Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:00:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:59:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AlteracoesGenomicasQuantitativas.pdf: 6280298 bytes, checksum: b16a105099c01920d2f9f9a43d028192 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O câncer gástrico é o quinto tipo tumoral mais frequente e a terceira maior causa de morte por câncer no mundo. A despeito do progresso no tratamento do câncer gástrico avançado, o prognóstico do paciente permanece muito ruim, principalmente em decorrência do diagnóstico tardio. Esse paradigma implica a necessidade de pesquisar e identificar biomarcadores moleculares para o diagnóstico precoce, bem como para o monitoramento da doença, contribuindo ainda para o desenenvolvimento de novas abordagens terapêuticas. Desta forma, o presente estudo objetivou investigar alterações no número de cópias de DNA no adenocarcnoma gástrico através da técnica de Hibridização Genômica Comparativa em array (aCGH) e selecionar genes para a validação em um maior número de amostras, utilizando PCR em tempo real, no intuito de encontrar potenciais biomarcadores moleculares para esse tipo tumoral. Através dos resultados do aCGH, foram identificadas 22 alterações nunca correlacionadas com a carcinogênese gástrica, bem como diversas alterações associadas significativamente com o extravasamento da serosa e com pacientes com idade igual ou inferior a 50 anos. Levando em consideração que a maioria dos genes observados alterados nunca foram descritos como envolvidos no processo de carcinogênese gástrica, foram selecionados para validação genes cujas alterações apresentaram alguma consistência com trabalhos já publicados na literatura em outros tipos de câncer. Assim, foram investigadas por PCR em tempo real as amplificações dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13. Os resultados demonstraram uma frequência elevada de amplificação desses genes, porém as associações estatísticas com os dados clínicopatológicos dos genes TRPV2, com pacientes jovens, e ABCA13, com o extravasamento da serosa, observadas pelo aCGH, não foram confirmadas. Por outro lado, novas associações significativas foram observadas, tais quais a amplificação recorrente do gene RTEL1, que foi associada com idade avançada e com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene B4GALT5, que foi associada com o tipo intestinal do adenocarcinoma gástrico; a amplificação recorrente do gene TRPV2, que foi associada com metástase linfonodal; a amplificação recorrente do gene ABCA13, que foi associada com metástase linfonodal e com pacientes do gênero masculino e a co-amplificação dos genes RTEL1 e ABCA13, que foi associada com estadiamento avançado. Desta forma, o aCGH mostrou-se uma ferramenta útil para a investigação de novos genes associados com a carcinogênese. Ademais, a amplificação dos genes RTEL1, B4GALT5, TRPV2 e ABCA13 parecem ter um papel importante no desenvolvimento e na progressão do câncer gástrico, podendo ser considerados potenciais marcadores desta doença. / Gastric cancer is the fifth most frequent type of cancer and the third cause of cancer mortality worldwide. Despite progression in treatment of advanced gastric cancer, the prognosis of patients remains poor, in part due to the low rate of diagnosis during its early stages. This paradigm implies the necessity to search and identify molecular biomarkers for early gastric cancer diagnosis, as well as for disease monitoring, thus contributing to the development of new therapeutic approaches. Therefore, this study aimed at investigating copy number variations in gastric adenocarcnoma through array Comparative Genomic Hybridization (aCGH) technique and selecting genes for validation in a larger sample size by using real-time PCR, in order to find potential molecular biomarkers for this tumor type. The aCGH results demonstrated 22 gene alterations never described before as correlated with gastric carinogenesis, as well as several alterations significantly associated with serosal extravasation and patients aged less than or equal 50 years. Given that most of the genes had never been described in gastric cancer, we selected for validation four gene alterations that showed some consistency with studies published in the literature for other types of cancer. Thus, we investigated by real-time PCR the amplifications of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 genes. The results showed a high frequency of amplification of these genes, but the statistical associations with clinicopathological data of TRPV2 gene with younger patients and ABCA13, with serosal extravasation, observed by aCGH, were not confirmed. Moreover, new significant associations were demonstrated, including RTEL1 recurrent amplification associated with advanced age and intestinal type of gastric adenocarcinoma; B4GALT5 recurrent amplification associated with intestinal type of gastric adenocarcinoma; TRPV2 recurrent amplification associated with lymph node metastasis; ABCA13 recurrent amplification associated with lymph node metastasis and male patients and co-amplification of RTEL1 and ABCA13 associated with advanced staging. Therefore, the aCGH proved to be a useful tool for the investigating new genes associated with carcinogenesis. Additionally, recurrent amplification of RTEL1, B4GALT5, TRPV2 and ABCA13 seem to have an important role in the development and progression of gastric cancer and can be considered as potential biomarkers for this disease.

Made available in DSpace on 2017-05-12T14:48:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 isamara.pdf: 1125655 bytes, checksum: 8f7b2f7606310b4ddb2713e9e4043ec0 (MD5) Previous issue date: 2012-02-13 / Chemical contamination removal in soil and water depends on microbiological community that is able to degrade these compounds. There is a great evolutionary interest on studying microorganisms that metabolize the xenobiotic ones, since they have relatively been seen as new in the last five decades. Little is known about structure variation of microbiological community of soil due do the absence and presence of s-triazine herbicides.Unlike crop dependent methods that require time to detect bacteria, molecular techniques have been developed to identify individual species in mixed populations under natural enviromments. Fluorescence in situ Hibiridization (FISH) technique overcomes some difficulties that are found out in other molecular techniques, as it does not need DNA isolation and amplification steps and allows the identification of specific genes in intact cells. Thus, this study aimed at comparing the absence/presence of atrazine effect on bacteriological community structure in soil according to the phylogenetic aspect. Target probes were used on subdivisions of alpha, beta and gamma Proteobacteria, gram-positive bacteria with high G+C content, ammonia oxidizing bacteria, nitrite oxidizing bacteria and Planctomycetes. It was also used an AtzB1 specific probe to check the atzB gene presence, which makes part of s-triazine degradation. Bacteriological amount was determined by direct counting on epifluorescence microscopy, while the corresponding values to each probe were expressed in percentages of the total count with DAPI for each sample. According to this study, positive cells were found out for all probes used in both soils, but the abundance of all groups was lower in soil contaminated with atrazine herbicide, thereby demonstrating its negative influence. Planctomycetes was the most affected group with 57% lower abundance in contaminated soil. The nitrite oxidizing bacteria was the second most affected group followed by β-Proteobacteria. It was also detected the gene atzB presence, so, it can be inferred that there are potentially degrading s-triazine bacteria in both soils. / A remoção da contaminação química no solo e água é dependente principalmente da presença de uma comunidade microbiana capaz de degradar tais compostos. A existência de microorganismos capazes de metabolizar xenobióticos é de um considerável interesse evolucionário, uma vez que estes compostos são relativamente novos no planeta nas últimas cinco décadas. Pouco se sabe sobre a variação da estrutura da comunidade microbiana do solo em função da ausência e presença dos herbicidas s-triazínicos. Diferentemente dos métodos dependentes de cultivo, que requerem tempo para a detecção de bactérias, técnicas moleculares vem sendo desenvolvidas para o reconhecimento de espécies individuais em populações mistas em ambientes naturais. A técnica de Hibridização Fluorescente in situ (FISH) supera algumas dificuldades encontradas com outras técnicas moleculares, pois dispensa as etapas de isolamento e amplificação de DNA e permite a identificação de genes específicos em células intactas. Em virtude disso, o presente trabalho teve como objetivo comparar o efeito da ausência/presença de atrazina na estrutura da comunidade bacteriana do solo no aspecto filogenético. Foram utilizadas sondas alvo para as subdivisões de Proteobactéria alfa, beta e gama, bactérias Gram-positivas com alto teor de G + C e Betaproteobactérias oxidantes de amônia, Bactérias oxidantes de Nitrito e Planctomicetos. Também foi utilizada uma sonda específica AtzB1 para verificar a presença do gene atzB que está envolvido na degradação das s-triazínas. A abundância bacteriana foi determinada através de contagem direta em microscopia de epifluorescência, e os valores correspondentes a cada sonda foram expressos em porcentagem da contagem total com DAPI para cada amostra. No presente estudo células positivas para todas as sondas utilizadas foram encontradas em ambos os solos, porém a abundância de todos os grupos foi menor no solo contaminado com o herbicida atrazina, demonstrando dessa forma a influência negativa do mesmo, sendo o grupo mais afetado o dos Planctomicetos com uma abundância 57% menor em solo contaminado. O segundo grupo mais afetado foi o das bactérias oxidantes de nitrito seguido pelo grupo das β-Proteobactérias. Foi também detectado no presente estudo a presença do gene atzB demonstrando que em ambos os solos existem bactérias potencialmente degradadoras de s-triazinas.

Sistemas poliméricos para a liberação de fármacos associados à terapêutica periodontal convencional têm sido desenvolvidos e aplicados com algumas vantagens em comparação ao debridamento mecânico isolado. Um dispositivo de liberação lenta para uso em bolsas periodontais contendo metronidazol como princípio ativo, foi desenvolvido e testado quanto à sua eficácia no tratamento de pacientes com periodontite crônica. Dezesseis pacientes foram selecionados e aleatoriamente alocados aos seguintes tratamentos com 8 indivíduos por grupo: 1) raspagem e alisamento radicular (controle ativo) ou 2) raspagem e alisamento radicular + aplicação de gel contendo metronidazol a 15% (experimental). Os efeitos dos tratamentos foram avaliados pelo acompanhamento longitudinal de parâmetros clínicos (profundidade do sulco gengival à sondagem e nível clínico de inserção) e microbiológicos (análise da microbiota subgengival pela técnica da hibridização DNA-DNA Checkerboard). O monitoramento das concentrações de metronidazol no fluido gengival colhido dos pacientes que receberem o gel foi realizado pela cromatografia líquida de alta eficiência. Os resultados da análise das concentrações de metronidazol na bolsa periodontal demonstraram que o gel só pôde ser detectado em concentrações efetivas até uma hora depois da aplicação. Em relação à análise microbiológica, foi observada diferença significante entre os grupos, nos três tempos de avaliação (antes, 7 e 30 dias depois do tratamento). A análise intragrupos indicou redução significante na contagem bacteriana somente para o grupo tratado com o gel de metronidazol, após 7 dias do tratamento. Embora tenha sido detectada diferença entre os grupos nenhum deles foi capaz de eliminar ou reduzir com significância as espécies periodontopatogênicas. No que se refere aos parâmetros clínicos, ambas as terapias foram eficazes em promover a redução na profundidade à sondagem e o ganho no nível de inserção, sem benefício significante para o emprego do gel de metronidazol. / Polymeric systems for drug delivery have been developed and implemented with several advantages compared to conventional therapy. A slow-release device for use in periodontal pockets containing metronidazole as active principle, was developed and tested for its efficacy in treating patients with chronic periodontitis. Sixteen patients were randomly allocated to treatments with eight subjects per group: 1) scaling and root planing (active control) or 2) scaling and root planing + application of 15% metronidazole gel (experimental). Treatment effects were assessed by longitudinal clinical parameters (gingival sulcus depth probing and clinical attachment level) and microbiological (analysis of subgingival microbiota by the technique of checkerboard DNA-DNA hybridization). The monitoring of concentrations of metronidazole in the gingival fluid collected from the patients receiving the gel was performed by high performance liquid chromatography. The results of the analysis of concentrations of metronidazole in periodontal pockets showed that the gel could only be detected at effective concentrations until one hour after application. Regarding microbiological analysis there was significant difference between groups in the three evaluated times (before, 7 and 30 days after treatment). The intragroup analysis showed a significant decrease in bacterial count only for the group treated with metronidazole gel after 7 days of treatment. Although difference was detected between both groups, none of them was able to eliminate or significantly reduce the periodontopathogenic species. With regard to clinical parameters, both therapies were effective in promoting reduction in depth probing and gain in attachment level, without significant benefit to the use of metronidazole gel.

O Brasil é o segundo maior produtor de feijão, sendo a espécie mais cultivada o Phaseolus vulgaris L. Entre as três possíveis safras exploradas no Brasil, aquela que gera a maior produção é a da seca. Por outro lado, como a maioria das lavouras emprega pouca tecnologia, um dos problemas desta cultura é o estresse hídrico, que leva a uma redução na produtividade. Dessa forma, a identificação de genes que controlam os mecanismos de defesa e adaptação do feijoeiro à falta de água seria de grande utilidade. Nos últimos anos, muitas informações ômicas do feijoeiro foram geradas, criando uma visão integrada deste organismo e oferecendo uma complexa rede de interações entre genes e seus produtos. Este trabalho teve como objetivo central à identificação de genes diferencialmente expressos no sistema radicular de um genótipo de feijoeiro resistente ao estresse hídrico (BAT 477), quando submetido a uma interrupção de irrigação durante seu desenvolvimento. Foi construída uma biblioteca subtrativa de cDNA (SSH), que representou os genes diferencialmente expressos no genótipo resistente, utilizando-se como driver o genótipo Carioca 80SH (suscetível a seca). Foram obtidos 1572 reads válidos, sendo 931 destes singletons e 189 contigs com uma média de seis reads por cluster. A anotação das sequências foi conduzida via BLASTX, sendo consideradas para anotação somente os melhores resultados dos produtos gênicos similares com E- Value \'<OU=\' 10-5. A classificação funcional foi feita tendo-se como base modelos descritos para plantas (modelo CS e MIPS) e os resultados foram agrupados em seis classes funcionais distintas. As análises de bioinformática ajudaram na identificação de genes descritos como envolvidos na resposta da planta ao estresse hídrico. Entre eles: proteínas do grupo LEA; fatores de transcrição como DREB, NAC e proteínas ricas em leucina; enzimas sintetizadoras de carboidratos incluindo trehalose, sacarose e rhamnose; proteínas ricas em prolina; receptores de hormônios (ABA, etileno); aquaporinas; chaperonas; ubiquitinas; nodulinas; e proteínas associadas à fotossíntese e à respiração. A fim de se obter a validação das ESTs anotadas, foi conduzido um experimento de PCR em tempo real confrontando os padrões de expressão de 15 genes sob quatro tratamentos: ambos os genótipos sob estresse e respectivos controles. Três replicatas biológicas foram adotadas e dois genes de referência (act e skip2) foram escolhidos para normalização interna dos dados. Os padrões de expressão gênica obtidos confirmam a hipótese de que tais genes são mesmo mais expressos no genótipo resistente, embora não sejam exclusivos já que uma quantidade menor de tais transcritos também foi detectada no genótipo suscetível / Brazil is the second biggest producer of common bean, being Phaseolus vulgaris L. the most cultivated species. Among the three possible harvests exploited in Brazil, drought is the one which generates the greatest production. On the other hand, as the majority of the households employees low technology, one of the problems of this culture is drought stress that leads to a reduction in the productivity. So, the identification of gene that controls the mechanisms of defense and adaptation of common bean to the lack of water would be very useful. In the past years, many omics information of common bean have been generated, creating an integrated view of this organism and providing a complex network between genes and its products. The main goal of this work was the identification of differentially expressed genes in a genotype of common bean resistant to drought stress (BAT 477), when submitted to a interruption of irrigation during its development. It was build a cDNA suppression subtractive hybridization library (SSH), which represented the differentially expressed genes, on the resistant genotype, having as driver the genotype Carioca 80SH (susceptible to drought). It was obtained 1572 valid reads, being 931 singletons and 189 contigs, with the average of 6 reads per cluster. The sequences annotation was conducted via BLAST X, considering only the best similarity results with E value \'<OU=\' 10-5. The functional classification was done adopting models described for plants (CS and MIPS) and the results were grouped into six different functional classes. Bioinformatic analyses contribuited to the identification of genes described as involved on plants response to drought stress. Among them: LEA proteins; transcription factors like DREB, NAC and leucine-rich proteins; carbohydrates synthesizers enzymes like the ones for trehalose, sucrose and rhamnose; proline-rich proteins; hormone receptors (ABA and ethylene); aquaporins; chaperones; ubiquitins; nodulins; and proteins associated with photosynthesis and respiration. In order to validate the ESTs annotated, a RT-qPCR experiment was conducted comparing the expression patterns of 15 genes under four treatments: both genotypes under stress and their respective controls. Three technical replicates were used and two reference genes (act and skip2) were chosen for intern data normalization. The gene expression patterns obtained confirm the hypothesis that such genes are more expressed on the resistant genotype although they are not exclusive since a lower levels of these transcripts were also detected in the susceptible genotype

Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2017-06-20T21:26:27Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Soraya do Lago Albuquerque.pdf: 1446111 bytes, checksum: cdf2c1d720b9a3bba7d2ac186acae29b (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2017-06-23T16:07:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Soraya do Lago Albuquerque.pdf: 1446111 bytes, checksum: cdf2c1d720b9a3bba7d2ac186acae29b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-23T16:07:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Soraya do Lago Albuquerque.pdf: 1446111 bytes, checksum: cdf2c1d720b9a3bba7d2ac186acae29b (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / As literaturas pós-coloniais são caracterizadas por conceder voz aos marginalizados, aos considerados subalternos e minorias, para que esses, através das múltiplas vozes, expressas pela escrita literária possam se fazer ouvir e assim buscar a tão sonhada autonomia e significação enquanto sujeito histórico. É nesse contexto que estão inseridas as duas escritoras que são foco deste estudo que traçará por um viés comparativo um estudo entre obras de duas escritoras de países africanos: Paulina Chiziane, moçambicana e Toni Morrison, estadunidense e afrodescendente. Ambas expressam por meio da literatura os costumes de seu povo, desencadeando por meio das memórias um fluxo narrativo pelos rastros deixados pela oratura. A inserção da mulher no mundo literário foi uma das inovações das literaturas pós-coloniais dos países africanos e afrodescendentes, pois até então a mulher não expressava suas necessidades e muito menos indignações, notadamente pela construção social, política e histórica da sociedade patriarcal e sexista. Com a subjugação colonial muito menos ainda poderia ser ouvida. Ao contrário, as emoções foram silenciadas em seus recônditos, aguardando o instante para verter em emponderamento a voz na literatura e, em ação, as atividades políticas feministas. Acreditando nesse empoderamento dado à literatura pretendemos mostrar como as duas escritoras apropriam as suas personagens com ele e traça o diálogo com propostas de mudança e de subversão ao cenário no qual se encontram. / Postcolonial literatures are characterized by granting voice to the marginalized , who are considered subaltern and the minorities for those, through the multiple voices which are expressed by literary writing can be heard and so it can be able to find so awaited autonomy and significance as a historical human being . It is in this context that the two writers are inserted in which they are the focus of this study which intend to do a comparative study between the works of the two writers of African countries : Paulina Chiziane , moçambiquean and Toni Morrison , American and African descent . Both express through the literature the customs of their people , triggering memories through a narrative flow through the traces left by the orature . The women1s inclusion in the literary world was one of the innovations of postcolonial literatures of African countries and African descent ones because until there the woman neither express their needs nor their outrage , especially by the social building , political and historical of the patriarchal and sexist society. With the colonial subjugation it couldn’t be be heard at all. Instead of this, the emotions were muted in their secluded , waiting for the moment to change it into empowerment the voice in literature and, in action, the feminist political activities . Trusting in that empowerment which was given to the literature we intend to show how the two writers appropriated their characters with it and we also goal to get the dialogue with the changing proposals and the subversion of the setting in which they find themselves.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3434_Elementos pre-textuais.pdf: 238495 bytes, checksum: 038e364781dedc63c35cb9deef7e549c (MD5) Previous issue date: 2011-02-01 / Universidade Federal de Sao Carlos / The main objectives of this dissertation were to evaluate the risks of introduction of Euterpe oleracea in the Atlantic Rainforest and its influence over a native population of Euterpe edulis. We investigated the ecological and morphological features of these species also including pre-existing data about hybrids experimentally produced between them (Chapter 1). We did the populations sampling in two areas of Atlantic Rainforest, in southern São Paulo state: Carlos Botelho State Park (CBSP) and Ilha do Cardoso State park (ICSP). At CBSP, we sampled the co-occurring populations of E. edulis and E. oleracea and at ICSP we sampled the control population for E. edulis, which is free from E. oleracea introduction. We evaluated the characteristics of growth in diameter and height of these populations and its ontogenetic stages through the allometric relationships between diameter and height (Chapter 2). We also analyzed population ecology and distribution of these three species (Chapter 3). For the co-occurring populations we evaluated the fruit biometry and observed the frugivorous bird community (Chapter 3). Our results indicated that two Euterpe species may be well represented for the same ontogenetic stages and the three studied populations presented similar allometry. Concerning to population ecology we observed that E. edulis population at CBSP presents total individuals density lower that ICSP population. Both E. edulis populations do not show a significant aggregation. Population of E. oleracea shows a reduced N, high aggregated distribution and is also capable of dispersing itself outside the original range of plantation. We also observed that these species produce morphologically similar fruits but with different sizes, with bigger fruits from E. oleracea and smaller from hybrids. Finally, we detected that E. oleracea shares the same guild of frugivorous birds and may displace dispersers from E. edulis. We concluded that E. oleracea is capable to successfully establish, reproduce and disperse itself and, thus, it is an invasive species in Atlantic Rainforest. Its introduction affects ecological processes linked to pollination, gene fluxes and frugivore and seed dispersion. These changes may be related to genetic mixtures of populations and decreasing of population of E. edulis. Finally, the introduction of E. oleracea may perform one more threat to maintenance of E. edulis populations, which are already threatened by over exploitation. / Os objetivos principais desta dissertação foram avaliar os riscos da introdução de Euterpe oleracea na Floresta Ombrófila Densa Atlântica e sua influência sobre uma população nativa de Euterpe edulis. Para isso, levantamos as características morfológicas e ecológicas destas espécies, incluindo também dados pré-existentes sobre os híbridos produzidos experimentalmente entre elas (Capítulo 1). Realizamos a amostragem das populações em dois locais de Floresta Ombrófila Densa Atlântica, no sul do estado de São Paulo: O Parque Estadual Carlos Botelho (PECB) e o Parque Estadual Ilha do Cardoso (PEIC). No PECB, amostramos as populações co-ocorrentes de E. edulis e E. oleracea e no PEIC amostramos a população controle de E. edulis, que se encontra sem a presença de E. oleracea. Avaliamos as características de crescimento em diâmetro e em altura destas populações e de seus estádios ontogenéticos através das relações alométricas entre diâmetro e altura (Capítulo 2). Analisamos também a ecologia populacional e distribuição espacial das três populações. (Capítulo 3). Para as duas espécies co-ocorrentes avaliamos a biometria de frutos e a observação da comunidade de aves frugívoras (Capítulo 3). Nossos resultados indicaram que as duas espécies de Euterpe podem ser representadas pelos mesmos estádios ontogenéticos e as três populações estudadas apresentam relações alométricas similares. Quanto à ecologia populacional, observamos que a população de E. edulis do PECB apresenta menor densidade total de indivíduos do que a população do PEIC. Ambas não apresentam agregação significativa. A população de E. oleracea apresenta N reduzido, grande agregação e ainda é capaz de se dispersar além da área inicial do plantio. Observamos ainda que as espécies produzem frutos morfologicamente similares, mas com tamanhos maiores em E. oleracea e menores no híbridos. Finalmente, detectamos que E. oleracea compartilha a mesma guilda de aves frugívoras e pode deslocar dispersores de E. edulis. Concluímos que E. oleracea é capaz de se estabelecer, reproduzir e dispersar com sucesso e que, portanto, é uma espécie invasora na Floresta Atlântica. Sua introdução afeta os processos ecológicos locais ligados à polinização, aos fluxos gênicos e à frugivoria e dispersão de sementes. Tais alterações podem estar relacionadas à mistura gênica das populações e à diminuição de visitas das populações de E. edulis. Por fim, a introdução de E. oleracea pode constituir mais uma ameaça à manutenção das populações de E. edulis, que já se encontram ameaçadas pela exploração predatória.

Submitted by Bruna Rodrigues (bruna92rodrigues@yahoo.com.br) on 2016-09-27T14:16:35Z No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T14:11:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T14:11:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-10T14:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) Previous issue date: 2015-11-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Parodontidae comprises the genera Parodon, Apareiodon e Saccodon, including 32 valid species. Of these, 16 occur in Brazil, and only ten defined at species level and one at genus level possess available chromosomal data. Due to the lack of cytogenetic data of Parodontidae species from the Tocantins-Araguaia and Jaguaribe river basins, this study analyzed by cytogenetic (classical and molecular) and molecular (DNA Barcode) methods six populations from the Tocantins-Araguaia river basin (Apareiodon cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, Apareiodon machrisi, Apareiodon argenteus and Parodon cf. pongoensis) and one species from the Jaguaribe river basin (Apareiodon davisi), in order to contribute to the knowledge of the genetic diversity of the family and assist in the understanding of chromosome evolution of this fish group. For all of the Apareiodon analyzed species was identified conservation in diploid number, distribution pattern of heterochromatic blocks and dispersion pattern of repetitive fraction WAp. However, karyotype formula, active nucleolar organizer regions, location of ribosomal genes 45S and 5S and distribution of satellite DNA pPh2004 sites shown to be variable among the species. The (GATA)n and telomeric (TTAGGG)n sequences exhibited similar pattern in A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2 and A. machrisi. In this work, we described the first reports of ribosomal genes co-location for Parodontidae, being observed in A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi and A. davisi, and also the polymorphism involving the two ribosomal sequences of A. davisi. Analysis of histones H1 and H4 localization represent the first study of histone genes in the family and showed that the seven collected species have co-location of these sequences in a chromosome pair, occuring one additional site of H1 in A. davisi, and dispersed sites of this sequence by the chromosomes of the species. Chromosomal analysis and DNA Barcode performed in A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2 and A. machrisi showed recent divergence among these individual groups, suggesting that Apareiodon sp. 2 is a possible new species, and Apareiodon sp. 1 is a population of A. machrisi. This work contributed to the knowledge of the genetic diversity of viii Parodontidae, presenting unpublished chromosomal and molecular data of this family. General analysis of chromosomal data of this family revealed conservation of karyotype macrostructure, however, more detailed analyzes indicated the occurrence of a great variety of chromosomal microstructural level. The results presented in this study, along with that available in literature, indicated that this microstructure chromosome diversity is clearly linked to repetitive DNAs dynamics. / Parodontidae é composta pelos gêneros Parodon, Apareiodon e Saccodon, incluindo 32 espécies consideradas válidas. Destas, 16 ocorrem em território brasileiro e apenas 11 possuem dados cromossômicos disponíveis. Considerando a escassez de dados citogenéticos para espécies de Parodontidae das bacias dos rios Tocantins-Araguaia e Jaguaribe, o presente trabalho analisou através de metodologias citogenéticas (clássicas e moleculares) e moleculares (DNA Barcode) seis populações da bacia dos rios Tocantins-Araguaia (Apareiodon cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, Apareiodon machrisi, Apareiodon argenteus e Parodon cf. pongoensis) e uma espécie da bacia do rio Jaguaribe (Apareiodon davisi), com o intuito de contribuir para o conhecimento da diversidade genética da família e auxiliar na compreensão da taxonomia e evolução cromossômica desse grupo de peixes. Para todas as espécies de Apareiodon analisadas, foi identificada conservação no número diploide, padrão de distribuição de heterocromatina e padrão de dispersão da fração repetitiva WAp. Entretanto, a fórmula cariotípica, as regiões organizadoras de nucléolo ativas, a localização dos genes ribossomais 45S e 5S e a distribuição dos sítios do DNA satélite pPh2004 mostraram-se variáveis entre as espécies. As sequências (GATA)n e telomérica (TTAGGG)n exibiram padrão similar para A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi. No presente trabalho foram descritos os primeiros relatos de co-localização de genes ribossomais para Parodontidae, sendo observados em A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi e A. davisi, e também do polimorfismo envolvendo as duas sequências ribossomais verificado em A. davisi. As análises da localização das sequências das histonas H1 e H4 representam os primeiros dados de genes histônicos para a família e evidenciaram para as sete espécies coletadas a ocorrência de co-localização destas sequências em um par cromossômico, ocorrendo um sítio adicional de H1 em A. davisi, e sítios dispersos dessa sequência pelos cromossomos das espécies. Análises cromossômicas e de DNA Barcode realizadas para A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi evidenciaram divergência recente entre esses grupos de indivíduos, vi sugerindo que Apareiodon sp. 2 represente uma possível espécie que carece de descrição taxonômica e Apareiodon sp. 1 seja uma população de A. machrisi. O presente trabalho contribuiu para o conhecimento da diversidade genética de Parodontidae, apresentando dados cromossômicos e moleculares inéditos desta família. Análises gerais dos dados cromossômicos conhecidos para a família revelam conservação da macroestrutura cariotípica, entretanto, análises mais detalhadas evidenciam a ocorrência de uma grande diversidade cromossômica em nível microestrutural. Os resultados apresentados no presente trabalho, juntamente aos disponíveis em literatura, indicam que esta diversidade da microestrutura cromossômica encontra-se claramente associada à dinâmica dos DNAs repetitivos. / 2012/15258-0

Made available in DSpace on 2015-05-14T12:39:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 714136 bytes, checksum: 4448eb70b1d25546b647fd8be4ebc5f2 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Along our study we discuss the construction of the protagonists of two narratives: O Barão de Lavos (1891), by the Portuguese writer Abel Botelho, and Bom-Crioulo (1895), by the Brazilian writer Adolfo Caminha. In both narratives, male homosexuality and hibridity are negatively portrayed through the naturalist perspective, being classified as abnormal and dangerous since they oppose the objectives of the civilizing project that would be implemented in Brazil and in Portugal. Thus, comparative readings of both novels allow us to recognize the way socially rejected masculinities as well as hybridity were integrated to the optic of colonial desire proposed by the civilizing project of the 19th century. In this way, in both narratives homosexuality appears attached to the (hybrid) baron of Lavos and to the (black) Bom Crioulo as marks of rejection and marginalization generally imputed to any sexuality or race opposed to the heterosexual model. Even the genetic formation of both characters made it impossible for them to participate of the future republican project desired by Portugal and Brazil. The very negative markers that were imputed on these two literary figures because of social, cultural and political reasons, masqueraded as genetic heritage, were the reasons for the development of our alternative reading of these narratives, an analysis that used cultural studies and gender studies as its theoretical foundations. In respect to the heterocentrist and white model recognized in several naturalist narratives, which here aimed, through the voice of narrators, to identify the Baron and Bom-Crioulo as transgressors, in our study we indicate the possibility of diverse expressions of subjectivity, showing how different these can be from the narrow limits offered by the imposed hegemonic culture. This space for a different reading came through the oscillations and ambiguities present in voice of naturalist narrator. / Neste trabalho discutimos como são moldados os protagonistas das narrativas O Barão de Lavos, do português Abel Botelho, e Bom-Crioulo, do brasileiro Adolfo Caminha. Nestas, as homossexualidades masculinas e a hibridização aparecem negativamente marcadas pelo olhar naturalista dos narradores, que as adjetivam de anormais e perigosas por serem antagônicas aos objetivos do processo civilizatório que deveriam ser implantados em Portugal e no Brasil do século XIX. Assim, a leitura dos respectivos romances pelo viés comparativo, permite que reconheçamos de que forma as masculinidades socialmente rejeitadas e a mistura racial estavam integradas à ótica do desejo colonial proposto. Deste modo, nas duas narrativas, as homossexualidades do híbrido Barão e do negro Bom-Crioulo, lhes são atribuídas como forma de rejeição e marginalização por serem manifestações contrárias à heterossexualidade compulsória. As respectivas formações genéticas destes personagens retiravam deles o direito de participar dos futuros projetos republicanos objetivados para Portugal e Brasil. Os marcadores negativos imputados a estas personagens literárias por questões sociais, culturais e políticas, mascaradas como herança genética, provocaram o desencadear de nossa análise, que se apoiou nos estudos culturais e de gênero. Assim, em relação ao reconhecido modelo heterocentrista e branco marcadamente presente nas narrativas naturalistas, que pretendeu, através de seus narradores, enquadrar o Barão e Bom- Crioulo como transgressores, indicamos em nosso estudo as diversas possibilidades de manifestação das subjetividades e como essas podem ir além das fronteiras da cultura imposta pela perspectiva do dominante, especificamente pela oscilação ou ambiguidade sempre possível na voz narrativa naturalista.

Erythrovirus B19 infects erythrocytic progenitor cells, leading to a transient interruption of erythropoiesis. It is the causal agent of several clinical syndromes, including erythema infectiosum and its associated (or isolated) joint symptoms; transitory aplastic crisis of individuals with hemolytic anemias; non-immune hydrops fetalis; and the chronic anemias of immunosuppressed patients, including those with AIDS. In this latter setting, erythrovirus B19 assumes certain importance, as it is, among the innumerable causes of anemia in AIDS, a treatable one. Aiming at to look for evidences of erythrovirus B19 infection, bone marrow stored material from 42 autopsies (49 paraffin blocks) and 36 biopsies (48 paraffin blocks from 31 patients)underwent histopathological examinations and immunohistochemical and in situ hybridization tests. As a whole, 97 paraffin blocks, from autopsies and necropsies done from 1988 to 2002, were examined. Eighty-five sections were stained with hematoxylin-eosin (HE) and examined under optical microscopy. In 20 out of these blocks intra-nuclear inclusion bodies displacing the chromatin to the periphery (lantern cells), suggestive of erythrovirus B19 infection, were noticed. Eighty-seven sections were also subjected to immunohistochemistry, in which ten were deemed positive. The immunohistochemistry was repeated in these ten sections and seven were again considered positive (two from necropsy material, plus five biopsies from four patients). Nine out of the 10 originally mmunohistochemistry positive sections were also subjected to in situ hybridization, with three positives, one of them strongly. Nine other sections, taken among those that were positive under HE, were also subjected to in situ hybridization, where four were considered positive. Among the techniques used in this study, the most easy-to-do was microscopy of HE-stained sections, the lantern cells being, as described in the literature, easily seen. Most bone marrow sections were normocellular or hypocellular, and many had myelodysplastic changes, plasma cell infiltrates, histiocytosis, and hyperplasia of megacaryocytes, with immature and dysmorphic forms. In spite of the tests being done blindly, there was a regular agreement between HE and immunohistochemistry results, as the percentage of HE positive sections were far greater among the immunohistochemistry positive ones. Among the 15 sections subjected to the three techniques used in the study, only one gave unequivocal positive results with all three. The use of immunohistochemistry and in situ hybridization in the diagnosis of erythrovirus B19 infections in paraffin-stored bone marrow material deserves further study. The frequency of erythrovirus B19 infection in the examined material can be deemed low. / O eritrovírus B19 infecta precursores eritrocíticos, determinando a interrupção temporária da eritropoese. É o agente causal de várias síndromes clínicas, entre as quais: o eritema infeccioso e os quadros articulares que o acompanham (ou que surgem isoladamente); a crise aplástica transitória dos indivíduos com anemias hemolíticas; a hidropisia fetal não imune; e as anemias crônicas dos pacientes imunossuprimidos, incluindo aqueles com AIDS. Nesse último contexto a infecção pelo eritrovírus B19 reveste-se de certa importância, por tratar-se, dentre as inúmeras causas de anemia em pacientes com AIDS, de uma infecção passível de tratamento. Com o intuito de investigar as evidências de infecção pelo eritrovírus B19, o material estocado das medulas ósseas de 42 necropsias (49 blocos de parafina) e 36 biópsias (48 blocos de parafina, de 31 pacientes) foi submetido a exame histopatológico, imunoistoquímica e hibridização in situ. No total, foram estudados 97 blocos de parafina, provenientes de biópsias e necropsias realizadas entre 1988 e 2002. Oitenta e cinco cortes foram corados pela hematoxilina-eosina (HE) e examinados à microscopia óptica. Em vinte desses blocos foi observada a presença de corpúsculos de inclusão intranucleares eosinofílicos, deslocando a cromatina para a periferia, sugestivos de infecção por eritrovírus B19 (células em lanterna). Oitenta e sete cortes foram também submetidos a imunoistoquímica, sendo que dez cortes foram considerados positivos. A imunoistoquímica foi repetida nesses dez cortes, e sete foram novamente positivos (dois de material de necropsia, mais cinco biópsias de quatro pacientes). Nove dos dez cortes inicialmente positivos à imunoistoquímica foram também submetidos a hibridização in situ sendo três deles positivos, um deles fortemente. Nove outros cortes, escolhidos por terem sido positivos à HE, foram também submetidos a hibridização in situ, sendo quatro considerados positivos. Das técnicas empregadas no presente estudo, a de mais fácil realização foi o exame microscópico dos cortes corados à HE, sendo as células em lanterna de fácil visualização, conforme padrão descrito na literatura. A maior parte das medulas era normo ou hipocelular e muitas continham alterações mielodisplásicas, plasmocitose, histiocitose e hiperplasia dos megacariócitos, com formas imaturas e dismórficas. Apesar de os exames terem sido conduzidos de modo cego, houve regular concordância entre os resultados da HE e os da imunoistoquímica, uma vez que o percentual de lâminas positivas à HE foi bem maior entre as lâminas positivas à imunoistoquímica. Dos 15 cortes submetidos às três técnicas empregadas no estudo, apenas um corte mostrou resultados positivos inequívocos em todas elas. O emprego de imunoistoquímica e da hibridização in situ no diagnóstico da infecção pelo eritrovírus B19 em material de medula óssea estocado em parafina merece estudos adicionais. A freqüência de infecção por eritrovírus B19 pode ser considerada baixa no material examinado.

Orientador: Pedro Duarte Novaes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-10T13:01:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Salmon_CristianeRibeiro_D.pdf: 2931255 bytes, checksum: 8d0caff547f7c76dee5ed900784d683c (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O ligamento periodontal de incisivos de ratos é um tecido conjuntivo com a função de ancoragem, suporte do dente e provável papel na erupção dental. Esse tecido possui um alto grau de remodelação, cujo colágeno tipo I (Col-1) é um dos seus componentes principais. As metaloproteinases (MMPs) são enzimas que estão presentes no ligamento periodontal e degradam quase todos os constituintes da matriz extracelular. Alterações nas condições funcionais do dente podem provocar mudanças no metabolismo das células do ligamento, modificando o balanço entre a síntese das proteínas da matriz extracelular e a degradação pelas MMPs. O objetivo desse estudo é quantificar a expressão de mRNA de Col-1, MMP-2, MMP- 8, MMP-14, TIMP-1 e TIMP-2, identificar as células que expressam esses mRNAs e a localizar as proteínas no ligamento periodontal de incisivos de ratos submetidos a condições funcionais alteradas experimentalmente. Ratos Lewis machos foram utilizados, subdivididos em 4 grupos de acordo com as seguintes condições funcionais a que os incisivos inferiores foram submetidos por um período de 7 e 14 dias: normofuncional, hiperfuncional, hipofuncional e erupção contida. Os incisivos foram extraídos e o ligamento periodontal coletado por meio de leve raspagem de suas superfícies distal, lingual e mesial. Após a extração do RNA total e a síntese de cDNA, foi feita a quantifição relativa por PCR em Tempo Real. Para a localização do mRNA e das proteínas de interesse no ligamento periodontal foram utilizadas as técnicas de hibridização in situ e imunohistoquímica, utilizando-se 5 ratos para cada condição funcional e por período. Decorridos os tempos os animais foram sacrificados, tiveram as hemimandíbulas removidas, fixadas e processadas para a obtenção de cortes histológicos transversais. A análise da expressão gênica mostrou uma redução nos níveis de mRNA para o Col-1, MMPs e TIMPs em todos os grupos experimentais quando comparados ao normofuncional. Redução significativa foi encontrada nos grupos tratados por 7 dias, e houve aumento dos níveis de mRNA aos 14 dias para os genes estudados. Aumento significante nos níveis de mRNA (p<0,05) foi encontrado somente para MMP-2 no grupo hipofuncional por 7 dias. A redução (p<0,05) dos níveis de MMP- 8 no grupo contido por 7 e 14 dias parece estar relacionada ao aumento do inibidor TIMP-1. As MMPs e TIMPs citadas foram localizadas no ligamento periodontal e os resultados sugerem que esses genes são expressos por fibroblastos, cementoblastos, osteoblastos e osteoclastos. O Col-1 foi imunolocalizado no ligamento periodontal na região junto ao osso alveolar, enquanto a TIMP-2 estava mais concentrada na região adjacente ao dente. Os resultados sugerem que as alterações nas condições funcionais dos incisivos de rato provocam uma modificações no metabolismo do ligamento periodontal pelas mudanças nos níveis de expressão de Col-1, MMPs e TIMPs, ocorrendo picos de aumento ou redução da expressão com tendência de retorno à normalidade. O balanço entre a produção de Col-1, MMPs e TIMPS parece ter um importante papel no controle da taxa de erupção dos incisivos de ratos / Abstract: Periodontal ligament is a connective tissue that provides anchorage and support to the tooth, and it has a probable role in the tooth eruption. The extracelular matrix consists predominantly of collagen type I (Col-1) and the turnouver of collagen fibers is intense. Matrix metalloproteinases (MMPs) are members of a family of enzymes capable to degrade almost all components of the extracellular matrix. They are present in the periodontal ligament. It is supposed that tooth functional conditions alterations may promote changes in the metabolism of periodontal ligament cells, modifying the balance between the synthesis of extracellular matrix proteins and their degradation by MMPs. The aim of the present study is to quantify the levels of mRNA of Col-1, MMP-2, MMP-8, MMP-14, TIMP-1 and TIMP-2, identify the cells expressing these mRNA and locate these proteins in the periodontal ligament of rat incisors submitted to altered functional conditions. Lewis male rats were randomly assigned to 4 groups and their lower incisors were submitted to different functional conditions: normofunctional, hipofunctional, hiperfunctional and restraint, during 7 or 14 days. The teeth were extracted and the periodontal ligament was collected by gently scaling of the distal, lingual and mesial tooth surface. Total RNA was extracted and the synthesis of the cDNA was performed for Relative PCR Quantification. In situ hybridization and immunohistochemistry were performed to detect the cell expression and the proteins localization in the periodontal ligament. Five rats for each functional condition were sacrified after 7 and 14 experimental days.The rat hemimandubles were removed for histological processing to obtain 3µm transversal sections. Analysis of the expression of Col-1, MMPs and TIMPs showed a down-regulation for all genes in the groups studied in relation to the normofuctional group. Significant down-regulation (p<0,05) was found in the groups treated during 7 days, and increased levels of mRNA was related to 14 days of treatment. Significant increased levels of mRNA (p<0,05) were found only for MMP-2 to the hipofunctional group at 7 days. Reduction (p<0,05) of the levels of mRNA for MMP-8 in the restraint group at 7 and 14 days seems to be related to the increased levels of its inhibitor, TIMP-1. MMPs and TIMPs were found been expressed in the periodontal ligament by fibroblasts, cementoblasts, osteoblasts and osteoclasts. Col-1 was localized at the region adjacent to the alveolar bone, whereas TIMP-2 was concentrated adjacent to the tooth region of the periodontal ligament. The results obtained suggest that the alterations on the functional conditions of the rat incisors produce changes in the metabolism of the periodontal ligament tissue by changing the levels of COL-1, MMPs and TIMPs. Up-regulation peaks or downregulation peaks seem to be conduced to the normal levels of expression along the experimental time. The balance between production of Col-1, MMPs and TIMPs may have an important role in the control of the eruption rate of rat incisors / Doutorado / Histologia e Embriologia / Doutor em Biologia Buco-Dental