Orientadores: Eliana Regina Forni Martins, Vidal de Freitas Mansano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T00:22:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_RafaelBarbosa_M.pdf: 4856945 bytes, checksum: 7af922214bf499ea2e8fe2cfb2e9e2f4 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Swarzia é um gênero basal da subfamília Papilionoideae (Leguminosae). Apesar do seu posicionamento ter gerado debate entre muitos autores no passado, estudos sistemáticos recentes confirmam a monofilia de Swartzia, compondo o clado swartzióide juntamente com mais sete gêneros. A diversidade morfológica e a ampla distribuição geográfica na região neotropical tornam o gênero um interessante objeto de estudos taxonômicos e sistemáticos. Embora Swartzia apresente centro de diversidade amazônico, também possui alta riqueza de espécies na região extra-amazônica, apresentando complexos de espécies, com difícil delimitação morfológica de alguns táxons, necessitando de ferramentas adicionais para uma melhor compreensão da evolução no grupo. A citogenética, mediante estudos cromossômicos, fornece informações importantes na elucidação de relações supra e infra genéricas e, através de uma abordagem citotaxonômica, pode contribuir para o esclarecimento de problemas sistemáticos e taxonômicos. O presente trabalho visa ampliar os estudos do gênero, contribuindo com um inédito estudo citogenético e ampliando estudos taxonômicos das Swartzia na região extra-amazônica brasileira. Para o capítulo 1 foram coletadas sementes de 18 espécies distribuídas no território brasileiro para análise cromossômica e no capítulo 2 é apresentado um estudo taxonômico de Swartzia na região extra-amazônica brasileira, com chave de identificação. Swartzia apresentou número cromossômico constante entre as espécies analisadas (2n=2x=26). Entretanto, S. leptopetala demonstrou potencial de autopoliploidização ao apresentar sementes 2n=2x=26 e 2n=4x=52 numa mesma árvore, configurando processos de poliploidização em meristemas isolados. O tamanho dos cromossomos (tamanho relativo dos cromossomos e comprimento total de cromatina - TCL) foi medido para todas as 18 espécies coletadas. No geral, os cromossomos são pequenos, sendo o menor cromossomo encontrado em S. acuminata (0.25?m), enquanto o maior foi encontrado em S. euxylophora (1.41?m). Os números de bandas CMA+/DAPI- (2) e sítios de rDNA 45S (2) e 5S (2) também não apresentaram variação interespecífica. Swartzia euxylophora, cuja inclusão no gênero havia sido anteriormente questionada, apresentou as características citogenéticas semelhantes às demais Swartzia e, somadas à morfologia observada em campo, sustentam o posicionamento do táxon dentro do gênero. Os dados cariotípicos (número e tamanho cromossômicos, e número de bandas CMA/DAPI e de genes ribossomais) não permitem a diferenciação das espécies em nível de sessão. Até o momento são disponibilizadas informações cromossômicas para cerca de 10% das Swarztia, não sendo possível sugerir mecanismos de evolução cariotípica no gênero. Mediante a análise dos dados citogenéticos fornecidos neste trabalho e disponíveis na literatura é possível afirmar que os gêneros do clado swartzióide apresentam números cromossômicos diferentes, sendo este um caráter diagnóstico. No capítulo 2, os estudos taxonômicos para as Swartzia extra-amazônicas resultaram na descrição de cinco novas espécies e na elaboração de uma chave de identificação para táxons da região. Quatro delas, S. alagoensis, S. arenophila, S. revoluta e S. submontana, pertencem à seção Acutifoliae que se destaca por possuir alta diversidade e por ser exclusivamente brasileira. Swartzia thomasii pertence à seção Glabriplantae, anteriormente uma seção exclusivamente amazônica / Abstract: Swartzia is a basal genus of subfamily Papilionoideae (Leguminosae). Although the positioning of the genus has been a controversial issue among some authors in the past, recent systematic studies confirm the monophily of Swartzia as being part of a swartzioid clade with other seven genera. The morphological diversity and the widespread geographical distribution at the Neotropical region, make the genus an interesting object of taxonomic and systematic studies. Although Swartzia present an amazonian diversity center, it also has high species richness at extra-amazonian region, presenting species complex, with hard morphological delimitation of some taxa, requiring additional tools for a better comprehension of evolution within the group. Cytogenetics, by studying chromosomes, provides important informations for elucidating supra- and infrageneric relations and, by a citotaxonomic approach, it can contribute to solve systematic and taxonomic problems. The present study aims to increase the studies of the genus, contributing with an inedit cytogentic study and extending taxonomic studies of Brazilian extra-amazonian Swartzia. For chapter 1, there were collected 18 species distributed through Brazilian territory for chromosomal analyses and in chapter 2 we presenting a taxonomic study of Swartzia in extra-Amazonian region of Brazil with a description key. Swartzia presented a conservated chromosome number among species (2n=2x=26). However, S. leptopetala demonstrated an autopolyploidization potential, presenting seeds with 2n=2x=26 and 2n=4x=52 in the same tree, being a polyploidization process in isolated meristems. Chromosome length (relative chromosome length and total chromatin length - TCL) were measured for all 18 species collected. In general, Swartzia chromosomes are small, being the shortest chromosome found in S. acuminata (0.25?m) and the longest in S. euxylophora (1.41?m). The number of CMA+/DAPI- bands (2) and rDNA sites 45S (2) and 5S (2) did not present interspecific variation too. Swartzia euxylophora, which the inclusion in the genus was questioned, presented all cytogentics characteristics similar to all other analyzed Swartzia and together with morphological features observed in the field, it supports the taxon as belonging to the genus. The karyotypic data (number and size of chromosomes, and number of CMA/DAPI and ribosomal genes) do not allow the differentiation of species at section level. Until now, there is chromosomal information for about 10% of Swartzia species available, not being possible suggest karyotypic evolution mechanisms in the genus. By analyzing cytogentic data provided by this study and available in the literature, it is possible to say that genera in swartzioid clade have different chromosome number, being a diagnostic character. In chapter 2, the taxonomic studies of extra-Amazonian Swartzia resulted in a description of five new species and the elaboration of a regional key for the regional taxa. Four of them, S. alagoensis, S. arenophila, S. revoluta and S. submontana, belong to section Acutifoliae, which stands out for having high diversity and for be exclusively Brazilian. Swartzia thomasii belongs to section Glabriplantae, otherwise an exclusively Amazonianian section / Mestrado / Taxonomia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Orientadores: Eliana Regina Forni Martins, Ana Paula de Moraes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T11:58:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Polido_CarolinedoAmaral_D.pdf: 4429006 bytes, checksum: a6c32402c33fb0d67c72b757af07b400 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital quando for liberada / Abstract: The abstract is available with the full electronic document when available / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal

Orientador: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-19T02:52:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sgardioli_IlariaCristina_M.pdf: 3234786 bytes, checksum: cb2f0f67f9d7df7814742dbf6ed4fb44 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A Síndrome Velocardiofacial (SVCF), uma das formas do espectro da Síndrome de deleção 22q11.2, possui incidência de 1/4.000 a 1/6.000 nascimentos. Embora a microdeleção em 22q11.2 seja a principal causa da síndrome, cerca de 10 a 20% dos pacientes com características clínicas da SVCF não a apresentam. Em alguns indivíduos com características clinicas da SVCF e sem microdeleção em 22q11.2, foram encontradas outras aberrações cromossômicas e mutações no gene TBX1. Existem evidências em modelos animais que aventam a associação de alterações no gene FGF8 ao fenótipo da SVCF em humanos. No entanto, até o momento, o gene FGF8 ainda não havia sido estudado em pacientes com SVCF sem microdeleção. Os objetivos deste trabalho foram: 1 - investigar as causas genéticas em pacientes com suspeita clínica da SVCF por meio de cariótipo e triagem de microdeleções, utilizando a técnica de MLPA e FISH; 2 - verificar a presença de alterações nas seqüências codificantes dos genes TBX1 e FGF8 em pacientes sem deleção 22q11.2. Foram incluídos 109 indivíduos com suspeita clínica de SVCF avaliados clinicamente por médico geneticista e os métodos utilizados foram: cariótipo com bandas G; MLPA, FISH; seqüenciamento direto das regiões codificantes dos genes TBX1 e FGF8 e SNP-array. Dos 101 casos em que o exame de cariótipo foi realizado, quatro apresentaram aberrações cromossômicas não relacionadas à SVCF, sendo que em duas foi possível a confirmação dos resultados por SNP-array. Realizou-se MLPA de 106 casos, sendo que 29 foram positivos para a deleção. Dos casos negativos, selecionou-se 31 indivíduos após reavaliação clínico-dismorfológica com a hipótese clínica mantida e foi realizado seqüenciamento das regiões codificantes dos genes TBX1 e FGF8. No gene TBX1 foram encontradas variações normais na seqüência e no gene FGF8 não foram detectadas alterações, com exceção dos exons 1 e 2, em que não foi possível análise por problemas técnicos. O exame de cariótipo contribuiu na investigação inicial e permitiu concluir a investigação por outras técnicas. O MLPA se mostrou eficiente para a investigação diagnóstica da deleção 22q11.2, identificando, também, outras alterações; FISH confirmou 82,1% dos resultados obtidos por MLPA. Não foram identificadas alterações patogênicas nas regiões codificantes dos genes TBX1 e em 90% das regiões codificantes do gene FGF8 / Abstract: Velocardiofacial Syndrome (SVCF), one of the forms of the 22q11.2 Microdeletion Syndrome spectrum, has an incidence of 1/4.000 to 1/6.000 births. Although the 22q11.2 microdeletion is the main cause of the syndrome, approximately 10 to 20% of the patients with clinical features of SVCF don't present it. In a few individuals with SVCF clinical features and without 22q11.2 microdeletion other chromosomal aberrations and changes in TBX1 gene were found. There is evidence in animal models that suggests the associated changes in FGF8 gene in humans. However, the FGF8 gene had not been studied in patients with SVCF without microdeletion yet. The purpose of this work was: 1 - To investigate the genetic causes in patients with clinical suspicion of SVCF through the karyotype and microdeletion screening using MLPA and FISH techniques; 2 - To check the presence of changes in coding sequences of the TBX1 gene and FGF8 gene in patients without 22q11.2 deletion. 109 individuals with clinical suspicion of SVCF and clinically evaluated by a clinical geneticist were included, and the following methods were used: karyotype with GTG banding, MLPA, FISH, direct sequencing of coding regions of TBX1 and FGF8 gene and SNP-array. Four out of 102 cases in which the tests of karyotype were performed presented chromosomal aberrations not related to SVCF, two of them confirmed by SNP-array. The MLPA of 106 cases was performed, 29 of them positive to deletion. 31 individuals were selected among negative cases, after clinical reevaluation based on the same clinical hypothesis maintained, and direct sequencing of coding regions of TBX1 and FGF8 gene were performed. Normal variations in sequence were found in TBX1 gene and alterations were not detected in FGF8 gene except for 1 and 2 exons because of technical problems. The karyotype test contributed in the first investigation and permitted us to conclude the investigation by means of other techniques. The MLPA proved to be effective for the diagnostic investigation of 22q11.2 deletion, identifying other alterations as well; FISH confirmed 82,1% results obtained by MLPA. Pathogenic alterations in coding regions of TBX1 gene and in 90% of the coding regions of FGF8 gene were not identified / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Karina Lucas da Silva Brandão, André Victor Lucci Freitas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T17:32:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Seraphim_Noemy_M.pdf: 28481674 bytes, checksum: 287c682142f5d5cd09f6635fbb8a291f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O gênero Hermeuptychia Forster (Nymphalidae, Satyrinae, Euptychiina) está amplamente distribuído no continente Americano, desde a Argentina até o sul dos Estados Unidos. O gênero foi anteriormente considerado um complexo de espécies, e atualmente são reconhecidas oito espécies . Todas as espécies possuem um padrão alar muito parecido, o que compromete a identificação taxonômica correta. Em adição, a posição filogenética do gênero dentro da subtribo Euptychiina permanece incerta. Para o presente estudo foram obtidos espécimens de 45 localidades de cinco países, com maior ênfase em uma amostragem no Brasil. Três marcadores moleculares, dois do DNA mitocondrial (cox1 5' e nad6) e um do DNA nuclear (RpS5) foram utilizados para gerar hipóteses filogenéticas (Máxima Parcimônia e Inferência Bayesiana), para delimitar espécies, e para gerar estimativas de tempo de divergência e distribuição ancestral. Adicionalmente, o desempenho da região anterior da cox1 como 'barcode - código de barras' para delimitar as espécies de Hermeuptychia foi testado. Além disso, análise morfológica da genitália masculina foi empregada para a delimitação e identificação de espécies. Os indivíduos amostrados agruparam-se em dez clados nas análises moleculares, correspondendo a sete espécies reconhecidas mais H. gisella, que havia sido anteriormente sinonimizada com H. cucullina. A análise morfológica dos indivíduos possibilitou o estabelecimento de caracteres diagnósticos para todas as espécies de Hermeuptychia - incluindo H. cucullina, que não está presente nas análises moleculares - e concordou com os agrupamentos obtidos através das análises moleculares. As relações filogenéticas entre as espécies de Hermeuptychia permanecem incertas, possivelmente devido a um padrão de evolução rápida, descrito anteriormente para outros Satyrini. Entretanto, dois grupos de espécies-irmãs podem ser identificados, H. pimpla + H. harmonia, e H. gisella + H. fallax, ambos sustentados por ocorrência simpátrica. Em adição, H. gisella e H. fallax parecem apresentar um isolamento reprodutivo incompleto, com formação de híbridos. Algumas espécies de Hermeuptychia estão distribuídas amplamente, como H. atalanta, H. hermes e H. gisella, sendo que H. atalanta é a espécie mais comum encontrada no Brasil. H. fallax é uma espécie restrita a Mata Atlântica; H. pimpla e H. harmonia são espécies restritas à região andina, encontradas em altitudes moderadas; H. maimoune pode ser encontrada na região andina e no sul da Amazônia brasileira, correspondendo a duas espécies crípticas; H. cucullina foi encontrada no centro-oeste brasileiro e na região andina, e é a espécie mais rara de Hermeuptychia; e H. sosybius pode ser encontrada do sul dos Estados Unidos até a região norte da Colômbia. O gênero diversificou-se de seu grupo-irmão a cerca de 8,2 milhões de anos (mya), a diversificação das espécies ocorreu entre 3,5 e 1,4 mya, e a distribuição ancestral estimada é a cordilheira dos Andes. Apenas com a região 'barcode' e análise de distância usando Neighbor-Joining, foi possível separar as espécies de Hermeuptychia com uma taxa de 2% de erro. O limite entre as distâncias intra e interespecíficas estimado fica em torno de 2% de divergência genética / Abstract: The Hermeuptychia genus Forster (Nymphalidae: Satyrinae: Euptychiina) is widely distributed in the American continent, from Argentina to South United States. Previously considered a species complex, the genus presents eight valid species taxa at the moment. Wing pattern is very similar in all Hermeuptychia species resulting in difficult and prone to error taxonomic identification. Additionally its position within the subtribe Euptichiina remains uncertain. Samples from 45 locations in five countries, with major emphasis in Brazilian territory sampling, were obtained for the present study. Three molecular markers, two from mitochondrial DNA (cox1 5' and nad6) and one from nuclear DNA (RpS5), were used to generate phylogenetic hypothesis (Maximum Parsimony and Bayesian Inference), to delimit species, and to estimate divergence time and ancestral distributions. The 'barcode' region performance (cox1 5') was tested for Hermeuptychia species. Male genitalia morphology was also used to identify and delimitate species. Sampled individuals are grouped in ten molecular clusters, corresponding to seven valid species and H. gisella, previously synonymized to H. cucullina. Morphological analysis of individuals revealed morphological diagnose traits to identify all Hermeuptychia species, including H. cucullina, which is not present in the molecular analysis, and was congruent with molecular analysis. Phylogenetic relationships among Hermeuptychia species remain unresolved due to a possible rapid evolutionary pattern common to Satyrini. However, two pairs of sister species could be identified: H. pimpla + H. harmonia and H. gisella + H. fallax, both sympatric. Additionally, H. gisella + H. fallax present incomplete reproductive isolation, with hybrids. Some Hermeuptychia are widely distributed as H. atalanta, H. hermes, and H. gisella, and H. atalanta is the most common species found in Brazil. H. fallax is restricted to Atlantic Forest; H. pimpla and H. harmonia are restricted to Andes region, at moderately high altitudes; H. maimoune is found in the Andine and in the Amazonian regions, corresponding to two cryptic species; H. cucullina is the rarest Hermeuptychia and was found in Central Brazil and in Andes; and H. sosybius is the only Hermeuptychia found in North America, been present from South United States to north Colombia. The genus diverged from its sister group around 8.2 my, species diversification occurred between 3.5 and 1.4 my and the ancestral estimate distribution is Andine region. Only the 'barcode' region was able to identify each Hermeuptychia species, with an 2% error rate and the molecular threshold for intra and interspecific distance was around 2% of genetic divergence / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

A diarreia ainda persiste como um problema de saúde pública, sendo uma das principais causas de mortalidade infantil nos países em desenvolvimento, principalmente em crianças abaixo de 5 anos. Este estudo teve por objetivo avaliar a etiologia das diarreias agudas em crianças de 0 a 5 anos atendidas no Hospital Universitário da USP em um estudo caso-controle. As fezes de 260 casos e 58 controles foram coletadas por suabe retal e conservadas em meio Cary-Blair até o momento da semeadura. As bactérias pesquisadas foram Escherichia coli diarreiogênicas (EPEC, EIEC, EAEC, EHEC, ETEC), Salmonella sp, Shigella sp, Yersinia enterocolitica e Campylobacter sp. Os meios de cultura utilizados para isolamento das bactérias foram Ágar SS e Ágar MacConkey. Após incubação por 24 horas a 37ºC, as bactérias foram identificadas fenotipicamente utilizando-se EPM-MILI-Citrato. Posteriormente, as bactérias enteropatogênicas foram aglutinadas com anti-soros específicos polivalentes. Para isolamento de Campylobacter sp foi utilizado Ágar Karmalli incubado a 42ºC por 48 horas em microaerofilia. Foram também pesquisados os fatores de virulência de Escherichia coli por colony-blot, utilizando sondas genéticas marcadas radioativamente. Os agentes virais pesquisados foram Rotavírus e Adenovírus em 134 crianças utilizando-se kit ROTA-VIKIA ADENO pelo método imunocromatográfico. Neste trabalho foi possível observar que a prevalência dos agentes foi: EPEC - casos: 34(13%), controles: 5(8,6%); EAEC - casos: 27(10,3%), controles: 8(13,7%); EIEC - casos: 5(1,9%); controles: 0, Shigella sonnei - casos: 7(2,7%); controles: 0, Shigella flexneri - casos: 4(1,5%), controles: 0; Salmonella - casos: 7(2,7%), controles: 1(1,7%); Campylobacter sp - casos: 4(1,5%), controles: 0; Rotavírus - casos: 21(17,3%), controles: 1(7,7%); Adenovírus - casos: 6(5%), controles: 1(7,7%) e Rotavírus + Adenovírus - casos: 2(1,7%), controles: 1(7,7%). O agente etiológico mais encontrado foi Rotavirus e se caracterizou como o único patógeno que apresentou significância estatística entre casos e controles (p<0,01). Ocorreu uma maior prevalência de EPEC atípica em relação à EPEC típica, dados concordantes com outros trabalhos. Houve predominância de Shigella sonnei em relação à Shigella flexneri, resultados divergentes encontrados em estudos anteriores. Rotavirus foi o enteropatógeno mais prevalente, sendo que nove crianças acometidas estavam desidratadas. Dez crianças tiveram infecção mista entre os agentes isolados. Em dezessete crianças do grupo controle (sem diarreia) foram encontrados agentes patogênicos, a saber: EPEC (5), EAEC (8), Salmonella (1) e Rotavirus + Adenovirus (1). / Diarrhea remains an important problem worldwide and has been characterized as one of the main causes of infant death in developing countries, especially in children under five years old. The aim of this study was to evaluate the etiology of acute diarrhea in children by case-control attended in São Paulo University Hospital. Fecal samples of 260 cases and 58 matched controls were collected by rectal swabs and conserved in Cary-Blair medium until the moment of seeding. Researched bacterial were diarrheiogenic Escherichia coli (EPEC, EIEC, EAEC, EHEC and ETEC), Salmonella sp, Shigella sp, Yersinia enterocolitica and thermophilic Campylobacter sp. Cultures for bacterium isolation were made in SS agar and MacConkey agar. After incubation at 37ºC by 24 h, bacteria were tested using biochemical tests (EPM-MILI-Citrato). For Campylobacter isolation was used Karmali agar at 42ºC by 48 h in 5% CO2. Colony-blot hybridization using specific radiolabelled DNA probes was used to identify diarrheiogenic E. coli. Rotavirus and Adenovirus were sought in 121 cases and 13 controls by ROTA-VIKIA ADENO by immunochromatographic assay. The prevalence of the pathogens were as follows: EPEC - cases: 34 (13%), controls: 5 (1,9%); EAEC - cases: 27 (10,3%), controls: 8 (13,7%); EIEC - cases: 5 (1,9%), controls: 0; Shigella sonnei - cases: 7 (2,7%), controls: 0; Shigella flexneri - cases: 4 (1,5%), controls: 0; Salmonella - cases: 7 (2,7%), controls: 1 (1,7%); Campylobacter sp - cases: 4 (1,5%), controls: 0; Rotavirus - cases: 21 (17,3%), controls - 1 (7,7%); Adenovirus - cases: 6 (5%), controls: 1 (7,7%) and Rotavirus + Adenovirus - cases: 2 (1,7%), controls: 1 (7,7%). The main etiologic agent found was Rotavirus, which was the only pathogen significant between cases and controls (p<0,01). Atypical EPEC had major prevalence comparing to typical EPEC. Shigella sonnei was more isolated than Shigella flexneri, a different result found in other studies. Ten children had mixed infection between the isolated agents. In seventeen children of the control group (without diarrhea) were found pathogens, that is: EPEC (5), EAEC (8), Salmonella (1) and Rotavirus + Adenovirus (1).

Orientador: Liliana Aparecida Lucci de Angelo Andrade / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-19T13:41:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Engelman_DianaEliciSader_M.pdf: 6002097 bytes, checksum: 33ceda50142d22ad0fcec1bfc9d0c09c (MD5) Previous issue date: 1994 / Resumo: Recentemente tem sido observado um aumento da freqüência de diagnósticos de neoplasia intraepitelial vulvar grau III, principalmente em mulheres jovens. Estudos sobre o câncer genital apontam evidências de que a infecção pelo vírus do papiloma humano é um fator de risco importante para a transformação neoplásica epitelial. No período de 1983 a 1992 foram levantados 30 casos de l1eoplasia intraepitelial vulvar grau III e seis de carcinoma escamoso estádio Ia. A pesquisa do antígeno comum do capsídeo viral foi realizada através da imulloperoxidase. O estudo do tipo do vírus nas lesões foi realizada pela técnica de hibridização "in situ", com utilização de sondas biotiniladas dos HPV 6/11, 16/18 e 31/35/51. A idade média das pacientes com neoplàsia intraepitelial vulvar foi de 47,5 anos e das com carcinoma estádio Ia, 61,1 anos. Histologicamente foram observadas .atipias coilocitóticas em 83,3% dos casos. O exame da imunoperoxidase foi positivo em 36,1% dos casos, com idade,' média de 39,1 anos. A detecção do vírus pela hibridização "in situ" ocorreu em 41,7% dos casos, com idade média de 38,3 anos. Todos os casos positivos apresentaram o tipo 16/18, porém em quatro casos houve associação de diferentes tipos virais na mesma lesão. A positividade dos métodos não estava associada à presença ou ausência de atipias coilocitóticas. Quando se considerou a positividade para um ou outro método, a detecção do vírus ocorreu em 63,9% dos casos. A alto índice de detecção relaciona o papilomavírus humano com estas lesões, em especial o tipo 16/18, principalmente em grupos etários mais jovens. A ampla faixa etária de distribuição dos casos de neoplasia intraepitelial vulvar grau lU, sugere que o seu tempo de evolução é longo, demonstrando a importância do exame da vulva no exame ginecológico de rotina para melhor detecção e tratamento precoce das lesões / Abstract: Recently, an increase has been observed in the frequency of diagnosis of vulvar intraepithelial neoplasia grade III, special1y in young women. Studies in gynecologic cancer suggest that hwnan papillomavirus infections play an important role in the epithelial neoplastic transfOlmation. Between 1983 and 1992, 30 cases of vulvar intraepithelial neoplasia grade III and six cases of vulvar carcinoma stage Ia were analysed. The research for the common antigen of the viral capsid was done by the immunoperoxidase technique. The virus types were identified by the "in situ" hybridization technique, with biotinylated probes for HPV 6/11, 16/18 and 31/35/51. The mean age ofthe patients with vulvat. int:raepithelial neoplasia was 47,5 years an the ones with vulvar carcinoma stage Ia, 61, I years. Histologically, koilocytotic atypia was observed in 83,3% of the cases. The .immunoperoxidase teclmique was positive in 36,1% of the cases, with the mean age of 39, 1 years. The detection of the virus by "in situ" hybridization occurred in 41,7% of the cases, with mean age of 38,3 years. AlI the positive cases had the virus type 16/18, but in four of them there was association with other virus types in the same lesion. The positivity of these techniques was not related to the presence or absence of koiIocytotic atypia. When the positivity for one or the other method was considered, virus detection occulTed in 63,9% of the cases. This high rate of detection shows a relationship of the human papillomavirus with these vulvar Iesions, specially with type 16/18 and in younger age groups. The wide age range distribution of the vulvar intraepithelial neopIasia grade lU patients, suggests that its evolution is long, showing the importance of the vulvar region in routine gynecologic examination, to allow early detection and treatment of these lesions / Mestrado / Anatomia Patologica / Mestre em Ciências Médicas

O corpo caloso é a maior comissura cerebral, responsável pela conexão entre os hemisférios cerebrais. Anatomicamente está localizado na profundidade da fissura inter-hemisférica e é dividido em quatro regiões: esplênio, corpo, joelho e rostro, que se continua inferiormente na lamina rostralis. A malformação do corpo caloso (MCC) representa uma desorganização na arquitetura cerebral, resultante da impossibilidade parcial ou completa das fibras da comissura calosa atravessarem a linha média. Pode estar associada a outras malformações, tanto do sistema nervoso central quanto de outros órgãos. As causas de malformações do corpo caloso são múltiplas, podendo ser ambientais, vasculares ou genéticas. As malformações do corpo caloso são comuns, principalmente entre as crianças com distúrbio do desenvolvimento neuropsicomotor ou retardo mental, mas podem também ser observada em indivíduos normais. Existem mais de 50 síndromes clínicas, autossômicas ou ligadas ao X, dominantes ou recessivas, associadas a MCC. A investigação de pacientes com malformação de corpo caloso por meio do cariótipo com bandas G identificou cerca de 20 regiões cromossômicas associadas a esta malformação. Nos últimos anos, novas técnicas de investigação cromossômica com alta resolução tornam-se disponíveis, como a hibridação comparativa do genoma em microarranjos (CGH-array). O CGH-array permite uma análise rápida de todo o genoma em alta resolução, possibilitando reconhecer variações no número de cópias de regiões genômicas com de 0,1 a 1 Mb, e desta forma detectar microdeleções ou microduplicações que não são passiveis de serem reconhecidas pelo cariótipo com bandas G, que é capaz de detectar alterações com no mínimo 4 Mb. Nesta investigação foram incluídos 21 sujeitos com MCC, associada ou não a outras malformações encefálicas ou de outros órgãos, e atraso do desenvolvimento neuropsicomotor ou retardo mental, sem etiologia definida. Estes sujeitos foram investigados com o objetivo de detectar anormalidades cromossômicas, estruturais e/ou numéricas, por meio do cariótipo com bandas G, e de variações do número de cópias de regiões genômicas, por meio do estudo com CGH-array. O cariótipo evidenciou alteração em dois dos sujeitos (9.5%): um indivíduo apresentava um derivado do cromossomo 4 [46, XX, der(4)] herdado da mãe, que apresentava translocação balanceada entre os cromossomos 4 e 10 [46, XX,t(4; 10)(q35; q23)]; e outro apresentava um rearranjo de novo, derivado do cromossomo 8, [46, XX, der(8)]. O CGH-array foi feito nestes indivíduos para delimitar a extensão e a origem do material genético presente no rearranjo. Em dois indivíduos (11%), o CGH-array evidenciou alterações cromossômicas de novo: deleção em 6q25.1-25.3, com dimensão entre 5 e 6,7 Mb, e deleção 4q25-q28.1 com 14,5 Mb. E finalmente, em quatro sujeitos (21%), o CGH-array detectou variação no número de cópias genômicas, evidente também em um dos genitores, com significado clínico incerto. Desta forma, a investigação de alterações cromossômicas nesta amostra de 21 pacientes com MCC, permitiu: (1). Diagnosticar, com o auxílio do cariótipo, anormalidades estruturais cromossômicas em dois casos; (2). Diagnosticar, com o auxílio do CGH-array, microdeleções não visualizáveis ao cariótipo em dois pacientes; (3). Caracterizar, com o auxílio do CGH-array, a extensão e origem dos rearranjos diagnosticados pelo cariótipo. A existência de translocação equilibrada em genitor de um dos pacientes com cariótipo anormal aumenta o risco de recorrência, de anormalidades, em outras gestações. Nos demais três pacientes, este risco é considerado muito baixo. Duas das alterações cromossômicas encontradas em nossos pacientes, a deleção na região 6q25.1-25.3 e a duplicação invertida no cromossomo 8 na região p23.1 - p11.21, já foram previamente descritas em MCC. Porém não há descrições envolvendo a deleção 4q25-q28 ou a deleção 4q34.3-q35.2 combinada com a duplicação 10q 23.1 - q23.6. A investigação de alterações cromossômicas em indivíduos com MCC contribui para o esclarecimento de sua etiologia e auxilia no delineamento de regiões cromossômicas que contém genes envolvidos com a formação do corpo caloso / The corpus callosum is the largest cerebral commissure and is responsible for interconnection of cerebral hemispheres. It is located in the deepest part of the interhemispheral fissure and is divided in four regions: splenium, body, genum and rostrum, which is prolonged inferiorly as lamina rostralis. Corpus callosum malformation (CCM) is a cerebral architecture disorganization caused by complete or partial failure of callosum fibers to cross the midline. It may be associated to other malformations, both from central nervous system and other organs. Many factors can contribute do CCM, including environmental, vascular and genetics. CCM are particularly common among mentally retarded or developmentally delayed children but can also be observed in cognitively normal individuals. There are more than 50 clinical syndromes associated to CCM, occurring sporadically or inherited as an autosomal or X-linked, dominant or recessive trait. Karyotype with G-banding disclosed around to 20 chromosomal regions associated to CCM. In the last few years, new techniques for high resolution chromosomal investigation, as comparative genomic hybridization array (CGH-array), became available. CGH-array allows fast analysis in high resolution of the genome, allowing the determination of copy number variations (microduplications and microdeletions) of genomic regions, with minimum size of 0, 1 to 1 Mb. This resolution is much larger than of the conventional karyotype, which is able to detect abnormalities of at least 4 Mb. This investigation included 21 subjects with CCM without defined etiology, associated or not to additional brain or other internal organ malformation and with developmental delay or mental retardation. These individuals were investigated for numeric or structural chromosomal abnormalities with karyotype with G-banding and for genomic copy number variations, using CGH-array. Karyotype disclosed abnormalities in two individuals (9.5%): one patient had a derived chromosome 4 [46, XX,der(4)], inherited from his mother, which has a balanced translocation between chromosomes 4 and 10 [46,XX,t(4;10)(q35;q23)]; and other had a de novo rearrangement, derived from chromosome 8 [46, XX,der(8)]. CGHarray analysis was conducted in these individuals to define the extension and origin of the genetic material present in the rearrangement. Among individuals with normal karyotype, CGH-array disclosed two patients (11%), with de novo abnormalities: 6q25.1-25.3 deletion, with size ranging from 5 to 6, 7 Mb, and a 14.5 deletion of 4q25-q28.1. Finally, in four subjects (21%), CGH-array detected genomic copy number variations that were also present in one of the parents, which make its clinical significance uncertain. To conclude, the investigation of chromosomal abnormalities in this sample of 21 patients with CCM, allow us to: 1. Detect two patients with chromosomal abnormalities detectable on conventional karyotype; 2. Recognize, with CGH-array technique, two additional patients with microdeletions, not seen on conventional karyotype; 3. Characterize the origin and extension of chromosomal rearrangement in the patients with abnormal karyotype. The detection of a balanced translocation in one of the parents increases the risk of occurrence of chromosomal abnormalities in future concepts of this individual. In the remaining three patients, recurrence risk is presumably very low. Two of the chromosomal abnormalities detected in our patients (6q25.1- 25.3 deletion and inverted duplication of chromosome 8 spanning p23.1 - p11.21) have been previously reported in patients with CCM. Nevertheless, chromosomal abnormalities involving chromosome 4 (deletion 4q25-q28.1) or the combined deletion 4q34.3 - q35.2 and duplication 10q 23.1 - q23.6 have not been previously reported. Investigation of chromosomal abnormalities in individuals with CCM contributes to etiology determination and helps delineation of chromosomal regions that contains gene(s) involved with corpus callosum formation.

São freqüentes alterações em vias de sinalização de genes de desenvolvimento, no que diz respeito ao carcinoma epidermóide de boca (CEB). Vinte e nove casos de CEB e tecido não tumoral adjacente à neoplasia foram investigados através da técnica de hibridização “in situ". Os transcritos dos genes WNT5A e HOXB5 foram observados em todos os casos de tumor. A hibridização “in situ" revelou que o WNT5A estava mais expresso em tumores bem diferenciados. Adicionalmente, observou-se transcritos do WNT5A em glândulas salivares menores, estroma glandular, estroma tumoral e alguns vasos sanguíneos Entretanto, com respeito ao HOXB5 não foi possível estabelecer mudança do padrão do transcrito nos diferentes graus histológicos nas amostras de CEB. O HOXB5 também pôde ser identificado em alguns fragmentos de glândulas salivares menores, tecido muscular e em endotélio. Os resultados do presente estudo sugerem que a expressão dos genes WNT5A e HOXB5 podem estar relacionadas com a diferenciação e progressão do câncer de boca. / Disruption in developmental genes pathway are common in oral squamous cell carcinoma (OSCC). This study investigated the pattern of expression of two developmental genes, WNT5A and HOXB5, in 29 cases of OSCC and adjacent non tumoural tissue using in situ hybridization technique. Transcripts for WNT5A and HOXB5 were detected in all tumoral samples. In situ hybridization technique demonstrated that WNT5A transcripts were mainly detected in well differentiated tumors when compared with moderately and undifferentiated OSCC. WNT5A transcripts were also observed in accessory salivary glands, glandular stroma, and vessels. Therefore, for the HOXB5 transcript it was not possible to stability a relationship with the tumoral histological grade. The expression of HOXB5 transcripts in non tumoral samples was detected in salivary glands, glandular stroma, endothelium, and muscle. Results suggest that WNT5A and HOXB5 genes play a possible role in tumor differentiation and cancer progression.

INTRODUÇÃO: A leucemia promielocítica aguda (LPA) é um subtipo distinto de leucemia mielóide aguda (LMA), caracterizado pela presença de um acúmulo de promielócitos anormais na medula óssea e/ou sangue periférico, riscos de coagulopatias e por alterações cromossômicas estruturais envolvendo sempre o locus gênico para o receptor alfa do ácido retinóico (RAR). Corresponde morfologicamente aos subtipos M3 e M3variante de LMA, segundo a Classificação Franco- Américo- Britânica (FAB) e ao subtipo de LMA associada à translocação recíproca e balanceada entre os cromossomos 15 e 17[t(15;17)] e variantes, segundo a classificação da Organização Mundial de Saúde. O curso clínico da LPA tem sido modificado, nos últimos anos, de uma leucemia aguda rapidamente fatal para um dos mais curáveis subtipos de LMA. A introdução de agentes terapêuticos que atuam diretamente na lesão molecular, como o ATRA e o Trióxido de Arsênico, teve grande impacto na sobrevida da LPA. A eficácia do tratamento é dependente do rearranjo genético presente nas células leucêmicas, o diagnóstico morfológico é sugestivo da alteração genética, devendo ser rapidamente confirmado por técnicas de citogenética molecular. MÉTODOS: Utilizando a citogenética convencional e molecular (FISH) com sondas de fusão para o rearranjo PML-RAR e de ruptura para o gene RAR, analisou-se 62 pacientes portadores de LPA, diagnosticados por estudo morfológico/imunofetípico no HC-FM/USP entre os anos de 1997 a 2006. RESULTADOS: Dos 62 pacientes analisados, 37 (59,7%) apresentaram a t(15;17)(q22;q21) visível no cariótipo; destes, 26 (42,0%) apresentaram a t(15;17) como anormalidade clonal isolada, 10 (16,1%) apresentaram outras alterações cromossômicas clonais em adição a t(15;17) e um paciente (1,6%) apresentou uma variante complexa da t(15;17). Dezoito pacientes (29%) tiveram a confirmação da presença da t(15;17)-rearranjo PML-RAR através da técnica de FISH-fusão e sete (11,3%) não apresentaram ruptura no RAR. Ausência de sangramento ao diagnóstico (p<0,02) e a presença de morfologia M3v (p<0,01) se associaram à ausência ruptura no RAR. A taxa de sobrevida global (SG) em dois anos, entre os 55 pacientes que apresentaram a t(15;17)-rearranjo- PML-RAR ao diagnóstico citogenético, foi de 49,28%. Duas variáveis prognósticas mostraram estar estatisticamente relacionadas à pior taxa de SG nesse estudo: idade acima de 60 anos e presença de morfologia de M3v. A taxa de Sobrevida Livre de Doença em dois anos nesses pacientes foi de 72,10%.CONCLUSÃO: Cerca de 11% dos pacientes diagnosticados para LPA, através de estudo morfológico/imunofenotípico, não apresentaram diagnóstico citogenético compatível para esta doença. Na ausência de sangramento ao diagnóstico e na presença de morfologia M3v o teste de FISH deve ser priorizado. / INTRODUCTION: Acute promyelocytic leukemia (APL) is a distinct subtype of acute myeloid leukemia (AML), characterized by clonal expansion of myeloid precursors blocked at promyelocytic stage, risks of coagulopathy and presence of chromosomal translocations involving RAR (retinoic acid receptor ) gene. Corresponds to the M3 and M3variant subtypes of AML, according to the French-American-British (FAB) classification and the subtype of AML associated with balanced reciprocal translocation between chromosomes 15 and 17 [t (15; 17)] and variants, according to the World Health Organization classification. The clinical APL course has been changed in late years, from highly fatal to highly curable subtype of AML. The introduction of therapeutic agents that act directly on the molecular lesion, such as ATRA and arsenic trioxide, had a great impact on survival of APL. The efficacy of treatment is dependent on genetic rearrangement present in the leukemia cells, the morphologic diagnosis although predictive of the specific genetic lesion genetic, should be quickly confirmed by molecular techniques. METHODS: We analysed cytogenetics findings in 62 patients diagnosed as promyelocytic leukemia by morphological and immunophenotypic studies at the Hematology Service of Clinical Hospital of Sao Paulo Medical School from 1997 to 2006. For this, we used karyotype and FISH with PML-RARA fusion translocation and RARA break-apart probes. RESULTS: Of the 62 patients studied, 59.7% showed the t(15;17)(q22;q21) visible in the karyotype [42.0% had t(15;17) as the sole clonal abnormality, 16.1% showed other additional abnormalities and 1.6% had a complex variant of t(15;17)], 29% had the confirmation of the rearrangement PML-RAR through the FISH-fusion technique and 11.3% showed no break in RAR. No bleeding at diagnosis (p<0.02) and the presence of M3v morphology (p<0.01) were associated to no RAR rearrangement. The 24months overall survival of 55 patients with t(15;17) confirmed by cytogenetics was 49.28%. Two parameters were associated to worse rate of overall survival in this study: age > 60 years and M3v morphology . The 24 months disease-free survival was 72.10%. CONCLUSION: 11,3% of patients diagnosed as promyelocytic leukemia by morphological and immunophenotypic studies, showed no consistent cytogenetic diagnosis for this disease. In the absence of bleeding at diagnosis and in the presence of the M3v morphology, FISH test should be prioritized.

A flor se caracteriza como um ramo altamente modificado, especializado na reprodução das angiospermas. Por ser responsável por um processo tão crucial no ciclo de vida das plantas, o desenvolvimento das flores é estritamente regulado por vias genéticas e sinais ambientais que controlam a transição da fase vegetativa para fase reprodutiva. Esse controle culmina na determinação no meristema floral, o qual se diferenciará nos quatro verticilos florais: sépalas, pétalas, estames e pistilo. Dentre os quatro verticilos, os estames e o pistilo são os órgãos responsáveis pela reprodução, logo é de suma importância compreender mecanismos moleculares responsáveis pelo correto desenvolvimento desses órgãos. Com o intuito de melhor compreender o desenvolvimento do pistilo, nosso grupo de pesquisa fez a caracterização inicial de um gene preferencialmente expresso no pistilo de Nicotiana tabacum, que controla a proliferação celular nesse órgão e foi denominado SCI1 (Stigma/style Cell-cycle Inhibitor 1). No entanto, seu mecanismo de ação ainda não foi elucidado. Avanços nas investigações tem revelado uma extensa rede de proteínas com as quais SCI1 interage, o que permitiu assumir que SCI1 está envolvido em vias de processamento de RNA e no ciclo celular. Seu envolvimento em processos celulares básicos, levantou a hipótese de uma possível expressão no início do desenvolvimento floral. Portanto, este trabalho teve por objetivos determinar onde e quando o gene SCI1 inicia sua expressão em flores de Nicotiana tabacum; relacionar a expressão de SCI1 com o desenvolvimento do pistilo; e analisar a regulação transcricional de SCI1. Através da hibridização in situ foi possível determinar que SCI1 inicia sua expressão no meristema floral e segue se expressando intensamente nos primórdios iniciais dos verticilos florais. A expressão de SCI1 no meristema floral e primórdios dos verticilos indica que este gene pode estar envolvido no desenvolvimento de todos os verticilos florais. A medida que os verticilos se especificam, a expressão de SCI1 é reduzida, exceto no pistilo, órgão em que se localizam as últimas células meristemáticas a se diferenciarem. O mRNA de SCI1 foi detectado tanto nos carpelos não fusionados, quanto já fusionados. A hibridização in situ também revelou a coexpressão de SCI1 com o gene NAG1 no meristema floral, nos verticilos dos estames e carpelos. NAG1 codifica um fator de transcrição responsável pela especificação do terceiro e quarto verticilos florais e SCI1 foi descrito como um gene que controla o desenvolvimento de estigmaxv e estilete, estruturas que fazem parte do quarto verticilo, logo essa co-expressão revela uma possível interação desse fator de transcrição com o promotor de SCI1. Essa interação foi predita in silico e confirmada em ensaio de mono híbrido (Yeast One Hybrid) com uma porção do promotor de SCI1, denominada frag1, que compreende 443pb acima do códon de iniciação (ATG). Análises in silico também encontraram um putativo sítio para a interação do fator de transcrição WUSCHEL nesse mesmo fragmento, no entanto os resultados obtidos nos ensaios de mono híbrido para esta interação foram inconclusivos. Plantas transgênicas expressando a proteína SCI1 em fusão traducional a GFP, sob controle do promotor endógeno de SCI1, foram capazes de reproduzir a expressão endógena desse gene e possibilitaram determinar a localização da proteína. Como o mRNA, a proteína SCI1 é encontrada a partir do meristema floral e em todos os verticilos florais. A medida que a flor se desenvolvia, a proteína foi reduzindo sua quantidade de maneira centrípeta nos verticilos, no entanto essa redução não foi observada no pistilo até o estádio 2, estádio em que foi possível a observação (devido ao tamanho da flor). Nessas plantas também foi possível detectar a proteína SCI1 nos tecidos especializados do estilete e estigma, tecido transmissor do estilete e zona secretória do estigma, respectivamente, assim como nas células do parênquima. Essas plantas também possibilitaram observar a proteína nos óvulos e confirmar sua localização em núcleo e nucléolo. Esse conjunto de dados confirmam a hipótese da expressão de SCI1 no meristema floral. Além disso, os resultados demonstram que a expressão de SCI1 é regulada diretamente pelo fator de transcrição NAG1 / The flower is characterized as a highly modified branch, specialized in the reproduction of angiosperms. Since it is responsible for such a crucial process in the life cycle of plants, flower development is strictly regulated by genetic pathways and environmental signals that control the transition from the vegetative phase to the reproductive phase. This control culminates in the floral meristem determination, which will differentiate in the four flower whorls: sepals, petals, stamens and pistil. Among the four whorls, stamens and pistil are the organs responsible for reproduction, so it is extremely important to understand the molecular mechanisms responsible for the correct development of these organs. In order to better understand the development of pistil, our research group made the initial characterization of a gene preferentially expressed in the pistil of Nicotiana tabacum, which controls cell proliferation in this organ and was denominated SCI1 (Stigma/style Cell-cycle Inhibitor 1). However, its mechanism of action has not yet been elucidated. Advances in the investigations have revealed an extensive network of proteins with which SCI1 interacts, which has allowed to assume that SCI1 is involved in RNA processing pathways and in the cell cycle. Its involvement in basic cellular processes, raised the hypothesis of a possible expression at the beginning of floral development. Therefore, this work had as objectives to determine where and when the SCI1 gene starts its expression in flowers of Nicotiana tabacum; to correlate SCI1 expression to pistil development; and to analyze the transcriptional regulation of SCI1. Through in situ hybridization, it was possible to determine that SCI1 starts its expression in the floral meristem and continues to express intensely in the early primordia of floral whorls. The expression of SCI1 in floral meristem and whorl primordia indicates that this gene may be involved in the development of all floral whorls. As the whorls are specified, the expression of SCI1 is reduced, except in the pistil, organ in which the last meristematic cells are located. SCI1 mRNA was detected in both unfused and fused carpels. In situ hybridization also revealed the co-expression of SCI1 with the NAG1 gene in the floral meristem, in the whorls of stamens and carpels. NAG1 encodes a transcription factor responsible for the specification of the third and fourth floral whorls and SCI1 was described as a gene that controls the development of stigma and style, structures that are part of the fourth whorl, so this co-expression reveals a possible interaction of this transcription factor with the SCI1 promoter. This interaction was predicted in silico and confirmed in a Yeast One Hybrid assay with a portion of the SCI1 promoter, called frag1, comprising 443bp upstream the initiation codon (ATG). In silico analyzes also found a putative site for the interaction of the WUSCHEL transcription factor in this same fragment, however the results obtained in Yeast One Hybrid assays for this interaction were inconclusive. Transgenic plants expressing the SCI1 protein in translational fusion to GFP, under the control of the endogenous SCI1 promoter, were able to reproduce the endogenous expression of this gene and enabled to determine the location of the protein. Like the mRNA, the SCI1 protein is found since the floral meristem and on all floral whorls. As the flower developed, the protein was reducing its amount in a centripetal way in the whorls, however this reduction was not observed in the pistil until the stage 2, the last stage in which the observation was possible (due to the size of the flower). In these plants it was also possible to detect the SCI1 protein in the specialized tissues of style and stigma, stylar transmitting tissue and stigmatic secretory zone, respectively, as well as in the parenchyma cells. These plants also allowed the observation of the protein in ovules and to confirm its localization in nucleus and nucleolus. This data set confirms the hypothesis of SCI1 expression in floral meristem. In addition, the results demonstrate that SCI1 expression is directly regulated by the transcription factor NAG1