O presente estudo realizou o sequenciamento de nova geração do vírus da hepatite C genótipo 1, incluindo os subtipos 1a (n=51) e 1b (n=49), e identificou variantes associadas com resistência (RAV) aos antivirais de ação direta em pacientes sem tratamento prévio. No subtipo 1a, foram encontradas RAV para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B em 10%, 22% e 8% dos pacientes, respectivamente. RAV detectadas foram: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) e R155K (2%) na protease NS3-4A; Q30H (4%), H58P (10%) e Q30H/R+Y93C/H/N (8%) na região NS5A; e A421V (8%) na polimerase NS5B. As frequências das RAV para o subtipo 1b foram 12%, 53% e 31% para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B, respectivamente. Foram encontradas as RAV F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) e M175L (2%) na região NS3-4A; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) e A92T+Y93H (2%) na região NS5A e, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) e S556G (9%) na polimerase. Utilizando esta metodologia, um recombinante inter-subtipo 1a/1b foi identificado. / This study performed the next-generation sequencing of the hepatitis C virus genotype 1, including subtypes 1a (n = 51) and 1b (n = 49), and identified resistance-associated variants (RAVs) to direct-acting antivirals in previously untreated patients. In subtype 1a, RAVs were found for NS3-4A, NS5A, and NS5B regions in 10%, 22% and 8% of patients, respectively. RAVs detected were: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) and R155K (2%) in NS3-4A protease; Q30H (4%), H58P (10%) and Q30H/R+Y93C/H/N (8%) in NS5A region; and A421V (8%) in NS5B polymerase. Frequencies of RAV for subtype 1b were 12%, 53% and 31% for NS3-4A, NS5A and NS5B regions, respectively. RAVs F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) and M175L (2%) were found in NS3-4a region; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) and A92T+Y93H (2%) in NS5A region and, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) and S556G (9%) in polymerase. By using this methodology, a recombinant inter-subtype 1a/1b was identified.

A bactéria Escherichia coli é encontrada em diversos habitats e deve estar preparada para sobreviver e crescer em condições desfavoráveis. A adaptação da bactéria a diferentes condições obriga-a a controlar a expressão de genes de forma eficiente. Uma das formas primárias de controle de expressão gênica é a competição entre os diversos fatores sigma pela ligação ao cerne da RNA polimerase. <font face=\"Symbol\">d70 é o fator sigma mais abundante e participa da transcrição da maioria dos genes de E. coli, enquanto que <font face=\"Symbol\">dS é o segundo em importância e reconhece promotores de genes relacionados à resposta geral ao estresse. O gene rpoS, que codifica para <font face=\"Symbol\">dS é altamente polimórfico, e adquiri mutações frequentemente. A mutação pontual C<font face=\"Symbol\">&#174;T na posição 97 da ORF de rpoS, resulta em um códon de parada TAG (âmbar). Um Shine-Dalgarno alternativo e um códon de início de tradução na posição 157 dá início a uma proteína RpoS truncada, que é parcialmente funcional. Uma das situações de estresse na qual <font face=\"Symbol\">dS é ativado corresponde à privação de fosfato inorgânico. Porém, na limitação deste nutriente ocorre também a ativação do regulon PHO, cujos genes são predominantemente transcritos por <font face=\"Symbol\">d70. Neste trabalho, o efeito da versão truncada de RpoS sobre a expressão de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">d70 (lacZ, phoA e pstS) e de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">dS (osmY e proU) foi testado. Foram também realizados ensaios de estresse oxidativo, osmótico e pelo frio. O perfil de atividade parcial descrito para RpoSam pôde ser observado em alguns casos, porém em outros o comportamento deste alelo se assemelhou ao do mutante rpoS nulo. Paralelamente, foi testada também uma cepa de E. coli que carrega a mutação âmbar em rpoS, mas esta é suprimida, resultando na expressão de uma proteína RpoS normal. A proteína RpoS truncada não pôde ser visualizada em immunoblots, provavelmente porque esta é traduzida de forma pouco eficiente a partir do Shine-Dalgarno alternativo. Com o objetivo de incrementar a detecção de RpoS em ensaios de imuno-detecção, foi inserida por recombinação alélica uma etiqueta SPA altamente imunogênica na porção C-terminal da proteína. / Escherichia coli can be found in many different habitats and has to be prepared to survive and grow under unfavorable conditions. Bacteria adaptation to different growth conditions requires an efficient control of gene expression. One of the primary forms of gene expression control is the competition between different sigma factors for the binding to the core RNA polymerase. <font face=\"Symbol\">d70 is the most abundant sigma factor and participates in the transcription of most E. coli genes. <font face=\"Symbol\">dS is the second one in importance and recognizes promoters of genes related to the general stress response. The rpoS gene, which encodes <font face=\"Symbol\">dS, is highly polymorphic and acquires mutations very often. The transition C<font face=\"Symbol\">&#174;T at position 97 in the rpoS ORF results in a stop codon TAG (amber). Due to the presence of an alternative Shine-Dalgarno and a translation initiation codon at position 157 a truncated RpoS protein that is partially functional is translated. One of the stress situations that <font face=\"Symbol\">dS is activated is the starvation for inorganic phosphate. Phosphate limitation also triggers the activation of the PHO regulon, whose genes are predominantly transcribed by <font face=\"Symbol\">d70. In the present study, the effect of the truncated version of RpoS on the expression of <font face=\"Symbol\">d70 dependent genes (lacZ, phoA e pstS) and <font face=\"Symbol\">dS dependent genes (osmY e proU) was tested. Bacteria were also assayed for sensitivity to oxidative, osmotic and cold stress. The profile of partial activity described for the truncated RpoS could be observed in some cases, while in others the behavior of this allele resembled the rpoS null mutant. In parallel, an E. coli strain which suppresses the amber mutation in RpoS, resulting in the expression of a normal protein was also tested. A band correponding to the truncated RpoS could not be detected in immunoblots probably due to inefficient translation from the alternative Shine-Dalgarno. To improve the detection of RpoS, a highly immunogenic SPA tag was inserted in the C-terminal region of the protein.

A principal função da glândula tireoide é a produção dos hormônios T3 e T4, que promovem a regulação do consumo energético no organismo. O hipotireoidismo congênito (HC) é um distúrbio metabólico sistêmico, onde a produção de T3 e T4 no período neonatal é insuficiente. O HC por disormonogênese é uma doença causada por erros inatos na síntese de T3 e T4, com herança autossômica recessiva. Já foram descritas mutações nos genes NIS, SLC26A4, DUOX2, DUOXA2, TPO, TG e DEHAL-1. O defeito na organificação do iodeto (DOI) é o mais comum na disormonogênese, sendo a falha mais frequente na TPO, seguida pelas proteínas DUOX2 e DUOXA2. A TPO é responsável pela oxidação do iodeto, pela iodação da tireoglobulina e pelo acoplamento das tirosinas iodinizadas. Já foram descritas 70 mutações ao longo de todo o gene TPO. Por ser uma heme peroxidase, a TPO requer H2O2 para sua função. O principal núcleo catalítico gerador de H2O2 na tireoide é o complexo DUOX2/DUOXA2. Foram descritas 25 mutações no gene DUOX2 e uma única mutação no gene DUOXA2. Em estudo anterior, avaliamos pacientes com HC após os 3 anos de idade para estabelecimento do diagnóstico etiológico, através de dosagem de TG sérica, ultrassonografia, captação e mapeamento da tireoide com 131I. Sete pacientes apresentaram DOI. Nestes pacientes avaliamos o gene TPO e identificamos diversos SNPs já descritos na literatura. Um paciente apresentou a mutação p.Q660E em heterozigose, outro paciente o SNP p.R584Q em homozigose, e um terceiro paciente as alterações p.Q660E e p.584Q em heterozigose composta. Os objetivos deste estudo foram pesquisar mutações dos genes DUOX2 e DUOXA2 nos pacientes com DOI e realizar o estudo funcional da alteração p.R584Q na TPO. Para o estudo molecular, extraímos o DNA de leucócitos periféricos dos pacientes e seus familiares, seguido de amplificação por PCR, e sequenciamento automático, e os resultados comparados com as sequencias normais de cada gene (GenBank). Na análise funcional da alteração p.R584Q na TPO, células HeLa foram transfectadas com plasmídios pcDNA contendo o gene da TPO normal e alterado, e a atividade das proteínas produzidas pelas células foi avaliada pelo sistema AmplexRed. Análises in silico foram realizadas com os programas de bioanálise PolyPhen, MutationTaster, SIFT e PSIPRED. Ao final do estudo molecular, no gene DUOX2, identificamos 20 SNPs previamente descritos, incluindo o SNP funcional p.H678R (rs57659670), presente em heterozigose em 3 pacientes. Também identificamos a nova substituição p.A1087V em heterozigose em um paciente. De acordo com dados dos programas de bioanálise, a alteração p.A1087V é prejudicial e o SNP p.H678R é tolerável. No gene DUOXA2 identificamos 5 polimorfismos previamente descritos e nenhuma mutação. No estudo funcional, verificamos uma diminuição significativa da atividade da TPO portadora da alteração p.R584Q em comparação à proteína normal (5% de atividade residual; p=0,0193). De acordo com os dados dos programas de bioanálise, a alteração p.R584Q é prejudicial. Três pacientes não apresentaram alterações nas regiões estudadas dos genes TPO, DUOX2 e DUOXA2. As revisões dos dados clínicos e laboratoriais sugerem a presença de outras proteínas alteradas, como TG, Pendrina ou receptor do TSH. Um paciente apresentou a nova alteração p.A1087V na DUOX2 em heterozigose e nenhuma outra alteração nas regiões estudadas dos genes avaliados. Cogitamos a presença de alterações em regiões não avaliadas ou ainda a expressão monoalélica de DUOX2. O SNP funcional p.H678R na DUOX2 foi identificado em três pacientes com alterações na TPO: um com a alteração p.R584Q em homozigose, outro com a p.R584Q e a mutação p.Q660E em heterozigose composta. Estes dois pacientes apresentam os dois alelos da TPO alterados, justificando o DOI. O terceiro caso apresentou apenas a mutação p.Q660E em heterozigose, podendo apresentar alterações em regiões não avaliadas ou ainda a expressão monoalélica da TPO. Concluímos que definimos o diagnóstico molecular de 4 dos nossos pacientes, que apresentaram importantes alterações nos genes avaliados, e ressaltamos que a alteração p.R584Q na TPO provoca perda da atividade, causando DOI / The main role of the thyroid gland is to produce T3 and T4, which promote the regulation of body energy intake. Congenital hypothyroidism (CH) is a systemic metabolic disorder where T3 and T4 production during neonatal period is insufficient. CH due to dyshormonogenesis is a disease caused by inborn errors in T3 and T4 synthesis, with autosomal recessive inheritance. Mutations in NIS, SLC26A4, DUOX2, DUOXA2, TPO, TG and DEHAL-1 genes have been described. The iodide organification defect (IOD) is the most common cause of dyshormonogenesis, being the TPO defect the most frequent, followed by defects in DUOX2 and DUOXA2 proteins. TPO is responsible for iodide oxidation, tyrosine iodination and its coupling. Seventy mutations have been described throughout the gene. As a heme peroxidase, TPO requires H2O2 to its regular function. The main catalytic core for H2O2 generation in thyroid is the DUOX2/DUOXA2 complex. Twenty five mutations have been described in DUOX2 gene and only one mutation in DUOXA2 gene. In our previous study, we evaluated patients with CH after 3 years of age to establish their etiologic diagnosis, by combining serum TG, thyroid ultrasound, and radioiodide uptake with 131I. Seven patients were diagnosed with IOD. In these patients, we evaluated TPO gene and identified several already described SNPs. One patient had the p.Q660E mutation in heterozygous state, another patient had the SNP p.R584Q in homozygous state and a third one had p.Q660E and p.584Q in compound heterozygous state. The aims of this study were to search for mutations in DUOX2 and DUOXA2 genes in patients with IOD and perform a functional study of TPO p.R584Q change. For the molecular study, DNA was extracted from peripheral blood leukocytes of each patient and parents, followed by PCR, and automatic sequence, and the results were compared with normal sequences of each gene (GenBank). For functional analysis of TPO p.R584Q, HeLa cells were transfected with pcDNA plasmids containing normal and altered TPO gene and the protein activity was assessed by AmplexRed system. In silico analyzes were performed with the bioanalysis programs: PolyPhen, MutationTaster, SIFT and PSIPRED. At the end of the molecular study, in DUOX2 gene we identified 20 previously described SNPs, including the functional p.H678R SNP (rs57659670), present in heterozygous state in 3 patients. We also identified the new p.A1087V change in heterozygous state in one patient. According to bioassay programs datas, p.A1087V change is damage and p.H678R SNP is tolerable. In DUOXA2 gene we identified five previously described polymorphisms and no mutation. In TPO functional study, we observed a significant activity decrease of TPO p.R584Q compared to normal TPO (5% of activity; p=0.0193). According to bioassay programs datas, p.R584Q is damaging. Three patients showed no changes in TPO, DUOX2 and DUOXA2 genes studied regions. A review of clinical and laboratory data suggested the presence of other altered proteins, such as TG, Pendrin or TSH receptor. One patient had the new DUOX2 p.A1087V alteration in heterozygous state and no other changes in the studied regions of evaluated genes, suggesting that there could be changes in other nonevaluated regions or the monoallelic expression of DUOX2. The functional DUOX2 p.H678R SNP was identified in three patients with changes in TPO: one with p.R584Q change in homozygous state and another one with p.R584Q and p.Q660E in compound heterozygous state. These cases have the two alleles of TPO changed, justifying their IOD. A third case showed only the TPO p.Q660E mutation in heterozygous state. We speculate that the patient may present changes in regions nonevaluated or the monoallelic expression of TPO. We conclude that we defined the molecular diagnosis of four patients, that showed significant changes in evaluated genes, and that TPO p.R584Q change is functionally harmful, causing IOD

Caulobacter crescentus pertence ao grupo das proteobactérias e apresenta a característica distinta de diferenciação celular a cada divisão. Este trabalho visou desvendar os mecanismos de reparo de DNA em C. crescentus. Identificamos 44 genes pertecentes ao regulon SOS através da construção de um mutante para o repressor deste, LexA. Caracterizamos funcionalmente alguns dos genes do regulon, como CC_2272 (que codifica uma proteína da família das endonucleases III) e CC_2433. A cepa deficiente em LexA apresentou morfologia filamentosa, e por esse motivo, buscamos também desvendar quais seriam os fatores genéticos responsáveis por esta morfologia. Investigamos também os processos de controle do ciclo celular após a introdução de danos na molécula de DNA pela luz UVC, em mutantes deficientes para diferentes vias de reparo. Estes experimentos nos mostraram que as células procariontes possuem mecanismos para acoplar a progressão do ciclo celular a integridade do material genético. Este trabalho abre novas e excitantes possibilidades no campo da biologia bacteriana. / Caulobacter crescentus belongs to the proteobacteria group and exhibts the distinctive feature of cellular differentiation after each division. This work aimed to reveal the DNA repair mechanisms in C. crescentus. We have identified 44 genes belonging to the SOS regulon through the construction of a mutant strain to its repressor. We have functionally characterized some of its genes, like CC_2272 (that encodes an endonuclease III family protein) and CC_2433. The lexA strain showed filamentous morphology, e because of that, we have tried to discover which the genetic factors responsible for this morphology were. We have also investigated the cell cycle control processes after the introduction of damages in the DNA by the UVC light, in mutant strains deficient in different repair pathways. These experiments showed us that prokaryotic cells possess mechanisms to couple the cell cycle progression to the integrity of the genetic material. This work opens new and exciting possibilities in the field of bacterial biology.

A esteato-hepatite não alcoólica (EHNA) consiste em esteatose e inflamação lobular hepática, em indivíduos não alcoolistas. Ocorre associada a obesidade, hiperlipidemia, diabetes mellitus, sexo feminino, medicamentos e ‘bypass’ jejunoileal. Recentemente, a sobrecarga de ferro, secundária a mutações no gene HFE da hemocromatose hereditária, também vem sendo evidenciada nos pacientes com EHNA do sexo masculino, não obesos e não diabéticos. O presente estudo, envolvendo pacientes com EHNA do Ambulatório de Gastroenterologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, teve como objetivos traçar seu perfil clínico, laboratorial e histopatológico, pesquisar a presença de mutações do gene HFE, buscar associações entre esses resultados e rever a literatura a respeito. Trinta e dois indivíduos foram caracterizados quanto a 14 aspectos clínicos, 12 parâmetros laboratoriais e 11 variáveis histopatológicas. Em 31 destes pesquisaram-se as mutações C282Y e H63D pela técnica de PCR-RFLP, utilizando-se as enzimas de restrição SnaB I e Bcl I, respectivamente. As idades variaram entre 32 e 76 anos, com média de 49,2 anos. Sexo feminino (59%), obesidade (50%), hiperlipidemia (53%) e diabetes mellitus (31%) ocorreram em taxas inferiores às das primeiras séries publicadas. Outras condições encontradas foram uso de amiodarona e prednisona, inalação de substâncias químicas industriais e enterectomia extensa. As etnias branca (72%) e asiática (12%) ocorreram em percentagens maiores que da população geral; ao contrário, a negra (ausente) e mulatos (12%), em menores. A fibrose perivenular ocorreu em todos os casos, proporcional ao grau de atividade necroinflamatória. Os hialinos de Mallory foram identificados em 78% dos casos, mas a siderose em apenas 9%. Cerca de dois terços da casuística não apresentou queixas relacionadas ao aparelho digestivo. Dentre as enzimas hepáticas, a ALT foi a que se alterou com maior freqüência e magnitude, e a relação AST/ALT foi menor que dois em todos os casos. As incidências das mutações pesquisadas corresponderam às da população geral. A sobrecarga de ferro em sangue periférico não se correlacionou estatisticamente com a agressão histológica, nem com a presença das mutações. EHNA é um diagnóstico que engloba múltiplas condições, mas, na população estudada, não houve associação com a sobrecarga de ferro hepático, tampouco com as mutações conhecidas do gene HFE. / Non-alcoholic steatohepatitis (NASH) consists of steatosis and hepatic lobular inflammation in non-alcoholic individuals. It occurs in association to obesity, hyperlipidemia, diabetes mellitus, female sex, drug therapy and jejunoileal bypass. Recently, iron overload, secondary to mutations in the HFE gene in hereditary hemochromatosis has also been evidenced in nonobese, non-diabetic male patients with NASH. This study involves patients with NASH from the outpatient clinic of Hospital das Clinicas of the University of São Paulo School of Medicine, and its objective was to define patients’ clinical, laboratory and histological profiles and search for mutations in the HFE gene, compare results for associations and review the literature. Thirtytwo individuals were characterized for 14 clinical features, 12 laboratory parameters and 11 histopathological variables. The C282Y and H63D mutations in 31 of these individuals were searched using PCR-RFLP techniques, using restriction enzymes SnaB I and BcI I, respectively. Age varied from 32 to 76 yrs old, with an average of 49,2 yrs. Female sex (59%), obesity (50%), hyperlipidemia (53%) and diabetes mellitus (31%) had a lower incidence than those in the first series in the literature. Other features observed were amiodarone and prednisone use, inhalation of industrial chemical substances and extensive enterectomy. Its incidence was higher among Caucasians (72%) and Asians (12%) than in the general population, contrary to other ethnic types such as Black (absent) and Mulattos (12%) which presented lower incidences. Perivenular fibrosis was present in all cases, proportional to the degree of necroinflammatory activity. Mallory’s hyalines were identified in 78% of the cases, but hepatic siderosis was identified in only 9%. Around two-thirds of the casuistic did not have abdominal complaints. Among the hepatic enzymes, ALT was the most frequently altered with the highest magnitude and the AST/ALT ratio was < 2 in all cases. The incidence of the mutations studied was similar to those found in the general population. The iron overload in peripheral blood was neither statistically correlated to the histological aggression, nor to the presence of mutations. NASH diagnosis depends on multiple features, but in the population studied, there was no association with hepatic iron overload as well as with the known mutations in the HFE gene.

A Programação Orientada a Aspectos (POA) é uma técnica contemporânea de desenvolvimento de software fortemente baseada no princípio da separação de interesses. Ela tem como objetivo tratar de problemas de modularização de software por meio da introdução do aspecto como uma nova unidade de implementação que encapsula comportamento relacionado aos interesses transversais do software. A despeito dos benefícios que podem ser alcançados com o uso da POA, seus mecanismos de implementação representam novas potenciais fontes de defeitos que devem ser tratados durante a fase de teste de software. Nesse contexto, o teste de mutação consiste em um critério de seleção de testes baseado em defeitos que tem sido bastante investigado para demonstrar a ausência de defeitos pré-especifiados no software. Acredita-se que o teste de mutação seja uma ferramenta adequada para lidar com as particularidades de técnicas de programação contemporâneas como a POA. Entretanto, até o presente momento, as poucas iniciativas para adaptar o teste de mutação para o contexto de programas orientados a aspectos (OA) apresentam cobertura limitada em relação aos tipos de defeitos simulados, ou ainda requerem adequado apoio automatizado e avaliações. Esta tese visa a mitigar essas limitações por meio da definição de uma abordagem abrangente de teste de mutação para programas OA escritos na linguagem AspectJ. A tese inicia como uma investigação da propensão a defeitos de programas OA e define uma taxonomia de defeitos para tais programas. A taxonomia inclui uma variedade de tipos de defeitos e serviu como base para a definição de um conjunto de operadores de mutação para programas OA. Suporte automatizado para a aplicação dos operadores também foi disponibilizado. Uma série de estudos quantitativos mostra que a taxonomia de defeitos proposta é suficiente para classificar defeitos encontrados em vários sistemas OA. Os estudos também mostram que os operadores de mutação propostos são capazes de simular defeitos que podem não ser relevados por conjuntos de teste pré-existentes, não derivados para cobrir mutantes. Além disso, observou-se que o esforço requerido para evoluir tais conjuntos de teste de forma a torná-los adequados para os requisitos gerados pelos operadores / Aspect-Oriented Programming (AOP) is a contemporary software development technique that strongly relies on the Separation of Concerns principle. It aims to tackle software modularisation problems by introducing the aspect as a new implementation unit to encapsulate behaviour required to realise the so-called crosscutting concerns. Despite the benefits that may be achieved with AOP, its implementation mechanisms represent new potential sources of faults that should be handled during the testing phase. In this context, mutation testing is a widely investigated fault-based test selection criterion that can help to demonstrate the absence of prespecified faults in the software. It is believed to be an adequate tool to deal with testing-related specificities of contemporary programming techniques such as AOP. However, to date, the few initiatives for customising the mutation testing for aspect-oriented (AO) programs show either limited coverage with respect to the types of simulated faults, or a need for both adequate tool support and proper evaluation. This thesis tackles these limitations by defining a comprehensive mutation-based testing approach for AO programs written in the AspectJ language. It starts with a fault-proneness investigation in order to define a fault taxonomy for AO software. Such taxonomy encompasses a range of fault types and underlay the definition of a set of mutation operators for AO programs. Automated tool support is also provided. A series of quantitative studies show that the proposed fault taxonomy is able to categorise faults identified from several available AO systems. Moreover, the studies show that the mutation operators are able to simulate faults that may not be revealed by pre-existing, non-mutation-based test suites. Furthermore, the effort required to augment the test suites to provide adequate coverage of mutants does not tend to overwhelm the testers. This provides evidence of the feasibility of the proposed approach and represents a step towards the practical fault-based testing of AO programs

A ativação dos sistemas complemento e de contato resulta na formação de peptídeos vasoativos tais como a bradicinina e anafilatoxinas. O inibidor de C1-esterase (C1-INH) é o principal regulador desses dois sistemas e a deficiência desta proteína resulta no Angioedema Hereditário (AEH). Trata-se de uma doença rara, de herança autossômica dominante, caracterizada pela deficiência de C1-INH, a qual ocorre devido a mutações no seu gene estrutural, levando a episódios graves de edema em tecido subcutâneo, gastrointestinal e respiratório, potencialmente fatais. Existem dois fenótipos variantes: AEH do tipo I, com reduzidos níveis antigênicos de C1-INH no plasma e AEH tipo II com níveis reduzidos ou normais de C1-INH e atividade disfuncional. Várias mutações já foram descritas no gene de inibidor de C1 esterase (SERPING1), porém, não há estudos que avaliem a relevância desta doença e as mutações gênicas em nosso meio. O objetivo do presente estudo foi avaliar as alterações moleculares em pacientes com AEH, correlacionando-as com as manifestações clínico-laboratoriais. Amostras de plasma, soro e DNA de quinze pacientes de uma mesma família foram coletadas. O ensaio hemolítico CH50 para avaliação da integridade da via clássica do sistema complemento e avaliação quantitativa de C4 e C1-INH por nefelometria foram os ensaios realizados para confirmação do diagnóstico da doença. A atividade funcional da proteína foi avaliada através de ensaio colorimétrico e a relação existente entre possíveis mutações na proteína e o fenótipo da doença foi avaliada por meio de reação de polimerase em cadeia (PCR) e seqüenciamento do DNA genômico. A atividade hemolítica de complemento total e a dosagem de C3 foram normais nos pacientes e controles analisados, os níveis da atividade antigênica de C1-INH e C4 mostraram-se diminuídos na maioria dos avaliados (13/15). A avaliação funcional detectou baixa atividade (<50%) do valor normal (70% - 130%) em todos os pacientes analisados. A distribuição das mutações entre os 8 éxons relativos ao gene de C1- INH concentraram-se nos éxons 4 (g.4706-88A>G) , 7 (g.14145+20A>G) e 8 (Val480Met). Duas dessas mutações nunca foram descritas ainda, o que contribui para a compreensão da função das serpinas e também ajuda a definir mais completamente o papel biológico do inibidor de C1 / Activation of complement and contact systems results in the formation of vasoactive peptides such as bradykinin and anafilatoxinas. The C1 esterase inhibitor (C1-INH) is the main regulator of these two systems and the deficiency of this protein results in hereditary angioedema (HAE). It is a rare disease of autosomal dominant inheritance, characterized by deficiency of C1-INH, which is due to mutations in its structural gene, leading with severe episodes of edema in subcutaneous tissue, gastrointestinal and respiratory tract, potentially fatal. There are two phenotypic variants: HAE type I, with reduced plasma antigen levels and HAE type II with normal or low levels of C1-INH and dysfunctional activity. Several mutations have been described in the gene of the C1 esterase inhibitor (SERPING1), however, no studies to assess the relevance of this disease and the gene mutations in our population. The purpose of this study was to evaluate the molecular changes in patients with HAE, correlating it with clinical and laboratory manifestations. Samples of plasma, serum and DNA from fifteen patients from the same family were collected. CH50 hemolytic assay for assessing the integrity of the classical pathway of the complement system and quantitative evaluation of C1-INH and C4 by nephelometry tests were performed to confirm the diagnosis of disease. The functional activity of the protein was assessed by colorimetric assay and the possible relationship between mutations in the protein and the phenotype of the disease was assessed by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of genomic DNA. Hemolytic activity of complement and the total dosage of C3 were normal in patients and controls. Levels of antigenic activity of C1-INH and C4 were shown to be less valued in most (13/15). Functional evaluation found low activity (<50%) of normal (70% - 130%) in all patients examined. The distribution of mutations among the 8 exons of the gene for C1-INH concentrate in the exons 4 (g.4706-88A> G) and 7 (g.14145 +20 A> G) and 8 (Val480Met). Two of these mutations have not been described yet, which contributes to understanding the function of serpins and also helps to define more fully the biological role of the C1 inhibitor

A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) pode evoluir gradualmente para hepatite crônica, cirrose e carcinoma hepatocelular (CHC) ao longo de 20 a 30 anos [1-3]. O carcinoma hepatocelular é a quinta neoplasia mais comum em todo o mundo, sendo responsável por mais de 600.000 mortes por ano. Atualmente, cerca de 170 milhões de indivíduos estão infectados pelo HCV, o que corresponde a aproximadamente 3% da população do mundo. A hepatocarcinogênese é um processo complexo, com várias etapas que envolvem alterações genéticas e epigenéticas. Estudos relatam que substituições de aminoácidos (aa) na posição 70 e 91 da região core do HCV podem estar relacionados ao desenvolvimento de CHC. O conhecimento sobre os mecanismos da carcinogênese que envolvem o HCV são importantes para a descoberta de biomarcadores e potenciais alvos terapêuticos do CHC. Neste estudo, foram analisados os genótipos virais e a presença de mutações na região core do HCV, em 94 pacientes com CHC e em 79 pacientes cirróticos (sem CHC). As sequências da região core do HCV foram obtidas pelo método de sequenciamento populacional baseado na metodologia de Sanger. Características demográficas, bioquímicas e sorológicas também foram avaliadas. A idade dos pacientes com CHC foi significativamente maior do que a dos pacientes sem CHC (63 vs 60,5 anos, P=0,025). Uma proporção maior de homens foi observada no grupo CHC (64,4% vs 54%, P=0,329), qual apresentou nível de alfafetoproteína significativamente mais elevado (P=0,003) e menores níveis de albumina em relação ao grupo sem CHC (P=0,012). Elevada variabilidade genética do HCV foi observada. Ao todo, quatro genótipos e sete subtipos foram encontrados. O subtipo 1 b foi o mais frequente em ambos os grupos. Os subtipos encontrados no grupo CHC e cirróticos foram, 1a (13,6%), 1 b (45,7%), 3a (28,8%), 2b (6,8%), 2a (1,7%), 2c (1,7%), 5a (1,7%); e 1a (30%), 1 b (44%), 3a (22%), 2b (2%) e 5a (2%). As mutações R70Q e UC91 M foram observadas principalmente no HCV genótipo 1 b. Não houve associação entre mutações nas posições 70 e 91 na região core do HCV e o desenvolvimento de CHC / Hepatitis C virus (HCV) infection is often persistent and gradually advances from chronic hepatitis (CH) to liver cirrhosis, and hepatocellular carcinoma (HCC) over 20 to 30 years [1-3]. Worldwide, hepatocellular carcinoma is the fifth most common neoplasm and is responsible for more than 600,000 deaths annually due to very poor prognosis. There are about 170 million individuais infected with HCV, corresponding to approximately 3% of world population. Hepatocarcinogenesis is a complex process involving genetic and epigenetic modifications. Studies have reported that amino acid substitutions (a a) at position 70 and 91 of HCV core region may be related to development of HCC. Understanding the pathogenesis of HCV-induced hepatocarcinogenesis is important to identify novel biomarkers and potential therapeutic targets. In this study, the viral genotypes and the presence of mutations in HCV core region were analyzed in 94 patients with HCC, and also in 79 cirrhotic patients (without HCC). HCV core sequences were obtained using population sequencing based on Sanger method. Demographic, biochemical and serological characteristics were also evaluated. The age of patients with HCC were significantly higher than in patients without HCC (63 vs. 60.5 years, P=0.025). High proportion of men was observed in HCC group (64.4% vs 54%, P=0.329). Alpha-fetoprotein levei was significantly higher in HCC group compared to cirrhotic group (P=0.003), and low rates of albumin was observed in cirrhotic group (P=0.012). High genetic variability of HCV was observed, in HCC group, however genotype 1 b was the most common in both groups. Other genotypes were found in HCC group: 1a (13.6%), 1 b (45.7%), 3a (28.8%) 2b (6.8%), 2a (1.7%), 2c (1.7%) and 5a (1.7%). In cirrhotic group was found genotypes 1 a (30%), 1 b (44%), 3a (22%), 2b (2%) and 5a (2%). Mutations R70Q and LlC91 M were mainly observed in individuais infected with HCV genotype 1 b. In the present study, no association between mutations at positions 70 and 91 of HCV

Introdução: O hipotireoidismo congênito é a causa mais frequente de retardo mental evitável, cuja prevalência é de 1/3000 crianças nascidas vivas. Pode ser causado por disgenesia tireoideana (80% dos casos) ou por defeitos de síntese hormonal (20% restantes). As disormonogêneses tem sido associadas a mutações nos genes da tireoperoxidase (TPO), tireoglobulina, dual oxidase 2, pendrina, desalogenase e do simportador sódio/iodo. A tireoperoxidase (TPO) é uma glicoproteína de 105 KDa, localizada na membrana apical do tireócito, responsável pela organificação do iodeto. Até o momento 54 mutações, associadas ao hipotireoidismo congênito foram identificadas no gene TPO. Objetivos: Este estudo visou rastrear mutações no gene TPO em pacientes com hipotireoidismo congênito, com defeito total ou parcial de incorporação de iodeto, e associar o defeito genético com o fenótipo do paciente. Casuística e Métodos: Foram estudados 34 pacientes com hipotireoidismo congênito, 13 com DIIT (descarga de iodeto >50%) e 21 com DIIP (descarga de iodeto entre 25 e 50%) por possível defeito no gene TPO. Os métodos empregados foram: extração do DNA genômico de sangue periférico, amplificação por PCR do promotor e dos 17 exons do gene TPO e dos 33 exons do gene DUOX2 , eletroforese em gel de gradiente denaturante (DGGE) e seqüenciamento. Resultados: Foram identificadas 8 novas alterações de seqüências que levam a troca de aminoácidos: Leu68Ile, Gly319Glu, Ala426Gly, Arg584Gln, Val618Met, Pro883Leu, Ala909Thr, A909fsX49; e 4 já descritas na literatura: 396fsX76, Gln660Gly, Arg665Trp, Cys838Ser. Dois pacientes com DTII apresentaram mutações em homozigose, e dois pacientes (um com DTII e um com DPII) eram portadores de alterações em heterozigose composta. Seis pacientes eram portadores de um único alelo da TPO afetado (três com DPII e três com DTII). Foram identificados também 33 polimorfismos (10 novos). Apenas polimorfismos foram identifiados no gene DUOX2. Conclusão: Foi verificada alta freqüência de mutações monoalélicas em pacientes com DIIT e DIIP. Em ambos os grupos as mutações se localizaram ao longo de todo o gene, tanto no domínio extracelular como no intracelular da proteína. Somente duas mutações foram identificadas em mais de um paciente, mostrando a heterogeneidade genotípica da doença nesta população / I ntroduction: Congenital Hypothyroidism affects 1/3000 birth, is caused by thyroid gland dysgenesis (80%) or inborn errors of the thyroid hormone biosynthesis (20%). Genetics defects of the genes for thyroid peroxidase, (TPO), thyroglobulin, sodium/iodine simporter, dual oxidase 2, and pendrine have been associated to dyshormonogenesis. TPO is a glycoprotein of 105 KDa situated in the apical membrane of the thyroid cell, responsible for iodide organification. At least 54 mutations have been identified in patients with dyshormonogenesis. Objectives: The aim of the study was to identify TPO gene mutations in patients with congenital hypothyroidism with total (DIIT) and partial (DIIP) iodide organification defects and to associate the genetic defect with the phenotype of the patient. Patients and Methods: Thirty four patients with congenital hypothyroidism, 13 with DIIT (iodide discharge >50%) and 21 patients with DIIP (iodide discharge between 25- 50%) due to possible TPO gene defect. Extraction of genomic DNA from peripheral blood, PCR amplification of the promoter, 17 exons of TPO gene and of the 33 exons of DUOX2 gene, denaturant gradient gel electrophoreses (DGGE) and sequencement were performed. Results: Eight new sequence alterations were identified: Leu68Ile, Gly319Glu, Ala426Gly, Arg584Gln, Val618Met, Pro883Leu, Ala909Thr, A909fsX49; and four previously described mutations: 396fsX76, Gln660Gly, Arg665Trp, Cys838Ser. Homozygous mutations were identified in two patients with DTII. Ttwo patients (one with DTII and one with DPII) were carrying compound heterozygous mutations. TPO monoallelic mutations were identified in six patients (3 with DPII and 3 with DTII). Thirty three polymorphisms had also been identified (10 news). Conclusion: High frequency of TPO monoallelic mutations was detected in patients with DIIT and DIIP. In both groups of patients the mutations were located all throughout the gene, in the extracellular as well as in the intracellular domain. Only two mutations have been identified in more than one patient, indicating the genotypic heterogeneity of the illness in this population

Micorrizas arbusculares (MAs) são simbioses mutualistas formadas entre fungos do solo e a maioria das plantas terrestres, principalmente angiospermas. Esta simbiose pode trazer uma série de benefícios para o hospedeiro vegetal, como uma maior absorção de fosfato, um aumento na tolerância ao estresse abiótico e biótico, e resistência a agentes patogênicos, resultando numa melhor adaptação ao meio. É possível que hormônios vegetais estejam envolvidos em eventos de sinalização entre fungos micorrízicos arbusculares e plantas hospedeiras, durante os processos de colonização das raízes e de desenvolvimento dos arbúsculos. Recentes estudos têm demonstrado que durante o estabelecimento da simbiose, ocorre uma reprogramação da expressão de um grande número de genes, e que essas alterações na expressão gênica podem estar associadas a alterações dos níveis de hormônios nas plantas. O objetivo deste trabalho foi avaliar o desenvolvimento de MAs em mutantes de tomateiro cv Micro-Tom (MT) insensível ao ácido jasmônico (jai1-1), superprodutor de etileno (epi) e duplo mutante epijai1 inoculados com Glomus clarum em condições de baixa concentração de fósforo no substrato, e a expressão de genes relacionadas à biossíntese do ácido jasmônico (AJ) (OPR3 e AOC) e do etileno (ET) (ACO4 e ACS2). O mutante jai1-1 não apresentou colonização intrarradicular e o acúmulo de transcritos tanto para a via de biossíntese do AJ como do ET foi relativamente menor do que o controle MT o que sugere a importância do AJ para o desenvolvimento da simbiose.O mutante epi e o duplo mutante apresentaram colonização intraradicular reduzida em relação ao controle MT. O acúmulo de transcritos dos genes da via do ET (ACO4 e ACS2) e do AJ (OPR3 e AOC) foi maior no mutante epi. A insensibilidade ao AJ presente no duplo mutante não impediu o acúmulo de transcritos para as vias de biossíntese do AJ e do ET, o que sugere uma relação sinérgica entre os hormônios vegetais no estabelecimento da simbiose. / Arbuscular mycorrhizal (AM) symbioses are formed between mutualistic soil fungi and most land plants, particularly angiosperms. This symbiosis can bring many benefits to the host plant, such as increased absorption of phosphate, an increase in tolerance to abiotic and biotic stress, and resistance to pathogens, resulting in better adaptation to the environment. Its possible that plant hormones are involved in signaling events between mycorrhizal fungi and host plants during the processes of colonization of roots and development of arbuscules. Recent studies have shown that during the establishment of symbiosis, there is a reprogramming of the expression of a large number of genes, and that these changes in gene expression may be associated with altered levels of hormones in plants. The aim of this study was to evaluate the development of MA in mutants of tomato cv Micro-Tom (MT) insensitive to jasmonic acid (jai1-1), ethylene overproducer (epi) and double mutant epijai1 inoculated with Glomus clarum under low phosphorus concentration in substrate, and the expression of genes related to biosynthesis of jasmonic acid (JA) (and OPR3 AOC) and ethylene (ET) (ACO4 and ACS2). Jai1-1 mutant showed no intraradical colonization and the accumulation of transcripts for both the biosynthesis of JA and ET was less than the control MT suggesting the importance of JA for the development of epi and double mutant symbiosis. The mutant epi and the double mutant showed reduced intraradical colonization when compared to the control MT. The transcript accumulation of the ET (ACO4 and ACS2) and JA (OPR3 and AOC) genes was higher in the mutant epi. The insensitivity to the JA in this double mutant did not prevent the accumulation of transcripts for the biosynthetic pathways of JA and ET, suggesting a synergistic relationship between plant hormones for the establishment of symbiosis.