Estudos funcionais in vitro são essenciais para a compreensão do papel de miRNAs, pequenas moléculas de RNA que desempenham papel importante na regulação gênica, no câncer. Neste estudo analisamos a viabilidade de linhagens celulares derivadas de carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço (CECP), queratinócitos orais provenientes de culturas primárias e queratinócitos imortalizados, como modelos para estudos funcionais de miRNAs previamente identificados como desregulados nesse tipo de carcinoma: miRNA-1, miRNA-7, miRNA-10b e miRNA- 196a. Com este fim avaliamos inicialmente a expressão dos quatro miRNAs em todos os tipos celulares propostos através de reações em cadeia da polimerase em tempo real específicas. As linhagens celulares de carcinoma epidermoide de boca foram previamente caracterizadas quanto ao seu perfil de sequências de DNA do tipo STR (do inglês Short Tandem Repeats ou repetições curtas em sequência) com o objetivo de confirmar a identidade da linhagem. Foram realizados ensaios para a super-expressão e inibição da expressão destas quatro moléculas na linhagem SCC25 e em queratinócitos orais derivados de cultura primária e, uma vez constatado o sucesso da transfecção, avaliamos, para cada caso, a expressão de alvos (mRNAs) validados na literatura. O impacto destas intervenções em proliferação celular, um importante processo desregulado em câncer, também foi avaliado. Os resultados apontam diferenças significativas na expressão dos miRNAs entre linhagens celulares passíveis de serem utilizadas como modelos para estudos funcionais em carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço. Ressaltam-se diferenças entre linhagens de carcinoma de língua e de faringe, bem como diferenças expressivas entre a linhagem de queratinócitos orais imortalizados e queratinócitos orais normais provenientes de culturas primárias. Conclui-se que cada modelo celular possui características particulares que os tornam mais ou menos adequados para um determinado estudo. A inibição da expressão de genes alvo em função da super-expressão do miRNA regulador foi observada apenas em parte das situações avaliadas. Este resultado decorre do fato que um alvo é regulado por diferentes miRNAs, bem como por diversos outros fatores genéticos e/ou epigenéticos, que podem variar de acordo com modelo estudado. Este resultado ressalta o fato de que seleção cuidadosa das linhagens é fundamental para conclusões precisas em estudos funcionais. A super- expressão de miRNA-10b e miRNA-196a afetou significativamente a progressão do ciclo celular tanto em SCC25 quanto em queratinócitos orais em cultivo, sugerindo um possível papel em CECP relacionado ao controle da proliferação celular. / Functional in vitro studies are fundamental for the comprehension of the role of microRNAs, small noncoding RNA molecules that function as posttranscriptional regulators, in cancer. The aim of this study was to determine the applicability of head and neck squamous cell carcinoma cell lines and human oral keratinocytes as models for functional studies of microRNAs previously identified as deregulated in squamous cell carcinomas of the head and neck: miRNA-1, miRNA-7, miRNA-10b e miRNA-196a. The expression level of the four microRNAs was assessed in cell lines and in primary cultures of oral keratinocytes using specific real-time polymerase chain reactions. The identity of oral squamous cell carcinoma cell lines was confirmed by means of STR (Short Tandem Repeats) profiling. We performed gainof- function and loss-of-function experiments in a HNSCC cell line, SCC25, as well as in normal human keratocytes. After successful transfection, we evaluated the expression of selected target genes. Significant differences in microRNA gene expression were observed between squamous cell carcinoma cell lines, particularly between cells lines from distinct sub-sites, and between primary culture of human keratinocytes and the immortalized keratinocyte cell line. Thus, each cell model possesses a characteristic phenotype; while one may be useful for a particular study, it may be inappropriate for another. The down-regulation of selected target genes was not observed after the over-expression of all miRNAs studied, an expected result since gene targets might be regulated by more than one microRNA, as well as by genetic and epigenetic mechanisms which are not common among all cell types. There is, therefore, an imperative for cautious selection of suitable cell lines for functional studies in cancer. Finally, the over-expression of miR-10b and miR-196a clearly interfered with cell cycle progression, suggesting a possible role in cell proliferation control for these molecules in HNSCC.

Com o objetivo de avaliar as características produtivas e a severidade de doenças de linhagens avançadas de aveia branca, provenientes de cruzamentos controlados do programa de melhoramento de aveia da APTA, visando à seleção de materiais com qualidades agronômicas superiores para o Estado de São Paulo, foram realizados experimentos no Pólo Regional de Desenvolvimento Tecnológico dos Agronegócios do Sudoeste Paulista, em Capão Bonito, nas safras de inverno de 2004 a 2007. Foram avaliados vinte genótipos (IAC-7, CB990107, CB990318, CB990321, CB990324, CB990434, CB990436, CB9952115, CB9958126, CB9958128, CB9960132, CB9962152, CB9968160, CB9968162, CB9968165, CB9968167, CB9924172, CB9930177, CB9967184 e CB9967185) de aveia branca (Avena sativa L.) em relação ao estande, altura de plantas, produtividade e severidade de doenças. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, com vinte tratamentos e três repetições. Cada parcela experimental foi constituída por quatro linhas de três metros de comprimento, espaçadas de 0,20m, sendo consideradas como área útil, para realização das avaliações, as duas linhas centrais. Houve diferenças significativas entre os genótipos em relação a todos os caracteres avaliados, exceto para helmintosporiose em 2004, 2006 e 2007. Os resultados permitiram obter as seguintes conclusões: (i) as linhagens CB9967184, CB9962152, CB990436, CB9960132, CB990321, CB990434, CB990324, CB9930177, CB9967185, CB990107 e CB9968165 possuem características produtivas promissoras, e (ii) as linhagens CB990318, CB9967185, CB9968167, CB9967184, CB9924172 e CB9960132 possuem nível promissor de resistência/tolerância à ferrugem da folha, helmintosporiose e virose do nanismo amarelo da cevada. Essas linhagens devem ser mais bem avaliadas para seu futuro lançamento como novas variedades de aveia branca para o cultivo no Estado de São Paulo. / With the purpose of evaluating the productive characters and the diseases severity of white oat genotypes, from controlled crosses of APTA oat breeding program, seeking the selection of materials with superior agronomic qualities to the State of São Paulo, field experiments were carried out at \'Technological Development Regional Center of Agribusiness\' of the Southwest region of São Paulo State, in Capão Bonito county, during the winter seasons from 2004 to 2007. Twenty white oat (Avena sativa L.) genotypes were evaluated (IAC-7, CB990107, CB990318, CB990321, CB990324, CB990434, CB990436, CB9952115, CB9958126, CB9958128, CB9960132, CB9962152, CB9968160, CB9968162, CB9968165, CB9968167, CB9924172, CB9930177, CB9967184 and CB9967185) in relation to stand, plant height, productivity and disease severity. The statistical experimental design was random blocks, with twenty treatments and three replications. Each experimental plot had four rows of three meters length (spacing of 20cm between plant rows), being considered as useful area, to make the evaluations, the two central rows. There were significant differences among genotypes for all characters evaluated, except for helminthosporium disease in 2004, 2006 and 2007. The results allowed to obtain the following conclusions: (i) the genotypes CB9967184, CB9962152, CB990436, CB9960132, CB990321, CB990434, CB990324, CB9930177, CB9967185 and CB990107 have promising productive characters, and (ii) the genotypes CB990318, CB9967185, CB9968167, CB9967184, CB9924172, CB9960132 and CB9968165 have promising level of resistance/tolerance to leaf rust and helminthosporium diseases and viral disease of barley yellow stunting. These genotypes should be better evaluated to their future release as new white oat varieties to be cultivated at State of São Paulo.

Submitted by Jaqueline Vilas Boas Talga (jtalga@yahoo.com.br) on 2018-11-14T13:16:32Z No. of bitstreams: 1 Tese_Jaqueline Vilas Boas Talga_Linhagens em movimento_reflexões a partir das culturas iorubas.pdf: 5584361 bytes, checksum: 9d6226c92bd0fecd707d6fe6b4a32b4d (MD5) / Approved for entry into archive by Milena Maria Rodrigues null (milena@fclar.unesp.br) on 2018-11-21T18:51:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 talga_jvb_dr_arafcl.pdf: 5584361 bytes, checksum: 9d6226c92bd0fecd707d6fe6b4a32b4d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-21T18:51:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 talga_jvb_dr_arafcl.pdf: 5584361 bytes, checksum: 9d6226c92bd0fecd707d6fe6b4a32b4d (MD5) Previous issue date: 2018-09-19 / Este trabalho tem por propósito apreender e discutir as concepções e práticas dos movimentos de adeptos e sacerdotes dos cultos ancestrais iorubas, entre o Golfo de Benin e o Brasil. Trata-se de um relato etnográfico focado nos movimentos atuais, cuja notável recorrência, inscrita em sucessivas trajetórias de vida, conduz ao questionamento de sua profundidade temporal, como de sua própria inteligibilidade na tessitura de laços linhageiros. A partir do cotejamento de esparsas referências disponíveis a trajetórias de vida que remontam à constituição de cidades estados em território ioruba em África e terreiros de Cambomblés no Brasil, ainda à vigência do regime escravagista, distinguimos uma parcela de africanos livres, libertos e seus descendentes que forjaram, ora por vontade, ora por imposições, as movimentações de retorno ao continente africano, ou mesmo, de contínuas viagens dos dois lados do oceano Atlântico. Consideramos a seguir, de modo particular, dentre os retornados e os viajantes, os que irão formar redes sociorreligiosas de transeuntes, e redes sociorreligiosas de matrimônios transatlânticos. Já no início do século XX passamos a notar nas movimentações estabelecidas por simpatizantes, iniciados ou não no culto dos Orixás, a participação destacada de intelectuais e artistas que passam a intermediar trocas entre adeptos dos dois lados do Atlântico. No período mais recente das movimentações, percebemos novas nuances incidentes nas motivações para a travessia do Atlântico Sul, dentre elas algumas promovidas pelos desdobramentos não esperados de convênios bilaterais entre Brasil e Nigéria, e de modo especial, as incitadas pelo movimento de africanização dos cultos brasileiros que reacende a busca direta dos ritos dirigidos por sacerdotes iorubas nigerianos, tanto no Brasil como em África / The purpose of this work is to apprehend and discuss the conceptions and practices of movements made by addherents, religious people of Ifá between the Benins Gulf and Brazil. It is an ethnographic study focused on current movents, which are frequently reveiling life trajectories and it leads to the question of temporal deepness of the lineages. It departs from the scattered literature available and from the life trajectories that resembles to the constitution of State cities in ioruba territory in Africa and Camdomblés terreiros in Brasil. We distinguish different groups, such as free Africans, former-saves and their descendents who constructed the movements of return to the African continent, connenting the both sides of the Atlantic Ocean. In the most recent period of the movements, we noticed new characteristics in the motivs for the journey, among them some promoted by unexpected consequences of the official bilateral projects between Brazil and Nigeria. Specially, we emphacize the movement of the Africanization of Brazilian worships that pushes the direct search for rituals led by Nigerian iorubas both in Brazil and in Africa.

Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2016-11-28T15:31:27Z No. of bitstreams: 1 ChristianeNGSO_DISSERT.pdf: 1139473 bytes, checksum: 48a32aaf5ee4fdeb90ab8e38a6495a3c (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-03-21T14:38:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ChristianeNGSO_DISSERT.pdf: 1139473 bytes, checksum: 48a32aaf5ee4fdeb90ab8e38a6495a3c (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-03-21T15:04:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ChristianeNGSO_DISSERT.pdf: 1139473 bytes, checksum: 48a32aaf5ee4fdeb90ab8e38a6495a3c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T15:04:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ChristianeNGSO_DISSERT.pdf: 1139473 bytes, checksum: 48a32aaf5ee4fdeb90ab8e38a6495a3c (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / This work aims to select cowpea genotypes, green grain, which they must have characteristics that meet local consumer demands, as their agronomic performance, quality and genetic diversity. Two trials using cowpea genotypes were conducted in two seasons of 2014 at the Federal Rural University of Semi-Arid (UFERSA) in the city of Mossoro-RN. The experimental was arranged in a randomized block design with 23 genotypes e 4 replications, being twenty genotypes from Embrapa Meio-Norte and three local witnesses. The characteristics evaluated were: lodging, Number of Grains per Pod, Length of Green Pods, Mass of Green Pods, Plant Size, Number of Days to start Flowering, Number of Days for the Maturing of green pod, Green Grain Mass, Green Pod Productivity, Green Grain productivity, Grain Index; as well as the physical and chemical analysis: Soluble Solids, hydrogen potential, Chlorophyll Total, Carotenoids and Total Protein. From the mixed model methodology (REML / BLUP), by which it was made the joint analysis of the two seasons could be estimated the variance components and genetic parameters, in addition to the contribution to the genetic diversity of each feature evaluated. The MNC05-835B-15 genotypes, MNC05-841B-49 and to cultivate BRS Chiquichique had better values for the yield of green pods at both times of the experiment. For the Green Grain Productivity, the genotypes that had better performances were MNC00-595F-2, MNC-595F-27 MNC05-835B-15 and BRS Chiquichique. The MNC99-510F-16-1 and MNC02-701F-2 genotypes have better averages for the quality of Total Protein, and the best average to cultivate the EverGreen-EC-1. The MNC02-701F-2 genotypes, MNC05-841B-49, MNC05-847B-123, BRS-Aracê showed the best results in relation to the characters Soluble Solids, Total Chlorophyll and Carotenoids Total. Through UPGMA it was generated four distinct groups among the 23 genotypes of genetic dissimilarity. The variables Grain Number, Mass of Green Pods, Grains Index and Soluble Solids were those that most contributed to the diversity of genotypes / O trabalho visa selecionar genótipos de feijão-caupi, para grãos verdes, que tenham características que atendam às exigências do consumidor local, quanto ao seu desempenho agronômico, qualidade e diversidade genética. Foram conduzidos dois ensaios utilizando genótipos de feijão-caupi em duas épocas do ano de 2014 na Horta Experimental do Departamento de Ciências Vegetais da Universidade Federal Rural do Semi-Árido (UFERSA), na cidade de Mossoró-RN. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso com 23 genótipos e 4 repetições, sendo vinte genótipos provenientes da Embrapa Meio-Norte e três testemunhas locais. As características avaliadas foram: Acamamento, Número de Grãos por Vagem, Comprimento de Vagens Verdes, Massa de Vagens Verdes, Porte de Planta, Número de Dias para início de Floração, Número de Dias para a Maturação da vagem verde, Massa de Grãos Verdes, Produtividade de Vagem Verde, Produtividade de Grãos Verdes, Índice de Grãos; bem como as análises físico-químicas: Sólidos Solúveis, potencial Hidrogeniônico, Clorofila Total, Carotenoides e Proteína Total. A partir da metodologia modelos mistos (REML/BLUP), através da qual foi feita a análise conjunta das duas épocas, puderam ser estimados os componentes de variância e os parâmetros genéticos, além da contribuição relativa para a diversidade genética de cada caráter avaliado. Os genótipos MNC05-835B-15, MNC05-841B-49 e a cultivar BRS Xiquexique tiveram melhores valores para a produtividade de vagens verdes nas duas épocas do experimento. Para a Produtividade de Grãos Verdes, os genótipos que obtiveram melhores desempenhos foram MNC00-595F-2, MNC-595F-27, MNC05-835B-15 e a cultivar BRS Xiquexique. Os genótipos MNC99-510F-16-1 e MNC02-701F-2 deram melhores médias para o caráter de qualidade Proteína Total, sendo a cultivar de melhor média a Sempre-Verde-CE-1. Os genótipos MNC02-701F-2, MNC05-841B-49, MNC05-847B-123, BRS-Aracê apresentaram os melhores resultados em relação aos caracteres Sólidos Solúveis, Clorofila Total e Carotenoides Totais. Através do agrupamento UPGMA, foram gerados quatro grupos distintos entre os 23 genótipos avaliados de dissimilaridade genética. As variáveis Número de Grãos, Massa de Vagens Verdes, Índice de Grãos e Sólidos Solúveis foram as que mais contribuíram para a diversidade dos genótipos avaliados / 2016-11-28

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-17T16:29:26Z No. of bitstreams: 1 Tese_Marcia de Doutorado DEFINITIVA - Para entregar no PGBP.pdf: 21978043 bytes, checksum: 1d029677a684e2e22915d3841a8206d3 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-17T16:29:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Marcia de Doutorado DEFINITIVA - Para entregar no PGBP.pdf: 21978043 bytes, checksum: 1d029677a684e2e22915d3841a8206d3 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O dengue tem se apresentado como um grave problema de saúde pública no Brasil, razão pela qual, vários estudos têm sido realizados com o intuito de esclarecer aspectos da epidemiologia dessa doença em diferentes localidades, com histórias distintas de circulação dos diferentes sorotipos dos vírus dengue (DENV). A implantação de um Programa de vigilância entomológica e virológica e, que desde 1986 visa detectar e monitorar a circulação dos sorotipos e genótipos DENV, resultou em distintas oportunidades, no isolamento de amostras de DENV de vetores e de casos humanos permitindo a caracterização molecular e a análise filogenética, fornecendo informações relevantes para a compreensão da interação vetor- vírus- humanos. O entendimento da variação genética no vírus quando este replica em mosquitos, e como essas variações atuam durante a transmissão entre humanos e mosquitos permanecem desconhecidos. Portanto, visando contribuir para um melhor conhecimento dos DENV e sua interação com o mosquito vetor, realizamos neste trabalho, a caracterização molecular e análise filogenética de DENV isolados de mosquitos naturalmente infectados e de casos humanos, provenientes de epidemias ocorridas entre 1986 e 2011 no Brasil. Foi demonstrado que os métodos moleculares foram fundamentais por facilitarem a rápida identificação dos vírus e consequentemente o monitoramento dos genótipos circulantes. A RT-PCR para a triagem de DENV em vetores se mostrou uma ferramenta útil para a vigilância virológica, com taxas de detecção que variaram de 0,78% a 25% no período estudado. A análise filogenética dos DENV-1 isolados de mosquitos e humanos mostrou que o genótipo V (Américas/África) continua o mesmo circulante desde a sua introdução, porém foi demonstrada a co-circulação de duas novas linhagens (II e III) no período de 2009 a 2011. O sequenciamento do genoma completo de DENV-3 isolado a partir de Ae. aegypti naturalmente infectados no Rio de Janeiro (RJ), assim como a análise da região 3´NC de vírus isolados em mosquitos e humanos, caracterizou estes vírus como pertencentes ao GIII e revelou a presença de inserções e deleções na região 3´NC do genoma. As deleções observadas na região 3´NC resultaram em estruturas secundárias porém nem todas as cepas com inserções nesta região apresentaram estrutura similar substituições exclusivas à cepa de DENV-3 isolada em mosquito foram observadas no gene NS5, incluindo a substituição que resultou na formação de um códon de terminação. O teste comercial Simplexa™ Dengue Real Time RT-PCR, disponível recentemente, foi utilizado pela primeira vez para detecção dos DENV e se mostrou um método molecular alternativo para as vigilâncias entomológica e virológica. O RT-PCR em Tempo Real possibilitou, pela primeira vez, a quantificação de DENV-1 e DENV-4 em fêmeas individuais naturalmente infectadas (1,6 x 104 cópias/mL e 1,08 x 103 cópias/mL, respectivamente). Considerando-se o elevado índice de infestação por Ae. aegypti em todo o país, o estudo da caracterização dos DENV circulantes torna-se de grande importância no conhecimento da relação vírus-vetor pela análise da variabilidade genética, dispersão e persistência de genótipos durante a transmissão destes vírus / Dengue has been a major public health problem in Brazil with several studies performed aiming to elucidate the disease epidemiology in geographically distinct areas with different dengue viruses (DENV) circulation. The establishment of an entomological and virological program since 1986 with the objective of detecting and monitoring DENV serotypes and genotypes resulted in distinct opportunities in DENV isolation from vectors and human cases, allowing the molecular characterization and phylogenetic analysis, providing relevant information for the understanding of the vector-virus-humans interactions. The understanding of the virus genetic variability when it replicates on mosquitoes and how those variations act during the transmission between humans and mosquitoes is not fully understood. Therefore, aiming to contribute for a better understanding of DENV and its interactions with the mosquito vector, we performed in this study the molecular characterization and phylogenetic analysis of viruses isolated from naturally infected mosquitoes and human cases, from epidemics occurred between 1986 and 2011 in Brazil. It has been shown that the molecular techniques were essential for allowing the rapid identification of the viruses and consequently the monitoring of the circulating genotypes. The RT-PCR for DENV screening in vectors has shown to be a useful tool for the virological surveillance, with detection rates varying from 0.78% to 25% in the studied period. The phylogenetic analysis from DENV-1 isolated from mosquitoes and human cases showed that genptype V (America/Africa) is still the same genotype circulating since this serotype introduction, however it was demonstrated the co-circulation of two distinct new viral lineages (II and III) from 2009 to 2011. The complete genome sequencing of a DENV-3 isolated from naturally infected Ae. aegypti in Rio de Janeiro (RJ) and the analysis of the 3´UTR region from viruses isolated from mosquitoes and humans, has characterized those viruses as belonging to genotype III (GIII) and revealed the presence of insertions and deletions in the 3´UTR region of the genome. The deletions observed in the 3´UTR region resulted in similar secondary structures, however not all strains with insertions were similar in structure. Exclusive substitutions to the DENV-3 isolated from the mosquitoes were observed in NS5, including a substitution leading to a stop codon formation. The Simplexa™ Dengue Real Time RT-PCR commercial kit, recently available, was used for the first time for DENV detection and it has been shown to be an alternative molecular method for the entomological and virological surveillances, The Real Time RT-PCR has allowed, for the first time the DENV-1 and DENV-4 quantification in single Ae. aegypti naturally infected (1.6 x 104 copies/mL e 1.08 x 103 copies/mL, respectively). Considering the high Ae. aegypti infestation index in the country, the characterization of DENV circulating is very relevant for the understanding of the virus-vector relations by the analysis of the genetic variability, spread and persistence of genotypes during the transmission of those viruses

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-05-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Fundo de Auxílio aos Docentes e Alunos (FADA) / Durante a metastase, as celulas perdem seu contato tecidual original, movem-se pela matriz extracelular (MEC), invadem o sistema linfatico e/ou sanguineo, extravasam e formam novos tumores. Devido a isso, essas celulas tumorais precisam modificar sua adesao celula-MEC. Receptores de adesao exercem papeis cruciais na transformacao neoplasica de celulas normais atraves da inducao de comportamentos celulares e morfologicos especificos do cancer. Isto implica que celulas tumorais provavelmente expressam e utilizam um conjunto distinto de receptores de adesao celular durante e carcinogenese. Sindecam-2 e um proteoglicano transmembranico de heparam sulfato (HS) que participa da formacao de dominios especializados na membrana plasmatica e funciona diretamente como um vinculo entre o ambiente extracelular e a organizacao do citoplasma cortical. Em diversas linhagens celulares de cancer colorretal, a expressao de sindecam-2 encontra-se aumentada, quando comparada com linhagens normais, e este aumento parece ser critico para o comportamento das celulas cancerosas, uma vez que regula sua adesao e proliferacao, e, portanto, sua atividade tumorigenica. Os resultados obtidos neste trabalho demonstraram que em celulas de carcinoma colorretal altamente metastaticas, pertencentes a linhagem HCT-116, a expressao e a sintese de sindecam-2 sao intensificadas na presenca de MEC produzida por fibroblastos. Os demais sindecans sofrem diminuicao, assim como o HS presente na MEC produzida pelas celulas tumorais. Entre os componentes da MEC estromal, a fibronectina mostrou-se como principal responsavel pelo aumento de sindecam-2. Houve co-localizacao entre sindecam-2, integrina ƒÑ5ƒÒ1 e fibronectina, o que sugere a participacao destas moleculas no mecanismo de adesao em celulas HCT-116. Alem disso, o bloqueio de sindecam-2 resultou na nao formacao de fibras de estresse durante a adesao celular, indicando seu importante papel na regulacao de filamentos de actina. Fica claro, portanto, o papel fundamental da MEC estromal na regulacao da expressao de proteinas de superficie celular e provavelmente na sinalizacao para o interior de celulas cancerosas, modificando sua proliferacao, adesao e seu formato. / During metastasis cells lose their original tissue contacts, move through the extracellular matrix (ECM), enter the lymphatic and/or blood system, extravasate and subsequently form new tumors. Therefore, these tumor cells must experience changes in cell-ECM adhesion. Adhesion receptors play crucial roles in the neoplastic transformation of normal cells through the induction of cancer-specific cellular behavior and morphology. This implies that cancer cells likely express and utilize a distinct set of adhesion receptors during carcinogenesis. Syndecan-2 is a transmembrane heparan sulfate (HS) proteoglycan which has been implicated in the formation of specialized membrane domains and functions as a direct link between the extracellular environment and the organization of the cortical cytoplasm. In several colon-rectal cancer cell lines, syndecan-2 is highly expressed compared to normal cell lines. This increase appears to be critical for cancerous cell behavior since it regulates adhesion and proliferation and therefore the tumorigenic activity. The results of this study showed that in a highly metastatic colon-rectal cancer cell line, HCT-116, both expression and synthesis of syndecan-2 are enhanced when grown on ECM produced by fibroblasts. The expression of the others syndecans decreased, as did HS in the ECM produced by the cancer cells. Among the stromal components of ECM, the fibronectin was shown to be important for the increase of syndecan-2. Co-localization between syndecan-2, integrin ƒÑ5ƒÒ1 and fibronectin, suggests the involvement of these molecules in the adhesion mechanism of HCT-116 cells. Furthermore, blocking syndecan-2 with an antibody resulted in the absence of stress fibers during cell adhesion, indicating its important role in the regulation of actin filaments. Thus, the stromal ECM has a fundamental role in regulating the expression of cell surface proteins and probably signaling to the interior of cancer cells by altering their proliferation and adhesion, and its format. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Flávia Alves Marques da Silva null (flavia_alvesms@hotmail.com) on 2016-04-12T00:49:43Z No. of bitstreams: 1 Dissertação FAMS.pdf: 1151230 bytes, checksum: ca0a6199d3ff01fbcb0f85441e03066b (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-04-13T14:04:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_fam_me_jabo.pdf: 1151230 bytes, checksum: ca0a6199d3ff01fbcb0f85441e03066b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-13T14:04:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_fam_me_jabo.pdf: 1151230 bytes, checksum: ca0a6199d3ff01fbcb0f85441e03066b (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nos programas de melhoramento de milho, a avaliação das linhagens em cruzamentos é uma etapa de alto custo, sendo que o uso e a escolha dos testadores mais adequados podem reduzir a demanda de recursos. Assim, o objetivo desse trabalho foi utilizar a abordagem REML/BLUP de modelos mistos para predição de valores genotípicos de topcrosses, combinando testadores com estruturas genéticas diversificadas. Foram avaliados 234 topcrosses (39 linhagens x 6 testadores), no ano agrícola 2012/13, no delineamento experimental de blocos ao acaso para o caráter produtividade de grãos de milho (t ha-1), altura de plantas (cm) e acamamento e quebramento de plantas (%). Foram realizadas análises de variância e, com as médias fenotípicas dos topcrosses, obteve-se os valores dos BLUPs considerando diferentes níveis de eliminação de testadores. Para verificar a eficiência dos BLUPs foram estimadas as correlações entre as médias fenotípicas e os valores genotípicos preditos com diferentes números e combinação de testadores, bem como os coeficientes de determinação, a coincidência no ordenamento dos topcrosses para seleção e descarte, com 10 e 20% de intensidade, e classificações dos topcrosses quanto à média fenotípica. O método de REML/BLUP se mostra adequado na predição dos valores genotípicos dos topcrosses nas situações com todos os testadores e com diferentes níveis de eliminação de testadores, com resultados variados em função das diversas combinações obtidas, para todos os caracteres avaliados. É possível estipular um padrão quanto à origem e estrutura genética dos testadores mais recomendados para cada caráter e, considerando todos, é observada uma boa precisão experimental a partir do nível com conjuntos formados por 3 testadores, independente da origem dos constituintes. A predição genotípica, através do REML/BLUP, auxilia na seleção de testadores, sendo que o número de testadores utilizados tem maior influência do que a origem e estrutura dos mesmos. / In maize breeding programs the evaluation of lines at crosses is a costly step, and the use and the choice of the most appropriate testers can reduce the demand for resources. The objective of this work was to use the REML/BLUP approach of mixed models to predict genotypic values of topcrosses using testers with diverse genetic structures. Were evaluated 234 topcrosses (39 lines x 6 testers) in the agricultural year of 2012/13, under the experimental design of randomized blocks for the traits as grain yield (t ha-1 ), plant height (cm) and lodging and breakage of plants (%). Analyses of variance were conducted, and with the phenotypic means of topcrosses were obtained BLUPs values considering different levels of elimination of the testers. In order to check the efficiency of BLUPs, the correlations were estimated between the average phenotypic and the genotypic predicted values with different numbers and combination of the testers, as well as the coefficients of determination, the coincidence in the ranking of topcrosses for selection and discard, with 10 and 20% of intensity, and the classification of the topcrosses as to the phenotypic average. The method of REML/BLUP shown adequate to predict the genotypic values of topcrosses in situations with all testers and with different levels of testers elimination, with varying results depending on the various combinations obtained for all traits. Is possible to set a standard as to the origin and genetic structure of the most recommended testers for each trait, and considering all, a good experimental precision is observed from level with joint formed by three testers, regardless of the origin of the constituents. The genotype prediction, by REML/BLUP, assists in the selection of testers, and the number of testers used has greater influence than the origin and structure of the same.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-07Bitstream added on 2014-06-13T20:03:33Z : No. of bitstreams: 1 barbosa_mpm_dr_jabo.pdf: 358402 bytes, checksum: d85997fcfe0314483cdbbbf3d2c88ca2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos de associação baseados em desequilíbrio de ligação (DL) são importantes ferramentas para construção de mapas de ligação e utilização em programas de melhoramento assistidos por marcadores. Em geral, são utilizadas populações segregantes ou linhagens isogênicas para composição destes programas. Com o objetivo de comparar o desequilíbrio de ligação em linhagens duplo-haplóides (DH) e linhagens obtidas por meio de autofecundação, duzentas e quarenta e cinco linhagens – cento e setenta e cinco convencionais e setenta DHs – foram submetidas à análise de marcadores do tipo Single Nucleotide Polymorphism (SNP), utilizando-se mil duzentos e trinta e quatro marcadores distribuídos pelos dez cromossomos. O resultado da regressão entre as distâncias mostrou um R2 de 0,6546 para linhagens duplo-haplóides e uma equação de tendência logarítmica, sendo y= -0,024ln(x) + 0,159. Para as linhagens convencionais, o R2 foi de 0,5727, com a equação que explica a tendência, sendo y = -0,008ln(x) + 0,0659. Os dados de DL foram analisados individualmente, por cromossomo; e, assim como na análise conjunta, individualmente, todos os cromossomos tiveram o mesmo comportamento quando se comparam o DL de linhagens DH e os convencionais, sendo que os valores de DL nas linhagens DH foram em geral mais altos que nas convencionais. Os resultados indicam que, para a obtenção de linhagens DH, a recombinação ocorre em blocos maiores quando comparado com as linhagens convencionais. / Association studies based on linkage disequilibrium (LD) are important tools for linkage maps construction and to use in marker-assisted breeding programs. Typically, segregating populations or isogenic lines are used to compose them. With objective of compare the linkage disequilibrium on double haploid lines (DH) and lines obtained by self pollination (Conventional), two hundred and forty five inbred lines, where one hundred seventy five conventional and seventy DHs where submitted to the analysis of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) molecular markers, using one thousand two hundred and thirty four markers random distributed over the ten chromosomes. The regression output among the distances showed R2 of 0.6546 for double haploids lines and one logarithmic trend equation, being y = -0.024ln(x) + 0.159 For conventional lines, R2 was 0.5727, with an equation that explains the trend, being y = -0.008ln(x) + 0.0659. LD data were analyzed by chromosomes individually and as such in the joint analysis, all individual chromosomes showed the same patternr when comparing the LD of DH lines versus conventional lines, being the LD of DH lines generally higher that the conventional lines. Results show that to obtain DH lines the recombination occurs in larger blocks when compared against the conventional lines.

Um total de 8.961 amostras fecais coletadas de pacientes com diarréia aguda, no período de 1996 a 2006, no Estado de São Paulo foi testado para rotavírus por EIE. Destas, 20,0% foram positivas e posteriormente realizadas a caracterização dos rotavírus em genótipos G e P por nested RT-PCR. O genótipo G1 de rotavírus foi o mais freqüente, detectado em 35,2% das amostras, seguidos dos tipos G9, G2, G3, G4, infecção mista e G12. A associação mais freqüente foi a P[8]G1 e P[8]G9. Foi realizada a sequencia nucleotídica do gene 9 (VP7) de 38 rotavirus genótipo G1. Duas cepas foram analisadas dos anos de 1997, 1998, 2001 e 2002, três cepas dos anos 1996, 1999 e 2003, quatro cepas em 2000, sete cepas em 2004 e 2005, e cinco em 2006. Os 38 rotavírus G1 foram classificados em duas linhagens distintas, linhagem G1-I e linhagem G1-II. A linhagem G1-I foi detectada durante seis anos, 1996-1997, 2001-2002 e 2004-2006, e a linhagem G1-II foi detectada durante os anos de 1998-2001, e 2003-2005. Análises preliminares mostraram que Rotarix ® foi eficiente contra estas linhagens G1. / Rotavirus (RV) infections are recognized as a major cause of severe gastroenteritis in children worldwide. In March 2006, a monovalente P[8]G1, human RV vaccine (Rotarix® GlaxoSmithKline Biologicals) was introduced in Brazil into the routine childhood immunization schedule. Therefore, the study of genetic diversity among rotavirus strains before and after the introduction of this vaccine may be important for the development of vaccination strategies. A total of 8,961 fecal samples collected from patients with acute diarrhea, during the 11-year period surveillance in São Paulo State (1996 to 2006) were tested for rotavirus by ELISA. One thousand seven hundred eighty- four (1,784, 20.0%) were positive, and the characterization of the G and P genotypes was performed on 1,300 rotavirus samples by nested RT-PCR. The G1 type was the most prevalent rotavirus strain (35.2%). The second most prevalente was the G9 type (31.2%), followed by G2 (4.0%), G3 (3.5%), G4 (2.2%), mix infection (1.8%) and G12 (0.5%). The more frequent association was P[8]G1 and P[8]G9. We performed a sequence analysis of 38 P[8]G1 rotavirus strains, selected from a total of 341 P[8]G1.Two strains from 1997, 1998, 2001, and 2002 were analyzed; three strains from 1996, 1999, and 2003; four strains from 2000; seven strains from 2004, and 2005; and five strains from 2006. All 38 rotavirus G1 sequence in this study were found to be classified into two distinct lineages, lineage I with 44.7% (17/38) and lineage II with 55.3% (21/38). The G1I lineages were detected during six rotavirus seasons 1996-1997, 2001- 2002, and 2004-2006 whereas and lineage G1- II was detected during 1998-2001, and 2003-2005. Preliminary analyses 4 demonstrated that Rotarix® has been efficacious against these G1 lineages.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA078.pdf: 637847 bytes, checksum: a11da742649dfac9bb787886f73c49bf (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / The Brazilian caipira chickens are the result of random mating between different chicken breeds found in Brazil. They are characterized by their hardiness, disease resistance and the adverse conditions of climate and nutrition. In the 80, a change in consumption habits valued natural products, making theses chickens an alternative of great commercial value. However, its low productivity of this prevented the competition with the chicken industry. The output was the development of so-called caipira lines, chickens that blend the hardiness and resistance of native birds with the productivity of Brazilian poultry industry. In Brazil some of these commercial caipira chicken lines were developed, such as Paraíso Pedrês (beef) and Rubro Negra (posture). This study aimed to investigate the genetic variability nuclear and nonnuclear of Brazilian commercial caipira chickens lines through the analysis of ten microsatellite loci and the control region, D-loop, mitochondrial DNA (mtDNA). It was collected blood samples from 92 birds of Paraíso Pedrês lines (42) and Rubro Negrea (50). It was used the polymerase chain reaction technique (PCR) to amplify the samples and the amplified products were subjected to electrophoresis on an automated sequencer ABI 3130 DNA Genetic Analyzer. The number of alleles ranged from 3 (LEI0254) to 32 (LEI0212) for Paraíso Pedrês (PP) lines and 4 (LEI0254) to 31 (LEI0212) for Rubro Negra (RN) lines. The number of alleles per locus was 13,40 and 13,10 for PP and RN lines, respectively. Average expected heterozygosity was 0,824 for PP and 0,604 for RN. In the analysis of mtDNA, 100% of birds had PP haplotype 4, from Europe. In the RN line, haplotype 4 was found in 60% of the samples, the haplotype 3c in 10% and 30% in 3d haplotype, the haplotype 3c e 3d, from Asia. The results indicate that Brazilian lines of chickens examined, have a higher genetic variability observed in the typical commercial lines of chickens and the same was found for non-commercial poultry. For the formation of RN lines was used mostly birds of European origin and some of Asian origin. And for the composition of the PP lines were used only birds of European origin, at least as regards the maternal line / As galinhas caipiras brasileiras são o resultado de cruzamentos aleatórios entre diversas raças de galinhas encontradas no Brasil. Caracterizam-se pela sua rusticidade, resistência a doenças e as condições adversas de clima e alimentação. Nos anos 80, uma mudança nos hábitos de consumo valorizou os produtos naturais, tornando as galinhas caipiras alternativas de grande valor comercial. Porém, sua baixa produtividade inviabilizou a competição desta com a galinha industrial. A saída foi o desenvolvimento das chamadas linhagens caipiras, galinhas que mesclam a rusticidade e resistência das aves caipiras brasileiras com a produtividade das aves industriais. No Brasil foram desenvolvidas algumas destas linhagens, como a Paraíso Pedrês (corte) e a Rubro Negra (postura). Este trabalho teve como objetivo investigar a variabilidade genética nuclear e não nuclear de linhagens de galinhas caipiras brasileiras através da análise de dez lócus de microssatélites e da região controladora, alça-D, do DNA mitocondrial (mtDNA). Foram coletadas amostras de sangue de 92 aves das linhagens Paraíso Pedrês (42) e Rubro Negra (50). Foi utilizada a técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) para a amplificação das amostras e os produtos amplificados foram submetidos à eletroforese em um sequenciador automático ABI 3130 DNA Genetic Analyser. O número de alelos variou de 3 (LEI0254) a 32 (LEI0212) para a linhagem Paraíso Pedrês (PP), e 4 (LEI0254) a 31 (LEI0212) para a linhagem Rubro Negra (RN). A média de alelos por loco foi de 13,40 e 13,10 para a linhagem PP e RN, respectivamente. A heterozigosidade média esperada foi de 0,824 para PP e 0,604 para RN. Na análise do mtDNA, 100% das aves PP possuíam o haplótipo 4, de origem Européia. Na linhagem RN, o haplótipo 4 foi encontrado em 60% das amostras, o haplótipo 3c em 10% e o haplótipo 3d em 30%, os haplótipos 3c e 3d são de origem Asiática. Os resultados obtidos indicam que as linhagens de galinhas caipiras brasileiras analisadas, apresentam uma variabilidade genética superior às observadas em linhagens comerciais típicas de galinhas e semelhante à observada em aves não comerciais. Para a formação da linhagem RN foi utilizado na sua maioria aves de origem Européia e algumas de origem Asiática. E, para a composição da linhagem PP, foi utilizado somente aves de origem Européia, pelo menos no que se refere à linhagem materna