O conhecimento sobre hantavirus patogênicos no Brasil até o momento indica que roedores silvestres são os reservatórios naturais. Estes roedores podem eliminar grandes quantidades do vírus através das fezes, urina e saliva (Khaiboullina et al., 2005). A infecção humana pode ocorrer por contato com roedores ou inalação dos aerossóis que contêm o vírus. A síndrome cardiopulmonar por hantavirus (HCPS) tem sido relatada em humanos em muitas regiões do Brasil. Tendo em vista a quantidade de casos de doenças emergentes e re-emergentes nas últimas décadas elegemos algumas regiões para um estudo detalhado sobre a distribuição desses reservatórios virais e consequentemente a caracterização da variante circulante. Com objetivo de adquirir um diagnóstico rápido e sensível, desenvolvemos primers específicos que pela técnica de Real- time RT- PCR é capaz de detectar o genoma viral em apenas uma hora em amostras de pulmões, rins e urina de roedores. Ao todo, nosso trabalho analisou 153 amostras sendo: 126 de roedores silvestres e domésticos, (de cinco diferentes regiões do Estado de São Paulo onde: 10 amostras colhidas no município de Jacupiranga, 61 oriundas de Teodoro Sampaio, 7 de Salesópolis, 48 provenientes de Biritiba Mirim, 16 de Nazaré Paulista) e mais 27 soros de pacientes de diferentes localidades de Minas Gerais. Neste estudo foi possível detectar dez amostras positivas em Biritiba Mirim, quatro em Nazaré Paulista e em vinte e dois soros de pacientes com hantavirose. O monitoramento contínuo através de testes moleculares em animais silvestres é imprescindível para um melhor entendimento da circulação dos hantavirus nessas regiões. Acreditamos que este teste possa auxiliar na vigilância e também no diagnóstico dos hantavirus no Brasil. / Current knowledge of the pathogenic hantavirus indicates that wild rodents are its primary natural reservoir. These rodents can eliminate large amounts of the virus through feces, urine and saliva. Human infection can occur through contact with rodents or inhalation of aerosols containing of the virus. Hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) has been reported in humans in many regions of Brazil. In view the number of cases of emerging diseases and re- emerging in recent decades, some regions to were select a detailed study on the distribution of these viral reservoirs, and consequently viral characterization. We developed specific primers to detect the presence of viral genomes using Real- time RT- PCR (Reverse- Transcriptase Polymerase Chain Raction). Altogether, our study analyzed 153 samples: 126 of wild rodents and domestic, of five different regions of São Paulo. 10 samples collected in Jacupiranga municipality, 61 in Teodoro Sampaio, 7 Salesópolis, 48 samples in Biritiba Mirim, 16 of Nazaré Paulista and 27 samples of the serum from patients from different sites of Minas Gerais State. Their samples were tested for hantavirus using the described SYBR Green-based real-time RT-PCR protocol and the specific primers. The presence of hantavirus RNA was detected in 10 rodents from Biritiba Mirim, 4 in Nazaré Paulista and 22 in serum of patients with hantaviruse. The surveillance by molecular tests in wild animals is essential to understood of hantavirus circulation in these regions. This SYBR Green real-time RTPCR method for detection of hantavirus may be useful for surveying hantaviruses in Brazil.

Salmonella spp. foi isolada em 20% (18) amostras de água de regiões portuárias (Portos de Belém/PA, Fortaleza/CE, Itaguaí/RJ, Paranaguá/PR, Recife/PE, Rio Grande/RS e Santos/SP) e em 19% (04) amostras de moluscos bivalves. Dentre os 214 isolados de Salmonella spp. em amostras de água (206) e bivalves (8), o sorotipo S. Saintpaul O:4 [B] foi o mais freqüente (53/214). Na avaliação dos isolados quanto à suscetibilidade a 14 antimicrobianos, 204 (95,3%) apresentaram resistência até a dez agentes antimicrobianos. O método de PCR foi utilizado para caracterizar os sorogrupos de Salmonella spp. (A-D1, B, e C2-C3), sendo eficiente em 93,6% dos isolados. A presença de Salmonella spp., inclusive multiresistentes, em áreas portuárias reflete em risco para saúde pública. Programas de vigilância ambiental, epidemiológica e sanitária poderiam ser contempladas nas áreas portuárias, evitando o transporte de Salmonella spp., através da água de lastro de navios e que podem atingir áreas de balneabilidade ou aqüicultura. / Salmonella spp. was isolated in 20% (18) samples of port regions water (Ports of Belém/PA, Fortaleza/CE, Itaguaí/RJ, Paranaguá/PR, Recife/PE, Rio Grande/RS and Santos/SP) and in 19% (04) samples of mollusk bivalves. Amongst the 214 isolated of Salmonella spp. in water samples (206) and bivalves (8), serotype S. Saintpaul O: 4 [B] was most frequent (53/214). In the evaluation of these isolated to the susceptibility for the 14 antimicrobial agents profile, 204 (95.3%) had presented resistance until ten agents. The PCR method was used to characterize the serogroups of Salmonella spp. (A-D1, B, and C2-C3), being efficient in 96,3% of the isolated ones. The presence of Salmonella spp., also multiresistant, in port areas reflects at risk for public health. Programs of environment survey, epidemiological and sanitary could be contemplated in the port areas, preventing the transport of Salmonella spp. through at the ballast water of ships and that they can reaching recreational or aquaculture areas.

A Mata Atlântica é um bioma constituído de vários ecossistemas e considerado um hotspot da biodiversidade mundial. Sua extensão vai do Rio Grande do Sul até o Piauí, compondo cerca de 15% do território nacional. Porém, aproximadamente 93% da formação original da Mata atlântica já foi devastada. Seus solos são comumente pobres (baixa disponibilidade de nutrientes), mas apresenta alta taxa de decomposição do material orgânico, baixas perdas de nutrientes por lixiviação e grande ciclagem de nutrientes. Portanto, esse ambiente é composto por comunidades microbianas complexas e eficientes nestes processos, apesar do papel delas ser ainda pouco descrito. Desta maneira, no presente trabalho foram avaliados vários fatores que estão diretamente relacionados com a composição da comunidade de bactérias e arquéias em três áreas presentes num gradiente altitudinal de Mata Atlântica; Santa Virgínia, Picinguaba e Restinga. Com base em análises independentes de cultivo, foi demonstrado por PCR-DGGE que a estruturação da comunidade de bactérias e arquéias nestas áreas é mais dependente da vegetação do que das características físicas e químicas do solo. Adicionalmente, a abundância de tais comunidades, determinada por PCR em tempo real mostrou-se similar nas três áreas amostradas, com valores de 109 e 108 cópias do gene ribossomal 16S DNAr de bactérias e arquéias, respectivamente. Em relação aos grupos taxonômicos presentes em tais áreas, bactérias mostraram-se predominantemente pertencentes aos filos Acidobacteria, Verrucomicrobia e Proteobacteria (com destaque para Acidobacteria, que foi o grupo dominante com média de 55,9%) e arquéias foram semelhantes aos grupos Euryarchaeota e Crenarchaeota, com destaque para Crenarchaeota que compôs uma média de 84%. Desta forma, este trabalho mostrou de maneira pioneira, a detalhada composição da comunidade de Bacteria e Archaea em solos de Mata Atlântica, destacando alterações nestas comunidades devido às diferenciações nas características das áreas, principalmente guiadas pela composição florística da vegetação. / The Atlantic Forest biome consists of many ecosystems and is considered one of the world\'s biodiversity hotspots. It extends from Rio Grande do Sul to Piauí, covering nearly 15% of the country. However, approximately 93% of the original Atlantic Forest has been devastated. Soils are often poor (low nutrient availability) in this biome, but exhibit high rates of organic matter decomposition, low nutrient loss by leaching, and high nutrient cycling. Therefore, this environment harbors complex and efficient microbial communities that participate in these processes, although their role is still poorly described. Thus, this study assessed several factors directly related to bacterial and archaeal community composition at 3 Atlantic Forest sites in an altitudinal gradient: Santa Virgínia, Picinguaba, and Restinga. Based on culture-independent analyses, PCR-DGGE profiles indicated that bacterial and archaeal community structures at these sites are more dependent on vegetation than soil physical and chemical attributes. Additionally, abundance of these communities, determined by real-time PCR, was similar at the 3 sampling sites, with 109 and 108 copies of 16S rDNA gene for Bacteria and Archaea, respectively. Regarding the taxonomic groups present at these sites, bacteria predominantly belonged to the phyla, Acidobacteria, Verrucomicrobia, and Proteobacteria (highlighting Acidobacteria, the dominant group with an average of 55.9%) and archaea were similar to Euryarchaeota and Crenarchaeota groups, highlighting Crenarchaeota with an average of 84%. Thus, this study took a novel approach to illustrate the detailed composition of Bacteria and Archaea in Atlantic Forest soil, pointing out alterations in these communities due to different characteristics specific to each sampling site, mainly driven by vegetative floristic composition.

A infecção por Toxoplasma gondii, em hospedeiros imunocompetentes, resulta no desenvolvimento de anticorpos específicos e resposta imune celular que, frequentemente, induzem imunidade protetora e duradoura, prevenindo reinfecção. Entretanto, casos de toxoplasmose congênita em mulheres imunocompetentes em fase crônica de infecção indicam a possibilidade de reinfecção em humanos. Em modelos experimentais, reinfecção por T.gondii já foi descrita em casos de infecção por cepa de genótipo distinto ao da infecção primária e por cepas recombinantes, porém os estudos envolvendo genótipos clonais, em modelo murino, restringem-se à utilização de cepas do genótipo II na infecção primária, com desafio subsequente por cepas do mesmo genótipo, ou dos genótipos I e III, com ausência de informações sobre as cepas do tipo III, que correspondem ao genótipo de maior frequência e distribuição mundial. Procuramos explorar vários modelos de infecção sequencial com cepas clonais dos tipos I, II e III, buscando dados mais consistentes para compreensão dos seguintes questionamentos: (i) A infecção primária por um genótipo de T.gondii é capaz de proteger o hospedeiro da reinfecção por genótipo distinto? (ii) A imunidade induzida pela infecção primária pode prevenir a progressão da infecção causada pela cepa secundária, impedindo doença aguda e mortalidade dos animais? (iii) A imunidade da infecção primária previne a colonização do cérebro por cistos teciduais da cepa secundária? Nossos dados mostram que a imunidade induzida pela infecção primária por cepas clonais de T.gondii não protege o hospedeiro da reinfecção por cepa de genótipo distinto, já que foram detectados anticorpos contra as cepas das infecções primária e secundária em todos os modelos propostos. Somente a imunidade induzida pela infecção primária por cepa do tipo III foi capaz de prevenir a progressão da infecção secundária causada pelas cepas do tipo I e do tipo II, impedindo a mortalidade e colonização do cérebro dos animais por cistos teciduais da cepa secundária. Esses achados são extremamente importantes para auxiliar estudos vacinais e terapêuticos da toxoplasmose. / Toxoplasma gondii infection in immunocompetent hosts results in the development of specific antibodies and cellular immune responses that often induce protective and lifelong immunity, preventing reinfection. However, cases of congenital toxoplasmosis in immunocompetent women at a chronic phase of infection indicate the possibility of reinfection in humans. In experimental models, reinfection by T.gondii has been described in cases of infection by genotype distinct from that of primary infection and by recombinant strains, but studies involving clonal genotypes in the murine model are restricted to the use of type II genotype in primary infection, with subsequent challenge by strains of the same genotype, or genotypes I and III, without information about type III strains, which correspond to the genotype with the highest frequency and worldwide distribution. We explore several models of sequential infection with clonal strains of types I, II and III, looking for more consistent data to understand the following questions: (i) Primary infection by a T.gondii genotype is able to protect the host from reinfection by different genotype? (ii) Does the immunity induced by the primary infection prevent the progression of infection caused by the secondary strain, preventing acute disease and animal mortality? (iii) Does the immunity of primary infection prevent colonization of the brain by tissue cysts of the secondary strain? Our data show that the immunity induced by primary infection by T.gondii clonal strains does not protect the host from reinfection by a distinct genotype strain, since antibodies against the strains of primary and secondary infections were detected in all proposed models. Only the immunity induced by the primary infection by type III strain was able to prevent the progression of the secondary infection caused by type I and type II strains, preventing the mortality and colonization of the brains of the animals by tissue cysts of the secondary strain. These findings are extremely important to support vaccine and therapeutic studies of toxoplasmosis.

Foram analisadas 80 amostras de casos forenses criminais do Laboratório de DNA do Instituto de Criminalística de São Paulo. O DNA foi extraído de materiais cadavéricos, vestígios de crimes sexuais e de locais de crimes. A quantificação se deu por PCR em tempo real e a amplificação por PCR, em 2 reações triplex, dos miniSTRs non-CODIS D10S1248, D14S1434 e D22S1045 (NCO01) e D1S1677, D2S441 e D4S2364 (NCO02), com posterior eletroforese capilar para detecção dos produtos fluorescentes. Avaliou-se o grau de conservação das amostras e a qualidade dos perfis genéticos obtidos. Houve concordância nas dificuldades entre diferentes amostras quando comparado com as abordagens tradicionais. Confirmou-se a sensibilidade e robustez dos sistemas utilizados, bem como a vantagem em se aumentar o número de regiões analisadas, principalmente em casos complexos, mas foram constatadas desvantagens de procedimentos tipo in-house. É necessário o estudo das frequências alélicas destes loci para a população brasileira, que possam ser incorporadas nos cálculos estatísticos dos laudos. / 80 forensic casework samples from the DNA Laboratory of the Criminalistics Institute of São Paulo were analyzed. DNA was extracted from corpse, sexual assault and crime scene evidence. The extractions were quantified using real-time PCR, amplified by two triplex PCR reactions of the non-CODIS miniSTRs D10S1248, D14S1434, D22S1045 (NC01) and D1S1677, D2S441, D4S2364 (NC02), followed by capillary electrophoresis to detect the fluorescent products. The sample preservation and quality of the genetic profiles obtained were evaluated. The results were compared to the previous obtained with the routine techniques employed in the laboratory and there was concordance in the relative difficulties. The sensibility and robustness of the systems employed were confirmed, as well as the advantages in increasing the number of loci studied, mainly in complex cases, although the in-house procedures were considered a disadvantage. The establishment of brazilian population allele frequencies for these loci is necessary for the statistical calculations of the forensic reports.

A espécie Escherichia coli constitui um grupo de bactérias tipicamente não patogênicas e que fazem parte do trato intestinal de humanos e animais. As amostras são sorotipadas com base em seus antígenos de superfície O (somático), H (flagelar) e K (capsular). O antígeno flagelar correspondente ao filamento é formado pela polimerização da flagelina, codificada pelo gene fliC. O presente trabalho empregou a técnica de PCR-RFLP para analisar os padrões de antígenos flagelares de 112 amostras de EPEC e STEC. Quatorze amostras não amplificaram o gene fliC, 17 tiveram seu antígeno flagelar determinado apenas por PCR-RFLP e 75 amostras tiveram seus antígenos flagelares confirmados por esta técnica. Três antígenos H com padrões irregulares foram clonados e sequenciados. Após o sequenciamento, inserções e remoções de nucleotídeos foram encontradas. Até o momento, poucos estudos utilizam um número abrangente de amostras de STEC e EPEC provenientes de diferentes animais para a determinação do antígeno H empregando a técnica de PCR-RFLP do gene fliC. De acordo com os resultados encontrados neste estudo, podemos concluir que a técnica de PCR-RFLP do gene fliC é mais rápida, menos trabalhosa e mais eficiente que a metodologia de sorotipagem clássica. / The Escherichia coli species consists of a group of typically non-pathogenic bacteria present in the intestinal tract of humans and animals. Strains are serotyped according to their O (somatic), H (flagellar) and K (capsular) surface antigens, in order to distinguish these microorganisms from the non-pathogenic members of the intestinal microbiota. The flagellar antigen corresponding to the filament is formed by the polymerization of the flagellin, codified by the fliC gene. This study employed the PCR-RFLP technique to analyze flagellar antigen patterns from 112 EPEC and STEC strains. Fourteen strains have not amplified the fliC gene, 17 had their flagellar antigen determined only by the PCR-RFLP and 75 strains had their flagellar antigen confirmed by this technique. Three H antigens with irregular patterns were cloned and sequenced. After sequencing, insertions and deletions of nucleotides were discovered. So far, few studies used a significant number of STEC and EPEC strains originated from different animals to determine H antigens employing the PCR-RFLP technique of the fliC gene. According to the findings of this study, we assumed that PCR-RFLP of the fliC gene is faster, less laborious and more efficient than classic serotyping methodology.

O câncer do colo do útero constitui a terceira neoplasia maligna mais comum na população feminina, com aproximadamente 520 mil novos casos e 260 mil óbitos por ano e origina-se a partir da infecção genital persistente pelo Papiloma Vírus Humano (HPV) oncogênico. Os principais HPVs considerados de alto risco oncogênico são os tipos HPV-16 e 18, responsáveis por cerca de 70% de todos os casos de cânceres cervicais (CC) no mundo. Pacientes com CC apresentam taxa de recidiva variando de 8% a 49%. Dentro de dois anos de seguimento, 62% a 89% das recidivas são detectadas. Atualmente, os testes usados para detecção de recidiva são a citopatologia da cúpula vaginal e exames de imagem, porém ainda não estão disponíveis testes específicos. O DNA livre-circulante (cf-DNA) representa um biomarcador não-invasivo facilmente obtido no plasma e soro. Vários estudos mostram ser possível detectar e quantificar ácidos nucléicos no plasma de pacientes com câncer e que as alterações no cfDNA potencialmente refletem mudanças que ocorrem durante a tumorigênese. Essa ferramenta diagnóstica não-invasiva pode ser útil no rastreio, prognóstico e monitoramento da resposta ao tratamento do câncer. Portanto, o desenvolvimento e a padronização de testes laboratoriais não invasivos capazes de identificar marcadores tumorais e diagnosticar precocemente a recidiva da doença aumentam a chance de cura através da utilização dos tratamentos preconizados. Sendo assim, este estudo tem o objetivo de detectar o DNA de HPV no plasma de pacientes com CC para avaliar sua potencial utilidade como marcador precoce de recidiva. Um fragmento de tumor e sangue de pacientes com CC, atendidas no ICESP e HC de Barretos, foram coletados antes do tratamento. Entraram no estudo 137 pacientes nas quais o tumor foi positivo para HPV-16 ou 18, sendo 120 amostras positivas para HPV-16 (87,6%), 12 positivas para HPV-18 (8,8%) e cinco positivas para HPV-16 e 18 (3,6%). A média de idade das pacientes deste estudo foi de 52,5 anos. Plasma de 131 pacientes com CC da data do diagnóstico e de 110 pacientes do seguimento foram submetidas ao PCR em Tempo Real HPV tipo específico. A presença do DNA de HPV no plasma pré-tratamento foi observada em 58,8% (77/131) com carga viral variando de 204 cópias/mL a 2.500.000 cópias/mL. A positividade de DNA no plasma pré-tratamento aumentou com o estadio clínico do tumor: I - 45,2%, II - 52,5%, III - 80,0% e IV - 76,9%, (p=0,0189). A presença do DNA de HPV no plasma pós-tratamento foi observada em 27,3% (30/110). A média de tempo das recidivas foi de 3,1 anos (2,7 - 3,5 anos). O DNA de HPV foi positivo até 460 dias antes do diagnóstico clínico da recidiva. As pacientes com DNA de HPV no plasma apresentaram pior prognóstico, tanto sobrevida como o tempo livre de doença, em relação às que foram negativas. Nas pacientes com CC a presença de HPV no plasma de seguimento pode ser um marcador precoce útil para o monitoramento da resposta terapêutica e detecção de pacientes com risco aumentado de recidiva e progressão da doença. / Cervical cancer (CC) is the third most common malignancy in the female population, with approximately 520,000 new cases and 260,000 deaths per year. It is caused by a persistent genital infection with oncogenic Human Papillomavirus (HPV). The HPV-16 and 18 types are considered of high risk and account for about 70% of all cases in the world. Patients with CC have a relapse rate ranging from 8% to 49%. Within two years of follow up, 62% to 89% of relapses are detected. Nowadays, the tests used to detect recurrence are cytopathology from the vaginal vault and imaging tests, but there are no available specific tests yet. The cell-free circulating DNA (cf-DNA) is a non-invasive biomarker easily obtained from plasma and serum. Several studies have shown the possibility to detect and quantify nucleic acids in the plasma of cancer patients and that the changes in cf-DNA potentially reflect the changes that occur during tumorigenesis. This non-invasive diagnostic tool may be useful in screening, prognosis and monitoring response to treatment. Therefore, the development and standardization of non-invasive laboratory tests that are able to identify tumour markers and to make early diagnosis of the disease recurrence increase the chance of cure by appropriate treatments. Accordingly, this study aims to detect HPV DNA in the plasma of patients with CC to assess its potential utility as an early marker of recurrence. A tumour biopsy and blood of patients with CC, attended in ICESP and HC Barretos, were collected before treatment. 137 patients entered the study tumour being positive for HPV-16 or 18, 120 samples positive for HPV-16 (87.6%), 12 positive for HPV-18 (8.8%) and five positive for HPV -16 and 18 (3.6%). The average age of patients in this study was 52.5 years old. Plasma from patients with CC, 131 from the date of diagnosis and 110 from follow-up of were subjected to Real-Time PCR HPV type-specific. The presence of HPV DNA in plasma pre-treatment was observed in 58.8% (77/131) with viral load ranging from 204 copies / ml to 2,500,000 copies / mL. The DNA positivity in the pre-treatment plasma increased with advancing clinical tumour stage: I - 45.2%, II - 52.5%, III - 80.0% IV - 76.9%, (p = 0.0189). The presence of HPV DNA in the post-treatment plasma was observed in 27.3% (30/110). The average time of relapse was 3.1 years (2.7 to 3.5 years). HPV DNA was positive for up to 460 days before clinical diagnosis of recurrence. Considering survival and remission analysis, the patients who had the presence of HPV DNA in plasma had a worse prognosis compared to those who were negative. The overall survival and remission interval showed a significant association between the presence of HPV DNA in plasma and recurrence of the disease, indicating that in patients with CC HPV DNA in the plasma can be a useful early marker for monitoring and detection of the therapeutic response of patients at increased risk of relapse and progression of the disease.

Enterovírus (HEV), herpesvírus 1 e 2 (HHV-1 e HHV-2) e adenovírus (HAdV) são importantes agentes de infecções do SNC. Neste trabalho, técnicas moleculares foram aplicadas para a detecção destes vírus em quadros de infecção do SNC. Amostras de líquor foram colhidas de pacientes atendidos no HU-USP entre agosto e novembro/2010 e fevereiro/2012 a janeiro/2013. Através da Nested-PCR HEV foram detectados em 9,8% das amostras, HAdV em 2,5% e HHV-1 e 2 em 1,1%, além de 3 casos de coinfecção, 2 entre HEV e HHV, e 1 entre HEV e HAdV. O material genético viral foi extraído através dos métodos Qiaamp DNA Blood (Qiagen®) e MagMAXTM Viral RNA Isolation (Ambiom), e este último pareceu mais adequado à aplicação na rotina clínica. A análise quimiocitológica do líquor mostrou-se importante no direcionamento da conduta clínica, mas a detecção do vírus é fundamental para a conclusão do diagnóstico. A PCR em tempo real, cuja padronização foi iniciada neste trabalho, consiste em importante ferramenta para a utilização futura no diagnóstico complementar das infecções virais do SNC. / Enteroviruses (HEV), herpesviruses 1 and 2 (HHV-1 and HHV-2) and adenoviruses (HAdV) are important causative agents of infections of the CNS. In this study, molecular techniques were applied to the detection of these viruses. CSF samples were collected from patients treated at the University Hospital of USP, between August and November, 2010, and February 2012 and January 2013. By the Nested-PCR reaction, HEV were detected in 9.8% of the samples, HAdV in 2.5% and HHV-1 and 2 in 1.1%. There were 3 cases of coinfection: 2 with HEV and HHV and other with HEV and HAdV. The viral genetic materials were extracted by QIAamp DNA Blood kit (Qiagen®) and MagMAXTM Viral RNA Isolation (Ambiom), and the second one showed to be more suitable for the application in clinical diagnosis. The CSF chemocytologic analysis proved to be important in directing the clinical conduct, but the detection of viruses is essential for the diagnosis. The real time PCR, which standardization was initiated in this work, will be an important tool for complementary diagnosis of viral infections of the CNS.

A cana-de-açúcar é atualmente a cultura de maior importância agrícola do Estado de São Paulo, a partir da qual são gerados açúcar e etanol, além de vários outros subprodutos. No entanto, com a expansão das fronteiras agrícolas e alterações nas práticas de manejo, ocorre atualmente um momento de adequação de tal cultivo, que visa uma maior produtividade e sustentabilidade de produção. Para isto, dentre outros fatores, o papel da comunidade microbiana presente nos solos pode ter fundamental importância, auxiliando no melhor desenvolvimento da planta. No entanto, pouco se sabe sobre a comunidade microbiana existente nos solos cultivados com cana-de-açúcar. Dessa forma, este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade e a abundância de fungos em solos de cultivo de cana-deaçúcar no estado de São Paulo, em áreas sob diferentes atributos químicos, físicos e de manejo. Objetivou-se também, verificar a ocorrência de padrões biogeográficos na estruturação de tais comunidades. Para isso, foi realizada a análise da estrutura das comunidades fúngicas por polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição terminal (T-RFLP), juntamente com a quantificação destas comunidades por meio da PCR em tempo real (qPCR) em 476 amostras de solo, obtidas de 11 áreas de cultivo (usinas). Dentro deste conjunto de dados, temos que os atributos químicos, físicos e manejo explicam maiores valores de variância dentro de cada área amostra, mas pouco explicam da variância geral dos dados, sugerindo a ocorrência de padrões biogeográficos das comunidades de fungos neste ambiente. Tal ocorrência foi confirmada pela significância estatística da correlação entre distância e dissimilaridade das comunidades de fungos, dando suporte a geração dos primeiros mapas biogeográficos de fungos em tais solos. Adicionalmente, a abundância de fungos mostrou-se relacionada com a produtividade da cultura, indicando este ser um dos fatores que modulam a produtividade de cana-de-açúcar nas áreas avaliadas. / The sugarcane is nowadays, the most important crop in the State of São Paulo, serving as the raw material for the production of sugar and ethanol, besides many others by-products. Considering the expansion of agricultural barriers, and shifts in fields management, such cultivation is under a re-arrangement process, aiming to a higher productivity and sustainability. In order to achieve that, among other factors, the role of microbial communities present in soils can be essential to support plant development. However, a few is known about the microbial community under sugarcane crop production soils. Hence, this work intended to evaluate the fungi diversity and abundance in soils cultivated with sugarcane in the State of São Paulo, exploring areas under distinct chemical and physical attributes and also distinct management practices. It was also aimed to determine the occurrence of biogeographically patterns in the structure of such communities. Indeed, it was made the analysis of the fungal community structure by terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP), together with the quantification of these communities by real time PCR (qPCR) in 476 soils samples, collected in 11 areas cultivated with sugarcane (mills). Within this dataset, it was found that chemical, physical and management attributes explain higher values of variance within each sampled area, but explain little about the total variance of data, suggesting the occurrence of biogeographically patterns in fungal communities in this environment. It was confirmed by the statistical significance of the correlation between distance and dissimilarity of fungal communities, supporting the generation of very first biogeographically maps in such soils. Additionally, the abundance of fungi revealed to be related with sugarcane productivity, indicating this issue as one of the factors modulating the sugarcane productivity in the evaluated areas.

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.