Made available in DSpace on 2016-06-02T19:50:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3195.pdf: 2024810 bytes, checksum: 9ca884455df82d8694112f060501c5fe (MD5) Previous issue date: 2010-08-25 / Althought the scheduling-related literature has a high level of diversity, just a small group have been considering the possibility of outsource a set of tasks. During a literature review, only two papers related to this theme were found, both dealing on scheduling projects with outsource possibilities on single-machine environments. Along with this scenario, it was possible to stablish the ACO (Ant Colony Optimization) algorithm as a promissing tecnique to solve combinatorial problems, including scheduling problems. This thesis approaches two scheduling problems with outsourcing allowed: (i) a scheduling problem in single machine manufacturing environment and (ii) a scheduling problem in a flowshop environment. For each problem, a new ACO algorithm is proposed and implemented. To verify the quality of the results, are also proposed and implemented: (i) a mathemetical programming model for the single machine environment problem; (ii) a branch and bound algorithm for the single machine environment problem and (iii) a a mathemetical programming model for the flowshop environment problem. The results shown that both ACO algorithms generate close-to-optimal results in a shorter computational time. In the case of the single machine environment problem, the presented results are best than the results related on the literature. / Embora a literatura de scheduling seja vasta, poucas pesquisas até o momento levam em consideração a possibilidade de terceirização de tarefas. Dentre a literatura pesquisada, apenas dois trabalhos trataram deste problema multicritério, ambos para ambientes de máquina única. Juntamente com isso, uma análise preliminar da literatura p ode estabelecer o algoritmo ACO (do inglês Ant Colony Optimization - Otimização por Colônia de Formigas) como uma estratégia promissora para a solução de problemas combinatórios, incluindo problemas de scheduling. Neste cenário, a presente tese de doutoramento trata de dois problemas de scheduling com possibilidade de terceirização: (i) um problema de scheduling em ambiente de máquina única, já proposto na literatura e (ii) problema inédito de scheduling em ambientes flowshop.Em ambos os casos, são propostos algoritmos ACO inéditos (um para o problema de scheduling em ambientes de máquina única e um para o problema de scheduling em ambientes flowshop), que são comparados com valores ótimos obtidos através de métodos exatos. Para permitir essa comparação, são propostos três métodos exatos: (i) Um modelo de programação matemática para o problema que trata do ambiente de máquina única; (ii) Um algoritmo branch and bound para o mesmo problema e (iii) Um modelo de programação matemática para o problema que trata do ambiente flowshop. Os resultados obtidos no trabalho mostraram que ambos os algoritmos ACO propostos conseguiram respostas próximas ao ótimo. Quando se tratando de problemas de maiores dimensões, o tempo computacional necessário para a execução do algoritmo foi muito menor que o tempo computacional requerido pelos métodos exatos. No caso do problema de scheduling em ambientes de máquina única, ainda pode-se ressaltar que a qualidade dos resultados (em termos de resultados e tempos computacionais) foram melhores que os relatados na literatura pesquisada.

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-02-28T15:12:17Z No. of bitstreams: 1 PGPV16MA213.pdf: 884034 bytes, checksum: 7cc478a7cc0d8b7316468ee785e7565f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-28T15:12:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV16MA213.pdf: 884034 bytes, checksum: 7cc478a7cc0d8b7316468ee785e7565f (MD5) Previous issue date: 2016-08-26 / Microsatellites or simple sequence repeats (SSR) are co-dominant and highly polymorphic genetic markers used for population genetic studies. Mimosa scabrella Benth., popularly known as ‘‘bracatinga’’, is a pioneer and endemic species of Brazil, occurring in Mixed Ombrophilous Forest associated to Brazilian Atlantic Rainforest biome. It is a fast-growing tree of Fabaceae family which facilitates the dynamics of ecological succession. SSR development when there is no sequence is time and labor intensive, there are no molecular markers for Mimosa scabrella Benth. Due to reduced time, the use of second generation sequencing is a powerful tool for microsatellite development for population genetic studies. This current project proposed to develop and validate the first microsatellite markers for the species, evaluating mother trees and progenies. Using Second Generation Sequencing of Illumina platform, this project identified 290 SSR loci e 211 primer pairs. A subset of 11 primer pairs was synthetized with fluorescence in the Forward primer for PCR and capillary electrophoresis validation with leaf DNA of 33 adult and 411 progeny individuals. Polymorphic loci percentage was 36, four in 11 loci, 3 chloroplast SSR and one nuclear SSR. Allele number of polymorphic loci ranged from two to 11 alleles considering all sampling. Second-generation sequencing has enabled a large number of microsatellite loci identification for bracatinga, resulting in SSR markers development for the species. The assessed and validated SSR markers are suitable and useful for analysis and population genetic studies. Other SSR markers were identified, but still need to be synthesized and evaluated for polymorphism and consistency between mother trees and progenies for validation / Microssatélites ou simple sequence repeats (SSR) são marcadores genéticos codominantes e altamente polimórficos usados para estudos de genética de populações. Mimosa scabrella Benth., popularmente conhecida como bracatinga, é uma espécie pioneira e endêmica do Brasil, ocorrendo na Floresta Ombrófila Mista, associado ao bioma Mata Atlântica. É uma espécie arbórea da família Fabaceae, de rápido crescimento, que facilita a dinâmica de sucessão ecológica. O desenvolvimento de SSR quando não há sequências é demorado e laborioso, e não há marcadores moleculares desenvolvidos para Mimosa scabrella Benth. Devido ao tempo reduzido, o uso de sequenciamento de segunda geração é uma ferramenta poderosa para o desenvolvimento de microssatélites nos estudos de genética de populações. O presente trabalho se propôs a desenvolver e validar os primeiros marcadores microssatélites para a espécie, avaliando matrizes e progênies. Usando o sequenciamento de segunda geração pela plataforma Illumina, este trabalho identificou 290 locos SSR e 211 pares de primers. Um subconjunto de 11 pares de primers foi sintetizado com fluorescência no primer forward para validação por PCR e eletroforese capilar a partir do DNA de folhas de 33 adultos e 411 progênies. A porcentagem de locos polimórficos foi de 36, quatro locos em 11, três SSR cloroplastidiais e um SSR nuclear. O número de alelos por loco polimórfico variou de 2 a 11 considerando toda a amostragem. O sequenciamento de segunda geração possibilitou a identificação de um grande número de locos microssatélites para a bracatinga, resultando no desenvolvimento de marcadores SSR para a espécie. Os marcadores SSR avaliados e validados são aptos e úteis para análises e estudos de genética de populações. Outros marcadores SSR foram identificados, mas ainda precisam ser sintetizados e avaliados quanto ao polimorfismo e consistência entre matrizes e progênies para validação

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 HelaineCS_DISSERT.pdf: 3181905 bytes, checksum: 5c020989070824dc8493d5f191c83a23 (MD5) Previous issue date: 2013-01-29 / Ag?ncia Brasileira da Inova??o / Sugarcane (Saccharum spp.) is a plant from Poaceae family that has an impressive ability to accumulate sucrose in the stalk, making it a significant component of the economy of many countries. About 100 countries produce sugarcane in an area of 22 million hectares worldwide. For this reason, many studies have been done using sugarcane as a plant model in order to improve production. A change in gravity may be one kind of abiotic stress, since it generates rapid responses after stimulation. In this work we decided to investigate the possible morphophysiological, biochemical and molecular changes resulting from microgravity. Here, we present the contributions of an experiment where sugarcane plants were submitted to microgravity flight using a vehicle VSB-30, a sounding rocket developed by Aeronautics and Space Institute teams, in cooperation with the German Space Agency. Sugarcane plants with 10 days older were submitted to a period of six minutes of microgravity using the VSB-30 rocket. The morphophysiological analyses of roots and leaves showed that plants submitted to the flight showed changes in the conduction tissues, irregular pattern of arrangement of vascular bundles and thickening of the cell walls, among other anatomical changes that indicate that the morphology of the plants was substantially influenced by gravitational stimulation, besides the accumulation of hydrogen peroxide, an important signaling molecule in stress conditions. We carried out RNA extraction and sequencing using Illumina platform. Plants subjected to microgravity also showed changes in enzyme activity. It was observed an increased in superoxide dismutase activity in leaves and a decreased in its activity in roots as well as for ascorbate peroxidase activity. Thus, it was concluded that the changes in gravity were perceived by plants, and that microgravity environment triggered changes associated with a reactive oxygen specie signaling process. This work has helped the understanding of how the gravity affects the structural organization of the plants, by comparing the anatomy of plants subjected to microgravity and plants grown in 1g gravity / A cana-de-a??car (Saccharum spp.) ? um planta da fam?lia Poaceae que possui uma impressionante capacidade de armazenar sacarose no colmo, o que a torna um significante componente da economia de muitos pa?ses. Aproximadamente 100 pa?ses produzem cana-de-a??car em uma ?rea de 22 milh?es de hectares no mundo. Por essas raz?es, diversos estudos sobre a resposta de culturas a estresse ambiental contemplam a cana-de-a??car. Uma mudan?a na gravidade pode ser um tipo de estresse abi?tico, uma vez que ? capaz de gerar respostas r?pidas ap?s a estimula??o gravitacional. No presente trabalho procurou-se investigar as poss?veis altera??es morfofisiol?gicas, bioqu?micas e moleculares decorrentes da microgravidade. Aqui s?o apresentadas as contribui??es do experimento de submiss?o de plantas de cana-de-a??car ? microgravidade atrav?s de voo em um ve?culo VSB-30, Plantas de cana-de-a??car cultivadas em condi??es controladas, com 10 dias de desenvolvimento, foram assim submetidas a um per?odo de seis minutos de microgravidade real. As an?lises morfofisiol?gicas de ra?zes e folhas mostraram que as plantas sofreram altera??o nos tecidos de condu??o da seiva e ?gua, padr?o de disposi??o irregular de feixes vasculares, espessamento de paredes celulares, entre outras modifica??es anat?micas que indicam que a morfologia das plantas foi substancialmente influenciada pela aus?ncia de est?mulo gravitacional, al?m do ac?mulo de per?xido de hidrog?nio, importante mol?cula de sinaliza??o em condi??es de estresse. Foi realizada a extra??o do RNA e o sequenciamento do RNA atrav?s da plataforma Illumina, e estas sequencias est?o sendo analisadas. Foram tamb?m observadas altera??es nas atividades enzim?ticas, com aumento na atividade de super?xido dismutase em folhas e redu??o da atividade de super?xido dismutase e ascorbato peroxidase em ra?zes. Assim, estes resultados permitem concluir que a altera??o da gravidade foi percebida pelas plantas de cana-de-a??car e o ambiente de microgravidade desencadeou altera??es associadas a um processo de sinaliza??o por meio de esp?cies reativas de oxig?nio em condi??es de estresse. O presente trabalho auxiliou, portanto, a compreender como a gravidade interfere na organiza??o estrutural das plantas, atrav?s da compara??o da anatomia de plantas submetidas ? microgravidade e plantas crescidas em gravidade 1g

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:10:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KellyaFMB_DISSERT.pdf: 2697762 bytes, checksum: 1ffb7fc96fd841e9f2d4e4bbe9d99a4b (MD5) Previous issue date: 2013-12-17 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The genus Saccharum belongs to Poaceae family. Sugarcane has become important monocultures in Brazil due to their products: ethanol and sugar. The production may change between different regions from Brazil. This difference is related to soil, climatic conditions and temperature that promotes oxidative stress that may induce an early flowering. The aim of this work was to identify the effects of oxidative stress. In order to analyse this, sugarcane plants were submitted to oxidative stress using hydrogen peroxide. After this treatment, the oxidative stress were analyzed Then, the plant responses were analyzed under different approaches, using morphophysiological, biochemical and molecular tools. Thus, sugarcane plants were grown under controlled conditions and until two months they were subjected first to a hydroponics condition for 24 hours in order to acclimation. After this period, these plants were submitted to oxidative stresse using 0 mM, 10 mM, 20 mM and 30 mM hydrogen peroxide during 8 hours. The histomorphometric analysis allowed us to verify that both root and leaf tissues had a structural changes as it was observed by the increased in cell volume, lignin accumulation in cell walls. Besides, this observation suggested that there was a change in redox balance. Also, it was analyzed the activity of the SOD, CAT and APX enzymes. It was observed an increase in the SOD activity in roots and it was also observed a lipid peroxidation in leaves and roots. Then, in order to identify proteins that were differently expressed in this conditions it was used the proteomic tool either by bidimensional gel or by direct sequencing using the Q-TOF EZI. The results obtained with this approach identified more than 3.000 proteins with the score ranging from 100-5000 ions. Some of the proteins identified were: light Harvesting; oxygenevolving; Thioredoxin; Ftsh-like protein Pftf precusor; Luminal-binding protein; 2 cys peroxiredoxin e Lipoxygenase. All these proteins are involved in oxidative stress response, photsynthetic pathways, and some were classified hypothetical proteins and/or unknown (30% of total). Thus, our data allows us to propose that this treatment induced an oxidative stress and the plant in response changed its physiological process, it made changes in tissue, changed the redox response in order to survival to this new condition / A cana-de-a??car ? uma das principais monoculturas no Brasil devido ? import?ncia dos seus produtos: etanol e a??car. A produtividade pode variar entre as diferentes regi?es do Brasil como sudeste e nordeste, por adapta??es destas gram?neas as diferentes condi??es edafo-clim?ticas. As condi??es do solo e da temperatura da regi?o Nordeste podem promover o estresse oxidativo, h?drico e consequentemente o florescimento precoce o que acarreta perdas consider?veis na produ??o. Neste trabalho, procurou-se averiguar as prov?veis altera??es morfofisiol?gicas, bioqu?micas e moleculares resultantes da resposta das plantas ao estresse oxidativo. Deste modo, plantas de cana-de-a??car foram cultivadas em condi??es controladas e quando atingiram dois meses foram submetidas a uma condi??o de hidrop?nia por 24 horas para sua aclimata??o e em seguida ao estresse oxidativo realizado por 8 horas utilizando as concentra??es de per?xido de hidrog?nio: 0 mM; 10 mM; 20 mM e 30 mM. Ap?s este per?odo, foram observadas as seguintes altera??es morfol?gicas para as folhas: o fechamento foliar parcial ou total de acordo com a concentra??o de per?xido de hidrog?nio utilizada. As an?lises histomorfol?gicas permitiram verificar para ambos os tecidos (foliar e radicular) que houve altera??es estruturais relacionadas ao aumento do volume das c?lulas propiciando, assim, a quebra das paredes das membranas dos vasos condutores xilema e floema entre outras modifica??es anat?micas em diferentes regi?es, assim como a lignifica??o em algumas regi?es. Tamb?m foi analisada a atividade enzim?tica das enzimas Super?xido dismutase - SOD; Catalase - CAT e Ascorbato peroxidase - APX. Foi observado um aumento na atividade da enzima super?xido dismutase nas ra?zes. Nessa abordagem bioqu?mica, foi tamb?m analisada a peroxida??o de lip?deos que mostrou que ocorreram danos nas membranas das folhas e ra?zes principalmente para a concentra??o de 30 mM. Entretanto, para a enzima catalase foi observada uma baixa atividade em folhas e esta atividade n?o foi detectada nas ra?zes. Contudo, os resultados histomorfologicos juntamente com os resultados bioqu?micos fortalecem que o tratamento com per?xido de hidrog?nio pode ter alterado a homeostase redox e as vias de sinaliza??o promovendo assim as altera??es morfol?gicas (aumento de c?lulas, lignifica??o) e bioqu?micas (EROs e antioxidantes). Outra ferramenta utilizada nesse trabalho foi a prote?mica, onde foi utilizado o sequenciamento tanto por meio de g?is bidimensionais como tamb?m pelo sequenciamento direto utilizando o EZI Q TOF. Os resultados obtidos permitiram com essa abordagem identificar mais de 3.000 prote?nas com o score variando de 100-5000 ?ons. Algumas das prote?nas identificadas foram: light Harvesting; oxygen-evolving; Thioredoxin; Ftsh-like protein Pftf precusor; Luminal-binding protein; 2 cys peroxiredoxin e Lipoxygenase. Estas prote?nas est?o envolvidas no metabolismo em resposta ao estresse oxidativo, prote?nas do aparelho fotossint?tico, al?m de prote?nas hipot?ticas e/ou desconhecidas (30% do total). Desta forma, os dados obtidos nos permitem propor uma hip?tese, onde ?s prote?nas identificadas estariam envolvidas em processos fisiol?gicos, na remodela??o de tecidos, dano/degrada??o e s?ntese de antioxidante/ desintoxicante, correlacionada aos dados de resposta de defesa enzim?tica, ac?mulo de H2O2 nos tecidos ativando a peroxida??o lip?dica nas paredes das membranas das c?lulas. Desta forma ativando v?rias vias de cascata de sinaliza??o

Submitted by Simone Souza (simonecgsouza@hotmail.com) on 2018-05-02T17:09:56Z No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Mayara Inácio Vincenzi da Silva.pdf: 1467868 bytes, checksum: 1589e777267d83f74d5b55da57e6a5db (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-05-16T15:13:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Mayara Inácio Vincenzi da Silva.pdf: 1467868 bytes, checksum: 1589e777267d83f74d5b55da57e6a5db (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-16T15:13:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2015_Mayara Inácio Vincenzi da Silva.pdf: 1467868 bytes, checksum: 1589e777267d83f74d5b55da57e6a5db (MD5) Previous issue date: 2015-08-07 / CAPES / Ferro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises globais de transcritos durante a privação de ferro tem sido descritos através da técnica de “microarray”, entretanto através da técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. O isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênica em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter™ e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de ferro, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbpABC, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease e periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). A técnica de RNA-seq mostrou-se eficiente na identificação de transcritos diferencialmente expressos por P. multocida em condições de privação de Fe, o que pode auxiliar nos estudos de patogenicidade. / Iron (Fe) is an essential element and the ability to acquire it, in vivo, have been described in several pathogens such as virulence factors. Global analyses of transcripts during iron deprivation have been described by microarray studies, however, recently RNA-seq analysis shows superior results. The high pathogenic swine strain of Pasteurella multocida (BRMSA 1113) was grown in the two conditions with different concentrations of Fe (control and deprivation) in order to analyze the differentially expressed transcripts. The total RNA of the two conditions was extracted and sequenced by new generation Ion Torrent plataform. Data were analyzed in Ion Reporter ™ Software and processed in Rockhopper software. Sequence analysis shows 1,341,615 readings with median length of 81pb, with 96% of alignment to the reference genome Pasteurella multocida strain 3489, and 98.8% accuracy. Reads mapping to genome of P. multocida in these two conditions, detected 2,652 transcripts, which , 177 (6.7%) were differentially expressed, with 93 in the control condition (Fe +) and 84 provided with iron deprivation condition (Fe-). In condition (Fe-), differential expressed transcript profile were associated to function of cellular transport (fbpABC,, high-affinity Fe2+/Pb2+ permease and periplasmic protein probably involved in hight-affinity Fe2+), transcptional regulators and hypothetical proteins. The control condition (Fe+) shows differential expressed transcripts profile associated to RNA anti-sense (asRNA) energetic metabolism genes (fructose-1,6-bisphosphatase). The technique of RNA-seq proved effective in identifying novel differentially expressed transcripts by P. multocida (BRMSA 1113) under conditions of Fe deprivation, which can assist in pathogenicity studies.

CAPES / A produção de carne suína no Brasil tem dado um grande salto nos últimos anos, no seu aspecto quantitativo e qualitativo. Isso permitiu posicionar o Brasil dentre os principais atuantes mundiais no setor da suinocultura. A garantia da inocuidade de alimentos depende da capacidade das indústrias em minimizar a contaminação de alimentos por microrganismos patogênicos, principalmente durante o processamento e estocagem, e controlar para que a garantia continue sendo mantida. Dentre os patógenos existentes, destaca-se Listeria monocytogenes que é um importante patógeno de origem alimentar emergente e causadora de infecções localizadas e generalizadas, levando o individuo ao óbito. Neste sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade sanitária do processo produtivo de um abatedouro-frigorifico de suínos, quanto à presença de L. monocytogenes. Inicialmente foram padronizados os métodos para aplicação da PCR e análise de sequenciamento posteriormente aplicado nas amostras coletadas. Duas coletas foram realizadas em um frigorífico que abate suínos localizado na região dos Campos Gerais – PR. Também verificou-se os prazos e custos apresentados por laboratórios particulares brasileiros, fazendo uma comparação com a técnica molecular. A quantidade de amostras positivas da seunda coleta foi superior em relação a primeira, 10 e 3 respectivamente. Com o sequenciamento foi possível observar que a origem da contaminação encontra-se no setor de triparia. Também foi possível verificar que poucos laboratórios possuem a PCR como método de diagnóstico, e provou-se ainda que a técnica pode ser uma ótima alternativa por se apresentar econômica e viável para indústria de carnes. / The production of pork in Brazil has taken a great leap in recent years, in quantitative and qualitative. This allowed position Brazil among the main active worldwide in the field of pig farming. The guarantee of the safety of food depends on the ability of industries to minimise the contamination of food by pathogenic micro-organisms, especially during processing and storage, and to ensure that the guarantee will continue to be maintained. Among the existing pathogens, stands out Listeria monocytogenes, which is an important pathogen of food origin emerging and causing localized infections and generalized, leading the individual to death. In this sense, the objective of this study was to evaluate the health quality of the production process from an abattoir-fridge of pigs, as the presence of L. monocytogenes. Initially were standardized methods for the application of PCR analysis and sequencing of subsequently applied in the samples collected. Two samples were collected in a fridge that slaughter pigs located in the region of Campos Gerais - PR. Also it was found that the deadlines and costs presented by private laboratories Brazilians, making a comparison with the molecular technique. The number of positive samples of seunda collection was superior to that of the first, 10 and 3 respectively. With the sequencing was possible to observe that the source of contamination is in the sector of triparia. It was also possible to observe that few laboratories have the PCR as a method of diagnosis, and it has been proved that the technique can be a great alternative to present economic and feasible for meat industry.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Alguns Bastonetes Gram-negativos não fermentadores (BGNNF) costumam ser considerados clinicamente pouco significantes e a sua implicação em infecções é subestimada. Devido à similaridade fenotípica, mudanças taxonômicas, baixa reatividade bioquímica e limitações nos bancos de dados em sistemas comerciais, a identificação de BGNNF é frequentemente equivocada, culminando com a denominação de diferentes micro-organismos apenas como BGNNF, por falta de melhor diferenciação. O objetivo desse estudo foi avaliar, por métodos fenotípico convencional, proteômico e molecular, a identificação de BGNNF incomuns isolados em hemoculturas de pacientes atendidos em um hospital universitário no Rio de Janeiro. Foram selecionadas 78 amostras isoladas de hemoculturas caracterizadas no laboratório clinico como BGNNF para a identificação por sequenciamento dos genes 16S RNA e recA, por um conjunto amplo de testes fenotípicos manuais e por MALDI-TOF MS. Os micro-organismos predominantes na amostragem foram genotipados pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, a maioria das amostras (n=31; 40%) foi incluída no gênero Burkholderia, seguido de Pseudomonas stutzeri (10%) e Delftia acidovorans (4%). Os demais isolados foram agrupados em 27 diferentes espécies. O sequencimento do gene recA identificou a maioria das espécies de Burkholderia como Burkholderia contaminans (n=19; 24%). Os testes fenotípicos incluíram as 31 amostras apenas no CBc e para as outras 47 amostras, a concordância com o sequenciamento do gene 16S rRNA em nível de espécie foi de 64% (n=30) e apenas em gênero a concordância foi de 17% (n=8). A análise comparativa geral da identificação por MALDI-TOF MS com o sequenciamento do gene16S rRNA mostrou que 42% (n=33) das 78 amostras foram concordantes em nível de espécie e 45% (n=35) apenas em gênero. Excluindo as amostras do CBc, houve um aumento da concordância em nível de espécie para 60%. As discordâncias parecem ser devido às diferenças nos perfis proteicos das amostras em relação às amostras-referência do banco de dados do equipamento e podem ser aprimorados com a atualização de perfis no sistema. A análise do polimorfismo genético de B. contaminans mostrou a ausência de um clone disseminado causando surto, além da provável origem ambiental das infecções. Os setores de nefrologia e hemodiálise contribuíram com maior número de pacientes com amostras positivas (5 pacientes e 9 amostras). Os grupos clonais BcoD e BcoE foram encontrados em pacientes assistidos no mesmo setor com diferença de quatro meses (BcoD, nefrologia) e 1,5 ano (BcoE, hemodilálise), entre as culturas, respectivamente. As discordâncias entre as técnicas ocorreram principalmente devido a dificuldade de identificação das espécies do CBc. Os BGNNF incomuns são de difícil caracterização independente da metodologia usada e nenhum método por si só foi capaz de identificar todas as amostras. / Some nonfermenting Gram-negative Bacilli (NFGNB) are considered of low clinical significance, and their implication in infections is usually underestimated. Due to their phenotypic similarities, frequent taxonomic changes and low biochemical reactivity, as well as to limitations of bacterial identification commercial system databases, these NFGNB are frequently misidentified and are collectively referred to as NFGNB group, in the lack of a better differentiation. The aim of the present study was to evaluate the performance of the conventional phenotypic method, the proteomic matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectometry method (MALDI-TOF MS) and of molecular methods (16S RNA and recA gene sequencing) in the identification of 78 unusual NFGNB isolated from blood cultures of pacients treated at an university hospital in Rio de Janeiro. Clonality of the predominant species identified within these isolates was determined by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). By the 16S rRNA gene sequence analysis, most strains (n = 31; 40%) were included in the Burkholderia spp. followed by Pseudomonas stutzeri (n = 8; 10%), Delftia acidovorans (n = 3; 4%) and Stenotrophomonas maltophilia (n = 3; 4%). The remaining bacterial isolates were included in 27 different species. By the recA gene sequencing technique, most bacteria from the Burkholderia cepacia complex (BCC), samples were classified as Burkholderia contaminans (n=19; 24%). Phenotypic tests provided accurate identification of all 31 isolates included in the BCC by the 16S rRNA gene sequence analysis. For the other 47 samples, agreement of the results obtained with these two techniques in species and genus level identifications occurred in 30 (63,8%) and 17 samples (36,2%), respectively. The results obtained by the MALDI-TOF MS and 16S rRNA gene sequencing methods agreed at species and genus levels in 33 (42%) and 35 isolates (45%), respectively. When bacteria from the BCC were excluded from the analysis, the agreement between the two techniques at species level increased to 60%. Misidentification by the MALDI-TOF MS method may be due to differences in protein spectra between the samples and the reference strains in the equipment database. PFGE analysis of B. contaminans isolates revealed the absence of a disseminate clone causing an outbreak, and the probable environmental source of infections. The nefrology ang dialisis sectors contributed to the greatest number of patients with positive cultures (5 pacients and 9 isolates). Clones BcoD and BcoE were found in blood cultures of pacientes treated in a same sector with differences of 4 months (BcoD, nefrology) and 1.5 year (BcoE, dialisis). The misidentifications occurred mainly due to the hard differentiation of BCC species. Unusual NFGNB are of difficult characterization whatever the methodology used and no method alone was able to identify all the isolates.

CAPES / A produção de carne suína no Brasil tem dado um grande salto nos últimos anos, no seu aspecto quantitativo e qualitativo. Isso permitiu posicionar o Brasil dentre os principais atuantes mundiais no setor da suinocultura. A garantia da inocuidade de alimentos depende da capacidade das indústrias em minimizar a contaminação de alimentos por microrganismos patogênicos, principalmente durante o processamento e estocagem, e controlar para que a garantia continue sendo mantida. Dentre os patógenos existentes, destaca-se Listeria monocytogenes que é um importante patógeno de origem alimentar emergente e causadora de infecções localizadas e generalizadas, levando o individuo ao óbito. Neste sentido, o objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade sanitária do processo produtivo de um abatedouro-frigorifico de suínos, quanto à presença de L. monocytogenes. Inicialmente foram padronizados os métodos para aplicação da PCR e análise de sequenciamento posteriormente aplicado nas amostras coletadas. Duas coletas foram realizadas em um frigorífico que abate suínos localizado na região dos Campos Gerais – PR. Também verificou-se os prazos e custos apresentados por laboratórios particulares brasileiros, fazendo uma comparação com a técnica molecular. A quantidade de amostras positivas da seunda coleta foi superior em relação a primeira, 10 e 3 respectivamente. Com o sequenciamento foi possível observar que a origem da contaminação encontra-se no setor de triparia. Também foi possível verificar que poucos laboratórios possuem a PCR como método de diagnóstico, e provou-se ainda que a técnica pode ser uma ótima alternativa por se apresentar econômica e viável para indústria de carnes. / The production of pork in Brazil has taken a great leap in recent years, in quantitative and qualitative. This allowed position Brazil among the main active worldwide in the field of pig farming. The guarantee of the safety of food depends on the ability of industries to minimise the contamination of food by pathogenic micro-organisms, especially during processing and storage, and to ensure that the guarantee will continue to be maintained. Among the existing pathogens, stands out Listeria monocytogenes, which is an important pathogen of food origin emerging and causing localized infections and generalized, leading the individual to death. In this sense, the objective of this study was to evaluate the health quality of the production process from an abattoir-fridge of pigs, as the presence of L. monocytogenes. Initially were standardized methods for the application of PCR analysis and sequencing of subsequently applied in the samples collected. Two samples were collected in a fridge that slaughter pigs located in the region of Campos Gerais - PR. Also it was found that the deadlines and costs presented by private laboratories Brazilians, making a comparison with the molecular technique. The number of positive samples of seunda collection was superior to that of the first, 10 and 3 respectively. With the sequencing was possible to observe that the source of contamination is in the sector of triparia. It was also possible to observe that few laboratories have the PCR as a method of diagnosis, and it has been proved that the technique can be a great alternative to present economic and feasible for meat industry.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / A toxicidade ao meio ambiente, a baixa biodegrabilidade e a crescente resistÃncia de insetos praga da agricultura e de insetos vetores de doenÃas aos inseticidas tradicionalmente utilizados tem estimulado o desenvolvimento de alternativas com maior biodegradabilidade e especificidade, especialmente de origem vegetal. Nesse sentido, o presente estudo consistiu na purificaÃÃo, caracterizaÃÃo e avaliaÃÃo do efeito biolÃgico in vitro de um novo inibidor de tripsina obtido das sementes de Sapindus saponaria sobre as enzimas digestivas de insetos. AtravÃs de precipitaÃÃo com Ãcido tricloroacÃtico (TCA), cromatografia de afinidade à tripsina e cromatografia de fase reversa em sistema UFLC, foi purificado um novo inibidor de tripsina (SSTI2) pertencente ao grupo de inibidores do tipo Batata I, uma categoria de inibidores de peptidases serÃnicas com reconhecido efeito tÃxico sobre insetos. O inibidor nativo e fragmentos desse gerados por tratamento enzimÃtico com tripsina e pepsina foram analisados e sequenciados por espectrometria de massa do tipo MALDI-TOF e ESI-TOF, determinando assim a sua massa molecular acurada (MM = 7571, 976 Da) e elucidando a sua estrutura primÃria (64/69 aminoÃcidos). O inibidor apresentou uma IC50 de 8,3 x 10-2 μmol.L-1 contra a tripsina bovina, mas apresentou baixa atividade inibitÃria sobre as enzimas quimotripsina (13,24  0,28%) e papaÃna (5,28  0,42%), e nÃo foi capaz de inibir a proteÃlise promovida pela bromelaÃna. O SSTI2 inibiu moderadamente a atividade catalÃtica das enzimas digestivas totais dos insetos, com percentual de inibiÃÃo variando entre 4,74  0,45% a 56,06  1,41%. No entanto, o inibidor foi eficaz em atuar sobre as enzimas digestivas do tipo tripsina presentes nos intestinos dos insetos Aedes aegypti (92,44  0,99%), Anthonomus grandis (77,93  0,12%), Anticarsia gemmatalis (32,21  0,57%) e Spodoptera frugiperda (71,44  1,23%). Esse expressivo efeito inibitÃrio do SSTI2 sobre a atividade catalÃtica das peptidases do tipo tripsina provenientes do intestino mÃdio dos insetos sugere um possÃvel efeito supressor no desenvolvimento e sobrevivÃncia de insetos alimentados com dietas contendo o inibidor. Assim, futuros estudos in vivo e avaliaÃÃes de outras propriedades bioquÃmicas do inibidor serÃo importantes para determinar a potencial aplicaÃÃo biotecnolÃgica do SSTI2, especialmente para o combate de A. aegypti, A. grandis e A. gemmatalis. AlÃm disso, a sequÃncia do SSTI2 elucidada nesse estudo possibilita a sÃntese, clonagem do gene codificante e expressÃo heterÃloga dessa potencial ferramenta biotecnolÃgica. / Environmental toxicity, low biodegradability and increased resistance in agricultural pest insects and in insect vectors of diseases to insecticides traditionally used for their control have encouraged the development of chemical alternatives with greater specificity and biodegradability especially from plants. In this way, the present study aimed the purification, characterization and evaluation of activity towards pest insect digestive enzymes of a new trypsin inhibitor obtained from Sapindus saponaria seeds. This new trypsin inhibitor obtained from S. saponaria seeds (SSTI2) belongs to Potato I inhibitor family and was purified by protein precipitation with trichloroacetic acid, affinity chromatography and reverse phase chromatography using UFLC system. The native inhibitor and its fragments generated by enzymatic treatment with trypsin and pepsin were analyzed and sequenced by MALDI-TOF and ESI-TOF mass spectrometry, determining its accurate molecular mass (MM = 7571, 976 Da) and primary structure (64 of 69 amino acids). The SSTI2 showed an IC50 of 8.3 x 10-2 μmol.L-1 against bovine trypsin, and a much lower inhibitory activity on the enzymes chymotrypsin (13.24  0.28%) and papain (5.28  0 , 42%), but was unable to inhibit proteolysis promoted by bromelain. In spite to show moderate inhibition of total digestive enzymes (4.74  0.45% to 56.06  1.41%), the inhibitor was very effective upon trypsin-like enzymes present in Aedes aegypti (92.44  0.99%), Anthonomus grandis (77.93  0.12%), Anticarsia gemmatalis ( 32.21  0.57%) and Spodoptera frugiperda (71.44  1.23%) guts. This strong inhibitory effect of SSTI2 on the catalytic activity of trypsin-like peptidases of insectâs midguts suggests a possible suppressive effect on development and survival of insects fed with diets containing the inhibitor. Thus, future in vivo assays and evaluation of other biochemical properties will be important to establish the potential biotechnological application of SSTI2, especially for the combat of Ae. aegypti, A. grandis and An. gemmatalis. Furthermore, the sequence of SSTI2 elucidated in this study allows the chemical synthesis, cloning of coding gene sequence and heterologous expression of this potential new biotechnological tool.

Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-29T15:12:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Priscila Magalhães da Veiga Jardim - 2018.pdf: 5590591 bytes, checksum: 41e09cc42da35c440c865965aaafae81 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Rejected by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com), reason: Olhe as palavras-chaves, elas devem iniciar com letras maiúsculas. on 2018-10-30T11:15:40Z (GMT) / Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-30T12:28:06Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Priscila Magalhães da Veiga Jardim - 2018.pdf: 5590591 bytes, checksum: 41e09cc42da35c440c865965aaafae81 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-30T13:40:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Priscila Magalhães da Veiga Jardim - 2018.pdf: 5590591 bytes, checksum: 41e09cc42da35c440c865965aaafae81 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-30T13:40:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Priscila Magalhães da Veiga Jardim - 2018.pdf: 5590591 bytes, checksum: 41e09cc42da35c440c865965aaafae81 (MD5) Previous issue date: 2018-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Sugarcane is an important culture quite relevant to the Brazilian economy. The production is growing as well as a cultivated area is increasing every year. The genome of this culture is still deficient due to complications such as high ploidy and the big genome that presents. Among the different genetic characterization studies, the development of genetic maps is important for providing information about the genome structure of a species. In addition, it can help develop the techniques of interpretation and use of genetic information. They provide more understanding of how genetic information is organized in the genome of sugarcane supplying a lack in the basic element in this culture. The maps constructed for sugarcane, so far, not shown saturated. This work was obtained a map for sugarcane using SNP markers based on genotyping-by-sequencing technology in next-generation sequencing using the target sequencing strategy (RAPiD-Seq). For obtaining the map, 103 clones RB97327 and RB72454 were used. Probes were designed based on sequence similarity using the sorghum genome as a reference. The construction of the binding groups, considering as a binding criterion of a recombination fraction equal 0.20; allowed the identification of 249 binding groups for the biparental population with 1: 1 segregation. A total of 20555 polymorphic were scored in the analysis. The sum of the average sizes of homeologia groups identified, using the sorghum genome as a reference, was 3964.68 cM for the female parent and 3797.05 cM for the male parent. / A cana-de-açúcar é uma cultura de importância bastante relevante para a economia brasileira. A produção de cana-de-açúcar no Brasil é crescente assim como a área cultivada vem aumentando a cada ano. A compreensão do genoma da cana-de-açúcar ainda é deficiente devido a complicações como alta ploidia e o grande genoma que a cultura apresenta. Dentre os diferentes estudos de caracterização genética, o desenvolvimento de mapas genéticos é importante por fornecer informações acerca da estrutura do genoma de uma espécie. Além disso, pode auxiliar no desenvolvimento das técnicas de interpretação e uso da informação genética. Eles possibilitam a compreensão mais abrangente da organização da informação genética no genoma da cana-de-açúcar suprindo uma carência do estudo básico sobre essa cultura. Os mapas construídos para cana-de-açúcar, até agora, não se mostraram completos. Neste trabalho foi obtido um mapa de ligação para cana-de-açúcar utilizando marcadores SNPs baseados na tecnologia de genotipagem por sequenciamento de nova geração utilizando a estratégia de target sequencing (RAPiD-Seq). Para a obtenção do mapa foram utilizados 103 genótipos obtidos do cruzamento entre os clones RB97327 e RB72454. Foram desenhadas sondas baseadas em sequenciamento de semelhança utilizando o genoma de sorgo como referência. A construção dos grupos de ligação, considerando-se como critério de ligação uma fração de recombinação de 0,20; permitiu a identificação de 249 grupos de ligação para a população biparental com segregação 1:1. Foram consideradas 20555 marcas polimórficas nas análises de construção do mapa de ligação. A soma dos tamanhos médios dos grupos de homeologia identificados, utilizando-se o genoma de sorgo como referência, foi de 3964,68 cM para o genitor feminino e de 3797,05 cM para o genitor masculino.