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371	Propriétés fonctionnelles et spectrales d’espèces végétales de tourbières ombrotrophes le long d’un gradient de déposition d’azote Girard, Alizée 12 1900 (has links) Les tourbières ombrotrophes, ou bogs sont particulièrement vulnérables à l’augmentation de la déposition atmosphérique d’azote. Cet apport d’un nutriment normalement limitant altère la capacité des tourbières à accumuler le carbone (C), en plus de mener à des changements de leur composition végétale. L’imagerie spectrale est une approche prometteuse puisqu’elle rend possible la détection des espèces végétales et de certaines caractéristiques chimiques des plantes, à distance. Toutefois, l’ampleur des différences spectrales intra- et interespèces n’est pas encore connue. Nous avons évalué la façon dont la chimie, la structure et la signature spectrale des feuilles changent chez Chamaedaphne calyculata, Kalmia angustifolia, Rhododendron groenlandicum et Eriophorum vaginatum, dans trois tourbières du sud du Québec et de l’Ontario, incluant une tourbière où se déroule une expérience de fertilisation à long terme. Nous avons mesuré des changements dans les traits fonctionnels dus aux différences dans la quantité d’azote disponible dans les sites. Toutefois, la déposition atmosphérique d’azote a eu relativement peu d’effet sur les spectres foliaires ; les variations spectrales les plus importantes étaient entre les espèces. En fait, nous avons trouvé que les quatre espèces ont un spectre caractéristique, une signature spectrale permettant leur identification au moyen d’analyses discriminantes des moindres carrés partiels (PLSDA). De plus, nous avons réussi à prédire plusieurs traits fonctionnels (l’azote, le carbone ; et la proportion d’eau et de matière sèche) avec moins de 10 % d’erreur grâce à des régressions des moindres carrés partiels (PLSR) des données spectrales. Notre étude fournit de nouvelles preuves que les variations intraspécifiques, causées en partie par des variations environnementales considérables, sont perceptibles dans les spectres foliaires. Toutefois, les variations intraspécifiques n’affectent pas l’identification des espèces ou la prédiction des traits. Nous démontrons que les spectres foliaires comprennent des informations sur les espèces et leurs traits fonctionnels, confirmant le potentiel de la spectroscopie pour le suivi des tourbières. / Abstract Bogs, as nutrient-poor ecosystems, are particularly sensitive to atmospheric nitrogen (N) deposition. Nitrogen deposition alters bog plant community composition and can limit their ability to sequester carbon (C). Spectroscopy is a promising approach for studying how N deposition affects bogs because of its ability to remotely determine changes in plant species composition in the long term as well as shorter-term changes in foliar chemistry. However, there is limited knowledge on the extent to which bog plants differ in their foliar spectral properties, how N deposition might affect those properties, and whether subtle inter- or intraspecific changes in foliar traits can be spectrally detected. Using an integrating sphere fitted to a field spectrometer, we measured spectral properties of leaves from the four most common vascular plant species (Chamaedaphne calyculata, Kalmia angustifolia, Rhododendron groenlandicum and Eriophorum vaginatum) in three bogs in southern Québec and Ontario, Canada, exposed to different atmospheric N deposition levels, including one subjected to a 18 years N fertilization experiment. We also measured chemical and morphological properties of those leaves. We found detectable intraspecific changes in leaf structural traits and chemistry (namely chlorophyll b and N concentrations) with increasing N deposition and identified spectral regions that helped distinguish the site-specific populations within each species. Most of the variation in leaf spectral, chemical and morphological properties was among species. As such, species had distinct spectral foliar signatures, allowing us to identify them with high accuracy with partial least squares discriminant analyses (PLSDA). Predictions of foliar traits from spectra using partial least squares regression (PLSR) were generally accurate, particularly for the concentrations of N and C, soluble C, leaf water, and dry matter content (<10% RMSEP). However, these multi-species PLSR models were not accurate within species, where the range of values was narrow. To improve the detection of short-term intraspecific changes in functional traits, models should be trained with more species-specific data. Our field study showing clear differences in foliar spectra and traits among species, and some within-species differences due to N deposition, suggest that spectroscopy is a promising approach for assessing long-term vegetation changes in bogs subject to atmospheric pollution. traits foliaires signature spectrale tourbière ombrotrophe télédétection azote déposition atmosphériqued'azote functional traits spectral signature ombrotrophic bog partial least squares regression (PLSR) spectranomics spectroscopy peatland reflectance
372	Handheld Infrared Technology As a Tool for Quantifying and Predicting Quality Attributes of Tomato Products Santos, Alejandra M. 30 August 2010 (has links) No description available. Agricultural Engineering Agriculture Analytical Chemistry Chemistry Food Science Industrial Engineering Optics Statistics tomato tomatoes peelability PLS peeling spectrometer spectrometry handheld NIR MIR infrared peel ease of peel peel removal mid near fourier FTIR ATR Chemometrics wax cuticle Tagging ascorbic citric glucose fructose tag
373	Aplicación de métodos estadísticos multivariantes para la modelación y la monitorización de un reactor discontinuo secuencial para el tratamiento de aguas residuales Aguado García, Daniel 06 May 2008 (has links) Como consecuencia del incremento de los problemas de eutrofización en ríos, lagos y costas, se ha producido en las últimas décadas un notable aumento del interés por la eliminación de nutrientes en las aguas residuales previamente a su vertido en los sistemas naturales. Inicialmente, la eliminación de la materia orgánica y el nitrógeno presente en el agua residual se realizaba por medio de procesos biológicos mientras que el fósforo se eliminaba mediante procesos químicos. Sin embargo, las ventajas que presenta la eliminación biológica de fósforo han contribuido a que gradualmente este proceso haya sido implantado cada vez en más estaciones depuradoras de aguas residuales (EDARs). El control de un proceso tan complejo como es el tratamiento de las aguas residuales con eliminación biológica de fósforo, exige conocer las variables de calidad que definen la eficacia del mismo (concentración de ortofosfatos, de amonio, demanda química de oxígeno, ...). Los métodos existentes para la medición de estas variables en tiempo real suponen fuertes inversiones y elevados costes de mantenimiento. Por otro lado, existen otras variables (variables de proceso: pH, conductividad, ...) que se pueden medir en tiempo real por medio de sensores robustos, de bajo coste y que requieren poco mantenimiento, pero que no suministran de forma directa información del funcionamiento del proceso. El elevado número de variables de proceso que actualmente se registran en tiempo real en EDARs modernas, hace necesaria la utilización de técnicas que permitan extraer la información contenida en la gran cantidad de datos registrados. El objetivo principal de la presente tesis ha sido estudiar las posibilidades de utilización de las variables de proceso para obtener información acerca de la evolución de las variables de calidad, así como sobre la evolución del proceso a lo largo del tiempo, mediante la aplicación de métodos estadísticos multivariantes. De esta forma, se pretende detectar cualquier ano / Aguado García, D. (2005). Aplicación de métodos estadísticos multivariantes para la modelación y la monitorización de un reactor discontinuo secuencial para el tratamiento de aguas residuales [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/1910 Reactor discontinuo secuencial (SBR) Procesos por lotes Monitorización Diagnóstico Predicción ESTADISTICA E INVESTIGACION OPERATIVA TECNOLOGIA DEL MEDIO AMBIENTE 330809 - Ingeniería sanitaria 330810 - Tecnología de aguas residuales 120909 - Análisis multivariante
374	A design of experiments approach for engineering carbon metabolism in the yeast Saccharomyces cerevisiae Brown, Steven Richard January 2016 (has links) The proven ability to ferment Saccharomyces cerevisiae on a large scale presents an attractive target for producing chemicals and fuels from sustainable sources. Efficient and predominant carbon flux through to ethanol is a significant engineering issue in the development of this yeast as a multi-product cell chassis used in biorefineries. In order to evaluate diversion of carbon flux away from ethanol, combinatorial deletions were investigated in genes encoding the six isozymes of alcohol dehydrogenase (ADH), which catalyse the terminal step in ethanol production. The scarless, dominant and counter- selectable amdSYM gene deletion method was optimised for generation of a combinatorial ADH knockout library in an industrially relevant strain of S. cerevisiae. Current understanding of the individual ADH genes fails to fully evaluate genotype-by-genotype and genotype-by-environment interactions: rather, further research of such a complex biological process requires a multivariate mathematical modelling approach. Application of such an approach using the Design of Experiments (DoE) methodology is appraised here as essential for detailed empirical evaluation of complex systems. DoE provided empirical evidence that in S. cerevisiae: i) the ADH2 gene is not associated with producing ethanol under anaerobic culture conditions in combination with 25 g l-1 glucose substrate concentrations; ii) ADH4 is associated with increased ethanol production when the cell is confronted with a zinc-limited [1 μM] environment; and iii) ADH5 is linked with the production of ethanol, predominantly at pH 4.5. A successful metabolic engineering strategy is detailed which increases the product portfolio of S. cerevisiae, currently used for large-scale production of bioethanol. Heterologous expression of the cytochrome P450 fatty acid peroxygenase from Jeotgalicoccus sp., OleTJE, fused to the RhFRED reductase from Rhodococcus sp. NCIMB 978 converted free fatty acid precursors to C13, C15 and C17 alkenes (3.81 ng μl-1 total alkene concentration). 579.5
375	Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software Durán Alcaide, Ángel 04 March 2010 (has links) The work of this thesis was focused on the development of high-performance algorithms for a new generation of molecular descriptors, with many advantages with respect to its predecessors, suitable for diverse applications in the field of drug design, as well as its implementation in commercial grade scientific software (Pentacle). As a first step, we developed a new algorithm (AMANDA) for discretizing molecular interaction fields which allows extracting from them the most interesting regions in an efficient way. This algorithm was incorporated into a new generation of alignmentindependent molecular descriptors, named GRIND-2. The computing speed and efficiency of the new algorithm allow the application of these descriptors in virtual screening. In addition, we developed a new alignment-independent encoding algorithm (CLACC) producing quantitative structure-activity relationship models which have better predictive ability and are easier to interpret than those obtained with other methods. / El trabajo que se presenta en esta tesis se ha centrado en el desarrollo de algoritmos de altas prestaciones para la obtención de una nueva generación de descriptores moleculares, con numerosas ventajas con respecto a sus predecesores, adecuados para diversas aplicaciones en el área del diseño de fármacos, y en su implementación en un programa científico de calidad comercial (Pentacle). Inicialmente se desarrolló un nuevo algoritmo de discretización de campos de interacción molecular (AMANDA) que permite extraer eficientemente las regiones de máximo interés. Este algoritmo fue incorporado en una nueva generación de descriptores moleculares independientes del alineamiento, denominados GRIND-2. La rapidez y eficiencia del nuevo algoritmo permitieron aplicar estos descriptores en cribados virtuales. Por último, se puso a punto un nuevo algoritmo de codificación independiente de alineamiento (CLACC) que permite obtener modelos cuantitativos de relación estructura-actividad con mejor capacidad predictiva y mucho más fáciles de interpretar que los obtenidos con otros métodos. Diseño Factorial Fraccionado (FFD) Partial Least Squares (PLS) (PCA) Análisis de componentes principales Sonda Consistente Interacciones relevantes Velocidad Interpretación AMANDA Correlation (CLACC) Relación estructura actividad GRIND-2 (GRIND) GRID Independent Descritpors Campos de interacción molecular (MIF) Pentacle Métodos computacionales Qt Lenguajes de programación Interfaz de usuario Software Modelos software Modelo espiral Eficiencia Altas prestaciones Codificación Discretización Algoritmo Based Virtual Screening (LBVS) Ligand Drug Discovery (CADD) Computer Assisted Drug Design Prediction (SDEP) Standard Deviation of Error (FFD) Partial Least Squares (PLS) Analysis (PCA) Principal Component Probe Consistent Relevant Interactions Speed Interpretation AMANDA Correlation (CLACC) Screening (VS) Consistently Large Auto and Cross Virtual Relationship (QSAR) Quantitative Structure-Activity GRID INdependent Descriptors (GRIND) GRIND-2 GRID Alignment independent Molecular descriptors (MD) Pentacle Molecular Interaction Fields (MIF) Computational Methods Qt Programming Languages User Interface (UI) User-friendly Software Software models Spiral model Efficiency High-performance Encoding Discretizing Algorithm Descubrimiento de fármacos Cribado virtual basado en ligando (LBVS) 51 61
376	Homology modeling and structural analysis of the antipsychotic drugs receptorome López Muñoz, Laura 22 June 2010 (has links) Classically it was assumed that the compounds with therapeutic effect exert their action interacting with a single receptor. Nowadays it is widely recognized that the pharmacological effect of most drugs is more complex and involves a set of receptors, some associated to their positive effects and some others to the side effects and toxicity. Antipsychotic drugs are an example of effective compounds characterized by a complex pharmacological profile binding to several receptors (mainly G protein-coupled-receptors, GPCR). In this work we will present a detailed study of known antipsychotic drugs and the receptors potentially involved in their binding profile, in order to understand the molecular mechanisms of the antipsychotic pharmacologic effects.The study started with obtaining homology models for all the receptors putatively involved in the antipsychotic drugs receptorome, suitable for building consistent drug-receptor complexes. These complexes were structurally analyzed and compared using multivariate statistical methods, which in turn allowed the identification of the relationship between the pharmacological properties of the antipsychotic drugs and the structural differences in the receptor targets. The results can be exploited for the design of safer and more effective antipsychotic drugs with an optimum binding profile. / Tradicionalmente se asumía que los fármacos terapéuticamente efectivos actuaban interaccionando con un único receptor. Actualmente está ampliamente reconocido que el efecto farmacológico de la mayoría de los fármacos es más complejo y abarca a un conjunto de receptores, algunos asociados a los efectos terapéuticos y otros a los secundarios y toxicidad. Los fármacos antipsicóticos son un ejemplo de compuestos eficaces que se caracterizan por unirse a varios receptores simultáneamente (principalmente a receptores unidos a proteína G, GPCR). El trabajo de la presente tesis se ha centrado en el estudio de los mecanismos moleculares que determinan el perfil de afinidad de unión por múltiples receptores de los fármacos antipsicóticos.En primer lugar se construyeron modelos de homología para todos los receptores potencialmente implicados en la actividad farmacológica de dichos fármacos, usando una metodología adecuada para construir complejos fármaco-receptor consistentes. La estructura de estos complejos fue analizada y se llevó a cabo una comparación mediante métodos estadísticos multivariantes, que permitió la identificación de asociaciones entre la actividad farmacológica de los fármacos antipsicóticos y diferencias estructurales de los receptores diana. Los resultados obtenidos tienen interés para ser explotados en el diseño de fármacos antipsicóticos con un perfil farmacológico óptimo, más seguros y eficaces. Receptor 5-HT2A Receptor D3 Receptor D2 Ligando Clozapina Derivados Benzofuranonas Risperidona Olanzapina esquizofrenia métodos de regresión campos de interacción Molecular (MIF) Perfil Multireceptorial modelado por homología Docking sitio de unión interacciones moleculares selectividad afinidad de unión Diana Meta-Diana efectos secundarios fármaco antipsicótico típico fármaco antipsicótico atípico agonista antagonista membrana receptoroma rhodopsina estructura de rayos X descriptores moleculares farmacología análisis multivariante procedimiento integrado Computer-aided drug design Integrated approach Multivariate analysis Pharmacology Molecular descriptors X-ray structure Rhodopsin Receptorome Membrane Antagonist Agonist Atypical antipsychotic drug Typical antipsychotic drug Side effects Off-target Target Selectivity Binding affinity Molecular interactions Binding site Homology modeling Docking Multireceptor profile Molecular interaction Field (MIF) Partial Least Squares (PLS) Principal Component Analysis (PCA) Schizophrenia Benzolactam Derivatives Benzofuranone Derivatives Risperidone Olanzapine Clozapine Ligand Adrenergic receptors Muscarinic receptors Histamine receptors Serotonin receptors Dopamine receptors beta2-Adrenergic receptor D2 receptor D3 receptor 5-HT2A receptor G protein-coupled receptors (GPCR) 57

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