Très conservée, plus abondante dans les cellules en prolifération que dans les cellules<br />normales, stimulée par les rayonnements UV et ionisants, autant de caractéristiques qui ont<br />suscité notre intérêt pour l'analyse structurale et fonctionnelle de la protéine KIN17 humaine<br />(hKIN17) dans le but de caractériser sa ou ses fonction(s) dans la cellule. Plusieurs propriétés ont<br />été décrites pour la protéine hKIN17 dans différents mécanismes cellulaires tels que la réplication<br />de l'ADN, la réparation de l'ADN et le métabolisme de l'ARN. Pendant ma thèse, j'ai montré en<br />combinant des données de DC, RMN et SAXS que la protéine hKIN17 possède un domaine<br />structuré adoptant probablement le repliement d'un doigt de zinc et un domaine winged helix<br />dans sa région N-terminale. Seul le premier domaine lie les acides nucléiques, le deuxième<br />domaine ayant pour partenaires plusieurs hélicases à ARN impliquées dans la transcription et la<br />traduction. J'ai résolu par cristallographie aux rayons X la structure du domaine C-terminal qui<br />est retrouvé uniquement chez les eucaryotes supérieurs et se replie en un double domaine de type<br />SH3. J'ai montré par différentes méthodes biochimiques (filtration sur gel, gel IEF natif) que ce<br />domaine ancre la protéine hKIN17 à un complexe nucléaire acide de haut poids moléculaire dont<br />les composants sont en cours d'identification par spectrométrie de masse. De plus, il lie l'ARN et<br />les histones modifiées. L'ensemble de ces résultats confirment l'implication de la protéine<br />hKIN17 dans le métabolisme de l'ARN et précisent le rôle de chacun des domaines au sein de la<br />protéine.

Il n'existe plus de grève dans les services publics sans que soit évoqué, voire réclamé ou exigé le service minimum. Le droit français n'offre qu'une législation très parcellaire et floue en la matière. Malgré de nombreuses propositions de loi, le législateur fait preuve d'inertie. Cette attitude s'explique notamment par la grande difficulté technique de la tâche imposant de concilier les deux principes de valeur constitutionnelle que sont le droit de grève et la continuité des services publics. Cette étude tend à mettre en exergue les interrogations relatives au service minimum et s'efforce de déceler la solution qui serait la mieux adaptée dans le système juridique français. Afin de donner plus de relief à la recherche, le choix a été fait de l'aborder en s'inspirant du droit étranger. Le modèle choisi est originaire du Canada, et plus exactement du Québec. Il bénéficie d'un recul d'une vingtaine d'années et offre de ce fait, une expérience riche d'enseignements. La création d'un service minimum applicable aux services publics exige une analyse tant de la notion que de sa mise en oeuvre. Concrètement, il s'agit d'identifier les fondements du service minimum, de délimiter son champ d'application mais aussi de le définir en termes qualitatif et quantitatif, d'envisager sa mise en oeuvre par la voie négociée avec des acteurs spécifiques et de présenter les moyens permettant d'assurer son effectivité.

La transcription, la maturation d’ARN, et le remodelage de la chromatine sont tous des processus centraux dans l'interprétation de l'information contenue dans l’ADN. Bien que beaucoup de complexes de protéines formant la machinerie cellulaire de transcription aient été étudiés, plusieurs restent encore à identifier et caractériser. En utilisant une approche protéomique, notre laboratoire a purifié plusieurs composantes de la machinerie de transcription de l’ARNPII humaine par double chromatographie d’affinité "TAP". Cette procédure permet l'isolement de complexes protéiques comme ils existent vraisemblablement in vivo dans les cellules mammifères, et l'identification de partenaires d'interactions par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques qui sont validées bioinformatiquement, sont choisies et utilisées pour cartographier un réseau connectant plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle. En appliquant cette procédure, notre laboratoire a identifié, pour la première fois, un groupe de protéines, qui interagit physiquement et fonctionnellement avec l’ARNPII humaine. Les propriétés de ces protéines suggèrent un rôle dans l'assemblage de complexes à plusieurs sous-unités, comme les protéines d'échafaudage et chaperonnes. L'objectif de mon projet était de continuer la caractérisation du réseau de complexes protéiques impliquant les facteurs de transcription. Huit nouveaux partenaires de l’ARNPII (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 et CCT5) ont été purifiés par la méthode TAP, et la spectrométrie de masse a permis d’identifier de nouvelles interactions. Au cours des années, l’analyse par notre laboratoire des mécanismes de la transcription a contribué à apporter de nouvelles connaissances et à mieux comprendre son fonctionnement. Cette connaissance est essentielle au développement de médicaments qui cibleront les mécanismes de la transcription. / Genomes encode most of the functions necessary for cell growth and differentiation. Gene transcription, RNA processing, and chromatin remodeling are central processes in the interpretation of the information contained in genomic DNA. Although many protein complexes forming the cellular machinery that interprets mammalian genomes have been studied, a number of additional complexes remain to be identified and characterized. Using proteomic approaches, Dr. Benoit Coulombe’s laboratory purified many components of the RNAPII transcription machinery using tandem affinity purification (TAP), a procedure that allows the isolation of protein complexes as they likely exist in live mammalian cells, and the identification of interaction partners using mass spectrometry. High confidence interactions were selected computationally and used to draw the map of a network connecting many components of the mRNA transcriptional machinery. By applying this procedure, our lab has identified, for the first time, a group of proteins, that interacts both physically and functionally with human RNAPII, and whose properties suggest a role in the assembly of multi-subunit complexes, acting as RNAPII-specific scaffolding proteins and chaperones. The aim of my project was to continue the characterization of the network of protein complexes involving transcription factors, and thus, further pursuing our survey of protein complexes in whole cell extracts. Eight novel RNAPII interaction partners (PIH1D1, GPN3, WDR92, PFDN2, KIAA0406, PDRG1, CCT4 and CCT5) were purified using the tandem affinity purification (TAP) method, and their interaction partners were identified by mass spectrometry. Over the years, our lab’s analysis of transcriptional regulation and mechanisms has contributed novel and important knowledge that provided better understanding of mRNA synthesis. This knowledge is paramount to the development of therapeutics that will target transcriptional mechanisms.

L'objectif de cette thèse est de fournir des modèles de référence, les méthodes de soutien et des outils qui simulent les change propagations dans un projet de développement de produit (PD) pour aider les prises de décision. Nous établissons d'abord un cadre d'analyse des changes de modéliser le contexte du change apparition et la propagation en prenant en compte les multiples domaines du projet PD simultané- ment. Dans le cadre, nous proposons les modèles conceptuels de change apparition et la propagation qui fournissent une méthode pour identifier les change et propagation et impliquent certaines caractéristiques du change propagations. S'appuyant sur cela, nous vous proposons les procédures de mise en place des réseaux de propagation. Au sein du réseau, nous proposons la méthodologie de simulation de l'évolution propaga- tions, puis de présenter le processus de mise en uvre des méthodologies et des modèles comme un prototype en utilisant la technologie à base multi-agents.

Le travail réalisé dans le cadre de cette thèse propose une démarche de sélection de partenaires (fournisseurs et prestataires) dans une chaîne logistique durable en boucle fermée. Il s’agit d’évaluer les partenaires en fonction de critères économiques, environnementaux, et sociétaux puis de sélectionner ceux qui interviennent dans la chaîne logistique en respectant un ensemble des contraintes. Nous développons une méthode d’évaluation et de classement des partenaires basée sur une approche hybride en utilisant les méthodes AHP et PROMETHEE, dans un environnement flou. Ensuite, nous proposons un modèle mathématique multi-objectif qui permet non seulement de minimiser le coût total de la chaîne logistique, mais également de maximiser la valeur totale de l’approvisionnement, minimiser les émissions de gaz à effet de serre et maximiser le bénéfice sociétal. Nous utilisons une approche max-min pondérée pour résoudre le modèle proposé à l’aide de l’outil de modélisation et d’optimisation GAMS. / Reverse logistics network design is a crucial issue in which it is important to take into account the selection of the most appropriate partner with sustainability concerns. This partner can be a supplier or a third-party reverse logistics provider (3PRLP). However, research works that consider reverse logistics (RL) network design, partner selection, and sustainability issues simultaneously are rather limited till now. This research work proposes an integrated sustainable approach for partner selection and closed-loop supply chain (CLSC) network configuration, particularly in the case of outsourcing reverse logistics process to third-party provider. We propose a trade-off between sustainability criteria for both supplier and 3PRL provider selection. A multi-objective mixed-integer programming (MILP) model is also proposed to configure CLSC network and to select the best partners. The model minimizes the total cost of sourcing, and the total greenhouse gas emissions, while it maximizes the total value of reverse logistics, and the number of new job opportunities. A numerical example is also presented to illustrate the proposed approach.

Le traitement d’un premier cancer de la prostate et les mois qui suivent, sont une période stressante pour les patients et leur conjointe. Les objectifs de cette étude sont, d’une part, de déterminer l’évolution de variables psychosociales (soutien social, qualité de la relation conjugale, ajustement dyadique et stratégies de coping) et du bien-être émotionnel et physique, et d’autre part, d’identifier les effets acteurs-partenaires, c'est-à-dire les effets des variables psychosociales d’un membre du couple sur son bien-être et sur celui de l’autre membre. Nous avons mené une étude longitudinale auprès de 132 patients atteints d’un cancer de la prostate et de 100 de leurs conjointes. Une évaluation psychologique leur a été proposée au début, au milieu, à la fin du traitement et quatre mois après. Les résultats montrent que les patients ont un état émotionnel et une qualité de vie satisfaisants et que les conjointes présentent une symptomatologie dépressive. Chez les patients, on observe des effets acteurs positifs du soutien social, de la relation conjugale et des stratégies de coping, centrées sur le problème ou sur la recherche de soutien social, sur leur bien-être, et des effets partenaires positifs de ces mêmes variables sur le bien-être de leur conjointe. Chez les conjointes, la relation conjugale a un effet acteur positif sur leur bien-être, mais le soutien social et les stratégies de coping centrées sur l’émotion ont des effets acteurs négatifs. De plus, l’effet partenaire soutien social des conjointes est positif sur le bien-être des patients, alors que celui des stratégies de coping centrées sur l’émotion est négatif. Celui de la relation conjugale est positif quand il s’agit de la disponibilité et de l’intensité du soutien, et négatif quand il s’agit de l’ajustement dyadique. De façon générale, le soutien social, la relation conjugale et les stratégies de coping sont de bons prédicteurs de la qualité de vie, directement ou par le biais du partenaire. / The treatment of a first prostate cancer and the following months are a stressful period for the patients and their spouse. The first aim of this study was to determine the evolution of psychosocial variables (social support, quality of conjugal relationships, dyadic adjustment and coping strategies) and of emotional and physical well-being. The second aim was to identify actors-partners effects - that is the effect of one of partner’s psychosocial variables on his/her well-being and on that of the other. A longitudinal study was carried on 132 patients with prostate cancer and 100 of their spouses. A psychological evaluation was conducted at the beginning, half way through, at the end of the treatment and four months afterwards. Results showed that patients had a good emotional state and a good quality of life and, that the spouses developed a depressive symptomatology. For patients, positive actor effects of social support, conjugal relationships and coping strategies (problem-focused or seeking social support focused) on their well-being and, positive partner effects of the same variables on the spouses’ well-being were observed. For the spouses, conjugal relationships had a positive actor effect on their well-being, but social support and emotion-focused coping strategies had negative actor effects. Also, spouses’ social support had a positive partner effect on the patients’ well-being while emotion-focused coping strategies had a negative effect. Conjugal relationship effect was positive when referring to availability and intensity of support and, negative when referring to dyadic adjustment. Overall, social support, conjugal relationship and coping strategies were found to be good predictors of quality of life, directly or indirectly through the partner.

L’objectif de cette thèse est de fournir des modèles de référence, les méthodes de soutien et des outils qui simulent les change propagations dans un projet de développement de produit (PD) pour aider les prises de décision. Nous établissons d’abord un cadre d’analyse des changes de modéliser le contexte du change apparition et la propagation en prenant en compte les multiples domaines du projet PD simultané- ment. Dans le cadre, nous proposons les modèles conceptuels de change apparition et la propagation qui fournissent une méthode pour identifier les change et propagation et impliquent certaines caractéristiques du change propagations. S’appuyant sur cela, nous vous proposons les procédures de mise en place des réseaux de propagation. Au sein du réseau, nous proposons la méthodologie de simulation de l’évolution propaga- tions, puis de présenter le processus de mise en uvre des méthodologies et des modèles comme un prototype en utilisant la technologie à base multi-agents. / The overall goal of this Ph.D. research is to provide reference models, support me- thods and tools that simulate change propagations in a Product Development (PD) project to assist decision-makings. We firstly establish a change analysis framework of modeling the context of change occurrence and propagation by taking into account the multiple knowledge areas of PD project simultaneously. Under the framework, we propose the conceptual models of change occurrence and change propagation that pro- vide a qualitative method to identify change and change propagation and imply some characteristics of change propagations. Relying on that, we suggest the procedures of building up the change propagation networks. Within the network, we propose the methodology of simulating change propagations and then present the process of im- plementing the methodologies and the models as a software prototype by using multi- agent based technology.

D’abord cantonnés au secteur industriel, les groupes de sociétés se sont progressivement développés dans l’ensemble des secteurs d’activités et sont devenus en quelques années des acteurs incontournables de la vie économique et sociale. Le regroupement d’entreprises sous la domination d’une société-mère s’est accompagné d’une recherche d’unité dans les modes de gestion et les statuts sociaux déployés dans chaque entreprise les composant. C’est dans ce contexte que s’est développée la négociation d’accords de groupe. De simple expérimentation issue de la pratique, la négociation collective de groupe est devenue un véritable niveau de négociation collective reconnue par le législateur. L’accord de groupe est désormais consacré comme une norme créatrice de droits et d’obligations entre employeurs et salariés du groupe, mais sa place dans la hiérarchie des normes n’a pas été précisée. Cette situation génère de nombreuses interrogations quant à sa portée et à ses limites : chaque apport du législateur à la construction du régime juridique des accords de groupe soulève de nouvelles difficultés avec lesquelles les partenaires sociaux doivent composer. La présente étude tentera de mettre en évidence les solutions proposées par les partenaires sociaux pour affiner et sécuriser le régime juridique applicable aux accords de groupe. / Originally confined to the industrial sector, corporate groups have gradually developed in all sectors and have become in just a few years key players in economic and social life. The business combination under supervision of parent company was accompanied by a search for unity in management methods and employees’ status. The negotiation of group agreements has developed in this context. Simple hands-on experience at the beginning, group collective bargaining has become a real level of collective bargaining recognized by the legislator. The group agreement is now set out as a standard which establishing rights and obligations between employers and employees of the group, but its place in the hierarchy of norms has not been specified. This situation generates many questions about its scope and its limits: each legislator’s contribution to the group agreements’ legal regime raises new difficulties that the social partners have to deal with. This study will attempt to identify the solutions proposed by the social partners in order to refine and secure the group agreements’ legal regime.

Dans la nature, les plantes sont constamment exposées à des modifications de leur environnement générant un stress oxydant auquel elles doivent s’adapter du fait de leur immobilité. Les végétaux ont donc développé un grand nombre de mécanismes antioxydants permettant de protéger leurs fonctions vitales. L’étude d’une enzyme de type peroxyrédoxine (PRX) localisée dans le chloroplaste montre que son activité antioxydante est importante pour la croissance et la tolérance des végétaux aux contraintes environnementales. De plus, cette PRX pourrait interagir avec d’autres protéines impliquées notamment dans des mécanismes antioxydants et dans le métabolisme du carbone. Parmi elles, une protéine de type fibrilline participant à la protection des structures photosynthétiques, pourrait avec la PRX protéger la photosynthèse, fonction propre aux végétaux et essentielle pour la vie sur terre. / In nature, plants are constantly exposed to environmental changes leading to oxidative stress, to which they must adapt due to their immobility. Plants have developed many antioxidant systems allowing them to maintain their vital functions. The study of a peroxiredoxin, enzyme (PRX) localized in chloroplasts, shows that its direct antioxidant activity is essential for growth and tolerance of plants to environmental constraints. In addition, this PRX could interact with other proteins especially involved in antioxidant mechanisms and carbon metabolism. Among them, fibrillin proteins, which participate in the protection of the photosynthetic structures, could preserve with the PRX the plant photosynthesis, which is essential for the life on earth.

Thèse de doctorat présenté en vue de l'obtention du doctorat en psychologie - recherche intervention, option psychologie clinique (Ph.D) / L’une des causes la plus fréquente de douleur génito-pelvienne est la vestibulodynie provoquée (VP), qui affecterait 8% à 12% des femmes de la population générale (Harlow et al., 2014). Elle se caractérise par une douleur à l’entrée du vestibule vulvaire provoquée par l’application d’une pression, principalement lors des relations sexuelles. La VP a de nombreuses conséquences négatives sur la vie sexuelle, relationnelle et psychologique des femmes et de leurs partenaires amoureux (Bergeron et al., 2015). Des études ont démontré que certains facteurs interpersonnels affectent l’intensité de la douleur et l’ajustement des couples à la VP (Rosen & Bergeron, 2019). Bien qu’associée à des niveaux plus élevés de douleur chez les femmes et à une plus faible fonction et satisfaction sexuelles chez les couples avec la VP, l’insécurité d’attachement (i.e., anxiété d’abandon et/ou évitement de l’intimité) a été peu étudiée dans cette population (Granot et al., 2010; Leclerc et al., 2015). Ainsi, on note une absence d’études utilisant une perspective longitudinale ou dyadique, malgré le contexte très intime dans lequel la douleur survient. De plus, aucune étude n’a examiné ses associations avec des facteurs proximaux pouvant influencer la douleur ou encore en contexte de traitement. Ainsi, l’objectif général de la thèse était de mieux comprendre les mécanismes liés à l’attachement qui sous-tendent l’ajustement des femmes et de leur partenaire à la VP. Le premier article examinait les associations longitudinales entre l’attachement, le sentiment d’auto-efficacité dans la gestion de la douleur et l’intensité de la douleur chez les couples avec la VP. Deux-cent-treize couples avec la VP ont complété des questionnaires auto-rapportés lors de deux temps de mesures, espacés de deux ans. Les résultats ont démontré qu’une plus grande anxiété d’abandon prédisait un plus faible sentiment d’auto-efficacité dans la gestion de la douleur, qui en retour prédisait une plus grande intensité de la douleur chez les femmes deux ans plus tard. Plus d’évitement de l’intimité chez les femmes avec la VP était également un prédicteur d’une plus grande intensité de la douleur deux ans plus tard. Le second article de la thèse examinait les associations entre l’attachement, les réponses des partenaires et l’ajustement sexuel et relationnel chez 125 couples avec la VP. Des effets acteurs et partenaires ont été trouvés dans les associations entre l’insécurité d’attachement et plus de réponses négatives et moins de réponses facilitatrices pour les deux membres du couple, qui en retour était associé à un plus faible bien-être sexuel et relationnel. Le troisième article a examiné l’attachement et la maltraitance à l’enfance comme modérateurs de l’efficacité thérapeutique en comparant un traitement médical – la lidocaïne topique – à une thérapie cognitive comportementale de couple (TCCC) pour la VP développée par notre équipe. Un essai clinique randomisé impliquant 108 femmes avec la VP a trouvé que les femmes avec des niveaux élevés d’évitement de l’intimité ou de maltraitance à l’enfance bénéficiaient davantage de la lidocaïne que de la TCCC dans l’amélioration de leur satisfaction, leur fonction et leur détresse sexuelles à la fin du traitement ou six mois plus tard. Les implications et les contributions théoriques, cliniques et méthodologiques de ces résultats sont discutées. / One of the most common causes of genito-pelvic pain is provoked vestibulodynia (PVD), affecting approximately 8% to 12% of women in population-based samples (Harlow et al., 2014). PVD is characterized by pressure provoked pain at the entrance of the vulvar vestibule, occurring mostly during sexual intercourse. PVD has deleterious effects on women and partners’ psychological, sexual and relational wellbeing (Bergeron et al., 2015), Studies show that proximal and distal interpersonal factors are associated with pain intensity and couples’ adjustment to PVD (Rosen & Bergeron, 2019). Although associated with greater pain intensity and poorer sexual satisfaction and function in couples with PVD, attachment insecurity (i.e., abandonment anxiety and/or avoidance of intimacy) has been scantily studied in this population (Granot et al., 2010; Leclerc et al., 2015). In fact, very few studies have examined the impact of attachment on couples’ adjustment while using longitudinal or dyadic methodologies, despite the very intimate nature of the context in which pain arises. Also, no study to date has examined attachment in relation to proximal variables affecting the pain experience or in a treatment setting. Therefore, the overarching goal of this thesis was to better understand how attachment affects couples’ adjustment to PVD. The first article of the thesis examined the longitudinal associations between attachment, pain self-efficacy and pain intensity in women and their partners. Two-hundred and thirteen couples completed self-report questionnaires on two occasions, spaced out over two years. Results showed that greater attachment anxiety predicted lower pain self-efficacy in women with PVD, which in turn predicted higher pain intensity two years later. Greater attachment avoidance in women with PVD also predicted higher pain intensity over two years. The second article tested the associations between attachment, partner responses to pain and relationship and sexual adjustment in 125 couples with PVD. Actor and partner effects were found between attachment insecurity and greater negative and fewer facilitative partner responses for both members of the couple, which in turn was associated with poorer relational and sexual wellbeing. The third article examined attachment and childhood maltreatment as moderators of treatment efficacy while comparing a first line medical treatment – topical lidocaine – to cognitive-behavioral couples therapy (CBCT) for PVD developed by our team. In a randomized clinical trial implicating 108 women with PVD, higher levels of attachment avoidance or childhood maltreatment were associated with poorer outcomes in CBCT compared to topical lidocaine on women’s sexual satisfaction and function at either post-treatment or 6-month follow-up. Implications of the results, along with theoretical, clinical, and methodological contributions of the thesis are discussed.