[ES] En la presente tesis doctoral se ha desarrollado una metodología multidisciplinar para la evaluación del potencial fotoquímico y fotobiológico in vitro de los fármacos inhibidores de la poli (ADP-ribosa) polimerasa (PARP), combinando tanto estudios fotofísicos y de caracterización como estudios fotobiológicos en biomoléculas modelo y en cultivos celulares, concretamente en queratinocitos humanos inmortalizados (HaCaT). Así, el objetivo general es investigar si estos fármacos, en combinación con la radiación solar, son capaces de inducir reacciones de fotosensibilidad y, por tanto, poder alertar a los oncólogos de estos hallazgos para que puedan indicar pautas de fotoprotección adecuadas a sus pacientes, y así prevenir estos efectos indeseados. Esta tesis se divide en un total de 7 capítulos. En el primero (introducción), se recogen los hitos más importantes relacionados con los inhibidores de la PARP, así como un resumen acerca de las reacciones de fotosensibilización y de los mecanismos químicos y biológicos involucrados en las mismas. Tras una exhaustiva búsqueda bibliográfica acerca de estos fármacos, se hizo un primer cribado de los cinco de la tercera y última generación (rucaparib, talazoparib, niraparib, olaparib y veliparib), identificando así tres de ellos como posibles agentes fotosensibilizantes: rucaparib, talazoparib y niraparib, cuyo estudio se describe en profundidad en los capítulos 4, 5 y 6 de la tesis. En el capítulo 4 se evalúa la fototoxicidad del rucaparib (RCP), un fármaco que, a pesar de tener un cromóforo indol en su estructura química, posee un desplazamiento batocrómico hacia la región UVA de la luz solar, siendo así capaz de inducir reacciones de fotosensibilidad. Se observó mediante experimentos de fluorescencia y fotólisis de destello láser que, tras absorción de luz en esta región del espectro, tiene lugar la generación de especies reactivas de oxígeno (ROS), que podrían ser las responsables de generar un daño fotooxidativo hacia el ADN celular y a las proteínas transmembranales, originando como resultado una foto(geno)toxicidad. Además, se estableció que el mecanismo de la muerte celular fotoinducida por RCP es por apoptosis. El capítulo 5 se centra en la evaluación del perfil de fotoseguridad de talazoparib (TLZ), el cual, tras su irradiación con luz UVA da lugar a un fotoproducto que, tras su aislamiento y caracterización, resultó no presentar fotorreactividad. Este fotoproducto resultó además ser el responsable de reducir significativamente el potencial fototóxico del fármaco original, ya que no se detectaron especies transitorias tras su irradiación con luz UVA. Además, para el TLZ se reveló la producción in vitro de ROS, especies que podrían ser las responsables de generar un daño fotooxidativo tanto hacia el ADN celular como a las proteínas de membrana, originando como resultado una foto(geno)toxicidad. En el capítulo 6 se evalúa la fototoxicidad del niraparib (NRP) y su principal metabolito (N-M1). A pesar de que ambos compuestos resultaron ser fototóxicos, dicha fototoxicidad no afectó igual a las principales dianas celulares, ya que el daño fotooxidativo de NRP se observó en lípidos, en proteínas transmembranales y en el ADN celular, mientras que en N-M1 se aprecia fundamentalmente en las proteínas de membrana. Además, la toxicidad observada del NRP en células de cáncer de ovario (A2780 y A2780cis) indicó que este fármaco podría contemplarse como candidato para su uso en un futuro en la terapia fotodinámica para el tratamiento del cáncer de ovario. Finalmente, con todo ello se concluye que estos fármacos de la familia de los inhibidores de la PARP (RCP, TLZ y NRP) son capaces de inducir reacciones de fotosensibilidad, con valores de factor de fotoirritación (PIF) de 41, 7 y 46, respectivamente. / [CAT] En la present tesi doctoral s'ha desenvolupat una metodologia multidisciplinària per a l'avaluació del potencial fotoquímic i fotobiològic in vitro dels fàrmacs inhibidors de la poli(ADP-ribosa) polimerasa (PARP), combinant tant estudis fotofísics i de caracterització com estudis fotobiològics en biomolècules model i en cultius cel·lulars, concretament en queratinòcits humans immortalitzats (HaCaT). Així, l'objectiu general és investigar si aquests fàrmacs, en combinació amb la radiació solar, són capaços d'induir reaccions de fotosensibilitat i, per tant, poder alertar als oncòlegs d'aquestes fites perquè puguen indicar pautes de fotoprotecció adequades als seus pacients, i així previndre aquests efectes no desitjats. Aquesta tesi es divideix en un total de 7 capítols. En el primer (introducció), es recullen les fites més importants relacionades amb els inhibidors de la PARP, així com un resum sobre les reaccions de fotosensibilització i dels mecanismes químics i biològics involucrats en aquestes. Després d'una exhaustiva cerca bibliogràfica sobre aquests fàrmacs, es va fer un primer estudi dels cinc de la tercera i última generació (rucaparib, talazoparib, niraparib, olaparib i veliparib), identificant així tres d'ells com a possibles agents fotosensibilizants: rucaparib, talazoparib i niraparib, l'estudi del qual es descriu en profunditat en els capítols 4, 5 i 6 de la tesi. En el capítol 4 s'avalua la fototoxicitat del rucaparib (RCP), un fàrmac que, malgrat tindre un cromòfor indole en la seua estructura química, posseeix un desplaçament batocròmic cap a la regió UVA de la llum solar, sent així capaç d'induir reaccions de fotosensibilitat. Mitjançant experiments de fluorescència i fotòlisi de flaix làser es va observar que, després de l¿absorció de llum en aquesta regió de l'espectre, té lloc la generació d'espècies reactives d'oxigen (ROS), que podrien ser les responsables de generar un dany fotooxidatiu cap a l'ADN cel·lular i a les proteïnes transmembranals, originant com a resultat una foto(geno)toxicitat. A més, es va establir que el mecanisme de la mort cel·lular fotoinduïda per RCP és per apoptosi. El capítol 5 se centra en l'avaluació del perfil de fotoseguretat de talazoparib (TLZ), el qual, després de la seua irradiació amb llum UVA dona lloc a un fotoproducte que, després del seu aïllament i caracterització, va resultar no presentar fotorreactivitat ninguna. Aquest fotoproducte va resultar a més ser el responsable de reduir significativament el potencial fototòxic del fàrmac original, ja que no es van detectar espècies transitòries després de la seua irradiació amb llum UVA. A més, per al TLZ es va revelar la producció in vitro de ROS, espècies que podrien ser les responsables de generar un dany fotooxidatiu tant cap a l'ADN cel·lular com a les proteïnes de membrana, originant com a resultat una foto(geno)toxicitat. En el capítol 6 s'avalua la fototoxicitat del niraparib (*NRP) i el seu principal metabòlit (N-M1). A pesar que tots dos compostos van resultar ser fototòxics, aquesta fototoxicitat no va afectar per igual a les principals dianes cel·lulars, ja que el dany fotooxidatiu de NRP es va observar en lípids, en proteïnes i en l'ADN cel·lular, mentre que en N-M1 s'aprecia fonamentalment en les proteïnes de membrana. A més, la toxicitat observada del NRP en cèl·lules de càncer d'ovari (A2780 i A2780cis) va indicar que aquest fàrmac podria contemplar-se com a candidat per al seu ús en un futur en la teràpia fotodinàmica per al tractament del càncer d'ovari. Finalment, amb tot això es conclou que aquests fàrmacs de la família dels inhibidors de la PARP (RCP, TLZ i NRP) són capaços d'induir reaccions de fotosensibilitat, amb valors de factor de fotoirritació (PIF) de 41, 7 i 46, respectivament. / [EN] In this doctoral thesis, a multidisciplinary methodology has been performed for the evaluation of the in vitro photochemical and photobiological potential of the poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors, combining photophysical and photobiological studies in biomolecules and cell cultures, specifically in human immortalized keratinocytes (HaCaT). Thus, the general objective is to investigate if these drugs, in combination with solar radiation, can trigger photosensitivity reactions; this will allow oncologists to indicate appropriate photoprotective guidelines to their patients in order to prevent these undesirable effects. This thesis is divided into 7 chapters. The first one (introduction) contains the essential issues concerning PARP inhibitors, a background of the photosensitization reactions and a description of the involved chemical and biological mechanisms. After in-depth bibliographical research about these drugs, a screening of the five PARP inhibitors (rucaparib, talazoparib, niraparib, olaparib and veliparib) of the third and last generation was carried out, identifying three of them as possible photosensitizing drugs: rucaparib, talazoparib and niraparib. Their behaviour is thoroughly described in chapters 4, 5 and 6. Chapter 4 evaluates the phototoxicity of rucaparib (RCP), a drug that possess an indole chromophore in its chemical structure but displays a bathochromic shift towards the UVA region of sunlight, which makes it able to induce photosensitivity reactions. Generation of reactive oxygen species (ROS) after UVA light absorption was detected by fluorescence and laser flash photolysis experiments. These species could generate photooxidative damage to cellular DNA and transmembrane proteins, resulting in photo(geno)toxicity. In addition, it was established that the mechanism of RCP photoinduced cell death is by apoptosis. Chapter 5 focuses on the photosafety profile of talazoparib (TLZ), a compound that, after UVA irradiation, gives rise to a photooxidized product; after isolation and characterization, the photoproduct did not display any photoreactivity, and no transient species were detected after UVA light irradiation. Therefore, it was responsible for the significantly reduced phototoxic potential of the parent drug. Additionally, for TLZ, in vitro ROS production was detected. These species could lead to photooxidative damage to both cellular DNA and membrane proteins, resulting in photo(geno)toxicity. Chapter 6 deals with the phototoxicity of niraparib (NRP) and its main metabolite (N-M1). Although both compounds are phototoxic, the phototoxicity was found to be different for the main cellular targets: thus, the photooxidative damage of NRP was noticed in lipids, transmembrane proteins and cellular DNA, whereas in N-M1 it was mainly observed in membrane proteins. In addition, NRP was cytotoxic in ovarian cancer cells (A2780 and A2780cis), indicating that this drug could be considered as a future candidate for its use in photodynamic therapy to treat ovarian cancer. Finally, it can be concluded that these PARP inhibitors (RCP, TLZ and NRP) are able to induce photosensitivity disorders, with PIF values of 41, 7 and 46, respectively. / We thank the Agencia Estatal de Investigación (PID2020-115010RB-I00/AEI/10.13039/501100011033 and the Generalitat Valenciana (CIAICO/2021/061 and ACIF/2018/153 fellowship for A. M.-P. / Mateos Pujante, A. (2023). Evaluación del potencial fotoquímico y fotobiológico de los inhibidores de la poli (ADP-ribosa) polimerasa [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/196092

Quercus humboldtii es la única especie de roble sudamericano que cubre ciertas zonas de alta y media montaña del norte de los Andes. Históricamente, los bosques de robles han sido utilizados para leña y sustituidos por cultivos. Como consecuencia, su extensión prehispánica se redujo al 28%. Recientemente, su persistencia se ha visto amenazada por los incendios forestales. En las últimas décadas, la cubierta forestal de robles se ha reducido al aumentar la frecuencia de los incendios forestales, y la regeneración de los robles de manera sexual post-incendio es limitada, sin embargo presentan una gran habilidad para rebrotar desde la cepa, la copa o de manera simultánea. Tras el uso agrícola y los incendios recurrentes de la vegetación, los robledales son sustituidos por densos matorrales con una elevada cobertura de arbustos y especies herbáceas exóticas invasoras. En estos matorrales no hay dispersión de bellotas y la sucesión forestal es nula. Este estudio evalúa la regeneración de matorrales y robledales afectados por incendios en el norte de los Andes, así como los factores limitantes para la germinación y el establecimiento de robles en bosques de robles y matorrales andinos afectados por incendios. En un experimento manipulativo, medimos la germinación y el enraizamiento de bellotas y el desarrollo de plántulas plantadas bajo bosques de roble, matorrales intactos y matorrales en los que se habían eliminado especies exóticas invasoras. Encontramos que Q. humboldtii puede germinar, sobrevivir y crecer en altas proporciones tanto en bosques como en matorrales. Sin embargo, sorprendentemente fueron significativamente menores en el bosque de robles. Las condiciones ambientales intrínsecas a los bosques de robles, como pendientes más pronunciadas, alta cobertura de copas y depredación de bellotas, impidieron la germinación y el establecimiento. Por otro lado, nuestros resultados de germinación, supervivencia y crecimiento demuestran que si se superan las limitaciones de disponibilidad y dispersión, las bellotas y plántulas de roble andino pueden establecerse en robledales y matorrales afectados por incendios con o sin especies exóticas invasoras. Aunque las exóticas no afectan directamente al reclutamiento de Q. humboldtii, consideramos que indirectamente la alta densidad de biomasa de las especies exóticas invasoras funciona como combustible para los incendios forestales, influyendo en la frecuencia y magnitud de los mismos y destruyendo así las semillas y jóvenes reclutas de Q. humboldtii. El reclutamiento de Q. humboldtii en este sistema requiere entonces aliviar simultáneamente la restricción en la disponibilidad y dispersión de semillas pero también suficiente tiempo sin fuego para que los reclutas establecidos puedan crecer y desarrollar estructuras de protección contra el fuego y activar su capacidad de rebrote. El desarrollo de estas estrategias requiere una gestión integral del fuego y la reintroducción asistida de semillas y plántulas de Q. humboldtii.

Urgent scientifically-informed action is needed to stabilise the Earth System amidst anthropogenic climate change. Particularly, the notable transgression of the ‘biosphere integrity’ Planetary Boundary needs to be addressed. Modern Earth System Models struggle to accurately represent regional to local-scale climate features and biodiversity aspects. Recent developments allow to tackle these issues using Artificial Intelligence. This dissertation focuses on two main aspects: (i) deriving high spatio-temporal resolution climate data from coarser models; and (ii) integrating high-temporal-resolution climate data into Species Distribution Models. Three specific objectives were defined: Obj1 Improving Perfect Prognosis – Statistical Downscaling methods through modern Deep Learning algorithms. Obj2 Downscaling a high-resolution multivariate climate ensemble. Obj3 Employ the resulting dataset to improve Species Distribution Models’ projections. The objectives are connected to the three articles that support this cumulative dissertation. Its scope is limited to the Free State of Saxony, Germany, where local high-resolution climate data and high-quality observations of endangered vascular plant species were employed. From a broader perspective, these efforts should contribute to the overarching goal of bridging the gap between the scales of species distribution and climate models while establishing open-source, reproducible, and scalable containerised frameworks. Recent Deep Learning algorithms were leveraged to accomplish (i). The proposed frameworks enhance previous performance of Perfect Prognosis – Statistical Downscaling approaches, while ensuring repeatability. The key near-surface variables considered are precipitation, water vapour pressure, radiation, wind speed, and, maximum, mean and minimum temperature. The assumptions that support the Perfect Prognosis approach were thoroughly examined, confirming the robustness of the methods. The downscaled ensemble exhibits a novel output resolution of daily 1 km, which can serve as input for multiple climate impact studies, especially for local-scale decision-making and in topographically complex regions. Considerable methodological implementations were proposed and thoroughly analysed to achieve (ii). Despite notable limitations, Species Distribution Models are frequently used in climate change conservation planning. Thus, recent developments in climate data resolution could improve their usefulness and reliability, which have been previously constraint to coarse temporal aggregates in the projection domain. The presented framework provides fine-grained species suitability projections and satisfactory spatio-temporal transferability, albeit worrying trends. These improved projections are a step forward towards tailored conservation efforts. Limitations of Machine Learning methods and Species Distribution Models are addressed. Substantial avenues for future improvements are thoroughly discussed. As results suggest further reduction of suitable habitats, yet another call for swift action towards low-carbon societies is made. This requires maximising climate change mitigation and adaptation measures, along with a swift transition from short-term profit-driven policies to long-term sustainable development, but primarily, a collective shift in consciousness from anthropocentric positions to ecocentric policies and societies.:Contents Declaration of conformity........................................................ I Abstract....................................................................... III Zusammenfassung.................................................................. V Resumen........................................................................ VII Acknowledgments................................................................. IX List of Figures................................................................. XV List of Tables................................................................. XIX Symbols and Acronyms........................................................... XXI I Prelude & Foundations 1 1 Introduction................................................................... 3 1.1 Motivation – Human Impact on Earth....................................... 3 1.2 Earth System Modelling and Downscaling................................... 5 1.3 Biosphere’s Response to Recent Changes................................... 8 1.4 Species Distribution Models.............................................. 9 1.5 Objectives.............................................................. 10 1.6 Scope................................................................... 10 1.7 Outline................................................................. 10 2 Methodological Basis.......................................................... 13 2.1 Introduction to Artificial Intelligence Methods......................... 13 2.1.1 Artificial Intelligence........................................... 13 2.1.2 Machine Learning.................................................. 14 2.1.3 Deep Learning..................................................... 14 2.2 Downscaling Techniques.................................................. 15 2.2.1 Dynamical Downscaling............................................. 15 2.2.2 Statistical Downscaling........................................... 15 2.2.2.1 Model Output Statistics................................... 16 2.2.2.2 Perfect Prognosis......................................... 16 2.3 Species Distribution Models: Temporal Aspects........................... 17 2.4 Computational Framework................................................. 18 2.4.1 High-Performance Computing........................................ 18 2.4.2 Containers........................................................ 18 2.5 Remarks on Reproducibility.............................................. 19 II Articles’ Synthesis 21 3 Data.......................................................................... 23 3.1 Study Area.............................................................. 23 3.2 ReKIS................................................................... 24 3.3 ERA5.................................................................... 24 3.4 CORDEX.................................................................. 24 3.5 Species Occurrences..................................................... 25 3.6 WorldClim............................................................... 26 4 Methodological Implementations................................................ 27 4.1 Advancing Statistical Downscaling....................................... 27 4.1.1 Transfer Function Calibration.................................... 27 4.1.2 Evaluation....................................................... 29 4.1.3 Repeatability.................................................... 29 4.2 Downscaling a Multivariate Ensemble..................................... 30 4.2.1 Transfer Function Adaptations.................................... 30 4.2.2 Validation....................................................... 30 4.2.3 Perfect Prognosis Assumptions Evaluation......................... 31 4.3 Integrating High-Temporal-Resolution into SDMs.......................... 32 4.3.1 Climate Data..................................................... 32 4.3.1.1 Predictor Sets.......................................... 32 4.3.1.2 Temporal Approaches..................................... 33 4.3.2 SDM Implementation............................................... 33 4.3.3 Spatio-Temporal Thinning & Trimming.............................. 33 4.3.4 Meta-analysis.................................................... 34 4.3.5 Pseudo-Reality Assessment........................................ 34 4.3.6 Spatio-Temporal Transferability.................................. 34 5 Results & Discussions......................................................... 35 5.1 Advancing Statistical Downscaling....................................... 35 5.1.1 Performance Improvement.......................................... 35 5.1.2 Repeatability.................................................... 36 5.1.3 Transfer Function Suitability.................................... 38 5.2 Downscaling a Multivariate Ensemble..................................... 39 5.2.1 Transfer Function performance.................................... 39 5.2.2 Bias-Correction.................................................. 40 5.2.3 Pseudo-Reality................................................... 42 5.2.4 Projections...................................................... 43 5.3 Integrating High-Temporal-Resolution into SDMs.......................... 45 5.3.1 Predictor Set Evaluation for H2k................................. 45 5.3.2 Temporal Approach Comparison..................................... 46 5.3.3 Spatio-Temporal Transferability.................................. 47 5.3.4 Suitability Projections.......................................... 47 III Insights 51 6 Summary....................................................................... 53 6.1 Article A1.............................................................. 53 6.2 Article A2.............................................................. 54 6.3 Article A3.............................................................. 56 7 Conclusions and Outlook....................................................... 59 References 65 Articles 81 A1 Repeatable high-resolution statistical downscaling through deep learning..... 83 A2 Downscaling CORDEX Through Deep Learning to Daily 1 km Multivariate Ensemble in Complex Terrain............................................................. 103 A3 Integrating High-Temporal-Resolution Climate Projections into Species Distribu- tion Model..................................................................... 127 / Um das Erdsystem angesichts des anthropogenen Klimawandels zu stabilisieren, sind Maßnahmen auf Basis wissenschaftlicher Erkenntnisse dringend erforderlich. Insbesondere muss die drastisch Überschreitung der planetaren Grenze ‘Integrität der Biosphäre’ angegangen werden. Bisher haben aber Modelle des Erdsystems Schwierigkeiten, regionale bis lokale Klimamerkmale und Aspekte der Biodiversität genau abzubilden. Aktuelle Entwicklungen ermöglichen es, diese Herausforderungen mithilfe von Künstlicher Intelligenz anzugehen. Diese Dissertation konzentriert sich auf zwei Hauptaspekte: (i) die Ableitung von Klimadaten mit hoher räumlicher und zeitlicher Auflösung aus groberen Modellen und (ii) die Integration von Klimadaten mit hoher zeitlicher Auflösung in Modelle zur Artverbreitung. Es wurden drei konkrete Ziele definiert: Ziel1 Verbesserung von Perfect Prognosis – Statistische Downscaling-Methoden durch moderne Deep Learning-Algorithmen Ziel2 Downscaling eines hochauflösenden multivariaten Klimaensembles Ziel3 Verwendung des resultierenden Datensatzes zur Verbesserung von Prognosen in Modellen zur Artverbreitung Diese Ziele werden in drei wissenschaftlichen Artikeln beantwortet, auf die diese kumulative Dissertation sich stützt. Der Anwendungsbereich erstreckt sich auf den Freistaat Sachsen, Deutschland, wo lokale hochauflösende Klimadaten und hochwertige Beobachtungen gefährdeter Gefäßpflanzenarten verwendet wurden. In einer breiteren Perspektive tragen diese Bemühungen dazu bei, die Kluft zwischen regionalen sowie zeitlichen Skalen der Artverbreitung und Klimamodellen zu überbrücken und gleichzeitig Open-Source-, reproduzierbare und skalierbare containerisierte Frameworks zu etablieren. Aktuelle Deep Learning-Algorithmen wurden eingesetzt, um Hauptaspekt (i) zu erreichen. Die vorgeschlagenen Frameworks verbessern die bisherige Leistung von Perfect Prognosis – Statistische Downscaling-Ansätzen und gewährleisten gleichzeitig die Wiederholbarkeit. Die wichtigsten bodennahen Variablen, die berücksichtigt werden, sind Niederschlag, Wasserdampfdruck, Strahlung, Windgeschwindigkeit sowie Maximal-, Durchschnitts- und Minimaltemperatur. Die Annahmen, die den Perfect Prognosis-Ansatz unterstützen, wurden analysiert und bestätigen die Robustheit der Methoden. Das downscaled Ensemble weist eine neuartige Auflösung von 1 km auf Tagesbasis auf, welches als Grundlage für mehrere Studien zu den Auswirkungen des Klimawandels dienen kann, insbesondere für Entscheidungsfindung auf lokaler Ebene und in topografisch komplexen Regionen. Es wurden umfassende methodische Implementierungen vorgeschlagen und analysiert, um Hauptaspekt (ii) zu erreichen. Trotz großer Einschränkungen werden Modelle zur Artverbreitung häufig in der Klimaschutzplanung eingesetzt. Daher könnten aktuelle Entwicklungen in der Klimadatenauflösung deren Nützlichkeit und Zuverlässigkeit verbessern, die bisher auf grobe zeitliche Aggregatformen im Projektionsbereich beschränkt waren. Das vorgestellte Framework bietet feingliedrige Prognosen zur Eignung von Arten und zufriedenstellende räumlich-zeitliche Übertragbarkeit, trotz besorgniserregender Trends. Diese verbesserten Prognosen sind ein Schritt in Richtung maßgeschneiderter Naturschutzmaßnahmen. Einschränkungen von Machine Learning-Methoden und Modellen zur Artverbreitung werden untersucht. Substanzielle Möglichkeiten zur zukünftigen Verbesserung werden ausführlich erörtert. Da die Ergebnisse darauf hinweisen, dass geeignete Lebensräume weiter abnehmen, wird erneut zum schnellen Handeln in Richtung kohlenstoffarmer Gesellschaften aufgerufen. Dies erfordert die Maximierung von Maßnahmen zur Bekämpfung des Klimawandels und zur Anpassung, zusammen mit einem raschen Übergang von kurzfristig Profitorientierten Politiken zu langfristiger nachhaltiger Entwicklung, aber vor allem zu einem kollektiven Bewusstseinswandel von anthropozentrischen Positionen zu ökozentrischen Politiken und Gesellschaften.:Contents Declaration of conformity........................................................ I Abstract....................................................................... III Zusammenfassung.................................................................. V Resumen........................................................................ VII Acknowledgments................................................................. IX List of Figures................................................................. XV List of Tables................................................................. XIX Symbols and Acronyms........................................................... XXI I Prelude & Foundations 1 1 Introduction................................................................... 3 1.1 Motivation – Human Impact on Earth....................................... 3 1.2 Earth System Modelling and Downscaling................................... 5 1.3 Biosphere’s Response to Recent Changes................................... 8 1.4 Species Distribution Models.............................................. 9 1.5 Objectives.............................................................. 10 1.6 Scope................................................................... 10 1.7 Outline................................................................. 10 2 Methodological Basis.......................................................... 13 2.1 Introduction to Artificial Intelligence Methods......................... 13 2.1.1 Artificial Intelligence........................................... 13 2.1.2 Machine Learning.................................................. 14 2.1.3 Deep Learning..................................................... 14 2.2 Downscaling Techniques.................................................. 15 2.2.1 Dynamical Downscaling............................................. 15 2.2.2 Statistical Downscaling........................................... 15 2.2.2.1 Model Output Statistics................................... 16 2.2.2.2 Perfect Prognosis......................................... 16 2.3 Species Distribution Models: Temporal Aspects........................... 17 2.4 Computational Framework................................................. 18 2.4.1 High-Performance Computing........................................ 18 2.4.2 Containers........................................................ 18 2.5 Remarks on Reproducibility.............................................. 19 II Articles’ Synthesis 21 3 Data.......................................................................... 23 3.1 Study Area.............................................................. 23 3.2 ReKIS................................................................... 24 3.3 ERA5.................................................................... 24 3.4 CORDEX.................................................................. 24 3.5 Species Occurrences..................................................... 25 3.6 WorldClim............................................................... 26 4 Methodological Implementations................................................ 27 4.1 Advancing Statistical Downscaling....................................... 27 4.1.1 Transfer Function Calibration.................................... 27 4.1.2 Evaluation....................................................... 29 4.1.3 Repeatability.................................................... 29 4.2 Downscaling a Multivariate Ensemble..................................... 30 4.2.1 Transfer Function Adaptations.................................... 30 4.2.2 Validation....................................................... 30 4.2.3 Perfect Prognosis Assumptions Evaluation......................... 31 4.3 Integrating High-Temporal-Resolution into SDMs.......................... 32 4.3.1 Climate Data..................................................... 32 4.3.1.1 Predictor Sets.......................................... 32 4.3.1.2 Temporal Approaches..................................... 33 4.3.2 SDM Implementation............................................... 33 4.3.3 Spatio-Temporal Thinning & Trimming.............................. 33 4.3.4 Meta-analysis.................................................... 34 4.3.5 Pseudo-Reality Assessment........................................ 34 4.3.6 Spatio-Temporal Transferability.................................. 34 5 Results & Discussions......................................................... 35 5.1 Advancing Statistical Downscaling....................................... 35 5.1.1 Performance Improvement.......................................... 35 5.1.2 Repeatability.................................................... 36 5.1.3 Transfer Function Suitability.................................... 38 5.2 Downscaling a Multivariate Ensemble..................................... 39 5.2.1 Transfer Function performance.................................... 39 5.2.2 Bias-Correction.................................................. 40 5.2.3 Pseudo-Reality................................................... 42 5.2.4 Projections...................................................... 43 5.3 Integrating High-Temporal-Resolution into SDMs.......................... 45 5.3.1 Predictor Set Evaluation for H2k................................. 45 5.3.2 Temporal Approach Comparison..................................... 46 5.3.3 Spatio-Temporal Transferability.................................. 47 5.3.4 Suitability Projections.......................................... 47 III Insights 51 6 Summary....................................................................... 53 6.1 Article A1.............................................................. 53 6.2 Article A2.............................................................. 54 6.3 Article A3.............................................................. 56 7 Conclusions and Outlook....................................................... 59 References 65 Articles 81 A1 Repeatable high-resolution statistical downscaling through deep learning..... 83 A2 Downscaling CORDEX Through Deep Learning to Daily 1 km Multivariate Ensemble in Complex Terrain............................................................. 103 A3 Integrating High-Temporal-Resolution Climate Projections into Species Distribu- tion Model..................................................................... 127 / Acción urgente científicamente informada es necesaria para estabilizar el sistema terrestre en medio del cambio climático antropogénico. En particular, la notable transgresión del límite planetario de ’integridad de la biosfera’ debe abordarse. Los modernos modelos del sistema terrestre tienen dificultades para representar con precisión las características climáticas a escala regional y local, así como los aspectos de la biodiversidad. Desarrollos recientes permiten abordar estos problemas mediante la inteligencia artificial. Esta disertación se enfoca en dos aspectos principales: (i) derivar datos climáticos de alta resolución espacio-temporal a partir de modelos más gruesos; y (ii) integrar datos climáticos de alta resolución temporal en modelos de distribución de especies. Se definieron tres objetivos específicos: Obj1 Mejorar los métodos de pronóstico perfecto – reducción de escala estadística mediante algoritmos modernos de aprendizaje profundo. Obj2 Generar un conjunto climático multivariado de alta resolución. Obj3 Emplear el conjunto de datos resultante para mejorar las proyecciones de los modelos de distribución de especies. Los objetivos están vinculados a los tres artículos que respaldan esta disertación acumulativa. Su alcance se limita al Estado Libre de Sajonia, Alemania, donde se emplearon datos climáticos locales de alta resolución y observaciones de alta calidad de especies de plantas vasculares en peligro de extinción. Desde una perspectiva más amplia, estos esfuerzos deberían contribuir a la meta general de cerrar la brecha entre las escalas de la distribución de especies y los modelos climáticos, mientras que se establecen marcos de trabajo contenedorizados de código abierto, reproducibles y escalables. Algoritmos recientes de aprendizaje profundo fueron aprovechados para lograr (i). Los marcos de trabajo propuestos mejoran el rendimiento previo de los métodos de pronóstico perfecto – reducción de escala estadística, al tiempo que garantizan la repetibilidad. Las variables clave de la superficie cercana consideradas son precipitación, presión de vapor de agua, radiación, velocidad del viento, así como la temperatura máxima, media y mínima. Se examinaron meticulosamente las suposiciones que respaldan el método de pronóstico perfecto, confirmando la robustez de las propuestas. El conjunto reducido de escala exhibe una novedosa resolución diaria de 1 km, el cual puede servir como insumo para múltiples estudios de impacto climático, especialmente para la toma de decisiones a nivel local y en regiones topográficamente complejas. Se propusieron y analizaron minuciosamente considerables implementaciones metodológicas para lograr (ii). A pesar de sus notables limitaciones, los modelos de distribución de especies son utilizados con frecuencia en la planificación de la conservación debido al cambio climático. Por lo tanto, los desarrollos recientes en la resolución de datos climáticos podrían mejorar su utilidad y confiabilidad, ya que antes se limitaban a agregados temporales gruesos en el caso de las proyecciones. El marco de trabajo presentado proporciona proyecciones de idoneidad de especies detalladas y una transferibilidad espacio-temporal satisfactoria, aunque con tendencias preocupantes. Estas proyecciones mejoradas son un paso adelante en los esfuerzos de conservación a la medida. Se abordan las limitaciones de los métodos de aprendizaje automático y de los modelos de distribución de especies. Se discuten a fondo posibilidades sustanciales para futuras mejoras. Dado que los resultados sugieren una mayor reducción de hábitats adecuados, se hace otro llamado a la acción rápida hacia sociedades bajas en carbono. Esto requiere maximizar las medidas de mitigación y adaptación al cambio climático, junto con una transición rápida de políticas orientadas a beneficios a corto plazo hacia un desarrollo sostenible a largo plazo, pero principalmente, un cambio colectivo de conciencia, desde posiciones antropocéntricas hacia políticas y sociedades ecocéntricas.:Contents Declaration of conformity........................................................ I Abstract....................................................................... III Zusammenfassung.................................................................. V Resumen........................................................................ VII Acknowledgments................................................................. IX List of Figures................................................................. XV List of Tables................................................................. XIX Symbols and Acronyms........................................................... XXI I Prelude & Foundations 1 1 Introduction................................................................... 3 1.1 Motivation – Human Impact on Earth....................................... 3 1.2 Earth System Modelling and Downscaling................................... 5 1.3 Biosphere’s Response to Recent Changes................................... 8 1.4 Species Distribution Models.............................................. 9 1.5 Objectives.............................................................. 10 1.6 Scope................................................................... 10 1.7 Outline................................................................. 10 2 Methodological Basis.......................................................... 13 2.1 Introduction to Artificial Intelligence Methods......................... 13 2.1.1 Artificial Intelligence........................................... 13 2.1.2 Machine Learning.................................................. 14 2.1.3 Deep Learning..................................................... 14 2.2 Downscaling Techniques.................................................. 15 2.2.1 Dynamical Downscaling............................................. 15 2.2.2 Statistical Downscaling........................................... 15 2.2.2.1 Model Output Statistics................................... 16 2.2.2.2 Perfect Prognosis......................................... 16 2.3 Species Distribution Models: Temporal Aspects........................... 17 2.4 Computational Framework................................................. 18 2.4.1 High-Performance Computing........................................ 18 2.4.2 Containers........................................................ 18 2.5 Remarks on Reproducibility.............................................. 19 II Articles’ Synthesis 21 3 Data.......................................................................... 23 3.1 Study Area.............................................................. 23 3.2 ReKIS................................................................... 24 3.3 ERA5.................................................................... 24 3.4 CORDEX.................................................................. 24 3.5 Species Occurrences..................................................... 25 3.6 WorldClim............................................................... 26 4 Methodological Implementations................................................ 27 4.1 Advancing Statistical Downscaling....................................... 27 4.1.1 Transfer Function Calibration.................................... 27 4.1.2 Evaluation....................................................... 29 4.1.3 Repeatability.................................................... 29 4.2 Downscaling a Multivariate Ensemble..................................... 30 4.2.1 Transfer Function Adaptations.................................... 30 4.2.2 Validation....................................................... 30 4.2.3 Perfect Prognosis Assumptions Evaluation......................... 31 4.3 Integrating High-Temporal-Resolution into SDMs.......................... 32 4.3.1 Climate Data..................................................... 32 4.3.1.1 Predictor Sets.......................................... 32 4.3.1.2 Temporal Approaches..................................... 33 4.3.2 SDM Implementation............................................... 33 4.3.3 Spatio-Temporal Thinning & Trimming.............................. 33 4.3.4 Meta-analysis.................................................... 34 4.3.5 Pseudo-Reality Assessment........................................ 34 4.3.6 Spatio-Temporal Transferability.................................. 34 5 Results & Discussions......................................................... 35 5.1 Advancing Statistical Downscaling....................................... 35 5.1.1 Performance Improvement.......................................... 35 5.1.2 Repeatability.................................................... 36 5.1.3 Transfer Function Suitability.................................... 38 5.2 Downscaling a Multivariate Ensemble..................................... 39 5.2.1 Transfer Function performance.................................... 39 5.2.2 Bias-Correction.................................................. 40 5.2.3 Pseudo-Reality................................................... 42 5.2.4 Projections...................................................... 43 5.3 Integrating High-Temporal-Resolution into SDMs.......................... 45 5.3.1 Predictor Set Evaluation for H2k................................. 45 5.3.2 Temporal Approach Comparison..................................... 46 5.3.3 Spatio-Temporal Transferability.................................. 47 5.3.4 Suitability Projections.......................................... 47 III Insights 51 6 Summary....................................................................... 53 6.1 Article A1.............................................................. 53 6.2 Article A2.............................................................. 54 6.3 Article A3.............................................................. 56 7 Conclusions and Outlook....................................................... 59 References 65 Articles 81 A1 Repeatable high-resolution statistical downscaling through deep learning..... 83 A2 Downscaling CORDEX Through Deep Learning to Daily 1 km Multivariate Ensemble in Complex Terrain............................................................. 103 A3 Integrating High-Temporal-Resolution Climate Projections into Species Distribu- tion Model..................................................................... 127

[ES] En las últimas décadas, la aprobación de los inhibidores de la tirosina quinasa (del inglés TKI) como una nueva clase de terapia dirigida ha mejorado la calidad de vida y las tasas de supervivencia de los pacientes con cáncer. Sin embargo, los efectos adversos asociados a éstos, como son las reacciones cutáneas, siguen siendo un desafío para la terapia controlada. De acuerdo con anteriores estudios fotofísicos y fotobiológicos de TKI realizados por el grupo de investigación, esta tesis sigue un enfoque multidisciplinar para investigar nuevos fármacos fotoactivos dentro de esta familia. En la etapa inicial, se seleccionaron cuatro TKI, gefitinib, axitinib, dasatinib y avapritinib, por su capacidad para absorber luz UVA y por su potencial fototóxico. Los estudios, tanto fotofísicos como fotobiológicos, se llevaron a cabo en estos fármacos. Gefitinib (GFT), un TKI con un cromóforo quinazolina, reveló cambios significativos en la fototoxicidad debido a modificaciones metabólicas en su estructura. Así, la desalquilación de la cadena lateral propoxi-morfolina (DMOR-GFT) presentó el valor más alto de factor de fotoirritación (PIF), aprox. 48, mientras que el metabolito desmetilado (DMT-GFT) mostró un valor de PIF mucho menor (~7), casi la mitad del valor de PIF del fármaco inalterado (~13). Por el contrario, el metabolito que presenta un grupo hidroxilo en lugar de flúor (DF-GFT) resultó no ser fototóxico. Notablemente, solo se confirmó que DMOR-GFT induce fotoperoxidación lipídica mediante un mecanismo oxidativo de Tipo I, basado en la escasa producción de oxígeno singlete y la eficiente desactivación del estado excitado triplete por un modelo lipídico. La fotooxidación de proteínas se evidenció en el caso de GFT y, en menor medida, en DMOR-GFT, pero resultó insignificante para DMT-GFT. Sin embargo, a diferencia de GFT, el daño al ADN inducido por el metabolito desmetilado no se reparó incluso después de varias horas. Axitinib (AXT), comercialmente disponible como el isómero (E)-AXT, tiende a fotoisomerizar a (Z)-AXT, especialmente en presencia de proteínas. Así, se revelaron dos mecanismos de fototoxicidad. En primer lugar, la conversión del (E)-AXT (no citotóxico) en el (Z)-AXT (citotóxico) tras irradiación. En segundo lugar, la fototoxicidad intrínseca exhibida por (Z)-AXT. Además, la fotooxidación de proteínas se atribuyó al isómero Z debido a la similitud en el contenido de carbonilo entre ambos isómeros y la alta afinidad del isómero Z por las proteínas. Finalmente, la fotogenotoxicidad solo se reveló mediante la detección de histonas ¿-H2AX. Dasatinib (DAS) es un TKI propuesto para el uso tópico en enfermedades cutáneas. Tras establecer un PIF inicial de 5, se confirmó la fototoxicidad de DAS en una emulsión oleo-acuosa en epidermis humana reconstruida (RhE), la cual se redujo sustancialmente al incorporar un filtro solar de amplio espectro. DAS presenta capacidad de generar tanto oxígeno singlete como radicales, desencadenando fotooxidación tanto en lípidos como en proteínas. Asimismo, se evidenció daño fotoinducido al ADN tanto mediante el ensayo cometa como la detección de ¿-H2AX. Avapritinib (AVP), un TKI de nueva aprobación, demostró ser un fármaco fototóxico con un valor de PIF de aproximadamente 11. Además, fue capaz de inducir tanto fotooxidación a las proteínas como daño en el ADN. En definitiva, el estudio de la toxicidad cutánea de los TKI en combinación con la luz solar se llevó a cabo mediante una exhaustiva evaluación de su fotocomportamiento tanto en disolución como en células de piel. El objetivo es proporcionar a los profesionales de la salud información actualizada sobre la foto(geno)toxicidad y alentarlos a evaluar e implementar estrategias de fotoprotección para los pacientes sometidos a la terapia basada en TKI. / [CA] En les últimes dècades, l'aparició d'inhibidors de la tirosina cinasa (de l'anglès TKI) com una nova classe de teràpia dirigida ha millorat la qualitat de vida i les taxes de supervivència dels pacients amb càncer. No obstant això, els efectes adversos associats a aquests, com les reaccions cutànies, continuen sent un desafiament per a la teràpia controlada. D'acord amb estudis fotofísics i fotobiològics prèvis de TKI realitzats pel grup de recerca, esta tesi segueix un enfocament multidisciplinari per a investigar nous fàrmacs fotoactius dins d¿aquesta familia. En l'etapa inicial, es van seleccionar quatre TKI, gefitinib, axitinib, dasatinib i avapritinib, per la seua capacitat per absorbir llum en la regió UVA i el seu potencial fototòxic. Gefitinib (GFT), un TKI amb un cromòfor quinazolina, va experimentar canvis significatius en la fototoxicitat a causa de modificacions metabòliques en la seua estructura. La desalquilació de la cadena lateral propoxi-morfolina (DMOR-GFT) va presentar el valor més alt de factor de fotoirritació (PIF), aprox. 48, mentre que el metabòlit desmetilat (DMT-GFT) va mostrar un valor de PIF molt menor (~7), quasi la meitat del valor de PIF del fàrmac inalterat (aprox. 13). Al contrari, el metabòlit que presenta un grup hidroxil en lloc de fluor (DF-GFT) va resultar no ser fototòxic. Notablement, només es va confirmar que DMOR-GFT induïx fotoperoxidació lipídica mitjançant un mecanisme oxidatiu de Tipus I, basat en l'escassa producció d'oxigen singlet i l'eficient desactivació de l'estat excitat triplet per un model lipídic. La fotooxidació de proteïnes va ser evident per a GFT i, en menor mesura, per a DMOR-GFT, però va resultar insignificant per a DMT-GFT. No obstant això, a diferència de GFT, el dany a l'ADN induït pel metabòlit desmetilat no es va reparar fins i tot després de diverses hores. Axitinib (AXT), comercialment disponible com a (E)-AXT, tendeix a fotoisomeritzar a (Z)-AXT, especialment en presència de proteïnes. Així, es van revelar dos mecanismes de fototoxicitat. En primer lloc, la conversió de l'(E)-AXT (no citotòxic) en el (Z)-AXT (citotòxic) després d'irradiació. En segon lloc, la fototoxicitat intrínseca exhibida per (Z)-AXT. A més, la fotooxidació de proteïnes es va atribuir a l'isòmer Z a causa de la similitud en el contingut de carbonil entre ambdós isòmers i l'alta afinitat de l'isòmer Z per les proteïnes. Finalment, la fotogenotoxicitat només es va revelar mitjançant la detecció de histones ¿-H2AX. Dasatinib (DAS) és un TKI proposat per a l'ús tòpic en malalties cutànies. Després d'establir un PIF inicial de 5, es va confirmar la fototoxicitat de DAS en una emulsió oli-aquosa en epidermis humana reconstituïda (RhE), la qual es va reduir substancialment en incorporar un filtre solar d'ample espectre. DAS presenta capacitat de generar tant oxigen singlet com radicals, desencadenant la fotooxidació tant en lípids com en proteïnes. Així mateix, es va evidenciar mitjançant l'assaig cometa i la detecció d'H2AX dany fotoinduït a l'ADN. Avapritinib (AVP), un TKI de segona generació, va demostrar ser un fàrmac fototòxic amb un valor PIF d'aproximadament 11. A més, va ser capaç d'induir tant la fotooxidació a les proteïnes com induir dany en l'ADN. En definitiva, l'estudi de la toxicitat cutània dels TKI en combinació amb la radiació solar es va dur a terme mitjançant una exhaustiva avaluació del seu fotocomportament tant en dissolució como en cèl·lules de pell. L'objectiu és proporcionar als professionals de la salut informació actualitzada sobre foto(geno)toxicitat i fomentar l'avaluació e implementació d'estratègies de fotoprotecció per als pacients sotmesos a la teràpia basada en TKI. / [EN] In recent decades, the emerge of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) as a new class of targeted therapy has substantially enhanced the quality of life and survival rates for cancer patients. However, associated adverse effects, such as dermatological reactions, remain a challenge to sustained therapy. In light of our research group established insights into the photophysical and photobiological aspects of some TKIs, this thesis follows a similar multidisciplinary approach to investigate other photoactive drugs within the TKI family. In the initial stage, four TKIs, gefitinib, axitinib, dasatinib, and avapritinib, were selected based on their ability to absorb in the UVA region of the solar spectrum and their phototoxic potential. Consequently, photophysical and photobiological studies were conducted on these TKIs. Gefitinib (GFT) is a TKI with a quinazoline moiety, in which modifications resulting from metabolism significantly alter the phototoxicity potential. Dealkylation of the propoxy-morpholine side chain (DMOR-GFT) exhibited the highest photoirritant value (PIF), reaching approximately 48, while the demethylated metabolite (DMT-GFT) displayed much lower phototoxicity (PIF ~7), nearly half the PIF value of the parent drug (ca. 13). In contrast, replacing the fluorine substituent with OH (DF-GFT) resulted in the absence of phototoxic activity. Surprisingly, only DMOR-GFT was confirmed to induce lipid photoperoxidation which occurred through a Type I oxidative mechanism, based on the weak singlet oxygen production and the efficient quenching of the triplet excited state by a lipid model. Furthermore, protein photooxidation was evident for GFT and, to a lesser extent, for DMOR-GFT, but negligible for DMT-GFT. However, unlike the parent drug, DNA photodamage induced by the demethylated metabolite exhibited limited repair even after several hours. Axitinib (AXT), commercially available as (E)-AXT, showed a tendency for photoisomerization to (Z)-AXT, particularly within proteins. Thus, two phototoxicity mechanisms were unveiled. Firstly, the transformation of the initially non-cytotoxic (E)-AXT into the cytotoxic (Z)-AXT upon radiation. Secondly, the intrinsic phototoxicity exhibited by (Z)-AXT. Moreover, protein photooxidation was unequivocally attributed to the (Z)-isomer due to the similarity in carbonyl content between E/Z-isomers and the high protein affinity of the (Z)-isomer. Finally, the photogenotoxicity was only revealed through the detection of ¿-H2AX histone foci. Dasatinib (DAS) is a TKI suggested for topical treatment of dermatological diseases. Given this context and having determined a PIF value ca. 5, an evaluation of DAS phototoxicity in reconstructed human epidermis (RhE) was conducted. DAS formulated in an oil-in-water emulsion exhibited high phototoxicity, which was substantially reduced upon incorporating a broad-spectrum sunscreen. DAS, capable to generate both singlet oxygen and radicals, triggered photooxidation in both lipids and proteins. Similarly, DNA photodamage was evidenced through comet assay and H2AX foci detection. Avapritinib (AVP), a newly approved TKI, was proven to be a phototoxic drug with a PIF value ca. 11, which was highly photooxidative toward proteins and capable to induce DNA photodamage. All in all, the study of skin toxicity of TKIs in combination with sunlight was achieved through a comprehensive evaluation of their photobehavior both in solution and within skin cells. The aim is to provide healthcare professionals with updated information on photo(geno)toxicity and encourage them to assess and implement photoprotection strategies for patients undergoing TKI-based therapy. / Agradezco a la Universitat Politècnica de València por la ayuda para la formación de doctores dentro del subprograma 1 (PAID-1- 2019) y al Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades por la ayuda para la formación del profesorado universitario (FPU19/00048). Ambas subvenciones resultaron fundamentales para la elaboración de mi tesis doctoral. / Ouardi El Hamidy, ME. (2024). In Vitro Photobehavior of Tyrosine Kinase Inhibitors in Solution and within Skin Cells [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/206167

[ES] Esta tesis investiga las oportunidades, desafíos y limitaciones para la investigación en el campo de la ecología vegetal, en el contexto de los acantilados mediterráneos. En concreto, las especies casmofiticas, cuyos hábitats naturales se caracterizan por su acusada pendiente. Las laderas de las montañas de piedra caliza en la proximidad del mar, en la parte central y occidental del área mediterránea se consideran objetos de estudio. Los estudios se llevaron a cabo en los cinturones costeros de montaña de las costas del noroeste de Sicilia y la costa diánica en la Comunidad Valenciana. El primer capítulo, titulado "The complexity of environmental factors: cliff microclimate", investiga la variabilidad del microclima del acantilado en tres áreas diferentes en Sicilia y España, analizando las condiciones ambientales creadas por el acantilado en una escala muy estrecha. Se recopilaron seis conjuntos de datos independientes y comparables que recogen las principales variables meteorológicas a lo largo de un período total de 18 meses. La gama resultante de condiciones ambientales se compara por pares a lo largo de dos gradientes ambientales principales: la orientación del acantilado Norte/Sur y la proximidad al mar. Además, los rasgos foliares intraespecíficos se utilizan para estudiar la variación en la respuesta funcional de las plantas que viven en las orientaciónes opuestas en una misma área de investigación. La variación resultante se correlaciona con la influencia de las condiciones microclimáticas creadas por la pendiente y el aspecto en los rasgos de la planta antes mencionados. El segundo capítulo, titulado "Compositional data and analyses of areas and plant communities in the coastal cliffs of the Valencian Community (Spain)", presenta una ordenación de los sitios de estudio y de las especies vegetales que habitan en las zonas de acantilados del cinturón montañoso a lo largo de las costas de la región diánica en el este de España. El estudio reveló correlaciones significativas entre las unidades de vegetación y los sitios con referencia a la amplia orientación geográfica Norte/Sur. Sin embargo, fue poco informativo con respecto a revelar las principales diferencias observadas en la estructura del conjunto de plantas relacionadas con laa variaciones microtopográficas registradas en el conjunto de datos. En el tercer capítulo, titulado "UAV (drone) surveys for the study of plant- microtopography relationships and for the conservation of rare species", se describe la metodología propuesta para investigar entornos verticales poco accesibles. También se analizaron los desafíos y las oportunidades de la investigación ecológica vegetal en estas áreas tipicamente inaccesibles. Un primer conjunto de datos comprende un censo visual parcial y total de dos especies endémicas de acantilados estrechos en las áreas de estudio españolas e italianas. Mediante el uso de la fotogrametría aérea de corto alcance y el modelado 3D, fue posible estudiar los efectos de la micro topografía en la segregación de nichos, tanto a nivel de comunidad como de especie. Se utilizaron métodos de ordenación para correlacionar las especies endémicas seleccionadas y conjuntos de plantas con factores ambientales como el aspecto local y global, la pendiente y la distancia desde los bordes de los acantilados. En el cuarto capítulo, titulado "Distribution, ecology, conservation status and phylogeography of Pseudoscabiosa limonifolia, a paleo-endemic chasmophytic species from Sicily (Italy)", se analiza en detalle la estructura filogeográfica de una especie endémica de acantilados, Pseudoscabiosa limonifolia (Caprifoliaceae, subfamilia Dipsacaceae), también considerando las relaciones filogeográficas con sus taxones más próximos. Además, su distribución total se determinó mediante observaciones de campo, caracterizando su hábitat y evaluando su estado de conservación como Vulnerable de acuerdo con las / [CA] Aquesta tesi va investigar les oportunitats, reptes i limitacions per a la investigació en el camp de l'ecologia vegetal, en el context dels penya-segats mediterranis. En concret, les espècies casmofitiques, amb hàbitats naturals que es caracteritzen pel seu acusat pendent. Les vessants de les muntanyes de pedra calcària en la proximitat del mar, a la part central i occidental de l'àrea mediterrània són considerats objectes d'estudi. Els estudis es portaren a terme als cinturons costers de muntanya de les costes del nord de Sicília i la costa diànica a la Comunitat Valenciana. El primer capítol, titulat "The complexity of environmental factors: cliff microclimate", investiga la variabilitat del microclima del penya-segat en tres àrees diferents de Sicília i Espanya, analitzant les condicions ambientals creades pel penya-segat a una escala molt estreta. Es recopilen sis conjunts de dades independents i comparables que reconeixen les principals variables meteorològiques a llarg termini durant un període total de 18 mesos. Les dades resultants de les condicions ambientals es comparen per parells al llarg de dos gradients ambientals principals: l'orientació del penya-segat Nord/Sud i la proximitat a la mar. A més, els trests foliars intraespecífics s'utilitzen per estudiar la variació en la resposta funcional de les plantes que habiten orientacions oposades dins d'un àrea d' investigació. La variació resultant es correlaciona amb la influència de les condicions microclimàtiques creades pel vessant i els aspectos funcionals dels trets vegetals esmentats. El segon capítol, titulat "Compositional data and analyses of areas and plant communities in the coastal cliffs of the Valencian Community (Spain)", presenta una ordenació dels llocs d'estudi i de les espècies de plantes que habiten a les zones de penya- segats del cinturó de muntanya al llarg de les costes de la regió diànica de España. L'estudi va a revelar correlacions significatives entre les unitats de vegetació i els llocs amb referència a l'amplias orientació geogràfica Nord/Sud. No obstant aixó, va ser poc informatiu per poder revelar les diferències observades en l'estructura del conjunt de plantes relacionades amb les variacions microtopogràfiques registrades al conjunt de dades Al tercer capítol, titulat "UAV (drone) surveys for the study of plant-microtopography relationships and for the conservation of rare species", es descriu la metodologia proposada per a investigar entorns verticals poc accessibles. També es van analitzar els reptes i les oportunitats de la investigació ecològica vegetal en aquestes àrees normalment inaccesibles. Un primer conjunt de dades inclou el cens visual parcial i el total de dues espècies endèmiques de penya-segats a les àrees d'estudi espanyoles i italianes. Mitjançant la fotogrametria aèrea a curt abast i el modelat 3D, va ser possible estudiar els efectes de la microtopografia en la segregació de nínxols, tant a nivell comunitari com d'espècies. Es van utilitzar mètodes d'ordenació per a correlacionar les espècies endèmiques seleccionades i conjunts vegetals sencers amb factors ambientals com ara l'aspecte local i global, el pendent i la distància de les vores dels penya-segats. En el quart capítol, titulat "Distribution, ecology, conservation status and phylogeography of Pseudoscabiosa limonifolia, a paleo-endemic chasmophytic species from Sicily (Italy)", que s'analitza en detall l'estructura filogeográfica d'una espècie endèmica de penya-segats, Pseudoscabiosa limonifolia (Caprifoliaceae, subfamilia Dipsacaceae), considerant tambè les relacions filogeogràfiques amb els seus taxons més propers. A més, la seva distribució total es va determinar mitjançant observacions de camp, caracteritzant el seu hàbitat i avaluant el seu estat de conservació com a Vulnerable, d'acord amb les directrius de la llista roja de la UICN. / [EN] This thesis investigated opportunities, challenges and limitations for plant ecological research in the context of Mediterranean cliffs. In particular, chasmophytic species, whose natural habitats are very steep, limestone mountain slopes in the proximity of the sea, in the Central and Western part of the Mediterranean area are considered as study objects. Studies were carried out in the coastal mountain belts of both North-western Sicily and Dianic coasts in the Valencian Community (Spain). The first chapter, entitled "The complexity of environmental factors: cliff microclimate", investigates the variability of cliff microclimate in three different areas in Sicily and Spain, analysing the environmental conditions created by the cliff at very fine scale. Six independent and comparable datasets including the main meteorological variables were compiled in a total period of 18 months. The resulting spectra of environmental conditions are compared pairwise along two key environmental gradients: North/South cliff orientation and proximity to the sea. Intraspecific leaf traits are used in order to investigate variations in the functional response of plants living on opposite orientations. The resulting variation is then correlated with the influence of microclimatic conditions created by slope and functional aspects of the aforementioned plant traits. The second chapter, entitled "Compositional data and analyses of areas and plant communities in the coastal cliffs of the Valencian Community (Spain)", presents an ordination of the study sites and of the plant species inhabiting the cliff zones of the mountain belt along the coasts of the Dianic region in Eastern Spain. The study revealed significant correlations between the vegetation units and the sites with reference to the broad North/South geographical orientation. However, it was poorly informative in respect to reveal the major differences observed in the structure of the plant assemblage related to the micro- topographic variations recorded in the dataset. In the third chapter, entitled "UAV (drone) surveys for the study of plant- microtopography relationships and for the conservation of rare species", a proposed survey methodology for investigating inaccessible vertical environments is described. Challenges and opportunities of plant ecological research in these typically inaccessible areas were also analysed. A first set of data is comprised of partial and total visual census of two narrow endemic cliff species in the Spanish and Italian study areas. Through the use of aerial close- range photogrammetry and 3D modelling, it was possible to study the effects of micro-topography on niche segregation, both at community and species level. Ordination methods were used to correlate selected endemic species and entire plant assemblages to environmental factors such as local and global aspect, slope and distance from cliff edges. The fourth chapter, entitled "Distribution, ecology, conservation status and phylogeography of Pseudoscabiosa limonifolia, a paleo-endemic chasmophytic species from Sicily (Italy)", is addressed to analyse in details the phylogeographic structure of a cliff narrow endemic species, Pseudoscabiosa limonifolia (VAHL) DEVESA (Caprifoliaceae, subfamily Dipsacaceae), also taking in consideration its closest sister taxa. Furthermore, its total distribution was determined by field surveys, characterizing its habitat, and assessing its conservation status as Vulnerable according to IUCN red list guidelines. / De Simone, L. (2020). Ecological aspects of plants inhabiting Mediterranean cliffs. Challenges and prospects of life in vertical environments [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/159877 / TESIS

[EN] The present work aimed to study Sustainable Development. It was studied the topic, its significance, why its appearance and its current state. A timeline was elaborated with key events and historical milestones of the theme. The theme was analyzed in its main aspects. It was questioned the various problems that have arisen and that hinder the success of its appliance. It was investigated what was being done and what can be improved. New hypotheses and perspectives were thrown up to address the issue and to implement more successfully and effectively trying to overcome the main problems that have been encountered in its implementation. Parameters for implementation of Sustainable Development were established. It was concluded that there is much work to be done in this area, that more tools can be created, that it may be a greater sharing of information and that are missing more open discussions of the problems that are being placed. The parameters that were developed are useless if they are not known and shared and applied in everybody's daily life. This poses a challenge to each and every one of the inhabitants of our blue planet. To this end it was developed an online platform for sharing of these parameters, as well as an application that helps and advises on the best ways to successfully implement Sustainable Development. / [ES] El presente trabajo tiene como objeto de estudio el desarrollo sostenible. Se ha estudiado el tema, su significado, el porqué de la aparición del concepto de desarrollo sostenible y su estado actual. Para ello se ha elaborado un cronograma con los principales eventos e hitos históricos del tema, que ha sido analizado en sus principales vertientes. Se han cuestionado también los diversos problemas que surgen y dificultan el éxito de su aplicación, investigando lo que se está haciendo en el área y lo que se puede mejorar, planteando nuevas hipótesis y perspectivas para abordar la temática y para implementarla con más éxito y eficacia, e intentando solventar los principales problemas que han aparecido durante su implementación. Por otra parte se han establecido parámetros para la aplicación del desarrollo sostenible. Las primeras conclusiones a las que se ha llegado es que existe mucho trabajo por llevar a cabo en esta área, que se pueden crear más herramientas al efecto, que la información puede estar más compartida y que podría y debería haber más discusiones abiertas sobre los problemas que se nos plantean. Los parámetros que han sido elaborados de nada sirven si no se comparten y divulgan, así como si no se aplican en nuestro día a día. El desafío está lanzado para todos y cada uno de los habitantes de este nuestro planeta azul. Con este propósito se ha desarrollado una plataforma on-line desde donde se pueden compartir estos parámetros, así como una aplicación que ayuda e informa sobre las mejores prácticas para implementar con éxito el desarrollo sostenible. / [CA] El present treball té com a objecte d'estudi el desenvolupament sostenible. S'ha estudiat el tema, el seu significat, el perquè de l'aparició del concepte de desenvolupament sostenible i el seu estat actual. Per a açò s'ha elaborat un cronograma amb els principals esdeveniments i fites històriques del tema, que ha sigut analitzat en els seus principals vessants. S'han qüestionat també els diversos problemes que sorgeixen i dificulten l'èxit de la seua aplicació, investigant el que s'està fent en l'àrea i el que es pot millorar, plantejant noves hipòtesis i perspectives per a abordar la temàtica i per a implementar-la amb més èxit i eficàcia, i intentant solucionar els principals problemes que han aparegut durant la seua implementació. D'altra banda s'han establit paràmetres per a l'aplicació del desenvolupament sostenible. Les primeres conclusions a les quals s'ha arribat és que existeix molt treball per dur a terme en aquesta àrea, que es poden crear més eines a aquest efecte, que la informació pot estar més compartida i que podria i deuria haver-hi més discussions obertes sobre els problemes que se'ns plantegen. Els paràmetres que han sigut elaborats de gens serveixen si no es comparteixen i divulguen, així com si no s'apliquen en el nostre dia a dia. El desafiament està llançat per a tots i cadascun dels habitants d'aquest nostre planeta blau. Amb aquest propòsit s'ha desenvolupat una plataforma on-line des d'on es poden compartir aquests paràmetres, així com una aplicació que ajuda i informa sobre les millors pràctiques per a implementar amb èxit el desenvolupament sostenible. / Alves De Menezes Quintela, EJ. (2015). DESENVOLVIMENTO SUSTENTÁVEL PASSADO O SÉCULO XX: ESTABLECIMENTO DE PARÂMETROS DE APLICAÇÃO [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/54115 / TESIS

La adaptación de la levadura Saccharomyces cerevisiae a condiciones de alta osmolaridad está mediada por la vía de HOG ((high-osmolarity glycerol). La activación de esta vía induce una serie de respuestas que van a permitir la supervivencia celular en respuesta a estrés. La regulación génica constituye una respuesta clave para dicha supervivencia. Se han descrito cinco factores de transcripción regulados por Hog1 en respuesta a estrés osmótico. Sin embargo, éstos no pueden explicar la totalidad de los genes regulados por la MAPK Hog1. En el presente trabajo describimos cómo el complejo transcripcional formado por las proteínas Rtg1 y Rtg3 regula, a través de la quinasa Hog1, la expresión de un conjunto específico de genes. Hog1 fosforila Rtg1 y Rtg3, aunque ninguna de estas fosforilaciones son esenciales para regulación transcripcional en respuesta a estrés. Este trabajo también muestra cómo la deleción de proteínas RTG provoca osmosensibilidad celular, lo que indica que la integridad de la vía de RTG es esencial para la supervivencia celular frente a un estrés osmótico. / In Saccharomyces cerevisiae the adaptation to high osmolarity is mediated by the HOG (high-osmolarity glycerol) pathway, which elicits different cellular responses required for cell survival upon osmostress. Regulation of gene expression is a major adaptative response required for cell survival in response to osmotic stress. At least five transcription factors have been reported to be controlled by the Hog1 MAPK. However, they cannot account for the regulation of all of the genes under the control of the Hog1 MAPK. Here we show that the Rtg1/3 transcriptional complex regulates the expression of specific genes upon osmostress in a Hog1-dependent manner. Hog1 phosphorylates both Rtg1 and Rtg3 proteins. However, none of these phosphorylations are essential for the transcriptional regulation upon osmostress. Here we also show that the deletion of RTG proteins leads to osmosensitivity at high osmolarity, suggesting that the RTG-pathway integrity is essential for cell survival upon stress.

L'activació sostinguda de Hog1 porta a una inhibició del creixement cel·lular. En aquest treball, hem observat que el fenotip de letalitat causat per l'activació sostinguda de Hog1 és parcialment inhibida per la mutació del complexe SCFCDC4. La inhibició de la mort causada per l'activació sostinguda de Hog1 depèn de la via d'extensió de la vida. Quan Hog1 s'activa de manera sostinguda, la mutació al complexe SCFCDC4 fa que augmenti l'expressió gènica depenent de Msn2 i Msn4 que condueix a una sobreexpressió del gen PNC1 i a una hiperactivació de la deacetilassa Sir2. La hiperactivació de Sir2 és capaç d'inhibir la mort causada per l'activació sostinguda de Hog1. També hem observat que la mort cel·lular causada per l'activació sostinguda de Hog1 és deguda a una inducció d'apoptosi. L'apoptosi induïda per Hog1 és inhibida per la mutació al complexe SCFCDC4. Per tant, la via d'extensió de la vida és capaç de prevenir l'apoptosi a través d'un mecanisme desconegut. / Sustained Hog1 activation leads to an inhibition of cell growth. In this work, we have observed that the lethal phenotype caused by sustained Hog1 activation is prevented by SCFCDC4 mutants. The prevention of Hog1-induced cell death by SCFCDC4 mutation depends on the lifespan extension pathway. Upon sustained Hog1 activation, SCFCDC4 mutation increases Msn2 and Msn4 dependent gene expression that leads to a PNC1 overexpression and a Sir2 deacetylase hyperactivation. Then, hyperactivation of Sir2 is able to prevent cell death caused by sustained Hog1 activation. We have also observed that cell death upon sustained Hog1 activation is due to an induction of apoptosis. The apoptosis induced by Hog1 is decreased by SCFCDC4 mutation. Therefore, lifespan extension pathway is able to prevent apoptosis by an unknown mechanism.