Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6279.pdf: 1318446 bytes, checksum: 3ea93c315d61578a7b50605db41ae915 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / Among the sheep parasites, Haemonchus contortus is the most prevalent and pathogenic nematode in tropical areas, causing huge economic losses. Alterations in the gene encoding the membrane P-glycoprotein (PgP) have been associated with multidrug resistance. The goal of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) on the PgP gene in H. contortus by comparing two isolates with different status of anthelmintic resistance. For this purpose, two ewes were experimentally infected, one with a susceptible H. contortus isolate (McMaster, Australia) and the other with a multidrug-resistant isolate (Embrapa2010, Brazil). Feces from infected animals were submitted to coproculture in order to obtain larvae and, after the slaughter of the ewes, adults H. contortus were collected from abomasum and individually submitted to DNA extraction. For the evaluation of potential molecular markers of geographic isolation, larvae originating from coprocultures of two other Brazilian isolates (Bahia and Pernambuco), with no determined resistance status, were also submitted to DNA extraction. After PCR amplification of DNA extracted from adults H. contortus, a fragment of the PgP gene was sequenced and six SNPs (position described in relation to the sequence of contig 004690 from the Wellcome Trust Sanger Institute) were identified : 508 (A> G in exon), 580 (G> A), 601 (G> C), 800 (G> A), 845 (G> T), and 878 (G> T), the last five in introns. The Fisher's exact test, applying the Bonferroni correction, revealed a significant association (P<0.01) between 508, 580, 601, 845 and 878 SNPs and the state of resistance to anthelmintics. Among these SNPs, 601 and 878 are in linkage disequilibrium and form the CC haplotype associated (P < 0.05) to resistance and the GG haplotype associated to susceptibility. Considering that there is considerable genetic differentiation between different continental areas in H. contortus, the frequencies of the SNPs were compared between the Brazilian isolates and the susceptible Australian one. It was found that the SNPs 580 and 845 may be associated with geographic isolation. We conclude that the 508, 601 and 878 SNPs in the P-glycoprotein gene can be molecular markers for multiple resistance to anthelmintics, and that the 580 and 845 SNPs can be candidate markers of geographical isolation in H. contortus. We developed software for Risk Analysis Development of Parasitic Resistance to Anthelmintics in Sheep (SARA) which will provide information that may guide the rational use of anthelmintics. / Among the sheep parasites, Haemonchus contortus is the most prevalent and pathogenic nematode in tropical areas, causing huge economic losses. Alterations in the gene encoding the membrane P-glycoprotein (PgP) have been associated with multidrug resistance. The goal of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) on the PgP gene in H. contortus by comparing two isolates with different status of anthelmintic resistance. For this purpose, two ewes were experimentally infected, one with a susceptible H. contortus isolate (McMaster, Australia) and the other with a multidrug-resistant isolate (Embrapa2010, Brazil). Feces from infected animals were submitted to coproculture in order to obtain larvae and, after the slaughter of the ewes, adults H. contortus were collected from abomasum and individually submitted to DNA extraction. For the evaluation of potential molecular markers of geographic isolation, larvae originating from coprocultures of two other Brazilian isolates (Bahia and Pernambuco), with no determined resistance status, were also submitted to DNA extraction. After PCR amplification of DNA extracted from adults H. contortus, a fragment of the PgP gene was sequenced and six SNPs (position described in relation to the sequence of contig 004690 from the Wellcome Trust Sanger Institute) were identified : 508 (A> G in exon), 580 (G> A), 601 (G> C), 800 (G> A), 845 (G> T), and 878 (G> T), the last five in introns. The Fisher's exact test, applying the Bonferroni correction, revealed a significant association (P<0.01) between 508, 580, 601, 845 and 878 SNPs and the state of resistance to anthelmintics. Among these SNPs, 601 and 878 are in linkage disequilibrium and form the CC haplotype associated (P < 0.05) to resistance and the GG haplotype associated to susceptibility. Considering that there is considerable genetic differentiation between different continental areas in H. contortus, the frequencies of the SNPs were compared between the Brazilian isolates and the susceptible Australian one. It was found that the SNPs 580 and 845 may be associated with geographic isolation. We conclude that the 508, 601 and 878 SNPs in the P-glycoprotein gene can be molecular markers for multiple resistance to anthelmintics, and that the 580 and 845 SNPs can be candidate markers of geographical isolation in H. contortus. We developed software for Risk Analysis Development of Parasitic Resistance to Anthelmintics in Sheep (SARA) which will provide information that may guide the rational use of anthelmintics. / Entre os parasitas de ovinos, Haemonchus contortus é o nematoide mais prevalente e patogênico em áreas tropicais, causando grandes perdas econômicas. As alterações no gene que codifica a glicoproteína-P de membrana (PgP) foram associadas com a resistência a múltiplas drogas. Assim, o objetivo deste estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no gene PgP em H. contortus por comparação de dois isolados com diferentes status de resistência a anti-helmínticos. Para esse fim, uma ovelha foi infectada experimentalmente com o isolado suscetível (McMaster, Austrália) e outra ovelha com o isolado multirresistente (Embrapa2010, Brasil) de H. contortus. Fezes dos animais infectados foram submetidas à coprocultura para a obtenção de larvas e, após o abate das ovelhas, H. contortus adultos foram colhidos do abomaso e individualmente submetidos à extração de DNA. Para a avaliação de possíveis marcadores moleculares de isolamento geográfico, larvas oriundas de coprocultura de dois outros isolados brasileiros (Bahia e Pernambuco), com status de resistência não determinado, também foram submetidas à extração de DNA. Após amplificação por PCR do DNA extraído de H. contortus adultos, um fragmento do gene PgP foi sequenciado e foram identificados seis SNPs (posição descrita em relação à sequência do contig 004690 do Wellcome Trust Sanger Institute): 508 (A>G, em éxon), 580 (G>A), 601 (G>C), 800 (G>A), 845 (G>T) e 878 (G>T), os cinco últimos em íntrons. O teste exato de Fisher, por meio da correção de Bonferroni, revelou associação significativa (P<0,01) entre os SNPs 508, 580, 601, 845 e 878 e o estado de resistência a anti-helmínticos. Desses SNPs, o 601 e o 878 estão em desequilíbrio de ligação e formam os haplótipos CC, que está associado (P<0,05) à resistência, e GG, à suscetibilidade. Levando em consideração que em H. contortus há considerável diferenciação genética entre áreas continentais distintas, as frequências dos SNPs foram comparadas entre os isolados brasileiros e o isolado suscetível australiano e foi verificado que os SNPs 580 e 845 podem estar associados ao isolamento geográfico. Conclui-se que os SNPs 508, 601 e 878 no gene de glicoproteína-P podem ser marcadores moleculares para a resistência múltipla a anti-helmínticos, e os SNPs 580 e 845 candidatos a marcadores de isolamento geográfico em H. contortus. Nós desenvolvemos um software para Análise de Risco de Desenvolvimento de Resistência Parasitária a Anti- Helmínticos em Ovinos (SARA) que fornecerá informações que poderão orientar a utilização racional de anti-helmínticos. / Entre os parasitas de ovinos, Haemonchus contortus é o nematoide mais prevalente e patogênico em áreas tropicais, causando grandes perdas econômicas. As alterações no gene que codifica a glicoproteína-P de membrana (PgP) foram associadas com a resistência a múltiplas drogas. Assim, o objetivo deste estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no gene PgP em H. contortus por comparação de dois isolados com diferentes status de resistência a anti-helmínticos. Para esse fim, uma ovelha foi infectada experimentalmente com o isolado suscetível (McMaster, Austrália) e outra ovelha com o isolado multirresistente (Embrapa2010, Brasil) de H. contortus. Fezes dos animais infectados foram submetidas à coprocultura para a obtenção de larvas e, após o abate das ovelhas, H. contortus adultos foram colhidos do abomaso e individualmente submetidos à extração de DNA. Para a avaliação de possíveis marcadores moleculares de isolamento geográfico, larvas oriundas de coprocultura de dois outros isolados brasileiros (Bahia e Pernambuco), com status de resistência não determinado, também foram submetidas à extração de DNA. Após amplificação por PCR do DNA extraído de H. contortus adultos, um fragmento do gene PgP foi sequenciado e foram identificados seis SNPs (posição descrita em relação à sequência do contig 004690 do Wellcome Trust Sanger Institute): 508 (A>G, em éxon), 580 (G>A), 601 (G>C), 800 (G>A), 845 (G>T) e 878 (G>T), os cinco últimos em íntrons. O teste exato de Fisher, por meio da correção de Bonferroni, revelou associação significativa (P<0,01) entre os SNPs 508, 580, 601, 845 e 878 e o estado de resistência a anti-helmínticos. Desses SNPs, o 601 e o 878 estão em desequilíbrio de ligação e formam os haplótipos CC, que está associado (P<0,05) à resistência, e GG, à suscetibilidade. Levando em consideração que em H. contortus há considerável diferenciação genética entre áreas continentais distintas, as frequências dos SNPs foram comparadas entre os isolados brasileiros e o isolado suscetível australiano e foi verificado que os SNPs 580 e 845 podem estar associados ao isolamento geográfico. Conclui-se que os SNPs 508, 601 e 878 no gene de glicoproteína-P podem ser marcadores moleculares para a resistência múltipla a anti-helmínticos, e os SNPs 580 e 845 candidatos a marcadores de isolamento geográfico em H. contortus. Nós desenvolvemos um software para Análise de Risco de Desenvolvimento de Resistência Parasitária a Anti- Helmínticos em Ovinos (SARA) que fornecerá informações que poderão orientar a utilização racional de anti-helmínticos.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-14Bitstream added on 2014-06-13T20:45:16Z : No. of bitstreams: 1 meirelles_sl_dr_jabo_prot.pdf: 325686 bytes, checksum: 5b1303e4e98a3092a0fa9f1e186529b9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) / A espessura de gordura subcutânea (EGS) e a área de olho de lombo (AOL) são características importantes ligadas à eficiência de produção e à qualidade da carne bovina. Para considerá-las em um programa de avaliação genética e/ou de seleção assistida por marcadores, é necessário quantificar sua variação genética aditiva e validar marcadores moleculares associados a elas. Desta forma, o objetivo neste trabalho foi contribuir para o melhoramento genético da raça Canchim por meio do estudo das características de carcaça EGS e AOL e de peso, obtidas em média aos 18 meses de idade, com abordagens quantitativas e moleculares. Dados de 987 animais da raça Canchim (5/8 Charolês + 3/8 zebu) e MA (filhos de touros Charolês e vacas 1/2 Canchim + 1/2 zebu), machos e fêmeas criados em pastagens, nascidos entre 2003 e 2005, foram analisados pelo método dos quadrados mínimos, cujo modelo estatístico incluiu os efeitos de ano de nascimento, rebanho, sexo, grupo genético e idade à medição (covariável). Foram feitas análises uni e bicaracterísticas utilizando-se um modelo animal que incluiu, além de efeitos fixos, os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual, por meio do método da máxima verossimilhança restrita, para estimar as herdabilidades e as correlações genéticas entre as características. Foram realizadas análises para verificar efeitos de cinco marcadores moleculares (BMS490 e ETH10 do cromossomo 5, INRA133 e ILSTS090 do cromossomo 6 e BMS2142 do cromossomo 19) sobre as características EGS e AOL, com modelo estatístico igual ao anterior mais o efeito do genótipo para o marcador... / Carcass traits like back fat thickness (BFT) and rib eye area (REA) are important to determine production efficiency and beef quality. To consider them as selection criteria in genetic evaluation and marker assisted selection programs, it is necessary to quantify their additive genetic variation and to evaluate the existence of genetic markers associated to them. The objective in this work was to contribute to the Canchim breeding program through the study of BFT, REA and body weight (BW), using quantitative and molecular informations. Data on 987 eighteen months old Canchim (5/8 Charolais + 3/8 zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and 1/2 Canchim + 1/2 Zebu cows) bulls and heifers, grown on pasture, born from 2003 to 2005, were analyzed by the least squares method, with a model that included the fixed effects of year of birth, herd, sex, genetic group and age (covariate). One and two-trait analyses with a model that included fixed effects and the additive direct and residual random effects, by the restricted maximum likelihood method, were undertaken to estimate heritabilities and genetic correlations among the traits. Statistical analyses to verify the effect of five genetic markers (BMS490 and ETH10 in chromosome 5, INRA133 and ILSTS090 in chromosome 6 and BMS2142 in chromosome 19) on BFT and REA were also realized with a similar model, but including the genotype of a marker as a fixed effect. All effects included in the model for the analyses of variance significantly affected all traits studied, with the exception of year of birth for REA and of sex for BFT. In general, bulls... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-02-28T15:12:17Z No. of bitstreams: 1 PGPV16MA213.pdf: 884034 bytes, checksum: 7cc478a7cc0d8b7316468ee785e7565f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-28T15:12:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV16MA213.pdf: 884034 bytes, checksum: 7cc478a7cc0d8b7316468ee785e7565f (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / Microsatellites or simple sequence repeats (SSR) are co-dominant and highly polymorphic genetic markers used for population genetic studies. Mimosa scabrella Benth., popularly known as ‘‘bracatinga’’, is a pioneer and endemic species of Brazil, occurring in Mixed Ombrophilous Forest associated to Brazilian Atlantic Rainforest biome. It is a fast-growing tree of Fabaceae family which facilitates the dynamics of ecological succession. SSR development when there is no sequence is time and labor intensive, there are no molecular markers for Mimosa scabrella Benth. Due to reduced time, the use of second generation sequencing is a powerful tool for microsatellite development for population genetic studies. This current project proposed to develop and validate the first microsatellite markers for the species, evaluating mother trees and progenies. Using Second Generation Sequencing of Illumina platform, this project identified 290 SSR loci e 211 primer pairs. A subset of 11 primer pairs was synthetized with fluorescence in the Forward primer for PCR and capillary electrophoresis validation with leaf DNA of 33 adult and 411 progeny individuals. Polymorphic loci percentage was 36, four in 11 loci, 3 chloroplast SSR and one nuclear SSR. Allele number of polymorphic loci ranged from two to 11 alleles considering all sampling. Second-generation sequencing has enabled a large number of microsatellite loci identification for bracatinga, resulting in SSR markers development for the species. The assessed and validated SSR markers are suitable and useful for analysis and population genetic studies. Other SSR markers were identified, but still need to be synthesized and evaluated for polymorphism and consistency between mother trees and progenies for validation / Microssatélites ou simple sequence repeats (SSR) são marcadores genéticos codominantes e altamente polimórficos usados para estudos de genética de populações. Mimosa scabrella Benth., popularmente conhecida como bracatinga, é uma espécie pioneira e endêmica do Brasil, ocorrendo na Floresta Ombrófila Mista, associado ao bioma Mata Atlântica. É uma espécie arbórea da família Fabaceae, de rápido crescimento, que facilita a dinâmica de sucessão ecológica. O desenvolvimento de SSR quando não há sequências é demorado e laborioso, e não há marcadores moleculares desenvolvidos para Mimosa scabrella Benth. Devido ao tempo reduzido, o uso de sequenciamento de segunda geração é uma ferramenta poderosa para o desenvolvimento de microssatélites nos estudos de genética de populações. O presente trabalho se propôs a desenvolver e validar os primeiros marcadores microssatélites para a espécie, avaliando matrizes e progênies. Usando o sequenciamento de segunda geração pela plataforma Illumina, este trabalho identificou 290 locos SSR e 211 pares de primers. Um subconjunto de 11 pares de primers foi sintetizado com fluorescência no primer forward para validação por PCR e eletroforese capilar a partir do DNA de folhas de 33 adultos e 411 progênies. A porcentagem de locos polimórficos foi de 36, quatro locos em 11, três SSR cloroplastidiais e um SSR nuclear. O número de alelos por loco polimórfico variou de 2 a 11 considerando toda a amostragem. O sequenciamento de segunda geração possibilitou a identificação de um grande número de locos microssatélites para a bracatinga, resultando no desenvolvimento de marcadores SSR para a espécie. Os marcadores SSR avaliados e validados são aptos e úteis para análises e estudos de genética de populações. Outros marcadores SSR foram identificados, mas ainda precisam ser sintetizados e avaliados quanto ao polimorfismo e consistência entre matrizes e progênies para validação

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA083.pdf: 3400558 bytes, checksum: fedbf896e2daef8109b07884eb122a44 (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / Brazilian Caipira chicken are hardy birds that, it is believed, show high genetic diversity. However, there is almost no scientific studies that prove the alleged high genetic variability of the Caipira chicken. Studies that investigate this issue are very important, because the scientific evidence of this polymorphism makes the maintenance and conservation of these animals essential. The gene polymorphism is fundamental to the perpetuation of the species, besides being a source of alleles for genetic improvement programs for livestock. The commercial birds, for example, have lost much of their genetic variability because they have been through strict selection processes. Even though these animals are highly productive, some features related to production still deserve the attention of breeders, such as disease resistance. Some brazilian (blue-egg Caipira) chicken. This coloration of the egg shell is characteristic of a South American breed of chickens that participated in the formation of the native caipira chicken. This study used fifteen microsatellite loci to assess the genetic variability of brazilian (blue egg caipira) chicken. The animals were from the city of Two Lajeados - RS. By PCR, the amplicons obtained using a primer labeled with fluorophores were genotyped in an automatic sequencer and the results analyzed using the statistical program ARLEQUIN. It was detected a total of 168 alleles with an average of 11.2 alleles per locus, 288 genotypes, HE = 0.76 and HO = 0.49. These results confirmed the suspicion of high genetic variability in brazilian (blue egg Caipira) chicken / Galinhas caipiras brasileiras são aves rústicas, que, acredita-se, apresentam elevada diversidade genética. Entretanto, quase não há trabalhos científicos que comprovem a suposta alta variabilidade genética das aves caipiras. Trabalhos que investiguem esta questão são muito importantes, pois a comprovação científica deste polimorfismo transforma a manutenção e conservação destes animais imprescindível. O polimorfismo gênico é fundamental para a perpetuação da espécie, além de ser fonte de alelos para programas de melhoramento genético de animais de produção. As aves comerciais, por exemplo, perderam muito de sua variabilidade gênica por terem passado por rigorosos processos de seleção. Mesmo que estes animais sejam altamente produtivos, algumas características relacionadas à produção ainda merecem atenção dos melhoristas, como é o caso da resistência a doenças. Algumas galinhas caipiras brasileiras colocam ovos azuis. Esta coloração da casca do ovo é característica de uma raça sul-americana de galinhas que participou da formação das aves caipiras nacionais. Este trabalho utilizou quinze loci de microssatélites para avaliar a variabilidade genética de galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis. Os animais foram provenientes do município de Dois Lajeados RS. Através da técnica da PCR, os amplicons obtidos com a utilização de iniciadores marcados com fluoróforos foram genotipados em seqüenciador automático e os resultados obtidos analisados através do programa estatístico ARLEQUIN. Foi detectado um total de 168 alelos, com média de 11,2 alelos por locus, 288 genótipos, HE=0,76 e HO=0,49. Estes resultados comprovaram a suspeita de alta variabilidade genética presente em galinhas caipiras brasileiras de ovos azuis

Acute leukemias (AL) comprise a heterogeneous group of hematologic malignancies, and individual patient responses to treatment can be difficult to predict. Monitoring of minimal residual disease (MRD) is thus very important and holds great potential for improving treatment strategies. Common MRD targets include immunoglobulin heavy chain or T-cell receptor gene rearrangements, recurrent cytogenetic abnormalities and mutations in important hematological genes. Whereas in the majority of adult acute lymphoblastic leukemia patients a suitable MRD target can be identified, in adult acute myeloid leukemia patients well-characterized targets are found in only half of cases. The identification of new specific molecular markers of leukemic blasts for MRD assessment, particularly in AML patients, is therefore highly desirable. Our aim was to develop a flexible strategy for mapping of cytogenetically identified unique clone-specific abnormalities down to the single nucleotide level and, based on the sequence, design a specific real-time PCR assay for MRD assessment in AL patients without any previously described MRD marker. Using a combination of cytogenetic (chromosome banding, chromosome microdissection), molecular cytogenetic (mFISH, mBAND) and molecular biological (next- generation sequencing, long-range...

O objetivo da pesquisa foi selecionar isolados de Metarhizium anisopliae patogênicos para cigarrinha-da-raiz, Mahanarva fimbriolata, e caracterizá-los morfológica e geneticamente, por meio de técnicas de análise de DNA (RAPD). A seleção foi feita em laboratório, utilizando ninfas coletadas a campo que foram pulverizadas com o fungo e mantidas nas raízes de mudas de cana-de-açúcar. A mortalidade corrigida, ao quinto dia após a inoculação, variou de 10,5 a 60%. Verificou-se que todos os isolados apresentaram coloração das colônias variando de verde acinzentado ao verde escuro, com crescimento de 28mm para o isolado IBCB-353 à 38mm para o isolado IBCB-348. O comprimento dos conídios não teve influência na patogenicidade e variou de 5,465µm para o isolado IBCB-345 a 7,970µm para o isolado ESALQ 1301 sendo que todos pertencem à subespécie anisopliae. Constatou-se a presença de RNA de fita dupla em onze dos vinte isolados, mas não houve relação entre a presença desta banda e sua patogenicidade para M. fimbriolata. Foi possível separar os isolados em dois grupos (A e B) com 72,5% de similaridade, sendo observada a composição de dois subgrupos (B1 e B2), com 77,5% de similaridade, dentro do grupo B. A alta similaridade entre os dois grupos e dentro de cada um deles, indicou que os isolados pertencem à mesma subespécie, reforçando o que foi concluído com a caracterização morfológica. O método utilizado confirma a grande diversidade genética da espécie M. anisopliae, porém, não reflete sua similaridade de patogenicidade a ninfas de M. fimbriolata, pois os dois isolados mais patogênicos (IBCB-384 e ICBC-348) foram dispostos em grupos diferentes. Não se observou um padrão específico de agrupamento entre isolados oriundos da mesma região ou hospedeiro, ou seja, a diversidade genética parece ser independente do local de origem do fungo, como seria esperado com um patógeno que, em geral, tem revelado alto grau de especialização ao hospedeiro. / This research was carried out to evaluate the pathogenicity of isolates of the entomopatogenic fungus Metarhizium anisopliae against the spittlebug, Mahanarva fimbriolata, and to characterize them morphologically and genetically through RAPD method. The selection was made under laboratory condition, using nymphs collected at field. The fungus was sprayed on the nymphs by a Potter tower (15 pounds/pol2) and then, they were maintained in roots of sugar-cane seedlings. The mortality was evaluated 5 days after the inoculation, ranging from 10.5 to 60%. The colonies’ color varied from grayish green to dark green and the colonies diameter ranged from 28mm (isolate IBCB-353) to 38mm (isolate IBCB-348). The conidia length ranged from 5.465µm for the isolate IBCB-345 to 7.970µm for the isolate ESALQ 1301. With those results it could be concluded that all the studied strains belong to the subspecies anisopliae. The size did not have influence in the pathogenicity of the isolate. It was evidenced presence of double-stranded RNA (virus) in eleven out of the twenty isolates tested, but it did not have relation between the presence of the virus and its pathogenicity for M. fimbriolata. It was possible to separate isolates in two groups (A and B) with 72.5% of similarity, being observed the composition of two sub-groups (B1 and B2), with 77.5% of similarity, inside of group B. The high similarity between the two groups and inside of each one indicated that the isolates belong to the same subspecies, confirming what it was concluded with the morphologic characterization. The used method confirms the great genetic diversity of species M. anisopliae, however, does not reflect its similarity of pathogenicity the nymphs of M. fimbriolata, therefore the two isolated most pathogenic (IBCB-384 and ICBC-348) were located in different fenetic groups. In the present study a specific standard of grouping between isolated deriving of the same region or host was not observed, or either, the genetic diversity seems to be independent on the fungus origin, as it would be expected from a pathogen that, in general, shows high degree of specialization to the host.

Este trabalho teve por objetivo esclarecer a identidade de duas espécies próximas a Doryctobracon areolatus (Szépligeti) e de uma relacionada a Opius bellus Gahan, mencionada na literatura nacional como Opius sp. aff. bellus, por meio da morfometria geométrica e da análise das regiões do ITS2 do rDNA e 28S rDNA D2. As medidas das asas de D. areolatus, Doryctobracon sp. 1 e Doryctobracon sp. 2, O. bellus e Opius sp. aff. bellus, provenientes de diversas localidades brasileiras, foram estudadas por meio da morfometria geométrica. A avaliação de 20 pontos anatômicos nas asas, por meio de análise multivariada revelou a existência de variabilidade interpopulacional em 11 populações de D. areolatus, provenientes de localidades das cinco regiões brasileiras. O estudo morfométrico ainda revelou que Doryctobracon sp. 1 (estigma claro) e Doryctobracon sp. 2 (estigma escuro) diferem entre si e também de D. areolatus (Szépligeti). No entanto, entre os espécimes de O. bellus Gahan e Opius sp. aff. bellus, os resultados apontaram a coespecificidade desses indivíduos. Com base no tamanho do centróide, os resultados apontam a existência de dimorfismo sexual em relação ao tamanho das asas, ou seja, as fêmeas possuem asas relativamente maiores que as dos machos. Nas análises moleculares, os resultados indicaram a ocorrência de variabilidade intraespecífica, com relação ao tamanho do fragmento entre as populações de D. areolatus provenientes dos estados do AP, SP, GO e TO com a utilização dos dois marcadores moleculares (ITS2 e 28S rDNA D2). Porém, entre os espécimes de Doryctobracon sp. 1 (estigma claro) e de Doryctobracon sp. 2 (estigma escuro), essas regiões não variaram quanto ao tamanho, mas diferiram na composição das sequências, revelando que correspondem realmente a duas espécies. Portanto, houve congruência entre os resultados morfométricos e moleculares para essas espécies de Doryctobracon. Entre os espécimes identificados como Opius bellus e Opius sp. aff. bellus, a região do ITS2 indicou a ocorrência de variabilidade intrapopulacional, semelhante à interpopulacional, com elevada similaridade entre as morfoespécies analisadas. No entanto, a região do 28S rDNA D2 apresentou elevada similaridade entre as sequências obtidas, fortalecendo as indicações de que os espécimes considerados como O. bellus Gahan e Opius sp. aff. bellus, na realidade, pertencem à uma única espécie, conclusão também sustentada pelas análises morfométricas. / This study aimed to elucidate the identity of two-closely related species of Doryctobracon areolatus (Szépligeti) and a closely related species of Opius bellus Gahan, commonly referred to as Opius sp. aff. bellus, by using geometric morphometry and molecular analysis (ITS2 rDNA and 28S rDNA D2 regions). The analysis based on 20 landmarks through the multivariate analysis (CVA) revealed the existence of interpopulation variability in the wing morphology of 11 populations of D. areolatus, from five Brazilian regions. The morphometric study also showed that specimens of Doryctobracon sp. 1 (clear stigma) and Doryctobracon sp. 2 (dark stigma) were distinct between themselves and also from D. areolatus (Szépligeti). However, specimens of O. bellus Gahan and Opius sp. aff. bellus were found to be cospecifics. Analysis based on the centroid size indicated the existence of sexual dimorphism in relation to the size of the wings, ie, females had relatively larger wings than males. The molecular analysis indicated intraspecific variability in the size of the fragment between populations of D. areolatus from Amapá, São Paulo, Goiás and Tocantins states for both of the molecular markers used (ITS2 and 28S D2 rDNA). But these markers had similar sizes for Doryctobracon sp. 1 (stigma clearly) and Doryctobracon sp. 2 (dark stigma), with a very different base composition, indicating the existence of two distinctive species. Both molecular and morphometric analysis gave similar results. Among the specimens identified as Opius bellus and Opius sp. aff. bellus, analysis of the ITS2 region indicated the intrapopulation variability was similar to the interpopulation, with high similarity between the morphospecies analyzed. However, the region of the 28S D2 rDNA showed high similarity between the sequences obtained, reinforcing the indication that the specimens taken as O. bellus Gahan and Opius sp. aff. bellus in fact, belong to the same species, which was also supported by morphometric analysis.

O câncer do colo do útero constitui a terceira neoplasia maligna mais comum na população feminina, com aproximadamente 520 mil novos casos e 260 mil óbitos por ano e origina-se a partir da infecção genital persistente pelo Papiloma Vírus Humano (HPV) oncogênico. Os principais HPVs considerados de alto risco oncogênico são os tipos HPV-16 e 18, responsáveis por cerca de 70% de todos os casos de cânceres cervicais (CC) no mundo. Pacientes com CC apresentam taxa de recidiva variando de 8% a 49%. Dentro de dois anos de seguimento, 62% a 89% das recidivas são detectadas. Atualmente, os testes usados para detecção de recidiva são a citopatologia da cúpula vaginal e exames de imagem, porém ainda não estão disponíveis testes específicos. O DNA livre-circulante (cf-DNA) representa um biomarcador não-invasivo facilmente obtido no plasma e soro. Vários estudos mostram ser possível detectar e quantificar ácidos nucléicos no plasma de pacientes com câncer e que as alterações no cfDNA potencialmente refletem mudanças que ocorrem durante a tumorigênese. Essa ferramenta diagnóstica não-invasiva pode ser útil no rastreio, prognóstico e monitoramento da resposta ao tratamento do câncer. Portanto, o desenvolvimento e a padronização de testes laboratoriais não invasivos capazes de identificar marcadores tumorais e diagnosticar precocemente a recidiva da doença aumentam a chance de cura através da utilização dos tratamentos preconizados. Sendo assim, este estudo tem o objetivo de detectar o DNA de HPV no plasma de pacientes com CC para avaliar sua potencial utilidade como marcador precoce de recidiva. Um fragmento de tumor e sangue de pacientes com CC, atendidas no ICESP e HC de Barretos, foram coletados antes do tratamento. Entraram no estudo 137 pacientes nas quais o tumor foi positivo para HPV-16 ou 18, sendo 120 amostras positivas para HPV-16 (87,6%), 12 positivas para HPV-18 (8,8%) e cinco positivas para HPV-16 e 18 (3,6%). A média de idade das pacientes deste estudo foi de 52,5 anos. Plasma de 131 pacientes com CC da data do diagnóstico e de 110 pacientes do seguimento foram submetidas ao PCR em Tempo Real HPV tipo específico. A presença do DNA de HPV no plasma pré-tratamento foi observada em 58,8% (77/131) com carga viral variando de 204 cópias/mL a 2.500.000 cópias/mL. A positividade de DNA no plasma pré-tratamento aumentou com o estadio clínico do tumor: I - 45,2%, II - 52,5%, III - 80,0% e IV - 76,9%, (p=0,0189). A presença do DNA de HPV no plasma pós-tratamento foi observada em 27,3% (30/110). A média de tempo das recidivas foi de 3,1 anos (2,7 - 3,5 anos). O DNA de HPV foi positivo até 460 dias antes do diagnóstico clínico da recidiva. As pacientes com DNA de HPV no plasma apresentaram pior prognóstico, tanto sobrevida como o tempo livre de doença, em relação às que foram negativas. Nas pacientes com CC a presença de HPV no plasma de seguimento pode ser um marcador precoce útil para o monitoramento da resposta terapêutica e detecção de pacientes com risco aumentado de recidiva e progressão da doença. / Cervical cancer (CC) is the third most common malignancy in the female population, with approximately 520,000 new cases and 260,000 deaths per year. It is caused by a persistent genital infection with oncogenic Human Papillomavirus (HPV). The HPV-16 and 18 types are considered of high risk and account for about 70% of all cases in the world. Patients with CC have a relapse rate ranging from 8% to 49%. Within two years of follow up, 62% to 89% of relapses are detected. Nowadays, the tests used to detect recurrence are cytopathology from the vaginal vault and imaging tests, but there are no available specific tests yet. The cell-free circulating DNA (cf-DNA) is a non-invasive biomarker easily obtained from plasma and serum. Several studies have shown the possibility to detect and quantify nucleic acids in the plasma of cancer patients and that the changes in cf-DNA potentially reflect the changes that occur during tumorigenesis. This non-invasive diagnostic tool may be useful in screening, prognosis and monitoring response to treatment. Therefore, the development and standardization of non-invasive laboratory tests that are able to identify tumour markers and to make early diagnosis of the disease recurrence increase the chance of cure by appropriate treatments. Accordingly, this study aims to detect HPV DNA in the plasma of patients with CC to assess its potential utility as an early marker of recurrence. A tumour biopsy and blood of patients with CC, attended in ICESP and HC Barretos, were collected before treatment. 137 patients entered the study tumour being positive for HPV-16 or 18, 120 samples positive for HPV-16 (87.6%), 12 positive for HPV-18 (8.8%) and five positive for HPV -16 and 18 (3.6%). The average age of patients in this study was 52.5 years old. Plasma from patients with CC, 131 from the date of diagnosis and 110 from follow-up of were subjected to Real-Time PCR HPV type-specific. The presence of HPV DNA in plasma pre-treatment was observed in 58.8% (77/131) with viral load ranging from 204 copies / ml to 2,500,000 copies / mL. The DNA positivity in the pre-treatment plasma increased with advancing clinical tumour stage: I - 45.2%, II - 52.5%, III - 80.0% IV - 76.9%, (p = 0.0189). The presence of HPV DNA in the post-treatment plasma was observed in 27.3% (30/110). The average time of relapse was 3.1 years (2.7 to 3.5 years). HPV DNA was positive for up to 460 days before clinical diagnosis of recurrence. Considering survival and remission analysis, the patients who had the presence of HPV DNA in plasma had a worse prognosis compared to those who were negative. The overall survival and remission interval showed a significant association between the presence of HPV DNA in plasma and recurrence of the disease, indicating that in patients with CC HPV DNA in the plasma can be a useful early marker for monitoring and detection of the therapeutic response of patients at increased risk of relapse and progression of the disease.

Made available in DSpace on 2014-07-29T16:24:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao parte1 Jacqueline Barbosa Nascimento.pdf: 1291521 bytes, checksum: ef55c75fec1063463f1ffa9e64823479 (MD5) Previous issue date: 2011-02-15 / Among the biotic stresses, insect pests are considered a major threat to to increasing world rice production and the stem borers are one of the most destructive pests. Due to the behavior of the caterpillar in D. saccharalis in staying inside the stems of rice plants and the difficulty to be controlled by chemicals, the use of cultivars resistant to this pest is in a viable method of controlling this not imposed because of production costs and is environmentally safe. This study had as main objective to observe the response of 34 accessions of rice to the attack of stem borer D. saccharalis, assessing and describing the morphological characteristics of plants associated with resistance to this rice-stem borer and analyze, using microsatellite markers, the genetic diversity of these accessions. The experiment was conducted in greenhouse condition at Embrapa Rice and Beans Research Center using randomized complete block design with four replications. During the assessment of some plants were determined quantitative and qualitative characters of rice accessions related to the attack of larvae of D. saccharalis. The quantitative characters were the number of living larvae/stem, weight of surviving worms, the inner diameter of the stem, stem attacked number and percentage of stems attacked. The qualitative characters were the kind of ligule and pubescence of the leaf. Accesses more favorable survival of larvae IAC 47 and Ti Ho Hung showed that on average 10.37 and 10.25 larvae. Larvae with greater weight (0,0986 g e 0,0862 g) were found in two VT "Canela de Ferro" (CA 780099 and CA 790164). The highest inner diameter of the stem was found in two VT "Canela de Ferro" (CA 790164 and CA 980007) that showed 3.18 mm. The accessions introduced Ti Ho Hung and Chiang an Tsao Pai Ku showed an average in the most damaged stalks (7,04 stems for both cultivars). The percentage of attack between the LCI ranged from 49% to 93% in accesses C 409 and Ti Ho Hung. Among the hits that make up the stratum of the LCB the percentage of attack ranged from 45% to 88% at Bonança and IAC 47. Among the VT "Canela de Ferro", the hits that showed the values smaller and larger numbers of stems were damaged CA 790167 and CA 810055 (95 and 57% respectively). The number of surviving worms showed significant positive correlation with the average weight of larvae and number of stems attacked. The inner diameter of the stem showed a significant positive correlation with the average weight of larvae. In this sense, the larvae were found in the heaviest hits with the largest stem diameter, showing the positive effect of this feature. The qualitative characters that predominated among accessions of rice was pubescence of the leaf type flat and shape of ligule type split. For molecular analysis of rice accessions were used 24 microsatellite markers. The PIC identified by this set of markers ranged from 0.10 (RM 171) to 0.87 (OG 106), averaging 0.63. The number of alleles was between four (RM 171) and 28 (RM 14), totaling 243 alleles with an average of 10.12 alleles/locus and between alleles 92 were private. The marker that detected the highest number of private alleles was RM 14 with thirteen alleles and the accessions with the highest numbers of private alleles were IR 42 and TKM 6. The combined value of PI was 1.005 x10-18 and by correspondence factor analysis (CFA) showed the spatial distribution of genetic variation within the set of accessions analyzed and verified that the LCI IR 42 and TKM 6 were distinguished from other accesses. The other cultivars and lines introduced formed a group with high genetic similarity between them, the same way, the traditional varieties and cultivars in Brazil found themselves closer. The dendrogram produced a cophenetic coefficient r = 0.82 and the average genetic distance of Rogers-W was 0.62 and this value was used as the cutoff point for identifying groups most similar. We observed the formation of five distinct groups. However, despite the presence of these five groups, four accessions remained non-grouped or isolated, which were Primavera, "Canela de Ferro - CA 220268, Su Yai 20 and TKM 6. With the exception of access Ti Ho Hung, the other LCI morphological traits (hairy leaves and stem inner diameter smaller than 2.5 mm) remained similar and grouped into the molecular analysis. Overall, the VT "Canela de Ferro" were similar for response to attack D. saccharalis. Plants of these accessions have smooth leaves and stems with an internal diameter larger than 2.5 mm. Only one access (CA 220268) had an inner diameter of the stem smaller than 2.5 mm and not associated with the group of "Canela de Ferro" in the molecular analysis. The LCB were less attacked the VT "Canela de Ferro". However, the morphological characteristics of plants of some accessions of LCB were similar to those of VT "Canela de Ferro", as in access IAC 47, Caiapó and Confiança showed that inner diameter greater than 2.5 mm stem and leaves with pubescence of the leaf type flat. The present results indicate that the morphological and molecular analysis were able to separate the accessions of rice in different groups. With respect to morphological characteristics, we separated the accessions into groups that responded differently to the attack of stem borer D. saccharalis. Molecular analysis of the access allowed to evaluate high degree of detail the level of genetic variability among accessions, and allows the determination of the genetic relationship between them. The verification of the presence of significant genetic variability among 34 accessions provides evidence that these can be used by the rice breeding programs in Brazil as a way to increase the genetic base of Brazilian accessions of rice, allowing the emergence of new allele combinations and adaptations to specific environments, which can provide, for example, a reduction of vulnerability to insect pests. / Entre os estresses bióticos, os insetos-praga são considerados uma grande ameaça ao aumento da produção orizícola mundial e entre os grupos mais destrutivos encontra-se as brocas-do-colmo. Devido ao comportamento da lagarta D.saccharalis em alojar-se no interior do colmo de plantas de arroz e pela dificuldade de ser controlada por meio de produtos químicos, a utilização de cultivares resistentes a esta praga constitui-se em um método de controle viável isto porque não onera os custos de produção e é seguro ao ambiente. Este trabalho teve como principais objetivos observar a resposta de 34 acessos de arroz ao ataque da broca-do-colmo D. saccharalis, avaliando e descrevendo características morfológicas das plantas associadas à resistência de arroz a esta broca-docolmo e analisar, através de marcadores microssatélites, a diversidade genética destes acessos. O experimento foi conduzido em casa telada da Embrapa Arroz e Feijão utilizando delineamento experimental em blocos casualizados com quatro repetições. Durante a avaliação das plantas foram determinados alguns caracteres quantitativos e qualitativos dos acessos de arroz relacionados ao ataque de lagartas de D. saccharalis. Os caracteres quantitativos foram o número de lagartas vivas/colmo, o peso de lagartas sobreviventes, o diâmetro interno do colmo, o número de colmos atacados e a percentagem de colmos atacados. Já os caracteres qualitativos foram o tipo de lígula e pubescência do limbo foliar. Os acessos mais favoráveis a sobrevivência de lagartas foram IAC 47 e Ti Ho Hung que apresentaram em média 10,37 e 10,25 lagartas. As lagartas com maior peso (0,0986 g e 0,0862 g) foram encontradas em duas VT Canela de ferro (CA 780099 e CA 790164). O maior valor de diâmetro interno do colmo foi encontrado em duas VT Canela de ferro (CA 790164 e CA 980007) que apresentaram 3,18 mm. Os acessos introduzidos Ti Ho Hung e Chiang an Tso Pai Ku apresentaram em média os colmos mais danificados (7,04 colmos para as duas cultivares). A percentagem de ataque entre as LCI variou entre 49% a 93% nos acessos C 409 e Ti Ho Hung. Entre os acessos que compõe o estrato das LCB a percentagem de ataque variou de 45% a 88% em Bonança e IAC 47. Já entre as VT Canela de ferro , os acessos que apresentaram os valores de menor e maior número de colmos danificados foram CA 790167 e 810055 (95 e 57%, respectivamente). O número de lagartas sobreviventes apresentou correlação positiva e significativa com o peso médio de lagartas e número de colmos atacados. O diâmetro interno do colmo apresentou uma correlação positiva e significativa com o peso médio de lagartas. Neste sentido, as lagartas mais pesadas foram encontradas nos acessos com o maior diâmetro de colmo, mostrando o efeito positivo desta característica. Os caracteres qualitativos que predominaram entre os acessos de arroz foi pubescência do limbo foliar do tipo glabra e o formato da lígula do tipo fendida. Para análise molecular dos acessos de arroz foram utilizados 24 marcadores microssatélites. O PIC identificado por este conjunto de marcadores variou de 0,10 (RM 171) a 0,87 (OG 106), com média de 0,63. O número de alelos detectados ficou compreendido entre quatro (RM 171) e 28 (RM 14), totalizando 243 alelos e média de 10,12 alelos/loco e entre os alelos identificados 92 foram privados. O marcador que detectou o maior número de alelos privados foi o RM 14 com treze alelos e os acessos com os maiores números de alelos privados foram IR 42 e TKM 6. O valor combinado de P.I. foi de 1,005x10-18 e através da análise fatorial de correspondência (AFC) observou a distribuição espacial da variabilidade genética do conjunto de acessos analisados e verificou-se que as LCI TKM 6 e IR 42 distinguiram-se dos demais acessos. As demais cultivares e linhagens introduzidas formaram um grupo com maior similaridade genética entre si, da mesma maneira, as variedades tradicionais e as cultivares brasileiras encontraram-se mais próximas. O dendrograma obtido produziu um coeficiente cofenético r=0.82 e a distância genética média de Rogers-W foi de 0.62 e este valor foi utilizado como ponto de corte para a identificação de grupos mais similares. Observou-se a formação de cinco grupos distintos. Porém, apesar da presença destes cinco grupos, quatro acessos permaneceram não-agrupados ou isolados, que foram Primavera, Canela de Ferro - CA 220268, Su Yai 20 e TKM 6. Com exceção do acesso Ti Ho Hung, as demais LCI apresentaram características morfológicas (folhas pilosas e diâmetro interno do colmo menor que 2,5mm) semelhantes e se mantiveram agrupadas nas análises moleculares. De forma geral, as VT Canela de Ferro apresentaram-se semelhantes quanto à resposta ao ataque de D. saccharalis. As plantas destes acessos possuem folhas lisas e colmos com diâmetro interno maior que 2,5 mm. Somente um acesso (CA 220268) apresentou diâmetro interno do colmo menor que 2,5 mm e não se associou ao grupo das Canelas de Ferro nas análises moleculares. As LCB mostraram-se menos atacadas que as VT Canelas de Ferro . Porém, as características morfológicas das plantas de alguns acessos das LCB foram semelhantes as das VT Canela de Ferro , como nos acessos IAC 47, Caiapó e Confiança que apresentaram diâmetro interno do colmo maior que 2,5 mm e folhas com pubescência do limbo foliar do tipo glabra. Os resultados obtidos nesse trabalho indicam que as características morfológicas e análises moleculares foram capazes de separar os acessos de arroz em diferentes grupos. Com relação às características morfológicas, foi possível separar os acessos em grupos que responderam de forma diferente ao ataque da broca-do-colmo D. saccharalis. A análise molecular dos acessos permitiu avaliar com alto grau de detalhamento o nível da variabilidade genética existente entre os acessos, além de permitir a determinação da relação genética entre eles. A verificação da presença de variabilidade genética expressiva entre os 34 acessos fornece indícios de que estes podem ser utilizados pelos programas de melhoramento do arroz no Brasil como uma alternativa para aumentar a base genética dos acessos de arroz brasileiros, permitindo o surgimento de novas combinações alélicas e adaptações a ambientes específicos, o que pode proporcionar, por exemplo, uma redução da vulnerabilidade a insetos-praga.

O CBC é o câncer mais comum hoje, causado pela UV que ao atingir a pele origina mutações no DNA que se não reparadas podem levar a tumorigênese. Este estudo avalia seqüências repetitivas (microssatélites e RAPD) na busca de marcadores moleculares e de genes envolvidos no surgimento deste tipo de tumor. Os padrões foram obtidos por PCR utilizando como molde DNA genômico de tumores, pele normal e leucócitos. Foram avaliados 34 tumores. Alterações nos microssatélites foram correlacionadas com o CBC esclerodermiforme e nos RAPD (OPB-08) com tumores micronodulares. Alterações de microssatélites e RAPDs apresentam correlação com o maior número de lesões em um mesmo paciente. Indicando um acompanhamento mais atento de pacientes mais alterados. A busca de novos genes envolvidos no CBC identificou DENND1A no cromossomo 9, putativamente menos expresso em cânceres de pele, porém com relação indeterminada com a carcinogênese e BANP/SMAR1, supressor tumoral que atua na via do p53, afeta a transcrição da ciclina D1 e inibe a sinalização da via TGFb promovendo a carcinogênese / BCC is the most common cancer today, caused by UV that generates mutation on the DNA of skin cells, which if not repaired may lead to tumorigenesis. This study evaluates repetitive sequences (microsatellites and RAPD) searching for molecular markers and genes involved in the development of this tumor. The patterns were obtained by PCR using as template genomic DNA from 34 tumors, normal skin and leucocytes. Microsatellite alterations are correlated with sclerosing BCC and RAPDs with micronodular BCC (OPB-08). Alterations in microsatellites and RAPD are correlated with an increase in the number of tumors in a patient. This indicates a more careful follow up for the more altered patients. The search for new genes involved with BCC identified DENND1A on chromosome 9, putatively less expressed in skin cancers, whose relation to carcinogenesis is undetermined and BANP/SMAR1, a tumor suppressor acting on the p53 pathway, affecting cyclin D1 transcription and inhibiting TGFb signaling pathway, promoting carcinogenesis