Orientador: Maria Aparecida Custódio Domingues / Banca: Maria Cláudia Nogueira Zerbini / Banca: Roberto Antonio Pinto Paes / Banca: Alexandre Todorovic Fabro / Banca: Elida Paula Benquique Ojopi / Resumo: Introdução: Linfomas Double-Hit (LDH) são neoplasias de alto grau raras, caracterizadas pela translocação do gene MYC concomitante a translocação envolvendo os genes BCL2 e/ou BCL6, cujo diagnóstico depende da realização de exame citogenético, técnica de baixa disponibilidade e elevado custo. Diante disso, tem-se valorizado a identificação de fatores morfológicos e/ou imunofenotípicos que tenham associação com a detecção de tais translocações diagnósticas. Objetivos: Identificar pacientes portadores de LDH em casuística de linfomas Não-Hodgkin de alto grau e avaliar as associações entre os resultados citogenéticos imunoistoquímicos (IHQ) relativos aos marcadores MYC, BCL2 e BCL6. Material e Métodos: Procedeu-se revisão clínico-morfológica de 120 pacientes com diagnóstico de linfoma difuso de grandes células B (LDGCB) e linfoma de Burkitt (LB), com confecção de plataforma de tissue microarray (TMA) para realização IHQ (CD20, CD79a, PAX5, CD10, BCL6, BCL2, MUM1, TDT e c-MYC) e hibridação por fluorescência in situ (FISH) para detecção de translocações dos genes c-MYC, BCL6 e BCL2. Resultados: Detectaram-se três pacientes portadores de LDH: dois com translocações de MYC e BCL2 e um com translocações de MYC e BCL6, todos evoluindo para óbito em menos de seis meses. Entre 90 amostras com citogenética avaliável, houve associação entre IHQ e FISH para MYC (p=0,036) e BCL2 (p=0,001), com concordância regular indicada por valores de Kappa de 0,23 [0,0;0,49] e de 0,35 [0,13;0,56], respectivamente. No grupo de LDGCB (n=72), as translocações envolvendo individualmente os genes MYC, BCL6 e BCL2 representaram 4,1%, 12,5% e 15,2%, respectivamente, sendo a morfologia de céu estrelado fortemente associada à detecção de translocações do gene MYC (p=0,01). Conclusão: A detecção de apenas três pacientes portadores de LDH na casuística estudada, todos com evolução para óbito, corrobora... / Abstract: Background: Double-Hit Lymphomas (DHL) are rare high-grade neoplasms characterized by the translocation of gene MYC to other translocations involving genes BCL2 and/or BCL6, whose diagnosis depends on the cytogenetic examination, a technique with low availability and high cost. Therefore, it has been valued the identification of morphologic and/or immunophenotypic factors that have association with the detection of those translocations. Objectives: To identify DHL patients in group of high grade non-Hodgkin lymphoma (NHL-B) and evaluate the associations between the cytogenetic and immunohistochemical (IHC) results for the MYC, BCL2 and BCL6 markers. Design: Clinical and morphological review of 120 patients diagnosed with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and Burkitt lymphoma (BL) was proceeded, with production of a tissue microarray platform (TMA) to perform IHC (CD20, CD79a, PAX5, CD10, BCL6, BCL2, MUM1, TDT and c-MYC) and fluorescence in situ hybridization (FISH) for detection of c-MYC, BCL2 and BCL6 gene translocations. Results: Three patients with DHL were detected: two with translocations of MYC and BCL2 and one with translocations of MYC and BCL6, all leading to death in less than six months. Among 90 cytogenetically evaluable samples, associations were determined between IHC and FISH for MYC (p=0.036) and BCL2 (p=0.001), though with regular compliance testing, indicated by Kappa value of 0.23 [0.0;0.49] and 0.35 [0.13;0.56], respectively. In the DLBCL group (n=72), MYC, BCL6 and BCL2 translocations were present in 4.1%, 12.5% and 15.2%, respectively. "Starry sky" morphology was strongly associated with MYC positivity (p=0.01). Conclusion: The detection of only three DHL patients in this series, all evolving to death, confirms the rarity and aggressiveness of this neoplasm. The morphological pattern "starry sky" and the expression by IHC of MYC and BCL2 can represent possible selection factors for the ... / Doutor

Orientador: Danilo Moretti-Ferreira / Coorientador: Deise Helena de Souza / Banca: Claudia Aparecida Rainho / Banca: Ester Silveira Ramos / Resumo: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) é uma rara afecção genética, caracterizada por varias anormalidades físicas, incluindo dismorfismos faciais, anomalias cardiovasculares, deficiência intelectual e de crescimento, perfil cognitivo característico e ocasionalmente, hipercalcemia infantil transitória, com prevalência de 1/7500. A etiologia da SWB é uma deleção hemizigótica de genes contíguos na região cromossômica 7q11.23. Os tamanhos das deleções mais comum são de 1,5 e 1,8 Mb e abrangem 28 genes. O mecanismo de deleção esta diretamente ligado a regiões cromossômicas repetitivas, denominadas Low Copy Repeats (LCR). Estas regiões repetitivas estão distribuídas por todo genoma, constituindo cerca de 5% de seu total e são o substrato para as recombinações cromossômicas (crossing-over) durante o processo meiótico. Em algumas ocasiões o processo de recombinação pode ocorrer de maneira desigual entre homólogos não alélicos (nonallelic homologous recombination - NAHR), o que pode resultar na deleção, duplicação ou inversão de um gene ou mais genes. Inversões balanceadas podem acarretar em um polimorfismo hemizigótico, tendo sido verificado que a região critica para SWB esta invertida (SWBinv-1) com maior frequência entre genitores de indivíduos com SWB. Dados da literatura sugerem que indivíduos portadores da inversão SWBinv-1 tem uma probabilidade de 22-25% de terem um filho com SWB, comparado com a população geral (5,8%). Nós desenvolvi mos uma estratégia para triagem de possíveis portadores de SWBinv-1, dentre os genitores de indivíduos com SWB, para podermos verificar a frequência desta inversão tanto em pais de crianças com SWB como entre pais de crianças sem SWB no Brasil. Desta forma foram realizadas analises de núcleos interfásicos em esfregaço de sangue pela técnica de hibridação"in situ" por fluorescência (FISH) e comparamos com ... / Abstract: The Williams-Beuren syndrome (WBS) is a rare genetic disorder characterized by various physical abnormalities, including facial dimorphisms, cardiovascular abnormalities, intellectual disability and growth characteristic cognitive profile and occasionally transient infantile hypercalcemia, with a prevalence of 1/7500 . The etiology of SWB is a hemizygous deletion of contiguous genes at chromosome region 7q11.23. The most common sizes of deletions are 1.5 and 1.8 Mb and encompass 28 genes. The mechanism of deletion is directly linked to repetitive chromosomal regions, called Low Copy Repeats (LCR). These repetitive regions are distributed throughout the genome, constituting about 5% of its total and are the substrate for chromosomal recombination (crossing-over) during the meiotic process. In some instances the process of recombination can occur unevenly among homologous non-allelic (homologous recombination nonallelic - NAHR), which can result in deletion, duplication or inversion of a gene or more genes. Balanced inversions can result in a hemizygous polymorphism has been found that the critical region for this inverted SWB (SWBinv-1) with greater frequency among parents of individuals with WBS. Published data suggest that individuals inversion SWBinv-1 has a 22-25% chance of having a child with SWB, compared with the general population (5.8%). We we developed a strategy for screening potential carriers SWBinv-1, among the parents of individuals with WBS, so we can check the frequency of this inversion in both parents of children with SWB as between parents of children without SWB in Brazil. Thus analyzes of interphase nuclei were performed on blood smear by technique hybridization "in situ" by fluorescence (FISH) analysis and compared to metaphase and interphase lymphocyte culture. Were part of the sample group and 38 couples in the control group 20 couples. Of the 38 couples in the sample group ... / Doutor

Submitted by JOSIANE SANTOS DE OLIVEIRA (josianeso) on 2017-10-16T11:15:43Z No. of bitstreams: 1 Alan Ricardo Dal Pizzol_.pdf: 2381946 bytes, checksum: 2f29a6e04f5f1d6b8052775644c0e64a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-16T11:15:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alan Ricardo Dal Pizzol_.pdf: 2381946 bytes, checksum: 2f29a6e04f5f1d6b8052775644c0e64a (MD5) Previous issue date: 2017-08-29 / Nenhuma / Esta dissertação propõe-se a buscar a compreensão de como a Subcultura Nerd se atualiza através do consumo de referências culturais. Para isso, elencamos uma narrativa chamada Crônicas de Ghanor (2013), um produto cultural desenvolvido em várias mídias, mas que teve seu início em um jogo de tabuleiro gravado e disponibilizado pelo Grupo Jovem Nerd, a maior empresa nacional voltada a conteúdos Nerds. Para o desenvolvimento da pesquisa, utilizamos a Teoria Fundamentada (FRAGOSO; RECUERO; AMARAL, 2015), para catalogar todas as referências culturais encontradas na construção da narrativa dos Podcasts das Crônicas de Ghanor, ao mesmo tempo que utilizamos o método criado por Gelder e Thornton (1997) para compreendemos como se dá a atualização do Nerd, através da perspectiva da própria subcultura. Para o debate são convidados os autores Bourdieu (1982), Burke (2013) e García Canclini (2008). Sob a ótica do capital cultural e suas trocas simbólicas, criamos uma discussão sobre a hibridização das referências culturais que compõe o produto das Crônicas de Ghanor e de seus consumidores. Como resultados desse processo, dissertamos sobre como a atualidade da subcultura se legitima pela sua própria visão, e entendemos que se trata de uma subcultura em processo. O produto em si não parece ter hibridização, através do entendimento do capital cultural, enquanto a subcultura demonstra que sua formação é híbrida, em processo – e deve refletir em futuros produtos de consumo. / This dissertation proposes to seek the understanding of how the Subculture Nerd is updated through the consumption of cultural references. To do this, we analyze the narrative of Chronicles of Ghanor (2013), a cultural product developed in various medias, but which began in a board game recorded and made available by the Jovem Nerd Group, the largest national company focused on Nerd content. For the development of the research, we used the Grounded Theory (FRAGOSO; RECUERO; AMARAL, 2015) to catalog all the cultural references found in the Chronicles of Ghanor podcasts, while using the method created by Gelder and Thornton (1997), to understand how is updated the Nerd concept, through the perspective of the subculture itself. For the debate are invited the authors Bourdieu (1982), Burke (2013) and García Canclini (2008). From the perspective of cultural capital and its symbolic exchanges, we have created a discussion about the hybridization of the cultural references that makes up of the Chronicles of Ghanor and its consumers. As a result of this process, we have discussed how the current subculture legitimizes itself by its own vision, and we understand that it is a subculture in process. The product itself does not appear to hybridize through the understanding of cultural capital, while the subculture demonstrates that its formation is hybrid, in process – and should reflect in future Nerd products.

A história de domesticação da cana-de-açúcar (Saccharum spp.) é atípica. As variedades modernas derivam de um processo que inclui hibridações entre a espécie domesticada S. officinarum e a silvestre S. spontaneum, sucessivos retrocruzamentos, no sentido de recuperar o genoma de S. officinarum e a seleção de progênies superiores. Além disso, as genealogias contemplam cruzamentos entre genótipos e eventualmente espécies, todos com elevado grau de ploidia e número de cromossomos distintos, assim como aneuploidias. Frente ao exposto, este trabalho teve como objetivos estabelecer o número de cromossomos e avaliar o comportamento meiótico da cultivar IACSP93-3046, bem como, identificar as associações cromossômicas em meiose I dos genótipos IACSP93-3046, IACSP95-3018 e de um representante de S. officinarum, Caiana Fita, pela marcação dos centrômeros usando FISH. O número de cromossomos da cultivar IACSP93-3046 foi determinado a partir de preparações do meristema radicular, pré-tratado com 8-hidroxiquinolina (0,03%, 4h), e corado pelo método de Feulgen. As células metafásicas foram analisadas sob microscopia óptica, preferencialmente intactas e com o mínimo de sobreposição de cromossomos. Para a análise do comportamento meiótico utilizou-se a técnica de esmagamento, e as células foram coradas com carmim propiônico. Foram observadas as fases meióticas desde a metáfase I até a telófase II, bem como as tétrades. O pareamento cromossômico em meiose I foi analisado usando a técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH). Para tanto, preparações dos genótipos IACSP93-3046, IACSP95-3018 e Caiana Fita foram realizadas pelo gotejamento de uma suspensão de células em diacinese. As sondas foram obtidas por PCR a partir da amplificação da região centromérica de cana-de-açúcar, marcadas com digoxigenina-11-dUTP, por nick translation, e detectadas com anti-digoxigenina-rodamina. As lâminas foram montadas em DAPI-Vectashield e analisadas sob microscopia de fluorescência. O número diplóide 2n = 112 foi observado para a cultivar IACSP93-3046, sendo caracterizado pela primeira vez neste estudo. A microsporogênese de IACSP93-3046 apresentou elevado percentual de irregularidades (68%). De modo geral, as anormalidades foram relativas à segregação dos cromossomos, e incluíram migração precoce para os polos em metáfase I e II, cromossomos retardatários em anáfase (I e II) e em telófase (I e II), cromossomos perdidos em prófase II, e micronúcleos nas tétrades. A análise dos sítios de hibridização permitiu comprovar que os cromossomos se associam predominantemente como bivalentes em IACSP93-3046, IACSP95-3018 e Caiana Fita. As irregularidades na segregação dos cromossomos conduzem a micrósporos aneuploides, como constatado em IACSP93-3046. Sugere-se que a assincronia do processo meiótico entre os genomas que compõem a cana-de-açúcar tem papel relevante na geração dessas irregularidades. / The history of the sugarcane domestication (Saccharum spp.) is atypical. Modern varieties are derived from a hybridization process between the domestic species S. officinarum and the wild species S. spontaneum, successive backcrossings to recover the genome of S. officinarum, and the selection of superior progenies. The genealogies include crossings among genotypes, and possibly Saccharum species, all with a high degree of ploidy and different numbers of chromosomes, as well as aneuploidies. The study aimed to establish the number of chromosomes and evaluate the meiotic behavior of cultivar IACSP93-3046, and identify chromosomal associations in meiosis I of genotypes IACSP93-3046, IACSP95-3018 and Caiana Fita (a representative of S. officinarum) by labeling centromeres using fluorescence in situ hybridization (FISH). The number of chromosomes in cultivar IACSP93-3046 was determined from the root meristem preparations, pretreated with 8-hydroxiquinoline and stained by the Feulgen method. Metaphasic cells, preferably intact and with minimum chromosome overlap, were analyzed under an optical microscope. Meiotic behavior was examined from the preparations by using squashing method and stained with propionic carmine. Meiotic phases were observed from metaphase I to telophase II, and tetrad stages. Chromosomal pairing in meiosis I was analyzed by using the FISH technique. The slides of genotypes IACSP93-3046, IACSP95-3018 and Caiana Fita were produced by dropping a suspension of meiocytes in diakinesis. The probes were obtained by PCR, with amplification of the centromere region, and labeled with digoxigenin-11-dUTP, by nick translation, and detected with anti-digoxigenin-rhodamine. The slides were mounted in DAPI-Vectashield and analyzed under a fluorescence microscope. The diploid number 2n = 112 was observed for cultivar IACSP93-3046 and characterized in this study for the first time. Microsporogenesis of IACSP93-3046 presented a high irregularity percentage regarding chromosome segregation, especially precocious migration to poles in metaphase I and II, laggard chromosomes in anaphase and telophase I and II, lost chromosomes in prophase II, and micronuclei in the tetrad stages. The analysis from the hybridization sites proved that the chromosomal pairing occurred predominantly as bivalents in IACSP93-3046, IACSP95-3018 and Caiana Fita. Chromosomal segregation irregularities led to aneuploid microspores, as confirmed in IACSP93-3046, suggesting the asynchrony in the meiotic process between the sugarcane genomes play an important role in producing these irregularities.

Currently, the genus Thraupis Boie, 1826 is a monophyletic group with seven species, all of which have high molecular and morphological support. Nevertheless, the phylogenetic relationship of the species still unclear: T. abbas is the sister species of T. ornataT. palmarum clade, and a second group within the genus is composed by the T. episcopusT. sayaca clade. Furthermore, in the remaining species group, one of the species, T. glaucocolpa, has not been included in any of the previous molecular studies, even it was believed to be close related with T. sayaca. Moreover, the last species within the genus, T. cyanoptera, has an uncertain position in the genus phylogenetic tree. The T. episcopusT. sayacaT. galucocolpa species complex includes 18 subspecies and a high morphological variation and a wide distribution which includes overlapping zones of T. episcopus and T. sayaca, makes taxa identification almost impossible. Nonetheless, previous molecular studies had only used samples from two individuals of T. episcopus and one of T. sayaca. Furthermore, the group does not have taxonomic stability, as shown by the multiple changes, which occur at different levels: moving from one genus to another or from species to subspecies level etc. To check the genus, I analyze 1171 specimens. The morphometric analysis outcomes show the weight as the most variable and important measure and T. cyanoptera as the only clearly different species within taxonomic units. Finally, I did a phylogenetic analysis based on two mitochondrial genes (Cyt- and ND2), in addition to three nuclear introns (intron 3 of MUSK gen, intron 5 of TGFB2 gen and a piece of the intron 5 of the BF5 gen). I performed the extractions from tissues collected at different localities around the natural distribution of the species, with emphasis on T. episcopus and T. sayaca. I ran independent locus RAxML analysis and haplotypes networks and used to group the samples on genetic taxonomic units. RAxML and haplotypes analysis shows a close relationship between T. episcopus and T. sayaca with high probably introgression process within. Furthermore, exposed a genetic structure within T. episcopus. I used this genetic taxonomic units to ran a multilocus species tree with a calibrated molecular clock. The species tree suggests that the origin of the genus Thraupis was between 5.5 and 7.5 million years before present, in the Messinian age. Also recovers T. glaucocolpa is the oldest linage in the genus and shows a relation between the morphological traits with the genetic structure within T. episcopus. Finally, I suggest synonymizing several subspecies and elevating to species level the subspecies T. episcopus cana, based on the morphological and molecular data. / O gênero Thraupis Boie, 1826 é um grupo monofilético composto por sete espécies. Entretanto, as relações entre estas espécies continuam obscuras. Thraupis abbas é a espécie irmã do clado T. ornataT. palmarum. Um segundo grupo é composto pelo clado T. episcopusT. sayaca. Por outro lado, T. glaucocolpa não foi incluída em nenhum dos trabalhos que utilizou dados moleculares, enquanto que a posição de T. cyanoptera continua ainda não é clara. O complexo de espécies T. episcopusT. sayacaT. glaucocolpa inclui 18 subespécies e uma grande variação morfológica, além de uma ampla distribuição de várias delas, com áreas de sintopia entre T. episcopus e T. sayaca, onde a identificação destas duas espécies é muito difícil. Estudos moleculares prévios só incluíram amostras de dois indivíduos de T. episcopus e uma de T. sayaca. Este complexo de espécies ainda apresenta uma grande instabilidade taxonômica. Na revisão deste gênero foram analisados 1.171 espécimes. As análises morfométricas mostraram que a massa é o parâmetro que apresenta a maior variação e que T. cyanoptera é a única mais claramente diferençável dentre as unidades taxonômicas. Foi também realizada uma análise filogenética com base em dois marcadores mitocondriais (Cyt- e ND2), além de três íntrons nucleares (íntron 3 do gen MUSK, íntron 5 do gen TGFB2 e uma parte do íntron 5 do gen BF5). Foi realizada uma análise RAxML e das redes de haplótipos independentemente para cada lócus, e esta informação foi utilizada para agrupar as amostras em unidades taxonômicas genéticas. O RAxML e as redes de haplótipos mostraram uma relação próxima entre T. episcopus e T. sayaca, além de uma alta probabilidade de um processo de introgressão entre as espécies. Há também uma evidente estruturação genética em T. episcopus. As unidades taxonômicas genéticas foram utilizadas em uma análise multilocus de árvore de espécies, com um relógio molecular calibrado. A árvore de espécies sugere que a origem do gênero Thraupis se deu entre 5.5 e 7.7 milhões de anos. Thraupis glaucocolpa é a linhagem mais antiga do gênero e a estrutura genética dentro de T. episcopus possui uma relação com as características morfológicas dessa espécie. Finalmente, são sinonimizadas várias subespécies e T. episcopus cana é elevada à espécie com base nos dados morfológicos e moleculares.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-12-29T12:48:48Z No. of bitstreams: 1 Jose Neilton Pereira.pdf: 3767734 bytes, checksum: 17113592119bfd139ef004f2b1136741 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-29T12:48:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jose Neilton Pereira.pdf: 3767734 bytes, checksum: 17113592119bfd139ef004f2b1136741 (MD5) Previous issue date: 2009-08-31 / This paper discusses the process of cultural hybridization in Recife eighteenth century through the lives of three characters representing the local production baroque Manoel Ferreira Jácome, master mason, John of God and Sepúlveda, painter, and Luiz Alves, musician. It is intended, by examining their influences and creative process, understanding the key aspects related to the intrinsic and economic Recife eighteenth century, marked by the condition of commercial center and port of significant importance in the colonial Portuguese. Based on the concept of "everyday sociability" works by Baroque architects refer to such a complexity, and symbolic aesthetic pervaded by a very pragmatic character of social mobility of individuals, are inherent to their cultural universe mestizo and especially for business practices , patronage and mutual. The research aims to explain how, in the commercial context, urban and cosmopolitan eighteenth and deal with such conditions, the said officers, coming from the subordinate layer, had assumed "places of speech" in the highly stratified society of Recife. In these "places of enunciation," contributed to the spreading of the Baroque Captaincy northern Brazil and remained reasonably consistent with Salvador and Rio de Janeiro, who were together in Recife, the three main warehouses, administrative centers, political and cultural in Colonial Brazil. So, as a work linked to the research line "regional culture" of PPGH-UFRPE, this work of the tensions and conflicts of the art scene of the eighteenth century the economic headquarters of the captaincy of Pernambuco2 to allow a better understanding of local baroque. / Este trabalho aborda o processo de hibridização cultural no Recife setecentista a partir da trajetória de três personagens representativos da produção barroca local: Manoel Ferreira Jácome, mestre-pedreiro; João de Deus e Sepúlveda, pintor; e Luiz Alves Pinto, músico. Pretende-se, através da análise de suas influências e processo criativo, compreender os aspectos determinantes e intrínsecos relacionados à conjuntura recifense do século XVIII, marcada pela condição de centro mercantil e portuário de significativa importância no mundo colonial português. A partir do conceito de “sociabilidade cotidiana” as obras barrocas de tais artífices remetem a uma complexidade, estética e simbólica permeada por um caráter bem pragmático de ascensão social destes indivíduos, por elementos inerentes ao seu universo cultural mestiço e, sobretudo, por práticas corporativas, clientelismo e mutualistas. A pesquisa visa expor como, no contexto mercantil, urbano e cosmopolita setecentista e face a essas condições, os citados oficiais, oriundos das camada subalternas, chegaram a assumir “lugares de fala” na sociedade extremamente estratificada do Recife. Nesses “lugares de enunciação”, contribuíram para a irradiação da cultura barroca nas Capitanias do Norte do Brasil e mantiveram certa sintonia com Salvador e Rio de Janeiro, que eram, juntamente com Recife, os três principais entrepostos, centros administrativos, políticos e culturais no Brasil Colonial. Assim, como um trabalho vinculado à linha de pesquisa “cultura regional” do PPGH-UFRPE, esta dissertação parte das tensões e embates do cenário artístico do século XVIII na sede econômica da capitania de Pernambuco1 para permitir uma melhor compreensão do barroco local.

Made available in DSpace on 2014-06-12T17:40:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7018_1.pdf: 3136549 bytes, checksum: 280ee1ed895aab2c310600bb6667d8ae (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2003 / Uma questão central no emergente campo da Biologia Molecular Computacional diz respeito ao problema de seqüenciamento de DNA. Seqüenciar uma molécula de DNA significa determinar a ordem das suas bases componentes adenina (A), citosina (C), guanina (G) e timina (T). Em vista do comprimento de tais moléculas, muitas vezes da ordem de bilhões de bases, e das limitações existentes nos processos laboratoriais, os quais são capazes de manipular, no máximo, apenas 700 bases, esse se tornou um problema de natureza combinatorial e normalmente requer técnicas matemáticas e recursos computacionais para a sua solução. Dentre os vários métodos de seqüenciamento de DNA desenvolvidos nas últimas décadas, um que se tem mostrado particularmente promissor é o método denominado Seqüenciamento por Hibridização (do inglês Sequencing by Hybridization SBH), o qual se caracteriza por utilizar um chip de DNA para identificar o espectro da seqüência investigada, isto é, o conjunto de todas as subseqüências de um determinado tamanho que a compõem; e por tentar seqüenciá-la a partir das informações nele contidas. Recentemente, Halperin et al. (2002) apresentou duas variantes para o SBH. A primeira é baseada em um algoritmo, denominado algoritmo A, projetado para lidar com os dados gerados pelo chip clássico de seqüenciamento; e a segunda, mais abrangente, inclui um novo modelo de chip que conta com bases universais distribuídas randomicamente, e, para lidar com os dados provenientes dele, inclui também um outro algoritmo, denominado algoritmo B. Halperin et al. (2002) ainda sugeriu que a combinação adequada de alguns aspectos positivos dessas abordagens talvez pudesse gerar resultados práticos melhores do que os obtidos com a solução baseada apenas no algoritmo B. Este trabalho de pesquisa aponta os problemas de se implementar tal sugestão e, então, propõe uma abordagem alternativa que tende a superá-los, a qual mostrou-se ser mais geral, tendo, inclusive, a solução baseada no algoritmo B como um caso particular. Além disso, as simulações realizadas evidenciaram que os demais casos conseguem alcançar melhor rendimento em termos do tamanho da seqüência que pode ser corretamente determinada, empregando chips de menor custo

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2016-03-02T17:35:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) PDF - Jaismary Gonzaga Batista de Oliveira.pdf: 2430187 bytes, checksum: b0687d99670e59b523221996e6a78fad (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2016-06-13T20:33:25Z (GMT) No. of bitstreams: 2 PDF - Jaismary Gonzaga Batista de Oliveira.pdf: 2430187 bytes, checksum: b0687d99670e59b523221996e6a78fad (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-13T20:35:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 PDF - Jaismary Gonzaga Batista de Oliveira.pdf: 2430187 bytes, checksum: b0687d99670e59b523221996e6a78fad (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-12-27 / The increased morbidity and mortality caused by bacterial infection is a public health issue and has lead a debate about the worldwide emergence of multiresistant microorganisms. Part of this phenomenon is due to the indiscriminate use of antibiotics, which allowed the microorganisms to develop resistance mechanisms. Therefore, it is necessary to constantly seeking to develop new drug candidates to antimicrobial agents. One of medicinal chemistry strategies for the antibiotics development is the molecular hybridization, which allows the combination of different pharmacophores in a single molecule, increasing them therapeutic potential. In this context this study aimed to evaluate the in vitro antibacterial activity of novel synthetic hybrid compounds containing the sulfonamide and 2-amino-thiophene pharmacophores. Thus, seven new derivatives have been synthesized in two reaction steps, starting with the Gewald reaction (obtaining 2-amino- thiophenes), followed by condensation of these with 4- acetamido -benzene sulfonyl chloride using 40 kHz ultrasound irradiation. The compounds were purified, characterized and have their structures confirmed by H NMR. Finally we determine the minimum inhibitory concentrations (MIC) and its activities as modifiers of antibiotic activity (putative efflux pump inhibitors) by microdilution, in Staphylococcus aureus strains overexpressing the NorA , MrsA and TetK genes. The hybrid compounds were obtained until 80 minutes in satisfactory yields (40-99%), demonstrating that ultrasound irradiation is a viable and appropriate option. Although none of the compounds showed significant in vitro antibacterial activity (≥ 256µg/mL), some compounds such as Sulfa 01, 02 and 04 acted as modifiers activity antibiotic, presumably by inhibiting the efflux pump, in particular the strain SA - 1199B (which overexpresses the norA gene) reducing the Norfloxacin CIM up to 16 times (128 to 8 mg / mL). How sulfonamides have no inhibitory action of efflux pumps, our results lead us to believe that thiophene moiety is responsible for this activity, suggesting that the new hybridized compounds when in vivo (they refer to prodrugs) may act by two distinct mechanisms of action, potentiating their actions. The results indicate that the new hybrid derivatives are potential candidates for antibiotics prototypes, with great potential to act by a synergistic action mechanism. / O aumento dos índices de morbidade e mortalidade ocasionados por infecções bacterianas é um problema de saúde pública, e tem provocado uma reflexão a nível mundial acerca do surgimento de micro-organismos multirresistentes. Parte desse fenômeno deve-se ao uso indiscriminado de antibióticos, que permitiu aos micro-organismos o desenvolvimento de mecanismos de resistência. Por isso, faz-se necessário a constante busca do desenvolvimento de novos fármacos candidatos a agentes antimicrobianos. Uma das estratégias da química medicinal empregadas no desenvolvimento de antimicrobianos é a hibridização molecular, que permite a conjugação de diferentes farmacóforos numa mesma molécula, ampliando o potencial terapêutico das mesmas. Nesse contexto esse trabalho objetivou a avaliação da atividade antibacteriana in vitro de novos compostos híbridos sintéticos contendo os farmacóforos sulfonamida e 2-amino-tiofeno. Para tanto, sete novos derivados foram sintetizados em duas etapas reacionais, iniciando pela reação de Gewald (obtenção de 2amino-tiofenos), seguido pela condensação desses com cloreto de 4-acetamido-benzenosulfonila utilizando irradiação de ultrassom 40 kHz. Os compostos foram purificados, caracterizados e tiveram suas estruturas confirmadas através de análise de RMN H. Por último foram determinadas as concentrações inibitórias mínimas (CIM) e suas atividades como modificadores da atividade antibiótica (inibidores putativos da bomba de efluxo), através da técnica de microdiluição, em linhagens de Staphylococcus aureus que superexpressam os genes NorA, MrsA e TetK. Os compostos híbridos foram obtidos em até 80 minutos, em rendimentos satisfatórios (40-99%), demonstrando que a irradiação de ultrassom é uma opção viável e adequada. Apesar de nenhum dos compostos apresentarem atividade antibacteriana relevante in vitro (≥256µg/mL), alguns compostos, como Sulfa 01, Sulfa 02 e Sulfa 04, atuaram como modificadores da atividade antibiótica, provavelmente por inibição de bomba de efluxo, em especial na linhagem SA-1199B (que superexpressa o gene norA) ao reduzir a CIM da Norfloxacina em até 16 vezes (128 para 8 µg/mL). Como as sulfonamidas não têm ação inibitória de bombas de efluxo, nossos resultados nos levam a crer que a porção tiofênica é a responsável por essa atividade, sugerindo assim, que os novos compostos hibridizados, quando in vivo (visto se tratarem de pró-drogas) poderão agir por dois mecanismos de ação distintos, potencializando suas ações. Os resultados indicam que os novos derivados híbridos são possíveis candidatos a protótipos de antibióticos, com grande potencial de agir por um mecanismo de ação sinérgico.

Câncer e desenvolvimento embrionário possuem diversos aspectos em comum, pois ambos exibem alternância entre proliferação e diferenciação celular. A família dos genes homeobox codifica fatores de transcrição fundamentais para o adequado desenvolvimento embrionário, e têm sido descritos em diferentes neoplasias. O PMX1 (Paired Mesoderm Homeobox 1) é um gene homeobox que está expresso durante o desenvolvimento de diversos tecidos mesenquimais, como o sistema cardiovascular e elementos do esqueleto. A relação entre o PMX1 e neoplasias malignas ainda não está bem estabelecida. O objetivo desse trabalho foi verificar a presença dos transcritos do gene PMX1 em carcinomas epidermóides de boca e tecidos não tumorais adjacentes. Foi realizada hibridização in situ com sondas marcadas com digoxigenina em dezesseis amostras de carcinoma epidemóide de boca e dez de tecido não tumoral adjacente. No tecido não tumoral adjacente o sinal de hibridização é mais intenso nas camadas basal e suprabasal, mesmo quando ele pode ser observado em outras camadas. No carcinoma epidermóide de boca, o sinal está disperso por todo o tecido sendo mais intenso em áreas com células isoladas. Nossos resultados mostram a presença dos transcritos do PMX1 em epitélio de boca e em carcinoma epidermóide de boca e sugerem a participação do gene PMX1 na carcinogênese de boca. A sua expressão em neoplasias pouco diferenciadas deve ser melhor analisada / Cancer and development share common features since both processes exhibit shifts between cell proliferation and differentiation. Homeobox gene family encodes transcription factors essentials for appropriate embryonic development and they have been described in different types of neoplastic tissues. PMX1 (Paired Mesoderm Homeobox 1) is homeobox gene that has been related with mesenchyma throughout development such cardiovascular system and skeletal elements, however its relation with tumor development is not well established yet. The purpose of this study was to verify the presence of PMX1 transcripts in oral squamous cell carcinomas and adjacent non-tumoral tissues. In situ hybridization was performed with probes labeled with digoxigenin in sixteen samples of squamous cell carcinoma and ten o adjacent non-tumoral tissues. In the adjacent non-tumoral tissues in situ hybridization signaling detected were more intense in the basal and parabasal layers even when it could be observed in other layers. In the oral squamous cell carcinoma the signaling was spread all over the tissue becoming more intense in areas with isolated carcinoma cells. Our findings show PMX1 transcripts in adjacent non-tumoral tissues and oral squamous cell carcinoma and suggest participation of PMX1 in oral carcinogenesis. Its expression in poorly differentiated carcinomas needs to be analyzed in detail

É ainda bastante controverso na literatura se o HPV pode ou não ser considerado fator etiológico ou de risco para o desenvolvimento de lesões malignas/malignizantes em boca. Já há um consenso de que existe evidência ao menos numérica da relação entre HPV e carcinogênese oral, pois em geral os estudos encontram uma relação de proporção entre grau de malignidade e infecção por HPV ? os índices de HPV encontrados em carcinoma epidermóide oral são maiores do que os encontrados em lesões potencialmente malignas, que por sua vez são maiores do que os encontrados em mucosa normal. Sabe-se, porém, que as lesões potencialmente malignas podem apresentar variados graus de displasia epitelial, o que não permite analisá-las como um grupo. Assim, nesse contexto, o objetivo desse estudo foi analisar mais refinadamente a relação entre grau de malignidade e infecção por HPV através da detecção de DNA do vírus em leucoplasias e carcinomas epidermóides orais, desmembrando-se o grupo das lesões potencialmente malignas de acordo com o grau de displasia epitelial. Foram selecionados 50 casos diagnosticados como leucoplasia e carcinoma epidermóide orais, os quais foram divididos em 5 grupos: leucoplasia sem displasia, leucoplasia com displasia discreta, leucoplasia com displasia moderada, leucoplasia com displasia intensa e carcinoma epidermóide. Dados clínicos como idade e sexo do paciente e sítio da lesão foram observados e a presença de DNA de HPV foi pesquisada através do método CSA-ISH com sonda de amplo espectro. Nos casos positivos para a sonda de amplo espectro foi realizada a genotipagem com sondas específicas para HPV dos tipos 6/11, 16/18 e 31/33. A prevalência de infecção por HPV foi de 24%, notadamente maior que a reportada em mucosa normal, que é de 1 a 2%. Os resultados mostraram uma discreta relação de proporção entre grau de malignidade e os índices encontrados em leucoplasia sem displasia, leucoplasia com displasia e carcinoma epidermóide, porém sem significância estatística. Desmembrando-se o grupo das leucoplasias com displasia, essa proporcionalidade não foi observada entre os grupos. Na genotipagem, a maior positividade foi para a sonda dos tipos 16/18, de alto potencial oncogênico, e a positividade para a sonda 6/11 só foi encontrada nos grupos de menor grau de malignidade. Apenas um caso mostrou positividade para duas sondas (16/18 e 31/33). Não houve correlação significante entre nenhuma característica clínica e infecção por HPV. Os resultados sugerem portanto que a detecção do HPV não está relacionada com o grau de malignidade das lesões, haja visto a ausência de proporcionalidade entre os índices de detecção do vírus nos grupos analisados. Entretanto, o fato de que a prevalência em nossa casuística, constituída por lesões malignas/malignizantes, foi maior do que àquela encontrada em mucosa normal e que os tipos de alto risco foram os mais prevalentes dentre os casos positivos não nos permite descartar o HPV como fator de risco para a carcinogênese oral. / It is still highly controversial whether HPV can be considered an aetiological or risk factor for the development of malignant/premalignant lesions of the oral cavity. There is an agreement that there is at least quantitative evidence to relate HPV and oral carcinogenesis, since in general the studies find a proportional relation between degree of malignancy and HPV infection ? the prevalence of HPV in squamous cell carcinoma is higher than in premalignant lesions which is higher than in normal mucosa. It is known, however, that premalignant lesions can present several degrees of epithelial dysplasia, which does not allow analyzing them as a group. Hence, in this context, the aim of this study was to analyze more refinedly the relation between degree of malignancy and infection by HPV by means of viral DNA detection in oral leucoplakias and oral squamous cell carcinomas, dividing the group of premalignant lesions according to the degree of epithelial dysplasia within the lesion. Fifty cases diagnosed as oral leucoplakia and oral squamous cell carcinoma were selected and divided into 5 groups: leucoplakia with no dysplasia, leucoplakia with mild dysplasia, leucoplakia with moderate dysplasia, leucoplakia with severe dysplasia and squamous cell carcinoma. Clinical data regarding patients? age and gender and anatomic site of the lesion were observed and the presence of HPV DNA was assessed using CSA-ISH method with a wide spectrum probe. In positive cases to the wide spectrum probe, genotyping with specific probes to HPV types 6/11, 16/18 and 31/33 was performed. The overall prevalence of HPV infection was 24%, which is higher than the reported for oral normal mucosa, which stands around 1 and 2%. Results show a discrete proportional relation between degree of malignancy and HPV infection indexes found in leucoplakia with no dysplasia, leucoplakia with dysplasia and squamous cell carcinoma, but with no statistical significance. Dividing the group of leucoplakia with dysplasia, this relation of proportion was not observed. In genotyping, most cases were positive to the probe for types 16/18, of high oncogenic potential, and cases positive to the probe for types 6/11, of low oncogenic potential, were only found within groups of lower degrees of malignancy. Only one case was positive for two specific probes (16/18 and 31/33). There was no correlation between clinical features and HPV infection. These results suggest that HPV detection is not related to the degree of malignancy in these lesions. Nevertheless, the fact that the prevalence in these cases, which were all malignant/premalignant lesions, was higher than the one found in oral normal mucosa, and that the high-risk types of HPV were the most frequently found within the positive cases does not allow excluding HPV as a risk factor in oral carcinogenesis.