Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-08-22T18:40:41Z No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-28T17:10:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T17:10:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) Previous issue date: 2018-08-22 / Fundação Universidade de Brasília (FUB); Fundação de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF) e Secretaria de Educação do Distrito Federal (SEDF). / Cryptococcus neoformans é um basidiomiceto caracterizado pela presença de cápsula polissacarídica. Esse fungo é o agente patogênico da criptococose, uma doença oportunista que leva a mais de 180.000 mortes anuais. Até o presente, não foram identificadas, nesse patógeno, proteínas de reparo ao dano de DNA O6-alcilguanina (O6-alcilG), gerado pela alcilação da posição O6 de guaninas. O6-alcilG leva a erro de pareamento de bases nitrogenadas, causando mutação. Análises de bioinformática (FungiDB, UniProt, BLAST e Clustal Omega) da sequência de DNA CNAG_02105 de C. neoformans sugeriram que essa sequência poderia codificar Atl1 (Alkyltransferase-like protein), proteína de reparo a O6-alcilG. Uma vez que o hospedeiro humano não possui Atl1, uma Atl1 de C. neoformans poderia representar um alvo para fármacos de ação seletiva sobre esse fungo. Neste trabalho, buscou-se obter uma linhagem de C. neoformans mutante para o gene putativo ATL1 (CNAG_02105), com o objetivo de caracterizar seus principais atributos de virulência e fenótipos. As linhagens atl1Δ não apresentaram diferenças na termotolerância, expansão da cápsula polissacarídica, melanização da parede celular, produção de urease, desenvolvimento do ciclo sexual e virulência em Galleria mellonella quando comparadas às linhagens controle. Não foram detectadas alterações de fenótipo de crescimento de atl1Δ em condições de estresse osmótico, estresse de parede celular e estresse oxidativo. Também não foi identificada sensibilidade aumentada do mutante ao agente genotóxico hidroxiureia, à exposição à radiação UV, a fluconazol e a diferentes pHs. Por outro lado, as linhagens atl1Δ apresentaram hipersensibilidade ao agente alcilante EMS (etil metanossulfonato), mas não a MMS (metil metanossulfonato) ou ENU (etil nitrosoureia). O EMS gera O6-etilguanina, dano de DNA que é reparado pela proteína Atl1. Coletivamente, a bioinformática e as análises experimentais sugerem que CNAG_02105 codifica uma putativa Atl1 em C. neoformans. / Cryptococcus neoformans is a basidiomycete characterized by the presence of a polysaccharide capsule. This fungus is the pathogenic agent of cryptococcosis, an opportunistic disease that leads to more than 180,000 annual deaths. To date, no repair proteins to the DNA damage of O6-alkylguanine (O6-alkylG), generated by alkylation of the position O6 of guanines. O6-alkylG leads to mismatch of nitrogenous bases, causing mutation. Bioinformatics analyzes (FungiDB, UniProt, BLAST and Clustal Omega) of the C. neoformans DNA sequence CNAG_02105 suggested that this sequence could encode Atl1 (Alkyltransferase-like protein), an O6-alkylG repair protein. Since the human host does not have Atl1, an Atl1 of C. neoformans could represent a target for selective action drugs on this fungus. In this work, we aimed to obtain a C. neoformans mutant srain for the putative ATL1 gene (CNAG_02105), in order to characterize its main virulence attributes and phenotype. The strains atl1Δ did not present differences in thermotolerance, polysaccharide capsule expansion, cell wall melanization, urease production, sexual cycle development and virulence in Galleria mellonella when compared to control strains. No changes in atl1Δ growth phenotype were detected under conditions of osmotic stress, cell wall stress and oxidative stress. No increased sensitivity of the mutant to the genotoxic hydroxyurea agent, exposure to UV radiation, fluconazole and different pHs was also identified. On the other hand, the atl1Δ strains showed hypersensitivity to EMS (ethyl methanesulfonate), but not to MMS (methyl methanesulphonate) or ENU (ethyl nitrosourea). EMS generates O6-ethylguanine, DNA damage that is repaired by the Atl1 protein. Collectively, bioinformatics and experimental analyzes suggest that CNAG_02105 encodes a putative Atl1 in C. neoformans.

Orientador : Sandro Roberto Valentini / Coorientadora: Brenda Jean Andrews / Coorientador: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Jorg Kobarg / Banca: Monica Montero Lomeli / Banca: Iran Malavazi / Banca: Mario Henrique Bengtson / Resumo: O fator da tradução 5A (eIF5A) é altamente conservado em arqueas e eucariotos e essencial para a viabilidade celular. eIF5A é a única proteína conhecida que contém o aminoácido essencial hipusina, gerado através de uma modificação pós-traducional conhecida como hipusinação e que ocorre em duas etapas enzimáticas catalisadas pelas enzimas desoxi-hipusina sintase (Dys1) e desoxi-hipusina hidroxilase (Lia1). Apesar de eIF5A ter sido relacionada recentemente com a etapa da elongação da tradução, a função específica de eIF5A nesse processo, bem como o papel do resíduo de hipusina ainda não estão descritos. Com esse intuito, este trabalho aprofundou inicialmente a caracterização do mutante dys1-1, mutante condicional da enzima desoxi-hipusina sintase. Os resultados revelaram que o mutante dys1-1 apresenta defeito no perfil polissomal característico de fatores que atuam na etapa da elongação da tradução, diminuição da ligação de eIF5A nos polissomos e redução dos níveis de síntese proteica total. Além disso, foram realizadas análises de interação genética envolvendo eIF5A e dirigidas por hipóteses, à partir de dados já publicados ou resultados obtidos previamente pelo laboratório. Nestas análises foi identificada letalidade sintética entre mutantes de ASC1 e o mutante dys1-1, assim como interações genéticas negativas (synthetic sick) entre o mutante tif51A-1 e mutantes de genes relacionados com secreção, mais especificamente com a translocação de proteínas para o retículo endoplasmático pela via co-traducional. Finalmente, foram realizados rastreamentos de interações genéticas em larga escala por Synthetic Genetic Array (SGA), utilizando diferentes mutantes de eIF5A e duas coleções de linhagens mutantes de S. cerevisiae (linhagens nocautes e mutantes sensíveis a temperatura). Os resultados revelaram, respectivamente, 338 e 239 genes das coleções de linhagens nocautes e mutantes... / Abstract: The translation factor 5A (eIF5A) is highly conserved in arqueas and eukaryotes and essential for cell viability. eIF5A is the only protein known to contain the essential amino acid hypusine, generated by a post-translational modification known as hypusination which occurs in two enzymatic steps catalyzed by the enzymes deoxyhypusine synthase (DYS1) and deoxyhypusine hydroxylase (Lia1) enzymes. Although eIF5A has been implicated with the elongation step of translation, its specific function and the role of the hypusine residue is still unknown. For this purpose, this work further characterized the dys1-1 mutant, a conditional mutant of the deoxyhypusine synthase. The results revealed that the dys1-1 mutant shows a polysome profile defect characteristic of translation elongation factors, decrease of eIF5A binding to the polysome fractions and reduction of the total protein synthesis rate. Furthemore, genetic interaction analyses of eIF5A driven by hypotheses, from published and previous data obtained in our laboratory, were performed and revealed synthetic lethality between ASC1 mutants and the dys1-1 mutant and negative genetic interactions (synthetic sick) between the tif51A-1 mutant and mutants of genes related with secretion, specifically those involved with the co-translational translocation of proteins into the endoplasmic reticulum. Finally, high throuput genetic interaction analyses by Synthetic Genetic Array (SGA) were carried out using different eIF5A mutants and two S. cerevisiae mutant strain collections (deletion strains and temperature-sensitive mutants). The results showed, respectively, 338 and 239 genes of the deletion mutant and the temperature-sensitive mutant collections interacting with eIF5A mutants. A total of 577 positive and negative genetic interactions were observed. Moreover, the gene ontology analysis revealed genes involved with cell cycle (53%), DNA repair (18%), translation (16%) and vesicular trafficking/... / Doutor

Tese (Doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2009. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T22:19:56Z No. of bitstreams: 1 2009_KilviaInesChavesCraveiro.pdf: 2516341 bytes, checksum: a4ffdc7dbe2c94fef6df5d516eb9e9ac (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2011-04-16T22:21:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_KilviaInesChavesCraveiro.pdf: 2516341 bytes, checksum: a4ffdc7dbe2c94fef6df5d516eb9e9ac (MD5) / Made available in DSpace on 2011-04-16T22:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_KilviaInesChavesCraveiro.pdf: 2516341 bytes, checksum: a4ffdc7dbe2c94fef6df5d516eb9e9ac (MD5) / A cultura da cana-de-açúcar desde sempre reteve destacada relevância para a economia brasileira decorrente dos produtos que gera e pela demanda premente da utilização de biocombustíveis renováveis na matriz energética atual. Todavia, inúmeras doenças e pragas persistem e precisam ser continuamente estudadas de forma a se obter variedades geneticamente melhoradas e resistentes. O potencial biotecnológico das d-endotoxinas produzidas em inclusões cristalinas provenientes de bactérias formadoras de esporos, a exemplo do Bacillus thuringiensis, é amplamente estabelecido. Nesta assertiva, buscou-se construir uma biblioteca de variantes do gene cry1Ia12synth e selecionar variantes codificadoras de toxina Cry1Ia12synth com atividade entomotóxica diferenciada contra larvas de broca gigante (Telchin licus licus) da cana-de-açúcar, por meio da estratégia de utilização combinada das técnicas de DNA shuffling (evolução molecular in vitro) e Phage display (apresentação em superfície de fagos). Novas toxinas foram selecionadas por varredura de moléculas afins das proteínas presentes nas vesículas de membrana do intestino médio de larvas de T.l.licus. Centenas de variantes foram analisadas e 30 delas foram escolhidas para serem expressas em fagos e avaliadas por bioensaios de atividade entomotóxica. Os resultados mostraram que 4 variantes apresentaram atividade entomotóxica específica aumentada em mais de 2 vezes quando comparadas a toxina original. Os genes codantes destas proteínas mutantes foram seqüenciados e as proteínas correspondentes tiveram a estrutura simulada por meio de técnicas de modelagem molecular por homologia, para estudar possíveis implicações das mutações sobre a atividade tóxica. Os estudos moleculares revelaram pequenas variações no contato e distância entre alguns átomos das proteínas mutantes em relação à proteína original. No entanto, tais modificações foram insuficientes para determinar a causa da atividade diferenciada entre mutantes e original, indicando a necessidade de estudos adicionais de interação entre a proteína Cry e o receptor. Portanto, os resultados obtidos validam a estratégia utilizada e disponibilizam novas moléculas candidatas ao controle desta praga em futuros eventos de geração de cana-de-açúcar geneticamente modificada. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Sugarcane crop has always been important for the Brazilian economy due to its subproducts and the imminent demand in its use as a source of renewable biofuels. However, many diseases and insect-pests persist and need to be continuously investigated to result in the development of genetically improved varieties. The biotechnological potential of d-endotoxins produced in crystalline inclusions from Bacillus thuringiensis spore-forming bacteria is widely established. In this context, we built a library of cry1Ia12synth variant genes coding Cry1Ia12synth toxin with improved entomotoxic activity against sugarcane giant borer (Telchin licus licus), through the combined use of DNA shuffling and phage display techniques. Novel toxins were selected by screening for binding protein present within brush border membrane vesicles from T. l. licus midgut. Hundreds of variant toxins were analyzed and 30 were chosen to be expressed in phages and evaluated by bioassays of entomotóxica activity. The results showed that 4 variant toxins had specific entomotoxic activity increased by more than two times compared to original toxin. The genes coding these mutant proteins were sequenced and the structures of the corresponding proteins were solved by homology molecular modeling, to evaluate possible implications of mutations on the entomotoxic activity. The molecular studies revealed minor variations in relation to the contact and distance among certain atoms within the mutant proteins as compared to the original one. Nevertheless, these variations were insufficient to determine the cause of the differential activities among mutants and original protein, indicating the need additional studies of interactions between Cry protein and receptor. Therefore, the results validate the strategy used and provide novel candidate molecules to control this pest in transforming events of genetically modified sugarcane.

Orientadores: Jose Paulo Cabral de Vasconcellos, Vital Paulino Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T19:48:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cella_WenerPassarinho_M.pdf: 8448689 bytes, checksum: a8a8a7a3ca810183c1f5f3f2964e8c29 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A Síndrome de Axenfeld-Rieger é uma entidade clínica rara, de transmissão autossômica dominante e grande variabilidade clínica, podendo chegar à penetrância incompleta. Manifesta-se clinicamente por malformações do segmento anterior do olho acompanhada ou não de malformações extra-oculares, das quais as mais comuns são alterações dos ossos craniofaciais e dos dentes e falência de involução da pele peri-umbilical. O principal fator de morbidade da síndrome é a associação com glaucoma de desenvolvimento, presente em aproximadamente 50% dos indivíduos afetados. Dois genes, PITX2, localizado no cromossomo 4q25, e FOXCl, no cromossomo 6 p25, estão associados à Síndrome de Axenfeld-Rieger. Recentemente, identificou-se o gene GJAl associado à Síndrome de Displasia Oculodentodigital, a qual compartilha aspectos clínicos com a Síndrome de Axenfeld-Rieger tais como malformações do segmento anterior ocular, glaucoma e alterações ósseas e dentárias, tornando-se, assim também, mais um gene candidato para a Síndrome de Axenfeld-Rieger. O objetivo deste estudo foi avaliar a ffeqüência e os tipos de mutações nos genes PITX2, FOXCl e GJAl em pacientes portadores da Síndrome de Axenfeld-Rieger associada a glaucoma, além de correlacionar possíveis alterações moleculares com aspectos clínicos dos pacientes. Para tanto, foram examinados oito indivíduos (casos-índice) acometidos pela síndrome associada a glaucoma, assim como seus familiares. Após avaliação oftalmológica e sistêmica, foram coletados 5ml de sangue periférico para extração de DNA genômico, o qual foi amplificado por reação em cadeia de polimerase utilizando-se pares de iniciadores específicos para as regiões codificadoras e limites íntronJexon dos genes PITX2, FOXCl e GJAl, procedendo-se com o seqüenciamento automático para o rastreamento de mutações. Não foram encontradas mutações no - gene PITX2. No gene FOXCl foram encontradas uma inserção (1359-1360insGGC), uma deleção (718-719deICT) e uma mutação de ponto do tipo sem sentido (TrpI52STOP) entre as famílias estudadas. O paciente portador da deleção no gene FOXCl era um caso isolado e apresentava apenas alterações oculares da síndrome. As outras duas mutações ocorreram em pacientes com manifestações oculares e sistêmicas da doença, estando a inserção presente em um caso isolado e a mutação sem sentido em seis indivíduos da mesma família com padrão de transmissão autossômico dominante. O rastreamento de mutações no gene GJAl evidenciou uma mutação de ponto do tipo sentido trocado (Ala253Val) em três indivíduos da mesma família, sendo que um deles era clinicamente normal e dois sintomáticos que apresentavam concomitantemente a mutação Trp152STOP no gene FOXCl. Esta é a primeira descrição de uma mutação no gene GJAl em pacientes inequivocamente portadores da Síndrome de Axenfeld-Rieger. As ITeqüências de mutações observadas nos genes PITX2, FOXCl e GJAl em oito famílias brasileiras com Síndrome de Axenfeld-Rieger e glaucoma de desenvolvimento associado foram de 0%, 37,5% e 12,5%, respectivamente, sendo esta última em combinação com a mutação Trp152STOP no gene FOXCl. Apesar da amostragem reduzida, observou-se uma tendência a maior agressividade do glaucoma em pacientes portadores de mutação somente no gene FOXCl do que nos indivíduos portadores de mutação concomitante no gene FOXCl e no gene GJAl, sugerindo um possível efeito protetor da mutação Ala253Val no gene GJAl nesta família. Outros estudos são necessários, contudo, para definir a função do gene GJAl na etiopatogênese da Síndrome de Axenfeld-Rieger / Abstract: Axenfeld-Rieger Syndrome (ARS) is arare disorder, usually transmitted in an autosomal dominant pattem characterized by anterior segment dysgenesis and often associated with developmental glaucoma. In addition to the ocular changes observed in ARS, syndromic features can also occur, such as facial bone defects, teeth anomalies and peri-umbilical skin involution. Two transcription factor genes, PITX2 on chromosome 4q25 and FOXCl on chromosome 6p25, have been associated with the ARS phenotype through mutational events. Recently, the GJAl gene (connexin 43), associated with oculodentodigital dysplasia (ODDD) syndrome, which presents some similarities with ARS, was identified. The ODDD syndrome is characterized by malformations that involve the face, eyes, teeth and bones. The ocular abnormalities include microphthalmos and anterior segment dysgenesis that may lead to glaucoma as well. The main purpose of this study was to evaluate FOXCl, PITX2 and GJAl genes mutations in Brazilian patients with ARS. Eight unrelated patients atfected by ARS (all of them with glaucoma and 5 without systemic malformations) and their families were ophthalmologically evaluated and had their blood collected for DNA extraction purposes. The coding regions and íntron/exon boundaries of these genes were completely evaluated through direct sequencing. Among the 8 patients, 3 (37,5%) presented with ditferent structural alterations in the FOXCl gene. A deletion in heterozygosis oftwo bases downstream the forkhead domaÍn was observed in a patient with no systemic malformations (718-719deICT). An insertion ofthree bases, also downstream the forkhead domain, was identified in a patient with systemic malformation (1359-1360insGGC). A new nonsense mutation (Trp152STOP) was identified in the forkhead domain of the FOXCl gene in another patient with ARS and systemic alterations as well. One patient harbored the mutation Ala253Val in the GJAl gene (12,5%). No mutations were identified in the PITX2 gene among these individuaIs. Patients who carried the GJAl (Ala253Val) and FOXCl (TrpI52STOP) mutations (:&om the same family) developed less severe glaucoma compared with family members presenting FOXCl (TrpI52STOP) mutation alone. Three new structural alterations of the FOXCl gene and one new mutation in the GJAl gene were described in Brazilian patients with ARS and the :&equencyof mutations in the PITX2, FOXCl and GJAl genes in this study were 0%, 37,5% and 12,5%, respectively. Despite the small number of patients, we found a slight trend to more severe glaucoma in patients with FOXCl mutations compared to those without them, except in the two patients with FOXCl and GJAl associated mutations, suggesting an attenuation effect of GJAl gene mutation (Ala253Vai). However, other studies are necessary to define the exact role ofGJAl in ARS / Mestrado / Oftalmologia / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Edi Lucia Sartorato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T04:28:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva-Costa_SueliMatildeda_M.pdf: 4568147 bytes, checksum: d8aadad3b82357deab2dec0ee176e6ed (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Mutações no gene GJB2 (Cx26) são as causas mais comuns de perda auditiva não-sindrômica autossômica recessiva. Contudo, 10 a 40% dos casos com mutações no gene da Cx26 são detectadas em apenas um dos alelos, causando um problema no diagnóstico molecular. Estes achados podem ser atribuídos à existência de mutações em regiões não codificantes do gene ou mutações em outros genes cujos produtos protéicos estão envolvidos em interações com a Cx26. O principal objetivo deste trabalho foi esclarecer a causa genética da perda auditiva de 45 pacientes com surdez sensorioneural não-sindrômica monoalélicos para mutações patogênicas na região codificante do gene GJB2. Mutações incluindo deleções e duplicações nos genes GJB2, GJB3 e GJB6 foram investigadas nesses pacientes. A mutação IVS1+ lG>A no sítio de splice na região não codificante do gene GJB2, que pode contribuir para o fenótipo de surdez, foi também investigada em todos os 45 pacientes. A fim de avaliar a freqüência da mutação IVS1+1G>A em pacientes brasileiros foram analisados 142 pacientes com perda auditiva sensorioneural não-sindrômica que não apresentavam nenhuma mutação patogência na região codificante do gene GJB2. Além disso, o método de MLP A (Multiplex Ligationdependent Probe Amplification) foi utilizado neste estudo para avaliar sua eficiência em detectar deleções e duplicações em genes envolvidos na perda auditiva. Analisando todos os pacientes, dez diferentes mutações no gene GJB2 e uma deleção no gene GJB6 foram encontradas.. Esses achados explicaram a perda auditiva de aproximadamente 27% dos pacientes monoalélicos para mutações no gene GJB2. A mutação IVSl+IG>A foi encontrada em dois pacientes monoalélicos. Essa alteração não foi encontrada nos pacientes sem mutações na região codificante do gene GJB2. Essa mutação parece ser rara entre pacientes surdos brasileiros. Na região promotora do gene, em um paciente, uma deleção foi encontrada e no outro uma duplicação foi observada por meio do método de MLP A. Essas possíveis alterações na região não codificante do gene ainda não foram descritas. Outras análises moleculares e estudos funcionais são necessários para confirmar uma possível associação desses achados com a perda auditiva. A técnica de MLP A se mostrou eficiente para detectar deleções e duplicações no genoma. Portanto, demonstramos no presente estudo que essa técnica pode contribuir para explicar a surdez em pacientes monoalélicos. / Abstract: Mutations in the GJB2 gene (Cx26) are the most common cause of autosomal recessive nonsyndromic hearing loss. However, in 10 to 40% of these cases, mutations in Cx26 gene are detected in on1y one allele which causes a problem in molecular diagnostico These findings could be attributed to the existence of mutations in non-coding regions of the gene or mutations in other genes of which protein products are involved in interaction with Cx26. The aim of this study was to clarifying the genetic cause of the hearing loss of 45 patients with non-syndromic sensorioneural deafness, monoallelics for pathogenic mutations in the coding region of the GJB2 gene. Mutations including deletions and duplications in the GJB2, GJB3 and GJB6 genes were investigated in these patients. 'The IVSl+ 1G>A splice site mutation in the non-coding region of the GJB2 gene which can contribute to the deafuess phenotype was also investigated in all 45 patients. In order to evaluate the frequency of the IVSl+ 1G>A mutation were tested 142 Brazilian patients with non-syndromic sensorineural hearing loss without any pathogenic mutation ín the GJB2 coding region. Furthermore, the MLP A method (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) was used to evaluate its usefulness in detecting deletions/duplications in genes involved in hearing loss. Ten different mutations in the GJB2 gene and one deletion in the GJB6 gene were found. These findings eXplained the hearing loss about 27% ofGJB2 monoallelic patients. The IVSl+ 1G>A mutation was found in two monoallelics patients. This alteration was not found in patients without mutations in the GJB2 coding region. This mutation seems to be rare in deaf Brazilian patients. One patient a deletion was found in the promoter region of GJB2 gene and in another patients a duplication was observed by the MLP A method. These possible alterations were not described in noncoding region of GJB2 gene yet. Additional molecular and functional studies are needed to assess a possible association of these findings with hearing loss. MLP A proved to be a highly accurate method to detected deletions and duplications in the genome. Therefore, we have shown in the present study that this technique can explain the deafness in monoallelics patients. / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-24T13:35:02Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Costa Vieira - 2014.pdf: 1715363 bytes, checksum: 449f325b503e6bc2088cd4360689e280 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-24T14:20:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Costa Vieira - 2014.pdf: 1715363 bytes, checksum: 449f325b503e6bc2088cd4360689e280 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-24T14:20:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Costa Vieira - 2014.pdf: 1715363 bytes, checksum: 449f325b503e6bc2088cd4360689e280 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-05-09 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / (Sem resumo em outra língua) / A compreensão dos processos de extinção e coextinção das espécies, bem como a capacidade de prever esses eventos, são objetivos fundamentais da ecologia moderna. No caso de espécies ligadas entre si por interações mutualísticas, as coextinções tem sido tradicionalmente estudadas utilizando-se modelos simples baseados na topologia das redes de interação. Aqui, apresentamos um modelo estocástico de coextinções em redes mutualísticas que incorpora duas fontes importantes de variação biológica previamente ignoradas pelos modelos existentes: variação na dependência intrínseca das espécies em relação ao mutualismo, e variação no peso das interações entre uma espécie e seus diferentes parceiros mutualistas. Nosso modelo estocástico permite a simulação de cascatas de extinção muito mais complexas do que aquelas geradas pelos modelos topológicos. Simulações realizadas em redes mutualísticas empíricas mostraram que a frequência e o tamanho das cascatas de extinção aumentam conforme a dependência intrínseca das espécies em relação à interação mutualística. Além disso, os resultados sugerem uma relação negativa entre a fragilidade e a conectância das redes mutualísticas, o que contrasta com resultados anteriores. Por fim aplicamos o modelo para estudarmos o declínio da diversidade funcional e filogenética das comunidades vegetais sob um cenário de extinção dos seus polinizadores.

Orientador: Joyce Maria Annichino-Bizzacchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-23T21:41:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_LucianaPuglieseda_M.pdf: 3815168 bytes, checksum: ffcaf6b4e7787d8b4fd4365accf237c7 (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: A proteína S humana é uma glicoproteína plasmática vitamina K-dependente que age como cofator não enzimático da proteína C ativada na Via Anticoagulante da Proteína C. Além disso, a proteína S desempenha um papel independente da proteína C ativada inativando os fatores V e X ativados. A concentração plasmática da Proteína S é regulada por uma proteína de ligação que atua na Via Clássica do Complemento, a C4b. A proteína C4b forma complexos inativos com aproximadamente 60% da proteína S total, e somente a proteína S na sua forma livre pode exercer sua atividade de cofator da proteína C ativada. A deficiência hereditária de proteína S é uma causa comum de trombose venosa recorrente, e ocorre pela diminuição da atividade anticoagulante da proteína S. É uma doença relativamente rara e tem padrão de herança autossômico dominante o gene que controla a produção- da proteína S (PROS1) está localizado no cromossomo 3, próximo à região do centrômero, na posição 3p11.1 - 3q11.2. É constituído por 15 exons e 14 introns, abrangendo uma região de mais de 80 kb, que origina um mRNA de 3,5 a 4,0 kb. Nesta mesma região do cromossomo 3 há um pseudogene (PROS2) que possui 97% de homologia com a região codificadora do gene ativo. De acordo com um "database" de mutações no gene da proteína S, publicado em 1997 por GANDRILLE et aI., foram descritas 71 diferentes mutações de ponto sendo 19,8% mutações missense, 65,3% mutações missense, 12,8% mutações em sítio de "splicing" e 2% aboliam o codon de terminação natural da proteína. Foram também descritas 16 diferentes inserções/deleções e duas grandes deleções. Um total de doze polimorfismos raros foram descritos, incluindo o polimorfismo Heerlen, além de um polimorfismo freqüente, o dismorfismo neutro CCA/CCG. Os métodos de SSCP e CSGE possibilitam o rastreamento rápido e eficaz de mutações. O seqüenciamento de DNA permite a determinação precisa da alteração molecular responsável pela doença. No presente trabalho, estes métodos foram empregados no estudo do gene da proteína S (PROS1) de 8 pacientes com deficiência de proteína S que apresentaram trombose espontânea. Outras deficiências que predispõem à trombose foram avaliadas e não detectadas nestes pacientes. Com o emprego dessa estratégia metodológica foi possível detectar e identificar sete mutações de ponto em quatro dos oito pacientes estudados, incluindo uma mutação silenciosa, além de um polimorfismos em outro paciente. Das mutações encontradas somente uma foi detectada pelo método de SSCP. Considerando-se o quadro clínico/laboratorial dos pacientes estudados e a análise familiar, os resultados deste estudo sugerem que as mutações identificadas seriam responsáveis pela deficiência hereditária de proteína S. A identificação das mutações e sua correlação com o quadro clínico dos pacientes estudados neste trabalho contribuem para a compreensão da relação estrutura-função desta proteína. Também foram determinadas as freqüências, em diferentes grupos da população brasileira (recém-nascidos, caucasóides, negróides, índios e pacientes com trombose) do polimorfismo Heerlen e do dismorfismo neutro CCA/CCG. Os resultados obtidos nos diferentes grupos estudados, para polimorfismo Heerlen, não diferiram significativamente dos descritos anteriormente na literatura por BERTINA et aI., 1990. Este polimorfismo não foi identificado em nenhum dos pacientes estudados. As freqüências alélicas do dismorfismo neutro CCA/CCG não diferiram significativamente dos descritos na literatura por DIEPSTRATEN, et aI., 1991 e GANDRILLE et aI., 1995. Nossos resultados revelaram que na população negróides pode ter ocorrido um grau de miscigenação, já que a freqüência de heterozigotos foi elevada. A população indígena, apesar de ser considerada um isolado genético, mostrou um predomínio do genótipo heterozigoto. O polimorfismo CCA/CCG também foi empregado para análise de segregação nas famílias com deficiência de proteína S, e mostrou-se informativo em três famílias analisadas / Abstract: Human protein S is a plasmatic vitamin-K dependent glicoprotein that acts as a non-enzimatic cofactor of activated protein C in the protein C anticoagulant pathway. In addition to this protein S has an independent role that activated protein C, which is to inactivate factors Va and Xa. The plasmatic concentration of protein S is regulated by a C4b binding protein that acts on the Complement Classical Pathway. C4b protein forms inactive complexes with approximately 60% of total protein S, and only the free form of protein S its can act as a cofactor of activated protein C. The hereditary deficiency of protein S is a common cause of recurrent venous thrombosis, and occurs due to the decrease of the anticoagulant activity of protein S. It is a relatively rare disease and it has a dominant autossomic hereditary patteFI1. The gene which controls the production of protein S (PROS1) is Ipcated in chromosome 3, near the centromer region at position 3p11.1 - 3q11.2. It is formed by 15 exons and 14 introns comprising a region of over 80kb, which originates a mRNA of 3,5 to 4,0 kb. In this same region of chromosome 3 there is a pseudogene (PROS2) which is 97% homologous to the codifying region of the active gene. According to the protein S gene mutation database published by GANDRILLE et aI., 71 different point mutations were described, 19.8% were nonsense mutations, 65,3% were missense mutations, 12,8% were splice site mutations, and 2% abolished the natural codon termination of the protein. Sixteen different insertions/deletions and two large deletions were also described. A total of twelve rare polymorphisms were described including the Heerlen polymorphism and a frequent polymorphism, the neutral dimorphism CCA/CCG. The SSCP and CSGE analysis permit the quick and efficient screening of the mutations. Direct DNA sequencing permit the precise determination of the molecular alteration responsible for the disease. In this study these methods were used in the study of protein S gene (PROS1) of eight patients with protein S deficiency which presented spontaneous thrombosis. Other deficiencies which predispose to thrombosis were evaluated but were not detected. With the use of this methodology it was possible to detect and identify seven point mutations in four of the eight patients studied, including a silent mutation in addition to a polymorphism in another patient. Of the mutation found only one was detected by the SSCP method. Considering the clinical and laboratory data of the patients studied, together with the analysis of the family, the results of this study suggest that the mutations identified are responsible for the hereditary protein S deficiency. The identification of the mutations and its correlation to the clinical data of the patients studied contribute to the comprehension of the structural-functional relation of this protein. The frequencies of the Heerlen polymorphism and the neutral dimorphism CCA/CCG, in different groups of the Brazilian population (newborns, caucasoides, Black population, Indians and patients with thrombosis) were also determined. The results obtained in the different groups studied, for Heerlen polymorphism, did not differ significantly from those described previously in the literature by BERTINA et al, 1990. This polymorphism was not identified in any of the patients studied. The allelic frequencies of the neutral dismorphism CCA/CCG do not differ significantly from those described in literature by DIEPSTRATEN, et aI., 1991 and GANDRILLE et aI., 1995. Our results revealed that the miscigenation may have occurred in the Black population, in spite of being considered as a genetic isolate, showed a predomination of the heterozygous genotype. The CCA/CCG polymorphism was also used to analyze the segregation in families with protein S deficiency and was informative in three families that were analyzed. / Mestrado / Farmacologia / Mestre em Ciências Médicas

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-25Bitstream added on 2014-06-13T20:24:21Z : No. of bitstreams: 1 pavezzi_fc_dr_rcla.pdf: 679532 bytes, checksum: a99630bf198f33da999b112631255c08 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A glucoamilase é uma enzima hidrolítica que catalisa a liberação sucessiva de β-D-glicose a partir do amido e oligossacarídeos relacionados. Neste trabalho foram estudadas as glucoamilases de Aspergillus awamori expressas em levedura Saccharomyces cerevisiae. Foram utilizadas duas linhagens alteradas denominadas M1 e M2, e uma linhagem selvagem (WT), utilizada como parâmetros na comparação dos resultados. As enzimas foram produzidas em fermentação submersa, e amidos de diferentes origens vegetais foram utilizados como uma fonte extra de carbono na produção das enzimas. O melhor substrato para a produção da glucoamilase selvagem e da mutante M2 foi o amido de batata com 8,2 e 6,6 U/mL, respectivamente. Para a linhagem M1 foi o amido de mandioca com atividade enzimática de 5,9 U/mL. O amido de milho mostrou ser um substrato menos indicado para a produção destas enzimas. Para a purificação foi preparada uma coluna de afinidade com resina sepharoseTM 6B epóxi ativada ligada a acarbose, onde diferentes concentrações do ligante foram avaliadas. A coluna apresentou boa eficiência no processo de purificação conforme análise por eletroforese SDS-PAGE, com massas moleculares estimada em 100 kDa. A temperatura ótima de atividade das enzimas M1 e M2 foi 65 °C, enquanto que a selvagem teve sua atividade máxima em 60 °C. O pH ótimo de atuação das enzimas foi 4,5. As glucoamilases mutantes apresentaram maior termoestabilidade que a glucoamilase selvagem durante o processo de termoinativação, destacando principalmente a glucoamilase M2. A meia vida a 70 °C foi de 8,1 minutos para a enzima mutante M2, 4,1 minutos para a M1 e 3,0 minutos para a enzima selvagem. A energia de ativação para a desnaturação (Ead) foi de 252,9 e 262,8 KJ mol-1 para as enzimas M1 e M2 respectivamente, e de 234,3 KJ mol-1 para a selvagem. A maior energia dos mutantes indica maior resistência... / Glucoamylase is a hydrolytic enzyme that catalyzes the consecutive liberation of β-D-glucose from starch and related oligosaccharides. In this work glucoamylases from Aspergillus awamori expressed in the yeast Saccharomyces cerevisiae were studied. Two mutant strains, denominated M1 and M2, were used and one wild strain (WS) was used as parameter to compare the results. The enzymes were produced in submerged fermentation and starches from different botanical origins were used as extra carbon source for enzyme production. The best substrate for the production of wild glucoamylase and of mutant M2 was potato starch with 8.2 and 6.6 U/mL, respectively. For strain M1 the best substrate was cassava starch with enzymatic activity of 5.9 U/mL. Corn starch revealed to be a less indicated starch for the production of these enzymes. For purification, an affinity column was prepared with activated SepharoseTM 6B epoxy linked to acarbose, and different concentrations of ligand were evaluated. The column exhibited good efficiency during the purification process according to SDS-PAGE analysis, with molecular masses estimated in 100 kDa. Optimum temperature for activities of M1 and M2 enzymes was 65°C, while the wild one exhibited maximum activity at 60°C. Optimum pH for enzyme action was 4.5. Mutant glucoamylases presented higher thermostability than wild glucoamylase during the thermoinactivation process, with M2 standing out. Half life at 70°C was of 8.1 minutes for mutant enzyme M2, 4.1 minutes for M1 and 3.0 minutes for wild enzyme. Activation energy for denaturation (Ead) was 252.9 and 262.8 KJ mol-1 for enzymes M1 and M2 respectively, and 234.3 KJ mol-1 for the wild one. The higher energy of the mutants indicates higher resistance of the protein structure, since more energy is required for the molecule to enter a transition and unfolding state. Thermodynamic parameter ΔG was higher... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Alessandro de Mello Varani / Coorientador: Rafael Marini Ferreira / Banca: Henrique Ferreira / Banca: Daniel Guariz Pinheiro / Resumo: Xanthomonas citri subsp. citri 306 (XccA) é o agente causal do cancro cítrico (CC), doença endêmica que afeta a citricultura. Durante a interação patógeno-hospedeiro o sistema de secreção tipo três (SST3) codificado pela XccA age na translocação de efetores e no estabelecimento da doença. A montagem do aparato de SST3 depende da síntese, remodelagem e degradação da parede celular bacteriana, sendo este processo realizado pela ação enzimática de transglicosilases líticas de mureína (LTs). XccA codifica diversas LTs, porém, pouco é conhecido sobre a diversidade de famílias e relação com a virulência. Dentre as LTs com provável relação com a virulência, duas ORFs parálogas presentes no cromossomo e plasmídeo pXAC64, respectivamente; são genes passageiros do TnXax1, um transposon da família Tn3, relacionado a evolução e emergência da patogenicidade nas Xanthomonadales. Portanto, este estudo objetivou elucidar o provável papel e diversidade das LTs presentes no genoma de XccA, caracterizando funcionalmente as LTs presentes em TnXax1 pela técnica de mutação sítio dirigida. Foram identificadas no genoma de XccA 13 LTs, sendo 12 pertencentes às famílias: 1A, 1B, 1C, 1D, 1F, 1G, 3A, 3B (2 cópias), 5A e 6A, e uma não classificada. A LT não classificada, é exclusiva do gênero Xanthomonas e relacionada à família 3B, porém contém um domínio adicional relacionado ao metabolismo de carboidratos. As LTs classificadas em famílias apresentam provável função relacionada com a remodelagem da par... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Xanthomonas citri subsp. citri 306 (XccA) is a causal agent of type A citrus canker (CC), one of the most devastating citriculture diseases. Type 3 Secretion Systems (T3SS) play a fundamental role in XccA pathogenicity. T3SS components are embedded in the bacterial inner and outer membrane and act as a channel for injection of effector proteins directly into the plant host cell cytosol. T3SS assembly and installation relies on bacterial cell wall synthesis, remodeling and degradation. Murein lytic transglycosylases (LT) are important in this process and are responsible for peptidoglycan cleavage and its remodeling. Information about the XccA LT arsenal is scarce: little is known about family diversity, their exact role and their connection to virulence in this bacterium. Among the LTs with probable relation to virulence, two paralogue ORFs (one in chromosome, one in pXAC64 plasmid) are passenger genes of the Tn3 family transposon TnXax1, known to play a significant role for evolution and emergence of pathogenicity in Xanthomonadales. This study addresses LT diversity in the XccA genome and examines the role of plasmid and chromosomal TnXax1 LT passenger genes using site-directed deletion mutagenesis and functional characterization. We identified 13 XccA LTs: 12 belong to families 1A, 1B, 1C, 1D (2 copies), 1F, 1G, 3A, 3B (2 copies), 5A, 6A and one which is non-categorized. This noncategorized gene, is exclusive to the Xanthomonas genus and related to the 3B family but contain... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-28Bitstream added on 2015-03-03T12:06:34Z : No. of bitstreams: 1 000807446_20150227.pdf: 464768 bytes, checksum: 7654a1cf69fa8f20c440d8af16290f2d (MD5) / A infecção pelo vírus da hepatite B (VHB) constitui um grave problema de saúde pública mundial, sendo responsável por doenças hepáticas agudas, crônicas, cirrose e hepatocarcinoma. Com o intuito de diminuir a replicação viral e a progressão da infecção pelo VHB, foram aprovadas sete drogas para o tratamento da hepatite B crônica nos últimos 20 anos, sendo que no Brasil, o protocolo de tratamento baseia-se no uso dos fármacos: Interferon-alfa, Inteferon-alfa peguilado, Lamivudina, Tenofovir, Entecavir e Adefovir. No entanto, um obstáculo à utilização das drogas que atuam inibindo enzimas virais é a emergência de variantes resistentes. Desta maneira, sabendo-se que o estudo da variabilidade genética das regiões genômicas do VHB é importante não somente para analisar o perfil de resistência do vírus aos antivirais, mas também para avaliar as variantes virais circulantes no Brasil, a finalidade deste trabalho foi determinar o perfil de mutações de resistência e polimorfismos genéticos em variantes do Vírus da Hepatite B circulantes na região de Botucatu. A região genômica pol do VHB foi amplificada e sequenciada a partir de metodologia in-house, para avaliar o perfil de mutações de resistência e de polimorfismos genéticos. Dados clínicos e laboratoriais foram coletados do prontuário médico dos pacientes. Os resultados obtidos demonstraram a presença das mutações de resistência rtM204V, rtM204I e rtL180M, que conferem resistência cruzada à Lamivudina e Telbivudina e, podem ocasionar resistência cruzada ao Entecavir quando na presença de mutação adicional. Em relação aos polimorfismos, 37 substituições foram encontradas, das quais várias já foram associadas à resistência primária ou secundária ao tratamento antiviral pelo VHB, sendo que 4 ainda não foram relatadas pela literatura, sendo elas Q262E, Q139H, W79C e W257H, o que demonstra que estas subststituições ... / Hepatitis B virus (HBV) infection is a serious global public health problem, being responsible for acute and chronic liver diseases, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In order to reduce viral replication and progression of HBV infection, seven drugs for the treatment of chronic hepatitis B have been approved in the past 20 years, and in Brazil, the treatment protocol is based on the use of the drugs: Interferon-alpha, pegylated Interferon-alfa, Lamivudine, Tenofovir, Entecavir and Adefovir. However, an obstacle to the use of drugs that act by inhibiting viral enzymes is the emergence of resistant variants. Therefore, the study of the variability of HBV genome is important not only to assess the resistance profile of the virus to antivirals, but also to evaluate the circulating viral variants in Brazil. Thus, the purpose of this study was to evaluate the profile of resistance mutations and genetic polymorphisms in Hepatitis B virus variants circulating in Botucatu. HBV pol genomic region was amplified and sequenced by in-house methodology, to evaluate the profile of resistance mutations and genetic polymorphisms. Additional clinical and laboratory parameters were collected from the medical records of patients. The results showed the presence of rtM204V, rtM204I and rtL180M resistance mutations, which confer cross-resistance to Lamivudine and Telbivudine and, may cause cross-resistance to Entecavir in the presence of additional mutation. Regarding polymorphisms, 37 substitutions were found, including those associated to primary and secondary resistance to HBV treatment, and of these four substitutions have not been reported in the literature, which were Q262E, Q139H, W79C and W257H, demonstrating that these substitutions may be characteristic of HBV viral variants found in our region