum: 0ce53b1156d9525aa2823bb5a2304488 (MD5) Previous issue date: 1989 / Este estudo analisa a politica de biotecnologia formulada e implantada no Brasil na última década, situan do-a no contexto mais amplo do desenvolvimento social, poli tico e econômico, onde são forjadas as politicas públicas pa ra a área de ciência e tecnologia. - Visando uma melhor compreensao sobre o Estado e em 'especial sobre a comunidade cientifica, no processo de for mulação e implementação da politica de biotecnologia, o estu do passa em revista os principais documentos governamentais onde se consubstanciam as intenções do governo brasileiro pa ra esse setor. Analisa também o papel que vem desempenhando o CENARGEN com relação à politica nacional de biotecnologia, em especial a atuação de seus pesquisadores. Finalmente esse trabalho procura levantar elemen tos que permitam uma visao dos rumos que se abrem à politica de biotecnologia no Brasil.

MARTINS, Maria Gleiciane De Queiroz. Bioprospecção de proteínas da esponja marinha Aaptos sp. por análise proteômica. 2015. 67 f. : Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2015 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-27T14:14:45Z No. of bitstreams: 1 2015_tese_mgqmartins.pdf: 1676608 bytes, checksum: 5949b16ede3a943dff4e0208ea167426 (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-27T14:15:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_tese_mgqmartins.pdf: 1676608 bytes, checksum: 5949b16ede3a943dff4e0208ea167426 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-27T14:15:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_tese_mgqmartins.pdf: 1676608 bytes, checksum: 5949b16ede3a943dff4e0208ea167426 (MD5) Previous issue date: 2015 / Marine sponges are a rich reserve of natural substances, many of them of immense biotechnological interest. They comprise a promising group in providing bioactive compounds for humanity. Thus, research on new drugs from natural sources suggest that marine sponges have important bioactive compounds ponteciais: pharmacological, antimicrobial; antitumor; antiviral; anti-inflammatory; immunosuppressive; cardiovascular; neurosupressor; muscle relaxant and pollution biomarker. Analysis of expressed proteins is an important approach to determine the function of these molecules in a given organism. This study aimed to bioprospect proteins expressed by the marine sponge Aaptos sp. collected in Icarai de Amontada, Ceará, who may have biotechnological potential. For the realization of this approach were used as strategies the two-dimensional electrophoresis (2-DE) and bioinformatics. The 2-DE is a tool used to separate proteins from different organisms. Knowing the proteins expressed in the study sponge can be established Protein patterns characteristic of the species under study. Based on the above, this study used 2DE to investigate the expressed protein Aaptos sp. In order to make the extraction of total proteins was performed using 400 mg of the marine sponge Aaptos sp. For qualitative and quantitative analysis of proteins was used the method of Bradford and SDS-PAGE, respectively. From the total protein extract was determined the two-dimensional reference map for marine sponge in the study. The adjustment of images of two-dimensional gels, the protein spot detection and evaluation of data to determine apparent molecular weight (MW) and isoelectric point (pI) of the spots was made by the ImageMaster software 7. Expressed proteins were identified using the values of pI and MM spot against a UniProt protein database available on the ExPASy server. The average number of protein spots of replicas of the gels 2DE was 124. The highest abundance proteins was observed in 2DE gels in the pH range of 4 to 6.7 and with MM between 13 to 119.67 kilodalton (kDa). From the 2DE reference gel was identified 122 proteins of which 61, 46 and 15 belong to the Cnidaria taxon deuterostomia and Porifera, respectively. The proteins identified Porifera belong to functional category: ATP binding, structural component of the ribosome, catalytic activity, GTP binding, calcium ion binding and disulfide oxidoreductase activity. The functional category binding of ATP and GTP with more spots. Adicionadamente, was expressed proteins with important molecular functions already hued in the literature but not in Aaptos sp., thus indicating the importance of these marine sponges as a source of protein information that may be studied in the future for their potential use as biotechnological tools in several areas and can be used in studies to elucidate the metabolic pathways and the development of drugs against possible pathologies. / As esponjas marinhas constituem uma rica reserva de substâncias naturais, muitas delas de imenso interesse biotecnológico. Elas compreendem um grupo promissor no fornecimento de compostos bioativos para a humanidade. Desta forma, pesquisas de novas drogas de fontes naturais sugerem que as esponjas marinhas possuem importantes compostos bioativos com ponteciais: farmacológico, antimicrobiano; antitumoral; antiviral; antiinflamatório; imunossupresor; cardiovascular; neurosupressor; relaxante muscular bem como biomarcador de poluição. A análise de proteínas expressas é uma abordagem importante para determinar a função dessas moléculas em um determinado organismo. Esse trabalho teve como objetivo bioprospectar proteínas expressas pela esponja marinha Aaptos sp. coletada no Icaraí de Amontada, Ceará, que possam apresentar potencial biotecnológico. Para a realização dessa abordagem, foram utilizadas como estratégias a eletroforese bidimensional (2-DE) e a bioinformática. A 2-DE é uma ferramenta utilizada para separar proteínas de diversos organismos. Conhecendo-se as proteínas expressas na esponja estudada pode-se estabelecer padrões protéicos característicos da espécie em estudo. Com base no exposto, neste estudo foi utilizado 2DE para investigar as proteínas expressas de Aaptos sp. A fim de fazer a extração de proteínas totais foi realizada a partir de 400 mg da esponja marinha Aaptos sp. Para análise quantitativa e qualitativa das proteínas foi utilizado o método de Bradford e SDS-PAGE, respectivamente. A partir das proteínas totais extraídas foi determinado o mapa bidimensional de referência para a esponja marinha em estudo. O ajuste das imagens dos géis bidimensionais, a detecção de spots protéicos e a avaliação dos dados para determinação massa molecular aparente (MM) e ponto isoelétrico (pI) dos spots foi feito pelo programa ImageMaster 7. Proteínas expressas foram identificadas utilizando os valores de pI e MM do spot contra um banco de dados de proteínas UniProt disponível no servidor ExPASy. O número médio de spots protéicos das replicas dos géis 2DE foi de 124. A maior abundância de proteínas foi observada nos géis 2DE na faixa de pH de 4 a 6,7 e com MM entre 13 a 119,67 quilodalton (kDa). A partir do gel 2DE de referencia foi identificado 122 proteínas das quais 61, 46 e 15 pertencem aos táxon cnidária, deuterostomia e porífera, respectivamente. As proteínas identificadas de porífera pertencem a categoria funcional: ligante de ATP, componente estrutural do ribossomo, atividade catalítica, ligante de GTP, ligante de íon de cálcio e atividade dissulfeto oxidoredutase. Sendo a categoria funcional ligante de ATP e de GTP com maior número de spots. Adicionadamente, houve proteínas expressas com importantes funções moleculares já relada na literatura, porém não em Aaptos sp., assim indicando a importância destas esponjas marinhas como fonte de informação proteica que poderão ser estudadas no futuro quanto ao seu potencial uso como ferramentas biotecnológicas em diversas áreas, podendo ser empregadas em estudos que possam elucidar as vias metabólicas bem como o desenvolvimento de fármacos contra possíveis patologias.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-09-05T16:40:12Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5411841 bytes, checksum: 2b648d950b659d781e03951504351692 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T16:40:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5411841 bytes, checksum: 2b648d950b659d781e03951504351692 (MD5) Previous issue date: 2015-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O advento das tecnologias de sequenciamento de nova geração possibilitou avanços significativos no campo do conhecimento dos genomas dos organismos. Com a redução dos custos de sequenciamento e aumento na rapidez do processamento das amostras, o número de genomas sequenciados e disponíveis em bancos de dados cresceu exponencialmente. Paralelamente, ocorreu um aumento na propagação de erros associados à anotação das sequências, que gera um impacto negativo em pesquisas posteriores baseadas nestes dados. A revisão da anotação e a comparação entre as informações disponíveis em bancos de dados públicos com experimentos de validação oferece uma alternativa para a correção desses erros. Neste contexto, este trabalho realizou a re- anotação e padronização de 14 genomas de leveduras de interese biotecnológico e disponíveis em bancos de dados públicos. Para facilitar a análise, os genomas foram separados em dois grupos: o grupo 1 (11 linhagens de Saccharomyces cerevisiae) e o grupo 2 (3 espécies de Kluyveromyces). Após a re-anotação, os proteomas preditos foram submetidos ao algoritmo de agrupamento OrthoMCL, para identificação de grupos de ortólogos e parálogos. As sequências ortólogas desses organismos, juntamente com comparações por similaridade com o banco de dados NR e com o banco de domínios conservados CDD, possibilitou a criação de bancos de dados locais com uma grande riqueza de informações, como link de acesso para os resultados do BLAST . Análise dos dados dos genomas permitiu a comparação da família de proteínas álcool desidrogenase (ADH) dentro dos grupos. Na linhagem S. cerevisiae JAY 291 não foi possível identificar o gene ADH7. Adicionalmente, o grupo 2 não possui sequências similares ao ADH5. / The advent of new generation sequencing technologies has made capable substancial advances at genomes organism knowledge field. Lower sequencing costs along with faster sample processing, has grown a number of sequenced genomes and available databases exponentially. At the same time, associated annotation sequences errors became more common, causing a negative impact for upcoming researchs based on those databases. Review of annotation and comparison between available public databases with validation experiments offer an alternative solution for error repairs. In this context, this research performed a re-annotation and standarization of 14 yeast genomes of biotechnological interest and available on public database domain. In order to facilitate analysis, genomes were separated in two groups: group 1 (11 Saccharomyces cerevisiae strains) and group 2 (3 Kluyveromyces species). After their re- annotation, predicted proteomes were submitted to the clustering algorithm OrthoMCL for identification of orthologues and paralogues groups. The orthologues sequences of those organisms along with similarity comparisons with NR database and conserved domain database CDD, enabled the creation of local databases with an abundance of information, such as acess link to BLAST results. Genome data analysis made possible the comparison of alcohol dehydrogenase family (ADH) within the groups. The S. cerevisiae JAY 291 strain was not able to identify gene ADH7. Additionallly, group 2 does not have similarity sequences to ADH5.

MOURA, E. F. Geração de biofloco em sistema de lodo ativado tratando efluente de carcinicultura. 2017. 73 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Programa de Pós-Graduação em Ciências Marinhas Tropicais, Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2017-08-07T13:54:57Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_efmoura ok.pdf: 1624082 bytes, checksum: e7ba07c2ee1bca19ffc585c492bb3670 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2017-08-07T14:01:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_efmoura ok.pdf: 1624082 bytes, checksum: e7ba07c2ee1bca19ffc585c492bb3670 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-07T14:01:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_efmoura ok.pdf: 1624082 bytes, checksum: e7ba07c2ee1bca19ffc585c492bb3670 (MD5) Previous issue date: 2017 / Biological processes have been widely used to treat effluents due to the high rate of organic matter degradation and relatively low cost. The activated sludge system is one of the most suitable for treating shrimp effluents. In parallel, this system can generate suitable biofloc to supplement the nutritional needs of shrimp. The objective of this work was to produce biofloc in an activated sludge system reactor in laboratory scale, while treating effluents of the shrimp farming, to analyze its bromatological composition and to investigate the presence of Bacillus spp. The wastewater from the experimental shrimp culture was enriched with sugarcane molasses, nitrogen and phosphorus in the proportion 100C: 5N: 1P. The physical and chemical parameters such as pH, dissolved oxygen, volatile suspended solids, sedimentable solids, and Removal of COD were analyzed. Bacillus spp. were quantified by Standard Plate Count. These were found in all stages of the reactor (affluent to the system, aeration tank, decanter and effluent to the system), even in small amounts. COD removal efficiency was, on average, 68 ± 0.19%; Mean pH 7.6, dissolved oxygen ranged from 0.6 to 4.5 mg / L, mean volatile suspended solids of 2.88 ± 1.40 g / L. The biofloc presented 45.82% crude protein, 20.57% moisture and volatile, 1.54% ethereal extract, 0.22%, crude fiber and 8.71% mineral matter. The amount of crude protein was compatible with the nutritional requirement of the marine shrimp,sugesting it as an alternative to obtain biofloc that requires more studies. In addition, the removal of organic matter was sufficient to comply with Brazilian environmental legislation. As for Bacillus spp. they can be incorporated into the biofloc generated in aerobic treatment systems, constituting a possible alternative source for probiotics added to L. vannamei cultures. / Processos biológicos têm sido muito utilizados para tratamento de efluentes, devido à alta taxa de degradação da matéria orgânica e custo relativamente baixo. O sistema de lodos ativados é um dos mais adequados para tratar efluentes da carcinicultura. Paralelamente, este sistema pode gerar bioflocos adequados para suplementar as necessidades nutricionaisdos camarões. O objetivo deste trabalho foi produzir biofloco em um reator de sistema de lodos ativados, em escala de laboratório, que tratava efluentes da carcinicultura, analisar sua composição bromatológica e investigar a presença de Bacillus spp. no lodo gerado A água residuária do cultivo experimental de camarõees foi enriquecida com melaço de cana-de-açúcar, nitrogênio e fósforo (100C:5N:1P) cujos parâmetros físico-químicos, pH, oxigênio dissolvido, sólidos suspensos voláteis, sólidos sedimentáveis e remoção de DQO foram analisados. Bacillus spp. foram quantificados por Contagem Padrão de Placas. Estes foram encontrados em todas as etapas do reator (afluente ao sistema, tanque de aeração, decantador e efluente ao sistema), mesmo que em pequenas quantidades. A eficiência de remoção de DQO foi, em média, de 68 ± 0,19 %; pH médio de 7,6, oxigênio dissolvido variou entre 0,6 e 4,5 mg/L, média dos sólidos suspensos voláteis de 2,88 ± 1,40 g /L . O biofloco apresentou 45,82 % proteína bruta, 20,57 % umidade e voláteis, 1,54 % extrato etéreo, 0,22 %, fibra bruta e 8,71 % matéria mineral. A quantidade de proteína bruta foi compatível com a exigência nutricional dos camarões marinhos, sendo uma alternativa de obtenção de biofloco que requer estudos mais aprofundados. Além disso, a remoção de matéria orgânica foi suficiente para atender a legislação ambiental. Quanto aos Bacillus spp., os mesmos podem ser incorporados ao biofloco gerado em sistemas de tratamento aeróbio, constituindo uma possível fonte alternativa para probióticos acrescentados a cultivos de L. vannamei.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2014. / Made available in DSpace on 2014-08-06T18:03:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 326890.pdf: 1550379 bytes, checksum: 4467973ef072bbc92664ef0a80daa810 (MD5) Previous issue date: 2014 / A depuração de moluscos bivalves é um processo utilizado que resulta na expulsão de patógenos humanos presentes em seus tecidos. Durante a depuração, a etapa de desinfecção da água do mar é de extrema importância, sendo a luz ultravioleta (UV) o principal desinfetante utilizado. Modelos virais são geralmente empregados para substituir vírus fastidiosos em estudos de viabilidade. O adenovírus recombinante que expressa a proteína verde fluorescente (rAdV-GFP) oferece uma potencial aplicação no campo da virologia ambiental. Assim, este trabalho teve por objetivo avaliar a eficiência na desinfecção viral de um tanque de depuração de moluscos com sistema fechado acoplado a um tratamento de luz UV utilizando os modelos rAdV-GFP e norovírus murino (MNV-1). Primeiramente, foi estabelecido o tempo de pós-infecção em que era possível detectar a fluorescência em células infectadas com o adenovírus recombinante. Em seguida, foi avaliado o limite de detecção das técnicas de citometria de fluxo e microscopia de fluorescência e comparados com o ensaio de placa de lise. Para avaliar a eficiência da depuração na água do mar foram utilizados dois tanques, sendo um com tratamento com luz UV (36W) e outro sem tratamento. Para aferir a influência da água do mar na estabilidade viral, a água foi inoculada com rAdV-GFP e MNV-1 e foram feitas amostragens de um litro no tempo inicial (0h) e após 24h e análise por microscopia de fluorescência. Como resultados, o tempo de pós-infecção estabelecido para detecção de células fluorescentes infectadas por rAdV-GFP foi de 24h. A citometria de fluxo mostrou baixa sensibilidade, ao contrário da microscopia de fluorescência, que foi semelhante ao ensaio de placa de lise. Em ambas as técnicas a água do mar não influenciou na detecção da fluorescência de células infectadas por rAdV-GFP. No ensaio de desinfecção da água do mar nos tanques de depuração, o MNV-1 foi completamente inativado após 24h em ambos os tanques. A viabilidade do rAdV-GFP decaiu 99,99% após 24h de depuração com UV e 48h no tanque sem tratamento. Neste trabalho, concluiu-se que o rAdV-GFP se mostrou um eficaz modelo viral para estudos de estabilidade e desinfecção de adenovírus humanos, sendo de fácil cultivo e replicação, de baixo custo, fornecendo resultado rápidos e com alta sensibilidade, principalmente pela técnica de microscopia de fluorescência. Além disso, o processo de depuração foi eficiente para inativação dos vírus estudados na água do mar, com maior eficiência quando aplicado o tratamento com luz UV.<br> / Abstract : Shellfish depuration is a process that results in the elimination of pathogens from their tissues. During purification, the disinfection of the seawater is of utmost importance for the inactivation of human pathogens and ultraviolet (UV) light is the main disinfectant used. Viral models are usually employed as surrogate of fastidious viruses in viability studies. The recombinant adenovirus expressing green fluorescent protein (GFP- rAdV) offers a potential application in environmental virology. This study aimed to evaluate the efficiency of viral disinfection on depuration that used closed system coupled with UV light treatment using rAdV-GFP and murine norovirus (MNV-1) as models. First, the time post infection at which it was possible to detect fluorescence in cells infected with the recombinant adenovirus cells was established. Next, we evaluated the detection limit of flow cytometry and fluorescence microscopy techniques compared with the plaque assay (PFU). To evaluate the efficiency of the seawater purification, two tanks were used, one coupled with UV light (36W) and one without UV light treatment. To assess the influence of seawater in the viral stability, water was inoculated with rAdV-GFP and MNV-1 and one liter sample was analyzed by fluorescence microscopy at the initial time (0h) and after 24h post seeding. The time post-infection established for the detection of infected GFP- fluorescent cells rAdV was 24h. Flow cytometry showed low sensitivity, when compared with fluorescence microscopy, which was similar to plaque assay. In both techniques the sea water matrix did not shown influence on the detection of fluorescence of GFP-rAdV infected cells. In the disinfection tests of sea water in the purification tanks, the MNV-1 was completely inactivated after 24 h in both tanks. rAdV-GFP declined 99.99% after 24 h in the tank coupled with UV and 48h in the tank without UV treatment. We concluded that the rAdV-GFP showed to be a effective viral model for stability studies and disinfection as surrogate for human adenoviruses, being easy to replicate in vitro, at low cost, giving quick results with high sensitivity, especially fluorescence microscopy method. Moreover, depuration process was effective to inactivate viruses in seawater with its efficiency improved when applying UV light for the water treatment.