Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HilkeaCSML.pdf: 1097759 bytes, checksum: 01e1d77872185062542dc3bd1d6e9b7b (MD5) Previous issue date: 2003-12-17 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Protein and caloric malnutrition has been considered one of the most concerned endemic diseases in Brazil and in the world. It has been known that depletion or reduction of proteins as far as meals are concerned can steer irreversible damages upon several organic systems. This study had as aim evaluate the effects the low-protein diet had over the formation and composition of the teeth components. 18 females and 6 males were used for the experiment. 12 from the 18 females had undertaken the low-protein diet (DH) for 03 weeks and the other 6, which remained, and those males had undertaken a controlled diet (DC) for the same period. All animals had the diets during their mating, pregnancy and lactation cycle. As soon as the offsprings had been born, 10 young males and females of each group faced a disease hood analysis to check the teeth germs of their lower fore teeth. The rest of the group had their lactation cycle normally 60 days. Then they were put to death and had their lower fore teeth removed both to be analyzed through a scanning electronic microscopy (SEM) of the structure alterations and to have their calcium checked by an atomic absorption of the phosphorus vanadate-molibdate method and by other minerals EDX method. The animals livers were removed to have their hepatic proteins analyzed as well. The histopatologic study showed that at first day of birth, all animals had their lower fore teeth come out. It was verified that 90% of the animals teeth were in an apposition and calcification period and it was possible to observe the dentin formation from 60% of the 90% already mentioned. Through the SEM method it could be realized that 90% of the animals of the DH group had their lower fore teeth easily broken and no definite shape. In this same group itself, it was also observed long micro fissures 369,66 nm ? 3,45 while the DC group had fissures of 174 nm ? 5,72. Now regarding the calcium and phosphorus concentration, it could be noticed that there was a great reduction of these components and other minerals in the DH group. Almost all minerals, except for the Cl and K, presented higher levels in the DC group enamel.The reduction of the protein input greatly influenced the offsprings? weight and height. However the hepatic proteins had no important difference between the groups what can make one believe that those animals suffered from protein malnutrition of marasmic kind / A desnutri??o prot?ico-cal?rica vem sendo classificada como uma das mais preocupantes endemias n?o s? no Brasil, mas no mundo. Sabe-se que a deple??o ou a diminui??o do aporte de prote?nas das refei??es pode provocar danos irrevers?veis a v?rios sistemas org?nicos. O objetivo do presente estudo foi avaliar o efeito da dieta hipoproteica sobre a forma??o e composi??o dos elementos dent?rios. Foram utilizados 18 f?meas e 6 machos para a realiza??o do experimento. Das 18 f?meas, 12 foram submetidas ? dieta hipoprot?ica (DH) durante 03 semanas e as outras 6 e os machos foram mantidos durante esse per?odo com a dieta controle (DC).As dietas foram mantidas durante o per?odo de acasalamento, gesta??o e lacta??o de todos os animais. Ap?s o nascimento da prole, foram retirados 10 filhotes de cada grupo para an?lise histopatol?gica dos germes dent?rios dos incisivos inferiores. Os demais passaram pela lacta??o at? completarem 60 dias de vida onde foram sacrificados e os dentes incisivos inferiores excisados para an?lise por microscopia eletr?nica de varredura (MEV) das altera??es estruturais, bem como para an?lise de c?lcio por absorb?ncia at?mica, do f?sforo pelo m?todo do vanadato-molibdato e de outros minerais pelo EDX. O f?gado dos animais foi removido para a an?lise das prote?nas hep?ticas. O estudo histopatol?gico mostrou que ao primeiro dia de vida, todos os animais apresentavam os incisivos inferiores, 90% estavam na fase de aposi??o e calcifica??o e em 60% destes foi poss?vel observar a forma??o de dentina. Na an?lise pelo MEV foi detectado em 90% dos animais do grupo DH que as extremidades dos incisivos inferiores estavam quebradi?as e sem contorno definido; neste mesmo grupo foram detectadas microfendas extensas, 369,66 nm? 3,45, enquanto que no grupo DC as fendas eram de 174 nm?5,72.. Em rela??o ?s concentra??es de c?lcio e f?sforo houve redu??o significativa no grupo DH e para os demais minerais, quase todos se apresentaram diminu?dos neste grupo exceto o Cl e o K que no esmalte apresentou valores superiores ao grupo DC. A diminui??o do aporte prot?ico influenciou significativamente no peso e no tamanho da prole, no entanto as prote?nas hep?ticas n?o demonstraram diferen?a significativa entre os grupos, levando-se a crer que foi induzida nestes animais uma desnutri??o prot?ica do tipo marasm?tica

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-07-06T20:16:17Z No. of bitstreams: 1 VanessaOlintoDosSantosEvangelista_TESE.pdf: 5760623 bytes, checksum: 180f27b8cf175c05011adf038ebd2e0b (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-07-07T21:00:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 VanessaOlintoDosSantosEvangelista_TESE.pdf: 5760623 bytes, checksum: 180f27b8cf175c05011adf038ebd2e0b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-07T21:00:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 VanessaOlintoDosSantosEvangelista_TESE.pdf: 5760623 bytes, checksum: 180f27b8cf175c05011adf038ebd2e0b (MD5) Previous issue date: 2015-12-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A expans?o agr?cola utilizando cultivares geneticamente modificados (GM) ? fen?meno mundial. Esse fato tem impulsionado a implementa??o de legisla??es regulat?rias para monitorar ? presen?a de variedades GM em culturas agr?colas. Outra importante demanda mundial est? relacionada ao consumo de alimentos contaminados por aflatoxinas. Essas mol?culas constituem um classe de compostos extremamente t?xicos que causam efeitos danosos para a sa?de humana e animal. Por isso, a seguran?a e qualidade dos produtos agr?colas s?o essenciais para os consumidores. Os testes de fluxo lateral s?o m?todos alternativos promissores que podem ser utilizados tanto para a detec??o de prote?nas transg?nicas expressas em culturas GM quanto para a detec??o de compostos t?xicos em alimentos. Essa t?cnica apresenta vantagens adicionais quando comparado aos m?todos convencionais, como: simplicidade, rapidez e baixo custo. Nesse estudo foram desenvolvidos dois testes de fluxo lateral, um para a identifica??o das prote?nas Cry1Ac e Cry8 Ka5 expressas em cultivares de algod?o GM e o outro, para a detec??o de aflatoxinas em produtos agr?colas. O teste, para a detec??o dos cultivares transg?nicos, foi desenvolvido no formato sandwhich. Esse teste foi desenvolvido utilizando os anticorpos monoclonais 1B1 e 5H4, produzidos contra a prote?na Cry1Ac, mas que apresentaram rea??o cruzada para a prote?na Cry8Ka5. O monoclonal anti-Cry1B1 foi conjugado com nanopart?culas de ouro coloidal (40 nm) e utilizados como reagente de detec??o. O monoclonal 5H4 foi adsorvido na membrana de nitrocelulose, na regi?o denominada de linha teste e utilizado como reagente de captura do teste. Na linha controle, foi adsorvido o anticorpo anti-mouse IgG. Esses testes foram validados utilizando amostras de folhas de plantas de algod?o GM ( Bollgard I ? e Planta 50- produzida em nosso laborat?rio) e folhas provenientes de cultivares n?o GM ( Cooker 312). Os resultados demonstraram que esse teste foi capaz de distinguir eficientemente amostras GM de n?o GM. Al?m disso, tamb?m apresentou elevada sensibilidade, sendo capaz de detectar 0,06 ?g das prote?nas respectivas nos cultivares transg?nicos. O teste para a detec??o de aflatoxinas foi desenvolvido no formato competitivo. O anticorpo ?-AFLA 3B6, produzido contra AFB1, apresentou reatividade cruzada contra as aflatoxinas AFB2, AFG1, AFG2 e AFM1 e por isso, foi utilizado para o desenvolvimento das fitas-testes. Nesse teste o anticorpo 3B6 foi conjugado com ouro coloidal (40 nm) e utilizado como reagente de detec??o. O ant?geno AFB1 foi adsorvido na linha teste e utilizado como reagente de captura e o anti-mouse IgG foi imobilizado na linha controle do teste. Para a valida??o, gr?os de soja contaminados com o fungo Aspergillus flavus, foram utilizados. Esses testes tamb?m foram avaliados quanto ? habilidade de detec??o de aflatoxinas em amostras alimentares, incluindo leite e prote?na texturizada de soja. Os resultados demonstraram que a fita eficientemente identificou amostras contendo aflatoxinas. Al?m disso, apresentou sensibilidade de 0,5 ng/mL ou 0,5 ?g/Kg. Os resultados obtidos sugerem que as fitas testes desenvolvidas podem ser utilizadas como m?todo r?pido e de baixo custo para o screening de cultivares GM, expressando as prote?nas Cry1Ac e Cry8Ka5, quanto para a detec??o de aflatoxinas em amostras alimentares. / The expansion of cultivated areas with genetically modified crops (GM) is a worldwide phenomenon, stimulating regulatory authorities to implement strict procedures to monitor and verify the presence of GM varieties in agricultural crops. With the constant growing of plant cultivating areas all over the world, consumption of aflatoxin-contaminated food also increased. Aflatoxins correspond to a class of highly toxic contaminants found in agricultural products that can have harmful effects on human and animal health. Therefore, the safety and quality evaluation of agricultural products are important issues for consumers. Lateral flow tests (strip tests) is a promising method for the detection both proteins expressed in GM crops and aflatoxins-contaminated food samples. The advantages of this technique include its simplicity, rapidity and cost-effective when compared to the conventional methods. In this study, two novel and sensitive strip tests assay were developed for the identification of: (i) Cry1Ac and Cry8Ka5 proteins expressed in GM cotton crops and; (ii) aflatoxins from agricultural products. The first strip test was developed using a sandwhich format, while the second one was developed using a competitive format. Gold colloidal nanoparticles were used as detector reagent when coated with monoclonal antibodies. An anti-species specific antibody was sprayed at the nitrocellulose membrane to be used as a control line. To validate the first strip test, GM (Bollgard I? e Planta 50- EMBRAPA) and non-GM cotton leaf (Cooker 312) were used. The results showed that the strip containing antibodies for the identification of Cry1Ac and Cry8Ka5 proteins was capable of correctly distinguishing between GM samples (positive result) and non-GM samples (negative result), in a high sensitivity manner. To validate the second strip test, artificially contaminated soybean with Aspergillus flavus (aflatoxin-producing fungus) was employed. Food samples, such as milk and soybean, were also evaluated for the presence of aflatoxins. The strip test was capable to distinguish between samples with and without aflatoxins samples, at a sensitivity concentration of 0,5 ?g/Kg. Therefore, these results suggest that the strip tests developed in this study can be a potential tool as a rapid and cost-effective method for detection of insect resistant GM crops expressing Cry1Ac and Cry8Ka5 and aflatoxins from food samples.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-07-25T23:14:34Z No. of bitstreams: 1 AngelicaLopesCordeiroMandu_DISSERT.pdf: 8297335 bytes, checksum: a571100e33585465a7dd9329c7047ab6 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-08-04T20:58:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AngelicaLopesCordeiroMandu_DISSERT.pdf: 8297335 bytes, checksum: a571100e33585465a7dd9329c7047ab6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-04T20:58:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AngelicaLopesCordeiroMandu_DISSERT.pdf: 8297335 bytes, checksum: a571100e33585465a7dd9329c7047ab6 (MD5) Previous issue date: 2016-02-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Os nevos melanoc?ticos (NMs) s?o prolifera??es benignas de c?lulas n?vicas, que podem serencontradas na pele e em mucosas de revestimento, incluindo a mucosa oral. Contudo, osNMs cut?neos s?o mais comuns, quando comparados os que acometem a mucosa oral. Osmecanismos moleculares envolvidos no desenvolvimento dos nevos e os fatores que podeminfluenciar no padr?o de migra??o das c?lulas n?vicas s?o pouco explorados. O objetivo destapesquisa foi analisar a express?o imuno-histoqu?mica das prote?nas E-caderina e Bcl-2 emNMs orais/cut?neos e relacion?-las com as caracter?sticas cl?nicas (sexo, idade, localiza??o,exposi??o ? radia??o solar) e tipos histopatol?gicos. Foram analisados 36 casos de NMs orais34 de NMs cut?neos. Foi utilizada a t?cnina de imuno-histoqu?mica das prote?nas E-caderinae bcl-2, na qual foram analisados a intensidade (fraca, intermedi?ria e forte) e distribui??o demarca??o (focal e difusa). A imunoexpress?o tamb?m foi analisada quanto aos tipos de c?lulasn?vicas (A, B e C). A an?lise estat?stica foi realizada atrav?s dos testes de Qui-Quadradode Pearson e Correla??o de Spearman com n?vel de signific?ncia estabelecido em 5%. Dos 70casos de NMs, 82,9% eram do sexo feminino, 48,6% com idade entre 26-50 anos, 60% eramda ra?a branca, 51,4% foram diagnosticados histopatologicamente como nevos intrad?rmicos/intramucosos e 80% eram NMs adquiridos. A express?o imuno-histoqu?mica da bcl2 e Ecaderinaforam vari?veis na amostra e n?o exibiram associa??o com os par?metros cl?nicos. Aexpress?o da bcl-2 e E-caderina foram vari?veis de acordo com os tipos de c?lulas n?vicas (A,B e C) (p=0,001). A express?o da bcl-2 foi mais difusa em NMs cong?nitos (p=0,002). A Ecaderinafoi positiva em 83,3% dos NMs <1cm (p=0,001) e em exibiu uma fraca marca??oem 73,9% dos NMs que se encontravam em ?reas expostas (p=0,010). Com base nestes resultados,sugere-se que a E-caderina tenha um controle na determina??o dos tipos histopatol?gicosdos NMs, e que a bcl-2 seja um poss?vel marcador de NMs com maior susceptibilidade aodesenvolvimento de les?es malignas. / Melanocytic nevi (MNs) are benign melanocytic proliferations of cells, which can be found in the skin and mucous coat, including the oral mucosa. However, skin NMs are more common when compared to those that affect the oral mucosa. The molecular mechanisms involved in the development of nevi and the factors that can influence the migration pattern of the nevus cells are little explored. The aim of this study was to analyze the immunohistochemical expression of E-cadherin protein and Bcl-2 in oral / skin NMs and relate them to the clinical characteristics (gender, age, location, exposure to solar radiation) and histopathological types. 36 cases of oral NMs and 34 Skin NMs were analyzed. The immunohistochemistry was used of the protein E-cadherin and bcl-2, which were analyzed the intensity (weak, moderate and strong) and distribution marking (diffuse and focal). The immunoreactivity also analyzed as to the types of nevus cells (epithelioid cells -A, -B lymphocyte and fibroblast-like -C). Statistical analysis was performed using the chi-square tests of Pearson and Spearman correlation with significance level set at 5%. Of the 70 cases of NMs, 82.9% were female, 48.6% aged 26-50 years, 51.4% were diagnosed histologically as intradermal / intramucosal nevi and 80% were NMs acquired. Immunohistochemical expression of BCL2 and E-cadherin were variables in the sample and showed no association with clinical parameters. The expression of bcl-2 and E-cadherin were variable according to the types of nevus cells (A, B and C) (P = 0.001). The expression of bcl-2 was more diffuse in congenital MNs (p = 0.002). E-cadherin was positive in 83.3% of MNs <1cm (p = 0.001) and exhibited weak staining in 73.9% of MNs that were in exposed areas (p = 0.010). Based on these results, it is suggested that the E-cadherin has a modulating effect on the migratory properties of NMs, and bcl-2 is a marker of MNs with increased proliferative capacity.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T11:48:00Z No. of bitstreams: 1 DIS_LEONARDO_VERONESE_SOLETTI_COMPLETO.pdf: 4509586 bytes, checksum: 932e17294867261485737bead0bba62c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T11:48:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_LEONARDO_VERONESE_SOLETTI_COMPLETO.pdf: 4509586 bytes, checksum: 932e17294867261485737bead0bba62c (MD5) Previous issue date: 2016-03-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / As a consequence of the post-genomic era an explosion of information and numerous discoveries made available large amounts of biological data. Even with the technology enhancements regarding protein structure prediction techniques, it is still not possible to find a tool to predict with precision the exact the three-dimensional structure of a given protein. This brings new challenges, starting from how to understand and organize these resources until sharing and reuse of successful experiments, as well as how to provide interoperability between data from different sources, without mentioning the diversity between tools and different user profiles. This kind of data flow is regularly addressed as command line scripts which require users to have programming skills. Such scripts have problems interfering, collecting and storing data while executing. Furthermore, these scripts and can be very complex leading to difficulties of implementation, maintenance and reuse. Another problem that arises when a set of tasks are proposed to be conducted through scripts is the possibility of missing any step in the process or running at incorrect order, leading to inconsistent results. It becomes necessary techniques and tools to ease this process in an organized way as a sequence of steps characterized by a workflow, thus automating this process. In this context, we sought to develop a scientific workflow model using bioinformatics tools and biology expertise to automate the process of protein refinement of polypeptides predicted by CReF method once the refinement process scripts were automated, it was possible to increase the amount of experiments while maintaining an acceptable quality criteria. Finally, was developed a web interface that facilitates the visualization of the results in an organized way. / Com o advento da era p?s-gen?mica surge, como consequ?ncia, uma explos?o de informa??es onde in?meras descobertas geram grande quantidade de dados biol?gicos. Mesmo com o avan?o da tecnologia nas t?cnicas de predi??o de estruturas de prote?nas, n?o ? poss?vel ainda se encontrar uma ferramenta capaz de predizer com precis?o exata a estrutura 3D de prote?nas. Em decorr?ncia disso, surgem novos desafios para entender e organizar esses recursos nas pesquisas, o compartilhamento e reuso de experimentos bem-sucedidos, assim como prover interoperabilidade entre dados e ferramentas de diferentes locais e utilizados por usu?rios com perfis distintos. As atividades de estudos do fluxo destes dados, inicialmente, baseiam-se em scripts que auxiliam na entrada, processamento e resultado final da an?lise, normalmente executados por linha de comando, o que obriga seus usu?rios a terem dom?nio de algoritmos e l?gica de programa??o. Tais scripts apresentam problemas em interferir, coletar e armazenar dados ao longo de sua execu??o, e podem ser muito complexos, ocasionando a dificuldades de implementa??o, manuten??o e reuso. Outro problema ? quando um conjunto de tarefas a serem realizadas atrav?s de scripts, podem ter o risco de faltar algum passo no processo ou n?o ser executado na ordem certa, obtendo-se com isso resultados n?o satisfat?rios. Torna-se necess?rio t?cnicas e ferramentas que facilitem esse processo, de maneira organizada como uma sequ?ncia de etapas caracterizados por um fluxo de execu??o, automatizando-se assim este processo. Neste contexto, buscou-se desenvolver um modelo de workflow cient?fico utilizando-se ferramentas de bioinform?tica e de conhecimentos da biologia para automatizar o processo de refinamento de prote?nas, do polipept?dio predito pelo m?todo CReF. Os scripts do processo de refinamento foram automatizados, com isso foi poss?vel aumentar a quantidade de experimentos, mantendo um crit?rio de qualidade aceit?vel. Para o resultado final do processo, desenvolveu-se uma interface web que facilita a visualiza??o dos resultados de uma forma organizada.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T13:51:27Z No. of bitstreams: 1 DIS_CARLOS_EDUARDO_SEQUEIROS_BORJA_PARCIAL.pdf: 2369724 bytes, checksum: 0bcf4fe536f9f8fc084f08e3dc335db9 (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-29T13:51:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DIS_CARLOS_EDUARDO_SEQUEIROS_BORJA_PARCIAL.pdf: 2369724 bytes, checksum: 0bcf4fe536f9f8fc084f08e3dc335db9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T13:51:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_CARLOS_EDUARDO_SEQUEIROS_BORJA_PARCIAL.pdf: 2369724 bytes, checksum: 0bcf4fe536f9f8fc084f08e3dc335db9 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Protein structure prediction from just the amino acid sequence continues to be a major challenge in structural bioinformatics. If at all possible, prediction needs to be accurate and fast. In this project, it is proposed and tested the effects of cotranslation within an ideal ribosomal channel model in protein structure prediction using classical molecular dynamics and replica-exchange molecular dynamics simulations. An ideal ribosomal channel model was built, different translation speeds were used and compared the results to control simulations. Different translation speeds were tested to verify their influence on predictions, and the best results were observed at translation speeds between 80 and 200 ps. The quality of the predicted models were as low as 0.3 ? and 1.0 for the RMSDs and GDT-TS parameters, respectively, for simulations of just 50 ns. Overall, the use of this approach to protein structure prediction has successfully produced native and near-native structures in three of the four proteins investigated, thus reaching accuracy and speed as expected. As a conclusion, using cotranslation within an IRCM is a promising approach to predict native-like 3D structures of mini-proteins successfully. Improvements to the methodology should allow the prediction of 3D structures of larger proteins of biological and biomedical interest. / A predi??o de estrutura 3D de prote?nas partindo apenas da sequ?ncia de amino?cidos ainda ? um grande desafio em bioinform?tica estrutural. Apesar da dificuldade, a predi??o precisa de ser acurada e r?pida. Nesta disserta??o, prop?e-se e mesuram-se os efeitos da co-tradu??o e o uso de um modelo ideal de canal ribossomal na predi??o da estrutura 3D de prote?nas, fazendo uso de din?mica molecular cl?ssica e din?mica molecular com intercambio de r?plicas. O modelo do canal ribosomal constru?do foi testado com diferentes velocidades de tradu??o, e os resultados foram comparados com simula??es padr?o. Foram testadas diferentes velocidades de tradu??o para verificar sua influ?ncia nas predi??es, e as velocidades que apresentaram os melhores resultados ficaram na faixa de 80 at? 200 ps. A qualidade dos modelos preditos foram boas, apresentando valores de GDT-TS de 1,0, assim como 0,3 ? para RMSD para simula??es de apenas 50 ns. No geral, demostra-se que o uso desta abordagem na predi??o da estrutura de prote?nas, produz satisfatoriamente estruturas nativas ou perto da nativa em tr?s de quatro prote?nas testadas, atingindo assim a acur?cia e velocidade esperadas. Como conclus?o, o uso da co-tradu??o com um modelo do canal ribosomal ? uma abordagem promissora para a predi??o de estruturas de mini prote?nas perto da estrutura nativa. Melhoras na metodologia e no modelo permitir?o uma predi??o de estruturas 3D de prote?nas maiores de interesse biol?gico e biom?dico.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-10-20T10:56:20Z No. of bitstreams: 1 DIS_VANESSA_STANGHERLIN_MACHADO_COMPLETO.pdf: 9505213 bytes, checksum: c355721326b3d2f7c04de64104755fac (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-20T10:56:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_VANESSA_STANGHERLIN_MACHADO_COMPLETO.pdf: 9505213 bytes, checksum: c355721326b3d2f7c04de64104755fac (MD5) Previous issue date: 2015-08-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / The prediction of protein tertiary structure is a problem of Structural Bioinformatics still unsolved by science. The challenge is to understand the relationship between the amino acid sequence of a protein and a three dimensional structure, which is related to the function of these macromolecules. Among the methods related to protein structure prediction is CREF (Central Residue Fragment-based Method) proposed by Dorn & Norbert Souza (2008) for prediction of proteins? or polypeptide?s approximate 3D structure. In this thesis we present the wCReF, the Web interface for the CREF method developed with a focus on usability. With this tool the users can enter the amino acid sequence of its target protein, and get as a result the approximate 3D structure of a protein in an automated manner without the need to install all the necessary tools for their use. To define the requirements for its development were conducted usability evaluations, guided by experts on both Human-Computer Interaction and bioinformatics domain areas, in three protein structures prediction servers - I-TASSER, QUARK and Robetta - all participants at CASP (Critical Assessment of Protein Structure Prediction) competition. The inspections were conducted through the Heuristic Evaluation method using Nielsens? 10 heuristics. As a result, violations were found in all heuristics resulting in 89 usability problems. They were classified into 5 severities, 29 scored as being of high priority solution and 25 as problems to be solved immediately. Assessment results serve as guiding orientation of the key features that wCReF must have compiled in a document software requirements for its implementation. From this step was carried out prototyping and glimpsing the detection of new usability problems with end users by adapting the Ssemugabi satisfaction questionnaire. As a final product we present the wCReF server, protein structure prediction server rooted in concern about the usability and interaction with its users. Furthermore, this study can contribute to improvement of usability of existing bioinformatics applications, the prediction servers analyzed and the development of new scientific tools. / A predi??o da estrutura terci?ria de prote?nas ? um problema da Bioinform?tica Estrutural ainda n?o solucionado pela ci?ncia. O desafio ? entender a rela??o entre a sequ?ncia de amino?cidos de uma prote?na e sua estrutura tridimensional 3D, que est? relacionada ? fun??o destas macromol?culas. Dentre os m?todos relacionados ? predi??o de estruturas de prote?nas est? o M?todo CReF (Central Residue Fragment-based Method), proposto por Dorn & Norberto de Souza (2008), para predi??o da estrutura 3D aproximada de uma prote?na ou polipept?dio. Nesta disserta??o, apresentamos o wCReF, a interface Web para o m?todo CReF desenvolvida com o enfoque em usabilidade. Com esta ferramenta o usu?rio informa a sequ?ncia de amino?cidos de sua prote?na alvo, e como resultado obt?m a estrutura 3D aproximada de uma prote?na, de forma automatizada, sem a necessidade de instala??o das ferramentas necess?rias para sua utiliza??o. Para definir os requisitos necess?rios para seu desenvolvimento foram realizadas avalia??es de usabilidade, realizadas por especialistas em Intera??o Humano-Computador e da ?rea de dom?nio, a bioinform?tica, em tr?s servidores de predi??o de estruturas de prote?nas - I-TASSER, QUARK e Robetta - todos participantes do CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction). As inspe??es foram realizadas atrav?s do m?todo de Avalia??o Heur?stica, utilizando as 10 heur?sticas de Nielsen. Como resultado, foram encontradas viola??es em todas as heur?sticas e detectados 89 problemas de usabilidade. Eles foram classificados em 5 severidades, 29 pontuados como sendo de alta prioridade de solu??o e 25 problemas de resolu??o imediata. Os resultados das avalia??es serviram como orienta??o norteadora dos principais recursos que o wCReF deveria possuir, compilados em um documento de requisitos de software, para sua implementa??o. A partir desta etapa foi realizada a prototipagem, vislumbrando a detec??o de novos problemas de usabilidade, com os usu?rios finais, atrav?s da adapta??o do question?rio de satisfa??o de Ssemugabi. Como produto final, apresentamos o servidor wCReF alicer?ado na preocupa??o com a usabilidade e intera??o com seus usu?rios. Al?m disso, este estudo pode contribuir para melhoria da usabilidade das aplica??es de bioinform?tica j? existentes, dos servidores de predi??o analisados e no desenvolvimento de novas ferramentas cient?ficas.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 408010.pdf: 324019 bytes, checksum: a134e04c894f3ac9eaae510c195117e6 (MD5) Previous issue date: 2008-11-20 / Para avaliar as duas vers?es do gene SOD2 que codifica para a prote?na super?xido dismutase dependente de mangan?s na sepse, n?s determinamos a freq??ncia do polimorfismo de nucleot?deo simples (SNP) 47C>T em pacientes criticamente doentes com sepse (n=356) e sem sepse (n=173), e tamb?m investigamos as freq??ncias genot?picas nos desfechos adversos ? sepse (choque s?ptico e mortalidade) no grupo de pacientes s?pticos. N?s comparamos os portadores do alelo 47C (gen?tipos 47CC+47CT) com homozigotos 47TT e demonstramos uma associa??o estatisticamente significativa entre os portadores do alelo 47C e a ocorr?ncia de choque s?ptico no subgrupo de pacientes s?pticos (p=0.025). Na an?lise ajustada de regress?o log?stica bin?ria, incorporando o SNP 47C>T e os principais preditores cl?nicos, n?s mostramos que somente o escore SOFA [p<0.001, OR=9.107 (95%CI=5.319-15.592)] e o alelo 47C [p=0.011, OR=2.125 (95%CI=1.190-3.794)] foram significativamente associados com o desfecho de choque s?ptico. Nossos resultados e nossa hip?tese sugerem que a mais alta freq??ncia de portadores do alelo 47C em pacientes s?pticos com desfecho desfavor?vel ? provavelmente explicada por um efeito no estresse celular.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 417575.pdf: 5448343 bytes, checksum: c2400c3e66de9c19b7b14a8dd168d231 (MD5) Previous issue date: 2009-09-25 / O presente estudo foi planejado para investigar altera??es neuropatol?gicas em ratos adultos e velhos, e em camundongos trang?nicos APP/PS1 submetidos ? administra??o de ferro suplementar num per?odo cr?tico p?s-natal, com o objetivo de estudar a contribui??o de fatores de risco ambientais e gen?ticos na patog?nese de doen?as neurodegenerativas. Nenhuma diferen?a significativa foi vista na abund?ncia das prote?nas &#946;-amil?ide, tau fosforilada e na &#945;-sinucle?na, analisados por IHC no enc?falo, quando ratos tratados com ferro e sem ferro s?o comparados. Aumento de astrocitose, detectada por densitometria de astr?citos imunoreativos marcados por GFAP, foi encontrado em ratos velhos (24 meses) tratados com ferro na subst?ncia negra e estriado e no hipocampo de ratos adultos (3 meses) tratados com ferro quando comparados com controles pareados por idade. Nenhuma modifica??o nas placas de &#946;-amil?ide foram vistas em camundongos trang?nicos APP/PS1 tratados e n?o tratados. Nenhuma diferen?a na rea??o microglial foi observada quando comparados os 4 grupos: trang?nicos com ferro (TgFe), transg?nicos com sorbitol (TgSb), wild type com ferro (WtFe), wild type com sorbitol (WtSb). Ainda, aumento em astrocitose, revelado por densitometria de astr?citos reativos marcados por GFAP, e aumento de n?veis de express?o de GFAP, revelados por western blotting, foram encontrados em camundongos tratados com ferro (tanto Tg como Wt) quando comparados com TgSb e WtSb. Este aumento foi acompanhado por altera??es significativas na composi??o de ?cidos graxos no c?rebro de camundongos APP/PS1 que levaram ? diminui??o do ?ndice de capacidade peroxidativa de membrana e redu??o do dano oxidativo prot?ico. Os presentes achados claramente documentam que o excesso de ferro durante o per?odo neonatal impacta na composi??o celular e molecular de c?rebros de ratos adultos e velhos e de camundongos trang?nicos APP/PS1. Estas observa??es podem encorajar mais estudos focados nos efeitos de suplementa??es na dieta de crian?as.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 431139.pdf: 741234 bytes, checksum: e446f210f62619524c7d495c84e2265d (MD5) Previous issue date: 2011-03-31 / A estreptoquinase (SK) ? uma prote?na extracelular produzida por uma variedade de linhagens de Streptococcus beta-hemol?ticos, ? uma prote?na ativadora do plasmig?nio composta de 414 amino?cidos com uma massa molecular de aproximadamente 47 kDa. A SK forma um complexo equimolar com o plasminog?nio. Esse complexo resultante pode converter diretamente outra mol?cula de plasminog?nio em plasmina, a protease ativa que degrada a fibrina presente nos co?gulos sangu?neos. Esta enzima ? hoje amplamente usada como agente trombol?tico no tratamento do infarto agudo do mioc?rdio e outras desordens circulat?rias. A baixa produtividade da estreptoquinase a partir das c?lulas de Streptococcus e a patogenicidade deste microorganismo s?o as principais raz?es para a explora??o da tecnologia de DNA recombinante para produ??o desta importante prote?na. Escherichia coli ? o microorganismo mais comum utilizado para produ??o de prote?nas heter?logas e o m?todo de prefer?ncia para o aumento da concentra??o de prote?nas recombinantes proporcional ? densidade de c?lulas e produ??o de produtos espec?ficos da c?lula, ? a estrat?gia em bateladaalimentada. Sendo o Brasil totalmente dependente da importa??o de biof?rmacos, uma alternativa ? estreptoquinase seria a produ??o desse biof?rmaco por meio de t?cnicas de DNA recombinante com experimentos de superexpress?o e cultivo em biorreator, purifica??o e o ensaio de atividade da prote?na estreptoquinase recombinante. Neste trabalho foram realizados cultivos de estreptoquinase de Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis grupo C (SKC) em biorreator atrav?s de t?cnicas de batelada alimentada, testando diferentes meios de alimenta??o, estrat?gias de alimenta??o e tempos de indu??o com IPTG. Ap?s definidas as melhores condi??es de cultivo a prote?na recombinante foi purificada e sua forma homog?nea foi utilizada para realiza??o dos ensaios de atividade biol?gica. A m?xima biomassa alcan?ada foi de 18,94 g/L em meio de cultura Luria - Bertani (LB) usando uma estrat?gia de alimenta??o linear na presen?a de glicose e MgSO4. Aproximadamente 21 mg de SKC homog?nea foram obtidas a partir de 2 g de c?lula ?mida usando um protocolo de purifica??o de tr?s etapas com duas colunas cromatogr?ficas. Quando comparada com o Padr?o Internacional no ensaio colorim?trico, a atividade espec?fica de SKC foi de aproximadamente 99%, mostrando que a SKC recombinante obteve uma atividade especifica muito similar ao padr?o

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 438527.pdf: 10657738 bytes, checksum: caad3abdc5d9b9863dbe5c3d7120700f (MD5) Previous issue date: 2012-03-26 / Transplantation of solid organs has emerged as a viable therapeutic modality for the treatment of a variety of disorders. Rejection of solid organ allografts is the result of a complex range of interactions involving coordination between both the innate and adaptive immune system. Therewith, a major goal of clinical organ transplantation is to induce a donor-specific unresponsive state in a mature immune system that is free from long-term immunosuppression and chronic rejection. The limitations in the establishment of immunossupressive stratagies led us to search new methods to the modulation of the homeostatic mechanisms that limit and prevent inflammatory responses in allograft tissue. The heat shock protein 70 (Hsp70) has a protective and antiinflamatory role in several animals models like arthritis, colitis, pulmonary fibrosis and brain injury. This protein can modulates both the innate and adaptative immune system. Our group demonstrated that Mycobacterium tuberculosis Hsp70 (Mt Hsp70) can inhibit bone marrow dendritic cells (BMDCs) maturation; however the mechanisms involved in this process has not been completely elucidated. In the present work, we demonstrated that Mt Hsp70 inhibited the acute rejection in two allograft models (a tumor model and a skin allograft model).In both models, we observed an involvement of Tregs. In addition, s.c. Mt Hsp70 injection leds to an increase in Treg population and IL-10 production in the draining lymph node. We also observed that the inhibition of acute rejection induced by Mt Hsp70 was dependent on the presence of toll-like receptor (TLR) 2 in the allograft, and not in the host. In BMDCs, we demonstrated that IL-10 production induced by Mt Hsp70 is dependent on TLR2. Also, we analyzed the phosphorylation of ERK, p38 and Akt after Mt Hsp70 stimulus. We observed an increase in p-ERK expression, but no difference in p-38 and p-Akt levels. The inhibition of ERK abolished the IL-10 production induced by Mt Hsp70. We propose that Mt Hsp70 effect on DCs can be used as a therapeutic approach in transplantation models. / O transplante de ?rg?os s?lidos emergiu como uma terapia vi?vel para o tratamento de uma variedade de patologias. A rejei??o dos enxertos ? resultado de uma s?rie complexa e coordenada de intera??es envolvendo o sistema imune inato e adaptativo. Com isso, o maior desafio no transplante de ?rg?os s?lidos ? induzir um estado irresponsivo e espec?fico ao doador em um sistema imune maduro sem que haja uma imunossupress?o sist?mica e de longo prazo, tudo isso livre de rejei??o cr?nica. As limita??es no estabelecimento de estrat?gias imunossupressoras nos levaram a buscar novos m?todos para a modula??o dos mecanismos homeost?ticos que previnem e limitam as respostas inflamat?rias nos tecidos enxertados. A prote?na de choque t?rmico (Heat shock protein Hsp) 70 tem um papel antiinflamat?rio e protetor em modelos animais experimentais como artrite, colite, fibrose pulmonar e danos cerebrais. Essa prot?ina pode modular tanto o sistema imune inato quanto o adaptativo. Nosso grupo demonstrou que a Hsp70 de Mycobacterium tuberculosis (Mt Hsp70) pode inibir a matura??o de c?lulas dendr?ticas diferenciadas da medula ?ssea (bone marrow dendritic cells BMDCs), por?m o mecanismo envolvido nesse processo ainda n?o foi totalmente esclarecido. Nesse trabalho, demonstramos que a Mt Hsp70 foi capaz de aumentar a sobrevida do enxerto em dois modelos murinos de transplantes (um modelo tumoral e um modelo de aloenxerto cut?neo).Em ambos os modelos, observamos o envolvimento de Tregs. Demonstramos que a administra??o s.c. da Mt Hsp70 levou a um aumento dessas c?lulas nos linfonodos drenantes, al?m de um aumento na produ??o de IL-10. Tamb?m observamos que a inibi??o da rejei??o aguda induzida pela Mt Hsp70 no modelo de aloenxerto cut?neo ? dependente da presen?a do receptor do tipo toll (toll like receptor TLR) 2 no enxerto, e n?o no receptor. Nas BMDCs, vimos que a indu??o da IL-10 induzida pela Mt Hsp70 ? dependente de TLR2. Ainda nessas c?lulas, analisamos a fosforila??o de mol?culas como a ERK, p38 e Akt ap?s o est?mulo com a Mt Hsp70. Observamos um aumento na express?o de p-ERK e nenhuma altera??o nos n?veis de p-p38 e p-Akt. A inibi??o da ERK aboliu a produ??o de IL-10 induzida pela Mt Hsp70. Propomos que esse efeito da Mt Hsp70 sobre as DCs pode servir como interven??o terap?utica em modelos de transplantes.