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Perfil fenotípico, diferenciação molecular, produção de enzimas e sensibilidade aos antifúngicos de amostras de leveduras isoladas em três grupos amostrais: mulheres assintomáticas, com candidíase vulvovaginal primária e recorrente. / Phenotypic profile, molecular differentiation, production of enzymes and antifungal susceptibility of yeasts isolated from samples in three sample groups: asymptomatic women with primary and recurrent vulvovaginal candidiasis.

Debora Moreira 04 May 2012 (has links)
O presente estudo foi realizado com 258 mulheres, com e sem sintomas de candidíase vulvovaginal, atendidas no Centro de Saúde Geraldo Paula Souza, da Faculdade de Saúde Pública da USP. Leveduras foram isoladas em 162 mulheres, sendo que 34% foram de mulheres assintomáticas, 34% com sintomas de candidíase vulvovaginal primária (CVV) e 32% com candidíase vulvovaginal recorrente (CVVR). As espécies mais isoladas foram C . albicans, C. parapsilosis, C. glabrata e C. tropicalis. Espécies como C. metapsilosis e C. haemulonii também foram encontradas. A produção de proteinase foi vista em 88% das amostras e de fosfolipase foi de 39%. A sensibilidade in vitro aos antifúngicos foi realizada pelo Etest e, nos isolados resistentes a anfotericina B, fluconazol e itraconazol foram realizados ensaios de microdiluição (CLSIM27S3) e EUCAST EDef7.1, que confirmaram a diminuição da sensibilidade ao itraconazol em isolados de C. parapsilosis (1); C. guilliermondii (1), C. glabrata (3) e Trichosporon spp (1). A diminuição da sensibilidade ao fluconazol foi observada em isolados de C. parapsilosis (1), C. glabrata (3), C. krusei e Rhodotorula spp (1). As leveduras do grupo das CVVRs foram as que apresentaram menor sensibilidade. Em 61 isolados de várias espécies foi realizada a cariotipagem em campo pulsado (PFGE) e não foram observadas similaridade entre elas. Os dados obtidos reforçam a importância da realização de exames laboratoriais que permitam identificar as espécies presentes no conteúdo vaginal, de modo a nortear a escolha terapêutica. / This study was conducted with 258 women, with and without symptoms of vulvovaginal candidiasis, seen at the Health Center \"Geraldo Paula Souza\", School of Public Health of USP. Yeasts were isolated in 162 women, 34% of women were asymptomatic, 34% with primary symptoms of vulvovaginal candidiasis (VVC) and 32% with recurrent vulvovaginal candidiasis (CVVR). The species were more isolated C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata and C. tropicalis. Species such as C. metapsilosis and C. haemulonii were also found. The production of proteinase was seen in 88% of the samples and phospholipase was 39%. Sensitivity \"in vitro\" Antifungal was by the \"Etest\" and in isolates resistant to amphotericin B, fluconazole and itraconazole microdilution tests were performed (CLSIM27S3) and EUCAST EDef7.1, which confirmed the decreased sensitivity to itraconazole in isolates C. parapsilosis (1), C. guilliermondii (1), C. glabrata (3) and Trichosporon spp (1). The decreased sensitivity to fluconazole was observed in isolates of C. parapsilosis (1), C. glabrata (3), C. krusei and Rhodotorula spp (1). Yeasts of the group CVVRs were those who had lowest sensitivity. In 61 isolated from various species karyotyping was performed pulsed field (PFGE) and there were no similarity between them. The data emphasize the importance of laboratory tests to identify the species present in the vaginal content in order to guide the therapeutic choice.
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Adesinas fimbriais em Escherichia coli enteropatogênica atípica: prevalência e proteômica. / Fimbrial adhesins in atypical enteropathogenic Escherichia coli: prevalence and proteomics.

Júlia Mitico Nára 21 May 2012 (has links)
EPECa apresenta padrões de aderência localizado-like (LAL), agregativo (AA), difuso (DA), indeterminado ou são não aderentes (NA) em células epiteliais in vitro. Como esses fenótipos de aderência são também observados em outros patotipos de E. coli, o objetivo foi pesquisar nas EPECa a presença de genes de adesinas encontrados em outras E. coli patogênicas e analisar comparativamente por proteoma os extratos protéicos dos isolados BA320 (LAL), Ec292/84 (AA), 9100-83 (DA) e BA4013 (NA). Neste estudo, observou-se a presença de diferentes estruturas filamentosas ancoradas a superfície nos quatro isolados e a presença dos genes fimA, fimH, papA, ecpA, ldaH, pilS, daaC, sfpA, lpfAO113 e os variantes polimórficos (lpfA1 e lpfA2). Por proteômica foram identificadas as proteínas H-NS, OmpX, Usp, FucU, MglB e uma possível proteína filamentosa nos isolados de fenótipos de adesão LAL, AA e DA. Concluiu-se que, os genes das fímbrias tipo 1 e ECP são altamente prevalentes nas EPECa e as proteínas identificadas podem estar associadas ao processo de adesão das bactérias. / aEPEC is classified according to its adhesion in vitro pattern in localized-like (LAL), aggregative (AA), diffuse (DA), and indeterminate adherence patterns as well as nonadherent (NA) strain. Since some aEPEC display the adherence phenotype observed for other pathotypes of E. coli, the aim was to investigate, in aEPEC, the presence of adhesin genes present in other pathogenic E. coli and analyze, by comparative proteomic analyses, the protein extracts isolated from BA320 (LAL), Ec292/84 (AA), 9100-83 (DA) and BA4013 (NA). We observed the presence of different filamentous structures anchored to aEPEC surface and presence of fimA, fimH, papA, ecpA, ldaH, pilS, daaC, sfpA, lpfAO113 genes and polymorphic variants (lpfA1 and lpfA2). By proteomic analyses the proteins H-NS, OmpX, FucU, MglB were identified and a putative filamentous protein was found in aEPEC with the phenotypes LAL, AA and DA. We conclude that the genes encoding type 1 fimbriae and ECP pilus are highly prevalent in aEPEC, and the proteins identified can be associated to bacterial adhesion processes.
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Caracterização das espécies Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum e Mycoplasma hominis através do cultivo e da PCR e detecção da heterogeneidade gênica da espécie Mycoplasma hominis por RAPD em amostras clínicas / Characterization of the species Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum and Mycoplasma hominis through culture and PCR and detection of the genetic heterogeneity of the species Mycoplasma hominis by RAPD in clinical samples

Lílian Ferri Passadore 08 July 2005 (has links)
O presente estudo teve como objetivo a caracterização genômica das espécies: Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum e Ureaplasma parvum em amostras cervicais de gestantes. Cepas de Mycoplasma hominis e de Ureaplasma spp., foram identificadas através do cultivo e por PCR utilizando-se primers genéricos e específicos. Os achados na literatura são contraditórios quanto a participação dessas bactérias nas doenças humanas, especialmente quanto a participação destas em casos de infertilidade e alterações perigestacionais. Considerando a marcante heterogeneidade das cepas de Mycoplasma hominis, utilizamos a reação de RAPD com a finalidade de definir os perfis genômicos das cepas isoladas. A caracterização dos biótipos 1 e 2 do gênero Ureaplasma, respectivamente, Ureaplasma urealyticum e Ureaplasma parvum, através da análise da MBA (Múltipla Banda Antigênica) por PCR, teve como finalidade determinar a predominância de cada uma dessas espécies. Foram estudadas amostras de material cervical de 163 gestantes em várias idades gestacionais. Os resultados obtidos neste trabalho foram: M. hominis foi detectado em 14,7% (24/163) das amostras, sendo a RAPO realizada em 7 das amostras positivas e puras de M. hominis. A reação RAPD demonstrou similaridade do perfil gênico entre as amostras 3 e 4 e entre as amostras 6 e 8, enquanto que as amostras 2, 5 e 7 demonstraram uma grande heterogeneidade. O gênero Ureaplasma foi isolado em 54,6% (89/163) das amostras, sendo 31,5% (28/89) cepas de U. urealyticum e 68,5% (61/89) U. parvum. Foram detectados 10,4% (17/163) casos de co-infecções M. hominis e Ureaplasma spp. O estudo da suscetibilidade das cepas isoladas frente a tetraciclina foi realizado com o intuito de se determinar a freqüência de cepas resistentes a essa droga. Considerando ser este antibiótico o de eleição no tratamento das micoplasmoses humanas e devido aos altos índices de resistência apresentados, resistência esta conferida pela presença do plasmídeo tetM, submetemos nossas amostras à pesquisa deste plasmídeo através da PCR. A presença do plasmídeo tetM foi detectada em 29,5% (7/24) das amostras positivas para Mycoplasma hominis e em 60,7% (54/89) das amostras positivas para Ureaplasma spp., sendo que dentre estas, 57,4% (31/54) foram detectados na espécie U. parvum e 42,6% (23/54) na espécie Ureaplasma urealyticum. O estudo da heterogeneidade intra-espécie das cepas de Mycoplasma hominis pela técnica de RAPD é inédito no Brasil. Da mesma maneira a caracterização das espécies do gênero Ureaplasma em U. parvum e U. urealyticum, através da PCR pela análise da MBA, foi pioneiramente realizada pelo nosso grupo de pesquisa. Esperamos com esse trabalho poder contribuir para um conhecimento melhor da freqüência dessas espécies na nossa população e tentar explicar as divergências das avaliações nas interações entre os micoplasmas e o hospedeiro. / The objective of this study was to characterize the species Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum and Ureaplasma parvum in cervical samples from pregnant women. Strains of Mycoplasma hominis and Ureaplasma spp., were identified by means of culture and by PCR using generic and specific primers. The findings in the literature with regard to the involvement of these bacteria in human diseases are contradictory, especially regarding their involvement in cases of infertility and perigestational changes. In view of the strong heterogeneity among Mycoplasma hominis strains, we used RAPD to define the profiles of the strains isolated. Biotypes 1 and 2 of the genus Ureaplasma - Ureaplasma urealyticum and Ureaplasma parvum respectively - were characterized by means of MBA (Multiple Banded Antigenic) analysis using PCR to determine the predominance of each of these species. Samples of cervical material from 163 pregnant women at various stages of pregnancy were studied. The results obtained in this study were: M. hominis was detected in 14.7% (24/163) of the samples, and RAPD analyses carried out in 7 M. hominis strains. The RAPD similarly gene profile was showed: between strains 3 and 4, and between strains 6 and 8. The strains 2, 5 and 7 showed a pronounced heterogeneity in the gene profile. The genus Ureaplasma was isolated in 54.6% (89/163) of the samples, of which 31.5% (28/89) were U. urealyticum and 68.5% (61/89) U. parvum. Mycoplasma hominis and Ureaplasma spp., coinfection were detected in 10.4% (17/163) of the samples. The study of the susceptibility of the isolated strains to tetracycline was carried out with a view to determining the frequency of strains resistant to this drug. As this is the antibiotic of choice in the treatment of human mycoplasmoses, and in view of the high resistance indices observed, which are conferred by the presence of the \"tetM\" plasmid, we looked for this plasmid in our samples using PCR. The presence of the tetM plasmid, was detected 57,1% (4/7) of the Mycoplasma hominis - positive samples and in 40,2% (29/72) of the Ureaplasma spp - positive samples. Of the latter, 41,6% (25/72) were detected in the species U. parvum and 33,4% (4/12) were detected in the species Ureaplasma urealyticum. This is the first time that a study of the intraspecies heterogeneity of Mycoplasma hominis strains using RAPD has been carried out in Brazil. Characterization of the genus Ureaplasma species into U. parvum and U. urealyticum by means of PCR using MBA analysis was likewise pioneering effort by our research group. We hope that our work will contribute to a greater knowledge of the frequency of these species in our population and that it will help to explain differences in the assessment of the interaction between mycoplasma and the host.
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Efeito da caquexia associada ao câncer em componentes da matriz extracelular do tecido adiposo. / Effects of cancer cachexia on the components of the adipose tissue extracellular matrix.

Michele Joana Alves 25 November 2011 (has links)
A profunda perda de tecido adiposo é considerada um marcador na caquexia associada ao câncer. O objetivo do estudo foi avaliar os efeitos da caquexia associada ao câncer em componentes da matriz extracelular do tecido adiposo subcutâneo (TAS) de pacientes. Pacientes do Hospital Universitário (HU) foram divididos em dois grupos: portadores de tumor com caquexia (TC) e controles (C). Amostras de TAS foram analisadas quanto aos aspectos morfológicos, morfométricos, ultraestruturais, moleculares por RT-PCR em tempo real para os genes: COL1A1, COL3A1, COL6A1, FN1 e MMP2, e por imunohistoquímica para colágeno (III, VI), fibronectina e metaloproteinase 2 (MMP2). O presente estudo relata alterações das características morfológicas dos adipócitos, bem como na expressão gênica do COL6A1, FN1 e MMP2 no TC. A imunopositividade observada estava modificada para colágeno III, VI, fibronectina e na MMP2. Conclusão: A caquexia associada ao câncer afeta profundamente o tecido adiposo conduzindo à fibrose tecidual. / Profound loss of adipose tissue is a hallmark of cancer cachexia. Nevertheless, the changes caused by cancer cachexia regarding the adipose tissue extracellular matrix have not yet been fully described. The aim of the study was to evaluate the effects of cancer cachexia upon extracellular matrix components of the subcutaneous adipose tissue (TAS) of cancer patients. Patients of the Hospital University (HU) were divided into two groups: tumour cachexia (TC) and control (C). Samples were analysed for morphological aspects, ultrastructurals, morphometric, molecular analyses by real time RT-PCR for gene COL3A1, COL1A1, COL6A1, FN1 and MMP2, and immunohistochemistry for collagen (III, VI), fibronectin and metalloproteinase 2 (MMP2). This study shows modifications of the morphological characteristics of the adipocytes as well as in gene expression of COL6A1, FN1 and MMP2 in TC. The imunopositivity also was modified to collagen III, VI, fibronectin and MMP2. Conclusion: cancer cachexia affects deeply the adipose tissue, leading to the emergence of tissue fibrosis.
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Filariose bancroftiana na Amazônia Ocidental brasileira: implicações para transmissão e controle. / Survey of bancroftian filariasis infection in humans and culex mosquitoes in the Western Brazilian region: implications for transmission and control.

Rodolfo Luis Korte 12 August 2013 (has links)
Introdução: Este trabalho tem por objetivo identificar focos de filariose linfática na amazônia ocidental brasileira e constatar a infecção natural pela W. bancrofti do mosquito vetor, o C. quinquefasciatus. O estudo abrangeu as cidades de Porto Velho (RO), Guajará Mirim (RO) e Humaitá (AM). Método: foi utilizada a técnica da gota espessa de sangue, colhida após 22h00, corada com Giemsa para avaliação humana, e a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para pesquisa de DNA de W. bancrofti em mosquitos vetores. Foram analisadas e avaliadas amostras do sangue de moradores dos bairros mais antigos dessas cidades e escolares noturnas e captura de mosquitos. Resultados: O inquérito hemoscópico em moradores resultou em 935 indivíduos (54,4%) examinados de um total de 1.720 cadastrados. As pesquisas entre escolares noturnos envolveram 2.709 indivíduos (75,2%) de um total de 3.601. Todos negativos para a presença de microfilaremia. Foram coletadas 7.849 fêmeas de C. quinquefasciatus, todas apresentaram resultados negativos para DNA de W. bancrofti. / Introduction: This work is aimed to identify possible lymphatic filariasis foci in the Western Brazilian Amazonian. Porto Velho and Guajara-Mirim (Rondonia State) and Humaita (Amazonas State) were the study target area. Methods: Blood thick film method with samples collected from 10 PM to 1 AM were stained using Giemsa to evaluate human infection and PCR for W. bancrofti DNA in mosquitoes vectors. Samples from the neighborhoods of these areas and from students attending public nighttime classes in the cities referred to above were analyzed and evaluated, as well as mosquitoes captured in the houses. Results: 935 individuals (54.4%) out of a total of 1,720 individuals engaged. Sample with night students involving 2,709 individuals (75.2%) out of the total of 3,601 previously selected. No individual examined was positive for the presence of microfilariae in the blood stream. 7,849 female C.quinquefasciatus specimens were captured and after evaluated by using PCRmethod, all of them were found negative for W. bancrofti DNA.
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Emprego de miniSTRs \"non-CODIS\" em amostras biológicas de DNA forense. / The use of \"non-CODIS\" miniSTRS in forensic DNA biological samples.

Ana Claudia Pacheco 15 December 2010 (has links)
Foram analisadas 80 amostras de casos forenses criminais do Laboratório de DNA do Instituto de Criminalística de São Paulo. O DNA foi extraído de materiais cadavéricos, vestígios de crimes sexuais e de locais de crimes. A quantificação se deu por PCR em tempo real e a amplificação por PCR, em 2 reações triplex, dos miniSTRs non-CODIS D10S1248, D14S1434 e D22S1045 (NCO01) e D1S1677, D2S441 e D4S2364 (NCO02), com posterior eletroforese capilar para detecção dos produtos fluorescentes. Avaliou-se o grau de conservação das amostras e a qualidade dos perfis genéticos obtidos. Houve concordância nas dificuldades entre diferentes amostras quando comparado com as abordagens tradicionais. Confirmou-se a sensibilidade e robustez dos sistemas utilizados, bem como a vantagem em se aumentar o número de regiões analisadas, principalmente em casos complexos, mas foram constatadas desvantagens de procedimentos tipo in-house. É necessário o estudo das frequências alélicas destes loci para a população brasileira, que possam ser incorporadas nos cálculos estatísticos dos laudos. / 80 forensic casework samples from the DNA Laboratory of the Criminalistics Institute of São Paulo were analyzed. DNA was extracted from corpse, sexual assault and crime scene evidence. The extractions were quantified using real-time PCR, amplified by two triplex PCR reactions of the non-CODIS miniSTRs D10S1248, D14S1434, D22S1045 (NC01) and D1S1677, D2S441, D4S2364 (NC02), followed by capillary electrophoresis to detect the fluorescent products. The sample preservation and quality of the genetic profiles obtained were evaluated. The results were compared to the previous obtained with the routine techniques employed in the laboratory and there was concordance in the relative difficulties. The sensibility and robustness of the systems employed were confirmed, as well as the advantages in increasing the number of loci studied, mainly in complex cases, although the in-house procedures were considered a disadvantage. The establishment of brazilian population allele frequencies for these loci is necessary for the statistical calculations of the forensic reports.
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Análise físico-química e microbiológica por método moleular, de pratos prontos radapertizados para suprimentação alimentar de imunodeprimidos / Physical-chemical and molecular microbiological analysis of radappertized ready-to-eat-food for immunocompromised patients

Juliana Ferreira Alves Walder 21 October 2011 (has links)
A refeição de hospital é parte fundamental dos cuidados de pacientes.Uma dieta balanceada pode incentivar pacientes a comer de forma equilibrada dando-lhes os nutrientes que necessitam para se recuperarem em curto prazo de cirurgia ou doença. A irradiação gama é conhecida como o melhor método para destruir tanto os microrganismos patogênicos como os de deterioração, sem comprometer as propriedades nutricionais e a qualidade sensorial dos alimentos. Por conta disto, pode ser um método eficaz para elaboração de refeições apropriadas para pacientes imunodeprimidos. Neste trabalho, pratos prontos contendo arroz, carne grelhada e refogado de cenoura, foram submetidos a doses radapertizantes (30 kGy e 50 kGy) e armazenados a temperatura ambiente por até 90 dias. O tratamento controle permaneceu congelado pelo mesmo período. Os alimentos foram avaliados através de análises físico-química e microbiológicas por método molecular. O teor de umidade dos alimentos permaneceu inalterado por todo o período em todos os tratamentos. A irradiação provocou mudança de cor no arroz, favorecendo um tom amarelado e tornando-se ainda mais acentuado no decorrer do armazenamento. A cenoura teve a coloração caraterística vermelho-alaranjada reduzida com o tempo de armazenamento. No mesmo alimento, a irradiação reduziu o pH e o teor de carotenóides, ao passo que os compostos fenólicos decresceram durante o armazenamento. A carne grelhada conservou sua maciez, mas teve sua coloração alterada para uma tonalidade mais clara. Houve também uma pequena rancificação devido à radiação e também ao período de armazenamento. Por metodologia genônica, bactérias, com predominância dos gêneros Bacillus, Acinetobacter e Enterobacter, foram detectadas nos alimentos controle e até nos irradiados com a dose de 30 kGy. A dose de radiação segura para esterilização foi a de 50 kGy / Hospital food is an essential part of patient care. A good meal can encourage patients to eat well, giving them the nutrients they need to recover from surgery or illness. Gamma irradiation is well known to be the best method for destroying pathogenic and spoilage microorganisms without compromising the nutritional properties and sensory quality of the foods; it is also a method used for preparing foods for immunocompromised patients. In this work, ready-to-eat food containing rice, grilled meat and steamed carrot, was radappertizated with doses of 30 kGy and 50 kGy, and stored at room temperature for 90 days. The control treatment remained frozen for the same period. Analysis by physical-chemical molecular microbiological methods were used. The moisture of the foods remained unchanged through this period, in all treatments. Irradiation caused a yellowing of rice, which became more pronounced during the storage. The characteristic red-orange color of carrots was decreased during storage time. In the same food irradiation reduced the pH and content of carotenoids, while the phenolic compounds declined with the storage. Grilled meat retained its softness, but its color had/was changed to a lighter shade. There was also a small/some rancidity, due to radiation and also to the storage period. By genomic methodology, bacteria, predominantly of the genera Bacillus, Acinetobacter and Enterobacter, were detected in control and even in food irradiated with a dose of 30 kGy. The safe radiation dose for sterilization was 50 kGy.
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Caracterização molecular e análise filogenética do fitoplasma agente do superbrotamento da mandioca (Manihot esculenta) no estado de São Paulo / Molecular characterization and phylogenetic analysis of the phytoplasma agent of the witches\' broom of cassava (Manihot esculenta) in São Paulo State.

Flôres, Daniela 02 February 2010 (has links)
A mandioca (Manihot esculenta) é uma das principais culturas exploradas no mundo, sendo o Brasil o segundo maior produtor. Cultivada em todas as regiões brasileiras, a mandioca é importante na indústria e na alimentação humana e animal. Em plantios instalados em campo experimental e comercial, nas cidades de Piracicaba/SP e Bragança Paulista/SP, respectivamente, foram observadas plantas exibindo sintomas de enfezamento generalizado, superbrotamento de ramos, deformação, clorose das folhas e redução do tamanho das folhas. Com base na sintomatologia, suspeitou-se da ocorrência de fitoplasmas nas plantas doentes. Assim, o objetivo do presente trabalho foi detectar e identificar possíveis fitoplasmas, bem como demonstrar que estes procariotos são os agentes da doença. Para isto, amostras de plantas sintomáticas e assintomáticas foram coletadas e o DNA total foi extraído e usado em duplo PCR, conduzido com os pares de primers P1/Tint e R16F2n/16R2, visando à detecção de fitoplasmas. A amplificação de fragmentos genômicos de 1,2 Kb a partir do 16S rDNA confirmou a presença de fitoplasmas em 76% das amostras de Piracicaba e em 95% das amostras coletadas em Bragança Paulista. A identificação molecular com o uso de primers específicos demonstrou que todos os fitoplasmas encontrados pertenciam ao grupo 16SrIII. As análises de RFLP, usando-se digestão enzimática dos produtos de duplo PCR com as enzimas de restrição AluI, KpnI, HpaI, HpaII, HhaI, HinfI, MseI e RsaI e as análises filogenéticas, baseadas na sequência nucleotídica do 16S rDNA, revelou que o fitoplasma detectado em todas as amostras positivas eram afiliados ao grupo 16SrIII, subgrupo B. A prova de patogenicidade foi demonstrada pela transmissão experimental do fitoplasma presente em plantas de mandioca para plantas de vinca, por meio de Cuscuta subinclusa. Este é o primeiro relato de que um fitoplasma do grupo 16SrIII-B é o agente causal do superbrotamento em mandioca no Estado de São Paulo. / Cassava (Manihot esculenta) is one of the main cultures explored in the world and Brazil is the second largest producer. Cultivated in all Brazilian regions, cassava is important in the industry, food and both human and animal feed. In plantings installed on trial and commercial fields located in Piracicaba/SP, Bragança Paulista/SP, respectively, plants have been exhibited symptoms of general stunt, witches broom , and size reduction of leaves with deformation and chlorosis. Based on the symptoms, it has suspected the occurrence of phytoplasmas in diseased plants. Thus, this study has carried on detecting and identifying the presence of phytoplasmas and demonstrates that those prokaryotes are the disease agents. Samples from symptomatic and asymptomatic plants have been collected and total DNA extracted and used in nested PCR, conducted with primer pairs P1/Tint and R16F2n/16R2 in order to detect phytoplasmas. Amplification of genomic fragments of 1.2 Kb from the 16S rDNA has confirmed the presence of phytoplasmas in 76% of samples from Piracicaba and 95% of samples collected in Bragança Paulista. The molecular identification using specific primers has revealed that all the phytoplasmas found in diseased plants belonged to group 16SrIII. The RFLP analysis, using enzymatic digestion of PCR products with restriction enzymes AluI, KpnI, HpaI, HpaII, HhaI, HinfI, MseI and RsaI and phylogenetic analysis, based on the nucleotide sequence of 16S rDNA has revealed the detected phytoplasma in all positive samples have affiliated to the group 16SrIII, subgroup B. Pathogenicity proof has demonstrated by experimental transmission of the phytoplasma present in cassava plants to periwinkle, through the Cuscuta subinclusa. This is the first report that a phytoplasma group 16SrIII-B is the causal agent of cassava witches broom, in Sao Paulo State.
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Desenvolvimento de uma multiplex-nested-PCR para a detecção simultânea de sete patógenos com DNA no genoma em casos suspeitos de infecção congênita / Development of a multiplex-nested-PCR for the simultaneous detection of seven pathogens with DNA in their genomes in suspected cases of congenital infections

Yamamoto, Lidia 19 December 2016 (has links)
No Brasil, houve significativa redução da mortalidade infantil, porém não do componente perinatal que corresponde a 13% do total. O diagnóstico das infecções congênitas com base apenas em dados clínicos, ultrassonográficos e sorológicos maternos é muito difícil, havendo necessidade de um número grande de sorologias, algumas delas não disponíveis na rotina laboratorial, e o simples encontro de sorologia positiva (IgM e IgG positivas) na gestante não constitui prova inequívoca da transmissão vertical. A extração de DNA/ RNA a partir de líquido amniótico possui baixo rendimento, dificultando a realização de inúmeros testes moleculares. Sendo assim, na tentativa de preencher esta lacuna diagnóstica, a presente pesquisa teve como objetivo a padronização e validação de uma multiplex-nested-PCR capaz de detectar, de forma simultânea, sete patógenos que causam infecções congênitas e possuem DNA no genoma: CMV, HSV, VZV, EBV, adenovírus, parvovírus B19 e Toxoplasma gondii, com determinação da frequência relativa de cada microrganismo em um grupo de gestantes com (estudo) e sem suspeita de infecção (controle). No grupo de estudo, 147 gestantes foram recrutadas, com 57 casos positivos (38,8%): 32 com T. gondii (21,8% do total e 56,1% dos positivos);12 com CMV (8,1% e 21%); 5 casos com parvovírus (3,4% e 8,8%); 4 com adenovírus (2,7% e 7%) e 4 casos com dupla detecção (2 casos com T. gondii e CMV; 1 caso com T. gondii e VZV e 1 caso com CMV e parvovírus B19). O grupo controle contou com 193 casos e 197 amostras: líquido amniótico para cariotipagem em gestantes com idade avançada (n=44); amostras de sangue (n =150), e fragmentos de placentas (n=3) de gestantes com pré-natal normal, no momento do parto. Neste grupo, duas amostras de líquido amniótico foram positivas (1,04% do total de casos e 4,5% dos líquidos): um caso de adenovírus em feto com cariótipo normal, e um caso de T. gondii em feto com translucência nucal aumentada e trissomia do 21 (síndrome de Down). Neste grupo controle 14/193 cariótipos fetais se encontravam alterados (7,2%). A falta de estudos similares dificultou a comparação dos resultados, porém a multiplex-nested-PCR detectou número quase seis vezes superior ao detectado pelos exames disponíveis nos centros participantes. Todos os resultados positivos foram confirmados pelo sequenciamento dos produtos de amplificação. A similaridade entre as sequências amplificadas e os protótipos do GenBank variou entre 95-98%. No presente estudo, a padronização e validação de uma multiplex-nested-PCR foi realizada com sucesso, utilizando protocolos simples, reprodutíveis, agrupamento dos sete controles positivos em um único plasmídeo bacteriano e substituição da detecção do material amplificado pela eletroforese capilar, mais rápida, com menor custo, e com maior grau de resolução que os géis de agarose. Para a implantação da técnica na rotina laboratorial, pretende-se a substituição do sequenciamento como método confirmatório, pela realização de amplificações em tempo real com Sybr Green, apenas do patógeno que for detectado pela multiplex-nested-PCR. / In Brazil, there was a significant reduction in infant mortality, but not in the perinatal component, which corresponds to 13% of the total. Diagnosis of congenital infections based on maternal clinical, ultrasound and serological data is very difficult, requiring a large number of serologies, some of which are not available in the clinical laboratory routine, and the simple finding of a positive IgM and IgG in the pregnant woman does not constitute unequivocal evidence of vertical transmission. The extraction of DNA/ RNA from amniotic fluid samples has a low yield, making it difficult to perform many molecular tests on this biological material. Therefore, in an attempt to fill this diagnostic gap, the present research aimed at standardizing and validating a multiplex-nested-PCR capable of simultaneously detecting seven pathogens that cause congenital infections and have DNA in their genomes: CMV, HSV, VZV, EBV, adenovirus, parvovirus B19 and Toxoplasma gondii. The study has also aimed at determining the relative frequency of each microorganism in a group of pregnant women with (study group) or without suspicion of infection (control group). In the study group, 147 pregnant women were included and 57 (38.8%) positive cases detected. Thirty-two cases had T. gondii (21.8% of the total and 56.1% of the positive ones), 12 had CMV (8.1% and 21%); 5 cases had parvovirus (3.4% and 8.8%); 4 cases had adenovírus (2.7% and 7%). Four cases showed double detection (2 cases had T. gondii and CMV, 1 case had T. gondii and VZV, and 1 case had CMV and parvovirus). The control group had 193 cases and 197 samples: amniotic fluid for karyotyping in pregnant women with advanced age (n = 44); blood samples (n = 150), and fragments of placentas (n = 3) of pregnant women with normal prenatal care, at delivery. In this group, two amniotic fluid samples were positive (1.04% of total cases and 4.5% of fluids): one case of adenovirus with normal fetal karyotype, and one case of T. gondii with increased nuchal translucency and trisomy 21 (Down syndrome). In this control group, 13/ 193 fetal karyotypes were altered (6.7%). The lack of similar studies made it difficult to compare the results, but the multiplex-nested-PCR detected a number almost six times higher than that detected by the tests available at the participating centers. All the positive amplification products were sequencing and confirmed the results. The similarity between the amplified sequences and the GenBank prototypes varied between 95-98%. In the present study, the standardization and validation of a multiplex-nested-PCR was success, using simple and reproducible protocols, and the clustering of the seven positive controls on a single bacterial plasmid aside from the replacement of the amplification products detection by agarose gels for the capillary electrophoresis, which is faster, less expensive and has a higher degree of resolution. For the technique set up in the laboratory routine, the substitution of the sequencing as the confirmatory method for real-time amplifications with Sybr Green is required, amplifying only the pathogen that has been previously detected by the multiplex-nested-PCR.
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Métodos moleculares para detecção e quantificação de gametócitos de Plasmodium. / Molecular methods for detection and quantification of gametocytes of Plasmodium.

Lima, Nathália Ferreira 29 November 2012 (has links)
A detecção microscópica de gametócitos pode subestimar sua prevalência e induzir uma avaliação errônea do potencial de transmissão da malária em áreas endêmicas, mantendo desconhecida a proporção de indivíduos infectados que são potenciais transmissores da doença. Este trabalho teve como objetivo a padronização de métodos moleculares para detecção e quantificação de gametócitos de P. falciparum e P. vivax. Descrevemos um método de qRT-PCR, que tem como alvo transcritos do gene pvs25 e pfs25. Detectamos transcritos de pvs25 em 96,4% das amostras sanguíneas provenientes de indivíduos infectados por P. vivax. qRT-PCR foi mais sensível do que a RT-PCR convencional, que tem como alvo o mesmo gene. Descobrimos que a maioria (61,9%) dos portadores de gametócitos são assintomáticos ou tem parasitemias subpatentes e não teriam sido detectados pelas estratégias de controle de rotina da malária. Porém, esses portadores de gametócitos não identificados, geralmente possuem baixas densidades de gametócitos e contribuem com até 4% da carga global de gametócitos na comunidade. / The microscopic detection of gametocytes may underestimate their prevalence, leading to an inaccurate assessment of the potential for malaria transmission in receptive areas and a poor estimate of the proportion of infected individuals who are infectious. We aimed to standardize molecular methods for detection and quantification of gametocytes of Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax. Here, we describe a qRT-PCR that targets transcripts of the mature gametocyte-specific pvs25 gene. We found mature gametocytes in 53 of 55 (96.4%) P. vivax infections diagnosed during an ongoing cohort study in a farming settlement located in the southern of Amazonas state. SYBR green qRT-PCR was more sensitive than a conventional RT-PCR that targets the same gene. Most (61.9%) gametocyte carriers were either asymptomatic or had subpatent parasitemias, and would have been missed by routine malaria control strategies. However, potentially undiagnosed gametocyte carriers usually had low-density infections and contributed up to 4% to the overall gametocyte burden in the community.

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