Cette étude traite des savoirs et pratiques naturalistes relatifs à la flore aromatique et médicinale de la Corse et de leur mise en patrimoine. La pharmacopée traditionnelle et les croyances qui y sont associées sont étudiées dans un but de conservation et de valorisation puis mises en regard avec les pratiques actuelles d’utilisation de la flore (production d’huiles essentielles et de produits dérivés) afin d’étudier le processus de patrimonialisation des savoirs. Ce travail vise à contribuer à la conservation et à la valorisation d’un patrimoine associant le biologique et le culturel ainsi qu’à une meilleure compréhension de la relation de la société corse au végétal au cours du temps. Il s’inscrit également de manière plus générale, dans une perspective d’étude de l’espace insulaire comme lieu de compréhension de la conservation de la diversité culturelle et biologique. / This study deals with naturalist knowledge and practical experience about aromatic and medicinal flora from Corsica and their entering the heritage. Traditional pharmacopeia and the beliefs which are connected to it, are studied with the intention of conservation and promotion. Then they are compared with the present use of flora/the plants (production of essential oils and by-products) in order to examine the heritage recognition of that knowledge. That work is aimed at contributing to the conservation and promotion of a legacy combining both the organic and cultural aspects as well as a better understanding of the interest of the Corsican society in the knowledge of plants in the course of time. More generally it also follows a prospect to study how Corsica is outstanding to understand the conservation of cultural and organic diversity.

Des études ont récemment mis en évidence le rôle des lipopolysaccharides (LPS) des bactéries à Gram négatif de la flore intestinale dans le processus de l’inflammation conduisant à l’obésité et au diabète de type 2.Le présent travail est réalisé dans le cadre d’une collaboration entre les équipes du Dr. Caroff (U. Paris-Sud, Orsay) et du Pr. Zhao (U. Jiao Tong, Shanghai). Les expériences présentées ont été réalisées lors de séjours dans les deux laboratoires.Il a été démontré en Chine que des bactéries Sulfato-réductrices (SRB) à Gram négatif étaient présentes en plus forte proportion dans la flore intestinale chez les souris suivant un régime gras. Les mêmes résultats ont été observés chez l'homme. L’hypothèse selon laquelle des SRB seraient à l’origine de grandes quantités d’endotoxines chez les obèses et les patients diabétiques a été émise. Plusieurs souches de SRB isolées de la flore intestinale humaine d’un sujet sain et d’un sujet diabétique ont été cultivées en Chine. Des études de relation structure/activité des LPS isolés de ces bactéries ont été réalisées dans le laboratoire Français pour déterminer leur rôle dans le développement des maladies métaboliques. Les souches isolées des deux sujets ont pu être classées dans le genre Desulfovibrio. Les LPS correspondants ont été extraits et purifiés par des méthodes mises au point dans l’équipe d’Orsay. La structure chimique a été élucidée par les méthodes suivantes : Electrophorèse, Chromatographie sur couche mince, Chromatographie en phase gazeuse et Spectrométrie de masse MALDI. C’est ainsi que des spectres de masse ont été obtenus et que la structure des lipides A, principes actifs des LPS, isolés de SRB a été décrite pour la première fois. Les activités biologiques testées (TNFα, IL-6) varient en fonction du nombre d’acides gras présents. Les LPS de SRB du patient sain ont une structure variable (Smooth versus Rough) en fonction de la quantité de fer présent dans le milieu, et ceux isolés du patient diabétique présentent des structures atypiques qui ne sont pas toutes inflamogènes. Une molécule membranaire inconnue, que nous avons nommée « Glycosyl’X » était co-extraite avec les LPS. Elle joue apparemment un rôle important dans la croissance des SRB et a été étudiée après des étapes de purification complexes. Les structures et le pouvoir inflammatoire de ces molécules dont la structure varie avec les souches, et qui chélatent le fer, ont été étudiées. Elles sont de nature principalement osidique et fixées à la membrane. La proportion de ces molécules par rapport aux LPS varie avec la quantité de fer disponible dans le milieu. Un milieu riche en fer favorise la croissance des Desulfovibrio portant les Glycosyl’X qui n’ont pas de pouvoir inflammatoire eux-mêmes, mais entrent en compétition avec les LPS, modulant ainsi indirectement l’activité de ces derniers. L’augmentation du nombre de Desulfovibrio conduisant à l’augmentation des molécules Glycosyl’X pourrait aussi moduler positivement (par présentation) ou négativement (par élimination des bactéries) l’adsorption du fer dans les intestins dont l’équilibre est essentiel pour l’homéostasie métabolique.Par ailleurs, la croissance des Desulfovibrio augmente la production d’Hydrogène Sulfuré connu pour son action délétère sur les cellules. Nous favorisons l’hypothèse selon laquelle son action sur la disjonction des cellules épithéliales permettrait le passage des différents LPS relargués par la flore Gram-négative intestinale, et même des bactéries entières, vers la circulation sanguine. / Recent studies have highlighted the role of lipopolysaccharide (LPS) in the intestinal flora (gut microbiota) which could contribute to the inflammation process leading to obesity and type 2 diabetes. This thesis is part of a collaborative project between the laboratories of Dr. Caroff (U. Paris -Sud, Orsay, France) and Prof. Zhao (U. Jiao Tong , Shanghai, China). It has been shown by Pr.Zhao’s team in 2010 that the Sulfate -Reducing Bacteria (SRB) were presented in greater proportion in the intestinal mice flora following a fat diet compared to mice following a normal diet. The same results were observed in humans. The starting hypothesis was that SRB could produce a large amount of endotoxin in obese and diabetic patients and play a role in the development of metabolic diseases. Several SRB strains isolated from the human intestinal flora of a healthy subject and of a diabetic subject were grown in the Chinese laboratory. Studies of their LPS structure / activity relationships were carried out in the French laboratory. The aim of this study was to determine their roles in the development of metabolic diseases.Strains isolated from the two subjects could be classified in the Desulfovibrio genus. The corresponding LPS were extracted and purified by the methods developed in the French laboratory. The chemical structure was elucidated by the following methods: Electrophoresis, Thin layer chromatography, Gas chromatography and MALDI mass spectrometry. The mass spectra were obtained and the structure of lipid A, the active part of LPS isolated from SRB was described here for the first time. The biological activities test (TNFα, IL-6) vary depending on the number of fatty acids present in their lipid A structure. The LPS of SRB isolated from the healthy patient had a variable structure (Smooth versus Rough) depending on the amount of iron present in the medium, and those isolated from diabetic patients had atypical structures are not all inflamogenic .An unknown membrane molecule, which we named "Glycosyl'X" was co-extracted with the LPS. It apparently plays an important role in the growth of SRB was investigated after complex purification steps. The structures and the inflammatory power of these molecules variying with strains chelating iron were studied. They are mainly of glycosidic nature and linked to the bacterial membrane.The proportion of these molecules relatively to LPS varies with the amount of iron in the medium. An environment rich in iron promotes the growth of Desulfovibrio Glycosyl'X, molecules but competes with LPS and indirectly modulates the activity of the latter. The increase number of Desulfovibrio leading to increased Glycosyl'X molecules may also modulate positively (by presentation) or negatively (by killing bacteria) the absorption of iron in the intestines which balance is essential for metabolic homeostasis.Furthermore, the growth of Desulfovibrio increasing the production of Hydrogen Sulfide is known for its deleterious effects on the cells. We favor the hypothesis that its action on the separation of epithelial cells favors the passage of different LPS released by the Gram- negative of intestinal flora and even whole cell bacteria into the bloodstream.

Les cervidés, animaux mobiles et herbivores, peuvent influencer les distributions, assemblages et dynamiques d'espèces végétales. L'objectif de cette thèse est d'évaluer le rôle joué par les cervidés sur la composition, stratification et dynamique de la végétation forestière. Le ré-échantillonnage de relevés couplant composition et abroutissement de la flore, implantés en 1976 en Forêt d'Arc-en-Barrois (52) a permis d'identifier (i) des espèces ligneuses préférées (Cornus sp., Rosa arvensis ) ou au contraire évitées par les cervidés qui sélectionnent les espèces arbustives et à bois dense et (ii) le niveau trophique et la pression d'abroutissement comme gradients structurant la végétation et déterminant les dynamiques des espèces et des communautés. Nous analysons plus précisément le rôle des cervidés dans la progression spectaculaire de Cynoglossum germanicum, espèce rare, épizoochore et toxique.A partir d'un réseau national d'enclos/exclos suivis sur 10 ans, nous montrons que les cervidés limitent la croissance des arbustes et des espèces compétitrices, ce qui profite à la richesse spécifique de la strate herbacée. La valeur écologique et patrimoniale des espèces en progression est discutée. A l'aide de données de chasse, nous tentons d'isoler les rôles des différentes espèces d'ongulés dans ces dynamiques.Ces résultats exposent la complexité et la diversité des effets des cervidés sur la végétation forestière. Enfin, ce travail met l'accent sur la nécessité des suivis temporels intégrant toutes les composantes de l'écosystème forestier pour mieux appréhender les changements en cours.

Cette thèse propose une analyse approfondie de la dynamique des changements observés au sein d’une communauté de chasseurs-cueilleurs, les Baka du Gabon. Ce groupe se compose de moins de 1000 individus et parle une langue oubanguienne dans un environnement bantuphone. Une comparaison avec les autres langues du même sous-groupe linguistique met en évidence les spécificités du baka et met au jour des affinités entre cette langue et le monzombo. Ces deux groupes ethnolinguistiques semblent avoir entretenu des relations qui s’inscrivent dans une dynamique d’échange de compétences (chasse-cueillette vs pêche-maîtrise du fer). Ce type de complémentarité se retrouve dans les relations entre les Baka et leurs voisins bantu actuels, dont en particulier les Fang, pour ce qui concerne le Gabon.Le mode de vie des Baka demeure, encore aujourd’hui, largement marqué par la mobilité et la forêt. Toutefois, la sédentarisation imposée par voie gouvernementale, la contigüité avec les Fang de même que l’influence croissante de la mondialisation entraînent des transformations par rapport auxquelles les Baka cherchent à se positionner. Ces dernières touchent la langue (système et utilisation) de même que bon nombre de pratiques socioculturelles (habitat, mobilité, alimentation, subsistance, religion, etc.).La thèse s’efforce d’identifier ces transformations, de les décrire et d’en évaluer l’impact en tenant compte de la diversité des situations. Elle comporte, par ailleurs, une réflexion critique des principes de catégorisation fondée sur l’étude de plusieurs domaines lexicaux (faune, flore, maladie). Certains changements peuvent apparaître en surface sans pour autant remettre en cause, de manière fondamentale, leur attachement à la forêt et à certaines valeurs ancestrales. Toutefois, les différentes pressions exogènes (i.a. sédentarisation, mondialisation) et endogènes (i.a. attitude des individus, transmission) qui déterminent alors le degré d’avancement des différentes transformations, ne doivent pas être sous évaluées en tant qu’elles sont une menace pesant sur la langue, la connaissance de la flore et de la faune et certaines pratiques socioculturelles. / This thesis proposes a detailed analysis on the dynamic of change observed among the Baka from Gabon, a hunter-gatherer community. This group is composed of less than 1000 individuals speaking an Ubangian language inside a Bantu environment. By comparing their language with others from the same linguistic sub-group, some singularities from Baka and some resemblance with the Monzombo sub-group can be seen. These two ethnolinguistic groups, Baka and Monzombo groups, seem to have kept close contact based on skill exchanges (hunting/gathering and fishing/iron skills). This interaction is witnessed in the exchanges the Baka population preserves with their current Bantu neighbors, especially with Fang in Gabon.Nowadays, the Baka way of life is still characterized by their mobility and the forest. Nevertheless, due to a non-migratory lifestyle imposed by the State, the proximity with the Fang group and the growing globalization, dramatic changes are inflicted to the Baka community. Changes at which they are trying to adapt. These constraints do not affect only their language (system and use) but also many sociocultural habits such as settlement, mobility, food and means of support or religion.The aim of this thesis is to identify these ongoing transformations, to describe and to evaluate their impact bearing in mind the singularity of many contexts. An argumentative reflection on categorization principles is also proposed on lexical domains such as fauna, flora and diseases. Certain changes could arise without necessarily questioning their bonds to the forest and ancestral values. Nonetheless, both exogenous (globalization and a sedentary life) and endogenous pressures (individual behavior and culture transmission) determining the progress of different transformations should not be under evaluated as being a threat to the language, to the knowledge of the flora and fauna and to certain sociocultural practices.

Le microbiote intestinal équin joue un rôle important dans le maintien de la santé de l'hôte. Le microbiote intestinal est composé de nombreux micro-organismes tels que les bactéries, les virus, les champignons et les archées. Cependant, la majorité de ces cellules microbiennes sont bactériennes, et par conséquent, de nombreuses études, y compris la présente, se concentrent sur l'exploration des communautés bactériennes dans l'intestin. Un déséquilibre du microbiote intestinal, appelé dysbiose, a été observé dans plusieurs conditions, telles que la colite, après l’administration d'antibiotiques ou la modification du régime alimentaire. La restauration du microbiote peut être effectuée par la transplantation de microbiote fécal (FMT). Des études utilisant les recommandations actuelles pour la FMT ont montré une récupération clinique chez les chevaux souffrant de diarrhée, mais le microbiote reste largement inchangé après la FMT et aucune étude randomisée avec contrôle placébo n'a été réalisée. Les hypothèses de ce projet étaient que le traitement avec une FMT concentrée corrigera la dysbiose plus rapidement qu’une FMT conventionnelle et le véhicule, et que le microbiote intestinal des chevaux traités avec une FMT concentrée ressemblera au microbiote intestinal du cheval donneur. L'objectif de ce projet était de développer un protocole pour améliorer la FMT chez les chevaux, en augmentant la concentration de bactéries présentes dans les selles du donneur par centrifugation, et de le tester chez les chevaux atteints de dysbiose intestinale induite par les antibiotiques. L'antibiotique triméthoprime sulfadiazine (TMS) a été administré à neuf chevaux pour induire une dysbiose intestinale. Les chevaux ont été séparés en trois groupes: les chevaux recevant une FMT concentrée (cFMT, n = 3); les chevaux recevant la FMT fraîche (fFMT), selon les recommandations actuelles (n = 3); et les chevaux recevant un véhicule (VEH) avec 10% de glycérol dans une solution saline à 0,9% (n=3). Des échantillons fécaux ont été prélevés avant et après l'administration du TMS, ainsi qu'avant, pendant et après la transplantation. Le séquençage a été réalisé à l'aide de la plateforme Illumina MiSeq et les données analysées à l'aide du logiciel Mothur. Tel qu’attendu, l'antibiotique TMS a significativement diminué la richesse microbienne chez tous les chevaux. De manière inattendue, la composition des suspensions fécales des donneurs cFMT et fFMT était significativement différente de la composition de base des receveurs cFMT et fFMT, respectivement. La composition du microbiote des chevaux ayant reçu une transplantation fécale (concentrée ou non) était significativement différente après la transplantation, alors que ce n’était pas le cas chez les chevaux ayant reçu le véhicule. En outre, l’abondance relative de Escherichia était significativement plus élevée dans les suspensions fécales du donneur cFMT par rapport aux suspensions fécales du donneur fFMT. Les principales limites de ce projet sont la petite taille des groupes et l'exposition des selles des donneurs à l'oxygène et à la congélation-décongélation. En outre, le modèle de dysbiose peut ne pas être optimal pour tester l'efficacité de la FMT, et des études réalisant la FMT chez les chevaux souffrant de diarrhée sont nécessaire. Cette étude a contribué à la recherche de nouvelles approches pour améliorer la FMT chez les chevaux. Le faible effet mesuré avec les deux protocoles de FMT et l’augmentation de Escherichia démontre que les protocoles actuels doivent être optimisés avant de pouvoir recommander la FMT pour traiter et prévenir la dysbiose chez les chevaux. / The equine gut microbiota plays an important role in maintaining the health of the host. The gut microbiota is composed of many microorganisms such as bacteria, viruses, fungi, and archaea. However, the majority of these microbial cells are bacterial cells, and consequently, many studies, including the present one, focus on exploring bacterial communities in the gut. An imbalance of the gut microbiota, termed dysbiosis, has been observed in several conditions such as colitis, colic, after antibiotic administration, or diet modification. Restoration of the gut to a healthy state can be performed through fecal microbiota transplantation (FMT). Studies using current recommendations for FMT have shown clinical recovery in horses with diarrhea, but the microbiota remains largely unchanged after FMT and no controlled studies have been performed. The hypotheses of this project were that treatment with concentrated FMT will correct dysbiosis faster than conventional FMT and the vehicle, and that the gut microbiota of horses treated with concentrated FMT will resemble the gut microbiota of the donor. The objective of this project was to develop an improved protocol for FMT in horses, by increasing the concentration of bacteria found in the donor stool using centrifugation, and to test it in horses with antibiotic-induced intestinal dysbiosis. The antibiotic trimethoprim sulfadiazine (TMS) was administered to nine horses to induce intestinal dysbiosis. Horses were separated into three groups: horses receiving concentrated FMT (cFMT) (n=3); horses receiving fresh FMT (fFMT), as per current recommendations (n=3); horses receiving a vehicle (VEH) with 10% glycerol in 0.9% saline (n=3). Fecal samples were collected before and after antibiotic administration, as well as before, during, and after transplantation. Sequencing was performed using the Illumina MiSeq platform and data analysed using the software Mothur. As expected, the antibiotic TMS significantly decreased the richness in all horses (P < 0.05). Unexpectedly, the membership of the cFMT and fFMT donor fecal suspensions was significantly different from cFMT and fFMT recipients’ baseline membership, respectively. The membership of the cFMT and fFMT recipient horses was significantly different after transplantation, while the vehicle recipients were not. In addition, the Escherichia genus was found in significantly higher relative abundances in the cFMT donor fecal suspensions when compared to the fFMT donor fecal suspensions. The main limitations of this study are the small sample size and exposure of cFMT donor stool to oxygen and freeze-thawing. In addition, the dysbiosis model may not be optimal to test the efficacy of FMT, and studies performing FMT in horses with diarrhea are warranted. This study contributed to the search for novel approaches to improve FMT in horses. The weak effect of both FMT protocols on the gut microbiota and the increase in Escherichia suggest that further clinical studies are needed before FMT can be recommended to treat and prevent dysbiosis in horses.

L’urbanisation transforme et fragmente le paysage en plus de changer son climat et d’induire une homogénéisation biotique mondiale, c’est-à-dire une perte de biodiversité inter-habitats. Qu’elles soient historiques ou contemporaines, naturelles ou humaines, les nombreuses perturbations au sein d’une ville compliquent l’étude des relations entre les plantes et leur environnement, mais l’originalité de cette thèse est de les décortiquer soigneusement à diverses échelles de temps et d’espace. Mes recherches visent à comprendre l’effet de l’urbanisation sur la diversité floristique et fonctionnelle des boisés. L’étude se déroule à Montréal et sur trois îles environnantes, au cœur de la région la plus peuplée du Québec. J’examine d’abord les changements temporels des communautés végétales d’un boisé, et identifie les processus en cause. La comparaison d’inventaires effectués au Bois-de-Saraguay (96 ha), avec ceux d’une étude similaire menée 30 ans plus tôt, a permis d’atteindre cet objectif. Je regarde ensuite s’il est possible de recourir aux ptéridophytes pour estimer l’intégrité forestière urbaine. À cette fin, la diversité ptéridologique a été répertoriée au sein de 82 boisés (paysage) et de 225 quadrats (microhabitats). Des variables révélatrices des perturbations ont servi à définir les niveaux d’intégrité. En troisième lieu, j’identifie les rôles des contraintes (filtres) associées à l’urbanisation et des processus sous-jacents dans l’assemblage des communautés de sous-bois. Pour ce faire, la diversité des plantes vasculaires de sous-bois a été recensée dans 50 boisés et 431 quadrats. Avec ces données, 18 aspects de la diversité taxinomique et fonctionnelle ont été examinés. Des filtres de grande (paysage) et fine (habitat) échelles ont été définis à partir de variables environnementales et spatiales. Mon dernier objectif consiste à dresser le portrait de la flore de l’aire d’étude. Mon analyse des communautés du Bois-de-Saraguay révèle qu’une homogénéisation fonctionnelle du sous-bois s’y est produite. Celle-ci résulte d’une réorganisation spatiale des populations dans laquelle des espèces similaires — comprenant les plantes ligneuses à fruits charnus et clonales — sont devenues dominantes. Selon mes résultats, ces changements ont commencé grâce à des événements de dissémination des espèces, puis en suivant les perturbations anthropiques en place. Mon analyse de la diversité ptéridologique montre qu’elle diminue dans les boisés perturbés par l’effet d’îlots de chaleur et par l’effet de lisières. Des niveaux d’intégrité du paysage forestier et des microhabitats peuvent donc être indiqués par les ptéridophytes. Mon analyse de la flore de sous-bois montre que les caractéristiques contemporaines des forêts, de la matrice urbaine et des habitats locaux représentent les trois catégories de filtres qui façonnent le plus d’aspects de la diversité végétale. L’histoire forestière influence peu d’aspects, hormis la présence de plantes exotiques par exemple. L’assemblage des communautés est principalement contrôlé par l’environnement et très secondairement par des processus spatiaux tels que la dissémination végétale. L’analyse des filtres révèle que les grands boisés sont riches en espèces, alors que les petits ou ceux de formes allongées favorisent les plantes clonales ou de grande taille. Les plantes se disséminant sans assistance se rencontrent davantage dans les boisés des zones faiblement urbanisées, les arbustes exotiques dans les zones résidentielles et les espèces à fruits adhésifs dans les zones fortement bâties. Les îlots de chaleur font chuter la diversité de traits fonctionnels. À petite échelle, la couverture arborée et arbustive influence fortement le type de diversité des sous-bois. De plus, mes inventaires dévoilent que les boisés étudiés sont très riches en plantes indigènes, qu’ils recèlent encore de nouvelles espèces pour le Québec, et ne comptent pas moins de 20 % de la flore provinciale. En somme, ma thèse milite en faveur de la conservation de l’ensemble des boisés urbains, même ceux de petite taille. / Urbanization transforms and fragments the landscape. It also changes its climate and induces a global biotic homogenization, namely a loss of between-habitat biodiversity. Whether historical or contemporary, natural or human, the numerous disturbances within a city make it difficult to study the relationships between plants and their environment. The originality of this thesis is to dissect them at various scales of time and space carefully. In this context, my main aim is to understand the effect of urbanization on the floristic and functional diversity of woodlands. My study takes place in Montreal and on three surrounding islands of the most populated region of Quebec. I first examine the temporal changes of communities in a forest park and identify the processes involved. The comparison of inventories carried out in the Bois-de-Saraguay (96 ha), with similar surveys conducted 30 years ago, made it possible to achieve this objective. Second, I consider the possibility of using pteridophytes to estimate the urban forest integrity. To this end, I recorded pteridological diversity among 82 woodlands (landscape) and 225 quadrats (microhabitats). I used metrics of disturbances to define the integrity levels. Third, I identify the roles of constraints (filters) associated with urbanization and underlying processes in the assembly of understorey communities. To this aim, I identified the diversity of understorey vascular plants in 50 woodlands and 431 quadrats. From these data, I examined 18 taxonomic and functional diversity aspects. I defined large (landscape) and fine (habitat) scale filters based on environmental and spatial variables. My final objective is to describe the flora of the study area. My analyses reveal that a functional homogenization occurred in the understorey communities of the Bois-de-Saraguay. This homogenization results from a spatial reorganization of communities in which species with similar traits — including woody plants with fleshy fruits and clonality — became dominant. According to my results, these changes began through species dispersal events, then following anthropogenic disturbances in place. Pteridological diversity decreases in woodlands disturbed by the heat island effect and by the edge effect, suggesting that this group of species is a good surrogate for urban forest integrity. My analyses of the understorey flora show that the contemporary features of forests, urban matrix and local habitats represent the three categories of filters that shape the most aspects of plant diversity. Forest history influences few aspects, apart from the presence of exotic plants for example. The assembly of communities is mainly controlled by the environment and secondarily by spatial processes such as plant dispersal. Analysis of the filters reveals that large woodlands are species rich, while small or elongated ones favor tall or clonal plants. Plants with unassisted dispersal are more common in forests located in weakly urbanized areas, exotic shrubs in residential areas, and adhesive-fruit species in highly built-up areas. Urban heat islands significantly reduced the diversity of functional traits. At the fine scale, tree and shrub cover strongly influences the type of understorey diversity. Finally, my inventories reveal that the studied forests are very rich in native plants. They still harbor unrecorded species for Québec and account for no less than 20% of the provincial flora. Overall, my thesis argues for the preservation of all the urban forests, even small ones.

Titre de l'écran-titre (visionné le 27 novembre 2023) / Le 3 mars 2023, la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore menacées d'extinction (CITES) fêtait son 50ᵉ anniversaire. Elle a été adoptée au début des années 1970, alors que se développaient les théories en matière de protection de l'environnement d'une part et de développement économique d'autre part. Malgré l'importance du commerce des espèces sauvages pour certains peuples autochtones et communautés locales, les préoccupations économiques n'ont pas été prises en compte dans l'élaboration du texte de la Convention. En effet, la CITES réglemente le commerce des espèces menacées d'extinction en les inscrivant à l'une de trois Annexes : les espèces inscrites à l'Annexe I ne peuvent pas être commercialisées pour des fins commerciales, alors que celles inscrites à l'Annexe II et à l'Annexe III peuvent l'être avec la présentation d'un permis. Ce mécanisme par annexe - et la réglementation par permis - fait écho aux conventions internationales portant sur la faune et la flore africaines qui avaient été adoptées au début du XXᵉ siècle par les anciens pays colonisateurs pour protéger les espèces dans les colonies. Dès la mise en œuvre de la Convention, les pays en développement se sont vus désavantagés. En effet, un nombre important d'espèces à haute valeur commerciale ont été inscrites à l'Annexe I, interdisant ainsi toute transaction commerciale. À la CoP1 (1976), les États parties se sont penchés sur des critères pour amender les Annexes, adoptant une approche prudente basée sur les données biologiques et commerciales. Malgré les tentatives de mettre en place des mesures de conciliation pour permettre le commerce de certaines espèces sous condition, le nombre d'espèces inscrites à l'Annexe I a continué d'augmenter, limitant ainsi les revenus que pouvaient tirer les peuples autochtones et les communautés locales du commerce de ces espèces. Avec l'avènement du développement durable au début des années 1990, les discussions aux Conférences des Parties ont porté sur l'utilisation durable et l'importance économique des espèces pour certains peuples autochtones et communautés locales. Ces discussions ont mené aux modifications des critères d'amendement des Annexes pour prendre en compte - en partie - le point de vue des pays en développement en matière de développement économique. Ces critères ont mené à un nombre moins important d'inscriptions à l'Annexe I, mais ont perpétué l'importance des données scientifiques et commerciales pour l'inscription d'une espèce, écartant ainsi toute prise en compte des répercussions économiques sur les peuples autochtones et les communautés locales. Compte tenu de ces désavantages économiques, plusieurs États ont tenté d'incorporer l'utilisation durable des espèces sauvages et les moyens d'existence des peuples autochtones et des communautés locales au sein des critères d'amendement des Annexes I et II de la CITES. Or, ces requêtes découlent entre autres du fait que la CITES ne prévoit pas de mécanisme de financement officiel pour aider les pays en développement à mettre en œuvre la Convention. En effet, bien que ce soit le Secrétariat qui gère les fonds reçus, les projets subventionnés dépendent de la volonté des donateurs - pays occidentaux et organisations non gouvernementales - qui accordent des fonds pour des projets spécifiques. Au cours des dernières années, ces fonds ont été alloués principalement à la lutte contre le commerce illégal. Aucune compensation n'a été versée aux peuples autochtones ou aux communautés locales pour la perte de revenus associés à une réglementation accrue du commerce des espèces sauvages ou pour leur permettre de développer de nouveaux moyens d'existence. Dans ce contexte, les dernières discussions à la CITES ont porté sur un mécanisme de participation pour les peuples autochtones et les communautés locales. Malgré les déclarations internationales sur l'importance de cette participation, les États parties à la CITES n'ont pas accepté de formaliser de processus, préférant s'en remettre aux mécanismes existants, c'est-à-dire la consultation nationale en amont des Conférences des Parties, l'inclusion de représentants des peuples autochtones et communautés locales au sein des délégations étatiques ou leur participation en tant qu'observateurs. Encore une fois, ces mécanismes ne sont pas à l'avantage des pays en développement, qui ne possèdent pas les ressources humaines et financières pour mener ce genre de consultation de grande envergure. De plus, des changements aux documents constitutifs de la CITES devraient être adoptés pour réellement permettre aux représentants de peuples autochtones et communautés locales de participer pleinement aux processus décisionnels de la CITES. Malgré ses décennies, la CITES est toujours une convention qui perpétue la vision occidentale en matière de conservation des espèces. Alors que plusieurs instruments internationaux adoptés dans les années 1990 ont incorporé des mécanismes financiers et de participation des peuples autochtones et des communautés locales, les États Parties à la CITES ont refusé - et continuent de refuser - de prendre en compte de manière officielle leurs préoccupations dans le processus d'inscription des espèces aux Annexes. Alors que le commerce illégal d'espèces sauvages est à son plus fort et que celles-ci continuent à décliner à vue d'œil - malgré l'adoption de mesures restrictives des dernières décennies, il est primordial d'impliquer les peuples autochtones et les communautés locales dans le processus décisionnel en matière de conservation et de réglementation du commerce international des espèces de faune et de flore menacées d'extinction. / On March 3, 2023, the Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES) celebrated its 50ᵗʰ anniversary. It was adopted in the early 1970s at a time when theories of environmental protection on the one hand and economic development on the other were evolving. Despite the importance of wildlife trade to some indigenous peoples and local communities, economic concerns are not reflected in the text of the Convention. Indeed, CITES regulates trade in endangered species by listing them in one of three Appendices: species listed in Appendix I cannot be traded for commercial purposes, while those listed in Appendix II and III can be traded with the presentation of a permit. This appendix mechanism - and the regulation by permit - echoes the international conventions on African fauna and flora that were adopted in the early 20ᵗʰ century by former colonial countries to protect species in their colonies. Once the Convention was implemented, developing countries were at a disadvantage. Indeed, a significant number of species of high commercial value were listed in Appendix I, thus prohibiting any commercial transactions. At CoP1 (1976), State Parties discussed criteria for amending the Appendices, taking a cautious approach based on biological and trade data. Despite attempts to put in place conciliatory measures to allow trade in some species under conditions, the number of species listed in Appendix I continued to increase, limiting the income that indigenous peoples and local communities could earn from trade in these species. With the advent of sustainable development in the early 1990s, discussions at the Conferences of the Parties focused on the sustainable use and economic importance of species to some indigenous peoples and local communities. These amended criteria led to fewer listings in Appendix I but perpetuated the importance of scientific and commercial data for listing a species, thereby discounting any consideration of economic impacts on indigenous peoples and local communities. Considering these economic disadvantages, several States have attempted to incorporate the sustainable use of wildlife and the livelihoods of indigenous peoples and local communities into the criteria for amendment of Appendices I and II of CITES. These requests arise from the fact that CITES does not provide a formal financial mechanism. Although the Secretariat manages the funds received, the projects funded depend on the willingness of donors - Western countries and non-governmental organizations - to provide funds for specific projects. In recent years, these funds have been allocated mainly to the fight against illegal trade. No compensation has been paid to indigenous peoples or local communities for the implementation of the Convention or the loss of income associated with increased regulation of the wildlife trade or to enable them to develop new livelihoods. In this context, recent discussions at CITES have focused on a participatory mechanism for indigenous peoples and local communities. Despite international statements on the importance of this participation, CITES Parties have not agreed to formalize a process, preferring to rely on existing mechanisms, i.e., national consultation prior to Conferences of the Parties, inclusion of indigenous peoples' and local communities' representatives in state delegations or their participation as observers. Once again, these mechanisms are not to the advantage of developing countries, which do not have the human and financial resources to carry out this type of large-scale consultation or to include representatives in delegations. In addition, changes to the CITES governing documents should be adopted to truly enable representatives of indigenous peoples and local communities to fully participate in CITES decision-making processes. Despite its decades, CITES is still a convention that perpetuates the Western vision of species conservation. While many of the instruments adopted at the international level in the 1990s incorporated financial and participatory mechanisms for indigenous peoples and local communities, CITES Parties have refused - and continue to refuse - to take their concerns into account in the listing process. At a time when the illegal trade in wildlife is at its peak and species continue to decline dramatically - despite the adoption of restrictive measures over the past few decades - it is critical to involve indigenous peoples and local communities in the decision-making process for the conservation and regulation of international trade in endangered species of fauna and flora.

Floristic, Ecological and Phytosociological, Study of the Forests of the Mbiye Island at Kisangani, DR Congo The Mbiye Island is situated on the Congo River, in the Eastern part of Kisangani. It is located upstream of the Wagenia Falls, between latitude 0º31’ North and longitude 25º11’ East, with 376 m of altitude. It adjoins the town of Kisangani, and it is 14 km long and 4 km wide. All around Kisangani, the Mbiye Island is the only ecosystem which has a dense forest that is relatively well preserved. This Island has an area of 1,400 ha, and it comprises three types of forest: dry land forest, periodically flooded forest and swampy forest. The main purpose of this study has been to make a qualitative and quantitative analysis of the physiognomy and structure of these three types of forest. I relied on two methods in data collecting: the Phytosociological plotting method with a sampling equal to 100 individuals for the higher strata and 100 m² grass strata, associated with dbh measure for trees whose diameter is ≥ 10 cm. In total, out of the 80 plottings, 67 multi strata and structurals each of which has been decomposed in 4 sub-plottings fit together. Based on the presence-absence criterion, the other 13 multi strata and structurals have been made into Chablis, and all the data have been globally analyzed. An inventory of 33991 individuals has been made in this study. After their identification, it has been found out that there 470 species belonging to 297 types and 90 families. Rubiaceae, Caesalpiniaceae and euphorbiaceae families have been found out to be the most important in Genus and species. In the raw spectra of biological types, the phanerophyts (83.0%) are the most predominant, and within which the mesophanerophyts (trees 10 to 30 m tall in their old age) are the most predominant (39.0%). The Phytogeographical spectra have more omni-guineo-congolese (35%) elements; and amongst the diaspore types, the sarcochores (69%) are the most predominant. 58 endemic species (12.3%) of the central forest sector have been found out at the Mbiye Island. After the classification and ordination of the 80 plottings by Twinspan and DCA, three Phytosociological groupings have been found out in the dry land forest: (1) grouping of Funtumia elastica and Albizia ealaensis, (2) grouping of Nesogordonia leplaei and Antiaris toxicaria, (3) prouping of Olyra latifolia and Campylospermum elongatum; two others for floodable forests (1) grouping of Rinorea oblongifolia and Byrsocarpus coccineus, (2) grouping of Pachystela seretii, Dracaena kindtiana and Culcasia yangambiensis, and three others for swampy forests: (1) grouping of Strombosia grandifolia, Calamus deerratus, Culcasia angolensis and Elaeis guineensis, (2) grouping of Cleistopholis patens and Pterygota bequaertii, (3) grouping of Diospyros bipendensis, Strychnos icaja and Palisota barteri and then two groupings for the Chablis plottings (1) grouping of Palisota schweinfurthii, Eremospatha haullevilleana, Thomandersia hensii and Pycnocoma insularis and (2) grouping of Nephrolepis biserrata and Scaphopetalum thonneri. The coelocaryon botryoides has shown a uniform spatial distribution in the in the forest periodically flooded, whereas Gilbertiodendron dewevrei has shown an aggregated distribution. Comparison of richness in different taxa within the sampling has given high values as far as the numbers of species is concerned and genus of the same family in the phytosociological sampling. Out of all the species listed, 189 have been considered to be common species with regard to the three forest types, other 144 belonged to two types. 90 species have been listed only on solid land, 27 on periodically flooded forest 20 on swampy forest. Euphorbiaceae, Rubiaceae and Caesalpiniaceae families were the best represented in species and genus. With regard to richness in each forest type, the forest of solid soil was the only one to have high values both in species<p>and genus, and the swampy forest was less represented. With reference to richness according to strata, the herbaceous and under-shrub stratum (H) was the richest whereas the stratum of dominant trees (E+A1) was the poorest. Mbiye island forest is the nearest one of Kisangani for which it plays the most important role with regards to supplies in different forest products and non-ligneous forest products. In total, 12.3% endemic species of Central forest sector have been listed there, but due to frequent use by man this time, all these endemic species may disappear from this island. It is therefore urgent that particular attention be paid on it. Actions of conservation and lasting exploitation must be started in order to block their extinction. Key words: DRCongo, Flora, Ecology, Phytosociology, insularity, flooding, spatial distribution, biodiversity, synusie, Mbiye Island, Kisangani./Etude floristique, écologique et phytosociologique des forêts de l'île Mbiye, Kisangani, RDCongo. L'île Mbiye est une île du fleuve Congo située dans la partie Est de la ville de Kisangani, en amont des chutes Wagenia, entre 0° 31' de latitude Nord et 25° 11' de longitude Est, avec une altitude de 376 m. Elle jouxte la ville de Kisangani et sa longueur maximale est de 14 km sur 4 km de largeur. Elle est le seul écosystème à proximité de la ville, possédant encore une forêt dense relativement bien conservée et formant un îlot de 1400 ha comprenant trois types forestiers :la forêt de terre ferme, la forêt périodiquement inondée et la forêt marécageuse. L’objectif principal de cette étude a été de faire une analyse quantitative et qualitative de la physionomie et la structure de ces trois types forestiers. Deux méthodes ont permis la récolte de données ;la méthode de relevés phytosociologiques à effort d’échantillonnage égal à 100 individus pour les strates supérieures et 100 m² pour la strate herbacée, associée à celle de mesure de D130, pour les arbres à diamètre ≥ 10 cm. Au total, 80 relevés dont 67 multistrates et structurels, décomposés chacun en 4 sous-relevés emboîtés, ont été mis en place. 13 autres ont été faits dans les chablis avec l’appréciation basée sur le critère de présence-absence et toutes les données ont été analysées globalement. A l’issue de cette étude, 33991 individus ont été recensés. Après leur identification, au total 470 espèces appartenant à 297 genres et 90 familles ont été obtenues. Les familles des Rubiaceae, des Caesalpiniaceae et des Euphorbiaceae sont les plus importantes, tant en genres qu’en espèces. Dans les spectres bruts de types biologiques, les phanérophytes (83,0 %) sont les plus abondants et au sein desquels les mésophanérophytes (arbres de 10 à 30 m au stade adulte) sont les plus dominants (39,0 %). Les spectres phytogéographiques ont montré une prédominance d’éléments omni-guinéo-congolais (35 %) alors que parmi les types de diaspores, les sarcochores (69 %) sont les plus dominants. 58 espèces endémiques du Secteur forestier central (soit 12,3 %) ont été recensées à l’île Mbiye. Après classification et ordination de ces 80 relevés par Twinspan et DCA, trois groupements phytosociologiques ont été obtenus dans la forêt de terre ferme: (1) groupement à Funtumia elastica et Albizia ealaensis, (2) groupement à Nesogordonia leplaei et Antiaris toxicaria, (3) groupement à Olyra latifolia et Campylospermum elongatum ;deux autres pour les forêts inondables (1) groupement à Rinorea oblongifolia et Byrsocarpus coccineus, (2) groupement à Pachystela seretii, Dracaena kindtiana et Culcasia yangambiensis ;trois autres encore pour les forêts marécageuses :(1) groupement à Strombosia grandifolia, Calamus deerratus, Culcasia angolensis et Elaeis guineensis, (2) groupement à Cleistopholis patens et Pterygota bequaertii, (3) groupement à Diospyros bipendensis, Strychnos icaja et Palisota barteri, et enfin, deux groupements pour les relevés de chablis (1) groupement à Palisota schweinfurthii, Eremospatha haullevilleana, Thomandersia hensii et Pycnocoma insularum et (2) groupement à Nephrolepis biserrata et Scaphopetalum thonneri. L’espèce Coelocaryon botryoides a montré une répartition spatiale uniforme dans la forêt périodiquement inondée alors que Gilbertiodendron dewevrei y a montré une répartition agrégée. La comparaison de la richesse en différents taxa au sein de relevés et de placettes a donné de valeurs supérieures en nombre d’espèces, de genres et même de familles, dans les relevés phytociologiques. Sur le total des espèces recensées, 189 ont été considérées comme espèces communes aux trois types forestiers, 144 autres appartenaient aux deux types. 90 espèces<p>n’ont été recensées qu’en forêt de terre ferme, 27 en forêt périodiquement inondée et 20 dans la forêt marécageuse. Les familles des Euphorbiaceae, des Rubiaceae et celle des Caesalpiniaceae ont été les mieux représentées en espèces et en genres. En ce qui concerne la richesse dans chaque type forestier, la forêt de terre ferme était la seule à avoir des valeurs supérieures tant en espèces qu’en genres et la forêt marécageuse était la moins représentée. Quant à la richesse spécifique selon les strates, la strate herbacée et sous-arbustive (H) était la plus riche alors que la strate des arbres dominants (E+A1) était la plus pauvre. La forêt de l’île Mbiye est la seule forêt proche de la ville de Kisangani pour laquelle elle joue un rôle de premier plan en ce qui concerne le ravitaillement en différents produits forestiers et forestiers non ligneux. Au total, 12,3% d’espèces endémiques du Secteur forestier Central y ont été recensées, mais vue l’action anthropique qu’elle connaît ce dernier temps, toutes ces espèces endémiques risquent de disparaître de cette île. Il est alors urgent qu’une attention particulière, soit tournée vers elle. Des actions de conservation et d’exploitation durable doivent être amorcées en vue contrecarrer l’extinction des celles-ci. Mots clés :RDCongo, flore, écologie, phytosociologie, insularité, inondation, répartition spatiale, biodiversité, synusie, île Mbiye, Kisangani. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les cervidés, animaux mobiles et herbivores, peuvent influencer les distributions, assemblages et dynamiques d'espèces végétales. L'objectif de cette thèse est d'évaluer le rôle joué par les cervidés sur la composition, stratification et dynamique de la végétation forestière. Le ré-échantillonnage de relevés couplant composition et abroutissement de la flore, implantés en 1976 en Forêt d'Arc-en-Barrois (52) a permis d'identifier (i) des espèces ligneuses préférées (Cornus sp., Rosa arvensis) ou au contraire évitées par les cervidés qui sélectionnent les espèces arbustives et à bois dense et (ii) le niveau trophique et la pression d'abroutissement comme gradients structurant la végétation et déterminant les dynamiques des espèces et des communautés. Nous analysons plus précisément le rôle des cervidés dans la progression spectaculaire de Cynoglossum germanicum, espèce rare, épizoochore et toxique.A partir d'un réseau national d'enclos/exclos suivis sur 10 ans, nous montrons que les cervidés limitent la croissance des arbustes et des espèces compétitrices, ce qui profite à la richesse spécifique de la strate herbacée. La valeur écologique et patrimoniale des espèces en progression est discutée. A l'aide de données de chasse, nous tentons d'isoler les rôles des différentes espèces d'ongulés dans ces dynamiques.Ces résultats exposent la complexité et la diversité des effets des cervidés sur la végétation forestière. Enfin, ce travail met l'accent sur la nécessité des suivis temporels intégrant toutes les composantes de l'écosystème forestier pour mieux appréhender les changements en cours. / This thesis aims at assessing the impacts of deer on forest vegetation composition, stratification and dynamics.We resampled a network of relevés coupling vegetation and browsing surveys, settled in 1976 in the national forest of Arc-en-Barrois. We identified (i) ligneous species that are either preferred (Cornus sp., Rosa arvensis) or avoided by deer, which tend to select shrubs species with dense wood and (ii) trophic level and browsing pressure as gradients that determine plant communities structures and dynamics. Then, we highlight the roles of deer in the spectacular expansion of Cynoglossum germanicum, a rare, epizoochorous and toxic species. According to a national network of exclosures, monitored for over 10 years, we show that deer limit shrubs and competing species growth, which in turn benefits to the herbaceous species richness probably through an increased light availability. Ecological and patrimonial value of the benefitting species is discussed. Using hunting statistics, we try to isolate the role of the various ungulate species in these dynamics.These results provide evidence for the diversity and complexity of deer impacts on forest vegetation. Finally, we demonstrate the need for long term monitoring programs, including all the forest ecosystem components so that we could better appreciate the forces driving the current changes

Si la sueur fraîchement émise par le corps humain est inodore, la dégradation de celle-ci par la flore bactérienne cutanée produit des composés volatils malodorants, responsables des odeurs de transpiration. Les odeurs de transpiration apparaissent également sur les vêtements au cours de leur utilisation, particulièrement sur les textiles réalisés en fibres synthétiques. Ce travail a pour but d’améliorer la compréhension du phénomène d’émanation d’odeurs en étudiant l’effet du sujet testé, l’effet de la flore bactérienne et l’effet du textile sur les émissions de composés volatils malodorants.L’intérêt de ce travail réside dans l’approche globale de la problématique des odeurs de transpiration et dans la diversité des méthodes de mesure mises en place, tant dans l’étude de la flore microbiologique que dans les méthodes de mesures des composés odorants émis.Dans un premier temps, le dénombrement simultané de la flore bactérienne sur la peau et sur le vêtement a été réalisé sur un échantillon de 15 sujets à l’issue d’un exercice physique. Cette expérimentation a permis d’évaluer le taux de transfert bactérien moyen lors d’une activité sportive et d’étudier son rôle dans l’émission d’odeurs. Ensuite, afin d’affiner ces résultats, une méthode basée sur la biologie moléculaire a été mise en place pour réaliser le suivi qualitatif de la stabilité de la flore commensale axillaire d’un sujet pendant 3 mois. Le transfert bactérien spécifique entre la peau du testeur et le vêtement a été étudié pour 4 matières textiles sélectionnées (dont le coton et le PET). Ceci a permis de déterminer le rôle du transfert bactérien spécifique dans l’émission des odeurs à partir de textile.Enfin, le dernier chapitre est consacré à l’étude de l’émission de composés volatils et odorants à l’aide de mesures olfactives et d’un nez électronique au cours du temps par 8 composants textiles sélectionnés. Après traitement statistique par analyse en composante principale et étude détaillée des mesures, 9 composés chimiques ont été identifiés comme indicateurs d’un comportement textile malodorant. Ces derniers pourraient être utilisés dans la mise en place d’une méthode ciblée de mesure physico-chimique des mauvaises odeurs.Ce travail a permis de déterminer l’impact de chacun des facteurs sujet, flore bactérienne et textile dans l’émission d’odeurs. En outre, ce travail ouvre des perspectives sur l’étude des contaminations bactériennes par contact, mais également dans l’étude des odeurs, sur les phénomènes de désorption de molécules volatiles à partir de différentes matrices textiles et sur les solutions pouvant être envisagées pour limiter les émissions odorantes à partir de textiles. / Fresh human sweat is odorless. Odoriferous volatile compounds are produced by the metabolism of bacteria living on the skin, generating strong malodor. Sweaty body odors do also appear on clothes during use, and especially on synthetic fabrics. The aim of this document is to improve understanding of odor emission by investigating subject effect, microbiota effect and fabric effect on the emission of odoriferous volatile compounds.Odors of perspiration are hereby globally approached with a wide use of methods and experimental devices, for microbial flora study as well as for odoriferous volatile compounds emission study.First, microflora enumeration has been simultaneously processed on the skin and on the fabric after exercise for 15 subjects. This experiment allowed an evaluation of the average bacterial transfer yield during physical activity and the beginning of the investigation of its effect on odor emission.A molecular biology methodology has then been developed in order to refine these results. Monitoring of qualitative composition of the microbiota has been performed to study the stability of the armpit’s ecosystem on a subject during 3 months. Specific microbial transfer from subject’s skin to clothe has been performed for 4 textile fabrics (including cotton and PET). This leaded to characterize the effect of specific bacterial transfer on odor emission from fabric.The last chapter is dedicated to the study of the emission of odoriferous volatile compounds over time using olfactory measurements and electronic nose for 8 selected fabrics. Principal component analysis targeted 9 chemical compounds that have been selected as malodorous behavior indicators for a given fabric. Those 9 compounds could be used for setting up a fitted physicochemical method of malodor.To conclude, this study helped to understand the effect of 3 factors in odor perception from a fabric after sport : subject, microbial flora and fabric. Perspectives have been charted on contact microbial contamination, but also on odor, and especially on desorption of odoriferous volatile molecules from a textile or knitted matrix. The solutions that could be used to limit malodorous emission from fabrics have also been discussed.