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Detecção molecular e diagnóstico diferencial de vírus entéricos em criações de perus comerciais / Molecular detection and differential diagnostic of enteric viruses affecting commercial turkey flocks

Alvarez, Joelma Moura 21 June 2011 (has links)
Setenta e seis amostras intestinais de lotes de perus apresentando ou não sinais clínicos de enterite foram avaliadas quanto à presença de adenovírus grupo 1 (TAV), vírus da enterite hemorrágica dos perus (HEV), astrovírus tipo 1 e 2 (TAstV-1 e TAstV-2), coronavírus dos perus (TCoV), reovírus, rotavírus e vírus da nefrite aviária (ANV) através da reação em cadeia da polimerase. Os resultados obtidos foram analisados quanto à região geográfica de origem das amostras, idade das aves e presença de sinais clínicos nos lotes. Foi detectada elevada positividade das amostras para pelo menos um vírus (93,4%), e grande número de amostras com associações de mais de um vírus (69,7%). Santa Catarina foi o estado com maior média de número de vírus detectados em associação nas amostras (3,14) e Goiás o estado com menor média (1,73). As amostras provenientes de aves em fase inicial de criação (1 a 4 semanas de idade) tiveram média de 3,20 vírus detectados por amostra, e 85% de detecção de TAstV-1 e TCoV (os mais frequentes), enquanto que na fase de terminação (5 a 18 semanas) foi observada menor média de vírus associados nas amostras (2,41), e os agentes mais detectados foram TAstV-1 (57,1%) e rotavírus (51,8%), no entanto, todos os vírus apresentaram menor frequência na fase de terminação do que na inicial, com exceção do TAV e reovírus. Quando os sinais clínicos estavam presentes todos os vírus foram detectados em maior percentual (sendo TAstV-1, TAstV-2 e TCoV os mais frequentes) do que nos lotes sem sinais clínicos, onde TAstV-1 e rotavírus foram os mais frequentes. Estudos posteriores são necessários para a compreensão do papel de cada vírus no desenvolvimento de enterites. / Intestinal samples from seventy-six Brazilian turkey flocks affected or not with intestinal disorders were evaluated for the presence of Adenovirus group 1 (TAV), hemorrhagic enteritis virus (HEV), Astrovirus type 1 and 2 (TAstV-1 e TAstV-2), turkey Coronavirus (TCoV), Reovirus, Rotavirus and avian nephritis virus (ANV) using the polimerase chain reaction. Geographic location, age of the flocks and the presence of clinical signs were analyzed in order to find a relationship with the viral detection. A high frequency of positive samples for at least one virus was observed (93,4%) and 69,7% of the samples showed an association of more than one agent. The highest average number of viruses detected in association (3,14) was found in the state of Santa Catarina and Goias showed the lowest average (1,73). An average of 3,20 viruses per sample was detected in poults in initial phase of the production cycle (1 to 4 weeks of age), and TAstV-1 and TCoV were detected in 85% of the samples (the most frequent viruses), while the terminanting phase (5 to 18 weeks) showed lower average number of viruses in association (2,41), and the most frequent viruses were TAstV-1 (57,1%) and rotavírus (51,8%). However, all the viruses were detected more frequently in the initial phase rather than in the terminating phase, in exception of TAV and reoviruses. A higher detection of the viruses was observed in poults with clinical signs (as TAstV-1, TAstV-2 and TCoV were the most frequent) compared to normal birds (as TAstV-1 and rotavirus were the most frequent). Furher researches should focus on the description and comprehension of the role of each virus, and the different combinations of viruses, in the development of enteric disease.
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Avaliação de metodologia de alta demanda para estudo de frequência de mutações relacionadas a trombofilia e hemocromatose hereditária na população de doadores da Fundação Pró-Sangue do Hemocentro de São Paulo / Evaluation of a high throughput method for the detection of mutations associated with thrombosis and hereditary hemochromatosis in Brazilian blood donors

Vivian Dionisio Tavares Niewiadonski 22 July 2015 (has links)
O objetivo deste estudo foi avaliar a plataforma OpenArray para testes genéticos em doadores de sangue e determinar as frequências genotípicas e alélicas de alterações pontuais (SNPs) associadas à trombose venosa (G1691A e G20210A), à hiperhomocisteinemia (C677T, A1298C), e à hemocromatose hereditária (C282Y, H63D e S65C) na população de doadores de sangue de São Paulo, Brasil. Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de outubro a novembro de 2011. A detecção dos SNPs foi realizada utilizando a tecnologia de microarray em superfície sólida OpenArray. As amostras também foram analisadas utilizando a técnica de PCR em Tempo Real sistema FRET para comparação dos resultados e determinação da acurácia do sistema OpenArray. Observamos que houve 100% de concordância de resultados entre ambas as técnicas para todas as amostras, em todas as variantes pesquisadas, com exceção da mutação C282Y no gene HFE, a qual apresentou 99,75% de concordância. O resultado da amostra em questão foi posteriormente confirmado por sequenciamento direto (Sanger), que confirmou o resultado fornecido pelo método OpenArray. As frequências calculadas para cada SNP foram: FV G1691A 98,8% (G/G), 1,2% (G/A); FII G2021A 99,5% (G/G), 0,5% (G/A); MTHFR C677T 45,5% (C/C), 44,8% (C/T), 9,8% (T/T); MTHFR A1298C 60,3% (A/A), 33,6% (A/C), 6,1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78,1%(C/C), 20,3% (C/G), 1,6% (G/G); e HFE S65C 98,1% (A/A), 1,9% (A/T). Esses resultados descrevem as frequências de SNPs associados a doenças e são importantes para aprimorar o conhecimento atual do perfil genético da população de doadores de sangue brasileiros, embora um estudo maior seja necessário para determinar com a maior acurácia a frequência das mutações pesquisadas. Além disso, observamos que a plataforma OpenArray, demonstrou alta taxa de concordância com o método de PCR em Tempo Real sistema FRET. / The aim of this study was to evaluate the OpenArray platform for genetic testing of blood donors and to assess the genotype frequencies of nucleotide-polymorphisms (SNPs) associated with venous thrombosis (G1691A and G20210A), hyperhomocysteinemia (C677T, A1298C), and hereditary hemochromatosis (C282Y, H63D and S65C) in blood donors from Sao Paulo, Brazil. We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. The blood samples were also examined using a real-time PCR-FRET system to compare the results and determine the accuracy of the OpenArray method. We observed 100% agreement in all assays tested, except HFE C282Y, which showed 99.75% agreement. The HFE C282Y assay was further confirmed through direct sequencing, and the results showed that OpenArray analysis was accurate. The calculated frequencies of each SNP were FV G1691A 98.8% (G/G), 1.2% (G/A); FII G2021A 99.5% (G/G), 0.5% (G/A); MTHFR C677T 45.5% (C/C), 44.8% (C/T), 9.8% (T/T); MTHFR A1298C 60.3% (A/A), 33.6% (A/C), 6.1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78.1%(C/C), 20.3% (C/G), 1.6% (G/G); and HFE S65C 98.1% (A/A), 1.9% (A/T).Taken together, these results describe the frequencies of SNPs associated with diseases and are important to enhance our current knowledge of the genetic profiles of Brazilian blood donors, although a larger study is needed for a more accurate determination of the frequency of the alleles. Furthermore, the OpenArray platform showed a high concordance rate with standard FRET RT-PCR
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Identificação de infecção por Flavivirus em mosquitos (Diptera: Culicidae) coletados em áreas verdes da cidade de São Paulo / Flavivirus infecting mosquitoes (Diptera: Culicidae) collected in green spaces from the city of São Paulo

Lícia Natal Fernandes 24 June 2015 (has links)
Introdução: Dos arbovírus transmitidos no Brasil, os Flavivirus apresentam destaque por causarem o maior número de infecções e doenças no homem e pela gravidade das doenças que provocam. A cidade de São Paulo possui áreas verdes, representadas por parques municipais em que existem lagos, aves e mamíferos. Esses locais são frequentados pela população e podem servir de refúgio para mosquitos que infestam a área urbana. Alguns trabalhos revelam a ocorrência de espécies de mosquitos conhecidas como vetoras de Flavivirus em tal cidade, o que pode favorecer o aparecimento de casos e transmissão de doenças causadas por este tipo de vírus. No entanto, a presença de Flavivirus infectando tais artrópodes não é conhecida. Objetivo: Identificar presença de Flavivirus em mosquitos (Diptera: Culicidae) provenientes de áreas verdes da cidade de São Paulo. Método: Sete parques municipais localizados em diferentes regiões da cidade foram selecionados para o estudo. Foram realizadas coletas de mosquitos mensais em cada parque no período de março de 2011 e fevereiro de 2012. As armadilhas utilizadas foram: aspirador, Shannon e CDC-CO2. Os mosquitos foram transportados para o laboratório em gelo seco, identificados em mesa fria e agrupados em \"pools\" de até 10 fêmeas não ingurgitadas, segundo espécie, data e local de coleta. Fêmeas ingurgitadas foram armazenadas individualmente. As amostras foram submetidas à extração de ácidos nucleicos, seguida de RT-PCR em tempo real para amplificação de fragmento de aproximadamente 200pb do gene NS5 de Flavivirus. Amostras positivas foram encaminhadas para sequenciamento e análises filogenéticas. Resultados: Dentre as 5.213 fêmeas não ingurgitadas (818 pools) e as 778 fêmeas ingurgitadas coletadas, ocorreu presença de onze gêneros de Culicídeos, sendo mais frequentes Culex e Aedes. Dezenove pools de fêmeas não ingurgitadas obtiveram resultado positivo para Flavivirus. Análises filogenéticas mostraram presença de RNA relacionado à Aedes flavivirus (AEFV) em dois pools de Aedes e à Culex flavivirus (CxFV) nos demais pools, todos de Culex. Conclusões: CxFV e AEFV estão presentes em mosquitos dos gêneros Culex e Aedes, respectivamente, coletados em parques municipais da cidade de São Paulo. Embora flavivírus patogênicos ao homem não tenham sido encontrados no presente trabalho, recomenda-se vigilância de flavivírus nas áreas estudas, visto que elas possuem presença de mosquitos vetores e hospedeiros vertebrados, ou seja, elementos necessários para a transmissão destes vírus. / Introduction: Among the arboviruses transmitted in Brazil, Flavivirus are noteworthy once they cause the largest number of infections and diseases in humans and also because they can cause serious illnesses. In the city of São Paulo there are green spaces, represented by city parks in which lakes, birds and mammals are found. The population visits those places, which can also be a refuge for mosquitoes that infect the urban area. Some studies reveal the occurrence of mosquitoes species known to be vectors of Flavivirus in this city, what can contribute to the emergence of cases and transmission of diseases caused by this kind of virus. However, the presence of Flavivirus infecting those arthropods is not known. Objective: To Identify infection by Flavivirus in mosquitoes (Diptera: Culicidae) collected in São Paulo\'s city parks. Method: Seven city parks located in different places of the city were selected for the study. Monthly mosquito collections were carried out in each park from March 2011 to February 2012. The traps employed were aspirator, Shannon and CDC-CO2. The mosquitoes were transported to the laboratory on dry ice. Identification was performed in a chill table. Up to 10 non-engorged females were pooled according to specie, date and place of collection. Engorged females were stored individually. Nucleic acids were extracted and submitted to real time RT-PCR that amplifies a 200pb fragment of NS5 gene of Flavivirus. Positive samples were sequenced and phylogenetic analyses were performed. Results: Eleven genus of Culicidae were found among the 5,213 non engorged females (818 pools) and the 778 engorged females. Culex and Aedes were the most frequent collected genus. Nineteen non engorged female pools had positive results for the presence of Flavivirus RNA. Phylogenetic analyses showed the RNA found was related to Aedes flavivirus (AEFV) in two pools of Aedes and to Culex flavivirus (CxFV) in the other pools, all of them consisting of Culex. Conclusion: CxFV and AEFV are present in mosquitoes Culex and Aedes, respectively, collected in São Paulo\'s city parks. Flavivirus of medical importance were not detected. Although, once there are species of mosquitoes that can act as vectors of pathogenic Flavivirus and vertebrate hosts, which are required for the transmission cycle of those virus, surveillance is recommended in the studied areas.
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Diagnóstico molecular da toxoplasmose sintomática: um estudo retrospectivo e prospectivo de 9 anos num laboratório de referência no Estado de São Paulo / Molecular diagnosis of symptomatic toxoplasmosis: a retrospective and prospective 9-year study in a reference laboratory in São Paulo State

Lilian Muniz Camilo 28 September 2017 (has links)
As formas sintomáticas de toxoplasmose são um grave problema de saúde pública e ocorrem em cerca de 10 a 20% das pessoas infectadas. Com o objetivo de melhorar o diagnóstico molecular de toxoplasmose sintomática em pacientes brasileiros, este estudo avaliou o desempenho da PCR em tempo real (qPCR) na detecção do DNA de T. gondii testando dois conjuntos de iniciadores moleculares (B1 e REP-529) para diagnóstico molecular. A metodologia foi testada em 807 amostras clínicas com diagnóstico clínico conhecido, ELISA e PCR convencional (cPCR) em um período de 9 anos. Todas as amostras foram de pacientes com suspeita clínica de diferentes formas da toxoplasmose. De acordo com a curva mínima de limite de detecção (no CT), o REP-529 apresentou maior sensibilidade para detectar DNA de T. gondii do que B1. Ambos os conjuntos de iniciadores moleculares foram avaliados retrospectivamente usando o DNA de 515 amostras clínicas diferentes. Os 122 pacientes com resultado negativo na PCR em tempo real, provavelmente por terem infecção crônica, demonstraram alta especificidade (REP-529, 99,2% e B1, 100%). Das 393 amostras com ELISA positivo (IgG), 146 apresentaram diagnóstico clínico de toxoplasmose e cPCR positivo. As sensibilidades de REP-529 e B1 foram de 95,9% e 83,6%, respectivamente. A comparação dos desempenhos do REP-529 e B1 foi analisada prospectivamente em 292 amostras. Assim, a partir de um total de 807 amostras de DNA analisadas, 217 (26,89%) apresentaram PCR positivo, pelo menos em um conjunto de iniciadores e com toxoplasmose sintomática confirmada pelo diagnóstico clínico. O REP-529 foi positivo em 97,23%, enquanto o B1 amplificou apenas 78,80%. Depois de comparar várias amostras em um laboratório brasileiro de referência, este estudo concluiu que o conjunto de iniciadores REP-529 apresentou melhor desempenho do que B1. Essas observações foram baseadas após o uso de casos com diagnóstico clínico definido, ELISA e cPCR. / Symptomatic forms of toxoplasmosis are a serious public health problem and occur in around 10-20% of the infected people. Aiming to improve the molecular diagnosis of symptomatic toxoplasmosis in Brazilian patients, this study evaluated the performance of real time PCR (qPCR) in detecting T. gondii DNA testing two primer sets (B1 and REP-529) for molecular diagnosis. The methodology was assayed in 807 clinical samples with known clinical diagnosis, ELISA, and conventional PCR (cPCR) results in a 9-year period. All samples were from patients with clinical suspicion of several features of toxoplasmosis. According to the minimum detection limit curve (in CT), REP-529 had greater sensitivity to detect T. gondii DNA than B1. Both primer sets were retrospectively evaluated using 515 DNA from different clinical samples. The 122 patients without toxoplasmosis (with negative real-time PCR) provided high specificity (REP-529, 99.2% and B1, 100%). From the 393 samples with positive ELISA (IgG), 146 had clinical diagnosis for toxoplasmosis and positive cPCR. REP-529 and B1 sensitivities were 95.9% and 83.6%, respectively. Comparison of REP-529 and B1 performances was further analyzed prospectively in 292 samples. Thus, from a total of 807 DNA analyzed, 217 (26.89%) had positive PCR with, at least one primer set and with symptomatic toxoplasmosis confirmed by clinical diagnosis. REP-529 was positive in 97.23%, whereas B1 amplified only 78.80%. After comparing several samples in a Brazilian referral laboratory, this study concluded that REP-529 primer set had better perform than B1 one. These observations were based after using cases with defined clinical diagnosis, ELISA, and cPCR.
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Desenvolvimento de uma Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) para detecção de Brucella spp. em amostras de sangue de cães naturalmente infectados / Development of a polymerase chain reaction (PCR) for the detection of Brucella spp. in whole-blood samples from naturally infected dogs

Nanci do Rosário Vieira 10 September 2004 (has links)
Foram desenhados três pares de primers, sendo um deles dirigido ao gene que codifica uma proteína periplasmática da Brucella (BP26) e dois outros dirigidos para a região interespaçadora entre os gene 16S e 23S do RNA ribossômico (ITS). Com os primers acima, foram padronizadas três PCRs, potencialmente capazes de detectar qualquer espécie de Brucella e denominadas PCR-ITS1, PCR-ITS2 e PCR-BP26. Soluções de DNA de sangue de cão livre de Brucella foram contaminadas com quantidades decrescentes de DNA de B. canis (RM6/66) e, então, submetidas às PCRs descritas anteriormente. Para a avaliação das PCRs quanto à capacidade de detecção de Brucella spp. em sangue de animais naturalmente infectados, foram utilizadas 75 amostras de sangue de cães provenientes de canis comerciais onde foram registrados casos clínicos sugestivos de infecção por Brucella. As 75 amostras de sangue de cães foram colhidas com anti-coagulante (citrato de sódio) por punção da veia jugular. As amostras foram separadas em duas alíquotas, uma das quais (2 ml) foi submetida ao isolamento e identificação bacteriológica e a outra alíquota (1ml), às PCRs. O DNA total das amostras de sangue foi extraído por método baseado em digestão com proteinase K, SDS e CTAB seguido de purificação com fenol e clorofórmio. Considerando os resultados da PCR de melhor desempenho (PCR-ITS1), entre as 35 amostras positivas pelo isolamento bacteriano, 30 (85,71%) foram positivas pela técnica de PCR, enquanto entre as 40 amostras negativas pelo cultivo bacteriológico, 11 (27,5%) foram positivas pela PCR. A PCR-ITS1 foi capaz de detectar um mínimo de 3,78fg de DNA bacteriano misturado a 450ng de DNA de cão, o que representa, teoricamente, a massa genômica de 1,26 bactérias. Pela aparente superior capacidade de classificar animais positivos que o método de cultura bacteriológica, a PCR-ITS1 parece ser uma técnica promissora para o diagnóstico direto da brucelose em cães. / Three pair of primers were designed against Brucella genetic sequences. Two of them were directed to 16S-23S rRNA interspacer and the other was directed to a periplasmatic protein coding gene (BP26). Three PCRs assays named PCR-ITS1, PCR-ITS2 and PCR-BP26, each one putatively capable of amplifying DNA from any Brucella species were tested using the aforementioned primers. Nucleic acid extracts from whole-blood from naïve dogs were spiked with decreasing amounts of B. canis (RM6/66) DNA and the resulting solutions were tested by PCR. The capability of the PCRs to amplify Brucella spp. genetic sequences from naturally infected dogs was evaluated by using 75 whole-blood samples from dogs raised in commercial kennels were clinically affected animals have already been detected with signs suggestive of Brucella infection. The whole-blood samples were collected with sodium citrate as anti-coagulant by venal puncturing the jugular vein. The samples were split into two aliquots, one of them (2mL) being submitted to bacterial isolation and identification and the remaining sample (1mL) to PCR. The DNA from whole-blood was extracted by using proteinaseK, SDS and CTAB following phenol-chloroform purification. Considering the results from the PCR with the best performance (PCR-ITS1), within 35 isolation positive samples, 30 were positive by PCR. Within 40 isolation negative samples, 11 were positive by PCR. PCR-ITS1 was capable of detecting as few as 3.78fg of bacterial DNA mixed to 450ng of host DNA. Theoretically, 3.78fg of Brucella DNA represents the total genomic mass of 1.26 bacterial cells. The superior ability of PCR-ITS1 on classifying positive animals suggest that PCR-ITS1 is a promising tool for the direct detection of canine brucellosis.
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Caracterização da resistência da moranga (Cucurbita maxima) ´Exposição` ao Zucchini lethal chlorosis virus (ZLCV) e da não interferência de dois potyvirus na resistência das plantas / Characterization of the resistance of winter squash (Cucurbita maxima) \'Exposição\' to Zucchini lethal chlorosis virus (ZLCV) and the lack of interference of two potyviruses on plant resistance.

Vanessa Cícera dos Santos 27 February 2012 (has links)
Nos últimos anos a incidência da clorose letal, causada pelo Zucchini lethal chlorosis virus (ZLCV) vem aumentando em plantios de cucurbitáceas e preocupando produtores pelos danos causados na produção. Devido às poucas informações sobre esta virose em cucurbitáceas, somente algumas medidas profiláticas de controle têm sido recomendadas para minimizar a incidência da doença. A resistência genética, seja da forma tradicional ou por meio da transgenia, é considerada a melhor e mais eficiente forma de controle de viroses em geral. Sendo assim essa proposta de pesquisa visou caracterizar a resistência da moranga Exposição ao ZLCV, para gerar informações que auxiliem programas de melhoramento vegetal e também estudar a possível interferência do Papaya ringspot virus type W (PRSV-W) e do Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) na resistência das plantas ao ZLCV. A infecção pelo ZLCV e sua movimentação na planta foram avaliadas por PTA-ELISA, RT-PCR, impressão de tecido (Tissue printing) e teste de recuperação biológica. Os resultados mostraram que o vírus pôde ser detectado no local da infecção, mas não foi detectado além do ponto de inoculação. Estes resultados sugerem que a moranga Exposição apresenta uma resistência à invasão sistêmica de longa distância ao ZLCV. Para verificar a possível interferência dos potyvirus na resistência da moranga Exposição ao ZLCV foram conduzidos experimentos em casa de vegetação, onde os vírus foram inoculados em mistura nas plantas teste e experimentos em campo onde os potyvirus foram pré-inoculados e a infecção pelo ZLCV ocorreu naturalmente pelo vetor. Em nenhum dos casos foi verificada interferência dos potyvirus na resistência das plantas de moranga ao ZLCV. / The occurrence of lethal chlorosis in the past years, caused by Zucchini lethal chlorosis virus (ZLCV), has become common in cucurbit crops, which concerns producers in terms of yield losses. Due to the lack of information about this virus disease, only few prophylactic precautions have been recommended in order to minimize the occurrence of the disease. The genetic resistance, either via conventional means or via transgenesis, is considered the most efficient way so far to control virus diseases. With that in mind, the present work aimed to characterize the genetic resistance of winter squash Exposição against ZLCV in order to generate important information for cucurbit breeding programs, as well as to investigate the potential effect of Papaya ringspot virus type W (PRSV-W) and Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) in winter squash Exposição resistance against ZLCV. The ZLCV infection and its systemic mobility inside the plant were evaluated by PTA-ELISA, RT-PCR, tissue printing and biological recovery test. The results have shown that ZLCV can be detected at the infection spot, but was not detected beyond the inoculation point. These results suggest that winter squah Exposição is resistant to long-distance systemic invasion of ZLCV. In order to verify the potential interference of the potyviruses on the winter squash Exposição resistance against ZLCV, experiments were carried out into greenhouse, where the viruses were inoculated together into testing plants, and also in field trials, where the potyviruses were pre-inoculated and the infection by ZLCV naturally occurred by the vector. Interference of potyviruses on the winter squash resistance was not observed via the investigation methods presented.
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Análise bacteriológica de infecções pulpares em dentes decíduos. / Bacteriological analysis of pulp infection in deciduous teeth.

Fabris, Antonio Scalco 16 May 2011 (has links)
Foram analisados dentes decíduos com cárie dental profunda de 110 crianças, sendo coletadas 103 amostras de polpa necrosada e 7 de fístulas gengivais. Morfotipos bacterianos foram visualizados pelas colorações de Gram e Brenn-Brown, e os DNA foram obtidos e usados na detecção bacteriana por PCR. A predominância de cocos Gram positivos (81,8%) e cocobacilos Gram negativos (49,1%) foram observadas. Em 88 amostras de polpas, microrganismos com maior ocorrência foram: Enterococcus spp. (50%), P. gingivalis (49%), F. nucleatum (25%) e P. nigrescens (11,4%). Foram detectados em fístulas: P. gingivalis (43%), Enterococcus spp. (28,6%), F. nucleatum (14,3%), P. nigrescens (14,3%), e D. pneumosintes (14,3%). Os nossos resultados permitem concluir que a microbiota envolvida nas infecções pulpares em dentes decíduos é similar em termos qualitativos àquela observada em dentes permanentes. Entretanto, a predominância de Enterococcus spp. e P. gingivalis deve ser levado em consideração pelos clínicos em casos necessários de tratamento endodôntico em crianças com dentição decídua. / In this study, deciduous teeth with deep caries from 110 children, with 103 pulp necrosis and 7 gingival fistula samples were evaluated. Bacterial morphotypes were visualized by Gram staining and Brown-Brenn. DNA were obtained and used in bacterial detection by using PCR. The predominance of Gram-positive cocci (81.8%) and Gram-negative coccobacilli (49.1%) were observed. In 88 pulp samples a high frequency of microrganisms were observed: Enterococcus spp. (50%), P. gingivalis (49%), F. nucleatum (25%) and P. nigrescens (11.4%). In fistulas were detected: P. gingivalis (43%), Enterococcus spp. (28.6%), F. nucleatum (14.3%), P. nigrescens (14.3%), and Dialister pneumosintes (14.3%). Our results, suggest that the involved microbiota in pulp infections of deciduous teeth are qualitatively similar than those permanent teeth. However, a predominance of Enterococcus spp. and P. gingivalis was observed, and it must be considered in the endodontic treatment in children with primary dentition.
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Perfil da resposta imune humoral de pacientes sintomáticos e assintomáticos para malária falciparum, da Amazônia Ocidental Brasileira, contra antígenos polimórficos exportados para a superfície da hemácia infectada e antígenos exportados para a superfície da hemácia infectada e antígenos expressos no merozoíto. / Humoral immune response profile of symptomatic and asymptomatic patients of falciparum malaria, from Western Brazilian Amazon, against polymorphic antigens exported to the surface of infected erythrocyte and merozoite expressed antigens.

Medeiros, Márcia Melo 17 November 2011 (has links)
A partir de isolados de campo de P. falciparum de pacientes sintomáticos e assintomáticos de uma mesma área endêmica brasileira, clonamos fragmentos de genes surf e dos genes das proteínas do merozoíto AMA1 e das famílias MSP e EBL. Expressamos todas as sequências diferentes encontradas fusionadas a GST. Por ELISA, testamos a positividade para IgG dos plasmas das mesmas amostras de sangue e identificamos as subclasses de IgG nos plasmas mais reativos e a duração da resposta de IgG em um subgrupo de plasmas. A odds ratio conferida pela resposta humoral contra MSP5, MSP9 e SURFIN 13.1 mostrou 9x menos chances para os dois primeiros e 3,5x menos chances para o terceiro para a presença de sintomas, através da análise de tabelas de contingência. A odds ratio conferida pela resposta humoral mais intensa a MSP5 e EBA175 aponta respectivamente, 9,4x e 5,7x mais chances de desenvolvimento do perfil assintomático, por regressão logística. Paralelamente, verificamos por RT-qPCR que pode ocorrer switching transcricional e talvez exclusão alélica na expressão de genes surf. / Using field P. falciparum isolates present in the blood of symptomatic and asymptomatic patients from the same endemic Brazilian area, we cloned and expressed all different sequences of surf genes and those encoding merozoite antigens AMA1, MSP1-10 and members of the EBL protein family as GST fusion peptides. We identified plasmas positive for specific IgG and their subclasses in the most reactive plasmas and the longevity of the response in a lot of plasmas by ELISA. The odds ratio conferred by antibodies against MSP5, MSP9 and SURFIN 13.1 pointed to 9x fewer chances of the first two and 3,5x fewer chances of the last for presence of malaria symptoms by cross tab analysis. The odds ratio conferred by the higher quantity of antibodies against MSP5 and EBA175 pointed to 9,4x and 5,7x higher chances for development of an asymptomatic profile by logistic regression. In parallel, transcription analysis of surf genes in the P. falciparum strain 3D7 verified by RT-qPCR pointed to a mechanism reminiscent of allelic exclusion.
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Comparação entre testes de HPV com alvos em E6/E7 e L1 em tumores cervicais invasivos / Comparison of HPV detection tests with E6 / E7 and L1 targets in invasive cervical tumors

Fuza, Luiz Mario Santos 23 February 2018 (has links)
O carcinoma cervical invasivo é o terceiro tipo de câncer que mais acomete as mulheres no mundo, sendo responsável por 270 mil óbitos por ano. Estudos multicêntricos puderam identificar a presença do DNA do HPV em quase 100% dos carcinomas cervicais, estando já bem esclarecido que o papilomavírus humano (HPV) é causa para o câncer cervical, sendo fator necessário, mas não suficiente para o desenvolvimento da doença. A melhor forma de evitar o câncer de colo do útero é a prevenção. Considera-se como prevenção primária a vacina anti-HPV e, como prevenção secundária, o rastreio de lesões precursoras do câncer, seja pela citologia oncótica ou o rastreio molecular. Este último, por identificar a presença de DNA de HPV de alto risco oncogênico, tem se mostrado a maneira mais eficaz. Existem dúvidas sobre o melhor teste a ser usado para este tipo de rastreio, uma vez que existem ensaios distintos que identificam diferentes genes alvo, considerando-se que, durante o processo de integração do genoma do HPV ao genoma do hospedeiro, pode ocorrer a perda de qualquer um dos genes virais. Este pode ser um dos motivos de alguns tumores cervicais apresentarem resultados falsos negativos para HPV. Neste trabalho foram utilizadas 57 amostras de câncer cervical confirmadas no exame anatomopatológico, negativas para HPV na plataforma BD Onclarity HPV Assay(TM), cujo gene alvo é E6/E7 e positivas para beta-globina humana, provenientes de um estudo anterior. Usando o restante do DNA já extraído, essas amostras foram genotipadas no sistema INNO-LiPA HPV Genotyping Extra II(TM), que tem como alvo o gene L1. Como controle, foram testadas mais 27 amostras cujo resultado foi positivo para algum tipo de HPV de alto risco naquela plataforma. Para tanto, selecionamos a amostra seguinte a cada uma das amostras negativas, cujo resultado fosse positivo. Nosso principal achado foi a constatação de que a concordância entre os dois métodos testados é boa (Kappa 70). Das 84 amostras genotipadas nas duas plataformas, 64 (76,2%) tiveram os mesmos resultados, sendo 26 negativas, 15 inadequadas e 23 positivas. No entanto, 20 amostras (23,8%) tiveram resultados discordantes. Para tentar esclarecer estes casos, foi realizado o ensaio de PCR em tempo real para HPV 16 com alvo em E7 em 4 amostras positivas para HPV nos dois métodos e 2 amostras com resultado de HPV 16 apenas em um dos ensaios. Nenhum dos testes deste estudo pôde chegar a 100% de positividade nestes tumores cervicais, apesar da histologia realizada pelo setor de anatomia patológica do ICESP ter confirmado serem todos tumores primários do colo do útero. Assim sendo, sugerimos que esses resultados falsos negativos podem ser devidos a problemas na coleta do material, na preservação ou dificuldade dos métodos detectarem HPV em amostras fixadas em formol e embebidas em parafina, hipótese reforçada pela concordância obtida nos casos considerados inadequados para análise pelos dois métodos. / Invasive cervical carcinoma is the third most common form of cancer in the world, accounting for 270,000 deaths per year. Multicenter studies have identified the presence of HPV DNA in almost 100% of cervical carcinomas, and it is well established that human papillomavirus (HPV) is cause of cervical cancer, being necessary, but not sufficient to the development of the disease. The best way to avoid cervical cancer is prevention. Primary prevention is the anti-HPV vaccine, and secondary prevention the screening of cancer precursor lesions, by either oncotic cytology or molecular screening, to identify the presence of high-risk oncogenic HPV. There are questions as to which test should be used for this type of screening, since they use different target genes, knowing that during the integration of the HPV genome into the host genome, any of the viral genes can be deleted . This may be one reason some cervical tumors have false negative results for HPV. In this work, we evaluated 57 samples of cervical cancer, confirmed by anatomic pathological examination, negative for HPV on the BD Onclarity HPV Assay(TM) platform, whose target is the E6 / E7 gene and positive for beta-globin, from a previous study using the remaining extracted DNA. These samples were genotyped by the INNO-LiPA HPV Genotyping Extra system, with target in L1 gene. As controls, we tested another 27 samples that were positive for some type of high-risk HPV on that platform. To do so, we selected the following sample to each of the negative samples, whose result was positive. Our main finding was that the results of the two methods were in good concordance (Kappa 70). Of the 84 genotyped samples in both platforms, 64 (76.2%) had the same results, 26 were negative, 15 inadequate and 23 were positive. Twenty samples (23.8%), however, presented different results. In the attempt to clarify the discordant cases, we performed real-time PCR for HPV 16 with E7 target, in four HPV positive samples in both methods, and two positive in only one of the assays. None of the tests in this study could reach 100% positivity in these cervical tumors, although the histology performed by ICESP\'s pathology department has confirmed that they were all primary tumors of the cervix. Therefore, these false negative results may be due to problems in the sample collection, preservation or difficulty of the methods to detect HPV DNA in formalin-fixed and paraffin-embedded samples, a hypothesis reinforced by the agreement obtained in cases considered unsuitable for analysis by the two methods.
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Avaliação da infectividade, transmissibilidade, estado de portador (reservatório) e da resposta imune humoral de pombos (Columba livia) submetidos à infecção experimental frente a estirpes do vírus da doença de Newcastle (V.D.N.) de alta e baixa patogenicidade. / Evaluation of infectivity, potential of transmission, reservoirs state and humoral immune response of pigeon (Columba livia) experimentally infected with low and high pathogenicity strains of Newcastle Disease virus (N.D.V.) of high and low pathogenicity.

Carrasco, Adriano de Oliveira Torres 15 December 2009 (has links)
A Doença de Newcastle (DN) é uma enfermidade de etiologia viral e de rápido poder de disseminação. Um grande número de espécies aviárias é susceptível ao Vírus da Doença de Newcastle (VDN). Entre estas aves, o pombo doméstico (Columba livia), tem sido incriminado como hospedeiro e disseminador da DN. Este estudo foi realizado para avaliar o comportamento de pombos frente ao VDN. Foram avaliadas a patogenia da doença e a cinética da RIH de pombos submetidos à vacinação com estirpes vivas (LaSota) e a infecção experimental com estirpe patogênica (São João do Meriti) para galinhas (Gallus gallus), para avaliar os papéis desempenhados por estas como possíveis reservatórios do VDN. A resposta sorológica foi mensurada com a técnica de HI e a eliminação do genoma viral avaliada com a técnica de RT-PCR. Foi observado que as estirpes vacinas produziram títulos elevados de anticorpos, tanto nas aves vacinadas como nas sentinelas. Na infecção experimental, demonstramos que a estirpe patogênica não produziu a doença clínica em pombos, porém promoveu a formação de anticorpos, bem como a eliminação do genoma viral. Também foi comprovada a alta infectividade do agente, tendo em vista que aves sentinelas apresentaram níveis de anticorpos elevados, nos mesmos patamares das aves infectadas. / Newcastle Disease (ND), is a highly contagious disease of viral etiology and several bird species are susceptible this disease. The domestic pigeon (Columba livia), has been regarded as a host and disseminating agent of ND. Therefore, a study was carried out in order to evaluate the responses of pigeons naturally or experimentally infected with this pathogen and the possible role of these birds as potential reservoirs of NDV. The disease pathogenesis and the kinetics of the host humoral immune response were studied in pigeons subjected to vaccination with live NDV strains (LaSota) and to experimental infection with a NDV strain (São João do Meriti) that affects domestic chickens (Gallus gallus). The serological response was measured by HI and the elimination of the viral genome was evaluated by RT-PCR. Vaccine strains induced high antibody levels, both in vaccinated and in sentinel birds. Clinical signs of the disease were not induced by the pathogenic strain in experimentally infected pigeons, although there was antibody production, as well as elimination of the viral genome. The high infectivity of the agent was also confirmed, since the sentinels birds presented high antibody levels, which were similar to the levels produced by infected birds.

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