Submitted by Verena Bastos (verena@uefs.br) on 2015-08-04T00:07:37Z No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-04T00:07:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Searches related to evaluation and selection of native forages can contribute to improvement in feeding cattle in the Brazilian semiarid region, highlighting the Stylosanthes gender as an important source of forage species with great potential. This study aimed to perform morphoagronomic and cytogenetics Stylosanthes accessions, to contribute to studies that promote the inclusion of this legume in animal feed, seeking to characterize and select superior genotypes, and also select important in the characterization of germplasm of the species. To characterize morphoagronomic were evaluated 19 descriptors and of these, four were immediately discarded for not having variability among accessions, with the statistical analysis performed in the remaining 15 descriptors. The data were submitted to univariate and multivariate analyzes. Analysis of variance was performed only in quantitative descriptors NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS and CP, as to the qualitative descriptors CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF and FF, descriptive analysis was performed. For cytogenetic characterization were obtained root tips used seed access Stylosantes 17, following the method described by War and Souza (2002). Scott and Knott test was performed for the grouping of averages, the descriptors were significant at (p ? 0.01) which allowed the formation of two groups, multivariate analysis was also performed by calculating the Mahalanobis distance using the method original Tocher, there is the formation of two groups. Group 1 consisted of 42 accesses and the group 2 only through access CPAC 4955. We observed the formation of four groups where the dendrogram also be noted that only the access CPAC 4955 did not group with any other access. This access, for long leaves that too, very thick stem and lack of body hair on the sheets. The descriptors evaluated by Singh test is observed that the main contributors to the diversity of genotypes were CP (11,64%) and NRP (10,98%) followed by HC (8,62%) and FF (8, 44%). By cytogenetic analysis were observed hits with 2n = 20 and 2n = 40 chromosomes, allowing differentiation of species S. scabra of S. seabrana with interphase nucleus of semirreticulado type, symmetrical karyotype with chromosome morphology ranging from the metacentric submetac?ntrica and size Average chromosomal around 2,5 microns. Differences were observed in the average length of the chromosomes and the total length of the genome. The analysis with double staining CMA3/DAPI enabled visualization of four CMA+ blocks, two CMA + blocks in subterminal region of the short arm of a chromosome pair submetacentric, and two blocks located in the proximal region of another metacentric pair in S. scabra, and still two blocks in the subterminal region of a metacentric pair in S. seabrana access. It was also possible to visualize DAPI and CMA+ bands in access CPAC 1261 and CPAC 5205. The accessions in this study were, in general, plants with semiereto growth habit, leaves with dark green color and hairiness, stem mostly quite branched. The differential staining of chromosomes, together with other cytogenetic markers, assists in characterizing germplasm collections access Stylosanthes spp. It was observed that there is genetic variability among the accessions studied the collection of Stylosanthes Embrapa Semi-Arid. / Pesquisas relacionadas a avalia??o e sele??o de forrageiras nativas podem contribuir para melhoria na alimenta??o dos rebanhos do Semi?rido brasileiro, destacando-se o g?nero Stylosanthes como uma importante fonte de esp?cies com grande potencial forrageiro. O presente trabalho teve por objetivo realizar caracteriza??o morfoagron?mica e citogen?tica de acessos de Stylosanthes, visando contribuir com estudos que promovam a inser??o desta leguminosa na alimenta??o animal, buscando caracterizar e selecionar gen?tipos superiores, e tamb?m selecionar descritores de import?ncia na caracteriza??o de germoplasma da esp?cie. Para caracteriza??o morfoagron?mica, foram avaliados 19 descritores e destes, quatro foram descartados imediatamente por n?o apresentarem variabilidade entre os acessos, sendo a an?lise estat?stica realizada nos 15 descritores restantes.Os dados foram submetidos ? an?lisesunivariadas e multivariadas. Foi realizada a an?lise de vari?ncia apenas nos descritores quantitativos NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS e CP, j? para os descritores qualitativos CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF e FF, foi realizada analise descritiva. Para a caracteriza??o citogen?tica foram utilizadas pontas de ra?zes obtidas de sementes de 17 acessos de Stylosanthes, seguindo a metodologia descrita por Guerra e Souza (2002). O teste de Scott e Knott foi realizado para o agrupamento de m?dias, os descritores foram significativos a (p ? 0,01) o que possibilitou a forma??o de dois grupos, tamb?m foi realizada analise multivariadas pelo c?lculo da dist?ncia de Mahalanobis,utilizando o m?todo de Tocheroriginal,observa-se a forma??o de dois grupos.O grupo 1foi formado por 42 acessos e o grupo 2 apenas pelo acesso CPAC 4955. Observou-se a forma??o de quatro grupos onde no dendogramaobservar-se tamb?m que apenas o acesso CPAC 4955n?o agrupou com nenhum outro acesso.Este acesso apresentou folhas mais compridas que os demais, caule muito espesso e falta de pilosidade nas folhas. Dos descritores avaliados pelo teste de Singh observa-se que os que mais contribu?ram para a diversidade dos gen?tipos foram CP (11,64%) e NRP (10,98%) seguidos por HC (8,62%) e FF (8,44%). Atrav?s da an?lise citogen?tica observaram-se acessos com 2n=20 e 2n=40 cromossomos, permitindo a diferencia??o das esp?cies S. scabra da S. seabrana, com n?cleo interf?sico do tipo semirreticulado, cari?tipo sim?trico com morfologia cromoss?mica variando de metac?ntrica a submetac?ntrica e tamanho cromoss?mico m?dio em torno de 2,5 ?m.Foram observadas diferen?as no comprimento m?dio dos cromossomos e no comprimento total do genoma. A an?lise com dupla colora??o CMA3/DAPI permitiu a visualiza??o de quatro blocos CMA+, sendo dois blocos CMA+ localizados na regi?o subterminal do bra?o curto de um par cromoss?mico submetac?ntrico, e dois blocos localizados na regi?o proximal de outro par metac?ntrico em S. scabra, e ainda dois blocos na regi?o subterminal de um par metac?ntrico nos acessos de S. seabrana.Tamb?m foi poss?vel a visualiza??o de bandas DAPI+ e CMA- nos acessos CPAC 1261 e CPAC 5205.Os acessos avaliados neste estudo apresentaram,em geral,plantas com h?bito de crescimento semiereto, folhas com colora??o verde escura e com pilosidade, caule em sua maioria bastante ramificado. A colora??o diferencial de cromossomos, associados a outros marcadores citogen?ticos, auxilia na caracteriza??o de acessos de cole??es de germoplasma de Stylosanthes spp.Observou-se que h? variabilidade gen?tica entre os acessos estudados da cole??o de Stylosanthes da Embrapa Semi?rido.

Submitted by Verena Bastos (verena@uefs.br) on 2015-08-06T14:15:43Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o Camila Gonzaga de Jesus.pdf: 1491997 bytes, checksum: 7a4237d1223b1f93947c5ada8a9defc1 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-06T14:15:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o Camila Gonzaga de Jesus.pdf: 1491997 bytes, checksum: 7a4237d1223b1f93947c5ada8a9defc1 (MD5) Previous issue date: 2013-04-25 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / This study aimed to characterize the structure of plant communities, the impact caused by human action in these species and identify areas in which the fund pasture medicinal plants used by the people, through forms previously prepared and subsequent collection of plants cited in two Communities Fundo de Pasto in Village of S?o Bento and Patamut?, Cura??-Bahia. To phytosociological analysis method was used to point quadrant in 10 transects of 200 m with points spaced 20 to 20 m. We sampled all individuals shrubs and trees that had greater than 1.30 m height and diameter at ground height greater than or equal to 0.3 cm. The analysis was performed using the program Fitpoac1. We carried out a comparative analysis of floristic similarity and evaluation of the diameter distribution was calculated where the quotient ?q? to verify that the study area is balanced. The interviews were conducted in a semi-structured, for location and collection of plants was performed non-probability sampling intentional, which can be used to describe phenomena, data and generate hypotheses, using the technique ?snowball?. The analysis revealed a set phytosociological floristic represented by 11 families, 24 genera and 28 species. In S?o BentoSt. Benedict (SB) were recorded 07 families and 16 species. In Patamut? (PT) enrolled 10 families and 22 species. The Shannon diversity index was 1.62 and 2.1 in SB PT. The most abundant species common to both fragments of study is Poincianella laxiflora (Tul.) L. P. Queiroz. Cluster analysis showed that the factor of geographical proximity and human action defined the separation of the three groups formed the similarity dendrogram. For the identification of the species as medicinal interviewed 25 people, 14 men and 11 women. The Community of S?o Bento were interviewed 12 people, aged between 30 and 87 years, with 50% of respondents had more than 60 years, the Community of Patamut? 13 people were interviewed between 35 and 96 years. Informants identified uses for 38 species and 25 SB in PT, belonging to 15 plant families. The maximum use values obtained were 1.33 and 0.77 Myracrodruon. urundeuva Allem?o (aroeira) in SB, Libidibia ferrea (Mart. Ex Tul.) LP Queiroz (pau-ferro) in PT. Both species have medicinal use for inflammatory conditions. The use value average 0.38 and 0.23 in Sb and PT respectively. Regarding the frequency of citation of the use of the species in the SB Aroeira was the species most frequently mentioned by informants. In PT the ironwood was the most cited (13%). Regarding the various uses mentioned by informants communities study, treatments of conditions such as abdominal pain, flu, inflammation, kidney pain and healing were the most frequent. The study area has not provided a reason absolutely balanced, having mortality rates and growth variables, confirming the result of the strong anthropic generated by communities of bottom grazing. The results demonstrate that traditional knowledge of communities of bottom grazing areas studied might contribute significantly to the bioprospecting research to be conducted with plants of the caatinga serving as the basis for future pharmacological research and that species of lesser importance value, (Spondias tuberosa Arruda, Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan, Ziziphus joazeiro Mart., Myracrodruon urundeuva, Schinopsis brasiliensis Engl., Commiphora leptophloeos (Mart.) J.B.Gillett, Pseudobombax simplicifolium A. Robyns, Aspidosperma pyrifolium Mart., Jatropha multabilis (Pohl) Baill., Melochia tomentosa L., Sideroxylon obtusifolium (Roem. & Schult) e Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir.) should be used for seedling production and recovery of bottom grazing areas studied. / O presente trabalho objetivou caracterizar a estrutura das comunidades vegetais, avaliando o impacto causado pela a??o antr?pica sob essas esp?cies identificando em ?reas de fundo de pasto quais as plantas medicinais utilizadas pela popula??o em duas Comunidades de Fundo de Pasto no Povoado de S?o Bento e Patamut?, Cura??-Bahia. Para an?lise fitossociol?gica foi utilizado o m?todo do ponto quadrante em 10 transectos de 200 m com pontos espa?ados de 20 em 20 m. Foram amostrados todos os indiv?duos arbustivos e arb?reos que apresentaram altura superior a 1,30m e di?metro ? altura do solo maior ou igual a 0,3cm. A an?lise foi realizada atrav?s do programa Fitopac1. Realizou-se a an?lise comparativa por similaridade flor?stica e a avalia??o da distribui??o diam?trica onde se calculou o quociente ?q?, para verificar se a ?rea de estudo estava balanceada. As entrevistas foram realizadas de forma semiestruturadas. Para localiza??o e coleta das plantas foi realizada a amostragem intencional n?o-probabil?stica, com uso da t?cnica ?bola de neve?. A an?lise fitossociol?gica revelou um conjunto flor?stico representado por 11 fam?lias, 24 g?neros e 28 esp?cies. Em S?o Bento (SB) foram registradas 07 fam?lias e 16 esp?cies. Em Patamut? (PT) registrou-se 10 fam?lias e 22 esp?cies. O ?ndice de diversidade de Shannon foi de 1,62 nats/ind em SB e 2,1 nats/ind em PT. A esp?cie mais abundante comum aos dois fragmentos de estudo ? Poincianella laxiflora (Tul.) L. P. Queiroz (catingueira). A an?lise de agrupamento mostrou que o fator proximidade geogr?fica e a??o antr?pica definiu a separa??o dos tr?s grupos formados no dendrograma de similaridade. Para a identifica??o das esp?cies como medicinais foram entrevistadas 25 pessoas, sendo14 homens e 11 mulheres. Na Comunidade de S?o Bento foram entrevistadas 12 pessoas com idade entre 30 e 87 anos, sendo que 50% dos entrevistados possu?am mais de 60 anos, na Comunidade de Patamut? foram entrevistadas 13 pessoas entre 35 e 96 anos. Os informantes identificaram usos para 38 esp?cies em SB e 25 em PT, pertencentes a 15 fam?lias bot?nicas. Os valores de uso m?ximos para a Myracrodruon urundeuva Allem?o (aroeira) em SB foi 1,33 e para a Libidibia ferrea (Mart. Ex Tul.) L.P. Queiroz (pau-ferro) em PT foi de 0,77. Ambas as esp?cies possui utiliza??o medicinal para problemas inflamat?rios. O valor de uso m?dio 0,38 e 0,23 em Sb e PT respectivamente. Em rela??o ? frequ?ncia de cita??o do uso das esp?cies, em SB a aroeira foi a esp?cie mais citada pelos informantes (9%). Em PT o pau-ferro foi o mais citado (13%). Em rela??o aos diversos usos citados pelos informantes das comunidades de estudo, os tratamentos de afec??es como dor de barriga, gripe, inflama??o, dor nos rins e cicatrizante foram os mais frequentes. A ?rea estudada n?o apresentou uma raz?o absolutamente balanceada, possuindo taxas de mortalidade e crescimento vari?veis, comprovando a forte conseq??ncia da a??o antr?pica gerada pelas comunidades de fundo de pasto. Os resultados demonstraram que o conhecimento tradicional das comunidades de ?reas de fundo de pasto estudadas pode vir a contribuir com as pesquisas de bioprospec??o a serem realizadas com plantas da caatinga servindo de base para futuras pesquisas farmacol?gicas e que as esp?cies de menor valor de import?ncia (Spondias tuberosa Arruda, Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan, Ziziphus joazeiro Mart., Myracrodruon urundeuva, Schinopsis brasiliensis Engl., Commiphora leptophloeos (Mart.) J.B.Gillett, Pseudobombax simplicifolium A. Robyns, Aspidosperma pyrifolium Mart., Jatropha multabilis (Pohl) Baill., Melochia tomentosa L., Sideroxylon obtusifolium (Roem. & Schult) e Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir.) devem ser utilizadas para produ??o de mudas e recupera??o das ?reas de fundo de pasto estudadas.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-06-02T16:56:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_BuscaClassificacaoSistematica.pdf: 3387140 bytes, checksum: f1b3bbc5ae2a1bc53b8ea2de4c8d5bb0 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-06-18T13:45:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_BuscaClassificacaoSistematica.pdf: 3387140 bytes, checksum: f1b3bbc5ae2a1bc53b8ea2de4c8d5bb0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-06-18T13:45:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_BuscaClassificacaoSistematica.pdf: 3387140 bytes, checksum: f1b3bbc5ae2a1bc53b8ea2de4c8d5bb0 (MD5) Previous issue date: 2015 / UFPA - Universidade Federal do Pará / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As proteínas oxigenases com ferro não hêmico compartilham um domínio conservado composto por oito histidinas, podem ser encontradas em organismos eucariotos e procariotos, e participam de importantes vias de biossíntese lipídica. Para compreender a relação evolutiva existente entre essas proteínas, foram realizadas análises comparativa e filogenética em procariotos e eucariotos que permitiram uma classificação dessa família, até então inexistente. A busca de seqüências resultou, após a curadoria, em uma coleção de 448 proteínas, pertencentes a 58 organismos previamente selecionados dentro dos principais taxa. O alinhamento múltiplo de seqüências gerado com a ferramenta MAFFT (BLOSUM 62; L-INS-i) mostrou a presença do domínio de histidinas com espaçamento conservado entre os motivos. A classificação das proteínas feita com o software CLANS gerou 28 grupos a partir da similaridade entre pares de seqüências. Dentre esses, 2 contêm seqüências que não tiveram similaridade com proteínas já caracterizadas e 48 seqüências não foram atribuídas a quaisquer dos grupos formados. As seqüências de plantas, representadas por 119 seqüências da coleção, foram distribuídas em 7 grupos correspondentes às funções C4 metilesterol monoxigenase, C5 esterol desaturase, ácido graxo hidroxilase, esfingolipídeo C4 monooxigenase, aldeído decarbonilase, β-caroteno hidroxilase e Acil-ACP desaturase. A análise filogenética, utilizando o método de máxima verossimilhança com a ferramenta PhyML, mostrou a formação de grupos bem definidos e que foram similares aos gerados por CLANS. Esses resultados começam a preencher a lacuna existente até o momento acerca da relação evolutiva e da classificação das oxigenases com ferro não hêmico. Além disso, sugerem que dentro dessa família ainda há proteínas com funções desconhecidas, reforçando a necessidade de realizar mais estudos de caracterização funcional das mesmas. / Nonheme iron oxygenase proteins shares a conserved domain consisting of eight histidines, and they can be found in eukaryotes and prokaryotes organisms and participate in important pathways of lipid biosynthesis. To understand the evolutionary relationship among these proteins, we performed comparative and phylogenetic analyzes in prokaryotes and eukaryotes that allowed a classification of this family, nonexistent until now. The search of sequences resulted in a collection of 448 proteins, belonging to 58 organisms previously selected. The multiple alignment made with MAFFT (BLOSUM 62; L-INS-i) showed the presence of three histidine-rich motifs, with conserved spacing among them. The classification made with CLANS software has generated 28 clusters through of similarity among sequences. Two clusters contain sequences that had no similarity to proteins already characterized, and 48 sequences were not assigned to any of the 28 clusters. In the collection, 119 sequences are derived from plants, distributed in 7 clusters corresponding to C4 methysterol monooxygenase, C5 sterol desaturase, fatty acid hydroxylase, sphingolipid C4 monooxygenase, aldehyde decarbonylase, β-carotene hydroxylase and Acyl-ACP desaturase functions. Phylogenetic analysis using maximum likelihood method with PhyML tool showed the formation of well-defined groups that were similar to generated by CLANS. These results start to fill a gap existing so far about the evolutionary relationship and classification of nonheme iron oxygenases. Also, suggest that within this family there are still proteins with unknown functions, reinforcing the need for more studies of functional characterization.

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-29Bitstream added on 2015-03-03T12:06:20Z : No. of bitstreams: 1 000811960.pdf: 431584 bytes, checksum: 29bbfbd40fb6da9a126f4a3cccfb92ff (MD5) / O milho é um dos principais cereais cultivados em todo território mundial, é utilizado como fonte para alimentação humana, animal e como matéria prima para a indústria. Trata-se de uma cultura bastante influenciada pelo nitrogênio, o qual é considerado fundamental para o aumento de produtividade de grãos. Há a necessidade de incorporar tecnologias para a racionalização e conscientização do uso dos fertilizantes nitrogenados. Uma das alternativas é a utilização de bactérias diazotróficas capazes de disponibilizar o nitrogênio para a planta de milho, possibilitando o incremento na produtividade de grãos. O objetivo desse trabalho foi avaliar a ocorrência de interação da inoculação com a bactéria do gênero Azospirillum brasilense em diferentes genótipos de milho, na ausência e na presença de nitrogênio em cobertura, para diferentes caracteres agronômicos. O experimento foi realizado no delineamento de blocos ao acaso, utilizando diferentes genótipos de milho, formas de inoculação com Azospirillum brasilense e doses de nitrogênio em cobertura. Avaliou-se a produtividade de grãos, os componentes da produção e os caracteres da planta. Observou-se efeito da inoculação para a produtividade de grãos na ausência de nitrogênio, enquanto que para os outros caracteres este efeito variou de acordo com a dose de nitrogênio utilizada em cobertura. Os caracteres produtividade de grãos e teor de nitrogênio apresentaram interação genótipo vs formas de inoculação significativa na ausência de nitrogênio em cobertura e os caracteres altura da planta, diâmetro do colmo, índice relativo de clorofila e posição relativa da espiga na presença de nitrogênio em cobertura. Como a resposta à inoculação varia em função dos genótipos, é interessante delinear programas de melhoramento para o desenvolvimento de genótipos mais responsivos / Maize is one of the most important cereals grown worldwide and it is used as a source for human and animal food and as feedstock for industry. It is a culture heavily influenced by nitrogen, wich one is considered essential for increasing the grain yield. It is necessary to incorporate technologies to rationalize and to become aware of the use of nitrogen fertilizers. One alternative is the use of diazotrophic bacteria, wich one is able to provide nitrogen for the maize plant enabling the increasing in grain yield. The objective of this study was to evaluate the occurrence of interaction of the inoculation with bacteria of the genus Azospirillum brasilense in different maize genotypes in the absence and presence of topdressing nitrogen for different agronomic traits. The experiment was conducted in completely randomized block designed. It was used different maize genotypes under different doses of topdressing nitrogen and inoculation forms of Azospirillum brasilense. The grain yield, yield components and plant traits were evaluated. In the absence of topdressing nitrogen, it was observed effect of the inoculation for the grain yield. However, for the other agronomic traits, the effect of the inoculation varied according to the doses of topdressing nitrogen. The grain yield and nitrogen content showed significance of the interaction genotype vs forms of inoculation in the absence of topdressing nitrogen and plant height, culm diameter, relative chlorophyll index and relative position of the ear, showed the interaction in the presence of nitrogen topdressing. The inoculation varies in function of the genotypes, so it is interesting to delineate breeding programs for the development of more responsive genotypes

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-15Bitstream added on 2015-03-03T12:06:20Z : No. of bitstreams: 1 000811912.pdf: 279642 bytes, checksum: 002dece3f58931a2115a006cef8e2b72 (MD5) / O milho é a terceira cultura mais cultivada no mundo e ocupa o primeiro lugar em produção e produtividade entre as principais culturas produtoras de grãos. Sua importância agronômica e econômica estimula diversos estudos, entre eles a densidade populacional, em decorrência das alterações no espaçamento entre e dentro de linhas. Esse estudo remete a uma série de implicações, por exemplo, o desenvolvimento de cultivares adaptadas a diferentes condições, considerando sua arquitetura, assim como o estudo dos fatores abióticos e, fundamentalmente, a interação genótipo x ambiente. Baseado nisso, o presente trabalho objetivou avaliar a dissimilaridade ambiental em variedades de milho submetidas ao cultivo em diferentes densidades populacionais. Os experimentos foram instalados com quatro densidades populacionais em diferentes ambientes no delineamento de blocos casualizados, avaliando-se os caracteres relacionados ao ciclo, altura e produtividade. Os dados foram submetidos à análise de variância conjunta, seguida das análises de dissimilaridade ambiental e de correlação. Observou-se que existe uma tendência de, com o aumento da densidade, os genótipos interagirem mais com o ambiente, principalmente para os caracteres relacionados à produtividade, apresentando interação genótipo x ambiente. Portanto, não se faz possível a recomendação precisa e uniforme de densidade populacional para os genótipos nas distintas épocas de cultivo / Maize is the third most grown crop in the world and ranks first in production and productivity of the main grain crops. Their agronomic and economic importance stimulates several studies, including population density, due to the changes in spacing. This study refers a series of implications, for example, the development of cultivars adapted to different conditions, considering architecture as well as the study of abiotic factors and, crucially, the genotype x environment interaction. The objective of the present study was to evaluate the environmental dissimilarity in maize varieties subjected to cultivation in different population densities. The experiments were conducted with four population densities in different environments in a randomized block design, evaluating traits related to cycle, height and productivity. The data were submitted to analysis of variance followed by environmental dissimilarity and correlation analysis. It was observed there is a tendency of genotypes interact more with the environment with increasing density, especially for traits related to yield. Therefore, the populations density can`t be recommended in a precise and uniform way for genotypes in different growing seasons

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-19Bitstream added on 2015-04-09T12:48:25Z : No. of bitstreams: 1 000819205.pdf: 7820938 bytes, checksum: b4045f963c89f07ea3405904f9001074 (MD5) / O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), é uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial e ataca uma ampla gama de espécies comerciais de citros, causando perdas significativas nos países produtores. A espécie de laranja doce Hamlin (Citrus sinensis) é suscetível ao cancro cítrico, enquanto a espécie de tangerina Satsuma (Citrus unshiu) é resistente. Para compreender os mecanismos moleculares relacionados aos sistemas de defesa ativados pela planta é importante identificar as alterações transcricionais de cada espécie vegetal sob estresse fitopatogênico, a fim de desvendar os elementos moleculares que são específicos de cada espécie. O objetivo do presente trabalho foi realizar uma análise comparativa temporal do transcriptoma de duas espécies cítricas contrastantes em resposta à Xac, pela técnica do RNA-Seq (Illumina). Um total de 5.673 e 6.231 transcritos diferencialmente expressos foi induzido nos tempos 24, 48 e 72 horas após a inoculação de Xac em Satsuma e Hamlin, respectivamente, enquanto 3.982 e 7.944 transcritos foram reprimidos. Deste total, 52 transcritos foram induzidos em comum, nas duas espécies, em todos os tempos de inoculação. Estes genes estão relacionados com a defesa basal da planta contra o ataque de Xac, pois apresentam genes que participam na percepção e reconhecimento do patógeno, genes que codificam fatores de transcrição e genes que participam na defesa da planta, como glucanases e proteinases. Entre os genes induzidos exclusivamente na espécie resistente Satsuma destacou-se uma proteinase aspártica. Esta proteína apresentou a maior expressão gênica no tempo 24 horas e pode estar envolvida na resistência desta espécie, visto que na espécie suscetível Hamlin, a expressão desta proteína foi menos expressiva e tardia, no tempo 48 horas. Outra resposta oposta entre as espécie foi na expressão de genes relacionados à ... / Citrus canker, caused by Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a one of the most important disease affecting citrus production worldwide and attacks a wide range of commercial species of citrus trees, causing significant losses in producing countries. Hamlin sweet orange (Citrus sinensis) is canker-sensitive, while Satsuma mandarin (Citrus unshiu) is canker-resistant. To understand the molecular mechanisms underlying the differences in responses to Xac, transcriptional profiles of these two genotypes following Xac attack were compared by RNA-Seq (Illumina). The purpose of this study was to examine simultaneous changes in gene expression profile during the early stages (24, 48 and 72 hpi) of citrus canker infection in Satsuma and Hamlin. A total of 5673 and 6231 up-regulated transcripts were identified at 24, 48 and 72 hpi in Satsuma and Hamlin, respectively, while 3982 and 7944 were down-regulated. Of these, 52 transcripts were up-regulated in common between both genotypes. These genes in common are related to basic defense against Xac, because there are genes involved in patogen perception and recognition, transcription factors and genes related to plant defense, such as glucanases and proteinases. Among up-regulated genes expressed only in Satsuma, aspartic proteinase was highlighted. This protein presented the highest gene expression 24 hpi and it can be involved in Satsuma resistance, since the expression of this protein was less pronounced and delayed in Hamlin. Another opposite response between these two genotypes was the expression of genes related to cell wall. Such genes were pectato lyase, extensin, cellulose sinthase, and xiloglucano endotransglycosilase. The genes were up-regulated in Satsuma, while in Hamlin, they were down-regulated. For genes related to plant defense, both genotypes up- regulated pathogenesis-related proteins, especially 72 hpi. However, the expression of these genes did not prevent the symptoms in ...

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-04-09T12:48:25Z : No. of bitstreams: 1 000817619.pdf: 1071654 bytes, checksum: ea5ed62894b9a1e43e3eac685a926413 (MD5) / A ORF XAC1201 de Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) codifica uma proteína hipotética que, quando nocauteada por inserção de transposon, leva a alterações na patogenicidade da bactéria em citros. A ORF possui 819 pb e codifica a proteína XAC1201 que possui uma massa molecular de 29,1 kDa. A região codificadora foi clonada no vetor de expressão pET SUMO e a proteína de fusão His-SUMO-XAC1201 foi expressa na Escherichia coli linhagem BL21(DE3) pLysS. A melhor condição para expressão da proteína na forma solúvel foi a 28ºC e 250 rpm por 4h na presença de 0,2 mM IPTG. A purificação foi realizada por cromatografia de afinidade com íons metálicos imobilizados (IMAC) em coluna de Ni2+-Sepharose e a proteína de não fusão foi obtida após digestão com SUMO protease e nova cromatografia em coluna de Ni2+-Sepharose. O rendimento final do processo foi de 3,18% da proteína total, tendo a proteína recombinante nativa sido isolada com alto grau de pureza e na forma nativa. A identidade de XAC1201 recombinante foi confirmada pelas análises de espectrometria de massas, com mais de 80% de cobertura da sequência. Foram realizados testes enzimáticos para verificar as prováveis atividades de fosfohidrolase e histidina quinase, porém, estes testes não foram conclusivos. A análise de frequência e diversidade da ORF XAC1201 em bancos de dados sugere que se trata de uma proteína ubíqua e com função ancestral, presente em diversos filos dentro do Domínio Bacteria. A obtenção desta proteína na forma pura, solúvel e nativa é o primeiro passo para os estudos de caracterização da sua função e, devido à presença de alta identidade desta sequência com muitos outros grupos bacterianos, a elucidação da função desta proteína será de grande interesse, não apenas para Xac, como também para outros microrganismos / The ORF XAC1201 of Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) encodes a hypothetical protein and when knocked out by transposon insertion leds to changes in the pathogenicity of the bacterium in citrus. The ORF XAC1201 has 819 bp and encodes a protein with a molecular mass of 29.1 kDa. The coding region was cloned into the expression vector pET SUMO and His-SUMO-XAC1201 fusion protein was expressed in Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS strain. The best condition for protein expression in soluble form was 28°C and 250 rpm for 4 hours in the presence of 0.2 mM IPTG. Purification was performed by immobilized metal ions affinity chromatography (IMAC) on a Ni2+-Sepharose column and the non-fusion protein was obtained after digestion with SUMO protease and new chromatography on Ni2+-Sepharose column. The final process yield was 3.18% of the total protein, and the protein was obtained highly pure and in the native form. The identity of the purified protein was confirmed by mass spectrometry analysis with sequence coverage above 80%. Enzymatic assays were made to verify phosphohydrolases and histidine kinase activities, however, the results are inconclusive. It is suggested that XAC1201 is a ubiquitous protein and plays an ancestral role, since it is found in several Phyla within the Bacteria Domain. Obtaining this protein in pure, soluble and native form is the first step towards characterization studies of its function. Since this protein is present not only in Xac but has a ubiquitous presence in many other bacterial groups, the understanding of its function is of great interest to many areas

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 581223 bytes, checksum: 48f92fffa70cb8c813c4cf6aea635f38 (MD5) Previous issue date: 2013-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This objective of this work was to evaluate the potential of 12 lines of beans in order to obtain segregating populations with potential for extracting lines with high grain yield, resistance to major pathogens that attack the culture, erect plant architecture and black grains accepted commercially. Thus, these 12 lines were placed into two groups (G1 and G2 ) to compose a partial diallel in a 5 x7 design. Group 1 was composed of black grain and erect plant architecture while the second group was composed of Carioca bean lines and resistant to the main fungal diseases that occur in beans crop. The thirtyfive F1 hybrids and 12 parents were assessed in the 2012 winter harvest. A randomized block design with three replications and three 1-metter row plot were used. Severity of angular leaf spot (in the field), the plant architecture and grain yield were all evaluated. Data were analyzed according to the partial diallel model proposed by Geraldi and Miranda Filho (1988) using parents and F1's. Regarding severity of angular leaf spot, significant effects were observed in both overall combining ability of groups 1 (OCA1) and 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) of hybrids between the groups. Three lines of Group 1 and three lines of Group 2 stood out for frequency of angular spot resistant alleles: Xamego , BRS Valente and TB 94-01 and BRS Estilo, VC 20 and CNFC 10720, respectively. Considering the architecture of plants, only CGC of Group 1 had a significant effect, especially TB 94-01, L 20 and BRS Valente. As for grain yield, significant effects of overall combining ability of group 2 (OCA2) and specific combining ability (SCA) were found. Lines BRS Estilo and CNFC 10720 stood out for frequency of favorable alleles. Additive effects were predominant in the genetic control of three characters. The crossings BRS Valente / BRS Estilo and BRS Valente / CNFC 10720 stand out in obtaining potential populations for extracting of promising lines for resistance to angular leaf spot, erect plant architecture and grain yield. / Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial de 12 linhagens de feijão visando a obtenção de populações segregantes com potencial para a extração de linhagens que associem alta produtividade de grãos, resistência aos principais patógenos que assolam a cultura, arquitetura ereta de planta e grãos tipo preto aceitos comercialmente. Para tal, essas 12 linhagens foram dispostas em dois grupos (G1 e G2) para compor um dialelo parcial num esquema (5 x 7). O grupo 1 foi composto por linhagens de grãos preto e arquitetura ereta de planta enquanto o grupo 2 de linhagens de grãos carioca e resistentes às principais doenças fúngicas que ocorrem na cultura do feijoeiro. Os 35 híbridos F1 s e os 12 genitores foram avaliados na safra do inverno de 2012. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados com três repetições e parcelas de três linhas de um metro. Foram avaliadas a severidade de mancha-angular (no campo), a arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Os dados foram analisados de acordo com o modelo de dialelo parcial proposto por Geraldi e Miranda Filho (1988) utilizando pais e F1 s. Para a severidade de mancha-angular foram observados efeitos significativos tanto para a capacidade geral de combinação dos grupos 1 (CGC1) e 2 (CGC2) quanto para a capacidade específica de combinação (CEC) dos híbridos entre os grupos. Em relação à freqüência de alelos de resistência à mancha-angular destacaram-se três linhagens do grupo 1 (Xamego, BRS Valente e TB 94-01) e três do grupo 2 (BRS Estilo, VC 20 e CNFC 10720). Considerando a arquitetura de plantas, apenas a CGC do grupo 1 apresentou efeito significativo, com destaque para as linhagens TB 94-01, L 20 e BRS Valente. Já para produtividade de grãos, foram observados efeitos significativos da capacidade geral de combinação do grupo 2 (CGC2) e específica de combinação (CEC). Neste grupo destacaram-se as linhagens BRS Estilo e CNFC 10720 quanto à freqüência de alelos favoráveis. Houve predominância de efeitos aditivos no controle genético dos três caracteres. Os cruzamentos BRS Valente / BRS Estilo e BRS Valente / CNFC 10720 se destacam na obtenção de potenciais populações para a extração de linhagens promissoras quanto à resistência à mancha-angular, arquitetura ereta de plantas e produtividade de grãos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) Previous issue date: 2007-07-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sequences potentially involved with the coffee resistance were identified, by in silico analyses, using information generated by the Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). For that, three strategies were used. Initially, keywords related to the plants resistance mechanism to pathogens were searched in scientific literature and used as drivers for data mining. Using the available tools at the PBGC bioinformatics platform, ESTs (Expressed Sequence Tags) related to each one of these words were identified. The search for similarities between some published sequences and sequences from the PBGC, by using the BLAST program was another strategy. The Electronic Northern, a tool developed by the Laboratório de Genômica e Expressão (LGE), was also used. Those strategies allowed the identification of 14,060 sequences of the PBGC. These sequences were similar to proteins known to be related to de plant disease defense process, for instance chitinase, kinase protein, cytochrome P450, disease resistance protein, pathogenesis related protein, LRR and NBS proteins, hypersensibility induced protein among others. The biological processes with witch these sequences are involved included metabolism, transport, transcription regulation, protein folding, biosynthesis and others. The ontology-based global analysis for molecular function showed that the genes are involved with metabolism, external stimulus response, cellular differentiation, nucleic acid binding, nucleotide binding, defense response, apoptosis and others. Aiming to verify the involvement of these sequences with the coffee tree resistance to leaf rust, 40 primers were designed to amplify the mined sequences. The primers were synthesized using the computational program Primer3 and their stability was tested by the program PrimerSelect. Different PCR conditions were tested. Using optimized reaction and amplification conditions, those 40 primers were tested in 12 resistant and 12 susceptible genotypes to Hemileia vastatrix, fungus that causes coffee leaf rust. Twenty nine of those resulted in unique and sharp bands, and only one of these was polymorphic. The 40 primers permitted to find one molecular marker polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. This marker amplifies a region of the DNA which corresponds to a Coffea Arabica ORF for disease resistance protein. / Seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas, por meio de análise in silico, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). Para isso foram usadas três estratégias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como iscas para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as seqüências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 14.060 seqüências do PBGC. Essas seqüências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas seqüências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das seqüências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucléicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das seqüências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSelect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T21:19:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 328841.pdf: 2986945 bytes, checksum: 4033a44bd5eb5793f2bbbfc569a1570f (MD5) Previous issue date: 2014 / Organismo geneticamente modificado (OGM) é um organismo cujo material genético foi manipulado através da utilização de técnicas de DNA recombinante. Apesar da adoção generalizada de OGMs por muitos países, a necessidade de pesquisas em biossegurança continua sendo uma preocupação. As técnicas de transformação genética atualmente utilizadas para o desenvolvimento de plantas geneticamente modificadas inserem construções transgênicas em regiões aleatórias no genoma da planta hospedeira e são muitas vezes integradas perto de elementos genéticos importantes, como retrotransposons e sequências repetidas. Isto impõe riscos adicionais devido à introdução de novas sequências reguladoras, que podem conduzir a alterações espaciais e temporais na expressão de genes endógenos. Estas imprevisibilidades podem ter efeitos adversos sobre a estabilidade genética em longo prazo, bem como no valor nutricional, alergenicidade e toxicidade do OGM. Estes processos genéticos representam áreas de pesquisa omitida, bem como lacunas no conhecimento relacionado a potenciais efeitos na saúde e meio-ambiente. Além disso, a abordagem atual para a avaliação de possíveis efeitos indesejados de OGMs é baseada na suposição de que um OGM é composto por duas partes, a planta e a proteína transgênica, que funcionam de forma linear e aditiva. Esta abordagem, que se baseia no conceito de "equivalência substancial", é altamente criticada pela comunidade científica e carece de hipóteses científicas bem fundamentadas. Assim, o objetivo deste trabalho foi testar dois novos modelos metodológicos para caracterizar os potenciais efeitos adversos dos OGMs em nível molecular. A primeira abordagem é baseada na análise comparativa do perfil proteico e níveis de transcrição transgênica de uma variedade de milho GM contendo duas inserções transgênicas, outra contendo apenas uma inserção sob o mesmo background genético e a variedade convencional correspondente. Este modelo biológico proporciona uma oportunidade única de rastreamento de potenciais alterações no proteoma que derivam da combinação dos dois transgenes. A segunda abordagem baseia-se na utilização da ferramenta de interferência por RNA para o silenciamento gênico. Esta ferramenta fornece um meio para estudar genótipos transgênicos sem a acumulação de proteínas transgênicas, isolando assim os efeitos da inserção per se. O desenvolvimento dessas metodologias também acarretou em uma extensa revisão da literatura sobre ensaios de interferência por RNA expressas de maneira transiente e estável em plantas. Os resultados observados demonstram que as construções transgênicas não funcionam de forma linear e aditiva. Mas influenciam a expressão global de genes endógenos, principalmente relacionados ao metabolismo energético e de estresse, dependendo do número de cópias e da natureza do transgene inserido. A presença de mais de um inserto no genoma hospedeiro também altera os níveis de expressão do transgene. Ainda, a análise proteômica de plantas transgênicas silenciadas revelou um baixo número de proteínas endógenas alteradas, indicando que o acúmulo de proteína transgênica é um dos principais fatores que influenciam a modulação do proteoma da planta hospedeira. Portanto, conclui-se que as novas abordagens metodológicas descritas e testadas podem fornecer uma metodologia científica útil e robusta para avaliações de risco de OGMs. Por fim, sugerimos que as agências regulatórias de biossegurança de OGMs considerem que este tipo de estudo seja obrigatório e parte dos documentos produzidos pelos proponentes da tecnologia que visam a liberação comercial de novos eventos de transformação genética.<br> / Abstract: Genetically modified organism (GMO) is an organism whose genetic material has been altered through the use of recombinant DNA techniques. Despite the widespread adoption of GMOs by many countries, the need for biosafety research remains a concern. Actual plant transformation methods include integration of transgenic constructs that take place at random locations in the recipient plant genome and are often close to important genetic elements, such as retrotransposons and repeated sequences. This poses additional risks due to the introduction of new promoter sequences, which may lead to altered spatial and temporal expression patterns of plant endogenous genes. All these events may have unpredictable effects on the long-term genetic stability of the GMO, as well as on their nutritional value, allergenicity and toxicant contents. These putative processes represent areas of omitted research with regard to health and environmental effects of GMOs. In addition, the current approach for the assessment of potential unintended effects of GM crops is based on the assumption that a GMO consists of two parts that function in a linear additive fashion, being that the crop and the novel GM transgene product. Based on the "substantial equivalence" concept, this approach is highly disputed in the scientific community and lacks a well founded scientifically driven hypothesis testing. In this work, two different new methodological models were used to characterize potential adverse effects of GMOs at the molecular level. The first approach is based on the comparative proteomic analysis and transgenic transcript level quantification of a stacked GM maize variety containing two transgenic inserts versus the two single transgenic parental varieties. This biological model provides a unique opportunity to track potential changes in the host proteome that derived from the combination of two transgenes. The second approach is based on the use of RNA interference tool prior to the comparative analysis. By enabling transgene silencing, this tool provides a means to study transgenic genotypes without the accumulation of transgenic protein, thus isolating insertional effects. The development of all these methodologies lead to an extensive literature review on transient and stable RNAi experiment in plants, which then resulted in a review article on this subject. The obtained results showed that transgene constructs do not function in a linear additive fashion, but instead alter endogenous proteome profile. These protein modulations are mainly related to energetic and stress metabolism, which then depended on the number of copies and the nature of inserted transgene sequences. The presence of more than one inserted sequences also affects the levels of transgene expression. In addition, the proteomic analysis of silenced transgenic plants showed a low number of altered endogenous proteins, indicating that the accumulation of transgenic protein is one of the main factors that influence the modulation of the host plant proteome. Therefore, it is concluded that the new methodological approaches described and tested can provide a useful and robust scientific methodology for risk assessment of GMOs. Finally, we suggest that GMO safety regulatory bodies take into account this kind of study and requires that it becomes part of the documentation produced by technology proponents intend to commercialize new genetic transformation events.