Investigations into the origin and evolution of regulatory mechanisms require quantitative estimates of the abundance and co-occurrence of functional protein domains among distantly related genomes. The metabolic and regulatory capabilities of an organism are implicit in its protein content. Currently available methods suffer for strong ascertainment biases, requiring methods for unbiased approaches to protein domain contents at genome-wide scales. The discussion will be highlighted on large scale patterns of similarities and differences of domain contains between phylum-level or even higher level taxonomic groups. This provides insights into large-scale evolutionary trends. The complement of recognizable functional protein domains and their combinations convey essentially the same information and at the same time are much more readily accessible, although protein domain models trained for one phylogenetic group frequently fail on distantly related sequences. Transcription factors (TF) typically cooperate to activate or repress the expression of genes. They play a critical role in developmental processes. While Chromatin Regulation (CR) facilitates DNA organization and prevent DNA aggregation and tangling which is important for replication, segregation, and gene expression. To compare the set of TFs and CRs between species, the genome annotation of equal quality was employed. However, the existing annotation suffers from bias in model organism. The similar count of transcripts are expected to be similar in mammals, but model organism such as human has more annotated transcripts than non model such as gorilla. Moreover, closely related species (e.g, dolphin and human) show a dramatically different distribution of TFs and CRs. Within vertebrates, this is unreasonable and contradicts phylogenetic knowledge. To overcome this problem, performing gene prediction followed by the detection of functional domains via HMM-based annotation of SCOP domains were proposed. This methods was demonstrated to lead toward consistent estimates for quantitative comparison. To emphasize the applicability, the protein domain distribution of putative TFs and CRs by quantitative and boolean means were analyzed. In particular, systematic studies of protein domain occurrences and co-occurrences to study avoidance or preferential co-occurrence of certain protein domains within TFs and CRs were utilized. Pooling related domain models based on their GO-annotation in combination with de novo gene prediction methods provides estimates that seem to be less affected by phylogenetic biases. it was shown for 18 diverse representatives from all eukaryotic kingdoms that a pooled analysis of the tendencies for co-occurrence or avoidance of protein domains is indeed feasible. This type of analysis can reveal general large-scale patterns in the domain co-occurrence and helps to identify lineage-specific variations in the evolution of protein domains. Somewhat surprisingly, strong ubiquitous patterns governing the evolutionary behavior of specific functional classes were not found. Instead, there are strong variations between the major groups of Eukaryotes, pointing at systematic differences in their evolutionary constraints. Species-specific training is required, however, to account for the genomic peculiarities in many lineages. In contrast to earlier studies wide-spread statistically significant avoidance of protein domains associated with distinct functional high-level gene-ontology terms were found.

Med bakgrund i de svårigheter som finns i att skapa en undervisning som utmanar deelever som är i behov av extra utmaning i matematikundervisningen syftar föreliggandefallstudie till att skapa förståelse för hur en undervisning genom problemlösning kanutmana elever med fallenhet för matematik i årskurs 1. Fallstudien prövar Wood,Wiliams och McNeal (2006) antaganden om att interaktionen påverkar elevernasmatematiska tänkande, med ett ramverk av Cobb och Yackel (1996) som analysverktyg.Fallstudien undersöker därmed hur normer kommer till utryck i interaktionen och hurinteraktionen i sin tur påverkar utmaningsmöjligheterna genom högre tänkande för enelev med fallenhet för matematik. Datainsamling sker genom film och ljudinspelningar ien spetsgruppsundervisning och i en ordinarie matematikundervisning samt genomintervjuer med undervisande lärare och utvald elev. Resultatet visar att trots sammalärare med sin syn på den allmänna matematiska aktiviteten kan både lärarens sätt attorganisera diskussioner och interagera i klassrummet utveckla olika sociomatematiskanormer som i sin tur ger olika möjligheter för högre tänkande. Resultatet stödjer Woodet al. (2006) argument om att fler möjligheter för högre tänkande skapas om eleverna fårdiskutera hur de tänker samt argumentera för varför.

Jordens befolkning växer sig allt större och allt fler bor i små, kompakta bostäder. Studier indikerar att vår boendeyta i Sverige kommer bli avsevärt mindre i framtiden, vilket kommer bidra till en hög efterfrågan på yteffektiva produktlösningar i framtiden (Boverket, 2013). Syftet med arbetet har därmed varit att ta fram riktlinjer för designers som ska utveckla produkter för kompakta bostadsformer. Detta exemplifieras genom att designförslag på ett torkställ. Studiens teoretiska ramverk består av forskning och studier inom kompaktboende, ergonomi och inomhusklimat. Empirin består av insamlat material från observationer och samtal där informanterna bidrog både med material till problemformulering och utvärdering av idéer. Resultatet blev en lista med nio viktiga egenskaper för produkter utvecklade för kompakta boendeformer. Dessa egenskaper kan fungera som stöd för designers när hen designar produkter för mindre boenden. Utöver detta rekommenderas att en individuell kravspecifikation sammanställs för att komplettera med särskilda krav ifrån den specifika produkten som ska utformas.

Med pågående klimatförändringar och en fortsatt ökande konsumtion i Sverige, är det viktigt att söka lösningar på hur man kan påverka befolkningen till en mer hållbar livsstil. Den här studien undersöker hur produktdesign skulle kunna användas för att påverka konsumenter till att handla mer inredning second hand. Med hjälp av metoder inom emotionell design där användarens behov sätts i fokus, är målet att ta reda på vad man kan göra för att second hand ska anses mer attraktivt och få högre status. Teorier från cirkulär ekonomi och design för hållbar utveckling utgör basen för arbetsprocessen och bidrar med kunskaper om hur ett mer hållbart samhälle kan nås. Lösningen har till syfte att minska avfall och ge existerande produkter ett längre liv. Förstudien gav insikter kring nuvarande second hand-handel och identifierade behov. En följande behovsanalys och kravspecifikation utgjorde stommen i arbetsprocessen. Iterationer av idégenerering och användarstudier formade och utvecklade konceptet. Det slutgiltiga konceptet blev ett hjälpmedel riktat till icke-vinstdrivna second hand butiker. Hjälpmedlet är en app som är tänkt att användas som en instruktion- och inspirationsportal för hur man enkelt på olika sätt kan rusta upp och göra om inredning som annars skulle ha slängts. Detta då en stor del av inredning som skänks anses vara icke-säljbart och därför istället går direkt till återvinning eller brännbart avfall. Studiens resultat bidrar med idéer för nya koncept inom second hand-handeln. Det visar att personer utan tidigare erfarenhet av design kan använda sig av designmetoder för att arbeta cirkulärt och därmed bidra till ett mer hållbart samhälle. Det visar också möjligheter att använda design för att ändra konsumenters tankesätt och uppfattning om second hand. / With the current climate changes and a continual growth of consumption in Sweden, it is important to seek solutions on how we can influence to a more sustainable way of life. This study is examining how product design could be used in order to affect consumers to shop more home furnishing second hand. By using methods from emotional design, where the users’ needs are in focus, the goal is to find out what one can do to make second hand to be seen as more attractive and gain higher status. Theories from circular economy and design for sustainable development constitutes the base of the process and contributes with knowledge in how a more sustainable society can be reached. The solution’s purpose is to reduce waste and give existing products a prolonged life. The first part of the process gave insights in second hand-trading and identified needs. A following analysis of the users’ needs and concerns, plus specification of demands, became the framework of the following design process. Iterations of brainstorming sessions and user studies shaped and developed the result. The final concept was a tool for non-profit thrift shops. The tool is an app which should be used as an instruction and inspirational working portal on how to, in an easy way, fix home furnishing that otherwise would have been thrown away. This is because a major part of the home decoration that is donated is considered not possible to sell and therefore gets recycled or burnt up. The result is contributing with new ideas of concepts in the second hand-trade. It shows that people with no experience of design can be using methods from design to work in a circular way and threw that contribute to a more sustainable society. It also shows that there are possibilities to use design to change consumers mindset and perception of second hand.

The aim of this study is to provide information regarding the development of aDNA research. The essay also strives to distinguish eventual impact on previous and contemporary conceptions concerning Neanderthal and modern human genetic divergence and possible interbreeding between the two species. Relatively recent Neanderthal genetic research will provide a glimpse into future explorations. Hominin species, other than Neanderthals, will be excluded from this paper as well as morphological studies and modern human evolution theories. Nature, Cell, Science, American anthropologist are examples of important publications constituting the study’s source material generated through the mandatory literature search. Genetic data results reveal genetic divergence between Neanderthals and modern humans approximately around 270 000 to 440 000 years ago or 550 000 to 765 000 years ago. The estimations for genetic divergence continue to alter with the advent of additional data. Contemporaneous genomic data results show interbreeding between Neanderthals and modern humans which contradict some prior perceptions surrounding the subject. New engendered Neanderthal genomic data indicate further exploration concerning the Neanderthal inherited genes effect on modern day human biology and physiology. / Syftet med denna studie är att delge informativ upplysning kring utvecklingen av aDNA forskning. Uppsatsen strävar även efter att urskilja eventuell påverkan på föregående och nuvarande uppfattningar angående genetisk splittring mellan Neandertalare och moderna människor och möjlig korsning mellan de två arterna. Relativt ny genetisk Neandertal forskning kommer att ge en inblick i framtida utforskningar. Andra homininer, undantagsvis för Neandertalarna, kommer att exkluderad från denna uppsats liksom morfologiska studier och teorier kring den moderna människans evolution. Nature, Cell, Science, American anthropologist är exempel på viktiga publiceringar som utgör studiens källmaterial vilket genererats genom den obligatoriska litteratursökningen. Genetiska data resultat visar genetisk splittring mellan Neandertalare och moderna människor proximalt kring 270 000 till 440 000 år sedan eller 550 000 till 765 000 år sedan. Beräkningarna för genetisk splittring ändras kontinuerligt på grund av ankomsten av nytillkommande data. Nya genomiska data resultat visar korsning mellan Neandertalare och moderna människor vilket motsäger en del föregående föreställningar kring ämnet. Ny framställd Neandertal genomiska data indikerar vidare utforskning av de ärvda Neandertal genernas möjliga påverkan på den moderna människans biologi och fysiologi.

Die räumliche Organisation des Chromatins im Zellkern ist für die Regulierung der Genexpression von großer Bedeutung. Genomische Varianten können die räumliche Organisation jedoch stören und Fehlbildungen und Krankheiten verursachen. In diploiden Genomen sind die meisten genomischen Varianten heterozygot und beeinflussen hauptsächlich das homologe Chromosom, auf dem sie sich befinden. Daher ist eine allelspezifische Analyse wichtig, erweist sich aber mit aktuellen Methoden zur Erfassung der Chromatinkonformation als äußerst schwierig. Erstens ist der Haplotyp, der die Verteilung unterschiedlicher Allele über die homologen Chromosomen beschreibt, oft unbekannt. Zweitens ist, insbesondere in Genomen mit geringer Variantendichte, wie dem menschlichen Genom, eine eindeutige Zuordnung der sequenzierten Genomabschnitte (Reads) zu ihrem Ursprungschromosom häufig nicht möglich, was die Erstellung haplotypspezifischer Chromatinkontaktmatrizen von guter Qualität verhindert. Genome Architecture Mapping (GAM) ist eine vielversprechende neue Methode mit dem Potential zur haplotypspezifischen Analyse der Chromatinkonformation. In dieser Dissertation zeige ich zunächst, dass GAM-Daten wertvolle Haplotypinformationen enthalten. Dann stelle ich GAMIBHEAR vor, einen graphenbasierten Ansatz, der die von GAM-Daten abgeleiteten Phaseninformationen nutzt, um genaue und vollständige Haplotypen zu rekonstruieren. Schließlich stelle ich Co-Phasing vor, eine neue Read-Phasing-Strategie, die erstmalig die eindeutige Zuordnung von variantenfreien Reads zu ihrem homologen Ursprungschromosom ermöglicht und somit auch die Erstellung detaillierter haplotypspezifischer Chromatinkontaktmatrizen in Maus und Mensch. Im Gegensatz zu früheren Erkenntnissen belegen meine Ergebnisse große Unterschiede in der räumlichen Organisation homologer Chromosomenkopien und ermöglichen erstmals einen sehr detaillierten Einblick in die haplotypspezifische Chromatinkonformation des menschlichen Genoms. / The spatial organization of chromatin in the nucleus plays an essential role in precise gene expression. Genomic variants can disrupt this spatial organization, potentially causing malformations and diseases. In diploid genomes, most genomic variants are heterozygous and mainly influence the homologous chromosome they reside on. Studying the effects of these variants in an allele-specific manner is crucial but has proven challenging using current state-of-the-art techniques. First, the haplotype describing the distribution of variant alleles over the homologous chromosomes is often unknown. Second, especially in genomes with a low variant density, such as the human genome, most sequencing reads map to genomic regions that are identical between homologous chromosomes, making it difficult to determine their origin. Thus, the read-phasing efficiency is insufficient to generate haplotype-specific chromatin contact matrices of good quality. Genome Architecture Mapping (GAM) is a promising new method for haplotype-specific analysis of chromatin conformation. In this thesis, I first demonstrate the ability of GAM data to provide valuable haplotype information. Then, I introduce GAMIBHEAR, a graph-based approach that leverages the GAM-derived phase information to infer accurate and complete haplotypes. Finally, building on GAMIBHEAR, I present Co-Phasing, a novel read-phasing strategy that allows for the unique assignment of variant-free reads to their homologous chromosome of origin and thus enables the creation of detailed haplotype-specific chromatin contact matrices in mouse and human. In contrast to previous findings, my results show significant differences in the spatial organization of homologous chromosomes and provide the first detailed view of haplotype-specific chromatin conformation in the human genome.

Detecting generic objects is one important sensing task for applications that need to understand the environment, for example eXtended Reality (XR), drone navigation etc. However, Object Detection algorithms are particularly computationally heavy for real-time video analysis on resource-constrained mobile devices. Thus Object Tracking, which is a much lighter process, is introduced under the Tracking-By-Detection (TBD) paradigm to alleviate the computational overhead. Still, it is common that the configurations of the TBD remain unchanged, which would result in unnecessary computation and/or performance loss in many cases.\\ This Master's Thesis presents a novel approach for multi-objective optimization of the TBD process on precision and latency, with the platform being power-constrained devices. We propose a Deep Reinforcement Learning based scheduling architecture that selects appropriate TBD actions in video sequences to achieve the desired goals. Specifically, we develop a simulation environment providing Markovian state information as input for the scheduler neural network, justified options of TBD actions, and a scalarized reward function to combine the multiple objectives. Our results demonstrate that the trained policies can learn to utilize content information from the current and previous frames, thus optimally controlling the TBD process at each frame. The proposed approach outperforms the baselines that have fixed TBD configurations and recent research works, achieving the precision close to pure detection while keeping the latency much lower. Both tuneable configurations show positive and synergistic contribution to the optimization objectives. We also show that our policies are generalizable, with inference and action time of the scheduler having minimal latency overhead. This makes our scheduling design highly practical in real XR or similar applications on power-constrained devices. / Att upptäcka generiska objekt är en viktig uppgift inom avkänning för tillämpningar som behöver förstå omgivningen, såsom eXtended Reality (XR) och navigering med drönare, bland annat. Algoritmer för objektdetektering är dock särskilt beräkningstunga när det gäller videoanalyser i realtid på resursbegränsade mobila enheter. Objektspårning, å andra sidan, är en lättare process som vanligtvis implementeras under Tracking-By-Detection (TBD)-paradigmet för att minska beräkningskostnaden. Det är dock vanligt att TBD-konfigurationerna förblir oförändrade, vilket leder till onödig beräkning och/eller prestandaförlust i många fall.\\ I detta examensarbete presenteras en ny metod för multiobjektiv optimering av TBD-processen med avseende på precision och latens på plattformar med begränsad prestanda. Vi föreslår en djup förstärkningsinlärningsbaserad schemaläggningsarkitektur som väljer lämpliga TBD-åtgärder för videosekvenser för att uppnå de önskade målen. Vi utvecklar specifikt en simulering som tillhandahåller Markovian state-information som indata för schemaläggaren, samt neurala nätverk, motiverade alternativ för TBD-åtgärder och en skalariserad belöningsfunktion för att kombinera de olika målen. Våra resultat visar att de tränade strategierna kan lära sig att använda innehållsinformation från aktuella och tidigare ramar för att optimalt styra TBD-processen för varje bild. Det föreslagna tillvägagångssättet är bättre än både de grundläggande metoderna med en fast TBD-konfiguration och nyare forskningsarbeten. Det uppnår en precision som ligger nära den rena detektionen samtidigt som latensen hålls mycket låg. Båda justerbara konfigurationerna bidrar positivt och synergistiskt till optimeringsmålen. Vi visar också att våra strategier är generaliserbara genom att dela upp träning och testning med en 50 %-ig uppdelning, vilket resulterar i minimal inferenslatens och schemaläggarens handlingslatens. Detta gör vår schemaläggningsdesign mycket praktisk i verkliga XR- eller liknande tillämpningar på enheter med begränsad strömförsörjning.

This thesis covers the topic of depth- assisted Structure from Motion (SfM). When performing classic SfM, the goal is to reconstruct a 3D scene using only a set of unstructured RGB images. What is attempted to be achieved in this thesis is adding the depth dimension to the problem formulation, and consequently create a system that can receive a set of RGBD images. The problem has been addressed by modifying an already existing SfM pipeline and in particular, its Bundle Adjustment (BA) process. Comparisons between the modified framework and the baseline framework resulted in conclusions regarding the impact of the modifications. The results show mainly two things. First of all, the accuracy of the framework is increased in most situations. The difference is the most significant when the captured scene only is covered from a small sector. However, noisy data can cause the modified pipeline to decrease in performance. Secondly, the run time of the framework is significantly reduced. A discussion of how to modify other parts of the pipeline is covered in the conclusion of the report. / Följande examensarbete behandlar ämnet djupassisterad Struktur genom Rörelse (eng. SfM). Vid klassisk SfM är målet att återskapa en 3D scen, endast med hjälp av en sekvens av oordnade RGB bilder. I djupassiterad SfM adderas djupinformationen till problemformulering och följaktligen har ett system som kan motta RGBD bilder skapats. Problemet har lösts genom att modifiera en befintlig SfM- mjukvara och mer specifikt dess Buntjustering (eng. BA). Resultatet från den modifierade mjukvaran jämförs med resultatet av originalutgåvan för att dra slutsatser rådande modifikationens påverkan på prestandan. Resultaten visar huvudsakligen två saker. Först och främst, den modifierade mjukvaran producerar resultat med högre noggrannhet i de allra flesta fall. Skillnaden är som allra störst när bilderna är tagna från endast en liten sektor som omringar scenen. Data med brus kan dock försämra systemets prestanda aningen jämfört med orginalsystemet. För det andra, så minskar exekutionstiden betydligt. Slutligen diskuteras hur mjukvaran kan vidareutvecklas för att ytterligare förbättra resultaten.

Companies in the spare part industry can implement a variety of different pricing techniques, which have traditionally been done through personnel know-how and industry conventions. One such technique is the use of price indices to track sales performance. This thesis investigates if machine learning or time series analysis can predict revenue using price and price indices in a data-driven manner which can potentially validate current pricing strategies or serve as a basis for sales teams pricing decisions. Price indices used were the Fisher Index and the Törnqvist Index. The data came from a spare parts supplier and consisted of daily transactions. Two target variables were tested: revenue as a continuous and categorical variable. The continuous target variable represented revenue the following day, while the categorical variable represented either an increase or decrease the following day. Models tested were OLS, XGBoost, ARIMAX and LSTM for the continuous case and Logistic Regression and XGBoost in the categorical case on several different feature sets. In the continuous case, ARIMAX outperformed the other models, but the best model was produced by the feature set not containing any indices. In the categorical case on a feature set containing price indices, XGBoost yielded an accuracy of 68% in classifying revenue increases or decreases. This study suggest that price indices contain some information about whether a revenue movement is going to happen, but not the magnitude of it. / Företag som säljer reservdelar kan implementera olika prissättningsstrategier. Dessa har traditionellt baserats på personalkunnande och branschkonventioner. En strategi som tillämpas är prisindex för att följa upp försäljning. Detta examensarbete undersöker om maskininlärning eller tidsserier kan prediktera omsättning med hjälp av pris- och prisindex på ett datadrivet sätt som kan potentiellt validera nuvarande strategier eller agera underlag för prissättningsbeslut. Prisindex som användes var Fisherindex och Törnqvistindex. Datan kom från en reservdelsleverantör och bestod av dagliga transaktioner. Två beroende variabler testades: omsättning som en kontinuerlig och omsättning som kategorisk variabel. Den kontinuerliga variabeln representerade omsättning nästa dag, medan den kategoriska variabeln representerade utfallet ökning eller minskning av omsättning nästa dag. Modellerna som tränades var OLS, XGBoost, ARIMAX och LSTM i det kontinuerliga fallet och Logistisk Regression och XGBoost i det kategoriska fallet. De tränades på flera uppsättningar av oberoende variabler. I det kontinuerliga fallet presterade ARIMAX bäst, men den bästa modellen tränades på en uppsättning oberoende variabler som inte innehöll några index. I det kategoriska fallet gav XGBoost en noggrannhet på 68% vid klassificering av omsättningsökningar eller minskningar. Detta på en uppsättning oberoende variabler som innehöll prisindex. Resultaten antyder att prisindex innehåller viss information om huruvida en omsättningsrörelse kommer att ske, men inte storleken på den.

Studiens syfte är att undersöka förskollärares perspektiv på lekens betydelse för barn i relation till utveckling och lärande. Lek ska enligt läroplanen för förskolan (Skolverket, 2018) ha en central plats i förskolan av den anledningen att den bidrar till barns utveckling och lärande inom många olika områden. Det lyfts fram att närvarande förskollärare kan bidra till lekens utveckling, stödja kommunikation samt vägleda barn i konflikthantering. Semistrukturerade intervjuer med åtta förskollärare har genomförts med stöd av ljudupptagning och anteckningar. Tematisk analys har tillämpats för att upptäcka varierande kategorier i förskollärarnas utsagor i förhållande till syfte och frågeställningar. Resultatet visar att samtliga förskollärare anser att leken är betydande för barns utveckling och lärande. Barn anses utveckla sociala och språkliga förmågor, de bearbetar tidigare erfarenheter och övar på sin föreställningsförmåga i leken. Beträffande förskollärarrollen i barns lek anses det betydande att vara närvarande eller deltagande för att varsebli barns intressen och förmågor. Förskolläraren kan bidra till kunskap, stöd och vägledning genom att närvara eller delta i barns lek. Slutsatsen är att lek främjar barns utveckling och lärande. Förskollärarens förhållningssätt är betydelsefull i relation till att stödja och uppmärksamma barns kunskaper och förmågor i leken.