O boro e o cálcio são nutrientes essenciais para o desenvolvimento das plantas, entretanto existem poucos registros da atuação destes dois nutrientes de forma conjunta em organismos vegetais. Buscando identificar e quantificar as possíveis implicações do micro e macronutriente no desenvolvimento morfogenético de Eucalyptus urophylla, calos foram cultivados in vitro com diferentes concentrações de boro (0, 25, 50, 100 e 200 µM.L-1) e cálcio (0; 3,75; 7,50; 11,25 e 15 mM.L-1) sendo avaliados posteriormente quanto a morfologia externa, morfologia interna, tamanho, conteúdo de massa fresca e seca e variação das respostas bioquímicas para o teor de prolina, carboidratos não estruturais solúveis totais, proteína solúveis totais e eletroforese em gel de poliacrilamida. De maneira geral, pode-se verificar que nos dois períodos avaliados as concentrações combinadas de boro e cálcio interferiram em aspectos da morfologia interna que ocasionaram respostas diretas em aspectos visuais das estruturas calogênicas. Da mesma forma, os parâmetros bioquímicos avaliados sofreram a ação das interações nutricionais testadas, determinando a importância desta interação em mecanismos metabólicos, celulares e bioquímicos. / Boron and calcium are essential nutrients in a plant development, but there are few registers of the common action of these two nutrients in a vegetal organisms. In order to identify and to quantify the possible implications of the micro and macronutrient in the morphogenetic development of Eucalyptus urophylla, calluses were cultivated in vitro with different concentrations of boron (0, 25, 50, 100 and 200 µM.L-1) and calcium (0; 3,75; 7,50; 11,25 and 15 mM.L-1) and evaluated in relation to external and internal morphology, morphology, size, fresh and oven dry weight, and the variation of biochemical responses to proline, total non-structural soluble carbohydrates, total soluble proteins and eletrophoresys in poliacrilamida gel. In general, it could be verified that in two evaluation periods the combined concentrations of boron and calcium had intervened in aspects of the internal morphology that had caused direct answers in visual impact in visual aspects of the calluses. Similarly, the biochemical parameters evaluated had suffered action from the tested nutritional interactions, determining the importance of this interactions in metabolic, cellular and biochemical mechanisms.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_CaracterizacaoIsoenzimaticaAnticorpos.pdf: 67207029 bytes, checksum: ecc3d739dcb244355da3cda77ca67e4c (MD5) Previous issue date: 2003 / Existe uma diversidade de espécies de Leishmania prevalentes na região Amazônica associadas à LTA configurando a etiologia múltipla da doença e, apesar do conhecimento da elevada ocorrência desta protozoose na Mesorregião do Baixo Amazonas, à oeste do Estado do Pará, quase nada era sabido sobre os agentes etiológicos da doença na referida área. Nesse sentido, o presente trabalho propôs-se a caracterizar por eletroforese de isoenzimas as amostras de Leishmania isoladas de pacientes procedentes da Mesorregião do baixo Amazonas, verificando a existência da correlação geográfica das espécies encontradas com a sua distribuição regional previamente conhecida, e ainda, verificando a presença de variação intraespecífica. A caracterização das 43 amostras de Leishmania foi feita por eletroforese em gel de amido utilizando sete sistemas enzimáticos (6PGDH, PGM, G6PD, MPI, GPI, ASAT E ALAT), comparando seus perfis eletroforéticos com os perfis das sete cepas-referência das espécies conhecidas da região. As amostras foram testadas previamente por imunofluorescência indireta com o uso de um painel com 23 anticorpos monoclonais (sistema biotina-avidina) apenas como uma triagem. A caracterização isoenzimática das amostras permitiu o seguinte resultado: 11 (25,28%) amostras de L. (V) braziliensis, 20 (46,50%) de L.(V) guyanensis, 2 (4,60%) de L.(L.) amazonensis, 4 (9,30%) de L.(V) shawi e 6 (13,95%) de L.(V) lainsoni. A eletroforese isoenzimática apresentou elevado poder discriminatório para a identificação das amostras estudadas, permitindo concluir que esta técnica representa uma importante ferramenta para a caracterização dos parasitos do gênero Leishmania. Nas cepas de L. (V) braziliensis observou-se pela primeira vez na Mesorregião do Baixo Amazonas a ocorrência de variação intraespecífica revelada pela presença de três serodemas. Nas cepas de L. (V) guyanensis observou-se a presença de duas variantes, uma que apresentou reatividade com o monoclonal B 19 (espécie-específico), porém com variação nas enzimas 6PGDH e PGM, e a Segunda, sem reatividade para este monoclonal e com perfis eletroforéticos semelhantes ao da cepa-referência L. (V) guyanensis especialmente nas enzimas 6PGDH, porém com tribandas, e na PGM, consideradas os melhores marcadores enzimáticos pelo seu elevado poder discriminatório. Dessa forma, descreveu-se pela primeira vez a ocorrência de diferentes espécies de Leishmania dermotrópicas na Mesorregião do Baixo Amazonas, as quais já tem registro na região norte do Brasil, sugerindo a transmissão simpátrica das espécies encontradas na referida área estudada. / There are a diversity of Leishmania species in the Amazon region responsible for cutaneous leismnaniasis and although a high occurence of the disease is known in the lower Amazon region, little information exists regarding the etiological agents. For this reason the present study has set out to characterise strains of Leishmania isolated from patients coming from this area by enzyme electroforesis, to confirm the presence of Leishmania species already recorded in other parts of Amazonia and to detect possible intraspecific variation. For identification of 43 isolate obtained, 7 reference-strains of Leishmania species from other regions of Pará were selected for comparison by way of isoenzyme eletrophoresis, using the seven enzymes 6PGDH, PGM, G6PD, MPI, ASAT e ALAT. The isolates had previously been examined by the indirect immunofluorescence teste (IFAT), using the biotin-avidin system and battery of 23 monoclonal antibodies (McAbs). Identifications by the isoenzyme eletrophoresis were as follows: 20(46,50%) strains of L. (V) guyanensis, 11 (25,28%) of L. (V) braziliensis, 6 (13,950/0) of L. (V) lainsoni, 4 (9,300/0) of L. (V) shawi and 2 (4,60%) de L. (L.) amazonensis. Enzyme eletrophoresis, using the above mentioned enzymes proved of high value in identification. For the first time in the lower amazon region, it was possible to detect the occurence of intraspecific variation indicating the presence of 3 different serodemes among the strains of L. (V) braziliensis. Arnong the strains of L. (V) guyanensis there were observed two variants: one which showing reation against McAb B19, considered to be specific for this parasite, but with variation for the enzymes 6PGDH and PGM, and another with no reaction against McAb B19 but showed enzymatic profiles similar to the reference strain of that parasite, especially 6PGDH (but with 3 bands) and PGM, which are considered to be the best enzyme markers. The presence of all 5 dermotropic Leishmania spp. Already know to variably exist in other parts of north Brazil suggests sympatric transmission within the lower Amazon region of the present study.

Clostridium perfringens é um importante patógeno envolvido em doenças entéricas dos animais domésticos e quadros de toxinfecção alimentar em humanos. Embora as infecções causadas por C. perfringens biotipo C e A em suínos sejam amplamente estudadas, existem poucos relatos que descrevem as reais correlações genéticas existentes na cadeia epidemiologia das clostridioses para esta espécie animal, assim como a transmissão do agente através da fêmea lactante, e a eliminação e perpetuação do agente no momento do abate. O presente estudo teve como objetivo o isolamento e a caracterização genotípica através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de cepas de C. perfringens isoladas a partir de fezes e de carcaças de suínos no momento do abate, fezes de fêmeas suínas e seus leitões e de amostras de farinha de carne e ossos. Foi ainda realizada a comparação dessas cepas com cepas isoladas a partir de leitões com enterite. A freqüência de isolamento do agente em carcaças, em fezes de leitões terminados e a partir de farinha de carne e osso foram, 44,2%, 52,5%, e 32,2% respectivamente. De acordo com a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram detectadas somente as toxinas alfa e beta 2, sendo esta ultima detectada somente nos casos de enterite. Por meio da PFGE as amostras foram caracterizadas em 97 perfis genéticos com um alto índice discriminatório. As amostras isoladas de carcaça apresentaram alta similaridade em relação às de origem fecal, os isolados de farinha de carne apresentaram perfis similares aos obtidos em isolados de fezes de fêmeas, leitões sadios e leitões com enterite. E os isolados de leitões com e sem enterite apresentaram baixa similaridade em relação aos isolados de fêmeas. / Clostridium perfringens is an important enteric disease pathogen of domestic animals and foodborne diseases of human beings. Although infections caused by C. Perfringens type C and A in swine are well studied, just few reports describe genetic relationship among strains in the epidemiological chain of Swine Clostridioses, as well as the transmission of the microorganism by the nursing female its elimination and maintenance at slaughterhouses. The aim of the present study was the isolation and genotypic characterization by Pulsed-Field gel eletrophoresis (PFGE), of C. Perfringens strains from feces and carcasses from at slaughterhouse pigs, feces from sows and their piglets, and samples of meat and bone meal. The microorganism isolation frequencies in carcasses, finishing pig feces, and meat and bone meal were 44.2%, 52.5%, 32.2%, respectively. According to Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, only the alfa and beta 2 toxins were detected; whereas beta 2 toxin was detected barely in cases of enteritis. By means of the PFGE assay techinique the samples were characterized in 97 genetic profiles with a high discriminatory level. Strains from carcasses samples presented high similarity to strains from fecal origin. strains from meat and bone meal samples showed similar profiles to strains from sow feces samples; of sows, assimptomatic piglets and piglets with enteritis. And strains isolated from piglets (assimptomatic and with enteritis) presented low similarity to strains from sow feces samples.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlessandraMarques2009.pdf: 692808 bytes, checksum: 9a7b1bde8039039ba579f8e25c59ead5 (MD5) Previous issue date: 2009-12-03 / In recent years the number of infections caused by microbacteria non-tuberculous mycobacteria (NTM) has increased mainly due to opportunistic infections in individuals imunocompormetidos and improvement of farming techniques and identification of MTN. Mycobacterium massilienese is an emerging body associated with wound infections, abscesses and pneumonia. An outbreak of infection after videoscopy occurred between 2005 and 2007 in seven hospitals in Goiânia-GO, in central Brazil. The objective of this study was to identify NTM isolated from patients with infection after arthroscopy and lararoscopia by PCR followed by analysis of fragment length polymorphism restrção (PRA-hsp65), compared by gel electrophoresis pulsed-field gel (PFGE), sequencing of the partial rpoB gene and determination of antimicrobial susceptibility in vitro. NTM were recovered from samples (exudate abscess subcutâneio) of 18 patients involved in the outbreak. In the period leading up to this study there was no reported case of infection after videoscopy caused by MTN in Goiania. The 18 isolates were identified as M, massiliene and genotyped as a single clone, indicating that they had a common origin, suggesting a common source of infection for the patients involved in the outbreak. The epidemic isolates were susceptible to amikacin (MIC90 4 micrograms / ml) and clarithromycin (MIC90 <1 ug / ml), but resistance to ciprofloxacin (MIC90 <128g/ml), tobramycin (MIC90 32 micrograms / ml) and intermediate susceptibility to cefoxitin (MIC90 64 ug / ml). In conclusion this study demonstrated the clonality of strains of M. massiliense involved in infections after procedures videoscopes and that they are susceptible to drugs indicated for the treatment / Durante os últimosd anos o número de infecções causadas por microbactérias não-tuberculosas (MNT) tem aumentado principalmente devido às infecções oportunistas em indivíduos imunocompormetidos e ao aprimoramento das técnicas de cultura e identificação das MTN. Mycobacterium massilienese é um organismo emergente, associado a infecções de feridas, formação de abscessos e pneumonias. Um surto de infecção após videoscopias ocorreu entre 2005 e 2007 em sete hospitais privados de Goiânia-GO, na região central do Brasil. O objetivo deste estudo foi identificar MNT isoladas de amostras de pacientes com infecção após artroscopia e lararoscopia por PCR seguida de análise de polimorfismo de fragmentos de restrção (PRA-hsp65), comparação por eletroforese em gel em campo pulsado (PFGE), sequenciamento parcial do gene rpoB e determinação da suscetibilidade antimicrobiana in vitro. MNT foram recuperadas das amostras (exsudato de abscesso subcutâneio) de 18 pacientes envolvidos no surto. No período antecedente a esse estudo não houve nenhum relato de caso de infecção após videoscopias causada por MTN em Goiânia. Os 18 isolados foram identificados como M, massiliene e genotipados como um único clone, indicando que tiveram uma origem em comum, o que sugere uma fonte comum de infecção para os pacientes envolvidos no surto. Os isolados epidêmicos apresentaram sensibilidade a amicacina (CIM90 4 ug/ml) e claritromicina (CIM90 < 1 ug/ml), porém resistência a ciprofloxacina (CIM90 < 128g/ml), tobramicina (CIM90 32 ug/ml), e sensibilidade intermediária a cefoxitina (CIM90 64 ug/ml). Em conclusão este estudo evidenciou a clonalidade de cepas de M. massiliense envolvidas em infecções após procedimentos de videoscopia e que as mesmas são suscetíveis às drogas indicadas para o tratamento

A bactéria Xylella fastidiosa 9a5c é o agente causal da clorose variegada dos citros (CVC) e responsável por grandes perdas econômicas na citricultura. O genoma de X. fastidiosa 9a5c foi totalmente seqüenciado e a sua análise permitiu identificar vários genes possivelmente envolvidos na patogenicidade/virulência da bactéria. Como os sintomas da CVC desenvolvemse um longo tempo após a infecção da planta pela bactéria e a severidade da doença têm sido associada à altas temperaturas, é possível que a expressão de fatores de patogenicidade/virulência seja dependente de densidade celular e/ou estresses térmicos. Desta forma, o crescimento in vitro da X. fastidiosa foi monitorado através da absorbância de suspensões bacterianas à 600nm (A600), número de unidades formadoras de colônias (UFC) e viabilidade celular, durante 16 dias de cultivo em meio PW modificado líquido, à 28 e 32ºC. Proteínas extracelulares foram extraídas e analisadas através da eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D-PAGE). Bioensaios foram utilizados para verificar a produção de moléculas sinais por X. fastidiosa. Os resultados obtidos mostraram que o crescimento de X. fastidiosa à 32ºC, com base na A600, não diferiu do crescimento à 28ºC. No entanto, com base no número de UFCs e viabilidade celular, o crescimento de X. fastidiosa diferiu em função da temperatura, tempos de incubação e a interação entre esses fatores. X. fastidiosa produziu maior número de proteínas extracelulares à 32 do que à 28ºC, mostrando que a secreção de proteínas em X. fastidiosa é regulada pela temperatura de incubação. Várias proteínas extracelulares produzidas por X. fastidiosa à 28 e 32ºC são moduladas durante o crescimento da bactéria. A maior parte das proteínas extracelulares produzidas por X. fastidiosa são proteínas ácidas e de massa molecular aparente entre 20-60 kDa. X. fastidiosa não sintetizou moléculas de lactonas de homoserina aciladas (LHAs) reconhecidas pelo sistema repórter utilizado, mas sintetizou uma molécula extracelular em meio de cultivo, semelhante ao DSF produzido por X. campestris pv. campestris, capaz de restaurar a atividade da endoglucanase através do sistema repórter utilizado. A concentração desta molécula em meio PW modificado foi dependente da densidade de células de X. fastidiosa no meio. / The bacterium Xylella fastidiosa is the causal agent of the citrus variegated chlorosis (CVC) and is responsible for significant economic losses in citriculture. The genome of X. fastidiosa has been completely sequenced and revealed several genes probably involved in pathogenicity/virulence. Since CVC symptoms are develop a long time after infection of plant by the bacterium and the severity of the disease has been associated with high temperatures, it’s possible that the expression of pathogenicity/virulence factors is dependent on cellular density and/or temperature stresses. Thus, the growth of X. fastidiosa in modified liquid PW medium was measured based on the absorbance of suspensions at (A600), number of colony-forming units (CFU) and cellular viability, during 16 days at 28 and 32ºC. Extracellular proteins were extracted and analysed by two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE). Bioassays were used to determine whether X. fastidiosa produces signal molecules involved in quorum perception. The results showed that temperatures of 28 and 32ºC did not affect the growth of the bacterium, based on A600. Temperatures of 28 and 32ºC, incubation times and the interaction of both factors affected bacterial growth based on CFU numbers and the cellular viability. X. fastidiosa produced higher number of extracellular proteins at 32 than at 28ºC, showing that protein secretion is dependent on growth temperature. Several extracellular proteins produced by X. fastidiosa at 28 and 32ºC were modulated the bacterial growth. Most of the extracellular proteins produced by X. fastidiosa were acidic with apparent molecular mass within 20-60 kDa. X. fastidiosa did not synthesize N-acyl homoserine lactone (AHL) recognizes by the reporter system used. However, it synthesized an extracellular molecule in modified PW medium, similar to DSF produced by X. campestris pv. campestris, which is able to restore endoglucanase activity by the reporter system. The concentration of this extracellular molecule produced by X. fastidiosa was dependent on cellular density.

Introdução: Enterococcus resistente à vancomicina (VRE do inglês Vancomycin Resistant Enterococcus) é uma importante causa de infecção relacionada a assistência à saúde com alta morbidade e mortalidade principalmente nos pacientes imunocomprometidos sendo a segunda causa mais comum de infecções hospitalares nessa população de pacientes em alguns centros. O uso prolongado da terapia antimicrobiana com vancomicina e outras drogas, são fatores de risco associados com a disseminação desse patógeno. Além disso, espécies de enterococos podem apresentar fatores de virulência tais como: substância de agregação (asa1), gelatinase (gelE), citolisina (cylA), proteína de superfície enterococo (esp) e hidrolase glicosil (hylefm). Entretanto, o papel da virulência na colonização e infecção por VRE é controverso. Objetivos: Avaliar o perfil clonal, virulência e resistência de 86 isolados de VRE (80 E. faecium e 06 E. faecalis) de infecção e colonização de 76 pacientes com doenças hematológicas e/ou submetidos a transplante de Medula Óssea (TMO) internados no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) no período de 10 anos (2005-2014). Material e Métodos: Foram realizadas concentração inibitória mínima para: vancomicina, teicoplanina, linezolida, gentamicina e estreptomicina em alta concentração (HLAR); Avaliação da clonalidade por eletroforese em campo pulsado (PFGE); Detecção dos mecanismos de resistência (vanA e vanB) e de virulência (esp, asa1, gelE, cylA e hylefm) pela técnica de PCR e sequenciamento total do genoma de dezoito isolados selecionados de acordo com a clonalidade. Foi criado um banco de dados no programa Epiinfo (CDC) com variáveis clinicas e demográficas dos pacientes. A proporção de isolados de colonização portadores de genes de virulência foi comparada com os isolados de infecção assim como a proporção de isolados de infecção portadores de genes de virulência que evoluíram para óbito. O valor de p < 0,005 foi considerado significativo. Resultados: Trinta e quatro pacientes eram colonizados e 42 infectados por VRE (28 eram infecção de corrente sanguínea), 48 pacientes eram transplantados dos quais 32 eram alogênicos. A mortalidade em 14 dias foi de 21.0% e durante a hospitalização de 53.9%. Todos os isolados foram resistentes à vancomicina e 87,3% à teicoplanina. Resistência a gentamicina e estreptomicina em alta concentração (HLAR) foi observada em 08 e 59 isolados respectivamente. Um isolado apresentou resistência a linezolida identificado pela primeira vez na unidade. O gene vanA foi detectado em todos os isolados. Quanto aos genes de virulência, 96,5% de isolados foram positivos para o gene esp e 69,8% para os genes gelE e asa1. Isolados de infecção de E. faecium carrearam mais genes de virulência: esp (100%), gelE (80,0%) e asa1 (75,5%) e o gene gelE foi significativamente mais frequente entre isolados de infecção que de colonização (p=0,008). Infecções causadas por isolados de E. faecium positivos para o gene asa1 foram significantemente associadas com maior mortalidade (p < 0,05). Quinze diferentes Pulsed field type (PFT) foram observados entre os isolados de E. faecium e 06 entre os isolados de E. faecalis. Dezessete E. faecium foram sequenciados e diferentes sequencias tipo (ST) foram observadas (ST412, ST478, ST78 e ST896) já descritas em outros estudos no Brasil. O isolado resistente a linezolida apresentou mutação no domínio V do gene 23S rRNA com um perfil alélico diferente, caracterizando um novo ST (ST987) descrito pela primeira vez no Brasil. Todos os ST observados nos isolados de E. faecium pertencem ao complexo clonal 17, dos quais dois STs (ST963, ST792) foram descritos pela primeira vez no país. O isolado de E. faecalis sequenciado pertencia ao ST9 e ao complexo clonal 9 já descrito por outros autores. Conclusão: Nosso estudo observou que E. faecium foi predominante em nosso hospital e os ST circulantes pertenciam ao CC17. Os isolados de infecção foram mais virulentos que os isolados de colonização e o gene gelE foi significativamente mais frequente nos isolados de infecção. Infecções causadas por isolados de E. faecium positivos para o gene asa1 foram associadas com a alta mortalidade. Este achado pode ser útil para controlar a disseminação de E. faecium no ambiente hospitalar e em pacientes hematológicos / Introduction: Vancomycin Resistant Enterococcus (VRE) is a important cause of health care-associated infection with high morbidity and mortality, mainly in immunocompromised patients, being the second most common cause of hospital infections in this population of patients in some centers. Prolonged use of antimicrobial therapy with vancomycin and other drugs are risk factors associated with the spread of this pathogen. In addition, enterococcal species may present virulence factors such as: aggregation substance (asa1), gelatinase (gelE), cytolysin (cylA), enterococcal surface protein (esp) and glycosyl hydrolase (hylefm). However, the role of virulence on VRE colonization and infection is controversial. Objectives: To evaluate the clonal profile, virulence and resistance of 86 isolates of VRE (80 E. faecium and 06 E. faecalis) from infection and colonization of 76 patients with hematological diseases and / or submitted to bone marrow transplantation (BMT) at Hospital das Clinics of the Medical School of the University of São Paulo (HC-FMUSP) in the period of 10 years (2005-2014). Material and Methods: Minimum inhibitory concentration to vancomycin, teicoplanin, linezolid, gentamicin and streptomycin in high concentration (HLAR) was performed; Clonality of isolates by pulsed field electrophoresis (PFGE) was evaluated; Detection of resistance (vanA and vanB) and virulence (esp, asa1, gelE, cylA and hylefm) genes by PCR technique and whole genome sequencing of eighteen isolates selected based on clonality. Results: All isolates were resistant to vancomycin and 87.3% to teicoplanin. Resistance to gentamicin and streptomycin in high concentration (HLAR) was observed in 08 and 59 isolates respectively. One isolate presented resistance to linezolid observed for the first time in the unit. The vanA gene was detected in all isolates. Regarding virulence genes, 96.5% of isolates were positive for the esp gene and 69.8% for the gelE and asa1 genes. Isolates of E. faecium infection carried more virulence genes: esp (100%), gelE (80.0%) and asa1 (75.5%) and gelE gene was significantly more frequent among infection isolates than colonization (p = 0.008). Infections caused by E. faecium isolates carrying the asa1 gene were significantly associated with higher mortality (p < 0.05). Fifteen different Pulsed field type (PFT) were observed among the isolates of E. faecium and 06 among E. faecalis isolates. Seventeen E. faecium were sequenced and the following sequences type (ST) were observed (ST412, ST478, ST78 and ST896) all of them already described in Brazil. The linezolid-resistant isolate showed the 23S gene Vdomain mutation with a different allelic profile, characterizing a new ST (ST987) described for the first time in our study. All STs observed in E. faecium isolates belong to clonal complex 17. Two other STs (ST963, ST792) were identified for the first time in the country. The E. faecalis isolate belong to ST9 and clonal complex 9 already described by other authors in Brazil. Conclusion: Our study observed that E. faecium was predominant in our hospital and the circulating STs belonged to CC17 a virulent lineage. E. faecium infection isolates were more virulent than colonization isolates and harbored significantly more gelE gene. It appears that infections caused by E. faecium isolates carrying asa1 gene evolved more frequently to death. This finding may be useful to control the spread of E. faecium in the hospital environment and in haematological patients

O trabalho teve por objetivo avaliar fatores associados à ensilagem da cana-deaçúcar, com destaque para a aplicação de aditivos químicos e microbianos sobre a dinâmica fermentativa, composição bromatológica, atividade da álcool desidrogenase e desenvolvimento e diversidade da micloflora em silagens de cana-de-açúcar. No ensaio conduzido durante 110 dias o delineamento experimental adotado foi o inteiramente ao acaso, com 4 tratamentos, 2 repetições, e seis épocas de abertura (1, 3, 7, 15, 35, 110 dias). Os tratamentos foram: uréia 1% MV e os inoculantes microbianos Lactobacillus buchneri (3,65x105 ufc/g da MV) e a combinação de bactérias Pedioccocus pentosassus e Lactobacillus buchneri (1x106 ufc/g MV). As maiores variações na composição bromatológica e perdas de MS, das silagens controle ocorreram dos 7 aos 15 dias, estabilizando após esse período. As regressões ajustadas para perdas de MS e carboidratos solúveis foram bem similares e de forma contrária ao acúmulo de FDN. As perdas por gases alcançaram valores de 28,27%, de carboidratos solúveis em apenas 2,98% e FDN em torno de 67,77% da MS. Os aumentos nos teores de etanol e perda na digestibilidade nas silagens controle se extenderam até o 35º dia, com valores máximos de etanol de 12,23%. Foi possível relacionar etanol com a digestibilidade mostrando que cada 1% de aumento nos teores de etanol, 2 unidades de digestibilidade foram perdidas. Os aditivos uréia e o aditivo Lactobacillus buchneri mais Pediococcus foram eficazes em diminuir a produção de etanol (2,75 e 1,30 vs 8,27% no tratamento controle), em diminuir perdas de MS em 47 e 60%, e de carboidratos soluveis em 22 e 56% em relação à silagem controle, respectivamente. As silagens aditivadas com uréia obtiveram maiores valores de pH e maiores valores de ácido lático em relação às silagen controle. As silagens aditivadas com L. buchneri apenas foram as de maiores produções de etanol, acima da silagem controle (11.53 vs 8.27%), além de grandes perdas de matéria seca e baixa digestibilidade pelo acúmulo de FDN, comparáveis às silagens controle. A diferença entre aditivos na composição químico-bromatológica e perdas ocorreu após 7 dias de fermentação. Os dados apresentados pelos aditivos uréia e L. buchneri mais Pediococcus foram ajustados em curvas simples, através de modelos lineares, para descrever e predizer as variações durante a ensilagem. Os tratamentos controle e a aditivação com L. buchneri apenas, pelas altas taxas fermentativas, observaram melhor ajuste dos dados em polinômios de segundo e terceiro grau. Apesar dos altos teores de ácido acético em todas as silagens, principalmente nas silagens aditivadas com a combinação de bactérias, não foram verificadas efeitos deste sobre a população de leveduras. Os teores obtidos de ácido lático e ácido propiônico e a relação entre esses ácidos e o ácido acético, durante a fermentação, conseguiu explicar parte do sucesso dos tratamentos uréia e L. buchneri mais Pediococcus na redução da atividade da enzima álcool desidrogenase e na producão de etanol. A análise de grupamentos hieráquicos mostrou que os aditivos alteraram a diversidade bacteriana durante a ensilagem. / The present trial aimed to study the ensiling associated factors of sugarcane focusing on chemical and microbial additives on fermentation, chemical composition, enzymatic activity of alcohol dehydrogenase and the microflora development and diversity in sugarcane silages. A complete randomized design was set to a 110-d trial with 4 treatments, two replications within 6 opening dates (1, 3, 7, 15, 35, 110-d). Treatments were described as follows: urea 1% (wet basis), Lactobacillus buchneri (3.65x105 cfu/g of forage), a combination of Pediococus pentosassus and Lactobacillus buchneri (1x106). Major variation observed on the chemical composition and the DM losses in sugarcane silages without additives took place from the day 7 through the day 15. Losses of DM and soluble carbohydrates showed similar trend and in opposition to the NDF increase. Gases losses averaged 28.27%, while the soluble carbohydrates and NDF contents reached respectively, 2.98% and 67.77% when fermentation was stabilized. Conversely, ethanol and the digestibility were changed across the storage period up to the day 35, with ethanol content increasing to 12.23%. 1% of ethanol increase was associated with 2 percentage units of digestibility decrease. Both urea and the combination of microorganisms were effective in decrease the ethanol content (2.75, 1.30 vs 8.27% - without additives), decrease DM losses (47 and 60%) and reduce soluble carbohydrates losses (22 and 56%) when compared to the control treatment. The urea treated silages showed higher pH and lactic acid values. The L. buchneri treatment led to higher ethanol content (11.23 vs 8.27%) compared to the control, resulting in low DM recovery rate, higher losses and decreased digestibility as well as the silages without additives. The major changes on the chemical composition were noticed after the day 7 of fermentation. For the addition of urea and the combination of microorganisms L. buchneri and Pediococcus the variation was better described by linear equations whereas quadratic and cubic effects were more suitable for fitting the data from the control and the L. buchneri added silages. Even tough all silages has shown high acetic acid contents, mainly the combination of lactic bacteria, no significant effects were observed upon the yeast counts. However, the levels of lactic acid and propionic acid and the ratio of both over the acetic acid content were related to the decrease on the activity of the alcohol dehydrogenase enzyme and, furthermore, on the ethanol content of the silages. The cluster analysis based on molecular evaluation demonstrated a change promoted over the bacterial population mediated by the additives applied during the ensiling of sugarcane.

A bactéria Xylella fastidiosa 9a5c é o agente causal da clorose variegada dos citros (CVC) e responsável por grandes perdas econômicas na citricultura. O genoma de X. fastidiosa 9a5c foi totalmente seqüenciado e a sua análise permitiu identificar vários genes possivelmente envolvidos na patogenicidade/virulência da bactéria. Como os sintomas da CVC desenvolvemse um longo tempo após a infecção da planta pela bactéria e a severidade da doença têm sido associada à altas temperaturas, é possível que a expressão de fatores de patogenicidade/virulência seja dependente de densidade celular e/ou estresses térmicos. Desta forma, o crescimento in vitro da X. fastidiosa foi monitorado através da absorbância de suspensões bacterianas à 600nm (A600), número de unidades formadoras de colônias (UFC) e viabilidade celular, durante 16 dias de cultivo em meio PW modificado líquido, à 28 e 32ºC. Proteínas extracelulares foram extraídas e analisadas através da eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D-PAGE). Bioensaios foram utilizados para verificar a produção de moléculas sinais por X. fastidiosa. Os resultados obtidos mostraram que o crescimento de X. fastidiosa à 32ºC, com base na A600, não diferiu do crescimento à 28ºC. No entanto, com base no número de UFCs e viabilidade celular, o crescimento de X. fastidiosa diferiu em função da temperatura, tempos de incubação e a interação entre esses fatores. X. fastidiosa produziu maior número de proteínas extracelulares à 32 do que à 28ºC, mostrando que a secreção de proteínas em X. fastidiosa é regulada pela temperatura de incubação. Várias proteínas extracelulares produzidas por X. fastidiosa à 28 e 32ºC são moduladas durante o crescimento da bactéria. A maior parte das proteínas extracelulares produzidas por X. fastidiosa são proteínas ácidas e de massa molecular aparente entre 20-60 kDa. X. fastidiosa não sintetizou moléculas de lactonas de homoserina aciladas (LHAs) reconhecidas pelo sistema repórter utilizado, mas sintetizou uma molécula extracelular em meio de cultivo, semelhante ao DSF produzido por X. campestris pv. campestris, capaz de restaurar a atividade da endoglucanase através do sistema repórter utilizado. A concentração desta molécula em meio PW modificado foi dependente da densidade de células de X. fastidiosa no meio. / The bacterium Xylella fastidiosa is the causal agent of the citrus variegated chlorosis (CVC) and is responsible for significant economic losses in citriculture. The genome of X. fastidiosa has been completely sequenced and revealed several genes probably involved in pathogenicity/virulence. Since CVC symptoms are develop a long time after infection of plant by the bacterium and the severity of the disease has been associated with high temperatures, it’s possible that the expression of pathogenicity/virulence factors is dependent on cellular density and/or temperature stresses. Thus, the growth of X. fastidiosa in modified liquid PW medium was measured based on the absorbance of suspensions at (A600), number of colony-forming units (CFU) and cellular viability, during 16 days at 28 and 32ºC. Extracellular proteins were extracted and analysed by two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE). Bioassays were used to determine whether X. fastidiosa produces signal molecules involved in quorum perception. The results showed that temperatures of 28 and 32ºC did not affect the growth of the bacterium, based on A600. Temperatures of 28 and 32ºC, incubation times and the interaction of both factors affected bacterial growth based on CFU numbers and the cellular viability. X. fastidiosa produced higher number of extracellular proteins at 32 than at 28ºC, showing that protein secretion is dependent on growth temperature. Several extracellular proteins produced by X. fastidiosa at 28 and 32ºC were modulated the bacterial growth. Most of the extracellular proteins produced by X. fastidiosa were acidic with apparent molecular mass within 20-60 kDa. X. fastidiosa did not synthesize N-acyl homoserine lactone (AHL) recognizes by the reporter system used. However, it synthesized an extracellular molecule in modified PW medium, similar to DSF produced by X. campestris pv. campestris, which is able to restore endoglucanase activity by the reporter system. The concentration of this extracellular molecule produced by X. fastidiosa was dependent on cellular density.

Submitted by Stephany Silva (stephany.silva@cpqam.fiocruz.br) on 2016-09-16T13:23:38Z No. of bitstreams: 1 2016portela-junior-nc.pdf: 1366854 bytes, checksum: b935336bcc69c9cc7ad7b64725f9fb61 (MD5) / Approved for entry into archive by Adagilson Silva (adagilson@cpqam.fiocruz.br) on 2016-09-16T19:29:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016portela-junior-nc.pdf: 1366854 bytes, checksum: b935336bcc69c9cc7ad7b64725f9fb61 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-16T19:29:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016portela-junior-nc.pdf: 1366854 bytes, checksum: b935336bcc69c9cc7ad7b64725f9fb61 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / O gênero Biomphalaria possui espécies de grande relevância médica uma vez que atuam como hospedeiros intermediários naturais do parasita Schistosoma mansoni, causador da esquistossomose. Dentro desse gênero de moluscos, três espécies são tidas como hospedeiros naturais do parasita, Biomphalaria glabrata, B. straminea e B. tenagophila. O perfil de suscetibilidade à infecção por S. mansoni dentro do gênero é muito variado e muitas pesquisas buscam elucidar a dinâmica da relação parasita-hospedeiro intermediário na finalidade de criar novas medidas de controle da doença. Por isso, esse estudo tem como objetivo determinar o perfil bidimensional de proteínas que podem estar envolvidas na resposta imune contra o S. mansoni comparando duas espécies com diferentes perfis de susceptibilidade B. glabrata, B. straminea além de uma refratária ao S. mansoni, a B. straminea R3. Para isso, os caramujos de cada espécie foram divididos em dois grupos: Infectado, expostos aos miracídios do S. mansoni; e Controle, submetidos ao estresse do processo de infecção livre de miracídios. A hemolinfa foi retirada 24 horas após a exposição. Foi feito o extrato proteico total e determinada a concentração das proteínas totais para cada grupo investigado. As proteínas foram separadas por eletroforese bidimensional onde foi obtido o ponto isoelétrico e peso molecular de todos os spots nos géis. Estes géis foram comparados entre as condições expostos e não expostos ao parasita e os spots que se mostraram diferenciais foram utilizados para uma busca por homologia em bancos de dados de proteínas já descritas. Na dosagem proteica, a espécie B. glabrata se mostrou estável nas duas condições, enquanto que podemos observar aumento na concentração proteica nas duas linhagens de B. straminea. A presença de diversas proteínas homólogas envolvidas em processos metabólicos de adesão e reconhecimento celular, homeostase de ions entre outras relacionadas à resposta imune foram identificadas entre as espécies e na linhagem resistente (AU)

Orientador: Maria Clara Padovese / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T10:51:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leite_GleiceCristina_M.pdf: 1716360 bytes, checksum: 2b5c8037802c8dcf2b8ce4fd235a1089 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Staphylococcus aureus é reconhecido como um dos principais patógenos humanos capazes de causar uma grande variedade de infecções. As infecções causadas pelo Staphylococcus aureus resistentes a meticilina (MRSA) tiveram grande aumento na última década. MRSA é capaz de produzir uma proteína ligadora de penicilina (PBP) específica, chamada PBP2a ou PBP2' que possui baixa afinidade de ligação aos antibióticos _-lactâmicos. Esta proteína é codificada pelo gene mecA, o qual é carreado por um elemento genético móvel, denominado cassete cromossômico estafilocócico (SCCmec) e está integrado ao cromossomo dos MRSA. Foram descritos cinco tipos de SCCmec, sendo eles tipo I, II, III, IV e V e seus variantes, onde o tipo IIIA é característico do clone endêmico brasileiro. Os objetivos do presente estudo foram identificar o perfil de SCCmec de um conjunto de amostras de MRSA obtidas de pacientes atendidos no Hospital das clínicas da Unicamp (HC-Unicamp), descrever sua distribuição nas diversas unidades do HC e comparar o perfil de SCCmec utilizando-se as técnicas de reação em cadeia da polimerase (PCR-multiplex) com o perfil genômico definido por meio de eletroforese em campo pulsado - Pulsed Field Gel Eletrophoresis (PFGE). Foram estudadas 99 amostras obtidas, por razões clínicas, no período de 1999 a 2004. Todas as amostras foram submetidas ao teste de difusão em disco para confirmação da resistência a oxacilina. Como resultados, foram identificados 26 diferentes perfis de PFGE e seus respectivos perfis relacionados. Os perfis genômicos apresentaram uma distribuição temporal, podendo ser agrupados em conjuntos clonais que foram substituídos ao longo do período, com exceção de uma única cepa, que apresentou ocorrências esporádicas durante o período do estudo. Dentre os 99 isolados, 92% apresentaram SCCmec tipo IIIA, característico do clone endêmico brasileiro e 7% apresentaram SCCmec tipo IV. A revisão de prontuários não indica fatores que possam sugerir aquisição extra-hospitalar das cepas estudadas / Abstract: Staphylococcus aureus has been recognized as an important human pathogen capable of causing a wide variety of infections. Infections caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) had greatly increased over the past decade. MRSA is capable of produce a specific penicillin-binding protein (PBP) called PBP2a or PBP2' that hold reduced affinities for binding to _-lactam antibiotics. This protein is encoded by the mecA gene, which is carried by a mobile genetic element, called staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) and is integrated to the chromosome of MRSA. It has been described five types of SCCmec, which are type I, II, III, IV and V and its variants, where the type IIIA is characteristic of Brazilian endemic clone. The goals of the study were to identify the SCCmec type from a set of MRSA samples obtained from patients seeking assistance at Hospital das Clínicas da Unicamp (HC-Unicamp), to describe its distribution in various units of HC and to compare the SCCmec profile with the genomic profile defined using the polymerase chain reaction (PCR-multiplex) techniques and pulsed-field electrophoresis (PFGE), respectively. It was studied 99 samples collected for clinical reasons during a period that extended from 1999 to 2004. All the samples have been submitted to the disk diffusion test for oxacilina resistance confirmation. It was carried through PFGE for genomic evaluation and PCR-multiplex for SCCmec type detection. It have been found 26 different PFGE profiles and their respective related profiles which have presented a temporal distribution, showing clonal groups of strains that have been substituted throughout the period, except of only one strain that was present sporadically during all the period of the study. Among 99 isolated, 92% have shown SCCmec type IIIA, characteristic of Brazilian endemic clone and 7% have shown SCCmec type IV, in a way that all strains seem to have been acquired in the hospital environment / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica