Global ETD Search

1	Comparación de niveles de Rankl en fluido crevicular gingival previo y posterior a blanqueamiento de dientes no vitales con peróxido de hidrógeno al 35% y peróxido de carbamida al 37% Sánchez San Juan, Francisca January 2016 (has links) Trabajo de Investigación Requisito para optar al Título de Cirujano Dentista / Introducción: El blanqueamiento intracoronario es una opción de tratamiento estético mínimamente invasivo para aquellos pacientes con cambio de coloración de una pieza dentaria no vital. Los agentes blanqueadores que se utilizan en este procedimiento poseen como agente activo el peróxido de hidrógeno. Esta sustancia se caracteriza por su fuerte poder oxidante y alta difusión entre las estructuras dentarias. Diversos autores sugieren que podría generar algún tipo de respuesta inflamatoria al difundir y alcanzar los tejidos periodontales. Es por esto que resulta de gran interés evaluar los niveles de marcadores de destrucción tisular involucrados en procesos inflamatorios como RANKL en el espacio extraradicular, en pacientes sometidos a blanqueamiento intracoronario, ya que es un tratamiento cada vez más frecuente y no hay estudios clínicos ni registro de esto en la literatura. Material y Métodos: Se incluyeron 50 dientes tratados endodónticamente con cambio de coloración. Se conformaron de forma aleatorizada dos grupos de estudio según el agente blanqueador utilizado, G1: peróxido de hidrógeno al 35% (n=25), G2: peróxido de carbamida al 37% (n=25). El blanqueamiento intracoronario se realizó mediante la técnica walking bleach con un protocolo de 4 sesiones de blanqueamiento. Las muestras de fluido crevicular gingival para determinar los niveles de RANKL se tomaron con papel absorbente periopaper ® en 6 sitios por diente en los siguientes tiempos: antes del inicio del blanqueamiento (baseline), al finalizar cada sesión de blanqueamiento, a la semana y al primer mes de finalizado el tratamiento. Se cuantificaron los niveles de proteínas totales usando el sistema Bradford® y a partir de 100 μl de muestra eluída se midieron los niveles de RANKL mediante ELISA (Quantikine®; R&D Systems Inc.) Resultados: Los niveles de RANKL aumentaron significativamente respecto al baseline en todos los tiempos evaluados, en ambos grupos (p<0,05). No hay diferencia estadísticamente significativa entre los niveles de RANKL al comparar los grupos entre sí (p>0,05). Conclusiones: Los niveles de RANKL aumentan gradualmente luego de cada sesión de blanqueamiento y hasta el mes post blanqueamiento. / Adscrito a Proyecto PRI-ODO No. 03/016. Blanqueamiento de dientes Ligando RANK
2	Estudio de la hemilabilidad de ligandos pirazol-tioéter y pirazol-tiol frente Pd(II), Pt(II) y Rh(I) García-Antón Aviñó, Jordi 12 December 2003 (has links) La química de ligandos hemilábiles ha sido ampliamente estudiada en los últimos años. El término "ligando hemilábil" se refiere a quelatos polidentados que contienen como mínimo dos tipos de grupos dadores con propiedades diferentes en reacciones de substitución frente a un centro metálico en concreto (uno lábil y otro inerte).En esta tesis se describe la síntesis y caracterización de ligandos pirazólicos N1 sustituidos con cadenas alquílicas que contienen grupos tioéter, tiol y/o alcohol.De los nueve ligandos utilizados en la memoria (6 ligandos pirazol-tioéter, 2 ligandos pirazol-tioéter-alcohol y un ligando pirazol-tiol), cuatro de ellos se han sintetizado por primera vez en este trabajo.Con estos ligandos se ha llevado a cabo un estudio de su complejación a Pd(II) y, con algunos de los ligandos se ha ensayado la reactividad con Ni(II), Pt(II) y Rh(I).Estos complejos se han caracterizado por diversas técnicas espectroscópicas y analíticas. Esta caracterización ha permitido aumentar los conocimientos sobre los modos preferentes de coordinación de estos ligandos frente a Pd(II), Pt(II), Rh(I) y Ni(II).Además, la técnica de RMN de 1H a temperatura variable ha permitido estudiar las propiedades hemilábiles de los ligandos pirazólicos frente a los centros metálicos utilizados.Los casos de hemilabilidad encontrados se resumen a continuación:Los ligandos pirazol-tioéter presentan propiedades hemilábiles frente Pd(II) y Rh(I). En todos los casos que se ha observado hemilabilidad, el grupo pirazolilo actúa como grupo inerte y el grupo tioéter como grupo lábil.Los ligandos pirazol-tioéter-alcohol presentan propiedades hemilábiles frente Pd(II) y Pt(II) y, al igual que para los ligandos pirazol-tioéter, el grupo pirazolilo actúa como grupo inerte mientras que el grupo tioéter como lábil. El grupo alcohol no se coordina al centro metálico.El ligando pirazol-tiol (que actúa como pirazol-tiolato una vez coordinado) se coordina de manera inerte en la mayoría de los complejos sintetizados. En el único caso en que se han observado propiedades hemilábiles (frente Pd(II)), el grupo tiolato actúa como grupo inerte y el grupo pirazolilo como lábil. / The chemistry of hemilabile ligands has been widely studied in recent years. The term "hemilabile ligand" refers to polydentate chelates containing at least two types of bonding groups displaying different properties in substitution reactions (one labile and one inert). Thus, one group bonds strongly to a metal centre and the other group is weakly bonded and easily displaced by coordinating ligands.In this work we describe the synthesis and characterization of some pyrazole-derived ligands, which are N1-substituted with alkyl groups which contain thioether, thiol or thioether-alcohol groups.Nine ligands are used in this work (6 pyrazole-thioether ligands, 2 pyrazole-thioether-alcohol ligands and 1 pyrazole-thiol ligand) and four of them have been synthesized for the first time.The coordination chemistry of these ligands has been studied towards Pd(II), Pt(II), Rh(I) and Ni(II).The complexes that have been obtained, were characterized by spectroscopic and analytical methods.This characterization allowed us to improve the knowledge about the coordinative properties of these ligands towards the metallic centres that have been used.Moreover, the 1H-NMR technique at variable temperature allowed us to study the hemilabile properties of these ligands.To sum up, the hemilabile properties found are:- The pyrazole-thioether ligands show hemilabile properties towards Pd(II) and Rh(I). In these cases, the pyrazolyl group acts as the inert group and the thioether as the labile one.- The pyrazole-thioether-alcohol ligands show hemilabile properties towards Pd(II) and Pt(II), and, similarly to what was found for the pyrazole-thioether ligands, the pyrazolyl moiety acts as the inert group and the thioether as the labile one.- The pyrazole-thiol ligand, which acts as a thiolate when coordinated to the metallic centre, acts as an inert ligand towards substitution in most of the complexes. Only in one case have we observed hemilabile properties. In this case, the thiolate group is the inert one and the pyrazolyl the labile one. Paladio Pirazol Ligando Hemilábil Ciències Experimentals 546
3	Flexibilidad conformacional de moléculas bioactivas: implicaciones en diseño de fármacos y función de globinas Forti, Flavio 06 September 2011 (has links) El estudio de la unión de un ligando con un receptor es de particular relevancia en el desarrollo de fármacos, donde se persigue encontrar un ligando con elevada afinidad hacia un determinado receptor. El ligando se une al receptor en el denominado “sitio de unión”. El proceso de unión puede dividirse en 2 etapas: i) difusión del ligando a través del receptor hasta el sitio de unión, y ii) la selección de aquella conformación (bioactiva) que cumple con las características geométricas y fisicoquímicas que le permiten unirse al receptor. En la presente memoria se ha estudiado la difusión molecular del ligando a través de la matriz proteica hasta el sitio de unión, así como la selección de la conformación bioactiva implicada en el reconocimiento ligando-receptor. En la primera parte se ha desarrollado una metodología Multinivel que proporciona un método eficiente para la exploración conformacional de moléculas tipo fármaco, permitiendo identificar estructuras estables y su población relativa. Hace uso de una exploración conformacional a nivel RM1 y posterior refinamiento a nivel más robusto de teoría: B3LYP y MP2. Se consigue así un buen balance costo/calidad para la estimación precisa de la población relativa de los confórmeros relevantes. Para compuestos en solución se utiliza la metodología de solvente continuo MST. Esto hace necesario derivar una nueva versión parametrizada del modelo MST para el hamiltoniano RM1. El modelo parametrizado ha probado proveer estimaciones precisas de la energía de solvatación para compuestos neutros. El tratamiento de compuestos iónicos es más delicado, dado que existe una dependencia fuerte entre el factor de escalado utilizado para modular la frontera electrostática entre el solvente y el soluto y el grupo ionizable. El uso de un factor de escalado adaptado al entorno químico provee una estrategia computacional viable para obtener estimaciones precisas de la energía de solvatación para compuestos cargados. Los resultados obtenidos para la histamina neutra son alentadores considerando la complejidad conformacional y tautomérica que presenta y coinciden con la mayoría de los estudios previos. En la segunda parte, se ha estudiado el impacto de las distorsiones de la planaridad del grupo hemo en la afinidad por O(2). Se halló que éstas pueden modular la afinidad de una globina por ligandos bimoleculares. Las distorsiones resultan en una disminución de la afinidad por O(2).con excepción del modo breathing, que implica la compresión-expansión del grupo hemo en el plano. El “breathing” positivo del hemo de la protoglobina “Methanosarcina Acetivorans” (MaPgb) podría contribuir a la alta afinidad por O(2) reportada dado que no presenta efecto distal, habitualmente responsable de la alta afinidad hallada en otras globinas. Por otra parte, la accesibilidad del ligando a esta proteína se logra a través de un sistema de túneles novedoso definido entre las hélices G y B (túnel 1) y B y E (túnel 2). El túnel 2, a diferencia del 1, está siempre abierto. Phe(145)G8 se halla en 2 conformaciones: abierta y cerrada, que regula la migración de ligandos a través del 1. La dimerización y la presencia de ligando unido al hemo facilitan la apertura del 1. La presencia del ligando unido al hemo es detectada por Phe(93)E11, y transmitida a Phe(145)G8 a través del cambio de las hélices B y E. Esto proporciona una explicación a los estudios cinéticos de Cristiano Viappiani. Cabe pensar que las conformaciones de ligación lenta y rápida reflejan la apertura del túnel 1 cuando se ha fijado un primer ligando en el grupo hemo. MaPgb podría participar en un proceso bimolecular, donde la entrada de un ligando facilitara de un segundo. / The study of ligand-receptor interaction is relevant to drug design. In this work we have studied: ligand diffusion through the receptor to the active site and selection of the bioactive conformation implied in ligand-receptor recognition In the first part we have developed a Multilevel methodology to efficiently explore the conformational space of drug-like molecules. It is based on a conformational search at a RM1 level and a “a posteriori” refinement with B3LYP and MP2. For molecules in solution a parametrization of the MST solvation model for RM1 was needed. Precise free energies of solvation have been obtained with the new set of parameters for neutral compounds. For ionic compounds there is a strong dependence with the scale factor used to modulate the electrostatic frontier between solvent and solute. The use of environment-adapted scale factor provides a suitable strategy. The results obtained for neutral histamine are encouraging considering its conformational and tautomeric complexity and agree with most of the previous studies. In the second part, we have studied the impact of heme distortions on its O2 affinity. Distortions reduce affinity with the exception of the breathing mode (compressionexpansion) Positive breathing found in “Methanosarcina Acetivorans” protoglobin (MaPgb) could contribute to the reported high O(2) affinity since there is no distal effect, generally responsible of high affinity in globins. A new tunnel system defined between G and B helices (tunnel 1) and B and E helices (tunnel 2) allows ligand access. Contrary to tunnel 1, tunnel 2 is always open. Phe(145)G8 is found in open and closed conformations that regulate migration through tunnel 1. Dimerization and the presence of a heme-bound ligand facilitate opening of tunnel 1. The bound ligand is detected by Phe(93)E11 and transferred to Phe(145)G8 through changes in helices B and E. This could shed light on the kinetic studies by Cristiano Viappiani. Slow and fast conformations could reflect the opening of tunnel 1 when another ligand is bound. MaPgb could be involved in a bimolecular process where the entrance of a ligand would facilitate binding of a second one. Biomolécula Receptor Ligando Conformación Dinámica molecular Globina Ciències de la Salut 615
4	Estudio de la formación de complejos ligando-receptor mediante simulaciones computacionales Álvarez, Hugo Ariel 04 May 2015 (has links) Son bien conocidas las interacciones que generan la conformación de complejos Enzima-Sustrato como el que se estudia en el presente trabajo, sin embargo, a pesar de los diversos avances que se han hecho al respecto, todavía no se encuentra una técnica efectiva (pero sobre todo eficiente) para una caracterización global de esta interacción. Esto permitiría, por ejemplo, un entendimiento más profundo de la acción catalizadora de la Enzima y de los mecanismos que regula, así como también el desarrollo de inhibidores de su actividad específica. Hoy en día, las técnicas utilizadas para el estudio de conformación tridimensional de macromoléculas biológicas, tales como Difracción de Rayos X (XRD), Difracción de Neutrones (ND), y Resonancia Magnética Nuclear (NMR), han evolucionado notablemente, y esto ha permitido contar con copiosa información accesible a toda la comunidad científica mundial a través de las bases de datos de proteínas (PDB), con acceso libre a través de internet. Asimismo, las técnicas de simulación computacional permiten el modelado y análisis detallado de la estructura microscópica y las propiedades dinámicas de estas macromoléculas, como también de su interacción con otras sustancias. Con este trasfondo es que se inicia un estudio de la interacción de una enzima (la Albúmina Sérica Humana en este caso) con su sustrato. El sustrato utilizado, elegido de entre la gran variedad de pequeñas moléculas hidrofóbicas que interactúan con la Albúmina, fue el Ácido Acetil Salicílico. Con el propósito de desarrollar un método de estudio de la interacción enzima-sustrato, se describen en la presente Tesis los pasos dados en pos de este objetivo. dinámica molecular formación de complejos interaccion receptor-ligando Ciencias Exactas Aspirina Albúmina Sérica
5	Modeling of 5-HT2A and 5-HT2C receptors and of theirs complexes with actual and potential antypsichotic drugs Dezi, Cristina 28 January 2008 (has links) La presente tesis "Modelling of 5-HT2A and 5-HT2C receptors and of their complexes with actual and potential antipsychotic drugs" tiene como objetivo de profundizar los conocimientos actuales sobre el mecanismo de acción de los fármacos antipsicóticos. En este proyecto de larga duración, se han construidos modelos computacionales de los receptores 5-HT2A y 5-HT2C, utilizando un nuevo protocolo de modelización basado sobre los datos experimentales de otras proteínas GPCR de la misma familia. Las estructuras 3D se han validado e utilizado en estudios de acoplamiento ligando-receptor, simulaciones de dinámica molecular, y estudios 3D-QSAR con el ligando natural (serotonina), un agonista inverso bien conocido (ketanserina) y una serie de butyrofenonas con afinidad para ambos subtipos receptoriales. Las metodologías directas e indirectas utilizadas, han permitido de comprender mejor los elementos claves que gobiernan el acoplamiento ligando - receptor, mediante la identificación de los residuos más involucrados en esta interacción, el rol de la quiralidad de los ligandos y también las posiciones alternativas de acoplamiento que algunos ligandos pueden asumir en el sitio de unión de los receptores.Los resultados son coherentes con los datos experimentales y su interpretación ha proporcionado información valiosa, difícilmente obtenible con la simple inspección visual de las estructuras de los ligandos y de los receptores. / This thesis "Modelling of 5-HT2A and 5-HT2C receptors and of their complexes with actual and potential antipsychotic drugs" has the objective of investigate the mechanism of action of antipsychotic drugs. During the development of this project, computational models of 5-HT2A and 5-HT2C receptors have been built, by means of a new modeling protocol based on experimental data from other GPCR of the same family. 3D structures have been validated by means of docking, molecular dynamic simulations and 3D-QSAR studies, using the natural ligand (serotonin), a well known inverse agonist (ketanserin) and a series of butyrophenones with affinity for both receptor subtypes. Direct and indirect methodologies have been applied, allowing a better comprehension of the key elements governing the ligand-receptor docking, thanks to the identification of the most important residues that stabilize such interaction, role of chirality and alternative positions within the binding site. The results are coherent with experimental data and its interpretation provided valuable information, not available at a simple visual inspection of ligand - receptor structures. docking antipsychotic drugs serotonin GPCR 3D-QSAR dinámica molecular acoplamiento ligando-receptor fármacos antipsicóticos serotonina GPCR molecular dynamics 3D-QSAR 57
6	Efecto de las proteínas de virus Andes (Hantaviridae) sobre la apoptosis mediada por TRAIL Segovia Pavez, Raúl Emilio. 03 1900 (has links) título de Ingeniería en Biotecnología Molecular / El virus Andes (ANDV) pertenece al género Orthohantavirus (familia Hantaviridae, orden Bunyavirales). En humanos la infección por ANDV produce el síndrome pulmonar asociado a hantavirus, el cual presenta una tasa de mortalidad de alrededor de un 35%. Estos virus se caracterizan por poseer una envoltura lipídica y un genoma de ARN de hebra simple tri-segmentado, de polaridad negativa que codifica para al menos 4 proteínas, entre ellas la proteína de nucleocápside (N) multifuncional y un precursor proteico denominado GPC, que tras ser procesado resulta en las glicoproteínas Gn y Gc que se encuentran ancladas en la envoltura viral. La apoptosis es una respuesta celular común frente a una infección viral. Sin embargo, en el ciclo replicativo de los hantavirus aún es controversial si inducen o inhiben apoptosis. La apoptosis celular puede ser inducida extrínsecamente mediante receptores de muerte específicos, que pueden ser activados por un ligando de la familia del factor de necrosis tumoral, como TRAIL (ligando inductor de apoptosis relacionado al factor de necrosis tumoral, por sus siglas en inglés) a través de una cascada de señalización, mediante un dominio de muerte. En este seminario de título, se buscó determinar si la expresión o localización del receptor de TRAIL, específicamente DR5 (receptor de muerte 5, por sus siglas en inglés) se ve alterada por la expresión de proteínas Gn, Gc y N de ANDV en células humanas, y si una posible variación podría afectar la tasa de apoptosis mediada por TRAIL. En primer lugar, se analizó la expresión de DR5 en distintos tipos celulares, y se determinó que éste receptor se expresa en mayor medida en células A549, por lo que para el resto de los análisis se continuó con esta línea celular. A continuación, se midió la expresión, tanto a nivel transcripcional como traduccional de DR5 en dependencia de ANDV Gn, Gc y N, frente a lo cual, no hubo una variación significativa en la expresión general de este receptor; sin embargo, en donde sí se encontró un incremento significativo fue en la localización de DR5 en la superficie de las células A549 en presencia de ANDV N. De todas formas, no se logró detectar inducción de apoptosis en células humanas transfectadas con ANDV N, lo cual no es posible interpretar debido a la carencia de un control positivo de apoptosis celular. En resumen, estos datos en conjunto muestran que a pesar de que la expresión de ANDV N indujo un aumento en la localización de DR5 en la superficie de células A549, sin embargo, queda por determinar si este aumento podría inducir apoptosis mediada por TRAIL. / Andes virus (ANDV) belongs to the Orthohantavirus genus (Hantaviridae family, Bunyavirales order). In humans ANDV infection causes hantavirus pulmonary syndrome, which has a fatality rate around 35%. These viruses are featured by a lipid envelope and a tri-segmented, single stranded, negative sense RNA genome, that encodes at least four proteins, among them, the multifunctional nucleocapsid protein (N) and a glycoprotein precursor termed GPC, which after being proteolytically cleaved, results in the mature glycoproteins Gn and Gc, which are anchored to the viral envelope. Apoptosis is a common cellular response against a viral infection. However, in the hantavirus replicative cycle, there is still controversy whether these viruses induce or rather block apoptosis. Apoptosis can be triggered extrinsically, through specific death receptors, that can be activated by a ligand belonging to the tumor necrosis factor family, such as TRAIL (tumor necrosis factor–related apoptosis inducing ligand), through a death domain mediated signaling cascade. During this degree seminary, we aimed to determine whether the expression or location of the TRAIL receptor DR5 (death receptor 5), is altered by ANDV Gc, Gn and N expression in human cells, and if any possible variation could affect TRAIL mediated apoptosis. First, we analyzed DR5 expression in different cell types and found that there is a higher extent of DR5 expression in A549 cells, that is why, for the rest of this seminary, we continued the work with this cell line. Next, we measured DR5 expression in these cells at a transcriptional and translational level, after being transfected with plasmids encoding ANDV Gc, Gn or N. We did not find any significant variation in the total amount of DR5 expression; nevertheless, we detected a significant increase in the location of DR5 on the surface of A549 cells in the presence of ANDV N. Although, we were unable to detect apoptosis in human cells transfected with ANDV N due to the lack of a positive control of apoptosis. Finally, all together, our results show that the expression of ANDV N induces an increase in DR5 on the surface of A549 cells, however, it has yet to be determined whether or not, this is enough to induce apoptosis mediated by TRAIL. Muerte celular. Hantavirus Apoptosis. Virus Andes (Hantaviridae). Biotecnología molecular
7	Inmovilización de complejos organometálicos en soportes sólidos para aplicación en catálisis Such-Basañez, Ion 20 February 2015 (has links) La memoria de tesis titulada “Inmovilización de complejos organometálicos en soportes sólidos para aplicación en catálisis” presenta una serie de trabajos encaminados a la obtención de catalizadores híbridos, que sean estables, activos, selectivos y reutilizables en reacciones de hidrogenación e hidroformilación de olefinas. Para ello, se han estudiado diversos métodos para inmovilizar complejos metálicos en materiales carbonosos y sólidos inorgánicos: adsorción física, anclaje por formación de un enlace covalente e intercambio iónico. Estos catalizadores se han usado en las reacciones mencionadas, analizando sus propiedades catalíticas (actividad y selectividad), así como la robustez de los mismos y las posibilidades de reutilización. Química fina Catálisis Complejo metálico Rodio Paladio Ligando Fosfina Amina Inmovilización Heterogeneización Catalizador Catalizador híbrido Soportado Soporte Carbón activado Nanotubo Tela de carbón activada Zeolita MOM Material mesoporoso ordenado Hidrogenación Hidroformilación Olefina Actividad Selectividad Reutilización Adsorción física Intercambio iónico Química Inorgánica
8	Molecular recognition in gas phase: theoretical and experimental study of non-covalent protein-ligand complexes by mass-spectrometry Dyachenko, Andrey 15 April 2013 (has links) In the present thesis we have explored different factors that impede accurate quantitative description of non-covalent protein-protein and protein-ligand interactions and design of new potent and specific binders from the scratch. Firstly, we addressed the role of solvent in the mechanism of non-covalent interactions. Secondly, we tackled the question about the intrinsic conformational flexibility of the protein molecules and the part it plays in weak interactions between proteins. In the first part of the thesis we studied the interactions of vascular endothelial growth factor (VEGF) protein with five cyclic peptides in solution and gas phase. The results showed that affinities of five ligands to VEGF in solution and gas phase are ranked in inversed order. That is, the that has the highest affinity in solution (as shown by chemical shift perturbation NMR and isothermal titration calorimetry) forms the weakest complex with VEGF in gas phase, and vice versa. We compared gas-phase and solution binding affinities of of five peptides and made qualitative conclusions about the role of the solvent in protein-ligand interactions. In order to obtain more quantitative information about the gas-phase behavior of non-covalent complexes we have developed a combined experimental/theoretical approach to study the energetics of collisional activation of the ion prior to dissociation. We applied developed strategy to model CID in traveling wave ion guide (TWIG) collision cell. We validated the model on the CID of leu-enkephalin peptide and then applied developed strategy to five non-covalent protein-peptide complexes and found activation energies of their dissociation reactions. Next we applied ESI native MS to study the allosteric interactions between the molecular chaperonin GroEL and ATP. The obtained data allowed to construct a scheme of conformational transition of GroEL upon binding of ATP and distinguish between two different cooperativity models, providing strong arguments in favor of Monod-Wyman-Changeux (MWC) model. Finally, be studied the backbone dynamics of VEGF with a combination of NMR relaxation and all-atom force-field based normal mode analysis (NMA). We showed that combination of experimental and computational approach allows to identify flexible zones with higher level of confidence. We also found out that residues, that are involved VEGF-receptor interactions, reside in or close to the flexible zones, suggesting the critical role conformational plasticity plays in the non-covalent protein-protein interactions. / Las biomoléculas de los organismos vivos realizan sus funciones principalmente a través de interacciones débiles reversibles entre ellas. La transducción de señal, la replicación de ADN/ARN, otros procesos enzimáticos y, virtualmente, cualquier otro proceso involucrado en las funciones vitales de cualquier organismo vivo (de las simples amebas, al complejo ser humano), requiere que las moléculas “hablen” entre ellas. Dicho lenguaje se basa en interacciones no covalentes. La flexibilidad conformacional es una propiedad esencial de las grandes biomoléculas, y muchas de las funciones desempeñadas por proteínas se basan en su capacidad para cambiar de conformación en respuesta a un factor externo. Geométricamente hablando, la presencia de flexibilidad en una proteína obstaculiza el diseño racional de medicamentos porque posibilita la existencia de un número muy elevado de conformaciones de dicha proteína. Por este motivo, cualquier información sobre la flexibilidad de una proteína es sumamente valiosa para la comprensión de PPI y PLI y para el diseño racional de medicamentos. Los capítulos 1-3 de la presente tesis versan sobre la solvatación, mientras que la flexibilidad se estudiara en el capitulo 4. Espectrometria de masses Espectrometría de masas Mass spectrometry Interaccions no covalents Interacciones no covalentes Non-covalent interactions Interaccions proteïna-proteïna Interacciones proteína-proteína Protein-protein interactions Interaccions proteïna-lligand Interacciones proteína-ligando Ligand-protein interactions Ciències Experimentals i Matemàtiques 547
9	Análisis de los dominios funcionales del receptor de progesterona en líneas celulares estables de cáncer de mama Quiles Lara, Ignacio 07 September 2007 (has links) Esta tesis se interesa por distinguir entre los efectos directos de los receptores nucleares y aquellos mediados por las rutas de transducción de señales en la transcripción de genes en respuesta a hormona y proliferación celular. Para esto, nosotros hemos expresado establemente en una línea celular T47Dy desprovista de PR, formas variantes marcadas de la isoforma B del PR en regiones involucradas bien en la unión al DNA(PRB-DBD), en su habilidad para interaccionar con ER y activar la cascada c-Src/Erk (PRB-ERID), o la incapacidad de reclutar coactivadores. La expresión génica en respuesta a progesterona en líneas celulares expresando los PRB salvaje y mutantes ha sido estudiada un microarray con 750 genes de cáncer de mama. Los resultados definen conjuntos de genes regulados en respuesta a hormona por los diferentes modos de acción del PRB, también genes dónde las rutas nucleares y no genómicas cooperan. Por último, se ha centrado la atención en la participación del gen Ciclina D1 (CCND1) en proliferación celular por hormona, el modo de acción del PR en su activación y el análisis de las regiones promotoras dónde PR se une. / This these is interested on distinguishing between direct effects of nuclear receptors and those mediated by signal transduction pathways on transcription of hormone-responsive genes and cell proliferation. For this, it stablies expressed in the PR-negative T47Dy breast cancer cell line, tagged forms of the PRB mutated at regions involved either in DNA binding, in its ability to interact with ER and activate the c-Src/Erk cascade, or the recruitment of coactivators. Gene expression in response to progestins in cell lines expressing wild type or mutant PRB has been studied by a 750 genes-containing breast cancer customized cDNA microarray. Our results define the subsets of hormoneresponsive genes regulated by the different modes of action of PRB, as well as genes where the nuclear and nongenomic pathways of PRB cooperate. Finally, it has focused the attention on the involvement of Cyclin D1 gene (CCND1) activation by hormone on cell proliferation, the mode of action of PR on its activation and the analysis of promoter regions where PR binds. ligand binding domain dimerization binding domain DNA nuclear receptor progesterone receptor breast cancer cells ciclina D1 (CCND1) MAP quinasa rutas genómicas & no genómicas genes de respuesta a rrogesterona P-Box & D-Box dimerización dominio de unión a ligando receptor de progesterona dominio de unión a DNA receptores nucleares células de cáncer de mama P-Box & D-Box 576 61 616
10	Development of high-performance algorithms for a new generation of versatile molecular descriptors. The Pentacle software Durán Alcaide, Ángel 04 March 2010 (has links) The work of this thesis was focused on the development of high-performance algorithms for a new generation of molecular descriptors, with many advantages with respect to its predecessors, suitable for diverse applications in the field of drug design, as well as its implementation in commercial grade scientific software (Pentacle). As a first step, we developed a new algorithm (AMANDA) for discretizing molecular interaction fields which allows extracting from them the most interesting regions in an efficient way. This algorithm was incorporated into a new generation of alignmentindependent molecular descriptors, named GRIND-2. The computing speed and efficiency of the new algorithm allow the application of these descriptors in virtual screening. In addition, we developed a new alignment-independent encoding algorithm (CLACC) producing quantitative structure-activity relationship models which have better predictive ability and are easier to interpret than those obtained with other methods. / El trabajo que se presenta en esta tesis se ha centrado en el desarrollo de algoritmos de altas prestaciones para la obtención de una nueva generación de descriptores moleculares, con numerosas ventajas con respecto a sus predecesores, adecuados para diversas aplicaciones en el área del diseño de fármacos, y en su implementación en un programa científico de calidad comercial (Pentacle). Inicialmente se desarrolló un nuevo algoritmo de discretización de campos de interacción molecular (AMANDA) que permite extraer eficientemente las regiones de máximo interés. Este algoritmo fue incorporado en una nueva generación de descriptores moleculares independientes del alineamiento, denominados GRIND-2. La rapidez y eficiencia del nuevo algoritmo permitieron aplicar estos descriptores en cribados virtuales. Por último, se puso a punto un nuevo algoritmo de codificación independiente de alineamiento (CLACC) que permite obtener modelos cuantitativos de relación estructura-actividad con mejor capacidad predictiva y mucho más fáciles de interpretar que los obtenidos con otros métodos. Diseño Factorial Fraccionado (FFD) Partial Least Squares (PLS) (PCA) Análisis de componentes principales Sonda Consistente Interacciones relevantes Velocidad Interpretación AMANDA Correlation (CLACC) Relación estructura actividad GRIND-2 (GRIND) GRID Independent Descritpors Campos de interacción molecular (MIF) Pentacle Métodos computacionales Qt Lenguajes de programación Interfaz de usuario Software Modelos software Modelo espiral Eficiencia Altas prestaciones Codificación Discretización Algoritmo Based Virtual Screening (LBVS) Ligand Drug Discovery (CADD) Computer Assisted Drug Design Prediction (SDEP) Standard Deviation of Error (FFD) Partial Least Squares (PLS) Analysis (PCA) Principal Component Probe Consistent Relevant Interactions Speed Interpretation AMANDA Correlation (CLACC) Screening (VS) Consistently Large Auto and Cross Virtual Relationship (QSAR) Quantitative Structure-Activity GRID INdependent Descriptors (GRIND) GRIND-2 GRID Alignment independent Molecular descriptors (MD) Pentacle Molecular Interaction Fields (MIF) Computational Methods Qt Programming Languages User Interface (UI) User-friendly Software Software models Spiral model Efficiency High-performance Encoding Discretizing Algorithm Descubrimiento de fármacos Cribado virtual basado en ligando (LBVS) 51 61

Search results